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Juzans, Marie, Cuche, Céline, Di Bartolo, Vincenzo, Alcover, Andrés, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, This work was supported by a grant from La Ligue Contre le Cancer Equipe Labellisée Ligue-2018 and Institutional grants from Institut Pasteur and INSERM. MJ has been funded by an Allocation de Recherche Doctorale from La Ligue Nationale Contre le Cancer., Clément Thomas, Lorenzo Galluzzi, and JEANNOT, FLORENCE

Marta Mastrogiovanni, Pablo Vargas, Thierry Rose, Céline Cuche, Elric Esposito, Marie Juzans, Hélène Laude, Amandine Schneider, Mathilde Bernard, Sophie Goyard, Charlotte Renaudat, Marie-Noëlle Ungeheuer, Jérôme Delon, Andrés Alcover, Vincenzo Di Bartolo, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Biologie Cellulaire et Cancer, Institut Curie [Paris]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pierre-Gilles de Gennes pour la Microfluidique, BioImagerie Photonique – Photonic BioImaging (UTechS PBI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by grants from La Ligue Nationale contre le Cancer and Equipe Labellisée Ligue 2018 and institutional grants from Institut Pasteur and INSERM. UtechS Photonic BioImaging is supported by the National Research Agency (France BioImaging, ANR-10-INBS-04, Investments for the Future). M.M. is a scholar of the Pasteur Paris University International Doctoral Program, supported by the Institut Pasteur and the European Union Horizon 2020 Research and Innovation Programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement 665807 (COFUND-PASTEURDOC). M.M. is currently funded by 'Allocation doctorale 4ème année de thèse-La Ligue Contre Le Cancer.', ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), European Project: 665807,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,PASTEURDOC(2015), JEANNOT, FLORENCE, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, and Institut Pasteur International Docotal Program - PASTEURDOC - - H20202015-10-01 - 2020-10-01 - 665807 - VALID

Andrés Alcover, Vincenzo Di Bartolo, Marta Mastrogiovanni, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Research in the authors' laboratory is being supported by grants from La Ligue Nationale contre le Cancer, Equipe Labellisée Ligue 2018, and institutional grants from the Institut Pasteur and INSERM. M.M. is a scholar of the Pasteur Paris University International Doctoral Program, supported by the Institut Pasteur and the European Union Horizon 2020 Research and Innovation Programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement 665807 (COFUND-PASTEURDOC). MM is currently funded by 'Allocation doctorales 4ème année de thèse-La Ligue Contre Le Cancer'., European Project: 665807,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,PASTEURDOC(2015), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Collège doctoral [Sorbonne universités], JEANNOT, FLORENCE, and Institut Pasteur International Docotal Program - PASTEURDOC - - H20202015-10-01 - 2020-10-01 - 665807 - VALID

Helen Y, Lorenzo-Anota, Alan B, Martínez-Loria, Reyes S, Tamez-Guerra, Daniel, Scott-Algara, Ana C, Martínez-Torres, Cristina, Rodríguez-Padilla, Universidad Autonoma de Nuevo Leon [Mexique] (UANL), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and This work was supported by the Laboratorio de Inmunología y Virología of Facultad Ciencias Biológicas of Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL, México), and Unité de Biologie Cellulaire des Lymphocytes, Institut Pasteur (Paris, France).

Natalia González-Mancha, Cristina Rodríguez-Rodríguez, Andrés Alcover, Isabel Merida, JEANNOT, FLORENCE, Innovative doctoral programme for talented early-stage researchers in Spanish host organisations excellent in the areas of Science, Technology, Engineering and Mathematics (STEM). H2020-EU.1.3.4 - INPhINIT - 713673 - INCOMING, Centro Nacional de Biotecnología [Madrid] (CNB-CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), NG-M received funding from the European Union Horizon 2020 research and innovation program under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement 713673 and 'La Caixa' Foundation (ID 100010434), with the fellowship code being LCF/BQ/DI17/11620027, as well as an EMBO short-term fellowship. CR-R held a predoctoral fellow of the Álvaro Entrecanales and Jérôme Lejeune Foundations. Research in IM’s lab is funded by grants from the Spanish Association Against Cancer (AECC, CICPF18), Aplastic Anemia and MDS International Foundation (AAMDSIF, OPE01644), Spanish Ministry of Science and Innovation (PID2019-108357RB-100/AEI/10.13039/501100011033), and the Madrid regional government (IMMUNOTHERCAM Consortium S2010/BMD-2326) to IM. Research in AA’s lab is funded by the French Ligue Nationale Contre le Cancer, Equipe Labellisée 2018)., and European Project: 713673,INPhINIT

Louise Perrin de Facci, Virgile Monnet, Pierre Charneau, Caroline Demeret, Jean-Baptiste Richard, Nicolas Escriou, Daniel Lévy-Bruhl, Gabrielle Jones, Thierry Rose, François Anna, Yvonnick Guillois, Marion Gransagne, Corinne Robin, Sophie Goyard, Stéphane Petres, Stéphane Le Vu, Marie-Noëlle Ungeheuer, Lucie Léon, Laurent Filleul, Sylvie van der Werf, Sibylle Bernard-Stoecklin, Olivier Helynck, Harold Noel, Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Virologie Moléculaire et Vaccinologie / Molecular Virology and Vaccinology, Institut Pasteur [Paris], Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris]-TheraVectys, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Chimie et Biocatalyse, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône], Biomnis Sample Library (BSL), Eurofins Biomnis, Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), We thank Christine Larsen, Bruno Coignard and Jean-Claude Desenclos (Santé publiqueFrance) for their helpful contribution at setting up the study, from Institut Pasteur,Isabelle Cailleau for support in the funding process, Hélène Munier-Lehmann for accessto automate and supply management at the Unit of Chemistry and Biocatalysis, Yves L.Janin for providing the luciferase prosubstrate hikarazine 108, Philippe Souque forproduction of the lentiviral pseudo-types, the whole ICAReB team and COVID-19support staff for sample management at Institut Pasteur, Juliette Paireau (Institut Pas-teur, Santé publique France), Rodolphe Thiébaut (Bordeaux Université) and Xavier deLamballerie (Aix-Marseille Université) for valuable comments onfirst results. We alsothank the team from the Eurofins Biomnis Sample Library and from CerbaHealthcareBenedicte Roquebert (Laboratoire Cerba) and Marie Pierre Guerra (CerbaXpert) forcontributing to sample collection. Santé publique France provided funding to the NRCand to the two centralising biobanks to cover sample collection, preparation, transportand analysis costs. The funder had no role in analysis, interpretation of data or writing ofthe report. S.L.V., G.J. and H.N. had full access to all the data and had responsibility tosubmit for publication., Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Lassailly-Bondaz, Anne, Santé publique France - French National Public Health Agency, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) [Paris] (CNR), Santé publique France, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Yazdan Yazdanpanah, Patricia Bruijning-Verhagen, Charles Burdet, Xavier Duval, Jeremie Guedj, Thierry Rose, Sarah Tubiana, Sylvie van der Werf, Julia Bielicki, Pauline Manchon, François Blanquart, Sylvie Behillil, Loubna Alavoine, Diane Descamps, Anne Leclercq, Herman Goossens, Jean-Christophe Lucet, Mickael Attia, Michael Thy, Caroline Demeret, Charlotte Charpentier, N. Houhou, Bruno Lina, Centre d'Investigations Cliniques [CHU Bichat] (CIC plurithématique), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre de Ressources Biologiques [CHU Bichat], Département d'Epidemiologie, Biostatistique et Recherche Clinique (DEBRC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Hôpital Beaujon [AP-HP], Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], Physique des fonctions biologiques / Physics of Biological Functions, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute for Infection and Immunity [Londres, UK], St George's, University of London, University Children’s Hospital Basel = Hôpital pédiatrique universitaire des deux Bâle [Bâle, Suisse] (UKBB), Julius Center for Health Sciences and Primary Care, University Medical Center [Utrecht], Vaccine & Infectious Disease Institute [Antwerp, Belgium] (VAXINFECTIO), University of Antwerp (UA), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), The study was founded by Reacting, the French Ministry of Health (PHRC-N COVID-19, project PHRC-20-0242) and the European Commission (RECoVer, grant agreement 101003589). Some authors received financial support of the national research agency (ANR) through the ANR-Flash calls for COVID-19 (TheraCoV ANR-20-COVI-0018), ANR-20-COVI-0018,TheraCoV,Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales(2020), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], demeret, caroline, Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales - - TheraCoV2020 - ANR-20-COVI-0018 - COVID-19 - VALID, Rapid European COVID-19 Emergency Response research - RECOVER - - H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-20202020-02-14 - 2022-02-13 - 101003589 - VALID, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Tubiana, Sarah, Burdet, Charles, Houhou, Nadhira, Thy, Michael, Manchon, Pauline, Blanquart, François, Charpentier, Charlotte, Guedj, Jérémie, Alavoine, Loubna, Behillil, Sylvie, Leclercq, Anne, Lucet, Jean-Christophe, Yazdanpanah, Yazdan, Attia, Mikaël, Demeret, Caroline, Rose, Thierry, Bielicki, Julia Anna, Bruijning-Verhagen, Patricia, Goossens, Herman, Descamps, Diane, van der Werf, Sylvie, Lina, Bruno, Duval, Xavier, Abad, Fanny, Abry, Dominique, Allain, Jean-Sébastien, Amiel-Taieb, Karline, Audoin, Pierre, Augustin, Shana, Ayala, Sandrine, Bansard, Hélène, Bertholon, Fréderique, Boissel, Nolwenn, Botelho-Nevers, Elisabeth, Bouiller, Kévin, Bourgeon, Marilou, Boutrou, Mathilde, Brick, Lysiane, Bruneau, Léa, Caumes, Eric, Chabouis, Agnès, Chan Thien, Eric, Chirouze, Catherine, Coignard, Bruno, Costa, Yolande, Costenoble, Virginie, Cour, Sylvie, Cracowski, Claire, Cracowski Jean, Luc, Deplanque, Dominique, Dequand, Stéphane, Desille-Dugast, Mireille, Desmarets, Maxime, Detoc, Maelle, Dewitte, Marie, Djossou, Felix, Ecobichon, Jean-Luc, Elrezzi, Elise, Faurous, William, Fortuna, Viviane, Fouchard, Julie, Gantier, Emilie, Gautier, Céline, Gerardin, Patrick, Gerset, Sandrine, Gilbert, Marie, Gissot, Valérie, Guillemin, Francis, Hartard, Cédric, Hazevis, Béatrice, Hocquet, Didier, Hodaj, Enkelejda, Ilic-Habensus, Emila, A, Jeudy, Jeulin, Helene, Kane, Maty, Kasprzyk, Emmanuelle, Kikoine, John, Laine, Fabrice, Laviolle, Bruno, Lebeaux, David, Ledru, Eric, Lefevre, Benjamin, Legoas, Carole, Legrand, Amélie, Legrand, Karine, Lehacaut, Jonathan, Lehur, Claire, Lemouche, Dalila, Lepiller, Quentin, Lepuil, Sévérine, Letienne, Estelle, Lucarelli, Aude, Madeline, Isabelle, Maillot, Adrien, Malapate, Catherine, Malvy, Denis, Mandic, Milica, Marty-Quinternet, Solène, Meghadecha, Mohamed, Mergeay-Fabre, Mayka, Mespoulhe, Pauline, Meunier, Alexandre, Migaud, Maria-Claire, Motiejunaite, Justina, Nathalie, Gay, Nguyen, Duc, Oubbea, Soumaya, Pagadoy, Maïder, Paris, Adeline, Paris, Christophe, Payet, Christine, Peiffer-Smadja, Nathan, Perez, Lucas, Perreau, Pauline, Pierrez, Nathalie, Pistone, Thierry, Postolache, Andreea, Rasoamanana, Patrick, Reminiac, Cécile, Rexah, Jade, Roche-Gouanvic, Elise, Rousseau, Alexandra, Schoemaecker, Betty, Simon, Sandrine, Soler, Catherine, Somers, Stéphanie, Sow, Khaly, Tardy, Bernard, Terzian, Zaven, Tournier, Anne, Tyrode, Sandrine, Vauchy, Charline, Verdon, Renaud, Vernet, Pauline, Vignali, Valérie, Waucquier, Nawal, Do Thi Thu, Huong, Laouénan, Cédric, Mentre, France, Pauline, Manchon, Dechanet, Aline, Letrou, Sophie, Quintin, Caroline, Frezouls, Wahiba, Le Hingrat, Quentin, Damond, Florence, Descamps, Dianes, Visseaux, Benoit, Vabret, Astrid, Bouscambert, Maud, Gaillanne, Laurence, Benmalek, Nabil, Attia, Mikael, Barbet, Marion, Petres, Stéphane, Escriou, Nicolas, Goyard, Sophie, Kafif, Ouifiya, Piquard, Valentine, Mailles, Alexandra, Simondon, Anne, Dreyere, Marion, Morel, Bruno, Vesval, Thiphaine, Amat, Karine, Ammour, Douae, Aqourras, Khadija, Couffin-Cadiergues, Sandrine, Delmas, Christelle, Desan, Vristi, Jean, Michel Doute, Esperou, Hélène, Hendou, Samia, Kouakam, Christelle, Le Meut, Guillaume, Lemestre, Soizic, Leturque, Nicolas, Marcoul, Emmanuelle, Nguefang, Solange, Roufai, Layidé, Abel, Laurent, Caillat-Zucman, Sophie, Study Group, Covcontact, Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique (CIC 1425), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Hôpital Beaujon [AP-HP], Physique des fonctions biologiques / Physics of Biological Functions, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), St George's, University of London, University Children’s Hospital Basel = Hôpital pédiatrique universitaire des deux Bâle [Bâle, Suisse] (UKBB), University Medical Center [Utrecht], Universiteit Antwerpen = University of Antwerpen [Antwerpen], Virology and human respiratory Pathologies - Virology and human respiratory Pathologies (VirPath), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Pontchaillou [Rennes], Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), ANR-20-COVI-0002,CORaDiag,COVID 19 Rapid diagnosis test (development and clinical validation in 7 weeks)(2020), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Lara Gibellini, Sussan Nourshargh, Susanna Cardell, Wlodzimierz Maslinski, Mar Felipo-Benavent, Florian Mair, Hans-Martin Jäck, Lilly Lopez, Klaus Warnatz, John Trowsdale, Diana Ordonez, Marcus Eich, William Hwang, Anne Cooke, Dirk Mielenz, Alberto Orfao, Winfried F. Pickl, Vladimir Benes, Alice Yue, T. Vincent Shankey, Maria Tsoumakidou, Virginia Litwin, Gelo Victoriano Dela Cruz, Andrea Cavani, Sara De Biasi, Larissa Nogueira Almeida, Jonathan J M Landry, Claudia Haftmann, Charlotte Esser, Ana Cumano, Anneke Wilharm, Francesco Dieli, Rudi Beyaert, Alessio Mazzoni, Burkhard Ludewig, Carlo Pucillo, Dirk H. Busch, Joe Trotter, Stipan Jonjić, Marc Veldhoen, Josef Spidlen, Aja M. Rieger, Dieter Adam, Srijit Khan, Todd A. Fehniger, Giuseppe Matarese, Maximilien Evrard, Christian Maueröder, Steffen Schmitt, Kristin A. Hogquist, Barry Moran, Raghavendra Palankar, Markus Feuerer, S Schmid, Susann Rahmig, Amy E. Lovett-Racke, James V. Watson, Megan K. Levings, Susanne Melzer, Dinko Pavlinic, Christopher M. Harpur, Christina Stehle, A. Graham Pockley, Toshinori Nakayama, Attila Tárnok, Juhao Yang, Michael Lohoff, Paulo Vieira, Francisco Sala-de-Oyanguren, Christian Kurts, Anastasia Gangaev, Alfonso Blanco, Hans Scherer, Regine J. Dress, Bruno Silva-Santos, Kiyoshi Takeda, Bimba F. Hoyer, Ilenia Cammarata, Daryl Grummitt, Isabel Panse, Günnur Deniz, Bianka Baying, Friederike Ebner, Esther Schimisky, Leo Hansmann, Thomas Kamradt, Edwin van der Pol, Daniel Scott-Algara, Anna Iannone, Giorgia Alvisi, Sebastian R. Schulz, Francesco Liotta, Irmgard Förster, Beatriz Jávega, Hans-Peter Rahn, Caetano Reis e Sousa, Livius Penter, Xuetao Cao, David P. Sester, Keisuke Goda, Peter Wurst, Iain B. McInnes, Ricardo T. Gazzinelli, Federica Piancone, Gerald Willimsky, Yotam Raz, Pärt Peterson, Wolfgang Fritzsche, Yvonne Samstag, Martin Büscher, Thomas Schüler, Susanne Hartmann, Robert J. Wilkinson, Anna E. S. Brooks, Steven L. C. Ketelaars, Catherine Sautès-Fridman, Anna Rubartelli, Petra Bacher, Katja Kobow, Marco A. Cassatella, Andrea Hauser, Henrik E. Mei, Kilian Schober, Silvia Della Bella, Graham Anderson, Michael D. Ward, Garth Cameron, Sebastian Lunemann, Katharina Kriegsmann, Katarzyna M. Sitnik, Brice Gaudilliere, Chantip Dang-Heine, Marcello Pinti, Paul Klenerman, Frank A. Schildberg, Joana Barros-Martins, Laura G. Rico, Hanlin Zhang, Christian Münz, Thomas Dörner, Jakob Zimmermann, Andrea M. Cooper, Jonni S. Moore, Andreas Diefenbach, Yanling Liu, Wolfgang Bauer, Tobit Steinmetz, Katharina Pracht, Leonard Tan, Peter K. Jani, Alan M. Stall, Petra Hoffmann, Christine S. Falk, Jasmin Knopf, Simon Fillatreau, Hans-Dieter Volk, Luis E. Muñoz, David L. Haviland, William W. Agace, Jonathan Rebhahn, Ljiljana Cvetkovic, Mohamed Trebak, Jordi Petriz, Mario Clerici, Diether J. Recktenwald, Anders Ståhlberg, Tristan Holland, Helen M. McGuire, Sa A. Wang, Christian Kukat, Thomas Kroneis, Laura Cook, Wan Ting Kong, Xin M. Wang, Britta Engelhardt, Pierre Coulie, Genny Del Zotto, Sally A. Quataert, Kata Filkor, Gabriele Multhoff, Bartek Rajwa, Federica Calzetti, Hans Minderman, Cosima T. Baldari, Jens Geginat, Hervé Luche, Gert Van Isterdael, Linda Schadt, Sophia Urbanczyk, Giovanna Borsellino, Liping Yu, Dale I. Godfrey, Achille Anselmo, Rachael C. Walker, Andreas Grützkau, David W. Hedley, Birgit Sawitzki, Silvia Piconese, Maria Yazdanbakhsh, Burkhard Becher, Ramon Bellmas Sanz, Michael Delacher, Hyun-Dong Chang, Immanuel Andrä, Hans-Gustaf Ljunggren, José-Enrique O'Connor, Ahad Khalilnezhad, Sharon Sanderson, Federico Colombo, Götz R. A. Ehrhardt, Inga Sandrock, Enrico Lugli, Christian Bogdan, James B. Wing, Susann Müller, Tomohiro Kurosaki, Derek Davies, Ester B. M. Remmerswaal, Kylie M. Quinn, Christopher A. Hunter, Andreas Radbruch, Timothy P. Bushnell, Anna Erdei, Sabine Adam-Klages, Pascale Eede, Van Duc Dang, Rieke Winkelmann, Thomas Korn, Gemma A. Foulds, Dirk Baumjohann, Matthias Schiemann, Manfred Kopf, Jan Kisielow, Lisa Richter, Jochen Huehn, Gloria Martrus, Alexander Scheffold, Jessica G. Borger, Sidonia B G Eckle, John Bellamy Foster, Anna Katharina Simon, Alicia Wong, Mübeccel Akdis, Gisa Tiegs, Toralf Kaiser, James McCluskey, Anna Vittoria Mattioli, Aaron J. Marshall, Hui-Fern Koay, Eva Orlowski-Oliver, Anja E. Hauser, J. Paul Robinson, Jay K. Kolls, Luca Battistini, Mairi McGrath, Jane L. Grogan, Natalio Garbi, Timothy Tree, Kingston H. G. Mills, Stefan H. E. Kaufmann, Wolfgang Schuh, Ryan R. Brinkman, Tim R. Mosmann, Vincenzo Barnaba, Andreas Dolf, Lorenzo Cosmi, Bo Huang, Andreia C. Lino, Baerbel Keller, René A. W. van Lier, Alexandra J. Corbett, Paul S. Frenette, Pleun Hombrink, Helena Radbruch, Sofie Van Gassen, Olivier Lantz, Lorenzo Moretta, Désirée Kunkel, Kirsten A. Ward-Hartstonge, Armin Saalmüller, Leslie Y. T. Leung, Salvador Vento-Asturias, Paola Lanuti, Alicia Martínez-Romero, Sarah Warth, Zhiyong Poon, Diana Dudziak, Andrea Cossarizza, Kovit Pattanapanyasat, Konrad von Volkmann, Jessica P. Houston, Agnès Lehuen, Andrew Filby, Pratip K. Chattopadhyay, Stefano Casola, Annika Wiedemann, Hannes Stockinger, Jürgen Ruland, Arturo Zychlinsky, Claudia Waskow, Katrin Neumann, Ari Waisman, Lucienne Chatenoud, Sudipto Bari, Kamran Ghoreschi, David W. Galbraith, Yvan Saeys, Hamida Hammad, Andrea Gori, Miguel López-Botet, Gabriel Núñez, Sabine Ivison, Michael Hundemer, Dorothea Reimer, Mark C. Dessing, Günter J. Hämmerling, Rudolf A. Manz, Tomas Kalina, Jonas Hahn, Holden T. Maecker, Hendy Kristyanto, Martin S. Davey, Henning Ulrich, Michael L. Dustin, Takashi Saito, Yousuke Takahama, Milena Nasi, Johanna Huber, Jürgen Wienands, Paolo Dellabona, Andreas Schlitzer, Michael D. Leipold, Kerstin H. Mair, Christian Peth, Immo Prinz, Chiara Romagnani, José M. González-Navajas, Josephine Schlosser, Marina Saresella, Matthias Edinger, Dirk Brenner, Nicole Baumgarth, Rikard Holmdahl, Fang-Ping Huang, Guadalupe Herrera, Malte Paulsen, Gergely Toldi, Luka Cicin-Sain, Reiner Schulte, Christina E. Zielinski, Thomas Winkler, Christoph Goettlinger, Philip E. Boulais, Jennie H M Yang, Antonio Celada, Heike Kunze-Schumacher, Julia Tornack, Florian Ingelfinger, Jenny Mjösberg, Andy Riddell, Leonie Wegener, Thomas Höfer, Christoph Hess, James P. Di Santo, Anna E. Oja, J. Kühne, Willem van de Veen, Mary Bebawy, Alberto Mantovani, Bart Everts, Giovanna Lombardi, Laura Maggi, Anouk von Borstel, Pia Kvistborg, Elisabetta Traggiai, A Ochel, Nima Aghaeepour, Charles-Antoine Dutertre, Matthieu Allez, Thomas Höllt, Wenjun Ouyang, Regina Stark, Maries van den Broek, Shimon Sakaguchi, Paul K. Wallace, Silvano Sozzani, Francesca LaRosa, Annette Oxenius, Malgorzata J. Podolska, Ivana Marventano, Wilhelm Gerner, Oliver F. Wirz, Britta Frehse, Gevitha Ravichandran, Martin Herrmann, Carl S. Goodyear, Gary Warnes, Helen Ferry, Stefan Frischbutter, Tim R. Radstake, Salomé LeibundGut-Landmann, Yi Zhao, Axel Schulz, Angela Santoni, Pablo Engel, Daniela C. Hernández, Andreas Acs, Cristiano Scottà, Francesco Annunziato, Thomas Weisenburger, Wolfgang Beisker, Sue Chow, Fritz Melchers, Daniel E. Speiser, Immanuel Kwok, Florent Ginhoux, Dominic A. Boardman, Natalie Stanley, Carsten Watzl, Marie Follo, Erik Lubberts, Andreas Krueger, Susanne Ziegler, Göran K. Hansson, David Voehringer, Antonia Niedobitek, Eleni Christakou, Lai Guan Ng, Sabine Baumgart, Nicholas A Gherardin, Antonio Cosma, Orla Maguire, Jolene Bradford, Daniel Schraivogel, Linda Quatrini, Stephen D. Miller, Rheumatology, Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia (UNIMORE), Deutsches Rheuma-ForschungsZentrum (DRFZ), Deutsches Rheuma-ForschungsZentrum, Swiss Institute of Allergy and Asthma Research (SIAF), Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Institut de Recherche Saint-Louis - Hématologie Immunologie Oncologie (Département de recherche de l’UFR de médecine, ex- Institut Universitaire Hématologie-IUH) (IRSL), Université de Paris (UP), Ecotaxie, microenvironnement et développement lymphocytaire (EMily (UMR_S_1160 / U1160)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Department of Internal Medicine, Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI)-DENOTHE Center, Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University, Department of Life Sciences [Siena, Italy], Università degli Studi di Siena = University of Siena (UNISI), Institut Pasteur, Fondation Cenci Bolognetti - Istituto Pasteur Italia, Fondazione Cenci Bolognetti, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Dulbecco Telethon Institute/Department of Biology, Caprotec Bioanalytics GmbH, International Occultation Timing Association European Section (IOTA ES), International Occultation Timing Association European Section, European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] (EMBL), VIB-UGent Center for Inflammation Research [Gand, Belgique] (IRC), VIB [Belgium], Fondazione Santa Lucia (IRCCS), Department of Immunology, Chinese Academy of Medical Sciences, FIRC Institute of Molecular Oncology Foundation, IFOM, Istituto FIRC di Oncologia Molecolare (IFOM), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Physiopatology and Transplantation, University of Milan (DEPT), University of Milan, Monash University [Clayton], Institut des Maladies Emergentes et des Thérapies Innovantes (IMETI), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Institute of Cellular Pathology, Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Lymphopoïèse (Lymphopoïèse (UMR_1223 / U1223 / U-Pasteur_4)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Experimental Immunology Unit, Dept. of Oncology, DIBIT San Raffaele Scientific Institute, Immunité Innée - Innate Immunity, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], Department of Biopharmacy [Bruxelles, Belgium] (Institute for Medical Immunology IMI), Université libre de Bruxelles (ULB), Charité Hospital, Humboldt-Universität zu Berlin, Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Laboratory of Molecular Immunology and the Howard Hughes Institute, Rockefeller University [New York], Kennedy Institute of Rheumatology [Oxford, UK], Imperial College London, Theodor Kocher Institute, University of Bern, Leibniz Research Institute for Environmental Medicine [Düsseldorf, Germany] ( IUF), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), University of Edinburgh, Integrative Biology Program [Milano], Istituto Nazionale Genetica Molecolare [Milano] (INGM), Singapore Immunology Network (SIgN), Biomedical Sciences Institute (BMSI), Universitat de Barcelona (UB), Rheumatologie, Cell Biology, Department of medicine [Stockholm], Karolinska Institutet [Stockholm]-Karolinska University Hospital [Stockholm], Department for Internal Medicine 3, Institute for Clinical Immunology, Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Delft University of Technology (TU Delft), Medical Inflammation Research, Karolinska Institutet [Stockholm], Department of Photonics Engineering [Lyngby], Technical University of Denmark [Lyngby] (DTU), Dpt of Experimental Immunology [Braunschweig], Helmholtz Centre for Infection Research (HZI), Department of Internal Medicine V, Universität Heidelberg [Heidelberg], Department of Histology and Embryology, University of Rijeka, Freiburg University Medical Center, Nuffield Dept of Clinical Medicine, University of Oxford [Oxford]-NIHR Biomedical Research Centre, Institute of Integrative Biology, Molecular Biomedicine, Berlin Institute of Health (BIH), Laboratory for Lymphocyte Differentiation, RIKEN Research Center, Institutes of Molecular Medicine and Experimental Immunology, University of Bonn, Immunité et cancer (U932), Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Department of Surgery [Vancouver, BC, Canada] (Child and Family Research Institute), University of British Columbia (UBC)-Child and Family Research Institute [Vancouver, BC, Canada], College of Food Science and Technology [Shangai], Shanghai Ocean University, Institute for Medical Microbiology and Hygiene, University of Marburg, King‘s College London, Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Centre d'Immunophénomique (CIPHE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Brustzentrum Kantonsspital St. Gallen, Immunotechnology Section, Vaccine Research Center, National Institutes of Health [Bethesda] (NIH)-National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Heinrich Pette Institute [Hamburg], Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), Department of Immunology and Cell Biology, Mario Negri Institute, Laboratory of Molecular Medicine and Biotechnology, Don C. Gnocchi ONLUS Foundation, Institute of Translational Medicine, Klinik für Dermatologie, Venerologie und Allergologie, School of Biochemistry and Immunology, Department of Medicine Huddinge, Karolinska Institutet [Stockholm]-Karolinska University Hospital [Stockholm]-Lipid Laboratory, Università di Genova, Dipartimento di Medicina Sperimentale, Department of Environmental Microbiology, Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Department of Radiation Oncology [Munich], Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Centre de Recherche Publique- Santé, Université du Luxembourg (Uni.lu), William Harvey Research Institute, Barts and the London Medical School, University of Michigan [Ann Arbor], University of Michigan System, Centro de Investigacion del Cancer (CSIC), Universitario de Salamanca, Molecular Pathology [Tartu, Estonia], University of Tartu, Hannover Medical School [Hannover] (MHH), Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Monash Biomedicine Discovery Institute, Cytometry Laboratories and School of Veterinary Medicine, Purdue University [West Lafayette], Data Mining and Modelling for Biomedicine [Ghent, Belgium], VIB Center for Inflammation Research [Ghent, Belgium], Laboratory for Cell Signaling, RIKEN Research Center for Allergy and Immunology, RIKEN Research Center for Allergy and Immunology, Osaka University [Osaka], Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome], Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP), Institute of Medical Immunology [Berlin, Germany], FACS and Array Core Facility, Johannes Gutenberg - Universität Mainz (JGU), Otto-von-Guericke University [Magdeburg] (OVGU), SUPA School of Physics and Astronomy [University of St Andrews], University of St Andrews [Scotland]-Scottish Universities Physics Alliance (SUPA), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), General Pathology and Immunology (GPI), University of Brescia, Université de Lausanne (UNIL), Terry Fox Laboratory, BC Cancer Agency (BCCRC)-British Columbia Cancer Agency Research Centre, Department of Molecular Immunology, Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Dept. Pediatric Cardiology, Universität Leipzig [Leipzig], Universitaetsklinikum Hamburg-Eppendorf = University Medical Center Hamburg-Eppendorf [Hamburg] (UKE), Center for Cardiovascular Sciences, Albany Medical College, Dept Pathol, Div Immunol, University of Cambridge [UK] (CAM), Department of Information Technology [Gent], Universiteit Gent, Department of Plant Systems Biology, Department of Plant Biotechnology and Genetics, Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Division of Molecular Immunology, Institute for Immunology, Department of Geological Sciences, University of Oregon [Eugene], Centers for Disease Control and Prevention [Atlanta] (CDC), Centers for Disease Control and Prevention, University of Colorado [Colorado Springs] (UCCS), FACS laboratory, Cancer Research, London, Cancer Research UK, Regeneration in Hematopoiesis and Animal Models of Hematopoiesis, Faculty of Medicine, Dresden University of Technology, Barbara Davis Center for Childhood Diabetes (BDC), University of Colorado Anschutz [Aurora], School of Computer and Electronic Information [Guangxi University], Guangxi University [Nanning], School of Materials Science and Engineering, Nanyang Technological University [Singapour], Max Planck Institute for Infection Biology (MPIIB), Max-Planck-Gesellschaft, Work in the laboratory of Dieter Adam is supported by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation)—Projektnummer 125440785 – SFB 877, Project B2.Petra Hoffmann, Andrea Hauser, and Matthias Edinger thank BD Biosciences®, San José, CA, USA, and SKAN AG, Bale, Switzerland for fruitful cooperation during the development, construction, and installation of the GMP‐compliant cell sorting equipment and the Bavarian Immune Therapy Network (BayImmuNet) for financial support.Edwin van der Pol and Paola Lanuti acknowledge Aleksandra Gąsecka M.D. for excellent experimental support and Dr. Rienk Nieuwland for textual suggestions. This work was supported by the Netherlands Organisation for Scientific Research – Domain Applied and Engineering Sciences (NWO‐TTW), research program VENI 15924.Jessica G Borger, Kylie M Quinn, Mairi McGrath, and Regina Stark thank Francesco Siracusa and Patrick Maschmeyer for providing data.Larissa Nogueira Almeida was supported by DFG research grant MA 2273/14‐1. Rudolf A. Manz was supported by the Excellence Cluster 'Inflammation at Interfaces' (EXC 306/2).Susanne Hartmann and Friederike Ebner were supported by the German Research Foundation (GRK 2046).Hans Minderman was supported by NIH R50CA211108.This work was funded by the Deutsche Forschungsgemeinschaft through the grant TRR130 (project P11 and C03) to Thomas H. Winkler.Ramon Bellmàs Sanz, Jenny Kühne, and Christine S. Falk thank Jana Keil and Kerstin Daemen for excellent technical support. The work was funded by the Germany Research Foundation CRC738/B3 (CSF).The work by the Mei laboratory was supported by German Research Foundation Grant ME 3644/5‐1 and TRR130 TP24, the German Rheumatism Research Centre Berlin, European Union Innovative Medicines Initiative ‐ Joint Undertaking ‐ RTCure Grant Agreement 777357, the Else Kröner‐Fresenius‐Foundation, German Federal Ministry of Education and Research e:Med sysINFLAME Program Grant 01ZX1306B and KMU‐innovativ 'InnoCyt', and the Leibniz Science Campus for Chronic Inflammation (http://www.chronische-entzuendung.org).Axel Ronald Schulz, Antonio Cosma, Sabine Baumgart, Brice Gaudilliere, Helen M. McGuire, and Henrik E. Mei thank Michael D. Leipold for critically reading the manuscript.Christian Kukat acknowledges support from the ISAC SRL Emerging Leaders program.John Trowsdale received funding from the European Research Council under the European Union's Horizon 2020 research and innovation program (Grant Agreement 695551)., European Project: 7728036(1978), Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia = University of Modena and Reggio Emilia (UNIMORE), Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI)-DENOTHE Center, Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Humboldt University Of Berlin, Leibniz Research Institute for Environmental Medicine [Düsseldorf, Germany] (IUF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (DTU), Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University, Universitäts Klinikum Freiburg = University Medical Center Freiburg (Uniklinik), University of Oxford-NIHR Biomedical Research Centre, Universität Bonn = University of Bonn, Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), Università degli studi di Genova = University of Genoa (UniGe), Universidad de Salamanca, Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome] (UNIROMA), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Johannes Gutenberg - Universität Mainz = Johannes Gutenberg University (JGU), Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg = Otto-von-Guericke University [Magdeburg] (OVGU), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Universität Leipzig, Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), HZI,Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH, Inhoffenstr. 7,38124 Braunschweig, Germany., Cossarizza, A., Chang, H. -D., Radbruch, A., Acs, A., Adam, D., Adam-Klages, S., Agace, W. W., Aghaeepour, N., Akdis, M., Allez, M., Almeida, L. N., Alvisi, G., Anderson, G., Andra, I., Annunziato, F., Anselmo, A., Bacher, P., Baldari, C. T., Bari, S., Barnaba, V., Barros-Martins, J., Battistini, L., Bauer, W., Baumgart, S., Baumgarth, N., Baumjohann, D., Baying, B., Bebawy, M., Becher, B., Beisker, W., Benes, V., Beyaert, R., Blanco, A., Boardman, D. A., Bogdan, C., Borger, J. G., Borsellino, G., Boulais, P. E., Bradford, J. A., Brenner, D., Brinkman, R. R., Brooks, A. E. S., Busch, D. H., Buscher, M., Bushnell, T. P., Calzetti, F., Cameron, G., Cammarata, I., Cao, X., Cardell, S. L., Casola, S., Cassatella, M. A., Cavani, A., Celada, A., Chatenoud, L., Chattopadhyay, P. K., Chow, S., Christakou, E., Cicin-Sain, L., Clerici, M., Colombo, F. S., Cook, L., Cooke, A., Cooper, A. M., Corbett, A. J., Cosma, A., Cosmi, L., Coulie, P. G., Cumano, A., Cvetkovic, L., Dang, V. D., Dang-Heine, C., Davey, M. S., Davies, D., De Biasi, S., Del Zotto, G., Dela Cruz, G. V., Delacher, M., Della Bella, S., Dellabona, P., Deniz, G., Dessing, M., Di Santo, J. P., Diefenbach, A., Dieli, F., Dolf, A., Dorner, T., Dress, R. J., Dudziak, D., Dustin, M., Dutertre, C. -A., Ebner, F., Eckle, S. B. G., Edinger, M., Eede, P., Ehrhardt, G. R. A., Eich, M., Engel, P., Engelhardt, B., Erdei, A., Esser, C., Everts, B., Evrard, M., Falk, C. S., Fehniger, T. A., Felipo-Benavent, M., Ferry, H., Feuerer, M., Filby, A., Filkor, K., Fillatreau, S., Follo, M., Forster, I., Foster, J., Foulds, G. A., Frehse, B., Frenette, P. S., Frischbutter, S., Fritzsche, W., Galbraith, D. W., Gangaev, A., Garbi, N., Gaudilliere, B., Gazzinelli, R. T., Geginat, J., Gerner, W., Gherardin, N. A., Ghoreschi, K., Gibellini, L., Ginhoux, F., Goda, K., Godfrey, D. I., Goettlinger, C., Gonzalez-Navajas, J. M., Goodyear, C. S., Gori, A., Grogan, J. L., Grummitt, D., Grutzkau, A., Haftmann, C., Hahn, J., Hammad, H., Hammerling, G., Hansmann, L., Hansson, G., Harpur, C. M., Hartmann, S., Hauser, A., Hauser, A. E., Haviland, D. L., Hedley, D., Hernandez, D. C., Herrera, G., Herrmann, M., Hess, C., Hofer, T., Hoffmann, P., Hogquist, K., Holland, T., Hollt, T., Holmdahl, R., Hombrink, P., Houston, J. P., Hoyer, B. F., Huang, B., Huang, F. -P., Huber, J. E., Huehn, J., Hundemer, M., Hunter, C. A., Hwang, W. Y. K., Iannone, A., Ingelfinger, F., Ivison, S. M., Jack, H. -M., Jani, P. K., Javega, B., Jonjic, S., Kaiser, T., Kalina, T., Kamradt, T., Kaufmann, S. H. E., Keller, B., Ketelaars, S. L. C., Khalilnezhad, A., Khan, S., Kisielow, J., Klenerman, P., Knopf, J., Koay, H. -F., Kobow, K., Kolls, J. K., Kong, W. T., Kopf, M., Korn, T., Kriegsmann, K., Kristyanto, H., Kroneis, T., Krueger, A., Kuhne, J., Kukat, C., Kunkel, D., Kunze-Schumacher, H., Kurosaki, T., Kurts, C., Kvistborg, P., Kwok, I., Landry, J., Lantz, O., Lanuti, P., Larosa, F., Lehuen, A., LeibundGut-Landmann, S., Leipold, M. D., Leung, L. Y. T., Levings, M. K., Lino, A. C., Liotta, F., Litwin, V., Liu, Y., Ljunggren, H. -G., Lohoff, M., Lombardi, G., Lopez, L., Lopez-Botet, M., Lovett-Racke, A. E., Lubberts, E., Luche, H., Ludewig, B., Lugli, E., Lunemann, S., Maecker, H. T., Maggi, L., Maguire, O., Mair, F., Mair, K. H., Mantovani, A., Manz, R. A., Marshall, A. J., Martinez-Romero, A., Martrus, G., Marventano, I., Maslinski, W., Matarese, G., Mattioli, A. V., Maueroder, C., Mazzoni, A., Mccluskey, J., Mcgrath, M., Mcguire, H. M., Mcinnes, I. B., Mei, H. E., Melchers, F., Melzer, S., Mielenz, D., Miller, S. D., Mills, K. H. G., Minderman, H., Mjosberg, J., Moore, J., Moran, B., Moretta, L., Mosmann, T. R., Muller, S., Multhoff, G., Munoz, L. E., Munz, C., Nakayama, T., Nasi, M., Neumann, K., Ng, L. G., Niedobitek, A., Nourshargh, S., Nunez, G., O'Connor, J. -E., Ochel, A., Oja, A., Ordonez, D., Orfao, A., Orlowski-Oliver, E., Ouyang, W., Oxenius, A., Palankar, R., Panse, I., Pattanapanyasat, K., Paulsen, M., Pavlinic, D., Penter, L., Peterson, P., Peth, C., Petriz, J., Piancone, F., Pickl, W. F., Piconese, S., Pinti, M., Pockley, A. G., Podolska, M. J., Poon, Z., Pracht, K., Prinz, I., Pucillo, C. E. M., Quataert, S. A., Quatrini, L., Quinn, K. M., Radbruch, H., Radstake, T. R. D. J., Rahmig, S., Rahn, H. -P., Rajwa, B., Ravichandran, G., Raz, Y., Rebhahn, J. A., Recktenwald, D., Reimer, D., Reis e Sousa, C., Remmerswaal, E. B. M., Richter, L., Rico, L. G., Riddell, A., Rieger, A. M., Robinson, J. P., Romagnani, C., Rubartelli, A., Ruland, J., Saalmuller, A., Saeys, Y., Saito, T., Sakaguchi, S., Sala-de-Oyanguren, F., Samstag, Y., Sanderson, S., Sandrock, I., Santoni, A., Sanz, R. B., Saresella, M., Sautes-Fridman, C., Sawitzki, B., Schadt, L., Scheffold, A., Scherer, H. U., Schiemann, M., Schildberg, F. A., Schimisky, E., Schlitzer, A., Schlosser, J., Schmid, S., Schmitt, S., Schober, K., Schraivogel, D., Schuh, W., Schuler, T., Schulte, R., Schulz, A. R., Schulz, S. R., Scotta, C., Scott-Algara, D., Sester, D. P., Shankey, T. V., Silva-Santos, B., Simon, A. K., Sitnik, K. M., Sozzani, S., Speiser, D. E., Spidlen, J., Stahlberg, A., Stall, A. M., Stanley, N., Stark, R., Stehle, C., Steinmetz, T., Stockinger, H., Takahama, Y., Takeda, K., Tan, L., Tarnok, A., Tiegs, G., Toldi, G., Tornack, J., Traggiai, E., Trebak, M., Tree, T. I. M., Trotter, J., Trowsdale, J., Tsoumakidou, M., Ulrich, H., Urbanczyk, S., van de Veen, W., van den Broek, M., van der Pol, E., Van Gassen, S., Van Isterdael, G., van Lier, R. A. W., Veldhoen, M., Vento-Asturias, S., Vieira, P., Voehringer, D., Volk, H. -D., von Borstel, A., von Volkmann, K., Waisman, A., Walker, R. V., Wallace, P. K., Wang, S. A., Wang, X. M., Ward, M. D., Ward-Hartstonge, K. A., Warnatz, K., Warnes, G., Warth, S., Waskow, C., Watson, J. V., Watzl, C., Wegener, L., Weisenburger, T., Wiedemann, A., Wienands, J., Wilharm, A., Wilkinson, R. J., Willimsky, G., Wing, J. B., Winkelmann, R., Winkler, T. H., Wirz, O. F., Wong, A., Wurst, P., Yang, J. H. M., Yang, J., Yazdanbakhsh, M., Yu, L., Yue, A., Zhang, H., Zhao, Y., Ziegler, S. M., Zielinski, C., Zimmermann, J., Zychlinsky, A., UCL - SSS/DDUV - Institut de Duve, UCL - SSS/DDUV/GECE - Génétique cellulaire, Netherlands Organization for Scientific Research, German Research Foundation, European Commission, European Research Council, Repositório da Universidade de Lisboa, CCA - Imaging and biomarkers, Experimental Immunology, AII - Infectious diseases, AII - Inflammatory diseases, Biomedical Engineering and Physics, ACS - Atherosclerosis & ischemic syndromes, and Landsteiner Laboratory

Darouny Phonekeo, Thierry Rose, Sengchanh Kounnavong, Somphavanh Somlor, Nicolas Escriou, Khamsing Vongphayloth, Somphou Sayasone, Mayfong Mayxay, Vilaysone Khounvisith, Phonepadith Xangsayarath, Siriphone Virachith, Antony P. Black, Paul T. Brey, Elodie Calvez, Marc Eloit, Virginie Pommelet, Vincent Lacoste, Judith M. Hübschen, Sarah Temmam, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Lao Tropical Public Health Institute, Institute of Research and Education Development [Vientiane, Laos] (IRED), University of Health Sciences [Vientiane, Laos] (UHS)-Ministry of Health [Laos], Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, Centre for Tropical Medicine and Global Health [Oxford, UK], Nuffield Department of Medicine [Oxford, UK] (Big Data Institute), University of Oxford-University of Oxford, National Centre for Laboratory and Epidemiology [Vientiane, Laos], Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP), Département de Santé Globale - Department Global Health, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Luxembourg Institute of Health (LIH), Agence Française de Développement. Additional, Institut Pasteur du Laos, Institute Pasteur, Paris and Luxembourg Ministry of Foreign and European Affairs ('PaReCIDS II')., and TEMMAM, Sarah

François Huetz, Bertrand Collet, Pierre Bruhns, Rosario Castro, Thierry Rose, J. Oriol Sunyer, Pascal Bochet, Pierre Boudinot, Simon Fillatreau, Sofie Navelsaker, Edwige Quillet, Luc Jouneau, Øystein Evensen, Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Faculty of Medicine [Oslo], University of Oslo (UiO), Analyse d'images biologiques - Biological Image Analysis (BIA), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Pennsylvania [Philadelphia], Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], The Norwegian University of Life Sciences (NMBU) supported S.N. by an NMBU Ph.D. program, S.N. was also supported by Research Council of Norway (RCN) Project 237315, and Ø.E. received partial funding from RCN Project 239140. J.O.S. was funded by National Institutes of Health Grant 2R01GM085207-09., ANR-16-CE20-0002,Fish-RNAvax,Vaccins ARN éco-compatibles pour l'induction de réponses immunitaires protectrices chez le poisson d'élevage(2016), European Project: 311993,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2012-6-singlestage,TARGETFISH(2012), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Pennsylvania, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Sébastien Nisole, Virginie Georget, Cedric Hassen-Khodja, Yves Jacob, Yves L. Janin, Nathalie J. Arhel, Pierre-Olivier Vidalain, Thierry Rose, Juliette Fernandez, Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM), BioCampus Montpellier (BCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]-Université de Paris (UP), Chimie et Biocatalyse, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Biologie cellulaire des infections virales – Cell biology of viral infection, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was financed by Sidaction, the Société d’Accélération de Transfert Technologique IdfInnov (now Erganeo), the Labex EpiGenMed 'Investissements d’avenir' ANR-10-LABX-12-01, the ATIP-Avenir program, and the Agence Nationale de Recherche sur le Sida et les Hépatites Virales., ANR-10-LABX-0012,EpiGenMed,From Genome and Epigenome to Molecular Medicine: turning new paradigms in biology into the therapeutic strategies of tomorrow(2010), Regional Imaging Platform, Montpellier Ressources Imagerie (MRI), BioCampus, Montpellier, France, Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was financed by Sidaction, the Société d’Accélération de Transfert Technologique IdfInnov (now Erganeo), the Labex EpiGenMed 'Investissements d’avenir' ANR-10-LABX-12-01, the ATIP-Avenir program, and the Agence Nationale de Recherche sur le Sida et les Hépatites Virales. We thank Leslie Bancel-Vallee (Montpellier Ressources Imagerie, Montpellier) for help with the Airyscan imaging., BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Arhel, Nathalie, and Laboratoires d'excellence - From Genome and Epigenome to Molecular Medicine: turning new paradigms in biology into the therapeutic strategies of tomorrow - - EpiGenMed2010 - ANR-10-LABX-0012 - LABX - VALID

Pierre Charneau, Philippe Souque, Evelyne Dufour, Marion Gransagne, Stéphane Petres, Ana Ines Lalanne, Thierry Rose, Isabelle Turbiez, François Dejardin, François Anna, Odile Richard-Le Goff, Olivier Helynck, Maude Guillot-Delost, Sophie Goyard, Alexia Savignoni, François-Clément Bidard, Zaineb Choucha, Fabien Nevo, Franck Perez, Delphine Louis, Véronique Gillon, Yves L. Janin, A Gobillion, Nicolas Escriou, Olivier Lantz, Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris]-TheraVectys, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Institut Curie [Paris], Virologie Moléculaire et Vaccinologie / Molecular Virology and Vaccinology, Institut Pasteur [Paris], Laboratoire d’innovation : vaccins – Innovation lab : vaccines, Risques cliniques et sécurité en santé des femmes et en santé périnatale (RISCQ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Immunité et cancer (U932), Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Plateforme technologique Production et purification de protéines recombinantes – Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform (PPR), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Chimie et Biocatalyse, This work was made possible thanks to the financial support obtained through the URGENCE nouveau coronavirus fundraising campaign of Institut Pasteur and the financial support of the Fondation Total. This study was funded in part by a grant from Fondation de France and by Institut Curie Institutional funding. The luciferin synthesis development has been supported by DARRI (ValoExpress 2016-2018). LuLISA development has been supported by IARP Pasteur-Carnot MI (2019-2020)., Institut Pasteur [Paris] (IP)-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP), Université Paris-Saclay, Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lassailly-Bondaz, Anne, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Curie [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Thomas Roederer, Bastien Mollo, Charline Vincent, Birgit Nikolay, Augusto Llosa, Robin Nesbitt, Jessica Vanhomwegen, Thierry Rose, François Anna, Corinne Torre, Emilie Fourrey, Erica Simons, Sophie Goyard, Yves Janin, Pierre Charneau, Oxana Vratskikh, Anneliese Coury, Stefan Vanel, Pierre Mendiharat, Klaudia Porten, William Hennequin, Clair Mills, Francisco Luquero, Epicentre [Paris] [Médecins Sans Frontières], Médecins Sans Frontières [Paris] (MSF), Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks (ERI), Institut Pasteur [Paris] (IP), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virologie Moléculaire et Vaccinologie / Molecular Virology and Vaccinology, Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris] (IP)-TheraVectys, Chimie et Biocatalyse, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Janin, Yves, Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-TheraVectys, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Marta Mastrogiovanni, Marie Juzans, Andrés Alcover, Vincenzo Di Bartolo, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Université (SU), Our laboratory was supported by grants from the Ligue Nationale contre le Cancer, Equipe Labellisée 2018, and institutional grants from the Institut Pasteur and INSERM. MM was a scholar of the Pasteur Paris University International Doctoral Program, supported by the Institut Pasteur, the European Union Horizon 2020 Research and Innovation Programme under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement 665807 (COFUND-PASTEURDOC), and by a Ligue Nationale Contre le Cancer Doctoral Fellowship. MJ was supported by a Ligue Nationale Contre le Cancer Doctoral Fellowship and the Institut Pasteur., European Project: 665807,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,PASTEURDOC(2015), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5, and Institut Pasteur International Docotal Program - PASTEURDOC - - H20202015-10-01 - 2020-10-01 - 665807 - VALID

Cristina Rodríguez-Padilla, Ana Carolina Martínez-Torres, Reyes Tamez-Guerra, Helen Yarimet Lorenzo-Anota, Daniel Scott-Algara, Universidad Autonoma de Nuevo Leon [Mexique] (UANL), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Longeveden, This work was supported by the Laboratory of Immunology and Virology of the College of Biological Sciences, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL). HYLA holds a CONACYT scholarship., Scott, Daniel, and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Marie Juzans, Pascal Bochet, Marta Mastrogiovanni, Vincenzo Di Bartolo, Thierry Rose, Céline Cuche, Andrés Alcover, Di Bartolo, Vincenzo, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, Institut Pasteur International Docotal Program - PASTEURDOC - - H20202015-10-01 - 2020-10-01 - 665807 - VALID, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Equipe labellisée Ligue contre le Cancer, Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Analyse d'images biologiques - Biological Image Analysis (BIA), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by grants from La Ligue Nationale contre le Cancer, Equipe Labellisée 2018, and institutional grants from the Institut Pasteur and INSERM. M.J. was supported by a Ligue Nationale contre le Cancer Doctoral Fellowship and the Institut Pasteur. M.M. is a scholar of the Pasteur Paris University International Doctoral Program, supported by the Institut Pasteur and the European Union Horizon 2020 Research and Innovation Programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement 665807 (COFUND-PASTEURDOC). The Unit of Technology and Service Photonic BioImaging core facility is supported by the French National Research Agency France BioImaging (ANR-10–INSB–04, Investments for the Future)., We thank Drs. F. Sepulveda and D. Scott-Algara for scientific advice, J.Y. Tinevez, A. Salles, J. Fernandes and the Unit of Technology and Service Photonic BioImaging facility, Institut Pasteur for technical support and the ICAReB Biological Resources core facility team, Institut Pasteur for providing primary T cell samples. We are grateful to I. Näthke for Abs., ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), European Project: 665807,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,PASTEURDOC(2015), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Collège doctoral [Sorbonne universités], and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Sophie Goyard, Yves L. Janin, Stephen J. Galli, Bianca Balbino, Rebecca S. Chinthrajah, Pierre Bruhns, Pascal Poncet, Kari C. Nadeau, Shu-Chen Lyu, Laurent L. Reber, Thierry Rose, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Sorbonne Université (SU), Sean N. Parker Center for Allergy and Asthma Research [Stanford], Stanford Medicine, Stanford University-Stanford University, Stanford University, Stanford University School of Medicine [CA, USA], Chimie et Biocatalyse, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département d'Immunologie - Department of Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the Institut Pasteur initiative for valorizing the applications of research (ValoExpress 2016‐2017, Innov‐IARP Pasteur‐Carnot 2019‐2020 SG, YLJ, PP, TR) and NIH/NIAID U19AI104209 (SJG, RSC, S‐CL, and KCN). BB acknowledges support from the Pasteur—Paris University (PPU) International PhD program and a fellowship from the French 'Fondation pour la Recherche Médicale FRM.' LL Reber acknowledges support from the INSERM and an ATIP‐Avenir grant., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Service de Biochimie et de Biologie Moléculaire [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur [Paris], and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Daniel Scott-Algara, Valeria Cavalcanti Rolla, Carmem B. W. Giacoia-Gripp, Sylvia Lopes Maia Teixeira, Mariza G. Morgado, Tatiana Pereira da Silva, Marcelo Ribeiro-Alves, Nathalia Beatriz Ramos de Sá, José Henrique Pilotto, Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Hospital Geral de Nova Iguaçu (HGNI), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), The study was supported by Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq (Grant number 404573/2012–6) and France Recherche Nord & Sud Sida-HIV Hépatites - ANRS (Grant number ANRS12274). NBRS and MGM are recipients of CAPES and CNPQ fellowship programs., Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], and Scott, Daniel

Juzans, Marie, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Sorbonne Université, Vincenzo Di Bartolo, Andrés Alcover, and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Balbino Alarcón, Andrés Alcover, Vincenzo Di Bartolo, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Centro de Biología Molecular Severo Ochoa [Madrid] (CBMSO), Universidad Autonoma de Madrid (UAM)-Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Universidad Autónoma de Madrid (UAM)-Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC)

Carmem Beatriz Wagner Giacoia-Gripp, Andressa da Silva Cazote, Tatiana Pereira da Silva, Flávia Marinho Sant'Anna, Carolina Arana Stanis Schmaltz, Tania de Souza Brum, Juliana Arruda de Matos, Júlio Silva, Aline Benjamin, José Henrique Pilotto, Valeria Cavalcanti Rolla, Mariza Gonçalves Morgado, Daniel Scott-Algara, Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Hospital Geral de Nova Iguaçu (HGNI), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], We are indebted to ANRS (Project 12274) and CNPq (Project DECIT/CNPq 404573/2012-6) for supporting this study and to FIOCRUZ., We thank the patients who participated in the study and all staff from the blood collection sectors from the National Institute of Infectious Diseases Evandro Chagas and Nova Iguaçu General Hospital. We also thank Michelle das Neves and Priscilla Guimarães from the CD4 count and viral load clinical services of the Laboratory of AIDS and Molecular Immunology, IOC-Fiocruz. Finally, we thank Thaize Quiroga, MSc from the Flow Cytometry Sorting Core Facility, IOC-FIOCRUZ, and the Flow Cytometry Core of the Central Laboratory from the National Institute of Infectious Diseases Evandro Chagas—FIOCRUZ., Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Scott, Daniel, and Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ)

Shuai Ding, Thibault Lagache, Jacques Bellalou, Vincenzo Di Bartolo, Salaheddine Mécheri, Neta Regev-Rudzki, François Guillonneau, Sébastien Brûlé, Chris J. Janse, Claudia Demarta-Gatsi, Roger Peronet, Anna Rivkin, Paula Abou Karam, Sidney R. Cohen, Pierre-Henri Commere, Biologie des Interactions Hôte-Parasite - Biology of Host-Parasite Interactions, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Immunologie Moléculaire, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cytométrie (Plate-forme), Institut Pasteur [Paris], Plateforme protéomique 3P5 [Institut Cochin] (3P5), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Production de Protéines Recombinantes (Plate-Forme) (PRPF), Biophysique Moléculaire (Plate-forme), Analyse d'Images quantitatives (AIQ), Parasitology, Center of Infectious Diseases, Leiden University Medical Center (LUMC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël], Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagopole (CITECH), Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre de Ressources et de Recherche Technologique - Center for Technological Resources and Research (C2RT), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Columbia University [New York], MECHERI, Salah, Universiteit Leiden, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], and Analyse d'images biologiques - Biological Image Analysis (BIA)

Polidy Pean, Janin Nouhin, Meng Ratana, Yoann Madec, Laurence Borand, Olivier Marcy, Didier Laureillard, Marcelo Fernandez, Françoise Barré-Sinoussi, Laurence Weiss, Daniel Scott-Algara, Scott, Daniel, Immunologie [Phnom Penh], Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Unité de Virologie / Virology Unit [Phnom Penh], Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Unité d'Épidémiologie et de Santé Publique [Phnom Penh], Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Médecins sans Frontières [Genève] (MSF), Institut Pasteur [Paris] (IP), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This work was supported by the Association of the Pasteur Institute International Network (Pasteur-Fiocruz 2010) and Pasteur Institute International Network/Dedonder-Clayton award., The authors thank the ANRS (French National Agency for HIV/AIDS and Viral Hepatitis Research) as the promoter of CAPRI-NK project (ANRS No. 12153). We thank all the patients who participated in the study and the medical staff of Khmer Soviet Friendship Hospital in Phnom Penh, Cambodia, Takeo Referral Hospital in Takeo province, Cambodia, Preah Kossamak Hospital in Phnom Penh, Cambodia, and Svay Rieng Referal Hospital in Svay Rieng Province, Cambodia. The authors thank to Dr. Erik Karlsson for critically reading and English writing correction of this manuscript., Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut Pasteur [Paris], and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Iratxe del Río-Iñiguez, Céline Cuche, Jérôme Bouchet, Andrés Alcover, Vincenzo Di Bartolo, Elena Vázquez-Chávez, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Collège doctoral [Sorbonne universités], Sorbonne Université (SU), This work was supported by grants from the Agence Nationale de Recherche sur le Syndrome d’Immunodéficience Acquise et les Hepatitis Virales (ANRS, Grant AO 2013-02 CSS1 1339/14673), Sidaction (Grant VIH20160721001), the Institut Pasteur, INSERM, and the People Programme (Marie Sklodowska-Curie Actions) of the European Union’s Seventh Framework Programme (Grant FP7/2007-2013 under the Research Executive Agency Grant Agreement 317057 HOMIN-ITN). The Photonic BioImaging UTechS microscopy facility at the Institut Pasteur is part of the France BioImaging infrastructure supported by Grant ANR-10-INSB-04-01, Investments for the Future. Individual funding was as follows: I.d.R.-I. obtained predoctoral funding from European Union Marie Curie Actions HOMIN-ITN (cited above), the Fondation pour la Recherche Médicale, and the ANRS. I.d.R.-I. is a scholar in the Pasteur-Paris University international doctoral program, E.V.-C. received postdoctoral funding from Sidaction, J.B. received postdoctoral funding from the ANRS, the Roux-Institut Pasteur, and Sidaction., European Project: 317057,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-ITN,HOMIN(2013), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Collège Doctoral

Sonia, Agüera-González, Oliver T, Burton, Elena, Vázquez-Chávez, Céline, Cuche, Floriane, Herit, Jérôme, Bouchet, Rémi, Lasserre, Iratxe, Del Río-Iñiguez, Vincenzo, Di Bartolo, Andrés, Alcover, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie des Populations Lymphocytaires, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Compartimentation et dynamique cellulaires (CDC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Curie [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Harvard Medical School [Boston] (HMS), Boston Children's Hospital, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by grants from ANR (11BSV302501), The People Programme (Marie Sk1odowska-Curie Actions) of the European Union’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under a REA grant agreement (no. 317057 HOMIN-ITN), the Institut Pasteur, INSERM, and CNRS (to A.A.) and ARC (PJA-20131200429) (to S.A.-G.). The following fellowships are acknowledged: ARC and ANR postdoctoral fellowships (PDF20101202232 and 11BSV302501 to S.A.-G.), NIDDK K01 career development grant(1K01DK106303-01) (to O.T.B.), ANR (11BSV302501) and Sidaction postdoctoral fellowships (to E.V.-C.), an ANR fellowship (11BSV302501 to F.H.), ANRS (1121/AO2013-2) and Roux-Institut Pasteur postdoctoral fellowships (to J.B.), ANR (11BSV302501), ANRS (1613/CSS1/AO2010-2), and Roux-Institut Pasteur postdoctoral fellowships (to R.L.), and an EU Marie Curie Actions HOMIN-ITN predoctoral fellowship (to I.d.R.-I., who is a scholar in the Pasteur-Paris University [PPU] International PhD program)., ANR-11-BSV3-0025,LEUKOSITRACY,Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures(2011), European Project: 317057,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-ITN,HOMIN(2013), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie [Paris]-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Di Bartolo, Vincenzo, BLANC - Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures - - LEUKOSITRACY2011 - ANR-11-BSV3-0025 - BLANC - VALID, and Host-microbe interactions in health and disease. Interface with the immune system - HOMIN - - EC:FP7:PEOPLE2013-04-01 - 2017-03-31 - 317057 - VALID

Iratxe del Río-Iñiguez, Rémi Lasserre, Sonia Agüera-González, Céline Cuche, Mary W. McCaffrey, Jérôme Bouchet, Elena Vázquez-Chávez, Andrés Alcover, Vincenzo Di Bartolo, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Molecular Cell Biology Laboratory, School of Biochemistry and Cell Biology, Biosciences Institute, University College, ANR Agence National de Recherche (ANR N° 11 BSV3 025 01)ANRS Agence National de Recherche contre le SIDA et les Hépathites Virales (ANRS AO 2013-02 CSS1 N° 1339-14673)Institut Pasteur, CNRS, INSERM People Programme (Marie Skoldowska Curie Actions) of the European Union's Seventh Framework Programme FP7/2007-2013/under the REA grant agreement n 317057 HOMIN-ITN to AAScience Foundation Ireland Principal Investigator Award (09/IN.1/B2629) to MWCImagopole : part of the France BioImaginginfrastructure supported by ANR-10-INSB-04-01, 'Investments for the Future'Personnel funding : ANRS and Roux Institut Pasteur postdoctoral funding to JBEuropean Union Marie cure HOMIN-ITN predoctoral funding to IdRI (a scholar in the Pasteur Paris University (PPU) International PhD programmRoux-Institut Pasteur and ANR postdoctoral funding to RLFondation ARC pour la Recherche sur le CancerANR postdoctoral funding to SAGANR and Sidation postdoctoral funding to EVC, ANR-11-BSV3-0025,LEUKOSITRACY,Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures(2011), European Project: 317057,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-ITN,HOMIN(2013), JEANNOT, FLORENCE, BLANC - Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures - - LEUKOSITRACY2011 - ANR-11-BSV3-0025 - BLANC - VALID, Host-microbe interactions in health and disease. Interface with the immune system - HOMIN - - EC:FP7:PEOPLE2013-04-01 - 2017-03-31 - 317057 - VALID, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]

Jérôme Bouchet, Iratxe del Río-Iñiguez, Andrés Alcover, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Agence Nationale de Recherche (ANR, n° 11 BSV3 025 01)Agence Nationale de Recherche sur le SIDA et les Hépathites Virales (ANRS)Institut Pasteur, CNRS et INSERMa scholar in the Pasteur Paris University (PPU) PhD ProgramPeople Programme (Marie Curie Actions) of the European Union's Seventh Framework Programme FP7/2007-2013 uner the REA grant agreement n° 317057 HOMIN, ANR-11-BSV3-0025,LEUKOSITRACY,Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures(2011), European Project: 317057,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-ITN,HOMIN(2013), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], JEANNOT, FLORENCE, BLANC - Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures - - LEUKOSITRACY2011 - ANR-11-BSV3-0025 - BLANC - VALID, and Host-microbe interactions in health and disease. Interface with the immune system - HOMIN - - EC:FP7:PEOPLE2013-04-01 - 2017-03-31 - 317057 - VALID

Iratxe del Río-Iñiguez, Jérôme Bouchet, Andrés Alcover, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This work was supported by grants from the Agence Nationale de Recherche (ANR, No 11 BSV3 025 01), the Agence National de Recherche sur le SIDA et les Hepatitis Virales (ANRS), Institut Pasteur, CNRS and INSERM. JB has been supported by ANRS and Roux-Institut Pasteur postdoctoral fellowships. IdRI is a scholar in the Pasteur - Paris University (PPU) International PhD program and is funded by the People Programme (Marie Curie Actions) of the European Union’s Seventh Framework Programme FP7/2007-2013/ under the REA grant agreement n° 317057 HOMIN., ANR-11-BSV3-0025,LEUKOSITRACY,Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures(2011), European Project: 317057,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-ITN,HOMIN(2013), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], JEANNOT, FLORENCE, BLANC - Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures - - LEUKOSITRACY2011 - ANR-11-BSV3-0025 - BLANC - VALID, and Host-microbe interactions in health and disease. Interface with the immune system - HOMIN - - EC:FP7:PEOPLE2013-04-01 - 2017-03-31 - 317057 - VALID

Eva C. Boritsch, Victor H. Navas, Torsten Seemann, Roland Brosch, Philip Supply, Christiane Bouchier, Timothy P. Stinear, Laurence Ma, Nadine Honoré, Varun Khanna, Alexandre Pawlik, Pathogénomique mycobactérienne intégrée, Institut Pasteur [Paris] (IP), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform, Victorian Life Sciences Computation Initiative, University of Melbourne, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Peter Doherty Institute for Infection and Immunity [Melbourne], University of Melbourne-The Royal Melbourne Hospital, This study was in part supported by the European Community’s Grants 260872 and 643381, European Union - European Federation of Pharmaceutical Industries and Associations Innovative Medicines Initiative Grant 115337, Agence National de Recherche Grant ANR-14-JAMR-001-02, and Fondation pour la Recherche Médicale FRM Grant DEQ20130326471. R.B. is a member of the LabEx consortium ANR-10-LABX-62-IBEID at the Institut Pasteur. E.C.B. was supported by a stipend from the Pasteur–Paris University International PhD program and the Institut Carnot Pasteur Maladies Infectieuses., We thank William R. Jacobs for providing M. smegmatis mc2874 and M. tuberculosis ΔRD1 strains, Denis A. Mitchison for providing M. tuberculosis strain 79112, and Dick van Soolingen for M. tuberculosis strain Tb36. We thank Louis Jones for setup of the CanettiiList server. Whole-genome sequencing was performed at the Institut Pasteur Genomics Platform, member of the 'France Génomique' consortium (ANR10-INBS-09-08). We thank the students of the Institut Pasteur genome analysis course for contributing one M. smegmatis clone for further analysis., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and The Royal Melbourne Hospital-University of Melbourne

Navas, Victor H, Cuche, Céline, Alcover, Andres, Di Bartolo, Vincenzo, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This work was funded by grants from the Institut Pasteur, the French National Center for Scientific Research (CNRS), French National Institute of Health and Medical Research (Inserm), the Ligue Contre le Cancer–Comité de Paris (grants nr. RS12/75-107 and RS13/75-30 to V.D.B.) and the Agence National de la Recherche (grant nr. ANR-11-BSV3-0025 to A.A)., We thank Drs. J. Bouchet and S Aguera (Lymphocyte Cell Biology Unit, Institut Pasteur) for critical reading the manuscript, Drs. P. Bruhns, F. Jönsson and C. Gillis (Antibodies in Therapy and Pathology Unit, Institut Pasteur) for helpful discussions, reagents and advice for some experiments, G. Millot and T. Obadia (Bioinformatics and Biostatistics Hub–C3BI, Institut Pasteur, USR 3756, CNRS) for their help with statistical analysis. We also thank the CIPHE-Phenomin (Inserm, US012) team for generating the SLP76-S376A knock-in mouse line and, in particular, Lillia Hadjem for the high-content flow cytometry immunophenotyping. Finally, we thank the Flow Cytometry facility of the Institut Pasteur for help in T cell sorting. V.H.N. was funded by a doctoral contract of the French Ministry of Higher Education and Research, ANR-11-BSV3-0025,LEUKOSITRACY,Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures(2011), Di Bartolo, Vincenzo, BLANC - Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures - - LEUKOSITRACY2011 - ANR-11-BSV3-0025 - BLANC - VALID, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]

Vincenzo Di Bartolo, Anne Danckaert, Andrés Alcover, Jérôme Bouchet, Céline Cuche, Iratxe del Río-Iñiguez, Sonia Agüera-González, Mary W. McCaffrey, Rémi Lasserre, Biologie Cellulaire des Lymphocytes (BIOCELLY), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Imagopole (CITECH), Institut Pasteur [Paris], University College Cork (UCC), This work was supported by grants from the Agence Nationale de Recherche(ANR, Grant number11 BSV3 025 01), the Agence National de Recherche surle SIDA et les Hepatitis Virales (ANRS, Grant number AO 2013-02 CSS1n°13391/14673), Institut Pasteur, and CNRS. The research leading to theseresults has received funding from the People Programme (Marie CurieActions) of the European Union’s Seventh Framework Programme FP7/2007-2013/ under the REA grant agreement no.317057 HOMIN. The Imagopole ispart of the France BioImaging infrastructure supported by ANR-10-INSB-04-01,'Investments for the future', ANR-11-BSV3-0025,LEUKOSITRACY,Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures(2011), European Project: 317057,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-ITN,HOMIN(2013), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP), Di Bartolo, Vincenzo, BLANC - Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures - - LEUKOSITRACY2011 - ANR-11-BSV3-0025 - BLANC - VALID, and Host-microbe interactions in health and disease. Interface with the immune system - HOMIN - - EC:FP7:PEOPLE2013-04-01 - 2017-03-31 - 317057 - VALID

Florence Niedergang, Andrés Alcover, Vincenzo Di Bartolo, Di Bartolo, Vincenzo, BLANC - Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures - - LEUKOSITRACY2011 - ANR-11-BSV3-0025 - BLANC - VALID, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Work in the laboratory of FN was supported by CNRS, INSERM, and Université Paris Descartes, and grants from Agence Nationale de la Recherche, ANR (2011 BSV3 025 02), Fondation pour la Recherche Médicale (FRM, INE20041102865), and l’Agence Nationale pour la Recherche sur le SIDA et les Hépatites Virales (ANRS). Work in the laboratory of AA and VDB was supported by grants from Institut Pasteur, CNRS, ANR (2011 BSV3 025 02), Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer, La Ligue Contre le Cancer, and ANRS., ANR-11-BSV3-0025,LEUKOSITRACY,Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures(2011), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Institut Cochin (UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire des Lymphocytes, Institut Pasteur [Paris] - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and ANR-11-BSV3-0025, LEUKOSITRACY, Coordination de la signalisation cellulaire, du cytosquelette et du trafic intracellaire pour le contrôle de fonctions leukocytaires majeures(2011)

Sonia Agüera‐Gonzalez, Jérôme Bouchet, Andrés Alcover, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Di Bartolo, Vincenzo, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]

Ivo Gomperts-Boneca, Ludovic Deriano, Spencer L. Shorte, Annick Dubois, Anavaj Sakuntabhai, Claude Leclerc, Caroline Demangel, Ana Cumano, Lluis Quintana-Murci, Matthew L. Albert, Antonio A. Freitas, Antoine Toubert, Lars Rogge, Manfred Schmolz, Gérard Eberl, Vincent Rouilly, Valentina Libri, Alejandra Urrutia, James P. Di Santo, Eric Tartour, Marie-Noëlle Ungeheuer, Françoise Dromer, Hugo Mouquet, Olivier Schwartz, Benoit Beitz, Mikael David, Olivier Lantz, Stéphanie Thomas, Ivo G. Boneca, Philippe Bousso, Laurent Abel, Vassili Soumelis, Cécile Delval, Darragh Duffy, Benno Schwikowski, Frédéric Tangy, Serge Hercberg, Jost Enninga, Milena Hasan, Samuel S.T. LaBrie, Sandra Pellegrini, Aurélie Bisiaux, Stanislas Pol, Marc Daëron, Andrés Alcover, Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche Translationnelle - Center for Translational Science (CRT), Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre d'Immunologie Humaine (CIH), Substances Lichéniques et Photoprotection, Université de Rennes (UR), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunobiologie des Cellules Dendritiques, Myriad rules based medicine, Chambre Régionale d'Agriculture des Pays de la Loire, Biologie et Génétique de la Paroi bactérienne - Biology and Genetics of Bacterial Cell Wall (BGPB), Laboratoire de géographie physique : Environnements Quaternaires et Actuels (LGP), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département d'Immunologie - Department of Immunology, Immunorégulation, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Laboratory of Cellular Physiology and Immunology and Chris Browne Center, Rockefeller University [New York], St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Dynamiques des Réponses Immunes, Lymphopoïèse (Lymphopoïèse (UMR_1223 / U1223 / U-Pasteur_4)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Cellule Pasteur, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-PRES Sorbonne Paris Cité, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunobiologie de l'Infection - Immunobiology of Infection, Département de Génomes et Génétique - Department of Genomes and Genetics, Mycologie moléculaire, Centre National de Référence Mycologie et Antifongiques-Mycologie Moléculaire (CNRMA), Microenvironnement et Immunité - Microenvironment and Immunity, Dynamique des Interactions Hôte-Pathogène - Dynamics of Host-Pathogen Interactions, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de formation en masso-kinésithérapie (IFMK Brest), Université de Brest (UBO)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Réponse humorale aux pathogènes, Signalisation des Cytokines - Cytokine Signaling, Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Centre de recherche sur les liens sociaux (CERLIS - UMR 8070), Université Sorbonne Nouvelle - Paris 3-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie systémique - Systems Biology, Imagopole (CITECH), Laboratoire d'Immunologie Clinique, Institut Curie [Paris], Génomique virale et vaccination, Cytokines et Immunologie des Tumeurs Humaines (U753), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), This work benefited from support of the French government’s Invest in the Future Program, managed by the Agence Nationale de la Recherche (ANR, reference 10-LABX-69-01). We also acknowledge A. Pugsley for his support in obtaining funding and the logistical aspects of initiating the project, Milieu Intérieur Consortium (32 collaborateurs) : Abel L, Alcover A, Bousso P, Cumano A, Daëron M, Delval C, Demangel C, Deriano L, Di Santo J, Dromer F, Eberl G, Enninga J, Freitas A, Gomperts-Boneca I, Hercberg S, Lantz O, Leclerc C, Mouquet H, Pellegrini S, Pol S, Rogge L, Sakuntabhai A, Schwartz O, Schwikowski B, Shorte S, Soumelis V, Tangy F, Tartour E, Toubert A, Ungeheuer MN, Quintana-Murci L, Albert ML., ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Paris 13 (UP13)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest)-Université de Brest (UBO), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre de Recherche Translationnelle ( CRT ), Centre d'Immunologie Humaine ( CIH ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie et Génétique de la Paroi bactérienne, Laboratoire de géographie physique ( LGP ), Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ) -Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Département d'Immunologie, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), rockefeller university, St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller Branch, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie Cellulaire des Lymphocytes, Lymphopoïèse, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -PRES Sorbonne Paris Cité, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy ( CIML ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Immunobiologie de l'Infection, Département de Génomes et Génétique, Centre National de Référence Mycologie et Antifongiques-Mycologie Moléculaire ( CNRMA ), Microenvironnement et Immunité, Dynamique des Interactions Hôte-Pathogène, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle ( CRESS - U1153 ), Université Paris 13 ( UP13 ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ) -Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité ( CRESS (U1153 / UMR_A 1125) ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de formation en masso-kinésithérapie ( IFMK Brest ), Université de Brest ( UBO ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest ( CHRU Brest ), Signalisation des Cytokines, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP], Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses, CERLIS - Centre de recherche sur les liens sociaux - UMR 8070 ( CERLIS - UMR 8070 ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université Sorbonne Nouvelle - Paris 3, Biologie systémique, Imagopole ( CITECH ), Institut Curie, Institut Curie-Institut Curie, Cytokines et Immunologie des Tumeurs Humaines ( U753 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources ( ICAReB ), ANR : 10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE ( 2010 ), Centre de Recherche Translationnelle (CRT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Panthéon-Sorbonne (UP1), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), CHU Cochin [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), and ANR: 10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010)