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A new 3p25 locus is associated with liver fibrosis progression in human immunodeficiency virus/hepatitis C virus-coinfected patients

Authors :
Ulveling, Damien
Le Clerc, Sigrid
Cobat, Aurélie
Labib, Taoufik
Noirel, Josselin
Laville, Vincent
Coulonges, Cédric
Carpentier, Wassila
Nalpas, Bertrand
Heim, Markus H.
Poynard, Thierry
Cerny, Andreas
Pol, Stanislas
Bochud, Pierre-Yves
Dabis, Francois
Theodorou, Ioannis
Lévy, Yves
Salmon, Dominique
Abel, Laurent
Dominguez, Stéphanie
Zagury, Jean-François
Grp, HEPAVIH ANRS CO13 Cohort Study
Grp, Swiss Hepatitis C Cohort Study
Genoscan, French ANRS HC EP 26
Laboratoire génomique, bioinformatique et applications (GBA)
Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)
Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163)
Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163)
Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)
UMS omique (OMIQUE)
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Département d'hépatologie [CHU Cochin]
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Cochin [AP-HP]
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
University Hospital Basel [Basel]
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Epatocentro Ticino
Université de Lausanne (UNIL)
Epidemiologie-Biostatistique [Bordeaux]
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2]
Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI)
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)
Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10
Hôpital Cochin [AP-HP]
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Rockefeller University [New York]
French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS)
Merck Sharp and Dohme (France)
National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS)
Swiss National Science Foundation [33CS30\₁48417, 324730-144054]
Leenaards Foundation
Santos-Suarez Foundation
HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Laboratoire génomique, bioinformatique et applications ( GBA )
Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM )
Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition ( Equipe Inserm U1163 )
Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 )
Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière ( P3S )
UMS omique ( OMIQUE )
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Institut Pasteur [Paris]-CHU Cochin [AP-HP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]
Université de Lausanne ( UNIL )
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2]
Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI )
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Université-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Université
Institut Mondor de Recherche Biomédicale ( IMRB )
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 )
CHU Cochin [AP-HP]
The Rockefeller University [New-York]
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
CHU Cochin [AP-HP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Source :
Hepatology, Hepatology, Wiley-Blackwell, 2016, 64 (5), pp.1462-1472. ⟨10.1002/hep.28695⟩, Hepatology, 2016, 64 (5), pp.1462-1472. ⟨10.1002/hep.28695⟩, Hepatology, Wiley-Blackwell, 2016, 64 (5), pp.1462-1472. 〈10.1002/hep.28695〉
Publication Year :
2016
Publisher :
HAL CCSD, 2016.

Abstract

International audience; There is growing evidence that human genetic variants contribute to liver fibrosis in subjects with hepatitis C virus (HCV) monoinfection, but this aspect has been little investigated in patients coinfected with HCV and human immunodeficiency virus (HIV). We performed the first genome-wide association study of liver fibrosis progression in patients coinfected with HCV and HIV, using the well-characterized French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis CO13 HEPAVIH cohort. Liver fibrosis was assessed by elastography (FibroScan), providing a quantitative fibrosis score. After quality control, a genome-wide association study was conducted on 289 Caucasian patients, for a total of 8,426,597 genotyped (Illumina Omni2.5 BeadChip) or reliably imputed single-nucleotide polymorphisms. Single-nucleotide polymorphisms with P values

Subjects

Subjects :
0301 basic medicine
Liver Cirrhosis
medicine.medical_specialty
Linkage disequilibrium
MESH : Hepatitis C, Chronic
Hepatitis C virus
Genome-wide association study
HIV Infections
Biology
medicine.disease_cause
Polymorphism, Single Nucleotide
MESH: Genetic Loci
03 medical and health sciences
Liver disease
Acquired immunodeficiency syndrome (AIDS)
MESH : Genetic Loci
Internal medicine
[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN]
medicine
MESH : HIV Infections
Humans
MESH : Liver Cirrhosis
MESH: Humans
Hepatology
Coinfection
MESH: Polymorphism, Single Nucleotide
MESH : Humans
MESH : Polymorphism, Single Nucleotide
MESH : Disease Progression
MESH: HIV Infections
Hepatitis C, Chronic
medicine.disease
3. Good health
MESH: Coinfection
MESH: Hepatitis C, Chronic
MESH : Coinfection
030104 developmental biology
Genetic Loci
[ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN]
Immunology
MESH: Genome-Wide Association Study
Disease Progression
MESH: Disease Progression
MESH: Liver Cirrhosis
Viral hepatitis
MESH : Genome-Wide Association Study
Genome-Wide Association Study

Details

Language :
English
ISSN :
02709139 and 15273350
Database :
OpenAIRE
Journal :
Hepatology, Hepatology, Wiley-Blackwell, 2016, 64 (5), pp.1462-1472. ⟨10.1002/hep.28695⟩, Hepatology, 2016, 64 (5), pp.1462-1472. ⟨10.1002/hep.28695⟩, Hepatology, Wiley-Blackwell, 2016, 64 (5), pp.1462-1472. 〈10.1002/hep.28695〉
Accession number :
edsair.doi.dedup.....18aec9c5ece2c8c11652abe06ac77dc8
Full Text :
https://doi.org/10.1002/hep.28695⟩
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