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Les lacs pyrénéens hébergent une biodiversité spécifique et cependant mal connue notamment en raison des conditions d’accès (marche d’approche et milieu aquatique). Des investigations étaient nécessaires pour que des programmes de conservation et/ou de gestion sur la faune et la flore des lacs puissent être envisagés sur la base d’une connaissance plus complète, robuste et partagée. Bien que situés en tête de bassin, les lacs de haute montagne restent soumis à différentes pressions anthropiques (hydroélectricité, pastoralisme, pollution atmosphérique, introduction de poissons…). Ils sont également particulièrement recherchés et fréquentés pour diverses activités touristiques, sportives ou de loisirs. L'activité halieutique est ainsi très présente sur la chaîne pyrénéenne. Les lacs de haute montagne, naturellement apiscicoles dans la grande majorité des cas, ont fait l'objet d'introductions de poissons (salmonidés, vairons) particulièrement depuis la fin du XIXe. Ces empoissonnements n'ont pas été sans conséquence sur le fonctionnement et la richesse de ces écosystèmes, devenant de nos jours l'une des pires menaces. Les lacs de haute montagne constituent aussi des milieux privilégiés pour mettre en place un réseau de suivi standardisé du changement climatique et de la biodiversité à l’échelle de la chaîne pyrénéenne. Trois années d’études partenariales autour d’un projet transfrontalier (programme Green : Gestion et mise en réseau des espaces naturels) ont permis de s’appuyer sur un réseau de 36 lacs dans 3 pays (Espagne, Andorre et France) sur lesquels ont été réalisés des inventaires standardisés. Ceux-ci ont porté sur la flore (plantes vasculaires, characées et bryophytes), la faune (mammifères semi-aquatiques, amphibiens, et certains groupes d’insectes) ainsi que des données environnementales (bathymétrie, qualité de l’eau, structure des berges…). Les inventaires ont donné lieu à la production d’une grande quantité de données naturalistes inédites. Ces données permettent d’esquisser des premières synthèses pyrénéennes et de dresser un état des lieux de la biodiversité lacustre des sites retenus. Elles permettront aux gestionnaires de faire des choix éclairés quant aux sites à restaurer ou conserver et donc de définir une stratégie spécifiquement dédiée à la gestion des lacs de haute montagne. A titre d’exemple, une action de désempoissonnement a été entreprise en 2019 en zone cœur du Parc national des Pyrénées en vue d’un retour à un état apiscicole des lacs d’Araillé. Une des ambitions de ce travail est de remettre la biodiversité des lacs de montagne au cœur des enjeux de conservation des espaces protégés, du réseau Natura 2000 et de la stratégie pyrénéenne de valorisation de la biodiversité. Pyrenean lakes are home to a specific yet poorly known biodiversity, particularly because of the access conditions (approach walk and aquatic environment). Investigations were necessary so that conservation and/or management programmes on the fauna and flora of the lakes could be envisaged on the basis of more complete, robust and shared knowledge. Although located at the head of the basin, high mountain lakes are still subject to various anthropogenic pressures (hydroelectricity, pastoralism, atmospheric pollution, fish introductions, etc.). They are also particularly visited and frequented for various tourist, sports and leisure activities. The fishing activity is thus very present in the Pyrenean chain. The mountain lakes, which are naturally fishless in the vast majority of cases, have been the subject of fish introductions (salmonids, minnows), especially since the end of the 19th century. These fish stocking operations have not been without consequences for the functioning and richness of these ecosystems, becoming nowadays one of the worst threats. High mountain lakes are also ideal environments for setting up a standardised monitoring network for climate change and biodiversity in the Pyrenees. Three years of partnership studies based on a cross-border project (POCTEFA Green project : Management and networking of natural spaces) have led to the establishment of a network of 36 lakes in three countries (Spain, Andorra and France) on which standardised inventories have been produced. These covered flora (vascular plants, characeae and bryophytes), fauna (semi-aquatic mammals, amphibians and certain groups of insects) and environmental data (bathymetry, water quality, littoral structure, etc.). The inventories have resulted in the production of a large quantity of unpublished naturalistic data. These data have enabled a Pyrenean syntheses with unpublished naturalistic data and an inventory of the lake biodiversity of the selected sites to be drawn up. They will enable managers to make informed choices about the sites to be restored or conserved and thus to define a strategy specifically dedicated to the management of high mountain lakes. As an example, a fish stocking action was undertaken in 2019 in the heart of the Pyrenees National Park with the aim of returning the Araille lakes to their natural fishless status. One of the ambitions of this work is to put the biodiversity of high mountain lakes back at the heart of the conservation issues of protected areas, the Natura 2000 network and the Pyrenean strategy for enhancing biodiversity.

Intensive agriculture homogenizes landscape and reduces the proportion of natural habitats, thus altering wildlife ecology. In addition to landscape fragmentation, intensive agriculture is responsible for the release of chemicals into non-target environments, such as aquatic environments, which are particularly affected by this contamination. The transfer of these molecules to aquatic environments occurs though runoff or soil erosion. Pesticides can accumulate in large quantities in slow-flux habitats such as ponds and vernal-pools, potentially creating ecological traps for the species that inhabit them. Amphibians are sentinel species of their ecosystems and are particularly sensitive to agricultural chemicals, especially because of their particularly permeable skin. In addition, part of their complex (biphasic) life cycle takes place in lentic environments, which are likely to be highly contaminated. During my thesis, I studied the effects of agricultural activities on an amphibian species that is widespread in agricultural and forest environments, the spined toad (Bufo spinosus). To understand the consequences of agricultural activities on the ecology and physiology of this species, I studied the effects of habitat characteristics (structure and contamination) on different developmental stages (embryos, larvae, adults). To achieve these objectives, I used two methodological approaches: (i) a field approach to measure morphological and physiological differences of adult male populations in contrasting habitats; and, (ii) an experimental approach under controlled conditions to distinguish the effects of exposure period and concentration of different contaminants on key developmental phases of this species. The results indicate that male adult populations show different allometric relationships depending on the habitat (agricultural, intermediate or forest) and that these differences probably result from evolutionary mechanisms related to phenotypic plasticity. Indeed, preliminary population genetic analyses do not detect genetic divergence among the populations studied, suggesting that physical or chemical habitat characteristics result in different response norms among populations. The observed allometric relationships could be the result, at least in part, of developmental plasticity due to environmental contamination within breeding sites. Studies of exposure to two herbicides (a legacy contaminant metabolite and an emerging contaminant) over ontogeny in this species showed us that contamination results in variability in morphological (size and body proportion), physiological (oxidative stress) and behavioral responses that suggest that there may be endocrine disruption mechanisms operating at very low concentrations. In addition, contamination negatively influences fitness proxies in exposed individuals (size and mass at metamorphosis, survival) which could ultimately alter recruitment, reproduction and population sustainability of spined toads., L'agriculture intensive homogénéise le paysage et réduit la part des habitats naturels, altérant ainsi l'écologie de la faune sauvage. Outre cette fragmentation du paysage, l'agriculture intensive est responsable du rejet de produits phytosanitaires dans les milieux non-cibles, comme les milieux aquatiques particulièrement touchés par cette contamination. Les phénomènes de ruissellement ou d'érosion des sols transfèrent ces molécules vers les milieux aquatiques. Les pesticides peuvent s'accumuler en grande quantité́ dans les milieux à faible courant tels les étangs ou les mares, constituant potentiellement des pièges écologiques pour les espèces y habitant. Les amphibiens sont des espèces indicatrices de leurs écosystèmes et sont particulièrement sensibles aux intrants agricoles, notamment parce qu’ils sont caractérisés par une peau particulièrement perméable. En outre, une partie de leur cycle de vie complexe (bi-phasique) a lieu dans les environnements lentiques potentiellement soumis à la contamination. Pendant ma thèse, j’ai étudié les effets des activités agricoles sur une espèce d’amphibien répandue en milieu agricole et forestier, le crapaud épineux (Bufo spinosus). Pour comprendre les conséquences des activités agricoles sur l'écologie et la physiologie de cette espèce, j’ai étudié les effets des caractéristiques de l’habitat (structure et contamination) sur différents stades de développement (embryons, larves, adultes). Afin de remplir ces objectifs, j’ai utilisé deux approches méthodologiques : (i) une approche de terrain visant à mesurer les différences morphologiques et physiologiques de populations de mâles adultes selon des habitats constrastés ; puis, (ii) des expérimentations en conditions contrôlées afin de distinguer les effets de la phase d’exposition et de la concentration des différents contaminants sur les phases clefs du développement de cette espèce. Les résultats indiquent que les populations de mâles adultes montrent des relations allométriques différentes selon l’habitat (agricole, intermédiaire ou forestier) et que ces différences résultent probablement de processus liés à la plasticité phénotypique. En effet, les analyses préliminaires de génétique de population ne détectent pas de divergence génétique entre les populations étudiées ce qui suggère que les caractéristiques physiques ou chimiques de l’habitat entraînent des normes de réactions différentes chez les populations. Les relations allométriques observées pourraient être la résultante, au moins en partie, d’une plasticité développementale due à la contamination environnementale des sites de reproduction. Les études de l’exposition à deux herbicides (un métabolite de contaminant historique et un contaminant émergent) sur les phases de développement de cette espèce nous a montré que la contamination entraîne de la variabilité dans les réponses morphologiques (taille et proportion corporelle), physiologiques (stress oxydant) et comportementales qui suggèrent des mécanismes de perturbation endocrinienne opérants à très faible concentration. De plus, la contamination influence négativement des proxys de la fitness chez les individus exposés (taille et masse à la métamorphose, survie) ce qui pourrait à terme altérer le recrutement, la reproduction et la pérennité des populations de crapauds épineux.

International audience; Les Objectifs de développement durable (ODD), en particulier Life of Land, visent à conserver la biodiversité pour un avenir durable pour tous. En effet, la biodiversité contribue à l’adaptation au changement climatique mais est impactée par cette pression. Pour relever ce défi, la conservation de la biodiversité nécessite davantage de connaissances à l’échelle locale. L’échelle régionale se trouve à un niveau de décision politique pertinent pour la mise en place d’actions de lutte contre le changement climatique et pour la préservation de la biodiversité. Le manque de connaissances au niveau régional a conduit au développement d’un programme de recherche « les sentinelles du climat » en région Nouvelle-Aquitaine (au sud-ouest de la France). Cet ouvrage présente une démarche innovante de recherche action en écologie du changement climatique en 3 étapes clés. La première étape appelée « Connaitre » est basée sur un réseau de suivi des effets sur la biodiversité locale à partir d’indicateurs. L’hypothèse de recherche est que les effets locaux peuvent être étudiés à partir d’indicateurs d’espèces de flore et de faune à capacité de déplacement limitée, appelées « sentinelles du climat ». Chaque indicateur est associé à un protocole de suivi scientifique normalisé à l’échelle locale. L’évolution des indicateurs est suivie pour chacun des écosystèmes et habitats étudiés suivants : 1) la flore et les végétations des milieux sec, humide, montagnard et forestier ; 2) les insectes : les lépidoptères des pelouses sèches, de landes humides et des pelouses de montagne, avec deux études spécifiques pour les espèces Phengaris alcon et Parnassius apollo ; les Leucorrhines et cortège d’odonates associé des lagunes des Landes de Gascogne ; Gomphocerus sibiricus et le cortège des orthoptères associé des prairies et pelouses de montagne des Pyrénées-Atlantiques ;3) les amphibiens : Hyla molleri des lagunes du triangle landais ; Hyla arborea des mares des landes et du bocage Picto-Limousin ; Rana pyrenaica des torrents de montagne ; 4) les reptiles : Timon lepidus des dunes grises du littoral aquitain ; Zootoca vivipara des landes humides et tourbières de Nouvelle-Aquitaine ; Iberolacerta bonnali et les lézards gris des affleurements et éboulis rocheux de montagne ; Vipera berus et les vipères des landes humides d’altitude ; 5) les mammifères : Marmota marmota des pelouses et rocailles pyrénéennes.La deuxième étape « Comprendre » est la standardisation des analyses de données pour relier le changement climatique aux données biologiques de ces espèces sentinelles du climat selon trois échelles d’étude : 1) macro-écologique : les données régionales des observatoires régionaux permettent d’accéder aux données de présence ; méso-écologique : sur des sites d’étude la mise en œuvre de protocoles de dénombrements complète en données d’abondance ; micro-écologique : les données de sondes biomimétiques et études en laboratoire permettent d’identifier la niche thermique et hydrique des espèces. Le changement climatique n’est pas le seul facteur. D’autres facteurs anthropiques sont également pris en compte via l’analyse du paysage selon des indices paysagers. Toutes ces données sont utilisées pour modéliser les réponses des espèces face au changement climatique selon les différents scénarios climatiques du GIEC jusqu’en 2100. En troisième étape « Agir », les connaissances permettent de proposer une première réflexion d’actions pour protéger et prévenir l’extinction des espèces et de promouvoir la conservation. L’objectif à terme est de développer un programme de surveillance décennal en Nouvelle-Aquitaine similaire à ce que font les climatologues, mais adapté à la biodiversité qui pourrait être mis à jour régulièrement et servir de système d’alerte, prédisant quelles zones seront les plus à risque et quand elles le deviendront, ce qui pourrait aider à cibler les efforts de conservation.

Construction of new Linear Transport Infrastructure LTI (roads, motorways, railways) leads to habitat destruction and may constitute areas of risk (mortality) and/or restrict the movement of species in surrounding habitats. Amphibians are strongly affected by these effects. Recent projects have implemented impact mitigation measures to improve the ecological transparency of these structures using the sequence “Avoid Reduce Compensate (ARC)”. During the construction of a new High Speed Railway “Bretagne–Pays de la Loire HSR” in North-West France inaugurated in 2017, measures under the ARC sequence have been implemented. This thesis aims to evaluate measures of the ARC sequence that would allow amphibian communities to carry out the movements needed for population functioning (seasonal migration and dispersal). It was carried out as part of the HSR environmental observatory (CIFRE EPHE-EGIS contract in partnership with EIFFAGE). The thesis is based on two approaches: (1) monitoring of movements by Capture-Marking-Recapture conducted in five areas including reduction measures (installation of a tunnel under the high-speed line) and compensation measures (creation of new ponds) for three newt species (marbled newt Triturus marmoratus, great crested newt Triturus cristatus and alpine newt Ichthyosaura alpestris). The recaptures of individually marked animals reveal exchanges between ponds located on either side of the high-speed line (use of tunnels) and colonisation of new breeding sites. (2) Homing experiments to study tunnel crossing behaviour. RFID antennas placed in three tunnels (1x1m) and of variable length (from 18.5 to 40 m) made it possible to detect the movements of individuals tagged with PIT-tags (spiny toad Bufo spinosus, I. alpestris, T. marmoratus, T. cristatus, water frogs of the Pelophylax lessonae - P. kl. esculentus system), agile frog Rana dalmatina and fire salamander Salamandra salamandra). A great inter-individual and specific variability of movements is observed, and varies according to the length of the tunnels. Acoustic enrichment (Broadcasting of amphibian calls in the tunnel) improves the movements (rate and speed crossing, distances travelled) of Pelophylax and T. cristatus. The thesis shows the need for a significant effort (number of marked animals) to show the presence of (rare) exchanges between breeding sites, and the use of tunnels and ponds as mitigation measures. The development of a method for evaluating movements in tunnels (RFID marks and antennas) will make it possible to test different factors (lengths, substrates, etc.) to improve their use and effectiveness. Acoustic enrichment appears to be a promising method to complement the implementation of small wildlife passages., La construction de nouvelles Infrastructures Linéaires de Transports ILTs (routes, autoroutes, voies ferrées) amène une destruction d’habitats et peut constituer des zones de risques (mortalité) et/ou restreindre les déplacements des espèces dans les habitats environnants. Les amphibiens sont fortement touchés par ces effets. Les réalisations récentes nécessitent de mettre en œuvre des mesures de réduction d’impact visant à améliorer la transparence écologique de ces infrastructures à l’aide de la séquence « Éviter-Réduire-Compenser (ERC) ». Lors de la construction d’une nouvelle Ligne à Grande Vitesse « la LGV Bretagne – Pays de la Loire » dans l’ouest de la France inaugurée en 2017, des mesures relevant de la séquence ERC ont été mises en place. Cette thèse vise à évaluer les mesures de la séquence ERC qui permettraient aux communautés d’amphibiens de réaliser les mouvements nécessaires au bon fonctionnement des populations (migration saisonnière et dispersion). Elle a été réalisée dans le cadre de l’observatoire environnemental de la LGV (contrat CIFRE EPHE-EGIS en partenariat avec EIFFAGE). La thèse repose sur deux approches : (1) des suivis de déplacements par Capture-Marquage-Recapture effectués dans cinq secteurs incluant des mesures de réduction (installation de tunnel sous la LGV) et de compensation (création de nouvelles mares) pour trois espèces de tritons (Triton marbré Triturus marmoratus, Triton crêté Triturus cristatus et Triton alpestre Ichthyosaura alpestris). Les recaptures des animaux marqués individuellement révèlent des échanges entre des mares situées de part et d’autre de la LGV (fréquentation des tunnels) ainsi que la colonisation des nouveaux sites de reproduction. (2) Des expériences de « homing » pour étudier le comportement de franchissement des tunnels ; des antennes RFID placées dans trois tunnels (1 x1 m) et de longueur variable (de 18,5 à 40 m) ont permis de détecter les mouvements des individus marqués avec des PIT-tags (Crapaud épineux Bufo spinosus, I. alpestris, T. marmoratus, T. cristatus, grenouilles vertes du système Pelophylax lessonae - P. kl. esculentus), Grenouille agile Rana dalmatina et Salamandre tachetée Salamandra salamandra). Une grande variabilité interindividuelle et spécifique des mouvements est observée, qui varie en fonction de la longueur des tunnels. L’enrichissement sonore (émission de chants d’amphibiens anoures dans le tunnel) améliore les mouvements des Pelophylax et des T. cristatus (taux et vitesse de franchissement, distances parcourues). La thèse montre la nécessité d’un effort important (effectif d’animaux marqués) pour mettre en évidence la présence d’échanges (rares) entre sites de reproduction, et l’utilisation des tunnels et des mares comme mesures d’atténuation. La mise au point d’une méthode d’évaluation des mouvements dans les tunnels (puce RFID et antennes fixes) permettra de tester différents facteurs (longueurs, substrats, etc.) pour améliorer leur utilisation et leur efficacité. L’enrichissement sonore apparaît comme une méthode prometteuse pour accompagner la mise en œuvre de passages à petite faune.

International audience; La compréhension des effets locaux du changement climatique sur la biodiversité est essentielle pour orienter les politiques environnementales et de gestion des espaces naturels. Le manque de connaissances au niveau régional a conduit au développement d’un programme de recherche « les sentinelles du climat » (2016-2021). En 2016, à partir du territoire de la région Nouvelle-Aquitaine, 21 indicateurs du changement climatique dits sentinelles du climat ont été développés dans différents écosystèmes. Étudier les effets du changement climatique sur ces sentinelles à l’échelle régionale nécessite de nombreuses observations sur le terrain afin d’obtenir des résultats qui s’inscrivent dans une démarche scientifique. Les observatoires régionaux sont des outils permettant d’accéder à une masse d’observations naturalistes, validées et diffusées sur tout le territoire. Depuis 2018, des premiers travaux ont permis de mettre en place une méthodologie de modélisation de répartition sur la présence des espèces sentinelles du climat dans l’objectif d’une combinaison entre les modélisations mécanistiques et statistiques. Cependant, les données des observatoires permettent d’accéder uniquement aux données de présence. La combinaison des données d’abondance avec celles des données de présence enrichit et valide les modèles. Ces données nécessitent, dans tous les cas, une mise en place de protocoles d’échantillonnage standardisés, évolutifs selon les données de terrain. Des plans d’échantillonnage des indicateurs biologiques ont été élaborés en 2016, testés et évalués en 2017 sur 251 sites. Ces protocoles de suivi des espèces sont complétés par des mesures de température et d’humidité de l’air sur 160 sites. En 2019, les premiers résultats exploratoires donnent accès à des analyses sur les variations interannuelles et les relations entre les données climatiques et les données d’observations des espèces sentinelles du climat. L’originalité du programme est également d’intégrer dans la modélisation de la répartition des espèces les données présence, abondance et d’autres facteurs qui peuvent impacter la répartition à travers les indices paysagers de l’écologie du paysage.

Nous avons évalué l’importance écologique de 9 étangs vernaux de Gatineau (Québec) en utilisant la méthode proposée par Calhoun et collab. (2005). L’un d’eux, situé au nord de la forêt Boucher, s’est démarqué par la richesse et l’abondance de sa faune amphibienne ainsi que par la présence de 4 espèces en situation précaire ou préoccupante. Cet étang atteint la valeur biologique maximale selon la grille d’évaluation utilisée. Nous formulons des recommandations de gestion dans un contexte d’urbanisation., During the present study, 9 vernal pools situated in Gatineau (Québec, Canada) were assessed for their ecological value using the method proposed by Calhoun et al. (2005). One of the pools, which was located to the north of Boucher Forest, stood out in terms of the richness and abundance of the amphibians present, and included 4 species at risk or of special concern. This pool obtained the highest biological value based on the assessment criteria used. Management recommendations in the context of urban development are provided.

International audience; La compréhension des effets locaux du changement climatique sur la biodiversité est essentielle pour orienter les politiques environnementales et de gestion des espaces naturels. Le manque de connaissances au niveau régional a conduit au développement d’un programme de recherche « les sentinelles du climat » (2016-2021). En 2016, à partir du territoire de la région Nouvelle-Aquitaine, 21 indicateurs du changement climatique dits sentinelles du climat ont été développés dans différents écosystèmes. Étudier les effets du changement climatique sur ces sentinelles à l’échelle régionale nécessite de nombreuses observations sur le terrain afin d’obtenir des résultats qui s’inscrivent dans une démarche scientifique. Les observatoires régionaux sont des outils permettant d’accéder à une masse d’observations naturalistes, validées et diffusées sur tout le territoire. Depuis 2018, des premiers travaux ont permis de mettre en place une méthodologie de modélisation de répartition sur la présence des espèces sentinelles du climat dans l’objectif d’une combinaison entre les modélisations mécanistiques et statistiques. Cependant, les données des observatoires permettent d’accéder uniquement aux données de présence. La combinaison des données d’abondance avec celles des données de présence enrichit et valide les modèles. Ces données nécessitent, dans tous les cas, une mise en place de protocoles d’échantillonnage standardisés, évolutifs selon les données de terrain. Des plans d’échantillonnage des indicateurs biologiques ont été élaborés en 2016, testés et évalués en 2017 sur 251 sites. Ces protocoles de suivi des espèces sont complétés par des mesures de température et d’humidité de l’air sur 160 sites. En 2019, les premiers résultats exploratoires donnent accès à des analyses sur les variations interannuelles et les relations entre les données climatiques et les données d’observations des espèces sentinelles du climat. L’originalité du programme est également d’intégrer dans la modélisation de la répartition des espèces les données présence, abondance et d’autres facteurs qui peuvent impacter la répartition à travers les indices paysagers de l’écologie du paysage.

The development of industrial and agricultural activities over the last century has resulted in the release of chemicals into the environment, which contaminate ecosystems and can accumulate in plants, sediments and across food webs. As such, it is essential to conduct an assessment of the ecological risk associated with the presence of these compounds in natural environments. Achieving this can be aided through the study of sentinel species, which can be used to determine exposure rates of individuals and assess how these subsequently impact wildlife. Amphibians and reptiles display ecological and biological characteristics that may make them particularly attractive as sentinel species. The collection of studies presented in this thesis aims to determine the availability of contaminants in the environment and estimate the effects of this on individual traits of living organisms. Across several species of reptiles and amphibians we, (i) measured levels of pollutants accumulated in the tissues of several reptile species ; (ii) assessed how contaminated habitats impact the morphology of adult common toads (Bufo bufo) ; and (iii) experimentally measured the influence of a molecule frequently detected in the environment on common toad tadpoles’ growth. Results show that reptiles efficiently accumulate organic pollutants and metal trace elements in their tissues, and thereby allow efficient evaluation of the global contamination of an area, as well as the occurrence of localized pollution events. In addition, our work shows an influence of the agricultural habitat on the morphology of adult common toads, which is potentially a consequence of the presence of chemicals in these environments. Finally, we were able to demonstrate an effect of low concentrations of AMPA, the main metabolite of glyphosate, on the development of common toad tadpoles. Amphibians are therefore efficient organisms to study the impact of environmental contamination on individual characteristics. Our work shows the usefulness of certain species of reptiles and amphibians as sentinel species for the presence of contaminants in the environment, and their potential impact on organisms. Ecotoxicological studies on these organisms remain too scarce, and it is imperative to develop research in this field, to participate effectively in the assessment of environmental risk., Le développement des activités industrielles et agricoles du siècle dernier a eu pour conséquence le rejet de substances chimiques dans l’environnement, qui contaminent les écosystèmes, et peuvent s’accumuler dans les plantes, les sédiments, et le long des chaînes alimentaires. Il apparait primordial d’effectuer une évaluation du risque écologique associé à la présence de ces composés dans les milieux naturels et les espèces sentinelles sont des outils judicieux pour déterminer l’exposition des individus et évaluer les conséquences sur les organismes. Les amphibiens et les reptiles possèdent des caractéristiques écologiques et biologiques qui les rendent potentiellement intéressants en tant qu’espèces sentinelles. L’objectif des études présentées dans cette thèse est de déterminer la disponibilité de certaines substances dans l’environnement, et d’évaluer les effets de la contamination environnementale sur les organismes en utilisant plusieurs espèces de reptiles et d’amphibiens, (i) en mesurant les niveaux de polluants accumulés dans les tissus d’espèces de reptiles ; (ii) en évaluant l’influence d’un habitat contaminé sur la morphologie d’adultes de crapaud commun (Bufo bufo) ; (iii) en mesurant de manière expérimentale l’impact d’une molécule fréquemment retrouvée dans l’environnement sur le développement de têtards de crapaud commun. Nos résultats montrent d’une part que les reptiles accumulent efficacement les polluants organiques et les éléments traces métalliques dans leurs tissus, et permettent d’évaluer efficacement la contamination globale d’une zone, mais aussi de mettre en évidence des pollutions ponctuelles localisées. D’autre part, nos travaux montrent une influence de l’habitat agricole sur la morphologie du crapaud commun, potentiellement causé par la présence de contaminants dans ces milieux. Enfin, nous avons pu mettre en évidence un effet de concentrations faibles d’AMPA, métabolite principal du glyphosate, sur le développement de têtards de crapaud commun. Les amphibiens constituent donc des organismes efficaces pour étudier l’impact de la contamination de l’environnement sur les caractéristiques individuelles. Nos travaux montrent ainsi l’utilité de certaines espèces de reptiles et d’amphibiens comme espèces sentinelles de la présence de contaminants dans l’environnement et de leur impact potentiel sur les organismes. Les travaux en écotoxicologie qui portent sur ces organismes restent trop rares, et il est impératif de développer la recherche dans ce domaine, pour participer de manière efficace à l’évaluation du risque environnemental.

Les recherches sur le terrain des effets du changement climatique sont essentielles pour alimenter des expériences de laboratoires, pour définir des « modèles » d’évolution des espèces, de leurs habitats, pour comprendre les interactions, pour choisir des modèles mathématiques d’agrégation de données, d’extrapolation des observations avec les dispersions et les incertitudes associées. Il s’agit de comprendre la relation entre les variations climatiques et la réponse de la biodiversité. La mise en place de protocoles de suivis à long terme des indicateurs climatiques et biologiques répertoriés, standardisés et adaptés à la problématique du changement climatique est nécessaire. Dans ce cadre, des plans d’échantillonnage de suivis des indicateurs climatiques locaux et de 18 indicateurs biologiques dans les différents écosystèmes de la région Nouvelle-Aquitaine ont été élaborés. La première campagne de terrain en 2016 a permis la mise en place et le test de ces protocoles qui seront ajustés et optimisés jusqu’en 2021 pour fournir des suivis scientifiques robustes à long terme. Dans le temps, l’ensemble des données, des informations agrégées permet d’alimenter le transfert d’informations vers les acteurs des « forces motrices » (industriels, exploitants de ressources, politiques, enseignants, grand public…) qui sont en retour les sources de propositions pour mettre en œuvre une gestion, pour appliquer des éléments de réponses dans des politiques environnementales volontaires et avec l’acceptation des différentes parties prenantes.

Bien que plus difficiles à quantifier, les effets indirects des routes sur la faune devraient être considérés au même titre que la mortalité routière, car certaines espèces évitent les abords des routes au moins durant une partie de l’année, ce qui peut mener à une fragmentation plus ou moins permanente de leurs populations. D’autre part, on observe chez plusieurs espèces un effet de bordure suivant lequel les abords des routes constituent un habitat de qualité marginale en raison du bruit, des substances et particules projetées par le passage des véhicules, des substances utilisées pour l’entretien routier (p. ex. sels de déglaçage) ou d’autres facteurs. Les oiseaux forestiers étudiés s’avèrent sensibles à la présence de routes à circulation intense, probablement en raison de la pollution sonore, alors qu’une espèce étudiée s’est avérée relativement tolérante à la construction d’une route de gravier. Quant aux amphibiens, les juvéniles en dispersion de 3 des 5 espèces étudiées semblaient éviter la traversée de routes pavées. Les gestionnaires de l’environnement devraient planifier l’aménagement des réseaux routiers dans la perspective du paysage afin d’éviter de dégrader ou de fragmenter les habitats critiques et de créer des barrières pour les mouvements saisonniers des espèces sensibles.

The ecotoxicity of cerium dioxide nanoparticles (CeO2 NPs) was studied on freshwater organisms (i) in standardized monospecific conditions and (ii) on experimental trophic chains exposed in microcosms. No toxicity was observed on Nitzschia palea and Chironomus riparius in monospecific conditions. Growth inhibition was observed on the amphibian species Xenopus laevis and Pleurodeles waltl., as well as acute toxicity and dose-dependent genotoxicity observed on Xenopus and Pleurodeles, respectively. Microcosm experiments revealed acute effects on Pleurodeles, changes in bacterial communities, a decrease in leaf litter decomposition and teratogenicity on chironomids. The observed effects vary depending on the type of CeO2 NPs. The use of complex biological system enables the study of toxicity mechanisms in environmentally relevant conditions.; L’écotoxicité de nanoparticules de dioxyde de cérium (CeO2 NP) en milieu dulçaquicole a été évaluée à l’aide (i) d’essais monospécifiques standardisés et (ii) de chaînes trophiques expérimentales exposées en microcosme. Aucune toxicité n’a été observée chez Nitzschia palea et Chironomus riparius en conditions monopsécifiques. Une inhibition de croissance a été observée chez les amphibiens Xenopus laevis et Pleurodeles waltl., ainsi qu’une toxicité aiguë chez le xénope et une génotoxicité dose-dépendante chez le pleurodèle. Les expositions en microcosme ont mis en évidence une toxicité aiguë chez le pleurodèle, des modifications des communautés bactériennes, une diminution de la décomposition de la litière, ainsi que des effets tératogènes chez le chironome. Les effets observés varient suivant la nature des CeO2 NP étudiées. L’utilisation d’un système biologique complexe permet l’étude des mécanismes de toxicité dans des conditions plus représentatives des conditions environnementales

Dans cet article, nous présentons des données d’ethnozoologie, à Gängan, dans une communauté aborigène, située en territoire yolngu, dans le Nord-Est de la Terre d’Arnhem, dans le nord de l’Australie. Nous passons en revue la répartition géographique des grenouilles ainsi que l’ethnozoologie de ces animaux selon la perception des Dhalwangu, un clan yolngu. Un accent particulier est mis sur les traditions et croyances liées aux amphibiens, la nomenclature locale, la taxinomie et l’histoire naturelle selon les conceptions des Dhalwangu. Une compréhension globale de Garkman, la grenouille, et de ses relations avec d’autres aspects de la culture aborigène émerge. La propagation du crapaud des cannes dans les territoires yolngu aura sûrement un impact significatif sur les autres amphibiens et, plus globalement, sur l’écosystème tout entier. In this paper, we cover some aspects of the ethnozoology of inhabitants of Gängan, an Aboriginal outstation located in Yolngu territory, in N.E. Arnhem Land, Northern Australia.We review the occurrence of frogs and the ethnozoology of these animals as viewed by Dhalwangu, a Yolngu clan. Particular emphasis is placed on amphibian traditions and beliefs, local nomenclature, taxonomy, and natural history as conceived by the Dhalwangu. A full understanding of the symbolism of Garkman, the frog, and its relatedness to other aspects of the culture is only beginning to be realised. The spread of the introduced cane toad into Yolngu land is expected to have some impact not only on native species of frog and the broader-ecosystem in which they inhabit, but also on the traditional views of Yolngu people.

The layers, allocated to the Early Upper Pleistocene (Middle Palaeolithic) of Artenac, contain abundant hthic and bone assemblages, as well as two Neanderthal skull fragments. The amphibians and reptiles fauna consist of : Salamandra salamandra (Salamandridae), Pelobates cf. fuscus (Pelobatidae), Pelodytes punctatus (Pelodytidae), Bufo bufo and B. calamita (Bufonidae), Rana temporaria (Ranidae), Lacerta cf. viridis and few taxa of small lacertids (Lacertidae), Anguis fragilis (Anguidae), cf. Coluber viridiflavus, Coronella austriaca (Colubridae) and Vipera aspis (Viperidae). The herpetofauna may be contemporaneous of coolest and moistest temperate climatic conditions, and shows a relatively opened environment of mosaic pattern, with damp meadow and forest areas broad-leaved trees and conifers. P fuscus underlines continental climatic conditions mitigate by the occurrence of thermophile species. Proportion and distribution of the species in the stratigraphical sequence allows hypothesis concerning minor climatic variations to be advanced., Les couches, rapportées au Pléistocène supérieur ancien (Paléolithique moyen) du gisement d' Artenac, ont livré d'abondants ensembles lithiques et faunistiques ainsi que deux fragments crâniens néandertaliens. La faune comporte les amphibiens et les reptiles suivants : Salamandra salamandra (Salamandridae), Pelobates cf. fuscus (Pelobatidae), Pelodytes punctatus (Pelodytidae), Bufo bufo et B. calamita (Bufonidae), Rana temporaria (Ranidae), Lacerta cf. viridis et plusieurs taxons de petits lacertidés (Lacertidae), Anguis fragilis (Anguidae), cf. Coluber viridiflavus, Coronella austriaca (Colubridae) et Vipera aspis (Viperidae). Cette faune d'amphibiens et de reptiles, dans son ensemble, pourrait être contemporaine de conditions climatiques plus fraîches et plus humides que celles qui régnent actuellement. La présence du pélobate brun indique un climat à caractère plus continental atténué toutefois par la présence de taxons plus thermophiles. Le paléoenvironnement montre un milieu relativement ouvert en mosaïque avec des prairies humides et des espaces forestiers de feuillus et de conifères. Les proportions et la distribution des taxons dans la séquence stratigraphique permettent d'émettre des hypothèses concernant des variations climatiques mineures., Blain Hugues Alexandre, Bailon Salvador. Les amphibiens et les reptiles des couches du Pléistocène supérieur ancien du gisement d'Artenac (Charente, France). In: Quaternaire, vol. 14, n°2, 2003. pp. 85-95.

International audience; Cette faune résulte de la brêve exploitation d’un petit niveau fossilifère mis au jour lors de l’ouverture d’une tranchée pour l’installation d’une conduite de gaz. Même si la quantité de sédiment fossilifère accessible était limitée, la diversité de la faune récoltée est du même ordre que celle de localités contemporaines. Parmi les 40 espèces de vertébrés reconnues, quelques unes sont amphibies mais la plupart est terrestre. Parmi elles, des marqueurs biochronologiques tel Issiodoromys pauffiensis Vianey-Liaud, 1987 (Rodentia, Theridomyidae) sont mieux définis. Cette espèce est comparée à la population type du niveau repère mammalien du Paléogène MP 26 (Mas-de-Pauffié, Lot; Chattien inférieur). De plus, des stades évolutifs jusque là inconnus sont décrits pour quelques espèces moins abondantes : c’est le cas d’un rongeur Sciuridae Comtia n. gen., d’une chauve-souris Molossidae (Cuvierimops sp.), d’un probable Talpidae, et du Hyaenodontida Thereutherium thylacodes Filhol, 1876. L’attribution familiale du serpent Platyspondylia Rage, 1974 est discutée. L’un des lézards du gisement pourrait être le plus ancien Shinisauria. La diversité de cette nouvelle faune est comparée avec celle de plusieurs faunes contemporaines (principalement Mas-de-Pauffié, Saint-Menoux, Saint-Henri/Saint-André Mümliswil-Hardberg et Oensingen 11). Le choix de Mas-de-Pauffié comme localité-type du niveau-repère MP 26 est conforté.

International audience; Cette faune résulte de la brêve exploitation d’un petit niveau fossilifère mis au jour lors de l’ouverture d’une tranchée pour l’installation d’une conduite de gaz. Même si la quantité de sédiment fossilifère accessible était limitée, la diversité de la faune récoltée est du même ordre que celle de localités contemporaines. Parmi les 40 espèces de vertébrés reconnues, quelques unes sont amphibies mais la plupart est terrestre. Parmi elles, des marqueurs biochronologiques tel Issiodoromys pauffiensis Vianey-Liaud, 1987 (Rodentia, Theridomyidae) sont mieux définis. Cette espèce est comparée à la population type du niveau repère mammalien du Paléogène MP 26 (Mas-de-Pauffié, Lot; Chattien inférieur). De plus, des stades évolutifs jusque là inconnus sont décrits pour quelques espèces moins abondantes : c’est le cas d’un rongeur Sciuridae Comtia n. gen., d’une chauve-souris Molossidae (Cuvierimops sp.), d’un probable Talpidae, et du Hyaenodontida Thereutherium thylacodes Filhol, 1876. L’attribution familiale du serpent Platyspondylia Rage, 1974 est discutée. L’un des lézards du gisement pourrait être le plus ancien Shinisauria. La diversité de cette nouvelle faune est comparée avec celle de plusieurs faunes contemporaines (principalement Mas-de-Pauffié, Saint-Menoux, Saint-Henri/Saint-André Mümliswil-Hardberg et Oensingen 11). Le choix de Mas-de-Pauffié comme localité-type du niveau-repère MP 26 est conforté.

Seven species of amphibians have been recorded at the Roque-Haute Nature Reserve, two newt species : Triturus marmoratus and T. helveticus and five frog species : Hyla meridionalis, Pelodytes punctatus, Pelobates cultripes, Bufo calamita, Rana perezi. Many of these species have a geographic distribution restricted to southern France and the Iberian Peninsula, and are considered as vulnerable. Only 25% of the pools of the Roque-Haute Nature Reserve are used for amphibian reproduction. The larval period lasts from autumn to the end of the following summer. Two species have a reproduction in autumn as well as in spring : Pelodytes punctatus and Pelobates cultripes. More studies are needed on the demography and the genetics of these amphibian populations in order to assess their viability and to ensure their conservation., Sept espèces d’amphibiens ont été dénombrées dans la Réserve Naturelle de Roque-Haute, deux urodèles : Triturus marmoratus et T. helvéticas et cinq anoures : Hyla meridionalis, Pelodytes punctatus, Pelobates cultripes, Bufo calamita, Rana perezi. Beaucoup de ces espèces ont une distribution géographique restreinte au sud de la France et à la Péninsule ibérique et la plupart sont considérées comme vulnérables. Seulement 25% des mares de Roque-Haute sont utilisées par les amphibiens pour leur reproduction. La période larvaire dure de l’automne à l’été suivant. Deux espèces ont à la fois une reproduction automnale et printanière, ce sont Pelodytes punctatus et Pelobates cultripes. De nouvelles études sur le fonctionnement démographique et la génétique de ces populations d’amphibiens sont nécessaires afin d’évaluer leur viabilité et d’assurer leur protection., Jakob Christiane, Veith Michael, Seitz Alfred, Crivelli Alain J. Données préliminaires sur la communauté d’amphibiens de la Réserve Naturelle de Roque-Haute dans le sud de la France. In: Ecologia mediterranea, tome 24 n°2, 1998. pp. 235-240.

In the context of comparative physiology of reproduction, amphibians are poorly studied. This work was dedicated to the analysis of testis differentiation markers in the newt Pleurodeles waltl, which shows a ZZ/ZW genetic mode of sex determination that can be affected by temperature. First, we studied sox9, a testis differentiation marker well characterized in many higher vertebrates. The gene cloned in Pleurodeles shows a good level of identity with other vertebrates. The testis-enriched expression appears late during the testis differentiation process indicating that it is probably not involved in the early steps of testis differentiation. Its use as a marker of testicular differentiation proved difficult since it is expressed not only in the gonads but also in the mesonephros. Then, we studied amh, a testis hormone responsible for müllerian duct regression in many vertebrates. Its early expression in the gonad, significantly higher in male than in female larvae makes it an excellent marker for testis differentiation. Since in Pleurodeles waltl, Müllerian ducts persist in males, it suggests that during the course of evolution, the function of Amh on the regression of Müllerian ducts appeared secondarily after its role in gonadal differentiation. These markers have been used to characterize the gonadal phenotype during sex reversal, or in gonads developed in the absence of germ cells. They showed that these cells do not seem to play a role in gonadal differentiation of Pleurodeles waltl, Dans le contexte de la physiologie comparée de la reproduction, les amphibiens sont peu étudiés. Le travail réalisé durant cette thèse visait à analyser des marqueurs de différenciation testiculaire chez l'urodèle Pleurodeles waltl, dont le déterminisme génétique du sexe (ZZ/ZW) peut être influencé par la température. Nos études ont d'abord porté sur le gène sox9 marqueur de la différenciation testiculaire chez les vertébrés supérieurs. Le gène cloné chez le pleurodèle montre une bonne conservation par rapport aux autres vertébrés. Son expression plus élevée dans la gonade mâle n'apparaît que tardivement suggérant qu'il n'est probablement pas impliqué dans les stades précoces de la différenciation testiculaire. En outre, son expression dans le mésonéphros rend difficile son utilisation comme marqueur de différenciation testiculaire. Nous avons ensuite étudié l'Amh, hormone testiculaire impliquée dans la régression des canaux de Müller chez de nombreux vertébrés. Son expression spécifique de la gonade, précocement plus élevée chez les larves ZZ que les ZW en font un excellent marqueur de la différenciation testiculaire. Le fait que les pleurodèles mâles voient les canaux de Müller persister malgré la présence d'Amh suggère que la fonction primaire de cette hormone était en relation avec la différenciation gonadique et que la fonction de régression des canaux de Müller n'est apparue que secondairement au cours de l'évolution. Ces marqueurs ont été mis à profit pour caractériser le phénotype gonadique lors d'inversions sexuelles ou lors de développements en absence de cellules germinales. Ils ont permis de montrer que les cellules germinales ne semblent pas jouer de rôle dans la différenciation gonadique du pleurodèle

In the context of comparative physiology of reproduction, amphibians are poorly studied. This work was dedicated to the analysis of testis differentiation markers in the newt Pleurodeles waltl, which shows a ZZ/ZW genetic mode of sex determination that can be affected by temperature. First, we studied sox9, a testis differentiation marker well characterized in many higher vertebrates. The gene cloned in Pleurodeles shows a good level of identity with other vertebrates. The testis-enriched expression appears late during the testis differentiation process indicating that it is probably not involved in the early steps of testis differentiation. Its use as a marker of testicular differentiation proved difficult since it is expressed not only in the gonads but also in the mesonephros. Then, we studied amh, a testis hormone responsible for müllerian duct regression in many vertebrates. Its early expression in the gonad, significantly higher in male than in female larvae makes it an excellent marker for testis differentiation. Since in Pleurodeles waltl, Müllerian ducts persist in males, it suggests that during the course of evolution, the function of Amh on the regression of Müllerian ducts appeared secondarily after its role in gonadal differentiation. These markers have been used to characterize the gonadal phenotype during sex reversal, or in gonads developed in the absence of germ cells. They showed that these cells do not seem to play a role in gonadal differentiation of Pleurodeles waltl, Dans le contexte de la physiologie comparée de la reproduction, les amphibiens sont peu étudiés. Le travail réalisé durant cette thèse visait à analyser des marqueurs de différenciation testiculaire chez l'urodèle Pleurodeles waltl, dont le déterminisme génétique du sexe (ZZ/ZW) peut être influencé par la température. Nos études ont d'abord porté sur le gène sox9 marqueur de la différenciation testiculaire chez les vertébrés supérieurs. Le gène cloné chez le pleurodèle montre une bonne conservation par rapport aux autres vertébrés. Son expression plus élevée dans la gonade mâle n'apparaît que tardivement suggérant qu'il n'est probablement pas impliqué dans les stades précoces de la différenciation testiculaire. En outre, son expression dans le mésonéphros rend difficile son utilisation comme marqueur de différenciation testiculaire. Nous avons ensuite étudié l'Amh, hormone testiculaire impliquée dans la régression des canaux de Müller chez de nombreux vertébrés. Son expression spécifique de la gonade, précocement plus élevée chez les larves ZZ que les ZW en font un excellent marqueur de la différenciation testiculaire. Le fait que les pleurodèles mâles voient les canaux de Müller persister malgré la présence d'Amh suggère que la fonction primaire de cette hormone était en relation avec la différenciation gonadique et que la fonction de régression des canaux de Müller n'est apparue que secondairement au cours de l'évolution. Ces marqueurs ont été mis à profit pour caractériser le phénotype gonadique lors d'inversions sexuelles ou lors de développements en absence de cellules germinales. Ils ont permis de montrer que les cellules germinales ne semblent pas jouer de rôle dans la différenciation gonadique du pleurodèle

Anthropogenic activitites lead to profound landscape alterations : dispersal success thus holds a paramount importance for long-term persistence of populations. Landscape genetics is a recent discipline aiming to detect and describe dispersal patterns through indirect estimations of gene flow. Although the use of an individual-based sampling scheme has been proposed for a ;ong time to get round the issue of an a priori delimitation of population boundaries, most landscape gentic studies are still based on a population-based sampling scheme. results from simulations showed that decreasing the sampling coverage on individuals within populations in favour of a better sampling coverage of aggregates through space allowed a better detection of the impacts of landscape on gene flow, whatever the individual dispersal behaviour or the landscape configuration. when considering the dispersal patterns in the alpine newt Ichthyosaura alpestris, both in the vicinity of large transport infrastructures (Isolation-by-barrier IBB) and in agricultural landscape (Isolation-by-landscape-resistance IBR), the individual-based sampling scheme proved to be a flexible and efficient methodological alternative to the more conventional population-based sampling scheme., Les activités d'origines anthropiques entraînent des modifications profondes du paysage : dans ce contexte, le succès de dispersion revêt une grande importance pour la persistance à long terme des populations animales et végétales. La génétique du paysage est une discipline récente qui permet de détecter et de modéliser les flux de dispersion de manière indirecte par le biais de l'identification des flux de gènes dans l'espace. Bien qu'il ait été suggéré delongue date qu'un échantillonnage individu-centré pouvait permettre de s'affranchir de certains biais liés à unedélimitation a priorides populations, les études portant sur des organismes présentant une distribution spatiale discontinue restent malgré tout le plus souvent basées sur un échantillonnage réalisé à l'échelle populationnelle. C'est sur cette thématique qu'ont porté mes travaux de thèse. Des résultats obtenus par simulations montrent qu'augmenter le nombre de points échantillonnés dans l'espace au détriment du nombre d'individus par agrégat peut permettre une meilleure détection de l'influence de la matrice sur les flux de gènes, quelque soit le régime de dispersion et le contexte paysager considérés. Appliqué à l'étude de la dispersion du triton alpestre Ichthyosaura alpestris, d'une part en paysage fragmenté par des infrastructure linéaires de transport (isolation par barrières aux flux de gènes IBB) et d'autres part en paysage agricole (isolation par résistance de la matrice paysagère IBR), l'échantillonnage individu-centré apparaît comme une alternative flexible et efficace à l'échantillonnnage populationnel classique.

Les plantes envahissantes sont considérées comme l'une des plus grandes menaces sur les espèces, mais leurs impacts sur les amphibiens demeurent peu connus. L’objectif de ce projet est de déterminer l’effet de l’établissement du roseau commun (Phragmites australis) sur la répartition des amphibiens et sur leur développement larvaire. Il est présumé que cette plante s'accapare l'espace et les ressources disponibles en produisant une importante biomasse, qu’elle peut modifier l’hydrologie des marais et la structure des communautés d’amphibiens. J’ai évalué les facteurs influençant la répartition des amphibiens selon les caractéristiques des étangs et du paysage dans 50 sites envahis ou non à divers degrés. Des expériences ont également été menées afin d’étudier les répercussions de trois densités de roseau sur des têtards de la Grenouille des bois (Lithobates sylvaticus) et sur la qualité de son habitat. Mes résultats suggèrent que le roseau à forte densité ralentit le développement larvaire de la grenouille des bois et influence les assemblages phytoplanctoniques. Cependant, il n’y a aucune relation entre la densité de la plante et la survie, la morphologie des têtards et les caractéristiques biotiques et abiotiques de l’eau. Dans notre aire d’étude, le paysage autour des étangs a une plus grande influence sur la répartition des amphibiens que l'établissement du roseau. Toutefois, la probabilité d’assèchement est plus élevée lorsque la plante est établie en grande quantité, ce qui, si l’envahissement s’intensifie, aura un effet néfaste sur la survie des têtards et mettra en péril la persistance des populations., Invasive plants are considered one of the greatest threats to species, but their impact on amphibians is still poorly understood. The objective of this project is to determine the effect of the establishment of common reed (Phragmites australis) on amphibian distribution and larval development. It is thought that this plant monopolizes space and resources by producing a large biomass, and may alter wetland hydrology and amphibian community structure. I evaluated the factors influencing amphibian distribution according to the characteristics of ponds and the surrounding landscape in 50 sites invaded or not by reeds to varying degrees. Experiments were also conducted to study the impacts of three reed densities on wood frog tadpoles (Lithobates sylvaticus) and the quality of their habitat. My results suggest that high reed density slows wood frog larval development and influences phytoplankton assemblages. However, there is no relationship between, plant density and survival, tadpole morphology and water biotic and abiotic characteristic. In our study area, the landscape surrounding ponds has a greater influence on amphibian distribution than does reed establishment. However, the desiccation probability is higher when the plant is established in high quantities, which, if the invasion intensifies, will have an adverse effect on tadpole survival and therefore population persistence.

Les mares et étangs et les réseaux qu'ils constituent collectivement, sont des milieux remarquables ayant une forte valeur écologique, sociale et économique. Ils abritent une biodiversité unique qui est souvent plus riche que celle présente dans les eaux courantes ou les lacs. Malgré cette biodiversité exceptionnelle, les mares et étangs ont été et sont encore fortement altérés par les activités humaines. Les objectifs du présent travail sont (1) de déterminer l'impact du réchauffement climatique sur la biodiversité locale (étang) et régionale (pays ou région), (2) de déterminer la forme de la relation entre productivité et biodiversité à l'échelle locale et finalement (3) d'essayer d'évaluer l'impact combiné du réchauffement climatique et de l'eutrophisation. Une centaine d'étangs de Suisse ainsi qu'une centaine d'étangs de France (Dombes, Ain) ont été étudiés. La biodiversité de quatre différents groupes a été étudiée : les macrophytes, les macroinvertébrés aquatiques (le peuplement entier, mais avec une attention particulière sur les gastéropodes et les coléoptères), les odonates adultes et les amphibiens. Deux métriques descriptrices de la biodiversité ont été utilisées : la richesse taxonomique et la valeur de conservation des peuplements, cette dernière exprimant le degré de menace des espèces.

In fragmented landscapes, movements between habitat patches play a crucial role in population persistence by allowing gene flow, rescue effect possibilities, linking different habitats for reproduction or resources acquisition, … Although the importance of these movements, the landscape structure between patches (i.e. matrix) is too frequently considered as a homogeneous non-habitat of minor interest and behavioural adaptations in response to fragmentation are rarely taken into account. To investigate the importance of the landscape influence on movements, three complementary approaches are used: 1) experimental studies are performed to assess behavioural and physiological responses of common toads when they are confronted to different land uses. Land uses are thus characterised par the cost of their crossing for the focus species. 2) This work also aims to decipher the rules of movement in heterogeneous landscapes and to highlight behavioural differences according to the originated landscape (adaptations). 3) On the basis of modelling, the third part of this work intends to make predictions at the landscape scale, Dans les paysages fragmentés, les mouvements entre les patchs d'habitats jouent un rôle primordial dans la persistance des populations en assurant les flux génétiques, la possibilité de recolonisation après extinction locale, la liaison entre différents habitats pour la reproduction ou l'acquisition des ressources, … Malgré l’importance de ces mouvements, la structure du paysage entre ces patchs (i.e. la matrice) est le plus souvent considérée comme un ensemble homogène de non-habitat d’intérêt mineur et les adaptations comportementales en réponse à la fragmentation du paysage sont rarement prises en compte. Pour étudier l'importance de l'influence du paysage sur les mouvements, trois approches complémentaires sont pratiquées. 1) Des études expérimentales sont menées pour évaluer les réponses comportementales et physiologiques du crapaud commun (Bufo bufo) juvénile et adulte soumis aux différents types d'occupation du sol. Ainsi, les types d'occupation du sol sont caractérisés par le coût que leur traversée représente pour l’espèce étudiée. 2) Ce travail s’attache également à décrypter les règles régissant les déplacements en paysage hétérogène et à mettre en évidence des différences comportementales selon le paysage d'origine (adaptations). 3) Basé sur la modélisation, le troisième volet doit permettre d’effectuer des prédictions à l’échelle des paysages

Asexual organisms are a special case in evolutionary ecology interesting to study adaptation. Sexual reproduction is advantageous since it maintains an important polymorphism and genetic diversity, but it is less taking into account its costs. The persistence of many hybrid asexual lineages among independent taxa, some old, raise questions about this reproductive mode: benefits, extinction risks of hybridization complexes. We have studied the case of the European water frogs present in France, where we find the complex P. esculentus, very common, and the complex P. graf, located in the south. These hybrid lineages are special because having a unisexual mode of reproduction called hybridogenesis. These different taxa of water frogs are so alike that their distinction is difficult and requires genetic analysis. Thus, a new PCR-RFLP based on ITS2 has been developed, allowing reliable taxonomic affiliation of the complex P. esculentus. Then, the microsatellite markers were tested as tools for taxonomic identification, without success, due to a lack of specificity, and the complex situation of French frog assemblages. The genetic load carried by clonal genomes was evaluated in an experimental breeding, where tadpoles of P. rididundus bearing either 50% clonal genome or 0% showed no differences in larval performances. Regarding hybrid fitness of P.kl. grafi tadpoles compared to that of parental species, hybrids showed intermediate performance, better than P. perezi, but worse than P. ridibundus. In the habitat use study, we were able to evidence a differential distribution of water frogs of P. esculentus complex according to habitat type, and observe new factors influencing their abundance as altitude, distance to the river, the nitrate level, alkalinity, hardness. We observed the relationship between habitat type and acclimation abilities in P. esculentus hybrids at larval stage, and performances show that forest tadpoles seem to be generalists and bear environmental modifications, while those from meadows appear locally adapted to their environment. These results bring us to discuss the future evolution of water frogs and offer opportunities, to refine our knowledge of these complexes and assist in making decisions regarding habitat to prioritize in terms of conservation management., Les organismes asexués constituent un cas particulier en écologie évolutive spécialement intéressant pour étudier les processus d'adaptation. La reproduction sexuée est avantageuse puisqu'elle maintient un polymorphisme et une diversité génétique importants, mais elle l'est moins si on prend en compte ses coûts. La persistance de plusieurs lignées hybrides asexués au sein de taxa indépendants, parfois anciennes, amène à s'interroger sur ce mode de reproduction : avantages, risques d'extinction des complexes d'hybridation. Nous avons étudié le cas des grenouilles vertes européennes présentes en France, où l'on retrouve le complexe P. esculentus, très commun, ainsi que le complexe P. grafi, localisé dans le Sud du pays. Ces lignées hybrides sont particulières car elles ont un mode de reproduction unisexué appelé hybridogénèse. Les différents taxa de grenouilles vertes se ressemblent tant que leur distinction est difficile, et nécessite des analyses génétiques. Ainsi, une nouvelle méthode PCR-RFLP basée sur la région ITS2 a été mise au point, permettant une affiliation fiable des taxa du complexe P. esculentus. Puis, les marqueurs microsatellites ont été testés comme outils d'identification taxonomique, sans succès, à cause d'un manque de spécificité, ainsi qu'à la situation complexe des peuplements français. Le fardeau génétique porté par les génomes clonaux ridibundus a été évalué lors d'un élevage expérimental, où des têtards de P. rididundus possédant soit 50% de leur génome clonal ou 0% n'ont montré aucune différence de performances larvaires. Dans cette même expérimentation, la fitness de l'hybride P. kl. grafi a été comparée à ces deux espèces parentales. Les hybrides ont montré des performances intermédiaires, meilleures que P. perezi, mais inférieures à P. ridibundus. Lors de l'étude de l'utilisation de l'habitat, nous avons pu mettre en évidence une répartition différentielle des grenouilles vertes du complexe P. esculentus en fonction du type d'habitat, et observer de nouveaux facteurs influençant leur abondance tels l'altitude, la distance à la rivière, le taux de nitrates, l'alcalinité, les duretés. Nous avons observé la relation entre le type d'habitat et la capacité d'acclimatation chez les hybrides P. esculentus au stade larvaire, et les performances révèlent que les têtards forestiers semblent généralistes en s'accommodant du changement de milieu, tandis que ceux originaires de prairie semblent localement adaptés à leur milieu. Ces résultats nous amènent à discuter du devenir évolutif des grenouilles vertes et a proposer des perspectives, afin d'affiner nos connaissances de ces complexes et d'aider à la prise de décision quant aux habitats à prioriser en termes de gestion conservatoire.

National audience; Si vous citez tout ou partie d'un article, pensez à citer l'auteur et l'ouvrage: JOYEUX André, «Typologie et particularités du cortège amphibien du massif des Maures», Freinet-Pays des Maures, n°7, 2008, p. 55-64.

Les herpétofaunes du Maastrichtien du Bassin de Hateg (Roumanie) et du Paléocène Moyen du Bassin de Mons (Belgique) ont été analysées dans le but d’étudier l’influence de la crise Crétacé/Paléogène sur ces faunes en Europe et de contribuer à élucider leur origine biogéographique. Pour ce faire, nous disposions de 228, 56 et 19 spécimens provenant respectivement des gisements roumains de Pui-Islaz, Totesti-baraj et Nãlat-Vad ainsi que de 1054 spécimens provenant du puits de Hainin. Les herpétofaunes du Bassin de Hateg se composent d’au moins un allocaudate albanerpetontidé du genre Albanerpeton, de deux anoures discoglossidés, de deux lacertiliens paramacellodidés ainsi que du premier vrai téiidé identifié jusqu’au niveau spécifique en Europe et d’un serpent madtsoiidé. Les herpétofaunes du Bassin de Mons nous indiquent quant à elles que les caudates sont représentés par 3 nouvelles espèces de salamandridés, les anoures par un nouveau genre de discoglossidé ainsi que par une nouvelle espèce de palaeobatrachidé. La présence des lacertiliens est attestée par 2 nouveaux genres de scincoïdes ainsi que par 6 autres scincomorphes indéterminés, par un nouveau genre d’amphisbène et peut-être également par un anguidé apode. Les serpents sont quant à eux représentés par le plus ancien boidé d’Europe ainsi que par le plus ancien scolécophidien découvert jusqu’ici. Ces données paléontologiques ainsi que les données lithologiques des deux localités analysées, indiquent que le climat était tempéré chaud et humide avec des étendues d’eaux stagnantes. Ce travail permet également de conclure que la crise Crétacé/Paléogène n’a pas influencé les faunes européennes de manière dramatique.Seuls les allocaudates albanerpetontidés, les lacertiliens polyglyphanodontinés et les serpents madtsoiidés disparaissent après la crise tandis que les caudates salamandridés et batrachosauroididés, les anoures discoglossidés et palaeobatrachidés, et les lacertiliens scincoïdes et amphisbènes, ne semblent pas avoir été affectés par cette crise en Europe. Par ailleurs, les herpétofaunes du Maastrichtien européen ont subi une influence nord-américaine suite à une migration ayant eu lieu durant le Crétacé Supérieur. Une vague de migration se serait également produite au Paléocène Supérieur, entre le MP1-5 et le MP6, et une autre au début de l’Eocène correspondant à celle déjà mise en évidence pour les mammifères. Cette dernière vague serait responsable de l’arrivée de nombreuses familles modernes de lacertiliens tels les agamidae, geckonidae, varanidés, helodermatidés et lacertidés., Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Landscape has never been as altered by urbanization and road development as it occurred during the XXth century. Wetlands have been greatly affected by these transformations that leaded to a decrease by about 90 % of their number in Europe. In order to avoid the contamination of water resource from road traffic pollution, the French water law, voted in 1992, compelled highway companies to treat road run-off waters. This leaded to the construction of stormwater ponds along roads which main objectives are (i) limiting pollution risk (chronic and accidental) and (ii) reducing flooding events. Because of their number in the landscape, these engineering structures represent a large network of small virgin wetlands, quickly colonised by a variety of aquatic organisms. Despite their numbers and originality these systems are still poorly understood. Our study, located in southern France, in the Mediterranean region, aimed at studying the annual biological cycle of aquatic invertebrates, dragonfly and amphibians in six stormwater ponds of the Autoroutes du Sud de la France (ASF) road network. Three main questions were asked, that is to say (i) are these sites polluted and how much?, (ii) what about their biological richness deals with such ponds? and (iii) can we describe and quantify an impact of this eventual pollution on aquatic communities?.We showed that the pollution was heterogeneous in space and time, mainly characterised by a contamination of sediments by hydrocarbons and trace metals (copper and zinc mainly) and by the irregular presence of herbicides (mainly glyphosate and its by-product AMPA) in the water column. Community structure of invertebrates and vertebrates assemblages was characterised. It appeared to be rich and diversified, mainly for the dragonfly community.If road pollution alone is not enough to explain distribution patterns of species in ponds, biodiversity seems to be more sensitive to other environmental features acting at different scales : landscape mosaic structure for amphibians and pond surface or macrophyte richness for dragonflies. These observations point out the issue of Nature's adaptation face to the increasing artificialisation of our environment., Le XXème siècle a connu une transformation sans précédent des milieux naturels du fait d'une urbanisation galopante et par voie de conséquence un développement très important du réseau routier et autoroutier. Les zones humides ont été fortement touchées par ces modifications puisqu'elles ont régressé de près de 90 % en Europe au cours de cette période. Afin d'éviter une contamination des milieux aquatiques due au trafic routier, la loi sur l'eau de 1992 a obligé les sociétés d'autoroutes à traiter les écoulements de chaussées résultant de l'activité routière. Ces mesures se sont traduites par la création de bassins d'eaux pluviales dont les objectifs sont de (i) limiter les risques de pollution (chronique ou accidentelle) et (ii) de réduire les risques de perturbation hydrauliques. La multiplication de ces ouvrages dans le paysage a engendré la constitution d'un vaste réseau de micro-zones humides, soit autant de nouveaux espaces écologiques vierges rapidement colonisés par une grande variété d'organismes. Malgré leur grand nombre et leur originalité, ces milieux ont été peu étudiés jusqu'à présent.Notre étude, localisée dans le sud de la France, en région Méditerranéenne, a consisté en un suivi d'un an des communautés d'invertébrés aquatiques, d'odonates et d'amphibiens dans six bassins d'eau pluviale autoroutiers du réseau des Autoroutes du Sud de la France (ASF). Nous avons cherché à répondre à trois questions principales, à savoir (i) quel est le degré de contamination de ces sites? (ii) quelle est leur richesse biologique? et (iii) peut-on qualifier et quantifier un impact de la pollution routière sur les communautés vivantes de ces bassins?.Nous avons démontré la présence d'une pollution très hétérogène dans l'espace et le temps, principalement caractérisée par une contamination des sédiments par les hydrocarbures, le cuivre et le zinc ainsi que par la présence plus ou moins régulière d'herbicides dans la colonne d'eau. Les faunes d'invertébrés et de vertébrés ayant colonisé ces espaces ont été caractérisées en terme de structure des communautés. Ces dernières s'avèrent riches et diversifiées, et en particulier pour le peuplement d'odonates. Si la pollution routière ne permet pas d'expliquer les patrons de distribution des espèces dans les mares, à l'exception d'un effet notable du salage hivernal, la biodiversité échantillonnée se révèle être sensible à des variables écologiques jouant à différentes échelles : la composition de la matrice paysagère adjacente pour le peuplement amphibien et la surface des bassins ou la richesse en macrophytes pour les odonates. Ces résultats nous amènent à porter une réflexion sur les adaptations de la Nature face à une anthropisation croissante de notre environnement.

Occupé à diverses reprises au cours du Mésolithique, le site de la Baume d'Ogens (Vaud, Suisse) a livré une faune abondante et bien conservée. Celle-ci comprend notamment plusieurs centaines de restes de batraciens issus apparemment d'une seule espèce, à savoir la grenouille rousse (Rana temporaria LINNE, 1758). Ces vestiges, majoritairement brûlés, témoignent d'une distribution squelettique marquée par un fort déséquilibre en faveur de la moitié postérieure du corps. Ces diverses caractéristiques laissent peu de doute quant à une consommation de ces animaux par les mésolithiques.

Le Laboratoire d'Ecologie et de Biologie Aquatique de l'Université (LEBA) de Genève a été mandaté par le Service des forêts, de la protection de la nature et du paysage (DIAE pour établir un diagnostic écologique de neuf étangs situés dans les Bois de Jussy (2 étangs aux Arales et aux Prés Bordon, Les Râpes , Bois-Vieux, Bois d'Ornaz, Dolliets et Feuillets). Les résultats présentés dans ce rapport intègrent les données relatives à 5 autres étangs situés dans le site des Prés de Villette. La qualité biologique des 9 plans d'eau a été évaluée selon la méthode PLOCH (Oertli et al. 2000). Cette méthode prend en considération deux critères de mesure de la diversité biologique : • la richesse spécifique (nombre d'espèces) et • la valeur de conservation (score en fonction du degré de menace des espèces sur les listes rouges (Duelli 1994 et Landolt 1991).

International audience; The latest Pliocene site of Ahl al Oughlam (Morocco) has provided a rich and diverse herpetofauna: three amphibian taxa (Bufo sp., Bufo viridis and Hyla cf. meridionalis) and 16 reptile taxa (Testudo sp., Geochelone sp., cf. Crocodylus, Trogonophis darelbeidae n. sp., Blanus sp., Gekkonidae indet., Eumeces algeriensis, Chalcides sp., cf. Acanthodactylus, Ophisaurus koellikeri, Anguidae indet. [“morphotype” Anguis], Coluber hippocrepis, Malpolon sp., cf. Macroprotodon, Macrovipera sp. and Bitis sp.). Trogonophis darelbeidae n. sp. is mainly characterized by the peculiar insertion of the adductor muscle (= musculus adductor mandibulae) on the coronoid process, the premaxillary teeth which do not project anteriorly beyond the limit of the bone, and the rather weak tympanic crest of the quadratum. A great number of identified taxa is mentioned for the first time as fossils in Africa. At Ahl al Oughlam, the herpetofauna is constituted by tropical taxa, north African taxa and Ibero-maghrebian taxa. Compared with the Moroccan Miocene fauna, the Pliocene fauna seems to be characterized by an impoverishment in tropical taxa, and an enrichment in taxa of Iberomaghrebian type.; Le gisement du Pliocène terminal d'Ahl al Oughlam (Maroc) a livré une herpétofaune riche et diversifiée : trois taxons d'amphibiens (Bufo sp., Bufo viridis et Hyla cf. meridionalis) et 16 taxons de reptiles (Testudo sp., Geochelone sp., cf. Crocodylus, Trogonophis darelbeidae n. sp., Blanus sp., Gekkonidae indet., Eumeces algeriensis, Chalcides sp., cf. Acanthodactylus, Ophisaurus koellikeri, Anguidae indet. [« morphotype » Anguis], Coluber hippocrepis, Malpolon sp., cf. Macroprotodon, Macrovipera sp. et Bitis sp.). Trogonophis darelbeidae n. sp. se caractérise surtout par une insertion particulière du muscle adducteur (= musculus adductor mandibulae) sur le processus coronoïde, des dents prémaxillaires qui ne dépassent pas, antérieurement, la limite de l'os et par une assez faible crête tympanique du carré. Une grande partie des taxons déterminés est, pour la première fois, mentionnée à l'état fossile en Afrique. À Ahl al Oughlam, l'herpétofaune est constituée par des taxons à caractère tropical, par des taxons du type nord-africain et par des taxons ibéro-maghrébins. Par rapport à la faune du Miocène marocain, celle du Pliocène semble se caractériser par un appauvrissement de la faune à caractère tropical et par un enrichissement des taxons communs à la région ibéromaghrébine.

The Rhône below Lyon has been modified on a major scale as the result of a century of improvement works (embankments and hydroelectric dams) ; these works have aged and are now being repaired. This article looks at such action on the by-pass section of the Rhône at Pierre-Bénite. An audit was carried out of the river's ecogeographical functional organisation using a pluridisciplinary approach based on geomorphological, batrachological and phyto- ecological indicators. From the results, various proposals have been made to assist in defining a programme of rehabilitation for the river's flood plain ftaking account of both abandoned channels and their wooded margins., Le Rhône à l'aval de Lyon a profondément été modifié par un siècle d'aménagements (endiguements, barrages hydroélectriques) ; ses mécanismes fonctionnels ont été fortement altérés et certains font aujourd'hui l'objet d'une réhabilitation. Cet article fait état d'une telle action sur le Rhône court-circuité de Pierre-Bénite. Un état de référence du fonctionnement écogéographique du fleuve est réalisé à partir d'une approche pluridisciplinaire faisant appel à des indicateurs géomorphologiques, batrachologiques et phyto- écologiques. L'ensemble des résultats permet de proposer des orientations susceptibles d'aider les gestionnaires à établir un schéma de réhabilitation du lit majeur considérant à la fois les bras morts et leurs marges boisées., Piégay Hervé, Joly Pierre-Benoît, Foussadier Rémy, Mourier Valérie, Pautou Guy. Principes de réhabilitation des marges du Rhône à partir d'indicateurs géomorphologiques, phyto-écologiques et batrachologiques (cas du Rhône court-circuité de Pierre-Bénite) / Principles for the rehabilitation of the banks of the Rhône, using geomorphological, phyto-ecological and batrachological indicators. In: Revue de géographie de Lyon, vol. 72, n°1, 1997. Le Rhône, l'axe et la vallée. pp. 7-22.