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1. CD44v3 is a marker of invasive cancer stem cells driving metastasis in gastric carcinoma

Author: Julie Giraud, Lornella Seeneevassen, Benoit Rousseau, Damien Bouriez, Elodie Sifré, Alban Giese, Tra Ly Nguyen, Camille Tiffon, Yannick Lippi, Lamia Azzi-Martin, Julie Pannequin, Armelle Ménard, Emilie Bessède, Cathy Staedel, Francis Mégraud, Geneviève Belleannée, Philippe Lehours, Caroline Gronnier, Pierre Dubus, Christine Varon, BoRdeaux Institute in onCology (Inserm U1312 - BRIC), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Bordeaux (UB), Hôpital Haut-Lévêque [CHU Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Régulations Naturelles et Artificielles (ARNA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Hôpital Pellegrin, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, French ‘Institut National du Cancer’ (PLBio INCa, grant number 2014-152), La Ligue contre le Cancer (C Tiffon PhD salary, regional research grants comité Dordogne grant number R17013GG and comité Gironde grant number GM/12.17/37), UFR des sciences médicales Univ. Bordeaux (J Giraud and D Bouriez financial support), French ministry of national education, research and technologies (L Seeneevassen PhD salary)., and LESUR, Hélène
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], Cancer Research, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Oncology, Cancer stem cells, Metastasis initiating cells, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gastroenterology, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, General Medicine, CD44 variant, Epithelial-mesenchymal transition, Gastric cancer
Abstract: Background Cancer stem cells (CSCs) are at the origin of tumour initiation and progression in gastric adenocarcinoma (GC). However, markers of metastasis-initiating cells remain unidentified in GC. In this study, we characterized CD44 variants expressed in GC and evaluated the tumorigenic and metastatic properties of CD44v3+ cells and their clinical significance in GC patients. Methods Using GC cell lines and patient-derived xenografts, we evaluated CD44+ and CD44v3+ GC cells molecular signature and their tumorigenic, chemoresistance, invasive and metastatic properties, and expression in patients-derived tissues. Results CD44v3+ cells, which represented a subpopulation of CD44+ cells, were detected in advanced preneoplastic lesions and presented CSCs chemoresistance and tumorigenic properties in vitro and in vivo. Molecular and functional analyses revealed two subpopulations of gastric CSCs: CD44v3+ CSCs with an epithelial-mesenchymal transition (EMT)-like signature, and CD44+/v3– CSCs with an epithelial-like signature; both were tumorigenic but CD44v3+ cells showed higher invasive and metastatic properties in vivo. CD44v3+ cells detected in the primary tumours of GC patients were associated with a worse prognosis. Conclusion CD44v3 is a marker of a subpopulation of CSCs with metastatic properties in GC. The identification of metastasis-initiating cells in GC represents a major advance for further development of anti-metastatic therapeutic strategies.
Published: 2022
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2. Vaccine efficacy trials for Crimean-Congo haemorrhagic fever: Insights from modelling different epidemiological settings

Author: Juan F Vesga, Raphaёlle Métras, Madeleine H A Clark, Edris Ayazi, Andrea Apolloni, Toby Leslie, Veerle Msimang, Peter N. Thompson, W John Edmunds, London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Ministry of Public Health [Afghanistan], Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), University of Pretoria [South Africa], National Institute for Communicable Diseases [Johannesburg] (NICD), W.J.E., JFV and MHAC were funded by the Department of Health and Social Care using UK Aid funding managed by the National Institute for Health Research (Vaccine Efficacy Evaluation for Priority Emerging Diseases: PR-OD-1017-20002)., and LESUR, Hélène
Subjects: Vaccines, Livestock, Mathematical modelling, General Veterinary, General Immunology and Microbiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Public Health, Environmental and Occupational Health, Vaccine Efficacy, [SDV] Life Sciences [q-bio], Clinical trials, Infectious Diseases, Hemorrhagic Fever Virus, Crimean-Congo, Animals, Humans, Molecular Medicine, Hemorrhagic Fever, Crimean, Crimean-Congo haemorrhagic fever
Abstract: BackgroundCrimean-Congo haemorrhagic fever (CCHF) is a priority emerging pathogen for which a licensed vaccine is not yet available. We aim to assess the feasibility of conducting phase III vaccine efficacy trials and the role of varying transmission dynamics.MethodsWe calibrate models of CCHF virus (CCHFV) transmission among livestock and spillover to humans in endemic areas in Afghanistan, Turkey and South Africa. We propose an individual randomised controlled trial targeted to high-risk population, and use the calibrated models to simulate trial cohorts to estimate the minimum trial endpoints necessary to analyse vaccine efficacy, sample size and follow-up time in the three settings.ResultsUnder assumptions of a minimum vaccine efficacy of 60%, the minimum sample size needed to accrue the required 150 clinical endpoints in a minimum follow-up time of 6 months is estimated to be 34,000 (CrI 95%, 16,750 – 88,725) and 37,000 (CrI 95%, 13,000 – 77,250) in Afghanistan and Turkey, respectively. The results suggest that for South Africa the low endemic transmission levels will not permit achieving the necessary conditions for conducting this trial within a realistic follow-up time. In a scenario of CCHFV infection (rather than clinical case) as trial endpoint, the required sample size is reduced by 70% to 80% in Afghanistan and Turkey, and in South Africa, a trial becomes feasible for large sample sizes (>75,000) and vaccine efficacy of >70%. Increased expected vaccine efficacy >60% will reduce the required number of trial endpoints and thus the sample size and follow-time in phase III trials.ConclusionsUnderlying endemic transmission levels will play a central role in defining the feasibility of phase III vaccine efficacy trials. Endemic settings in Afghanistan and Turkey offer conditions under which such studies could feasibly be conducted.
Published: 2022
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3. Wild Boars as Reservoir of Highly Virulent Clone of Hybrid Shiga Toxigenic and Enterotoxigenic Escherichia coli Responsible for Edema Disease, France

Author: Alexandre Perrat, Priscilla Branchu, Anouk Decors, Silvia Turci, Marie-Hélène Bayon-Auboyer, Geoffrey Petit, Vladimir Grosbois, Hubert Brugère, Frédéric Auvray, Eric Oswald, LESUR, Hélène, Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Office français de la biodiversité (OFB), LABOCEA Laboratoire [Plouzané, France], Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), and This work was supported by the National Research Institute for Agriculture, Food, and Environment’s GISA metaprogram https://colloque.inrae.fr/metaprogramsworkshops_eng/Metaprograms/GISA) and by funding from the Région Occitanie (grant no. ALDOCT-000610) and Ministry of Agriculture awarded to A.P.
Subjects: Microbiology (medical), Swine, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sus scrofa, Infectious and parasitic diseases, RC109-216, fluids and secretions, Escherichia coli, Stx2e, Animals, Edema, Enterotoxigenic Escherichia coli, Wild Boars as Reservoir of Highly Virulent Clone of Hybrid Shiga Toxigenic and Enterotoxigenic Escherichia coli Responsible for Edema Disease, France, antimicrobial resistance, bacteria, Escherichia coli Infections, F18, Shiga-Toxigenic Escherichia coli, ETEC, Research, pigs, edema disease, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, bacterial infections and mycoses, Clone Cells, [SDV] Life Sciences [q-bio], STEC, Infectious Diseases, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, EDEC, O139:H1, Sus domesticus, Medicine, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France, enterotoxin, wild boar
Abstract: International audience; Edema disease is an often fatal enterotoxemia caused by specific strains of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) that affect primarily healthy, rapidly growing nursery pigs. Recently, outbreaks of edema disease have also emerged in France in wild boars. Analysis of STEC strains isolated from wild boars during 2013-2019 showed that they belonged to the serotype O139:H1 and were positive for both Stx2e and F18 fimbriae. However, in contrast to classical STEC O139:H1 strains circulating in pigs, they also possessed enterotoxin genes sta1 and stb, typical of enterotoxigenic E. coli. In addition, the strains contained a unique accessory genome composition and did not harbor antimicrobial-resistance genes, in contrast to domestic pig isolates. These data thus reveal that the emergence of edema disease in wild boars was caused by atypical hybrid of STEC and enterotoxigenic E. coli O139:H1, which so far has been restricted to the wildlife environment.Keywords
Published: 2022
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4. Milk metabolome reveals variations on enteric methane emissions from dairy cows fed a specific inhibitor of the methanogenesis pathway

Author: Diego P. Morgavi, Hamid Boudra, Bénédict Yanibada, Stéphanie Durand, Ulli Hohenester, Fabien Jourdan, Cécile Canlet, Anne Ferlay, Mélanie Pétéra, LESUR, Hélène, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Exploration du Métabolisme-MetaboHUB (PFEM-MetaboHUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Rumen, multiplatform metabolomics, [SDV.BA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Methanogenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gas Chromatography-Mass Spectrometry, 03 medical and health sciences, Metabolomics, Lactation, Genetics, Metabolome, medicine, Animals, [SDV.SA.SPA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, Food science, microbial metabolite, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, milk, 0303 health sciences, methane biomarker, Chemistry, dairy cow, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, 0402 animal and dairy science, 04 agricultural and veterinary sciences, Metabolism, 040201 dairy & animal science, Diet, [SDV] Life Sciences [q-bio], Metabolic pathway, medicine.anatomical_structure, 13. Climate action, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, Fermentation, Cattle, Female, Animal Science and Zoology, Gas chromatography, Methane, Food Science
Abstract: International audience; Metabolome profiling in biological fluids is an interesting approach for exploring markers of methane emissions in ruminants. In this study, a multiplatform metabolomics approach was used for investigating changes in milk metabolic profiles related to methanogenesis in dairy cows. For this purpose, 25 primiparous Holstein cows at similar lactation stage were fed the same diet supplemented with (treated, n = 12) or without (control, n = 13) a specific antimethanogenic additive that reduced enteric methane production by 23% with no changes in intake, milk production, and health status. The study lasted 6 wk, with sampling and measures performed in wk 5 and 6. Milk samples were analyzed using 4 complementary analytical methods, including 2 untargeted (nuclear magnetic resonance and liquid chromatography coupled to a quadrupole-time-of-flight mass spectrometer) and 2 targeted (liquid chromatography-tandem mass spectrometry and gas chromatography coupled to a flame ionization detector) approaches. After filtration, variable selection and normalization data from each analytical platform were then analyzed using multivariate orthogonal partial least square discriminant analysis. All 4 analytical methods were able to differentiate cows from treated and control groups. Overall, 38 discriminant metabolites were identified, which affected 10 metabolic pathways including methane metabolism. Some of these metabolites such as dimethylsulfoxide, dimethylsulfone, and citramalic acid, detected by nuclear magnetic resonance or liquid chromatography-mass spectrometry methods, originated from the rumen microbiota or had a microbial-host animal co-metabolism that could be associated with methanogenesis. Also, discriminant milk fatty acids detected by targeted gas chromatography were mostly of ruminal microbial origin. Other metabolites and metabolic pathways significantly affected were associated with AA metabolism. These findings provide new insight on the potential role of milk metabolites as indicators of enteric methane modifications in dairy cows.
Published: 2021
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5. Genotyping data of French wild boar populations using porcine genome-wide genotyping array

Author: Nathalie Iannuccelli, Nicolas Mary, Nathalie Bonnet, Geoffrey Petit, Carine Valle, Alain Ducos, Juliette Riquet, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INRAE-GISA (Gestion Integree de la Sante des Animaux) metaprogram project EPIDEWILD-3i (Emergence of a Pig DisEase in WILD boars in a context of Increasing Interspecific Interactions)., and LESUR, Hélène
Subjects: Genome, Genotype, Swine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sus scrofa, SNP, Genome-wide DNA genotyping, General Medicine, Wild boar, Polymorphism, Single Nucleotide, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Porcine microarray, [SDV] Life Sciences [q-bio], Animals, Hybridization, Genetic
Abstract: Objective The admixture of domestic pig into wild boar populations is controlled until now, by cytogenetic analysis. Even if a first-generation hybrid animal is discernable because of its 37-chromosome karyotype, the cytogenetic method is not applicable in the case of advanced intercrosses. The aim of this study is therefore to evaluate the use of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers as an alternative technology to characterize recent or past hybridization between the two sub-species. The final goal would be to develop a molecular diagnostic tool. Data description The Geneseek Genomic Profiler High-Density porcine beadchip (GGP70KHD, Illumina, USA), comprising 68,516 porcine SNPs, was used on a set of 362 wild boars with diverse chromosomal statuses collected from different areas and breeding environments in France. We generated approximately 62,192–64,046 genotypes per wild boar. The present dataset might be useful for the community (i) for developing molecular tools to evaluate the admixture of domestic pig into wild boar populations, and (ii) for genetic diversity studies including wild boar species or phylogeny analyses of Suidae populations. Raw data files and a processed matrix data file were deposited in the ArrayExpress at European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) data portal under accession number E-MTAB-10591.
Published: 2022
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6. Prospective association between dietary pesticide exposure profiles and type 2 diabetes risk in the NutriNet-Santé cohort

Author: Pauline Rebouillat, Rodolphe Vidal, Jean-Pierre Cravedi, Bruno Taupier-Letage, Laurent Debrauwer, Laurence Gamet-Payrastre, Hervé Guillou, Mathilde Touvier, Léopold K. Fezeu, Serge Hercberg, Denis Lairon, Julia Baudry, Emmanuelle Kesse-Guyot, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Sorbonne Paris Nord-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Technique de l'Agriculture Biologique (ITAB), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research (C2VN), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), The NutriNet-Santé study is supported by the following public institutions: French Ministry of Health (DGS), Santé Publique France, the National Institute for Health and Medical Research (INSERM), the French National Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE), the National Conservatory of Arts and Crafts (CNAM) and the Sorbonne Paris Nord University. The BioNutriNet project was supported by the French National Research Agency (ANR) in the context of the 2013 Programme de Recherche Systèmes Alimentaires Durables (ANR-13-ALID-0001). This study is also supported by the Medical Research Foundation (FRM n° ENV202109013962). Pauline Rebouillat is supported by a doctoral fellowship from Sorbonne ParisNord University., ANR-13-ALID-0001,BioNutriNet,Consommation d'aliments issus de l'agriculture biologique: déterminants et motivation vis-à-vis de la durabilité, impact nutritionnel, économique, environnemental et toxicologique(2013), LESUR, Hélène, Systèmes Alimentaires Durables - Consommation d'aliments issus de l'agriculture biologique: déterminants et motivation vis-à-vis de la durabilité, impact nutritionnel, économique, environnemental et toxicologique - - BioNutriNet2013 - ANR-13-ALID-0001 - ALID - VALID, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Organic farming, Type 2 diabetes, Epidemiology, Health, Toxicology and Mutagenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Public Health, Environmental and Occupational Health, Middle Aged, Dietary exposure, Diet, [SDV] Life Sciences [q-bio], Cohort Studies, Environmental health, Diabetes Mellitus, Type 2, Risk Factors, Humans, Female, Food, Organic, Pesticides
Abstract: Background Studies focusing on dietary pesticides in population-based samples are scarce and little is known about potential mixture effects. We aimed to assess associations between dietary pesticide exposure profiles and Type 2 Diabetes (T2D) among NutriNet-Santé cohort participants. Methods Participants completed a Food Frequency Questionnaire at baseline, assessing conventional and organic food consumption. Exposures to 25 active substances used in European Union pesticides were estimated using the Chemisches und Veterinäruntersuchungsamt Stuttgart residue database accounting for farming practices. T2D were identified through several sources. Exposure profiles were established using Non-Negative Matrix Factorization (NMF), adapted for sparse data. Cox models adjusted for known confounders were used to estimate hazard ratios (HR) and 95% confidence interval (95% CI), for the associations between four NMF components, divided into quintiles (Q) and T2D risk. Results The sample comprised 33,013 participants aged 53 years old on average, including 76% of women. During follow-up (median: 5.95 years), 340 incident T2D cases were diagnosed. Positive associations were detected between NMF component 1 (reflecting highest exposure to several synthetic pesticides) and T2D risk on the whole sample: HRQ5vsQ1 = 1.47, 95% CI (1.00, 2.18). NMF Component 3 (reflecting low exposure to several synthetic pesticides) was associated with a decrease in T2D risk, among those with high dietary quality only (high adherence to French dietary guidelines, including high plant foods consumption): HRQ5vsQ1 = 0.31, 95% CI (0.10, 0.94). Conclusions These findings suggest a role of dietary pesticide exposure in T2D risk, with different effects depending on which types of pesticide mixture participants are exposed to. These associations need to be confirmed in other types of studies and settings, and could have important implications for developing prevention strategies (regulation, dietary guidelines). Trial Registration This study is registered in ClinicalTrials.gov (NCT03335644).
Published: 2022
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7. Biological Role of Pazopanib and Sunitinib Aldehyde Derivatives in Drug-Induced Liver Injury

Author: Maud Maillard, Cécile Arellano, Christelle Vachoux, Christine Chevreau, Nicolas J. Cabaton, Frédéric Pont, Nathalie Saint-Laurent, Thierry Lafont, Etienne Chatelut, Fabienne Thomas, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Claudius Regaud, Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), The clinical part of the study (plasma analysis in patients) was funded by a PHRCi grant from GIRCI-SOHO (Groupements Interrégionaux de Recherche Clinique et d’Innovation Sud Ouest Outre Mer Hospitaliers) (Study reference: EUDRACT 2015-001051-68)., and LESUR, Hélène
Subjects: aldehyde, hepatotoxicity, pazopanib, reactive metabolites, sunitinib, [SDV] Life Sciences [q-bio], Endocrinology, Diabetes and Metabolism, [SDV]Life Sciences [q-bio], Molecular Biology, Biochemistry
Abstract: International audience; Tyrosine kinase inhibitors pazopanib and sunitinib are both used to treat advanced renal cell carcinoma but expose patients to an increased risk of hepatotoxicity. We have previously identified two aldehyde derivatives for pazopanib and sunitinib (P-CHO and S-CHO, respectively) in liver microsomes. In this study, we aimed to decipher their role in hepatotoxicity by treating HepG2 and HepaRG hepatic cell lines with these derivatives and evaluating cell viability, mitochondrial dysfunction, and oxidative stress accumulation. Additionally, plasma concentrations of P-CHO were assessed in a cohort of patients treated with pazopanib. Results showed that S-CHO slightly decreased the viability of HepG2, but to a lesser extent than sunitinib, and affected the maximal respiratory capacity of the mitochondrial chain. P-CHO decreased viability and ATP production in HepG2. Traces of P-CHO were detected in the plasma of patients treated with pazopanib. Overall, these results showed that P-CHO and S-CHO affect hepatocyte integrity and could be involved in the pazopanib and sunitinib hepatotoxicity.
Published: 2022
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8. Pre- and Postnatal Dietary Exposure to a Pesticide Cocktail Disrupts Ovarian Functions in 8-Week-Old Female Mice

Author: Léonie Dopavogui, Florence Cadoret, Gaspard Loison, Sara El Fouikar, François-Xavier Frenois, Frank Giton, Sandrine Ellero-Simatos, Frédéric Lasserre, Arnaud Polizzi, Clémence Rives, Nicolas Loiseau, Roger D. Léandri, Nicolas Gatimel, Laurence Gamet-Payrastre, Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHU Toulouse [Toulouse], Développement Embryonnaire, Fertilité et Environnement (DEFE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), L.D. was supported by a Ph.D. grant from INRAE (Animal Health Department). This work was supported by a grant from the Ministry for Agriculture and Food and the Ministry for an Ecological and Solidary Transition, with the financial support of the French Biodiversity Agency (GepeTho), by ANR France (Syneract), and by Région Occitanie. This work also received funding from Agence de la Biomédecine (AOR 2019).This paper benefited from the Imag’IN Platform of the Institut Universitaire du Cancer from April 2019 to August 2021 https://www.imagin-labs.net/imagin_v2/index.php? lang=EN (last accessed on 5 June 2022). We thank X. Blanc from INRAe SAAJ (Jouy-en-Josas) for his technical support for pellet preparation., ANR-18-CE34-0009,SYNERACT,Activation synergique de recepteurs nucléaires(2018), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), LESUR, Hélène, and APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Activation synergique de recepteurs nucléaires - - SYNERACT2018 - ANR-18-CE34-0009 - AAPG2018 - VALID
Subjects: pesticide, folliculogenesis, ovary, endocrine disruption, progesterone, [SDV]Life Sciences [q-bio], Organic Chemistry, Pesticide Residues, General Medicine, Catalysis, Computer Science Applications, [SDV] Life Sciences [q-bio], Inorganic Chemistry, Dietary Exposure, Mice, Fruit, Animals, Female, Chlorpyrifos, Physical and Theoretical Chemistry, Pesticides, Molecular Biology, Spectroscopy
Abstract: International audience; Female infertility has a multifactorial origin, and exposure to contaminants, including pesticides, with endocrine-disrupting properties is considered to be involved in this reproductive disorder, especially when it occurs during early life. Pesticides are present in various facets of the environment, and consumers are exposed to a combination of multiple pesticide residues through food intake. The consequences of such exposure with respect to female fertility are not well known. Therefore, we aimed to assess the impact of pre- and postnatal dietary exposure to a pesticide mixture on folliculogenesis, a crucial process in female reproduction. Mice were exposed to the acceptable daily intake levels of six pesticides in a mixture (boscalid, captan, chlorpyrifos, thiacloprid, thiophanate and ziram) from foetal development until 8 weeks old. Female offspring presented with decreased body weight at weaning, which was maintained at 8 weeks old. This was accompanied by an abnormal ovarian ultrastructure, a drastic decrease in the number of corpora lutea and progesterone levels and an increase in ovary cell proliferation. In conclusion, this study shows that this pesticide mixture that can be commonly found in fruits in Europe, causing endocrine disruption in female mice with pre- and postnatal exposure by disturbing folliculogenesis, mainly in the luteinisation process.
Published: 2022
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9. Gestational exposure to bisphenol A induces region-specific changes in brain metabolomic fingerprints in sheep

Author: Davy Guignard, Cécile Canlet, Marie Tremblay-Franco, Elodie Chaillou, Roselyne Gautier, Véronique Gayrard, Nicole Picard-Hagen, Henri Schroeder, Fabien Jourdan, Daniel Zalko, Catherine Viguié, Nicolas J. Cabaton, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Davy Guignard received a PhD grand from the Doctoral School 'SEVAB' of the university Paul Sabatier of Toulouse, France., ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), LESUR, Hélène, and Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID
Subjects: endocrine system, Sheep, [SDV]Life Sciences [q-bio], Neurodevelopment, Brain, Metabolomic, Endocrine Disruptors, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Mice, Bisphenol A, Phenols, Maternal Exposure, Pregnancy, Prenatal Exposure Delayed Effects, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Animals, Humans, Female, Benzhydryl Compounds, Fetal exposure, General Environmental Science, Environmental contaminants
Abstract: International audience; Fetal brain development depends on maternofetal thyroid function. In rodents and sheep, perinatal BPA exposure is associated with maternal and/or fetal thyroid disruption and alterations in central nervous system development as demonstrated by metabolic modulations in the encephala of mice. We hypothesized that a gestational exposure to a low dose of BPA affects maternofetal thyroid function and fetal brain development in a region-specific manner. Pregnant ewes, a relevant model for human thyroid and brain development, were exposed to BPA (5 µg/kg bw/d, sc). The thyroid status of ewes during gestation and term fetuses at delivery was monitored. Fetal brain development was assessed by metabolic fingerprints at birth in 10 areas followed by metabolic network-based analysis. BPA treatment was associated with a significant time-dependent decrease in maternal TT4 serum concentrations. For 8 fetal brain regions, statistical models allowed discriminating BPA-treated from control lambs. Metabolic network computational analysis revealed that prenatal exposure to BPA modulated several metabolic pathways, in particular excitatory and inhibitory amino-acid, cholinergic, energy and lipid homeostasis pathways. These pathways might contribute to BPA-related neurobehavioral and cognitive disorders. Discrimination was particularly clear for the dorsal hippocampus, the cerebellar vermis, the dorsal hypothalamus, the caudate nucleus and the lateral part of the frontal cortex. Compared with previous results in rodents, the use of a larger animal model allowed to examine specific brain areas, and generate evidence of the distinct region-specific effects of fetal BPA exposure on the brain metabolome. These modifications occur concomitantly to subtle maternal thyroid function alteration. The functional link between such moderate thyroid changes and fetal brain metabolomic fingerprints remains to be determined as well as the potential implication of other modes of action triggered by BPA such as estrogenic ones. Our results pave the ways for new scientific strategies aiming at linking environmental endocrine disruption and altered neurodevelopment.
Published: 2022
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10. Curcumin and NCLX inhibitors share anti-tumoral mechanisms in microsatellite-instability-driven colorectal cancer

Author: Maxime Guéguinou, Sajida Ibrahim, Jérôme Bourgeais, Alison Robert, Trayambak Pathak, Xuexin Zhang, David Crottès, Jacques Dupuy, David Ternant, Valérie Monbet, Roseline Guibon, Hector Flores-Romero, Antoine Lefèvre, Stéphanie Lerondel, Alain Le Pape, Jean-François Dumas, Philippe G. Frank, Alban Girault, Romain Chautard, Françoise Guéraud, Ana J. García-Sáez, Mehdi Ouaissi, Patrick Emond, Olivier Sire, Olivier Hérault, Gaëlle Fromont-Hankard, Christophe Vandier, David Tougeron, Mohamed Trebak, William Raoul, Thierry Lecomte, Nutrition, croissance et cancer (U 1069) (N2C), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Groupe innovation et ciblage cellulaire (GICC), EA 7501 [2018-...] (GICC EA 7501), Université de Tours (UT), ERL 7001 LNOx (Leukemic Niche & redOx metabolism / Niche leucémique et métabolisme redOx) (LNOx), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Microenvironnement des niches tumorales (CNRS GDR 3697 Micronit ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Groupe innovation et ciblage cellulaire (GICC), EA 7501 [2018-...] (GICC EA 7501), Université de Tours (UT)-Université de Tours (UT), Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System, Prévention et promotion de la cancérogénèse par les aliments (ToxAlim-PPCA), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), EA4245 - Transplantation, Immunologie, Inflammation [Tours] (T2i), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), University of Cologne, Eberhard Karls Universität Tübingen = Eberhard Karls University of Tuebingen, Imagerie et cerveau (iBrain - Inserm U1253 - UNIV Tours ), Transgenèse et archivage d'animaux modèles (TAAM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physiologie Cellulaire et Moléculaire - UR UPJV 4667 (LPCM), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Institut de Recherche Dupuy de Lôme (IRDL), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Université de Poitiers - Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université de Poitiers, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), This project was partly supported by grants on behalf of the following french department committees of Ligue Contre le Cancer Grand-Ouest: 16 (Charente), 37 (Indre-et-Loire), 49 (Maine-et-Loire), 72 (Sarthe) and 85 (Vendée), ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011), LESUR, Hélène, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Pharmacology, Curcumin, [SDV]Life Sciences [q-bio], Calcium signaling, Cell Biology, Colorectal cancer, Sodium-Calcium Exchanger, digestive system diseases, Mitochondria, Mitochondrial Proteins, [SDV] Life Sciences [q-bio], Mice, Cellular and Molecular Neuroscience, Animals, Humans, Molecular Medicine, Calcium, Microsatellite Instability, Colorectal Neoplasms, NCLX, Molecular Biology, Microsatellite Repeats
Abstract: Colorectal cancer (CRC) is associated with high mortality worldwide and new targets are needed to overcome treatment resistance. Recent evidences highlight a role of the mitochondria calcium homeostasis in the development of CRC. In this context, we aimed to evaluate the role of the mitochondrial sodium-calcium-lithium exchanger (NCLX) and its targeting in CRC. We also identified curcumin as a new potential inhibitor of NCLX.In vitro, curcumin exerted strong anti-tumoral activity through its action on NCLX with mtCa2+ and reactive oxygen species overload associated with a mitochondrial membrane depolarization, leading to reduced ATP production and apoptosis through mitochondrial permeability transition pore opening concomitant with G2/M cell cycle arrest. NCLX inhibition with either CGP37157 (a benzodiazepine derivative), small interfering RNA-mediated knock-down or knockout approaches reproduced the effects of curcumin. Altered mitochondrial respiration, cellular aerobic glycolysis and endoplasmic reticulum–mitochondria membrane perturbations participated in these mechanisms. In a xenograft mouse model, NCLX inhibitors decreased CRC tumor growth. Both transcriptomic analysis of The Cancer Genome Atlas dataset and immunohistochemical analysis of tissue microarrays from 381 patients with microsatellite instability (MSI)-driven CRC demonstrated that higher NCLX expression was associated with MSI status and for the first time NCLX expression was significantly associated with recurrence-free survival in MSI CRC patients.Our findings provide strong evidence that blocking NCLX inhibits CRC in vitro and in vivo. We highlight a novel anti-tumoral mechanism of curcumin through its action on NCLX and mitochondria calcium overload that could benefit for therapeutic treatment of patients with MSI CRC.
Published: 2022
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11. Transcriptomic analysis in zebrafish larvae identifies iron-dependent mitochondrial dysfunction as a possible key event of NAFLD progression induced by benzo[a]pyrene/ethanol co-exposure

Author: Muhammad Imran, Frédéric Chalmel, Odile Sergent, Bertrand Evrard, Hélène Le Mentec, Antoine Legrand, Aurélien Dupont, Maëlle Bescher, Simon Bucher, Bernard Fromenty, Laurence Huc, Lydie Sparfel, Dominique Lagadic-Gossmann, Normand Podechard, EHESP-Irset (EHESP-Irset), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Iqra University, Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Biosit : biologie, santé, innovation technologique (SFR UMS CNRS 3480 - INSERM 018), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Contaminants & Stress Cellulaire (ToxAlim-COMICS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), ANR-13-CESA-0009/Agence Nationale de la Recherchen°17CE040_00/Institut Thématique Multi-Organisme Cancer (ITMO Cancer) d'Aviesan, ANR-13-CESA-0009,STEATOX,Impact des agents chimiques environnementaux sur les mécanismes de progression pathologique de la stéatose hépatique(2013), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), LESUR, Hélène, and Contaminants et Environnements : Santé, Adaptabilité, Comportements et Usages - Impact des agents chimiques environnementaux sur les mécanismes de progression pathologique de la stéatose hépatique - - STEATOX2013 - ANR-13-CESA-0009 - CESA - VALID
Subjects: Ethanol, Health, Toxicology and Mutagenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], AhR, B[a]P, Cell Biology, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Toxicology, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Iron homeostasis, NAFLD, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Mitochondrial dysfunction, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Zebrafish
Abstract: International audience; Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a worldwide epidemic for which environmental contaminants are increasingly recognized as important etiological factors. Among them, the combination of benzo[a]pyrene (B[a]P), a potent environmental carcinogen, with ethanol, was shown to induce the transition of steatosis toward steatohepatitis. However, the underlying mechanisms involved remain to be deciphered. In this context, we used high-fat diet fed zebrafish model, in which we previously observed progression of steatosis to a steatohepatitis-like state following a 7-day-co-exposure to 43 mM ethanol and 25 nM B[a]P. Transcriptomic analysis highlighted the potent role of mitochondrial dysfunction, alterations in heme and iron homeostasis, involvement of aryl hydrocarbon receptor (AhR) signaling, and oxidative stress. Most of these mRNA dysregulations were validated by RT-qPCR. Moreover, similar changes were observed using a human in vitro hepatocyte model, HepaRG cells. The mitochondria structural and functional alterations were confirmed by transmission electronic microscopy and Seahorse technology, respectively. Involvement of AhR signaling was evidenced by using in vivo an AhR antagonist, CH223191, and in vitro in AhR-knock-out HepaRG cells. Furthermore, as co-exposure was found to increase the levels of both heme and hemin, we investigated if mitochondrial iron could induce oxidative stress. We found that mitochondrial labile iron content was raised in toxicant-exposed larvae. This increase was prevented by the iron chelator, deferoxamine, which also inhibited liver co-exposure toxicity. Overall, these results suggest that the increase in mitochondrial iron content induced by B[a]P/ethanol co-exposure causes mitochondrial dysfunction that contributes to the pathological progression of NAFLD.
Published: 2022
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12. Comparing ultrafiltration and equilibrium dialysis to measure unbound plasma dolutegravir concentrations based on a design of experiment approach

Author: David Metsu, Etienne Chatelut, Thierry Levade, Véronique Gayrard, Alice Ressault, Didier Concordet, Peggy Gandia, Manon Averseng, Guillaume Martin-Blondel, François Fraissinet, Pierre Delobel, Frédéric Février, Thomas Lanot, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Innovations Thérapeutiques et Résistances (InTheRes), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Hopital Montauban, Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and LESUR, Hélène
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Ultrafiltration, lcsh:Medicine, 030226 pharmacology & pharmacy, 01 natural sciences, Article, Antimicrobial therapy, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, medicine, Equilibrium dialysis, In patient, lcsh:Science, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Multidisciplinary, Total plasma, Chromatography, medicine.diagnostic_test, Design of experiments, 010401 analytical chemistry, lcsh:R, 0104 chemical sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], Clinical Practice, chemistry, Therapeutic drug monitoring, Dolutegravir, lcsh:Q, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, HIV infections
Abstract: Dolutegravir therapeutic drug monitoring (TDM) could be improved by measuring the unbound dolutegravir plasma concentration (Cu), particularly in patients experiencing virological failure or toxicity despite achieving appropriate DTG total plasma concentrations. Equilibrium dialysis (ED) is the gold standard to measure Cu, but ED is time consuming, precluding its use in clinical practice. In contrast, ultrafiltration is applicable to TDM, but is sensitive to numerous analytical conditions. In order to evaluate measurements of Cu by ultrafiltration, ultrafiltration conditions were validated by comparison with ED. DTG concentrations were measured by LC–MS/MS. Three ultrafiltration factors (temperature, duration and relative centrifugal force [RCF]) were evaluated and compared to ED (25/37 °C), using a design of experiment strategy. Temperature was found to influence Cu results by ED (p = 0.036) and UF (p = 0.002) when results were analysed with ANOVA. Relative centrifugal force (2000 g) and time (20 min) interacted to influence Cu (p = 0.006), while individually they did not influence Cu (p = 0.88 and p = 0.42 for RCF and time). Ultrafiltration conditions which yielded the most comparable results to ED were 37 °C, 1000 g for 20 min. Ultrafiltration results greatly depended on analytical conditions, confirming the need to validate the method by comparison with ED in order to correctly interpret DTG Cu.
Published: 2020
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13. Investigating the Postprandial Metabolome after Challenge Tests to Assess Metabolic Flexibility and Dysregulations Associated with Cardiometabolic Diseases

Author: Gaïa Lépine, Marie Tremblay-Franco, Sabrine Bouder, Laurianne Dimina, Hélène Fouillet, François Mariotti, Sergio Polakof, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA (UMR 0914)), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LESUR, Hélène, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), and MetaToul-MetaboHUB
Subjects: Nutrition and Dietetics, challenge meal, Nutrition. Foods and food supply, [SDV]Life Sciences [q-bio], oral glucose tolerance test (OGTT), Glucose Tolerance Test, Postprandial Period, postprandial physiology, omics, [SDV] Life Sciences [q-bio], nutrition, Cardiovascular Diseases, insulin resistance, Metabolome, oral lipid tolerance test (OLTT), Humans, nutritional phenotypic flexibility, TX341-641, type 2 diabetes, Meals, Food Science
Abstract: International audience; This review focuses on the added value provided by a research strategy applying metabolomics analyses to assess phenotypic flexibility in response to different nutritional challenge tests in the framework of metabolic clinical studies. We discuss findings related to the Oral Glucose Tolerance Test (OGTT) and to mixed meals with varying fat contents and food matrix complexities. Overall, the use of challenge tests combined with metabolomics revealed subtle metabolic dysregulations exacerbated during the postprandial period when comparing healthy and at cardiometabolic risk subjects. In healthy subjects, consistent postprandial metabolic shifts driven by insulin action were reported (e.g., a switch from lipid to glucose oxidation for energy fueling) with similarities between OGTT and mixed meals, especially during the first hours following meal ingestion while differences appeared in a wider timeframe. In populations with expected reduced phenotypic flexibility, often associated with increased cardiometabolic risk, a blunted response on most key postprandial pathways was reported. We also discuss the most suitable statistical tools to analyze the dynamic alterations of the postprandial metabolome while accounting for complexity in study designs and data structure. Overall, the in-depth characterization of the postprandial metabolism and associated phenotypic flexibility appears highly promising for a better understanding of the onset of cardiometabolic diseases.
Published: 2022
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14. Developments and opportunities with Workflow4Metabolomics

Author: Pavot, Lain, Pétéra, Mélanie, Paulhe, Nils, Guitton, Yann, Le Corguillé, Gildas, Saint-Vanne, Julien, Tremblay-Franco, Marie, Canlet, Cécile, Martin, Jean-François, Weber, Ralf, Delporte, Cédric, Souard, Florence, Dalle, Céline, Giacomoni, Franck, LESUR, Hélène, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), University of Birmingham [Birmingham], Faculté de Pharmacie [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB), Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), and Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: NMR pipelines, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], New W4M LC-MS, LC-MSMS, GC-MS, [PHYS.PHYS.PHYS-DATA-AN] Physics [physics]/Physics [physics]/Data Analysis, Statistics and Probability [physics.data-an], [PHYS.PHYS.PHYS-DATA-AN]Physics [physics]/Physics [physics]/Data Analysis, Statistics and Probability [physics.data-an]
Abstract: International audience; Metabolomics data analysis is a complex, multistep process, constantly evolving with the development of new analytical technologies, mathematical methods, bioinformatics tools and databases. Workflow4Metabolomics[1] is a collaborative portal dedicated to metabolomics data processing, analysis and annotation for the Metabolomics community. In the latest version of W4M, the core team proposes new upgrades for LC-MS, GC-MS and NMR pipelines, including new preprocessing steps, as well as enhancement of statistical analysis and annotation tools. W4M aims to promote open science in Metabolomics and facilitate knowledge dissemination by providing community resources.
Published: 2022

15. Chronic dietary exposure to a glyphosate-based herbicide results in total or partial reversibility of plasma oxidative stress, cecal microbiota abundance and short-chain fatty acid composition in broiler hens

Author: Fréville, Mathias, Estienne, Anthony, Ramé, Christelle, Lefort, Gaëlle, Chahnamian, Marine, Staub, Christophe, Venturi, Eric, Lemarchand, Julie, Maximin, Elise, Hondelatte, Alice, Zemb, Olivier, Canlet, Cécile, Guabiraba, Rodrigo, Froment, Pascal, Dupont, Joëlle, LESUR, Hélène, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Expérimentale Avicole de Tours (UE PEAT), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Expérimentale de Physiologie Animale de l‘Orfrasiére (UE PAO), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Elevage Alternatif et Santé des Monogastriques (UE EASM), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and The authors thank the Région Centre Val de Loire for the financial support (Project number 32000858, HAPOFERTI).
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], glyphosate, Physiology, Physiology (medical), birds, [SDV]Life Sciences [q-bio], oxidative stress, cecal microbiome, metabolism
Abstract: Glyphosate-based herbicides (GBHs) are massively used in agriculture. However, few studies have investigated the effects of glyphosate-based herbicides on avian species although they are largely exposed via their food. Here, we investigated the potential reversibility of the effects of chronic dietary exposure to glyphosate-based herbicides in broiler hens. For 42 days, we exposed 32-week-old hens to glyphosate-based herbicides via their food (47 mg/kg/day glyphosate equivalent, glyphosate-based herbicides, n = 75) corresponding to half glyphosate’s no-observed-adverse-effect-level in birds. We compared their performance to that of 75 control animals (CT). Both groups (glyphosate-based herbicides and control animals) were then fed for 28 additional days without glyphosate-based herbicides exposure (Ex-glyphosate-based herbicides and Ex-control animals). Glyphosate-based herbicides temporarily increased the plasma glyphosate and AMPA (aminomethylphosphonic acid) concentrations. Glyphosate and aminomethylphosphonic acid mostly accumulated in the liver and to a lesser extent in the leg muscle and abdominal adipose tissue. Glyphosate-based herbicides also temporarily increased the gizzard weight and plasma oxidative stress monitored by TBARS (thiobarbituric acid reactive substances). Glyphosate-based herbicides temporarily decreased the cecal concentrations of propionate, isobutyrate and propionate but acetate and valerate were durably reduced. The cecal microbiome was also durably affected since glyphosate-based herbicides inhibited Barnesiella and favored Alloprevotella. Body weight, fattening, food intake and feeding behavior as well as plasma lipid and uric acid were unaffected by glyphosate-based herbicides. Taken together, our results show possible disturbances of the cecal microbiota associated with plasma oxidative stress and accumulation of glyphosate in metabolic tissues in response to dietary glyphosate-based herbicides exposure in broiler hens. Luckily, glyphosate-based herbicides at this concentration does not hamper growth and most of the effects on the phenotypes are reversible.
Published: 2022
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16. Spatio-Temporal Dynamics of a Dieldrin Resistance Gene in Aedes albopictus and Culex quinquefasciatus Populations From Reunion Island

Author: Lebon, Cyrille, Alout, Haoues, Zafihita, Stanislas, Dehecq, Jean-Sébastien, Weill, Mylène, Tortosa, Pablo, Atyame, Célestine, LESUR, Hélène, Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agence Régionale de Santé La Réunion (ARS La Réunion), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Subjects: Insecticides, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, insecticide, dieldrin, mosquito, Mosquito Vectors, dynamics, Insecticide Resistance, resistance, [SDV] Life Sciences [q-bio], Culex, Aedes, parasitic diseases, Animals, Reunion
Abstract: International audience; The control of mosquito populations using insecticides is increasingly threatened by the spread of resistance mechanisms. Dieldrin resistance, conferred by point mutations in the Rdl gene encoding the γ-aminobutyric acid receptor, has been reported at high prevalence in mosquito populations in response to selective pressures. In this study, we monitored spatio-temporal dynamics of the resistance-conferring RdlR allele in Aedes (Stegomyia) albopictus (Skuse, 1895) and Culex (Culex) quinquefasciatus (Say, 1823) populations from Reunion Island. Specimens of both mosquito species were sampled over a 12-month period in three cities and in sites located at lower (
Published: 2022
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17. Reduction in gut‐derived MUFAs via intestinal stearoyl‐CoA desaturase 1 deletion drives susceptibility to NAFLD and hepatocarcinoma

Author: Simon Ducheix, Elena Piccinin, Claudia Peres, Oihane Garcia‐Irigoyen, Justine Bertrand‐Michel, Allan Fouache, Marica Cariello, Jean‐Marc Lobaccaro, Hervé Guillou, Carlo Sabbà, James M. Ntambi, Antonio Moschetta, Università degli studi di Bari Aldo Moro = University of Bari Aldo Moro (UNIBA), Istituto Nazionale Biostrutture e Biosistemi [Rome, Italie] (INBB), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut des Maladies Métaboliques et Casdiovasculaires (UPS/Inserm U1297 - I2MC), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique, Reproduction et Développement (GReD), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne [CHU Clermont-Ferrand] (CRNH A), Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Wisconsin-Madison, Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro, European Commission, Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca, POR Puglia, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and LESUR, Hélène
Subjects: Inflammation, Carcinoma, Hepatocellular, Hepatology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Fatty Acids, Liver Neoplasms, Fibrosis, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Fatty Acids, Monounsaturated, Mice, Cholesterol, Diet, Western, Non-alcoholic Fatty Liver Disease, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Animals, Stearoyl-CoA Desaturase, Triglycerides
Abstract: International audience; Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is defined by a set of hepatic conditions ranging from steatosis to steatohepatitis (NASH), characterized by inflammation and fibrosis, eventually predisposing to hepatocellular carcinoma (HCC). Together with fatty acids (FAs) originated from adipose lipolysis and hepatic lipogenesis, intestinal-derived FAs are major contributors of steatosis. However, the role of mono-unsaturated FAs (MUFAs) in NAFLD development is still debated. We previously established the intestinal capacity to produce MUFAs, but its consequences in hepatic functions are still unknown. Here, we aimed to determine the role of the intestinal MUFA-synthetizing enzyme stearoyl-CoA desaturase 1 (SCD1) in NAFLD. We used intestinal-specific Scd1-KO (iScd1-/- ) mice and studied hepatic dysfunction in different models of steatosis, NASH, and HCC. Intestinal-specific Scd1 deletion decreased hepatic MUFA proportion. Compared with controls, iScd1-/- mice displayed increased hepatic triglyceride accumulation and derangement in cholesterol homeostasis when fed a MUFA-deprived diet. Then, on Western diet feeding, iScd1-/- mice triggered inflammation and fibrosis compared with their wild-type littermates. Finally, intestinal-Scd1 deletion predisposed mice to liver cancer. Conclusions: Collectively, these results highlight the major importance of intestinal MUFA metabolism in maintaining hepatic functions and show that gut-derived MUFAs are protective from NASH and HCC.
Published: 2022
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18. Slightly different metabolomic profiles are associated with high or low weight duck foie gras

Author: Bara Lo, Nathalie Marty-Gasset, Helene Manse, Cecile Canlet, Renaud Domitile, Herve Remignon, LESUR, Hélène, Infrastructure Française de Protéomique - - ProFI2010 - ANR-10-INBS-0008 - INBS - VALID, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ToxAlim (ToxAlim), IDENA, For this specific study we received a grant from the ANR-T (grant number = ANR-2017/1414) to partly cover Bara LO’s PhD. salary.An other financial support (number = ANR-10-INBS-08) was previously given to the technical platform in charge of our metabolomics analysis, and ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010)
Subjects: Fatty Liver, [SDV] Life Sciences [q-bio], Multidisciplinary, Ducks, Thinness, [SDV]Life Sciences [q-bio], Hyperaldosteronism, Animals, Metabolomics
Abstract: Understanding the evolution of fatty liver metabolism of ducks is a recurrent issue for researchers and industry. Indeed, the increase in weight during the overfeeding period leads to an important change in the liver metabolism. However, liver weight is highly variable at the end of overfeeding within a batch of animals reared, force-fed and slaughtered in the same way. For this study, we performed a proton nuclear magnetic resonance (1H-NMR) analysis on two classes of fatty liver samples, called low-weight liver (weights between 550 and 599 g) and high-weight liver (weights above 700 g). The aim of this study was to identify the differences in metabolism between two classes of liver weight (low and high). Firstly, the results suggested that increased liver weight is associated with higher glucose uptake leading to greater lipid synthesis. Secondly, this increase is probably also due to a decline in the level of export of triglycerides from the liver by maintaining them at high hepatic concentration levels, but also of hepatic cholesterol. Finally, the increase in liver weight could lead to a significant decrease in the efficiency of aerobic energy metabolism associated with a significant increase in the level of oxidative stress. However, all these hypotheses will have to be confirmed in the future, by studies on plasma levels and specific assays to validate these results.
Published: 2022
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19. Molecular detection of parapoxvirus in Ixodidae ticks collected from cattle in Corsica, France

Author: Vincent Cicculli, Nazli Ayhan, Léa Luciani, Laura Pezzi, Apolline Maitre, Dorine Decarreaux, Xavier de Lamballerie, Jean‐Christophe Paoli, Laurence Vial, Remi Charrel, Alessandra Falchi, Université Pascal Paoli (UPP), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Systèmes d'Elevage Méditerranéens et Tropicaux - Laboratoire de Recherche sur le Développement de l'Elevage (SELMET-LRDE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Corsican Territorial Collectivity and the University of Corsica, Collectivite de Corse: Cullettivita di Corsica, and LESUR, Hélène
Subjects: Parapoxvirus, Swine Diseases, Goat Diseases, Sheep, Ixodidae, General Veterinary, Swine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sheep Diseases, Tick Infestations, ticks, zoonoses, [SDV] Life Sciences [q-bio], Tick-Borne Diseases, cattle, Animals, Female, Horse Diseases, epidemiology, Horses
Abstract: International audience; Background: Several viruses belonging to the family Poxviridae can cause infections in humans and animals. In Corsica, livestock farming (sheep, goats, pigs, and cattle) is mainly mixed, leading to important interactions between livestock, wildlife, and human populations. This could facilitate the circulation of zoonotic diseases, and makes Corsica a good example for studies of tick-borne diseases.Objectives: To gain understanding on the circulation of poxviruses in Corsica, we investigated their presence in tick species collected from cattle, sheep, horses, and wild boar, and characterized them through molecular techniques.Methods: Ticks were tested using specific primers targeting conserved regions of sequences corresponding to two genera: parapoxvirus and orthopoxvirus.Results: A total of 3555 ticks were collected from 1549 different animals (687 cattle, 538 horses, 106 sheep, and 218 wild boars). They were tested for the presence of parapoxvirus DNA on one hand and orthopoxvirus DNA on the other hand using Pangeneric real-time TaqMan assays. Orthopoxvirus DNA was detected in none of the 3555 ticks. Parapoxvirus DNA was detected in 6.6% (36/544) of ticks collected from 23 cows from 20 farms. The remaining 3011 ticks collected from horses, wild boars, and sheep were negative. The infection rate in cow ticks was 8.0% (12/148) in 2018 and 6.0% (24/396) in 2019 (p = 0.57). Parapoxvirus DNA was detected in 8.5% (5/59) of Hyalomma scupense pools, 8.2% (15/183) of Hyalomma marginatum pools, and 6.7% (16/240) of Rhipicephalus bursa pools (p = 0.73). We successfully amplified and sequenced 19.4% (7/36) of the positive samples which all corresponded to pseudocowpox virus.Conclusions: Obviously, further studies are needed to investigate the zoonotic potential of pseudocowpox virus and its importance for animals and public health.
Published: 2022
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20. In Vitro Bioactivities of Extracts from Tomato Pomace

Author: Othmane Merah, Akram Hijazi, Chaker El-Kalamouni, Juliano G. Haddad, Philippe Evon, Jalloul Bouajila, Pascale de Caro, Aya Jamaleddine, Chimie Agro-Industrielle (CAI), Ecole nationale supérieure des ingénieurs en arts chimiques et technologiques (ENSIACET), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Génie Chimique (LGC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Stem Cells [Lebanese, Beirut] (ER045-PRASE), Lebanese University [Beirut] (LU), This PhD work was supported by the Partnership Hubert Curien (PHC) -CEDRE Program, grant No. 42232RE., Ecole nationale supérieure des ingénieurs en arts chimiques et technologiques-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and LESUR, Hélène
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], tomato pomace, General Immunology and Microbiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], green extraction, biological activity, General Medicine, HPLC-DAD, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Abstract: International audience; Background: Tomato pomace (TP) is a coproduct generated by the extraction of tomato pulp, and is a potential source of bioactive molecules. In this study, we isolated several fractions from TP and evaluated their biological properties. Materials and Methods: TP was treated by maceration at room temperature with green solvents (ethanol, ethyl acetate, ethanol:water and ethanol:ethyl acetate) or supercritical CO2 (SC-CO2). The extracts were analyzed by HPLC-DAD to determine their composition, and their antioxidant activity was assessed. The potential therapeutic effects of the isolated fractions were assessed in vitro. Results: We identified 30 molecules on chromatography profiles, which revealed an abundance in phenolic acids, carotenoids, flavonoids and tannins, with differences in selectivity according to the solvent and pretreatment used. The highest radical scavenging activities were measured at 64–72% inhibition, corresponding to the ethanol or ethanol:water extracts with the highest polyphenol or flavonoid contents. Carotenoid content was increased by chemical pretreatment, to attain levels of 161 mg β-carotene/g ethyl acetate extract. This level of carotenoids seemed to have anti-inflammatory effects, with an IC50 of 9.3 μg/mL. In terms of anti-diabetic effects, the activities of α-glucosidase and α-amylase were best inhibited by extraction in an ethanol-to-water mixture (50:50). Cytotoxicity in a tumor cell line were highest for SC-CO2 extracts (64.5% inhibition) and for ethanol extracts obtained after the enzymatic pretreatment of TP (37% inhibition). Some extracts also had dose-dependent activity against Zika virus. Conclusions: New fractions obtained from TP with ecocompatible solvents in mild conditions are rich in bioactive molecules. A comparison of the chromatographic profiles of the extracts led to the identification of several key molecules with therapeutic properties. The chemical pretreatment of TP is justified as a mean of increasing the carotenoid content of ethyl acetate fractions, whereas enzymatic pretreatment can increase the antioxidant activity of ethyl acetate fractions and increase the cytotoxicity of ethanol fractions. The SC-CO2 fraction contained a smaller number of metabolites detectable on HPLC, but it had high levels of cytotoxicity and antioxidant activity. Finally, the fractions obtained appeared to be suitable for use to target one or several of the biological activities studied.
Published: 2022
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21. A large scale multi-laboratory suspect screening of pesticide metabolites in human biomonitoring: From tentative annotations to verified occurrences

Author: Huber, Carolin, Nijssen, Rosalie, Mol, Hans, Philippe Antignac, Jean, Krauss, Martin, Brack, Werner, Wagner, Kevin, Debrauwer, Laurent, Maria Vitale, Chiara, James Price, Elliott, Klanova, Jana, Garlito Molina, Borja, Leon, Nuria, Pardo, Olga, Fernández, Sandra F, Szigeti, Tamás, Középesy, Szilvia, Šulc, Libor, Čupr, Pavel, Mārtiņsone, Inese, Akülova, Läsma, Ottenbros, Ilse, Vermeulen, Roel, Vlaanderen, Jelle, Luijten, Mirjam, Lommen, Arjen, IRAS OH Epidemiology Chemical Agents, LESUR, Hélène, Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID, European Human Biomonitoring Initiative - HBM4EU - - H20202017-01-01 - 2021-12-31 - 733032 - VALID, Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Goethe-University Frankfurt am Main, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Laboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Research Centre for Toxic Compounds in the Environment [Brno] (RECETOX / MUNI), Faculty of Science [Brno] (SCI / MUNI), Masaryk University [Brno] (MUNI)-Masaryk University [Brno] (MUNI), Universitat Jaume I, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana [Espagne] (FISABIO), Universitat de València (UV), National center for public health [Hungary], Riga Stradins University (RSU), National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Institute for Risk Assessment Sciences [Utrecht, The Netherlands] (IRAS), Utrecht University [Utrecht], This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 733032 HBM4EU. C.M.V., E.J.P, L.Š., P.Č. & J.K. acknowledge the RECETOX research infrastructure supported by the Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic (LM2018121) and the Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic (CZ.02.1.01/0.0/0.0/17_043/0009632). This work was supported from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 857560 and No 857340. E.J.P. acknowledges support from Czech Operational Programme Research, Development and Education - Project MSCAfellow4@MUNI (No. CZ.02.2.69/0.0/0.0/20_079/0017045). L.D. and K.W. would like to thank the MetaboHUB French National Infrastructure (MetaboHUB-ANR-11-INBS-0010, 2011). The QExactive Plus LC-HRMS used at UFZ is part of the major infrastructure initiative CITEPro (Chemicals in the Terrestrial Environment Profiler) funded by the Helmholtz Association. The Dutch Ministry of Agriculture, Nature and Food Quality are acknowledged for co-funding through projects 1277354201 and 1267333701. The European Union is acknowledged for co-funding through the European Regional Development Fund Operational Programme (ERDF) of the Valencia Region (2014-2020)., ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), European Project: 733032,H2020,HBM4EU(2017), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), and IRAS OH Epidemiology Chemical Agents
Subjects: HBM4EU, LC-HRMS, human biomonitoring, [SDV]Life Sciences [q-bio], pesticides, Suspect screening, suspect screening, exposomics, Team Pesticides 2, Pesticide metabolites, Human biomonitoring, Exposomics, Pesticides, LC-HAMS, [SDV] Life Sciences [q-bio], Environmental Science(all), pesticide urinary metabolites, General Environmental Science, VLAG
Abstract: International audience; Within the Human Biomonitoring for Europe initiative (HBM4EU), a study to determine new biomarkers of exposure to pesticides and to assess exposure patterns was conducted. Human urine samples (N = 2,088) were collected from five European regions in two different seasons. The objective of the study was to identify pesticides and their metabolites in collected urine samples with a harmonized suspect screening approach based on liquid chromatography coupled to high resolution mass spectrometry (LC-HRMS) applied in five laboratories. A combined data processing workflow included comprehensive data reduction, correction of mass error and retention time (RT) drifts, isotopic pattern analysis, adduct and elemental composition annotation, finalized by a mining of the elemental compositions for possible annotations of pesticide metabolites. The obtained tentative annotations (n = 498) were used for acquiring representative data-dependent tandem mass spectra (MS2) and verified by spectral comparison to reference spectra generated from commercially available reference standards or produced through human liver S9 in vitro incubation experiments. 14 parent pesticides and 71 metabolites (including 16 glucuronide and 11 sulfate conjugates) were detected. Collectively these related to 46 unique pesticides.For the remaining tentative annotations either (i) no data-dependent MS2 spectra could be acquired, (ii) the spectral purity was too low for sufficient matching, or (iii) RTs indicated a wrong annotation, leaving potential for more pesticides and/or their metabolites being confirmed in further studies. Thus, the reported results are reflecting only a part of the possible pesticide exposure.
Published: 2022
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22. Maternal heme-enriched diet promotes a gut pro-oxidative status associated with microbiota alteration, gut leakiness and glucose intolerance in mice offspring

Author: Anaïs Mazenc, Loïc Mervant, Claire Maslo, Corinne Lencina, Valérie Bézirard, Mathilde Levêque, Ingrid Ahn, Valérie Alquier-Bacquié, Nathalie Naud, Cécile Héliès-Toussaint, Laurent Debrauwer, Sylvie Chevolleau, Françoise Guéraud, Fabrice H.F. Pierre, Vassilia Théodorou, Maïwenn Olier, LESUR, Hélène, Neuro-Gastroentérologie & Nutrition (ToxAlim-NGN), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Prévention et promotion de la cancérogénèse par les aliments (ToxAlim-PPCA), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), and This work was supported by the Human Nutrition and Food safety research division (AlimH) of the French National Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE), and the Région Occitanie.
Subjects: Male, Mice, Inbred C3H, Glucose metabolism, Lipoperoxidation, Red meat, Iron, Microbiota, [SDV]Life Sciences [q-bio], Organic Chemistry, Clinical Biochemistry, Early life nutrition, Heme, Gut microbiota, Diet, High-Fat, Biochemistry, [SDV] Life Sciences [q-bio], Mice, Oxidative Stress, Pregnancy, Heme iron, Gut barrier, Glucose Intolerance, Animals, Female
Abstract: International audience; Maternal environment, including nutrition and microbiota, plays a critical role in determining offspring's risk of chronic diseases such as diabetes later in life. Heme iron requirement is amplified during pregnancy and lactation, while excessive dietary heme iron intake, compared to non-heme iron, has shown to trigger acute oxidative stress in the gut resulting from reactive aldehyde formation in conjunction with microbiota reshape. Given the immaturity of the antioxidant defense system in early life, we investigated the extent to which a maternal diet enriched with heme iron may have a lasting impact on gut homeostasis and glucose metabolism in 60-day-old C3H/HeN mice offspring. As hypothesized, the form of iron added to the maternal diet differentially governed the offspring's microbiota establishment despite identical fecal iron status in the offspring. Importantly, despite female offspring was unaffected, oxidative stress markers were however higher in the gut of male offspring from heme enriched-fed mothers, and were accompanied by increases in fecal lipocalin-2, intestinal para-cellular permeability and TNF-α expression. In addition, male mice displayed blood glucose intolerance resulting from impaired insulin secretion following oral glucose challenge. Using an integrated approach including an aldehydomic analysis, this male-specific phenotype was further characterized and revealed close covariations between unidentified putative reactive aldehydes and bacterial communities belonging to Bacteroidales and Lachnospirales orders. Our work highlights how the form of dietary iron in the maternal diet can dictate the oxidative status in gut offspring in a sex-dependent manner, and how a gut microbiota-driven oxidative challenge in early life can be associated with gut barrier defects and glucose metabolism disorders that may be predictive of diabetes development.
Published: 2022
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23. Increased fermentable carbohydrate intake alters colonic mucus barrier function through glycation processes and increased mast cell counts

Author: J. B. J. Kamphuis, Laurent Reber, H. Eutamène, V. Theodorou, LESUR, Hélène, Role des IgE humaines et de leur récepteur FceRI dans l'asthme et sa potentialisation par l'obésité - - AsthmAb2020 - ANR-20-CE15-0026 - AAPG2020 - VALID, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Développement d'un vaccin thérapeutique pour les maladies allergiques - - AllergyVACS2018 - ANR-18-CE18-0023 - AAPG2018 - VALID, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neuro-Gastroentérologie & Nutrition (ToxAlim-NGN), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), 607652/People Programme of the EU's 7th Framework Programme SPF202005011962/French Medical Research Foundation EQU202103012566/French Medical Research Foundation ANR18-CE18-0023/French National Research Agency ANR-20-CE15-0026/French National Research Agency, ANR-20-CE15-0026,AsthmAb,Role des IgE humaines et de leur récepteur FceRI dans l'asthme et sa potentialisation par l'obésité(2020), and ANR-18-CE18-0023,AllergyVACS,Développement d'un vaccin thérapeutique pour les maladies allergiques(2018)
Subjects: mucosal irritation, goblet cells, advanced glycation end products, [SDV]Life Sciences [q-bio], Oligosaccharides, food and beverages, Cell Count, Lactose, mast cells, Biochemistry, mucus barrier dysregulation, Irritable Bowel Syndrome, [SDV] Life Sciences [q-bio], Mice, Mucus, intestinal barrier, Genetics, Animals, Pyridoxamine, Molecular Biology, fermentable carbohydrates, FODMAPs, Biotechnology
Abstract: International audience; Irritable bowel syndrome (IBS) is a functional gastrointestinal disorder for which dietary interventions can be a useful treatment. In recent years, the low-FODMAP approach is gaining traction in this regard. The fermentation of these non-absorbed carbohydrates by the gut microbiota can generate toxic glycating metabolites, such as methylglyoxal. These metabolites can have harmful effects by their role in the generation of advanced glycation end products (AGEs), which activates Receptor for AGEs (AGER). Mast cells can be stimulated by AGEs and play a role in IBS. We have treated mice with lactose or fructo-oligosaccharides (FOS), with or without co-administration of pyridoxamine and investigated the colonic mucus barrier. We have found that an increased intake of lactose and fructo-oligosaccharides induces a dysregulation of the colonic mucus barrier, increasing mucus discharge in empty colon, while increasing variability and decreasing average thickness mucus layer covering the fecal pellet. Changes were correlated with increased mast cell counts, pointing to a role for the crosstalk between these and goblet cells. Additionally, AGE levels in colonic epithelium were increased by treatment with the selected fermentable carbohydrates. Observed effects were prevented by co-treatment with anti-glycation agent pyridoxamine, implicating glycation processes in the negative impact of fermentable carbohydrate ingestion. This study shows that excessive intake of fermentable carbohydrates can cause colonic mucus barrier dysregulation in mice, by a process that involves glycating agents and increased mucosal mast cell counts.
Published: 2022
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24. A novel toxic effect of foodborne trichothecenes: The exacerbation of genotoxicity

Author: Marion Garofalo, Delphine Payros, Marie Penary, Eric Oswald, Jean-Philippe Nougayrède, Isabelle P. Oswald, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), This work was supported by grants from the French Agence Nationale de la Recherche (Genofood ANR-19-CE34 and GenoMyc ANR-22-CE34). MG was supported by a fellowship from the French ministry for Higher Education and Research., ANR-19-CE34-0014,Genofood,Exacerbation de la génotoxicité du microbiote intestinal par un contaminant alimentaire(2019), LESUR, Hélène, and Exacerbation de la génotoxicité du microbiote intestinal par un contaminant alimentaire - - Genofood2019 - ANR-19-CE34-0014 - AAPG2019 - VALID
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], Carcinogenic potential, Microbiota, [SDV]Life Sciences [q-bio], Health, Toxicology and Mutagenesis, Colibactin, General Medicine, Mycotoxins, Pesticides, Toxicology, Pollution
Abstract: International audience; Trichothecenes (TCT) are very common mycotoxins. While the effects of DON, the most prevalent TCT, have been extensively studied, less is known about the effect of other trichothecenes. DON has ribotoxic, pro-inflammatory, and cytotoxic potential and induces multiple toxic effects in humans and animals. Although DON is not genotoxic by itself, it has recently been shown that this toxin exacerbates the genotoxicity induced by model or bacterial genotoxins. Here, we show that five TCT, namely T-2 toxin (T-2), diacetoxyscirpenol (DAS), nivalenol (NIV), fusarenon-X (FX), and the newly discovered NX toxin, also exacerbate the DNA damage inflicted by various genotoxins. The exacerbation was dose dependent and observed with phleomycin, a model genotoxin, captan, a pesticide with genotoxic potential, and colibactin, a bacterial genotoxin produced by the intestinal microbiota. For this newly described effect, the trichothecenes ranked in the following order: T-2>DAS > FX > NIV ≥ DON ≥ NX. The genotoxic exacerbating effect of TCT correlated with their ribotoxic potential, as measured by the inhibition of protein synthesis. In conclusion, our data demonstrate that TCT, which are not genotoxic by themselves, exacerbate DNA damage induced by various genotoxins. Therefore, foodborne TCT could enhance the carcinogenic potential of genotoxins present in the diet or produced by intestinal bacteria.
Published: 2023
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25. PADI-web 3.0: A new framework for extracting and disseminating fine-grained information from the news for animal disease surveillance

Author: Valentin, Sarah, Arsevska, Elena, Rabatel, Julien, Falala, Sylvain, Mercier, Alizé, Lancelot, Renaud, Roche, Mathieu, Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale (UMR TETIS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was funded by the French General Directorate for Food (DGAL) , the French Agricultural Research Centre for International Development (CIRAD) and the SONGES Project (FEDER and Occitanie) . This work was also supported by the French National Research Agency under the Investments for the Future Program, referred to as ANR-16-CONV-0004., ANR-16-CONV-0004,DIGITAG,Institut Convergences en Agriculture Numérique(2016), LESUR, Hélène, and Institut Convergences en Agriculture Numérique - - DIGITAG2016 - ANR-16-CONV-0004 - CONV - VALID
Subjects: Medicine (General), R5-920, Text mining, [SDV]Life Sciences [q-bio], Animal disease surveillance, Software, Research Paper
Abstract: International audience; Platform for Automated extraction of animal Disease Information from the web) is a biosurveillance system dedicated to monitoring online news sources for the detection of emerging animal infectious diseases. PADI-web has collected more than 380,000 news articles since 2016. Compared to other existing biosurveillance tools, PADI-web focuses specifically on animal health and has a fully automated pipeline based on machinelearning methods. This paper presents the new functionalities of PADI-web based on the integration of: (i) a new fine-grained classification system, (ii) automatic methods to extract terms and named entities with textmining approaches, (iii) semantic resources for indexing keywords and (iv) a notification system for endusers. Compared to other biosurveillance tools, PADI-web, which is integrated in the French Platform for Animal Health Surveillance (ESA Platform), offers strong coverage of the animal sector, a multilingual approach, an automated information extraction module and a notification tool configurable according to end-user needs.
Published: 2021
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26. Antimicrobial Resistance in Africa—How to Relieve the Burden on Family Farmers

Author: Marion Bordier, Barbara Wieland, Flavie Goutard, François Roger, Ekta Patel, Alexis Delabouglise, Muriel Figuié, Marisa Peyre, Charlotte Dehays, Alexandre Hobeika, Christian Lienhardt, Arshnee Moodley, Christian Ducrot, Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Montpellier Interdisciplinary center on Sustainable Agri-food systems (Social and nutritional sciences) (UMR MoISA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), International Livestock Research Institute [CGIAR, Nairobi] (ILRI), International Livestock Research Institute [CGIAR, Ethiopie] (ILRI), Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR)-Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Laboratoire National d'Elevage et de Recherches Vétérinaires [Dakar] (LNERV), Institut Sénégalais de Recherches Agricoles [Dakar] (ISRA), Faculty of Veterinary Medicine [Kasetsart University, Thaïlande], Kasetsart University (KU)-Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Université Eduardo Mondlane, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), LESUR, Hélène, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), and University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)
Subjects: antibiotic resistance, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Psychological intervention, Infectious and parasitic diseases, RC109-216, 0403 veterinary science, Anti-Infective Agents, Antimicrobial Resistance in Africa—How to Relieve the Burden on Family Farmers, Socioeconomics, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Farmers, Enquête, Qualitative interviews, 1. No poverty, 04 agricultural and veterinary sciences, Antimicrobial, 3. Good health, Anti-Bacterial Agents, [SDV] Life Sciences [q-bio], Infectious Diseases, Perspective, Medicine, Public Health, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Veterinary Drugs, agriculture familiale, 040301 veterinary sciences, Exploitation agricole familiale, farms animals, L75 - Pharmacologie et toxicologie, family farmers, Agent pathogène, antimicrobials, 03 medical and health sciences, Antibiotic resistance, Drug Resistance, Bacterial, medicine, Animals, Humans, antimicrobial resistance, 030304 developmental biology, business.industry, Public health, L01 - Élevage - Considérations générales, Antimicrobial use, Agriculture, Africa, Business, Antimicrobien, Résistance aux antimicrobiens
Abstract: International audience; Although currently available data indicate that Africa has the lowest usage of antimicrobials in animals in the world (adjusted by animal biomass), data show a high prevalence of antimicrobial resistance in foodborne pathogens isolated from animals and animal products. Apart from the lack of solid data on antimicrobial use in many countries in Africa, diff erent hypotheses could explain this situation. Qualitative interviews of farmers show a lack of knowledge and uninformed use of antimicrobials. Considering the development of animal farming to meet an increasing demand for proteins, this defi ciency represents a serious public health issue. We advocate for policies that consider the specifi c challenges faced by family farmers in Africa, to simultaneously improve access to veterinary drugs while strengthening the regulation of their use. We propose a global approach targeting the agri-food system, off ering innovative social and technical interventions on antimicrobial usage, adapted to family farmers.
Published: 2021
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27. Transgenerational metabolomic fingerprints in mice ancestrally exposed to the obesogen TBT

Author: Raquel Chamorro-Garcia, Bruce Blumberg, Isabelle Jouanin, Riann Jenay Egusquiza, Bassem M. Shoucri, Marie Tremblay-Franco, Cécile Canlet, Roselyne Gautier, Daniel Zalko, Nathalie Poupin, University of California [Irvine] (UCI), University of California, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), University of California [Irvine] (UC Irvine), University of California (UC), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, and LESUR, Hélène
Subjects: Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Physiology, Disease, Endocrine Disruptors, Metabolic disruptor, Oral and gastrointestinal, mycotoxin, chemistry.chemical_compound, Mice, 0302 clinical medicine, Pregnancy, 2.1 Biological and endogenous factors, Obesogen, GE1-350, Aetiology, General Environmental Science, 0303 health sciences, Liver Disease, Tributyltin, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Endocrine disruptor, post-harvest disease, Female, Pediatric Research Initiative, aggressiveness factor, Biology, 03 medical and health sciences, Metabolomics, Insulin resistance, medicine, Metabolome, Animals, Obesity, Penicillium expansum, patulin, Metabolic and endocrine, apples, 030304 developmental biology, Nutrition, Prevention, medicine.disease, Estrogen, Environmental sciences, chemistry, Transgenerational effects, Trialkyltin Compounds, Digestive Diseases, 030217 neurology & neurosurgery, Environmental Sciences
Abstract: Author(s): Chamorro-Garcia, Raquel; Poupin, Nathalie; Tremblay-Franco, Marie; Canlet, Cecile; Egusquiza, Riann; Gautier, Roselyne; Jouanin, Isabelle; Shoucri, Bassem M; Blumberg, Bruce; Zalko, Daniel | Abstract: BackgroundEndocrine disrupting chemicals (EDCs) contribute to the etiology of metabolic disorders such as obesity, insulin resistance and hepatic dysfunction. Concern is growing about the consequences of perinatal EDC exposure on disease predisposition later in life. Metabolomics are promising approaches for studying long-term consequences of early life EDC exposure. These approaches allow for the identification and characterization of biomarkers of direct or ancestral exposures that could be diagnostic for individual susceptibility to disease and help to understand mechanisms through which EDCs act.ObjectivesWe sought to identify metabolomic fingerprints in mice ancestrally exposed to the model obesogen tributyltin (TBT), to assess whether metabolomics could discriminate potential trans-generational susceptibility to obesity and recognize metabolic pathways modulated by ancestral TBT exposure.MethodsWe used non-targeted 1H NMR metabolomic analyses of plasma and liver samples collected from male and female mice ancestrally exposed to TBT in two independent transgenerational experiments in which F3 and F4 males became obese when challenged with increased dietary fat.ResultsMetabolomics confirmed transgenerational obesogenic effects of environmentally relevant doses of TBT in F3 and F4 males, in two independent studies. Although females never became obese, their specific metabolomic fingerprint evidenced distinct transgenerational effects of TBT in female mice consistent with impaired capacity for liver biotransformation.DiscussionThis study is the first application of metabolomics to unveil the transgenerational effects of EDC exposure. Very early, significant changes in the plasma metabolome were observed in animals ancestrally exposed to TBT. These changes preceded the onset of obesogenic effects elicited by increased dietary fat in the TBT groups, and which ultimately resulted in significant changes in the liver metabolome. Development of metabolomic fingerprints could facilitate the identification of individuals carrying the signature of ancestral obesogen exposure that might increase their susceptibility to other risk factor such as increased dietary fat.
Published: 2021
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28. Lactobacillus supports Clostridiales to restrict gut colonization by multidrug-resistant Enterobacteriaceae

Author: Ana Djukovic, María José Garzón, Cécile Canlet, Vitor Cabral, Rym Lalaoui, Marc García-Garcerá, Julia Rechenberger, Marie Tremblay-Franco, Iván Peñaranda, Leonor Puchades-Carrasco, Antonio Pineda-Lucena, Eva María González-Barberá, Miguel Salavert, José Luis López-Hontangas, Miguel Á. Sanz, Jaime Sanz, Bernhard Kuster, Jean-Marc Rolain, Laurent Debrauwer, Karina B. Xavier, Joao B. Xavier, Carles Ubeda, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana [Espagne] (FISABIO), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Instituto Gulbenkian de Ciência [Oeiras] (IGC), Fundação Calouste Gulbenkian, Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Instituto de Investigación Sanitaria de Aragón [Zaragoza] (IIS Aragón), Universidad de Navarra [Pamplona] (UNAV), Hospital Universitari i Politècnic La Fe = University and Polytechnic Hospital La Fe, Instituto de Salud Carlos III [Madrid] (ISC), Memorial Sloan-Kettering Cancer Institute, Memorial Sloane Kettering Cancer Center [New York], C.U. was supported by the InfectERA-ERANET-Acciones complementarias grant [PCIN-2015-094] from the Spanish Ministerio de Economia y Competitividad and the 7th Research framework program from EU, grants from Conselleria d'Innovacio, Universitats, Ciencia i Societat Digital [AICO/2019/266, CIPROM/2021/053] and a grant from the Spanish MICINN [PID2020-120292RB-I00]. A.D. was supported by a Boehringer Ingelheim Fonds travel grant, and with J.B.X. by grant R01 AI137269/AI/NIAID from the US National Institutes of Health. B.K. was supported by the BMBF FloraStopMRE grant [031L0089]. V.C. was supported by an European Commission grant [MSCA-IF-2018-843183]. J.S. was supported by an InfectERA-ERANET-Acciones complementarias de programacion conjunta internacional grant (AC15/00070) and Proyectos de Investigacion en Salud del Instituto Carlos III (PI18/00280). K.B.X. was supported by FundacAo para a Ciencia e a Tecnologia grant (InfectERA/0004/2015). J.M.R. was supported by ANR FloraStopInfectMRE project., Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), and LESUR, Hélène
Subjects: Clostridiales, Multidisciplinary, [SDV]Life Sciences [q-bio], General Physics and Astronomy, General Chemistry, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Anti-Bacterial Agents, [SDV] Life Sciences [q-bio], Butyrates, Lactobacillus, Mice, Enterobacteriaceae, Animals, Prospective Studies
Abstract: Infections by multidrug-resistant Enterobacteriaceae (MRE) are life-threatening to patients. The intestinal microbiome protects against MRE colonization, but antibiotics cause collateral damage to commensals and open the way to colonization and subsequent infection. Despite the significance of this problem, the specific commensals and mechanisms that restrict MRE colonization remain largely unknown. Here, by performing a multi-omic prospective study of hospitalized patients combined with mice experiments, we find that Lactobacillus is key, though not sufficient, to restrict MRE gut colonization. Lactobacillus rhamnosus and murinus increase the levels of Clostridiales bacteria, which induces a hostile environment for MRE growth through increased butyrate levels and reduced nutrient sources. This mechanism of colonization resistance, an interaction between Lactobacillus spp. and Clostridiales involving cooperation between microbiota members, is conserved in mice and patients. These results stress the importance of exploiting microbiome interactions for developing effective probiotics that prevent infections in hospitalized patients.
Published: 2021
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29. Towards Aldehydomics: Untargeted Trapping and Analysis of Reactive Diet-Related Carbonyl Compounds Formed in the Intestinal Lumen

Author: Nathalie Naud, Maria-Helena Noguer-Meireles, Isabelle Jouanin, Françoise Guéraud, Sylvie Chevolleau, Fabrice Pierre, Jean-François Martin, Laurent Debrauwer, Loïc Mervant, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ToxAlim (ToxAlim), Prévention et promotion de la cancérogénèse par les aliments (ToxAlim-PPCA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), This research was funded by French National Agency for Research (ANR, grant ANR-10ALIA-014) and by the INRAE-AlimH research division., ANR-10-ALIA-0014,SECURIVIANDE,Stratégies préventives de la cancérogenèse colorectale en production et transformation des viandes(2010), LESUR, Hélène, PROGRAMME DE RECHERCHE EN ALIMENTATION ET INDUSTRIES ALIMENTAIRES - Stratégies préventives de la cancérogenèse colorectale en production et transformation des viandes - - SECURIVIANDE2010 - ANR-10-ALIA-0014 - ALIA - VALID, Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: malondialdehyde, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Clinical Biochemistry, isotopic labelling, RM1-950, Tandem mass spectrometry, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Biochemistry, Aldehyde, Article, Lipid peroxidation, Isotopic labeling, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Metabolomics, untargeted trapping, aldehydes, 4-hydroxy-hexenal, Derivatization, Molecular Biology, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Chromatography, Chemistry, 010401 analytical chemistry, HPLC–HRMS, Fatty acid, lipid peroxidation, Cell Biology, 4-hydroxy-nonenal, 0104 chemical sciences, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], fecal water, Therapeutics. Pharmacology, metabolomic
Abstract: International audience; Lipid peroxidation and subsequent formation of toxic aldehydes, such as 4-hydroxynonenal, is known to be involved in numerous pathophysiological processes, possibly including the development of colorectal cancer. This work aimed at the development of an untargeted approach using high-performance liquid chromatography coupled with high-resolution mass spectrometry (HPLC–HRMS) for tracking aldehydes in both suspect screening and untargeted methods in fecal water, representing the aqueous environment of colon epithelial cells. This original approach is based on the introduction of a characteristic isotopic labeling by selective derivatization of the carbonyl function using a brominated reagent. Following a metabolomics workflow, the developed methodology was applied to the characterization of aldehyde compounds formed by lipid peroxidation in rats fed two different diets differentially prone to lipoperoxidation. Derivatized aldehydes were first selectively detected on the basis of their isotopic pattern, then annotated and finally identified by tandem mass spectrometry. This original approach allowed us to evidence the occurrence of expected aldehydes according to their fatty acid precursors in the diet, and to characterize other aldehydes differentiating the different diets.
Published: 2021
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30. Roles of Estrogens in the Healthy and Diseased Oviparous Vertebrate Liver

Author: Alexandra Montagner, Walter Wahli, Pierre Gourdy, Hervé Rémignon, Blandine Tramunt, Nguan Soon Tan, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Diabétologie - Maladies Métaboliques - Nutrition, CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital de Rangueil, CHU Toulouse [Toulouse], Lee Kong Chian School of Medicine, Nanyang Technological University (NTU), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Center for Integrative Genomics - Institute of Bioinformatics, Génopode (CIG), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne (UNIL), Fondation pour la Recherche Medicale (FRM) (DEA20170638343/FDM201906008682), Service Diabétologie [CHU Toulouse], Pôle Cardiovasculaire et Métabolique [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Nanyang Technological University [Singapour], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), and LESUR, Hélène
Subjects: 0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, Very low-density lipoprotein, food.ingredient, medicine.drug_class, liver diseases, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, [SDV]Life Sciences [q-bio], G protein-coupled estrogen receptor, nuclear receptors, Context (language use), Review, Biochemistry, Microbiology, 03 medical and health sciences, Vitellogenin, 0302 clinical medicine, food, yolk, Internal medicine, Yolk, medicine, estrogen receptors, growth hormone, oogenesis, sexual dimorphism, vitellogenin, xenoestrogens, Molecular Biology, Fatty liver hemorrhagic syndrome, biology, medicine.disease, QR1-502, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030104 developmental biology, Endocrinology, Estrogen, biology.protein, GPER, Vitellogenins, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; The liver is a vital organ that sustains multiple functions beneficial for the whole organism. It is sexually dimorphic, presenting sex-biased gene expression with implications for the phenotypic differences between males and females. Estrogens are involved in this sex dimorphism and their actions in the liver of several reptiles, fishes, amphibians, and birds are discussed. The liver participates in reproduction by producing vitellogenins (yolk proteins) and eggshell proteins under the control of estrogens that act via two types of receptors active either mainly in the cell nucleus (ESR) or the cell membrane (GPER1). Estrogens also control hepatic lipid and lipoprotein metabolisms, with a triglyceride carrier role for VLDL from the liver to the ovaries during oogenesis. Moreover, the activation of the vitellogenin genes is used as a robust biomarker for exposure to xenoestrogens. In the context of liver diseases, high plasma estrogen levels are observed in fatty liver hemorrhagic syndrome (FLHS) in chicken implicating estrogens in the disease progression. Fishes are also used to investigate liver diseases, including models generated by mutation and transgenesis. In conclusion, studies on the roles of estrogens in the non-mammalian oviparous vertebrate liver have contributed enormously to unveil hormone-dependent physiological and physiopathological processes.
Published: 2021
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31. Statistical Integration of ‘Omics Data Increases Biological Knowledge Extracted from Metabolomics Data: Application to Intestinal Exposure to the Mycotoxin Deoxynivalenol

Author: Marie Tremblay-Franco, Claire Naylies, Imourana Alassane-Kpembi, Cécile Canlet, Philippe Pinton, Yannick Lippi, Isabelle P. Oswald, Roselyne Gautier, Manon Neves, Laurent Debrauwer, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Montréal (UdeM), This research was funded by the French National Infrastructure for metabolomics and fluxomics MetaboHUB ANR-11-INBS-010 and by the ExpoMycoPig project ANR-17-Carn012 and by an internal Toxalim grant., ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), LESUR, Hélène, Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: Endocrinology, Diabetes and Metabolism, [SDV]Life Sciences [q-bio], Computational biology, Biology, Biochemistry, Microbiology, Article, Omics data, Transcriptome, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, transcriptomics, 0302 clinical medicine, Metabolomics, statistical integration, Gene expression, mycotoxin exposure 1, metabolomics 3, mycotoxin exposure, Mycotoxin, Molecular Biology, Organism, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Phenotype, metabolomics, QR1-502, Metabolomics data, [SDV] Life Sciences [q-bio], chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, statistical integration 4, transcriptomics 2
Abstract: International audience; The effects of low doses of toxicants are often subtle and information extracted from metabolomic data alone may not always be sufficient. As end products of enzymatic reactions, metabolites represent the final phenotypic expression of an organism and can also reflect gene expression changes caused by this exposure. Therefore, the integration of metabolomic and transcriptomic data could improve the extracted biological knowledge on these toxicants induced disruptions. In the present study, we applied statistical integration tools to metabolomic and transcriptomic data obtained from jejunal explants of pigs exposed to the food contaminant, deoxynivalenol (DON). Canonical correlation analysis (CCA) and self-organizing map (SOM) were compared for the identification of correlated transcriptomic and metabolomic features, and O2-PLS was used to model the relationship between exposure and selected features. The integration of both ‘omics data increased the number of discriminant metabolites discovered (39) by about 10 times compared to the analysis of the metabolomic dataset alone (3). Besides the disturbance of energy metabolism previously reported, assessing correlations between both functional levels revealed several other types of damage linked to the intestinal exposure to DON, including the alteration of protein synthesis, oxidative stress, and inflammasome activation. This confirms the added value of integration to enrich the biological knowledge extracted from metabolomics
Published: 2021
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32. Integrative study of diet-induced mouse models of NAFLD identifies PPARα as a sexually dimorphic drug target

Author: Françoise Lenfant, Anne Fougerat, Cheng Zhang, Laurence Gamet-Payrastre, Marion Régnier, Maeva Guillaume, Lorraine Smith, Thierry Levade, Arnaud Polizzi, Yannick Lippi, Caroline Sommer, Marine Huillet, Talal Al Saati, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Sarra Smati, Nicolas Loiseau, Jinghong Wan, Catherine Postic, Yuna Blum, Alain Marrot, Adil Mardinoglu, Tiffany Fougeray, Muhammad Arif, Walter Wahli, Blandine Tramunt, Christophe Bureau, Patricia Dubot, Pierre Gourdy, Sandrine Ellero-Simatos, Céline Lukowicz, Alexandra Montagner, Frédéric Lasserre, Rémy Burcelin, Aurélie Batut, Claire Naylies, Jean-François Arnal, Alexia Laroyenne, Nathalie Hennuyer, Sophie Lotersztajn, Justine Bertrand-Michel, Bart Staels, Jean-Philippe Pradère, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Royal Institute of Technology [Stockholm] (KTH ), ANEXPLO, Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Régional d'Exploration Fonctionnelle et Ressources Expérimentales (CREFRE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Lab Excellence Inflamex (CRI INSERM U1149 - Bichat Medical Faculty), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Plateforme Ezop (Ezop), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Récepteurs Nucléaires, Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (RNMCD - U1011), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Lee Kong Chian School of Medicine, Nanyang Technological University [Singapour], Université de Lausanne (UNIL), CHU Toulouse [Toulouse], ANR-20-CE14-0035-04, Agence Nationale de la Recherche, FATMAL, Joint Programming Initiative A healthy diet for a healthy life, N/A, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, N/A, Société Française de Nutrition, N/A, Société Francophone du Diabète, N/A, Société Nationale Française de Gastro-Entérologie, N/A, Association Française pour l'Etude du Foie, N/A, Région Occitanie, N/A, Agreenskills, ANR-17-CE14-0035,PUSHUPS,Etude de la dysfonction des cellules souches musculaires au cours du sepsis(2017), LESUR, Hélène, Etude de la dysfonction des cellules souches musculaires au cours du sepsis - - PUSHUPS2017 - ANR-17-CE14-0035 - AAPG2017 - VALID, Institut des Maladies Métaboliques et Casdiovasculaires (UPS/Inserm U1297 - I2MC), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Régional d'Exploration Fonctionnelle et Ressources Expérimentales (CREFRE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Nanyang Technological University (NTU), Hôpital de Rangueil, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Régional d'Exploration Fonctionnelle et Ressources Expérimentales (CREFRE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Récepteurs Nucléaires, Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires - U1011 (RNMCD)
Subjects: Male, medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], Peroxisome proliferator-activated receptor, Biology, Diet, High-Fat, Transcriptome, Mice, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Non-alcoholic Fatty Liver Disease, Fibrosis, Internal medicine, lipid metabolism, medicine, Metabolome, Animals, Humans, PPAR alpha, nonalcoholic steatohepatitis, liver metabolism, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Fatty liver, Gastroenterology, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Lipid metabolism, Lipidome, medicine.disease, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Mice, Inbred C57BL, [SDV] Life Sciences [q-bio], Gene expression profiling, Disease Models, Animal, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Endocrinology, Liver, chemistry, gene expression, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: ObjectiveWe evaluated the influence of sex on the pathophysiology of non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD). We investigated diet-induced phenotypic responses to define sex-specific regulation between healthy liver and NAFLD to identify influential pathways in different preclinical murine models and their relevance in humans.DesignDifferent models of diet-induced NAFLD (high-fat diet, choline-deficient high-fat diet, Western diet or Western diet supplemented with fructose and glucose in drinking water) were compared with a control diet in male and female mice. We performed metabolic phenotyping, including plasma biochemistry and liver histology, untargeted large-scale approaches (liver metabolome, lipidome and transcriptome), gene expression profiling and network analysis to identify sex-specific pathways in the mouse liver.ResultsThe different diets induced sex-specific responses that illustrated an increased susceptibility to NAFLD in male mice. The most severe lipid accumulation and inflammation/fibrosis occurred in males receiving the high-fat diet and Western diet, respectively. Sex-biased hepatic gene signatures were identified for these different dietary challenges. The peroxisome proliferator-activated receptor α (PPARα) co-expression network was identified as sexually dimorphic, and in vivo experiments in mice demonstrated that hepatocyte PPARα determines a sex-specific response to fasting and treatment with pemafibrate, a selective PPARα agonist. Liver molecular signatures in humans also provided evidence of sexually dimorphic gene expression profiles and the sex-specific co-expression network for PPARα.ConclusionsThese findings underscore the sex specificity of NAFLD pathophysiology in preclinical studies and identify PPARα as a pivotal, sexually dimorphic, pharmacological target.Trial registration numberNCT02390232.
Published: 2021
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33. New targets for NAFLD

Author: Lucia Parlati, Catherine Postic, Marion Régnier, Hervé Guillou, LESUR, Hélène, Impact du métabolisme des acides gras des tissus adipeux et du foie sur l'insulinorésistance - - HepAdialogue2017 - ANR-17-CE14-0015 - AAPG2017 - VALID, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Lucia Parlati and Catherine Postic received funding from the French association for the study of the liver (AFEF). Catherine Postic and Herve Guillou received funding from the Agence Nationale de la Recherche (ANR-17-CE14-0015Hepadialogue)., ANR-17-CE14-0015,HepAdialogue,Impact du métabolisme des acides gras des tissus adipeux et du foie sur l'insulinorésistance(2017), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)
Subjects: HFD, high-fat diet, SREBP-1c, [SDV]Life Sciences [q-bio], Disease, Review, ACC, acetyl-CoA carboxylase, ASK1, apoptosis signal-regulating kinase 1, Chronic liver disease, Bioinformatics, ChREBP, carbohydrate responsive element–binding protein, PPARα, NEFA, TNF-α, tumour necrosis factor-α, 0302 clinical medicine, Fibrosis, Immunology and Allergy, Medicine, IL-, interleukin, VLDL, very low-density lipoprotein, 0303 health sciences, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, NEFA, non-esterified fatty acid, Fatty liver, Gastroenterology, NASH, lipotoxicity, FAS, fatty acid synthase, animal models, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], PY, persons/years, Lipotoxicity, FXR, Saturated fatty acid, JNK, c-Jun N-terminal kinase, 030211 gastroenterology & hepatology, LXR, CAP, controlled attenuation parameter, HSL, hormone-sensitive lipase, HSC, hepatic stellate cells, GGT, gamma glutamyltransferase, NAFLD, non-alcoholic fatty liver disease, ChREBP, NASH, non-alcoholic steatohepatitis, SFA, saturated fatty acid, TCA, tricarboxylic acid, Phf2, histone demethylase plant homeodomain finger 2, digestive system, 03 medical and health sciences, glucotoxicity, FXR, farnesoid X receptor, NAFLD, FFA, free fatty acid, Internal Medicine, RCT, randomised controlled trial, Liver X receptor, PPARa, 030304 developmental biology, FGF21, fibroblast growth factor-21, MCD, methionine- and choline-deficient, HVPG, hepatic venous pressure gradient, Hepatology, business.industry, PUFAs, polyunsaturated fatty acids, nutritional and metabolic diseases, TLR4, Toll-like receptor 4, SCD1, stearoyl-CoA desaturase-1, medicine.disease, digestive system diseases, PPARα, peroxisome proliferator-activated receptor-α, SREBP-1c, sterol regulatory element–binding protein-1c, Steatosis, LXR, liver X receptor, business, HCC, hepatocellular carcinoma, MUFA, monounsaturated fatty acids, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a growing cause of chronic liver disease worldwide. It is characterised by steatosis, liver inflammation, hepatocellular injury and progressive fibrosis. Several preclinical models (dietary and genetic animal models) of NAFLD have deepened our understanding of its aetiology and pathophysiology. Despite the progress made, there are currently no effective treatments for NAFLD. In this review, we will provide an update on the known molecular pathways involved in the pathophysiology of NAFLD and on ongoing studies of new therapeutic targets.
Published: 2021
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34. Endoplasmic reticulum stress controls iron metabolism through TMPRSS6 repression and hepcidin mRNA stabilization by RNA-binding protein HuR

Author: Belot, Audrey, Gourbeyre, Ophélie, Palin, Anais, Rubio, Aude, Largounez, Amélie, Besson-Fournier, Celine, Latour, Chloé, Lorgouilloux, Megane, Gallitz, Inka, Montagner, Alexandra, Polizzi, Arnaud, Régnier, Marion, Smati, Sarra, Zhang, An-Sheng, Diaz-Munoz, Manuel, Steinbicker, Andrea, Guillou, Hervé, Roth, Marie-Paule, Coppin, Hélène, Meynard, Delphine, Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University Hospital Münster - Universitaetsklinikum Muenster [Germany] (UKM), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Oregon Health and Science University [Portland] (OHSU), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cooley's Anemia Foundation, French Foundation for Rare Diseases, German Research Foundation (DFG) : STE-1985/4-1, United States Department of Health & Human Services, National Institutes of Health (NIH) - USA : R01DK102791, ATIP-AVENIR (INSERM/CNRS) program, Plan-Cancer : C18003BS, ANR-15-CE14-0026,Hepatokind,FGF21 contrôle homéostasie glucidique via les facteurs de transcription ChREBP et PPARa(2015), ANR-17-CE14-0036,IRONASH,Rôle du fer dans la pathologie du NASH(2017), ANR-17-CE14-0031,MTREAT-2,Manipuler la Matriptase-2 pour traiter les pathologies associées à une dérégulation du métabolisme du fer(2017), ANR-11-EQPX-0003,ANINFIMIP,Equipements plateforme animalerie infectieuse de haute-sécurité de Midi Pyrénées(2011), LESUR, Hélène, FGF21 contrôle homéostasie glucidique via les facteurs de transcription ChREBP et PPARa - - Hepatokind2015 - ANR-15-CE14-0026 - AAPG2015 - VALID, Rôle du fer dans la pathologie du NASH - - IRONASH2017 - ANR-17-CE14-0036 - AAPG2017 - VALID, Manipuler la Matriptase-2 pour traiter les pathologies associées à une dérégulation du métabolisme du fer - - MTREAT-22017 - ANR-17-CE14-0031 - AAPG2017 - VALID, Equipements plateforme animalerie infectieuse de haute-sécurité de Midi Pyrénées - - ANINFIMIP2011 - ANR-11-EQPX-0003 - EQPX - VALID, and Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity)
Subjects: MESH: Humans, MESH: Membrane Proteins / genetics, Iron, Serine Endopeptidases, Membrane Proteins, RNA-Binding Proteins, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Endoplasmic Reticulum Stress, MESH: Serine Endopeptidases / genetics, MESH: Hepcidins* / metabolism, MESH: RNA-Binding Proteins, Hepcidins, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], MESH: RNA, Messenger / genetics, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Humans, MESH: Endoplasmic Reticulum Stress* / genetics, MESH: Membrane Proteins / metabolism, RNA, Messenger, MESH: Hepcidins* / genetics, MESH: Iron / metabolism, Letters to the Editor, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; The liver hormone hepcidin controls the main inflows of iron into plasma by binding to and inducing the degradation or the occlusion of the iron export activity of ferroportin, the only known cellular exporter of iron. When hepcidin concentrations are high, iron is trapped in enterocytes of the duodenum, hepatocytes, and macrophages. Hepcidin production by the hepatocytes is induced by a number of stimuli, most notably iron, through the BMP-SMAD signaling pathway, and inflammatory signals, through the IL-6/ STAT3 signaling axis. In addition, hepcidin has also been reported to respond to intracellular stress, namely endoplasmic reticulum (ER) stress which is involved in a number of pathophysiological states, including the inflammatory response, nutrient disorders and viral infection. A previous study has suggested that hepcidin induction by ER stress is controlled by the BMP-SMAD pathway,5 but the exact mechanism is still uncertain
Published: 2021
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35. Dual regulation of TxNIP by ChREBP and FoxO1 in liver

Author: Tarik Issad, Anne-Françoise Burnol, Catherine Bernard, Gaëlle Filhoulaud, Sandra Guilmeau, InSug O-Sullivan, Arnaud Polizzi, Bénédicte Noblet, Alexandra Montagner, Catherine Postic, Hervé Guillou, Fadila Benhamed, Solenne Marmier, Wenwei Zhang, Terry G. Unterman, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), University of Illinois [Chicago] (UIC), University of Illinois System, Jesse Brown Veterans Affairs Medical Center, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Postic's lab (U1016-Institut Cochin) is supported by grants from Servier Laboratories , FRM (Foundation for the Medical Research, DEQ20150331744 ), EFSD -Novonordisk (European Foundation for the Study of Diabetes), and National Agency for Research (ANR) ( ANR-15-CE14-0026- Hepatokind). Unterman's lab is supported by VA Merit Review Grant ( IO1BX001968 )., ANR-15-CE14-0026,Hepatokind,FGF21 contrôle homéostasie glucidique via les facteurs de transcription ChREBP et PPARa(2015), LESUR, Hélène, FGF21 contrôle homéostasie glucidique via les facteurs de transcription ChREBP et PPARa - - Hepatokind2015 - ANR-15-CE14-0026 - AAPG2015 - VALID, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], FOXO1, Context (language use), 02 engineering and technology, Type 2 diabetes, Biology, Article, Molecular Physiology, 03 medical and health sciences, Endocrinology, Gene expression, medicine, Carbohydrate-responsive element-binding protein, lcsh:Science, Transcription factor, Molecular Biology, Multidisciplinary, 021001 nanoscience & nanotechnology, medicine.disease, 3. Good health, Cell biology, Genetically modified organism, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030104 developmental biology, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, lcsh:Q, 0210 nano-technology, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, TXNIP
Abstract: Summary TxNIP (Thioredoxin-interacting protein) is considered as a potential drug target for type 2 diabetes. Although TxNIP expression is correlated with hyperglycemia and glucotoxicity in pancreatic β cells, its regulation in liver cells has been less investigated. In the current study, we aim at providing a better understanding of Txnip regulation in hepatocytes in response to physiological stimuli and in the context of hyperglycemia in db/db mice. We focused on regulatory pathways governed by ChREBP (Carbohydrate Responsive Element Binding Protein) and FoxO1 (Forkhead box protein O1), transcription factors that play central roles in mediating the effects of glucose and fasting on gene expression, respectively. Studies using genetically modified mice reveal that hepatic TxNIP is up-regulated by both ChREBP and FoxO1 in liver cells and that its expression strongly correlates with fasting, suggesting a major role for this protein in the physiological adaptation to nutrient restriction., Graphical abstract, Highlights • TxNIP is considered as a potential candidate drug target for type 2 diabetes • We provide better understanding of Txnip regulation and function in liver • Hepatic Txnip is up-regulated by both ChREBP and FoxO1 transcription factors • We suggest a role for TxNIP in the physiological adaptation to nutrient restriction, Molecular Physiology ; Molecular Biology ; Endocrinology
Published: 2021
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36. The hepatocyte insulin receptor is required to program the liver clock and rhythmic gene expression

Author: Tiffany Fougeray, Arnaud Polizzi, Marion Régnier, Anne Fougerat, Sandrine Ellero-Simatos, Yannick Lippi, Sarra Smati, Frédéric Lasserre, Blandine Tramunt, Marine Huillet, Léonie Dopavogui, Juliette Salvi, Emmanuelle Nédélec, Vincent Gigot, Lorraine Smith, Claire Naylies, Caroline Sommer, Joel T. Haas, Walter Wahli, Hélène Duez, Pierre Gourdy, Laurence Gamet-Payrastre, Alexandre Benani, Anne-Françoise Burnol, Nicolas Loiseau, Catherine Postic, Alexandra Montagner, Hervé Guillou, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut des Maladies Métaboliques et Casdiovasculaires (UPS/Inserm U1297 - I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes Université - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (Nantes Univ - UFR MEDECINE), Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Service Diabétologie [CHU Toulouse], Pôle Cardiovasculaire et Métabolique [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Plateforme Ezop (Ezop), European Genomic Institute for Diabetes - FR 3508 (EGID), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de biologie moléculaire, cellulaire et du développement - UMR5077 (MCD), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Center for Integrative Genomics - Institute of Bioinformatics, Génopode (CIG), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Lee Kong Chian School of Medicine, Nanyang Technological University [Singapour], Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Tunisian Ministry of Higher Education, Scientific Research and Technology., LESUR, Hélène, Lee Kong Chian School of Medicine (LKCMedicine), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Institut Européen de Génomique du Diabète - European Genomic Institute for Diabetes - FR 3508 (EGID), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Insulin Receptor, [SDV]Life Sciences [q-bio], CLOCK, CLOCK Proteins, Gene Expression, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Mice, Circadian Clocks, hepatocyte, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Animals, Insulin, Medicine [Science], [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, insulin receptor, Circadian, ARNTL Transcription Factors, CP: Metabolism, Receptor, Insulin, Circadian Rhythm, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, circadian, Gene Expression Regulation, Liver, Hepatocytes, CP: Molecular biology, metabolism, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Liver physiology is circadian and sensitive to feeding and insulin. Food intake regulates insulin secretion and is a dominant signal for the liver clock. However, how much insulin contributes to the effect of feeding on the liver clock and rhythmic gene expression remains to be investigated. Insulin action partly depends on changes in insulin receptor (IR)-dependent gene expression. Here, we use hepatocyte-restricted gene deletion of IR to evaluate its role in the regulation and oscillation of gene expression as well as in the programming of the circadian clock in the adult mouse liver. We find that, in the absence of IR, the rhythmicity of core-clock gene expression is altered in response to day-restricted feeding. This change in core-clock gene expression is associated with defective reprogramming of liver gene expression. Our data show that an intact hepatocyte insulin receptor is required to program the liver clock and associated rhythmic gene expression. Published version T.F. was supported by a PhD grant from Toulouse University and by INRAE and Institut National du Cancer (INCA). A.F. was supported by an Agreenskills post-doctoral fellowship. B.T. was supported by FRM (FDM201906008682). A.B. was supported by ISITE-BFC (contract ANR-15-IDEX-0003). T.F., B.T., P.G., C.P., A.M., and H.G. were supported by grants from ‘‘Socie ́te ́ Francophone du Diabe‘te.’’ P.G., N.L., A.M., and H.G. were supported by grants from Re ́gion Occitanie. P.G., H.D., N.L., C.P., A.M., and H.G. were supported by a Hepatomorphic grant from ANR.
Published: 2021
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37. Priming des Semences : Approches par l’Utilisation d’Extrait Aqueux d’Algue Verte Ulva Rigida (C.Agardh, 1823)

Author: Mohammedi, Anissa, Hamid Sidi Yakhlaf, Meriem, Benkradidja, Hind, Merah, Othmane, Djazouli, Zahr-Eddine, Faculté des Sciences [Blida], Université de Saâd Dahlab [Blida] (USDB ), Chimie Agro-Industrielle (CAI), Ecole nationale supérieure des ingénieurs en arts chimiques et technologiques-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and LESUR, Hélène
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], Inhibition de germination, Algue verte, Priming, [SDV]Life Sciences [q-bio], Stimulation Triticum turgidum
Abstract: International audience; Description du sujet : Le changement climatique est un obstacle majeur pour la germination et la croissance précoce des semis, tout traitement biologique qui permet d’apporter une amélioration morpho-physiologique sera d’intérêt particulier.Objectifs : Notre objectif porte sur l’évaluation des potentialités de l’extrait aqueux d’Ulva rigida en tant qu’un agent de priming, et ses capacités à booster et stimuler les graines de blé sous différentes concentrations.Méthodes : La technique de priming a été réalisée sur les graines de blé en utilisant l’algue Ulva rigida comme agent. Après préparation de l’extrait aqueux, les graines ont été amorcées à différentes concentrations à raison 0,2 ml/250 ml, 0,3 ml/250 ml, 0,5 ml/250 ml et 1 ml/250 ml. L’eau de ville a été retenue comme témoin. L’essai a été réalisé pendant 10 jours. Les taux de germination et d’inhibition, l’indice et la vitesse de germination, poids frais, poids sec, longueur des parties aérienne et racinaire et l’accumulation des polyphénols totaux ont été estimés.Résultats : Les résultats ont indiqué l’efficacité de l’extrait aqueux d’Ulva rigida en tant qu’agent de priming. À la plus faible concentration (0,2 ml/250 ml), le taux de germination, l’indice et la vitesse de germination, la croissance racinaire et aérienne, ainsi que la teneur en polyphénols totaux ont été considérablement améliorées. Sous l’effet des concentrations 0,3 ml/250 ml et 0,5 ml//250 ml, le pouvoir stimulateur a enregistré une perte d’efficacité, accompagné d’une forte accumulation des polyphénols totaux. Enfin, la forte concentration, en l’occurrence 1 ml//250 ml, a exprimé un fort taux d’inhibition.Conclusion : L’extrait aqueux de l’algue verte Ulva rigida est un agent de priming prometteur, qui peut répondre aux attentes actuelles et futures des opérateurs économiques tout en assurant la pérennité de l'activité agricole. Aux fortes concentrations, il peut servir comme inhibiteur de la germination. En revanche, aux très faibles concentrations, il stimule la semence et performe le processus de germination même dans les situations de contraintes climatiques.
Published: 2021

38. Influence of the microenvironment on modulation of the host response by typhoid toxin

Author: Anna Bergonzini, Teresa Frisan, Maria Lopez Chiloeches, Eleni Paparouna, Elisa Boutet-Robinet, Océane C.B. Martin, Toma Tebaldi, Sofia D.P. Theodorou, Tak W. Mak, Mikael Rhen, Deborah Butter, Andrew Wakeham, Maria M Haykal, Vassilis G. Gorgoulis, Ioannis S. Pateras, LESUR, Hélène, Department of Cell and Molecular Biology (Karolinska Institutet), Karolinska Institutet [Stockholm], Department of Molecular Biology [Umeå], Umeå University, National and Kapodistrian University of Athens (NKUA), Prédicteurs moléculaires et nouvelles cibles en oncologie (PMNCO), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Biomarqueurs prédictifs et nouvelles stratégies moléculaires en thérapeutique anticancéreuse (U981), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Contaminants & Stress Cellulaire (ToxAlim-COMICS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Yale School of Medicine [New Haven, Connecticut] (YSM), Princess Margaret Hospital, University of Toronto, Department of Microbiology Tumor and Cell Biology [Stockholm], Biomedical Research Foundation of the Academy of Athens (BRFAA), University of Manchester [Manchester], This investigation was supported by grants from the Swedish Cancer Society (CAN 2017/315 and 20 0699 PjF), the Swedish Research Council (2018-02521), the Kempestiftelserna (JCK-1826), the Cancer Research Foundation in Northern Sweden (AMP20993 and AMP 17-884), and Umea University (to T.F.) and the German Academic Scholarship Foundation and Erasmus+, and Yale University School of Medicine
Subjects: 0301 basic medicine, Senescence, senescence, DNA damage, colitis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, typhoid toxin, Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins, Biology, medicine.disease_cause, immunomodulation, Inflammatory bowel disease, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, immune response, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immune system, bacterial genotoxins, Salmonella, medicine, Animals, Ataxia-telangiectasia mutated (ATM), microenviroment, Typhoid Fever, Colitis, lcsh:QH301-705.5, Acute colitis, Toxins, Biological, Inflammation, Toxin, Immunity, medicine.disease, 3. Good health, Mice, Inbred C57BL, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, 030104 developmental biology, Cellular Microenvironment, lcsh:Biology (General), [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Host-Pathogen Interactions, Immunologi, Cancer research, DNA fragmentation, 030217 neurology & neurosurgery, Mutagens
Abstract: International audience; Bacterial genotoxins cause DNA damage in eukaryotic cells, resulting in activation of the DNA damage response (DDR) in vitro. These toxins are produced by Gram-negative bacteria, enriched in the microbiota of inflammatory bowel disease (IBD) and colorectal cancer (CRC) patients. However, their role in infection remains poorly characterized. We address the role of typhoid toxin in modulation of the host-microbial interaction in health and disease. Infection with a genotoxigenic Salmonella protects mice from intestinal inflammation. We show that the presence of an active genotoxin promotes DNA fragmentation and senescence in vivo, which is uncoupled from an inflammatory response and unexpectedly associated with induction of an anti-inflammatory environment. The anti-inflammatory response is lost when infection occurs in mice with acute colitis. These data highlight a complex context-dependent crosstalk between bacterial-genotoxin-induced DDR and the host immune response, underlining an unexpected role for bacterial genotoxins.
Published: 2021
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39. Revisiting definition and assessment of intestinal trans-epithelial passage

Author: Hanna Ilchmann-Diounou, Vassilia Theodorou, Marie Buléon, Sandrine Ménard, Colette Denis, Valerie Bacquie, LESUR, Hélène, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de médecine moléculaire de Rangueil (I2MR), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées- Institut Fédératif de Recherche Bio-médicale Institution (IFR150)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Neuro-Gastroentérologie & Nutrition (ToxAlim-NGN), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CD and MB were partially supported by a grant from the 'Fondation pour la Recherche Médicale' (Grant number DEQ20170336759)., Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-IFR150-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: medicine.medical_specialty, Cell Membrane Permeability, [SDV]Life Sciences [q-bio], Nod, Intestinal permeability, Diabetes Mellitus, Experimental, Exposure to luminal content, Excretion, Mice, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, 0302 clinical medicine, Mice, Inbred NOD, In vivo, Internal medicine, medicine, Animals, Intestinal Mucosa, Transcellular, Molecular Biology, 030304 developmental biology, NOD mice, Pharmacology, 0303 health sciences, Ussing chamber, Chemistry, Intestinal length, Diabetes, Biological Transport, Dextrans, Epithelial Cells, Cell Biology, medicine.disease, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Endocrinology, Intestinal Absorption, ADME, Intestinal barrier dysfunction, Molecular Medicine, Original Article, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, Fluorescein-5-isothiocyanate, Ex vivo
Abstract: This study aims to remind that Intestinal Passage (IP) measurement is a complex task that cannot be achieved by a unique measure of an orally given exogenous marker in blood or urine. This will be illustrated in the case of NOD mice. Indeed, various methods have been proposed to measure IP. Among them ex vivo measurement in Ussing chambers of luminal to serosal fluxes of exogenous markers and in vivo measurement of exogenous markers in blood or urine after oral gavage are the more commonly used. Even though they are commonly used indifferently, they do not give the same information and can provide contradictory results. Published data showed that diabetic status in female Non Obese Diabetic (NOD) mice increased FD4 concentration in blood after gavage but did not modify FD4 fluxes in Ussing chamber. We observed the same results in our experimental conditions and tracked FD4 concentrations in blood over a kinetic study (Area Under the Curve—AUC). In vivo measurements are a dynamic process and address not only absorption (IP and intestinal surface) but also distribution, metabolism and excretion (ADME). Diabetic status in NOD mice was associated with an increase of intestinal length (absorptive surface), itself positively correlated with AUC of FD4 in blood. We concluded that increased intestinal length induced by diabetic status will extend the absorptive surface and increase FD4 concentration in plasma (in vivo measurement) despite no modification on IP of FD4 (ex vivo measurement). In addition, this study characterized intestinal function in diabetic NOD mice. Diabetic status in NOD female mice increases intestinal length and decreases paracellular IP (FSS) without affecting transcellular IP (HRP, FD4). Histological studies of small and large intestine did not show any modification of intestinal circumference nor villi and crypt size. Finally, diabetic status was not associated with intestinal inflammation (ELISA). Supplementary Information The online version contains supplementary material available at 10.1007/s00018-021-04000-8.
Published: 2021
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40. Estimated dietary pesticide exposure from plant-based foods using NMF-derived profiles in a large sample of French adults

Author: Mathilde Touvier, Rodolphe Vidal, Denis Lairon, Julia Baudry, Pauline Rebouillat, Bruno Taupier-Letage, Jean Pierre Cravedi, Laurence Gamet-Payrastre, Emmanuelle Kesse-Guyot, Laurent Debrauwer, Serge Hercberg, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Sorbonne Paris Nord-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Technique de l'Agriculture Biologique (ITAB), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research (C2VN), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), French Ministry of Health (DGS), Sante Publique France, the National Institute for Health and Medical Research (INSERM), the National Institute for Agricultural Research (INRA), the National Conservatory of Arts and Crafts (CNAM) and the Sorbonne Paris Nord University. The BioNutriNet project was supported by the French National Research Agency (ANR) in the context of the 2013 Programme de Recherche Systemes Alimentaires Durables (ANR-13-ALID-0001), ANR-13-ALID-0001,BioNutriNet,Consommation d'aliments issus de l'agriculture biologique: déterminants et motivation vis-à-vis de la durabilité, impact nutritionnel, économique, environnemental et toxicologique(2013), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), LESUR, Hélène, Systèmes Alimentaires Durables - Consommation d'aliments issus de l'agriculture biologique: déterminants et motivation vis-à-vis de la durabilité, impact nutritionnel, économique, environnemental et toxicologique - - BioNutriNet2013 - ANR-13-ALID-0001 - ALID - VALID, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), and HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Adult, Male, 0301 basic medicine, Organic farming, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Medicine (miscellaneous), Spinosad, Food Contamination, 030209 endocrinology & metabolism, Biology, Acetamiprid, Dietary exposure, Cypermethrin, Toxicology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, medicine, Humans, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Pesticides, education, 2. Zero hunger, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, education.field_of_study, 030109 nutrition & dietetics, Nutrition and Dietetics, Pesticide, Diet, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, chemistry, Cohort, Food, Organic, Energy Intake, Food contaminant, medicine.drug
Abstract: International audience; Purpose: This study, conducted in participants of the NutriNet-Santé cohort, aims to identify dietary pesticide exposure profiles (derived from Non-negative Matrix Factorization) from conventional and organic foods among a large sample of general population French adults.Methods: Organic and conventional dietary intakes were assessed using a self-administered semi-quantitative food frequency questionnaire. Exposure to 25 commonly used pesticides was evaluated using food contamination data from Chemisches und Veterinäruntersuchungsamt Stuttgart accounting for farming system (organic or conventional). Dietary pesticide exposure profiles were identified using Non-Negative Matrix factorization (NMF), especially adapted for non-negative data with excess zeros. The NMF scores were introduced in a hierarchical clustering process.Results: Overall, the identified clusters (N = 34,193) seemed to be exposed to the same compounds with gradual intensity. Cluster 1 displayed the lowest energy intake and estimated dietary pesticide exposure, high organic food (OF) consumption (23.3%) and a higher proportion of male participants than other groups. Clusters 2 and 5 presented intermediate energy intake, lower OF consumption and intermediate estimated pesticide exposure. Cluster 3 showed high conventional fruits and vegetable (FV) intake, high estimated pesticide exposure, and fewer smokers. Cluster 4 estimated pesticide exposure varied more across compounds than for other clusters, with highest estimated exposures for acetamiprid, azadirachtin, cypermethrin, pyrethrins, spinosad. OF proportion in the diet was the highest (31.5%).Conclusion: Estimated dietary pesticide exposures appeared to vary across the clusters and to be related to OF proportion in the diet.
Published: 2021
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41. Invalidation of the transcriptional modulator of lipid metabolism PPARβ/δ in T cells prevents age-related alteration of body composition and loss of endurance capacity

Author: Rousseau, A.S., Murdaca, J., Le Menn, G., Sibille, B., Wahli, W., Le Garf, S., Chinetti, G., Neels, J.G., Mothe-Satney, I., Lee Kong Chian School of Medicine (LKCMedicine), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Center for Integrative Genomics - Institute of Bioinformatics, Génopode (CIG), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne (UNIL), Lee Kong Chian School of Medicine, Nanyang Technological University (NTU), This work was supported by a French government funding (Future Investment project, of University of Cote d'Azur, UCAJEDI, nffi ANR-15-IDEX-01) and the Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM).Publisher, ANR-15-IDEX-0001,UCA JEDI,Idex UCA JEDI(2015), LESUR, Hélène, Idex UCA JEDI - - UCA JEDI2015 - ANR-15-IDEX-0001 - IDEX - VALID, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), and Nanyang Technological University [Singapour]
Subjects: Skeletal Muscle, Physiology, skeletal muscle, [SDV]Life Sciences [q-bio], aging, immunometabolism, physical capacity, regulatory T cells, Regulatory T Cells, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Medicine [Science], Original Research
Abstract: Anti-inflammatory regulatory T cells (Tregs) are the most metabolically flexible CD4⁺ T cells by using both glycolysis and fatty acid oxidation (FAO) which allow them to migrate in tissues. With aging, Tregs accumulate in secondary lymphoid organs and are involved in impairment of skeletal muscle (SKM) regeneration and mass maintenance. In this study, we showed that a deletion of a FAO modulator, peroxisome proliferator-activated receptor beta/delta (PPARβ/δ), specifically in T cells (KO-T PPARβ/δ), increased the number of CD4⁺ T cells at day 2 following a cardiotoxin-induced SKM regeneration. Older KO-T PPARβ/δ mice maintained a Tregs prevalence in lymph nodes similar to young mice. Surprisingly, KO-T PPARβ/δ mice were protected from the effects of age on lean and fat mass and endurance capacity. Our results lead us to propose an original potential role of T cell metabolism in the effects of aging on the maintenance of body composition and endurance capacity. Published version This work was supported by a French government funding (Future Investment project, of University of Cote d’Azur, UCAJEDI, n° ANR-15-IDEX-01) and the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM).
Published: 2021
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42. Describing fine spatiotemporal dynamics of rat fleas in an insular ecosystem enlightens abiotic drivers of murine typhus incidence in humans

Author: Tran, Annelise, Le Minter, Gildas, Balleydier, Elsa, Etheves, Anaïs, Laval, Morgane, Boucher, Floriane, Guernier, Vanina, Lagadec, Erwan, Mavingui, Patrick, Cardinale, Eric, Tortosa, Pablo, Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale (UMR TETIS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IRD-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de La Réunion (UR), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), This study was funded by the Regional Health Agency in Reunion Island (https://www.ocean-indien.ars.sante.fr/), FEDER INTERREG TROI project, and FEDER-POCT LeptOI project, under the platform in partnership One Health Indian Ocean (www.onehealth-oi.org)., Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and LESUR, Hélène
Subjects: Bacterial Diseases, Topography, Atmospheric Science, Epidemiology, Rain, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, RC955-962, L73 - Maladies des animaux, Rodent Diseases, Medical Conditions, Arctic medicine. Tropical medicine, Medicine and Health Sciences, Dynamique des populations, Xenopsylla, Rickettsia, Mammals, Islands, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Incidence, Eukaryota, Typhus, Endemic Flea-Borne, Animal Models, [SDV] Life Sciences [q-bio], Insects, Infectious Diseases, Fleas, Experimental Organism Systems, S50 - Santé humaine, Vertebrates, Île, Seasons, Public aspects of medicine, RA1-1270, Research Article, zoonose, Arthropoda, Research and Analysis Methods, Rodents, Typhus, Flea Infestations, Spatio-Temporal Analysis, Meteorology, Model Organisms, Animals, Humans, Surveillance épidémiologique, Ecosystem, Transmission des maladies, Landforms, Organisms, Biology and Life Sciences, Geomorphology, Distribution spatiale, facteurs abiotiques, bacterial infections and mycoses, Invertebrates, Rats, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Modélisation, Murine Typhus, Amniotes, Earth Sciences, Animal Studies, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Reunion, Zoology, Entomology
Abstract: Murine typhus is a flea-borne zoonotic disease that has been recently reported on Reunion Island, an oceanic volcanic island located in the Indian Ocean. Five years of survey implemented by the regional public health services have highlighted a strong temporal and spatial structure of the disease in humans, with cases mainly reported during the humid season and restricted to the dry southern and western portions of the island. We explored the environmental component of this zoonosis in an attempt to decipher the drivers of disease transmission. To do so, we used data from a previously published study (599 small mammals and 175 Xenopsylla fleas from 29 sampling sites) in order to model the spatial distribution of rat fleas throughout the island. In addition, we carried out a longitudinal sampling of rats and their ectoparasites over a 12 months period in six study sites (564 rats and 496 Xenopsylla fleas) in order to model the temporal dynamics of flea infestation of rats. Generalized Linear Models and Support Vector Machine classifiers were developed to model the Xenopsylla Genus Flea Index (GFI) from climatic and environmental variables. Results showed that the spatial distribution and the temporal dynamics of fleas, estimated through the GFI variations, are both strongly controlled by abiotic factors: rainfall, temperature and land cover. The models allowed linking flea abundance trends with murine typhus incidence rates. Flea infestation in rats peaked at the end of the dry season, corresponding to hot and dry conditions, before dropping sharply. This peak of maximal flea abundance preceded the annual peak of human murine typhus cases by a few weeks. Altogether, presented data raise novel questions regarding the ecology of rat fleas while developed models contribute to the design of control measures adapted to each micro region of the island with the aim of lowering the incidence of flea-borne diseases., Author summary Murine typhus is a neglected zoonotic disease, as the number of human cases is likely underestimated in the absence of specific symptoms. It is caused by Rickettsia typhi, a pathogenic bacterium transmitted by rat fleas (Xenospylla spp). The distribution and dynamics of this disease result from complex interactions involving vectors, reservoirs and humans within a shared environment. In this study, we explored the environmental drivers of rat fleas’ abundance on Reunion Island, where murine typhus has recently emerged. Results showed that i) rat fleas’ abundance is highly dynamic, characterized by a peak at the end of the dry season and ii) among the factors investigated, rainfall, temperature and land cover are the main determinants of rat fleas’ abundance. We modeled a predictive map of flea distribution that strongly correlates with the spatial distribution of human cases on the island. This study highlights the importance of accounting for environmental and climatic characteristics to better understand the spatial and temporal drivers of flea-borne diseases.
Published: 2021
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43. DNA damage in circulating leukocytes measured with the comet assay may predict the risk of death

Author: Bonassi, Stefano, Ceppi, Marcello, Møller, Peter, Azqueta, Amaya, Milić, Mirta, Monica, Neri, Brunborg, Gunnar, Godschalk, Roger, Koppen, Gudrun, Langie, Sabine A. S., Teixeira, João Paulo, Bruzzone, Marco, Da Silva, Juliana, Benedetti, Danieli, Cavallo, Delia, Ursini, Cinzia Lucia, Giovannelli, Lisa, Moretti, Silvia, Riso, Patrizia, Del Bo’, Cristian, Russo, Patrizia, Dobrzyńska, Malgorzata, Goroshinskaya, Irina A., Surikova, Ekaterina I., Staruchova, Marta, Barančokova, Magdalena, Volkovova, Katarina, Kažimirova, Alena, Smolkova, Bozena, Laffon, Blanca, Valdiglesias, Vanessa, Pastor, Susana, Marcos, Ricard, Hernández, Alba, Gajski, Goran, Spremo-Potparević, Biljana, Živković, Lada, Boutet-Robinet, Elisa, Perdry, Hervé, Lebailly, Pierre, Perez, Carlos L., Basaran, Nursen, Nemeth, Zsuzsanna, Safar, Anna, Dusinska, Maria, Collins, Andrew, Anderson, Diana, Andrade, Vanessa, Pereira, Cristiana Costa, Costa, Solange, Gutzkow, Kristine B., Ladeira, Carina, Moretti, Massimo, Costa, Carla, Orlow, Irene, Rojas, Emilio, Pourrut, Bertrand, Kruszewski, Marcin, Knasmueller, Siegfried, Shaposhnikov, Sergey, Žegura, Bojana, Stopper, Helga, LESUR, Hélène, Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS San Raffaele Pisana), Ospedale Policlinico San Martino [Genoa], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Universidad de Navarra [Pamplona] (UNAV), Instituto de Investigación Sanitaria de Navarra [Pamplona, Spain] (IdiSNA), Institute for Medical Research and Occupational Health, Norwegian Institute of Public Health [Oslo] (NIPH), School of Nutrition and Translational Research in Metabolism [Maastricht] (NUTRIM), Maastricht University [Maastricht], Flemish Institute for Technological Research (VITO), Instituto Nacional de Saùde Dr Ricardo Jorge [Portugal] (INSA), Universidade Luterana do Brasil - ULBRA (BRAZIL), Universidade Luterana do Brasil (ULBRA), Istituto Nazionale per l’Assicurazione contro gli Infortuni sul Lavoro [Italian Workers Compensation Authority] (INAIL), NEUROFARBA Department [Firenze, Italy], Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), Université de Florence, Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI), IRCCS San Raffaele Scientific Institute [Milan, Italie], National Institute of Public Health - National Institute of Hygiene [Poland], N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Slovak Medical University of Bratislava (SMU), Slovak Academy of Science [Bratislava] (SAS), University of A Coruña (UDC), Instituto de Investigación Biomédica de A Coruña [La Corogne, Espagne] (INIBIC), A Coruña University Hospital [La Corogne, Espagne], Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), School of Medecine [Belgrade], University of Belgrade [Belgrade], Contaminants & Stress Cellulaire (ToxAlim-COMICS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Unité de recherche interdisciplinaire pour la prévention et le traitement des cancers (ANTICIPE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Instituto de Ciencias Básicas y Preclínicas Victoria de Girón, Hacettepe University = Hacettepe Üniversitesi, National center for public health [Hungary], Norwegian Institute for Air Research (NILU), University of Oslo (UiO), This article is based upon work from COST Action CA15132 (hCOMET), supported by COST (European Cooperation in Science and Technology). The work of SB and PR was supported by funds granted by the Italian Ministry of Health for Institutional Research (Ricerca Corrente)., Farmacologie en Toxicologie, RS: NUTRIM - R3 - Respiratory & Age-related Health, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), Università degli Studi di Milano [Milano] (UNIMI), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER, and Instituto de Saúde Pública da Universidade do Porto
Subjects: Oncology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Chromosomal aberrations, Human cancer, Lymphocytes, Predicts, Frequency, Validation, Biomarkers, Hallmarks, Adducts, Repair, Cohort, Kaplan-Meier Estimate, 0302 clinical medicine, Neoplasms, Leukocytes, Medicine, Gel electrophoresis, 0303 health sciences, Multidisciplinary, Hazard ratio, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030220 oncology & carcinogenesis, Biomarker (medicine), LYMPHOCYTES PREDICTS, Comet Assay, Cell-Free Nucleic Acids, medicine.medical_specialty, DNA damage, Science, FREQUENCY, Article, VALIDATION, 03 medical and health sciences, ADDUCTS, Internal medicine, Humans, COHORT, Risk factor, Author Correction, 030304 developmental biology, Proportional Hazards Models, HALLMARKS, REPAIR, HUMAN CANCER, business.industry, Proportional hazards model, Comet assay, biomarker, leukocytes, epidemiology, Comet assay, CHROMOSOMAL-ABERRATIONS, Risk factors, Genotoxicidade Ambiental, business, DNA Damage
Abstract: Author Correction: https://doi.org/10.1038/s41598-021-98620-6. The original version of this Article contained errors: The spelling of the author Monica Neri was incorrectly given as Neri Monica; Additionally, Affiliation 39 was incorrectly given as ‘National Institute of Health, Lisbon, Portugal’, the correct affiliation is listed below: National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge, Porto, Portugal. The original Article has been corrected. [Abstract] The comet assay or single cell gel electrophoresis, is the most common method used to measure strand breaks and a variety of other DNA lesions in human populations. To estimate the risk of overall mortality, mortality by cause, and cancer incidence associated to DNA damage, a cohort of 2,403 healthy individuals (25,978 person-years) screened in 16 laboratories using the comet assay between 1996 and 2016 was followed-up. Kaplan–Meier analysis indicated a worse overall survival in the medium and high tertile of DNA damage (p
Published: 2021
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44. Safflower (Carthamus tinctorius L.): An oleaginous that has not said its latest word in Algeria

Author: Zemour, Kamel, Adda, Ahmed, Zebib, Bachar, MERAH, Othmane, LESUR, Hélène, Chimie Agro-Industrielle (CAI), Ecole nationale supérieure des ingénieurs en arts chimiques et technologiques-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Ibn Khaldoun (UIK), and Agronutrition
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, oléagineux, genetic variability, variabilité génétique, carthame, oilseeds, acides gras, safflower, seeds oil, fatty acids, huile de graines
Abstract: The importance given to oleaginous crops is mainly due to the oils provided by their seeds. Currently, the oilseed sector is distinguished by cultivation of soybean, rapeseed and sunflower on large-scale compared to other species. Nevertheless, climatic conditions and genetic variability determine greatly the oil content and its physicochemical characterization. Consequently, the climatic change and population explosion will impose the necessity to exploit other species to fill a shortage of oil production. This investigation remains a priority for scientists and producers through the introduction of alternative species that have a tolerance to abiotic stresses in different regions in the world. Among them, safflower, as an Asteraceae, offers appreciable agro-biochemical aptitudes and could be as a strategic oilseed crop for the nature of its produced oil and its adaptation to limiting environmental conditions. Many studies have shown previously the benefits of safflower oil in industry, pharmaceutical and cosmetic uses. Another particularity of safflower is also justified by the use of its by-products (meal, leaves, flowers) in different fields. These characteristics allow to safflower a character to being a primordial link in any biorefinery program of which scientific approach is essentially based on use of the all green entity with zero waste., L’importance apportée aux cultures oléagineuses est due principalement aux huiles fournies par leurs graines. Actuellement, la filière oléagineuse se distingue par la culture sur grande échelle du soja, colza et du tournesol par rapport aux autres espèces. Néanmoins, les conditions climatiques ainsi que la variabilité génétique déterminent grandement la teneur et la caractérisation physicochimiques de ces huiles. Par conséquent, le changement climatique et l’explosion démographique imposeront la nécessité d’exploiter d’autres espèces afin de combler tout un déficit de production d’huile. Cette investigation demeure une priorité pour les scientifiques et les producteurs par l’introduction des espèces alternatives ayant une tolérance aux stress abiotiques dans différentes régions du monde. Parmi eux, la culture de carthame, plante de la famille des Astéracées, offre des aptitudes agro-biochimiques appréciables et pourrait être une culture oléagineuse stratégique grâce à la nature de son huile alimentaire produite et son adaptation aux conditions environnementales limitantes. Nombreuses études ultérieures ont montré les atouts de l’huile de carthame dans l‘industrie, les utilisations pharmaceutiques et cosmétiques. Une autre particularité de carthame se justifie aussi par l’utilisation de ses sous-produits (tourteau, feuilles, fleurs) dans différents domaines. Ces caractéristiques lui accordent un caractère d’être un anneau primordial dans tout programme de bioraffinage dont l’approche scientifique repose essentiellement sur l‘utilisation de l’ensemble de l’entité verte avec zéro déchet. SAFFLOWER (Carthamus tinctorius L.)
Published: 2021

45. Osmolality-based normalization enhances statistical discrimination of untargeted metabolomic urine analysis: results from a comparative study

Author: Marie Tremblay-Franco, Pilar Galan, Loïc Mervant, Emmanuelle Kesse-Guyot, Jean-François Martin, Françoise Guéraud, Emilien L. Jamin, Laurent Debrauwer, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Sorbonne Paris Nord-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Prévention et promotion de la cancérogénèse par les aliments (ToxAlim-PPCA), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), The BioNutriNet project was supported by the French National Research Agency (Agence Nationale de la Recherche) in the context of the 2013 Programme de Recherche Systemes Alimentaires Durables (ANR-13-ALID-0001), ANR-13-ALID-0001,BioNutriNet,Consommation d'aliments issus de l'agriculture biologique: déterminants et motivation vis-à-vis de la durabilité, impact nutritionnel, économique, environnemental et toxicologique(2013), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LESUR, Hélène, Systèmes Alimentaires Durables - Consommation d'aliments issus de l'agriculture biologique: déterminants et motivation vis-à-vis de la durabilité, impact nutritionnel, économique, environnemental et toxicologique - - BioNutriNet2013 - ANR-13-ALID-0001 - ALID - VALID, Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), and HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Normalization (statistics), [SDV]Life Sciences [q-bio], Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Clinical Biochemistry, Osmolality, Urine analysis, Urine, Urinalysis, 01 natural sciences, Biochemistry, 03 medical and health sciences, Metabolomics, Statistics, Humans, Trial registration, 030304 developmental biology, Mathematics, 0303 health sciences, Mass spectrometry, Untargeted metabolomics, Osmolar Concentration, 010401 analytical chemistry, Confounding, Liquid Biopsy, Statistical model, Body Fluids, 0104 chemical sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Normalization, Data Interpretation, Statistical, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Metabolome, Statistical discrimination, Chromatography, Liquid
Abstract: International audience; Introduction: Because of its ease of collection, urine is one of the most commonly used matrices for metabolomics studies. However, unlike other biofluids, urine exhibits tremendous variability that can introduce confounding inconsistency during result interpretation. Despite many existing techniques to normalize urine samples, there is still no consensus on either which method is most appropriate or how to evaluate these methods.Objectives: To investigate the impact of several methods and combinations of methods conventionally used in urine metabolomics on the statistical discrimination of two groups in a simple metabolomics study.Methods: We applied 14 different strategies of normalization to forty urine samples analysed by liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry (LC-HRMS). To evaluate the impact of these different strategies, we relied on the ability of each method to reduce confounding variability while retaining variability of interest, as well as the predictability of statistical models.Results: Among all tested normalization methods, osmolality-based normalization gave the best results. Moreover, we demonstrated that normalization using a specific dilution prior to the analysis outperformed post-acquisition normalization. We also demonstrated that the combination of various normalization methods does not necessarily improve statistical discrimination.Conclusions: This study re-emphasized the importance of normalizing urine samples for metabolomics studies. In addition, it appeared that the choice of method had a significant impact on result quality. Consequently, we suggest osmolality-based normalization as the best method for normalizing urine samples.
Published: 2021
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46. Prospective association between dietary pesticide exposure profiles and postmenopausal breast-cancer risk in the NutriNet-Santé cohort

Author: Serge Hercberg, Mélanie Deschasaux-Tanguy, Paule Latino-Martel, Laurent Debrauwer, Rodolphe Vidal, Mathilde Touvier, Denis Lairon, Laurence Gamet-Payrastre, Julia Baudry, Emmanuelle Kesse-Guyot, Jean Pierre Cravedi, Bruno Taupier-Letage, Pauline Rebouillat, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Sorbonne Paris Nord-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Technique de l'Agriculture Biologique (ITAB), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Département de Santé Publique [Avicenne], Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research (C2VN), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Aix Marseille Université (AMU), LESUR, Hélène, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Male, medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, environmental health, Breast Neoplasms, Overweight, Dietary exposure, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Breast cancer, breast cancer, Risk Factors, organic farming, Environmental health, Epidemiology, Humans, Medicine, Prospective Studies, 030212 general & internal medicine, education, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 2. Zero hunger, education.field_of_study, business.industry, Proportional hazards model, Hazard ratio, Confounding, General Medicine, pesticides, medicine.disease, 3. Good health, Postmenopause, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, 030220 oncology & carcinogenesis, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Cohort, Female, epidemiology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, medicine.symptom, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Background Some pesticides, used in large quantities in current agricultural practices all over Europe, are suspected of adverse effects on human reproductive health (breast and prostate cancers), through mechanisms of endocrine disruption and possible carcinogenic properties, as observed in agricultural settings. However, evidence on dietary pesticide exposure and breast cancer (BC) is lacking for the general population. We aimed to assess the associations between dietary exposure to pesticides and BC risk among postmenopausal women of the NutriNet-Santé cohort. Methods In 2014, participants completed a self-administered semi-quantitative food-frequency questionnaire distinguishing conventional and organic foods. Exposures to 25 active substances used in EU plant-protection products were estimated using a pesticide-residue database accounting for farming practices, from Chemisches und Veterinäruntersuchungsamt Stuttgart, Germany. Non-negative matrix factorization (NMF), adapted for data with excess zeros, was used to establish exposure profiles. The four extracted NMF components’ quintiles were introduced into Cox models estimating hazard ratio (HR) and 95% confidence interval (95% CI), adjusted for known confounding factors. Results A total of 13 149 postmenopausal women were included in the analysis (169 BC cases, median follow-up = 4.83 years). Negative associations between Component 3, reflecting low exposure to synthetic pesticides, and postmenopausal BC risk were found [HRQ5 = 0.57; 95% CI (0.34; 0.93), p-trend = 0.006]. Positive association between Component 1 score (highly correlated to chlorpyrifos, imazalil, malathion, thiabendazole) and postmenopausal BC risk was found specifically among overweight and obese women [HRQ5 = 4.13; 95% CI (1.50; 11.44), p-trend = 0.006]. No associations were detected for the other components. Conclusion These associations suggest a potential role of dietary pesticide exposure on BC risk. Further research is needed to investigate the mechanisms and confirm these results in other populations.
Published: 2021
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47. ATGL-dependent white adipose tissue lipolysis controls hepatocyte PPARα activity

Author: Anne Fougerat, Gabriele Schoiswohl, Arnaud Polizzi, Marion Régnier, Carina Wagner, Sarra Smati, Tiffany Fougeray, Yannick Lippi, Frederic Lasserre, Ilyès Raho, Valentine Melin, Blandine Tramunt, Raphaël Métivier, Caroline Sommer, Fadila Benhamed, Chantal Alkhoury, Franziska Greulich, Céline Jouffe, Anthony Emile, Michael Schupp, Pierre Gourdy, Patricia Dubot, Thierry Levade, Delphine Meynard, Sandrine Ellero-Simatos, Laurence Gamet-Payrastre, Ganna Panasyuk, Henriette Uhlenhaut, Ez-Zoubir Amri, Céline Cruciani-Guglielmacci, Catherine Postic, Walter Wahli, Nicolas Loiseau, Alexandra Montagner, Dominique Langin, Achim Lass, Hervé Guillou, Graz University of Technology [Graz] (TU Graz), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA (UMR_8251 / U1133)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Institut des Maladies Métaboliques et Casdiovasculaires (UPS/Inserm U1297 - I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Toulouse [Toulouse], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Helmholtz-Zentrum München (HZM), Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), German Research Center for Environmental Health - Helmholtz Center München (GmbH), Institut de Biologie Valrose (IBV), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Nanyang Technological University [Singapour], University of Lausanne (UNIL), BioTechMed-Graz, Graz University of Technology [Graz] (TU Graz)-Karl-Franzens-Universität [Graz, Autriche]-Medical University Graz, Région Occitanie, FRM (FDM201906008682), Boulos Foundation, ERC-2018-COG-MetaboSENS-819543, German Research Foundation (DFG) (SCH 2546/5-1), the Leuchtturmprojekt/Flagship Project 'Lipases and Lipid Signaling' funded by BioTechMed-Graz, ANR-16-CE14-0029,NUTRISENSPIK,Déterminants moléculaires de l'homéostasie hépatique nutritive(2016), ANR-17-CE14-0015,HepAdialogue,Impact du métabolisme des acides gras des tissus adipeux et du foie sur l'insulinorésistance(2017), ANR-21-CE14-0079,Hepatologic,Réseau de controle des réponses transcriptionnelles hépatiques aux challenges nutritionnels par des récepteurs nucléaires(2021), European Project: 267196,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2010-COFUND,AGREENSKILLS(2012), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Medical University of Graz, Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes Université - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (Nantes Univ - UFR MEDECINE), Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Diabétologie [CHU Toulouse], Pôle Cardiovasculaire et Métabolique [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Lee Kong Chian School of Medicine, Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Technische Universität Graz (TU Graz), Région Occitanie B.T. was supported by FRM (FDM201906008682)., Boulos Foundation and FRM., German Research Foundation (DFG) (SCH 2546/5-1 to M.S.), I3535, andP34899 (A.L.) by Austrian Science Fund (FWF, ERC-2018-COG-MetaboSENS- 819543 (G.P.), the Leuchtturmprojekt/Flagship Project ‘‘Lipases and Lipid Signaling’’ (A.L.), funded by BioTechMed-Graz, and by P28882-B21 (G.S.), European Project: 609398,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2013-COFUND,AGREENSKILLSPLUS(2014), Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, LESUR, Hélène, Impact du métabolisme des acides gras des tissus adipeux et du foie sur l'insulinorésistance - - HepAdialogue2017 - ANR-17-CE14-0015 - AAPG2017 - VALID, Réseau de controle des réponses transcriptionnelles hépatiques aux challenges nutritionnels par des récepteurs nucléaires - - Hepatologic2021 - ANR-21-CE14-0079 - AAPG2021 - VALID, Déterminants moléculaires de l'homéostasie hépatique nutritive - - NUTRISENSPIK2016 - ANR-16-CE14-0029 - AAPG2016 - VALID, and AgreenSkills+ - AGREENSKILLSPLUS - - EC:FP7:PEOPLE2014-05-05 - 2019-05-04 - 609398 - VALID
Subjects: fasting, [SDV.MHEP.PHY] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], Adipose Tissue, White, Metabolism, Fgf21, Pparα, Fasting, Ketogenesis, Lipolysis [Atgl, Cp], [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Ketone Bodies, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, PPARα, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, ATGL, FGF21, Adipose Tissue, Brown, [SDV.MHEP.PHY]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], PPAR alpha, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, CP: Metabolism, ketogenesis, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Adipose Tissue, Hepatocytes, lipolysis, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; In hepatocytes, peroxisome proliferator-activated receptor α (PPARα) orchestrates a genomic and metabolic response required for homeostasis during fasting. This includes the biosynthesis of ketone bodies and of fibroblast growth factor 21 (FGF21). Here we show that in the absence of adipose triglyceride lipase (ATGL) in adipocytes, ketone body and FGF21 production is impaired upon fasting. Liver gene expression analysis highlights a set of fasting-induced genes sensitive to both ATGL deletion in adipocytes and PPARα deletion in hepatocytes. Adipose tissue lipolysis induced by activation of the β3-adrenergic receptor also triggers such PPARα-dependent responses not only in the liver but also in brown adipose tissue (BAT). Intact PPARα activity in hepatocytes is required for the cross-talk between adipose tissues and the liver during fat mobilization.
Published: 2022
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48. Longitudinal Survey of Coronavirus Circulation and Diversity in Insectivorous Bat Colonies in Zimbabwe

Author: Vimbiso Chidoti, Hélène De Nys, Valérie Pinarello, Getrude Mashura, Dorothée Missé, Laure Guerrini, Davies Pfukenyi, Julien Cappelle, Ngoni Chiweshe, Ahidjo Ayouba, Gift Matope, Martine Peeters, Elizabeth Gori, Mathieu Bourgarel, Florian Liégeois, University of Zimbawe [Harare] (UZ), University of Zimbawe, Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), This work was supported by grants of the Agence Nationale de Recherche sur le SIDA et les Maladies Infectieuses (ANRS-COV10), the ANR (the French National Research Agency) under the 'Investissements d'avenir' programme with the reference ANR-16-IDEX-0006) and the French Ministry of Europe and Foreign Affairs (Fond de Solidarite pour les Projets Innovants, les societes civiles, la francophonie et le developpement humain-CAZCOM Project) and the Agence Francaise pour le Developpement (AFD-PACMAN-Project)., ANR-16-IDEX-0006,MUSE,MUSE(2016), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), LESUR, Hélène, and MUSE - - MUSE2016 - ANR-16-IDEX-0006 - IDEX - VALID
Subjects: Zimbabwe, Coronaviridae, human-bat interaction, [SDV]Life Sciences [q-bio], viruses, relation homme-faune, biology_other, Genome, Viral, L73 - Maladies des animaux, Evolution, Molecular, Variation génétique, Chiroptera, Virology, Animals, bat coronavirus (Bt CoVs), human–bat interaction, genetic diversity, reproductive phenology, Transmission des maladies, Phylogeny, SARS-CoV-2, Alphacoronavirus, COVID-19, [SDV] Life Sciences [q-bio], Vecteur de maladie, Infectious Diseases, Enquête pathologique, Female
Abstract: International audience; Background: Studies have linked bats to outbreaks of viral diseases in human populations such as SARS-CoV-1 and MERS-CoV and the ongoing SARS-CoV-2 pandemic. Methods: We carried out a longitudinal survey from August 2020 to July 2021 at two sites in Zimbabwe with bat–human interactions: Magweto cave and Chirundu farm. A total of 1732 and 1866 individual bat fecal samples were collected, respectively. Coronaviruses and bat species were amplified using PCR systems. Results: Analysis of the coronavirus sequences revealed a high genetic diversity, and we identified different sub-viral groups in the Alphacoronavirus and Betacoronavirus genus. The established sub-viral groups fell within the described Alphacoronavirus sub-genera: Decacovirus, Duvinacovirus, Rhinacovirus, Setracovirus and Minunacovirus and for Betacoronavirus sub-genera: Sarbecoviruses, Merbecovirus and Hibecovirus. Our results showed an overall proportion for CoV positive PCR tests of 23.7% at Chirundu site and 16.5% and 38.9% at Magweto site for insectivorous bats and Macronycteris gigas, respectively. Conclusions: The higher risk of bat coronavirus exposure for humans was found in December to March in relation to higher viral shedding peaks of coronaviruses in the parturition, lactation and weaning months of the bat populations at both sites. We also highlight the need to further document viral infectious risk in human/domestic animal populations surrounding bat habitats in Zimbabwe.
Published: 2022
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49. Differential influences of the BPA, BPS and BPF on in vitro IL-17 secretion by mouse and human T cells

Author: Yann Malaisé, Laurence Guzylack-Piriou, Lydie Sparfel, Hélène Le Mentec, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Grant EST-2015/1/026 from Agence Nationale de Sécurité Sanitaire, de l'Alimentation, de l'Environnement et du Travail (ANSES), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and LESUR, Hélène
Subjects: CD4-Positive T-Lymphocytes, 0301 basic medicine, Bisphenol, [SDV]Life Sciences [q-bio], Bisphenols, Endocrine Disruptors, Pharmacology, Toxicology, chemistry.chemical_compound, Mice, 0302 clinical medicine, Sulfones, Cells, Cultured, Mice, Inbred C3H, biology, Interleukin-17, Cell Differentiation, General Medicine, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Endocrine disruptor, 030220 oncology & carcinogenesis, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Interleukin 17, hormones, hormone substitutes, and hormone antagonists, Human, endocrine system, IL-17 secretion, 03 medical and health sciences, Immune system, Phenols, In vitro, Animals, Humans, Secretion, Benzhydryl Compounds, urogenital system, Interleukins, Aryl hydrocarbon receptor, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030104 developmental biology, Receptors, Aryl Hydrocarbon, Bisphenol S, chemistry, Th17 differentiation, biology.protein, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Spleen
Abstract: International audience; The endocrine disruptor and food contaminant bisphenol A (BPA) is frequently present in consumer plastics and can produce several adverse health effects participating in the development of inflammatory and autoimmune diseases. Regulatory restrictions have been established to prevent risks for human health, leading to the substitution of BPA by structural analogues, such as bisphenol S (BPS) and F (BPF). In this study, we aimed at comparing the in vitro impact of these bisphenols from 0.05 to 50,000 nM on Th17 differentiation, frequency and function in mouse systemic and intestinal immune T cells and in human blood T cells. This study reports the ability of these bisphenols, at low and environmentally relevant concentration, i.e, 0.05 nM, to increase significantly IL-17 production in mouse T cells but not in human T lymphocytes. The use of an aryl hydrocarbon receptor (AhR) specific inhibitor demonstrated its involvement in this bisphenol-induced IL-17 production. We also observed an increased IL-17 secretion by BPS and BPF, and not by BPA, in mouse naive T cells undergoing in vitro Th17 differentiation. In total, this study emphasizes the link between bisphenol exposures and the susceptibility to develop immune diseases, questioning thus the rational of their use to replace BPA.
Published: 2020
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50. An Integrated Analysis of miRNA and Gene Expression Changes in Response to an Obesogenic Diet to Explore the Impact of Transgenerational Supplementation with Omega 3 Fatty Acids

Author: Béatrice Morio, Nathalie Poupin, Alexandre Pinel, Karla Fabiola Corral-Jara, Sarah de Saint Vincent, Tao Ye, Frédéric Capel, Jean Paul Rigaudière, Laura Cantini, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Avril Lesieur European Union (EU), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LESUR, Hélène, and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, obesity, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gene Expression, Type 2 diabetes, Bioinformatics, Mice, 0302 clinical medicine, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, Metabolic Syndrome, Nutrition and Dietetics, microRNA, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Eicosapentaenoic acid, [SDV] Life Sciences [q-bio], lcsh:Nutrition. Foods and food supply, Polyunsaturated fatty acid, lcsh:TX341-641, Biology, Diet, High-Fat, liver, Article, 03 medical and health sciences, omega 3 fatty acids, Insulin resistance, Fatty Acids, Omega-3, medicine, [SDV.MHEP.PHY]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], Animals, Insulin, medicine.disease, IRS2, Mice, Inbred C57BL, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Disease Models, Animal, MicroRNAs, 030104 developmental biology, chemistry, Dietary Supplements, Metabolic syndrome, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, transcriptome, 030217 neurology & neurosurgery, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Food Science
Abstract: Insulin resistance decreases the ability of insulin to inhibit hepatic gluconeogenesis, a key step in the development of metabolic syndrome. Metabolic alterations, fat accumulation, and fibrosis in the liver are closely related and contribute to the progression of comorbidities, such as hypertension, type 2 diabetes, or cancer. Omega 3 (n-3) polyunsaturated fatty acids, such as eicosapentaenoic acid (EPA), were identified as potent positive regulators of insulin sensitivity in vitro and in animal models. In the current study, we explored the effects of a transgenerational supplementation with EPA in mice exposed to an obesogenic diet on the regulation of microRNAs (miRNAs) and gene expression in the liver using high-throughput techniques. We implemented a comprehensive molecular systems biology approach, combining statistical tools, such as MicroRNA Master Regulator Analysis pipeline and Boolean modeling to integrate these biochemical processes. We demonstrated that EPA mediated molecular adaptations, leading to the inhibition of miR-34a-5p, a negative regulator of Irs2 as a master regulatory event leading to the inhibition of gluconeogenesis by insulin during the fasting&ndash, feeding transition. Omics data integration provided greater biological insight and a better understanding of the relationships between biological variables. Such an approach may be useful for deriving innovative data-driven hypotheses and for the discovery of molecular&ndash, biochemical mechanistic links.
Published: 2020
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