1. Identification of Three-Way DNA Junction Ligands through Screening of Chemical Libraries and Validation by Complementary in Vitro Assays
- Author
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Anton Granzhan, Murielle Chavarot-Kerlidou, David Monchaud, Charles H. Devillers, Katerina Duskova, Coralie Caron, Nicolas Queyriaux, Sébastien Britton, Souheila Amor, Dominique Delmas, Marie-José Penouilh, Guillaume de Robillard, Marie-Paule Teulade-Fichou, Marie Gaschard, Jérémy Lamarche, Bruno Therrien, Monchaud, David, Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Chimie, Modélisation et Imagerie pour la Biologie [Orsay], Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay, Solar fuels, hydrogen and catalysis (SolHyCat ), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université de Neuchâtel (UNINE), Pôle Chimie Moléculaire [Dijon] (PACSMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Société d’Accélération du Transfert de Technologie (SATT) Grand Est - Welience, Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Société d’Accélération du Transfert de Technologie (SATT) Grand Est - Welience, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-17-CE17-0010,DEMENTIA,De l'utilisation de biomarqueurs de maladies neurodégénératives pour le développement de tests de diagnostic précoce et de nouvelles stratégies thérapeutiques(2017), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Solar fuels, hydrogen and catalysis (SolHyCat), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Chimie, Université de Neuchâtel, Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Société d’Accélération du Transfert de Technologie (SATT) Grand Est - Welience, and Institut de Chimie [Neuchâtel]
- Subjects
Spectrometry, Mass, Electrospray Ionization ,DNA damage ,Electrospray ionization ,[CHIM.THER] Chemical Sciences/Medicinal Chemistry ,Sulforhodamine B ,Antineoplastic Agents ,[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer ,[CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry ,Ligands ,01 natural sciences ,Small Molecule Libraries ,03 medical and health sciences ,chemistry.chemical_compound ,Transcription (biology) ,Cell Line, Tumor ,[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,Drug Discovery ,Fluorescence Resonance Energy Transfer ,[SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology ,Humans ,[SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology ,Repeated sequence ,Cell Proliferation ,030304 developmental biology ,0303 health sciences ,DNA ,0104 chemical sciences ,010404 medicinal & biomolecular chemistry ,Förster resonance energy transfer ,Biochemistry ,chemistry ,Nucleic Acid Conformation ,Molecular Medicine ,Electrophoresis, Polyacrylamide Gel ,Human genome - Abstract
International audience; The human genome is replete with repetitive DNA sequences that can fold into thermodynamically stable secondary structures such as hairpins and quadruplexes. Cellular enzymes exist to cope with these structures whose stable accumulation would result in DNA damage through interference with DNA transactions such as transcription and replication. Therefore, the chemical stabilization of secondary DNA structures offers an attractive way to foster DNA transaction-associated damages to trigger cell death in proliferating cancer cells. While much emphasis has been recently given to DNA quadruplexes, we focused here on three-way DNA junctions (TWJ) and report on a strategy to identify TWJ-targeting agents through a combination of in vitro techniques (TWJ-screen, polyacrylamide gel electrophoresis, fluorescence resonance energy transfer-melting, electrospray ionization mass spectrometry, dialysis equilibrium, and sulforhodamine B assays). We designed a complete workflow and screened 1200 compounds to identify promising TWJ ligands selected on stringent criteria in terms of TWJ-folding ability, affinity, and selectivity.
- Published
- 2019
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