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Resumo Este trabalho situa-se na intersecção da Linguística de Corpus (O’KEEFFE; MCCARTHY, 2010); Linguística Computacional (KEDIA; RASU, 2020; SRINIVASA-DESIKAN, 2018; MANNING, 2008; MANNING; SCHUTZE, 1999; CHOMSKY, 1965); Dialetologia (CARDOSO, 2010; RADTKE; THUN, 1996; CHAMBERS; TRUDGILL, 1994) e Lexicografia (TARP, 2008, 2011, 2015; FUERTES-OLIVEIRA; BERGENHOLTZ, 2015; LEROYER, 2011). Tem-se como objetivo apresentar o desenvolvimento de ferramentas computacionais capazes de processar dados de natureza dialetal e lexicográfica a partir de uma metodologia que dispensa a contratação de serviços de programação, convidando o pesquisador a estudar os recursos informáticos necessários para realizar a manipulação automática de informações em um banco de dados. Para tanto, o corpus utilizado foi o do Projeto Atlas Linguístico do Brasil (COMITÊ NACIONAL DO PROJETO ALIB, 2001), relativo aos municípios do interior, da rede de pontos do ALiB, na região Norte do país. A construção desses pequenos programas foi motivada, principalmente, por duas razões: i) fornecer tratamento lexicográfico e eletrônico aos dados dialetais do ALiB; ii) desenvolver as próprias ferramentas computacionais para atender aos objetivos da pesquisa de Doutorado em andamento à qual este artigo se vincula. Desse modo, um banco de dados em Extensible Markup Language (XML) foi construído para armazenar as informações dialetais em formato lexicográfico e, a partir da execução de linhas de código, foi possível recuperar dados específicos do corpus de maneira eletrônica, além de filtrar os resultados a partir das variantes ‘sexo’, ‘idade’ e ‘localidade’, presentes nos dados do corpus do ALiB. Abstract This paper is situated at the intersection of Corpus Linguistics (O’KEEFFE; MCCARTHY, 2010); Computational Linguistics (KEDIA; RASU, 2020; SRINIVASA-DESIKAN, 2018; MANNING, 2008; MANNING; SCHUTZE, 1999; CHOMSKY, 1965); Dialectology (CARDOSO, 2010; RADTKE; THUN, 1996; CHAMBERS; TRUDGILL, 1994) and Lexicography (TARP, 2008, 2011, 2015; FUERTES-OLIVEIRA; BERGENHOLTZ, 2015; LEROYER, 2011). It aims to present the development of computational tools capable of processing dialectal and lexicographic data using a methodology that does not require the hiring of programming services, inviting the researcher to study the necessary computer resources to perform an automatic manipulation of information in a database. For this purpose, the corpus used was Atlas Linguístico do Brazil Project (COMITÊ NACIONAL DO PROJETO ALIB, 2001) relating to the interior municipalities from the ALiB, network, pointed out in the country’s North region. The construction of these small programs was mainly motivated by two reasons: i) provide lexicographical and electronic treatment to ALiB dialect data; ii) develop their own computational tools to meet the Doctoral research goals in progress, to which this article is linked. Thus, a database in Extensible Markup Language (XML) was built to store dialectal information in lexicographical format, and through the execution of code lines, it was possible to electronically retrieve specific data from the corpus and filter the results based on ‘gender’, ‘age’, and ‘location’ variants present in the data from the ALiB corpus.

Fil: Cassol, Matheus Pedron. Universidade de Caxias do Sul; Brasil. Fil: Lenz, Alexandre Rafael. Universidade de Caxias do Sul; Brasil. Fil: Lenz, Alexandre Rafael. Universidade do Estado da Bahia; Brasil. Fil: Zacaria, Rudinei. Universidade de Caxias do Sul; Brasil. Fil: De Avila e Silva, Scheila. Universidade de Caxias do Sul; Brasil. The current paper seeks to approach, using a workflow, basics subjects of the bioinformatic field and also useful informations to consider during the development of in silico researches. Installation and general usage of multiple softwares related to different sections of the genome annotation process were also presented. At last, an model organism, Staphylococcus aureus, was sequenced in two different softwares, SPAdes and IDBA-UD, seeking further comparison and evaluation of the process as a whole. The quality evaluation of the assemble was established by tests on QUAST, BUSCO and Augustus, supported by BLASTP. Results: QUAST evaluation returned genome coverage values above 98% in both test cases, pointing towards a trustworthy assemble for this organism. Via SPAdes were needed less computational resources, but, using IDBA-UD the sequences found were more contiguous. Results deriving from BUSCO showed only one expected gene difference. Some proteins and genes predicted by Augustus led to hits, sequences already studied in that organism, using the BLASTP program. El presente trabajo trata sobre un enfoque en formato de flujo de trabajo de cuestiones básicas del área, así como información a tener en cuenta durante la elaboración de investigaciones in silico. Se centró en algunos programas de diferentes partes del proceso de ensamblaje genómico, proporcionando orientación sobre su instalación y uso. Finalmente, se secuenció un organismo modelo, Staphylococcus aureus, en dos softwares, SPAdes e IDBA-UD, para la comparación y evaluación cualitativa del resultado. La evaluación de la calidad de la secuenciación se estableció mediante pruebas en los programas QUAST, BUSCO y Augustus, con el apoyo de BLASTP. La evaluación a través de QUAST arrojó valores de integridad en relación con el genoma de referencia superiores al 98% para ambas pruebas, lo que indica un ensamblaje confiable para el organismo en cuestión. La herramienta SPAdes logró secuenciar con menor capacidad computacional, pero a través de IDBA-UD se obtuvieron secuencias más contiguas. Los resultados de BUSCO mostraron solo una diferencia genética esperada. Las proteínas y genes esperados obtenidos por Augustus provocaron aciertos a través de BLASTP, es decir, secuencias de proteínas ya estudiadas y descritas para el organismo. O presente trabalho trata-se de uma abordagem em formato de workflow de questões base da área de bioinformática, assim como informações para se levar em consideração durante a elaboração de pesquisas in silico. Focou-se em alguns programas de diferentes partes do processo de montagem genômica, fornecendo orientações acerca de sua instalação e uso. Por fim, sequenciou-se um organismo modelo, Staphylococcus aureus, em dois softwares, SPAdes e IDBA-UD, para fins de comparação e avaliação qualitativa do resultado. A avaliação da qualidade do sequenciamento foi estabelecida por testes nos programas QUAST, BUSCO e pelo Augustus, apoiado pelo BLASTP. a avaliação via QUAST retornou valores de completude em relação ao genoma referência acima de 98% para ambos testes, indicando uma montagem confiável para o organismo em questão. Via SPAdes foi-se capaz de sequenciar com menor capacidade computacional, porém por intermédio do IDBA-UD obteve-se sequências mais contíguas. Os resultados advindos do BUSCO apresentaram apenas um gene esperado de diferença. As proteínas e genes esperados obtidos pelo Augustus suscitaram hits via BLASTP, ou seja, sequências proteicas já estudadas e descritas para o organismo.

Introduction: Management is essential for meeting the requirements of a project and the computational tools of Business Intelligence (BI) have great potential to contribution, providing management information about the business. Tools of this type are used in several sectors of the industry, but in civil construction, the focus of this work, the scenario is different, with much to aadvance. Therefore, a survey of BI tools applicable to the construction sector and its uses ar presented. Method: It conducts a systematic review of the literature, which analyzed 595 articles from six databases (ACM, Engineering Village, IEEE, Material Science Engineering, Science Direct, Scopus and Web of Science). Results: It identifies12 different applications, mainly in cost management, budget and job security. In the applications, uses of Data Warehouse and OLAP technologies were evidenced. In addition, it was found that most BI tools were developed for each company to the detriment of commercial software. Conclusion: There are several BI tools for civil construction, with different purposes. Most softwares were developed for each case studied due to the unique characteristics of the construction sector. It is believed that the large-scale adoption of the tools involves cooperation between companies, class entities and universities. Limitations were found in the research regarding the characterization of companies, due to the absence of this data in the analyzed articles. Finally, it is suggested that the challenges of implementing the technologies and the verified limitations can be addressed in future studies. Introdução: A gestão é essencial para que se cumpram os requisitos de um projeto, e as ferramentas computacionais de Business Intelligence (BI) têm grande potencial de contribuição, fornecendo informações gerenciais sobre o negócio. Ferramentas desse tipo são utilizadas em diversos setores da indústria, porém na construção civil, foco deste trabalho, o cenário é diferente, com muito a avançar. Diante disso, apresenta-se um levantamento das ferramentas de BI aplicáveis ao setor da construção e suas utilizações. Método: Conduz uma revisão sistemática da literatura, que analisou 595 artigos de seis bases de dados (ACM, Engineering Village, IEEE, Material Science Engineering, Science Direct, Scopus e Web of Science). Resultados: Identifica 12 diferentes aplicações, principalmente na área de gestão de custos, orçamento da obra e segurança do trabalho. Nas aplicações, foram evidenciadas utilizações das tecnologias de Data Warehouse e OLAP. Verifica que a maioria das ferramentas de BI foram desenvolvidas para cada empresa em detrimento dos softwares comerciais. Conclusão: Existem diversas ferramentas de BI para a construção civil, com diferentes aplicações. A maioria dos softwares foram desenvolvidos para cada caso estudado devido às características únicas do setor da construção. A adoção em larga escala das ferramentas passe pela cooperação entre empresas, entidades de classe e universidades. Verifica limitações na pesquisa quanto à caracterização das empresas, devido à ausência desses dados nos artigos analisados. Sugere que os desafios de implementação das tecnologias e as limitações verificadas sejam abordados em estudos futuros.

Dengue is an emerging disease with a major impact on public health, with millions of viral infections occurring annually, for which there is still no effective therapy. The present study aims to predict the physicochemical, pharmacokinetic and toxicological properties of candidates for drugs against dengue. 17 candidates for anti-dengue drugs were developed on the PubChem Sketcher V. 2.4® platform. The physical-chemical parameters were quantified on the Molinspiration® platform. Subsequently, the pharmacokinetic parameters were measured using the SwissADME® tool. Finally, the OSIRIS Property Explorer® platform was used to determine the toxicological effect of anti-dengue candidates. Compounds 8 and 14 did not violate any of the rules instituted by Lipinski. All other compounds showed more than one violation, with compounds 5, 7 and 9-11 showing up to 3 violations. As for the pharmacokinetic evaluation, of the compounds designed here only compounds 13 and 14 showed high gastrointestinal absorption. Compounds 2, 15 and 17 have at least a high-risk score for one of the toxicity factors for mutagenesis, tumorigenesis, irritating and reproductive effects. Compounds 1-4 have at least an intermediate risk score for one of the toxicity factors. All other compounds have low risk scores for one of the toxicity factors. The in silico prediction made in that study indicated that compounds 13 and 14 are the most promising for being possible anti-dengue candidates and useful for future screening in tests performed on cells and animals. El dengue es una enfermedad emergente con un gran impacto en la salud pública, con millones de infecciones virales que ocurren anualmente, para las cuales aún no existe una terapia efectiva. Este estudio tiene como objetivo predecir las propiedades fisicoquímicas, farmacocinéticas y toxicológicas de candidatos a fármacos contra el dengue. Se desarrollaron 17 candidatos para medicamentos contra el dengue en la plataforma PubChem Sketcher V.2.4®. Los parámetros físico-químicos se cuantificaron en la plataforma Molinspiration®. Posteriormente, se midieron los parámetros farmacocinéticos utilizando la herramienta SwissADME®. Finalmente, se utilizó la plataforma OSIRIS Property Explorer® para determinar el efecto toxicológico de los candidatos anti-dengue. Los compuestos 8 y 14 no violaron ninguna de las reglas instituidas por Lipinski. Todos los demás compuestos mostraron más de una violación, y los compuestos 5, 7 y 9-11 mostraron hasta 3 violaciones. En cuanto a la evaluación farmacocinética, de los compuestos aquí diseñados, solo los compuestos 13 y 14 mostraron una alta absorción gastrointestinal. Los compuestos 2, 15 y 17 tienen al menos una puntuación de riesgo alta para uno de los factores de toxicidad para mutagénesis, tumorigénesis, efectos irritantes y reproductivos. Los compuestos 1-4 tienen al menos una puntuación de riesgo intermedia para uno de los factores de toxicidad. Todos los demás compuestos tienen una puntuación de riesgo baja para uno de los factores de toxicidad. La predicción in silico realizada en este estudio indicó que los compuestos 13 y 14 son los más prometedores por ser posibles candidatos anti-dengue y útiles para futuros cribados en pruebas realizadas en células y animales. A dengue é uma doença emergente com grande impacto na saúde pública, com milhões de infecções virais ocorrendo anualmente, para a qual ainda não existe uma terapia eficaz. O presente estudo tem como objetivo realizar a predição das propriedades físico-químicas, farmacocinéticas e toxicológicas de candidatos a medicamentos contra dengue. 17 candidatos a fármacos anti-dengue foram desenvolvidos na plataforma PubChem Sketcher V.2.4®. Os parâmetros físico-químicos foram quantificados na plataforma Molinspiration®. Posteriormente, os parâmetros farmacocinéticos foram medidos usando a ferramenta SwissADME®. Finalmente, a plataforma OSIRIS Property Explorer® foi usada para determinar o efeito toxicológico dos candidatos anti-dengue. Os compostos 8 e 14 não violaram nenhuma das regras instituídas por Lipinski. Todos os outros compostos mostraram mais de uma violação, com os compostos 5, 7 e 9-11 apresentando até 3 violações. Quanto à avaliação farmacocinética, dos compostos aqui desenhados apenas os compostos 13 e 14 apresentaram elevada absorção gastrointestinal. Os compostos 2, 15 e 17 têm pelo menos uma pontuação de alto risco para um dos fatores de toxicidade para mutagênese, tumorigênese, efeitos irritantes e reprodutivos. Os compostos 1-4 têm pelo menos uma pontuação de risco intermediária para um dos fatores de toxicidade. Todos os outros compostos têm pontuação de baixo risco para um os fatores de toxicidade. A previsão in silico realizada nesse estudo indicou que os compostos 13 e 14 são as mais promissoras para serem possíveis candidatas anti-dengue e úteis para futuras triagens em testes realizados em células e animais.

The use of computational tools has become notable in seed quality control to assist in confirming seed lots of higher potential. Thus, the aim of this study was to use a computational approach to investigate analysis of morphological parameters that characterize primary root emergence in evaluation of tomato seed vigor. For that purpose, five seed lots were analyzed for germination and vigor (seedling emergence and analysis of seedling images). A parallel analysis of primary root emergence was made using computer-assisted imaging; the images recorded as germination proceeded were processed with the ImageJ® software to obtain aspect ratio and seed area parameters. Vigor differences among tomato seed lots can be identified based on primary root emergence, and computer image processing based on aspect ratio proves to be an efficient procedure to characterize emergence of the primary root in evaluation of tomato seed vigor. Resumo: A inclusão do uso de ferramentas computacionais no controle da qualidade de sementes tem-se destacado com o intuito de auxiliar em maior assertividade na caracterização de lotes de maior potencial. Assim, o objetivo deste estudo foi investigar por meio de uma abordagem computacional a análise de parâmetros morfológicos que caracterizem a emergência da raiz primária na avaliação do vigor de sementes de tomate. Para isso, cinco lotes de sementes foram analisados quanto a sua germinação e vigor (emergência de plântulas e análise de imagens de plântulas). Em paralelo, a emergência da raiz primária foi analisada utilizando visão computacional assistida; as imagens registradas durante o progresso de germinação foram processadas com o software ImageJ® para obtenção dos parâmetros de relação de aspecto e área da semente. As diferenças de vigor entre lotes de sementes de tomate podem ser identificadas com base na emergência da raiz primária e o processamento computacional das imagens baseado na relação de aspecto apresenta-se como um procedimento eficiente para a caracterização da emergência da raiz primária na avaliação do vigor de sementes de tomate.

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Este trabalho propõe um estudo teórico e experimental relacionado com as perdas de comutação em transistores de efeito de campo de metal-óxido-semicondutor (MOSFET) de potência. O trabalho aborda uma revisão das principais técnicas publicadas, aprimoramento dos métodos analíticos em relação às perdas de comutação, bem como análises experimentais e teóricas envolvendo MOSFETs Si e SiC convencionais. Inicialmente, é apresentada uma revisão abrangente da literatura técnica sobre os principais e diferentes tipos de perdas observadas em transistores. Três métodos selecionados, focados na previsão analítica de perdas de comutação, são revisados e um estudo experimental de comparação é apresentado. Uma nova metodologia é proposta com o objetivo de estimar as perdas de comutação do MOSFET, considerando indutâncias parasitas e alguns parâmetros não lineares do dispositivo, como capacitâncias de junção dependentes da tensão entre dreno e fonte. Para validar experimentalmente as perdas teóricas estimadas de comutação, um protótipo de circuito de pulso duplo foi projetado e avaliado. As perdas de comutação do dispositivo sob teste foram medidas por meio de sondas de osciloscópio especialmente ajustadas. Para esse fim, foi desenvolvida uma abordagem de detecção de inclinação, visando mitigar atrasos assíncronos, que geralmente ocorrem nesses experimentos e podem fornecer medições erráticas. O estudo revela uma concordância entre as perdas estimadas pelo método experimental e as simulações teóricas obtidas pelo método proposto. Além disso, foi adotado um método probabilístico, baseado em simulações não sequenciais de Monte Carlo. A eficácia do modelo foi avaliada pelo comportamento de várias unidades de duas marcas comerciais diferentes de MOSFETs operando sob diferentes níveis de tensão e corrente. O método analítico melhorado resultou em erros de estimativas nas perdas inferiores a 20%. Já empregando o método de Monte Carlo, se alcançou erros menores que 12,5% para o estudo resumido que foi realizado, mostrando ser uma ferramenta eficaz para a determinação da estimativa de perdas com base em processos estocásticos. Por fim, são discutidas as principais contribuições deste trabalho e apresentadas as propostas de trabalhos futuros. This work proposes a theoretical and experimental study related to switching losses in field-effect transistor metal-oxide semiconductor (MOSFET) power devices. The work addresses a review of the main published techniques, improvement of analytical methods regarding commutation losses as well as experimental and theoretical analysis involving conventional Si and SiC MOSFETs. Initially, a comprehensive review of the technical literature concerning the main different kind of transistor losses, are shown. Three selected methods, which are focused on analytical prediction of switching losses, are revised and an experimental comparison study is presented. A new methodology is proposed aiming the estimation of MOSFETs switching losses, while considering parasitic inductances and some device nonlinear parameters, such as voltage-dependent junction capacitances. To experimentally validate the theoretical estimated switching losses, a double-pulse circuit prototype has been designed and evaluated. The device under test switching losses have been measured by means of especially adjusted oscilloscope probes. For this purpose, a de-skew probe approach has been developed seeking to mitigate asynchronous delays, which commonly arises in those experiments and could provide wrong measurements. The study reveals an agreement between the experimental estimated losses and the theoretical simulations obtained by using the proposed method. Moreover, a probabilistic method has been adopted, which is based on non-sequential Monte Carlo simulations. The model effectiveness has been evaluated by the behavior of several units of two different commercial MOSFETs brands at different voltage and current levels. The improved analytical method has resulted in errors of losses estimation below 20%. On the other hand, by using the Monte Carlo method, the errors remained 12.5%, attesting the effectiveness of losses estimation based on stochastic processes. Finally, the main contributions of this work are discussed and the proposals for future works are presented.

The present research had as general objective to elaborate an experimental design that allowed to formulate a product based on natural compounds that acted efficiently in the treatment of bovine urine (pH control and odor minimization), developed were then corroborated to computational tools. The results showed that 47 drops of Tahiti lemon were necessary for the neutralization of 50 mL of urine, being necessary the use of three drops of the lemongrass essence for the minimization of the odor. The theoretical calculations showed how the interactions of citric acid with urea and uric acid occur, evidencing that citric acid interacts with approximately the same intensity with both urea and uric acid, justifying the experimental results found. El presente trabajo tuvo como objetivo general elaborar un diseño experimental que permitiera formular un producto basado en compuestos naturales que actuarían eficientemente en el tratamiento de la orina bovina (control de pH y minimización de olores), y los trabajos se correlacionaron con herramientas computacionales. . Los resultados mostraron que fueron necesarias 47 gotas de limón Tahití para neutralizar 50 ml de orina, lo que requiere el uso de tres gotas de esencia de hierba de limón para minimizar el olor. Los cálculos teóricos mostraron cómo ocurren las interacciones de ácido cítrico con urea y ácido úrico, mostrando que el ácido cítrico interactúa con aproximadamente la misma intensidad con urea y ácido úrico, lo que justifica los resultados experimentales encontrados. O presente trabalho teve como objetivo geral elaborar um delineamento experimental que permitisse formular um produto à base de compostos naturais que atuasse de maneira eficiente no tratamento de urina bovina (controle de pH e minimização do odor), sendo que os trabalhos foram correlacionados às ferramentas computacionais. Os resultados evidenciaram que 47 gotas de limão Tahiti foram necessárias para a neutralização de 50 mL de urina, sendo necessário o emprego de três gotas da essência de capim-limão para a minimização do odor. Os cálculos teóricos mostraram como ocorrem as interações do ácido cítrico com a ureia e ácido úrico, evidenciando que o ácido cítrico interage com aproximadamente a mesma intensidade tanto com a ureia quanto com o ácido úrico, justificando os resultados experimentais encontrados.

Orientadora: Profa. Dra. Káthia Maria Honório Coorientadora: Profa. Dra. Ana Lígia Barbour Scott Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia/Química, Santo André, 2018. As UDP-glucuronosiltransferases (UGTs) dos vertebrados são enzimas ligadas à membrana do retículo endoplasmático que metabolizam substratos endo e xenobióticos. Essas enzimas catalisam a reação de glucuronidação, que é uma das principais vias metabólicas de desintoxicação do organismo humano. Particularmente, as UGTs humanas podem ser divididas em dois grupos: UGT1A e UGT2. Especialmente, a enzima UDP-glcuronosiltransferase1A1 (UGT1A1) gera grande interesse na área da química medicinal, uma vez que ocupa um papel importante na metabolização de fármacos empregados, por exemplo, no tratamento de câncer, bem como de endógenos como a bilirrubina, a qual quando não eliminada pelo organismo, causa intoxicação e, em alguns casos, morte do indivíduo. Apesar de vastamente estudadas, a compreensão biofísica das UGTs humanas apresenta gargalos especialmente relacionados a obtenção de seus cristais, devido aos problemas com sua superexpressão e purificação. No entanto, é possível prever a estrutura tridimensional (3D) dessas enzimas e seu comportamento em um sistema biológico, por meio de ferramentas computacionais. Nesse trabalho, duas propostas de modelo da UGT1A1 monomérica são apresentadas. O modelo construído e validado teve seus movimentos coletivos ou globais calculados pela análise dos modos normais (MN). O sítio de ligação à uridina difosfato (UDP) e seus resíduos específicos foram examinados no contexto do modelo em relação aos dados experimentais disponíveis. As mudanças conformacionais amplas que ocorrem durante a catálise foram analisadas por meio de acoplamento molecular (docking). Por fim, a estabilidade da estrutura foi averiguada utilizando uma dinâmica molecular (DM) longa. O modelo proposto representou as regiões dos domínios de ligação da UGT1A1, onde foi possível acoplar o seu cofator e substrato. Sendo assim, apesar da estrutura completa da UGT1A1 ainda não estar disponível, os modelos gerados por ferramentas computacionais auxiliam na sua predição. UDP-glucuronosyltransferases (UGTs) of vertebrates are enzymes attached to the membrane of the endoplasmic reticulum that metabolize endo and xenobiotic substrates. These enzymes catalyze the glucuronidation reaction, which is one of the main metabolic and detoxification pathways of the human organism. Particularly, human UGTs can be splitted into two groups: UGT1A and UGT2. Especially the UDPglucuronosyltransferas1A1 (UGT1A1) enzyme generates great interest in the area of medicinal chemistry, since it plays an important role in the metabolization of drugs used, for example in the treatment of cancer, as well as in the metabolization of endogens such as bilirubin which when not eliminated by the organism, causes intoxication and in some cases death of the individual. Although extensively studied the biophysical understanding of human UGTs has bottlenecks, especially related to their crystallization due to problems related to the overexpression and purification. However, it is possible to predict the three-dimensional (3D) structure of these enzymes and their behavior in a biological system, through computational tools. In this work, a monomeric UGT1A1 model is presented. Moreover, the obtained and validated model had its global motions calculated through normal modes (NM). The uridine diphosphate (UDP) binding site and its specific residues were examined in the context of the model against the available experimental data. Large-scale conformational changes during catalysis were analyzed by docking technique. Further, the stability of the structure was investigated using a long molecular dynamic (MD). The model proposed in this work represented the binding domains regions of the UGT1A1, in which its cofactor and substrate were docked. Thus, although the complete structure of UGT1A1 is still not available, the models obtained through computational tools assist in its prediction.

O presente estudo é um dos resultados obtidos pelo grupo de pesquisa que realiza a Análise de Ambientes Computacionais, do ponto de vista da lógica operatória, no Nuted - Núcleo de Tecnologia Digital aplicada à Educação Faced/UFRGS. Utiliza-se a lógica operatória piagetiana como base teórica para a construção de uma metodologia de análise de ferramentas computacionais. Portanto, foi preciso definir os conceitos utilizados no método proposto em forma de quadro. Em primeiro lugar, investigou-se a teoria do sujeito individual, no que se refere à sua estrutura e função simbólica, reinterpretando esses conceitos no objeto. Nesse caso, o objeto é a ferramenta computacional de uso individual. A partir desse estudo, foi possível construir o modelo geral de interação de um sujeito qualquer com uma ferramenta computacional, para depois analisá-la operatoriamente. Em um segundo momento, foi introduzida a teoria do sujeito coletivo e construído o modelo interativo do mesmo com a ferramenta computacional de uso coletivo. Esses modelos construídos são utilizados para visualizar a interação e identificar, tanto na ferramenta quanto no usuário, as operações lógicas ou infralógicas e os agrupamentos de classes ou relações, de acordo com os espaços topológicos euclidiano e projetivo. É importante fazer essa distinção, pois há ferramentas que suportam apenas operações do tipo individual e, outras, operações coletivas/cooperativas. Logo, pela aplicação desses modelos, poderá ser identificado o nível operatório em que um sujeito deve se encontrar para interagir com um ambiente computacional, assim como a estruturação e reestruturação dessas operações durante a própria interação.The present study is a result of the efforts of a research group from NUTED - Núcleo de Tecnologia Digital aplicada à Educação (Center of Digital technology Applied to Education) at FACED/UFRGS, which works on the Analysis of Computer Environments from the viewpoint of operative logic. Jean Piaget's operative logic is employed as the theoretical basis for the development of a methodology for the analysis of computational tools. The concepts used in the proposed method had to be defined in matrix form. Firstly, the theory of the individual subject was investigated with respect to its structure and symbolic function, reinterpreting these concepts in the subject. The object here is the computational tool for individual use. From this study, it was possible to build the general interaction model of any subject with a computational tool, and then to analyze it operatively. After that, the theory of collective subjects was introduced, and the model of its interaction with a tool of collective use was built. These models are used to visualize the interaction and identify, both in the tool and in the user, the logical and/or infralogical operations, as well as the groups of classes and/or relations according to the Euclidian and projective topological spaces. It is important to make such distinction because there are tools that support only operations of the individual type, whereas others support collective/cooperative operations. Therefore, from the application of these models the operatory level at which a subject must find him/herself to interact with a computational environment can be identified, and also the structuring and restructuring of those operations during the interaction itself.

O presente estudo é um dos resultados obtidos pelo grupo de pesquisa que realiza a Análise de Ambientes Computacionais, do ponto de vista da lógica operatória, no Nuted — Núcleo de Tecnologia Digital aplicada à Educação Faced/UFRGS. Utiliza-se a lógica operatória piagetiana como base teórica para a construção de uma metodologia de análise de ferramentas computacionais. Portanto, foi preciso definir os conceitos utilizados no método proposto em forma de quadro. Em primeiro lugar, investigou- se a teoria do sujeito individual, no que se refere à sua estrutura e função simbólica, reinterpretando esses conceitos no objeto. Nesse caso, o objeto é a ferramenta computacional de uso individual. A partir desse estudo, foi possível construir o modelo geral de interação de um sujeito qualquer com uma ferramenta computacional, para depois analisá-la operatoriamente (Continuatiação) Em um segundo momento, foi introduzida a teoria do sujeito coletivo e construído o modelo interativo do mesmo com a ferramenta computacional de uso coletivo. Esses modelos construídos são utilizados para visualizar a interação e identificar, tanto na ferramenta quanto no usuário, as operações lógicas ou infralógicas e os agrupamentos de classes ou relações, de acordo com os espaços topológicos euclidiano e projetivo. É importante fazer essa distinção, pois há ferramentas que suportam apenas operações do tipo individual e, outras, operações coletivas/cooperativas. Logo, pela aplicação desses modelos, poderá ser identificado o nível operatório em que um sujeito deve se encontrar para interagir com um ambiente computacional, assim como a estruturação e reestruturação dessas operações durante a própria interação. The present study is a result of the efforts of a research group from NUTED – Núcleo de Tecnologia Digital aplicada à Educação (Center of Digital technology Applied to Education) at FACED/ UFRGS, which works on the Analysis of Computer Environments from the viewpoint of operative logic. Jean Piaget’s operative logic is employed as the theoretical basis for the development of a methodology for the analysis of computational tools. The concepts used in the proposed method had to be defined in matrix form. Firstly, the theory of the individual subject was investigated with respect to its structure and symbolic function, reinterpreting these concepts in the subject. The object here is the computational tool for individual use. From this study, it was possible to build the general interaction model of any subject with a computational tool, and then to analyze it operatively. After that, the theory of collective subjects was introduced, and the model of its interaction with a tool of collective use was built. These models are used to visualize the interaction and identify, both in the tool and in the user, the logical and/or infralogical operations, as well as the groups of classes and/or relations according to the Euclidian and projective topological spaces. It is important to make such distinction because there are tools that support only operations of the individual type, whereas others support collective/cooperative operations. Therefore, from the application of these models the operatory level at which a subject must find him/herself to interact with a computational environment can be identified, and also the structuring and restructuring of those operations during the interaction itself.

O artigo apresenta alguns fundamentos da modelagem computacional, bem como algumas das ferramentas que estarao disponiveis no ModelCiencias, que e um portal do projeto Modelagem Computacional Semiquantitativa e Quantitativa na Educacao em Ciencias do Plano Sul de Pesquisa e Posgraduacao do CNPq. O artigo apresenta, tambem, as caracteristicas dos cursos a serem disponibilizados no portal, aspectos tecnicos de sua construcao e o atual estagio de desenvolvimento do projeto. The ModelCiencias – a portal for the Semi Quantitative and Quantitative Computational Modeling in Science Education Project Abstract This paper presents some computational modeling basis and also some modeling tools that will be available in ModelCiencias, which is a portal for the project Semiquantitative and Quantitative Computational Modeling in Science Education of CNPq’s Research and Post-graduation Southern Plan. The article presents, also, the characteristics of the courses that will be avaliable in the portal, technical aspects of its construction and the current stage of development of the project.

The present contribution reports results obtained by the group which investigate the Operative Analysis of Computational Environments. This group belongs to the Nucleous of Digital Technology applied in Education (NUTED), of the Education School of the Federal University of Rio Grande do Sul. Basically we use the Piagetian Theory, in particular, the logical-operatory model, to construct a methodology to analyse computational tools. Therefore, we have to define the basic concepts in a frame form that are used in the method. This procedure is used to identify either in Lhe tool or in the subject that is interacting with it, logic and/or infralogic operations and class and/or relation grouping. Thus, we can identify the operatory levei which the subject have to interact with the computational environment, as well as the structure and reestructurations of this operation during the interaction., O presente estudo é um dos resultados obtidos pelo grupo de pesquisa que realiza a Análise Operatória de Ambientes Computacionais no NUTED — Núcleo de Tecnologia Digital aplicada à Educação/FACED/UFRGS. Neste, utiliza-se a lógica operatória piagetiana como base teórica para a construção de uma metodologia de análise de ferramentas computacionais. Portanto, foi necessário definir os conceitos utilizados no método proposto em forma de quadro. Este serve para identificar, tanto na ferramenta quanto no usuário que está interagindo com a mesma, operações lógicas e/ou infralógicas e agrupamentos de classes dou relações. Logo, poderá ser identificado o nível operatório em que um sujeito deve se encontrar para interagir com um ambiente computacional, assim como a estruturação e reestruturação dessas operações durante a própria interação.

Este artigo analisa o discurso de professores universitários de literaturas de língua inglesa, a fim de identificar como estes caracterizam seu discurso sobre literatura e ensino, com base em ferramentas computacionais. Para tanto, a fim de direcionar a análise de dados, recorre-se às noções de linguagem e discurso, em uma perspectiva dialógico-sistêmico-funcional, bem como a uma visão de análise do discurso enquanto atividade multidisciplinar (BAKHTIN, 1979 [1930]; 2006 [1979]; CHOULIARAKI e FAIRCLOUGH, 2001; FAIRCLOUGH, 2001; HALLIDAY, 1994). A geração dos dados se deu a partir de entrevistas semiestruturadas com dez professores de instituições de ensino superior, públicas e privadas, localizadas em diferentes partes da cidade do Rio de Janeiro. Essas entrevistas são analisadas qualitativamente com a ajuda de ferramentas da linguística de corpus (BERBER SARDINHA, 2004; OLIVEIRA, 2009; TOGNINI-BONELLI, 2001; VIANA, 2008). Tendo por base as linhas de concordância geradas para palavras-chave encontradas por meio do programa WordSmith Tools (SCOTT, 1999) para cada entrevista, foi possível perceber que cinco dimensões parecem caracterizar o discurso dos participantes: ontológica, metodológica, institucional, cognitiva e sócio-histórica. Entre as implicações desse estudo para o conhecimento científico, aponta-se a real necessidade de se investigar questões relacionadas à sala de aula de literatura, seguindo uma tradição já amplamente praticada por professores de língua (cf. RAJAGOPALAN, 2001; JORDÃO, 2004; PAIVA, 2005; GIEVE e MILLER, 2006; MICCOLI, 2007). Abstract: This article analyzes the discourse of university teachers of literature in English in order to identify how they characterize their discourse about literature and teaching, based on computational tools. To this end, in order to guide the data analysis, the study resorts to the notions of language and discourse, from a dialogic and systemic-functional perspective, as well as the view of discourse analysis as a multidisciplinary activity (BAKHTIN, 1979 [1930]; 2006 [1979]; CHOULIARAKI and FAIRCLOUGH, 2001; FAIRCLOUGH, 2001; HALLIDAY, 1994). The data for the present research were generated by means of semi-structured interviews with ten university teachers of public and private institutions from different districts in the city of Rio de Janeiro. These interviews are qualitatively analyzed with the support of corpus-linguistic tools (BERBER SARDINHA, 2004; OLIVEIRA, 2009; TOGNINI-BONELLI, 2001; VIANA, 2008). Based on concordance lines generated for the keywords found by means of the software WordSmith Tools (SCOTT, 1999) for each interview, it was possible to notice that five dimensions seem to characterize the participants’ discourse: ontological, methodological, institutional, cognitive and socio-historical. Among the implications of this study to scientific knowledge is the real need to investigate issues related to the literature classroom, following a tradition which is commonly implemented by language teachers (cf. RAJAGOPALAN, 2001; JORDÃO, 2004; PAIVA, 2005; GIEVE E MILLER, 2006; MICCOLI, 2007). Keywords: university teachers of literature in English; discourses; computational tools.

O presente estudo é um dos resultados obtidos pelo grupo de pesquisa que realiza a Análise de Ambientes Computacionais, do ponto de vista da lógica operatória, no Nuted - Núcleo de Tecnologia Digital aplicada à Educação Faced/UFRGS. Utiliza-se a lógica operatória piagetiana como base teórica para a construção de uma metodologia de análise de ferramentas computacionais. Portanto, foi preciso definir os conceitos utilizados no método proposto em forma de quadro. Em primeiro lugar, investigou-se a teoria do sujeito individual, no que se refere à sua estrutura e função simbólica, reinterpretando esses conceitos no objeto. Nesse caso, o objeto é a ferramenta computacional de uso individual. A partir desse estudo, foi possível construir o modelo geral de interação de um sujeito qualquer com uma ferramenta computacional, para depois analisá-la operatoriamente. Em um segundo momento, foi introduzida a teoria do sujeito coletivo e construído o modelo interativo do mesmo com a ferramenta computacional de uso coletivo. Esses modelos construídos são utilizados para visualizar a interação e identificar, tanto na ferramenta quanto no usuário, as operações lógicas ou infralógicas e os agrupamentos de classes ou relações, de acordo com os espaços topológicos euclidiano e projetivo. É importante fazer essa distinção, pois há ferramentas que suportam apenas operações do tipo individual e, outras, operações coletivas/cooperativas. Logo, pela aplicação desses modelos, poderá ser identificado o nível operatório em que um sujeito deve se encontrar para interagir com um ambiente computacional, assim como a estruturação e reestruturação dessas operações durante a própria interação. The present study is a result of the efforts of a research group from NUTED - Núcleo de Tecnologia Digital aplicada à Educação (Center of Digital technology Applied to Education) at FACED/UFRGS, which works on the Analysis of Computer Environments from the viewpoint of operative logic. Jean Piaget's operative logic is employed as the theoretical basis for the development of a methodology for the analysis of computational tools. The concepts used in the proposed method had to be defined in matrix form. Firstly, the theory of the individual subject was investigated with respect to its structure and symbolic function, reinterpreting these concepts in the subject. The object here is the computational tool for individual use. From this study, it was possible to build the general interaction model of any subject with a computational tool, and then to analyze it operatively. After that, the theory of collective subjects was introduced, and the model of its interaction with a tool of collective use was built. These models are used to visualize the interaction and identify, both in the tool and in the user, the logical and/or infralogical operations, as well as the groups of classes and/or relations according to the Euclidian and projective topological spaces. It is important to make such distinction because there are tools that support only operations of the individual type, whereas others support collective/cooperative operations. Therefore, from the application of these models the operatory level at which a subject must find him/herself to interact with a computational environment can be identified, and also the structuring and restructuring of those operations during the interaction itself.