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National audience

Identification of genomic regions associated with caecal microbiota composition in a broiler line . 10th European Symposium on Poultry Genetics

L’œuf d’oiseau: une source naturelle d’agents anti-infectieux originaux . Journée thématique Biotechnocentre-Biodiversité et Innovations pour la santé et le bien-être

Epigenetics for heat tolerance. Symposium CERSA Poultry Production under ho and humid climate conditions

International audience; The aim of this work is to compare a novel exploratory chemometrics method, Common Components Analysis (CCA), with Principal Components Analysis (PCA) and Independent Components Analysis (ICA). CCA consists in adapting the multi-block statistical method known as Common Components and Specific Weights Analysis (CCSWA or ComDim) by applying it to a single data matrix, with one variable per block. As an application, the three methods were applied to SPME-GC-MS volatolomic signatures of livers in an attempt to reveal volatile organic compounds (VOCs) markers of chicken exposure to different types of micropollutants. An application of CCA to the initial SPME-GC-MS data revealed a drift in the sample Scores along CC2, as a function of injection order, probably resulting from time-related evolution in the instrument. This drift was eliminated by orthogonalization of the data set with respect to CC2, and the resulting data are used as the orthogonalized data input into each of the three methods. Since the first step in CCA is to norm-scale all the variables, preliminary data scaling has no effect on the results, so that CCA was applied only to orthogonalized SPME-GC-MS data, while, PCA and ICA were applied to the "orthogonalized", "orthogonalized and Pareto-scaled", and "orthogonalized and autoscaled" data. The comparison showed that PCA results were highly dependent on the scaling of variables, contrary to ICA where the data scaling did not have a strong influence. Nevertheless, for both PCA and ICA the clearest separations of exposed groups were obtained after autoscaling of variables. The main part of this work was to compare the CCA results using the orthogonalized data with those obtained with PCA and ICA applied to orthogonalized and autoscaled variables. The clearest separations of exposed chicken groups were obtained by CCA. CCA Loadings also clearly identified the variables contributing most to the Common Components giving separations. The PCA Loadings did not highlight the most influencing variables for each separation, whereas the ICA Loadings highlighted the same variables as did CCA. This study shows the potential of CCA for the extraction of pertinent information from a data matrix, using a procedure based on an original optimisation criterion, to produce results that are complementary, and in some cases may be superior, to those of PCA and ICA.

National audience; Fibres et microbiote : Etat des lieux des connaissances. Journées Techniques Volailles de MiXScience

Eggshell formation: mechanisms of mineralization and impact on calcium homeostasis. International School of Biomineralization

Changes in gene activity through epigenetic alterations induced by early environmental challenges during the embryogenesis are known to impact the phenotype, health and disease risk of animals. The epigenome is therefore an essential contributor to phenotypic plasticity, and learning how environmental exposures translate into persisting epigenetic changes may open new doors to improve robustness and resilience of developing animals. Birds are agronomic species of choice to directly manipulate the embryonic environment and study its consequences on the developing animal. We previously showed that the heat tolerance of male commercial chickens was improved by cyclically elevating the egg incubation temperature. This treatment named embryonic heat conditioning (HC) was associated with changes in gene expression that persisted during the development of chickens and enhanced gene expression response in case of heat challenge at slaughter age, 35 days post-hatch. To further explore the molecular basis of heat acclimation, we took advantage of an inbred line of japanese quails (Coturnix japonica) to investigate the impact of HC on bird methylome. Among other advantages, quail generation cycle is 3-4 time faster than chicken and the use of an inbred genotype should reduce the phenotype variations associated with genetic variability. We performed a characterization of HC on quail phenotype in interaction with a post-hatch heat stress at the onset of sexual maturity. Several parameters such as weight of the animals, temperature, egg laying for females, hormone levels and blood gas characteristics were measured. Concomitantly we investigated the impact of HC on quail transcriptome by RNA-seq and methylome by a whole genome bisulfite sequencing (WGBS) on brain tissues sampled at hatch. Analysis of the results is ongoing and preliminary data will be presented.

La viande de poulet est aujourd’hui majoritairement utilisée en découpe et en transformation (70,5% de la consommation française de poulet en 2014). Au-delà du rendement en viande, la qualité technologique constitue un facteur clé de la compétitivité dans la mesure où elle impacte l’aptitude à la conservation et les rendements à la transformation. Actuellement celle-ci n’est pas maîtrisée ce qui conduit à l’apparition de défauts technologiques liés en particulier aux variations de pH ultime (pHu) de la viande. Dans le cas de la production de poulets standards, l’incidence des viandes acides (pHu < 5,7) a été estimée à 16% et celle des viandes à pH élevé (pHu > 6,1) à 11% (Enquête INRA/ITAVI, 2008-2010). Ces variations de pHu résultent d’interactions entre la génétique et les facteurs d’élevage qui modulent les réserves en glycogène du muscle. Pour mieux comprendre les mécanismes moléculaires intervenants dans la variation de pHu et les défauts technologiques, voire sensoriels engendrés, deux lignées divergentes ont été sélectionnées sur 6 générations sur la base de leur pHu au niveau du filet (i.e., les lignées pHu+ et pHu-). Ce travail de thèse s'inscrit dans le projet CAS DAR Optiviande (2014-2016) dont l'objectif global est de développer des tests moléculaires utilisables en sélection et en élevage pour homogénéiser et améliorer la qualité de la viande de volaille. Mon travail de thèse a été consacré à la recherche de marqueurs biologiques (métaboliques et géniques) du pH ultime et des caractères de qualité associés. La première étape de ce projet a consisté à caractériser, dans le cadre d’une analyse ciblée, les changements métaboliques et typologiques induits au niveau musculaire par une sélection sur le pHu de la viande. Ainsi, la typologie des fibres musculaires, l’activité des principales enzymes du métabolisme oxydo-glycolytique ainsi que l’expression d’acteurs moléculaires contrôlant le métabolisme du glycogène (AMP-activated protein kinase, glycogène synthase, etc.) ont été déterminées. Cette étude montre une réorientation partielle du métabolisme énergétique des muscles sans modification notoire de la typologie de leurs fibres, malgré la mise en évidence de processus de régénérescence fibrillaire probablement plus fréquent dans la lignée pHu+. Cette première étude indique également un certain nombre de régulations, liées à la sélection, de l’expression de gènes codant pour des enzymes clefs impliquées dans le turnover du glycogène. Afin d’avoir une vision plus globale et précise des mécanismes impliqués, des analyses à haut débit du transcriptome musculaire (sur puces à ADN) et des métabolomes sanguin et musculaire (1H, 31P RMN) ont été effectuées. Elles ont mis en évidence chez les pHu-, une surexpression majeure d’acteurs de la glycolyse/glyconéogenèse et une surabondance de sucres au niveau sanguin et musculaire. La lignée pHu+ est quant à elle caractérisée par une surexpression de gènes intervenant dans le développement et le remodelage musculaire et une surabondance de métabolites liés au stress oxydatif, à la protéolyse et à la β-oxydation des lipides. Ceci pourrait indiquer une sur-activation du métabolisme énergétique oxydatif et du catabolisme protéique en réponse au déficit en glycogène musculaire qui caractérise les poulets pHu+. A partir de l’ensemble des données générées, il a été possible de déterminer des sets de biomarqueurs (métabolites ou gènes) pertinents, utilisés dans un second temps pour construire des modèles de prédiction du pHu, dont certains ont été validés sur une population large d’animaux (n = 280). Les données fonctionnelles acquises au cours de cette thèse sont par ailleurs actuellement valorisées en tant que phénotypes moléculaires dans le cadre d’une démarche de génomique structurale, visant à identifier des régions du génome impliquées dans le contrôle du pH ultime et plus largement de la qualité des viandes chez le poulet. L’ensemble des connaissances acquises dans le cadre de cette thèse, et plus largement du projet Optiviande, pourra être valorisé dans le cadre de recherches sur l’influence des facteurs d’élevage sur la qualité des viandes mais aussi par le développement d’outils utilisables à des fins de sélection ou pour le pilotage de l’élevage (marqueurs génétiques, phénotypes moléculaires, biomarqueurs non invasifs, etc.).

Présentation par M. Duclos, en l'absence de Cécile Berri; Improving meat quality inpoultry : How nutrition can help?. 21. ESPN DSM Satellite Symposium: “Emerging challenges in poultry nutrition: from breeders to broilers"

Updating the available phosphorus requirements of broilers. 21th European symposium on poultry nutrition

Notice liée à http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!ConsultNotice:405857Invited conference at ADVANCIA ACADEMY 2017 - May 2017 – Barcelona"Nutritionist: a challenging job! Feeding an ecosystem to transform feedstuffs into animal proteins: session 2-Producing desirable meat; From muscle to meat: physiological and metabolic basis. 1. Advencia academy : "Nutritionist: a challenging job! Feeding an ecosystem to transform feedstuffs into animal proteins"

Effect of food restriction and n-3 fatty acid supplementation on reproductive parameters in broiler hens. 2. Journées du GdR 3606 Repro

In chicken, the ultimate pH (pHu) of meat is largely determined by the muscle glycogen content at slaughter age.A divergent selection on the Pectoralis major pHu allowed the creation of the pHu+ and pHu- lines, whichrepresent a unique model for studying the genetic and physiological control of energy reserves and the meatquality. Several characteristics have been measured in the two lines at hatch then at 5 days of age: animal weight,muscle yields, muscular and hepatic glycogen content and several plasma parameters. At hatch, the pHu+ andpHu- lines present equivalent body weights and muscle yields. However, the pHu- line shows a higher glycemiathan the pHu+ line, a difference that will persist until the slaughter age. In addition, primary myoblasts culturesfrom both lines show differences in insulin response. After 5 days, the pHu+ and pHu- lines are alreadydivergent in terms of glycogen (and pHu) and muscle yield, for a similar body weight. Differences between bothlines observed at hatch and at 5 days may have been associated with regulation of signaling pathways involvedin protein synthesis and muscle glycogen turnover. In conclusion, pHu+ and pHu- chicks already have at hatchthe ability to respond differently to nutrients and hormones consistent with the fact that after only 5 days offeeding, significant differences in yield and muscular glycogen contents exist between the two lines.; Chez le poulet, le pH ultime (pHu) de la viande est en grande partie déterminé par la teneur en glycogène dumuscle à l'abattage. Une sélection divergente sur le pHu du filet a permis la création des lignées pHu+ et pHu-,qui représentent un modèle unique pour étudier le contrôle génétique et physiologique des réserves énergétiqueset de la qualité de la viande. Plusieurs caractéristiques ont été mesurées dans les deux lignées à l’éclosion puis à5 jours d’âge: le poids vif, les rendements en muscles, le glycogène musculaire et hépatique et plusieursparamètres plasmatiques. A l’éclosion, les lignées pHu+ et pHu- présentent des poids vifs et des rendementsmusculaires équivalents. Toutefois, la lignée pHu- présente une glycémie supérieure à celle de la lignée pHu+,différence qui va persister jusqu'à l'âge d’abattage. Par ailleurs, les cultures primaires des myoblastes issues desdeux lignées révèlent des différences de réponse à l'insuline. Après 5 jours, les lignées pHu+ et pHu- sont déjàdivergentes en terme de glycogène (et de pHu) et de rendement en muscle, pour un poids vif similaire. Lesdifférences entre lignées observées à l'éclosion et à 5 jours ont pu être associées à des régulations au niveau desvoies de signalisation impliquées dans la synthèse protéique et le turn-over du glycogène musculaire. Enconclusion, les poussins pHu+ et pHu- présentent dès l’éclosion des capacités de réponses différentes auxnutriments et aux hormones cohérentes avec le fait qu’après seulement 5 jours d’alimentation, des différencessignificatives de rendement et de teneur en glycogène musculaire existent entre les deux lignées.

La durabilité de l’élevage avicole passe par la recherche de systèmes de production plus économes et autonomesen termes d’approvisionnement en matières premières pour l’alimentation animale. Ceci implique une meilleureprise en compte des caractères d’adaptation tels que l’efficacité digestive afin d’aller vers une plus forteutilisation de matières premières alternatives de qualité variable. L'objectif du projet ADIGEN était d’identifierdes gènes impliqués dans la digestion en caractérisant le transcriptome de différents compartiments du tubedigestif : la jonction entre proventricule et gésier, le gésier, la jonction gastro-duodénale, et le jéjunum. LesARNs totaux des 4 tissus ont été séquencés sur HiSeq2500 (plateforme GeT-PlaGe, Toulouse) pour 6 individusissus d’un croisement F2 entre 2 lignées divergentes pour leur efficacité digestive (D+/D-). Les analysesbioinformatiques et biostatistiques des données RNA-seq ont mis en évidence un total de 11216 transcritsexprimés différentiellement entre les 4 tissus. Au total, 8 groupes de gènes présentant des profils d'expressiontrès différents ont été identifiés. L'analyse fonctionnelle par « Gene Ontology » des classes de gènes montre unenrichissement significatif de la fonction immunitaire dans le jéjunum, et de l'activité transcriptionnelle ettraductionnelle dans le gésier et le pylore. Cette analyse nous permet de dresser un premier portrait moléculairedes différents compartiments du tractus digestif, qui servira de base pour les futures études sur le contrôlegénétique ou physiologique de la réponse de l’animal aux variations alimentaires.

In oviparous, the embryonic development depends on the extra-embryonic structures, namely the yolk, amnioticand allantoic sacs. To better appreciate their role in the development of the chicken embryo, we analyzed thephysicochemical properties and biological activities of the amniotic (LA) and allantoic (LC) fluids from the 8thto 16th day of incubation. We showed that LA pH remains stable throughout the incubation (~7.5), while LC pHand osmolality values decrease significantly. Furthermore, from day 12 onwards, drastic changes in LA proteinpattern have been observed by SDS-PAGE analysis, with the transfer of egg white proteins in the amniotic sac,whereas the LC protein composition remains stable with proteins mainly coming from the egg yolk. Moreover,the LC major proteins identified by mass spectrometry are associated with lipid and vitamin metabolisms, aswell as in metal ion transport, while the LA major proteins refer to embryo’s nutrition and protection againstpathogens. On the other hand, active proteases have been identified in the two fluids using gelatin zymography.By mass spectrometry analysis, a total of 12 proteases was detected in the LC, compared to only 5 in the LA.These proteases are defined to be involved in morphogenesis and tissue remodeling, and 4 of them, uniquelyfound in the LC, are digestive proteases. Altogether, these data give new insights in the respective properties androles of LA and LC in embryo development. This study will allow us to identify biomarkers reflecting a goodembryonic development, to evaluate the impact of in ovo injections (vaccines, probiotics) on LA and LCcompositions and explore their repercussions on the development of the embryo and chick health., Chez les ovipares, le développement de l’embryon repose sur des structures extra-embryonnaires telles que les sacs vitellin, amniotique et allantoïque. Pour comprendre l’implication de ces structures dans le développement de l’embryon chez la poule, nous avons caractérisé les propriétés physicochimiques et les activités biologiques des fluides allantoïque (LC) et amniotique (LA) du 8ème au 16ème jour de l’incubation. Nous avons montré que le pH du LA reste stable tout au long de l’incubation (~7,5) tandis que le pH et l’osmolalité du LC diminuent significativement. En parallèle, des changements drastiques dans la composition du LA ont été observés par SDS-PAGE à partir du 12ème jour, avec le transfert des protéines du blanc dans le sac amniotique, alors que le LC conserve une composition protéique stable, constituée majoritairement de protéines du jaune. Une étude complémentaire par spectrométrie de masse a permis de définir les protéines majeures du LC comme impliquées dans le métabolisme des vitamines et lipides, ainsi que dans le transport d’ions métalliques, alors que celles du LA sont des protéines vraisemblablement impliquées dans la nutrition de l’embryon et dans sa protection contre les pathogènes. D’autre part, des activités protéolytiques ont été visualisées par zymographie et une analyse par spectrométrie de masse a permis d’identifier 12 protéases dans le LC contre seulement 5 dans le LA. Ces protéases sont décrites comme impliquées dans la morphogénèse et la régénération de tissus, et 4 d’entre-elles, spécifiquement identifiées dans le LC, sont des protéases digestives. Ces résultats suggèrent une implication importante des deux fluides dans les processus du développement embryonnaire. A terme, cette étude permettra d’identifier les paramètres et les molécules témoignant du bon développement de l’embryon, et d’évaluer l’impact d’injections in ovo dans ces fluides (vaccins/probiotiques) sur leur composition, et leur éventuelle répercussion sur le développement de l’embryon et la santé du futur poussin.

Effect of food restriction and fatty acid supplementation on metabolic parameters and plasma levels ofseveral adipokines in reproductive hens In livestock, reproductive hens are subjected to restricted diet to limit the decline of fertility associated with body mass changes. Thus, we have established an in vivo protocol of assessing the effect of different levels of restricted diet with or without polyunsaturated fatty acid supplementation (FAS) on metabolic parameters and plasma levels of adipokines (chemerin, visfatin, adiponectin) in reproductive hens. Our analysis indicates that hens fed with ad libitum diet (Ad, receiving an amount of feeding to achieve growth 1,7 times greater than the animals of the restricted diet) have a body weight, a percentage of fat, a surface of pectoral and “sot l’y laisse” muscles significantly (p, En élevage, les poules reproductrices sont soumises à une restriction alimentaire pour limiter la baisse de lafertilité, associée à des changements de masse corporelle. Ainsi, nous avons établi un protocole in vivo consistant à évaluer les effets de différents niveaux de restriction alimentaire associés ou non à une supplémentation en acide gras poly-insaturés (AGPI) sur les paramètres métaboliques et les concentrations plasmatiques des adipocytokines (chémérine, visfatine, adiponectine) chez la poule reproductrice. Nos analyses indiquent que les poules nourries avec un régime ad libitum (Ad, recevant une quantité d’aliment permettant une croissance 1,7 fois plus importante que celle des animaux du régime restreint) ont un poids corporel, un pourcentage de matière grasse, une surface de muscles pectoraux ainsi que de sot-l’y-laisse significativement (p

Réduction du taux protéique dans l’aliment finition chez le poulet de chair: Conséquences environnementales. 12.Journées de la recherche avicole et palmipèdes à foie gras

The small population sizes of French local breeds raise the question of their in- or ex-situ conservation. For thatgoal the characterization of their genetic diversity with molecular tools appears as a preliminary key step. 22local breeds along with 4 control widespread lines with an average of 60 individuals per breed were genotypedusing a 57K DNA SNP chip leading to a total sample made of 26 breeds and 1516 individuals. Within breedgenetic diversity was good but variable among them (mean F comprised between 3 and 28%), inbreedingcoefficients being related to the population sizes. Among breed diversity was large (Fst=0.25) allowing for aclear genetic identification of breeds. Relationships among breeds figured out their history (origin, breeders) orusage (broilers, layers...). Finally combining these genetic analyses with morphological data could help detectinggenomic region of interest in a selection perspective. To conclude, French local breeds appeared to be largelydiversified genetically and morphologically making them a good example of a successful management by bothbreeders and selection centers. Nevertheless much attention should be paid for their long term conservation.; Les faibles effectifs observés chez les races traditionnelles, locales et/ou anciennes posent la question de leurconservation in- ou ex-situ. La caractérisation de leur diversité génétique est un des déterminants essentiels deleur maintien et les analyses moléculaires s’avèrent être l’outil idéal pour cela. 22 races locales de poules ontdonc été génotypées à raison de 60 individus par population en moyenne avec une puce à ADN haute densité(57K). 4 lignées commerciales témoin ont également été intégrées, soit un total de 26 populations et 1516individus. La diversité intra-race est bonne, avec un niveau de consanguinité correct mais variable entre races (Fmoyen compris entre 3 et 28%), le niveau de consanguinité d’une race étant logiquement lié avec ses effectifs. Ilexiste également une grande diversité entre races (Fst=0.25), qui se différencient bien les unes des autres. Deplus, les relations observées entre races sont cohérentes avec leurs histoires. La structuration génétiques’explique ensuite principalement par la conduite des élevages. L’usage des races (pondeuses, de chair,commerciales) affecte aussi leur structure génétique. Finalement, ces analyses, combinées à la descriptionmorphologique des races, pourraient permettre de détecter des zones du génome d’intérêt pour la sélection. Enconclusion, les races locales françaises de poules présentent une grande diversité génétique, avec des spécificités,permettant de les distinguer très clairement les unes des autres. De plus leur gestion semble bien menée par leséleveurs et centres de sélection avec le maintien d’une diversité intra et inter-population relativement importante.

Émergence de nouveaux problèmes de qualité de la viande de filet chez le poulet de chair : quelles sont les connaissances actuelles et les perspectives de progrès ?. 12. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras

Several muscular defaults are observed in poultry production. They affect fillets without being visible beforeanimal’s slaughter and can touch batches having good zootechnical performances. These defaults can have forconsequence a withdrawal of fillets intended for sale or transformation. The main defaults of filets are whitestriping, wooden breast, "spaghettis" filets and Oregon disease. Brochures were realised with three levels ofgravity of each of these defaults to allow operators to identify them. Brochures were realised and validated by allthe industrial partners as well as by professional consortium. This characterisation was a prerequisite in the studyof these defects in the French slaughterhouses, which includes evaluation of their prevalence and identificationof breeding and slaughtering factors involved in emergence of these defaults.; Différents défauts de carcasses sont observés depuis 5-6 ans dans la filière de production de volailles de chair. Ilsatteignent les filets sans être visibles avant l’abattage des animaux et peuvent toucher des lots ayant de bonnesperformances zootechniques à l’élevage. Ils impactent l’aval de la filière (découpe, transformation) car ilspeuvent avoir pour conséquence un retrait des filets destinés à la vente (défauts visuels) ou transformation. Cesdéfauts étant émergents dans les abattoirs en France, il est apparu nécessaire dans un premier temps de mieux lescaractériser afin de pouvoir dans une étude ultérieure étudier les facteurs impliqués dans leur déterminisme. Lesprincipaux défauts de filets rencontrés sont : le « white striping », défini par la présence de stries blanches sur lefilet ; le « wooden breast » défini par la présence de zones présentant une texture plus dure, au niveau du filet ;les filets « spaghettis » définis par une déstructuration importante des fibres musculaires qui se détachent lesunes des autres en filaments et les aiguillettes vertes ou « Oregon disease » définies par une coloration verte desaiguillettes liée à une nécrose des fibres musculaires et au catabolisme de l’hémoglobine. Des supports visuelsont été réalisés avec 3 niveaux de gravité de chacun de ces défauts afin de permettre aux opérateurs de bien lesidentifier. Des plaquettes de caractérisation ont été réalisées et validées par l’ensemble des partenaires industrielsainsi que par les interprofessions. Ces plaquettes ont servi de support de formation pour les opérateurs afin deleur permettre de bien identifier ces défauts sur les carcasses de volailles. Cette caractérisation était un préalableà l’étude de ces défauts dans les abattoirs français qui comprend l’évaluation de leur prévalence sur les lots depoulets de chair et l’identification des facteurs d’élevage et d’abattage impliqués dans l’apparition de ces défauts.

Les oligo-éléments : du « feed » au « food » et de l’ajustement des apports chez les volailles à la valorisation des produits en alimentation humaine. . 12.Journées de la recherche avicole et palmipèdes à foie gras

Alimentation maternelle et nutrition in ovo, de nouvelles stratégies alimentaires précoces au service de la production avicole . 3. Journées de la Recherche Avicole

The protein requirements of mule duck for growth have been derive from protein requirements measured in theMuscovy duck. Recent studies, allowed to precise these requirements for mule female duck used for meatproduction. For male mule ducks used for fatty liver production, it is necessary to investigate proteinrequirements for the finishing period. Yet, the rearing period is longer (12 vs. 10 weeks for the female muleduck) and male ducks are feed restricted before the overfeeding period (8 to 12 weeks). The aim of the study wasto determine the dietary protein level allowing optimizing muscle development and feed conversion ratio (FCR).A total of 660 mule ducks were reared and distributed into 5 groups (6 pens per group). All ducks received thesame starting (0 to 3.5 weeks, 22.5% Crude Protein) and growing (3.5 to 8 weeks, 15% CP) diets except thecontrol group. During the finishing period (8 to 12 weeks), 4 protein levels were tested: 12, 14, 16 and 18%. Theratios essential amino acids/lysine, lysine/crude protein and metabolisable energy (2900 kcal/kg) were the samefor all experimental diets except the control group which was fed with diets now used by farmers (14.5% CP and2700 kcal ME/kg). The finishing diet providing 12% CP decreased growth performance (-5.79 g/day for AverageDaily Gain) and a lower breast muscle development by comparison with the other groups. The groups fed dietsproviding 16 and 18% CP had the lowest Food Conversion Ratio for the finishing period and highest weight offatty liver. This trial realized under experimental conditions must be validated under farming conditions toconfirm the recommendation of 16% CP in finishing diet.; Les besoins en protéines du canard mulard étaient jusqu’alors basés sur ceux du canard de Barbarie. Des études récentes ont déjà permis de préciser ces éléments pour la canette mulard à rôtir. Des données nécessitent d’être obtenues pour le canard mulard à foie gras. En effet, la durée d’élevage plus longue (12 vs. 10 semaines pour la canette mulard) et la pratique d’un rationnement alimentaire avant la mise en gavage (8 à 12 semaines) sont des éléments à prendre en compte pour ajuster l’estimation des besoins en protéines du canard mulard. L’objectif de l’étude est de déterminer le niveau protéique en phase de finition permettant d’optimiser le développement musculaire et l’Indice de Consommation (IC). Au total, 660 canards mulards ont été élevés, répartis en 5 traitements répétés 6 fois chacun. A l’exception du lot témoin, tous les canards ont consommé le même aliment démarrage (0 à 3,5 semaines, 22,5% Protéines Brutes) et le même aliment croissance (3,5 à 8 semaines, 15% PB). En phase de finition (8 à 12 semaines), 4 niveaux de protéines ont été testés : 12, 14, 16 et 18%. Les ratios acides aminés indispensables/lysine, lysine/protéines ainsi que les niveaux d’énergie (2900 kcal EM/kg) étaient identiques pour tous les régimes expérimentaux sauf pour le lot témoin, conduit avec un programme alimentaire utilisé actuellement par les éleveurs durant toute la période d’élevage (14,5% PB et 2700 EM kcal/kg en finition). En comparaison avec les autres lots, celui à 12% de protéines présente des performances de croissance dégradées (Gain Moyen Quotidien dégradé de 5,79 g/jour) et un développement moindre des muscles pectoraux. Les lots à 16 et 18% de protéines présentent les meilleurs IC en période de finition et les poids de foie gras les plus élevés. Cet essai, conduit en conditions expérimentales devra être validé en conditions terrain pour confirmer la recommandation d’un taux de 16% de PB dans l’aliment finition.

Modeling a selection scheme enables to vary its parameters and to compare different organizations through thepredicted genetic gains. This is a useful tool for professionals. The deterministic modeling consists in estimatingthe breeder true breeding value expectation after a selection process based on estimated breeding values and onthe different parameters describing the population and the selection process. This model is based on a layerchicken selection scheme with a breeding goal composed of numerous traits. This is a two steps model thatcombines an individual selection process and a familial one. Within selected families, candidates from the goodfamilies are undergoing a mass selection whereas candidates from medium families are undergoing a withinfamily selection of a fixed number of candidates. The variability of the parameters composing the model enablesto compare a large diversity of scenarios. To illustrate the usefulness of this model, we compared differentscenarios varying for the familial selection rate: its increase leads to an increase of the predicted genetic gainuntil it reaches a plateau. An example of comparison between genetic and genomic models is also given in thisarticle, as this model can be used as a basis to explore all the possibilities brought by genomic selection., Modéliser un schéma de sélection permet d’en faire varier les paramètres qui décrivent son organisation et deprédire les gains génétiques attendus afin de comparer différentes organisations. C’est un outil d’aide à ladécision très utile pour la profession. La modélisation déterministe consiste à estimer les espérances des valeursgénétiques de cohortes de reproducteurs en s’appuyant sur les valeurs génétiques estimées utilisées pour lasélection, sur les paramètres décrivant la population et le processus de sélection. Le modèle proposé se placedans le cadre d’un schéma de sélection de poules pondeuses avec un objectif incluant de nombreux caractères. Ilcombine, en deux étapes, un processus de sélection individuelle et un processus de sélection familiale, endistinguant les individus de bonnes familles qui subissent une sélection massale et ceux des famillesintermédiaires qui subissent une sélection intra-famille. L’utilité de ce modèle est illustrée par la comparaison dedifférents scénario variant par le taux de sélection familiale : son augmentation s’accompagne d’une hausse duprogrès génétique prédit jusqu’à atteindre un plateau. Ce modèle sert de base à une exploration en cours despossibilités apportées par la sélection génomique, dont un premier exemple comparant des modèles génétiques etgénomiques est donné en illustration dans cet article.

The aim of the current study was to describe the fate of ingested -hexabromocyclododecane ( -HBCD) in fastgrowing (FG) and slow-growing (SG) broilers, through an exposure to a dietary concentration of 40 ng -HBCDg-1 feed during 42 and 84 days, respectively. Depuration parameters were assessed in SG broilers successivelyexposed during 42 days and depurated during 42 days. At market age, SG broilers had ingested 42% more feedthan FG broilers for a feed efficiency 34% lower. At market age, the leg muscles of SG broilers contained almosttwice as much fat as those of FG broilers and their breast muscle about half as much. Irrespective of the strain,abdominal fat displayed the highest -HBCD concentration on a lipid weight basis, followed by leg muscles andthen breast muscle. The accumulation ratios of -HBCD were slightly higher in SG than in FG broilers (6.7 vs.5.2, 2.1 vs. 2.2, and 9.9 vs. 8.4 in leg muscles, breast muscle and abdominal fat, respectively). The eliminationhalf-lives in SG broilers were 20, 12 and 19 days in leg muscle, breast muscle and abdominal fat, respectively, towhich dilution through growth contributed for around 50%.; Le but de la présente étude était de décrire le devenir de l’ -hexabromocyclododécane ( -HBCD) ingéré dansles tissus des poulets de chair à croissance rapide (R) et à croissance lente (L), par exposition à un alimentcontenant 40 ng -HBCD/g pendant respectivement 42 et 84 jours. Les paramètres d’élimination ont été estiméschez les poulets L successivement exposés puis décontaminés pendant 42 jours. À la fin de l’expérimentation,les poulets L avaient ingéré plus d’aliment que les poulets R (+42%) pour une efficacité alimentaire réduite de34%. A l’âge commercial d’abattage, le poids de matière grasse (MG, g) dans les muscles des cuisses et pilonsétait presque deux fois plus élevé chez les poulets L que chez les poulets R, alors que leurs filets en contenaientenviron deux fois moins. Indépendamment de la souche, le gras abdominal était le tissu le plus concentré en -HBCD (ng/g MG), suivi des muscles de la cuisse et du pilon puis du filet. Les ratios d'accumulation de l’ -HBCD étaient légèrement plus élevés chez les poulets L que chez les poulets R (6,7 vs. 5,2 ; 2,1 vs. 2,2 et 9,9 vs.8,4 respectivement dans les muscles de la cuisse et du pilon, le filet et le gras abdominal). Les demi-viesd'élimination chez les poulets L dans ces tissus étaient respectivement de 20, 12 et 19 jours. La dilution par lacroissance contribuait pour environ 50% à cette diminution de la concentration en période de décontamination.

L’étude du microbiote intestinal, chez l’Homme puis chez les animaux modèles et maintenant d’élevage, a été révolutionnée par l’utilisation de technologies de séquençage d’ADN à haut débit qui a permis le développement des approches de métagénomique, c'est-à-dire l’étude de l’ensemble des génomes constituant le microbiote intestinal. Ces approches ont largement contribué à montrer à quel point le microbiote intestinal est important pour son hôte, dont il est en fait le symbionte, de par ses rôles non seulement dans la digestion d’aliments non digestibles par l’hôte mais plus généralement dans la régulation du métabolisme, la mise en place et la régulation de l’immunité, la résistance à la colonisation par des pathogènes ou le comportement via un effet sur le cerveau. Ces connaissances théoriques ont conduit à des applications diagnostiques et thérapeutiques chez l’Homme. On peut espérer de la même façon améliorer nombre de caractères d’intérêt chez la volaille, notamment santé, robustesse et efficacité digestive via l’analyse du microbiote et sa modulation par des leviers, dont certains (alimentation, probiotiques, prébiotiques) existent déjà et pourraient être améliorés. Cette revue explique ce qu’est la métagénomique, ce qu’elle apporte à la connaissance du microbiote intestinal et à quel type d’applications en élevage elle pourrait conduire, en prenant en compte ce symbionte longtemps ignoré et pourtant essentiel., Research on gut microbiota, in humans as well as in models and livestock species, has been revolutionized by the use of high throughput DNA sequencing technologies, which allowed the development of metagenomic approaches, defined as the study of all the microbial genomes constituting the intestinal microbiota. These approaches largely contributed to show to which extent the intestinal microbiota is essential to its host, with which it forms a symbiosis. It contributes to the digestion of food non digestible by host enzymes but also modulates the host metabolism, the maturation and regulation of immunity, resistance to colonization by enteric pathogens and even behavior through interactions with the brain. This theoretical knowledge is currently leading to therapeutic applications in human medicine. Similarly, we can hope to improve several traits of interest in poultry, based on the analysis or the modulation of the intestinal microbiota using a combination of tools, which for some of them are already developed (feed, probiotics, prebiotics) and could be improved. This review explains what is metagenomics, what it brings to the study of intestinal microbiota and presents on-farm applications that could emerge by taking into account this long-ignored but essential symbiont.

In rearing, ducks can express unwanted behaviours such as nervousness and feather pecking. Numerous studiesrealised with humans and rodent models showed a positive effect of long chain polyunsaturated fatty acids n-3(LC PUFA n-3) on the brain development and functioning. The aim of this trial was to test the possibility ofdecreasing the pecking behaviour of Muscovy duck in rearing by providing LC PUFA n-3 during embryonicand/or post hatch development of ducklings. The enrichment of eggs and thus embryos in LC PUFA n-3 wasrealized by feeding female ducks with a diet containing docosahexaenoic (DHA) and linolenic acids (microalgaeand linseed oil). A control group of female ducks was fed with a diet containing linoleic acid (soya oil). Afterhatching, starting and growing diets were also either enriched with DHA and linolenic acid, or with linoleic acid.Several behaviour tests were realized between 1 and 3 weeks of age to analyze the adaptation capacity ofducklings. The growth performance, time budget, social interactions, feathering kinetic and pecking behaviour,were regularly recorded during the rearing period of ducklings. We found no significant interaction between thetwo factors. Ducklings issued from female ducks fed a diet enriched with n-3 FA had higher body weight at D0,D28 and D56, lower feed conversion ratio for the growing period and lower reactivity to stress than ducklingsissued from female ducks fed a diet enriched with n-6 FA. The enrichment with LC PUFA n-3 of diet distributedto female ducks reduced the frequency and the gravity of feather pecking of offspring. Moreover, diets enrichedwith LC PUFA n-3 and distributed during the starting and growing periods had positive effects on bonemineralization of ducklings and FA composition of thigh muscles measured at 84 days of age., En élevage, les canards peuvent exprimer des comportements délétères tels que le nervosisme et le picage. De nombreux travaux conduits chez l’homme et des modèles rongeurs ont montré un effet positif des acides gras polyinsaturés n-3 à longue chaîne (AGPI n-3 LC) sur le développement et le fonctionnement du cerveau.L’objectif de cet essai est de tester la possibilité de diminuer le comportement de picage du canard de Barbarie en élevage en apportant des AGPI n-3 LC au cours du développement soit embryonnaire soit post-natal des canetons, en croisant ces deux facteurs. L’enrichissement des oeufs et donc des embryons en AGPI n-3 LC est réalisé en alimentant les canes avec un régime contenant les acides docosahexaénoique (DHA) et linolénique (microalgues et huile de lin). Un lot témoin de canes est alimenté avec un régime contenant de l’acide linoléique (huile de soja). Après éclosion, les aliments démarrage et croissance sont aussi soit enrichis avec du DHA et de l’acide linolénique, soit avec de l’acide linoléique. Plusieurs tests de comportement sont réalisés entre 1 et 3 semaines pour analyser la capacité d’adaptation des canetons. Les performances de croissance, le budget temps, les interactions sociales, la cinétique d’emplumement et le comportement de picage sont enregistrés régulièrement au cours de la période d’élevage des canetons. Aucune interaction entre les deux facteurs n’est observée. Les canetons issus des canes alimentées avec un régime enrichi en AG n-3 ont un poids vif supérieur à J0, J28 et J56, un indice de consommation, pour la période de croissance, inférieur et une moindre réactivité au stress. Ils présentent également une fréquence et une gravité du picage moindres. De plus, l’aliment enrichi en AGPI n-3 LC, distribué pendant les périodes de démarrage et de croissance, a un effet positif sur la minéralisation osseuse des canards et sur le profil en acides gras des muscles de la cuisse mesurés à 84 jours.

When dealing with small populations, which may be the case of local breeds or experimental lines, combiningimmediate genetic gain and preservation of genetic variability is a well-known issue, which requires relevantmethods. Using stochastic simulation, we compared various methods of selection and mating allocation in apopulation obtained from 15 sires, each mated with 3 dams. Each full-sib family consisted of 3 male and 3female offspring. Up to 30 successive selection cycles were simulated. Reference selection method consisted insorting the male and female candidates on the main objective, within sire and dam families respectively, aftertruncation on the ancillary objective. It actually led to an acceptable trade-off between genetic gain andinbreeding rate. Optimized methods, based on Simulated Annealing Algorithm, can be used both for theselection of breeding animals, in order to reduce their average co-ancestry, and on mating allocation, in order tominimize the expected inbreeding. They thus improved both genetic gain and genetic variability indicators,especially when the breeding objective included antagonist traits. The optimization of mating allocation did notsignificantly affect the inbreeding rate, but delayed the onset of inbreeding by four generations. Preventing themating of related females to the same sire did not significantly reduce the inbreeding rate. This avoidancepractice should nevertheless be perpetuated, lest a deficient sire would reduce the progeny of a complete damfamily to zero. Finally, results suggested that pedigree depth should exceed 10 generations to ascertain reliabilityof pedigree-based genetic variability indicators., Qu’il s’agisse de lignées commerciales, expérimentales ou de races locales, les populations à faibles effectifsdoivent concilier la recherche d’un progrès génétique (ou au moins du maintien des caractéristiques à un niveauacceptable) et la préservation de la variabilité. L’obtention d’un progrès immédiat sans hypothéquer les gainsfuturs est le propre de chaque démarche de sélection, mais est ici plus délicate et requiert des méthodes adaptées. Par simulation nous comparons différentes méthodes de choix des reproducteurs et de construction des plans d’accouplement, pour une population composée de 15 pères, chacun accouplé à 3 femelles, chaque couple produisant en moyenne 3 descendants de chaque sexe. Les générations sont successives et répétées jusqu’à 30 cycles de sélection. La méthode de référence pour les choix de reproducteurs consiste à trier les candidats intra famille, après une troncature arbitraire sur l’index secondaire visant à limiter sa dégradation. Elle permet d’assurer un compromis honorable entre le gain sur l’objectif de sélection et la pente d’augmentation de la consanguinité. Les méthodes optimisées, s’appuyant sur l’algorithme du recuit simulé et agissant sur le mode de sélection pour minimiser l’apparentement moyen et/ou sur la constitution des plans d’accouplements pourminimiser la consanguinité attendue, permettent d’améliorer les indicateurs du gain génétique et ceux de lavariabilité sur le moyen et le long terme, en particulier quand l’objectif de sélection fait intervenir des caractèresnégativement corrélés entre eux (l’évolution nulle du second caractère est alors explicite). L’optimisation desplans d’accouplement, sans modifier significativement le taux d’accroissement de la consanguinité, se traduitprincipalement par un retard, visible sur les graphes, dans le point d’apparition de la consanguinité. Par ailleurs,interdire l’accouplement d’un mâle à des femelles apparentées entre elles ne réduit pas significativement ce taux,même s’il contribue probablement à atténuer les conséquences des accidents d’élevage (par exemple mort ouinfertilité d’un mâle). La modélisation suggère que les informations données par le pedigree ne permettent destabiliser les indicateurs qu’en cumulant au moins 10 générations.

Réduction du taux protéique dans l’aliment finition chez le poulet de chair: Effets sur les performances zootechniques, les rendements et la qualité de la viande. 12.Journées de la recherche avicole et palmipèdes à foie gras

The ultimate pH (pHu) is a major determinant of the technological and sensory properties of chicken meat. Itseems also to be associated with the development of muscular defects such as White Striping or Wooden Breast.While a strong genetic component of this trait has been demonstrated, genes controlling pHu remain unknown.The aim of the present study was to look for candidate genomic regions by taking advantage of a unique resourcepopulation of two divergent lines selected for the breast meat ultimate pH from a commercial fast-growing line.Two complementary approaches were applied: detection of selection signatures at each of the first 5 generationsof selection (G1 to G5) and QTL mapping by genome-wide association study at the sixth generation (G6).Thanks to genotyping with the 57K Illumina SNP array of 288 sires from generations G0 to G5, we identifiedmore than one hundred selection signatures. They determined 63 candidate regions, among which some wereselected from the first generation and remained significant throughout the selection process. GWAS analysis of558 phenotyped and genotyped animals revealed 24 QTL regions for breast meat pHu and 10 QTL for thighmeat pHu. Our results indic, Le pH ultime (pHu) est un déterminant majeur des propriétés technologiques et sensorielles de la viande depoulet. Il semble également associé au développement de défauts musculaires tels que les striations blanches oule Wooden Breast. Alors qu’une forte composante génétique de ce caractère a été mise en évidence, les gènescontrôlant le pHu restent inconnus. L’objectif de notre étude était de rechercher des régions génomiquescandidates en exploitant un modèle unique de deux lignées divergentes sélectionnées pour le pH ultime du filet àpartir d’une souche commerciale à croissance rapide. Deux approches complémentaires ont été mises en oeuvre :la détection de signatures de sélection à chacune des 5 premières générations de sélection (G1 à G5) et ladétection de QTL à la sixième génération (G6). Le génotypage grâce à la puce SNP Illumina 57K de 288 pèresdes générations G0 à G5 a conduit à l’identification de plus d’une centaine de signatures de sélection. Ellesdéterminent 63 régions candidates dont quelques-unes sont sélectionnées dès la première génération puis tout aulong du processus de sélection. L’analyse GWAS de 558 animaux phénotypés et génotypés a mis en évidence 24régions QTL pour le pHu du filet et 10 pour le pHu de la cuisse. L’ensemble de ces résultats va dans le sens d’undéterminisme polygénique du pH ultime de la viande tout en révélant le rôle important de plusieurs régionscandidates.

National audience

Modélisation générique du devenir d’un retardateur de flammes bromé (α-HBCD) chez le poulet de chair et le porc. 12.Journées de la recherche avicole et palmipèdes à foie gras

To mitigate effects of stressful factors during the post-natal period in broiler chicks, we have tested the chickability to self-medicate when essential oils (EO) are provided. Chicks were either immediately placed in theexperimental rearing facility after hatching (group T), or submitted to a delayed period before their placement(group MEE-R) mimicking transport delay in commercial conditions. In experiment 1, half of them had onlyaccess to water and the other half to water and one EO (cardamom, marjoram or verbena) during the earlyrearing phase (13 days). In experiment 2, half of the chicks had only access to water and the other half wereoffered water and the 3 EO simultaneously.In experiment 1, the intake of the EO in groups MEE-R was higher than in groups T from D1 to D6 whatever theEO. The reduction of growth induced by the MEE-R was not mitigated by EO intake. In experiment 2, from D1to D6, the marjoram intake was the highest compared to the other EO in the groups T and MEE-R. Between D6and D12, cardamom EO tended to be less drunk in MEE-R groups than in groups T. EO intake did not allow toovercome the reduced growth in groups MEE-R, but tended to overcome the reduction of the relative percentageof Pectoralis major muscles. The EO intake did not reduce the prevalence of health disorder.In conclusion, chicks are able to make spontaneous choices for EO according to their post-natal experience.These choices had a few beneficial effects on their performances, but their health was not improved in thepresent experimental conditions., la capacité des poussins à s’automédiquer en leur mettant à disposition des huiles essentielles (HE). Pour mimer le stress du transport du couvoir en bâtiment d’élevage, des poussins ont été mis en élevage, soit directement après l’éclosion (lot T), soit exposés à une mise en élevage retardée de 24h (MEE-R).Dans l’expérience 1, la moitié des poussins avait accès uniquement à l’eau et l’autre moitié à l’eau et une HE (cardamome ou marjolaine à coquille ou verveine) pendant la phase de démarrage (13j). Dans l’expérience 2, la moitié des poussins avait accès uniquement à l’eau et l’autre moitié à l’eau et simultanément aux trois HE distribuées dans 3 biberons différents. Dans l’expérience 1, la consommation de chacune des HE dans les lots MEE-R était supérieure aux lots T de J1 à J6, quelle que soit l’HE. La réduction de la croissance des poussins induite par la MEE-R n’a pas été améliorée par la consommation des HE. Dans l’expérience 2, l’HE de marjolaine était la plus consommée de J1 à J6, quel que soit le lot. Entre J6 et J12, l’HE de cardamome tend à être moins consommée dans les lots MEE-R que dans les lots T. La consommation des HE n’a pas permis de pallier la réduction de croissance des poussins des lots MEE-R, mais a tendance à pallier la réduction du pourcentage relatif des muscles Pectoralis major. Elle n’a pas eu d’effet bénéfique sur la prévalence des troubles de santé des animaux. En conclusion, les poussins sont capables de faire des choix spontanés de consommation d’HE en fonction de leur expérience post-natale. Ces choix ont eu quelques effets bénéfiques sur les performances des poussins, mais aucun effet significatif sur leur santé dans les conditions de nos expérimentations.

It is possible to improve poultry adaptability to variations in ambient temperature by changing egg incubationconditions. Our goal is to improve broiler adaptation to cold environment and achieve a multi-level evaluation ofthe cold incubation technique in different subsequent starting conditions. In a first 21-day study in cages, weidentified the experimental conditions favouring robustness and hatchability without reducing performance. Theincubation conditions tested were a control incubation (IT at constant temperature), incubation with two briefexposures to 15°C at the end of incubation (IF1) or incubation with cyclic declines by 1°C from day 10 to 18 ofembryogenesis (IF2). Chickens were then exposed to standard rearing conditions control ET) or to day/nightvariations in room temperature (EFC cyclical cold rearing), or to continuously cooler ambient temperaturesrequiring adaptation (cold rearing EF). A 2nd experiment crossing incubations IT and IF1 and rearing conditionsET and EF was then conducted in floor pens until 40 days. In our conditions, the "cold" incubation techniquesdid not penalize hatchability of eggs. In cages, in females only, the IF2 incubation treatment degraded feedefficiency while IF1 did not alter growth. Our experiments suggest positive effects of cold incubation and coldrearing on performance in males but show negative interactions between both thermal treatments on a parameterof animal welfare and a meat quality defect. Postnatal cooler rearing could be interesting to limit environmentalimpact if litter moisture is well controlled through ventilation. This multicriterion analysis remains to becompleted to evaluate these perinatal techniques according to the three pillars of sustainability, includingeconomic, social and environmental impacts., Il est possible d’améliorer les capacités d’adaptation des volailles aux variations de température ambiante enmodifiant les conditions d’incubation des oeufs. Notre objectif est de rendre les poulets de chair plus adaptables à un environnement froid. Pour cela, nous avons testé les conséquences de différentes conditions d’incubation sur la croissance de poulets élevés au démarrage à différentes températures ambiantes (Exp. 1), puis nous avons sélectionné des conditions discriminantes pour réaliser une évaluation multicritère de la technique d’incubation au froid. Dans l’expérience 1 menée pendant 21 jours en cage, les conditions d’incubation testées sont une incubation témoin (IT, température constante), une incubation avec deux expositions brèves à 15°C en fin d’incubation (IF1) ou une incubation avec des diminutions cycliques de 1°C des jours 10 à 18 d’incubation (IF2). Les poulets sont ensuite exposés à des conditions d’élevage standard (témoin ET), soit à des températures ambiantes continûment plus fraîches nécessitant une adaptation (Elevage froid EF), soit à des variations jour/nuit de température ambiante (Elevage froid cyclique EFC). Les incubations IT et IF1 et les conditions d’élevage ET et EF sont été retenues pour l’exp.2 menée au sol jusqu’à 40 jours, entre autres car chez les femelles, le traitement d’incubation IF2 dégrade l’indice de consommation tandis que le traitement IF1 n’est pas défavorable pour la croissance. Nos expérimentations suggèrent des effets positifs de l’acclimatation embryonnaire au froid et de l’élevage au froid sur le poids à J40 mais elles mettent en évidence des interactions négatives sur l’occurrence des pododermatites et des stries blanches de la viande. Les conditions de froid postnatal pourraient être intéressantes pour limiter l’impact environnemental de l’élevage, mais nécessitent de contrôler l’humidité des litières et de ventilation du bâtiment. Cette étude multicritère doit maintenant être complétée pour réaliser l’évaluation de ces techniques d’élevage périnatales selon les 3 piliers de la durabilité, c’est-à-dire les piliers économique, social et environnemental.

Broilers genetically selected for their performance suffer from heat exposure at slaughter age (D35). In a contextof global warming, it is possible to enhance heat tolerance by heat acclimation during embryogenesis. Thetreatment consists in increasing cyclically the incubation temperature of the eggs during the embryonic days E7to E16. This heat acclimation modifies physiology, metabolism and gene expression in the long term. Thealteration of the early environment can impact gene expression by epigenetic modifications. Therefore the geneexpression variations observed at D35 could be linked to a modification of the epigenome induced by theembryonic treatment, which persists throughout development. Two post-translational modifications could beimplicated, the tri-methylation of lysine 27 on the histone H3 (H3K27me3) involved in epigenetic memory underan environmental stimulus and the tri-methylation of lysine 4 on the histone H3 (H3K4me3) linked to genetranscriptional activation. To study these marks we have adjusted the chromatin immunoprecipitation (ChIP)technique to the hypothalamus, which is the center of thermoregulation. ChIP was followed by high throughputsequencing to study without bias the differentially enriched regions between the controls and the heat acclimatedchicken. Preliminary sequencing results for the hypothalamus will be presented., Les poulets sélectionnés pour leurs performances de croissance sont sensibles aux variations de température. Le traitement d’acclimatation embryonnaire à la chaleur permet de rendre les animaux plus tolérants à la chaleur à l’âge d’abattage (J35). Ce traitement consiste à augmenter de façon cyclique la température d’incubation desoeufs entre les jours E7 et E16 de l’embryogenèse. Il modifie la physiologie, le métabolisme et l’expression desgènes à long terme. L’altération de l’environnement précoce peut avoir un impact à long terme sur l’expressiondes gènes notamment par le biais de modifications épigénétiques. Les modifications d’expression de gènesobservées chez les poulets à J35 pourraient être dues à une altération de l’épigénome induite par le traitementlors de l’embryogenèse et persistant au cours du développement. Nous étudions deux modifications posttraductionnelles des histones, la triméthylation de la lysine 27 sur l’histone H3 (H3K27me3) décrite commeayant un rôle dans la mémoire épigénétique sous l’influence de l’environnement et la triméthylation de la lysine4 sur l’histone H3 (H3K4me3) associée à des gènes transcriptionnellement actifs. Afin de caractériser cesmarques nous avons mis au point la technique d’immuno-précipitation de la chromatine (ChIP) pourl’hypothalamus, centre de la thermorégulation. Le ChIP a été suivi d’un séquençage haut débit afin dedéterminer sans a priori les régions différentiellement enrichies en ces deux marques entre les individus témoinset acclimatés. Les premiers résultats issus du séquençage sur l’hypothalamus seront présentés.

A second generation cross between broiler lines divergently selected on their digestive efficiency has been usedto study the relationships between the composition of cecal microbiota and digestive efficiency. The compositionof cecal microbiota (amount of Lactobacillus, L. salivarius, L. crispatus, C. coccoides, C. leptum and E. coli pergram of cecal content) has been determined on 144 animals with contrasted feed and digestive efficiency (poorefficiency group : FCR=2.02, AMEn=2936 kcal/kg DM ; high efficiency group : FCR=1.41 ; AMEn=3444kcal/kg DM ) at 3 weeks. At the phenotypic level, a multiple linear regression has been done to estimate whichpart of the variability of digestive efficiency was due to microbiota composition. At the genetic level, weestimated the heritability of the composition of microbiota and detected genomic regions controlling thecomposition of microbiota (QTL), using 3379 SNP markers. Poorly efficient animals had 1.66 moreLactobacillus, 2.88 times more L. salivarius and 2.56 times more E. coli than efficient animals. Multiple linearregressions indicated that the composition of microbiota explains 19 to 22% of variability of digestive efficiency.We also showed that there is a partial genetic control of the composition of microbiota in chickens. The ratios ofL. crispatus, C. leptum or C. coccoides to E. coli exhibited a significant heritability (0.16-0.24). Moreover, wealso detected 14 QTL controlling microbiota composition, mostly for C. leptum and Lactobacillus. These QTLregions co-localise with QTL for feed intake, feeding behaviour (length of meals), anatomy of digestive tract(weight and length of ileum) and immunity.; Un croisement de deuxième génération entre deux lignées divergentes de poulets de chair sélectionnés sur leurefficacité digestive a permis l’étude des relations entre composition du microbiote caecal et efficacité digestive.La composition du microbiote caecal (quantité de Lactobacillus, L. salivarius, L. crispatus, C. coccoides, C.leptum et E. coli par gramme de contenu caecal) a été déterminée sur 144 animaux présentant une efficacitéalimentaire et digestive faible (IC = 2.02, EMAn = 2936 kcal/kg MS) ou forte (IC = 1.41, EMAn = 3444 kcal/kgMS) à 3 semaines. Au niveau phénotypique, une régression linéaire multiple a été réalisée afin de déterminerquelle part de la variabilité de l’efficacité digestive était due à la composition du microbiote. Au niveaugénétique, nous avons estimé l’héritabilité de la composition du microbiote et détecté les zones du génome dupoulet contrôlant la composition du microbiote (QTL) à partir de 3379 marqueurs SNP. Les animaux peuefficaces présentent 1.66 fois plus de plus de Lactobacillus, 2.88 fois plus de L. salivarius et 2.56 fois plus d’E.coli que les animaux efficaces. Des régressions linéaires multiples montrent que la composition du microbioteexplique 19 à 22% de la variabilité de l’efficacité digestive. Nous avons également déterminé qu’il existait chezle poulet un contrôle génétique partiel de la composition du microbiote. En effet, les ratios entre L. crispatus, C.leptum ou C. coccoides et E. coli présentent une héritabilité significative (0.16-0.24). Par ailleurs, nous avonségalement détecté 14 QTL contrôlant la composition du microbiote, impliquant essentiellement C. leptum etLactobacillus. Ces zones QTL co-localisent avec des QTL de consommation et de comportement alimentaire(durée des repas), d’anatomie du tube digestif (poids et longueur de l’iléon) et de l’immunité.

Organisateur de la Journée "Volailles d'hier et d'aujourd'hui" dont le programme est en PJ. L'ensemble des vidéos est en ligne en suivant le lien ci-dessous :https://www.youtube.com/watch?v=mdCuBlVLmkU&list=PLkSAwo_Pgz6e-hxKsPlSlyPmZdxIfw8Tyet le programme à l'adressehttp://alimentation.univ-tours.fr/journee-d-etude-volailles-d-hier-et-d-aujourd-hui--565063.kjsp?RH=1345710910980; Diversité des produits et des modes de production de volailles de chair. Quels enjeux pour la recherche ?. Journée "Volailles d'hier et d'aujourd'hui"

Multiobjective formulation (MOF) of feed is based on the use of an economic indicator (feed price) andenvironmental indicators (LCA impacts) simultaneously in a single objective function to minimize. Such amethod allows the simultaneous decrease of several environmental impacts associated to the production ofpoultry feed, with a limited impact on feed cost. In order to conclude on the final benefits of this method,economic and environmental consequences at product scale should be studied. 120 broiler diets were formulatedusing MOF. Economic and environmental consequences of these diets were then assessed for one ton of liveweight at farm gate using a production cost simulator and Life Cycle Analysis, respectively. Results confirm thatfeed production is the main contributor to several environmental impacts (phosphorus consumption, 97%; landoccupation, 87%; climate change, 80%; energy use, 75%; eutrophication, 63%) and production cost of livebroiler (52%). When animal performance is not modified by nutritional characteristics of feed, the economic andenvironmental optimum identified at feed scale during MOF is the same at product scale. Moreover, the decreaseof environmental impacts at product scale is directly proportional to the decrease at feed scale using MOF (theproportionality coefficient being the contribution of feed to the total impact). MOF of feed is thus a relevantmethod to reduce environmental impact of poultry production.; La formulation multiobjectif (FMO) permet de formuler des aliments en minimisant une fonction objectifincluant le prix de l’aliment et des impacts environnementaux de l’aliment. Ainsi, il devient possible de réduireconjointement plusieurs impacts environnementaux associés à la production d’aliments pour volaille, avec unimpact modéré sur le prix de l’aliment. Cependant, pour pouvoir conclure sur les bénéfices finaux de cetteapproche, les conséquences sur les performances économiques et environnementales du produit final doivent être évaluées. Un total de 120 aliments moyens pour poulet de chair, a ainsi été formulé à l’aide de la FMO. Les conséquences environnementales et économiques de ces aliments ont ensuite été évaluées à l’échelle de la tonne de poulet de chair vif, à l’aide respectivement de la méthode d’Analyse du Cycle de Vie et d’un calculateur du coût de production. Les résultats confirment la contribution majoritaire de la fabrication d’aliment pour la plupart des impacts environnementaux (consommation de phosphore, 97% ; occupation des terres, 87% ; changement climatique, 80% ; consommation d’énergie, 75% ; eutrophisation : 63%) et pour le coût deproduction du poulet vif (52%). Lorsque les performances des animaux ne sont pas modifiées (i.e. pas demodification des caractéristiques nutritionnelles de l’aliment), l’optimum économique et environnementalidentifié à l’échelle de l’aliment lors de la FMO est le même à l’échelle du produit final. La réduction desimpacts environnementaux à l’échelle du produit est par ailleurs directement proportionnelle à celle permise par la FMO des aliments (le coefficient de proportionnalité étant égal à la contribution de l’aliment à l’impact final). Ainsi, la FMO des aliments est une approche pertinente pour réduire les impacts environnementaux de la production avicole.

Vers un modèle générique et dynamique de la digestion et du transit chez le porc et le poulet en croissance. Journée Atmosphase

Environmental implications of reducing dietary crude protein in broilers. XXXI Jornadas Téchnicas de Indukern

Améliorer la durabilité des systèmes d’élevage nécessite à la fois de maintenir voire renforcer leur rentabilité, tout en préservant l’environnement et en répondant aux attentes de la société, notamment en termes de bien-être animal et d’acceptabilité des pratiques d’élevage. La production de volailles en régions chaudes (Brésil, Asie, Afrique…) s’est accrue ces dernières années, et les génotypes de poulets de chair utilisés y sont souvent les mêmes qu’en zone tempérée. Dans ces régions comme en Europe surviennent de plus en plus fréquemment des conditions climatiques extrêmes. Or les oiseaux d’élevage à croissance rapide sont particulièrement sensibles aux variations de températures, notamment au froid lors des premiers jours de vie du poussin et à la chaleur en fin d’élevage. Dans ce contexte, notre objectif est d’améliorer les capacités d’adaptation des poulets de chair face aux variations de leur environnement thermique pour améliorer leur bien-être, leur santé et leurs performances. Ce renforcement des capacités d’adaptation pourrait également limiter la consommation d’énergie non-renouvelable pour la régulation thermique des bâtiments (chauffage, ventilation, climatisation…), et donc réduire la contribution des élevages au changement climatique. Notre stratégie pour améliorer les capacités d’adaptation des volailles aux variations de température ambiante est de les exposer pendant l’embryogenèse à des changements de température et d’hygrométrie d’incubation spécifiques. Au cours du projet ANR THERMOCHICK (2009-2013), nous avons étudié les effets à long terme de variations de température d’incubation des oeufs sur la physiologie et le métabolisme du poulet pour comprendre les mécanismes mis en jeu dans l’acclimatation précoce du poulet de chair. Nos recherches visent également à explorer les mécanismes épigénétiques impliqués dans les modifications d’expression de gènes observées suite à l’acclimatation embryonnaire chez le poulet et la caille. Enfin, pour évaluer le potentiel d’application des techniques d’acclimatation embryonnaire au chaud et au froid, des évaluations multicritères sont réalisées en condition d’élevage tempérées ou tropicales avec nos partenaires de l’Unité Mixte Technologique « Biologie et Innovation en Recherches et Développement pour l’aviculture - Aviculture, Système et Territoire » (UMT BIRD) et du Centre d’Excellence Régional en Sciences Aviaires (CERSA, Université de Lomé) au Togo.

International audience; We assessed whether the ratio of dietary n-6/n-3 polyunsaturated fatty acids (PUFA) during egg formation engenders transgenerational maternal effects in domestic chicks. We analyzed yolk lipid and hormone concentrations, and HPA-axis activity in hens fed a control diet (high n-6/n-3 ratio) or a diet enriched in n-3 PUFAs (low n-6/n-3 ratio) for 6 consecutive weeks. Their chicks were tested for neophobia during the first week of life. We found higher corticosterone metabolites in droppings of hens fed the diet enriched in n-3 and significantly higher concentrations of yolk progesterone, androstenedione, and estradiol in their eggs compared to controls. Chicks of hens fed the n-3 enriched diet showed a lower body mass at hatch than controls and expressed higher neophobia when exposed to a novel object. These results add support to the hypothesis that the nutritional state of female birds produces variation in yolk hormone levels and engender maternal effects.

Hexabromocyclododecane (HBCD) is a brominated flame retardant used into materials such as polystyrenes. Its presence in some animal origin food samples may contribute to human exposure to this endocrine disruptor. A total of 56 barrows (LWxLd) Piétrain (27.7 kg) were individually given, for total fattening or only growing period, feeds containing 32 or 297 μg α-HBCD per kg or controls. Serial slaughtering of 3 pigs per exposed or decontaminated group was performed at days 19, 49, 70, 91, and 112 to get the liver and backfat and semimembranosus muscle samples. Performance was not affected by α-HBCD exposure. With the 297 μg/kg diet, α -HBCD concentration in the muscle quickly increased up to 116 ng/g lipid at day 49. It declined down to 31 ng/g after 63 d of depuration, partly because of the body weight gain. HBCD concentration was higher in the adipose tissue than in the muscle and was lower in the liver. A Physiologically Based Pharmacokinetic (PBPK) modelling combining mechanistic - physiological and pharmacokinetic approaches was undertaken using the Vensim®software. The model represented different compartments : liver, ham and loin muscles, subcutaneous adipose tissue, all irrigated by plasma, and was calibrated to determine the contaminant transfer to the tissues. Model predictions were validated by experimental data. This generic model may be used to simulate animal exposure scenario. It is concluded that HBCD accumulation in pig tissues is possible, justifying a monitoring of exposure sources.; L’hexabromocyclododécane (HBCD) est un retardateur de flamme bromé incorporé dans des matériaux tels que les polystyrènes. Sa présence dans certains échantillons de denrées alimentaires d’origine animale pourrait contribuer à une exposition humaine à ce perturbateur endocrinien. Un total de 56 porcs mâles castrés (LWxLd) Piétrain (27,7 kg) ont reçu individuellement des aliments témoin ou contenant 32 ou 297μg d’ - HBCD par kg pendant l’engraissement ou uniquement la période de croissance. Des abattages séquentiels de trois porcs par groupe en exposition ou élimination ont été effectués après 19, 49, 70, 91, et 112 j afin de prélever le foie et des échantillons de gras dorsal et de muscle semi-membraneux. Les performances ne sont pas affectées par l’exposition. Avec l’aliment contenant 297 μg/kg d’ - HBCD, la concentration dans le muscle augmente rapidement pour atteindre 116 ng d’ - HBCD /g de lipides après 49 j. Elle est de 31 ng/g après 63 j d’élimination, en partie en raison de l’accroissement du poids corporel. Les concentrations dans le foie sont inférieures alors que celles dans le tissu adipeux sont supérieures à celles du muscle. Un modèle de type PBPK, combinant des approches de physiologie mécanistique et de pharmacocinétique basée sur la circulation sanguine, a été paramétré parallèlement avec le logiciel Vensim®. Les compartiments représentés : foie, muscles du jambon et de la longe, tissu adipeux sous - cutané, tous irrigués par le plasma, permettent d’étudier le transfert du contaminant vers les tissus. Les prédictions du modèle sont validées par les données expérimentales et permettront la simulation de scénarios d’exposition des animaux. Il est conclu que l’accumulation d’HBCD dans les tissus porcins apparaît possible, justifiant une surveillance des sources d’exposition.

A comparison of PCA, ICA and common components analysis applied to volatolomic data. Chimiométrie XVIII 2017

National audience; We analysed three case-study of European territories with highly dense animal production, and with different diversity of animal farming systems, sensitivity of their ecosystem, and strategies for manure management: i) Brittany, a mixed-farming territory with mixed-animal species, and highly sensitive ecosystems, ii) Germany a territory with intensive development of anaerobic digestion for the production of renewable energy and iii) Catalonia a territory with a recent and very fast development of pig production in a situation with limited agricultural land. These systems are characterized by high production levels per area and labor units, with an intensive use of external inputs, especially for animal feeding. In spite of significant progress, negative local environmental impacts, especially eutrophication and acidification, remains a critical point of these systems. Conversely, global impacts, such as the emission of greenhouse gases are low per production unit, because of the production type, mainly dairy and monogastric animals, and their high efficiency. They are even reduced for methane production. These systems are also facing socio-economic questioning in relation to highly fluctuating incomes of farmers, and animal welfare. Different levers for action specific of these high animal density territories are proposed to improve managing the tradeoffs between the different services they provide.; Dans cet article, nous analysons trois territoires à haute densité animale, différentiés par le contexte de production (densité et diversité des élevages), la sensibilité des milieux et les choix stratégiques et technologiques mis en oeuvre pour la gestion des effluents : i) la Bretagne, un territoire de polyculture-polyélevage avec une forte densité d'élevages et des zones particulièrement sensibles sur le plan environnemental, ii) l'Allemagne, avec la particularité d'un très fort développement de la méthanisation à des fins de production d'énergie renouvelable et iii) la Catalogne, un territoire marqué par un développement récent et très rapide de la production porcine dans un milieu où les surfaces agricoles disponibles pour l'épandage sont limitées. Ces systèmes se caractérisent par une production élevée par unité de surface et par unité de travail, à des coûts relativement bas, avec un recours important à des intrants, principalement pour l’alimentation des animaux. Malgré des progrès significatifs, les impacts environnementaux locaux, eutrophisation et acidification, constituent une limite importante dans ces systèmes. À l'inverse, les impacts globaux, comme l'émission de gaz à effet de serre sont faibles par unité de produit, compte tenu du type d'élevage et de l'intensité de production. Ils sont encore réduits avec la méthanisation. Ces systèmes font face à une remise en cause du modèle socio-économique dans lequel ils s’inscrivent avec des questions autour de la faible rémunération des éleveurs et du bien-être animal. Différents leviers d'action spécifiques à ces territoires à haute densité animale ont été identifiés pour mieux gérer les compromis entre les différents services.

Warning system approach for veterinary meat inspection in poultry slaughterhouses. XVII. European symposium on the quality of eggs and egg products. XXIII. European Symposium on the Quality of Poultry Meat

Effect of polyunsaturated fatty acids n-3 provided during embryonic development and starting and growing periods on pecking behaviour of Muscovy ducks. X. European Symposium on Poultry Welfare

Poultry Quality Evaluation. Quality Attributes and Consumer Values

A LC-ESI(−)-HRMS method dedicated to the analysis of 6 HBCDD enantiomers at trace levels in animal matrices was developed, using a cellulose based stationary phase with a particle size of 2.5 μm. This method was applied to a sample set derived from a kinetic study of α-HBCDD previously conducted in fast- and slow-growing chickens (Gallus gallus domesticus, n = 49, plus controls), in order to study the enantiomer specific accumulation and depuration of α-HBCDD in various tissues. Regarding abdominal adipose tissue, muscle and liver, the average enantiomeric fractions of α-HBCDD (EFα) for continuously exposed groups ranged between 0.434 and 0.467, with standard deviations below 0.014, showing a significant enrichment in (−)α enantiomer even accentuated for slow growing individuals during depuration with EFα reduced by about 0.020. Similar trends were observed for pooled plasma. Then, EFα of circulating plasma α-HBCDD appeared to closely reflect EFα in storage tissues and liver, suggesting some equilibrium. The racemic elimination of α enantiomer in excreta during the contamination phase indicated that no preferential gastrointestinal absorption took place. By contrast, preferential excretion of (−)α-HBCDD from the circulating compartment to the intestinal lumen occurred during the depuration. Finally, the method was applied to samples collected in three chicken farms, selected for total HBCDD levels in muscle in the ng/g range, as a tool to determine whether the contamination occurred ante- or post-mortem, according to the chiral signature. Ante-mortem contamination was hypothesised for 2 farms, with feed being excluded as contamination source.