Identification de régions génomiques candidates pour le pH ultime de la viande par détection de signatures de sélection et de QTL au sein de lignées divergentes de poulet de chair

The ultimate pH (pHu) is a major determinant of the technological and sensory properties of chicken meat. Itseems also to be associated with the development of muscular defects such as White Striping or Wooden Breast.While a strong genetic component of this trait has been demonstrated, genes controlling pHu remain unknown.The aim of the present study was to look for candidate genomic regions by taking advantage of a unique resourcepopulation of two divergent lines selected for the breast meat ultimate pH from a commercial fast-growing line.Two complementary approaches were applied: detection of selection signatures at each of the first 5 generationsof selection (G1 to G5) and QTL mapping by genome-wide association study at the sixth generation (G6).Thanks to genotyping with the 57K Illumina SNP array of 288 sires from generations G0 to G5, we identifiedmore than one hundred selection signatures. They determined 63 candidate regions, among which some wereselected from the first generation and remained significant throughout the selection process. GWAS analysis of558 phenotyped and genotyped animals revealed 24 QTL regions for breast meat pHu and 10 QTL for thighmeat pHu. Our results indic
Le pH ultime (pHu) est un déterminant majeur des propriétés technologiques et sensorielles de la viande depoulet. Il semble également associé au développement de défauts musculaires tels que les striations blanches oule Wooden Breast. Alors qu’une forte composante génétique de ce caractère a été mise en évidence, les gènescontrôlant le pHu restent inconnus. L’objectif de notre étude était de rechercher des régions génomiquescandidates en exploitant un modèle unique de deux lignées divergentes sélectionnées pour le pH ultime du filet àpartir d’une souche commerciale à croissance rapide. Deux approches complémentaires ont été mises en oeuvre :la détection de signatures de sélection à chacune des 5 premières générations de sélection (G1 à G5) et ladétection de QTL à la sixième génération (G6). Le génotypage grâce à la puce SNP Illumina 57K de 288 pèresdes générations G0 à G5 a conduit à l’identification de plus d’une centaine de signatures de sélection. Ellesdéterminent 63 régions candidates dont quelques-unes sont sélectionnées dès la première génération puis tout aulong du processus de sélection. L’analyse GWAS de 558 animaux phénotypés et génotypés a mis en évidence 24régions QTL pour le pHu du filet et 10 pour le pHu de la cuisse. L’ensemble de ces résultats va dans le sens d’undéterminisme polygénique du pH ultime de la viande tout en révélant le rôle important de plusieurs régionscandidates.