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201 results on '"Rabier A"'

1. Coronilla juncea, a native candidate for phytostabilization of potentially toxic elements and restoration of Mediterranean soils

Author

Alma, Heckenroth, Pascale, Prudent, Hélène, Folzer, Jacques, Rabier, Stéven, Criquet, Arne, Saatkamp, Marie-Dominique, Salducci, Laurent, Vassalo, Isabelle, Laffont-Schwob, Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Laboratoire Chimie de l'environnement (LCE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU), Fondation ECCOREV _ ECCOREV RISQ 2018 project, and ANR-08-CESA-0018,MARSECO,Flux de contaminants et fonctionnement des écosystèmes littoraux provençaux: transferts sol-eau-biocénose(2008)

Subjects
Soil, Biodegradation, Environmental, Multidisciplinary, Metals, Heavy, Soil Pollutants, food and beverages, Fabaceae, Biomass, Plants, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, complex mixtures
Abstract

Soil contamination pattern due to industrial activities often leads to high concentrations of potentially toxic elements (PTE) decreasing with depth. This spatial heterogeneity of the soil contamination may have significant consequences on the soil properties and soil living communities. We evaluated the effects of both surface and solum soil contamination heterogeneity on Coronilla juncea L. (Fabaceae) functional traits in field conditions and the phytostabilization potential of this species. Plant and soil samples were collected on 3 sites along a PTE contamination gradient. The correlations between PTE concentration in plant and soil samples at 2 depths, physico-chemical properties of soil, plant biomass and soil microbial activity were tested. Field measurements highlight a decreasing PTE concentration with soil depth in addition to an important surface heterogeneity of As, Cu, Pb, Sb and Zn soil concentrations. Root PTE concentrations in C. juncea did not follow soil PTE concentrations. Concentrations of PTE in the root parts were higher than those of the aerial parts. Low PTE translocation and root symbioses with microorganisms suggest that this native plant species may play a role as engineer species with positive implications for the phytostabilization of Mediterranean PTE contaminated soils and their ecological restoration.

Published
2022

2. A ‘Success Story’ Beyond Numbers? Business Resistance Trumps Timid Feminist Demands in France

Author

Soline Blanchard, Marion Rabier, Centre Max Weber (CMW), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut d'Etudes du Travail de Lyon (IETL), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Sociétés, Acteurs, Gouvernement en Europe (SAGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA)), Isabelle Engeli, and Amy G. Mazur

Subjects
corporate boards, quota, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, parity, public policy, corporate governance, European Union, France, implementation, performance, gender equality, [SHS.SCIPO]Humanities and Social Sciences/Political science, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience; France has come from being a laggard to a leader, at both European and global levels, after the introduction of an authoritative law establishing a 40% gender quota on corporate boards in 2011. This chapter analyzes what lies behind the French “success story” in terms of the numerical feminization of corporate boards. The quota instrument has had direct positive effects on the quantitative presence of women on corporate boards, but it has fallen short of fully challenging the established gender norms that keep women out of significant positions of influence. While femocrats and women business leaders were successful in advocating for board quotas, they have faced two main challenges. The business case in favor of gender quotas did not contest the foundations of gender hierarchies in the corporate world. In addition, the resistance of mostly men gatekeepers was discrete but successful in limiting the transformative potential of the law.

Published
2022

4. Reproductive performance in houbara bustard is affected by the combined effects of age, inbreeding and number of generations in captivity

Author

Robin Rabier, Alexandre Robert, Loïc Lesobre, Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Male, 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Conservation of Natural Resources, media_common.quotation_subject, Science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Captivity, Zoology, Biology, Senescence, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Article, Birds, Sexual Behavior, Animal, 03 medical and health sciences, Captive breeding, Genetics, Animals, Inbreeding, Bustard, media_common, Multidisciplinary, Conservation biology, Hatching, Reproduction, Age Factors, biology.organism_classification, Spermatozoa, Sperm, Pedigree, Phenotype, 030104 developmental biology, Medicine, Female, Adaptation
Abstract

Although captive breeding programs are valuable for conservation, they have been shown to be associated with genetic changes, such as adaptation to captivity or inbreeding. In addition, reproductive performance is strongly age-dependent in most animal species. These mechanisms that potentially impact reproduction have often been studied separately, while their interactions have rarely been addressed. In this study, using a large dataset of nine male and female reproductive parameters measured for 12,295 captive houbara bustards (Chlamydotis undulata undulata) over 24 years, we investigated the relative and interactive effects of age, inbreeding and number of generations in captivity on reproduction. We clearly identified (1) senescence patterns in all parameters studied; (2) negative effects of inbreeding on sperm characteristics, display behavior, egg weight, egg volume and hatching probability; and (3) changes in phenotypic values for seven parameters according to number of generations in captivity. However, the effect sizes associated with age were substantially greater than those associated with inbreeding and number of generations in captivity. Beyond the independent effects of these three factors on reproductive parameters, the results highlighted their interactive effects and thus the importance of integrating them in the design of genetic management plans for conservation breeding programs.

Published
2021

5. Publics éloignés, publics empêchés

Author

Boudon-Machuel, Marion, Delphine, Rabier, Rétif, Mathilde, Centre d'études supérieures de la Renaissance UMR 7323 (CESR), Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Tours, Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Quille, Hélène

Subjects
Public - Histoire de l'Art, [SHS.ART] Humanities and Social Sciences/Art and art history, [SHS.ART]Humanities and Social Sciences/Art and art history, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2021

6. Studying multiple causes of death in LMICs in the absence of death certificates : taking advantage of probabilistic cause-of-death estimation methods (InterVA-4)

Author

Sessego, Ariane, Duthé, Géraldine, Lankoande, Bruno, Dianou, Kassoum, Rabier, Serge, Institut national d'études démographiques (INED), Institut Supérieur des Sciences de la Population, Université de Ouagadougou (ISSP), and Agence française de développement (AFD)

Subjects
Asia, multimorbidity, verbal autopsies (VAs), Africa, Burkina Faso, low- and middle-income countries (LMICs), multiple causes of death, cause of death estimation methods, data quality, Health and Demographic Surveillance System (HDSS), [SHS.DEMO]Humanities and Social Sciences/Demography, Indepth data base, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

In low- and middle-income countries (LMICs), the burden of non-communicable diseases is increasing due to the combination of population aging and lifestyle changes. While interest in multimorbidity has been rising to study more precisely the complex morbid processes that adults experience, health data in LMICs are scarce and rarely allow such investigations. Focusing on multimorbidity leading to death, we aim to develop an approach to estimate multiple causes of death using available data. In settings where certification of death by physicians is not available, verbal autopsies (VAs) have been developed to diagnose likely causes of death from information collected via a structured interview with final caregivers about the signs and symptoms leading up to death. With an increasing use of probabilistic models to interpret VAs, we investigate their potential for identifying multiple causes using a database of 72,330 adult deaths (15 and older) from 22 Health and Demographic Surveillance System (HDSS) sites located in Asia and Africa, and detailed VA data from the Ouagadougou HDSS in Burkina Faso (1,700 deaths).The Bayesian model InterVA-4 attributes multiple likely causes to 11% of deaths. However, some combinations result more from uncertain diagnosis than from multimorbidity. Elaborating an index of similarity between causes based on the InterVA’s probability matrix, we aim to differentiate competing causes (uncertainty) from co-occurring causes (multimorbidity). Selecting the most dissimilar associations of causes, we highlight the importance of associations between infectious and non-communicable diseases, as well as the burden of diabetes and cardiovascular diseases among the identified multimorbidity.; Dans les pays à revenu faible et intermédiaire, le poids des maladies non transmissibles et chroniques augmente sous l’effet conjugué du vieillissement et des changements de mode de vie. Chez les adultes particulièrement, les processus morbides sont complexes. Si l’intérêt pour la multimorbidité s’est fortement développé dans les pays vieillissants, les données sanitaires restent parcellaires dans les pays à revenu faible et intermédiaire, rendant son appréhension difficile. Nous intéressant particulièrement à la multimorbidité menant au décès, nous cherchons à développer une approche pour estimer les causes multiples de décès à partir des données disponibles. Dans les observatoires de population, quand un décès est enregistré, des autopsies verbales permettent de recueillir auprès des proches l’histoire de la maladie et des symptômes ayant conduit au décès afin d’en déterminer la cause probable.Le réseau INDEPTH met a disposition une base de décès par causes pour 22 sites, utilisant le logiciel InterVA-4 comme méthodologie unifiée pour déterminer les causes de décès. Sur les 72 330 décès de plus de 15 ans de la base, le modèle bayésien attribue plusieurs causes probables pour 11% des décès. Pour autant, certaines combinaisons sont plus liées à une incertitude de diagnostic qu’à de la multimorbidité. Par l’intermédiaire d’un indice de similarité établi sur la base des symptômes, nous cherchons à distinguer les causes co-occurrentes de celles qui se concurrencent. En sélectionnant les associations de causes les plus dissemblables, nous mettons en avant l’importance des associations entre maladies infectieuses et maladies non transmissibles, ainsi que le poids du diabète et des maladies cardiovasculaires dans la multimorbidité.

Published
2021

7. The SgenoLasso and its cousins for selective genotyping and extreme sampling

Author

Charles-Elie Rabier, Céline Delmas, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

9. COVID-19 vaccines surveillance in France: a global response to a major national challenge

Author

Nathalie Massy, Valérie Gras-Champel, Marie-Blanche Valnet Rabier, Sophie Gautier, Joëlle Micallef, Mehdi Benkebil, Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), CHU Lille, Troubles cognitifs dégénératifs et vasculaires - U 1171 - EA 1046 (TCDV), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Amiens-Picardie, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Institut de Neurosciences des Systèmes (INS), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Troubles cognitifs dégénératifs et vasculaires - U 1171 (TCDV), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), and Otten, Lisa

Subjects
2019-20 coronavirus outbreak, COVID-19 Vaccines, Coronavirus disease 2019 (COVID-19), Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), Advisory Committees, Critical Care and Intensive Care Medicine, Sex Factors, Sex factors, vaccine, Pharmacovigilance, Medicine, Humans, BNT162 Vaccine, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, business.industry, SARS-CoV-2, [SCCO.NEUR]Cognitive science/Neuroscience, [SCCO.NEUR] Cognitive science/Neuroscience, Age Factors, COVID-19, General Medicine, vaccines, Virology, Anesthesiology and Pain Medicine, Editorial, pharmacovigilance, surveillance, France, business, 2019-nCoV Vaccine mRNA-1273
Abstract

International audience; No abstract available

Published
2021

10. The SgenoLasso and its cousins for selective genotyping and extreme sampling: application to association studies and genomic selection

Author

Charles-Elie Rabier, Céline Delmas, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Activités Microbiennes et Bioprocédés (MAB), Transformation Intégrée de la Matière Renouvelable (TIMR), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Université de Technologie de Compiègne (UTC), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE)

Subjects
Statistics and Probability, [SDV]Life Sciences [q-bio], Extremes, Feature selection, computer.software_genre, 01 natural sciences, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, 010104 statistics & probability, symbols.namesake, Signal-to-noise ratio, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], 0502 economics and business, 0101 mathematics, Gaussian process, Selective Genotyping, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 050205 econometrics, Statistical hypothesis testing, Mathematics, High Dimension, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Stochastic process, 05 social sciences, High-Dimensional Linear Model, Linear model, Sampling (statistics), [STAT.TH]Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [STAT]Statistics [stat], Genomic Selection, Transformation (function), Variable Selection, symbols, Linear Model, Data mining, Statistics, Probability and Uncertainty, Prediction, computer, Sparsity, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME]
Abstract

International audience; We introduce a new variable selection method, called SgenoLasso, that handles extreme data. Our method relies on the construction of a specific statistical test, a transformation of the data and by the knowledge of the correlation between regressors. It is appropriate in genomics since once the genetic map has been built, the correlation is perfectly known. This new technique is inspired by stochastic processes arising from statistical genetics. We prove that the signal to noise ratio is largely increased by considering the extremes. Our approach and existing methods are compared on simulated and real data, and the results point to the validity of our approach.; . Nous introduisons une nouvelle méthode de selection de variables, nommée SgenoLasso, qui prend en compte les données extrêmes. Notre méthode est basée sur la construction d'un test statistique spécifique, une transformation des données et par la connaissance de la corrélation entre régresseurs. Cela s'avère approprié en génomique car une fois la carte génétique construite, cette corrélation est parfaitement connue. Cette nouvelle technique est inspirée des processus stochastiques en provenance de la statistique génétique. Nous prouvons que le rapport signal bruit est largement augmenté en considérant les extrêmes. Notre approche ainsi que les méthodes existantes sont comparées sur données simulées et réelles. Ceci valide notre nouvelle approche.

Published
2021

11. Abundance, composition and fluxes of plastic debris and other macrolitter in urban runoff in a suburban catchment of Greater Paris

Author

Alain Rabier, Robin Treilles, Jérôme Breton, Romain Tramoy, Bruno Tassin, Mohamed Saad, Johnny Gasperi, Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Eau et Environnement (GERS-LEE ), Université Gustave Eiffel, Direction des Services de l'Environnement et de l'Assainissement (DSEA), and Conseil général du Val de Marne

Subjects
Paris, Environmental Engineering, 0208 environmental biotechnology, Stormwater, Drainage basin, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Abundance (ecology), Waste Management and Disposal, 0105 earth and related environmental sciences, Water Science and Technology, Civil and Structural Engineering, Plastic bag, Urban runoff, Hydrology, Waste Products, geography, geography.geographical_feature_category, Ecological Modeling, Pollution, Debris, 6. Clean water, 020801 environmental engineering, [SDE]Environmental Sciences, Environmental science, France, Surface runoff, Garbage, Plastics, Water Pollutants, Chemical, Environmental Monitoring
Abstract

International audience; Stormwater possibly represents a significant input for plastic debris in the environment; however, the quantification and composition of plastic debris and other macrolitter in stormwater are not available in literature and the amounts discharged into freshwater have been poorly investigated. To obtain a better understanding, the occurrence, abundance, and composition of the macrolitter in screened materials from stormwater were investigated at a small residential suburban catchment (Sucy-en-Brie, France) in Greater Paris. The macrolitter, particularly the plastic debris, was sorted, weighed, and classified based on the OSPAR methodology. On average, plastics accounted for at least 62% in number and for 53% of the mass of all the anthropogenic waste found in the screened materials. The most common items were plastic bags or films, crisp or sweet packets, cigarette butts, plastic fragments of unknown origin, garbage bags or garbage bag strings, foil wrappers, tampon applicators, plastic cups, and medical items such as bandages. Plastic debris concentrations in runoff water ranged between 7 and 134 mg/m3 (i.e. 0.4–1.7 kg.yr−1.ha−1 or 4.8–18.8 g.yr−1.cap−1). When extrapolated to the Greater Paris area, the estimated amount of plastic debris discarded into the environment through untreated stormwater of separate sewer systems ranges from 8 to 33 tons.yr−1.

Published
2021

12. REview of potentially inappropriate MEDIcation pr[e]scribing in Seniors (REMEDI[e]S): French implicit and explicit criteria

Author

Blandine de la Gastine, Elisabeth Polard, Valérie Gras, Marie-Laure Laroche, Karen Rudelle, Sophie Gautier, Régis Gonthier, Julie Berthou-Contreras, Jean Doucet, Marion Charenton-Blavignac, Marie-Blanche Valnet-Rabier, Jean-Baptiste Beuscart, Pernelle Noize, Barbara Roux, Thomas Tannou, Muriel Grau, Jean-Pascal Fournier, Ciblage individuel et prévention des risques de traitements immunosupresseurs et de la transplantation (IPPRITT), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), CHU Lille, Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694 (METRICS), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), CHU Amiens-Picardie, CHU Bordeaux [Bordeaux], Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pontchaillou [Rennes], Université de Rennes (UR), Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille, Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)

Subjects
Adult, Male, medicine.medical_specialty, Delphi Technique, [SDV]Life Sciences [q-bio], Implicit criteria, Delphi method, Inappropriate prescribing, Pharmacy, 030226 pharmacology & pharmacy, Likert scale, law.invention, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, law, Explicit criteria, medicine, Humans, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, Practice Patterns, Physicians', Potentially Inappropriate Medication List, Aged, Pharmacology, Geriatrics, Aged, 80 and over, Clinical pharmacology, Health professionals, business.industry, Age Factors, Multimorbidity, General Medicine, Middle Aged, 3. Good health, Family medicine, Relative risk, Older adults, Female, France, business, Inclusion (education), Algorithms
Abstract

International audience; Purpose To establish a consensus on both explicit and implicit criteria in order to identify potentially inappropriate prescribing (PIP) in French older people aged 75 years and over or 65 years and over with multimorbidity. Methods Fifteen experts in geriatrics, general practice, pharmacy, and clinical pharmacology were involved in a two-round Delphi survey to assess preliminary explicit and implicit criteria based on an extensive literature review and up-to-date evidence data. Experts were asked to rate their level of agreement using a 5-level Likert scale for inclusion of criteria and also for rationale and therapeutic alternatives. A consensus was considered as reached if at least 75% of the experts rated criteria as "strongly agreed" or "agreed." Results The new tool included a seven-step algorithm (implicit criteria) encompassing the three main domains that define PIP (i.e. overprescribing, underprescribing, and misprescribing) and 104 explicit criteria. Explicit criteria were divided into 6 tables related to inappropriate drug duplications (n = 7 criteria), omissions of medications and/or medication associations (n = 16), medications with an unfavourable benefit/risk ratio and/or a questionable efficacy (n = 39), medications with an unsuitable dose (n = 4) or duration (n = 6), drug-disease (n = 13), and drug-drug interactions (n = 19). Conclusion The REMEDI[e]S tool (REview of potentially inappropriate MEDIcation pr[e]scribing in Seniors) is an original mixed tool, adapted to French medical practices, aimed at preventing PIP both at the individual level in clinical practice and the population level in large-scale studies. Therefore, its use could contribute to an improvement in healthcare professionals' prescribing practices and safer care in older adults.

Published
2021

13. Atypical thrombosis associated with VaxZevria (R) (AstraZeneca) vaccine: Data from the French Network of Regional Pharmacovigilance Centres

Author

Anthony Bron, Joëlle Micallef, Nathalie Massy, Thomas Geeraerts, Thierry Vial, Francesco Salvo, Hugo Laujin, Mariette Baud, Sophie Liabeuf, Marie Blanche Valnet-Rabier, Marie Girot, Céline Mounier, Antoine El Kaddissi, Antoine Pariente, Mehdi Benkebil, Justine Perez, Kamel Masmoudi, Jean François Albucher, Sophie Gautier, François Montastruc, Annie Pierre Jonville-Béra, Aurélie Grandvuillemin, Evelyne Massardier, Nicolas Raposo, Charlène Boulay, Valérie Gras-Champel, CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), CHU Toulouse [Toulouse], Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Hôpital JeanMinjoz, CHU Lille, Toulouse Neuro Imaging Center (ToNIC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Roger Salengro [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Aix Marseille Université (AMU), CHU Marseille, Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Bordeaux [Bordeaux], Centre régional de pharmacovigilance de Grenoble [CHU Grenoble], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), French Network of Pharmacovigilance Centres, Mécanismes physiopathologiques et conséquences des calcifications vasculaires - UR UPJV 7517 (MP3CV), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut de Neurosciences des Systèmes (INS), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ANR-21-CO17-0001,Vigi-Drugs COVID-19,Identification précoce du risque associé aux médicaments utilisés dans le cadre de COVID-19 : analyse des données mondiales de pharmacovigilance(2021), DESSAIVRE, Louise, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)

Subjects
2019-20 coronavirus outbreak, Time Factors, Coronavirus disease 2019 (COVID-19), Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), [SDV]Life Sciences [q-bio], Letter to Editor, Antiviral Agents, Pharmacovigilance, medicine, Adverse Drug Reaction Reporting Systems, Humans, Pharmacology (medical), Pandemics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Covid-19 vaccine, SARS-CoV-2, business.industry, COVID-19, VaxZevria®, medicine.disease, Atypical thrombosis, Thrombosis, Virology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Anti-PF4 antibodies, France, business, Thrombopenia
Abstract

The current COVID-19 pandemic is an exceptional health situation including for drug use. As there was no known effective drug for COVID-19 at the beginning of the pandemic, different candidates were proposed. In this short article, we present the French public pharmacovigilance activities during this health crisis. Although COVID-19 is a confounding factor per se, owing to its potential for multi-organ damage including the heart and kidney, the quality of the transmitted data in adverse drug reaction reports, the timeliness of feedback from clinicians, and the real-time pharmacological and medical analysis by the French network of the regional pharmacovigilance centers made it possible to swiftly identify relevant safety signals. The French National Agency of Medicine was thus able to validate the data and convey their findings very early. This decentralized organization based on medical and pharmacological evaluation of case reports has proven to be efficient and responsive in this unique and challenging healthcare emergency.

Published
2021

14. Les paradoxes des politiques d’égalité en entreprise

Author

Charpenel, Marion, Rabier, Marion, and Charpenel, Marion

Subjects
relais de l'action publique, [SHS.SOCIO] Humanities and Social Sciences/Sociology, collective bargaining, [SHS.HIST] Humanities and Social Sciences/History, égalité professionnelle, mise en œuvre de l'action publique, public action implementation, négociation collective, [SHS.GENRE] Humanities and Social Sciences/Gender studies, [SHS.SCIPO] Humanities and Social Sciences/Political science, professional equality, public action intermediation
Abstract

Since the Roudy Act of 1983, French public authorities have chosen collective bargaining as the preferred means of implementing professional equality between women and men. Thus, the State has transferred to social partners responsibility for defining and enforcing this public action. The aim of this article is to examine the twofold tension that structures public policy on professional equality. Firstly, since it was designed to encourage companies to diagnose inequalities in their organizations and to propose measures suitable to their situation, how can we explain the fact that it leads to relatively homogeneous texts and measures, whatever the local context and the sector of activity? The second tension in equality policy concerns its implementation: left to the responsibility of managers and HR departments who are poorly trained in the issue of professional equality, the measures deployed tend to favour an individualised approach to equality, one designed above all to improve the company’s performance., Depuis la loi Roudy de 1983, les pouvoirs publics ont choisi de faire de la négociation collective la voie privilégiée pour la mise en œuvre de l’égalité professionnelle entre les femmes et les hommes. L’État confie donc aux partenaires sociaux la responsabilité de la définition et de l’application de cette action publique. L’objet de cet article est de s’interroger sur une double tension de la politique publique de l’égalité professionnelle. En premier lieu, pensée pour amener les entreprises à établir un diagnostic des inégalités à l’œuvre dans leur organisation et à proposer des mesures adaptées à leur situation, comment expliquer qu’elle conduise à des textes et des mesures relativement homogènes, quels que soient les contextes locaux et les secteurs d’activité ? La seconde tension de la politique d’égalité concerne sa mise en œuvre : laissée à la responsabilité du personnel encadrant et des services RH, peu formé·e·s à la question de l’égalité professionnelle, les mesures déployées tendent à privilégier une approche individualisée de l’égalité, pensée avant tout pour la performance de l’entreprise.

Published
2021

15. On the inference of complex phylogenetic networks by Markov Chain Monte-Carlo

Author

Rabier, Charles-Elie, Berry, Vincent, Stoltz, Marnus, Santos, Joao D., Wang, Wensheng, Glaszmann, Jean-Christophe, Pardi, Fabio, Scornavacca, Celine, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institute of Crop Sciences of CAAS [Beijing] (ICS CAAS), Chinese Academy of Agricultural Sciences (CAAS), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Montpellier Bioinformatics946Biodiversity platform supported by the LabEx CeMEB, an ANR 'Investissements d’avenir' program (ANR-10-LABX-04-01), CIRAD -948UMR AGAP HPC Data Center of the South Green Bioinformatics platform (http://www.south-green.fr/), ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010), ANR-16-IDEX-0006,MUSE,MUSE(2016), ANR-19-CE45-0012,CoCoAlSeq,Combiner des algorithmes combinatoires d'inférence de réseaux et des méthodes d'inférence phylogénétique basées sur les séquences génétiques pour reconstruire des réseaux phylogénétiques explicites significatifs(2019), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM)

Subjects
Evolutionary Genetics, 0106 biological sciences, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gene Identification and Analysis, Inference, Genetic Networks, computer.software_genre, 01 natural sciences, Genome, Coalescent theory, Biology (General), Phylogeny, Data Management, 2. Zero hunger, Likelihood Functions, 0303 health sciences, Phylogenetic tree, Applied Mathematics, Simulation and Modeling, 1. No poverty, Eukaryota, Phylogenetic Analysis, Genomics, Phylogenetic network, Plants, Complex network, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Markov Chains, Phylogenetics, Experimental Organism Systems, Physical Sciences, Horizontal gene transfer, symbols, Monte Carlo Method, Algorithms, Network Analysis, Research Article, Computer and Information Sciences, QH301-705.5, Introgression, Genes, Plant, Research and Analysis Methods, Machine learning, 010603 evolutionary biology, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, Plant and Algal Models, Prior probability, Genetics, Evolutionary Systematics, Grasses, Taxonomy, 030304 developmental biology, Evolutionary Biology, business.industry, Organisms, Computational Biology, Biology and Life Sciences, Bayes Theorem, Oryza, Markov chain Monte Carlo, 15. Life on land, Animal Studies, Rice, Artificial intelligence, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, computer, Mathematics
Abstract

For various species, high quality sequences and complete genomes are nowadays available for many individuals. This makes data analysis challenging, as methods need not only to be accurate, but also time efficient given the tremendous amount of data to process. In this article, we introduce an efficient method to infer the evolutionary history of individuals under the multispecies coalescent model in networks (MSNC). Phylogenetic networks are an extension of phylogenetic trees that can contain reticulate nodes, which allow to model complex biological events such as horizontal gene transfer, hybridization and introgression. We present a novel way to compute the likelihood of biallelic markers sampled along genomes whose evolution involved such events. This likelihood computation is at the heart of a Bayesian network inference method called SnappNet, as it extends the Snapp method inferring evolutionary trees under the multispecies coalescent model, to networks. SnappNet is available as a package of the well-known beast 2 software. Recently, the MCMC_BiMarkers method, implemented in PhyloNet, also extended Snapp to networks. Both methods take biallelic markers as input, rely on the same model of evolution and sample networks in a Bayesian framework, though using different methods for computing priors. However, SnappNet relies on algorithms that are exponentially more time-efficient on non-trivial networks. Using simulations, we compare performances of SnappNet and MCMC_BiMarkers. We show that both methods enjoy similar abilities to recover simple networks, but SnappNet is more accurate than MCMC_BiMarkers on more complex network scenarios. Also, on complex networks, SnappNet is found to be extremely faster than MCMC_BiMarkers in terms of time required for the likelihood computation. We finally illustrate SnappNet performances on a rice data set. SnappNet infers a scenario that is consistent with previous results and provides additional understanding of rice evolution., Author summary Nowadays, to make the best use of the vast amount of genomic data at our disposal, there is a real need for methods able to model complex biological mechanisms such as hybridization and introgression. Understanding such mechanisms can help geneticists to elaborate strategies in crop improvement that may help reducing poverty and dealing with climate change. However, reconstructing such evolution scenarios is challenging. Indeed, the inference of phylogenetic networks, which explicitly model reticulation events such as hybridization and introgression, requires high computational resources. Thus, on large data sets, biologists generally deduce reticulation events indirectly using species tree inference tools. In this context, we present a new Bayesian method, called SnappNet, dedicated to phylogenetic network inference. Our method is competitive in terms of execution speed with respect to its competitors. This speed gain enables us to consider more complex evolution scenarios during Bayesian analyses. When applied to rice genomic data, SnappNet retrieved an evolution scenario that confirms the global triple foundation of the species and the origin of circum Basmati as a hybrid derivative between Japonica cultivars and a local Indian form. It suggests that this hybridization is ancient and probably precedes the domestication of circum Aus.

Published
2021

16. 10-years report on multi-disciplinary researches about the lignite mining heritage of the Provence Coalfield (Human-Environment Observatory): from spoil heaps to novel areas to explore nature based solutions: 2008-2018

Author

Laffont-Schwob, Isabelle, Rabier, Jacques, Folzer, Hélène, Maignan, Maxime, Raynal, Jean-Claude, Salducci, Marie-Dominique, Vassalo, Laurent, Noack, Y., Gachet, S., Prudent, Pascale, Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Aix Marseille Université (AMU), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chimie de l'environnement (LCE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Labex DRIIHM, and ANR-11-LABX-0010,DRIIHM / IRDHEI,Dispositif de recherche interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux(2011)

Subjects
OHM Bassin Minier de Provence, Terrils, Pédologie, LabEx DRIIHM, [SDE]Environmental Sciences, Lignites, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

17. Woman of Science: a scholarly career

Author

Rabier, Christelle, CERMES3 - Centre de recherche Médecine, sciences, santé, santé mentale, société (CERMES3 - UMR 8211 / U988 / UM 7), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS), and Rabier, Christelle

Subjects
[SHS.HISPHILSO]Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, [SHS.HISPHILSO] Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, [SHS.GENRE] Humanities and Social Sciences/Gender studies, [SHS.GENRE]Humanities and Social Sciences/Gender studies, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

18. Femme de science: un parcours universitaire

Author

Rabier, Christelle, CERMES3 - Centre de recherche Médecine, sciences, santé, santé mentale, société (CERMES3 - UMR 8211 / U988 / UM 7), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Rabier, Christelle

Subjects
[SHS.HISPHILSO]Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, [SHS.HISPHILSO] Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, [SHS.GENRE]Humanities and Social Sciences/Gender studies, [SHS.GENRE] Humanities and Social Sciences/Gender studies, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

19. The SgLasso and its cousins for selective genotyping and extreme sampling: application to association studies and genomic selection

Author

Rabier, Charles-Elie, DELMAS, Céline, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École pratique des hautes études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], Extremes, High-Dimensional Linear Model, [STAT.TH]Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [STAT]Statistics [stat], [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, Genomic Selection, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Variable Selection, Sparsity AMS Subject Classification: Primary 60G15, Linear Model, 62F05, 62F03, Gaussian process, Prediction, Sparsity, Selective Genotyping, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], High Dimension
Abstract

International audience; We introduce a new variable selection method, called SgLasso, that handles extreme data, and suitable when the correlation between regressors is known. It is appropriate in genomics since once the genetic map has been built, the correlation is perfectly known. Besides, we prove that the signal to noise ratio is largely increased by considering the extremes. Our method relies on the construction of a specific statistical test, a transformation of the data and by the knowledge of the correlation between regressors. This new technique is inspired by stochastic processes arising from statistical genetics. Our approach and existing methods are compared for simulated and real data, and the results point to the validity of our approach.; . Nous introduisons une nouvelle méthode de selection de variables, nommée SgLasso, qui prend en compte les données extrêmes. Notre méthode est basée sur la construction d'un test statistique spécifique, une transformation des données et par la connaissance de la corrélation entre régresseurs. Cela s'avère approprié en génomique car une fois la carte génétique construite, cette corrélation est parfaitement connue. Cette nouvelle technique est inspirée des processus stochastiques en provenance de la statistique génétique. Nous prouvons que le rapport signal bruit est largement augmenté en considérant les extrêmes. Notre approche ainsi que les méthodes existantes sont comparées sur données simulées et réelles. Ceci valide notre nouvelle approche.

Published
2020

20. Validation d'une nouvelle méthode de raisonnement de la fertilisation azotée sur blé tendre d'hiver

Author

Rabier, Antoine, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AXEREAL, 36 rue de la manufacture, CS 40639, 45166 Olivet, Christine Bissuel, and Ricardo Bidegain

Subjects
Winter wheat, Nitrogen fertilization, CHN, Balance sheet method, [SDV]Life Sciences [q-bio], N-Tester, Nitrogen Nutrition Index, Méthode du bilan, Indice de Nutrition Azotée, Innovation, Blé tendre d’hiver, APPI-N, Fertilisation azotée
Abstract

Following the work of Clémence Ravier in 2017, a new reasoning for fertilization of winter wheat appeared to overcome the limits of the balance sheet method. This new way, the integral management, is based on the adaptation of the inputs to the needs of the plant by monitoring the nitrogen status of plants throughout the year. The purpose of this management is to limit the impact of fertilization on the environment while preserving the same level of yield. Thanks to this work, INRAE and Arvalis developed two new methods: APPI-N and CHN. APPI-N is based on INN measures thanks to a N-Tester while CHN works through modelisation. This report presents the follow-up of the trial carried out by the Axéréal cooperative in 2020 as well as the results of the trials carried out over the previous two years. It appears that the APPI-N and CHN methods are characterized by a lower quantity of nitrogen used as well as by later inputs. After three years of trials, these methods could be tested 5 times by the cooperative under different pedoclimatic conditions. The results of these trials show that progress remains to be made in terms of productivity and economic performance. But they are more respectful of the environment thanks to their better use of fertilizer and a lower total quantity. Adjustments must therefore be made, and the study should continue with other crops. These methods will then have to be adapted for use by farmers.; À la suite des travaux de Clémence Ravier en 2017, un nouveau raisonnement de la fertilisation azotée sur blé tendre est apparu pour pallier les limites de la méthode du bilan prévisionnel. Ce nouveau raisonnement, le pilotage intégral, repose sur une adaptation des apports aux besoins de la plante grâce à un suivi de l’état azoté des plantes tout au long de l’année. Le but de ce pilotage est de limiter l’impact de la fertilisation sur l’environnement tout en gardant le même niveau de rendement. Grâce à ces travaux, l’INRAE et Arvalis ont développé deux nouvelles méthodes : APPI-N et CHN. APPI-N est basé sur des mesures d’INN via un N-Tester tandis que CHN fonctionne grâce à une modélisation. Ce rapport présente donc le suivi de l’essai mené par la coopérative Axéréal en 2020 ainsi que les résultats des essais menés au cours des deux années précédentes. Il apparait que les méthodes APPI-N et CHN se caractérisent par une moindre quantité d’azote utilisée ainsi que par des apports plus tardifs. Après trois années d’essais, ces méthodes ont pu être testées 5 fois par la coopérative dans des conditions pédoclimatiques différentes. Les résultats de ces essais montrent que des progrès restent à faire en termes de productivité et de performance économique. En revanche, elles sont plus respectueuses de l’environnement grâce à leur meilleure utilisation de l’engrais et une quantité totale moindre. Des ajustements doivent donc être réalisés et l’étude devrait se poursuivre sur d’autres cultures. Ces méthodes devront alors être adaptées en vue de leur utilisation par les agriculteurs.

Published
2020

21. Functional Trait-Based Screening of Zn-Pb Tolerant Wild Plant Species at an Abandoned Mine Site in Gard (France) for Rehabilitation of Mediterranean Metal-Contaminated Soils

Author

Isabelle Laffont-Schwob, Jacques Rabier, Véronique Masotti, Hélène Folzer, Lorène Tosini, Laurent Vassalo, Marie-Dominique Salducci, Pascale Prudent, Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chimie de l'environnement (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC), and Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
phytoremediation strategy, metal tolerance, lcsh:R, passive ecological restoration, lcsh:Medicine, Plants, Mining, Article, Soil, Zinc, Biodegradation, Environmental, Lead, Metals, Heavy, [SDE]Environmental Sciences, Soil Pollutants, France, native plant selection
Abstract

The selection of plant species at mine sites is mostly based on metal content in plant parts. Recent works have proposed referring to certain ecological aspects. However, plant traits for plant metal-tolerance still need to be accurately assessed in the field. An abandoned Zn-Pb mine site in Gard (France) offered the opportunity to test a set of ecological criteria. The diversity of micro-habitats was first recorded through floristic relev&eacute, s and selected categorical and measured plant traits were compared for plant species selection. The floristic composition of the study site consisted in 61 plant species from 31 plant families. This approach enabled us to focus on seven wild plant species naturally growing at the mining site. Their ability to form root symbioses was then observed with a view to phytostabilization management. Four species were considered for phytoextraction: Noccaea caerulescens (J. et C. Presl) FK Meyer, Biscutella laevigata L., Armeria arenaria (Pers.) Schult. and Plantago lanceolata L. The metal content of their aerial and root parts was then determined and compared with that of soil samples collected at the same site. This general approach may lead to the development of a knowledge base for assessment of the ecological restoration trajectory of the site and can help in plant selection for remediation of other metal-rich soils in the Mediterranean area based not only on metal removal but on ecological restoration principles.

Published
2020

22. Economic impact of informal care associated with myocardial infarction and stroke

Author

Rabier, Hugo, Health Service and Performance Research (HESPER), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Université de Lyon, Cyrille Colin, Hassan Serrier, and STAR, ABES

Subjects
Stroke, Myocardial infarction, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Aide informelle, Economic valuation, Infarctus du myocarde, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Évaluation économique, Accident vasculaire cérébral, Informal care
Abstract

More than one million of severely dependant patients live at home with assistance of close relatives. These caregivers provide « informal care » because they are not professional caregiver and not trained to provide care, and without monetary compensation. Informal care represents between 70 and 80% of the total provided assistance for elderly. Many economic valuations demonstrated an economic impact on informal caregiver of dependent elderly persons or suffering from neurodegenerative disorder. These studies also demonstrate a negative impact on the health and the social life of caregivers.Cardiovascular diseases represent the main cause of disability in France. Stroke is the largest contributor to the severe disability incidence with approximately 30,000 cases per year. To date, there were no French studies examining the economic impact of informal care on caregiver associated with myocardial infarction and stroke. In view of these elements, it should be necessary to carried out a first estimation. Our thesis work is composed of 3 studies : The aim of the first study was to estimate the informal care cost associated with myocardial infarction in France during the first year after the event with data of the Handicap-Santé survey. In the second study, we assessed the economic impact of informal care on caregivers assisting myocardial infarction survivors in France according to the date of myocardial infarction occurrence (, En France, plus d’un million de patients sévèrement dépendants vivent à domicile grâce à l’assistance de leurs proches. Ces proches prodiguent de l’aide dite « informelle » puisqu’ils ne sont ni formés ni rémunérés contrairement aux aidants professionnels. L’aide informelle représente entre 70 et 80 % de l’aide apportée aux personnes âgées. Plusieurs évaluations économiques ont démontré un impact économique pour les aidants informels de proches âgés dépendants ou victimes de maladies neurodégénératives. Elles démontrent également un impact négatif de l’activité d’aide sur la santé et la vie sociale de l’aidant. Les maladies cardiovasculaires représentent la principale cause de handicap acquis et non traumatique en France. L’accident vasculaire cérébral est la pathologie y contribuant le plus avec une incidence de patients atteints de handicaps lourds d’environ 30 000 cas par an. À ce jour, aucune étude française ne s’est intéressée à l’impact économique de l’aide informelle pour les aidants de proches victimes d’un infarctus du myocarde et d’un accident vasculaire cérébral. Au vu de ces éléments, il semble nécessaire de réaliser une première estimation. Notre travail de thèse est composé de 3 études : La première étude avait pour objectif d’estimer le coût de l’aide informelle associé à l’infarctus du myocarde en France à l’aide des données de l’enquête Handicap-Santé et en se focalisant sur la première année post-infarctus du fait du caractère aigu de l’évènement. La seconde étude nous a permis d’estimer et de comparer le coût de l’aide informelle associé à l’infarctus du myocarde selon l’antériorité de l’évènement. Aussi, nous avons souhaité déterminer l’impact de l’aide informelle sur la santé et la vie sociale des aidants à l’aide d’indicateurs issus de l’enquête Handicap-Santé. Enfin la troisième étude avait pour objectif d’estimer le coût de l’aide informelle associé à l’accident vasculaire cérébral en France à l’aide des données de la cohorte Stroke 69. D’après nos résultats, l’aide informelle représente un impact économique conséquent pour les aidants de proches victimes d’infarctus du myocarde et d’accident vasculaire cérébral. Il semble important d’intégrer plus fréquemment l’aide informelle dans les évaluations médico-économiques et dans les études de type cost of illness du fait de la part qu’elle représente sur le coût total de la prise en charge de ces pathologies. Avec l’influence grandissante des évaluations médico-économiques, nos estimations et de futurs travaux pourraient aiguiller des orientations législatives en matière d’allocation efficiente et juste des ressources collectives et ainsi contribuer à la reconnaissance de l’implication des aidants dans la prise en charge à long terme des pathologies invalidantes

Published
2020

23. Impact économique de l’aide informelle dans l’infarctus du myocarde et l’accident vasculaire cérébral

Author

Rabier, Hugo, Health Service and Performance Research (HESPER), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Université de Lyon, Cyrille Colin, and Hassan Serrier

Subjects
Stroke, Myocardial infarction, Aide informelle, Economic valuation, Infarctus du myocarde, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Évaluation économique, Accident vasculaire cérébral, Informal care
Abstract

More than one million of severely dependant patients live at home with assistance of close relatives. These caregivers provide « informal care » because they are not professional caregiver and not trained to provide care, and without monetary compensation. Informal care represents between 70 and 80% of the total provided assistance for elderly. Many economic valuations demonstrated an economic impact on informal caregiver of dependent elderly persons or suffering from neurodegenerative disorder. These studies also demonstrate a negative impact on the health and the social life of caregivers.Cardiovascular diseases represent the main cause of disability in France. Stroke is the largest contributor to the severe disability incidence with approximately 30,000 cases per year. To date, there were no French studies examining the economic impact of informal care on caregiver associated with myocardial infarction and stroke. In view of these elements, it should be necessary to carried out a first estimation. Our thesis work is composed of 3 studies : The aim of the first study was to estimate the informal care cost associated with myocardial infarction in France during the first year after the event with data of the Handicap-Santé survey. In the second study, we assessed the economic impact of informal care on caregivers assisting myocardial infarction survivors in France according to the date of myocardial infarction occurrence (

Published
2020

24. Vitiligo under anti–programmed cell death-1 therapy is associated with increased survival in melanoma patients

Author

Clémentine Carlet, Marie Blanche Valnet-Rabier, Julie Castagna, Charlée Nardin, Kevin Bouiller, Flora Dresco, Virginie Nerich, François Aubin, Eve Puzenat, Samuel Limat, Adrien Mareschal, Anne Jeand'heur, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Département d'allergie et d'immunologie clinique [CHU Lyon Sud], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Pôle pharmaceutique [CHRU Besançon], Département de pharmacie, Département de dermatologie, Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Hôpital Saint-Jacques-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)

Subjects
Adult, Male, Skin Neoplasms, Programmed Cell Death 1 Receptor, Vitiligo, Dermatology, Antibodies, Monoclonal, Humanized, 030207 dermatology & venereal diseases, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Antineoplastic Agents, Immunological, Programmed cell death 1, medicine, Humans, Melanoma, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, Retrospective Studies, Aged, 80 and over, biology, business.industry, Middle Aged, medicine.disease, 3. Good health, Survival Rate, Nivolumab, 030220 oncology & carcinogenesis, biology.protein, Cancer research, Female, Drug Eruptions, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

International audience

Published
2020

25. Implication of phytometabolites on metal tolerance of the pseudo-metallophyte -Rosmarinus officinalis-in a Mediterranean brownfield

Author

Bruno Coulomb, Carine Demelas, Marie-Cécile Affholder, Jean-Luc Boudenne, Pascale Prudent, Jacques Rabier, Andreea Borla, Isabelle Laffont-Schwob, Laboratoire Chimie de l'environnement (LCE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-08-CESA-0018,MARSECO,Flux de contaminants et fonctionnement des écosystèmes littoraux provençaux: transferts sol-eau-biocénose(2008), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)

Subjects
Environmental Engineering, Health, Toxicology and Mutagenesis, 0208 environmental biotechnology, Metal translocation, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Rosmarinus, Soil, Metallophyte, Trace metals, Metals, Heavy, Environmental Chemistry, Humans, Soil Pollutants, Trace metal, Plant Physiological Phenomena, 0105 earth and related environmental sciences, Metalloids, 2. Zero hunger, biology, Chemistry, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Public Health, Environmental and Occupational Health, General Medicine, General Chemistry, Drug Tolerance, Stress responses, 15. Life on land, Contamination, Plants, biology.organism_classification, Pollution, Soil contamination, Adaptation, Physiological, 020801 environmental engineering, Trace Elements, Field experiment, Biodegradation, Environmental, 13. Climate action, Metals, Environmental chemistry, Hazardous Waste Sites, Officinalis, Shoot, Rosemary, Phytochelatin, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract

International audience; This study highlights the trace metal and metalloid (TMM) accumulation in Rosmarinus officinalis L. and its chemical responses when exposed to high levels of contamination. R. officinalis individuals growing along a gradient of mixed TMM soil pollution, resulting from past industrial activities, were analysed. Several plant secondary metabolites, known to be involved in plant tolerance to TMM or as a plant health indicator, were investigated. The levels of thiol compounds and phytochelatin precursors (cysteine and glutathione) in the shoots were measured in the laboratory, while a portable non-destructive instrument was used to determine the level of phenolic compounds and chlorophylls directly on site. The level of Pb, As, Sb and Zn contaminations within the soil and plants was also determined.The results highlighted a decrease of TMM translocation with increases of soil contamination. The concentration of TMM in the shoots followed the Mitscherlich equation and reached a plateau at 0.41, 7.9, 0.37, 51.3 mg kg−1 for As, Pb, Sb and Zn, respectively. In the shoots, the levels of thiols and phenols were correlated to concentrations of TMM. Glutathione seems to be the main thiol compounds involved in the tolerance to As, Pb and Sb. Phenols indices, using non-destructive measurements, may be considered as an easy way to establish a proxy to estimate the TMM contamination level of the R. officinalis shoots. The study highlights metabolic processes that contribute to the high potential of R. officinalis for phytostabilisation of TMM in contaminated areas in the Mediterranean.

Published
2020

26. Typologie des exploitations asines laitières françaises

Author

Diminiard, Xellyssia, Duplaa, Pauline, Jeandel, Angélique, Poiraud, Pierre, Bayourthe, Corine, Bonnin, Clémentine, Rabier, Thierry, and bayourthe, corine

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], exploitation, lait d'anesse, filière asine
Abstract

La filière française du lait d’ânesse étant mal connue. l ’objectif de l’étude présentée était d'en faire un état des lieux afin de décrire les pratiques d’élevage des ânesses laitières en France. Une enquête a permis de recenser 60 éleveurs producteurs de lait d’ânesse qui ont été sollicités pour répondre à un questionnaire. Ce dernier a été complété par quelques visites sur le terrain . Les résultats montrent que les ânes de race sont peu représentés dans les exploitations laitières (la taille moyenne du cheptel est de 25 individus, pour une SAU moyenne de 24 ha, soit un chargement moyen de 0,63 UGB/ha avec une moyenne de 11 ânesses laitières par exploitation. La production annuelle de lait s’évalue à 200L par ânesse (soit en moyenne 1,1L par jour) et le lait est principalement utilisé pour produire des savons (90% des exploitations) et autres produits cosmétiques (75 % des exploitations). La production de lait d’ânesse n’est pas destinée à conquérir les marchés agroalimentaires et chaque éleveur met en place sa propre conduite d’élevage. Les éleveurs interrogés, tous préoccupés par le bien être animal et par l’image de leurs produits font face à un problème de débouchés, celui du devenir des ânons, en particulier les mâles.

Published
2020

27. Macro and Microplastics in Stormwater and Combined Sewer Overflows in Paris Megacity

Author

Johnny Gasperi, Alain Rabier, Sabrina Guérin, Saad Mohamed, Jérôme Breton, Robin Treilles, Bruno Tassin, Vincent Rocher, Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Conseil Général du Val de Marne (CG 94), CG 94, SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, Programme OPUR, Springer International Publishing, Treilles, Robin, École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), and AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)

Subjects
Hydrology, [SDE] Environmental Sciences, 0303 health sciences, Microplastics, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Density separation, Stormwater, Outfall, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, 6. Clean water, 03 medical and health sciences, 13. Climate action, [SDE]Environmental Sciences, Environmental science, Combined sewer, [SDE.IE] Environmental Sciences/Environmental Engineering, Surface runoff, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, Plastic bag
Abstract

Stormwater and combined sewer overflows (CSO) might represent an important source of macro and microplastics in the environment, but such fluxes are poorly investigated. In order to fill this knowledge gap, macro and microplastic concentrations were investigated (i) in stormwater and grid refusals at the outlet of a runoff water pipe located in Sucy-en-Brie (Paris suburb, France) and (ii) in CSO discharges at the Clichy outfall (Paris suburb, France). Macroplastics were sorted, weighted and classified. To study microplastics during rain events, 500 litres of water were filtered using plankton net with 80 μm mesh size. Microplastics were then extracted using H2O2 30% digestion followed by NaI density separation (d = 1.6 g.cm−3). A microscope and Fourier Transformed Infrared spectroscopy were applied to identify microplastics. Preliminary results from stormwater outlet of Sucy-en-Brie showed that macroplastic mass percentages were in the range of 1.5 to 37.5%. Moreover, 8 main plastic categories were found to contribute to 95% of total macroplastics and were identified as sanitary textiles, plastic bags or films, food packaging, bottles, cigarette buds, garbage bags, and polystyrene fragments. Macroplastic concentrations in stormwater from March to June 2018 ranged from 3 × 10−5 kg/m3 to 1 × 10−4 kg/m3. Three rain events were sampled at Sucy-en-Brie to study the concentration of microplastics. Microplastics with size of 1 to 5 mm during first rain event were analysed. Results indicated that microplastic concentrations were in the range of 4.6 × 10−2 and 9.3 × 10−3 fragments/L, in which polyamide and polyethylene predominated.

Published
2020

28. Microplastics and microfibers in urban runoff on a suburban catchment of Paris megacity

Author

Robin Treilles, Johnny Gasperi, Anais Gaillard, Saad Mohamed, Rachid Dris, Jérôme Breton, Alain Rabier, Bruno Tassin, Gasperi, Johnny, Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Eau et Environnement (GERS-LEE ), Université Gustave Eiffel, Direction des Services de l'Environnement et de l'Assainissement (DSEA), and Conseil général du Val de Marne

Subjects
MICROPLASTIQUE, [SDE] Environmental Sciences, SPECTROSCOPIE, EAU PLUVIALE, SUCY EN BRIE, URBAN SOURCES, EAU DE RUISSELLEMENT, POLLUTION DES EAUX, MICROPLASTIC, DECHET, [SDE]Environmental Sciences, INFRARED SPECTROSCOPY, STORMWATER, MILIEU URBAIN
Abstract

Microplastics (MPs) in stormwater are poorly investigated. In order to fill this knowledge gap, MP concentrations were investigated in stormwater at the outlet of a runoff water pipe located in Sucy-en-Brie (Paris suburb, France). Stormwater from four rain events were collected (from June 2018 to May 2019). Stormwater flowrates were measured and compared. Three rain events had approximately the same intensity, and one event was more intense. During each rain event, 300 to 500 liters of water were filtered using a plankton net with 80 µm mesh size. MPs are then extracted using SDS and H2O2 30 % digestion followed by NaI density separation (d=1.6 g.cm-3). Blanks were performed to quantify contamination. Samples were filtered on metallic filters with a porosity of 14 µm. Samples were then remobilized on alumina filters and were analyzed using infrared spectroscopy. Infrared mapping analysis are performed on each alumina filters. Maps were analyzed using a microplastic analysis software siMPle, developed by Aalborg University, Denmark and Alfred Wegener Institute, Germany. Preliminary results show a concentration of 3.3-7.5 MPs/L (min-max values, contamination has been considered) during rain events. PP, PE and alkyd are the most prevalent polymers found in those samples. No correlation was found between rain intensity and concentrations. Considering the runoff volumes and the impervious surface area of the studied catchment, this would imply a flux of 4*10^7-9*10^7 MPs.yr-1.ha-1., Les microplastiques (MP) dans les eaux pluviales sont mal étudiés. Afin de combler ce manque de connaissances, les concentrations de MP ont été étudiées dans les eaux pluviales à la sortie d'une conduite d'eau de ruissellement située à Sucy-en-Brie (banlieue parisienne, France). Les eaux pluviales de quatre événements pluvieux ont été collectées (de juin 2018 à mai 2019). Les débits des eaux pluviales ont été mesurés et comparés. Trois événements pluvieux ont eu approximativement la même intensité, et un événement a été plus intense. Lors de chaque événement pluvieux, 300 à 500 litres d'eau ont été filtrés à l'aide d'un filet à plancton de 80 µm de maille. Les MP sont ensuite extraits par digestion au SDS et au H2O2 à 30 %, suivie d'une séparation de densité du NaI (d=1,6 g.cm-3). Des blancs ont été réalisés pour quantifier la contamination. Les échantillons ont été filtrés sur des filtres métalliques d'une porosité de 14 µm. Les échantillons ont ensuite été remobilisés sur des filtres en alumine et ont été analysés par spectroscopie infrarouge. Des analyses cartographiques par infrarouge sont effectuées sur chaque filtre en alumine. Les cartes ont été analysées à l'aide d'un logiciel d'analyse microplastique siMPle, développé par l'Université d'Aalborg, au Danemark, et l'Institut Alfred Wegener, en Allemagne. Les résultats préliminaires montrent une concentration de 3,3-7,5 MPs/L (valeurs min-max, la contamination a été prise en compte) pendant les épisodes de pluie. Le PP, le PE et l'alkyde sont les polymères les plus courants trouvés dans ces échantillons. Aucune corrélation n'a été trouvée entre l'intensité des pluies et les concentrations. Compte tenu des volumes de ruissellement et de la surface imperméable du bassin versant étudié, cela impliquerait un flux de 4*10^7-9*10^7 MPs.an-1.ha-1.

Published
2020

29. Myocardial infarction: Economic, health, and social impacts on informal caregivers

Author

Cyrille Colin, Michel Ovize, Hugo Rabier, Anne-Marie Schott, Antoine Duclos, Marie Viprey, Norbert Nighoghossian, Gwen Grguric, Marine Barral, Pascale Guerre, Christell Julien, Jennifer Margier, Jessica Dalaudiere, Hassan Serrier, Asma Fares, Nathan Mewton, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Animal Health Department, Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario [Derio] (NEIKER), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'études et de recherche sur les services de santé et la qualité de vie (CEReSS), Aix Marseille Université (AMU), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Department of Cardiology, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Health Service and Performance Research (HESPER), Université de Lyon-Université de Lyon, Géosciences Paris Sud (GEOPS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-16-RHUS-0009,MARVELOUS,MARVELOUS(2016)

Subjects
Male, Multivariate analysis, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Willingness to pay, Surveys and Questionnaires, Medicine, Humans, Interpersonal Relations, 030212 general & internal medicine, Prospective Studies, Survivors, education, media_common, Aged, Aged, 80 and over, education.field_of_study, Contingent valuation, business.industry, 030503 health policy & services, Health Policy, Caregiver burden, Middle Aged, Health indicator, Economic evaluation, Informal care, 3. Good health, Myocardial infarction, Feeling, Caregivers, Health impact, Social impact, Female, France, Patient Care, 0305 other medical science, business, Demography
Abstract

ObjectivesThe aim of the study was to measure the economic impact of informal care (IC) on caregivers assisting myocardial infarction (MI) survivors in France. Health and social impacts were also described.MethodsData from the prospective 2008 Health and Disabilities Households Survey (Enquête Handicap-Santé), carried out among the French general population, were used to obtain information about patients with MI and their informal caregivers. To estimate the approximate monetary value of IC, three methods were used: the proxy good method, opportunity cost method (OCM), and contingent valuation method (CVM). A multivariate analysis was performed to determine the associations of the IC duration and the existence of professional care with the health indicators stated by caregivers.ResultsThe analysis included data from 147 caregivers. The mean value of IC ranged from €9,679 per year using the CVM to €11,288 per year using the OCM (p> .05). The mean willingness to pay for an additional hour of IC was €10.9 (SD = 8.3). A total of 46.2 percent of caregivers reported that IC negatively affected theirs physical condition, and 46.3 percent reported that it negatively affected their psychological health. In addition, 40.1 percent declared that caregiving activity made them anxious and 38.8 percent stated they felt alone. Associations were identified between the duration of IC and feeling the need to be replaced, feeling alone and making sacrifices (p< .05).ConclusionsInformal caregiver burden may be recognized in health technology assessment in order not to underestimate the cost of strategies and to facilitate the comparability of cost-effectiveness outcomes between studies.

Published
2020

30. Prediction in high dimensional linear models and application to genomic selection under imperfect linkage disequilibrium

Author

Charles-Elie Rabier, Simona Grusea, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 (IMT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Statistics and Probability, Linkage disequilibrium, Ridge Regression, Value (computer science), Computational biology, Singular Value Decomposition, Rice Data Analysis, 01 natural sciences, Imperfect Linkage Disequilibrium, Correlation, 03 medical and health sciences, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Singular value decomposition, Allele, Selection (genetic algorithm), Accuracy, Mathematics, High Dimension, Linear model, Genomic Selection, 030104 developmental biology, Genetic marker, Linear Model, Statistics, Probability and Uncertainty, Prediction, Sparsity, 010606 plant biology & botany
Abstract

Genomic selection (GS) consists in predicting breeding values of selection candidates, using a large number of genetic markers. An important question in GS is to determine the number of markers required for a good prediction. For this purpose, we introduce new proxies for the accuracy of the prediction. These proxies are suitable under sparse genetic map where it is likely to observe some imperfect linkage disequilibrium, that is, the situation where the alleles at a gene location and at a marker located nearby vary. Moreover, our suggested proxies are helpful for designing cost-effective SNP chips based on a moderate density of markers. We analyse rice data from Los Banos, Philippines and focus on the flowering time collected during the dry season 2012. Using different densities of markers, we show that at least 1553 markers are required to implement GS. Finding the optimal number of markers is crucial in order to optimize the breeding program.

Published
2019

31. Liquid formulation of ifosfamide increased risk of encephalopathy: A case-control study in a pediatric population

Author

Anne Default, Aurélie Grandvuillemin, Nathalie Massy, Geneviève Durrieu, Mégane Mousset, Marion Allouchery, Marina Babin, Aude Lambert, G. Veyrac, Marie-Blanche Valnet-Rabier, Valérie Gras-Champel, Marie-Christine Zenut, Marion Sassier, Fanny Rocher, Louise Triquet, Paola Sanchez-Pena, Brahim Azzouz, Hélène Géniaux, Corinne Simon, Johana Béné, Florelle Bellet, Dominique Hillaire-Buys, Nadine Petitpain, Marion Lepelley, Hélène Jantzem, Jean-Luc Faillie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Université Grenoble Alpes - UFR Pharmacie (UGA UFRP), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Laboratoire de Pharmacologie Médicale et Clinique, Centre Midi-Pyrénées de PharmacoVigilance, de Pharmacoépidémiologie et d'Informations sur le Médicament, Unité de Pharmacoépidémiologie, INSERM 1027, Université de Toulouse, Faculté de Médecine, Centre Hospitalier Universitaire, CHU Toulouse [Toulouse], CHU Limoges, Centre Régional de Pharmacovigilance, de Renseignement sur le Médicament et de Pharmaco épidémiologie de Bourgogne [Dijon], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), CHU Strasbourg, Centre d'Investigation Clinique [CHU Rouen] (CIC Rouen), Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Régional de PharmacoVigilance de Lorraine (CRPV Lorraine), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), CHU Bordeaux [Bordeaux], Département de Pharmacologie [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), CHU Trousseau [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), CHU Pontchaillou [Rennes], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), CHU Montpellier, Pôle de biologie médicale et d'anatomie pathologique, CHU Clermont-Ferrand, CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)

Subjects
Pediatrics, medicine.medical_specialty, Chloroethanamine, Encephalopathy, 030226 pharmacology & pharmacy, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Risk Factors, Pharmacovigilance, medicine, Humans, Pharmacology (medical), Ifosfamide, Child, Antineoplastic Agents, Alkylating, Children, Retrospective Studies, Brain Diseases, Liquid formulation, business.industry, Case-control study, Case-control, [SDV.SP]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, medicine.disease, 3. Good health, Residual risk, Increased risk, Case-Control Studies, Observational study, business, Chloroethylamine, medicine.drug, Pediatric population
Abstract

International audience; BACKGROUND:Several clusters of encephalopathy occurred after the market change from Holoxan® (ifosfamide lyophilized powder) to Ifosfamide EG® (liquid formulation) and justified a formal survey in 2015. In June 2016, the regulatory authority decided to apply a precautionary measure in reducing the shelf life of Ifosfamide EG® at 7 months. One-year study from spontaneous reports lead to suspect a potential residual risk. Due to the many limitations associated with spontaneous notifications, we performed a multicentric observational study, aiming to better explore this pharmacovigilance signal.METHODS:We performed a case-control study in pediatric oncology Departments of 25 university hospitals between July 1st, 2016 and July 1st, 2018. All children (

Published
2019

32. Macro and microplastics in stormwater in Paris Megacity

Author

TREILLES, Robin, Gasperi, Johnny, Mohamed, Saad, Rabier, Alain, Breton, Jérôme, Rocher, Vincent, Guerin, Sabrina, Tassin, Bruno, laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Conseil Général du Val de Marne (CG 94), CG 94, SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, and Treilles, Robin

Subjects
[SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

33. Acceptabilité et efficacité des immunothérapies dans le traitement du mélanome

Author

François Aubin, Charles Marcucci, Siamak Davani, Samuel Limat, Virginie Nerich, Marie-Blanche Valnet-Rabier, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Pôle pharmaceutique [CHRU Besançon], Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Département de dermatologie, Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Hôpital Saint-Jacques-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)

Subjects
Drug, Oncology, medicine.medical_specialty, medicine.drug_class, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ipilimumab, Pembrolizumab, Monoclonal antibody, 030226 pharmacology & pharmacy, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immune system, Gastro, Internal medicine, Medicine, Pharmacology (medical), Adverse effect, media_common, biology, business.industry, 3. Good health, biology.protein, Antibody, business, medicine.drug
Abstract

Summary The immunotherapies known as “inhibitors of checkpoint” (ICP) are monoclonal antibodies used since 2010 and have dramatically modified the management of the advanced or metastatic melanomas. By reactivating the anti-tumoral immune response, these antibodies can activate the immune system in all the tissues with a risk to induce immune related adverse events (IrAE). Thus, the adverse effect's profile of ICP is considered as very different from that usually associated with conventional chemotherapies. The objectives of our retrospective monocentric study were the evaluation of the real life's safety and efficiency of the ipilimumab and the pembrolizumab in patients with an advanced melanoma. Seventy-two patients treated by ipilimumab and\or pembrolizumab between August 1st, 2008 and December 31st, 2016 were investigated. The main IrAE occurring involved the gastro- intestinal, skin, and the endocrine systems. The average onset time of IrAE was 39, 104 and 68 days, respectively and their respective duration was of 67, 50 and 111 days. There were 13 events of grade III and IV along with one death. The overall survival was 5 months for the patients treated in monotherapy with ipilimumab, and 14 months for those treated by pembrolizumab. Our real life's study tends to confirm the current safety profile of ICP treatment. Moreover and according to our analyses, the drug sequence seems to have a global survival impact.

Published
2019

34. Faire revue Éditorial. Le savoir-faire des revues

Author

Damerdji, A. (Amina), Hayat, S. (Samuel), Valle, N. (Natalia), Pecqueux, A. (Anthony), Rabier, C. (Christelle), Centre d'Etudes et de Recherches Administratives, Politiques et Sociales - UMR 8026 (CERAPS), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), POCO (Politique de la connaissance), Centre Max Weber (CMW), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CERMES3 - Centre de recherche Médecine, sciences, santé, santé mentale, société (CERMES3 - UMR 8211 / U988 / UM 7), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etudes et de Recherches Administratives, Politiques et Sociales (CERAPS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), CERMES3 - Centre de recherche Médecine, sciences, santé, santé mentale, société (CERMES3 - UM 7 (UMR 8211 / U988)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS), Sciences Po Lille - Institut d'études politiques de Lille (IEP Lille)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pecqueux, Anthony, and Centre d'Études et de Recherches Administratives, Politiques et Sociales (CERAPS) - UMR 8026

Subjects
[SHS] Humanities and Social Sciences, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience; La revue, mode ancien de diffusion de la recherche, se trouve au centre des pratiques scientifiques des sciences humaines et sociales (Peiffer et Vittu, 2008 ; Conforti et al. éd., 2013 ; Tesnière éd, 2014). Y publier, ou a fortiori intégrer un comité de rédaction, occupe une place importante dans les activités et les carrières des chercheurs et chercheuses, tant du point de vue de leur temps de travail (rédiger ou expertiser des articles, participer à des comités de rédaction, etc.) que de celui de leur propre évaluation. Certaines disciplines, comme l’économie ou la médecine, prennent en compte presque uniquement cette forme de publication pour l’évaluation et la promotion des chercheurs et chercheuses. Les sciences humaines et sociales font encore figure de village gaulois retranché, mettant formellement sur le même plan, dans leurs instances collectives, les articles dans des revues à comité de lecture (ACL) et les chapitres d’ouvrage scientifique (COS)

Published
2019

35. Correction: Balsamo, G., et al. Satellite and In Situ Observations for Advancing Global Earth Surface Modelling: A Review. Remote Sensing 2018, 10(12), 2038; doi:10.3390/rs10122038

Author

Joaquín Muñoz-Sabater, Andrew Brown, Xubin Zeng, Rene Orth, Florence Rabier, Meghan F. Cronin, Irina Sandu, Sonia I. Seneviratne, Helene T. Hewitt, Gianpaolo Balsamo, Jean Bidlot, Michael Ek, Susanne Mecklenburg, Patricia de Rosnay, Cristina Lupu, Anton Beljaars, Emanuel Dutra, Frédéric Chevallier, Nicolas Bousserez, Hannah Cloke, Kristian Mogensen, Roberto Buizza, Jean Francois Mahfouf, Souhail Boussetta, Paul A. Dirmeyer, Clément Albergel, Nils Wedi, Pierre Gentine, Yann Kerr, Joe McNorton, Margarita Choulga, Rolf H. Reichle, Florian Pappenberger, Sujay V. Kumar, Remko Uijlenhoet, Eleanor Blyth, Carlo Buontempo, Ben Ruston, Gabriele Arduini, R.I. Woolway, Sarah Keeley, Anna Agusti-Panareda, Steffen Tietsche, Mohamed Dahoui, Isabel F. Trigo, Matthias Drusch, Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Modélisation INVerse pour les mesures atmosphériques et SATellitaires (SATINV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Earth observation, 010504 meteorology & atmospheric sciences, 0211 other engineering and technologies, Biosphere, 02 engineering and technology, 01 natural sciences, Anthroposphere, Earth system science, 13. Climate action, Remote sensing (archaeology), General Earth and Planetary Sciences, Environmental science, Cryosphere, Satellite, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 021101 geological & geomatics engineering, 0105 earth and related environmental sciences, Remote sensing, Hydrosphere
Abstract

In this paper, we review the use of satellite-based remote sensing in combination with in situ data to inform Earth surface modelling. This involves verification and optimization methods that can handle both random and systematic errors and result in effective model improvement for both surface monitoring and prediction applications. The reasons for diverse remote sensing data and products include (i) their complementary areal and temporal coverage, (ii) their diverse and covariant information content, and (iii) their ability to complement in situ observations, which are often sparse and only locally representative. To improve our understanding of the complex behavior of the Earth system at the surface and sub-surface, we need large volumes of data from high-resolution modelling and remote sensing, since the Earth surface exhibits a high degree of heterogeneity and discontinuities in space and time. The spatial and temporal variability of the biosphere, hydrosphere, cryosphere and anthroposphere calls for an increased use of Earth observation (EO) data attaining volumes previously considered prohibitive. We review data availability and discuss recent examples where satellite remote sensing is used to infer observable surface quantities directly or indirectly, with particular emphasis on key parameters necessary for weather and climate prediction. Coordinated high-resolution remote-sensing and modelling/assimilation capabilities for the Earth surface are required to support an international application-focused effort.

Published
2019

36. On the accuracy in high dimensional linear models under imperfect linkage disequilibrium

Author

Rabier , Charles-Elie, Grusea , Simona, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 (IMT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-PRES Université de Toulouse-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UPS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier ( UMR ISEM ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier ( LIRMM ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 ( IMT ), Université Toulouse 1 Capitole ( UT1 ) -Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-PRES Université de Toulouse-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse ( INSA Toulouse ), and Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )

Subjects
Genomic Selection, Ridge Regression, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Linear Model, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Singular Value Decomposition, Prediction, Sparsity, Accuracy, High Dimension
Abstract

Genomic selection (GS) consists in predicting breeding values of selection candidates, using a large number of genetic markers. An important question in GS is the determination of the number of markers required for a good prediction. Many studies show that it becomes useless to consider too many markers. In contrast, for some species, the number of markers remains too small to cover the huge genome size. Under such sparse genetic map, it is likely to observe some imperfect linkage disequilibrium: the alleles at a gene location and at a marker located nearby vary. In this context, we tackle here the problem of imperfect linkage disequilibrium in the Ridge regression framework. We present theoretical results regarding the accuracy criteria, i.e., the correlation between predicted value and true value. We show the influence of the projection of the causal regression function (i.e. at genes) on the space spanned by the columns of the design matrix (i.e. at markers). Asymptotic results, in a high dimensional framework, are given, and we prove that the convergence to an optimal accuracy depends on a few limiting factors. This study generalizes our recent results (Rabier et al. (2018)) obtained under perfect linkage disequi-librium. Last, illustrations on simulated and real data are proposed.

Published
2019

37. How can a rare protected plant cope with the metal and metalloid soil pollution resulting from past industrial activities? Phytometabolites, antioxidant activities and root symbiosis involved in the metal tolerance of Astragalus tragacantha

Author

Véronique Masotti, Thierry Tatoni, Laurent Hardion, Jacques Rabier, Laurence Affre, Marie-Dominique Salducci, Hélène Folzer, Pascale Prudent, Isabelle Laffont-Schwob, Julien Issartel, Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chimie de l'environnement (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), ANR-08-CESA-0018,MARSECO,Flux de contaminants et fonctionnement des écosystèmes littoraux provençaux: transferts sol-eau-biocénose(2008), and Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Environmental Engineering, Proline, Health, Toxicology and Mutagenesis, 0208 environmental biotechnology, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, Biology, 01 natural sciences, Plant Roots, Antioxidants, chemistry.chemical_compound, Soil, Symbiosis, Mycorrhizae, Botany, Littoral zone, Endophytes, Environmental Chemistry, Soil Pollutants, Trace metal, 0105 earth and related environmental sciences, Metalloids, Plant growth, Public Health, Environmental and Occupational Health, General Medicine, General Chemistry, Astragalus Plant, 15. Life on land, Plants, Root symbiosis, Seed germination, Pollution, Soil contamination, 020801 environmental engineering, Astragalus tragacantha, Trace Elements, Biodegradation, Environmental, chemistry, Heavy metals, Germination, Metals, Chlorophyll, Soil water, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Reactive oxygen species
Abstract

International audience; Astragalus tragacantha is a protected plant species in France that grows even in the trace metal and metalloid (TMM) polluted soils of the Calanques National Park (PNCal). Soils are mainly contaminated by lead, copper, zinc and arsenic. An ex situ experiment was conducted, firstly to determine the molecular responses and root traits involved in the TMM tolerance of this plant species by growing individuals in a soil from the surroundings of one of the brownfields of the PNCal, known as l’Escalette, where this plant species grows spontaneously. Secondly, in order to determine the plasticity of these responses, seeds were collected from three different populations, one at l’Escalette (polluted site), one from the Frioul archipelago (non-polluted, insular site) and one from La Seyne (non-polluted, littoral site). The results of this study confirmed the capacity of A. tragacantha to germinate and grow in TMM contaminated soils. Only moderate significant variations in chlorophyll and flavonol indices, proline content and antioxidant activities were detected between polluted and control soil conditions for all populations. The main driver for A. tragacantha TMM tolerance seemed to be its ability to be associated with root symbionts i.e. arbuscular mycorrhizal fungi and dark septate endophytes, corresponding to a nutrient-uptake strategy trait. This work provides support for the challenge of A. tragacantha conservation along the littoral of the PNCal, because increasing the number of A. tragacantha individuals would both increase vegetation cover of the polluted soils to reduce the pollution transfer and reinforce the populations of this species.

Published
2019

38. Quality Assessment of Reporting of Economic Evaluation in Cardiac Sugery: Has it Improved?

Author

Abdelbaste Hrifach, Cyrille Colin, Hassan Serrier, Hugo Rabier, Pascale Guerre, Jean-François Obadia, Christell Julien, Nermine Laaboub, Daniel Grinberg, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Géosciences Paris Sud (GEOPS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC), Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
medicine.medical_specialty, Cost-Benefit Analysis, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030204 cardiovascular system & hematology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Humans, Medicine, Quality (business), Cardiac Surgical Procedures, media_common, Cardiac surgery procedures, Health economics, business.industry, Quality assessment, Health Policy, Economic evaluation, Economics, Medical, Cardiac Surgery procedures, Bibliometrics, Research Design, Family medicine, Transparency (graphic), Periodicals as Topic, business, Inclusion (education), 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

ObjectivesCardiac surgery has seen substantial scientific progress over recent decades. Health economic evaluations have become important tools for decision makers to prioritize scarce health resources. The present study aimed to identify and critically appraise the reporting quality of health economic evaluations conducted in the field of cardiac surgery.MethodsA literature search was performed to identify health economic evaluations in cardiac surgery. The consolidated Health Economic Evaluation Reporting Standards (CHEERS) statement was used to assess the quality of reporting of studies.ResultsA total 4,705 articles published between 1981 and 2016 were identified; sixty-nine studies fulfilled the inclusion criteria. There was a trend toward a greater number of publications and reporting quality over time. Six (8.7 percent) studies were conducted between 1981 and 1990, nine (13 percent) between 1991 and 2000, twenty-four (34.8 percent) between 2001 and 2010, and thirty (43.5 percent) after 2011. The mean CHEERS score of all articles was 16.7/24; for those published between 1980 and 1990 the mean (SD) score was 10.2 (±1.4), for those published between 1991 and 2000 it was 11.2 (±2.4), between 2001 and 2010 it was 15.3 (±4.8), and after 2011 it was 19.9 (±2.9). The quality of reporting was still insufficient for several studies after 2000, especially concerning items “characterizing heterogeneity,” “assumptions,” and “choice of model.”ConclusionsThe present study suggests that, even if the quantity and the quality of health economics evaluation in cardiac surgery has increased, there remains a need for improvement in several reporting criteria to ensure greater transparency.

Published
2019

39. Chi-square processes for gene mapping in a population with family structure

Author

Céline Delmas, Jean-Michel Elsen, Charles-Elie Rabier, Jean-Marc Azaïs, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
Statistics and Probability, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Asymptotic distribution, Quantitative trait locus, 01 natural sciences, Square (algebra), 010104 statistics & probability, symbols.namesake, Chromosome (genetic algorithm), 0502 economics and business, Statistics, Chi-square test, Quantitative Biology::Populations and Evolution, [INFO]Computer Science [cs], 0101 mathematics, [MATH]Mathematics [math], education, Gaussian process, 050205 econometrics, Mathematics, education.field_of_study, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, 05 social sciences, Quantitative Biology::Genomics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Likelihood-ratio test, symbols, Statistics, Probability and Uncertainty
Abstract

Detecting a quantitative trait locus, so-called QTL (a gene influencing a quantitative trait which is able to be measured), on a given chromosome is a major problem in Genetics. We study a population structured in families and we assume that the QTL location is the same for all the families. We consider the likelihood ratio test (LRT) process related to the test of the absence of QTL on the interval [0, T] representing a chromosome. We give the asymptotic distribution of the LRT process under the null hypothesis that there is no QTL in any families and under local alternative with a QTL at $$t^{\star }\in [0, T]$$ in at least one family. We show that the LRT is asymptotically the supremum of the sum of the square of independent interpolated Gaussian processes. The number of processes corresponds to the number of families. We propose several new methods to compute critical values for QTL detection. Since all these methods rely on asymptotic results, the validity of the asymptotic assumption is checked using simulated data. Finally we show how to optimize the QTL detecting process.

Published
2019

40. Rapport de synthèse PIREN-Seine, phase VII (2015-2019). Vol. 3 : Hydrologie urbaine : Reproduire le cycle de l'eau (petit et grand) à l'échelle de Paris et sa petite couronne

Author

Chancibault, Katia, Mosset, Alexandra, Lotfi, Zineb, Beauvais, Carla, Shobair, Sayed, Ourrai, Sara, Linca, Jean-Claude, Rabier, Alain, Vernin, Nathalie, Oget, Melisande, Belin, Marie-Mélodie, Azimi, Sam, Bethouart, Frédéric, Bedrane, Abdelkader, Lehoucq, Christophe, Roux, Christian, Rocher, Vincent, Joannis, Claude, Chebbo, Ghassan, Eau et Environnement (IFSTTAR/GERS/EE), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Conseil départemental du Val de Marne, parent, Conseil départemental des Hauts-de-Seine, SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, Service Technique de l'Eau et de l'Assainissement (STEA), Ville de Paris, laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), RP3-F16036, UPMC Programme PIREN-Seine, IFSTTAR - Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux, and RP3-J15114 PROJET PIREN (06/10/2015 - 31/12/2099)

Subjects
EAU USEE, GRAND PARIS, CYCLE DE L&apos, HYDROLOGIE, ASSAINISSEMENT, MODELISATION HYDROLOGIQUE, ZONE URBAINE, RECONSTRUCTION D&apos, ECHELLE DU GRAND PARIS, MODELISATION, RESEAU D&apos, [SPI.GCIV]Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering, ANALYSE, EAU, [SDE]Environmental Sciences, FONCTIONNEMENT DU RESEAU D&apos, UN RESEAU, [SDU.STU.HY]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Hydrology, RESEAU URBAIN
Abstract

Les zones urbaines, par l'imperméabilisation des surfaces et le drainage du sol par les réseaux, influencent fortement le cycle de l'eau. Des dispositifs, souvent basés sur la végétation constituent des techniques dites alternatives permettant une gestion à la source des eaux pluviales. Leur multiplication sur le réseau ou les projets d'aménagements plus durables (écoquartiers) modifient le cycle de l'eau et donc la gestion de l'eau : de nouveaux processus (évapotranspiration, infiltration) apparaissent dans la gestion globale de l'assainissement (en particulier en présence de réseaux unitaires). Le modèle hydrologique TEB-Hydro reproduit tout le cycle de l'eau (petit et grand) à l'échelle d'un territoire. Il n'a pas pour vocation la gestion au quotidien du réseau d'assainissement, mais peut aider à la décision de futurs aménagements, plus durables. En plus de données météorologiques et d'occupation du sol, il nécessite le graphe orienté d'un réseau d'assainissement fonctionnel mais adapté à la résolution du modèle. Un outil de reconstruction (TOHR), basé sur le réseau réel fournit ce réseau simplifié à TEB-Hydro. La zone d'étude est la zone urbaine couvrant la Ville de Paris et sa petite couronne constituée des départements des Hauts-de-Seine, de la Seine-Saint-Denis et du Val de Marne. De nombreux acteurs ont un rôle dans la gestion du réseau d'assainissement sur cette zone : les communes, les départements, les syndicats et le Syndicat Interdépartemental de l'assainissement de l'Agglomération Parisienne. Ajouté à l'historique de l'urbanisation de la zone, ce réseau d'assainissement a, en de nombreux endroits, un fonctionnement atypique, en lien aussi avec les contraintes majeures auxquelles sont confrontés les gestionnaires du réseau. Le fonctionnement des réseaux interdépartemental et départementaux ont été identifiés préalablement à la reconstruction de chacun de ces réseaux séparément, puis globalement. Ceci a été possible grâce à de nombreux échanges avec les gestionnaires. L'évaluation de chacune de ces reconstructions et l'analyse du réseau simplifié obtenu est présentée. Selon les départements et la complexité du fonctionnement du réseau, les résultats de la reconstruction sont plus ou moins satisfaisants. La modélisation hydrologique, appliquée d'abord à l'échelle du département des Hauts de Seine puis à toute la zone, est évaluée et analysée, à l'échelle de différents bassins versants (séparatifs et unitaires).

Published
2019

41. Les sciences humaines et sociales au travail (avant-propos)

Author

Pecqueux, Anthony, Rabier, Christelle, Pecqueux, Anthony, POCO (Politique de la connaissance), Centre Max Weber (CMW), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CERMES3 - Centre de recherche Médecine, sciences, santé, santé mentale, société (CERMES3 - UMR 8211 / U988 / UM 7), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), and CERMES3 - Centre de recherche Médecine, sciences, santé, santé mentale, société (CERMES3 - UM 7 (UMR 8211 / U988))

Subjects
[SHS] Humanities and Social Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience

Published
2019

42. Low-temperature intrinsic plasticity in silicon at small scales

Author

Laurent Pizzagalli, Julien Godet, Jacques Rabier, Anne Talneau, Sandrine Brochard, Y. M. Le Vaillant, Olivier P. Thomas, A. Merabet, Ludovic Thilly, Christophe Tromas, Michael Texier, Institut des Matériaux, de Microélectronique et des Nanosciences de Provence (IM2NP), Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physique des Défauts et de la Plasticité PDP (PDP), Département Physique et Mécanique des Matériaux (Département Physique et Mécanique des Matériaux), Institut Pprime (PPRIME), Université de Poitiers-ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pprime (PPRIME), Université de Poitiers-ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de photonique et de nanostructures (LPN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), ANR-11-LABX-0017,INTERACTIFS,Interactions and transfers at fluids and solids interfaces(2011), Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-Institut Pprime (PPRIME), and ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers

Subjects
Silicon, Materials science, Polymers and Plastics, Plasticity, [PHYS.MPHY]Physics [physics]/Mathematical Physics [math-ph], chemistry.chemical_element, Dislocations, 02 engineering and technology, 01 natural sciences, Microscopic scale, [SPI.AUTO]Engineering Sciences [physics]/Automatic, Brittle-to-ductile transition, Brittleness, [PHYS.QPHY]Physics [physics]/Quantum Physics [quant-ph], 0103 physical sciences, Size effect, [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.BIOM]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], 010306 general physics, Nanopillar, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.VIBR]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Vibrations [physics.class-ph], Condensed matter physics, [SPI.FLUID]Engineering Sciences [physics]/Reactive fluid environment, [SPI.NRJ]Engineering Sciences [physics]/Electric power, Metals and Alloys, technology, industry, and agriculture, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry, [PHYS.MECA.MSMECA]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Materials and structures in mechanics [physics.class-ph], 021001 nanoscience & nanotechnology, Electronic, Optical and Magnetic Materials, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, chemistry, Ceramics and Composites, Fracture (geology), [PHYS.MECA.THER]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Thermics [physics.class-ph], Deformation (engineering), 0210 nano-technology, Material properties
Abstract

International audience; The mechanical properties of materials usually depend on the size of the considered object. Silicon, for instance, undergoes between the macroscopic and nanometer scales, a brittle-to-ductile transition at room temperature. Although essential for the constantly developing Si-based nanotechnologies, the origin of this remarkable behaviour change remains undetermined for several years. The observation of the mechanisms responsible for plastic deformation in nano-objects is indeed highly challenging at the microscopic scale. One needs controlling the deformation while identifying induced individual plastic events at the smallest scale during the first stages of plasticity. This work describes nano-compression experiments on 100 nm-diameter Si nanopillars followed by post-mortem analysis of the deformed specimens through SEM and atomic resolution TEM imaging. The observed plastic deformation disrupts the usual description of low-temperature undissociated-dislocations-mediated plasticity and is comforted by molecular dynamics calculations. These results shed a new light on the transition between ductile and brittle regimes in silicon by introducing the missing link between plasticity and fracture.

Published
2018

43. Macro et microplastiques dans les rejets urbains de temps de pluie et dans les eaux pluviales de l'agglomération parisienne

Author

Treilles, Robin, Gasperi, Johnny, Saad, Mohamed, Rabier, Alain, Breton, Jérôme, Rocher, Vincent, Guérin, Sabrina, Tassin, Bruno, laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Direction des Services de l'Environnement et de l'Assainissement (DSEA), Conseil général du Val de Marne, SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, and Treilles, Robin

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, RUTP, microplastiques, eaux pluviales, [SDE]Environmental Sciences, Macroplastiques
Abstract

International audience; Les rejets de temps de pluie ainsi que les eaux de ruissellement des zones urbaines pourraient constituer une source importante de macro et microplastiques (déchets plastiques de moins de 5 mm) dans l’environnement. Cependant, il existe à ce jour un manque de connaissance en ce qui concerne les flux de déchets plastiques dans ces différents compartiments. Dans ce but, les concentrations en macro et microplastiques sont estimés (i) dans les refus de dégrillage d’un bassin de rétention d’eau pluviale en réseau séparatif situé à Sucy-en-Brie, dans le département du Val-de-Marne, ainsi que (ii) dans les rejets urbains de temps de pluie du déversoir d’orage de Clichy, dans le département des Hauts-de-Seine. Différentes méthodologies ont été adoptées pour les macro et microplastiques : les macroplastiques sont triés, pesés et répertoriés. Les microplastiques sont extraits pas une méthode de séparation densimétrique au NaI puis par digestion chimique. Ils sont ensuite identifiés par spectroscopie infrarouge. Pour le moment, nous ne disposons que des résultats concernant le bassin de rétention d’eau pluviale. Les premiers résultats révèlent des pourcentages massiques importants dans les refus de dégrillage de bassin de rétention, avec des valeurs variant entre 1,5 et 37,5 %. De plus, 8 principaux types de déchets constituent près de 95 % des macroplastiques retrouvés dans les eaux pluviales. En ce qui concerne les concentrations en microplastiques, un évènement pluvial a pu être étudié. Seuls les microplastiques compris entre 1 et 5 mm ont pu être analysés. Pour cette gamme de taille, nous retrouvons des concentrations en microplastiques variant entre 4,6*10-2 et 9,3*10-3 fragments/L, de plus nous avons identifié la présence de polyamide et de polyéthylène. Des analyses complémentaires seront effectuées dans les prochains mois afin d’estimer les concentrations en microplastiques de taille inférieure à 1 mm.

Published
2018

44. Training soldiers to calibration procedures in Virtual Reality, the FELIN IR sight use case

Author

Taupiac, Jean-Daniel, Rodriguez, Nancy, Strauss, Olivier, Rabier, Martin, Capgemini Technology Services, Image & Interaction (ICAR), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), and ADVanced Analytics for data SciencE (ADVANSE)

Subjects
[INFO.EIAH]Computer Science [cs]/Technology for Human Learning, [INFO.INFO-GR]Computer Science [cs]/Graphics [cs.GR]
Abstract

National audience; The infantrymen of the French army are equipped today with a combat system called FELIN, which includes an infrared sighting device: the IR sight. One of the first manipulations learnt by the soldier is the IR sight calibration. Currently, calibration training is a two-step procedure. The first step consists in practicing on a 2D WIMP software, and virtually practicing until making no mistakes. Then, if the soldier succeeds without mistakes, he can apply his knowledge in real situation on the shooting range. In this paper, we present a learning method that includes a prototype in Virtual Reality for training on the FELIN IR sight calibration procedure. We experimented it on real infantrymen learners in an infantry school. Results showed interesting added value of Virtual Reality in this specific use case. It improved the learners' motivation, learning efficiency and helped to identify specific mistake types not detected by the traditional learning software.

Published
2018

45. Caractérisation des coprocénoses produites par le loup et le dhole et transfert au fossile

Author

Mallye, Jean-Baptiste, Boudadi-Maligne, Myriam, Costamagno, Sandrine, Prucca-Macchi, Audrey, Locatelli, Yann, Ortiz, Katia, Rabier, Régis, Roux, Patrick, Simon, Roland, De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie (PACEA), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Travaux et recherches archéologiques sur les cultures, les espaces et les sociétés (TRACES), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les loups du Gévaudan, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Réserve de la Haute Touche, Direction générale déléguée aux musées et aux jardins botaniques et zoologiques (DGD.MJZ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Boudadi-Maligne, Myriam, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SHS.ARCHEO] Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

46. On the Nose: Disseminated Mucormycosis'✯✯✯

Author

Rafael Mahieu, Mamoun Dib, V. Rabier, Pierre Abgueguen, Yohann Le Govic, Marion Klosek, Vincent Dubée, Pierre Danneels, ATOMycA (CRCINA-ÉQUIPE 6), Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Nantes-Angers (CRCINA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques (ICAT), Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), and Bernardo, Elizabeth

Subjects
0301 basic medicine, Mucorales, Lung Diseases, Male, medicine.medical_specialty, Antifungal Agents, Disseminated mucormycosis, Pancytopenia, 030106 microbiology, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, 03 medical and health sciences, Immunocompromised Host, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Amphotericin B, Nose Diseases, Medicine, Humans, Mucormycosis, Antifungal therapy, Nose, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, Leukemia, biology, business.industry, General Medicine, Triazoles, medicine.disease, biology.organism_classification, Dermatology, Leukemia, Myeloid, Acute, medicine.anatomical_structure, Treatment Outcome, Lichtheimia, business
Abstract

International audience; No abstract available

Published
2018

47. Que sait-on des micropolluants dans les eaux urbaines ?

Author

Cyrielle Briand, Adèle Bressy, Chebbo Ghassan, José-Frédéric Deroubaix, Steven Deshayes, Jean-Claude Deutsch, Johnny Gasperi, Marie-Christine Gromaire, Julien Le Roux, Moilleron, R., Bruno Tassin, Gilles Varrault, Sylvie Barraud, Jean-Luc Bertrand-Krajewski, Véronique Ruban, Claire Boussac, Charlotte Dianoux, Gregory Lemkine, Claire Leval, Pascale Neveu, Julien Paupardin, Ronan Quillien, Alain Rabier, Vincent Rocher, Zinou Zeglil, Association Arceau-IdF, laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Observatoire des polluants urbains [Paris] (OPUR), Déchets Eaux Environnement Pollutions (DEEP), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR), CD92, DRIEE Ile-de-France, WatchFrog, Agence Française pour la Biodiversité - AFB (FRANCE), Ville de Paris, CD93, Conseil général du Val de Marne, SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, Agence de l'Eau Seine-Normandie, OPUR, Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains ( LEESU ), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ) -École des Ponts ParisTech ( ENPC ) -AgroParisTech, Observatoire des polluants urbains [Paris] ( OPUR ), Déchets Eaux Environnement Pollutions ( DEEP ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), LEE, IFSTTAR-Nantes, Agence de l'Eau Seine Normandie ( AESN ), Le Roux, Julien, and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [ SDE ] Environmental Sciences, [SDE]Environmental Sciences
Abstract

International audience; Cet ouvrage synthétise les connaissances scientifiques récentes sur les micropolluants dans les agglomérations urbaines. Il a pour ambition d’apporter des éléments de réponse aux interrogations opérationnelles des acteurs du domaine de l’eau et de l’assainissement et de favoriser ainsi une prise de conscience et des actions pour une meilleure gestion des micropolluants.Il s’appuie essentiellement sur les travaux des trois observatoires français en hydrologie urbaine (OPUR à Paris, OTHU à Lyon et ONEVU à Nantes), structurés autour de partenariats durables entre chercheurs et acteurs opérationnels. Depuis une vingtaine d’années, ces observatoires produisent des données et des connaissances sur les sources et les transferts des micropolluants et sur l’efficacité des différentes stratégies de gestion des eaux urbaines.Élaboré au sein du groupe « Micropolluants » de l’association ARCEAU-IdF avec le soutien et le financement de l’Agence française pour la biodiversité, cet ouvrage représente une étape importante dans le transfert des connaissances entre les chercheurs et les opérationnels. Il constitue un premier outil pour l’animation et la construction d’actions en faveur de la protection de l’environnement.

Published
2018

48. Decreased darunavir concentrations during once-daily co-administration with maraviroc and raltegravir: OPTIPRIM-ANRS 147 trial

Author

Pressiat, Claire, Hirt, Déborah, Treluyer, Jean-Marc, Zheng, Yi, Morlat, Philippe, Naqvi, Alice, Tran, Laurent, Viard, Jean-Paul, Avettand-Fenoel, Véronique, Rouzioux, Christine, Meyer, Laurence, Cheret, Antoine, Hoen, B, Bourdeaux, C, Delfraissy, J, Goujard, C, Amri, I, Fourn, E, Quertainmont, Y, Môle, M, Rami, A, Durel, A, Diemer, M, Parrinello, M, Allègre, T, Lafeuillade, A, Hittinger, G, Lambry, V, Carrerre, M, Philip, G, Duvivier, C, Consigny, P, Charlier, C, Shoai, M, Touam, F, Pialoux, G, Slama, L, l'Yavanc, T, Mathurin, P, Adda, A, Berrebi, V, Salmon, D, Chakvetadze, E, Tassadit, T, Ousseima, E, Pietri, M, Levy, Y, Lascaux, A, Lelievre, J, Giovanna, M, Dominguez, S, Dumont, C, Katlama, C, Valentin, M, Seang, S, Schneider, L, Kiorza, N, Chermak, A, Ben Abdallah, S, Simon, A, Pichon, F, Pauchard, M, Molina, J, Lascoux, C, Ponscarme, D, Colin de Verdiere, N, Scemla, A, de Castro, N, Rachline, A, Garrait, V, Rozenbaum, W, Ferret, S, Balkan, S, Clavel, F, Tourdjman, M, Lafaurie, M, Aslan, A, Goguel, J, Thierry, S, de Lastours, V, Gallien, S, Pavie, J, Delgado, J, Mededji, C, Veron, R, Abel, S, Pierre-François, S, Baringhton, C, Chennebault, J, Vandamme, Y, Fialaire, P, Rehaiem, S, Rabier, V, Abgueguen, P, Vandenhende, M, Bernard, N, Lacoste, D, Michaux, C, Paccalin, F, Receveur, M, Caldato, S, Delaune, J, Ragnaud, J, Neau, D, Lacaze-Buzy, L, Livrozet, J, Jeanblanc, F, Makhloufi, D, Brunel Dalmas, F, Jourdain, J, Chiarello, P, Yeni, P, Phung, B, Rioux, C, Godard, C, Louni, F, El Alami Talbi, N, Catalano, G, Guiroy, F, Reynes, J, Jacquet, J, Fauchere, V, Merle, C, Lemoine, V, Loriette, M, Morquin, D, Makinson, A, Atoui, N, Tramoni, C, Raffi, F, Allavena, C, Bonnet, B, Bouchez, S, Feuillebois, N, Brunet-François, C, Reliquet, V, Mounoury, O, Morineau-Le-Houssine, P, Billaud, E, Brosseau, D, Hüe, H, Dellamonica, P, Vassallo, M, Leplatois, A, Durant, J, Joulié, A, Souala, F, Michelet, C, Arvieux, C, Tattevin, P, Leroy, H, Revest, M, Fily, F, Chapplain, J, Ratajczak, C, Gras, G, Bernard, L, Dailloux, J, Laplantine, V, Cuzin, L, Marchou, B, Larrigue, S, Chauveau, M, Balsarin, F, Obadia, M, Bonne, S, Huleux, T, Ajana, F, Alcaraz, I, Baclet, V, Melliez, H, Viget, N, de la Tribonniere, X, Aissi, E, Poissy, J, Ravaux, I, Vallon, A, Varan, M, May, T, Letranchant, L, Burty, C, Briaud, A, Wassoumbou, S, Stenzel, M, Bouillon, M, Debab, Y, Caron, F, Gueit, I, Chapuzet, C, Borsa Lebas, F, Etienne, M, Miailhes, P, Perpoint, T, Senechal, A, Schlienger, I, Cotte, L, Augustin Normand, C, Boibieux, A, Ferry, T, Corsini, N, Braun, E, Lippran, J, Biron, F, Chidiac, C, Pailhes, S, Lipman, J, Koffi, J, Thoirain, V, Brochier, C, Greder Belan, A, Therby, A, Monnier, S, Ruquet, M, Richier, L, Prevoteau Du Clary, F, Evaluation thérapeutique et pharmacologie périnatale et pédiatrique (EA_7323), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Saint-André, Service de Maladies Infectieuses [CHU Nice], Hôpital l'Archet - CHU de Nice, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Diagnostic et de Thérapeutique, Hôpital de l’Hôtel-Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service de Médecine Interne - Immunologie Clinique [AP-HP Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Stratégies thérapeutiques contre l'infection VIH et les maladies virales associées [iPLesp] (THERAVIR), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), ARN régulateurs bactériens et médecine (BRM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and CHU Pontchaillou [Rennes]

Subjects
Male, 0301 basic medicine, MESH: Raltegravir Potassium, [SDV]Life Sciences [q-bio], HIV Infections, Pharmacology, Maraviroc, MESH: HIV-1, Plasma, chemistry.chemical_compound, Pharmacology (medical), MESH: Anti-HIV Agents, MESH: Maraviroc, Darunavir, MESH: Darunavir, education.field_of_study, MESH: Middle Aged, MESH: HIV Infections, Middle Aged, Viral Load, Infectious Diseases, MESH: Young Adult, Female, MESH: Viral Load, Viral load, medicine.drug, Adult, Microbiology (medical), Anti-HIV Agents, 030106 microbiology, Population, Emtricitabine, Young Adult, 03 medical and health sciences, Pharmacokinetics, Raltegravir Potassium, medicine, Humans, education, MESH: Plasma, Models, Statistical, Ritonavir, MESH: Humans, business.industry, MESH: Adult, Raltegravir, MESH: Male, 030104 developmental biology, chemistry, HIV-1, MESH: Ritonavir, business, MESH: Female, MESH: Models, Statistical
Abstract

International audience; BackgroundThe OPTIPRIM-ANRS 147 trial compared intensive combination ART (darunavir/ritonavir, tenofovir disoproxil fumarate/emtricitabine, raltegravir and maraviroc) started early during primary HIV-1 infection with standard tritherapy with darunavir/ritonavir, tenofovir disoproxil fumarate and emtricitabine. From month 6 to 18, the percentage of viral load values

Published
2018

49. On gene mapping with the mixture model and the extremes

Author

Rabier, Charles-Elie, DELMAS, Céline, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)

Subjects
Mixture model, Hypothesis testing, Extreme values, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Quantitative Trait Locus detection, Gaussian process, Selective genotyping, Quantitative Trait Locus de-tection
Abstract

We introduce a new variable selection method, suitable when the correlation between regressors is known. It is appropriate in genomics since once the genetic map has been built, the correlation is perfectly known. Our method, based on the LASSO , is original since the number of selected variables is bounded by the number of predictors, instead of being bounded by the number of observations as in the classical LASSO. It is made possible by the construction of a specific statistical test, a transformation of the data and by the knowledge of the correlation between regressors. We prove that the signal to noise ratio is largely increased by considering the extremes. This new technique is inspired by stochastic processes arising from statistical genetics. It is described in a statistical genetics context, considering a large panel of models present in the literature. Our method is insensitive to interactions between regressors. An illustration on simulated data is given.

Published
2018

50. Optimization of the expression of levansucrase L17 in recombinant E. coli

Author

Tonka Vasileva, Sandrine Morel, Philippe Rabier, Ayshe Salim, Ilia Iliev, Valérie Gabriel, Veselin Bivolarski, Plovdiv University 'Paisii Hilendarski', Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologies Agroalimentaire et Environnementale (LBAE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut Universitaire de Technologie - Paul Sabatier (IUT Paul Sabatier), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)

Subjects
0301 basic medicine, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, biology, Chemistry, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, lcsh:Biotechnology, levansucrase, E. coli, Levansucrase, Leuconostoc mesenteroides, low temperature, biology.organism_classification, law.invention, Expression optimization, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, Biochemistry, law, lcsh:TP248.13-248.65, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Recombinant DNA, Biotechnology
Abstract

International audience; Levansucrases synthesize levans and fructooligosaccharides, which are of interest in the food and pharmaceutical industry. Leuconostoc mesenteroides Lm 17 produces levansucrase of about 120 kDa. The encoding gene from this strain was cloned and expressed in Escherichia coli BL21 (DE3). The cloned gene encodes a 1022 amino acids long levansucrase with 96% identity to levansucrase LevS from L. mesenteroides NRRL B-512F strain. The induction and expression of the levansucrase gene were performed at temperatures between 15 C and 37 C, and concentration of the inducer isopropyl-b-D-thiogalactopyranoside from 0.1 to 2.0 (mmol/L)-1. We report for the first time recombinant expression of a levansucrase gene at a low temperature of induction, after cell biomass accumulation at 37 C. The highest enzyme activity of 1.90 (U/mg)-1 was measured in TB medium at 18 C temperature of induction, and concentration of the inducer from 0.1 to 1.0 (mmol/L)-1. The in situ analysis of the purified enzyme showed an active band of about 120 kDa, similar to the one produced by the native strain. The purified enzyme has a temperature optimum at 35 C, pH optimum at 5.5, and K m = 64 (mmol/L)-1 of sucrose.

Published
2018

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Books, media, physical & digital resources
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