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Caroline Solas, Isabelle Poizot-Martin, Eric Bellissant, Lionel Piroth, Patrizia Carrieri, Jade Ghosn, Marc Bourlière, Philippe Colson, Jean-Michel Molina, Alain Renault, Rodolphe Garraffo, Philippe Halfon, Laurent Alric, Alissa Naqvi, Département de Recherche CLinique, CISIH-Sud, Hôpital Sainte-Marguerite, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM - U912 INSERM - AMU - IRD ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Department of clinical and biological pharmacology and pharmacovigilance, CHU Pontchaillou [Rennes], Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de pharmacologie, Hôpital Pasteur [Nice] ( CHU ) -CHU Nice, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes ( URMITE ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Service de Pharmacocinétique et de Toxicologie, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie ( CRO2 ), Aix Marseille Université ( AMU ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de Pharmacologie, Service d'hépato-gastro-entérologie, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ), Internal Medicine and Infectious Diseases Department, European Hospital and Alphabio Laboratory, Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) ( EA 7327 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Pharmacochimie et Pharmacologie Pour le Développement ( PHARMA-DEV ), Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de Maladies Infectieuses [Nice], Observatoire Régional de la Santé Provence Alpes Côte d'Azur, ORS PACA, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint Louis], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Immuno-hématologie clinique [Hôpital Sainte Marguerite - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Pasteur [Nice] (CHU), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie (CRO2), Aix Marseille Université (AMU)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'hépatologie et de gastroentérologie [Hôpital Saint-Joseph - Marseille], Aix Marseille Université (AMU)-Hôpital Saint-Joseph [Marseille], Hôpital Européen [Fondation Ambroise Paré - Marseille], Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de Médecine Interne - Immunologie Clinique [AP-HP Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Hôpital Archet 2 [Nice] (CHU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud )-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC), Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hôpital Pasteur [Nice] (CHU)-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis(ANRS), Jonchère, Laurent, and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)

Michaela Müller-Trutwin, Mathieu Angin, Laurence Meyer, Roger Le Grand, Olivier Lambotte, Caroline Passaes, Stevenn Volant, Camille Lécuroux, Gianfranco Pancino, Laurence Weiss, Faroudy Boufassa, Jose Carlos Valle-Casuso, Cécile Goujard, Asier Sáez-Cirión, Marie-Agnès Dillies, Bruno Vaslin, Valérie Monceaux, HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de médecine interne et maladies infectieuses, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), The present study was conducted with funds from the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), MSDAVENIR and the European Union (EU)’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement no. 706871. M.A. received support from the EU (grant no. 706871) and complementary support from Sidaction. C.P. received support from the ANRS. J.C.V.-C. received support from Institut Pasteur through the Roux-Cantarini programme. The ANRS CO6 and CO21 cohorts were sponsored and funded by the ANRS. IDMIT infrastructure was supported by the French government Programme d’Investissements d’Avenir under grant no. ANR-11-INBS-0008., ANR-11-INBS-0008,IDMIT,Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines(2011), European Project: 706871,H2020,H2020-MSCA-IF-2015,GLUTORHIV(2016), HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Saez-Cirion, Asier, Infrastructures - Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines - - IDMIT2011 - ANR-11-INBS-0008 - INBS - VALID, and Glucose metabolism and mTOR pathway role in CD8+ T cell control of HIV-1 - GLUTORHIV - - H20202016-04-01 - 2018-03-31 - 706871 - VALID

Corinne Chareyre, Stéphane Robert, Stéphanie Simoncini, Françoise Dignat-George, Aurélie S. Leroyer, Patrice Roll, Olivia Zaegel-Faucher, Luc Lyonnet, Joëlle Micallef, Romaric Lacroix, Estelle Balducci, Isabelle Poizot-Martin, Dilyana Todorova, Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research (C2VN), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION), Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Institut de Neurosciences de la Timone (INT), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Leroyer, Aurelie, French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, Bartoli, Marc, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)

Chalouni, Mathieu, Pol, Stanislas, Sogni, Philippe, Fontaine, Helene, Lacombe, Karine, Lacombe, Jean-Marc, Esterle, Laure, Dorival, Celine, Bourliere, Marc, Bani-Sadr, Firouze, De Ledinghen, Victor, Zucman, David, Larrey, Dominique, Salmon, Dominique, Carrat, Fabrice, Wittkop, Linda, ANRS CO13 HEPAVIH, Anrs C. O. Hepather Cohorts Study Groups, Martinez, V., Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Bordeaux Research In Translational Oncology [Bordeaux] (BaRITOn), Université de Bordeaux (UB)-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Team MORPH3EUS (INSERM U1219 - UB - ISPED), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiopathologie du système immunitaire (Inserm U1223), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Cité (UPCité), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), INSERM-TRANSFERT [Paris] (IT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Saint-Joseph [Marseille], Hôpital Robert Debré, Hôpital Robert Debré-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), CHU Bordeaux [Bordeaux], Hôpital Foch [Suresnes], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), MC was supported by a doctoral award from the French national Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS: France Recherche Nord & Sud Sida-HIV Hépatites), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université Paris Cité (UPC)

Jean Dubuisson, Laura Riva, Costin-Ioan Popescu, Corentin Spriet, Yves Rouillé, Nicolas Barois, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateformes Lilloises en Biologie et Santé - UAR 2014 - US 41 (PLBS), Institute of Biochemistry [Bucharest], Romanian Academy, This research was funded by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) and the ANR through ERA-NET Infect-ERA program (ANR-13-IFEC-0002-01). LR was supported by a post-doctoral fellowship co-funded by the University of Liège and the European Union funding Marie Curie BeIPD DG Research-FP7-PEOPLE PCOFUND-GA-2012-600405., ANR-13-IFEC-0002,HCV-ASSEMBLY,Identification of host factors involved in Hepatitis C Virus assembly and characterization of their potential role in vivo(2013), European Project: 600405,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-COFUND,BEIPD(2013), Rouillé, Yves, ERA-NET Infect-ERA - Identification of host factors involved in Hepatitis C Virus assembly and characterization of their potential role in vivo - - HCV-ASSEMBLY2013 - ANR-13-IFEC-0002 - IFEC - VALID, Be International Post-Doc - Euregio and Greater Region - BEIPD - - EC:FP7:PEOPLE2013-02-01 - 2019-01-31 - 600405 - VALID, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Plateformes Lilloises en Biologie et Santé - UMS 2014 - US 41 (PLBS)

Mathurin Cyrille Tejiokem, Angeladine Kenne, Ida Calixte Penda, Francis Ateba Ndongo, Jules Brice Tchatchueng Mbougua, Francis Yuya Septoh, Suzie Tetang Ndiang, Josiane Warszawski, Albert Faye, Paul Alain Tagnouokam-Ngoupo, Sorel Jakpou, Jeannine Eboumbou Ngallè, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université de Douala, Centre Hospitalier Essos [Yaoundé, Cameroun], Hôpital Laquintinie [Douala, Cameroun], Fondation Chantal Biya (FCB), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Epidémiologie Clinique et Evaluation Economique Appliquées aux Populations Vulnérables (ECEVE (U1123 / UMR_S_1123)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), and This prospective study is sponsored by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), grants ANRS 12140 and 12225 to MCT.

Jean-Charles Guéry, Jacques Izopet, Asma Essat, Arnoo Shaiykova, Caroline Passaes, Sophie Laffont, Ali Youness, Pascal Azar, Michaela Müller-Trutwin, José E. Mejía, Pierre Delobel, Laurence Meyer, Claire Cenac, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie [Purpan], CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Service maladies infectieuses et tropicales [CHU Purpan], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], his work was supported by grants from the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS, EP-53 study), Fondation pour la Recherche Médicale (DEQ20180339187), and Conseil Régional Occitanie-Midi-Pyrénées. PA was supported by a fellowship from SIDACTION. MMT received grants from the ANRS and the Fondation Beytout., We gratefully acknowledge support from F. L’Faqihi, A.L. Iscache, and V. Duplan at the flow cytometry facility (CPTP), E. Lhuillier, C. Naylies, A. Emile, and Y. Lippi for DNA sequencing and RNA analyses at the GeT-Purpan and GeT-TRiX facilities, and the technical assistance of M. Requena, M. Cazabat, and R. Carcénac. We also thank Anaïs Bellin-Robert and Guilhem Vazzoler for assistance during plasmid cloning, G. von Heijne and H. Nielsen for comments on SignalP, H. Blanché-Koch for curating the CEPH sample panel, S. Lupold for the Metridia luciferase vector, and W. Chowdhury and S. Chavanas for advice on luciferase assays., Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), Service Maladies infectieuses et tropicales [CHU Toulouse], Pôle Inflammation, infection, immunologie et loco-moteur [CHU Toulouse] (Pôle I3LM Toulouse), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), and Passaes, Caroline

Fabienne Marcellin, Vincent Di Beo, Hugues Aumaitre, Marion Mora, Linda Wittkop, Claudine Duvivier, Camelia Protopopescu, Karine Lacombe, Laure Esterle, Cyril Berenger, Camille Gilbert, Olivier Bouchaud, Isabelle Poizot-Martin, Philippe Sogni, Dominique Salmon-Ceron, Patrizia Carrieri, D. Salmon, L. Wittkop, P. Sogni, L. Esterle, P. Trimoulet, J. Izopet, L. Serfaty, V. Paradis, B. Spire, P. Carrieri, M.A. Valantin, G. Pialoux, J. Chas, I. Poizot-Martin, K. Barange, A. Naqvi, E. Rosenthal, A. Bicart-See, O. Bouchaud, A. Gervais, C. Lascoux-Combe, C. Goujard, K. Lacombe, C. Duvivier, D. Neau, P. Morlat, F. Bani-Sadr, L. Meyer, F. Boufassa, B. Autran, A.M. Roque, C. Solas, H. Fontaine, D. Costagliola, L. Piroth, A. Simon, D. Zucman, F. Boué, P. Miailhes, E. Billaud, H. Aumaître, D. Rey, G. Peytavin, V. Petrov-Sanchez, D. Lebrasseur-Longuet, R. Usubillaga, B. Terris, P. Tremeaux, C. Katlama, H. Stitou, P. Cacoub, S. Nafissa, Y. Benhamou, F. Charlotte, S. Fourati, O. Zaegel, H. Laroche, C. Tamalet, P. Callard, F. Bendjaballah, C. Amiel, C. Le Pendeven, B. Marchou, L. Alric, S. Metivier, J. Selves, F. Larroquette, V. Rio, J. Haudebourg, M.C. Saint-Paul, A. De Monte, V. Giordanengo, C. Partouche, A. Martin, M. Ziol, Y. Baazia, V. Iwaka-Bande, A. Gerber, M. Uzan, D. Garipuy, M.J. Ferro-Collados, F. Nicot, Y. Yazdanpanah, H. Adle-Biassette, G. Alexandre, J.M. Molina, P. Bertheau, M.L. Chaix, C. Delaugerre, S. Maylin, J. Bottero, J. Krause, P.M. Girard, D. Wendum, P. Cervera, J. Adam, C. Viala, D. Vittecocq, Y. Quertainmont, E. Teicher, C. Pallier, O. Lortholary, C. Rouzaud, J. Lourenco, F. Touam, C. Louisin, V. Avettand-Fenoel, E. Gardiennet, A. Mélard, A. Ochoa, E. Blanchard, S. Castet-Lafarie, C. Cazanave, D. Malvy, M. Dupon, H. Dutronc, F. Dauchy, L. Lacaze-Buzy, A. Desclaux, P. Bioulac-Sage, S. Reigadas, D. Lacoste, F. Bonnet, N. Bernard, M. Hessamfar, J, F. Paccalin, C. Martell, M.C. Pertusa, M. Vandenhende, P. Mercié, T. Pistone, M.C. Receveur, M. Méchain, P. Duau, C. Rivoisy, I. Faure, S. Caldato, P. Bellecave, C. Tumiotto, J.L. Pellegrin, J.F. Viallard, E. Lazzaro, C. Greib, C. Majerholc, M. Brollo, E. Farfour, J. Polo Devoto, I. Kansau, V. Chambrin, C. Pignon, L. Berroukeche, R. Fior, V. Martinez, S. Abgrall, M. Favier, C. Deback, Y. Lévy, S. Dominguez, J.D. Lelièvre, A.S. Lascaux, G. Melica, F. Raffi, C. Allavena, V. Reliquet, D. Boutoille, C. Biron, M. Lefebvre, N. Hall, S. Bouchez, A. Rodallec, L. Le Guen, C. Hemon, D. Peyramond, C. Chidiac, F. Ader, F. Biron, A. Boibieux, L. Cotte, T. Ferry, T. Perpoint, J. Koffi, F. Zoulim, F. Bailly, P. Lack, M. Maynard, S. Radenne, M. Amiri, F. Valour, C. Augustin-Normand, C. Scholtes, T.T. Le-Thi, P. Chavanet, M. Duong Van Huyen, M. Buisson, A. Waldner-Combernoux, S. Mahy, R. Binois, A.L. Simonet-Lann, D. Croisier-Bertin, A. Salmon Rousseau, C. Martins, S. Galim, D. Lambert, Y. Nguyen, J.L. Berger, M. Hentzien, V. Brodard, M. Partisani, M.L. Batard, C. Cheneau, M. Priester, C. Bernard-Henry, E. de Mautort, P. Gantner et S Fafi-Kremer, F. Roustant, P. Platterier, I. Kmiec, L. Traore, S. Lepuil, S. Parlier, V. Sicart-Payssan, E. Bedel, S. Anriamiandrisoa, C. Pomes, M. Mole, C. Bolliot, P. Catalan, M. Mebarki, A. Adda-Lievin, P. Thilbaut, Y. Ousidhoum, F.Z. Makhoukhi, O. Braik, R. Bayoud, C. Gatey, M.P. Pietri, V. Le Baut, R. Ben Rayana, D. Bornarel, C. Chesnel, D. Beniken, M. Pauchard, S. Akel, C. Lions, A. Ivanova, A.-S. Ritleg, C. Debreux, L. Chalal, J. Zelie, H. Hue, A. Soria, M. Cavellec, S. Breau, A. Joulie, P. Fisher, S. Gohier, S. Ogoudjobi, C. Brochier, V. Thoirain-Galvan, M. Le Cam, M. Chalouni, V. Conte, L. Dequae-Merchadou, M. Desvallees, C. Gilbert, S. Gillet, R. Knight, T. Lemboub, F. Marcellin, L. Michel, M. Mora, C. Protopopescu, P. Roux, S. Tezkratt, T. Barré, M. Baudoin, M. Santos, V. Di Beo, M. Nishimwe, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Institut de Santé Publique, d'Epidémiologie et de Développement (ISPED), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Team MORPH3EUS (INSERM U1219 - UB - ISPED), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Pôle de Santé publique [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CIC Bordeaux, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de maladies infectieuses et tropicales [CHU Avicenne], Hôpital Avicenne [AP-HP], Université Paris 13 (UP13), Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Département d'hépatologie [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Maladies infectieuses et tropicales [AP-HP Hôpital Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This study was sponsored and funded by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS)., ANRS CO13 HEPAVIH Study Group : : D Salmon, L Wittkop, P Sogni, L Esterle, P Trimoulet, J Izopet, L Serfaty, V Paradis, B Spire, P Carrieri, M A Valantin, G Pialoux, J Chas, I Poizot-Martin, K Barange, A Naqvi, E Rosenthal, A Bicart-See, O Bouchaud, A Gervais, C Lascoux-Combe, C Goujard, K Lacombe, C Duvivier, D Neau, P Morlat, F Bani-Sadr, L Meyer, F Boufassa, B Autran, A M Roque, C Solas, H Fontaine, D Costagliola, L Piroth, A Simon, D Zucman, F Boué, P Miailhes, E Billaud, H Aumaître, D Rey, G Peytavin, V Petrov-Sanchez, D Lebrasseur-Longuet, D Salmon, R Usubillaga, P Sogni, B Terris, P Tremeaux, C Katlama, M A Valantin, H Stitou, A Simon, P Cacoub, S Nafissa, Y Benhamou, F Charlotte, S Fourati, I Poizot-Martin, O Zaegel, H Laroche, C Tamalet, G Pialoux, J Chas, P Callard, F Bendjaballah, C Amiel, C Le Pendeven, B Marchou, L Alric, K Barange, S Metivier, J Selves, F Larroquette, E Rosenthal, A Naqvi, V Rio, J Haudebourg, M C Saint-Paul, A De Monte, V Giordanengo, C Partouche, O Bouchaud, A Martin, M Ziol, Y Baazia, V Iwaka-Bande, A Gerber, M Uzan, A Bicart-See, D Garipuy, M J Ferro-Collados, J Selves, F Nicot, A Gervais, Y Yazdanpanah, H Adle-Biassette, G Alexandre, G Peytavin, C Lascoux-Combe, J M Molina, P Bertheau, M L Chaix, C Delaugerre, S Maylin, K Lacombe, J Bottero, J Krause, P M Girard, D Wendum, P Cervera, J Adam, C Viala, D Vittecocq, C Goujard, Y Quertainmont, E Teicher, C Pallier, O Lortholary, C Duvivier, C Rouzaud, J Lourenco, F Touam, C Louisin, V Avettand-Fenoel, E Gardiennet, A Mélard, D Neau, A Ochoa, E Blanchard, S Castet-Lafarie, C Cazanave, D Malvy, M Dupon, H Dutronc, F Dauchy, L Lacaze-Buzy, A Desclaux, P Bioulac-Sage, P Trimoulet, S Reigadas, P Morlat, D Lacoste, F Bonnet, N Bernard, M Hessamfar J, F Paccalin, C Martell, M C Pertusa, M Vandenhende, P Mercié, D Malvy, T Pistone, M C Receveur, M Méchain, P Duau, C Rivoisy, I Faure, S Caldato, P Bioulac-Sage, P Trimoulet, S Reigadas, P Bellecave, C Tumiotto, J L Pellegrin, J F Viallard, E Lazzaro, C Greib, P Bioulac-Sage, P Trimoulet, S Reigadas, D Zucman, C Majerholc, M Brollo, E Farfour, F Boué, J Polo Devoto, I Kansau, V Chambrin, C Pignon, L Berroukeche, R Fior, V Martinez, S Abgrall, M Favier, C Deback, Y Lévy, S Dominguez, J D Lelièvre, A S Lascaux, G Melica, E Billaud, F Raffi, C Allavena, V Reliquet, D Boutoille, C Biron, M Lefebvre, N Hall, S Bouchez, A Rodallec, L Le Guen, C Hemon, P Miailhes, D Peyramond, C Chidiac, F Ader, F Biron, A Boibieux, L Cotte, T Ferry, T Perpoint, J Koffi, F Zoulim, F Bailly, P Lack, M Maynard, S Radenne, M Amiri, F Valour, J Koffi, F Zoulim, F Bailly, P Lack, M Maynard, S Radenne, C Augustin-Normand, C Scholtes, T T Le-Thi, L Piroth, P Chavanet, M Duong Van Huyen, M Buisson, A Waldner-Combernoux, S Mahy, R Binois, A L Simonet-Lann, D Croisier-Bertin, A Salmon Rousseau, C Martins, H Aumaître, S Galim, F Bani-Sadr, D Lambert, Y Nguyen, J L Berger, M Hentzien, V Brodard, D Rey, M Partisani, M L Batard, C Cheneau, M Priester, C Bernard-Henry, E de Mautort, P Gantner Et S Fafi-Kremer, F Roustant, P Platterier, I Kmiec, L Traore, S Lepuil, S Parlier, V Sicart-Payssan, E Bedel, S Anriamiandrisoa, C Pomes, F Touam, C Louisin, M Mole, C Bolliot, P Catalan, M Mebarki, A Adda-Lievin, P Thilbaut, Y Ousidhoum, F Z Makhoukhi, O Braik, R Bayoud, C Gatey, M P Pietri, V Le Baut, R Ben Rayana, D Bornarel, C Chesnel, D Beniken, M Pauchard, S Akel, S Caldato, C Lions, A Ivanova, A-S Ritleg, C Debreux, L Chalal, J Zelie, H Hue, A Soria, M Cavellec, S Breau, A Joulie, P Fisher, S Gohier, D Croisier-Bertin, S Ogoudjobi, C Brochier, V Thoirain-Galvan, M Le Cam, P Carrieri, M Chalouni, V Conte, L Dequae-Merchadou, M Desvallees, L Esterle, C Gilbert, S Gillet, R Knight, T Lemboub, F Marcellin, L Michel, M Mora, C Protopopescu, P Roux, B Spire, S Tezkratt, T Barré, M Baudoin, M Santos, V Di Beo, M Nishimwe, L Wittkop., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Cochin [AP-HP], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Dupuis, Christine

Sarah Fidler, Richard J. Hayes, Joseph Larmarange, Diane V. Havlir, François Dabis, Moses R. Kamya, Sian Floyd, Tendani Gaolathe, Janet Moore, Shahin Lockman, Gabriel Chamie, Collins Iwuji, Helen Ayles, Maya L. Petersen, National Institutes of Health, University of California (UC), Botswana Harvard AIDS Institute Partnership, Harvard School of Public Health, London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), Zambart, Centre population et développement (CEPED - UMR_D 196), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Cité (UPCité), Santé, vulnérabilités et relations de genre au sud (SAGESUD - ERL Inserm U1244), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre population et développement (CEPED - UMR_D 196), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Cité (UPCité), Brighton and Sussex Medical School (BSMS), Imperial College London, Makerere University [Kampala, Ouganda] (MAK), University of California [Berkeley] (UC Berkeley), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), President's Emergency Plan for AIDS Relief, Gilead Sciences, Bill and Melinda Gates Foundation, French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, Deutsche Gesellschaft fur Internationale Zusammenarbeit, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), and School of Public Health

Marie Debrus, Patrizia Carrieri, Salim Mezaache, Daniel Rojas Castro, Perrine Roux, Stéphane Morel, Camelia Protopopescu, Marie Suzan-Monti, Marion Mora, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Médecins du Monde [Paris, France] (Association médicale militante de solidarité internationale), AIDES [Pantin, France], Groupe de Recherche en Psychologie Sociale (GRePS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Coalition PLUS [Pantin, France], and This study received external funding from the French National Agency for Research for AIDS and Viral Hepatitis (ANRS).

Marie Suzan-Monti, Bruno Spire, Antoine Vilotitch, Rosemary Dray-Spira, Patrick Yeni, Michel Celse, Baptiste Demoulin, Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Conseil national du sida et des hépatites virales [Paris, France], Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), The VESPA2 survey was sponsored and funded by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), Grant No. 2010-176., ANRS VESPA2 study group : Lert F, Spire B, Carrieri P, Dray-Spira R, Hamelin C, Lorente N, Préau M, Suzan-Monti M, Mora M, Le Strat Y, Cuzin L, Meyer L, Rojas-Castro D, Fischer H, Allègre T, Mours P, Riou JM, Sordage M, Chennebault JM, Fialaire P, Rabier V, Froidure M, Huguet D, Leduc D, Pichancourt G, Wajsbrot A, Bourdeaux C, Foltzer A, Hoen B, Hustache-Mathieu L, Abgrall S, Barruet R, Bouchaud O, Chabrol A, Mattioni S, Mechai F, Jeantils V, Bernard N, Bonnet F, Hessamfar M, Lacoste D, Malvy D, Mercié P, Morlat P, Paccalin F, Pertusa MC, Pistone T, Receveur MC, Vandenhende MA, Dupont C, Freire Maresca A, Leporrier J, Rouveix E, Dargere S, de la Blanchardière A, Martin A, Noyon V, Verdon R, Rogeaux O, Beytout J, Gourdon F, Laurichesse H, Meier F, Mortier E, Simonpoli AM, Cordier F, Delacroix I, Garrait V, Elharrar B, Dominguez S, Lascaux AS, Lelièvre JD, Levy Y, Melica G, Buisson M, Piroth L, Waldner A, Gruat N, Leprêtre A, de Truchis P, Le Du D, Melchior JC, Sehouane R, Troisvallets D, Blanc M, Boccon-Gibod I, Bosseray A, Brion JP, Durand F, Leclercq P, Marion F, Pavese P, Brottier-Mancini E, Faba L, Roncato-Saberan M, Bollengier-Stragier O, Esnault JL, Leautez-Nainville S, Perré P, Froguel E, Nguessan M, Simon P, Colardelle P, Doll J, Godin-Collet C, Roussin-Bretagne S, Delfraissy JF, Duracinsky M, Goujard C, Peretti D, Quertainmont Y, Marionneau J, Aissi E, Van Grunderbeeck N, Denes E, Ducroix-Roubertou S, Genet C, Weinbreck P, Augustin-Normand C, Boibieux A, Cotte L, Ferry T, Koffi J, Miailhes P, Perpoint T, Peyramond D, Schlienger I, Brunel JM, Carbonnel E, Chiarello P, Livrozet JM, Makhloufi D, Dhiver C, Husson H, Madrid A, Ravaux I, de Severac ML, Thierry Mieg M, Tomei C, Hakoun S, Moreau J, Mokhtari S, Soavi MJ, Faucher O, Ménard A, Orticoni M, Poizot-Martin I, Atoui N, Baillat V, Faucherre V, Favier C, Jacquet JM, Le Moing V, Makinson A, Mansouri R, Merle C, Elforzli N, Allavena C, Aubry O, Besnier M, Billaud E, Bonnet B, Bouchez S, Boutoille D, Brunet C, Feuillebois N, Lefebvre M, Morineau-Le Houssine P, Mounoury O, Point P, Raffi F, Reliquet V, Talarmin JP, Ceppi C, Cua E, Dellamonica P, De Salvador-Guillouet F, Durant J, Ferrando S, Mondain-Miton V, Perbost I, Pillet S, Prouvost-Keller B, Pradier C, Pugliese P, Rahelinirina V, Roger PM, Rosenthal E, Sanderson F, Hocqueloux L, Niang M, Prazuck T, Arsac P, Barrault-Anstett MF, Ahouanto M, Bouvet E, Castanedo G, Charlois-Ou C, Dia Kotuba A, Eid-Antoun Z, Jestin C, Jidar K, Joly V, Khuong-Josses MA, Landgraf N, Landman R, Lariven S, L'hériteau F, Machado M, Matheron S, Michard F, Morau G, Pahlavan G, Phung BC, Prévot MH, Rioux C, Yéni P, Bani-Sadr F, Calboreanu A, Chakvetadze E, Salmon D, Silbermann B, Batisse D, Beumont M, Castiel P, Derouineau J, Eliaszewicz M, Gonzalez G, Jayle D, Karmochkine M, Kousignian P, Pavie J, Pierre I, Weiss L, Badsi E, Bendenoun M, Cervoni J, Diemer M, Durel A, Rami A, Sellier P, Ait-Mohand H, Amirat N, Bonmarchand M, Bourdillon F, Breton G, Caby F, Grivois JP, Katlama C, Kirstetter M, Paris L, Pichon F, Roudière L, Schneider L, Samba MC, Seang S, Simon A, Stitou H, Tubiana R, Valantin MA, Bollens D, Bottero J, Bui E, Campa P, Fonquernie L, Fournier S, Girard PM, Goetschel A, Guyon HF, Lacombe K, Lallemand F, Lefebvre B, Maynard JL, Meyohas MC, Ouazene Z, Pacanowski J, Picard O, Raguin G, Roussard P, Tourneur M, Tredup J, Valin N, Balkan S, Clavel F, de Verdière NC, De Castro N, de Lastours V, Ferret S, Gallien S, Gérard L, Goguel J, Lafaurie M, Lascoux-Combe C, Molina JM, Oksenhendler E, Pintado C, Ponscarme D, Rozenbaum W, Scemla A, Bonnard P, Lassel L, Lebrette MG, Lyavanc T, Mariot P, Missonnier R, Ohayon M, Pialoux G, Treilhou MP, Vincensini JP, Gilquin J, Hadacek B, Nait-Ighil L, Nguyen TH, Sobel A, Viard JP, Zak Dit Zbar O, Aumaître H, Eden A, Ferreyra M, Lopez F, Medus M, Neuville S, Saada M, Blum L, Perfezou P, Arvieux C, Chapplain JM, Revest M, Souala F, Tattevin P, Bord S, Borsa-Lebas F, Caron F, Chapuzet C, Debab Y, Gueit I, Etienne M, Fartoukh C, Feltgen K, Joly C, Robaday-Voisin S, Suel P, Khuong MA, Krausse J, Poupard M, Tran Van G, Cazorla C, Daoud F, Fascia P, Frésard A, Guglielminotti C, Lucht F, Bernard-Henry C, Cheneau C, Lang JM, de Mautort E, Partisani M, Priester M, Rey D, Majerholc C, Zucman D, Assi A, Lafeuillade A, de Jaureguiberry JP, Gisserot O, Aquilina C, du Clary FP, Alvarez M, Chauveau M, Delobel P, Garipuy D, Labau E, Marchou B, Massip P, Mularczyk M, Obadia M, Ajana F, Allienne C, Baclet V, de la Tribonnière X, Huleux T, Melliez H, Meybeck A, Riff B, Valette M, Viget N, Bastides F, Bernard L, Gras G, Guadagnin P, May T, Rabaud C, Dos Santos A, Poinsignon Y, Derradji O, Escaut L, Teicher E, Vittecoq D, Bantsima J, Caraux-Paz P, Patey O., Lissalde, Claire, and Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Guido Kroemer, Audrey Paoletti, Awatef Allouch, Gabrielle Lê-Bury, Marie-Lise Gougeon, Cristina Di Primio, Annie David, Mauro Piacentini, Gianfranco Pancino, Guillaume Montagnac, Valentina Quercioli, Jean-Luc Perfettini, Asier Sáez-Cirión, Anna Cereseto, Roberta Nardacci, Frédéric Subra, David M. Ojcius, Florence Niedergang, Héla Saïdi, Saez-Cirion, Asier, Instituts Hospitalo-Universitaires B - Institut de Médecine Personnalisée du Cancer - - MMO (IHU-CANCER)2010 - ANR-10-IBHU-0001 - IBHU - VALID, Institut Gustave Roussy (IGR), Radiothérapie Moléculaire et Innovation Thérapeutique (RaMo-IT), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Saclay, Scuola Normale Superiore di Pisa (SNS), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée (LBPA), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay), National Institute for Infectious Diseases 'Lazzaro Spallanzani', HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), Immunité Antivirale, Biothérapie et Vaccins, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre for Integrative Biology (CIBIO), University of Trento (CIBIO), University of Trento [Trento], Arthur A. Dugoni School of Dentistry [San Francisco], University of the Pacific [San Francisco], University of the Pacific-University of the Pacific, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hématopoïèse normale et pathologique (U1170 Inserm), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Istituto Nazionale di Malattie Infettive 'Lazzaro Spallanzani' (INMI), Università degli Studi di Roma Tor Vergata [Roma], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Plateforme de métabolomique, Direction de la recherche [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Métabolisme, cancer et immunité = Metabolism, Cancer & Immunity [CRC] (Equipe labellisée Ligue contre le cancer), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Pôle de biologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Department of Women's and Children's Health, Karolinska Institutet [Stockholm]-Karolinska University Hospital [Stockholm], This work was supported by funds from Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-IBHU-0001, ANR-10-LABX33, and ANR-11-IDEX-003-01), Cancéropole Ile de France, Electricité de France, Fondation Gustave Roussy, Institut National du Cancer (INCA 9414), NATIXIS, SIDACTION, and the French National Agency for Research on AIDS and viral Hepatitis (ANRSH) (to J-LP and FN)., We acknowledge Dr Alessandro Donado, Yann Lecluse, Floriane Herit, and Pierre Bourdoncle (IMAG’IC facility of Institut Cochin) for their technical support, and Pr. Eric Solary for the pRLL-EF1-PGK-GFP lentiviral vector plasmid., ANR-10-IBHU-0001,MMO (IHU-CANCER),Institut de Médecine Personnalisée du Cancer(2010), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP), École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)

Dominique Salmon-Ceron, Maria Patrizia Carrieri, Fabienne Marcellin, Linda Wittkop, Marie Costa, Philippe Sogni, Issifou Yaya, Denis Lacoste, Hugues Aumaitre, Jessica Krause, Virginie Villes, Teresa Rojas Rojas, Camelia Protopopescu, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Coordination Régionale de la lutte contre l'infection à VIH (COREVIH Aquitaine), CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin-Hôpital du Tondu, Service des maladies infectieuses [CH Perpignan], Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Team MORPH3EUS (INSERM U1219 - UB - ISPED), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d’information Médicale [CHU de Bordeaux] (Pôle de Santé Publique), CHU Bordeaux [Bordeaux], Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service Maladies infectieuses et tropicales [AP-HP Hôpital Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Physiopathologie du système immunitaire (Inserm U1223), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS: France Recherche Nord & sud Sida-hiv Hépatites), with the participation of Abbott France, Glaxo-Smith-Kline, Roche, Schering-Plough, BMS, Merck-Serono., ANRS CO13 HEPAVIH Study Group : Scientific Committee of the ANRS CO13 HEPAVIH Study Group: D. Salmon (co-Principal investigator), L. Wittkop (co- Principal Investigator), P. Sogni (co-Principal Investigator), L. Esterle (project manager), P. Trimoulet, J. Izopet, L. Serfaty, V. Paradis, B. Spire, P. Carrieri, M.A. Valantin, G. Pialoux, J. Chas, I. Poizot-Martin, K. Barange, A. Naqvi, E. Rosenthal, A. Bicart-See, O. Bouchaud, A. Gervais, C. Lascoux-Combe, C. Goujard, K. Lacombe, C. Duvivier, D. Vittecoq, D. Neau, P. Morlat, F. Bani-Sadr, L. Meyer, F. Boufassa, B. Autran, A.M. Roque, C. Solas, H. Fontaine, D. Costagliola, L. Piroth, A. Simon, D. Zucman, F. Boué, P. Miailhes, E. Billaud, H. Aumaître, D. Rey, G. Peytavin, V. Petrov-Sanchez, A. Pailhé. Clinical Centres (ward/participating physicians): APHP Cochin, Paris (Médecine Interne et Maladies Infectieuses: D. Salmon, R. Usubillaga, Hépato-gastro-entérologie: P. Sogni, Anatomo-pathologie: B. Terris, Virologie: P. Tremeaux), APHP Pitié-Salpétrière, Paris (Maladies Infectieuses et Tropicales: C. Katlama, M.A. Valantin, H. Stitou, Hépato-gastro-entérologie: Y. Benhamou, Anatomo-pathologie: F. Charlotte, Virologie: S. Fourati), APHP Pitié-Salpétrière, Paris (Médecine Interne: A. Simon, P. Cacoub, S. Nafissa), APHM Sainte- Marguerite, Marseille (Service d’Immuno-Hématologie Clinique: I. Poizot-Martin, O. Zaegel, H. Laroche, Virologie: C. Tamalet), APHP Tenon, Paris (Maladies Infectieuses et Tropicales: G. Pialoux, J. Chas, Anatomo-pathologie: P. Callard, F. Bendjaballah, Virologie: C. Le Pendeven), CHU Purpan, Toulouse (Maladies Infectieuses et Tropicales: B. Marchou, Hépato-gastro-entérologie: L. Alric, K. Barange, S. Metivier, Anatomo-pathologie: J. Selves, Virologie: F. Larroquette), CHU Archet, Nice (Médecine Interne: E. Rosenthal, Infectiologie: A. Naqvi, V. Rio, Anatomo-pathologie: J. Haudebourg, M.C. Saint-Paul, Virologie: C. Partouche), APHP Avicenne, Bobigny (Médecine Interne – Unité VIH: O. Bouchaud, Anatomo-pathologie: M. Ziol, Virologie: Y. Baazia), Hôpital Joseph Ducuing, Toulouse (Médecine Interne: M. Uzan, A. Bicart-See, D. Garipuy, M.J. Ferro-Collados, Virologie: F. Nicot), APHP Bichat-Claude Bernard, Paris (Maladies Infectieuses:, A. Gervais, Y. Yazdanpanah, Anatomo-pathologie: H. Adle- Biassette, Virologie: G. Alexandre), APHP Saint-Louis, Paris (Maladies infectieuses: C. Lascoux-Combe, J.M. Molina, Anatomo-pathologie: P. Bertheau, Virologie: M.L. Chaix, C. Delaugerre, S. Maylin), APHP Saint-Antoine (Maladies Infectieuses et Tropicales:, K. Lacombe, J. Bottero, J. Krause P.M. Girard, Anatomo-pathologie: D. Wendum, P. Cervera, J. Adam, Virologie: C. Viala), APHP Bicêtre, Paris (Médecine Interne: C. Goujard, Y. Quertainmont, E. Teicher, Virologie: C. Pallier, Maladies Infectieuses: D. Vittecoq), APHP Necker, Paris (Maladies Infectieuses et Tropicales: O. Lortholary, C. Duvivier, C. Rouzaud, J. Lourenco, F. Touam, C. Louisin: Virologie: V. Avettand-Fenoel, A. Mélard), CHU Pellegrin, Bordeaux (Maladies Infectieuses et Tropicales: D. Neau, A. Ochoa, E. Blanchard, S. Castet-Lafarie, C. Cazanave, D. Malvy, M. Dupon, H. Dutronc, F. Dauchy, L. Lacaze-Buzy, Anatomopathologie: P. Bioulac-Sage, Virologie: P. Trimoulet, S. Reigadas), Hôpital Saint-André, Bordeaux (Médecine Interne et Maladies Infectieuses: Médecine Interne et Maladies Infectieuses: P. Morlat, D. Lacoste, F. Bonnet, N. Bernard, M. Hessamfar, J.F. Paccalin, C. Martell, M.C. Pertusa, M. Vandenhende, P. Merciéer, D. Malvy, T. Pistone, M.C. Receveur, M. Méchain, P. Duffau, C Rivoisy, I. Faure, S. Caldato, Anatomo-pathologie: P. Bioulac-Sage, Hôpital du Haut-Levêque, Bordeaux (Médecine Interne: J.L. Pellegrin, J.F. Viallard, E. Lazzaro, C. Greib, Hôpital FOCH, Suresnes (Médecine Interne: D. Zucman, C. Majerholc, Virologie: E. Farfour), APHP Antoine Béclère, Clamart (Médecine Interne: F. Boué, J. Polo Devoto, I. Kansau, V. Chambrin, C. Pignon, L. Berroukeche, R. Fior, V. Martinez, Virologie: C. Deback), CHU Henri Mondor, Créteil (Immunologie Clinique: Y. Lévy, S. Dominguez, J.D. Lelièvre, A.S. Lascaux, G. Melica), CHU Hôtel Dieu, Nantes (Maladies Infectieuses et Tropicales: E. Billaud, F. Raffi, C. Allavena , V. Reliquet, D. Boutoille, C. Biron, Virologie: A. Rodallec, L. Le Guen), Hôpital de la Croix Rousse, Lyon (Maladies Infectieuses et Tropicales: P. Miailhes, D. Peyramond, C. Chidiac, F. Ader, F. Biron, A. Boibieux, L. Cotte, T. Ferry, T. Perpoint, J. Koffi, F. Zoulim, F. Bailly, P. Lack, M. Maynard, S. Radenne, M. Amiri, Virologie: C. Scholtes, T.T. Le-Thi), CHU Dijon, Dijon (Département d’infectiologie: L. Piroth, P. Chavanet M. Duong Van Huyen, M. Buisson, A. Waldner-Combernoux, S. Mahy, R. Binois, A.L. Simonet-Lann, D. Croisier-Bertin), CH Perpignan, Perpignan (Maladies infectieuses et tropicales: H. Aumaître), CHU Robert Debré, Reims (Médecine interne, maladies infectieuses et immunologie clinique: F. Bani-Sadr, D. Lambert, Y. Nguyen, J.L. Berger), CHRU Strasbourg (Le Trait d’Union: D. Rey, M. Partisani, M.L. Batard, C. Cheneau, M. Priester, C. Bernard- Henry, E. de Mautort, Virologie: P. Gantner et S. Fafi-Kremer), APHP Bichat-Claude Bernard (Pharmacologie: G. Peytavin). Data collection: F. Roustant, I. Kmiec, L. Traore, S. Lepuil, S. Parlier, V. Sicart-Payssan, E. Bedel, F. Touam, C. Louisin, M. Mole, C. Bolliot, M. Mebarki, A. Adda-Lievin, F.Z. Makhoukhi, O. Braik, R. Bayoud, M.P. Pietri, V. Le Baut, D. Bornarel, C. Chesnel, D. Beniken, M. Pauchard, S. Akel, S. Caldato, C. Lions, L. Chalal, Z. Julia, H. Hue, A. Soria, M. Cavellec, S. Breau, A. Joulie, P. Fisher, C. Ondo Eyene, S. Ogoudjobi, C. Brochier, V. Thoirain-Galvan. Management, statistical analyses: E. Boerg, P. Carrieri, V. Conte, L. Dequae- Merchadou,M.Desvallees, N. Douiri, L. Esterle, C. Gilbert, S. Gillet, R. Knight, F. Marcellin, L. Michel, M. Mora, C. Protopopescu, P. Roux, B. Spire, S. Tezkratt, I. Yaya, T. Barré, T. Rojas, V. Villes, M. Baudoin, M. Santos., Dupuis, Christine, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Roland Tubiana, Françoise Meier, Albert Faye, Jérôme Le Chenadec, Laurent Mandelbrot, Josiane Warszawski, Stéphane Blanche, Jeanne Sibiude, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Département d'obstétrique et de gynécologie [AP-HP Hôpital Louis-Mourier] (DHU Risks in Pregnancy), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Département d'infectiologie [AP-HP Hôpital Louis Mourier, Colombes], Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Service de pédiatrie générale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Evaluation thérapeutique et pharmacologie périnatale et pédiatrique (EA_7323), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS). ANRS is an autonomous agency at Inserm. The ANRS functions as promotor and funding and had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript. Jeanne Sibiude received a grant from ANRS [n°14055] and from AIDS Healthcare Foundation for this work., ANRS-French Perinatal Cohort Study Group, Comets, Emmanuelle, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière]

Samri, Assia, Bacchus-Souffan, Charlin, Hocqueloux, Laurent, Avettand-Fenoel, Véronique, Descours, Benjamin, Theodorou, Ioannis, Larsen, Martin, Sáez-Cirión, Asier, Rouzioux, Christine, Autran, Brigitte, Group, Anrs Visconti, Sorbonne Université (SU), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), The study was supported by the ANRS, the French National Agency for Research on AIDS, and Viral Hepatitis (Grant ANRS EP47). The promoter is the Centre Hospitalier Regional d’Orleans, Université Pierre et Marie Curie, Univ Paris 06 ( Sorbonne University ), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre Hospitalier Régional d'Orléans ( CHR ), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine ( UPD5 Médecine ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Service d'immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHR), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]

Philippe Rascle, Nicolas Huot, Michaela Müller-Trutwin, Beatrice Jacquelin, Thalia Garcia-Tellez, Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut des Maladies Emergentes et des Thérapies Innovantes (IMETI), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), We would like to thank the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) Vaccine Research Institute funded by the Investissements d’Avenir program’ managed by the ANR under reference ANR-10-LABX-77, as well as the Center for Infectious Disease models and Innovative Therapies (IDMIT) funded by 'Programme investissements d'avenir' under grant agreement N° ANR-11-INBS-0008)., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-11-INBS-0008,IDMIT,Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines(2011), Vaccine Research Institute (VRI), HIV, Inflammation et persistance, and Institut Pasteur [Paris]

Haithem Dakhli, David M. Ojcius, Maxime Thoreau, Héla Saïdi, Eric Solary, Awatef Allouch, Jean-Luc Perfettini, Olivier Lambotte, Marina Caillet, Eric Deutsch, Olivier Delelis, Qiuji Wu, Zeinaf Muradova, Mauro Piacentini, Gianfranco Pancino, Roger Le Grand, Syed Qasim Raza, Audrey Paoletti, Asier Sáez-Cirión, Béatrice Poirier-Beaudouin, Nathalie Dereuddre-Bosquet, Frédéric Subra, Laurent Voisin, Guido Kroemer, Marie-Lise Gougeon, Roberta Nardacci, Frédéric Law, Radiothérapie moléculaire (UMR 1030), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Apoptose, cancer et immunité (U848), Immunité Anti-virale, Biothérapie et Vaccins (IABV), Institut Pasteur [Paris] (IP), Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée (LBPA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Istituto Nazionale di Malattie Infettive 'Lazzaro Spallanzani' (INMI), Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, University of the South Pacific (USP), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hématopoïèse normale et pathologique, Département de radiothérapie [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Università degli Studi di Roma Tor Vergata [Roma], Agence Nationale de la RechercheFrench National Research Agency (ANR) [ANR-10-IBHU-0001, ANR-10-LABX33, ANR-11-IDEX-003-01], Electricite de France, MIUR (FIRB)Ministero dell' Istruzione, dell' Universita e della Ricerca (MIUR), Ministry of Health of Italy 'Ricerca Finalizzata', ANR under the program 'Investissements d'Avenir'French National Research Agency (ANR) [ANR-10-LABX-33, ANR-11-IDEX-0003-01], Fondation Gustave Roussy, AIRCAssociazione Italiana per la Ricerca sul Cancro (AIRC), European Commission 'Transpath' Marie Curie Project, Agence Nationale de Recherche sur le Sida et sur les Hepatites (ANRSH)French National Research Agency (ANR), Higher Education Commission (Pakistan)Higher Education Commission of Pakistan, Laboratory of Excellence LERMIT, Institut National du CancerInstitut National du Cancer (INCA) France [INCA 9414], Canceropole Ile-de-FranceRegion Ile-de-France, Institut National du Cancer (INCa)Institut National du Cancer (INCA) France, NATIXIS, Sidaction, French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRSH)French National Research Agency (ANR), Ligue contre le Cancer (equipe labellisee), Agence National de la Recherche (ANR) -Projets blancsFrench National Research Agency (ANR), Institut Universitaire de France, Ministry of Health of Italy 'Ricerca Corrente', LabEx Immuno-Oncology, RHU Torino Lumiere, SIRIC Stratified Oncology Cell DNA Repair and Tumor Immune Elimination (SOCRATE), SIRIC Cancer Research and Personalized Medicine (CARPEM), MIUR (PRIN 2012)Ministero dell' Istruzione, dell' Universita e della Ricerca (MIUR), We gratefully acknowledge Y. Lecluse and S. Salome-Desnoulez for technical support., ANR-10-IBHU-0001,MMO (IHU-CANCER),Institut de Médecine Personnalisée du Cancer(2010), ANR-11-IDEX-0003,IPS,Idex Paris-Saclay(2011), European Project: 289964,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2011-ITN,TRANSPATH(2011), Leriche, Marianne, Instituts Hospitalo-Universitaires B - Institut de Médecine Personnalisée du Cancer - - MMO (IHU-CANCER)2010 - ANR-10-IBHU-0001 - IBHU - VALID, Idex Paris-Saclay - - IPS2011 - ANR-11-IDEX-0003 - IDEX - VALID, Transglutaminase in disease: a novel therapeutic target? - TRANSPATH - - EC:FP7:PEOPLE2011-11-01 - 2015-10-31 - 289964 - VALID, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Institut Pasteur [Paris], and HIV, Inflammation et persistance

Christine Rouzioux, Asma Essat, Véronique Avettand-Fenoel, Adeline Melard, Olivier Delelis, Tiphaine Lenfant, Marc Bary, Marine Gousset, Jean-Paul Viard, Laurence Meyer, Faroudy Boufassa, Cécile Goujard, Pauline Trémeaux, CCSD, Accord Elsevier, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Virologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée (LBPA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Diagnostic et de Thérapeutique, Hôpital de l’Hôtel-Dieu [Paris], Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), The ANRS-PRIMO and SEROCO cohorts are sponsored by the ANRS (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis). This work was funded by the ANRS., ANRS-SEROCO and PRIMO cohorts, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Khadim Ndiaye, Laura March, Christopher Kuaban, Luis Sagaon-Teyssier, Marie-Thérèse Mengue, Marie Suzan-Monti, Christian Laurent, Sylvie Boyer, Bruno Spire, Marion Fiorentino, Laurent Vidal, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Université Catholique d'Afrique Centrale - Institut Catholique de Yaoundé (UCAC), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Montpellier (UM), This study was funded by the French National Agency for Research on AIDS and viral hepatitis (ANRS)., Aiello, Mélisande, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université catholique d'Afrique centrale, Institut catholique de Yaoundé, Université de Yaoundé I [Yaoundé], Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), and Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI)

Arielle R. Rosenberg, Alexandre Vandeputte, Karin Seron, Yves Rouillé, Muriel Lavie, Priscille Brodin, Jean Dubuisson, Sevser Sahpaz, Véronique Pène, Riadh Ksouri, Céline Rivière, Ramla Sahli, Marie-Emmanuelle Sahuc, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Artois (UA)-Institut Supérieur d'Agriculture, Laboratoire des plantes aromatiques et médicinales (Faculté des Sciences Mathématiques, Physiques et Naturelles, Tunis) (LPAM), Faculté des Sciences Mathématiques, Physiques et Naturelles de Tunis (FST), Université de Tunis El Manar (UTM)-Université de Tunis El Manar (UTM), Virologie de l'hépatite C (EA 4474), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS-18208), the European Community (ERC-STG INTRACELLTB grant 260901), the Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-EQPX-04-01), the Fonds Européen de Développement Régional (Feder) (12001407 [D-AL] EquipEx ImagInEx BioMed), and the Région Nord-Pas-de-Calais (convention 12000080), We thank platforms of CUMA (University of Lille 2, J. F. Goossens) and LARMN (University of Lille 2, N. Azaroual) for access to equipment. We are grateful to J. Bukh, C. M. Rice, and T. Wakita for providing essential reagents. We are also grateful to Abderrazak Smaoui (Biotechnology Centre of Borj-Cédria) concerning botanical identification and to Thibaut Vausselin for useful discussions. M.-E.S. is a recipient of a Ph.D. Fellowship provided by the French Government., European Project: 260901,EC:FP7:ERC,ERC-2010-StG_20091118,INTRACELLTB(2010), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 (CIIL), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculté des Sciences Mathématiques, Physiques et Naturelles de Tunis - Faculty of Mathematical, Physical and Natural Sciences of Tunis, Séron, Karin, and A Chemical Genomics Approach of Intracellular Mycobacterium tuberculosis Towards Defining Specific Host Pathogen Interactions - INTRACELLTB - - EC:FP7:ERC2010-12-01 - 2015-11-30 - 260901 - VALID

Warren J. Leonard, Nima Rezaei, Kathryn Payne, Isabelle Meyts, Laurent Abel, Cindy S. Ma, Marianne Leruez-Ville, Janet Chou, Alain Hovnanian, Jian-Xin Lin, Simon J. Pelham, Danielle T. Avery, Matthieu Bouaziz, Bethany Pillay, Tanwir Habib, Anne Puel, Sevgi Keles, Juan Li, Isabelle Pellier, Jamel El-Benna, Bernhard Fleckenstein, Ahmet Ozen, Vivien Béziat, Ingrid Müller-Fleckenstein, Damien Chaussabel, Samaneh Zoghi, Yi Wang, Paul Gray, Matthias Titeux, Yoann Zerbib, Talal A. Chatila, Marie-Alexandra Alyanakian, Capucine Picard, Orli Wargon, Ayper Somer, Marie-Olivia Chandesris, Thibaut Leclercq, Ibtihal Benhsaien, Aziz Belkadi, Jean-Laurent Casanova, Romain Lévy, Peng Li, Geetha Rao, Ai Ing Lim, James P. Di Santo, Nico Marr, Sylvie Fraitag, Frédégonde About, Elissa K. Deenick, Bertrand Boisson, Jacinta Bustamante, Mélanie Migaud, Bodo Grimbacher, Aziz Bousfiha, Fatima Ailal, Safa Baris, Antoine Guérin, Stuart G. Tangye, Romain Guery, Ning Du, Vimel Rattina, Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Rockefeller University [New York], National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Garvan Institute of Medical Research [Darlinghurst, Australia], University of New South Wales [Sydney] (UNSW), CHU Ibn Rochd [Casablanca], Université Hassan II [Casablanca] (UH2MC), Service d'Immuno-Hémato-Oncologie Pédiatrique, Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Shahid Beheshti University of Medical Sciences [Tehran] (SBUMS), Shahid Beheshti University, Universal Scientific Education and Research Network (USERN), Marmara University [Kadıköy - İstanbul], Necmettin Erbakan University [Konya, Turquie], Immunité Innée, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Harvard Medical School [Boston] (HMS), Boston Children's Hospital, Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Sidra Medicine, Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Freiburg University Medical Center, Sydney children's hospital, Centre de Référence Déficits Immunitaires Héréditaires (CEREDIH), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Genetic skin diseases : from disease mechanism to therapies (Equipe Inserm U1163), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de pathologie [CHU Necker], Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre d'étude des Déficits Immunitaires, University Hospitals Leuven [Leuven], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Istanbul University, Research Center for Immunodeficiencies [Tehran, Iran], Tehran University of Medical Sciences (TUMS), University of New South Wales [Canberra Campus] (UNSW), Howard Hughes Medical Institute [New York], New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), This work was supported by grants from INSERM, Paris Descartes University, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (ANR-10-LABX-62-IBEID), the Jeffrey Modell Foundation Translational Research Program, the French National Research Agency (ANR, grant nos. GENCMCD-ANR-11-BSV3–005-01, HGDIFD-ANR-14-CE15-0006-01, NKIR-ANR-13-PDOC-0025-01, and EURO-CMC-ANR-14-RARE-0005-02), and grants awarded under the 'Investissement d’avenir' program (grant no. ANR-10-IAHU-01), the National Institute of Allergy and Infectious Diseases of the NIH (grant nos. U01AI109697 and R01AI127564), the Rockefeller University, the Howard Hughes Medical Institute, the St. Giles Foundation, the Institut Pasteur, and FP7, under grant agreements 305578 (PathCO) and 317057 (HOMIN). We thank the Centre de Recherche Translationnelle (Institut Pasteur) for technical assistance. V.B. is supported by the ANR (grant no. NKIR-ANR-13-PDOC-0025-01). R.L. is supported by the INSERM Ph.D. program (Poste d’Accueil INSERM), a Fulbright grant (Franco-American commission), and a Philippe Foundation scholarship. Y.Z. received the 'médaille d’or du Centre Hospitalier Universitaire d’Amiens.' Y.W. is supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS, grant no. 13318). F. About holds a fellowship from Fondation pour la Recherche Médicale (FRM, grant no. FDM20140630671). A.G. is supported by an IFNGPHOX grant (no. ANR13-ISV3-0001-01) from ANR. B.G. was funded by BMBF (German Federal Ministry of Education and Research) grants 01E01303 and 01ZX1306F. I.M. is supported by a klinische onderzoeks-en opleidingsraad (clinical research council) grant from UZ Leuven, a klinisch onderzoeksfonds (clinical research fund) grant from KU Leuven, and an International Mobility Grant from Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek (fund for scientific research) Vlaanderen. C.S.M., E.K.D., and S.G.T. are supported by grants and fellowships from the National Health and Medical Research Council of Australia. C.S.M., P.G., E.K.D., and S.G.T. are members of CIRCA (Clinical Immunogenomics Research Consortia Australia), which is funded by the Office of Health and Medical Research of the NSW Government, the Jeffrey Modell Foundation, and the John Cook Brown Foundation. A.I.L. is a scholar of the Pasteur-Paris University International Ph.D. program and is supported by a Ph.D. International Training Network grant from the European Union’s Seventh Framework Program under grant agreement no. 317057 (HOMIN). T.A.C. was supported by a grant from the National Institute of Allergy and Infectious Diseases of the NIH (5R01AI065617). S.K. was supported by a grant from the Scientific and Technological Research Council of Turkey (1059B191300622). J.-X.L., P.L., N.D., and W.J.L. were supported by the Division of Intramural Research, National Heart, Lung, and Blood Institute, NIH. A.P. was supported by an AP-HP interface contract., We thank the patients and their families for participating in this study. We thank J. E. Darnell and C. Mertens for advice and for providing reagents. We thank the members of the laboratory, especially F. Jabot-Hanin and V. Pedergnana, for their valuable input on linkage analysis, L. Amar, Y. Nemirovskaya, D. Papandrea, E. Anderson, M. Woollett, C. Desvallées, C. Patissier, and M. Corrias for administrative assistance, E. Jouanguy and Y. Itan for helpful discussions, S. Boucherit for clinical data collection, S. Jacques and the Cochin genomics platform for microarray experiments, and N. Goudin and R. Desveaux of the Necker Institute Imaging Facility., Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Garvan Institute of medical research, Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sidra Medicine [Doha, Qatar], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universitäts Klinikum Freiburg = University Medical Center Freiburg (Uniklinik), Sydney Children's hospital, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Beziat, Vivien, Li, Juan, Lin, Jian-Xin, Ma, Cindy S., Li, Peng, Bousfiha, Aziz, Pellier, Isabelle, Zoghi, Samaneh, Baris, Safa, Keles, Sevgi, Gray, Paul, Du, Ning, Wang, Yi, Zerbib, Yoann, Levy, Romain, Leclercq, Thibaut, About, Fredegonde, Lim, Ai Ing, Rao, Geetha, Payne, Kathryn, Pelham, Simon J., Avery, Danielle T., Deenick, Elissa K., Pillay, Bethany, Chou, Janet, Guery, Romain, Belkadi, Aziz, Guerin, Antoine, Migaud, Melanie, Rattina, Vimel, Ailal, Fatima, Benhsaien, Ibtihal, Bouaziz, Matthieu, Habib, Tanwir, Chaussabel, Damien, Marr, Nico, El-Benna, Jamel, Grimbacher, Bodo, Wargon, Orli, Bustamante, Jacinta, Boisson, Bertrand, Mueller-Fleckenstein, Ingrid, Fleckenstein, Bernhard, Chandesris, Marie-Olivia, Titeux, Matthias, Fraitag, Sylvie, Alyanakian, Marie-Alexandra, Leruez-Ville, Marianne, Picard, Capucine, Meyts, Isabelle, Di Santo, James P., Hovnanian, Alain, Somer, Ayper, Ozen, Ahmet, Rezaei, Nima, Chatila, Talal A., Abel, Laurent, Leonard, Warren J., Tangye, Stuart G., Puel, Anne, and Casanova, Jean-Laurent

Yaya, Issifou, Marcellin, Fabienne, Costa, Marie, Morlat, Philippe, Protopopescu, Camelia, Pialoux, Gilles, Santos, Melina Erica, Wittkop, Linda, Esterle, Laure, Gervais, Anne, Sogni, Philippe, Salmon-Ceron, Dominique, Carrieri, Maria Patrizia, Group, the ANRS CO13-HEPAVIH Cohort Study, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Saint-André, CHU Tenon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Departamento de Vigilância, Prevenção e Controle das IST, do HIV/Aids e das Hepatites Virais [Brasília, Brazil], Ministério da Saúde [Brasília, Brazil]-Secretaria de Vigilância em Saúde [Brasília, Brazil], Programa de Pós-Graduação em Saúde Coletiva [Brasília, Brazil], Universidade de Brasilia [Brasília] (UnB)-Faculdade de Ciências da Saúde [Brasília, Brazil], Service d'information médicale, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Service des maladies infectieuses et tropicales, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Physiopathologie du système immunitaire (Inserm U1223), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Maladies infectieuses et tropicales [AP-HP Hôpital Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), with the participation of Abbott France, Glaxo-Smith-Kline, Roche, Schering-Plough, and INSERM’s ‘Programme Cohortes TGIR’., Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Tenon], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université, Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Hépato-gastro-entérologie et cancérologie digestive [APHP Bichat Claude Bernard], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Service de médecine interne et centre de référence des maladies rares [CHU Cochin], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], and YAYA, Issifou

Raymond, E, Nicot, F., Morand-Joubert, A, Rodallec, D, Mourez, M, Beby-Defaux, D, Lambert-Niclot, P, Charpentier, E, Malvé, B., Le Guillou-Guillemette, A, Si-Mohamed, D, Avettand Fenoel, A, Roussel, A., Calvez, P, Saune, E, Rodriguez, M, Descamps, E, Izopet, E, Lagier, E, Roussel, C, Le Guillou-Guillemette, G, Alloui, A., Bettinger, D., Pallier, P, Fleury, Frédéric, Reigadas, R, Bellecave, P., Recordon-Pinson, P, Payan, P, Vallet, S., Vabret, A., Dina, D, Henquell, C., Mirand, A., Bouvier-Alias, A, de Rougemont, A, Dos Santos, D, Morand, P, Signori-Schmuck, A., Bocket, B, Rogez, R, Andre, A, Tardy, C, Trabaud, A, Tamalet, C., Delamare, D, Montes, B, SCHVOERER, Evelyne, Ferré, F., André-Garnier, E., Cottalorda, C, Guinard, G, Guiguon, A, Descamps, D., Brun-Vézinet, B, Charpentier, c, Visseaux, B, Peytavin, G., Krivine, A., Si-Mohamed, A, Avettand-Fenoel, Véronique, Marcelin, A, Calvez, C, Lambert-Niclot, L, Soulié, C., Wirden, M., Morand-Joubert, M, Delaugerre, D, Chaix, M, Amiel, A, Schneider, S., Giraudeau, G, Beby- Defaux, D, Brodard, B, Maillard, A., Plantier, P, Chaplain, C, Bourlet, B, Fafi-Kremer, F, Stoll-Keller, F., Schmit, P, Barth, B, Yerly, S, Poggi, P., Izopet, I, Raymond, R, Barin, B, Chaillon, A, Marque-Juillet, M, Roque-Afonso, A, Haïm-Boukobza, B, Flandre, P., Grudé, G, Assoumou, A, Costagliola, D, Allegre, A, Schmit, J, Chennebault, M, Bouchaud, B, Magy-Bertrand, B, Delfraissy, D, Dupon, D, Morlat, P, Neau, D, Ansart, A., Jaffuel, J, Verdon, R, Jacomet, C, Lévy, L, Dominguez, D, Chavanet, P., Piroth, P, Cabié, A., Leclercq, P, Ajana, A, Cheret, A, Weinbreck, P, Cotte, C, Poizot-Martin, P, Ravaud, R., Christian, B, Truchetet, F, Grandidier, G, Rey, R., May, M, Goehringer, G, Raffi, F., Dellamonica, D, Prazuck, P, Hocqueloux, L, Landman, R, Yazdanpanah, Y., Launay, L, WEISS, L, Viard, P, Katlama, C., Simon, A., Girard, G, Meynard, M, Molina, M, Pialoux, G, Hoen, B., Goeger-Sow, G, Lamaury, I, Beaucaire, G, Le Moal, G., Jaussaud, R., Rouger, C, Michelet, M., Borsa-Lebas, B, Caron, F, Khuong, A., Lucht, F., Rey, D., Calmy, A, Lafeuillade, A, Marchou, B, Delobel, D, Gras, G, Greder-Belan, A, Vittecoq, D, Teiche, E, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire de virologie [CHU Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Hôpital Paul Brousse, CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Universiatire Hôtel-Dieu de Nantes (CHU Hôtel-Dieu), CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Rouen, Centre Hospitalier Universitaire de Lille (CHU de Lille), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Hôpital Henri Mondor, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSERM UMR-S 606, Hôpital Lariboisière, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, PRES Sorbonne Paris-Cité, and Université Paris Denis Diderot, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Laboratoire de Virologie [AP-HP Hôpital Bichat-Claude-Bernard], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Nancy (CHU Nancy), CHU Clermont-Ferrand, Service de Virologie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Centre de Référence des Maladies Auto-Inflammatoires et des Amyloses [CH Versailles] (CeRéMAIA - Hôpital André Mignot), Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Centre hospitalier universitaire de Grenoble (CHU de Grenoble), CHU Grenoble, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital Necker, Centre Hospitalier Universitaire d'Amiens, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP, Hôpital Henri-Mondor Albert-Chenevier, Service d'Immunologie Clinique et Maladies Infectieuses 94000 Créteil, France, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Agence Nationale de Recherches sur le SIDA et les hepatites virales (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, ANRS), Janssen-Cilag SAS, Erosion torrentielle neige et avalanches (UR ETGR (ETNA)), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Service de Virologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire de Pharmacologie Médicale, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Faculté de Médecine/CHU, CHU Besançon, Université de Franche-Comté (UFC), Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites, Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire [Caen], Laboratoire de biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique et épigénétique des pathologies placentaires (Inserm U709), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôtel-Dieu de Nantes, Centre d'Etudes Lasers Intenses et Applications (CELIA), Université de Bordeaux (UB)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service de Virologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AgroParisTech, T1, Laboratoire Matériaux Optiques, Photonique et Systèmes (LMOPS), CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL)-CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL), Interaction virus-hôte et maladies du foie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sciences pour l'environnement (SPE), Université Pascal Paoli (UPP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Laboratoire d'Acoustique de l'Université du Mans (LAUM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Le Mans Université (UM), ONERA - The French Aerospace Lab [Toulouse], ONERA, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), UMR CNRS 8179, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service de Médecine Interne, Maladies Infectieuses et Tropicales (POTIERS - Mal Inf), Service de Médecine interne, Maladies Infectieuses et Immunologie Clinique [Reims], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University Hospital and University Jean Monnet, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte (UVHCI), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Bordeaux (UB), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pascal Paoli (UPP), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), Université de Lille, Sciences et Technologies-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de Médecine Interne, Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Poitiers], Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)

Marc Bonnin, Nathalie Bendriss-Vermare, Ludovic Aillot, Sarah Maadadi, Caroline Scholtes, David Durantel, Isabel Najera, Fabien Zoulim, Julie Lucifora, Miroslava Subic, Malika Ait-Goughoulte, Laura Dimier, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Roche Pharma Research and Early Development [Basel] (pRED), F. Hoffmann-La Roche [Basel], Département d'Hématologie [CHU Lyon], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Développement Cancer et Thérapies Ciblées / Cancer Development and Targeted Therapies (DEVweCAN LabEx), Université de Lyon - UDL, This work was supported by grants from ANRS (French national agency for research on AIDS and viral hepatitis), FINOVI (Foundation for innovation in infectiology), and INSERM. Besides academic funding, this work was mainly supported by Hoffmann-La Roche via its RPF (Roche Postdoc Fellowship) program, M. Bonnin was the recipient of this program under the supervision of D. Durantel (academic side) and M. Ait-Goughoulte/I. Najera (Roche scientist leaders)., ANR-10-LABX-0061,DEVWECAN,Development Cancer and Targeted Therapies(2010), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Durantel, David, Development Cancer and Targeted Therapies - - DEVWECAN2010 - ANR-10-LABX-0061 - LABX - VALID, and PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID

Christelle, Tong, Marie, Suzan-Monti, Luis, Sagaon-Teyssier, Mohamed, Mimi, Christian, Laurent, Gwenaëlle, Maradan, Marie-Thérèse, Mengue, Bruno, Spire, Christopher, Kuaban, Laurent, Vidal, Sylvie, Boyer, I, Seyep, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université Catholique d'Afrique Centrale - Institut Catholique de Yaoundé (UCAC), Department of Internal Medicine and Subspecialties [Yaoundé, Cameroon], University of Yaoundé [Cameroun], This study was approved by the Cameroonian Ministry of Public Health and was financially supported by the French National Agency for Research on AIDS and viral hepatitis (ANRS)., EVOL Cam group, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), and Lissalde, Claire

Jean-Marie Le Gall, Marie Suzan-Monti, Marion Mora, Caroline Lions, Camelia Protopopescu, Perrine Roux, Marie Debrus, Maria Patrizia Carrieri, Bruno Spire, Khadim Ndiaye, Baptiste Demoulin, Aurelie Haas, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), AIDES [Marseille, France] (Association loi de 1901), Médecins du Monde [Paris, France] (Association médicale militante de solidarité internationale), French National Agency for Research for AIDS and Viral Hepatitis (ANRS)., and Lissalde, Claire

Beatrice Jacquelin, Alice Lepelley, Pierre Lebon, Steven E. Bosinger, Simon P. Jochems, Lise Chauveau, Mickaël J.-Y. Ploquin, Gaël Petitjean, Olivier Schwartz, Anne-Sophie Liovat, Michaela Müller-Trutwin, Nicolas Huot, Françoise Barré-Sinoussi, Emily K. Cartwright, Guido Silvestri, HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Régulation des Infections Rétrovirales, Division of Microbiology and Immunology, Emory Vaccine Center, Yerkes National Primate Research Center [Lawrenceville, GA], Emory University [Atlanta, GA]-Emory University [Atlanta, GA], Non-Human Primate Genomics Core, Laboratoire de Virologie, Hôpital Saint-Vincent de Paul-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), This work was supported by Fondation AREVA, the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Sidaction, Fondation TOTAL (to F.B.-S.), the French Ministry of Higher Education and Research, and Institut Pasteur., Virus et Immunité, Institut Pasteur [Paris] - Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Yerkes National Primate Research Center, Hôpital Saint-Vincent de Paul - Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Patrizia Carrieri, Salim Mezaache, Camelia Protopopescu, Perrine Roux, Marie Debrus, Laélia Briand-Madrid, Daniela Rojas-Castro, Nicolas Khatmi, Gwenaëlle Maradan, Mezaache, Salim, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), AIDES [Pantin, France], Groupe de Recherche en Psychologie Sociale (GRePS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Médecins du Monde [Paris, France] (Association médicale militante de solidarité internationale), and This study received external funding from the French National Agency for Research for AIDS and Viral Hepatitis (ANRS).

Guy Lippens, Xavier Hanoulle, Marie Dujardin, François-Xavier Cantrelle, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-11-JSV8-005, French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis [A02014-2], Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-JSV8-0005,StruFunc5A5B,Etude des relations structurales et fonctionnelles entre les protéines NS5A et NS5B du virus de l'hépatite C et la Cyclophiline A humaine.(2011), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Daniela Rojas Castro, Lionel Dany, Perrine Roux, Khadim Ndiaye, Patrizia Carrieri, Nicolas Khatmi, Dupuis, Christine, Laboratoire de Psychologie Sociale (LPS), Aix Marseille Université (AMU), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d’Oncologie Médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Groupe de Recherche en Psychologie Sociale (GRePS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), AIDES [Pantin, France] (Mission Innovation Recherche Expérimentation), and This study received external funding from the French National Agency for Research for AIDS and Viral Hepatitis (ANRS).

Sandrine Belouzard, Jens Bukh, Lucie Fénéant, Priscille Brodin, Yves Rouillé, Jean Dubuisson, Laura Riva, Thomas F. Baumert, Alexandre Vandeputte, François Helle, Jannick Prentoe, Laurent L'homme, Laurence Cocquerel, Charles-Henry Gattolliat, Ok-Ryul Song, Tarik Asselah, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Copenhagen Hepatitis C Program [Copenhague, Danemark] (CO-HEP), Hvidovre Hospital-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Unité de Virologie clinique et fondamentale (UVCF), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 (RNMCD), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d’Hépatologie [Hôpital Beaujon], Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Recherche sur les Maladies Virales et Hépatiques (IVH), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie de Lille - UMS 3702 (IBL), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) and the ANR through the ERA-NET Infect-ERA program (grant ANR-13-IFEC-0002-01). In addition, this study was supported by research grants from the Danish Council for Independent Research-Medical Sciences and the Novo Nordisk Foundation. The BioImaging Center Lille Nord-de-France is supported by the Equipex IMAGINEX program., The Copenhagen Hepatitis C Program (CO-HEP) is a joint venture of the Department of Infectious Diseases and Clinical Research Centre, Hvidovre Hospital, and the Department of Immunology and Microbiology, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark. We thank F. L. Cosset, C. Rice, and T. Wakita for providing essential reagents. We also thank S. Ung for his help in preparing the figures and L. Linna for manuscript proofreading. We are very grateful to A. Danneels for her precious help during the revisions. Immunofluorescence and flow cytometry analyses were performed with the help of the imaging core facility of the BioImaging Center Lille Nord-de-France., Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-Hvidovre Hospital, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Dubuisson, Jean, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 (CIIL), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Unité de Virologie clinique et fondamentale EA 4294, Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète (EGID), Université de Lille, Droit et Santé-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI), Hôpital Beaujon, and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon

Elvis Temfack, Charles Kouanfack, Leonella Mossiang, Angela Loyse, Marie C. Fonkoua, Síle F. Molloy, Sinata Koulla-Shiro, Eric Delaporte, Françoise Dromer, Thomas Harrison, Olivier Lortholary, Mycologie moléculaire - Molecular Mycology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Général de Douala, Hôpital Central de Yaoundé [Yaoundé], University of London [London], Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Division of Health Operations Research, Ministry of Public Health, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) :Grant Nos. 33/CCS6/AO 2013-1, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut Pasteur [Paris], and BOUYSSIE, Reine

Chunfu Yang, Sophearot Prak, Laurent Ferradini, Chandara Mom, Gérard Lesage, Catherine Gaudy-Graffin, Jean-Christophe Plantier, Sovatha Mam, Artur Ramos, Chhivun Mean, Marie Leoz, William Killam, Didier Fontenille, Francis Barin, Benjamin Roche, Sreymom Ken, Du-Ping Zheng, Allison Black, Alexandra Kerleguer, Vonthanak Saphonn, Janin Nouhin, François Rouet, Masami Fujita, Trevor Bedford, Charlotte Gautier, Kerya Phon, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centers for Disease Control and Prevention [Atlanta] (CDC), Centers for Disease Control and Prevention, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fred Hutchinson Cancer Research Center [Seattle] (FHCRC), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), World Health Organization [Phnom Penh] (WHO), Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Centers for Disease Control and Prevention [Phnom Penh], Embassy of the United States of America, University of Health Sciences [Phnom-Penh, Cambodia] (UHS), This work was supported by grants from the 5% Initiative Expertise France, the Institut Pasteur International Network, and the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis. This research has been also partially been supported by the President’s Emergency Plan for AIDS Relief through the CDC (cooperative agreement number 3U2GGH000989)., and Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS)

Laurent Voisin, Céline Leteur, Fabien Milliat, Eric Deutsch, Qiuji Wu, Eric Solary, Zeinaf Muradova, Haithem Dakhli, Audrey Paoletti, Awatef Allouch, Jean-Luc Perfettini, Filippo Rosselli, Frédéric Law, Mélanie Gauthier, David M. Ojcius, Maxime Thoreau, Elodie Mintet, Nazanine Modjtahedi, Olivier Caron, Isabelle Martins, Céline Mirjolet, Radiothérapie moléculaire (UMR 1030), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER, Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire [Fontenay-aux-Roses] (IRSN), Ministère de l'économie, de l'industrie et de l'emploi-Ministère de la Défense-Ministère de la santé-Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique-Ministère de l'écologie de l'Energie, du Développement durable et de l'Aménagement du territoire, University of California [Merced], University of California, Stabilité Génétique et Oncogenèse (UMR 8200), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Apoptose, cancer et immunité (U848), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Radiothérapie moléculaire [UMR 1030], Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] [UNICANCER/CRLCC-CGFL], Institut Jacques Monod [IJM (UMR_7592)], Institut Cochin [IC UM3 (UMR 8104 / U1016)], Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL], University of California [Merced] [UC Merced], Stabilité Génétique et Oncogenèse [UMR 8200], Apoptose, cancer et immunité [U848], Institut Gustave Roussy (IGR), Systerel, Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Onco-génétique, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Laboratoire de Radiopathologie, Génomes et cancer (GC (FRE2939)), Hématopoïèse normale et pathologique, This work was supported by funds from Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-IBHU-0001, ANR-10-LABX33 and ANR-11-IDEX-003-01), Electricité de France, Fondation Gustave Roussy, Institut National du Cancer (INCA 9414), NATIXIS, SIDACTION and the French National Agency for Research on AIDS and viral Hepatitis (ANRSH) (to J-LP.), Electricité de France and Fondation Gustave Roussy (to ED). QW is recipient of PhD fellowship of China Scholarship Council. AP and AA are, respectively, recipient of PhD fellowship and post-doc fellowship from Agence Nationale de Recherche sur le Sida et sur les Hépatites (ANRSH). LV and FL are recipient of PhD fellowships from Fondation pour la Recherche Médicale and CIFRE. HD, EM and MT are supported by the Laboratory of Excellence LERMIT with a grant from ANR (ANR-10-LABX-33) under the program ‘Investissements d'Avenir’ ANR-11-IDEX-0003-01. IM is funded by INCA (INCA-DGOS-INSERM 6043). CM work was supported by the ‘Cancéropôle Grand Est’, and the ‘Conseils Régionaux de Bourgogne, de Franche Comté et de Lorraine’., We gratefully acknowledge S Solier, Y Lecluse and S Salome-Desnoulez for technical support., Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189 (CRIStAL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Centrale de Lille, and Ministère de l'écologie de l'Energie, du Développement durable et de l'Aménagement du territoire-Ministère de la santé-Ministère de la Défense-Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique-Ministère de l'économie, de l'industrie et de l'emploi

Yves Rouillé, Jean Dubuisson, Karin Seron, Adeline Danneels, Lucie Fénéant, Sandrine Belouzard, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by a Marie Curie International Reintegration Grant (PIRG-GA-2009-256300) and by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) and the ANR through the ERA-NET Infect-ERA program (ANR-13-IFEC-0002-01)., We thank F. L. Cosset, C. M. Rice, V. Thiel, and T. Wakita for providing essential reagents. The immunofluorescence analyses were performed with the help of the imaging core facility of the BioImaging Center, Lille, Nord-de-France., ANR-13-IFEC-0002,HCV-ASSEMBLY,Identification of host factors involved in Hepatitis C Virus assembly and characterization of their potential role in vivo(2013), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, and Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)

Véronique Boyer, Antoine Vilotitch, Fabienne Marcellin, Baptiste Demoulin, Rosemary Dray-Spira, Bruno Spire, France Lert, Maria Patrizia Carrieri, Christine Hamelin, Nicolas Lorente, Marie Préau, Marie Suzan-Monti, Martin Duracinsky, Marion Mora, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS) (ANRS-EN12), Lissalde, Claire, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)

Saïk Urien, Déborah Hirt, Marie Suzan-Monti, Jade Ghosn, Christine Rouzioux, Elodie Valade, Lambert Assoumou, Sílvia M. Illamola, Frantz Foissac, Jean-Marc Tréluyer, Maïlys De Sousa Mendes, Sihem Benaboud, Gabrielle Lui, Naïm Bouazza, Jean-Paul Viard, Aurélie Cobat, Camille Chenevier-Gobeaux, Evaluation thérapeutique et pharmacologie périnatale et pédiatrique (EA_7323), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CIC - Mère Enfant Necker Cochin Paris Centre (CIC 1419), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Département de Pharmacologie Clinique [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], CTG repeat instability and myotonic dystrophy (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Epidémiologie, stratégies thérapeutiques et virologie cliniques dans l'infection à VIH [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UF de Thérapeutique en Immuno‑Infectiologie [AP-HP Hôtel Dieu], Hôpital Hôtel-Dieu [Paris], Service de médecine interne et maladies infectieuses, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Infections à Vih, Réservoirs, Pharmacologie des Antirétroviraux et Prévention de la Transmission Mère Enfant, The French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) sponsored the Evarist study. This study also received financial support from SIDACTION., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], and Lissalde, Claire

Thomas F. Baumert, Mirjam B. Zeisel, Interactions Virus-Hôte et Maladies Hépatiques, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Virologie, Université de Strasbourg (UNISTRA), Pôle hépato-digestif, Nouvel Hôpital Civil, Hospices Civils de Strasbourg-Institut Hospitalo-Universitaire de strasbourg, Grant support from the European Union, NIH, the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, the French Research Agency, and the French Foundation for Cancer Research (ARC)., and Zeisel, Mirjam

Charlotte Charpentier, Véronique Joly, Carine Grondin, Sophie Tabuteau, Yazdan Yazdanpanah, François Raffi, André Cabié, Catherine Fagard, Patrick Yeni, Geneviève Chêne, Nathalie Colin de Verdiere, Diane Descamps, Service de maladies infectieuses et tropicales, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Modélisation, Aide à la Décision, et Coût-Efficacité en Maladies Infectieuses (ATIP-Avenir Inserm), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Maladies infectieuses et tropicales, Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), ANRS (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis), ANRS 130 Apollo Trial Group, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Le Corre, Morgane, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2

Maria Patrizia Carrieri, Laure Esterle, Fabienne Marcellin, Philippe Sogni, Dominique Salmon-Ceron, Camelia Protopopescu, Karine Lacombe, Linda Wittkop, Lissalde, Claire, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service Maladies infectieuses et tropicales [AP-HP Hôpital Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), with the participation of Abbott France, Glaxo-Smith- Kline, Roche, ScheringPlough, and INSERM’s ‘Programme Cohortes TGIR’., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)

Caroline Lions, Perrine Roux, Laurent Michel, Bruno Spire, Sandra Nordmann, Marion Mora, Antoine Vilotitch, Alain Morel, Patrizia Carrieri, Gwenaëlle Maradan, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Troubles du comportement alimentaire de l'adolescent (UMR_S 669), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Oppelia, French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS), French Ministry of Health, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Lissalde, Claire

Faroudy Boufassa, Caroline Lascoux-combes, Olivier Lambotte, Claudine Duvivier, Nadia Mahjoub, Marie Laure Néré, Marianne Leruez-Ville, Jade Ghosn, Philippe Genet, Candice Meyzer, Marie Laure Chaix, Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre Hospitalier Victor Dupouy, Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de maladies infectieuses et tropicales [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Médecine interne-Immunologie clinique [Kremlin-Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This study was funded by a grant from the French National Agency for Research on AIDS and viral hepatitis (ANRS). The funder had no role in the study design, data collection and analysis, decision to publish or preparation of the manuscript., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations ( CESP ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes ( IMVA - U1184 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Institute for Emerging Diseases and Innovative Therapies (iMETI) ( IDMIT Center ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and HAL UPMC, Gestionnaire

Géraldine Laumond, Jean-Christophe Paillart, Yves Mély, Jean-Luc Darlix, Hala El Mekdad, Marina Elizabeth Biedma, Hugues de Rocquigny, Hassan Karnib, Eleonore Real, Kamal Kant Sharma, Marion Roy, Iuliia Malytska, Christiane Moog, Emmanuel Boutant, Laboratoire de Biophotonique et Pharmacologie - UMR 7213 (LBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Architecture et Réactivité de l'ARN (ARN), Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by SIDACTION, the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), and Centre national de la recherche scientifique (CNRS)., de Rocquigny, Hugues, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA)), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Strasbourg (UNISTRA)

Philippe Morlat, Bruno Spire, François Dabis, Laurent Michel, Isabelle Poizot-Martin, Lang Jp, Marc-Arthur Loko, Bruno Marchou, Caroline Lions, Perrine Roux, Eric Rosenthal, Marc-Antoine Valantin, Lascoux-Combe C, Maria Winnock, Philippe Sogni, Didier Neau, M.-P. Carrieri, Dominique Salmon-Ceron, Karine Lacombe, Claudine Duvivier, Santé mentale et santé publique (SMSP - U1178), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Pierre Nicole [Paris], Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Epidemiologie-Biostatistique [Bordeaux], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Laboratoire de Génétique Moléculaire [CHRU Strasbourg], CHRU Strasbourg, Service de Médecine Interne [CHU Nice] (Hôpital l'Archet), Hôpital l'Archet-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU de Nice), Pathologie Infectieuse et Tropicale, Clinique et Biologique [CHU Purpan de Toulouse], Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Saint-André, Service de Gastro-entérologie et hépatologie [AP-HP Hôpital Cochin], Sorbonne Paris Cité-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service d'Immuno-hématologie clinique [Hôpital Sainte Marguerite - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint Louis], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut Pasteur [Paris], Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, AbbVie and the French National Agency for Research on Aids and Viral Hepatitis (ANRS)., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Hôpital l'Archet, Service Maladies infectieuses et tropicales [CHU Toulouse], Pôle Inflammation, infection, immunologie et loco-moteur [CHU Toulouse] (Pôle I3LM Toulouse), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], and Lissalde, Claire

Ulveling, Damien, Le Clerc, Sigrid, Cobat, Aurélie, Labib, Taoufik, Noirel, Josselin, Laville, Vincent, Coulonges, Cédric, Carpentier, Wassila, Nalpas, Bertrand, Heim, Markus H., Poynard, Thierry, Cerny, Andreas, Pol, Stanislas, Bochud, Pierre-Yves, Dabis, Francois, Theodorou, Ioannis, Lévy, Yves, Salmon, Dominique, Abel, Laurent, Dominguez, Stéphanie, Zagury, Jean-François, Grp, HEPAVIH ANRS CO13 Cohort Study, Grp, Swiss Hepatitis C Cohort Study, Genoscan, French ANRS HC EP 26, Laboratoire génomique, bioinformatique et applications (GBA), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S), UMS omique (OMIQUE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département d'hépatologie [CHU Cochin], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), University Hospital Basel [Basel], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Epatocentro Ticino, Université de Lausanne (UNIL), Epidemiologie-Biostatistique [Bordeaux], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Rockefeller University [New York], French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Merck Sharp and Dohme (France), National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Swiss National Science Foundation [33CS30\₁48417, 324730-144054], Leenaards Foundation, Santos-Suarez Foundation, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire génomique, bioinformatique et applications ( GBA ), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition ( Equipe Inserm U1163 ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière ( P3S ), UMS omique ( OMIQUE ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut Pasteur [Paris]-CHU Cochin [AP-HP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université de Lausanne ( UNIL ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Université-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Université, Institut Mondor de Recherche Biomédicale ( IMRB ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), CHU Cochin [AP-HP], The Rockefeller University [New-York], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and CHU Cochin [AP-HP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Kévin Jean, Marie-Claude Boily, Christine Danel, Raoul Moh, Anani Badjé, Annabel Desgrées-du-Loû, Serge Eholié, France Lert, Rosemary Dray-Spira, Xavier Anglaret, Eric Ouattara, Laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques sanitaires (MESuRS), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Imperial College London, Programme PAC-CI, ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites, Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Félix Houphouët-Boigny (UFHB), Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Centre population et développement (CEPED - UMR_D 196), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre Hospitalier Universitaire de Treichville [Abidjan, Côte d'Ivoire] (CHU de Treichville), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Bordeaux [Bordeaux], This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, Paris, France (grants TEMPRANO ANRS 12136 and TEMPRANO Social ANRS 12239)., HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques pour la sécurité sanitaire ( MESuRS ), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ) -Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents ( PACRI ), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ) -Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations ( CESP ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), ANRS, Bordeaux population health ( BPH ), Université de Bordeaux ( UB ) -Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Félix Houphouët-Boigny ( UFHB ), Laboratoire Population-Environnement-Développement ( LPED ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Centre population et développement ( CEPED - UMR_D 196 ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Centre Hospitalier Universitaire de Treichville [Abidjan, Côte d'Ivoire] ( CHU de Treichville ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and Jean, Kévin

Daniel Vittecoq, David Zucman, Laurent Alric, Hugues Aumaitre, Firouzé Bani-Sadr, Julie Chas, Isabelle Poizot-Martin, Anne Simon, Philippe Sogni, Karine Lacombe, Didier Neau, Linda Wittkop, Laure Esterle, François Boué, Stéphanie Dominguez, Cécile Goujard, Camille Gilbert, Anne Gervais, Marc-Antoine Valantin, Caroline Lascoux-Combe, Dominique Salmon, François Dabis, Lionel Piroth, Philippe Morlat, Olivier Bouchaud, Eric Billaud, Eric Rosenthal, Patrick Miailhes, Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Dynamiques des Réponses immunes - Dynamics of Immune Responses, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Université de Bourgogne (UB), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Hôpital l'Archet, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Service des maladies infectieuses et tropicales, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Santé Publique, d'Epidémiologie et de Développement (ISPED), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, CHU Tenon [AP-HP], Service d'Immuno-hématologie clinique [Hôpital Sainte Marguerite - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Service d'immunologie clinique [Créteil], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Saint-André, Université de Bordeaux (UB), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Hôpital Foch [Suresnes], Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris 13 (UP13), Service de maladies infectieuses et tropicales [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Service de Médecine Interne - Immunologie Clinique [AP-HP Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service de médecine interne et maladies infectieuses, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Service de maladies infectieuses et tropicales [Nantes], Université de Nantes (UN)-Hôtel-Dieu-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Service de médecine interne, immunologie clinique [Béclère], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Service de médecine interne et centre de référence des maladies rares [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS). Roche, Schering-Plough, GSK, BMS, and Merck-Serono., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Tenon], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC), Hôpital Bicêtre-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Lissalde, Claire, and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Arielle R. Rosenberg, Yves Rouillé, Laurence Cocquerel, Czeslaw Wychowski, Thibaut Vausselin, Adeline Danneels, Ahmed Atef Ahmed Abouzeid Mesalam, Matthieu Lemasson, Sandrine Belouzard, Karin Séron, Muriel Lavie, Jean Dubuisson, Patricia Melnyk, Lucie Fénéant, Lander Foquet, Philip Meuleman, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ghent University [Belgium] (UGENT), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer (JPArc - U1172 Inserm), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université Lille 2 - Faculté de Médecine, This work was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), the ANR through ERA-NET Infect-ERA program (ANR-13-IFEC-0002-01). Philip Meuleman was supported by Ghent University (Concerted Action Grant 01G01712) and the Belgian Science Policy Office (BELSPO, IUAP P7/47-HEPRO-2). Thibaut Vausselin and Matthieu Lemasson were supported by a fellowship from the ANRS. Sandrine Belouzard was supported by a Marie Curie International Reintegration Grant (PIRG-GA-2009-256300). Ahmed Atef Mesalam is the recipient of a Ph.D. fellowship provided by the Egyptian Government. The 300-MHz NMR facilities were funded by the Région Nord-Pas de Calais (France), the Ministère de la Jeunesse, de l'Education Nationale et de la Recherche (MJENR), and the Fonds Européens de Développement Régional (FEDER)., We thank P.-E. Larchanché for the synthesis of the compounds. We are grateful to Gilles Duverlie and Véronique Descamps for core protein quantification. We thank Laure Saas for technical assistance. We are also grateful to R. Bartenschlager, C. Biot, J. Bukh, F.L. Cosset, P. Halfon, J. McKeating, and T. Wakita for providing essential reagents. The immunofluorescence analyses were performed with the help of the imaging core facility of the BioImaging Center Lille Nord-de-France., ANR-13-IFEC-0002,HCV-ASSEMBLY,Identification of host factors involved in Hepatitis C Virus assembly and characterization of their potential role in vivo(2013), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U1172 Inserm - U837 (JPArc), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Lille Nord de France (COMUE)-Université de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), and Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille

Launay, Odile, Rosenberg, Arielle, Rey, David, Pouget, Noelle, Michel, Marie-Louise, Reynes, Jacques, Neau, Didier, Raffi, François, Piroth, Lionel, Carrat, Fabrice, Group, ANRS HB03 VIHVAC-B (Trial Comparing 3 Strategies of Vaccination Against the Virus of Hepatitis B in HIV-Infected Patients), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CIC Cochin Pasteur (CIC 1417), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Groupe hospitalier Broca-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôtel-Dieu-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), REseau national d'Investigation clinique en VACcinologie (REIVAC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de Gestion des Essais de Produits de Santé (CeNGEPS), CHU Strasbourg, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie des virus entériques (BVE), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Collège des Universitaires des Maladies Infectieuses et Tropicales (CMIT), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Service de santé publique [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), This study was supported by the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS). Sanofi Pasteur-MSD contributed the vaccines., CHU Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de Gestion des Essais de Produits de Santé (CeNGEPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Herrada, Anthony, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), CHU Saint-Antoine [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Michaela Müller-Trutwin, Mickaël J.-Y. Ploquin, Guido Silvestri, HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], Division of Microbiology and Immunology, Emory Vaccine Center, Yerkes National Primate Research Center [Lawrenceville, GA], Emory University [Atlanta, GA]-Emory University [Atlanta, GA], The authors are supported by the Fondation AREVA, the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), SIDACTION, the National Institute of Health and Institut Pasteur., HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, and Institut Pasteur [Paris] (IP)