41 results on '"240900 GENETICA"'
Search Results
2. Characterization of functional compounds in different varieties of strawberry and blueberry
- Author
-
Maria Teresa Ariza Fernandez y col
- Subjects
310000 CIENCIAS AGRARIAS ,HORTICULTURA ,Fresa ,330900 TECNOLOGIA DE LOS ALIMENTOS ,310200 INGENIERIA AGRICOLA ,Salud ,310700 HORTICULTURA ,Mejora y Biotecnología de Cultivos ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA ,Antioxidantes naturales - Abstract
En este trabajo se presenta la caracterización de los principales compuesto funcionales presente en un conjunto de doce variedaes de fresa y cinco variedades de arándano tipo highbush
- Published
- 2019
3. Understanding pseudo-albinism in sole (Solea senegalensis): a transcriptomics and metagenomics approach
- Author
-
Pinto, P. I. S., Guerreiro, C., Costa, R.A., Martinez-Blanch, J.F., Carballo, C. Codoñer, F M., Manchado, M & Power, D.M.
- Subjects
Mechanisms of disease ,Bacteria ,Physiology ,ACUICULTURA ,sense organs ,Transcriptomics ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Pseudo-albinism is a pigmentation disorder observed in flatfish aquaculture with a complex, multi-factor aetiology. We tested the hypothesis that pigmentation abnormalities are an overt signal of more generalised modifications in tissue structure and function, using as a model the Senegalese sole and two important innate immune barriers, the skin and intestine, and their microbiomes. Stereological analyses in pseudo-albino sole revealed a significantly increased mucous cell number in skin (P Pseudo-albinism is a pigmentation disorder observed in flatfish aquaculture with a complex, multi-factor aetiology. We tested the hypothesis that pigmentation abnormalities are an overt signal of more generalised modifications in tissue structure and function, using as a model the Senegalese sole and two important innate immune barriers, the skin and intestine, and their microbiomes. Stereological analyses in pseudo-albino sole revealed a significantly increased mucous cell number in skin (P&thinsp
- Published
- 2019
4. IFAPA Legume Germplasm Bank
- Author
-
Salvador Nadal Moyano y col
- Subjects
Recursos fitogenéticos ,Leguminosas ,Germoplasma ,HERBACEOS ,Seguridad alimentaria ,Mejora y Biotecnología de Cultivos ,240900 GENETICA ,Sostenibilidad - Abstract
The document is a report in which the IFAPA Legume Germplasm Bank is presented, its objectives, functions, nature, and procedures by which to request information and germplasm. El documento presenta el Banco de Germoplasma de Leguminosas del IFAPA, sus objetivos, funciones, naturaleza, y procedimientos por los cuales solicitar información y germoplasma.  
- Published
- 2019
5. Potential of local varieties for the improvement of durum wheat
- Author
-
Sergio Gustavo Atienza Peñas y col
- Subjects
310000 CIENCIAS AGRARIAS ,Trigo duro ,Variedades autóctonas ,HERBACEOS ,Mejoramiento genético de plantas ,Recursos genéticos ,Adaptación ,Mejora y Biotecnología de Cultivos ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA - Abstract
El trigo duro en Andalucía se cultiva fundamentalmente en ambiente mediterráneo caracterizado por precitaciones estacionales, alta probabilidad de sequía al final del ciclo y ambientes secos durante el desarrollo del grano. Estas condiciones suponen un riesgo importante ya que tanto la sequía como el calor pueden producir reducciones importantes del rendimiento.Los modelos de predicción de cambio climático sugieren un incremento de la frecuencia de altas temperaturas durante la floración en Europa que podrían provocar una disminución en la fertilidad de las espigas y una senescencia acelerada de las hojas, con el consiguiente efecto sobre el rendimiento. En este contexto, las variedades locales pueden jugar un papel importante ya que al haber sido seleccionadas en condiciones locales durante generaciones pueden presentar características de adaptación a estos ambientes.
- Published
- 2019
6. Blueberry varieties evaluation in conventional crop
- Author
-
Maria Carmen Soria Navarro y col
- Subjects
Producción Agraria ,310000 CIENCIAS AGRARIAS ,FRUTALES ,310200 INGENIERIA AGRICOLA ,Variedades ,arándanos ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA - Abstract
Con el objeto de conocer, y comparar, variedades de arándano de libre disposición, en el marco del Proyecto Sectorial de Transferencia “TRA201600.5: Experimentación y transferencia en el cultivo de la fresa y otros frutos rojos” se plantea la línea de trabajo “Prospección de variedades libres de arándanos. Valoración agronómica en las condiciones de cultivo de la provincia de Huelva”. En este trabajo se presentan los primeros datos obtenidos en esta nueva línea de investigación IFAPA, en la que se han caracterizado un total de cinco variedades seleccionadas entre las que actualmente son de libre acceso en el mercado.
- Published
- 2019
7. genetic improvement of cotton in the Guadalquivir Valley
- Author
-
Peláez Andérica, Elena, Gil Ligero, Juan, and López García, Manuel
- Subjects
Producción Agraria ,Algodón ,Valle del Guadalquivir ,Mejora genética vegetal ,HERBACEOS ,Gossypium hirsutum (Upland) ,Fibra Extra Larga ,Gossypium barbadense (Pima) ,240900 GENETICA ,Industria algodonera - Abstract
El algodón (Gossypium spp.) sigue siendo en la actualidad la principal fuente de fibra de origen natural a nivel mundial, y es uno de los cultivos que más enriquece a la población rural por la alta mano de obra demandada en todo el proceso industrial de la fibra (producción, desmotación, hilatura, tejidos, confección y distribución). Dentro de la Unión Europea, el algodón tiene un papel fundamental en el gran mercado de la moda, pero especialmente a nivel social para los dos únicos Estados productores, Grecia y España, con el 79% y el 21% de la superficie cultivada respectivamente. En estas regiones el algodón y su industria asociada generan más empleo y beneficios que ningún otro cultivo alternativo. Sin embargo, numerosos motivos políticos, bursátiles y de competencia con otras fibras han provocado en los últimos años una gran incertidumbre en el sector algodonero europeo. En España, casi el 100% del algodón se cultiva en Andalucía (principalmente en las provincias de Sevilla y Cádiz), abarcando una superficie en la actualidad de 68,000 ha y la mayoría de regadío. Dadas las peculiaridades climáticas y el riguroso manejo que acontecen en esta zona, la mejora varietal del algodón se presenta como una de las soluciones más sonadas. Por tanto existe la necesidad de ampliar el catálogo de variedades europeas, buscando una mayor sostenibilidad y calidad de la fibra, pero también una mejor adaptación de los ciclos y el vigor de las futuras variedades. El 95% de la producción mundial de algodón corresponde a la especie Gossypium hirsutum (Upland) que ofrece grandes producciones y buena adaptabilidad, pero una aceptable calidad de fibra (categoría “larga”). Sin embargo, la diversidad genética dentro de estas variedades Upland comerciales es baja, y la uniformidad genética está suponiendo muchos obstáculos a los mejoradores. La segunda especie cultivada a nivel mundial es G. barbadense (Pima), elegida por su Fibra Extra Larga (ELS) altamente demandada aunque su producción suele ser menor. En Andalucía, las variedades Pima no encajan dado el largo ciclo que poseen y en los últimos años, la empresa Algodonera del Sur S.A., ha estado apostando por los híbridos interespecíficos (G. hirsutum × G. barbadense) comerciales, que pese a su excesivo vigor para nuestras condiciones climáticas, prometen ser la respuesta a las necesidades del sector. Es en este punto donde surge el proyecto de la presente tesis, al comprobar que apenas había información fenotípica y molecular para apoyar a la mejora del algodón europeo, tanto de nuevas variedades Upland como de híbridos ELS mejor adaptados. Por tanto, el primer objetivo de este trabajo consistió en la selección y caracterización de una colección de 48 variedades comerciales y experimentales de algodón (sobre todo Upland y Pima) con potencial para la mejora. Mediante el uso de una batería de 67 marcadores microsatélites (SSR), un posterior estudio de la filogenia y la toma de datos de campo sobre caracteres morfológicos, de potencial productivo y de calidad de la fibra, pudo constatarse la importante diversidad genética y fenotípica contenida en esta colección vegetal, tanto inter como intra especie. Algunas variedades resultaron interesantes como parental donante de ciertos caracteres (Ej.: Fantom o WC-19NSSL) o fondo genético recurrente (Ej.: Elpida, TM-1, Campo o GW-4269) para futuros procesos de selección y mejora. Los resultados anteriores, además sirvieron para guiar el segundo objetivo de esta tesis: iniciar un programa de cruzamientos para la futura obtención de híbridos ELS con menor vigor que los testigos comerciales Intercott-211 e Intercott-670. Aunque la aptitud combinatoria específica (ACE) ha sido menos importante que la aptitud combinatoria general (ACG) en la caracterización fenotípica de las 19 combinaciones experimentales de híbridos, se mostró que es posible obtener híbridos mejor adaptados que los testigos a las condiciones de cultivo de Andalucía (menor vigor, ciclos más cortos y buen rendimiento). La variedad Lider (Upland) ha mostrado ser el parental femenino con mejor ACG, pues sus descendencias han mostrado generalmente un menor vigor, ciclos más cortos y buenos rendimientos debido al gran número y peso de los frutos, en comparación con los testigos comerciales. Así que la variedad Lider habría que tenerla en cuenta en nuevas combinaciones híbridas, además de realizar nuevas evaluaciones de estos y otros híbridos en diferentes años o localidades para confirmar los resultados de esta tesis. En conclusión, la mejora genética de nuevas variedades de algodón Upland adaptadas a las condiciones de cultivo europeas, aumentaría la productividad, mejoraría el precio de la fibra, y además en el caso de nuevos híbridos ELS, el precio de la fibra sería mayor por defecto y además se reducirían las pérdidas económicas derivadas de la falta de agua y las plagas, dada la mayor tolerancia y resistencia de los híbridos ante los distintos estreses ambientales. Por tanto, la mejora varietal permitiría un aumento de la rentabilidad del cultivo, y una mejora de la competitividad y sostenibilidad del sector algodonero. Cotton (Gossypium spp.) is still the main source of natural fiber worldwide, and is one of the crops that most enriches the rural population due to its high labor demand along the entire industrial process of the fiber (production, ginning, spinning, weaving, confection and distribution). Within the European Union, cotton has a fundamental role in the large fashion market, but especially in the social level for the two producer countries, Greece and Spain, with 79% and 21% of the cultivated area respectively. In these regions, cotton crop and its associated industry generate more employment and benefits than any other alternative crop. However, several political, stock market and competition with other fibers reasons have caused in recent years a great uncertainty in the European cotton sector. In Spain, almost 100% of the cotton is grown in Andalusia (mainly in the provinces of Seville and Cadiz), covering an area of 68,000 ha, mostly irrigated. Given the climatic peculiarities and the rigorous management that occurs in this area, the improvement of the cotton varieties is presented as one of the most talked about solutions. Therefore there is a need to expand the catalogue of European varieties, seeking greater sustainability and fiber quality, but also a better adaptation of the cycles and the vigor of future varieties. 95% of the world cotton production corresponds to the species Gossypium hirsutum (Upland) that offers large productions and good adaptability, but an acceptable fiber quality ("long" category). However, the genetic diversity within these commercial Upland varieties is low, and genetic uniformity is posing many obstacles to breeders. The second species cultivated worldwide is G. barbadense (Pima), chosen for its highly demanded Extra Long Staple (ELS) although its production is usually lower. In Andalusian climatic conditions, Pima varieties do not fit well given the long cycle they have. In recent years, the company Algodonera del Sur S.A., has been wagered on commercial interspecific hybrids (G. hirsutum × G. barbadense) whose promise to be the answer to the needs of the sector, despite its excessive vigor for our climatic conditions. It is at this point where the project of the present thesis arises, when checking that there was a scarcity of phenotypic and molecular information to support the improvement of European cotton, both new Upland varieties and better adapted ELS hybrids. Therefore, the first objective of this work consisted in the selection and characterization of a cotton collection of 48 commercial and experimental varieties with potential for improvement (especially Upland and Pima). Through the use of 67 microsatellite markers (SSR), a subsequent study of the phylogeny and the taking of field data on morphological characters, productive potential and fiber quality, we found an important genetic and phenotypic diversity contained in this vegetal collection, both inter and intra species. Some varieties were interesting as a donor parent of certain characters (e.g.: Fantom or WC-19NSSL) or as recurrent genetic background (e.g.: Elpida, TM-1, Campo or GW-4269) for future selection and improvement processes. The previous results also served to guide the second objective of this thesis: to initiate a crossings program for the future obtaining of ELS hybrids with less vigor than the commercial witnesses Intercott-211 and Intercott-670. Although in the phenotypic characterization of the 19 experimental combinations of hybrids the specific combining ability (SCA) has been less important than the general combining ability (GCA), it was shown that it is possible to obtain better adapted hybrids than the controls to the Andalusian climatic conditions (less vigor, shorter cycles and good performance). Lider variety (Upland) has been shown to be the female parent with the best GCA, as its offspring have generally shown lower vigor, shorter cycles and good yields due to the large number and weight of their fruits, compared to commercial controls. So Lider variety should be taken into account in new hybrid combinations, in addition to making new assessments of these and other hybrids in different years or locations to confirm the results of this thesis. In conclusion, the genetic improvement of new varieties of Upland cotton adapted to European farming conditions, would increase productivity, improve the price of fiber, and also in the case of new ELS hybrids, would reduce economic losses resulting from the lack of water and pests attacks, given the greater tolerance and resistance of the hybrids to different environmental stresses. Therefore, the varietal improvement would allow an increase in crop profitability, and a better competitiveness and sustainability of the cotton sector.
- Published
- 2018
8. Strawberry varieties evaluation: Results obtained in organic crop. Season 2016/2017
- Author
-
Luis Miranda Enamorado y col
- Subjects
Producción Agraria ,310000 CIENCIAS AGRARIAS ,Ecología vegetal ,HORTICULTURA ,Fresa ,310200 INGENIERIA AGRICOLA ,Variedades ,310700 HORTICULTURA ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA - Abstract
En el presente documento se muestran los resultados obtenidos en la evaluación agrnómica de doce variedades de fresaen la finca colaboadora Flor de Doñana, en el término municipal de Almonte, bajo las técnicas de cultivo ecológico (Reglamento CE 834/2007). El presente trabajo se ha realizado con el objeto de generar información objetiva acerca del comportamiento de las variedades estudiadas en las condiciones indicadas. Este documento se ofrece como una herramienta, destinada a agricultores y técnicos, para facilitar la elección varietal ante la amplia oferta actual.
- Published
- 2017
9. Determination of the bioavailability of strawberry antioxidant compounds for use in breeding programs
- Author
-
Maria Teresa Ariza Fernandez y col
- Subjects
Antioxidantes biológicos ,HORTICULTURA ,Fresa ,Digestión ,330900 TECNOLOGIA DE LOS ALIMENTOS ,Salud ,310700 HORTICULTURA ,Mejora y Biotecnología de Cultivos ,240000 CIENCIAS DE LA VIDA ,240900 GENETICA - Abstract
En este trabajo se plantea la necesidad de incluir en los programas de mejora de fresa no solo la cuantificación de los antioxidantes que posee el fruto sino más bien la cuantificación de los antioxidantes de ese fruto que son potencialmente bioactivos, es decir, aquellos que pueden ejercer un efecto beneficioso en la salud humana. Para ello se presenta un método in vitro que simula la digestión humana tipo y que puede ser utilizado como herramienta en la obtención de variedades de fresa saludables.
- Published
- 2017
10. Characterization of the Bioavailability of Antioxidant Compounds in Two Strawberry Varieties: Season 2016/2017
- Author
-
María Teresa Ariza Fernandez y col
- Subjects
310000 CIENCIAS AGRARIAS ,HORTICULTURA ,Fresa ,310200 INGENIERIA AGRICOLA ,Antioxidantes ,Salud ,310700 HORTICULTURA ,Mejora y Biotecnología de Cultivos ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA - Abstract
En este trabajo se detallan los resultados de la campaña 2016-2017 referentes al estudio de la biodisponibilidad de compuestos antioxidantes endos variedades de fresa, Primoris y Fortuna, con el objetivo de aportar un carácter marcadamente biosaludable a la caracterización de dichas variedades.  
- Published
- 2017
11. Strawberry achenes as a source of antioxidants and their potential use in breeding programs
- Author
-
María Teresa Ariza Fernández y col
- Subjects
310000 CIENCIAS AGRARIAS ,HORTICULTURA ,Fresa ,Antioxidantes ,310700 HORTICULTURA ,Mejora y Biotecnología de Cultivos ,240000 CIENCIAS DE LA VIDA ,240900 GENETICA ,Aquenios - Abstract
Este documento trata sobre sobre el conocimiento del contenido en compuestos antioxidantes en la fresa, la distrbución de los mismos en las diferentes partes del fruto y el posible uso en de esta información en programas de mejora genética.
- Published
- 2017
12. Strawberry varieties evaluation: Results obtained in soil less crop. Season 2016/2017
- Author
-
Jose Antonio Gomez Mora y col
- Subjects
Producción Agraria ,310000 CIENCIAS AGRARIAS ,HORTICULTURA ,Fresa ,310200 INGENIERIA AGRICOLA ,Variedades ,310700 HORTICULTURA ,Cultivo hidropónico ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA - Abstract
El presente trabajo se ha realizado con el objeto de generar información objetiva acerca del comportamientoagronómico de docevariedades de fresa estudiadas encondiciones de cultivo sin suelo (fibra de coco). Este documento se ofrece como una herramienta, destinada a agricultores y técnicos, para facilitar la elección varietal ante la amplia oferta actual.
- Published
- 2017
13. Strawberry varieties evaluation: Results obtained in conventional crop with biosolarized soil. Season 2016/2017
- Author
-
Carmen Soria Navarro y col
- Subjects
Producción Agraria ,310000 CIENCIAS AGRARIAS ,HORTICULTURA ,Fresa ,310200 INGENIERIA AGRICOLA ,Variedades ,310700 HORTICULTURA ,Solarización de suelos ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA - Abstract
En el presente documento se muestran los resultados obtenidos en la Finca Experimental ‘El Cebollar’ , en la evaluación agronómica de doce variedaddes de fresa con técnicas de cultivo convencional, con la salvedad del uso de la técnica de la biosolarización para la desinfección del suelo previa a la plantación. El presente trabajo se ha realizado con el objeto de generar información objetiva acerca del comportamiento de las variedades estudiadas en las condiciones indicadas. Este documento se ofrece como una herramienta, destinada a agricultores y técnicos, para facilitar la elección varietal ante la amplia oferta actual.
- Published
- 2017
14. Strawberry varieties evaluation: Results obtained in conventional crop. Season 2016/2017
- Author
-
Juan Jesus Medina Minguez y col
- Subjects
Producción Agraria ,310000 CIENCIAS AGRARIAS ,HORTICULTURA ,Fresa ,310200 INGENIERIA AGRICOLA ,Variedades ,310700 HORTICULTURA ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA - Abstract
En el presente documento se muestran los resultados obtenidosen la evaluación agronómica de doce variedades de fresaen la finca colaboradora ‘Fresperiquito’ con técnicas de cultivo convencional (desinfección química del suelo con 1,3 dicloropropeno más cloropicrina). El presente trabajo se ha realizado con el objeto de generar información objetiva acerca del comportamiento de las variedades estudiadas en las condiciones indicadas. Este documento se ofrece como una herramienta, destinada a agricultores y técnicos, para facilitar la elección varietal ante la amplia oferta actual.
- Published
- 2017
15. DNA test for predicting mesifurane and gamma-decalactone in strawberry fruits
- Author
-
Eduardo Cruz Rus y col
- Subjects
310000 CIENCIAS AGRARIAS ,HORTICULTURA ,Fresa ,Sabor ,Mejoramiento genético de plantas ,310700 HORTICULTURA ,Mejora y Biotecnología de Cultivos ,Marcadores moleculares ,240900 GENETICA ,339900 OTRAS ESPECIALIDADES TECNOLOGICAS - Abstract
En este documento se describe la metodología a seguir para la identificación de dos compuestos aromaticos (mesifurano y gama -decalactona) directamenteimplicados en el sabor de los frutos de fresa.
- Published
- 2017
16. Characterization of Functional Compounds in Different Strawberry Varieties
- Author
-
María Teresa Ariza Fernandez y col
- Subjects
310000 CIENCIAS AGRARIAS ,HORTICULTURA ,Fresa ,310200 INGENIERIA AGRICOLA ,Antioxidantes ,Salud ,Variedades ,310700 HORTICULTURA ,Mejora y Biotecnología de Cultivos ,240900 GENETICA ,310300 AGRONOMIA - Abstract
Varios trabajos han puesto de manifiesto que dichas variedades difieren en cantidad y tipo de antioxidantes. Dado este carácter multivarietal, es interesante conocer, en las variedades cultivadas cada campaña, que cantidad de antioxidantes presentan. De hecho estos antioxidantes pueden variar dependiendo del momento fenológico del cultivo y de las condiciones meteorológicas que se den durante la campaña, que abarca desde el otoño a final de la primavera.
- Published
- 2017
17. Application of genomic tools for high performance for the evaluation of the effect of salinity in the early stages of development in sole (Solea senegalensis)
- Author
-
P. Armesto, M. Ponce, D. Crespo, X. Cousin, J. Planas, and M. Manchado
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Rendimiento ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,Salinidad ,Genética ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
The application of NGS technologies has increased enormously the availability of genomic resources for species in aquaculture allowing the development of new biotechnological tools for implementation in aquaculture. This work shows an example of the application of some biotechnological tools such as RNA-seq, microarray and Openarray to the study of low salinity culture effects on early development of sole larvae. We identified 31.075 y 40.192 differentially expressed genes using RNA-seq between larvae incubated at 10 and 36 ppt at day 1 and 3 day after hatching. Expression data using microarray matched in a 68% with RNA-seq data and they were validated in a 98% with qPCR Openarray. The induction of proinflammatory enzymes and genes of innate immune system suggests that low salinity provokes a severe inflammatory process in the larvae. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet La aplicación de las tecnologías NGS ha permitido incrementar enormemente la disponibilidad de recursos genómicos paraespecies de interés acuícola habilitando el desarrollo de herramientas biotecnológicas aplicables a la acuicultura. En el presente trabajo se muestra un ejemplo de la aplicación de las herramientas RNA-seq, microarray y Openarray al estudio del efecto del cultivo a baja salinidad sobre fases tempranas de desarrollo en larvas de lenguado. Se identificaron 31.075 y 40.192 genes diferencialmente expresados mediante RNA-seq entre larvas cultivadas a 10 y 36 ppt a día 1 y 3 tras la eclosión respectivamente. Los datos de expresión mediante microarray coincidieron en un 68% con los de RNA-seq y ellos fueron validados en un 98% mediante qPCR Openarray. La activación de enzimas proinflamatorias y genes del sistema inmune innato sugiere que la baja salinidad provoca un proceso inflamatorio severo en las larvas. Este estudio ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet
- Published
- 2013
18. Array for the evaluation of the response of immune system genes sole
- Author
-
Manchado M, Ponce M, Crespo A, Aparicio M, Armesto P, Berbel C
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Inmunidad ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
La inmunidad es un mecanismo fisiológico que confiere protección frente las infecciones, actuando contra los patógenos y sus productos tóxicos. Durante el proceso de producción, los lenguados están sometidos a distintos agentes patógenos y situaciones de estrés que pueden comprometer el estado inmunológico y defensivo de los peces. En principio, la herramienta está preparada para tejidos de naturaleza immune, es decir, riñón, bazo, timo, e intestino. También se ha aplicado con éxito en muestras de larvas, especialmente en los estadíos metamórficos y posteriores El diseño final del chip incluye 53 genes implicados en la respuesta del Sistema immune innato, 3 housekeepings y 8 controles negativos La inmunidad es un mecanismo fisiológico que confiere protección frente las infecciones, actuando contra los patógenos y sus productos tóxicos. Durante el proceso de producción, los lenguados están sometidos a distintos agentes patógenos y situaciones de estrés que pueden comprometer el estado inmunológico y defensivo de los peces. En principio, la herramienta está preparada para tejidos de naturaleza immune, es decir, riñón, bazo, timo, e intestino. También se ha aplicado con éxito en muestras de larvas, especialmente en los estadíos metamórficos y posteriores El diseño final del chip incluye 53 genes implicados en la respuesta del Sistema immune innato, 3 housekeepings y 8 controles negativos
- Published
- 2013
19. NGS developed in AQUAGENET. Designs and main results
- Author
-
Manuel Manchado, Marian Ponce, Manuel Aparicio, Nuria Martin, Ana Manuela Crespo, Paula Armesto, Marie Laure Bégout, Xavier Cousin, Sylvie Lapégue, Tristan Renault, Isabelle Arzul, David Mazurais, Jose Luis Zambonino, Rossana Sussarellu, Arnaud Huvet, Pierre Boudry, Florence Cornette, Laureana Rebordinos, Ismael Cross, Manuel Alejandro Merlo, Silvia Portela, Josep Planas, Mireia Rovira, Nicolas Bierne, Christelle Fräisse, Pierre Alexandre Gagnaire, François Bonhomme, Marie-Thérèse Augé, Alexandra Leitão, Frederico Batista
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Biotecnología ,Patogenicidad ,251092 ACUICULTURA MARINA ,Peces ,ACUICULTURA ,Moluscos ,310400 PRODUCCION ANIMAL ,Genética ,240900 GENETICA ,339900 OTRAS ESPECIALIDADES TECNOLOGICAS ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
AQUAGENET network comprises six partners from France, Spain and Portugal that cooperate for the development and application of biotechnology in the aquaculture industry. This network has implemented the most recent NGS technologies for the study genome and transcriptome of several species of fish, molluscs and pathogens. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU).www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet La red AQUAGENET incluye seis beneficiarios de Francia, España y Portugal que cooperan para el desarrollo y aplicación de biotecnología en la industria acuícola. Esta red ha implementado las más recientes tecnologías NGS para el estudio del genoma y transcriptoma de diferentes especies de peces, moluscos y patógenos. Este trabajo ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet
- Published
- 2013
20. NGS developed in AQUAGENET. Designs and main results
- Author
-
Manuel Manchado, Marian Ponce, Manuel Aparicio, Nuria Martin, Ana Manuela Crespo, Paula Armesto, Marie Laure Bégout, Xavier Cousin, Sylvie Lapégue, Tristan Renault, Isabelle Arzul, David Mazurais, Jose Luis Zambonino, Rossana Sussarellu, Arnaud Huvet, Pierre Boudry, Florence Cornette, Laureana Rebordinos, Ismael Cross, Manuel Alejandro Merlo, Silvia Portela, Josep Planas, Mireia Rovira, Nicolas Bierne, Christelle Fräisse, Pierre Alexandre Gagnaire, François Bonhomme, Marie-Thérèse Augé, Alexandra Leitão, Frederico Batista
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Biotecnología ,Acuicultura ,251092 ACUICULTURA MARINA ,Peces ,Moluscos ,310400 PRODUCCION ANIMAL ,Genética ,240900 GENETICA ,339900 OTRAS ESPECIALIDADES TECNOLOGICAS ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
AQUAGENET network comprises six partners from France, Spain and Portugal that cooperate for the development and application of biotechnology in the aquaculture industry. This network has implemented the most recent NGS technologies for the study genome and transcriptome of several species of fish, molluscs and pathogens. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU).www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet La red AQUAGENET incluye seis beneficiarios de Francia, España y Portugal que cooperan para el desarrollo y aplicación de biotecnología en la industria acuícola. Esta red ha implementado las más recientes tecnologías NGS para el estudio del genoma y transcriptoma de diferentes especies de peces, moluscos y patógenos. Este trabajo ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet
- Published
- 2013
21. Sequencing of the genome of Photobacterium damselae subsp.. piscicida: studies in silico identification of genes involved in pathogenicity
- Author
-
M. Ponce, C. Berbel, M. Aparicio, H. Benzekri, G. Claros y M. Manchado
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Biotecnología ,Patogenicidad ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,310400 PRODUCCION ANIMAL ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros ,Secuencia genética - Abstract
The bacteria Photobacterium damselae subsp. piscicida (Ph.d.p.) is a pathogen that affects seriously soles grown in captivity provoking important disease outbreaks. Nowadays, development of next generation sequencing techniques has allowed for a huge volume of information to a reasonable cost and consequently to advance significantly in the development of biotechnological tools to fight against diseases. In this work, we report the first genome draft for Ph. d.p.. The analyses were done using the pyrosequencing approach using shotgun and 3Kb paired-end libraries from a strain isolated from a Senegalese sole outbreack (L091106-03H). The global assembly was 25 contigs and the longest was 2.6 Mb. As a whole, we have identified 4.017 coding sequences in 447 subsystems. The information achieved opens a new opportunity for the development of new diagnostic tools and vaccines. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU).www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet La bacteria Photobacterium damselae damselae subsp. piscicida es un patógeno que afecta gravemente a los lenguados criados en cautividad produciendo importantes mortalidades. El desarrollo de las tecnologías de secuenciación masiva ha permitido acceder a un gran volumen de información a un coste razonable y avanzar significativamente en el desarrollo de herramientas biotecnológicas de lucha contra las enfermedades. En el presente trabajo se presenta el primer borrador del genoma de P. d. piscicida. El análisis se hizo mediante pirosecuenciación usando una estrategia mixta de “shotgun y paired-end” a partir del ADN de una cepa aislada en lenguado (L091106-03H). El ensamblaje obtenido fue de 25 contigs con uno de ellos alcanzando las 2.6 Mb. En total se han identificado 4.017 secuencias codificantes en 447 subsistemas. La información obtenida abre la posibilidad al desarrollo de nuevas herramientas de diagnóstico y vacunales. Este estudio ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet  
- Published
- 2013
22. Evaluation of a vaccine's DNA against Photobacterium damselae subsp.. piscicida. Study of immune response in the Senegal sole (Solea senegalensis kaup)
- Author
-
M. Ponce, E. Zuasti, A. Crespo, C. Fernández y M. Manchado
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Enfermedades inmunológicas ,Vacuna ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,310400 PRODUCCION ANIMAL ,Biotecnología animal ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros ,240700 BIOLOGIA CELULAR - Abstract
Photobacterium damselae subsp. piscicida is the aetiological agent of pasteurellosis, a bacterial disease that affects seriously soles grown in captivity provoking significant mortalities. Until moment, long-term effective and oral protective vaccines to prevent pasteurellosis in sole are not commercially available. In this work, the HSP60 gene from P. d. piscicida was used to prepare a DNA vaccine (pPDPHSP60) that was employed to determine the antibacterial immune response elicited by DNA vaccination in sole. Expression of pPDPHSP60 was confirmed both in transfected cells and in vivo using gut of orally vaccinated sole by RT-PCR analysis. Expression profiles of genes involved in the innate immune system were determined in spleen from orally vaccinated sole using an OpenArray real time PCR approach. Results revealed that oral vaccination induced coordinately the expression of genes involved in the response against bacterial infection. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU).www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet Photobacterium damselae subsp. piscicida es el agente etiológico de la pasteurelosis, una enfermedad bacteriana que afecta gravemente a los lenguados criados en cautividad produciendo importantes mortalidades. Hasta el momento, no existen vacunas efectivas comercialmente disponibles con una larga protección y por vía oral para prevenir la pasteurelosis. En este trabajo, el gen HSP60 de P. d. piscicida se utilizó para construir una vacuna de ADN (pPDPHSP60) y se usó para determinar la respuesta inmune antibacteriana provocada por la vacunación en lenguado. La expresión in vitro e in vivo de pPDPHSP60 fue confirmada mediante RT-PCR, tanto en células transfectadas como en intestino de los individuos vacunados oralmente. Los perfiles de expresión de los genes implicados en el sistema inmune se determinaron en bazo de los lenguados vacunados oralmente mediante la técnica de OpenArray PCR en tiempo real. Los resultados demostraron que la expresión de los genes implicados en la respuesta contra infecciones bacterianas aumentaba significativamente de forma coordinada. Este estudio ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet  
- Published
- 2013
23. Evaluation of the expression of a panel of 56 genes and their association to the salinity, sex and the growth in juveniles of Senegal sole
- Author
-
M. Ponce, M. Algarín, A. Crespo y M. Manchado
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,Salinidad ,Crecimiento ,310400 PRODUCCION ANIMAL ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros ,Expresión génica - Abstract
In this work, we have studied the expression patterns of a 56 gene panel related with the hypothalamic-pituitary-thyroid axis, GH-IGF axis, vitamin A metabolism and other endocrinological factors in soles cultured under different salinity conditions (4-36 ppt), as function of the sex and their correlation with growth. Salinity modifed significantly the levels of mRNA in 13 genes whereas only 7 genes were associated to sex. A total of 15 genes were positively and only 2 negatively correlated with growth. The identification af this gene panel opens the possibility for its application as selection markers and for the optimization of production conditions in sole. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU).www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet En este trabajo se estudia los patrones de expresión de una panel de 56 genes relacionados con el eje hipotalámico-hipofisiario-tiroideo, eje GH-IGF. metabolismo de la vitamina A y otros factores endocrinos en lenguados cultivados bajo diferentes condiciones de salinidad (5-36 ppt), en función del sexo y se correlación con el crecimiento. La salinidad modificó significativamente los niveles de ARNm de 13 genes mientras que se encontraron 7 genes diferencialmente expresados entre sexos. En total, se encontraron 15 genes correlacionados positivamente y 2 negativamente con el crecimiento. La identificación de este panel de genes abre la posibilidad para su aplicación como marcadores de selección y para la optimización de las condiciones de producción en lenguado. Este estudio ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet
- Published
- 2013
24. Array for evaluating the response of osmoregulation and genes involved in stress response defensive sole
- Author
-
Manchado M, Ponce M, Crespo A, Aparicio M, Armesto P, Berbel C
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Stress can be defined as any situation intrinsic or extrinsic amending normal physiological state of an organism with welfare loss. The mechanisms available for osmoregulation and defensive response to stress are diverse, and are key in the process of specialization and diversification of aquatic species, and therefore optimizing aquaculture systems. The improvement and optimization based on biotechnological innovation is key to the competitiveness of companies. In the design of the tool is considered high performance technology based on real-time PCR (OpenArray), the most accurate technique for quantifying cellular transcripts. Moreover, it is fast, reliable and highly sensitive. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet El estrés se puede definir como cualquier situación intrínseca o extrínseca que modifica el estado fisiológico normal de un organismo con pérdida de bienestar. Los mecanismos disponibles para la osmorregulación y la respuesta defensiva a estrés son diversos, y son clave en los procesos de especialización y diversificación de las especies acuáticas, y por tanto en la optimización de los sistemas acuícolas. La mejora y optimización basada en la innovación biotecnológica es clave para la competitividad de las empresas del sector. En el diseño de la herramienta se ha considerado la tecnología de alto rendimiento basada en PCR en tiempo real (Openarray), la técnica de mayor precisión para la cuantificación de los transcritos celulares. Además, de ser rápida, fiable y de gran sensibilidad. Este trabajo ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet
- Published
- 2013
25. Genomic project AQUAGENET
- Author
-
Manuel Manchado
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Biotecnología ,Patógenos ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,SUDOE ,ACUICULTURA ,Moluscos ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Biotechnology has experienced an important development in the last years offering a wide range of tools that can be applied to aquaculture. Aquaculture activity is especially important in Southeast Europe and can benefit from these tools. In this paper we describe the main advances in biotechnology, its applications, advantages and disadvantages, and their integration within the project AQUAGENET. Moreover, it is a short description of the project objectives and outputs to reach inside. La biotecnología ha experimentado un importante desarrollo en los últimos años ofreciendo una amplia gama de herramientas que pueden ser aplicadas a la acuicultura. La actividad acuícola es especialmente importante en el sudeste europeo y se puede beneficiar de estas herramientas. En este trabajo se describen los principales avances biotecnológicos, sus aplicaciones, sus ventajas e inconvenientes, así como su integración dentro del proyecto AQUAGENET. Además, se hace una pequeña descripción de los objetivos del proyecto y los productos a alcanzar dentro del mismo.
- Published
- 2012
26. Presentation genomic project AQUAGENET
- Author
-
Manuel Manchado Campaña
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Biotecnología ,AQUAGENET ,Patógenos ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,SUDOE ,ACUICULTURA ,Moluscos ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Biotechnology has experienced an important development in the last years offering a wide range of tools that can be applied to aquaculture. Aquaculture activity is especially important in Southeast Europe and can benefit from these tools. In this paper we describe the main advances in biotechnology, its applications, advantages and disadvantages, and their integration within the project AQUAGENET. Moreover, it is a short description of the project objectives and outputs to reach inside. La biotecnología ha experimentado un importante desarrollo en los últimos años ofreciendo una amplia gama de herramientas que pueden ser aplicadas a la acuicultura. La actividad acuícola es especialmente importante en el sudeste europeo y se puede beneficiar de estas herramientas. En este trabajo se describen los principales avances biotecnológicos, sus aplicaciones, sus ventajas e inconvenientes, así como su integración dentro del proyecto AQUAGENET. Además, se hace una pequeña descripción de los objetivos del proyecto y los productos a alcanzar dentro del mismo.
- Published
- 2012
27. Cytogenetic Mapping Senegalese sole Solea senegalensis from a BAC library
- Author
-
Silvia Portela-Bens, Ana García , Roger Iziga, Alejandro Merlo, Ismael Cross, Manuel Manchado, Laureana Rebordinos
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,BAC (Bacterial Artificial Chromosome) ,Sistema inmune ,Acuicultura ,Determinación sexual ,Solea senegalensis ,251092 ACUICULTURA MARINA ,Reproducción ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
The species Solea senegalensis is among the most interesting species in aquaculture. Because of this feature, it seems important to gain a deeper understanding of their metabolism to optimize production. The tool used to obtain this knowledge, has been a library BAC (Bacterial Artificial Chromosome). Genes isolated in this library, are mostly related to the immune system, reproduction and sex determination so that it can be done on mapping genes that control these features, which are of great importance in aquaculture. La especie Solea senegalensis se encuentra entre las especies con mayor interés en acuicultura. Debido a esta característica, parece importante obtener un conocimiento más profundo de su metabolismo para optimizar su producción. La herramienta utilizada para obtener este conocimiento, ha sido una genoteca BAC (Bacterial Artificial Chromosome). Los genes aislados en esta genoteca, se encuentran en su mayoría relacionados con el sistema inmune, la reproducción y la determinación sexual de manera que pueda llevarse a cabo un mapeo sobre genes que controlan estas características, las cuales, tienen gran importancia en acuicultura.
- Published
- 2012
28. Salinity effects on Senegalese sole Solea senegalensis Kaup larval development: productive parameters and gene expression analysis
- Author
-
Paula Armesto, Esther Asensio, Emilio Salas-Leiton, Aniela Crespo, Sonia Torres, Ricardo Zerolo, Manuel Manchado, Carlos Infante
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Genes ,Acuicultura ,Lenguado ,251092 ACUICULTURA MARINA ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
The flatfish Senegalese sole (Solea senegalensis, Kaup 1858) is a teleost with great interest in aquaculture owing to its high commercial value. Althought it is an euryhaline species, captivity larval rearing is routinely performed at seawater salinity values (35-38 ppt). In this work, we have evaluated low salinity effects on larval development regarding to productive and metabolic parameters. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet El pez plano lenguado senegalés (Solea senegalensis, Kaup 1858) es un teleósteo con gran interés en la acuicultura, debido a su alto valor comercial. Aunque sea una especie eurihalina, la cría larvaria en cautividad se realiza rutinariamente en los valores de salinidad del agua de mar (35-38 ppt). En este trabajo, se han evaluado los efectos de baja salinidad sobre el desarrollo larvario con respecto a los parámetros productivos y metabólicos. Este estudio ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet  
- Published
- 2012
29. Tissue expression analysis of the renin-angiotensin system genes in the flatfish Solea senegalensis Kaup: Differential transcriptional regulation by salinity
- Author
-
Paula Armesto, Esther Asensio, Emilio Salas-Leiton, Nuria Martín, Ricardo Zerolo, Manuel Manchado, Carlos Infante
- Subjects
Estres ,Estuarios ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,Salinidad ,240900 GENETICA ,lenguado ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Renin-Angiotensin system (RAS) acquires special relevance in teleost fish that live in various osmotic media and thus often encounter osmotic stress (Russel et al. 2001). This is the case of the flatfish Senegalese sole (Solea senegalensis Kaup, 1858), an estuarine species of great commercial importance in the Southern European aquaculture (Arjona 2008). The aim of the present work is to study the role of RAS in the hipo- and hyper-salinity adaptation in the Senegalese sole.This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU).www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet La renina-angiotensina (RAS), adquiere especial relevancia en los peces teleósteos que viven en diversos medios osmóticos y por lo tanto a menudo se encuentran el estrés osmótico (Russel et al. 2001). Este es el caso de los peces planos lenguado senegalés (Solea senegalensis Kaup, 1858), una especie de estuario de gran importancia comercial en el sur de la acuicultura europea (Arjona 2008). El objetivo del presente trabajo es estudiar el papel de la RAS en el hipo-e hiper-salinidad adaptación del lenguado senegalés.Este estudio ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU).www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet
- Published
- 2012
30. Prevalence and distribution of OsHV-1 u-var in oysters in Huelva coast
- Author
-
López, M. y Navas, J. I.
- Subjects
herpesvirus ,ACUICULTURA ,Ostra ,Bivalvos ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Variant of malacoherpesvirus Ostreid-1μvar herpesviridae (OsHV-1μvar), initially described in France in 2008, has recently been associated with mass mortalities of Crassostrea gigas, in Europe, Australia and New Zealand. In Spain has been detected the presence of this infection in the Ebro Delta (Cataluña), Cadiz (Andalusia) and Asturias. In this study we present detailed data on the distribution and prevalence of OsHV-1μvar in major natural beds of oysters from the coast of Huelva, located in the rivers Guadiana, Carreras and Piedras, in May-June 2011. This study is funded by the project Bonaqua (0433_BONAQUA_5_E POCTEP) financed by the EDRF (European Regional Development Fund). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/bonaqua La variante 1µvar del malacoherpesvirus Ostreid herpesviridae (OsHV-1µvar), descrita inicialmente en Francia en 2008, ha sido recientemente asociada a mortalidades masivas de la ostra del pacífico, Crassostrea gigas, en Europa, Australia y Nueva Zelanda. En España se ha detectado la presencia de esta infección asociada a mortalidades de C. gigas cultivadas en Delta del Ebro (Cataluña), y en ostras de Cádiz (Andalucía) y Asturias. En este estudio se presentan datos detallados sobre la distribución y prevalencia del OsHV-1µvar en los principales bancos naturales de ostras de la costa de Huelva, localizado en los ríos Guadiana, Carreras y Piedras, en Mayo-Junio de 2011. Este estudio está financiado por el proyecto Bonaqua (0433_BONAQUA_5_E POCTEP) financiado por el FEDER (Fondo Europeo de Desarrollo Regional). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/bonaqua
- Published
- 2012
31. Physical mapping of genes of interest for the aquaculture of Solea senegalensis
- Author
-
Ana García, Ismael Cross, Manuel Manchado, Pedro Cañavate, Laureana Rebordinos
- Subjects
aquaculture ,Solea senegalensis ,Bacterial Artificial Chromosomes (BAC) ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,genomes ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Senegalese sole (Solea senegalensis, Kaup 1858), is one of the most economically valued species in aquaculture. One of the main troubles found in the Senegalese sole culture were the low growth rates in juveniles and the greater susceptibility to disease. The study of genomes belonging to so high value species is essential to improve and optimize its culture. This work is a first approach in the development of a physical map of S. senegalensis. El lenguado senegalés (Solea senegalensis, Kaup 1858), es una de las especies más valoradas económicamente en la acuicultura. Los principales problemas con los que se encuentra el cultivo del lenguado senegalés son las bajas tasas de crecimiento de los juveniles y la mayor susceptibilidad a las enfermedades. El estudio de los genomas pertenecientes a especies de valor tan alto es esencial para mejorar y optimizar su cultivo. Este trabajo es una primera aproximación en el desarrollo de un mapa físico de S. senegalensis.
- Published
- 2011
32. Metamorphosis Senegalese sole (Solea senegalensis Kaup, 1858) to low salinity: Production parameters and transcriptional analysis
- Author
-
Armesto P, Asensio E, Salas-Leiton E, Zerolo R, Manchado M, Infante C.
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Lenguado senegalés ,Supervivencia ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,Salinidad ,Análisis transcripcionnal ,Metamorfosis ,Crecimiento ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
The aim of this study was to analyze the effect of different salinities (10, 18, ¿¿27 and 36 ppt) on growth, survival and evolution of metamorphosis during larval development (from 10 to 31 days after hatching (DAH)). Moreover, we have determined the effects on different metabolic pathways by quantifying gene expression tg, hamp1, hsp90aa and gapdh1 . El lenguado senegalés (Solea senegalensis Kaup, 1858) es una especie de gran importancia comercial en la acuicultura del sur de Europa. En Andalucía se ha apostado fuertemente por el cultivo en las aguas salobres de las marismas del Guadalquivir, donde la salinidad se sitúa en torno a 10 ppt. Sin embargo, poco se sabe sobre los efectos de bajas salinidades durante el cultivo larvario, particularmente en la metamorfosis. Estudios previos de nuestro grupo han evaluado la expresión de diferentes genes regulados durante la metamorfosis e implicados en la ruta de síntesis de hormonas tiroideas (tirogloblulina, tg), sistema inmune (hepcidin 1, hamp1), estrés celular (hsp90aa), y metabolismo central (gapdh1) (Manchado et al., 2007; Manchado et al., 2008a; Manchado et al., 2008b; Ponce et al., 2010). El objetivo de este trabajo ha sido analizar el efecto de cuatro salinidades (10, 18, 27 y 36 ppt) sobre el crecimiento, supervivencia y evolución de la metamorfosis durante el desarrollo larvario (desde 10 a 31 días tras la eclosión (DTE)). Ademas, se han determinado los efectos sobre diferentes rutas metabólicas mediante la cuantificación de la expresión génica de tg, hamp1, hsp90aa y gapdh1.
- Published
- 2011
33. Gene mapping in the karyotype of Solea senegalensis using BAC clones
- Author
-
Ana García, Roger Iziga, Silvia Portela, Alejandro Merlo, Ismael Cross, Manuel Manchado, Pedro Cañavate , Laureana Rebordinos
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Artificial chromosomes of bacteria (BAC) ,251092 ACUICULTURA MARINA ,Senegalense sole ,ACUICULTURA ,Chromosomes map ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
The Senegalese sole is one of the most highly valued commercial species in Southern Europe; it has attracted increasing interest particularly since the 1990's. Nevertheless, there are still unresolved problems that adversely affect its cultivation and prevent the maximum benefit being obtained from its production. The principal problems are associated with reproduction, low rates of growth in juveniles and high susceptibility to diseases, as well as high rates of mortality related to metamorphosis. Knowing the position of genes of interest in the chromosomes facilitates the construction of linkage maps and allows the chromosomes to be assigned to physical maps obtained by sequencing. This study is an initial approach to the production of a chromosome map of Solea senegalensis. The starting point for this objective is a gene library of cloned inserts in vectors capable of hosting fragments of large size: in our case, artificial chromosomes of bacteria (BAC). We have developed a protocol of single and double FISH techniques for localizing individual BAC, and have also performed double FISH for localizing two markers at the same time. Our results show the localization of BAC clones that contain genes related to the innate immune system that are important for the cultivation of this species, and genes and receptors of thyroid hormones involved in the metamorphosis of the sole. All the combinations of these genes have been analyzed by double FISH techniques to determine whether they co-localize, and also with those of gene families. Thus the first chromosome map of S. senegalensis has been obtained. El lenguado senegalés es una de las especies más valoradas comerciales en el sur de Europa, despertando un interés creciente sobre todo desde la década de 1990. Sin embargo, todavía hay problemas sin resolver que afectan negativamente a su cultivo y a prevenir al máximo el beneficio que se obtiene a partir de su producción. Los principales problemas están relacionados con la reproducción, las bajas tasas de crecimiento en juveniles y alta susceptibilidad a las enfermedades, así como las altas tasas de mortalidad relacionadas con la metamorfosis. El Conocimiento de la posición de los genes de interés en los cromosomas facilita la construcción de mapas de ligamiento y permite ser asignados los cromosomas a los mapas físicos obtenidos por secuenciación. Este estudio es una primera aproximación a la producción de un mapa cromosómico de Solea senegalensis.
- Published
- 2011
34. Massive transcriptome sequencing in sole
- Author
-
Manchado M., Infante C., Ponce M., Planas J. V., Cañavate J. P.
- Subjects
Next Generation Sequencing (NGS) ,Solea senegalensis ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,genomes ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
The rapid development of Next Generation Sequencing (NGS) techniques has transformed the way genomic research and characterization of genomes is done today. They can be applied to a wide variety of biological questions, from the sequencing of complete eukaryotic and prokaryotic genomes and transcriptomes, genome-scale analysis of DNA–protein interactions to metapopulation studies. Ultra-high throughput sequencing of the transcriptome (RNA-seq) has become a powerful and attractive alternative technology for gene discovery, transcript quantification and marker discovery. In this presentation, we focus on the use of NGS in sole transcriptomics. Particularly, we have performed two 454 runs for transcriptome analysis in Senegalese sole. In the first run, we tried to evaluate the defence mechanisms against pathogens throughout a better knowledge of the transcriptome of five immunostimulated organs (a pool of Head kidney, spleen, thymus, brain, gills). Presentación oral en Workshop The Cultivation of Soles V. 5-7 Abril, 2011. Faro (Portugal).
- Published
- 2011
35. Genetic characterization of BAC clones from a Senegalese sole BAC library containing genes of interest in aquaculture
- Author
-
Ana García, Ismael Cross, Manuel Manchado, Pedro Cañavate, Laureana Rebordinos
- Subjects
chromosomes ,aquaculture ,Solea senegalensis ,251092 ACUICULTURA MARINA ,bacterial artificial chromosomes (BAC) ,ACUICULTURA ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Senegalese sole (Solea senegalensis, Kaup 1858), is one of the most economically valued species in aquaculture. One of the main troubles found in the Senegalese sole culture were the low growth rates in juveniles and the greater susceptibility to disease. The study of genomes belonging to so high value species is essential to improve and optimize its culture. In that sense, knowing the location of genes of interest in the Senegalese sole chromosomes facilitates the construction of linkage maps, and it is useful in evolution studies beca use the rearrangements that occur in the course of evolution can be deduced through the analysis of the relative positions of these genes in related organisms. This work is a first approach in the development of a physical map of S. senegalensis. In order to gain that objective, the work started from a genomic library cloned in vectors capable of accommodating large fragments, in our case, Bacterial Artificial Chromosomes (BAC).Using FISH we have located BAC clones holding genes involved in the innate immune system and metamorphosis in the chromosomes of Senegalese sole. El lenguado senegalés (Solea senegalensis, Kaup 1858), es una de las especies más valoradas económicamente en la acuicultura. Los principales problemas con los que se encuentra el cultivo del lenguado senegalés son las bajas tasas de crecimiento de los juveniles y la mayor susceptibilidad a las enfermedades. El estudio de los genomas pertenecientes a especies de valor tan alto es esencial para mejorar y optimizar su cultivo. Este trabajo es una primera aproximación en el desarrollo de un mapa físico de S. senegalensis.
- Published
- 2011
36. Authentication of processed products derived from aquaculture
- Author
-
C. Infante, G. Catanese, and M. Manchado
- Subjects
Productos derivados del pescado ,PCR ,Acuicultura ,PESCA ,240100 BIOLOGIA ANIMAL (ZOOLOGIA) ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
La autentificación de productos procesados derivados de la acuicultura
- Published
- 2011
37. Chromosomal localization of genes of interest for Solea senegalensis aquaculture using BAC clones
- Author
-
García A., Iziga R., Cross I., Merlo A., Manchado M., Cañavate J. P., Rebordinos, L.
- Subjects
310500 PECES Y FAUNA SILVESTRE ,Lenguado senegalés ,Acuicultura ,Solea senegalensis ,251092 ACUICULTURA MARINA ,Mapa cromosómico ,Producción ,Cultivo ,clones BAC ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Senegalese sole is one of the most highly valued commercial species in Southern Europe. Nevertheless, there are still unresolved problems that adversely affect its cultivation and prevent the maximum benefit being obtained from its production. Knowing the position of genes of interest in the chromosomes facilitates the construction of linkage maps and allows the chromosomes to be assigned to physical maps obtained by sequencing. This study is an initial approach to the production of a chromosome map of S. senegalensis. The starting point is a gene library of cloned inserts in vectors capable of hosting fragments of large size: in our case, artificial chromosomes of bacteria (BAC). We have developed a protocol of single and double FISH techniques for localizing individual BAC, and have also performed double FISH for localizing two markers at the same time. Our results show the localization of BAC clones that contain genes related to the innate immune system that are important for the cultivation of this species, and genes and receptors of thyroid hormones involved in the metamorphosis of the sole. Thus the first chromosome map of S. senegalensis has been obtained. Lenguado senegalés es una de las especies más valoradas comerciales en el sur de Europa. Sin embargo, todavía hay problemas sin resolver que afectan negativamente a su cultivo y prevenir el beneficio máximo se obtiene a partir de su producción. El conocimiento de la posición de los genes de interés en los cromosomas facilita la construcción de mapas de ligamiento y permite a los cromosomas ser asignados a los mapas físicos obtenidos por secuenciación. Este estudio es una primera aproximación a la producción de un mapa cromosómico de S. senegalensis.
- Published
- 2011
38. Efecto del ácido retinoico (AR) sobre la expresión génica de sus receptores nucleares y de genes implicados en su síntesis y degradación en larvas de lenguado senegalés (Solea senegalensis)
- Author
-
Boglino A, Manchado M, Power DM, Darias MJ, Gisbert E
- Subjects
Larvas ,Supervivencia ,Lenguado ,embryonic structures ,251092 ACUICULTURA MARINA ,ACUICULTURA ,Crecimiento ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Retinoic acid (RA) is a potent morphogenetic nutrient that plays an essential role in the processes of morphogenesis, skeletogenesis and pigmentation of fishes by activating the expression of over 500 genes. However, still little is known about the transcriptional cascades mediated by RA in flatfish species. Therefore, the aim of this study was to evaluate the effects of RA during the larval development and metamorphosis of Senegalese sole and to determine the transcriptional responses of genes involved in RA metabolism and action. In a first experiment, pre-metamorphic larvae (7 days after hatching, dah) were treated with an inhibitor of RA synthesis (DEAB) until the end of metamorphosis (20dah). In a second experiment, post-metamorphic larvae pretreated for 3 days with DEAB and DMSO (solvent of DEAB) were subdivided into three additional tanks to which all-trans RA (ATRA) and TTNPB (rar agonist) were added. In each experiment, samples were taken at different times to quantify the expression of genes involved in RA synthesis (rdh10a, raldh2), degradation (cyP26a1), metabolism (rbp1, rbp4, crabp1a), mediators of its action (retinoic acid nuclear receptors, rarα1, rarα2, rarγ##, rxrα, rxrβ1, rxrβ2, rorβ, rarres3) and other RA-related pathways (thrαa, thrαb, thrβ). Retinoic acid (RA) is a potent morphogenetic nutrient that plays an essential role in the processes of morphogenesis, skeletogenesis and pigmentation of fishes by activating the expression of over 500 genes. However, still little is known about the transcriptional cascades mediated by RA in flatfish species. Therefore, the aim of this study was to evaluate the effects of RA during the larval development and metamorphosis of Senegalese sole and to determine the transcriptional responses of genes involved in RA metabolism and action. In a first experiment, pre-metamorphic larvae (7 days after hatching, dah) were treated with an inhibitor of RA synthesis (DEAB) until the end of metamorphosis (20dah). In a second experiment, post-metamorphic larvae pretreated for 3 days with DEAB and DMSO (solvent of DEAB) were subdivided into three additional tanks to which all-trans RA (ATRA) and TTNPB (rar agonist) were added. In each experiment, samples were taken at different times to quantify the expression of genes involved in RA synthesis (rdh10a, raldh2), degradation (cyP26a1), metabolism (rbp1, rbp4, crabp1a), mediators of its action (retinoic acid nuclear receptors, rarα1, rarα2, rarγ##, rxrα, rxrβ1, rxrβ2, rorβ, rarres3) and other RA-related pathways (thrαa, thrαb, thrβ).  
- Published
- 2011
39. Rearing Senegalese sole (Solea senegalensis) growth juveniles at high stocking density
- Author
-
E. Salas-Leiton, M. Manchado, J.P. Cañavate, and V. Anguís
- Subjects
Ración de engorde ,Lenguado ,Solea senegalensis ,Inmunología ,240100 BIOLOGIA ANIMAL (ZOOLOGIA) ,ACUICULTURA ,Engorde ,240900 GENETICA ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Stocking density and ration size are two major factors influencing aquaculture production. Their effects on growth and immune system were evaluated in Senegalese sole growth juveniles. Our results confirm that S. senegalensis is a species tolerating, in productive terms, to be cultivated under crowding conditions (30-45 kg m-2). Nevertheless, the studied biomarkers indicate physiological stress associated to high density, which might be affecting in last term to their inmuno-competence. Present work also assesses that sole response to high density is modulated by feeding ration. Finding the equilibrium between economically feasible, animal welfare and assumable risk factors seem to be the most reasonable option to cultivate this species nowadays La densidad de cultivo y el tamaño de ración son los dos principales factores que influyen en la producción acuícola. Sus efectos sobre el crecimiento y el sistema inmunológico fueron evaluados durante el crecimiento de juveniles de lenguado senegalés. Nuestros resultados confirman que S. senegalensis es una especie tolerante, en términos productivos, ser cultivado a altas densidades (30-45 kilogramos m-2). Sin embargo, los marcadores biológicos estudiados indican estrés fisiológico asociado a la alta densidad, que podría afectar en último término a su inmuno-competencia. El presente trabajo también muestra cómo la respuesta del lenguado a la alta densidad de cultivo está modulada por la ración de alimento. Por tanto, encontrando el equilibrio entre el bienestar animal, lo económicamente rentable y el riesgo asumible sería la opción más razonable para cultivar esta especie hoy día.
- Published
- 2010
40. Selection of housekeeping genes for gene expression studies in larvae from flatfish using real-time PCR
- Author
-
Infante, C., Matsuoka, M.P., Asensio, E., Cañavate, J.P., Reith, M., and Manchado, M.
- Subjects
Larvas de peces ,Genes ,Selección ,ACUICULTURA ,240000 CIENCIAS DE LA VIDA ,Genética ,240900 GENETICA ,Peces planos ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Flatfish metamorphosis involves major physiological and morphological changes. Due to its importance in aquaculture and as a model for developmental studies, some gene expression studies have focused on the understanding of this process using quantitative real-time PCR (qRT-PCR) technique. Therefore, adequate reference genes for accurate normalization are required. The stability of 12 potential reference genes was examined during larval development in Senegalese sole (Solea senegalensis) and Atlantic halibut (Hippoglossus hippoglossus) to determine the most suitable genes for qRT-PCR analysis. This work suggests RPS4, UBQ, and eEF1A1 genes as useful reference genes for accurate normalization in qRT-PCR studies in Senegalese sole and Atlantic halibut larvae. The congruent results between both species in spite of the drastic differences in larval development suggest that selected housekeeping genes (HKGs) could be useful in other flatfish species.
- Published
- 2008
41. Molecular characterization and expression analysis of five different elongation factor 1 alpha genes in the flatfish Senegalese sole (Solea senegalensis Kaup): Differential gene expression and thyroid hormones dependence during metamorphosis
- Author
-
Infante, C., Asensio, E., Cañavate, J.P., and Manchado, M.
- Subjects
Solea senegalensis ,Lenguado ,ACUICULTURA ,240000 CIENCIAS DE LA VIDA ,Hormonas de la tiroide ,Metamorfosis ,Genética ,240900 GENETICA ,Peces planos ,Cultivos Marinos y Recursos Pesqueros - Abstract
Caracterización molecular y análisis de la expresión de cinco genes diferentes del factor de elongación 1 alfa en el pez plano lenguado senegalés (Solea senegalensis Kaup): expresión génica y dependencia de hormona tiroideas durante la metamorfosis.
- Published
- 2008
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.