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International audience; We present here the most up to date information on the distribution of green frogs (genus Pelophylax) in their French Mediterranean range west of the Rhône river (departments of Pyrénées-Orientales, Aude, Hérault, Gard). For the perezi-grafi (PG) system, we also report the record known for the department of Ardèche in order to provide an exhaustive synthesis on the distribution of this system between the Rhône river and the former Midi-Pyrénées region. We have only retained records based on genetic or bioacoustics data, which are currently the only techniques allowing a reliable distinction between the Marsh Frog Pelophylax ridibundus and the PG system. The PG system represents almost all green frog populations between the Hérault River, the Spanish border, the upper Aude valley west of the Corbières and the Mediterranean side of the Montagne Noire (Minervois), where the Marsh Frog is very scarce. In contrast, from the Hérault valley eastward, the Marsh Frog is almost ubiquitous and the PG system persists only in coastal marshes or in a few isolates in Mediterranean garrigue landscape, some of which have disappeared during the study period (since 1996). We briefly discuss the implications of these results for the conservation of the PG system.; Nous présentons ici l’ensemble des connaissances disponibles sur la distribution des grenouilles vertes (genre Pelophylax) dans leur aire méditerranéenne française à l’ouest du Rhône (départements des Pyrénées-Orientales, de l’Aude, de l’Hérault, du Gard). Pour le système perezi-grafi (PG), nous donnons aussi les informations disponibles pour le département de l’Ardèche afin de fournir une synthèse exhaustive sur la distribution de ce système entre le fleuve Rhône et l’ex-région Midi-Pyrénées. Nous n’avons retenu que des données basées sur la génétique ou la bioacoustique qui sont les seules techniques permettant actuellement une séparation fiable des Grenouilles rieuses et des grenouilles du système PG. Le système PG représente la quasi-totalité des populations de grenouilles vertes entre le fleuve Hérault, la frontière espagnole, la haute vallée de l’Aude à l’ouest des Corbières et le versant méditerranéen de la montagne Noire (Minervois), où la Grenouille rieuse n’est présente que de manière localisée. A l’opposé, à partir de la vallée de l’Hérault en allant vers l’est, la Grenouille rieuse domine et le système PG persiste uniquement dans les marais littoraux ou dans quelques isolats en garrigue dont certains ont disparu durant la période d’étude (depuis 1996). Nous discutons brièvement les implications de ces résultats pour la conservation du système PG.

International audience; A new taxonomic checklist is established for the Amphibians and “Reptiles” of Tunisia. Inaddition to international zoological scientific names, a French scientific name is attributed to each taxon.The Tunisian herpetofauna presently contains seven species of Amphibians and 62 of “Reptiles”.; Une nouvelle liste taxinomique de référence est établie pour les Amphibiens et les « Reptiles » de la Tunisie. À côté du nom scientifique zoologique international, un nom scientifique français est joint à chaque taxon. L'herpétofaune tunisienne compte actuellement sept espèces d' Amphibiens et 62 de « Reptiles ».

Les lacs pyrénéens hébergent une biodiversité spécifique et cependant mal connue notamment en raison des conditions d’accès (marche d’approche et milieu aquatique). Des investigations étaient nécessaires pour que des programmes de conservation et/ou de gestion sur la faune et la flore des lacs puissent être envisagés sur la base d’une connaissance plus complète, robuste et partagée. Bien que situés en tête de bassin, les lacs de haute montagne restent soumis à différentes pressions anthropiques (hydroélectricité, pastoralisme, pollution atmosphérique, introduction de poissons…). Ils sont également particulièrement recherchés et fréquentés pour diverses activités touristiques, sportives ou de loisirs. L'activité halieutique est ainsi très présente sur la chaîne pyrénéenne. Les lacs de haute montagne, naturellement apiscicoles dans la grande majorité des cas, ont fait l'objet d'introductions de poissons (salmonidés, vairons) particulièrement depuis la fin du XIXe. Ces empoissonnements n'ont pas été sans conséquence sur le fonctionnement et la richesse de ces écosystèmes, devenant de nos jours l'une des pires menaces. Les lacs de haute montagne constituent aussi des milieux privilégiés pour mettre en place un réseau de suivi standardisé du changement climatique et de la biodiversité à l’échelle de la chaîne pyrénéenne. Trois années d’études partenariales autour d’un projet transfrontalier (programme Green : Gestion et mise en réseau des espaces naturels) ont permis de s’appuyer sur un réseau de 36 lacs dans 3 pays (Espagne, Andorre et France) sur lesquels ont été réalisés des inventaires standardisés. Ceux-ci ont porté sur la flore (plantes vasculaires, characées et bryophytes), la faune (mammifères semi-aquatiques, amphibiens, et certains groupes d’insectes) ainsi que des données environnementales (bathymétrie, qualité de l’eau, structure des berges…). Les inventaires ont donné lieu à la production d’une grande quantité de données naturalistes inédites. Ces données permettent d’esquisser des premières synthèses pyrénéennes et de dresser un état des lieux de la biodiversité lacustre des sites retenus. Elles permettront aux gestionnaires de faire des choix éclairés quant aux sites à restaurer ou conserver et donc de définir une stratégie spécifiquement dédiée à la gestion des lacs de haute montagne. A titre d’exemple, une action de désempoissonnement a été entreprise en 2019 en zone cœur du Parc national des Pyrénées en vue d’un retour à un état apiscicole des lacs d’Araillé. Une des ambitions de ce travail est de remettre la biodiversité des lacs de montagne au cœur des enjeux de conservation des espaces protégés, du réseau Natura 2000 et de la stratégie pyrénéenne de valorisation de la biodiversité. Pyrenean lakes are home to a specific yet poorly known biodiversity, particularly because of the access conditions (approach walk and aquatic environment). Investigations were necessary so that conservation and/or management programmes on the fauna and flora of the lakes could be envisaged on the basis of more complete, robust and shared knowledge. Although located at the head of the basin, high mountain lakes are still subject to various anthropogenic pressures (hydroelectricity, pastoralism, atmospheric pollution, fish introductions, etc.). They are also particularly visited and frequented for various tourist, sports and leisure activities. The fishing activity is thus very present in the Pyrenean chain. The mountain lakes, which are naturally fishless in the vast majority of cases, have been the subject of fish introductions (salmonids, minnows), especially since the end of the 19th century. These fish stocking operations have not been without consequences for the functioning and richness of these ecosystems, becoming nowadays one of the worst threats. High mountain lakes are also ideal environments for setting up a standardised monitoring network for climate change and biodiversity in the Pyrenees. Three years of partnership studies based on a cross-border project (POCTEFA Green project : Management and networking of natural spaces) have led to the establishment of a network of 36 lakes in three countries (Spain, Andorra and France) on which standardised inventories have been produced. These covered flora (vascular plants, characeae and bryophytes), fauna (semi-aquatic mammals, amphibians and certain groups of insects) and environmental data (bathymetry, water quality, littoral structure, etc.). The inventories have resulted in the production of a large quantity of unpublished naturalistic data. These data have enabled a Pyrenean syntheses with unpublished naturalistic data and an inventory of the lake biodiversity of the selected sites to be drawn up. They will enable managers to make informed choices about the sites to be restored or conserved and thus to define a strategy specifically dedicated to the management of high mountain lakes. As an example, a fish stocking action was undertaken in 2019 in the heart of the Pyrenees National Park with the aim of returning the Araille lakes to their natural fishless status. One of the ambitions of this work is to put the biodiversity of high mountain lakes back at the heart of the conservation issues of protected areas, the Natura 2000 network and the Pyrenean strategy for enhancing biodiversity.

International audience; The taxonomic checklist is established for the amphibians of French Guiana, a French overseasterritorial collectivity in South America. It considers the most recent publications on the herpetofauna ofthe region. In addition to international zoological scientific names, a French scientific name is attributed toeach taxon.; La liste taxinomique de référence est établie pour les Amphibiens de Guyane française, collectivité territoriale d' outre-mer en Amérique du Sud. Elle tient compte des publications les plus récentes sur l'herpétofaune de la région. À côté du nom scientifique zoologique international, un nom scientifique français est attribué à chaque taxon.

The health of mountain freshwater ecosystems, and the ecosystem services they provide, are threatened by global change impacts on mountain climate and hydrology. The disease chytridiomycosis, caused by the fungal pathogen Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), has been causing epidemics of amphibian populations globally, with hotspots of severe mortality events in mountain areas. Emerging disease in freshwater species, such as caused by fungal pathogens, is seen as evidence of profound alterations in freshwater ecosystem functioning and ecosystem integrity. Pathogens, their hosts, but also the host microbiome and the plankton community respond to changes in abiotic variables. Observed disease and its severity is the expression of these responses and the complex interactions between species. A better understanding of drivers of disease in these ecosystems is needed, not only for the conservation of mountain freshwater biodiversity and their health, but also to be able to prevent further degradation in ecosystem quality and consequent loss of important ecosystem services to human societies. In this thesis, the main abiotic variables, which can impact chytridiomycosis dynamics in mountains, are defined from the literature and discussed in a global change perspective. Further, Bd prevalence and disease dynamics in freshwater study sites along five elevation gradients in the Pyrenees mountains are analysed in their relationship to recent changes and variability in selected abiotic variables. Annual spring start timing (start of the annual growing season and activity of freshwater species such as amphibians, pathogens, plankton) and annual Bd prevalence in one highly infected Pyrenean study site were used to extrapolate infection risk to all study sites. The relationship between climate extremes and hydrology variables and this spring start related infection risk is tested. In addition, temperature conditions in the two months following annual spring start are characterized. As a result, both spring temperature, especially low average temperature, and hydroclimatic variables, which are pointing at snow drought conditions, are suggested as essential abiotic drivers in inter-annual chytridiomycosis dynamics in amphibians of the Pyrenees. In context of the predicted climate change effects on temperatures and water balance in the Pyrenees, these results may indicate increased future infection risk. The presented framework and analysis may help in a better understanding of chytridiomycosis disease observed in mountains with snow regimes, anticipate changes in infection risk in a future climate and may allow to develop improved models of infection risk, that are transferable to other areas or species. The increasing availability of environmental data at high temporal resolution and at global spatial extent offers the potential of studying abiotic drivers of disease, such as those discussed here, on the scale of one mountain range and between mountain ranges. In summary, this thesis suggests that abiotic variables in chytridiomycosis disease expression call for interdisciplinary research approaches. These will be crucial to inform on freshwater ecosystem integrity and help to formulate essential biodiversity variables with importance for mountain species under the impact of global change.; La santé des écosystèmes d'eau douce de montagne, et les services écosystémiques qu'ils fournissent, sont menacés par les impacts du changement global sur le climat et l'hydrologie des montagnes. La chytridiomycose, maladie causée par le champignon pathogène Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), a provoqué des épidémies dans les populations d'amphibiens du monde entier, avec des foyers de mortalité grave dans les zones de montagne. Les maladies émergentes chez les espèces d'eau douce, telles que celles causées par des pathogènes fongiques, sont considérées comme des preuves de profondes altérations du fonctionnement et de l'intégrité des écosystèmes d'eau douce. Les agents pathogènes, leurs hôtes, mais aussi le microbiome de l'hôte et la communauté planctonique réagissent aux changements des variables abiotiques. Les maladies observées et leur gravité sont l'expression de ces réponses et des interactions complexes entre les espèces. Une meilleure compréhension des moteurs de la maladie dans ces écosystèmes est nécessaire, non seulement pour la conservation de la biodiversité des eaux douces de montagne et de leur santé, mais aussi pour être en mesure de prévenir une nouvelle dégradation de la qualité des écosystèmes et la perte consécutive de services écosystémiques importants pour les sociétés humaines. Dans cette thèse, les principales variables abiotiques, qui peuvent avoir un impact sur la dynamique de la chytridiomycose en montagne, sont définies à partir de la littérature et discutées dans une perspective de changement global. En outre, la prévalence de Bd et la dynamique de la maladie dans les sites d'étude d'eau douce le long de cinq gradients d'altitude dans les Pyrénées sont analysées dans leur relation avec les changements récents et la variabilité des variables abiotiques sélectionnées. Le début du printemps annuel (ici, début de la période de croissance après le dégel du lac) et la prévalence annuelle de Bd dans un site d'étude pyrénéen fortement infecté ont été utilisés pour extrapoler le risque d'infection à tous les sites d'étude. La relation entre les extrêmes climatiques et les variables hydrologiques et ce risque d'infection lié au début du printemps est testée. En outre, les conditions de température dans les deux mois suivant le début du printemps annuel sont caractérisées. En conséquence, la température printanière, en particulier la température moyenne basse, et les variables hydroclimatiques, qui indiquent des conditions de sécheresse nivale, sont suggérées comme des facteurs abiotiques essentiels dans la dynamique interannuelle de la chytridiomycose chez les amphibiens des Pyrénées. Dans le contexte des effets prévus du changement climatique sur les températures et le bilan hydrique dans les Pyrénées, ces résultats peuvent indiquer une augmentation du risque d'infection à l'avenir. Le concept et l'analyse présentés peuvent aider à mieux comprendre la maladie de la chytridiomycose observée dans les montagnes avec des régimes de neige, anticiper les changements dans le risque d'infection dans un climat futur et permettre de développer des modèles améliorés du risque d'infection, qui sont transférables à d'autres zones ou espèces. La disponibilité croissante de données environnementales à haute résolution temporelle et à l'échelle spatiale mondiale offre la possibilité d'étudier les facteurs abiotiques de la maladie, tels que ceux discutés ici, à l'échelle d'une chaîne de montagne et entre les chaînes de montagne. En résumé, cette thèse suggère que les variables abiotiques dans l'expression de la maladie de la chytridiomycose nécessitent des approches de recherche interdisciplinaires. Celles-ci seront cruciales pour informer sur l'intégrité des écosystèmes d'eau douce et aider à formuler des variables essentielles de biodiversité ayant une importance pour les espèces de montagne sous l'impact du changement global.

This PhD work aimed to explore factors impacting the relationship between the environment, the host, the host microbiome and the pathogens, starting with the transition of the disease triangle to the disease pyramid and exploring the relationships of all these elements, based on field work data. We analyzed skin microbiome composition of tadpoles of three amphibian species (Alytes obstetricans, Rana temporaria and Bufo bufo) in a mountain range (the Pyrenees) and how the species A. obstetricans was additionally linked to the presence and disease status of the pathogenic fungus Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), responsible for the amphibian disease chytridiomycosis. The skin microbiome is an essential component of amphibians' health, considering its role in the amphibian immunity. I considered a combination of different factors, including: climatic variables (length of the growing season, number of consecutive dry days and simple precipitation index); lake characteristics (geographic coordinates, lake surface and altitude); anthropogenic proxies (tourism pressure, livestock presence and fish introduction); as well as several Bd variables (Bd-positive and negative populations, enzootic and epizootic populations, infected and uninfected individuals). I found that the presence and relative abundance of abundant bacterial taxa in the tadpole skin responded to both growing season length and simple precipitation index. Considering that Bd infection is more usually acquired at the tadpole stage, such impact could interfere in host susceptibility to Bd or even other pathogens. Tourism pressure and livestock did not impact bacterial taxa abundance. However, some bacterial taxa differed significantly in abundance between lakes with and without fish; these taxa were all more abundant in lakes with fish, indicating a dominance of a few taxa and potentially a less balanced microbiome. Lastly, amphibian species was also significant for shaping the bacterial community. To evaluate the interaction between the pathogen Bd and the skin microbiome of A. obstetricans, a species known to be susceptible to chytridiomycosis, I analyzed both bacterial and micro eukaryotic skin communities. I compared: uninfected vs. infected populations, enzootic (persistent) vs. epizootic (declining) populations, as well as (in infected populations) infected vs. uninfected individuals, for the whole microbiome and detected specific ASVs that were significantly different in abundance and frequency in the various communities. The bacterial community showed different alpha diversity patterns over time in enzootic, epizootic and uninfected lakes. Such variation suggests a selection process acting on the diversity of the skin bacterial community of tadpoles from epizootic populations, which may allow some individuals to survive and, potentially, form an endemic population. With my work, I could cover the different and complex interrelationships between host, host microbiome, environment and pathogen, and how alterations in one of these factors (or in a combination of them) can alter disease outcome and therefore, host health. The results found here are of great use for defining future conservation strategies against chytridiomycosis.; Ce travail de thèse vise à explorer les facteurs ayant un impact sur la relation entre l'environnement, l'hôte, le microbiome de l'hôte et les pathogènes, en commençant par la transition du triangle des maladies à la pyramide des maladies et en explorant les relations de tous ces éléments, sur la base de données issues de travaux de terrain. Nous avons analysé la composition du microbiome de la peau des têtards de trois espèces d'amphibiens (Alytes obstetricans, Rana temporaria et Bufo bufo) dans une chaîne de montagnes (les Pyrénées) et comment le microbiome d' A. obstetricans était liée à la présence du champignon pathogène Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), responsable de la chytridiomycose, une maladie des amphibiens. Le microbiome de la peau est une composante essentielle de la santé des amphibiens, compte tenu de son rôle dans l'immunité des amphibiens. J'ai considéré une combinaison de différents facteurs, y compris : les variables climatiques (durée de la saison de croissance, nombre de jours secs consécutifs et indice simple de précipitation), les caractéristiques du lac (coordonnées géographiques, surface du lac et altitude), les proxies anthropogéniques (pression touristique, présence de bétail et introduction de poissons), ainsi que plusieurs variables liées à Bd (population Bd-positive ou négative, population enzootique ou épizootique, individus infectés ou non infectés). J'ai constaté que la présence et l'abondance relative de taxons bactériens abondants dans la peau des têtards répondaient à la fois à la durée de la saison de croissance et à l'indice de précipitation simple. Considérant que l'infection par Bd est plus généralement acquise au stade de têtard, un tel impact pourrait interférer dans la sensibilité de l'hôte à Bd ou même à d'autres pathogènes. La pression touristique et le bétail n'ont pas eu d'impact sur l'abondance des taxons bactériens. Cependant, certains taxons bactériens différaient significativement en abondance entre les lacs avec et sans poissons ; ces taxons étaient tous plus abondants dans les lacs avec poissons, indiquant une dominance de quelques taxons et potentiellement un microbiome moins équilibré. Enfin, les espèces d'amphibiens ont également joué un rôle important dans le façonnement de la communauté bactérienne. Pour évaluer l'interaction entre l'agent pathogène Bd et le microbiome cutané d'A. obstetricans, une espèce connue pour être sensible à la chytridiomycose, j'ai analysé les communautés cutanées bactériennes et micro eucaryotes. J'ai comparé : les populations non infectées vs. Infectées, les populations enzootiques (persistantes) vs. Epizootiques (en déclin), ainsi que (dans les populations infectées) les individus infectés vs. Non infectés, pour l'ensemble du microbiome et j'ai détecté des ASV spécifiques dont l'abondance et la fréquence étaient significativement différentes dans les diverses communautés. La communauté bactérienne a montré différents patterns de diversité alpha au fil du temps dans les lacs enzootiques, épizootiques et non infectés. Une telle variation suggère un processus de sélection agissant sur la diversité de la communauté bactérienne cutanée des têtards issus de populations épizootiques, ce qui peut permettre à certains individus de survivre et, potentiellement, de former une population endémique. Avec mon travail, j'ai couvert les différentes interrelations complexes entre l'hôte, le microbiome de l'hôte, l'environnement et le pathogène, et comment les altérations d'un de ces facteurs (ou d'une combinaison d'entre eux) peuvent modifier l'issue de la maladie et donc, la santé de l'hôte. Les résultats trouvés ici sont d'une grande utilité pour définir les futures stratégies de conservation contre la chytridiomycose.

With more than six million square kilometers, Amazonia hosts the largest tract of lowland tropical rainforest in the world and a large portion of the global terrestrial diversity. However, the temporal and spatial origins of this diversity remain poorly understood and need to be better comprehended to identify the processes responsible for this tremendous diversification. Amphibians are a particularly adequate group for investigating patterns of biogeographical history within Amazonia because they extensively diversified within the region and present important disparities in habitat use and dispersal abilities across groups. We first investigated the historical biogeography of the terra-firme genus Allobates and identified western Amazonia as an important source of diversification between 14 and 10 million years ago (Mya). This spatio-temporal pattern was coinciding with the existence of the Pebas system, a mega-wetland system that occupied most of western Amazonia during this period, that was unsuitable for terra-firme species. The Pebas system discharge was likely followed by an extension of terra-firme forests that likely fostered Allobates diversification. Our results also suggested that western Amazonia rivers might have subsequently (after 10 Mya) promoted diversification, by acting as semi-permeable barriers allowing speciation by dispersal and isolation. Secondly, we investigated the biogeographical history of the Pristimantis conspicillatus group which, instead, presented a continuous diversification throughout Neogene. This group displays a striking spatial pattern of diversification with four ancient clades that have diversified concomitantly in distinct areas in Amazonia and the Atlantic Forest, with much fewer dispersal events between areas than in Allobates. These differences suggest that amphibian species display differences in dispersal abilities that can be related to their life history traits. Finally, we compared the biogeographic histories of six frog clades, including the two aforementioned ones, that share comparable crown ages and span the Amazonian frog diversity in terms of life history traits, taxonomy, habitat use and reproduction modes. We identified western Amazonia as the principal source of diversification for Amazonian amphibians, although it acted as such only after 10 Mya for the groups that have adapted to various types of habitats; and only between 10 and 5 Mya for the ecologically conservative groups. This suggest that species with lower habitat availability reach niche filling more rapidly than ecologically adaptive species, resulting in shorter diversification phases. Our results also suggest that riverine barrier effect seems to have affected solely conservative groups particularly when the river course is stable over time. While these results were obtained by considering only a fraction of Amazonian diversity, they provide interesting insights on the influence of niche conservatism upon Amazonian evolutive trajectories, which will hopefully foster further and more ample research in this direction.; Avec une surface de plus de six millions de kilomètres carrés, l'Amazonie abrite la plus grande forêt tropicale humide au monde, ainsi qu'une grande partie de la diversité terrestre. Cependant, les origines spatiales et temporelles de cette diversité demeurent mal comprises et nécessitent d'être plus étudiées pour identifier les causes de cette impressionnante diversification. Les amphibiens sont un groupe taxonomique particulièrement adapté à l'étude de la biogéographie historique en Amazonie car ils ont diversifié de manière importante dans la région et présentent d'importante variations d'utilisation de l'habitat ainsi que de capacités de dispersion entre groupes. Nous avons d'abord reconstruit l'histoire biogéographique du genre Allobates qui se rencontre principalement dans des forêts de terra-firme et pour lequel l'Amazonie de l'Ouest a joué un rôle important de source de diversification il y a entre 14 et 10 Millions d'années. Ce patron spatio-temporel coïncide avec une période marquée par la présence d'un système de méga-marécage qui recouvrait la plupart de l'Amazonie de l'Ouest il y a entre 23 et 10 Millions d'années. La décharge progressive de ce système marécageux a été suivie par une expansion des forêts de terra-firme en Amazonie de l'Ouest, une disponibilité en habitat favorable qui a probablement contribué à la diversification d'Allobates. Nos résultats suggèrent également que les rivières de l'Ouest Amazonien ont pu promouvoir la diversification au cours des 10 derniers Millions d'années en agissant comme une barrière semi-perméable à la dispersion, permettant la spéciation par dispersion suivie d'isolation géographique. Dans un second temps, nous avons reconstruit l'histoire biogéographique du groupe Pristimantis conspicillatus qui a diversifié de manière continue au cours du temps. Ce groupe présente un patron spatial de diversification particulier, avec quatre clades anciens ayant diversifié dans différentes aires simultanément, avec relativement peu d'évènements de dispersion comparé à Allobates. Ces importantes différences suggèrent que les espèces d'amphibiens ont des capacités de dispersion très variables qui sont probablement liées à leurs traits d'histoire de vie. Pour finir, nous avons comparé les histoires biogéographiques de six clades d'amphibiens partageant des temps d'origines comparables et qui sont représentatifs de la diversité Amazonienne en termes de taxonomie, de traits d'histoire de vie, d'utilisation de l'habitat et de type de reproduction. L'Amazonie de l'Ouest a été identifiée comme la principale source de diversification pour les amphibiens Amazonien, bien qu'elle ne se soit comportée comme tel qu'à partir d'il y a 10 Millions d'années pour les groupes présentant de l'adaptabilité dans la disponibilité de l'habitat ; et seulement entre il y a 10 et 5 Millions d'années pour les groupes conservatifs dans la disponibilité de l'habitat. Cela suggère que les groupes conservatifs dans la disponibilité de l'habitat remplissent la niche écologique plus rapidement que les espèces présentant de l'adaptativité, ce qui se traduit par des phases de diversification plus courtes. Nos résultats suggèrent également que les rivières agissent comme des barrières à la dispersion uniquement pour les groupes conservatifs dans l'utilisation de l'habitat. Nous tenons à souligner que ces résultats doivent être considérés avec prudence car ils ont été obtenus en étudiant une petite fraction de la diversité Amazonienne, ils apportent néanmoins de nouveaux éléments l'influence du conservatisme de niche sur les trajectoires évolutives en Amazonie, ce qui permettra peut-être d'inciter un plus grand effort de recherche sur cette thématique.

Intensive agriculture homogenizes landscape and reduces the proportion of natural habitats, thus altering wildlife ecology. In addition to landscape fragmentation, intensive agriculture is responsible for the release of chemicals into non-target environments, such as aquatic environments, which are particularly affected by this contamination. The transfer of these molecules to aquatic environments occurs though runoff or soil erosion. Pesticides can accumulate in large quantities in slow-flux habitats such as ponds and vernal-pools, potentially creating ecological traps for the species that inhabit them. Amphibians are sentinel species of their ecosystems and are particularly sensitive to agricultural chemicals, especially because of their particularly permeable skin. In addition, part of their complex (biphasic) life cycle takes place in lentic environments, which are likely to be highly contaminated. During my thesis, I studied the effects of agricultural activities on an amphibian species that is widespread in agricultural and forest environments, the spined toad (Bufo spinosus). To understand the consequences of agricultural activities on the ecology and physiology of this species, I studied the effects of habitat characteristics (structure and contamination) on different developmental stages (embryos, larvae, adults). To achieve these objectives, I used two methodological approaches: (i) a field approach to measure morphological and physiological differences of adult male populations in contrasting habitats; and, (ii) an experimental approach under controlled conditions to distinguish the effects of exposure period and concentration of different contaminants on key developmental phases of this species. The results indicate that male adult populations show different allometric relationships depending on the habitat (agricultural, intermediate or forest) and that these differences probably result from evolutionary mechanisms related to phenotypic plasticity. Indeed, preliminary population genetic analyses do not detect genetic divergence among the populations studied, suggesting that physical or chemical habitat characteristics result in different response norms among populations. The observed allometric relationships could be the result, at least in part, of developmental plasticity due to environmental contamination within breeding sites. Studies of exposure to two herbicides (a legacy contaminant metabolite and an emerging contaminant) over ontogeny in this species showed us that contamination results in variability in morphological (size and body proportion), physiological (oxidative stress) and behavioral responses that suggest that there may be endocrine disruption mechanisms operating at very low concentrations. In addition, contamination negatively influences fitness proxies in exposed individuals (size and mass at metamorphosis, survival) which could ultimately alter recruitment, reproduction and population sustainability of spined toads., L'agriculture intensive homogénéise le paysage et réduit la part des habitats naturels, altérant ainsi l'écologie de la faune sauvage. Outre cette fragmentation du paysage, l'agriculture intensive est responsable du rejet de produits phytosanitaires dans les milieux non-cibles, comme les milieux aquatiques particulièrement touchés par cette contamination. Les phénomènes de ruissellement ou d'érosion des sols transfèrent ces molécules vers les milieux aquatiques. Les pesticides peuvent s'accumuler en grande quantité́ dans les milieux à faible courant tels les étangs ou les mares, constituant potentiellement des pièges écologiques pour les espèces y habitant. Les amphibiens sont des espèces indicatrices de leurs écosystèmes et sont particulièrement sensibles aux intrants agricoles, notamment parce qu’ils sont caractérisés par une peau particulièrement perméable. En outre, une partie de leur cycle de vie complexe (bi-phasique) a lieu dans les environnements lentiques potentiellement soumis à la contamination. Pendant ma thèse, j’ai étudié les effets des activités agricoles sur une espèce d’amphibien répandue en milieu agricole et forestier, le crapaud épineux (Bufo spinosus). Pour comprendre les conséquences des activités agricoles sur l'écologie et la physiologie de cette espèce, j’ai étudié les effets des caractéristiques de l’habitat (structure et contamination) sur différents stades de développement (embryons, larves, adultes). Afin de remplir ces objectifs, j’ai utilisé deux approches méthodologiques : (i) une approche de terrain visant à mesurer les différences morphologiques et physiologiques de populations de mâles adultes selon des habitats constrastés ; puis, (ii) des expérimentations en conditions contrôlées afin de distinguer les effets de la phase d’exposition et de la concentration des différents contaminants sur les phases clefs du développement de cette espèce. Les résultats indiquent que les populations de mâles adultes montrent des relations allométriques différentes selon l’habitat (agricole, intermédiaire ou forestier) et que ces différences résultent probablement de processus liés à la plasticité phénotypique. En effet, les analyses préliminaires de génétique de population ne détectent pas de divergence génétique entre les populations étudiées ce qui suggère que les caractéristiques physiques ou chimiques de l’habitat entraînent des normes de réactions différentes chez les populations. Les relations allométriques observées pourraient être la résultante, au moins en partie, d’une plasticité développementale due à la contamination environnementale des sites de reproduction. Les études de l’exposition à deux herbicides (un métabolite de contaminant historique et un contaminant émergent) sur les phases de développement de cette espèce nous a montré que la contamination entraîne de la variabilité dans les réponses morphologiques (taille et proportion corporelle), physiologiques (stress oxydant) et comportementales qui suggèrent des mécanismes de perturbation endocrinienne opérants à très faible concentration. De plus, la contamination influence négativement des proxys de la fitness chez les individus exposés (taille et masse à la métamorphose, survie) ce qui pourrait à terme altérer le recrutement, la reproduction et la pérennité des populations de crapauds épineux.

International audience; During the 20th century, yellow-bellied toad (Bombina variegata) populations suffered from a strong decline in western Europe, especially in France. The causes of this decline are potentially multiple, including habitat loss and fragmentation, and climate change. To date, production forests host the largest yellow-bellied toad populations in France. Conservation of this species is thus tightly linked to forest management practices. During the last decade, intensification of forest harvesting led to the increasing systematic removal of ruts, the preferential breeding habitat of yellow-bellied toad in production forests. Enstonement of forest paths and timber storage areas, and the rapid filling of ruts after forest harvesting, are potential causes of decline for this species. Here, we synthetize the results of papers focusing on the impact of forest management practices on yellow-bellied toad population dynamics. We started our review paper with a comparative demographic analysis between populations from riverine habitat and production forest. After highlighting the demographic characteristics of forest populations, we documented the influence of path enstonement and road pavement on yellow-bellied toad dispersal. We also reported the effect of rut patch destruction on adult survival and long-term population viability. In the light of scientific evidences gathered in our synthesis, we concluded that these forest management practices pose a major threat for forest populations viability and persistence. We proposed a set of management practices aimed at better alignment of forestry activities and yellow-bellied toad conservation in French production forests.; Durant le 20ème siècle, les populations de Sonneurs à ventre jaune (Bombina variegata) ont subi un net déclin en Europe de l’Ouest, et en France tout particulièrement. Les causes de cette régression sont possiblement multiples, incluant la perte et la fragmentation d’habitat, ainsi que les changements climatiques. De nos jours, les forêts de production de bois abritent les plus grandes populations de Sonneurs à ventre jaune du territoire. La conservation de cette espèce apparait donc étroitement dépendante des pratiques de gestion forestière. Depuis une dizaine d’années, l’intensification de l’exploitation forestière favorise l’élimination de plus en plus systématique des ornières, lesquelles constituent l’habitat de reproduction préférentiel du Sonneur à ventre jaune en forêt de production. L’empierrement des chemins forestiers et des places de dépôt de bois, ainsi qu’une tendance au comblement rapide des ornières après l’exploitation des parcelles, constituent des causes potentielles de déclin pour cette espèce. Dans cet article, nous effectuons une synthèse des travaux s’intéressant aux impacts des pratiques de gestion forestière sur la dynamique des populations de Sonneurs à ventre jaune en France. Nous débutons par une analyse de démographie comparée entre les populations d’environnements rivulaires et celles de forêts de production. Après avoir mis en évidence les particularités démographiques des populations forestières, nous rapportons les effets de l’empierrement et du goudronnage des chemins forestiers sur la dispersion. Puis, nous documentons l’effet de la destruction des patchs d’ornières sur la survie des adultes et la viabilité à long terme des populations. Sur la base des faits scientifiques rassemblés dans cette synthèse, il résulte que ces pratiques de gestion font courir un risque majeur pour la viabilité des populations en forêt. Nousproposons une série de préconisations de gestion visant à assurer une meilleure adéquation entre les travaux forestiers et la conservation du Sonneur à ventre jaune dans les forêts de production françaises.

International audience; The alarming decline of amphibians in France: The documented example of Normandy. Amphibians are exposed to numerous pressures such as the disappearance and degradation of their terrestrial and aquatic habitats, the introduction of invasive species, diseases, and climate change, which lead to the disappearance or decline of populations. Many environmental assessments (e.g. European directives, red lists, etc.), or management practices in protected areas are based on the status of populations. In this context, a consortium (SHF, CPIE, ONF, RNF, CEFE) has developed protocols to assess trends in amphibian communities (or target species). Unlike the distribution atlas-type approaches already well developed in France, these new protocols (known as "POPAmphibien") are based on the site occupancy framework that model amphibian occurrence in aquatic sites, while correcting for the probability of species detection. This paper presents the results of the application of a POPAmphibien "community" protocol in Normandy, with the aim of describing the temporal trend of an amphibian community by carrying out three field surveys per year that considering the phenology of the different species. Between 2007 and 2018, 114 areas (sectors presenting several aquatic sites potentially colonised by amphibians) comprising 1255 aquatic sites were monitored using standardised methods. The trends for the 15 taxa monitored in Normandy show a decrease for nine of them (Alytes obstetricans, Bufo sp, Rana temporaria, Pelophylax kl. esculentus, Salamandra salamandra, Ichthyosaura alpestris, Triturus cristatus, Lissotriton helveticus and Lissotriton vulgaris), a stability for four species (Epidalea calamita, Pelophylax ridibundus, Hyla arborea and Triturus marmoratus) and an increase for two species (Rana dalmatina and Pelodytes punctatus). Habitat degradation, particularly in agricultural landscapes, and climate change (drying up of breeding sites) particularly affect species such as Salamandra salamandra and Rana temporaria. Management measures (over digging of ponds, protection of habitats) appear to be favourable to the populations of P. punctatus which are confined to dunes and coastal marshes under protection status. R. dalmatina is on the increase, particularly outside protected areas, probably due to its expansion northwards for at least fifteen yearsin connection with more favourable local climatic conditions and the presence of refuge micro-habitats. These are the first results obtained with this methodology, deployment on a national scale will enable increasing precise analyses of the factors influencing the dynamics of amphibian populations in France, including management practices.; Le déclin alarmant des amphibiens de France : L’exemple étayé de la Normandie. Lesamphibiens subissent de nombreuses pressions comme la disparition et la dégradation de leurs habitatsterrestres et aquatiques, l’introduction d’espèces, les maladies et le changement climatique qui entrainentla disparition ou la régression des populations. De nombreuses évaluations environnementales (e.g.directives européennes, listes rouges, etc.), ou des pratiques de gestion dans des espaces protégéss’appuient sur la connaissance du statut des populations. Dans ce contexte, un consortium (SHF, CPIE,ONF, RNF et CEFE) a développé des protocoles permettant d’évaluer les tendances des communautés (oud’espèces) d’amphibiens. Contrairement aux approches de type atlas de répartition déjà bien développéesen France, ces nouveaux protocoles (dits « POPAmphibien ») s’inscrivent dans le cadre des méthodesd’occupation dynamique de sites qui permettent de modéliser les tendances de l’occurrence dans les sitesaquatiques, tout en corrigeant par la probabilité de détection des espèces. Cet article présente les résultatsde l’application d’un protocole POPAmphibien « communauté » en Normandie, avec l’objectif de décrire latendance temporelle d’une communauté d’amphibiens en réalisant trois passages par an sur le terrain quitiennent compte la phénologie des différentes espèces. Entre 2007 et 2018, 114 aires (secteurs présentantplusieurs sites aquatiques potentiellement colonisés par les amphibiens) comportant 1 255 sites aquatiquesont été suivis avec des méthodes de prospection standardisées. Les tendances des 15 taxons suivis enNormandie montrent une diminution pour neuf d’entre eux (Alyte accoucheur Alytes obstetricans, Crapaudcommun/épineux Bufo sp, Grenouille rousse Rana temporaria, Grenouille verte Pelophylax kl. esculentus,Salamandre tachetée Salamandra salamandra, Triton alpestre Ichthyosaura alpestris, Triton crêté Trituruscristatus, Triton palmé Lissotriton helveticus et Triton ponctué Lissotriton vulgaris), une stabilité pour quatreespèces (Crapaud calamite Epidalea calamita, Grenouille rieuse Pelophylax ridibundus, Rainette verte Hylaarborea et Triton marbré Triturus marmoratus) et une augmentation pour deux espèces (Grenouille agileRana dalmatina et Pélodyte ponctué Pelodytes punctatus). La dégradation des habitats, notamment dansles paysages agricoles et les changements climatiques (assèchement des sites de reproduction) affectentparticulièrement les espèces comme la Salamandre tachetée Salamandra salamandra et la Grenouillerousse Rana temporaria. Les mesures de gestion (surcreusement des mares, protection des habitats)apparaissent favorables aux populations de Pélodyte ponctué P. punctatus cantonnées dans les dunes et lesmarais littoraux, qui sont la plupart du temps sous statut de protection. La Grenouille agile (R. dalmatina) esten progression, notamment en dehors des espaces protégés, probablement en relation avec son expansionvers le nord depuis au moins une quinzaine d’années en lien avec des conditions climatiques locales plusfavorables et la présence de micro-habitats refuges. Ces résultats sont les premiers obtenus avec cetteméthodologie dont le déploiement à l’échelle nationale permettra des analyses de plus en plus précises surles facteurs, dont les pratiques de gestion, influençant la dynamique des populations des amphibiens deFrance.

The taxonomic checklist is updated for the Amphibians and “Reptiles” of the French department of Guadeloupe, in the Lesser Antilles. It takes into account most recent publications. In addition to international zoological scientific names, we attributed a French scientific name to each taxon.; La liste taxinomique est actualisée pour les Amphibiens et les « Reptiles » de la Guadeloupe, département et région d'outre-mer dans les Petites Antilles. Elle tient compte des publications les plus récentes. À côté du nom scientifique zoologique international, nous attribuons un nom scientifique français à chaque taxon.

International audience; Les Objectifs de développement durable (ODD), en particulier Life of Land, visent à conserver la biodiversité pour un avenir durable pour tous. En effet, la biodiversité contribue à l’adaptation au changement climatique mais est impactée par cette pression. Pour relever ce défi, la conservation de la biodiversité nécessite davantage de connaissances à l’échelle locale. L’échelle régionale se trouve à un niveau de décision politique pertinent pour la mise en place d’actions de lutte contre le changement climatique et pour la préservation de la biodiversité. Le manque de connaissances au niveau régional a conduit au développement d’un programme de recherche « les sentinelles du climat » en région Nouvelle-Aquitaine (au sud-ouest de la France). Cet ouvrage présente une démarche innovante de recherche action en écologie du changement climatique en 3 étapes clés. La première étape appelée « Connaitre » est basée sur un réseau de suivi des effets sur la biodiversité locale à partir d’indicateurs. L’hypothèse de recherche est que les effets locaux peuvent être étudiés à partir d’indicateurs d’espèces de flore et de faune à capacité de déplacement limitée, appelées « sentinelles du climat ». Chaque indicateur est associé à un protocole de suivi scientifique normalisé à l’échelle locale. L’évolution des indicateurs est suivie pour chacun des écosystèmes et habitats étudiés suivants : 1) la flore et les végétations des milieux sec, humide, montagnard et forestier ; 2) les insectes : les lépidoptères des pelouses sèches, de landes humides et des pelouses de montagne, avec deux études spécifiques pour les espèces Phengaris alcon et Parnassius apollo ; les Leucorrhines et cortège d’odonates associé des lagunes des Landes de Gascogne ; Gomphocerus sibiricus et le cortège des orthoptères associé des prairies et pelouses de montagne des Pyrénées-Atlantiques ;3) les amphibiens : Hyla molleri des lagunes du triangle landais ; Hyla arborea des mares des landes et du bocage Picto-Limousin ; Rana pyrenaica des torrents de montagne ; 4) les reptiles : Timon lepidus des dunes grises du littoral aquitain ; Zootoca vivipara des landes humides et tourbières de Nouvelle-Aquitaine ; Iberolacerta bonnali et les lézards gris des affleurements et éboulis rocheux de montagne ; Vipera berus et les vipères des landes humides d’altitude ; 5) les mammifères : Marmota marmota des pelouses et rocailles pyrénéennes.La deuxième étape « Comprendre » est la standardisation des analyses de données pour relier le changement climatique aux données biologiques de ces espèces sentinelles du climat selon trois échelles d’étude : 1) macro-écologique : les données régionales des observatoires régionaux permettent d’accéder aux données de présence ; méso-écologique : sur des sites d’étude la mise en œuvre de protocoles de dénombrements complète en données d’abondance ; micro-écologique : les données de sondes biomimétiques et études en laboratoire permettent d’identifier la niche thermique et hydrique des espèces. Le changement climatique n’est pas le seul facteur. D’autres facteurs anthropiques sont également pris en compte via l’analyse du paysage selon des indices paysagers. Toutes ces données sont utilisées pour modéliser les réponses des espèces face au changement climatique selon les différents scénarios climatiques du GIEC jusqu’en 2100. En troisième étape « Agir », les connaissances permettent de proposer une première réflexion d’actions pour protéger et prévenir l’extinction des espèces et de promouvoir la conservation. L’objectif à terme est de développer un programme de surveillance décennal en Nouvelle-Aquitaine similaire à ce que font les climatologues, mais adapté à la biodiversité qui pourrait être mis à jour régulièrement et servir de système d’alerte, prédisant quelles zones seront les plus à risque et quand elles le deviendront, ce qui pourrait aider à cibler les efforts de conservation.

La pollution lumineuse est un phénomène d’origine anthropique associé au développement de l’urbanisation et des activités humaines qui ne cesse de s’étendre à travers le monde, impactant tous les écosystèmes terrestres et aquatiques. La pollution lumineuse est actuellement reconnue comme une pollution environnementale majeure menaçant la biodiversité. En effet, le niveau de lumière ambiante est l’un des facteurs majeurs qui régule de nombreux phénomènes biologiques. Toute altération des cycles naturels de la lumière va avoir un effet sur les mécanismes physiologiques ou comportementaux, et ainsi sur la fitness (valeur sélective) des individus. A plus long terme, la dynamique des populations pourrait être modifiée. Plusieurs études ont été menées afin d’évaluer les niveaux de pollution lumineuse à l’échelle planétaire ou sur certains écosystèmes terrestres ou marins. En revanche, les zones humides d’eaux douces, véritables réservoirs de la biodiversité, ont été très peu étudiées dans ce contexte de pollution lumineuse. Grâce à des capteurs de lumière autonomes « Jasondark » et des cartes de radiance satellites, nous avons réalisé une étude à la fois spatiale et temporelle sur une zone humide majeure, la Dombes, à proximité de la métropole lyonnaise. Nous avons ainsi montré que l’ensemble du territoire de la Dombes est soumis à la pollution lumineuse. La présence de nuages augmente considérablement les niveaux de pollution lumineuse et altère d’autant plus les patrons de variations de la luminosité naturelle. Pour les études sur la pollution lumineuse à visée écologique, il nous parait donc important de ne pas se baser uniquement sur les cartes de pollution lumineuse réalisée à partir des données satellites mais également de réaliser un suivi temporel des niveaux de luminosité nocturne au niveau du sol afin de préciser les risques. Par ailleurs, nous avons également choisi d’étudier un mécanisme physiologique altéré par la pollution lumineuse chez de nombreux taxons, la synthèse de la mélatonine. La mélatonine, sécrétée uniquement la nuit en l’absence de lumière, est l’un des principaux régulateurs des rythmes circadiens. Cette neurohormone régule également de nombreuses fonctions physiologiques telles que l’immunité, le stress oxydant et la reproduction. Les amphibiens appartiennent au 2ème groupe qui contient le plus grand nombre d’espèces nocturnes chez les vertébrés (93%), ce qui rend ce groupe potentiellement très vulnérable à la pollution lumineuse. Nous avons étudié l’expression des 2 enzymes majeures impliquées dans la voie de synthèse de la mélatonine, AANAT et ASMT, ainsi que ces 3 récepteurs chez les têtards de 2 espèces, R. dalmatina et B. bufo, sur 24h. Le groupe exposé à la pollution lumineuse était soumis à une lumière nocturne de 5 lux pendant 23 jours. La rythmicité de l’expression des gènes AANAT et ASMT n’est pas modifiée par une exposition à une lumière nocturne. Pour les récepteurs, nous avons observé une altération de l’expression des récepteurs de la mélatonine chez R. dalmatina mais pas chez B. bufo. L’ensemble de ces résultats montrent l’importance des études expérimentales en écologie de la conservation.

Construction of new Linear Transport Infrastructure LTI (roads, motorways, railways) leads to habitat destruction and may constitute areas of risk (mortality) and/or restrict the movement of species in surrounding habitats. Amphibians are strongly affected by these effects. Recent projects have implemented impact mitigation measures to improve the ecological transparency of these structures using the sequence “Avoid Reduce Compensate (ARC)”. During the construction of a new High Speed Railway “Bretagne–Pays de la Loire HSR” in North-West France inaugurated in 2017, measures under the ARC sequence have been implemented. This thesis aims to evaluate measures of the ARC sequence that would allow amphibian communities to carry out the movements needed for population functioning (seasonal migration and dispersal). It was carried out as part of the HSR environmental observatory (CIFRE EPHE-EGIS contract in partnership with EIFFAGE). The thesis is based on two approaches: (1) monitoring of movements by Capture-Marking-Recapture conducted in five areas including reduction measures (installation of a tunnel under the high-speed line) and compensation measures (creation of new ponds) for three newt species (marbled newt Triturus marmoratus, great crested newt Triturus cristatus and alpine newt Ichthyosaura alpestris). The recaptures of individually marked animals reveal exchanges between ponds located on either side of the high-speed line (use of tunnels) and colonisation of new breeding sites. (2) Homing experiments to study tunnel crossing behaviour. RFID antennas placed in three tunnels (1x1m) and of variable length (from 18.5 to 40 m) made it possible to detect the movements of individuals tagged with PIT-tags (spiny toad Bufo spinosus, I. alpestris, T. marmoratus, T. cristatus, water frogs of the Pelophylax lessonae - P. kl. esculentus system), agile frog Rana dalmatina and fire salamander Salamandra salamandra). A great inter-individual and specific variability of movements is observed, and varies according to the length of the tunnels. Acoustic enrichment (Broadcasting of amphibian calls in the tunnel) improves the movements (rate and speed crossing, distances travelled) of Pelophylax and T. cristatus. The thesis shows the need for a significant effort (number of marked animals) to show the presence of (rare) exchanges between breeding sites, and the use of tunnels and ponds as mitigation measures. The development of a method for evaluating movements in tunnels (RFID marks and antennas) will make it possible to test different factors (lengths, substrates, etc.) to improve their use and effectiveness. Acoustic enrichment appears to be a promising method to complement the implementation of small wildlife passages.; La construction de nouvelles Infrastructures Linéaires de Transports ILTs (routes, autoroutes, voies ferrées) amène une destruction d’habitats et peut constituer des zones de risques (mortalité) et/ou restreindre les déplacements des espèces dans les habitats environnants. Les amphibiens sont fortement touchés par ces effets. Les réalisations récentes nécessitent de mettre en œuvre des mesures de réduction d’impact visant à améliorer la transparence écologique de ces infrastructures à l’aide de la séquence « Éviter-Réduire-Compenser (ERC) ». Lors de la construction d’une nouvelle Ligne à Grande Vitesse « la LGV Bretagne – Pays de la Loire » dans l’ouest de la France inaugurée en 2017, des mesures relevant de la séquence ERC ont été mises en place. Cette thèse vise à évaluer les mesures de la séquence ERC qui permettraient aux communautés d’amphibiens de réaliser les mouvements nécessaires au bon fonctionnement des populations (migration saisonnière et dispersion). Elle a été réalisée dans le cadre de l’observatoire environnemental de la LGV (contrat CIFRE EPHE-EGIS en partenariat avec EIFFAGE). La thèse repose sur deux approches : (1) des suivis de déplacements par Capture-Marquage-Recapture effectués dans cinq secteurs incluant des mesures de réduction (installation de tunnel sous la LGV) et de compensation (création de nouvelles mares) pour trois espèces de tritons (Triton marbré Triturus marmoratus, Triton crêté Triturus cristatus et Triton alpestre Ichthyosaura alpestris). Les recaptures des animaux marqués individuellement révèlent des échanges entre des mares situées de part et d’autre de la LGV (fréquentation des tunnels) ainsi que la colonisation des nouveaux sites de reproduction. (2) Des expériences de « homing » pour étudier le comportement de franchissement des tunnels ; des antennes RFID placées dans trois tunnels (1 x1 m) et de longueur variable (de 18,5 à 40 m) ont permis de détecter les mouvements des individus marqués avec des PIT-tags (Crapaud épineux Bufo spinosus, I. alpestris, T. marmoratus, T. cristatus, grenouilles vertes du système Pelophylax lessonae - P. kl. esculentus), Grenouille agile Rana dalmatina et Salamandre tachetée Salamandra salamandra). Une grande variabilité interindividuelle et spécifique des mouvements est observée, qui varie en fonction de la longueur des tunnels. L’enrichissement sonore (émission de chants d’amphibiens anoures dans le tunnel) améliore les mouvements des Pelophylax et des T. cristatus (taux et vitesse de franchissement, distances parcourues). La thèse montre la nécessité d’un effort important (effectif d’animaux marqués) pour mettre en évidence la présence d’échanges (rares) entre sites de reproduction, et l’utilisation des tunnels et des mares comme mesures d’atténuation. La mise au point d’une méthode d’évaluation des mouvements dans les tunnels (puce RFID et antennes fixes) permettra de tester différents facteurs (longueurs, substrats, etc.) pour améliorer leur utilisation et leur efficacité. L’enrichissement sonore apparaît comme une méthode prometteuse pour accompagner la mise en œuvre de passages à petite faune.

Transport infrastructures are known to have major negative impacts on species and ecosystems dynamics, leading to the alteration and fragmentation of habitats and landscape patterns. But the construction of these infrastructures can also be at the origin of the creation of new environments, in particular through the measures implemented to reduce their impacts. Originally built to prevent flooding, stormwater ponds also limit the release of pollutants from infrastructure into the natural environment, thus functioning as a buffer zone. Scientists and managers today note the spontaneous use of these ponds by several species of amphibians. These species, which depend on both terrestrial and aquatic environments, are particularly sensitive to the quality and connectivity of their habitats. This thesis thus questions the role that highway stromwater ponds can play for amphibians, as a breeding habitat, but also as elements that can promote ecological continuities favorable to these species. The interest here is mainly focused on the management practices implemented in these ponds, their impacts on amphibians as well as the methods of their adaptation with regard to this ecological issue. At the same time, this research questions the capacity of the various actors - highway managers but also managers of adjacent natural spaces - to consider the ecological interdependence between the infrastructure verges and the territories which they cross, by relying particularly on representations associated with biodiversity and transport infrastructure. Thus, through a multidisciplinary approach combining ecological surveys, spatial analysis and semi-structured interviews, this thesis tends to contribute to better management of biodiversity issues on and around transport infrastructures.; Les infrastructures de transport terrestres sont connues pour avoir des impacts négatifs majeurs sur les espèces et la dynamique des écosystèmes, entrainant l'altération et la fragmentation des habitats et des trames paysagères. Mais la construction de ces infrastructures peut également être à l’origine de la création de nouveaux milieux, notamment par le biais des mesures mises en œuvre pour en réduire les impacts. Construits initialement pour éviter les inondations, les bassins d’eaux pluviales permettent également de limiter le rejet, dans le milieu naturel, des polluants issus de l’infrastructure, fonctionnant ainsi comme une zone tampon. Scientifiques et gestionnaires font aujourd’hui le constat d’une utilisation spontanée de ces bassins par plusieurs espèces d’amphibiens. Ces espèces, dépendantes, à la fois, de milieux terrestres et aquatiques, sont particulièrement sensibles à la qualité et la connectivité de leurs habitats. Cette thèse interroge ainsi sur le rôle que peuvent jouer les bassins autoroutiers pour les amphibiens, en tant qu’habitat de reproduction, mais également en tant qu’éléments pouvant favoriser les continuités écologiques favorables à ces espèces. L’intérêt est ici principalement porté sur les pratiques de gestion mises en œuvre dans ces bassins, leurs impacts sur les amphibiens ainsi que les modalités de leur adaptation au regard de cet enjeu écologique. Dans un même temps, cette recherche questionne la capacité des différents acteurs, gestionnaires autoroutiers mais aussi gestionnaire d’espaces naturels adjacents, à envisager l’interdépendance écologique entre les emprises des infrastructures de transport et les territoires qu’elles traversent, en s’appuyant notamment sur les représentations associées à la biodiversité et aux infrastructures de transport. Ainsi, à travers une démarche pluridisciplinaire mêlant relevés écologiques, analyse spatiale et entretiens semi-directifs, cette thèse tend à contribuer à une meilleure prise en charge des enjeux de biodiversité sur et aux abords des infrastructures de transport.

Transport infrastructures are known to have major negative impacts on species and ecosystems dynamics, leading to the alteration and fragmentation of habitats and landscape patterns. But the construction of these infrastructures can also be at the origin of the creation of new environments, in particular through the measures implemented to reduce their impacts.Originally built to prevent flooding, stormwater ponds also limit the release of pollutants from infrastructure into the natural environment, thus functioning as a buffer zone. Scientists and managers today note the spontaneous use of these ponds by several species of amphibians. These species, which depend on both terrestrial and aquatic environments, are particularly sensitive to the quality and connectivity of their habitats.This thesis thus questions the role that highway stromwater ponds can play for amphibians, as a breeding habitat, but also as elements that can promote ecological continuities favorable to these species. The interest here is mainly focused on the management practices implemented in these ponds, their impacts on amphibians as well as the methods of their adaptation with regard to this ecological issue. At the same time, this research questions the capacity of the various actors - highway managers but also managers of adjacent natural spaces - to consider the ecological interdependence between the infrastructure verges and the territories which they cross, by relying particularly on representations associated with biodiversity and transport infrastructure. Thus, through a multidisciplinary approach combining ecological surveys, spatial analysis and semi-structured interviews, this thesis tends to contribute to better management of biodiversity issues on and around transport infrastructures.; Les infrastructures de transport terrestres sont connues pour avoir des impacts négatifs majeurs sur les espèces et la dynamique des écosystèmes, entrainant l'altération et la fragmentation des habitats et des trames paysagères. Mais la construction de ces infrastructures peut également être à l’origine de la création de nouveaux milieux, notamment par le biais des mesures mises en œuvre pour en réduire les impacts. Construits initialement pour éviter les inondations, les bassins d’eaux pluviales permettent également de limiter le rejet, dans le milieu naturel, des polluants issus de l’infrastructure, fonctionnant ainsi comme une zone tampon. Scientifiques et gestionnaires font aujourd’hui le constat d’une utilisation spontanée de ces bassins par plusieurs espèces d’amphibiens. Ces espèces, dépendantes, à la fois, de milieux terrestres et aquatiques, sont particulièrement sensibles à la qualité et la connectivité de leurs habitats.Cette thèse interroge ainsi sur le rôle que peuvent jouer les bassins autoroutiers pour les amphibiens, en tant qu’habitat de reproduction, mais également en tant qu’éléments pouvant favoriser les continuités écologiques favorables à ces espèces. L’intérêt est ici principalement porté sur les pratiques de gestion mises en œuvre dans ces bassins, leurs impacts sur les amphibiens ainsi que les modalités de leur adaptation au regard de cet enjeu écologique. Dans un même temps, cette recherche questionne la capacité des différents acteurs, gestionnaires autoroutiers mais aussi gestionnaire d’espaces naturels adjacents, à envisager l’interdépendance écologique entre les emprises des infrastructures de transport et les territoires qu’elles traversent, en s’appuyant notamment sur les représentations associées à la biodiversité et aux infrastructures de transport. Ainsi, à travers une démarche pluridisciplinaire mêlant relevés écologiques, analyse spatiale et entretiens semi-directifs, cette thèse tend à contribuer à une meilleure prise en charge des enjeux de biodiversité sur et aux abords des infrastructures de transport.