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Resumen del trabajo presentado en la FoodMicro2022 Conference, celebrada en Atenas (Grecia); del 28 al 31 de agosto de 2022, This work reports on the first described aerotolerant Bifidobacterium bifidum strain. One of the main challenges for exploiting the therapeutic potential of next generation probiotics is their inclusion into functional foods, which is hampered by extreme oxygen sensitivity. This is indeed an unmet technological problem of human gut bifidobacteria. Aerobic conditions are present during the processes of producing, handling, manufacturing and storing probiotics. B. bifidum species includes several probiotic strains of invaluable therapeutic potential, but they also exhibit one of the lowest resistance to oxygen among human bifidobacteria. In this work, we present strain Bifidobacterium bifidum IPLA60003, which has the ability to form colonies on the surface of agar plates under aerobic conditions, a weird phenotype that to our knowledge has never been observed in B. bifidum. The strain IPLA60003 was generated after random UV mutagenesis from an intestinal isolate. It incorporates 26 single nucleotide polymorphisms that activate the expression of native oxidative defense mechanisms such as the alkyl hydroxyperoxide reductase, the glycolytic pathway and several genes coding for enzymes involved in redox reactions. In the present work, we discuss the molecular mechanisms underlying the aerotolerance phenotype of B. bifidum IPLA60003, which will open new strategies for the selection and inclusion of probiotic gut strains and next generation probiotics into functional foods. Further, we addressed the technological application of IPLA60003 evaluating its survival and metabolic activity in milk for 28 days. Besides, we studied the survival of the strains in fresh cultures, after freezing at -80ºC and after lyophilization by plate counts incubated in anaerobiosis and in the presence of O2. Globally, technological performance of strain IPLA60003 was better than other two non-aerotolerant B. bifidum strains.

[EN] The consumption of fermented vegetables is widespread throughout the world and represents an important component of the human diet with considerable contribution to the food supply for a world popula-tion in continuous growth. Many of the fermented vegetables share a general process which requires salting and acidification steps. Among the microorganisms responsible for fermentation, lactic acid bacteria are the most relevant with important organoleptic, quality and safety benefits. This review deals with the microbial ecology of fermented vegetables focusing on the biodiversity of lactic acid bacteria, the most important molecular tech-niques used for their identification and genotyping, their importance for the formation of biofilms as well as their use as starter cultures for obtaining high-quality and safe vegetable products, [ES] El consumo de vegetales fermenta-dos está muy extendido en el mundo y representa un componente importante de la dieta humana con un apoyo considerable a la cadena alimentaria para una población mundial en continuo crecimiento. Muchos de los vege-tales fermentados comparten un proceso general, que requiere una puesta en salmuera y acidificación. Entre los microorganismos responsables de la fermentación, las bacterias del ácido láctico son las más relevantes con una importante influencia sobre aspectos organolépticos, de calidad y seguridad del producto final. Esta revisión trata sobre la ecología microbiana de los vegetales fermentados, prestando especial atención a la biodiversidad de las bacterias del ácido láctico, las técnicas moleculares más importantes utilizadas para su identificación y genotipado, su importancia para la formación de biofilms y su uso como cultivos iniciadores multifuncionales para la obtención de productos vegetales de alta calidad y seguridad.

Trabajo presentado en la 13ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Madrid (España) del 17 al 18 de junio de 2019, Durante los últimos diez años ha habido avances en la compresión de cómo la microbiota intestinal humana contribuye a nuestra salud y enfermedad. La microbiota humana, especialmente la microbiota intestinal, es considerada un “órgano esencial” debido a que las comunidades microbianas que colonizan todas las superficies de nuestro cuerpo nos proporcionan funciones metabólicas, inmunológicas y fisiológicas esenciales. Tras el nacimiento, nuestra microbiota intestinal alcanza su configuración final a la edad de 2 a 3 años con la introducción de alimentos sólidos, estableciéndose una comunidad de microorganismos dominada por anaerobios obligados. Después del nacimiento, alrededor de 100 especies bacterianas colonizan el intestino, aumentando hasta 103 en la edad adulta. Su composición evoluciona constantemente, dependiendo de factores internos y externos como la edad, la raza, la dieta, la colonización materna, así como la exposición a antibióticos y xenobióticos. Además, otros factores como el estrés o los tratamientos farmacológicos conducen a rápidos cambios en la composición de nuestra microbiota. La complejidad de la microbiota intestinal hace difícil deducir la contribución individual de una especie/cepa a un fenotipo, enfermedad o condición. Por ello, el desarrollo de métodos para la modificación dirigida de una microbiota, especialmente enfocada en eliminar de una comunidad microbiana una bacteria específica, podría ser útil para descifrar como una especie contribuye a una enfermedad o a un proceso fisiológico, inmunológico o metabólico. En este estudio presentamos una tecnología que, si bien no es desconocida, sí que es pionera en cuanto a su aplicación. Hemos utilizado un anticuerpo policlonal dirigido a la proteína A de la capa S de Lactobacillus acidophilus DSM20079T para conseguir detectarlo en un consorcio bacteriano compuesto de 8 especies representativas de la microbiota intestinal humana. Además, se ha realizado una depleción y enriquecimiento positivo (y por lo tanto un aislamiento de esta bacteria del resto de especies microbianas) tanto en una microbiota sintética como en microbiotas reales. La depleción de L. acidophilus del resto de especies se realiza en un solo paso, mientras que para el enriquecimiento positivo de esta especie fue necesario el uso de tripsina ya que L. acidophilus interacciona con otras bacterias de su entorno a través de interacciones proteínaproteína u otros potenciales receptores presentes en bacterias como Akkermansia muciniphila. Esta técnica contribuirá a comprender las contribuciones específicas de una sola bacteria dentro de una microbiota intestinal humana compleja., AGL2016-78311-R

Trabajo presentado en el 10th Workshop on Probiotics and Prebiotics, de la Sociedad Española de Probióticos y Prebióticos (SEPyP), celebrado en Las Palmas de Gran Canarias, del 6 al 8 de febrero de 2019, [Aim] The aim of this work was to evidence that the use of different stool collection strategies has a deep impact on the viability and diversity of the fecal microbiota that is recovered in the laboratory, notably if oxygen toxicity is not considered. This is particularly critical if the purpose of the sample is to envisage personalized biotherapeutic purposes, such as autologous fecal microbiota transplant or designing personalized biotherapeutics. [Methods] In order to analyze differences in the viability of fecal microbial populations during the whole delivery procedure, the same fecal specimens were sampled in conventional stool containers and GutAlive® devices, which minimize exposure of fecal microbiota to oxygen. Samples from five healthy donors were used and 150 differential colonies between the two devices were recovered. Differences included those associated to the two collection devices and individuals. All colonies were identified by 16S rRNA gene sequencing. Complete genomes of two extremely oxygen sensitive (EOS) bacteria recovered were sequenced with the Illumina MiSeq Sequencing System. [Results] Microbial diversity obtained was notably higher using GutAlive®. This device was able to maintain the viability of EOS species such as Akkermansia muciniphila, Faecalibacterium prausnitzii and a possible new member of the Clostridiales order. These obligate anaerobes were not recovered using the conventional stool container. Remarkably, GutAlive® allowed culturing and identifying an anaerobic isolate which may represent a new lineage within Clostridiales. This shows the importance of a personalized approach in microbiota-based therapies, as this novel isolate was recovered only from feces of one of the donors. [Conclusion] Using GutAlive® for stool sampling and transport allowed higher recovery of viable EOS bacteria by limiting oxygen exposure during the whole process. By standardizing the sampling and transport of the fecal specimens to the lab, GutAlive® can be applied for the normalization of microbiota-based studies, analysis and developments. Competing interests: NM is a full-time employee of Microviable Therapeutics; CH-C, SD, AM and BS are co-founders and SAB members of Microviable Therapeutics, and also co-inventors on at least one patent regarding microbiome stool collection kit and applications.

Trabajo presentado en el 10th Workshop on Probiotics and Prebiotics, de la Sociedad Española de Probióticos y Prebióticos (SEPyP), celebrado en Las Palmas de Gran Canarias, del 6 al 8 de febrero de 2019, The human gut microbiota is composed of the different microorganisms of our intestinal ecosystem. It has an important metabolic and nutritional role, and it is involved in the correct development of the gut and the maturation of our immune system. Currently, the application of fecal microbiota transplantation (FMT) has allowed us to establish causality in microbiome studies, and we know that microbiota can cure diseases or induce the appearance of disease symptoms, or even determine the success of some health treatments. But knowledge of the curative effects of feces has been documented many centuries ago. In the present article we want to make a brief review of the history of FMT, focusing on its effect on the human microbiome and its capacity to act on human physiology. We also want to place special emphasis on aspects that must be taken into account to translate microbiome research to medicine, related to safety, regulation and standardization of methods, as well as the importance of being able to predict the success of FMT., Research in our group is funded by grants BIO2014-55019-JIN and AGL2016-78311-R (from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness) and a grant from the Asociación Española contra el Cáncer (Reference: PS2016). Lorena Ruiz is the recipient of a Juan de la Cierva Post-Doctoral contract (IJCI-2015-23196) from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness

Trabajo presentado en el 10th Workshop on Probiotics and Prebiotics, de la Sociedad Española de Probióticos y Prebióticos (SEPyP), celebrado en Las Palmas de Gran Canarias, del 6 al 8 de febrero de 2019, [Background] Several independent studies have addressed the beneficial role of lactic acid bacteria over different cancer types, both in vitro and in vivo. However, and to our knowledge, no molecular study has been performed to understand how this inhibitory effect may take place. [Methods] Different fractions from several lactic acid bacteria and bifidobacteria were obtained in order to test their effect over two well-known epithelial cell lines, Caco-2 and Ht29, using the RTCA device. Effect of this extract over cell cycle and the process of necrosis/apoptosis was checked by flow cytometry. Molecular mechanism of action was elucidated by RNASeq. Results: The most active fraction was obtained from Lactobacillus acidophilus, and RNASeq analysis revealed an activation of several detoxification/xenobiotic pathways in epithelial cells. Nuclear magnetic resonance revealed a quite complex extract with the presence of alanine and lactic acid. Alanine had no effect over proliferation but buffering of the extract suggested that some of the observed inhibitory effect was due to lactic acid. The antiproliferative effect was visible from 300 mg/L lactic acid, and 2,7 g/L were enough to induce complete culture death in Ht29 an Caco-2. [Conclusion] Although it remains to known the role of other compounds in the anti-proliferative effect of the L. acidophilus extract, we have shown for the first time that CaCo-2 and Ht29 cell lines are sensible to lactic acid concentrations lower than those observed for instance in yoghourt (9 g/L), suggesting that carcinogenic cells may be more sensitive to lactic acid than normal cells. Production of lactic acid in the colon is therefore a molecular mechanism of action by which lactic acid bacteria exert their beneficial role in the colon.

Trabajo presentado en el 9º Encuentro Internacional de Biotecnología (BioSpain), celebrado en Sevilla (España), del 25 al 27 de septiembre de 2018

Methods in Molecular Biology 2278, Bifidobacteria represent an important group of (mostly) commensal microorganisms, which have enjoyed increasing scientific and industrial attention due to their purported health-promoting attributes. For the latter reason, several species have been granted “generally recognized as safe” (GRAS) and “qualified presumption of safety” (QPS) status by the Food and Drugs Administration (FDA) and European Food Safety Authority (EFSA) organizations. Increasing scientific evidence supports their potential as oral delivery vectors to produce bioactive and therapeutic molecules at intestinal level. In order to achieve an efficient utilization of bifidobacterial strains as health-promoting (food) ingredients, it is necessary to provide evidence on the molecular mechanisms behind their purported beneficial and probiotic traits, and precise mechanisms of interaction with their human (or other mammalian) host. In this context, developing appropriate molecular tools to generate and investigate recombinant strains is necessary. While bifidobacteria have long remained recalcitrant to genetic manipulation, a wide array of Bifidobacterium-specific replicating vectors and genetic modification procedures have been described in literature. The current chapter intends to provide an updated overview on the vectors used to genetically modify and manipulate bifidobacteria, including their general characteristics, reviewing examples of their use to successfully generate recombinant bifidobacterial strains for specific purposes, and providing a general workflow and cautions to design and conduct heterologous expression in bifidobacteria. Knowledge gaps and fields of research that may help to widen the molecular toolbox to improve the functional and technological potential of bifidobacteria are also discussed.

Con autorización de la editorial para este libro. La edición de este libro estuvo a cargo de Jesús Rey Rocha y Víctor Ladero., Este libro surge como una iniciativa para compilar una serie de artículos alumbrados a partir de la génesis del Grupo CURIE (Científic@s Unid@s por la Reactivación de la Investigación en España), semilla de la Asociación Española para el Avance de la Ciencia (AEAC). Durante meses sus miembros estuvieron intercambiando reflexiones y debatiendo sobre la distancia entre la ciencia y la sociedad, y la necesidad de crear una asociación que llenase ese vacío entre los científicos y los ciudadanos, que apostase por llevar la ciencia y los conocimientos generados por la misma a toda la sociedad, tal y como establecen la Declaración de Derechos Humanos y la Constitución Española, en su artículo 44.

Resumen del trabajo presentado en el XI Workshop de la Sociedad Española de Microbiota, Probióticos y Prebióticos, celebrado en Granada (España), del 12 al 14 de febrero de 2020, Escherichia coli es una de los primeros colonizadores del intestino humano, normalmente las cepas pertenecientes a esta especie son comensales incluso algunas de ellas han sido seleccionadas como probióticos. Sin embargo, algunas cepas llevan consigo las llamadas islas de patogenicidad o diferentes elementos móviles que están asociados con enfermedades intra- y extra- intestinales. La isla genómica pks codifica la maquinaria necesaria para la síntesis de una genotoxina híbrida péptido-poliquétido llamada colibactina. La colibactina induce roturas de doble cadena en el ADN, aberraciones cromosómicas y detección del ciclo celular. La cepa probiótica Nissle 1917, contiene la isla pks y produce una genotoxina funcional. Recientes estudios han encontrado la isla de patogenicidad en otros miembros de la familia Enterobacteriaceae, tales como Citrobacter, Klebsiella y Enterobacter. El objetivo principal de este estudio fue realizar un análisis a gran escala para detectar cepas pks+ de E. coli utilizando la citometría de flujo.

Trabajo presentado en la 12ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Sevilla (España) del 17 al 18 de mayo de 2018, Proyecto AGL2015-71923-REDT

Trabajo presentado en la 12ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Sevilla (España) del 17 al 18 de mayo de 2018., Y presentado también en el 7th International Human Microbiome Congress, IHMC, celebrado en County Kerry (Irlanda) del 28 al 26 de junio de 2018, n los últimos años se está revelando la relación entre el metabolismo de sales biliares y el colesterol, la microbiota intestinal y su implicación en la salud. A diferencia de otras localizaciones, el microbioma del tracto biliar apenas ha sido estudiado. En este trabajo se ha realizado un análisis metagenómico filogenético y funcional de muestras de bilis humana, además de un análisis metabolómico, con el fin de caracterizar el microbioma biliar de donantes de hígado y pacientes con colelitiasis, e identificar posibles disbiosis asociadas a esta patología. Se obtuvieron muestras de bilis de donantes de hígado y pacientes con colelitiasis, de las que se extrajo el ADN biliar siguiendo un protocolo optimizado. Se llevó a cabo la secuenciación masiva de amplicones del ADNr 16S mediante la tecnología Illumina. Además, se realizó secuenciación masiva por shotgun y análisis de metagenómica funcional de tres muestras de bilis de sujetos sanos. El análisis metabolómico se realizó utilizando técnicas de NMR. Los resultados mostraron una gran diversidad microbiana presente en este tipo de muestras, con presencia de 4 filos mayoritarios: Firmicutes, Bacteriodetes, Actinobacteria y Proteobacteria. El análisis estadístico mostró diferencias significativas en la abundancia relativa de diversos taxones presentes en la bilis de ambos grupos. En concreto, secuencias de la familia Propionibacteriaceae fueron más abundantes en la bilis de los donantes de hígado, mientras que en pacientes con colelitiasis fueron más frecuentes las de las familias Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Porphyromonadaceae y Veillonellaceae. El análisis funcional mostró que la asignación a las principales categorías funcionales del COG es similar a la del microbioma intestinal humano. Por último, el análisis metabolómico nos permitió asociar diferentes perfiles metabólicos a los grupos de individuos objeto de estudio., This work was financed by the Spanish “Plan Nacional I+D+i” through the project AGL2013-44761-P

Trabajo presentado en el Congreso Gobernanza, Confianza y Cultura del Riesgo, celebrado en Oviedo (Asturias) del 25 al 27 de septiembre de 2017

Trabajo presentado en el V Congreso de Psoriasis de la Academia de Dermatología, celebrado en Madrid (España), los días 17 y 18 de enero de 2020

[EN] The invention relates to the field of medical diagnosis, particularly to methods and antibodies useful for the identification of colibactin producing bacteria (pks+ bacteria). Herein are disclosed peptides and antibodies that allow for the detection and isolation of pks+ bacteria, as well as uses and methods of use of said peptides and antibodies, [FR] L'invention concerne le domaine du diagnostic médical, en particulier des procédés et des anticorps utiles pour l'identification de bactéries productrices de colibactine (bactéries pks+). L'invention concerne des peptides et des anticorps qui permettent la détection et l'isolement de bactéries pks+, ainsi que des utilisations et des procédés d'utilisation desdits peptides et anticorps, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España), Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer, A1 Solicitud de patente con informe sobre el estado de la técnica

Trabajo presentado en las IX Jornadas de Divulgación y Prevención del Cáncer, celebrado en La Bañeza (León, España) del 21 al 23 de noviembre de 2017

Trabajo presentado en la 11ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Gijón (Asturias, España) del 28 al 30 de Junio de 2017, Clostridium difficile es la causa más común de diarrea nosocomial en los países industrializados siendo los principales grupos de riesgo pacientes hospitalizados y ancianos, pero la incidencia está aumentando en otras poblaciones. Los factores de virulencia más importantes son las exotoxinas, sobre todo la A y la B, ya que incrementan la permeabilidad intestinal e inducen una respuesta inmune inflamatoria; todo ello conduce a la formación de pseudomembranas en el colon y en casos extremos se puede producir perforación intestinal, sepsis y muerte. El tratamiento convencional de la infección asociada a C. difficile consiste en la administración de antibióticos (metronidazol, vancomicina y fidaxomicina); sin embargo, el alto porcentaje de recurrencia de esta infección hace que se estén estudiando terapias alternativas y tratamientos adyuvantes para reducir los efectos causados por este patógeno, entre estas alternativas está el uso de probióticos. En nuestro grupo hemos desarrollado un modelo in vitro basado en la monitorización continua del comportamiento de líneas celulares intestinales, a través de medidas de impedancia empleando la tecnología ¿Real Time Cell Analyzer¿ (RTCA), que es eficaz para estudiar la cinética de citotoxicidad de los sobrenadantes procedentes de un cultivo toxigénico de C. difficile1. Estudios previos con este modelo nos permitieron evaluar el potencial probiótico de distintas cepas de bifidobacterias y lactobacillos para contrarrestar in vitro el efecto citotóxico de C. difficile LMG21717 (ribotipo 001), productor de toxinas A y B, sobre la línea intestinal HT29. La cepa que mostró la mayor capacidad para reducir el efecto tóxico fue Bifidobacterium longum IPLA200222. El objetivo del presente trabajo se centró en analizar la capacidad de esta bifidobacteria para atenuar el efecto tóxico de otras cepas de C. difficile. Para ello se utilizaron aislados del patógeno, procedentes de colección así como aislados clínicos, entre las que se incluyen los ribotipos más prevalentes en España (001, 014, 078 y 106) y una cepa hipervirulenta e epidémica a nivel mundial (ribotipo 027). Inicialmente, hemos puesto a punto un método para detectar el daño celular causado por cepas productoras exclusivamente de toxina B y hemos observado que el estado celular de HT29 es determinante a la hora de detectar la toxicidad de la misma. Estudios preliminares muestran que la cepa B. longum IPLA20022 parece secretar peptidasas con potencial para disminuir el efecto citotóxico de C. difficile.

Trabajo presentado en la 11ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Gijón (Asturias, España) del 28 al 30 de Junio de 2017

Trabajo presentado en el 4th microbiome R&D and Business Collaboration Forum: Europe and Probiotics Congress: Europe, celebrado en Amsterdam (Holanda) el 3 y 4 de abril del 2017

Trabajo presentado en la XIX Reunión Anual de la Asociación Española de Gastroenterología (AEG), celebrado en Madrid (España) del 1 al 4 de marzo de 2016, Este proyecto ha sido financiado por el Ministerio de Economía y Competitividad (Proyectos de I+D+I para jóvenes investigadores SAF2014-56642-JIN

Trabajo presentado en el VII Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Sevilla (España) el 28 y 29 de enero de 2016

Trabajo presentado en el 4th International Symposium on Propionibacteria and Bifidobacteria (PropioBifido 2016), celebrado en la Universidad de Cork (Irlanda) del 21 al 23 de septiembre de 2016, Bifidobacteria administered in fermented dairy products have to overcome the acidic pH found in the stomach during the gastrointestinal transit to be able to reach/colonize the lower parts of the intestine. The mechanisms underlying acid response and adaptation in Bifidobacterium longum NCIMB8809 and its acidpH-resistant mutant B. longum 8809dpH were studied. Comparison of protein maps allowed us to identify nine different proteins whose production largely changed in the mutant strain. Furthermore, the production of 47 proteins was modulated by pH in one or both strains. Adaptation and response to low pH involved changes in the glycolytic flux and in the ability to regulate the internal pH. These changes were accompanied by a higher content of ammonium in the cytoplasm. Remarkably, key proteins of the biosynthetic routes of cysteine and methionine were highly overrepresented. These results prompted us to perform a genomic and transcriptomic study in order to clarify the genetic mechanism behind the acquired acid resistance phenotype. Full genome sequencing and a transcriptomic analysis (microarray and RNAseq) allowed us to conclude that: i) a deletion of a large fragment of DNA in the mutant strain could be partially responsible for the acid resistance and ii) genes involved in the sulphur amino acid metabolism (metE, metB and cysD) were constitutively overexpressed in the mutant. Thus, the acquired acid resistance phenotype of B. longum 8809dpH could be related to a different cysteine and methionine metabolism in this strain.

Trabajo presentado en el VII Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Sevilla (España) el 28 y 29 de enero de 2016

Trabajo presentado en la 9ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas, celebrado en Madrid el 29 y 30 de Junio de 2015

Trabajo presentado en el VI Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Oviedo (España) el 5 y 6 de febrero de 2015, Our group has recently proved the existence of a gut microbial dysbiosis in patients with systemic lupus erythematosus (SLE), resulting in differences in the ratio Firmicutes/Bacteroidetes, and supporting previous evidence involving intestinal bacteria in the initiation and amplification of inflammatory processes and autoimmune diseases. While several studies have addressed the use of dietary fibres to modify intestinal microbial populations, information about other highly correlated components, such as polyphenols, is scarce. The aim of this work was the identification of dietary components able to influence this altered microbiota in 20 women suffering from SLE and 20 age-matched controls. Food intake was recorded by means of a food frequency questionnaire. Energy was calculated from CESNID food composition tables and Phenol-Explorer was used for polyphenol intake. Results showed positive associations between flavone intake and Blautia, flavanones and Lactobacillus and dihydrochalcones and Bifidobacterium in the SLE group. Regarding the controls, dihydroflavonols were directly associated with Faecalibacterium, whereas flavonol intake was inversely associated with Bifidobacterium. From the food sources of these polyphenols related to microbiota, orange intake was directly associated with Lactobacillus and apple with Bifidobacterium in SLE, whilst red wine was the best contributor to Faecalibacterum variation. The association between common foods and particular microbial genera, reported to be decreased in SLE, could be of great importance for these patients

[ES] Dispositivo de recogida y traslado de muestras en anaerobiosis, que comprende un recipiente (1) con una abertura (2), y un cierre (4) para cubrir dicha abertura (2), en el que el cierre (4) incorpora un tapón activador (6) manualmente accionable que libera un elemento activador contenido en una bolsa (8) para comenzar una cadena de reacciones determinadas por un material reactivo (13) capaz de crear una atmósfera anaerobia en el interior del recipiente (1). El dispositivo está preferentemente concebido para el caso en que dichas muestras sean heces, de origen humano o animal, con el objeto de conservar viable la microbiota intestinal y poder proceder a su posterior revivificación en laboratorio., [EN] A device for collecting and transferring samples in anaerobiosis, comprising a vessel (1) with an opening (2), and a closure (4) for covering the opening (2), in which the closure (4) incorporates a manually operated activator plug (6) that releases an activator element contained in a bag (8) to start a chain of reactions determined by a reagent material (13) capable of creating an anaerobic atmosphere inside the vessel (1). The device is preferably designed for the case in which said samples are stool, of human or animal origin, with the aim of preserving the viability of the gut microbiota and being able to proceed with their later revival in the laboratory., Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España), Universidad de Oviedo, B1 Patente sin examen previo

Póster presentado en el VI Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Oviedo, España, el 5 y 6 de febrero de 2015, Our group has recently reported an intestinal dysbiosis, with a lower Firmicutes/Bacteroidetes ratio, in systemic lupus erythematosus (SLE), autoimmune disease in which inflammation and oxidative stress could be involved. The aim of this study was to compare the serum levels of antioxidants, malondialdehyde (MDA) and C-reactive protein (CRP), and to evaluate their association with intestinal microbiota, in 26 women suffering from SLE and 27 age-matched controls. Serum concentration of CRP was determined by enzymatic methods, folic acid and vitamin B12 by chemiluminescence; copper, zinc and selenium by inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS) and MDA and total antioxidant capacity (TAC) by spectrophotometric methods. Intestinal microbiota profile was evaluated by Ion Torrent 16S rRNA gene-based analysis. Results did not reveal increased levels of lipoperoxidation and CRP in SLE subjects compared to controls. Higher concentration of serum copper and lower of zinc was found in these patients in comparison with controls. Also, CRP was found directly associated with serum copper and Verrucomicrobia levels, whereas zinc was indirectly associated with Fimicutes. These results could be useful in the future to go deeper into the understanding of this complex disease.

Trabajo presentado en el VI Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Oviedo, España, el 5 y 6 de febrero de 2015, En los últimos años, se han realizado numerosos estudios sobre la microbiota y el microbioma de las heces y de diferentes partes del tracto gastrointestinal de los mamíferos (estómago, intestino delgado y grueso); sin embargo, la microbiota de la bilis y de la vesícula biliar de hospedadores sanos no había sido caracterizada hasta el momento. La bilis es un fluido biológico sintetizado en el hígado, que se almacena y concentra en la vesícula biliar durante la digestión y que se libera en el duodeno tras la ingesta de los alimentos. Los objetivos de este trabajo han sido: (1) determinar la diversidad bacteriana presente en la bilis y en la mucosa de la vesícula biliar de cerdas sanas mediante técnicas dependientes e independientes de cultivo; y (2) conocer si existen proteínas de origen bacteriano en la bilis porcina. Los datos obtenidos revelaron que el ecosistema biliar porcino está poblado principalmente por miembros de los Filos Proteobacteria, Firmicutes y Bacteroidetes. Las técnicas de hibridación fluorescente in situ (FISH) y de microscopía electrónica de transmisión (TEM) permitieron la visualización de bacterias de diferentes morfologías en estrecha asociación con células del epitelio biliar y eritrocitos. De entre las 214 proteínas identificadas en las muestras de bilis, 22 eran de origen bacteriano. En conclusión, la bilis y la vesicular biliar de hospedadores sanos parece contener su propia microbiota. Este trabajo podría servir de base para futuros estudios sobre la relación entre la microbiota biliar, la microbiota intestinal y la salud.

Trabajo presentado en el VI Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Oviedo, España, el 5 y 6 de febrero de 2015, En este trabajo se muestra que la separación de microorganismos del resto de matriz fecal presente en las heces, mediante el uso de gradientes de densidad con resina Nycodenz ®, no afecta globalmente al perfil de microbiota del donante comparado con la muestra sin tratar. Para ello se obtuvieron muestras fecales de pacientes con Lupus Eritematoso Sistémico (LES) y donantes sanos. La microbiota se separó del resto del material fecal en un solo paso de centrifugación a través del gradiente de densidad, se extrajo el ADN, y se utilizó un método optimizado de análisis basado en la amplificación parcial del gen del 16S rRNA para determinar el perfil microbiano. La comparación de estos perfiles evidenció una ausencia de efecto de la extracción en gradiente sobre los grupos bacterianos mayoritarios. Complementariamente, los perfiles microbianos se agruparon usando diferentes métodos de ordenación y reducción dimensional y se calcularon las matrices de similitud entre muestras. Como regla general, se observó un agrupamiento entre sí de las muestras aisladas/no aisladas, lo que sugiere que las comunidades microbianas aisladas utilizando gradientes de Nycodenz® son representativas de aquellas presentes en las heces de origen. En resumen, este trabajo proporciona un protocolo sencillo para la separación de microbiota fecal del resto de materia fecal.

Bacteroides is among the most abundant microorganism inhabiting the human intestine. They are saccharolytic bacteria able to use dietary or host-derived glycans as energy sources. Some Bacteroides fragilis strains contribute to the maturation of the immune system but it is also an opportunistic pathogen. The intestine is the habitat of most Bifidobacterium species, some of whose strains are considered probiotics. Bifidobacteria can synthesize exopolysaccharides (EPS), which are complex carbohydrates that may be available in the intestinal environment. We studied the metabolism of B. fragilis when an EPS preparation from bifidobacteria was added to the growth medium compared to its behavior with added glucose. 2D-DIGE coupled with the identification by MALDI-TOF/TOF evidenced proteins that were differentially produced when EPS was added. The results were supported by RT qPCR gene expression analysis. The intracellular and extracellular pattern of certain amino acids, the redox balance and the a-glucosidase activity were differently affected in EPS with respect to glucose. These results allowed us to hypothesize that three general main events, namely the activation of amino acids catabolism, enhancement of the transketolase reaction from the pentose-phosphate cycle, and activation of the succinate-propionate pathway, promote a shift of bacterial metabolism rendering more reducing power and optimizing the energetic yield in the form of ATP when Bacteroides grow with added EPS. Our results expand the knowledge about the capacity of B. fragilis for adapting to complex carbohydrates and amino acids present in the intestinal environment. © 2015 Rios-covian, Sanchez, Salazar, Martinez, Redruello, Gueimonde and De los Reyes-Gavilan., This work was financed by projects AGL2010-16525 and AGL2013-43770-R from Plan Nacional/Plan Estatal de I+D+I (Spanish Ministry of Economy and Competitiveness, MINECO). The activity of Probiotics and Prebiotics Group is being partly supported through the Grant GRUPIN14-043 from Plan Regional de Investigación del Principado de Asturias. Both, national and regional grants received cofounding from European Union FEDER funds. DR-C was the recipient of predoctoral FPI fellowship whereas BS enjoys a Ramon and Cajal contract from MINECO. NS benefits from a Clarin post-doctoral contract (Marie Curie European CoFund Program) cofinanced by Plan Regional de Investigación del Principado de Asturias, Spain. We acknowledge the excellent technical assistance of Lidia Alaez, whose technician contract was partially supported by the project AGL2010-16525 and by Plan Regional de Investigación del Principado de Asturias, through the grant COF 13-020.

Bifidobacteria are bacterial gut commensals of mammals, birds and social insects that are perceived to influence the metabolism/physiology of their host. In this context, members of the Bifidobacterium bifidum species are believed to significantly contribute to the overall microbiota of the human gut at infant stage. However, the molecular reasons for their adaptation to this environment are poorly understood. In this study, we analysed the pan-genome of B.bifidum species by decoding genomes of 15 B.bifidum strains, which highlighted the existence of a conserved gene uniquely present in this bifidobacterial taxon, underscoring a nutrient acquisition strategy that targets host-derived glycans, such as those present in mucin. Growth experiments and corresponding transcriptomic analyses confirmed the in silico data and supported these intriguing and unique host glycan-specific saccharolytic features. The ubiquity of the genetic features of B.bifidum for the breakdown of host glycans was confirmed by interrogating metagenomic datasets, thereby supporting the notion that metabolic access to host-derived glycans is a potent evolutionary force that has shaped B.bifidum genomes and consequently the ecology of the infant intestinal microbiota. © 2014 Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd., We thank GenProbio srl for financial support of the Laboratory of Probiogenomics. This work was financially supported by a FEMS Jensen Award to FT, and by a Ph.D. fellowship (Spinner 2013, Regione Emilia Romagna) to S.D. DvS and FT are members of The Alimentary Pharmabiotic Centre; DvS is also a member of the Alimentary Glycoscience Research Cluster, both funded by Science Foundation Ireland (SFI), through the Irish Government's National Development Plan (Grant Nos. 07/CE/B1368, SFI/12/RC/2273 and 08/SRC/B1393). The authors declare that no competing interests exist.

Trabajo presentado en el V Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud Evidencia Científica, celebrado en Valencia, España, del 23 al 24 de enero de 2014, El establecimiento de la microbiota intestinal comienza con el nacimiento y juega un papel esencial en el desarrollo del intestino, al sistema inmune y la futura salud del individuo. Diversos estudios han caracterizado el proceso de establecimiento y desarrollo de la microbiota intestinal en neonatos y demostrado alteraciones relacionadas con el parto prematuro. Sin embargo, el efecto de factores concretos, como el uso de antibióticos antes del parto, sobre este proceso de establecimiento de la microbiota intestinal es aún desconocido. En este estudio se ha llevado a cabo un análisis de la microbiota fecal de 40 recién-nacidos (27 prematuros extremos y 13 niños nacidos a término) durante los tres primeros meses de vida. Se monitorizó el uso perinatal de antibióticos y se determinó la composición de la microbiota intestinal utilizando el análisis del ADNr 16S mediante la tecnología Ion Torrent. Los resultados obtenidos permitieron identificar alteraciones en el proceso de establecimiento de la microbiota intestinal en niños prematuros extremos. Del mismo modo, este estudio ha puesto de manifiesto la enorme influencia del uso de antibióticos antes del parto sobre el establecimiento de la microbiota intestinal en el neonato. Estos resultados señalan la necesidad de desarrollar estrategias de intervención dirigidas a favorecer el proceso de establecimiento de la microbiota intestinal en el neonato y/o a reducir el impacto de la administración de antibióticos antes del parto.

Trabajo presentado en el V Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Valencia, España, del 23 al 24 de enero de 2014

Trabajo presentado en el V Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Valencia, España, del 23 al 24 de enero de 2014, Algunas cepas del género Bifidobacterium son consideradas microorganismos beneficiosos o probióticos. B. longum es uno de los principales pobladores del colon humano, pero es muy sensible al pH ácido, lo que dificulta su uso desde un punto de vista tecnológico. Así, no es habitual encontrar cepas de B. longum formando parte de productos lácteos fermentados. Para poder colonizar el intestino, las bifidobacterias deben ser capaces de resistir tanto al pH ácido de la fermentación láctica como el del estómago. Por tanto resulta sumamente interesante encontrar una cepa de B. longum resistente a pH ácido, dado que esta característica tendría repercusiones tecnológicas y funcionales. El objetivo del presente trabajo fue estudiar los mecanismos implicados en la adaptación de la cepa B. longum subsp. longum NCIMB8809 a pH ácido, para lo que se comparó el transcriptoma de dicha cepa y con el de su mutante resistente 8809dpH. El análisis de la expresión de las cepas mediante microarrays mostró 51 genes con expresión diferencial (p ¿ 0,05). De estos, 10 genes se encontraron más expresados en la cepa parental (fold = 18,7-3,2) y los otros 41 en la cepa resistente a pH ácido (fold = 113,2-4,1). Es destacable que la cepa 8809dpH parece tener desregulada la producción de aminoácidos azufrados. Además, el análisis de su perfil metabólico indicó la producción de metabolitos con alto poder reductor. Por tanto, esta cepa podría tener aplicación en algunas enfermedades caracterizadas por tener un ambiente intestinal con alto estrés oxidativo, como la Enfermedad Inflamatoria Intestinal

Comunicación presentada en la 8ª Reunión de la red temática BAL, celebrada en San Adrián, España, el 26 y 27 de junio de 2014

Trabajo presentado en el V Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Valencia, España, del 23 al 24 de enero de 2014, Los exopolisacáridos (EPS) bacterianos han sido objeto de interés científico por la implicación de estos polímeros exocelulares tanto en la formación de biopelículas como por actuar como factores de virulencia en ciertos microorganismos. Recientemente se está investigando la relevancia de su papel como mediadores de la comunicación entre bacterias productoras y el ambiente que las rodea, así como su contribución en la salud del hospedador. En nuestro grupo estamos estudiando la síntesis de EPS en el género Bifidobacterium, que son habitantes del tracto gastrointestinal humano al que pertenecen cepas específicas con características probióticas. Las bifidobacterias sintetizan EPS para protegerse durante el tránsito por el tracto gastrointestinal, lo que favorece su persistencia en el intestino humano. De hecho, el análisis in silico de 28 genomas pertenecientes a 10 especies/subespecies de bifidobacterias nos ha permitido comprobar la gran ubiquidad de clusters eps cuyo contenido en G+C (¿50-56%) es menor que el del genoma competo (¿60%). Se ha encontrado una amplia variabilidad en el número de genes y organización estructural de los clusters eps entre especies. Sin embargo las 9 cepas de B. animalis subsp. lactis presentaron idéntica arquitectura genética. Por otro lado, también estamos estudiando las propiedades biológicas de los EPS de bifidobacterias que estarían relacionadas con la modulación de la respuesta inmune del hospedador, así como la de su microbiota. Estos polímeros parece que son cruciales para entender la fisiología de las bifidobacterias y su interacción con el hospedador.

Los exopolisacáridos (EPS) son polímeros de naturaleza glicosídica que se encuentran en la superficie de las bacterias. En las bifidobacterias, los EPS confieren una ventaja selectiva para la cepa productora favoreciendo su supervivencia y la colonización del tracto gastrointestinal, por ello están implicados en la interacción bacteria-hospedador. En algunas cepas se ha asociado la producción de EPS con efectos beneficiosos sobre la salud humana. Hemos estudiado 3 cepas de B. animalis subsp. lactis productoras de EPS relacionadas entre sí: la cepa parental A1, aislada de un producto lácteo fermentado, y dos cepas derivadas por adaptación a sales biliares, A1dOx y A1dOxR. La cepa A1dOxR presenta un fenotipo ¿ropy¿ posiblemente relacionado con la presencia de una fracción EPS de alto peso molecular ausente en las otras dos. Se secuenciaron y analizaron los clusters eps (54 Kb) de las 3 cepas encontrándose una mutación en el gen wzz en la cepa A1dOxR. Este gen está implicado en la determinación de la longitud de la cadena del polímero EPS. El análisis de otras 27 cepas de B. animalis subsp. lactis confirmó que sólo aquellas con esta mutación presentan fenotipo ¿ropy¿. Se obtuvo una cepa mutante isogénica carente del gen wzz a partir de la cepa tipo (DSM10140). Posteriormente, el mutante se complementó con el gen wzz de la cepa A1dOxR, y comprobamos que la cepa complementada recuperaba el fenotipo ¿ropy¿. Actualmente se está estudiando el efecto fisiológico (para la cepa) y biológico (para el hospedador) de la adquisición del fenotipo ropy.

Probiotics are live microorganisms which when administered in adequate amounts confer a health benefit on the host. Most of the probiotic bacteria currently available in the market belong to the genera Lactobacillus and Bifidobacterium, and specific health-promoting activities, such as treatment of diarrhea or amelioration of gastrointestinal discomfort, have been attributed to them. In order to be able to survive the gastrointestinal transit and transiently colonize our gut, these bacteria must be able to counteract the deleterious action of bile salts, which are the main components of bile. Bile salts are detergent-like biological substances synthesized in the liver from cholesterol. Host enzymes conjugate the newly synthesized free bile acids in the liver with the amino acids glycine or taurine, generating conjugated bile salts. These compounds are stored in the gall bladder and they are released into the duodenum during digestion to perform their physiological function, which is the solubilization of fat coming from diet. These bile salts possess strong antimicrobial activity, since they are able to disorganize the structure of the cell membrane, as well as trigger DNA damage. This means that bacteria inhabiting our intestinal tract must have intrinsic resistance mechanisms to cope with bile salts. To do that, Lactobacillus and Bifidobacterium display a variety of proteins devoted to the efflux of bile salts or protons, to modify sugar metabolism or to prevent protein misfolding. In this manuscript, we review and discuss specific bile resistance mechanisms, as well as the processes responsible for the adaptation of bifidobacteria and lactobacilli to bile., We acknowledge the continuous support from the Plan Nacional de I + D through several projects, specially the grants AGL2004-06727 and RM2010-00012-00-00. Borja Sánchez was the recipient of a Juan de la Cierva postdoctoral contract from the Spanish Ministerio de Ciencia e Innovación. Lorena Ruiz had a JAE predoctoral grant from CSIC.

Trabajo presentado en la 2nd Workshop of the European Network for Gastrointestinal Health Research, ENGIHR (Diet and the gut microbiota: new directions), celebrada en Helsinki del 2 al 4 de mayo de 2012., The definition of a >healthy> human microbiota is unclear; but, it is known that a dysbiosis, or imbalance, of the microbial population inhabiting our digestive tract could be cause of, or is related to, several disorders. This indicates that the interaction between microorganisms and host is paramount to keep our wellbeing. The use of probiotics for prevention and treatment of intestinal disorders, as well as for restoration of microbiota after drastic treatments, is becoming more popular and the scientific evidence of efficacy is also increasing. However, not all probiotics have the same capability to confer health benefits on the host. Therefore, it is crucial the use of reliable, reproducible and fast methods monitoring the host response in the presence of probiotics. We have recently implemented in our group a technique based on the use of a ¿Real Time Cell Analyser¿ apparatus to test the behaviour of cellular lines (in proliferative or in confluent state) from human (colon) origin in the presence of different Bifidobacterium strains, extracellular polymers (exopolysaccharides) and bacterial surface extracts, among others. Preliminary results showed that, for a given bacterial compound at different doses, the behaviour of the eukaryotic cells was very much time-dependent. One of the compounds tested had cytotoxic effect at high dose on HT29 cells; whereas, at lower doses, we have detected an initial anti-proliferative effect ending with cell death. Besides, this behaviour was retarded when the bacterial compound concentration decreased. This method is a valuable tool that could be extended for the screening of different bioactive compounds obtained from different origins

[EN] Amongst the fewer than 10 proteins secreted in the largest amounts by the species Lactobacillus plantarum, is one of some 30 kDa that contains an internal fragment without cleavage points for the most important intestinal proteases, which is characterized in that it contains at least 50% serine and threonine. The genetic information encoded in this fragment, called "ST peptide", has been used to produce and to purify said peptide and thus to allow different in-vitro tests. Overall, the ST peptide appears to be promoting the process of immunological ignorance of our gastrointestinal immune system with respect to the bacteria found in our gastrointestinal tract, oral tolerance mechanisms thereby being promoted. Therefore, the ST peptide could be used in immunotherapy, particularly within the context of certain autoimmune diseases and certain inflammatory diseases., [ES] Entre las menos de 10 proteinas secretadas de forma mayoritaria por la especie Lactobacillus plantarum, se encuentra una de unos 30kDa que contiene un fragmento interno sin puntos de corte para las proteasas intestinales más importantes y caracterizado por tener un contenido en serina y treonina de, al menos un 50%. La información genética codificada en este fragmento, denominado péptido ST, ha sido utilizada para producir y purificar dicho péptido y así poder hacer distintos ensayos in vitro. En conjunto, el péptido ST estaría promoviendo el proceso de ignorancia inmunológica de nuestro sistema inmune gastrointestinal hacia las bacterias comensales de nuestro tracto gastrointestinal, favoreciéndose por tanto los mecanismos de la tolerancia oral. Por tanto el péptido ST podría ser utilizado en inmunoterapia, sobre todo en el marco de ciertas enfermedades autoinmunes y de ciertas enfermedades inflamatorias., Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España), Imperial College London (Gran Bretaña), A1 Solicitud de patente con informe sobre el estado de la técnica

Bacillus cereus CH is a probiotic strain used in human nutrition whose adhesion to mucin is dependent on its surface-associated flagellin. Flagellins from the surface of several probiotic Bacillus strains were efficiently extracted with 5M LiCl and identified by peptide fingerprinting. Based on the proteomic analysis, cloning of the gene coding for the flagellin of B. cereus CH was performed in the lactococcal vector pNZ8110 under the control of a nisin-inducible promoter. The resulting strain, Lactococcus lactis CH, produced a surface-associated flagellin after 6h of induction with nisin. The recombinant Lactococcus strain adhered strongly to mucin-coated polystyrene plates, whilst inhibiting competitively the adhesion of the pathogens Escherichia coli LMG2092 and Salmonella enterica ssp. enterica LMG15860 to the same molecule. Strain CH could be used in further experimentation for the characterization of the molecular mechanism of action of this probiotic B. cereus CH flagellin. © 2011 Federation of European Microbiological Societies. Published by Blackwell Publishing Ltd., Research in our group is supported by grant AGL2007-61805 from the Spanish Ministerio de Ciencia e Innovación.

Comunicación presentada en el 9th Symposium on lactic acid bacteria, celebrada en Egmond aan Zee (The Netherlands), del 31 de agosto al 4 de septiembre de 2008.

Background Some patients complain that eating lettuce, gives them gas and abdominal distention. Our aim was to determine to what extent the patients' assertion is sustained by evidence. Methods An in vitro study measured the amount of gas produced during the process of fermentation by a preparation of human colonic microbiota (n = 3) of predigested lettuce, as compared to beans, a high gas‐releasing substrate, to meat, a low gas‐releasing substrate, and to a nutrient‐free negative control. A clinical study in patients complaining of abdominal distention after eating lettuce (n = 12) measured the amount of intestinal gas and the morphometric configuration of the abdominal cavity in abdominal CT scans during an episode of lettuce‐induced distension as compared to basal conditions. Key Results Gas production by microbiota fermentation of lettuce in vitro was similar to that of meat (P = .44), lower than that of beans (by 78 ± 15%; P, In some patients lettuce produces abdominal distension, which is not related to gas, but rather to an uncontrolled reaction of the abdominal muscles and the diaphragm. Hence, learning to control the abdominal muscles may prevent distension with no need of dietary restrictions.

Trabajo presentado en la 13ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Madrid (España) del 17 al 18 de junio de 2019, El uso de probióticos o compuestos bacterianos se ha propuesto como un mecanismo para modular la respuesta inmune del hospedador y remodelar el microbioma humano. Sin embargo, actualmente existe una falta de información sobre las vías moleculares inducidas por las bacterias probióticas, o sobre la interacción entre los probióticos y el sistema inmunológico. Lactobacillus es un género del filo Firmicutes que incluye cepas probióticas y representativas de la microbiota gastrointestinal humana. Estudios independientes han demostrado las propiedades antiinflamatorias de diferentes cepas de Lactobacillus, aunque estamos lejos de comprender la interacción molecular subyacente. En este trabajo, demostramos que una administración diaria de 5e10 células viables de Lactobacillus acidophilus DSM 20079T (DSM20079) a lechones sanos produjo un aumento plasmático de la interleucina antinflamatoria IL10, disminuyendo, a su vez, la interleucina IL12 y la ratio proinflamatorio IL12 + TNF α / IL10. Además, las células mononucleares de sangre preriféricas (PBMCs) extraídas de estos lechones se volvieron menos reactivas contra el lipopolisacárido de Escherichia coli (LPS) y la fitohemaglutinina de Phaseolus vulgaris (PHA), cuando se ven afectadas por la cepa DSM20079. Se identificó la fracción proteica extracelular de DSM20079 como la responsable de esta modulación. El efecto tolerogénico ejercido por las proteínas extracelulares de esta cepa sugiere su uso potencial como coadyuvante para aplicaciones terapéuticas dirigidas a enfermedades inflamatorias crónicas., Este trabajo fue respaldado por el >Programa Estatal de Investigación, Desarrollo e Inovación Orientada a los Retos de la Sociedad> (AGL2016-78311- R); la Asociación Española Contra el Cáncer (>Obtención de péptidos bioactivos contra el Cáncer Colo-Rectal a partir de secuencias genéticas de microbiomas intestinales>, PS-2016).

This work presents a novel in silico approach to the prediction and characterisation of the glycolytic capacities of the beneficial intestinal bacterium Faecalibacterium prausnitzii. Available F. prausnitzii genomes were explored taking the glycolytic capacities of F. prausnitzii SL3/3 and F. prausnitzii L2-6 as reference. The comparison of the generated glycolytic profiles offered insights into the particular capabilities of F. prausnitzii SL3/3 and F. prausnitzii L2-6 as well as the potential of the rest of strains. Glycoside hydrolases were mostly detected in the pathways responsible for the starch and sucrose metabolism and the biosynthesis of secondary metabolites, but this analysis also identified some other potentially interesting, but still uncharacterised activities, such as several hexosyltransferases and some hydrolases. Gene neighbourhood maps offered additional understanding of the genes coding for relevant glycoside hydrolases. Although information about the carbohydrate preferences of F. prausnitzii is scarce, the in silico metabolic predictions were consistent with previous knowledge about the impact of fermentable sugars on the growth promotion and metabolism of F. prausnitzii. So, while the predictions still need to be validated using culturing methods, the approach holds the potential to be reproduced and scaled to accommodate the analysis of other strains (or even families and genus) as well as other metabolic activities. This will allow the exploration of novel methodologies to design or obtain targeted probiotics for F. prausnitzii and other strains of interest., This work was supported by the Spanish "Programa Estatal de Investigacion, Desarrollo e Innovacion Orientada a los Retos de la Sociedad" (Grant AGL2016-78311-R); and, the Asociacion Espanola Contra el Cancer (" Obtencion de peptidos bioactivos contra el Cancer Colo-Rectal a partir de secuencias geneticas de microbiomas intestinales," Grant PS-2016). This work was also supported by the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) under the scope of the strategic funding of UID/BIO/04469/2013 unit and COMPETE 2020 (POCI-01-0145-FEDER006684). This work was partially supported by the Conselleria de Educacion, Universidades e Formacion Profesional (Xunta de Galicia) under the scope of the strategic funding of ED431C2018/55-GRC Competitive Reference Group., info:eu-repo/semantics/publishedVersion