Search

Yemeklik tane baklagiller önemli protein kaynağı olmaları sebebiyle özellikle gelişmekte olan ülkeler için ayrıcalıklı yere sahiptirler. Baklagiller familyasından fasulyenin taneleri, zengin karbonhidrat ve protein içeriği ile verdikleri yüksek kalorinin yanı sıra, çok lezzetli olmaları sebebiyle dünyada ve ülkemizde yoğun olarak tüketilmektedir. Bakteriyel fasulye hastalıkları, hem düşük verime hem de ekonomik olmayan kimyasal tarım ilacı kullanımına sebep olmaktadır. Hastalıklarla mücadelede dirençli fasulye çeşitlerinin geliştirilmesi için markör destekli seleksiyonun (MAS) kullanıldığı ıslah çalışmaları alternatif bir yöntemdir. Bu çalışmada, Eskişehir Geçit Kuşağı Tarımsal Araştırma Enstitüsü (GKTAEM) melezleme çalışmalarındaki fasulyelerde (Phaseolus vulgaris L.), hale yanıklığı (Pseudomonas syringae pv. phaseolicola) ve adi yaprak yanıklığı (Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli) hastalıklarına karşı direnç gen profillerinin özgül moleküler markörler ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Melezleme yolu ile geliştirilen fasulye varyetelerine ait sırık ve bodur genotiplerini içeren yetmiş iki ileri çıkmış hat kullanılmıştır. Fasulye örneklerinden DNA izolasyonları ticari kit kullanılarak gerçekleştirilmiştir. PZR (polimeraz zincir reaksiyonu) çoğaltımları, hale yanıklığı (HY) hastalığına karşı dört adet ve adi yaprak yanıklığına (AYY) hastalığına karşı yedi adet SCAR (diziye karakterize çoğaltılmış bölge) markörü kullanılarak gerçekleştirilmiştir. PZR ürünleri, etidyum bromür içeren agaroz jel elektroforezinde yürütülmüş ve görüntülenmiştir. Direnç gen profil analizleri sonucunda 20-SBD-25, 20- SBarBD-12 ve 20-SD-10 fasulye hatları, diğerlerinden daha fazla gen içererek öne çıkmıştır. Çalışma sonucunda yetmiş iki fasulye hattının direnç gen profillerine ait veriler MAS kapsamında doğrudan kullanılabilir niteliktedir. Bu çalışma, ülkemizde fasulye bakteriyel hastalıklarına dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesine yönelik ıslah çalışmalarının ebeveyn seleksiyonuna katkı sağlayacaktır. Since legumes are an essential source of protein, they have a privileged place, especially in developing countries. Bean grains from the legumes family are consumed extensively in the world and in our country, due to their rich carbohydrate and protein content, as well as their high calories, as well as being deliciousness. Bacterial bean diseases cause both low yield and uneconomical use of chemical pesticides. Breeding studies using marker-assisted selection (MAS) is an alternative method for developing resistant bean varieties in the fight against diseases. In this study, it was aimed that determine of resistance gene profiles against halo blight (Pseudomonas syringae pv. phaseolicola) and common leaf blight (Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli) diseases in beans (Phaseolus vulgaris L.) in GKTAEM (Eskişehir Transitional Zone Agricultural Research Institute) crossbreeding studies, using specific molecular markers. Seventy-two advanced lines including pole and dwarf genotypes of bean varieties developed by crossbreeding were used. DNA isolations from bean samples were performed using a commercial kit. PZR (polymerase chain reaction) amplifications were performed using four SCAR (sequence characterized amplified region) markers against halo blight (HB: HY) and seven SCAR markers against common leaf blight (CLB: AYY). PZR products were run and visualized in agarose gel electrophoresis with ethidium bromide. Results of the resistance gene profile analysis showed that the 20-SBD-25, 20-SBarBD-12, and 20-SD-10 bean lines containing more genes than the others stood out. As a result of the study, the data of the resistance gene profiles of seventy-two bean lines can be used directly within the scope of MAS. This study will contribute to the parental selection of breeding studies for the development of bean bacterial diseases resistant varieties in our country. Bu yayın "E-62430653-903,99-5544600 proje numarası ile Eskişehir Geçit Kuşağı Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü" tarafından desteklenmiştir.

Ayçiçeği dünyada önemli bir yağlı tohum olarak bilinmekte ve ülkemizde de en çok tercih edilen yağ bitkisi olarak görülmektedir. Ancak ülke üretimi yeterli olmadığından bitkisel ihtiyacımızın yarısının ithalat yoluyla karşılanmaktadır. Üretimi kısıtlayan en büyük sebeplerden biri ise ayçiçeğinde %100’ lere varan verim kaybına sebep olan orobanş parazitidir. Ülkemizin birçok bölgesinde ekimi yapılan ayçiçeği bitkisinin ekim alanlarında görülen Orobanche cumana Wallr. paraziti, sürekli kendini yenileyerek yeni ırklar meydana getirmektedir. Bu durum araştırmacıları devamlı olarak yeni direnç genlerinin arayışına sokmuştur. Orobanşın yeni ırklarının gen kaynağı olan yabani gen kaynaklarının markır destekli seleksiyon (MAS) ile birlikte kullanılması yeni hibrit ayçiçeği gelişimi için en etkili ve verimli yöntemlerden biridir. Moleküler markırlar sayesinde dayanıklı ırklar kısa sürede belirlenerek hibrit çeşitleri elde etme süresi kısalmakta ve doğru, güvenilir sonuçlarla sürekli bir dayanıklılık sağlanarak yüksek oranda verimler elde etme imkanı ortaya çıkmaktadır. Yapılan bu tez çalışmasında Trakya bölgesindeki orobanş ırklarına dayanıklılık sağlayan genler hedef alınarak, bu dayanıklılık genlerinin seleksiyonunda kullanılan markırlar, literatür taramaları sonucu belirlenerek kullanılmıştır. Araştırmamızda kullanılan yabani ayçiçeği türleri, alttürleri ve aksesyonları ABD Ames, IA, da bulunan Kuzey Merkez Bölge İstasyonu’ndan alınmıştır. Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nden dayanıklı, hassas kontrol çeşitleri ve melez çeşitler temin edilmiştir. Yabani tür ve alttürlerden oluşan 65 genotipte ve melez çeşitler olan 33 genotipte orobanş parazitine dayanıklılık testleri yapılmıştır. Sonrasında moleküler markırlar yoluyla istenilen dayanıklılık genlerinin varlığı tespit edilmeye çalışılmıştır. ORS665 markırıyla yapılan çalışma sonucunda 281bp bantları çoğaltılmış olup morfolojik gözlem sonuçlarıyla kıyaslanmıştır. Hastalık testi kapsamında 67 bireyin dayanıklı olduğu gözlemlenmiş ve bunlardan 44 tanesinde 281bp büyüklüğünde fragment görüldüğünden; bu 44 bireyin Or4 dayanıklılık genini içerdiği öngörülmüştür. RGC172 markırıyla yapılan çalışmada 550bp ve 620bp bantları çoğaltılmış olup hastalık testi kapsamında 68 bireyin dayanıklı olduğu gözlemlenmiş ve bunlardan 45 tanesi 550bp büyüklüğündeki alleli açısından doğrular nitelikte sonuçlar verdiğinden bu 45 bireyin Or5 dayanıklılık geninin RGC172- 550bp allellerinin ilişkili olduğu düşünülmektedir. RGC172 markırının 620bp büyüklüğündeki DNA fragmenti ise 44 bireyde gözlemlenmiştir ve bu 44 bireyin Or5 dayanıklılık genini içerdiği düşünülmektedir. RGC181 markırıyla yapılan çalışmada 550bp ve 600bp bantları çoğaltılmış olup morfolojik gözlem sonuçlarıyla kıyaslanmıştır. Hastalık testi kapsamında morfolojik olarak 68 bireyin dayanıklı olduğu gözlemlenmiş ve bunlardan 38 tanesi RGC181 markırının her iki alleli açısından doğrular nitelikte sonuçlar verdiğinden bu 38 bireyin Or5 dayanıklılık genini içerdiği düşünülmektedir. ORS1036 markırıyla yapılan çalışmada 240bp bantları çoğaltılmış olup morfolojik gözlem sonuçlarıyla kıyaslanmıştır. Hastalık testi kapsamında 68 bireyin dayanıklı olduğu gözlemlenmiş ve bunlardan 41 tanesi 240bp büyüklüğündeki allel açısından doğrular nitelikte sonuçlar verdiğinden bu 41 bireyin Or6 dayanıklılık genini içerdiği düşünülmektedir. ORS1114 markırıyla yapılan çalışmada ise 265bp bantları çoğaltılmış ve morfolojik gözlem sonuçlarıyla kıyaslanmıştır. Hastalık testi kapsamında 67 bireyin dayanıklı olduğu gözlemlenmiş ve bunlardan 52 tanesi 265bp büyüklüğündeki allel açısından doğrular nitelikte sonuçlar verdiğinden bu 67 bireyin Or6 dayanıklılık genini içerdiği öngörülmüştür. ORS683 markırıyla yapılan çalışmada ise herhangi bir ayırt edici fragment oluşumu gözlenmemiştir. Sunflowers are recognized as a significant source of oil globally and are the most favored oil crop in our country. However, since the country's production is not sufficient, half of our vegetable needs are met through imports. One of the biggest reasons limiting production is the broomrape parasite, which causes yield loss up to 100% in sunflower. Orobanche cumana Wallr. parasite creates new races by constantly renewing itself. As a result, researchers are continuously searching for new resistance genes. The use of wild gene sources, which are the gene sources of new strains of broomrape, together with marker assisted selection (MAS) is one of the most effective and efficient methods for the development of new hybrid sunflowers. Thanks to molecular markers, resistant breeds are determined in a short time, the time to obtain hybrid varieties is shortened, and it is possible to obtain high yields by providing continuous resistance with accurate and reliable results. In this thesis study, by targeting the genes that provide resistance to the orobanche breeds in the Thrace region, the markers used in the selection of these resistance genes were determined as a result of the literature review. The wild sunflower species, subspecies, and varieties used in our study were obtained from the North Central Regional Station in Ames, IA, USA. Resistant, sensitive control varieties and hybrid varieties were obtained from Trakya Agricultural Research Institute. Resilience tests were performed on 65 genotypes consisting of wild species and subspecies and 33 genotypes, which are hybrid varieties. Afterwards, the presence of desired resistance genes was tried to be determined by molecular markers. As a result of the study with the ORS665 marker, the 281bp bands were amplified and compared with the morphological observation results. Within the scope of the disease test, it was observed that 67 individuals were resistant and 44 of them had 281bp fragments; these 44 individuals were predicted to contain the Or4 endurance gene. In the study conducted with the RGC172 marker, the 550bp and 620bp bands were amplified, and 68 individuals were observed to be resistant within the scope of the disease test, and 45 of them gave conclusive results in terms of the 550bp allele, so it is thought that the RGC172-550bp alleles of the Or5 resistance gene of these 45 individuals are related. The 620bp DNA fragment of the RGC172 marker was observed in 44 individuals and these 44 individuals are thought to contain the Or5 resistance gene. In the study with the RGC181 marker, the 550bp and 600bp bands were amplified and compared with the morphological observation results. Within the scope of the disease test, it was observed that 68 individuals were morphologically resistant, and 38 of them were considered to contain the Or5 resistance gene, since they gave conclusive results in terms of both alleles of the RGC181 marker. In the study with the ORS1036 marker, 240bp bands were amplified and compared with the morphological observation results. Within the scope of the disease test, 68 individuals were observed to be resistant, and since 41 of them gave confirmatory results in terms of the 240bp allele, these 41 individuals are thought to contain the Or6 resistance gene. In the study with the ORS1114 marker, 265bp bands were amplified and compared with the morphological observation results. Within the scope of the disease test, 67 individuals were observed to be resistant, and since 52 of them gave conclusive results in terms of the 265bp allele, it was predicted that these 67 individuals contained the Or6 resistance gene. No significant fragment formation was observed in the study with the ORS683 marker.

Ayçiçeği (Helianthus annuus), Compositae ( Asteraceae) familyasına ait tek yıllık bir yağ bitkisidir. Ayçiçeği dünyada yenebilir bitkisel yağ bakımından 4. sırada yer almakta olup, dünyadaki ayçiçeği ekim alanlarının yaklaşık 60% ı Karadeniz bölgesi ülkelerinde bulunmaktadır.. Ayçeğini ülkemizde önemli kılan kısım ise ülkemizin birçok bölgesinde yetiştirilebilir olmasıdır. Ürettiğimiz bitkisel yağ artan nüfusa yetmemekte ve zaten olan yağ açığımız yıldan yıla artmaktadır. Bu yağ açığı verim artışına alternatif olarak yağ kalitesi iyileştirme çalışmalarıyla azaltılabilir. Oleik asit içerikli ayçiçeği yağı üreterek özellikle kızartma sanainde yağ tüketimini azaltmak mümkündür. Yüksek oleik asit içeren çeşitler geliştirmek için klasik yöntemlerle yapılan ıslah hem zor hemde biyotik ve abiyotik stres koşullarından etkilendiği için doğruluk derecesi düşük olmaktadır. Ancak yüksek oleik asit içerikli bitki ıslahında biyoteknolojik yöntemler ile moleküler markır destekli seleksiyon (MAS) kullanılarak daha hızlı ve daha tutarlı sonuçlar elde etmek mümkündür. MAS yöntemi iş gücünü azaltma, daha hassas ve güvenilir sonuçlar elde etme gibi birçok avantaj sunmaktadır. Bu çalışmada F3 kademesindeki 40 birey ve genetik çeşitliliğe olan seçiciliğini ölçmek için 55 adet yüksek oleik, orta oleik ve linoleik patentli çeşitler oleik asit ile bağlantılı olduğu saptanan FAD2 gen bölgesinden 3 SSR ve 6 İNDEL markırı olmak üzere toplamda 9 markır ile tarama yapılmıştır. Markırların seleksiyon etkinliğini saptamak için tüm örneklerin yağ asitleri bakımından analizi Gas Kromotografi (GC) cihazında yapılarak karşılaştırılmıştır. Bu çalışmalar sonucunda 4 yüksek oleik asit karakterini selekte edebilen 4 markır tespit edilmiştir Sunflower (Helianthus annuus), is an oil crop plant belonging to family of Compositae (Asteraceae) and is the fourth in the world in terms of edible oil. Main sunflower planted areas in the world existing in Black Sea regional countries which has over 60% of world sunflower planted areas and production. Sunflower is growing almost all parts of Turkey due to higher adaptation capability. The amount of vegetable oil produced in Turkey is not enough for our domestic consumption and this existing deficit is increasing year by year. Improving the oil quality is one of alternative options for reducing this oil deficit because higher sunflower oleic type oils which has higher burning point could exist in the domestic market. The selection utilizing with classical breeding methods to develop varieties containing high oleic acid is both hard and low in precision level because it is affected more by biotic and abiotic stress. However, it is possible to obtain faster and more consistent results in plant breeding containing high oleic acid by using biotechnological methods and selections supported by molecular marker (MAS). This biotechnological methods has many advantages including reducing the workers and obtainining more precise results. In this study, the screening has been performed for 9 markers total which are 3 SSR and 6 INDEL markers from the FAD2 gene section that were detected to be related to high oleic acid. All the samples has been compared with analysis in terms of oil acids in gas chromatography device in order to detect if the markers have done the selection correctly or not. As a result of this study, 4 markers which can select the characteristic of high oleic acid were found.

Aspir (Carthamus tinctorius L.), Compositae (Asteraceae) familyasına ait tek yıllık bir yağ bitkisi olup kuraklığa dayanıklılığı ile dikkat çekmektedir. Sap, yaprak, tohum ve çiçekleri farklı amaçlarla kullanılan önemli bir endüstri bitkisidir. Dünyada oleik tipteki yağlar kızartmaya uygunluğu ile ön plana çıkarak tüketiciler tarafından tercih edilmektedir.Aspirde oleik asit önemli bir karakter olmasına rağmen ülkemizde sadece hasat sonrasında taneden belirlenmekte, bu durum da ıslah çalışmalarının bir yıl sonra yürütülmesine ve gecikmesine neden olmaktadır. Yüksek oleik asit özelliği yapılacak seleksiyonda bitkiler çiçeklenmeden ve döllenme gerçekleşmeden belirlenemediğinden bu durum ıslah çalışmalarını yavaşlatma ve maliyetleri arttırmaktadır.Çeşit geliştirme çalışmalarında biyoteknolojik yöntemlerden yararlananılarak özellikle de marköre dayalı seleksiyon kullanılarak daha hızlı ve güvenli bir sonuca ulaşılabilmektedir. Bu çalışmada; yüksek ve düşük oleik yağ asidi içeren aspir genotiplerini birbirinden ayırt edebilecek moleküler markör belirlenmesine çalışılmıştır. Çalışmada yüksek ve düşük oleik yağ asidi içeren iki aspir hattı melezlenmiş veF2 jenerasyonunda işaretlenen bitkilerin yaprak dokularından DNA izolasyonu yapılmıştır. Literatürde, aspirde yağ içeriğini kontrol eden FAD2 ve Ol genleri ile bağlantılı olarak haritalanmış SCAR markörleri seçilerek bu markörlerle tarama yapılmıştır. Seçilen ebeveyn çeşitler ve F2 bitkilerinin yağ içeriği ile moleküler markörlerden elde edilen bant profilleri eşleştirilerek değerlendirilmiş ve ıslahta seleksiyon amaçlı kullanılabilecek bir markör belirlenmeye çalışılmıştır. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda IASCA 73 SCAR markörü, bireyler arasında seçicilik gösteren kodominant özellikte bir markör olarak belirlenmiş ancak yağ içeriği ile bağlantı göstermemiştir. Markörün seçiciliğinin aynı bölgede bulunan erkek kısırlığından sorumlu gen (Ms) ile bağlantılı olabileceği öngörülmektedir. abstract The safflower (Carthamus tinctorius L.) which belongs to Compositae family is an annual oil plant which is noted for its drought resistance.The stems, leaves, flowers and seeds of the safflower have been used in different areas.Oleic types of oils has a higher smoke points. For that reason, types of oleic oils (Omega-9) are prefered by consumers for healthy frying oil around the world. High oleic safflower oil can be developed classical plant breeding studies, but this process involves a long period of time. Biotechnological methods especially marker assisted selection (MAS) could be used fast and efficiently in the development of new varieties. In this study; it’s aimed to determined molecular markers which are detect high and low oleic safflower genotypes.High and low oleic type two safflower lines hybridized and DNA was isolated from leaves of their selected F2offspring seedlings. In the literature, SCAR markers linked to FAD2 and Ol genes which controls safflower oil contents were selected for this study and plant materials were scanned by these markers.Results of the oil content analysis and SCAR marker bant profiles of the parents and theirF2 individuals were matched and evaluated for detection of the selective markers that can be used for breeding. Theobtained results from our studies show that IASCA 73 SCAR markers was codominant selective marker between genotypes however it was not related to oil traits. It is expected that the selectivity of the markers can berelated to male sterility gene (Ms) in the same loci.

MAS'ın geliştirilmesi ve arpa ıslahında uygulanması geri melezleme ve pedigri ıslah yöntemlerindeki etkinliğini artırmada büyük yarar sağlamaktadır. Dahası, basit ve karmaşık bir çok özelliklerin genetik kontrollerindeki bilgilerimizi geliştirmektedir. Bu bilgi birikimi, gelecekte arpa ıslahını kolaylaştırmak için gerekli olan daha özenle planlanan melezleme ve seçim stratejilerine dönüştürülmelidir., Molecular marker assisted selection (MAS) was first discussed at the 6th IBGS in 1991 when RFLP markers were readily accessible. At the 7th IBGS in Saskatoon in 1996, there were six invited papers and 35 contributed papers dealing with mapping and markers. Marker development had reached the point where a large number of traits were potentially amenable to MAS, namely, 1. 30 major genes for resistance to 11 diseases plus 20 QTLfor 6 diseases (Graner et al, 1996)2. 84 genomic locations for 11 quality traits (Henry et al., 1996)3. 3 major genes for disease and pest resistance (Langridge et al., 1996) Just as significantly, authors discussed some of the key opportunities and limitations of this technology. Powell et al. (1996) showed the potential for reducing the number of backcrosses by using random genomic markers to select individuals with a lower percentage of donor parent alleles than predicted from expected segregation ratios. Hayes et al. (1997) guestioned the transferability of QTL derived in one cross to wider breeding populations. However, they reported initial promising results of attempts to use MAS based on QTL identifıed in the original Steptoe*Morex mapping population to select superior recombinants from intercrosses among progeny. So what has changed since 1996? Due to the growing gap (in phenotypic performance) between elite cultivars and the ancestral genepool (Rasmusson and Phillips, 1997), there exists an urgent need to develop new strategies for the introgression of novel alleles from exotic donors in to barley breeders' current germplasm. The advanced backcross QTL analysis espoused by Tanksley and Nelson (1996) stimulated interest in this area of research. Some authors, such as Young (1999), have guestioned the impact of MAS on practical breeding outcomes. He claims few, if any, of the 400 papers he surveyed (published between 1995 and 1999) describing the use of MAS actually led to new commercial cultivars. Young presents a challenge to those involved in barley genetics and breeding, to demonstrate MAS is a useful tool in practical plant improvement. in this paper, progress with MAS since 1996 is reviewed by comparing published reports, both theoretical and applied, with experience in MAS in two breeding programs in southern Australia.

Wheat is a basic nutrition and is the most widely grown crop in the world and Turkey. Since further expansion of cultivated area is not possible, the most efficient way of supplying necessary nutrition for increasing population is to increase yield per area. Increases in wheat yield can be achieved through improvement of varieties which are resistant to disease and insect pests, which have stability across different environments. Selections toward specific purposes during long breeding programs and use of common parents in crosses made the genetic base of cultivated wheat narrow and made it difficult to develop new varieties through classical plant breeding. Marker assisted selection (MAS) is a alternative and helpful method to solve problems of classical plant breeding. Marker assisted selection facilitates transfer of traits are agronomically important and controlled by one or more gene/locus. This technique is a rapid, efficient, reliable and economical selection method and is complement of classical breeding., Temel besin maddesi olan bugday, Dünya’da ve Türkiye’de en fazla yetistirilen kültür bitkisidir. Ekim alanlarını daha fazla genisletmenin mümkün olmadıgı günümüzde, artan nüfusun besin ihtiyacını karsılamanın en etkili yolu, birim alan verimini artırmaktır. Bugdayda verimdeki artıs ancak hastalık ve zararlılara dayanıklı, stabilitesi yüksek ve her yörenin kendi ekolojik kosullarına uygun çesitlerin gelistirilmesi ile saglanabilir. Uzun yıllar süren seleksiyonlarla genlerin belirli yönde seçilmesi ve melezlemelerde ortak anaçların kullanılması bugdayda genetik varyasyonu daraltmıs ve istenen özellikleri tasıyan çesitlerin klasik bitki ıslahıyla gelistirilmesini zorlastırmıstır. Markör destekli seleksiyon (MAS) klasik bitki ıslahında karsılasılan sorunları çözmek için kullanılan alternatif ve yardımcı bir tekniktir. Markör destekli seleksiyon agronomik olarak önem arz eden ve birden fazla gen veya lokus tarafından kontrol edilen karakterlerin hızlı bir sekilde aktarılmasını saglamaktadır. Bu teknik klasik ıslahı tamamlayıcı, oldukça hızlı, etkin, dogru ve ekonomik bir seleksiyon yöntemidir.