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310 results on '"Laboratoire de Lyon"'

1. Antimicrobial resistance in bacteria isolated from diseased horses in France

Author: Géraldine Cazeau, Clémence Bourély, Nathalie Jarrige, Marisa Haenni, Agnès Leblond, École Nationale des Services Vétérinaires (ENSV), Université de Lyon (COMUE), Laboratoire de Lyon, Unité Épidémiologie et Appui à la Surveillance, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Lyon, Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Ecole Nationale des Services Vétérinaires (ENSV)
Subjects: Veterinary medicine, 040301 veterinary sciences, medicine.drug_class, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cephalosporin, Biology, medicine.disease_cause, 0403 veterinary science, Antibiotic resistance, Drug Resistance, Multiple, Bacterial, medicine, Animals, Horses, Retrospective Studies, Streptococcus, Pantoea, 0402 animal and dairy science, Bacterial Infections, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Antimicrobial, biology.organism_classification, 040201 dairy & animal science, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, Multiple drug resistance, Staphylococcus aureus, Horse Diseases, Gentamicin, France, Public Health, medicine.drug
Abstract: Background Horses are one of the potential reservoirs of antimicrobial resistance (AMR) determinants that could be transferred to human subjects. Objective To describe the AMR patterns of major bacteria isolated from diseased horses in France. Study design Retrospective observational study. Methods Data collected between 2012 and 2016 by RESAPATH, the French national surveillance network for AMR, were analysed. Only antimicrobials relevant in veterinary and human medicine for the isolated bacteria were considered. Mono- and multidrug resistance were calculated. The resistance proportions of major equine diseases were assessed and compared. Where data permitted, resistance trends were investigated using nonlinear analysis (generalised additive models). Results A total of 12,695 antibiograms were analysed. The five most frequently isolated bacteria were Streptococcus spp., Escherichia coli, Pseudomonas spp., Staphylococcus aureus, Pantoea spp. and Klebsiella spp. The highest proportions of resistance to gentamicin were found for S. aureus (22.1%) and Pseudomonas spp. (26.9%). Klebsiella spp. and E. coli had the highest proportions of resistance to trimethoprim-sulfamethoxazole (15.5 and 26.2%, respectively). Proportions of resistance to tetracycline were among the highest for all the bacteria considered. Resistance to third-generation cephalosporins was below 10% for all Enterobacteriaceae. The highest proportions of multidrug resistance (22.5%) were found among S. aureus isolates, which is worrying given their zoonotic potential. From 2012 to 2016, resistance proportions decreased in Pseudomonas spp. isolates, but remained the same for S. aureus. For Streptococcus spp. and E. coli, resistance proportions to trimethoprim-sulfamethoxazole increased. Main limitations Since antibiograms are not systematic analyses, any selection bias could impact the results. Conclusions Such studies are essential to estimate the magnitude of the potential threat of AMR to public health, to design efficient control strategies and to measure their effectiveness. These findings may also guide the initial empirical treatment of horse diseases.
Published: 2019
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2. Swab cloths as a tool for revealing environmental contamination by Q fever in ruminant farms

Author: Pauline Carrie, Séverine Barry, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Renée de Crémoux, Claire A.M. Becker, Didier Calavas, Emmanuelle Gilot-Fromont, Carole Sala, Elsa Jourdain, Anne Bronner, Jean-Baptiste Perrin, Kristel Gache, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Université de Lyon, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité Fièvre Animale Q (NRL Fièvre Q), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Lyon [ANSES], Bureau de Santé Animale, DGAL, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Fédération nationale des Groupements de Défense Sanitaire (GDS France), Institut de l'élevage, Inst Elevage, Unité Fièvre Animale Q (Fièvre Q), Laboratoire de Sophia Antipolis, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de l'élevage (IDELE), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Montréal [Montréal], AFSSA Lyon, Unité Epidémiologie, Laboratoire de Lyon, Bureau de la Santé Animale, Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), National animal health farmers’organisation, and GDS
Subjects: Veterinary medicine, Farms, 040301 veterinary sciences, animal diseases, Cattle Diseases, Sheep Diseases, Q fever, Real-Time Polymerase Chain Reaction, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, Ruminant, Pregnancy, Zoonoses, medicine, Environmental Microbiology, Small ruminant, Animals, Humans, Epidemics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Coxiella burnetii DNA, Goat Diseases, Sheep, General Veterinary, General Immunology and Microbiology, biology, Goats, Outbreak, Dust, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Contamination, bacterial infections and mycoses, medicine.disease, Coxiella burnetii, biology.organism_classification, Housing, Animal, 3. Good health, Herd, bacteria, Cattle, Female, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Q Fever
Abstract: Q fever is a zoonotic abortive disease of ruminants mostly transmitted by inhalation of aerosols contaminated by Coxiella burnetii. Clusters of cases or even epidemics regularly occur in humans but, to date, there is no consensus about the best way to carry out outbreak investigations in order to identify potential farms at risk. Although environmental samples might be useful during such investigations, there are few baseline data on the presence of C. burnetii in the environment of ruminant farms. We thus investigated dust samples from cattle, sheep and goat farm buildings in order to (a) estimate C. burnetii detection frequency and bacterial loads in the environment, and (b) determine whether this environmental contamination is associated with series of abortions attributed to Q fever. We considered 113 herds with a recent abortive episode potentially related (n = 60) or not (n = 53) to C. burnetii. Dust was sampled using a swab cloth and tested by a quantitative PCR method targeting the IS1111 gene. Coxiella burnetii DNA was detected on 9 of 50 cattle farms, 13 of 19 goat farms and 30 of 40 sheep farms. On 16 cloths, bacterial loads were higher than 108 genome equivalents, levels as high as in infectious materials such as placentas and aborted foetuses. Overall, the probability of detecting C. burnetii DNA was higher on small ruminant farms than cattle farms, in herds suspected of Q fever and in large herds. We conclude that swab cloths are a putative indicator of contamination of ruminant farms by C. burnetii.
Published: 2019
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3. Detection and sequencing of new french Puumala virus isolates (PALADIN project)

Author: Castel, Guillaume, Murri, S., Chevenet, F., Madrières, Sarah, Vulin, J., Tatard, Caroline, Galan, Maxime, Benoit, Laure, Loiseau, Anne, Marianneau, Philippe, Charbonnel, Nathalie, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité Virologie, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Montpellier (UM), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de Lyon, Unité Virologie, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Vegetal Biology, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Biologie végétale
Abstract: International audience
Published: 2019

4. Représentativité et couverture du Résapath, le réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales

Author: Boireau, Clémence, Jarrige, Nathalie, Cazeau, Géraldine, Jouy, Eric, Haenni, Marisa, Philippon, Christelle, Calavas, Didier, Madec, Jean-Yves, Leblond, Agnès, Gay, Emilie, Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Ploufragan - Plouzané, Laboratoire de Lyon, Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), ANSES, Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques ( UMR EPIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and VetAgro Sup ( VAS )
Subjects: Coverage, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, MESH: Drug Resistance, Microbial, Antibiogram, représentativité, Antimicrobial resistance, MESH : Drug Resistance, Microbial, RESAPATH, network, antibiorésistance, surveillance, France, couverture, [ SDV.BA.MVSA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, dispositif de, antibiogramme, Representativeness
Abstract: International audience; Le Résapath joue un rôle majeur dans la surveillance de l'antibiorésistance en santé animale en France. Consolidé en plusieurs étapes depuis sa création en 1982, ce réseau de surveillance événementielle est basé sur la participation volontaire des laboratoires adhérents qui transmettent les résultats des antibiogrammes qu'ils réalisent pour leurs clients. L'objectif de cette étude était d'estimer la représentativité et la couverture du Résapath par filière animale en 2015. La proportion d'antibiogrammes collectés par le réseau par rapport à l'ensemble des antibiogrammes réalisés sur le territoire national était variable selon les espèces, s'échelonnant de 50 % pour les animaux de compagnie (chiens et chats) à 90 % pour la filière porcine. La couverture géographique du Résapath était globalement en accord avec la répartition géographique estimée des populations animales sur le territoire. Cette étude fournit les éléments pour un développement potentiel du Résapath afin d'assurer une meilleure représentativité des filières et du territoire.; Abstract Representativeness and coverage of the RESAPATH, the French surveillance network for antimicrobial resistance in pathogenic bacteria of animal origin The RESAPATH plays a major role in antimicrobial resistance surveillance in animal health in France. Consolidated since its creation in 1982, the RESAPATH is a surveillance network based on the voluntary participation of diagnostic laboratories, which transmit the results of the antibiograms performed for their clients. The objective of this study was to assess the representativeness and the coverage of the RESAPATH by animal sector in 2015. The proportion of antibiograms collected by the network compared to all the antibiograms carried out in France varied according to the sector, ranging from 50% for pets (dogs and cats), to 90% for the swine sector. The geographical coverage of the RESAPATH was broadly consistent with the geographical distribution of the estimated animal populations over the territory. This study provides key elements for a potential development of the RESAPATH in order to achieve a better representativeness of the animal sectors as well as the whole territory.
Published: 2018

5. Epidemic spread of Escherichia coli ST744 isolates carrying mcr-3 and blaCTX-M-55 in cattle in France

Author: Jean-Yves Madec, Racha Beyrouthy, Marisa Haenni, Pierre Châtre, Agnese Lupo, Richard Bonnet, Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Faculty of Public Health [Tripoli, Liban] (FSP III), Lebanese University [Beirut], Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire d'études et de recherches en pathologie bovine et hygiène des viandes, AFSSA, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte - Clermont Auvergne (M2iSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes (AVB), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Agency for Food, Environmental and Occupational Health and Safety (ANSES), ANR-14-ANWA-0006,PRAHAD,Prevalence and optimised detection of resistance to antibiotics vital for animal and human health(2014), European Project: 323209,EC:FP7:HEALTH,FP7-JPROG-2012-RTD,JPIAMR(2012), Faculty of Public Health [Lebanese University] (FSP III), Lebanese University [Beirut] (LU), Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Animal Health and Welfare (ANIHWA) ERA-Net project (France) [ANR-14-ANWA-0006-04], and Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPI-EC-AMR) project Trans-Comp-ESC-R (France) [JPIAMR2016-077]
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Genotype, 030106 microbiology, Cattle Diseases, Transferases (Other Substituted Phosphate Groups), Microbial Sensitivity Tests, Biology, medicine.disease_cause, beta-Lactamases, MESH: Genotype, 03 medical and health sciences, MESH: Anti-Bacterial Agents, Epidemic spread, Drug Resistance, Bacterial, medicine, Escherichia coli, MESH: Cattle Diseases, Animals, Pharmacology (medical), Epidemics, Escherichia coli Infections, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Pharmacology, Colistin, MESH: Escherichia coli, Escherichia coli Proteins, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Virology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Research Letters, 3. Good health, Anti-Bacterial Agents, MESH: France, Infectious Diseases, Cattle, Topography, Medical, MESH: Transferases (Other Substituted Phosphate Groups), France
Abstract: International audience; No abstract available
Published: 2017
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6. Consommation d'antibiotiques et résistance aux antibiotiques en France : soyons concernés, soyons responsables

Author: Maugat, Sylvie, Berger-Carbonne, Anne, Colomb-Cotinat, Mélanie, Dumartin, Catherine, Péfau, Muriel, Coignard, Bruno, Cavalié, Philippe, Hyder-Mlynarz, Karima, Semaille, Caroline, Chevance, Anne, Gay, Emilie, Moulin, Gérard, Madec, Jean-Yves, Brun-Buisson, Christian, Institut de Veille Sanitaire ( INVS ), Institut de Veille Sanitaire (INVS), Bordeaux population health ( BPH ), Université de Bordeaux ( UB ) -Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CHU Bordeaux [Bordeaux], Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] ( ANSM ), Anses ANMV ( Anses ANMV ), ANSES, Laboratoire de Lyon, Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Direction Générale de la Santé ( DGS ), Ministère de la santé, Santé publique France, Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Anses ANMV (Anses ANMV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Lyon [ANSES], and Direction Générale de la Santé (DGS)
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, statistic, antibiotic resistance, [SDV.SP.MED]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Medication, [ SDV.SP.MED ] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Medication, résistance aux antibiotiques, France, statistique, [ SDV.BA.MVSA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health
Abstract: National audience; L’antibiorésistance pourrait devenir l’une des principales causes de mortalité dans le monde. Elle remet en question la capacité à soigner les infections, même les plus courantes. Tous les secteurs de soins et toutes les espèces sont concernés. Limiter sa diffusion impose une prévention globale et concertée reposant en premier lieu sur le bon usage des antibiotiques, l’hygiène des mains et la prévention des facteurs favorisant les infections.La Journée européenne de sensibilisation au bon usage des antibiotiques du 18 novembre 2017, qui s’inscrit dans la semaine mondiale pour un bon usage des antibiotiques, est l’occasion de mobiliser l’ensemble des acteurs. Citoyens, patients, professionnels de la santé humaine et animale, décideurs, ont tous un rôle à jouer dans le renforcement de la lutte contre la résistance aux antibiotiques… Pour mieux comprendre les enjeux et évaluer les actions conduites en France depuis plusieurs années, le recueil et la communication de données chiffrées permettant de connaître la situation et son évolution dans le temps sont essentiels.Dans ces objectifs, trois agences nationales – Santé publique France, l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) et l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) – et l’Assurance Maladie ont réuni leurs efforts pour présenter de manière commune les chiffres clefs de la consommation et de la résistance aux antibiotiques en santé humaine et en santé animale sur les 10 dernières années (2006-2016), dans une perspective de santé globale (« One Health ») promue par l’Organisation mondiale de la santé.
Published: 2017

7. Multidrug resistance Salmonella genomic island 1 in a Morganella morganii subsp. morganii human clinical isolate from France

Author: Schultz, Eliette, Barraud, Olivier, Madec, Jean-Yves, Haenni, Marisa, Cloeckaert, Axel, Ploy, Marie-Cécile, Doublet, Benoît, Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Lyon, Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges], CHU Limoges, French National Institute of Agricultural Research, Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm), Anses, INRA, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes (AVB), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), ProdInra, Archive Ouverte, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours
Subjects: integrative mobilizable element, Microbiology and Parasitology, Observation, Salmonella genomic island 1, Microbiology, QR1-502, Microbiologie et Parasitologie, Clinical Science and Epidemiology, séquençage du génome, proteus mirabilis, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Salmonella genomic island, integrons, multidrug resistance, bacteria, salmonella enterica, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract: Since its initial identification in epidemic multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Typhimurium DT104 strains, several SGI1 variants, SGI1 lineages, and SGI1-related elements (SGI2, PGI1, and AGI1) have been described in many bacterial genera (Salmonella, Proteus, Morganella, Vibrio, Shewanella, etc.). They constitute a family of multidrug resistance site-specific integrative elements acquired by horizontal gene transfer, SGI1 being the best-characterized element. The horizontal transfer of SGI1/PGI1 elements into other genera is of public health concern, notably with regard to the spread of critically important resistance genes such as ESBL and carbapenemase genes. The identification of SGI1 in Morganella morganii raises the issue of (i) the potential for SGI1 to emerge in other human pathogens and (ii) its bacterial host range. Further surveillance and research are needed to understand the epidemiology, the spread, and the importance of the members of this SGI1 family of integrative elements in contributing to antibiotic resistance development., Salmonella genomic island 1 (SGI1) is a multidrug resistance integrative mobilizable element that harbors a great diversity of antimicrobial resistance gene clusters described in numerous Salmonella enterica serovars and also in Proteus mirabilis. A serious threat to public health was revealed in the recent description in P. mirabilis of a SGI1-derivative multidrug resistance island named PGI1 (Proteus genomic island 1) carrying extended-spectrum-β-lactamase (ESBL) and metallo-β-lactamase resistance genes, blaVEB-6 and blaNDM-1, respectively. Here, we report the first description of Salmonella genomic island 1 (SGI1) in a multidrug-resistant clinical Morganella morganii subsp. morganii strain isolated from a patient in France in 2013. Complete-genome sequencing of the strain revealed SGI1 variant SGI1-L carrying resistance genes dfrA15, floR, tetA(G), blaPSE-1 (now referred to as blaCARB-2), and sul1, conferring resistance to trimethoprim, phenicols, tetracyclines, amoxicillin, and sulfonamides, respectively. The SGI1-L variant was integrated into the usual chromosome-specific integration site at the 3′ end of the trmE gene. Beyond Salmonella enterica and Proteus mirabilis, the SGI1 integrative mobilizable element may thus also disseminate its multidrug resistance phenotype in another genus belonging to the Proteae tribe of the family Enterobacteriaceae. IMPORTANCE Since its initial identification in epidemic multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Typhimurium DT104 strains, several SGI1 variants, SGI1 lineages, and SGI1-related elements (SGI2, PGI1, and AGI1) have been described in many bacterial genera (Salmonella, Proteus, Morganella, Vibrio, Shewanella, etc.). They constitute a family of multidrug resistance site-specific integrative elements acquired by horizontal gene transfer, SGI1 being the best-characterized element. The horizontal transfer of SGI1/PGI1 elements into other genera is of public health concern, notably with regard to the spread of critically important resistance genes such as ESBL and carbapenemase genes. The identification of SGI1 in Morganella morganii raises the issue of (i) the potential for SGI1 to emerge in other human pathogens and (ii) its bacterial host range. Further surveillance and research are needed to understand the epidemiology, the spread, and the importance of the members of this SGI1 family of integrative elements in contributing to antibiotic resistance development.
Published: 2017
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8. Complete sequences of qnrD-carrying plasmids in Proteus spp. collected from French animals

Author: Marisa Haenni, Eliette Schultz, Estelle Saras, Agnese Lupo, Jean-Yves Madec, Axel Cloeckaert, Sylvie Baucheron, Benoît Doublet, Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), French Agency for Food, Environmental and Occupational Health & Safety (ANSES), ANSES and INRA (French National Institute for Agricultural Research), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Laboratoire de Lyon [ANSES], and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Sequence analysis, 030106 microbiology, Immunology, education, Drug resistance, Microbial Sensitivity Tests, fluoroquinolone, Microbiology, Genome, 03 medical and health sciences, Chromosome Walking, Plasmid, Bacterial Proteins, resistance gene, plasmid, Drug Resistance, Bacterial, Primer walking, Immunology and Allergy, Animals, Humans, animal, health care economics and organizations, Genetics, biology, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, gène de résistance, Proteus, 030104 developmental biology, proteus, plasmide, bacteria, Proteus Infections, salmonella enterica, Genome, Bacterial, enterobacteria, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Fluoroquinolones, Plasmids, enterobacteriaceae
Abstract: International audience; Complete sequences of [i]qnr[/i]D-carrying plasmids in [i]Proteus[/i] spp. collected from French animals
Published: 2017
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9. Population genetics, community of parasites, and resistance to rodenticides in an urban brown rat (Rattus norvegicus) population

Author: Desvars-Larrive, Amélie, Pascal, Michel, Gasqui, Patrick, Cosson, Jean-Francois, Benoit, Etienne, Lattard, Virginie, Crespin, Laurent, Lorvelec, Olivier, Pisanu, Benoît, Teynie, Alexandre, Vayssier-Taussat, Muriel, Bonnet, Sarah, Marianneau, Philippe, Lacôte, Sandra, Bourhy, Pascale, Berny, Philippe, Pavio, Nicole, Le Poder, Sophie, Gilot-Fromont, Emmanuelle, Jourdain, Elsa, Hammed, Abdessalem, Fourel, Isabelle, Chikh, Farid, Vourc'h, Gwenaël, Research Institute of Wildlife Ecology, University of Veterinary Medicine [Vienna] (Vetmeduni), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Agence Française pour la Biodiversité (AFB), Unité Virologie, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Collaborateur FAO/OMS pour l'épidémiologie de la leptospirose, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre National de Référence de la Leptospirose - National Reference Center Leptospirosis (CNR), Biologie des Spirochètes / Biology of Spirochetes, Interactions Cellules Environnement - UR (ICE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biodémographie évolutive, Département écologie évolutive [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Conseil Départemental Hauts-de-Seine, Conseil Départmental des Hauts-de-Seine, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA Grant), ANR-09-CESA-0008,RODENT,Impacts des rodenticides anticoagulants sur les écosystèmes - adaptation des populations de rongeurs cibles et effets sur leurs prédateurs(2009), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire de Lyon, Unité Virologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Veterinary Medicine [Vienna] ( Vetmeduni ), Écologie et santé des écosystèmes ( ESE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques ( UMR EPIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques ( BIPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-AFSSA-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Rongeurs Sauvages – Risques Sanitaires et Gestion des Populations, INRA, VetAgro Sup ( USC1233/RS2GP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), UMS 2006 Patrimoine Naturel, Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Agence française pour la biodiversité, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Centre National de Référence de la Leptospirose-Centre Collaborateur FAO/OMS pour l'épidémiologie de la leptospirose-Biologie des Spirochètes, Virologie UMR1161 ( VIRO ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-ANSES, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ANR-09-CESA-0008,RODENT,Impacts des rodenticides anticoagulants sur les écosystèmes - adaptation des populations de rongeurs cibles et effets sur leurs prédateurs ( 2009 ), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Agence Française pour la Biodiversité (AFB)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé
Subjects: analyse de données, 0301 basic medicine, Veterinary medicine, milieu urbain, Brown rat, Population genetics, Drug Resistance, lcsh:Medicine, Artificial Gene Amplification and Extension, Pathology and Laboratory Medicine, Polymerase Chain Reaction, détection moléculaire, Gene flow, Medicine and Health Sciences, caractérisation morphologique, Rodenticide, Immunogenetic Phenomena, lcsh:Science, Mammals, Leptospira, education.field_of_study, Multidisciplinary, biology, Geography, Biodiversity, Animal Models, Bacterial Pathogens, [ SDV.GEN.GPO ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Experimental Organism Systems, Medical Microbiology, parasite, Vertebrates, France, résistance génétique, Pathogens, Bartonella, Autre (Sciences du Vivant), Research Article, Microsatellite loci, Trypanosoma, Genotype, Genetic loci, Population, rattus norvegicus, Research and Analysis Methods, Rodents, Microbiology, 03 medical and health sciences, Model Organisms, Gene Types, Vitamin K Epoxide Reductases, Helminths, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Genetics, Animals, Parasites, education, Molecular Biology Techniques, Microbial Pathogens, Molecular Biology, Genetic diversity, Evolutionary Biology, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Population Biology, Bacteria, anticoagulant, lcsh:R, Urban Health, Organisms, Genetic Variation, Rodenticides, Biology and Life Sciences, [ SDV.GEN.GA ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, biology.organism_classification, Invertebrates, Blood Cell Count, Rats, Medical risk factors, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, 030104 developmental biology, Genetics, Population, Amniotes, [ SDV.BA.ZV ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, paramètre hématologique, lcsh:Q, Species richness, Biomarkers, Microsatellite Repeats
Abstract: International audience; Brown rats are one of the most widespread urban species worldwide. Despite the nuisances they induce and their potential role as a zoonotic reservoir, knowledge on urban rat populations remains scarce. The main purpose of this study was to characterize an urban brown rat population from Chanteraines park (Hauts-de-Seine, France), with regards to haematology, population genetics, immunogenic diversity, resistance to anticoagulant rodenticides, and community of parasites. Haematological parameters were measured. Population genetics was investigated using 13 unlinked microsatellite loci. Immunogenic diversity was assessed for Mhc-Drb. Frequency of the Y139F mutation (conferring resistance to rodenticides) and two linked microsatellites were studied, concurrently with the presence of anticoagulant residues in the liver. Combination of microscopy and molecular methods were used to investigate the occurrence of 25 parasites. Statistical approaches were used to explore multiple parasite relationships and model parasite occurrence. Eighty-six rats were caught. The first haematological data for a wild urban R. norvegicus population was reported. Genetic results suggested high genetic diversity and connectivity between Chanteraines rats and surrounding population(s). We found a high prevalence (55.8%) of the mutation Y139F and presence of rodenticide residues in 47.7% of the sampled individuals. The parasite species richness was high (16). Seven potential zoonotic pathogens were identified, together with a surprisingly high diversity of Leptospira species (4). Chanteraines rat population is not closed, allowing gene flow and making eradication programs challenging, particularly because rodenticide resistance is highly prevalent. Parasitological results showed that co-infection is more a rule than an exception. Furthermore, the presence of several potential zoonotic pathogens, of which four Leptospira species, in this urban rat population raised its role in the maintenance and spread of these pathogens. Our findings should stimulate future discussions about the development of a long-term rat-control management program in Chanteraines urban park.
Published: 2017
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10. Discovery of hantavirus circulating among Rattus rattus in French Mayotte island, Indian Ocean

Author: Claudia Filippone, Lénaı¨g Halos, Gwenaël Vourc’h, Guillaume Castel, Denise A. Marston, Richard J. Ellis, Philippe Marianneau, Corinne Jallet, Séverine Murri, Emma L. Wise, Myriam Ermonval, Lorraine M. McElhinney, Noël Tordo, Amélie Desvars, Frédérik Beaulieux, Anthony R. Fooks, Stratégies antivirales, Institut Pasteur [Paris], Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Anses-Laboratoire de Lyon, Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Wildlife Zoonoses and Vector-borne Diseases Research Group, Animal Health and Veterinary Laboratories Agency (AHVLA), Animal Epidemiology Research Unit, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mérial [Lyon], Mérial, This study was supported by the EU FP7 programmes: EDENext (no. 261504), EMPERIE (no. 223498), ANTIGONE (no. 278976)and the Research Infrastructure Grant European Virus Archive (no. 19 228292).A. R. F. was supported by the Research and Policy for Infectious Disease Dynamics Program (RAPIDD), Science and TechnologyDirectorate, US Department of Homeland Security and Fogarty International Center, US National Institutes of Health. Sampling was supported by the French Research National Agency ChikAni (ANRno. 06SEST06), European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011), European Project: 223498,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2007-B,EMPERIE(2009), European Project: 278976,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2011-two-stage,ANTIGONE(2011), European Project: 228292,EC:FP7:INFRA,FP7-INFRASTRUCTURES-2008-1,EVA(2009), Institut Pasteur [Paris] (IP), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Recherche Clinique [Lyon], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), University of Liverpool, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), This study was supported by the EU FP7 programmes: EDENext (no. 261504), EMPERIE (no. 223498), ANTIGONE (no. 278976) and the Research Infrastructure Grant European Virus Archive (no. 19 228292). We thank Sandra Lacote (Virology Unit, Anses-Laboratoire, Lyon, France) for helping during RNA extraction. A. R. F. was supported by the Research and Policy for Infectious Disease Dynamics Program (RAPIDD), Science and Technology Directorate, US Department of Homeland Security and Fogarty International Center, US National Institutes of Health. Sampling was supported by the French Research National Agency ChikAni (ANR no. 06SEST06)., Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Rodent Diseases, Orthohantavirus, Rodent, Hantavirus Infections, Short Communication, animal diseases, viruses, Prevalence, Thailand virus, Comoros, 03 medical and health sciences, Phylogenetics, Virology, biology.animal, Animals, Phylogeny, Hantavirus, biology, Phylogenetic tree, Genetic Variation, virus diseases, biology.organism_classification, Rats, 3. Good health, 030104 developmental biology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Female, Hantavirus Infection
Abstract: International audience; Hantaviruses are emerging zoonotic viruses that cause human diseases. In this study, sera from 642 mammals from La Réunion and Mayotte islands (Indian Ocean) were screened for the presence of hantaviruses by molecular analysis. None of the mammals from La Réunion island was positive, but hantavirus genomic RNA was discovered in 29/160 (18 %) Rattus rattus from Mayotte island. The nucleoprotein coding region was sequenced from the liver and spleen of all positive individuals allowing epidemiological and intra-strain variability analyses. Phylogenetic analysis based on complete coding genomic sequences showed that this Murinae-associated hantavirus is a new variant of Thailand virus. Further studies are needed to investigate hantaviruses in rodent hosts and in Haemorrhagic Fever with Renal Syndrome (HFRS) human cases.
Published: 2016
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11. Integrated Plan of Insecticide Resistance Surveillance in Mosquito Vectors in France

Author: James Devillers, Jean-Philippe David, Benoit Barrès, Haoues Alout, Bruno Lapied, Sébastien Chouin, Isabelle Dusfour, Catherine Billault, Farida Mekki, Isabelle Attig, Vincent Corbel, Centre de Traitement de l'Information Scientifique (CTIS), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), CAractérisation et Suivi des Phénomènes d'Evolution de Résistance aux pesticides (CASPER), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SFR UA 4207 QUAlité et SAnté du Végétal (QUASAV), Université d'Angers (UA)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Nantes Université (Nantes Univ)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Conseil départemental de la Charente-Maritime, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), Direction de l'évaluation des produits réglementés (DEPR), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Vector Control Group (MIVEGEC-VCG), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), Instituto Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Institute [Rio de Janeiro] (IOC), Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), and Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)
Subjects: mosquito-borne diseases, mosquito surveillance, arboviruses, Insect Science, [SDV]Life Sciences [q-bio], insecticide resistance, France
Abstract: International audience; Mosquito-borne diseases such as malaria, dengue, or chikungunya have been re-emerging all over the world, including in Europe. Managing resistance to public health pesticides in mosquitoes is essential and requires global, integrated, and coordinated actions and strong engagement of decision-makers, scientists, and public health operators. In this context, the present work aims at proposing an integrated plan of resistance surveillance in France and in the French Overseas territories in order to provide graduated and appropriate responses according to the situation. Briefly, the plan relies on periodic monitoring of insecticide resistance at the population level in predefined sites using adequate biological, molecular, and/or biochemical approaches and a stratification of the level of resistance risk at the scale of territory to adjust surveillance and vector control actions. The plan relies on the latest methods and indicators used for resistance monitoring as recommended by the World Health Organization in order to prevent or slow down its extension in space and time. The plan has been developed for France but can be easily adapted to other countries in order to provide a coordinated response to the growing problem of mosquito resistance in Europe.
Published: 2023
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12. Simulation-Based Evaluation of the Performances of an Algorithm for Detecting Abnormal Disease-Related Features in Cattle Mortality Records

Author: Jean-Baptiste Perrin, Benoît Durand, Emilie Gay, Christian Ducrot, Pascal Hendrikx, Didier Calavas, Viviane Hénaux, Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Direction des Laboratoires (UCAS), Formation complémentaire par la recherche (FCPR) du Ministère de l'Agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, Laboratoire de Lyon [ANSES], and Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA)
Subjects: veterinary diseases, Science, Population, Disease, infectious diseases, Natural history of disease, Communicable Diseases, surveillance system, Disease Outbreaks, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, MESH: Cattle Diseases, Medicine, Animals, Computer Simulation, Mortality, education, Epidemics, Simulation based, education.field_of_study, Multidisciplinary, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, MESH: Public Health Surveillance, MESH: Mortality, business.industry, Mortality rate, Anomaly detection algorithm, SYNDROMIC SURVEILLANCE, BOVINE HERPESVIRUS-1, OUTBREAK DETECTION, MOUTH-DISEASE, TIME-SERIES, FRANCE, TRANSMISSION, EPIDEMIC, NETWORK, DAIRY, veterinary epidemiology, Outbreak, MESH: Pathology, Veterinary, death rates, Regression, cattle, Population Surveillance, Autre (Sciences de l'ingénieur), [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business, Algorithm, Algorithms, Research Article
Abstract: International audience; We performed a simulation study to evaluate the performances of an anomaly detection algorithm considered in the frame of an automated surveillance system of cattle mortality. The method consisted in a combination of temporal regression and spatial cluster detection which allows identifying, for a given week, clusters of spatial units showing an excess of deaths in comparison with their own historical fluctuations. First, we simulated 1,000 outbreaks of a disease causing extra deaths in the French cattle population (about 200,000 herds and 20 million cattle) according to a model mimicking the spreading patterns of an infectious disease and injected these disease-related extra deaths in an authentic mortality dataset, spanning from January 2005 to January 2010. Second, we applied our algorithm on each of the 1,000 semi-synthetic datasets to identify clusters of spatial units showing an excess of deaths considering their own historical fluctuations. Third, we verified if the clusters identified by the algorithm did contain simulated extra deaths in order to evaluate the ability of the algorithm to identify unusual mortality clusters caused by an outbreak. Among the 1,000 simulations, the median duration of simulated outbreaks was 8 weeks, with a median number of 5,627 simulated deaths and 441 infected herds. Within the 12-week trial period, 73% of the simulated outbreaks were detected, with a median timeliness of 1 week, and a mean of 1.4 weeks. The proportion of outbreak weeks flagged by an alarm was 61% (i.e. sensitivity) whereas one in three alarms was a true alarm (i.e. positive predictive value). The performances of the detection algorithm were evaluated for alternative combination of epidemiologic parameters. The results of our study confirmed that in certain conditions automated algorithms could help identifying abnormal cattle mortality increases possibly related to unidentified health events.
Published: 2015
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13. Complete Genome and Phylogeny of Puumala Hantavirus Isolates Circulating in France

Author: Mathilde Couteaudier, Noël Tordo, Guillaume Castel, Dominique Pontier, Angelina Plyusnina, Frank Sauvage, Alexander Plyusnin, Jean-Baptiste Pons, Jean-François Cosson, Séverine Murri, Philippe Marianneau, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Biologie Computationnelle (IBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecoevolutionary Dynamics of Infectious Diseases, LabEx ECOFECT, Laboratoire de Lyon, Unité Virologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Department of Virology [Helsinki], Haartman Institute [Helsinki], Faculty of Medecine [Helsinki], University of Helsinki-University of Helsinki-Faculty of Medecine [Helsinki], University of Helsinki-University of Helsinki, Ecoépidémiologie évolutionniste, Département écologie évolutive [LBBE], Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre collaborateur de l'OMS Arbovirus et Fièvres Hémorragiques virales - Stratégies antivirales (CC-OMS), Institut Pasteur [Paris], project ECOFECT (ANR-11-LABX-0048, ANR-11-IDEX-0007) - Anses (Afsset grant EST-2007-75) - EU grants FP7-261504 EDENext - FP7- 278976 ANTIGONE, European Project: 261504, Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Faculty of Medecine [Helsinki], Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Unité Virologie, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Institut Pasteur [Paris] (IP), Medicum, Department of Virology, Castel, Guillaume, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD) - Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro) - Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] (INRA Montpellier) - Université de Montpellier (UM) - Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD) - Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Université de Montpellier (UM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UR Infectiologie animale et Santé publique (UR IASP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail (ANSES Maisons-Alfort), Haartman Institute, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12) - Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort - AFSSA, ANR-11-IDEX-0007-02/11-LABX-0048, ECOFECT, Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses(2011), European Project : 261504, EC:FP7:HEALTH, FP7-HEALTH-2010-single-stage, EDENEXT(2011), and European Project : 278976, EC:FP7:HEALTH, FP7-HEALTH-2011-two-stage, ANTIGONE(2011)
Subjects: Male, Disease reservoir, [SDV]Life Sciences [q-bio], TULA, lcsh:QR1-502, Sequence Homology, phylogeny, Puumala virus, lcsh:Microbiology, INFECTION, Nephropathia epidemica, Cluster Analysis, biology, Arvicolinae, MAJOR ANTIGENIC DOMAIN, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Bank vole, Phylogeography, Infectious Diseases, diversité génétique, ANALYSIS RESOURCE, RNA, Viral, Female, France, Hantavirus, GENETICS, BIOINFORMATICS DATABASE, Molecular Sequence Data, complete genome, Zoology, Genome, Viral, analyse phylogénétique, Article, diversity, Phylogenetics, Virology, Genetic variation, medicine, Animals, Disease Reservoirs, technique elisa, VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN, STRAINS, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, medicine.disease, MOLECULAR EVOLUTION, PATTERNS, campagnol roussatre, 3111 Biomedicine
Abstract: Puumala virus (PUUV) is the agent of nephropathia epidemica (NE), a mild form of hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) in Europe. NE incidence presents a high spatial variation throughout France, while the geographical distribution of the wild reservoir of PUUV, the bank vole, is rather continuous. A missing piece of the puzzle is the current distribution and the genetic variation of PUUV in France, which has been overlooked until now and remains poorly understood. During a population survey, from 2008 to 2011, bank voles were trapped in eight different forests of France located in areas known to be endemic for NE or in area from where no NE case has been reported until now. Bank voles were tested for immunoglobulin (Ig)G ELISA serology and two seropositive animals for each of three different areas (Ardennes, Jura and Orleans) were then subjected to laboratory analyses in order to sequence the whole S, M and L segments of PUUV. Phylogenetic analyses revealed that French PUUV isolates globally belong to the central European (CE) lineage although isolates from Ardennes are clearly distinct from those in Jura and Orleans, suggesting a different evolutionary history and origin of PUUV introduction in France. Sequence analyses revealed specific amino acid signatures along the N protein, including in PUUV from the Orleans region from where NE in humans has never been reported. The relevance of these mutations in term of pathophysiology is discussed.
Published: 2015
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14. AVIS de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail relatif à l’évaluation du risque de la fraction nanométrique de l’additif alimentaire E171 (ERCA2016SA0226)

Author: Houdeau, Eric, Nesslany, Fabrice, Flahaut, Emmanuel, Bencsik, A., Carrière, Marie, Chaskiel, Patrick, Devoille, Laurent, Doridot, Fernand, Fessard, Valérie, Joubert, Olivier, Lacour, Stéphanie, Peyron, Stephane, Prat, Odette, Ropers, Marie-Hélène, Teste, Bruno, Endocrinologie & Toxicologie de la Barrière Intestinale (ToxAlim-ENTeRisk), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Research Biology Center (ERBC), CNRS/Université de Toulouse, Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Chimie Interface Biologie pour l’Environnement, la Santé et la Toxicologie (CIBEST ), SYstèmes Moléculaires et nanoMatériaux pour l’Energie et la Santé (SYMMES), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire National de Métrologie et d'Essais [Trappes] (LNE ), Institut Catholique d'Arts et Métiers (ICAM), Institut des Matériaux Jean Rouxel (IMN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes université - UFR des Sciences et des Techniques (Nantes univ - UFR ST), Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (Nantes Univ - EPUN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), L'Ecole d'Application (EDAP): laboratoire pédagogique de l'ISP de Bukavu, Institut supérieur pédagogique de Bukavu, Institut des Sciences sociales du Politique (ISP), Université Paris Nanterre (UPN)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay), Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), VISIOMICS, Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail
Subjects: [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Published: 2022

15. Avis de l’Anses relatif à l’évaluation du risque de la fraction nanométrique de l’additif alimentaire E171

Author: Nesslany, Fabrice, Flahaut, Emmanuel, Bencsik, A., Carrière, Marie, Chaskiel, Patrick, Devoille, Laurent, Doridot, Fernand, Houdeau, Eric, Fessard, Valérie, Joubert, Olivier, Lacour, Stéphanie, Peyron, Stephane, Prat, Odette, Ropers, Marie-Hélène, Teste, Bruno, European Research Biology Center (ERBC), CNRS/Université de Toulouse, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Chimie Interface Biologie pour l’Environnement, la Santé et la Toxicologie (CIBEST ), SYstèmes Moléculaires et nanoMatériaux pour l’Energie et la Santé (SYMMES), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire National de Métrologie et d'Essais [Trappes] (LNE ), Institut Catholique d'Arts et Métiers (ICAM), Endocrinologie & Toxicologie de la Barrière Intestinale (ToxAlim-ENTeRisk), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Fougères - ANSES, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut des Matériaux Jean Rouxel (IMN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes université - UFR des Sciences et des Techniques (Nantes univ - UFR ST), Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (Nantes Univ - EPUN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), L'Ecole d'Application (EDAP): laboratoire pédagogique de l'ISP de Bukavu, Institut supérieur pédagogique de Bukavu, Institut des Sciences sociales du Politique (ISP), Université Paris Nanterre (UPN)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay), Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), VISIOMICS, Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), and Anses
Subjects: [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: Citation suggérée :Anses. (2022). Avis relatif à l’évaluation du risque de la fraction nanométrique de l’additif alimentaire E171(saisine 2016-SA-0226). Maisons-Alfort : Anses, 115 p.; Dans de nombreux domaines comme celui de l’agroalimentaire, les nanomatériaux manufacturés sont utilisés pour leurs propriétés propres à la nano-échelle (propriétés optiques, mécaniques, etc.) ainsi que pour leur importante surface spécifique. Les nanomatériaux manufacturés peuvent être ajoutés volontairement en tant qu’additifs alimentaires ou en tant qu’additifs technologiques dans la formulation des matériaux au contact des denrées alimentaires. Les nanomatériaux ne s’inscrivent pas dans une réglementation spécifique, mais sont régis par diverses réglementations sectorielles déjà existantes (CE n°258/971, UE n°1169/20112, UE n°10/20113 , etc.). La question de l’harmonisation sur le plan réglementaire fait partie des enjeux et préoccupations soulevés par des organisations de la société civile, principalement des organisations non gouvernementales (ONG), quant aux nanomatériaux en général et dans l’alimentation en particulier. La coexistence de définitions hétérogènes d’un nanomatériau au sein de ces réglementations sectorielles contribue à entretenir des confusions, notamment par l’interprétation des différents termes employés. Dans ce contexte, le groupe de travail (GT) de l’Anses « nano et alimentation » a établi, dans le cadre de son expertise, une qualification du terme « nanomatériau manufacturé » (Anses 2020) afin de préciser le champ de l’analyse. (extrait)
Published: 2022

16. Dynamics of extended-spectrum cephalosporin resistance genes in Escherichia coli from Europe and North America

Author: Zamudio, Roxana, Boerlin, Patrick, Beyrouthy, Racha, Madec, Jean-Yves, Schwarz, Stefan, Mulvey, Michael R, Zhanel, George G, Cormier, Ashley, Chalmers, Gabhan, Bonnet, Richard, Haenni, Marisa, Eichhorn, Inga, Kaspar, Heike, Garcia-Fierro, Raquel, Wood, James LN, Mather, Alison E, Quadram Institute, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), University of Guelph, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques [CHU Clermont-Ferrand] (CNR), CHU Clermont-Ferrand, Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes (AVB), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Freie Universität Berlin, Veterinary Centre for Resistance Research (TZR), Free University of Berlin (FU), Public Health Agency of Canada, University of Manitoba [Winnipeg], Federal Office of Consumer Protection and Food Safety, University of Cambridge [UK] (CAM), University of East Anglia [Norwich] (UEA), This project was supported by the Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPIAMR), through the Medical Research Council (MRC, MR/R000948/1) [R.Z., J.L.N.W., A.E.M.], the Canadian Institutes of Health Research (CFC-150770) [A.C., G.C., P.B.], and the Genomics Research and Development Initiative (Government of Canada) [M.R.M.], the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF) grant no. 01KI1709 [I.E., H.K., S.S.], the French Agency for food environmental and occupational health & safety (Anses) [R.G.F., M.H., J.Y.M.], and the French National Reference Center (CNR) for antimicrobial resistance [R. Beyrouthy, R. Bonnet]. Support was also provided by the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) through the BBSRC Institute Strategic Programme Microbes in the Food Chain BB/R012504/1 and its constituent project BBS/E/F/000PR10348 (Theme 1, Epidemiology and Evolution of Pathogens in the Food Chain) [R.Z., A.E.M.]., European Project: JPI-EC-AMR, European Project: 323209,EC:FP7:HEALTH,FP7-JPROG-2012-RTD,JPIAMR(2012), Zamudio, Roxana [0000-0003-3634-4828], Schwarz, Stefan [0000-0002-6303-8212], Chalmers, Gabhan [0000-0002-6651-4253], Wood, James LN [0000-0002-0258-3188], Mather, Alison E [0000-0001-6513-3515], and Apollo - University of Cambridge Repository
Subjects: Multidisciplinary, Cephalosporin Resistance, General Physics and Astronomy, 500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften, Biologie::570 Biowissenschaften, Biologie, General Chemistry, Antimicrobial resistance, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, beta-Lactamases, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Anti-Bacterial Agents, Cephalosporins, Bacterial genetics, Escherichia coli, Animals, Humans, Bacterial genomics, Phylogeny, Escherichia coli Infections, Plasmids
Abstract: Funder: Genomics Research and Development Initiative (Government of Canada), the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF) grant no. 01KI1709, the French Agency for food environmental and occupational health & safety (Anses), and the French National Reference Center (CNR) for antimicrobial resistance., Extended-spectrum cephalosporins (ESCs) are critically important antimicrobial agents for human and veterinary medicine. ESC resistance (ESC-R) genes have spread worldwide through plasmids and clonal expansion, yet the distribution and dynamics of ESC-R genes in different ecological compartments are poorly understood. Here we use whole genome sequence data of Enterobacterales isolates of human and animal origin from Europe and North America and identify contrasting temporal dynamics. AmpC β-lactamases were initially more dominant in North America in humans and farm animals, only later emerging in Europe. In contrast, specific extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) were initially common in animals from Europe and later emerged in North America. This study identifies differences in the relative importance of plasmids and clonal expansion across different compartments for the spread of different ESC-R genes. Understanding the mechanisms of transmission will be critical in the design of interventions to reduce the spread of antimicrobial resistance.
Published: 2022
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17. An international collaborative study to determine the prevalence of contagious caprine pleuropneumonia by monoclonal antibody-based cELISA

Author: Hafizullah Noori, François Poumarat, Karim Tounkara, Isabel Nkando, François Thiaucourt, Lucia Manso-Silvan, Willy Schauwers, Martha Yami, Deodass Meenowa, Nadia Mukhtar, Ghulam Mohammad Ziay, Hezron Wesonga, Florence Tardy, Karomatullo Hamroev, Armelle Peyraud, Mohibullah Halimi, Mahmad Reshad Jaumally, Charles Bodjo, Stéphane Ostrowski, Mullojon Amirbekov, Shiferaw Jenberie, Ali Madad Rajabi, Eric Cardinale, Tahir Yaqub, Muhammad Zubair Shabbir, Tillo Tilloev, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Lyon [ANSES], Kenya Agricultural Research Institute, Centre de Recherche et de Veille sur les Maladies Émergentes dans l'Océan Indien (CRVOI), Université de La Réunion (UR), European Union [DCI-FOOD/ 2009/226-469], United States Department of State through the American Association for the Advancement of Science (AAAS), [S-LMAQM-09-GR-055], Laboratoire de Lyon, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes [Montpellier] ( CMAEE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR15, Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), ANSES, Centre de Recherche et de Veille sur les Maladies Émergentes dans l'Océan Indien ( CRVOI ), and Université de la Réunion ( UR )
Subjects: Tajikistan, Veterinary medicine, vaccin, Internationality, Seroprevalence, séroprévalence, L73 - Maladies des animaux, Global Health, Serology, Mycoplasma capricolum, Contagious caprine pleuropneumonia, 0403 veterinary science, Contagious, maurice, Seroepidemiologic Studies, Monoclonal, Medicine, Pakistan, 0303 health sciences, Goat Diseases, Pleuropneumonia, biology, Goats, Antibodies, Monoclonal, Vaccine quality control, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Complement fixation test, 3. Good health, Competitive ELISA, Bacterial vaccine, Bacterial Vaccines, Mauritius, Research Article, 040301 veterinary sciences, Kenya, Ethiopia, Afghanistan, Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, Antibodies, 03 medical and health sciences, Animals, Pleuropneumonia, Contagious, 030304 developmental biology, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Veterinary, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, medicine.disease, biology.organism_classification, veterinary(all), Virology, ethiopie, business, tadjikistan
Abstract: Background Few serological tests are available for detecting antibodies against Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae, the causal agent of contagious caprine pleuropneumonia (CCPP). The complement fixation test, the test prescribed for international trade purposes, uses a crude antigen that cross-reacts with all the other mycoplasma species of the “mycoides cluster” frequently infecting goat herds. The lack of a more specific test has been a real obstacle to the evaluation of the prevalence and economic impact of CCPP worldwide. A new competitive ELISA kit for CCPP, based on a previous blocking ELISA, was formatted at CIRAD and used to evaluate the prevalence of CCPP in some regions of Kenya, Ethiopia, Mauritius, Tajikistan and Pakistan in an international collaborative study. Results The strict specificity of the test was confirmed in CCPP-free goat herds exposed to other mycoplasma species of the “mycoides cluster”. Prevalence studies were performed across the enzootic range of the disease in Africa and Asia. Seroprevalence was estimated at 14.6% in the Afar region of Ethiopia, whereas all the herds presented for CCPP vaccination in Kenya tested positive (individual seroprevalence varied from 6 to 90% within each herd). In Mauritius, where CCPP emerged in 2009, nine of 62 herds tested positive. In Central Asia, where the disease was confirmed only recently, no positive animals were detected in the Wakhan District of Afghanistan or across the border in neighboring areas of Tajikistan, whereas seroprevalence varied between 2.7% and 44.2% in the other districts investigated and in northern Pakistan. The test was also used to monitor seroconversion in vaccinated animals. Conclusions This newly formatted CCPP cELISA kit has retained the high specificity of the original kit. It can therefore be used to evaluate the prevalence of CCPP in countries or regions without vaccination programs. It could also be used to monitor the efficacy of vaccination campaigns as high-quality vaccines induce high rates of seroconversion.
Published: 2014
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18. Eucalyptus and Acacia tree growth over entire rotation in single- and mixed-species plantations across five sites in Brazil and Congo

Author: Maureen Voigtlaender, Florence Tardy, Louis Mareschal, Philippe Deleporte, Daniel Epron, Joseph Levillain, Jean-Paul Laclau, José Leonardo de Moraes Gonçalves, Yann Nouvellon, André Mabiala, José Luis Gava, Jean-Pierre Bouillet, Fernando Palha Leite, Rodrigo Hakamada, Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Dept Ciencias Florestais, University of São Paulo (USP), Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho = São Paulo State University (UNESP), Escola Superior de Agricultura 'Luiz de Queiroz' (ESALQ), Universidade de São Paulo (USP), Dept Forest Sci, ESALQ USP, International Paper do Brasil, Centre de Recherche sur la Durabilité et la Productivité des Plantations Industrielles (CRDPI), Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Systèmes de Cultures Bananes, Ananas, et Plantains (Cirad-FLHOR-UPR 26 Systèmes bananes et ananas), Département Productions fruitières et horticoles (FLHOR), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho [São José do Rio Preto] (UNESP), and Laboratoire de Lyon
Subjects: 0106 biological sciences, F08 - Systèmes et modes de culture, Humid subtropical climate, F62 - Physiologie végétale - Croissance et développement, Complementarity, Facteur climatique, 01 natural sciences, Nutrient, Acacia mangium, media_common, Biomass (ecology), Eucalyptus, biology, Wood production, Forestry, 04 agricultural and veterinary sciences, Plantation forestière, Facteur édaphique, Rendement des cultures, Facilitation, F40 - Écologie végétale, Interaction, media_common.quotation_subject, Acacia, Management, Monitoring, Policy and Law, Competition (biology), Culture en mélange, Botany, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Croissance, Nature and Landscape Conservation, Competition, Mixed-species plantations, 15. Life on land, biology.organism_classification, K10 - Production forestière, Agronomy, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Système de culture, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; The association of N-2-fixing species (NFS) could be an attractive option for achieving a sustainable increase of Eucalyptus plantations (EP) productivity through a positive balance between facilitative effects and competition between species. A randomised block design was replicated at four sites (Cenibra, USP, Suzano and IP) in Southern Brazil and at one site in Congo. The development of mono-specific stands of Acacia mangium (100A) and Eucalyptus grandis or urophylla x grandis (100E), was compared with N fertilisation treatment (100E + N) and with mixed-species plantations in a 1:1 ratio (50A:50E), and in an additive series with varying densities of acacia for the same density of eucalypt (25A:100E, 50A:100E, 100A:100E). The objectives were to assess the effect of mixtures on tree growth and stand production, and the behaviour of the two species in contrasting soil and climatic conditions. Tree growth was monitored over stand rotation and the biomass of aboveground tree components estimated at mid-rotation and at harvesting age. Eucalyptus height was 13% higher in Brazil than in Congo. Favourable ecological conditions in Congo and Cenibra led to 50% higher Acacia tree height than at the other sites. A depressive effect of Eucalyptus neighbour trees on Acacia height and circumference growth, lower in Congo than in Brazil, was observed in the mixtures from age 1-2 years onwards. Depressive effects of acacia on eucalypt height and circumference growth were low in USP, Suzano and IP, high in Cenibra, and not observed in Congo, in 50A:50E and 25A:100E. A positive though insignificant response to N fertilisation was only found in USP and Congo. Complementarity for light and soil resource capture between Eucalyptus and Acacia trees resulted in mean annual increments in total stand stemwood biomass (MAI) that were 7-15%, 6-12%, and 40% higher in the additive series than for 100E in Cenibra, LISP and Congo, respectively at mid-rotation. Whilst lasting complementarity and facilitation in Congo led to 17-34% higher MAI in mixtures than for 100E at harvesting age, MAIs were not significantly higher in mixtures than for 100E in Brazil. Mixed-species plantations of Eucalyptus and A. mangium might enhance aboveground stand production on poor nutrient soils in warm and humid tropical climates with low water limitations
Published: 2013
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19. Draft Genome Sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii, Two Species of the Ear Canal of Caprinae

Author: Claire Lemaitre, Pascal Sirand-Pugnet, Laurent-Xavier Nouvel, Lucia Manso-Silvan, Emilie Dordet-Frisoni, François Poumarat, François Thiaucourt, Patricia Thebault, Eric Baranowski, Marc Breton, Patrice Gaurivaud, Alain Blanchard, Florence Tardy, Virginie Dupuy, Carole Couture, Daniel J. Jacob, Macha Nikolski, Christine Citti, Sébastien Theil, Aurélien Barré, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Microbiologie (MIC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Financial support was provided by the EVOLMYCO project (ANR-07-GMGE-001) from ANR to A.B. (principal investigator [PI]), F. Thiaucourt (Co-PI), F.P. (Co-PI), and C.C. (Co-PI)., ANR-07-GMGE-0001,EVOLMYCO,Etude à grande échelle des génomes des mycoplasmes de ruminants : évolution et adaptation de bactéries minimales à des hôtes complexes(2007), Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne ( MEDIS ), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne ( UCA ), Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 ( UGSF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du fruit et pathologie ( BFP ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées ( Unité MIAJ ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Centre de Bioinformatique de Bordeaux ( CBIB ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA-D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes [Montpellier] ( CMAEE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR15, Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique ( LaBRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Génomique, développement et pouvoir pathogène ( GD2P ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement ( LMGE ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, and ANSES
Subjects: education, Biology, medicine.disease_cause, Genome, Microbiology, Caprinae, 03 medical and health sciences, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], otorhinolaryngologic diseases, Genetics, medicine, Prokaryotes, Ear canal, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Biology, health care economics and organizations, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Mycoplasma, Mycoplasma arginini, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Mycoplasma auris, 3. Good health, medicine.anatomical_structure, sense organs, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Mycoplasma yeatsii
Abstract: We report here the draft genome sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii , two species commonly isolated from the external ear canal of Caprinae .
Published: 2013
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20. Draft Genome Sequences of Mycoplasma alkalescens, Mycoplasma arginini, and Mycoplasma bovigenitalium, Three Species with Equivocal Pathogenic Status for Cattle

Author: Alain Blanchard, Lucia Manso-Silvan, Emilie Dordet-Frisoni, Daniel J. Jacob, François Poumarat, Christine Citti, Laurent-Xavier Nouvel, Pascal Sirand-Pugnet, Claire Lemaitre, Patricia Thebault, Aurélien Barré, Macha Nikolski, Patrice Gaurivaud, Marc Breton, François Thiaucourt, Sébastien Theil, Florence Tardy, Virginie Dupuy, Carole Couture, Eric Baranowski, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Unité de Microbiologie (MIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Financial support was provided by the EVOLMYCO project (ANR-07-GMGE-0001) from ANR to Alain Blanchard (Principal Investigator [PI]), François Thiaucourt (Co-PI), François Poumarat (Co-PI), and Christine Citti (Co-PI)., ANR-07-GMGE-0001,EVOLMYCO,Etude à grande échelle des génomes des mycoplasmes de ruminants : évolution et adaptation de bactéries minimales à des hôtes complexes(2007), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Lyon, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes [Montpellier] ( CMAEE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR15, ANSES, Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 ( UGSF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du fruit et pathologie ( BFP ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne ( MEDIS ), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne ( UCA ), INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées ( Unité MIAJ ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Centre de Bioinformatique de Bordeaux ( CBIB ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA-D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique ( LaBRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement ( LMGE ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génomique, développement et pouvoir pathogène ( GD2P ), and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: 0303 health sciences, 030306 microbiology, Biology, Mycoplasma arginini, L73 - Maladies des animaux, Genome, Virology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 3. Good health, Microbiology, 03 medical and health sciences, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Genetics, Prokaryotes, Mycoplasma bovigenitalium, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Biology, health care economics and organizations, 030304 developmental biology, Mycoplasma alkalescens
Abstract: We report here the draft genome sequences of Mycoplasma alkalescens , Mycoplasma arginini , and Mycoplasma bovigenitalium . These three species are regularly isolated from bovine clinical specimens, although their role in disease is unclear.
Published: 2013
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21. La résistance aux insecticides chez le puceron vert du pêcher

Author: Roy, Lyse, Fontaine, Séverine, Hullé, Maurice, Caddoux, Laëtitia, Brazier, Christine, Morignat, Eric, Micoud, Annie, Calavas, Didier, Simon, Jean-Christophe, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité Résistance aux Produits Phytosanitaires, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Epidémiologie et appui à la surveillance, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Lyon, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: pyréthrinoïde, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, pêcher, gène, Myzus persicae, insecticide, carbamate, résistance insecte, allèle, colza, néonicotinoïde, puceron vert
Abstract: Le puceron vert du pêcher (Myzus persicae) est un insecte polyphage, capable de coloniser plus de 400 espèces végétales sauvages ou cultivées dont le pêcher, le colza, la pomme de terre et la betterave. Il occasionne des dégâts directs qui peuvent diminuer les récoltes et les rendre impropres à la commercialisation.Mais, surtout, il peut transmettre de nombreux virus sur diverses cultures agricoles. Des phénomènes de résistance aux insecticides ont été clairement identifiés. Un enjeu important pour contrôler le puceron vert du pêcher (Myzus persicae) de manière plus efficace et plus respectueuse de l’environnement est de comprendre comment les résistances peuvent se propager.
Published: 2013

22. Complete Genome Sequence of Mycoplasma putrefaciens Strain 9231, One of the Agents of Contagious Agalactia in Goats

Author: Aurélien Barré, Alain Blanchard, Florence Tardy, Pascal Sirand-Pugnet, Daniel J. Jacob, Lucia Manso-Silvan, Christine Citti, Emilie Dordet-Frisoni, Patricia Thebault, Sébastien Theil, Patrice Gaurivaud, François Thiaucourt, Virginie Dupuy, Laurent-Xavier Nouvel, Carole Couture, François Poumarat, Macha Nikolski, Eric Baranowski, Claire Lemaitre, Marc Breton, INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Microbiologie (MIC), GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées ( Unité MIAJ ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Génomique, développement et pouvoir pathogène ( GD2P ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 ( UGSF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du fruit et pathologie ( BFP ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne ( MEDIS ), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne ( UCA ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Centre de Bioinformatique de Bordeaux ( CBIB ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA-D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes [Montpellier] ( CMAEE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR15, Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique ( LaBRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, ANSES, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement ( LMGE ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), The annotation of the genome was performed within the EVOLMYCO project, financed by the French national agency for research (ANR-07-GMGE-001)., and ANR-07-GMGE-0001,EVOLMYCO,Etude à grande échelle des génomes des mycoplasmes de ruminants : évolution et adaptation de bactéries minimales à des hôtes complexes(2007)
Subjects: Whole genome sequencing, Genetics, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Strain (biology), education, Biology, L73 - Maladies des animaux, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 3. Good health, Microbiology, 03 medical and health sciences, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Mycoplasma putrefaciens, Prokaryotes, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Biology, 030304 developmental biology
Abstract: Mycoplasma putrefaciens is one of the etiologic agents of contagious agalactia in goats. We report herein the complete genome sequence of Mycoplasma putrefaciens strain 9231.
Published: 2013
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23. Finishing bacterial genome assemblies with Mix

Author: Virginie Dupuy, Alexis Groppi, Florence Tardy, Christine Citti, Pascal Sirand-Pugnet, Hayssam Soueidan, Florence Maurier, Macha Nikolski, NKI-AVL, The National Cancer Institute, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Lyon, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Netherlands Cancer Institute, Centre de Bioinformatique de Bordeaux, Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). FRA., and Nikolski, Macha
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Sequence assembly, Bacterial genome size, Biology, computer.software_genre, Genome, Biochemistry, Market fragmentation, 03 medical and health sciences, Mycoplasma, Structural Biology, Software Design, génome bactérien, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, computer.programming_language, H20 - Maladies des plantes, 0303 health sciences, Contig, 030306 microbiology, business.industry, qualité, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Applied Mathematics, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Sequence Analysis, DNA, Python (programming language), [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Biotechnology, Computer Science Applications, séquence du génome, Proceedings, Graph (abstract data type), Data mining, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, computer, Algorithms, Genome, Bacterial, Reference genome
Abstract: Among challenges that hamper reaping the benefits of genome assembly are both unfinished assemblies and the ensuing experimental costs. First, numerous software solutions for genome de novo assembly are available, each having its advantages and drawbacks, without clear guidelines as to how to choose among them. Second, these solutions produce draft assemblies that often require a resource intensive finishing phase. In this paper we address these two aspects by developing Mix , a tool that mixes two or more draft assemblies, without relying on a reference genome and having the goal to reduce contig fragmentation and thus speed-up genome finishing. The proposed algorithm builds an extension graph where vertices represent extremities of contigs and edges represent existing alignments between these extremities. These alignment edges are used for contig extension. The resulting output assembly corresponds to a set of paths in the extension graph that maximizes the cumulative contig length. We evaluate the performance of Mix on bacterial NGS data from the GAGE-B study and apply it to newly sequenced Mycoplasma genomes. Resulting final assemblies demonstrate a significant improvement in the overall assembly quality. In particular, Mix is consistent by providing better overall quality results even when the choice is guided solely by standard assembly statistics, as is the case for de novo projects. Mix is implemented in Python and is available at https://github.com/cbib/MIX , novel data for our Mycoplasma study is available at http://services.cbib.u-bordeaux2.fr/mix/ .
Published: 2013
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24. Caracterization of the functions encoded by conjugative and integrative elements (ICE) integrated in a gene encoding a tRNA lys in streptococcus agalactiae : role in the maintenance of ICE, adaptation and virulence

Author: Chuzeville, Sarah, Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Lorraine, Sophie Payaot-Lacroix, Jean-Yves Madec, UL, Thèses, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and Laboratoire de Lyon
Subjects: Virulence, Mobile genetic elements, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Îlots génomiques, Transfert génétique, Éléments génétiques mobiles, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Bacterial adhesion, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Gene transfer, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Adhésion bactérienne, Streptococcus agalactiae
Abstract: Horizontal gene transfer is a rapid mechanism of evolution. Integrative and conjugative elements (ICEs) are genomic islands which can transfer by conjugation to recipient bacteria. Streptococcus agalactiae is a human and animal opportunistic pathogen that is responsible for major health and economic problems. Studies revealed the presence of numerous ICEs in S. agalactiae, in particular at the 3' end of a tRNALys encoding gene. The functionality of the element present in strain S. agalactiae 515 was demonstrated and was thus chosen as a model for this study. This work focused on the characterization of adaptive and virulence functions encoded by ICE_515_tRNALys and their transfer to other species. Results indicated that this ICE confers adhesion properties to host, increases biofilm formation and may be involved in cell aggregation. A new protein belonging to the antigens I/II family is involved in fibronectin binding and contributes to the biofilm phenotype. In addition, a new co-hemolytic CAMP factor encoded by ICE_515_tRNALys, which could be involved in virulence and bacterial survival, was identified and characterized. These virulence factors are functional in other bacterial species. This work also revealed the prevalence and evolutionary dynamics of ICE belonging to the family of ICE_515_tRNALys and adaptive functions encoded by these elements in several species of streptococci. In conclusion, ICEs of the ICE_515_tRNALys family represent vectors of phenotypic features important for virulence and survival in streptococci, Le transfert horizontal participe à l'évolution rapide des génomes bactériens. Les éléments intégratifs et conjugatifs (ICE) sont des îlots génomiques capables de se transférer par conjugaison vers une bactérie receveuse. Streptococcus agalactiae est une bactérie pathogène opportuniste qui est à l'origine de problèmes sanitaires et économiques majeurs. Des études ont révélé la présence de nombreux ICE chez cette espèce, notamment à l'extrémité 3' d'un gène codant un ARNtLys. La fonctionnalité de l'ICE intégré à ce locus chez la souche 515 de S. agalactiae a été démontrée. Les fonctions véhiculées par ICE_515_tRNALys et pouvant conférer un avantage adaptatif ont été caractérisées et leur transfert vers d'autres espèces a été évalué. Les résultats ont montré que l'ICE confère à S. agalactiae des propriétés d'adhésion à l'hôte et de formation de biofilm et pourrait être impliqué dans l'agrégation cellulaire. Un antigène I/II codé par l'ICE est impliqué dans des phénotypes d'adhésion. De plus, un nouveau facteur co-hémolytique de type CAMP, codé par l'ICE et qui pourrait être impliqué dans la virulence et la survie des souches, a été caractérisé. La fonctionnalité de ces facteurs de virulence chez des espèces bactériennes pathogènes et non pathogènes a été établie. Les travaux ont également révélé la prévalence et la dynamique évolutive des ICE appartenant à la famille d'ICE_515_tRNALys et des fonctions adaptatives codées par ces éléments chez plusieurs espèces de streptocoques. En conclusion, les ICE de la famille d'ICE_515_tRNALys représentent des vecteurs de traits phénotypiques importants pour la virulence et la survie chez les streptocoques
Published: 2012

25. Assessment of the utility of routinely collected cattle census and disposal data for syndromic surveillance

Author: Didier Calavas, Jean-Baptiste Perrin, Eric Morignat, Jean-Luc Vinard, Pascal Hendrikx, Christian Ducrot, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'études et de recherches en pathologie bovine et hygiène des viandes, AFSSA, Laboratoire de Lyon, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), Laboratoire de Lyon [ANSES], Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire, de l'Alimentation, de l'environnement et du Travail ( ANSES ), ANSES, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale ( UEA ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: Blue tongue, Male, MESH : Retrospective Studies, MESH: Registries, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], MESH : Statistics as Topic, Statistics as Topic, computer.software_genre, MESH: Risk Assessment, Disease Outbreaks, 0403 veterinary science, CENSUS DATA, Food Animals, MESH : Cattle, Epidemiology, MESH : Population Surveillance, MESH: Cattle Diseases, MESH : Female, MESH: Animals, MESH: Data Collection, Registries, MESH : Risk Assessment, MESH: Disease Outbreaks, education.field_of_study, Data Collection, 04 agricultural and veterinary sciences, Census, MESH : Bluetongue, MESH: Cattle, Unexpected events, Population Surveillance, MESH: Sentinel Surveillance, Anomaly detection, Christian ministry, Female, Medical emergency, Data mining, France, MESH : Data Collection, medicine.medical_specialty, MESH : Sentinel Surveillance, SYNDROMIC SURVEILLANCE, 040301 veterinary sciences, MESH : Male, Population, Cattle Diseases, Population health, Bluetongue, Risk Assessment, MESH: Population Surveillance, cvg.developer, medicine, Animals, MESH : Disease Outbreaks, MESH: Bluetongue, cvg, education, MESH : France, MESH: Statistics as Topic, Retrospective Studies, MESH : Cattle Diseases, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], MORTALITY, 0402 animal and dairy science, MESH: Retrospective Studies, medicine.disease, 040201 dairy & animal science, MESH: Male, MESH: France, Animal Science and Zoology, Cattle, MESH : Animals, computer, Sentinel Surveillance, MESH: Female, MESH : Registries
Abstract: International audience; Census and disposal data provide a multipurpose source of information on cattle mortality. The retrospective analyses we conducted on the data gathered in the National Cattle Register produced relevant information for describing and modelling the cattle mortality baseline and evaluating the impact of the 2007-2008 Blue Tongue epidemic on the French cattle population. This work was conducted retrospectively but showed that monitoring cattle mortality near real time could help detecting unexpected events. We are thus currently working on a timely and automated system to monitor cadaver disposal requests received by rendering plants, thanks to a data interchange system recently implemented between the Ministry of Agriculture and the fallen stock companies. Besides technical and methodological challenges, using these data for surveillance purposes raises epidemiological questions that still need to be answered. The question remains notably as to whether an abnormal increased mortality is a sensitive and timely signal for detecting unexpected health events. It appears also very challenging to identify the most adequate surveillance scale (time, space and population) and the most adequate anomaly detection algorithms to apply when the characteristics of the signals to be detected (shape, amplitude, etc.) are not known a priori. In Human health, similar systems have not yet proven their ability to detect unexpected events earlier than classical surveillance systems currently in place, but they have already demonstrated their value for real time assessment of identified and potentially dangerous events. Combined with traditional surveillance systems, we think that monitoring routinely collected data could improve the surveillance of the animal population health. Even if not used for detection purposes, cattle mortality monitoring could be used to rapidly produce information on the impact and evolution of identified events, what would facilitate decision-making regarding management measures and improve the communication.
Published: 2012
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26. Characterization of a new CAMP factor carried by an integrative and conjugative element in Streptococcus agalactiae and spreading in Streptococci

Author: Chuzeville, Sarah, Puymège, Aurore, Madec, Jean-Yves, Haenni, Marisa, Payot, Sophie, Laboratoire de génétique et microbiologie (LGM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP), Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence Nationale de la Securite Sanitaire de l'alimentation, de l'Environnement et du travail (ANSES), and Laboratoire de Lyon [ANSES]
Subjects: Science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Veterinary Microbiology, Molecular Sequence Data, Gene Identification and Analysis, Gene Expression, Microbiology, Hemolysis, Streptococcus agalactiae, Molecular Genetics, DNA transposons, Hemolysin Proteins, Molecular cell biology, Bacterial Proteins, Gene Order, Genetics, Animals, Humans, Amino Acid Sequence, Biology, Phylogeny, Bacterial Evolution, Streptococci, Streptococcus, Bacteriology, Bacterial Pathogens, Conjugation, Genetic, Microbial Evolution, DNA Transposable Elements, RNA, Transfer, Lys, Medicine, Veterinary Science, Gene Function, Transposons, Sequence Alignment, Research Article
Abstract: Genetic exchanges between Streptococci occur frequently and contribute to their genome diversification. Most of sequenced streptococcal genomes carry multiple mobile genetic elements including Integrative and Conjugative Elements (ICEs) that play a major role in these horizontal gene transfers. In addition to genes involved in their mobility and regulation, ICEs also carry genes that can confer selective advantages to bacteria. Numerous elements have been described in S. agalactiae especially those integrated at the 3' end of a tRNA(Lys) encoding gene. In strain 515 of S. agalactiae, an invasive neonate human pathogen, the ICE (called 515_tRNA(Lys)) is functional and carries different putative virulence genes including one encoding a putative new CAMP factor in addition to the one previously described. This work demonstrated the functionality of this CAMP factor (CAMP factor II) in Lactococcus lactis but also in pathogenic strains of veterinary origin. The search for co-hemolytic factors in a collection of field strains revealed their presence in S. uberis, S. dysgalactiae, but also for the first time in S. equisimilis and S. bovis. Sequencing of these genes revealed the prevalence of a species-specific factor in S. uberis strains (Uberis factor) and the presence of a CAMP factor II encoding gene in S. bovis and S. equisimilis. Furthermore, most of the CAMP factor II positive strains also carried an element integrated in the tRNA(Lys) gene. This work thus describes a CAMP factor that is carried by a mobile genetic element and has spread to different streptococcal species. Citation: Chuzeville S, Puymege A, Madec J-Y, Haenni M, Payot S (2012) Characterization of a New CAMP Factor Carried by an Integrative and Conjugative Element in Streptococcus agalactiae and Spreading in Streptococci. PLoS ONE 7(11): e48918. doi:10.1371/journal.pone.0048918
Published: 2012
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27. Why did bluetongue spread the way it did? Environmental factors influencing the velocity of bluetongue virus serotype 8 epizootic wave in France

Author: Maryline Pioz, Benoit Durand, David Abrial, Laurent Crespin, Christian Ducrot, Hélène Guis, Didier Calavas, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'études et de recherches en pathologie bovine et hygiène des viandes, Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), AFSSA, Laboratoire de Lyon, Unité d'épidémiologie animale, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
Subjects: Spatial Epidemiology, Epidemiology, Rain, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Population Modeling, Disease, L73 - Maladies des animaux, Facteur climatique, Extreme temperature, MESH: Bluetongue virus, 0403 veterinary science, High elevation, MESH: Cattle Diseases, MESH: Animals, lcsh:Science, Epidemiological Methods, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Multidisciplinary, Ecology, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Altitude, 04 agricultural and veterinary sciences, Facteur du milieu, Climat tempéré, 3. Good health, Épidémiologie, MESH: Cattle, Veterinary Diseases, Veterinary medicine and animal Health, France, Fièvre catarrhale du mouton, Modèle mathématique, Research Article, Bétail, MESH: Ecology, 040301 veterinary sciences, Animal Types, Cattle Diseases, MESH: Insect Vectors, Large Animals, Biology, Bluetongue, Infectious Disease Epidemiology, Veterinary Epidemiology, 03 medical and health sciences, Virus bluetongue, medicine, Animals, Bluetongue virus serotype, MESH: Bluetongue, Epizootic, Transmission des maladies, 030304 developmental biology, Bovin, Population Biology, lcsh:R, Computational Biology, Veterinary Virology, Méthode d'élevage, medicine.disease, Insect Vectors, MESH: France, Médecine vétérinaire et santé animal, Infectious disease (medical specialty), Vector (epidemiology), lcsh:Q, Cattle, Veterinary Science, MESH: Rain, Clinical case, Infectious Disease Modeling, Bluetongue virus
Abstract: International audience; Understanding where and how fast an infectious disease will spread during an epidemic is critical for its control. However, the task is a challenging one as numerous factors may interact and drive the spread of a disease, specifically when vector-borne diseases are involved. We advocate the use of simultaneous autoregressive models to identify environmental features that significantly impact the velocity of disease spread. We illustrate this approach by exploring several environmental factors influencing the velocity of bluetongue (BT) spread in France during the 2007-2008 epizootic wave to determine which ones were the most important drivers. We used velocities of BT spread estimated in 4,495 municipalities and tested sixteen covariates defining five thematic groups of related variables: elevation, meteorological-related variables, landscape-related variables, host availability, and vaccination. We found that ecological factors associated with vector abundance and activity (elevation and meteorological-related variables), as well as with host availability, were important drivers of the spread of the disease. Specifically, the disease spread more slowly in areas with high elevation and when heavy rainfall associated with extreme temperature events occurred one or two months prior to the first clinical case. Moreover, the density of dairy cattle was correlated negatively with the velocity of BT spread. These findings add substantially to our understanding of BT spread in a temperate climate. Finally, the approach presented in this paper can be used with other infectious diseases, and provides a powerful tool to identify environmental features driving the velocity of disease spread.
Published: 2012
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28. A novel substitution matrix fitted to the compositional bias in Mollicutes improves the prediction of homologous relationships

Author: François Thiaucourt, Aurélien Barré, Florence Tardy, Pascal Sirand-Pugnet, Claire Lemaitre, Patricia Thebault, Christine Citti, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), This work was funded by the French project ANR EVOLMYCO (ANR-07-GMGE-001). We thank two anonymous reviewers for helpful remarks on the manuscript., Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Lemaître, Claire
Subjects: biochemistry and molecular biology, substitution matrix, Protéine microbienne, Biochemistry, Genome, Matrix (mathematics), Structural Biology, lcsh:QH301-705.5, Genetics, 0303 health sciences, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Applied Mathematics, 030302 biochemistry & molecular biology, 000 - Autres thèmes, BLOSUM, Genomics, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Computer Science Applications, acide aminé, Bio-informatique, lcsh:R858-859.7, L72 - Organismes nuisibles des animaux, Modèle mathématique, Research Article, Bioinformatics, Computational biology, Biology, lcsh:Computer applications to medicine. Medical informatics, Substitution matrix, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], matrice de substitution, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Comparative genomics, Bacteria, Sequence Homology, Amino Acid, Substitution (logic), mathematical and computational biology, Protein superfamily, mollicutes, orthologous predictions, biotechnology and applied microbiology, lcsh:Biology (General), [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Software, Tenericutes
Abstract: Background Substitution matrices are key parameters for the alignment of two protein sequences, and consequently for most comparative genomics studies. The composition of biological sequences can vary importantly between species and groups of species, and classical matrices such as those in the BLOSUM series fail to accurately estimate alignment scores and statistical significance with sequences sharing marked compositional biases. Results We present a general and simple methodology to build matrices that are especially fitted to the compositional bias of proteins. Our approach is inspired from the one used to build the BLOSUM matrices and is based on learning substitution and amino acid frequencies on real sequences with the corresponding compositional bias. We applied it to the large scale comparison of Mollicute AT-rich genomes. The new matrix, MOLLI60, was used to predict pairwise orthology relationships, as well as homolog families among 24 Mollicute genomes. We show that this new matrix enables to better discriminate between true and false orthologs and improves the clustering of homologous proteins, with respect to the use of the classical matrix BLOSUM62. Conclusions We show in this paper that well-fitted matrices can improve the predictions of orthologous and homologous relationships among proteins with a similar compositional bias. With the ever-increasing number of sequenced genomes, our approach could prove valuable in numerous comparative studies focusing on atypical genomes.
Published: 2011
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29. Intranasal Exposure to Rift Valley Fever Virus Live-Attenuated Strains Leads to High Mortality Rate in Immunocompetent Mice

Author: Sandra Lacote, Carole Tamietti, Mehdi Chabert, Marie-Pierre Confort, Laurine Conquet, Coralie Pulido, Noémie Aurine, Camille Baquerre, Adrien Thiesson, Bertrand Pain, Marcelo De Las Heras, Marie Flamand, Xavier Montagutelli, Philippe Marianneau, Maxime Ratinier, Frédérick Arnaud, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Infections Virales et Pathologie Comparée - UMR 754 (IVPC), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique de la souris - Mouse Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut cellule souche et cerveau / Stem Cell and Brain Research Institute (SBRI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Zaragoza - Universidad de Zaragoza [Zaragoza], This study was funded by the Metaprogram FORESEE of the INRAe, the Ecole Pratique des Hautes Etudes, the Institut National de la Recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, the University of Lyon 1 and the French Government’s Investissement d’Avenir programme, Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (grant n◦ANR-10-LABX-62-IBEID)., and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)
Subjects: Rift Valley Fever, Viral Vaccines, Rift Valley fever virus, Vaccines, Attenuated, Mice, Infectious Diseases, attenuated vaccine strains, intranasal exposure, pathogenicity, Virology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Africa, Humans, Animals
Abstract: We acknowledge the contribution of the BSL3 of SFR BioSciences Gerland Lyon Sud (UMS3444/US8). We thank the C2RA Animal Facility staff and the Histology Platform of the Institut Pasteur, particularly Magali Tichit and David Hardy. We thank Benjamin Brennan (MRC- University of Glasgow Centre for Virus Research, Glasgow, UK) and Odile Boespflug-Tanguy (AP-HP, National Reference Center for Leukodystrophies, Paris, France) for, respectively, providing us with anti-N RVFV antibody and Human embryonic fibroblasts.; International audience; Rift Valley fever virus (RVFV) is a pathogenic arthropod-borne virus that can cause serious illness in both ruminants and humans. The virus can be transmitted by an arthropod bite or contact with contaminated fluids or tissues. Two live-attenuated veterinary vaccines—the Smithburn (SB) and Clone 13 (Cl.13)—are currently used during epizootic events in Africa. However, their residual pathogenicity (i.e., SB) or potential of reversion (i.e., Cl.13) causes important adverse effects, strongly limiting their use in the field. In this study, we infected immunocompetent mice with SB or Cl.13 by a subcutaneous or an intranasal inoculation. Interestingly, we found that, unlike the subcutaneous infection, the intranasal inoculation led to a high mortality rate. In addition, we detected high titers and viral N antigen levels in the brain of both the SB- and Cl.13-infected mice. Overall, we unveil a clear correlation between the pathogenicity and the route of administration of both SB and Cl.13, with the intranasal inoculation leading to a stronger neurovirulence and higher mortality rate than the subcutaneous infection.
Published: 2022
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30. Coxiella burnetii within- and between-herd true seroprevalence assessment in domestic ruminants in France accounting for diagnostic uncertainty with latent class

Author: Lurier, T., Rousset, Elodie, Sala, Carole, Gache, Kristel, Delignette-Muller, Marie Laure, Jourdain, Elsa, Ayral, Florence, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Sophia Antipolis, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Fièvre Animale Q (Fièvre Q), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Epidémiologie et Appui à la Surveillance (EAS), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Fédération nationale des Groupements de Défense Sanitaire (GDS France), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), American Rickettsia Society, European Society for Chlamydia Research, and European Society on intracellular bacteria (ESCCAR)
Subjects: Q fever Coxiella burnetii, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie
Abstract: International audience
Published: 2022

31. Emerging and re-emerging animal viruses. Foreword

Author: Michel PEPIN, Tordo, N., VetAgro Sup ( VAS ), Laboratoire de Lyon, ANSES, Stratégies Antivirales, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: MESH: Humans, MESH : Humans, MESH : Virus Diseases, MESH : Zoonoses, MESH: Virus Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, MESH : Communicable Diseases, Emerging, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, MESH: Species Specificity, MESH : Species Specificity, MESH: Animals, MESH: Communicable Diseases, Emerging, MESH : Animals, MESH: Zoonoses, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; No abstract
Published: 2010
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32. Methodological approach for substantiating disease freedom in a heterogeneous small population. Application to ovine scrapie, a disease with a strong genetic susceptibility

Author: Didier Calavas, Christian Ducrot, Marie-José Martinez, Benoit Durand, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modelling and Inference of Complex and Structured Stochastic Systems (MISTIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Jean Kuntzmann (LJK), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG), Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Lyon [ANSES], and Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Male, 040301 veterinary sciences, MESH: Probability, Population, MESH: Sheep, Scrapie, Biology, MESH: Risk Assessment, Risk Assessment, Statistical power, 0403 veterinary science, POPULATION HETEROGENEITY, 03 medical and health sciences, DISEASE FREEDOM, Food Animals, HYPERGEOMETRIC DISTRIBUTION, Statistics, Prevalence, Genetic predisposition, Animals, Genetic Predisposition to Disease, MESH: Animals, education, MESH: Prevalence, Probability, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, education.field_of_study, Sheep, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, MESH: Genetic Predisposition to Disease, Sampling (statistics), 04 agricultural and veterinary sciences, Confidence interval, Hypergeometric distribution, MESH: Male, Relative risk, MESH: Scrapie, MESH: Sentinel Surveillance, Female, Animal Science and Zoology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Sentinel Surveillance, MESH: Female, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME]
Abstract: International audience; Demonstrating disease freedom is becoming important in different fields including animal disease control. Most methods consider sampling only from a homogeneous population in which each animal has the same probability of becoming infected. In this paper, we propose a new methodology to calculate the probability of detecting the disease if it is present in a heterogeneous population of small size with potentially different risk groups, differences in risk being defined using relative risks. To calculate this probability, for each possible arrangement of the infected animals in the different groups, the probability that all the animals tested are test-negative given this arrangement is multiplied by the probability that this arrangement occurs. The probability formula is developed using the assumption of a perfect test and hypergeometric sampling for finite small size populations. The methodology is applied to scrapie, a disease affecting small ruminants and characterized in sheep by a strong genetic susceptibility defining different risk groups. It illustrates that the genotypes of the tested animals influence heavily the confidence level of detecting scrapie. The results present the statistical power for substantiating disease freedom in a small heterogeneous population as a function of the design prevalence, the structure of the sample tested, the structure of the herd and the associated relative risks.
Published: 2010
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33. Modelling BSE trend over time in Europe, a risk assessment perspective

Author: Mirosław P. Polak, Alpine De Koeijer, Hazel Sheridan, Didier Calavas, Claude Saegerman, Giuseppe Ru, Christian Ducrot, Carole Sala, Thomas Selhorst, Mark Arnold, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), CEA, Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Piemonte, Animal Sciences Group, Divison of Infectious diseases, Department of Agriculture Fisheries and Food, Department of agriculture, Department of Infectious and Parasitic Diseases (University Liege), Université de Liège, Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), Computer Science & Engineering Department (CSE), Lehigh University [Bethlehem], Department of virology (NVRI), NVRI, INRA, UR346 Epidémiologie Animale, AFSSA Lyon, Unité Epidémiologie, IZSPLVA, Italian Reference Centre for Animal TSE, CVI, Veterinary Epidemiology and Modelling, Department of Agriculture, Fisheries and Food, Department of Infectious and Parasitic Diseases, Epidemiology and Risk Analysis Applied to Veterinary Sciences, Institute of Epidemiology (IfE), VLA Sutton Bonington, Department of Virology, AFSSA Lyon, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), National Veterinary Research Institute [Pulawy, Pologne] (NVRI), and Laboratoire de Lyon [ANSES]
Subjects: Veterinary medicine, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, Creutzfeldt-Jakob Syndrome, Age period cohort model, epidemic, Disease Outbreaks, Diagnostics & Crisis Organization, Cohort Studies, 0403 veterinary science, Zoonoses, Risk assessment, media_common, 0303 health sciences, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], Diagnostiek & Crisisorganisatie, transmission, food and beverages, 04 agricultural and veterinary sciences, dynamics, Risk factor (computing), cohort analysis, Basic reproduction number, Meat and bone meal, 3. Good health, Encephalopathy, Bovine Spongiform, Europe, Population Surveillance, switzerland, medicine.medical_specialty, 040301 veterinary sciences, Bovine spongiform encephalopathy, Context (language use), Models, Biological, 03 medical and health sciences, age-period, Environmental health, mental disorders, medicine, Animals, Humans, media_common.cataloged_instance, European Union, European union, bovine spongiform encephalopathy, 030304 developmental biology, great-britain, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, business.industry, medicine.disease, infection, nervous system diseases, Prevention and control, Logistic Models, cattle, WIAS, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business
Abstract: International audience; BSE is a zoonotic disease that caused the emergence of variant Creuzfeldt-Jakob disease in the mid 1990s. The trend of the BSE epidemic in seven European countries was assessed and compared, using Age-Period-Cohort and Reproduction Ratio modelling applied to surveillance data 2001-2007. A strong decline in BSE risk was observed for all countries that applied control measures during the 1990s, starting at different points in time in the different countries. Results were compared with the type and date of the BSE control measures implemented between 1990 and 2001 in each country. Results show that a ban on the feeding of meat and bone meal (MBM) to cattle alone was not sufficient to eliminate BSE. The fading out of the epidemic started shortly after the complementary measures targeted at controlling the risk in MBM. Given the long incubation period, it is still too early to estimate the additional effect of the ban on the feeding of animal protein to all farm animals that started in 2001. These results provide new insights in the risk assessment of BSE for cattle and Humans, which will especially be useful in the context of possible relaxing BSE surveillance and control measures.
Published: 2010
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34. La visite sanitaire bovine : un dispositif à valoriser

Author: Calavas , Didier, Fediaevsky , Alexandre, Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Lyon [ANSES], Unité de Recherches sur les Herbivores (URH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANSES, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), and VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: réseau surveillance épidémiologique, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [ SDV.BA.MVSA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health
Abstract: La visite sanitaire bovine (VSB) mise en place en 2005 correspond de facto à un réseau de surveillance épidémiologique des élevages de bovins reposant sur les vétérinaires sanitaires.
Published: 2010

35. Diversity and Mobility of Integrative and Conjugative Elements in Bovine Isolates of Streptococcus agalactiae, S. dysgalactiae subsp dysgalactiae, and S. uberis

Author: Haenni, Marisa, Saras, Estelle, Bertin, Stephane, Leblond, Pierre, Madec, Jean-Yves, Payot, Sophie, Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de génétique et microbiologie (LGM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP), Agence Nationale de Securite Sanitaire (Anses), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) [AIP 297 INRA/AFSSA], and Laboratoire de Lyon [ANSES]
Subjects: Genotype, [SDV]Life Sciences [q-bio], Genetics and Molecular Biology, ENTEROCOCCUS-FAECALIS, ERYTHROMYCIN RESISTANCE, GROUP-B STREPTOCOCCUS, RESISTANCE GENE TET(S), Streptococcal Infections, Drug Resistance, Bacterial, FIELD GEL-ELECTROPHORESIS, Animals, Lincosamides, STAPHYLOCOCCUS-AUREUS, ANTIMICROBIAL RESISTANCE, Genetic Variation, Streptococcus, LINCOSAMIDE RESISTANCE, ANTIBIOTIC-RESISTANCE, Tetracycline, DNA Fingerprinting, Anti-Bacterial Agents, Electrophoresis, Gel, Pulsed-Field, Interspersed Repetitive Sequences, RNA, Bacterial, Genes, Bacterial, RNA, Transfer, Lys, Cattle, Macrolides, MULTIPLEX PCR, Multilocus Sequence Typing
Abstract: Bovine isolates of Streptococcus agalactiae (n = 76), Streptococcus dysgalactiae subsp. dysgalactiae (n = 32), and Streptococcus uberis (n = 101) were analyzed for the presence of different integrative and conjugative elements (ICEs) and their association with macrolide, lincosamide, and tetracycline resistance. The diversity of the isolates included in this study was demonstrated by multilocus sequence typing for S. agalactiae and pulsed-field gel electrophoresis for S. dysgalactiae and S. uberis. Most of the erythromycin-resistant strains carry an ermB gene. Five strains of S. uberis that are resistant to lincomycin but susceptible to erythromycin carry the lin(B) gene, and one has both linB and lnuD genes. In contrast to S. uberis, most of the S. agalactiae and S. dysgalactiae tetracycline-resistant isolates carry a tet(M) gene. A tet(S) gene was also detected in the three species. A Tn916-related element was detected in 30 to 50% of the tetracycline-resistant strains in the three species. Tetracycline resistance was successfully transferred by conjugation to an S. agalactiae strain. Most of the isolates carry an ICE integrated in the rplL gene. In addition, half of the S. agalactiae isolates have an ICE integrated in a tRNA lysine (tRNA(Lys)) gene. Such an element is also present in 20% of the isolates of S. dysgalactiae and S. uberis. A circular form of these ICEs was detected in all of the isolates tested, indicating that these genetic elements are mobile. These ICEs could thus also be a vehicle for horizontal gene transfer between streptococci of animal and/or human origin.
Published: 2010
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36. Recrudescence de la tordeuse orientale

Author: Siegwart, Myriam, Coupard, Hélène, Mottet, Claire, Sauphanor, Benoît, INRA, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station expérimentale La Pugère, Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), ProdInra, Migration, Station expérimentale de la Pugère, Laboratoire de Lyon, and Martin, Evelyne
Subjects: CYDIA MOLESTA, TORDEUSE ORIENTALE, PECHER, RESITANCE AUX INSECTICIDES, BIOLOGIE, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, LUTTE ALTERNATIVE, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: National audience; Depuis 2003 en France, le contrôle des populations de tordeuse orientale du pêcher (C. molesta) devient globalement plus difficile. Parallèlement à cela, ceTortricide est en pleine recrudescence en vergers de fruits à pépins. Nous proposons donc ici une synthèse sur la biologie de cet insecte préoccupant. En outre, il semble que la lutte chimique contre ce ravageur commence à montrer des signes de faiblesse, comme en attestent des premiers cas de résistance à la deltamétrine. Cet article est complété par un aperçu de méthodes de protection altematives (confusion sexuelle, filets et nématodes).
Published: 2009

37. Tavelure du pommier sa résistance aux strobilurines en France - Tests biologiques et moléculaires 2004-2006

Author: Florent Remuson, Séverine Fontaine, Annie Micoud, Laurence Fraissinet-Tachet, Roland Marmeisse, Delphine Melayah, Laboratoire de Lyon, ANSES, Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Martin, Evelyne, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: [ SDV.BV.PEP ] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Tavelure du pommier, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.MP.MYC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, test in vitro, tests PCR, strobilumines, résistance, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, [ SDV.MP.MYC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Abstract: National audience; Dans la lutte chimique contre la tavelure, il est essentiel de savoir si l'agent de la maladie présente une résistance à certains des fongicides utilisés. D'où la surveillance évoquée dans cet article
Published: 2007

38. Is the French SIRE equine information system a good basis for surveillance and epidemiological research? Quality assessment using two surveys

Author: David Garon, Aurelie Merlin, Carole Sala, Mathilde Dhollande, Xavier Dornier, Mathilde Saussac, J. Tapprest, Halifa Farchati, Aliments Bioprocédés Toxicologie Environnements (ABTE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), ANSES, Laboratoire de Santé Animale - site de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Lyon [ANSES], Institut Français du Cheval et de L'équitation (IFCE), and We are grateful to the French Agency for Food, Environmental and Occupational Health & Safety (ANSES), to the French horse and riding institute (IFCE) and the Fonds Eperon, for their financial support and for providing access to data.
Subjects: medicine.medical_specialty, Databases, Factual, Epidemiology, 040301 veterinary sciences, media_common.quotation_subject, Population, Keeper, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, Owner, Surveys and Questionnaires, Environmental health, Information system, medicine, Animals, Research quality, Quality (business), Horses, education, health care economics and organizations, 030304 developmental biology, media_common, 0303 health sciences, education.field_of_study, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Veterinary, Equine, Ownership, Sire, Data quality, Traceability, 04 agricultural and veterinary sciences, Europe, Vital Statistics, Centralized database, Geography, Epidemiological Monitoring, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France
Abstract: International audience; Accurate demographic knowledge of the equine population is needed to assess and model equine health events. France is one of the few European countries with an operational centralized database (SIRE) recording individual data on all declared equines living in France and on their owners and keepers. Our study aimed to assess SIRE database quality concerning the updating of information by equine owners and keepers with a view to its improvement and use in surveillance and research. Two online surveys were conducted with the participation of 6244 registered keepers and 13,869 owners. Results showed some inconsistencies between SIRE records and survey responses. The inconsistency rate for equines whose castration and death were not registered in the database was 28.7% and 5.9% respectively. Concerning owners, 11% of respondents did not own the reference equine selected considered by the survey, 33% had changed address without updating it in the SIRE. Concerning premises hosting equines, the keeper survey's inconsistency rate was 7.3%, of which 57 respondents had closed and 32 had opened premises without reporting it. Comparatively, the owner survey's inconsistency rate was 40.7% including respondents who owned and hosted an equine without reporting these equine premises, and owners who did not keep any equines on their premises. In conclusion, the SIRE database proved to be a valuable and reliable source for epidemiological research as long as some bias is taken into account. On the contrary, its use in surveillance is currently limited due some shortcomings in updating and/or reporting by owners and keepers.
Published: 2021
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39. High Prevalence of Klebsiella pneumoniae in European Food Products: a Multicentric Study Comparing Culture and Molecular Detection Methods

Author: Dearbháile Morris, Gabriella Centorotola, Pascal Piveteau, Carla Rodrigues, Alessandra Cornacchia, Sylvain Brisse, Marisa Haenni, Niamh Cahill, Kathrin Hauser, Francesco Pomilio, Elodie Barbier, Eva Møller Nielsen, Malgorzata Ligowska-Marzeta, Raquel Garcia Fierro, Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Austrian Agency for Health and Food Safety (AGES), National University of Ireland [Galway] (NUI Galway), Statens Serum Institut [Copenhagen], Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise Guiseppe Caporale (IZSAM), Partenaires INRAE, Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes (AVB), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), This work was supported financially by the MedVetKlebs project, a component of European Joint Program One Health EJP, which has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement no. 773830. C.R. was also financed by a Roux-Cantarini grant from Institut Pasteur.This research was funded, in whole or in part, by Institut Pasteur and by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program. For the purpose of open access, the authors have applied a CC-BY public copyright license to any author manuscript version arising from this submission., We thank James Bray and Keith Jolley for technical assistance with genomic assemblies of KpSC isolates from Ireland. We thank the Institut Pasteur teams for the curation and maintenance of BIGSdb-Pasteur databases at http://bigsdb.pasteur.fr/., and European Project: 773830, H2020-SFS-2017-1 ,One Health EJP(2018)
Subjects: Microbiology (medical), Veterinary medicine, antibiotic resistance, Meat, Genotype, Physiology, Klebsiella pneumoniae, [SDV]Life Sciences [q-bio], Food Contamination, Microbial Sensitivity Tests, beta-Lactamases, Foodborne Diseases, chemistry.chemical_compound, Bacterial Proteins, Drug Resistance, Multiple, Bacterial, Genetics, culture methods, genomics, Prevalence, Animals, Humans, Colonization, One Health, Phylogeny, Genetic diversity, High prevalence, General Immunology and Microbiology, Ecology, biology, transmission, Genetic Variation, Cell Biology, Simmons' citrate agar, biology.organism_classification, food sector, Anti-Bacterial Agents, Klebsiella Infections, Europe, Food sector, Infectious Diseases, chemistry, Food products, Klebsiella pneumoniae, food sector, transmission, chicken meat, salads, antibiotic resistance, One Health, genomics, surveillance, culture methods, surveillance, Salads, chicken meat, Chickens
Abstract: Klebsiella pneumoniae species complex (KpSC) is a leading cause of multidrug-resistant human infections. To better understand the potential contribution of food as a vehicle of KpSC, we conducted a multicentric study to define an optimal culture method for its recovery from food matrices, and to characterize food isolates phenotypically and genotypically. Chicken meat (n=160) and salad (n=145) samples were collected in five European countries and screened for KpSC presence using culture-based and ZKIR qPCR methods. Enrichment using buffered peptone water followed by streaking on Simmons citrate agar with inositol (44°C/48h) was defined as the most suitable selective culture method for KpSC recovery. High prevalence of KpSC was found in chicken meat (60% and 52% by ZKIR qPCR and culture approach, respectively) and salad (30% and 21%, respectively) samples. Genomic analyses revealed high genetic diversity with the dominance of phylogroups Kp1 (91%) and Kp3 (6%). 82% of isolates presented a natural antimicrobial susceptibility phenotype and genotype, with only four CTX-M-15-producing isolates detected. Notably, identical genotypes were found across samples: same food type and same country (15 cases); different food types and same country (1); same food type and two countries (1), suggesting high rates of transmission of KpSC within the food sector. Our study provides a novel isolation strategy for KpSC from food matrices and reinforces the view of food as a potential source of KpSC colonization in humans.ImportanceBacteria of the Klebsiella pneumoniae species complex (KpSC) are ubiquitous and K. pneumoniae (Kp) is a leading cause of antibiotic-resistant infections in humans and animals. Despite the urgent public health threat represented by Kp, there is a lack of knowledge on the contribution of food sources to colonization and subsequent infection in humans. This is partly due to the absence of standardized methods for characterizing KpSC presence in food matrices. Our multicentric study provides and implements a novel isolation strategy for KpSC from food matrices and shows that KpSC members are highly prevalent in salads and chicken meat, reinforcing the view of food as a potential source of KpSC colonization in humans. Despite the large genetic diversity and the low-levels of resistance detected, the occurrence of identical genotypes across samples suggests high rates of transmission of KpSC within the food sector, which need to be further explored to define possible control strategies.
Published: 2022
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40. Harmonisation of in-silico next-generation sequencing based methods for diagnostics and surveillance

Author: Nunez-Garcia, J., AbuOun, M., Storey, N., Brouwer, M.S., Delgado-Blas, J.F., Mo, S.S., Ellaby, N., Veldman, K.T., Haenni, M., Châtre, P., Madec, J.Y., Hammerl, J.A., Serna, C., Getino, M., La Ragione, R., Naas, T., Telke, A.A., Glaser, P., Sunde, M., Gonzalez-Zorn, B., Ellington, M.J., Anjum, M.F., Animal and Plant Health Agency [Addlestone, UK] (APHA), Wageningen BioVeterinary Research, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Universidad Complutense de Madrid = Complutense University of Madrid [Madrid] (UCM), Norwegian Veterinary Institute [Oslo], Public Health England [London], Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes (AVB), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), German Federal Institute for Risk Assessment [Berlin] (BfR), University of Surrey (UNIS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Écologie et Évolution de la Résistance aux Antibiotiques / Ecology and Evolution of Antibiotics Resistance (EERA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and European Project: 773830, H2020-SFS-2017-1 ,One Health EJP(2018)
Subjects: ARDIG, Microbial Sensitivity Tests, Antimicrobial resistance, Next generation sequencing, MESH: Anti-Bacterial Agents, MESH: Drug Resistance, Bacterial, Drug Resistance, Bacterial, Escherichia coli, Life Science, Humans, MESH: High-Throughput Nucleotide Sequencing, Escherichia coli Infections, MESH: Escherichia coli Infections, Host Pathogen Interaction & Diagnostics, MESH: Microbial Sensitivity Tests, Multidisciplinary, MESH: Escherichia coli, Bacteriologie, Computational Biology, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Bacteriology, Bacteriology, Host Pathogen Interaction & Diagnostics, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Host Pathogen Interactie & Diagnostiek, Anti-Bacterial Agents, Bacteriologie, Host Pathogen Interactie & Diagnostiek, MESH: Computational Biology
Abstract: Improvements in cost and speed of next generation sequencing (NGS) have provided a new pathway for delivering disease diagnosis, molecular typing, and detection of antimicrobial resistance (AMR). Numerous published methods and protocols exist, but a lack of harmonisation has hampered meaningful comparisons between results produced by different methods/protocols vital for global genomic diagnostics and surveillance. As an exemplar, this study evaluated the sensitivity and specificity of five well-established in-silico AMR detection software where the genotype results produced from running a panel of 436 Escherichia coli were compared to their AMR phenotypes, with the latter used as gold-standard. The pipelines exploited previously known genotype–phenotype associations. No significant differences in software performance were observed. As a consequence, efforts to harmonise AMR predictions from sequence data should focus on: (1) establishing universal minimum to assess performance thresholds (e.g. a control isolate panel, minimum sensitivity/specificity thresholds); (2) standardising AMR gene identifiers in reference databases and gene nomenclature; (3) producing consistent genotype/phenotype correlations. The study also revealed limitations of in-silico technology on detecting resistance to certain antimicrobials due to lack of specific fine-tuning options in bioinformatics tool or a lack of representation of resistance mechanisms in reference databases. Lastly, we noted user friendliness of tools was also an important consideration. Therefore, our recommendations are timely for widespread standardisation of bioinformatics for genomic diagnostics and surveillance globally.
Published: 2022
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41. Evolution of the proportion of colistin-resistant isolates in animal clinical Escherichia coli over time - A hierarchical mixture model approach

Author: Coz, Elsa, Jouy, Eric, Cazeau, Géraldine, Jarrige, Nathalie, Chauvin, Claire, Delignette-Muller, Marie-Laure, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Mycoplasmologie, Bactériologie et Antibiorésistance, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Unité Epidémiologie et Appui à la Surveillance (EAS), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and This project was financially supported by the French Ministry of Agriculture as part of the Ecoantibio Plan.
Subjects: Mixture model, Antimicrobial resistance trend, Food Animals, Colistin, [SDV]Life Sciences [q-bio], Bayesian inference, Animal Science and Zoology, Inhibition zone diameter, Disc diffusion
Abstract: International audience; Colistin resistance has been the subject of much attention since mcr genes encoding plasmid-mediated colistin resistance description in 2015. To date, surveillance data about resistance levels encountered in food-producing animals are scarce. In France, the Resapath dataset, consisting in a large collection of disk diffusion antibiogram results transmitted by a network of laboratories. It offers a unique opportunity to study the evolution of resistance towards colistin over the past 15 years in Escherichia coli isolated from diseased food-producing animals. This study used a Bayesian hierarchical Gaussian mixture model to estimate the resistant proportions from those data. This non-classical approach deals with the colistin-specific problem of overlapping distributions of diameters measured for susceptible and resistant isolates that makes the definition of epidemiological cut-off very hard. This model also considers the variability observed between the measurements performed by different laboratories. Proportion of resistant isolates has been calculated for several food-producing animals and most encountered diseases. From those estimations, a marked evolution of the proportions of resistant isolates is noticeable, for swine suffering from digestive disorders. In this group, an increase over the 2006-2011 period from 0.1% [ 0.0%, 1.2%] in 2006-28.6% [25.1%, 32.3%] in 2011 was followed by a decrease to reach 3.6% [2.3%;5.3%] in 2018. For isolates related to digestive disorders in calves, percentages increased and reached 7% in 2009 then decreased as for swine. In contrast, for poultry productions, estimated proportions and credibility intervals were constantly very close to zero.
Published: 2023
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42. Environmental contamination in a high-income country (France) by antibiotics, antibiotic-resistant bacteria, and antibiotic resistance genes: Status and possible causes

Author: Marisa Haenni, Christophe Dagot, Olivier Chesneau, Delphine Bibbal, Jérôme Labanowski, Michèle Vialette, Damien Bouchard, Fabrice Martin-Laurent, Louisiane Calsat, Sylvie Nazaret, Fabienne Petit, Anne-Marie Pourcher, Anne Togola, Morgane Bachelot, Edward Topp, Didier Hocquet, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Collection de l'Institut Pasteur (CIP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Innovations Thérapeutiques et Résistances (InTheRes), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Chimie des Milieux et Matériaux de Poitiers (IC2MP), Université de Poitiers-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Anses ANMV (Anses ANMV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Milieux Environnementaux, Transferts et Interactions dans les hydrosystèmes et les Sols (METIS), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Optimisation des procédés en Agriculture, Agroalimentaire et Environnement (UR OPAALE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM), Agriculture and Agri-Food Canada, Saskatoon Research Centre, Agriculture and Agri-Food (AAFC), University of Western Ontario (UWO), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), This document was prepared thanks to the collective expert assessment, carried out by the Anses expert working group ‘Antimicrobial resistance and the environment’ (ANSES opinion 2016-SA-0252), chaired by Morgane Bachelot and whose active contributors are co-authors of this publication., Togola, Anne, Institut Pasteur [Paris], AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agriculture and Agri-Food [Ottawa] (AAFC), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agence nationale du médicament vétérinaire (ANMV), and École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, MESH: Drug Resistance, Microbial, Antibiotic resistance, MESH: One Health, 010501 environmental sciences, Wastewater, 01 natural sciences, MESH: Waste Water, 03 medical and health sciences, Rivers, MESH: Anti-Bacterial Agents, Drug Resistance, Bacterial, Animals, GE1-350, One Health, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, General Environmental Science, Environmental antibiotic concentrations, 0303 health sciences, Bacteria, Aquatic environment, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, 6. Clean water, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, Environmental sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Terrestrial environment, 13. Climate action, [SDE]Environmental Sciences, Organic waste product, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [CHIM.OTHE]Chemical Sciences/Other, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: This document was prepared thanks to the collective expert assessment, carried out by the Anses expert working group ‘Antimicrobial resistance and the environment’ (ANSES opinion 2016-SA-0252), chaired by Morgane Bachelot and whose active contributors are co-authors of this publication.; International audience; Antimicrobial resistance (AMR) is a major global public health concern, shared by a large number of human and animal health actors. Within the framework of a One Health approach, actions should be implemented in the environmental realm, as well as the human and animal realms. The Government of France commissioned a report to provide policy and decision makers with an evidential basis for recommending or taking future actions to mitigate AMR in the environment. We first examined the mechanisms that underlie the emergence and persistence of antimicrobial resistance in the environment. This report drew up an inventory of the contamination of aquatic and terrestrial environments by AMR and antibiotics, anticipating that the findings will be representative of some other high-income countries. Effluents of wastewater treatment plants were identified as the major source of contamination on French territory, with spreading of organic waste products as a more diffuse and incidental contamination of aquatic environments. A limitation of this review is the heterogeneity of available data in space and time, as well as the lack of data for certain sources.Comparing the French Measured Environmental Concentrations (MECs) with predicted no effect concentrations (PNECs), fluoroquinolones and trimethoprim were identified as representing high and medium risk of favoring the selection of resistant bacteria in treated wastewater and in the most contaminated rivers. All other antibiotic molecules analyzed (erythromycin, clarithromycin, azithromycin, tetracycline) were at low risk of resistance selection in those environments. However, the heterogeneity of the data available impairs their full exploitation. Consequently, we listed indicators to survey AMR and antibiotics in the environment and recommended the harmonization of sampling strategies and endpoints for analyses.Finally, the objectives and methods used for the present work could comprise a useful example for how national authorities of countries sharing common socio-geographic characteristics with France could seek to better understand and define the environmental dimension of AMR in their particular settings.
Published: 2022
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43. A European multicenter evaluation study to investigate the performance on commercially available selective agar plates for the detection of carbapenemase producing Enterobacteriaceae

Author: Cindy Dierikx, Stefan Börjesson, Agnès Perrin-Guyomard, Marisa Haenni, Madelaine Norström, Hege H. Divon, Hanna Karin Ilag, Sophie A. Granier, Annette Hammerum, Jette Sejer Kjeldgaard, Natalie Pauly, Luke Randall, Muna F. Anjum, Aleksandra Smialowska, Alessia Franco, Kees Veldman, Jannice Schau Slettemeås, National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Public Health Agency of Sweden, Laboratoire de Fougères - ANSES, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Norwegian Veterinary Institute [Oslo], Statens Serum Institut [Copenhagen], Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (DTU), German Federal Institute for Risk Assessment [Berlin] (BfR), Animal and Plant Health Agency [Addlestone, UK] (APHA), National Veterinary Research Institute [Pulawy, Pologne] (NVRI), Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Lazio e della Toscana (IZSLT), Wageningen BioVeterinary Research, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), and European Project: 773830, H2020-SFS-2017-1 ,One Health EJP(2018)
Subjects: antibiotic resistance, Selective agar, Swine, résistance aux antibiotiques, Salmonella, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, ddc:630, animal, résistance, MESH: Enterobacteriaceae Infections, MESH: Swine, bactérie, 2. Zero hunger, MESH: Microbial Sensitivity Tests, 0303 health sciences, Bacteriologie, Enterobacteriaceae Infections, Bacteriology, Host Pathogen Interaction & Diagnostics, IMPART, Carbapenemases, Text, carbapénème, Microbiology (medical), carbapenemases, Carbapenem resistance, carbapenem resistance, entérobactérie, Microbial Sensitivity Tests, MESH: Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae, Sensitivity and Specificity, Microbiology, beta-Lactamases, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, Enterobacteriaceae, Animals, microbiologie, selective agar, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Host Pathogen Interaction & Diagnostics, Bacteriological Techniques, 030306 microbiology, Animal, Bacteriology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Host Pathogen Interactie & Diagnostiek, MESH: Sensitivity and Specificity, Agar, veterinary medicine, Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae, Bacteriologie, Host Pathogen Interactie & Diagnostiek
Abstract: The European Food Safety Authority (EFSA) advised to prioritize monitoring carbapenemase producing Enterobacteriaceae (CPE) in food producing animals. Therefore, this study evaluated the performance of different commercially available selective agars for the detection of CPE using spiked pig caecal and turkey meat samples and the proposed EFSA cultivation protocol. Eleven laboratories from nine countries received eight samples (four caecal and four meat samples). For each matrix, three samples contained approximately 100 CFU/g CPE, and one sample lacked CPE. After overnight enrichment in buffered peptone water, broths were spread upon Brilliance™ CRE Agar (1), CHROMID® CARBA (2), CHROMagar™ mSuperCARBA™ (3), Chromatic™ CRE (4), CHROMID® OXA-48 (5) and Chromatic™ OXA-48 (6). From plates with suspected growth, one to three colonies were selected for species identification, confirmation of carbapenem resistance and detection of carbapenemase encoding genes, by methods available at participating laboratories. Of the eleven participating laboratories, seven reported species identification, susceptibility tests and genotyping on isolates from all selective agar plates. Agars 2, 4 and 5 performed best, with 100% sensitivity. For agar 3, a sensitivity of 96% was recorded, while agar 1 and 6 performed with 75% and 43% sensitivity, respectively. More background flora was noticed for turkey meat samples than pig caecal samples. Based on this limited set of samples, most commercially available agars performed adequately. The results indicate, however, that OXA-48-like and non-OXA-48-like producers perform very differently, and one should consider which CPE strains are of interest to culture when choosing agar type.
Published: 2022
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44. Co-variation between glucocorticoids, behaviour and immunity supports the pace-of-life syndrome hypothesis: an experimental approach

Author: Rupert Palme, Chloé Monestier, Marie-Line Maublanc, Marine Wasniewski, Benoit Rannou, Guillaume Le Loc’h, Typhaine Lavabre, Emmanuelle Gilot-Fromont, Hélène Verheyden, Luca Börger, Benjamin Rey, Jeffrey Carbillet, Nicolas Cebe, Jean-Luc Rames, Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Veterinary Medicine [Vienna] (Vetmeduni), University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana], University of Illinois System, Bankiva, Swansea University, Centre Régional d'Exploration Fonctionnelle et Ressources Expérimentales (CREFRE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Inovie Vet, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy (LRFSN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SEGUIN, Nathalie, Marchal-Mauer, Sophie, Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses - - ECOFECT2011 - ANR-11-LABX-0048 - LABX - VALID, PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID, ANR-11-LABX-0048,ECOFECT,Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses(2011), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), and Laboratoire de Lyon [ANSES]
Subjects: 0106 biological sciences, Hydrocortisone, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, animal diseases, Adaptive immunity, Physiology, Inflammation, Animals, Wild, Biology, Stress, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Cortisol, 03 medical and health sciences, Immune system, Capreolus, Immunity, biology.animal, medicine, Animals, Glucocorticoids, General Environmental Science, 030304 developmental biology, Innate immunity, 0303 health sciences, Innate immune system, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Immunology and Microbiology, Ecology, Deer, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Medicine, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, Acquired immune system, Coping style, 3. Good health, Vaccination, Roe deer, bacteria, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, medicine.symptom, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: The biomedical literature has consistently highlighted that long-term elevation of glucocorticoids might impair immune functions, while short-term elevation might enhance them. In contrast, in wild and free-ranging animals, patterns are less clear. In the present study, we explored the stress-immunity relationship in controlled conditions, taking into account the potential effects of behavioural profiles. Thirteen captive roe deer (Capreolus capreolus) were monitored over an eight-week period encompassing two capture events. We assessed how changes in baseline faecal cortisol metabolite (FCM) concentrations following a standardised capture protocol and vaccination affected changes in thirteen immune parameters of the innate and adaptive immunity, and whether behavioural profiles were linked to changes in baseline FCM levels and immune parameters. We found that individuals showing an increase in baseline FCM levels over time also exhibited an increase in immunity, for both the innate and adaptive immunity and were characterised by more reactive behavioural profiles (as indicated by low activity levels, docility to manipulation and neophilia). Consequently, our results suggest that immunity of large mammals may be influenced by their stress level, but also by their behavioural profiles, as it is predicted by the pace-of-life syndrome hypothesis. Our analysis therefore highlights the need to consider co-variations between behavioural profiles, immunity and stress hormones in order to gain a better understanding of the unexplained among-individual variability in the glucocorticoids-immunity relationships observed in wildlife, as they may be underpinned by different life-history strategies.
Published: 2022
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45. Multicentre evaluation of a selective isolation protocol for detection of mcr-positive E. coli and Salmonella spp. in food-producing animals and meat

Author: Agnès Perrin-Guyomard, Sophie A. Granier, Jannice Schau Slettemeås, Muna Anjum, Luke Randall, Manal AbuOun, Natalie Pauly, Alexandra Irrgang, Jens Andre Hammerl, Jette Sejer Kjeldgaard, Anette Hammerum, Alessia Franco, Magdalena Skarżyńska, Ewelina Kamińska, Dariusz Wasyl, Cindy Dierikx, Stefan Börjesson, Yvon Geurts, Marisa Haenni, Kees Veldman, Laboratoire de Fougères - ANSES, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Norwegian Veterinary Institute [Oslo], Animal and Plant Health Agency [Addlestone, UK] (APHA), German Federal Institute for Risk Assessment [Berlin] (BfR), Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (DTU), Statens Serum Institut [Copenhagen], Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Lazio e della Toscana (IZSLT), National Veterinary Research Institute [Pulawy, Pologne] (NVRI), National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Public Health Agency of Sweden, Wageningen BioVeterinary Research, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and European Project: 773830, H2020-SFS-2017-1 ,One Health EJP(2018)
Subjects: viande, Meat, food-borne pathogen, detection, Colistin resistance, Microbial Sensitivity Tests, MESH: Food Safety, Applied Microbiology and Biotechnology, Salmonelle, Salmonella, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Drug Resistance, Bacterial, mcr, Escherichia coli, Animals, microbiologie, MESH: Salmonella, bacteria, sécurité des aliments, bactérie, Host Pathogen Interaction & Diagnostics, MESH: Escherichia coli, Colistin, Escherichia coli Proteins, screening, microbiology, Bacteriologie, E. coli, Bacteriology, Bacteriology, Host Pathogen Interaction & Diagnostics, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, détection, Host Pathogen Interactie & Diagnostiek, pathogénes alimentaires, Anti-Bacterial Agents, animals, food safety, Agar, PCR, Bacteriologie, Host Pathogen Interactie & Diagnostiek, Screening, contaminant, Eschérichia coli, hormones, hormone substitutes, and hormone antagonists, Plasmids
Abstract: This study was conducted to evaluate the performance of a screening protocol to detect and isolate mcr-positive Escherichia coli and Salmonella spp. from animal caecal content and meat samples. We used a multicentre approach involving 12 laboratories from nine European countries. All participants applied the same methodology combining a multiplex PCR performed on DNA extracted from a pre-enrichment step, followed by a selective culture step on three commercially available chromogenic agar plates. The test panel was composed of two negative samples and four samples artificially contaminated with E. coli and Salmonella spp. respectively harbouring mcr-1 or mcr-3 and mcr-4 or mcr-5 genes. PCR screening resulted in a specificity of 100% and a sensitivity of 83%. Sensitivity of each agar medium to detect mcr-positive colistin-resistant E. coli or Salmonella spp. strains was 86% for CHROMID(R)Colistin R, 75% for CHROMagarTM COL-APSE and 70% for COLISTIGRAM. This combined method was effective to detect and isolate most of the E. coli or Salmonella spp. strains harbouring different mcr genes from food-producing animals and food products and might thus be used as a harmonized protocol for the screening of mcr genes in food-producing animals and food products in Europe.
Published: 2022
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46. Efficacy of a targeted selective treatment in dairy herds affected by clinical dictyocaulosis

Author: Lurier, T., Hilaire, Thomas, Camuset, Philippe, Bourgoin, G., Arcangioli, M.A., Martel, Anne-Sophie, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Société Nationale des Groupements Techniques Vétérinaires (SNGTV), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mycoplasmoses animales – UMR (MYCO), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), National Association of Spanish Specialists in Bovine Medicine (ANEMBE), and World Association for Buiatrics (WAB)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], cattle, [SDV]Life Sciences [q-bio], parasitism, dyctiocaulus viviparus, targeted selective treatment
Abstract: International audience; Bovine dictyocaulosis is a pulmonary disease caused by the presence and development of the strongyle Dictyocaulus viviparus in the trachea and bronchi of cattle. This parasite is mostly observed in temperate countries, with potential important clinical and economical impacts. Individuals that already had contact with the parasite normally develop a strong acquired immunity. However, when the first contact with the parasite was poor and the contamination of the environment is high, clinical signs can occur. In such a context of clinical dictyocaulosis outbreak in dairy herds, current recommendations are to treat the whole herd with anthelmintic because of the presence of subclinical infestations. However, current guidelines against anthelminthic resistance recommend the use of selective treatment on adult cattle in order to maintain a refuge helminth population unexposed to anthelmintic. According to the heterogeneity of acquired immunity in a herd, and hence, of sensitivity of animals to parasitic infestation by D. viviparus, an early targeted selective treatment of clinically affected and main shedders animals may be effective to control the disease in the herd. Such a strategy was never tested for dictyocaulosis and a field validation is thus necessary to ensure a proper control of ditycocaulosis at the herd level.ObjectivesThis study is a pilot study designed to assess the clinical relevance of a targeted selected treatment against D. viviparus at the beginning of a dictyocaulosis outbreak in dairy herds.Materials and methods. In each herd with clinical signs of dictyocaulosis, we performed broncho-alveolar lavage on 6 cows and a pooled McKenna sedimentation on 10 cows of the herd to test for the presence of D. viviparous. We implemented a targeted selective treatment in three positive dairy herds by treating with injectable eprinomectine approximately 50% of the dairy cows including clinically affected, primiparous and postpartum cows. The follow-up was implemented one and three months after the targeted selected treatment by performing broncho-alveolar lavage and a pooled McKenna sedimentation. The farmers recorded clinical signs of dictyocaulosis at the herd level during the whole study period.ResultsIn the three followed dairy herds, symptoms of dictyocaulosis vanished after the targeted selective treatment. After the treatment, we assessed a dictyocaulosis incidence rate of 2% by month during the whole follow-up, which indicates a low but persistent circulation of the parasite in the herd. Clinical signs of dictyocaulosis, remained very low to inexistent in the three herds during the whole study period. ConclusionThe targeted selective treatment implemented in the three herds of this study was efficient to control dictyocaulosis at the herd levels. To our knowledge, this study is the first to prove the potential interest of a targeted selective treatment to control dictyocaulosis at the herd level. These results should be confirmed in a larger study with more herds.
Published: 2022

47. Les mycoplasmes dans les pathologies respiratoires équines

Author: Martineau, Matthieu, Castagnet, Sophie, Kokabi, Éléna, Tricot, Agnès, Jay, Maryne, Tardy, Florence, Léon-Seck, Albertine, HUE, Erika, LABÉO, Pôle d’analyses et de recherche de Normandie (LABÉO), Dynamique Microbienne associée aux Infections Urinaires et Respiratoires (DYNAMICURE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Lyon, Mycoplasmoses animales – UMR (MYCO), Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), and IFCE
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, mycoplasmes, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, cheval, trouble respiratoire
Abstract: National audience; Des bactéries du genre Mycoplasma sont détectées par PCR dans 15% des prélèvements respiratoires reçus pour diagnostic à LABÉO. Leur implication dans les troubles cliniques observés est méconnue. Le projet MYCOPAB a pour but de préciser la prévalence des espèces mycoplasmiques et leur rôle éventuel en clinique.Nos résultats confirment une prévalence moyenne de 18% de mycoplasmes dans notre population d’étude. Cette prévalence est supérieure dans les liquides trachéaux par rapport aux lavages broncho-alvéolaires. L’espèce M. equirhinis est majoritairement détectée et isolée.
Published: 2022

48. Caractérisation des mycoplasmes respiratoires équins détectés en France en 2020 et 2021

Author: Martineau, Matthieu, Castagnet, Sophie, Kokabi, Éléna, Tricot, Agnès, Jay, Maryne, Tardy, Florence, Léon-Seck, Albertine, MARTINEAU, Matthieu, LABÉO, Pôle d’analyses et de recherche de Normandie (LABÉO), Dynamique Microbienne associée aux Infections Urinaires et Respiratoires (DYNAMICURE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Mycoplasmoses animales – UMR (MYCO), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Fonds Éperon, IFCE, Gis Centaure, Université Rouen-Normandie, and Normandie Université
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], Respiratoire, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Équin, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Mycoplasmes
Abstract: National audience
Published: 2022

49. Seroprevalence and incidence of Puumala orthohantavirus in its bank vole (Myodes glareolus) host population in northeastern France: Between-site and seasonal variability

Author: E, Monchatre-Leroy, F, Sauvage, F, Boué, D, Augot, P, Marianneau, V, Hénaux, L, Crespin, Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy (LRFSN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Seenovate, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was supported by the AFSSET (now ANSES), program EST-07-75 Sauvage, and INSERM/MATE (No. EN99115)
Subjects: index, Arvicolinae, Epidemiology, Bank voles, Incidence, Public Health, Environmental and Occupational Health, Seroprevalence, Puumala virus, Microbiology, Cross-Sectional Studies, Infectious Diseases, Puumala orthohantavirus, Seroepidemiologic Studies, Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome, Virology, Animals, Generalized estimating equations, Parasitology, Suppress normalized difference vegetation, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France, Seasons
Abstract: International audience; Given the difficulty of measuring pathogen transmission in wildlife, epidemiological studies frequently rely on cross-sectional seroprevalence. However, seropositivity indicates only exposure to a pathogen at an unknown time. By allowing to obtain repeated test results from individuals sampled multiple times over an extended period, longitudinal data help reduce this uncertainty. We used capture-mark-recapture data on bank vole (Myodes glareolus) individuals collected at four sites over ten years in northeastern France to investigate the impact of environmental variables on seroprevalence and incidence of Puumala orthohantavirus (PUUV). PUUV causes a chronic infection without apparent symptoms, that may however impair survival of its rodent host in the wild. Viral transmission between rodents may occur through direct contact or via the environment. Principal component analysis was used to deal with multicollinearity among environmental variables. Incidence and seroprevalence were investigated with either generalized estimating equations or Poisson regression models depending on the number of observations for each season. In spring, only the factor site was found to be significant for seroprevalence, while a principal component including meteorological conditions of the previous winter and the normalized difference vegetation index (NDVI) of both the previous winter and spring had a significant effect on incidence. In autumn, only the factor site was significant for incidence, while two principal components, including either the meteorological conditions of the autumn and previous spring or NDVI of the autumn significantly affected seroprevalence. We discuss these results in light of the particular demography of small mammals. We encourage other researchers to investigate the relationships between demographic parameters of wild host populations and the environment, by using both incidence and seroprevalence.
Published: 2022
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50. Reduction in SARS-CoV-2 Virus Infectivity in Human and Hamster Feces

Author: Sébastien, Wurtzer, Sandra, Lacote, Severine, Murri, Philippe, Marianneau, Elodie, Monchatre-Leroy, Mickaël, Boni, Olivier, Ferraris, Yvon, Maday, Ousmane, Kébé, Ndongo, Dia, Christophe, Peyrefitte, Harry, Sokol, Obepine Consortium, Laurent, Moulin, Vincent, Maréchal, Eau de Paris, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy (LRFSN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Laboratoire Jacques-Louis Lions (LJLL (UMR_7598)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur de la Guyane, Paris Center for Microbiome Medicine (FHU PaCeMM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Analyses were supported by the OBEPINE Research grant (French ministry of Research), as well as the specific financial participation of Eau de Paris, IRBA, and the Institut Pasteur Dakar., Obépine Consortium, Marchal-Mauer, Sophie, Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), and AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Mesocricetus, SARS-CoV-2, infectivity, transmission, COVID-19, persistence, Infectious Diseases, feces, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Cricetinae, Virology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Animals, Humans, RNA, Viral, stool
Abstract: International audience; Objective: There is extensive evidence that SARS-CoV-2 replicates in the gastrointestinal tract. However, the infectivity of virions in feces is poorly documented. Although the primary mode of transmission is airborne, the risk of transmission from contaminated feces remains to be assessed.Design: The persistence of SARS-CoV-2 (infectivity and RNA) in human and animal feces was evaluated by virus isolation on cell culture and RT-qPCR, respectively. The exposure of golden Syrian hamsters to experimentally contaminated feces through intranasal inoculation has also been tested to assess the fecal-oral transmission route.Results: For periods that are compatible with average intestinal transit, the SARS-CoV-2 genome was noticeably stable in human and animal feces, contrary to the virus infectivity that was reduced in a time- and temperature-dependent manner. In human stools, this reduction was variable depending on the donors. Viral RNA was excreted in the feces of infected hamsters, but exposure of naïve hamsters to feces of infected animals did not lead to any productive infection. Conversely, hamsters could be experimentally infected following exposure to spiked fresh feces.Conclusion: Infection following exposure to naturally contaminated feces has been suspected but has not been established so far. The present work demonstrates that SARS-CoV-2 rapidly lost infectivity in spiked or naturally infected feces. Although the possibility of persistent viral particles in human or animal feces cannot be fully ruled out, SARS-CoV-2 transmission after exposure to contaminated feces is unlikely.
Published: 2022
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