Search

Avrupa sanatında romantizm akımının ortaya çıkması İngiliz edebiyatı ile ilişkilidir. XVIII. yüzyılın sonunda İngiliz romantiklerinin hüzünlü ruh halleri, diğer Avrupa ülkelerinin güzel sanatları içinde bu eğilimin ortaya çıkması için gerekli koşulları yaratmıştır. Avrupa'da kurtuluş mücadelesinin ruhuyla romantik düşüncelerin bir nevi tetikleycisi Büyük Fransız burjuva devrimi olmuştur. Bu tür düşünceler Rusya'daki toplum hareketleri üzerinde de etki yaratmıştır. XIX. yüzyılın başında Fransa'nın Rusya üzerindeki etkisi büyük olmakla beraber daha sonra giderek azalmaktadır. Bunun nedeni, Rusya'nın siyasi durumunun özelliği ile belirlendiği romantizm gelişiminde başka yolun seçilmesidir. Rus romantik peyzajın başlangı çevresi karmaşıktır. XIX yüzyılın ilk on senesinde portre ressamları kendi eserlerinde romantik çizgileri geliştirmekle birlikte peyzajı çizdikleri portrelerde arka fon olarak kullanmışlardır. Daha sonra peyzaj romantik dönemin en seçkin tarzı olma niteliği kazanmıştır. XIX. yüzyıl boyunca Rus romantik peyzajı, fikirlerin ve girişimlerin sürekliliğinden etkilenerek dönüştürülmüş ve devam edilmiştir. Bu şekilde dönüm noktalarının keskinliği göze çarpmadan önceki dönemlerden edinilen geleneklerden tamamıyla kopmadan gelişmiştir. Rus romantizmin ilk dönemi 1825 yılında sona ermiştir. Lirik romantizmin ilk safhası ile klasisizmin aynı zaman dilimine denk gelmesi, iki akımın Rusya'da ortak bir toplumsal ve politik temelde birleştiğini göstermiştir. XIX. yüzyılın ikinci yarısında geç romantizm okulu şekillenmiştir. Eleştirel realizmin hakim olduğu dönemde romantik bakış açısı sanatsal hayatın önemli parçasını oluşturmuştur., The emergence of romanticism in Europe is related to English literature.At the end of the XVIII. century, the sad moods of English romantics created the conditions for this tendency to emerge in the fine arts of other European countries. In Europe, with the spirit of the liberation struggle, a kind of trigger of romantic thoughts has become the Great French bourgeois revolution. Such philosophers have also had an impact on the social movements in Russia. At the beginning of the XIX. century, the influence of France over Russia is gradually decreasing with the greatness. The reason for this is the selection of another way in the development of romance, which is characterized by the character of Russia's political situation.The periphery of the beginning of the Russian romantic landscape is complicated. In the first decade of the XIX century, portrait painters used romantic lines in their works as backdrops in portraits they were drawing landscapes. Later, the landscape has won the status of being the most exclusive style of the romantic period.Throughout the century, the Russian romantic landscape has been transformed and influenced by the continuity of ideas and initiatives. In this way, the sharpness of the turning points has developed completely unbroken from the traditions of the previous periods. The Russian romantic landscape has become intertwined with the political life, especially during the transition periods. In the first wave until 1825, the landscape works seem to be calm and peaceful. The suppression of the Dekabrist Riot has been responded to publicly, which has dragged painters into new quests and experiences.The first period of Russian romantism ended in 1825. At the same time XIX. It was a period of continuous crisis in the late century classicism. The coincidence of the first phase of lyrical romantism with the same period of classical crisis has shown that the two movements combine in a common social and political basis in the life of Russia In the period when critical realism dominated, the romantic point of view constituted an important part of artistic life.

Hiperimmünglobülin D sendromu mevolinat kinaz genindeki mutasyonların neden olduğu otozomal resesif geçişli nadir görülen otoinflamatuvar bir hastalıktır. Hastalık klinik olarak infantil dönemde tekrarlayan ateş atakları ile karakterizedir. Ateşe tipik olarak karın ağrısı, kusma, ishal ve servikal lenfadenopati bazen de deri ve eklem semptomları eşlik eder. Bu olgu sunumunda 12 aylıktan itibaren tekrarlayan ateş, halsizlik, aftöz ülserler, servikal lenfadenopati, alt ekstremitelerde maküler döküntüler, şiddetli kas ağrıları, karın ağrısı ve hepatosplenomegalinin eşlik ettiği ataklar ile prezente olan 6 yaşında bir erkek hasta sunulmuştur. Hastanın atakları sırasında eritrosit sedimentasyon hızı, C-reaktif protein ve fibrinojen düzeyleri yüksek seyrediyordu. Serum IgD düzeyi ise hem atak sırasında hem de atak dışında yüksek seyrediyordu. Mevalonat kinaz gen analizinde heterozigot Ser52Asn mutasyonu saptandı. Literatürde bu mutasyonun klinik bulgu göstermediği bildirilmektedir. Profilaktik kolşisin ve intravenöz immünglobülin tedavisine yanıt vermeyen hastamız, aynı zamanda ataklar sırasında kullanılan non-steroid antiinflamatuvar ilaçlar ve kortikosteroid tedavisinden de fayda görmedi. Hastanın ateş atakları anti interlökin-1 tedavisinden sonra azaldı., Hyperimmunoglobulinemia D syndrome is a rare, autosomal recessively inherited autoinflammatory disease caused by mutations in the mevalonate kinase gene. The disease is characterized by clinically recurrent episodes of fever in the infantile period. The fever is typically accompanied by abdominal pain, vomiting, diarrhea and cervical lymphadenopathy, and sometimes by skin and joint symptoms. In this case report, a 6-year-old male patient who was presented with a history of attacks of recurrent fever, malaise, aphthous ulcers, cervical lymphadenopathy, macular rash in the lower extremity, severe muscle pain, abdominal pain and hepatosplenomegaly since the age of 12 months is presented. During the attacks, the erythrocyte sedimentation rate, C-reactive protein and fibrinogen levels of the patient were elevated. The serum IgD level was high both during and outside the attack. Mevalonate kinase gene analysis revealed the heterozygote Ser52Asn mutation. In the literature, it is reported that this mutation does not show clinical signs. The patient did not respond to prophylactic colchicine and intravenous immunoglobulin treatment, and also to non-steroidal anti-inflammatory drugs and corticosteroids during the attacks. The patient's fever attacks decreased with anti-interleukin-1 treatment.

WOS: 000410858600008, Hyperimmunoglobulinemia D syndrome is a rare, autosomal recessively inherited autoinflammatory disease caused by mutations in the mevalonate kinase gene. The disease is characterized by clinically recurrent episodes of fever in the infantile period. The fever is typically accompanied by abdominal pain, vomiting, diarrhea and cervical lymphadenopathy, and sometimes by skin and joint symptoms. In this case report, a 6-year-old male patient who was presented with a history of attacks of recurrent fever, malaise, aphthous ulcers, cervical lymphadenopathy, macular rash in the lower extremity, severe muscle pain, abdominal pain and hepatosplenomegaly since the age of 12 months is presented. During the attacks, the erythrocyte sedimentation rate, C-reactive protein and fibrinogen levels of the patient were elevated. The serum IgD level was high both during and outside the attack. Mevalonate kinase gene analysis revealed the heterozygote Ser52Asn mutation. In the literature, it is reported that this mutation does not show clinical signs. The patient did not respond to prophylactic colchicine and intravenous immunoglobulin treatment, and also to non-steroidal anti-inflammatory drugs and corticosteroids during the attacks. The patient's fever attacks decreased with anti-interleukin-1 treatment.

WOS: 000392950600010, Laron Syndrome is defined as primary growth hormone resistance or insensitivity. Our aim is to discuss the clinical, laboratory findings and growth hormone receptor gene mutation analysis of the Laron Syndrome cases. 5 patients'(two girls, 3 boys) pretreatment height standard deviation score (SDS), annual growth rates, growth hormone, and IGF-1, IGFBP3 levels, age at initial treatment age, and also the height SDS, and annual growth rates, at first, second, and third years of the treatment, the doses of the targeted drugs which can be used were evaluated to find the effectiveness of the treatment. Growth hormone receptor gene mutations were evaluated. The mean age was 3.0+/-2.7 years, height SDS was -5.06+/-0.7 and target height SDS was -0.72+/-0.95. Pretreatment annual growth rate was 3.5+/-1.7 cm (1.8-6.0). Baseline growth hormone levels were over 40 pg/ml in all patients. Mean baseline IGF, mean IGF response to IGF generation test values were 9.7+/-9.9 ng/ml, and 10.7+/-9.8 ng/ml, respectively. Due to the difficulties to get the recombinant IGF treatmen, we could start the therapy at the mean age of 4.06+/-2.6 years. Usually the doses of the drugs used per year were under the targeted doses for the patients. The average annual growth rates were 3.73 cm/year, 4,24 cm/year, 3,55 cm/year, at 1st, second and third years, respectivelly. Growth hormone receptor gene analysis revealed homozygote missense c. 1630 A>C(p. I544L) mutation in one patient and; c. 1419 C>T(p. S473S) polymorphism in two siblings and c. 1681 C>A(p. P561T) homozygous mutation in one patient, c. 629 T>G(p. V210G) ve c. 1567 A>C(p. I526L) compound heterozygous mutation in one patient. As a result, it has been demonstrated that cases with Laron syndrome patients do not give adequate clinical response to recombinant IGF treatment.

Laron sendromu, primer büyüme hormon direnci veya duyarsızlığı olarak tanımlanan bir hastalıktır. Bu çalışmada kliniğimizde izlenen Laron sendromu tanılı olguların klinik, laboratuvar ve "Büyüme Hormon Reseptor" gen mutasyonlarının değerlendirilmesi amaçlandı. Beş (2 kız, 3 erkek) olgunun, tedavi öncesi boy SDS, yıllık büyüme hızları, büyüme hormonu, IGF-1, IGF-BP3 düzeyleri, tedavi başlama yaşı, tedavini etkinliğini belirlemek amacıyla tedavinin birinci, ikinci ve üçüncü yıllarında boy SDS ve yıllık büyüme hızı ölçümleri, hedeflenen ve kullanılabilen ilaç dozları (mg/kg/yıl) değerlendirildi. "Büyüme Hormon Reseptor" gen mutasyonları çalışıldı. Tanıda ortalama yaş 3,0±2,7 yıl, boy SDS -5,06±0,7, hedef boy SDS -0,72±0,95, tedavi öncesi yıllık büyüme hızı 3,5±1,7 cm idi. Laboratuvar incelemelerinde bazal büyüme hormonu tüm hastalarda 40 pg/ml üzerinde, bazal IGF-1 düzeyleri 9,7±9,9 ng/ml, IGF jenerasyon testine ortalama IGF yanıtı 10,7±9,8 ng/ml saptandı. İlaç temininde oluşan aksaklıklar nedeni ile rekombinant IGF-1 tedavisine başlama yaşı 4,06±2,6 idi. Yıllık uygulanan ilaç miktarlarının genel olarak hedeflenen düzeyin altında kaldığı saptandı. Olguların ortalama yıllık büyüme hızı tedavinin 1. yılında; 3,73 cm/yıl, 2. yılında 4,24 cm/yıl, 3. yılında 3,55 cm/yıl olarak bulundu. Olguların birinde "Büyüme Hormon Reseptor" geninde homozigot missense c.1630 A>C (p.I544L) mutasyon ve iki kardeşte c.1419 C>T (p.S473S) polimorfizmi, 1 olguda c.1681 C>A (p.P561T) homozigot mutasyonu, 1 olguda c.629 T>G (p.V210G) ve c.1567 A>C (p.I526L) bileşik heterozigot mutasyonu saptandı. Sonuç olarak, Laron sendrom'lu bu olgularda rekombinant IGF-1 tedavisine yeterli klinik yanıt olmadığı gösterildi., Laron Syndrome is defined as primary growth hormone resistance or insensitivity. Our aim is to discuss the clinical,laboratory findings and growth hormone receptor gene mutation analysis of the Laron Syndrome cases.5 patients'(two girls, 3 boys) pretreatment height standard deviation score (SDS), annual growth rates, growth hormone, and IGF-1, IGFBP3 levels , age at initial treatment age, and also the height SDS, and annual growth rates, at first, second, and third years of the treatment, the doses of the targeted drugs which can be used were evaluated to find the effectiveness of the treatment.Growth hormone receptor gene mutations were evaluated. The mean age was 3.0±2.7 years, height SDS was -5.06±0.7 and target height SDS was -0.72±0.95. Pretreatment annual growth rate was 3.5±1.7 cm (1.8-6.0). Baseline growth hormone levels were over 40 pg/ml in all patients. Mean baseline IGF, mean IGF response to IGF generation test values were 9.7±9.9 ng/ml, and 10.7±9.8 ng/ml, respectively. Due to the difficulties to get the recombinant IGF treatmen, we could start the therapy at the mean age of 4.06±2.6 years. Usually the doses of the drugs used per year were under the targeted doses for the patients. The average annual growth rates were 3.73 cm/year, 4,24 cm/year, 3,55 cm/year, at 1st, second and third years, respectivelly. Growth hormone receptor gene analysis revealed homozygote missense c.1630 A>C(p.I544L) mutation in one patient and; c.1419 C>T(p.S473S) polymorphism in two siblings and c.1681 C>A(p.P561T) homozygous mutation in one patient, c.629 T>G(p.V210G) ve c.1567 A>C(p.I526L) compound heterozygous mutation in one patient. As a result, it has been demonstrated that cases with Laron syndrome patients do not give adequate clinical response to recombinant IGF treatment.

Sleep apnea syndrome is associated with increased prevalence of diabetes and has recently shown to be associated with insulin resistance. The aim of the present study was to investigate the relationships between insulin resistance, insulin receptor substrate-1 (IRS-1), insulin receptor substrate-2 (IRS-2) gene polymorphisms and obstructive sleep apnea syndrome (OSAS). The study population consisted of 56 consecutive patients with OSAS and 26 subjects without OSAS were enrolled in the study. Genotyping of IRS-1 and IRS-2 were amplified by polymerase chain reaction (PCR). Insulin resistance was estimated using the homeostasis model assessment (HOMA). In OSAS patients, 2 (3.6%) had G972R gene polymorphism and 54 (96.4%) had no nucleotide substitution in IRS-1 gene whereas in the control group, there was no nucleotide substitution in IRS-1 gene (p>0.05). Besides, 47 OSAS patients (84.0%) had no nucleotide substitution, 3 (5.3%) had G1057D heterozygous, 1 (1.8%) had P1033P heterozygous, 3 (5.3%) had P1033P homozygous and 2 (3.6%) had P1033P heterozygous/G1057D heterozygous polymorphisms in IRS-2 gene. In the control subjects, 21 (80.8%) had no nucleotide substitution, 3 (11.5%) had P1033P homozygous and 2 (7.7%) had P1033P heterozygous polymorphisms in IRS-2 gene (p>0.05). There was no significant difference between two groups in terms of fasting glucose and HOMA-IR. It was observed that IRS-1 and IRS-2 gene polymorphisms didnt increase risk for OSAS. Besides, there was no association between IRS-1 and IRS-2 polymorphisms and HOMA in OSAS. [Med-Science 2013; 2(4.000): 830-41]

To determine the relationship between androgen receptor (AR) gene polymorphism and prostate cancer in our society. Materials and methods: Thirty-nine patients diagnosed with prostate cancer and 34 benign prostatic hyperplasia (BPH) patients who were diagnosed in 2010 met the study criteria. The inclusion criteria included patients whose diagnosis was confirmed with a biopsy, with the presence of adequate pathologic material for review, between the ages of 40 and 80, and who were healthy men without a family history of prostate cancer. The exclusion criteria excluded men diagnosed with another cancer and those who had kin with a history of prostate cancer. A direct DNA sequencing method was utilized for detection of polymorphisms. Results: CAG repeat length varied from 13 to 28 (mean: 21.67) for the BPH group and 12 to 28 (mean: 21.74) for the prostate cancer group. Prostate-specific antigen (PSA) density and the androgen receptor (AR) CAG repeat had a statistically significant negative correlation in the BPH group. A statistically significant difference was associated between AR CAG repeat and PSA density. Conclusion: Randomized prospective studies should be planned with larger patient and control groups and with more variables, which may open new horizons in prostate cancer screening and early detection.

Plöritik göğüs ağrısı, plevral sıvı ve ateş, ailesel Akdeniz ateşi (AAA) olan hastaların sadece %5-10’unda görülmektedir. Bu çalışmada, sadece plöritik göğüs ağrısı ve ateşle başvuran ve AAA tanısı genetik analizle konulan altı hastanın sonuçları sunulmuştur. Başvuru anında, rutin laboratuvar ve mikrobiyolojik değerlendirmeler süresince, altı hastada infeksiyon ihtimali nedeniyle antibiyotik tedavisi verildi. Diğer tanısal testlerle etyolojinin saptanamaması ve konvansiyonel tedaviye yanıt alınamaması nedeniyle genetik analiz yapıldı. Genomik DNA’dan direkt DNA sekans yöntemiyle MEFV geni mutasyon analizi yapıldı. Hastaların yarısı erkekti. Beşi 50 yaşın üzerinde, biri 33 yaşındaydı. Hastaların tümünde tipik karın ağ- rısı olmaksızın ateş ve plöritik göğüs ağrısı vardı. Sedimentasyon ve C-reaktif protein düzeyleri yüksekti. Üç hastada perikardiyal sıvı tespit edildi. Genetik analizle MEFV geni üzerinde R202Q/R202R, E148V/E148E, R314R, E474E, Q476Q, D510D, E148Q/E148E heterozigot polimorfizm ve M694V/M694V mutasyonları tespit edildi. Beş hastada kolşisin tedavisiyle düzelme sağlandı. Bir hastada kolşisine yanıt alınamaması ve klinik tablonun ağır seyretmesi nedeniyle steroid tedavi başlandı. Steroid tedaviyle hızlı düzelme sağlanan hastada tedavi kesildikten sonra tekrarlayan atakta başlanan kolşisin tedavisine yanıt alındı. Etyolojisi belirlenemeyen plöritik göğüs ağrısı ve ateşle başvuran özellikle hastalığın sık görüldüğü etnik kökene sahip kişilerde genetik analiz, AAA tanısını koymada yardımcıdır. Bu, hastaların zaman kaybı olmaksızın spesifik tedavi almalarına yardımcı olacaktır. Böylece erken tanı ve tedavi sekonder amiloidoz gelişmesini ve hastalığın ilerlemesini önleyecektir., Painful pleural effusion and fever are the only presenting clinical features in 5-10% of patients with familial Mediterranean fever (FMF). We report the results of genetic analysis that have confirmed the diagnosis of FMF in six patients who presented with fever and pleuritic pain alone. At time of presentation, all six patients received antibiotic treatment for suspected infectious etiology following routine laboratory and microbiologic evaluation. Gene analysis was performed when other diagnostic studies had failed to uncover the etiology and patients did not respond to conventional treatment. Mutation analysis for MEFV gene performed from genomic DNA by the direct DNA sequence method. Half of the patients were male. Five were older than 50, one was 33 years old. All of the patients had fever and pleuritic pain; none had the typical abdominal symptoms. Erythrocyte sedimentation rates and C-reactive protein levels were high. Pericardial effusion was discovered in three patients. Genetic analysis confirmed; R202Q/R202R, E148V/E148E, R314R, E474E, Q476Q, D510D, E148Q/E148E heterozygote polymorphisms with and M694V/M694V mutations were determined on the MEFV gene. in five patients an improvement has been observed with colchicine therapy. in one patient steroid treatment was needed because of no response to colchicine and clinical deterioration. Rapid improvement was observed in this case with steroid therapy. But after cessation of steroid therapy new flare developed that responded to new colchicine therapy. in patients who present with pleuritic chest pain and fever without an identifiable etiology, genetic analysis help making the diagnosis of FMF, especially in certain ethnic populations where FMF is relevant. This should help patients receive specific treatment without unnecessary delay. Thus, by making early diagnosis and timely delivery of treatment, disease progression is delayed and development of secondary amyloidosis avoided.

PubMed ID: 20929695, Objective: Clinical studies have indicated that an excessive response of blood pressure (BP) to exercise predicts risk of cardiovascular mortality. Although the mechanism responsible for the excessive BP response to exercise has not been revealed, there are some plausible mechanisms linking with underlying structural abnormalities in the cardiovascular system. Carriers of the Trp460 allele of the ?-adducin Gly460Trp polymorphism have an increased risk of hypertension. The aim of the present study was to examine the influence of ?-adducin gene polymorphism on response of BP to exercise in patients with hypertension. Methods: The cross-sectional observational study consisted of 49 hypertensive patients (29 women and 20 men; mean age, 53.1±8.8 years). All participants underwent a multistage exercise treadmill test according to the Bruce protocol. Arterial BPs were compared at rest, peak exercise and end of the recovery phase. Patients were classified according to their ?-adducin gene polymorphisms; Gly460Gly homozygotes - Group 1 (n=28) and Trp460Trp homozygotes and Gly460Trp heterozygotes - Group 2 (n=21). Statistical analysis was performed using Chi-square, unpaired t, Mann-Whitney U and ANCOVA tests. Results: Mean exercise duration and mean exercise capacity in metabolic equivalents were not different between Group 1 and 2. The major finding of the study was that systolic BP responses at peak exercise and recovery period (3. min) were significantly higher (p=0.036) in hypertensive patients carrying at least one Trp460 allele of the ?-adducin gene. Conclusion: Our results suggest that genetic variants that alter renal function and/or vasoreactivity are logical candidates to explain some of the individual variability in the BP response to exercise. © 2010 by AVES Yayi{dotless}li{dotless}k Ltd.

Bu tez çalışmasında aHUS hastalığının tanısında kompleman genlerindeki mutasyonları yeni nesil dizilime yöntemi ile saptamayı, saptanan varyantların protein yapı ve fonksiyonuna etkisini araştırmayı amaçladık. Bu çalışmamızda TMA tanısı koyulmuş 440 hastada yeni nesil dizileme yöntemi ile CFH, CFB, CD46, C5, CFHR5, CFI, C3, CFHR3, THBD, CFHR1, DGKE, ADAMTS13 genlerinin analizi için bir gen paneli oluşturduk. Oluşturduğumuz gen paneline göre tanı koyulmuş hastaların sonuçlarını biyoinformatik araçlar kullanarak saptadığımız varyantların patojenite değerlerini belirledik ve sınıflandırdık. Saptadığımız aminoasit değişikliklerinin de protein yapısına nasıl yansıdığını in silico yöntemlerle üç boyutlu olarak inceledik. Yeni nesil dizilime aHUS hastalığının hızlı tanısında ve prognozunda kullanılabilecek değerli bir metottur. Çalışmaya alınan tüm hastalarda paneldeki genler çalışıldığında hastalık açısından oligenik ve poligenik kalıtım da belirlenerek hastalıkta tedavi yönetiminde yol göstericidir., In this thesis, we aimed to detect mutations in complement genes in the diagnosis of aHUS disease by next-generation sequencing and to investigate the effects of detected variants on protein structure and function. In this study, we created a gene panel for the analysis of CFH, CFB, CD46, C5, CFHR5, CFI, C3, CFHR3, THBD, CFHR1, DGKE, ADAMTS13 genes in 440 patients diagnosed with TMA using the next generation sequencing method. We determined and classified the pathogenicity values of the variants we detected by using bioinformatic tools in the results of patients diagnosed according to the gene panel we created. We examined how the amino acid changes we detected were reflected in the protein structure, in silico methods, in three dimensions. Next-generation sequencing is a valuable method that can be used in the rapid diagnosis and prognosis of aHUS disease. When the genes in the panel are studied in all patients included in the study, oligenic and polygenic inheritance are also determined in terms of the disease, thus guiding the treatment management of the disease.

Ailesel soğuk otoinflamatuvar sendrom-2 (FCAS2), kromozom 19q13 üzerindeki, NLRP12 genindeki heterozigot mutasyondan kaynaklanır.Eklem ağrısı, kas ağrısı, ateş, titreme, ekstremitelerin şişmesi ve soğuk algınlığına maruz kaldıktan sonra konjunktivit ile ilişkili tekrarlayan makülopapüler döküntü atakları ile karakterize bir otozomal dominant sistemik inflamatuar hastalıktır. Ailesel soğuk otoinflamatuvar sendromu 3 (FCAS3), kromozom 16q23 üzerindeki PLCG2 geni içinde heterozigot mutasyonlarla oluşuyor.Kronik ürtiker, eritem ve soğuk algınlığına cevaben pruritis gelişimi ile karakterize bağışıklık disregülasyonu ile seyreden bir hastalıkdır.Ailesel soğuk otoinflamatuvar sendrom-4 (FCAS4), kromozom 2p22 üzerindeki NLRC4 genindeki heterozigot mutasyondan kaynaklanır.Bu gendeki mutasyonlar, infantil enterokolit ile otoinflamasyona neden olur. Bu çalışmada FCAS2, FCAS3, FCAS4 sendromu hastalıklarının nedensel genleri olan NLRP12, PLCG2, NLRC4 genlerinin DNA dizisinde saptanan tüm nükleotid yer değişimlerinin incelenmesinin değerlendirilmesi ve genotip/fenotip ilişkisinin, protein yapısının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla ayrılıkta her gende olan mutasyonlar saptanmıştır. Çalışmamızda FCAS2, FCAS3, FCAS4 sendromlu hastalıkla ilişkili NLRP12, PLCG2 ve NLRC4 geninde saptanan mutasyonlar incelenmiştir. NLRP12 geninde 10 hastada, PLCG2 geninde 9hastada, NLRC4 geninde 6 hastada DNA dizisinde mutasyona sebep olan tüm nükleotit yer değişimleri saptanmıştır., Familial cold autoinflammatory syndrome-2 (FCAS2) results from a heterozygous mutation in the NLRP12 gene on chromosome 19q13. It is an autosomal dominant systemic inflammatory disease characterized by recurrent maculopapular rash attacks associated with conjunctivitis after joint pain, muscle pain, fever, tremors, swelling of the extremities and colds. Familial cold autoinflammatory syndrome 3 (FCAS3) is formed by heterozygous mutations in the PLCG2 gene on chromosome 16q23. Chronic urticaria is a disease characterized by immune dysregulation characterized by the development of pruritis in response to erythema and colds. Familial cold autoinflammatory syndrome-4 (FCAS4) results from a heterozygous mutation in the NLRC4 gene on chromosome 2p22. Mutations in this gene cause autoinflammation with infantile enterocolitis. In this study it is aimed to evaluate the investigation of all nucleotide changes in the DNA sequence of the causal genes of NLRP12, PLCG2, NLRC4 genes of FCAS2, FCAS3, FCAS4 syndrome and to evaluate the relationship between genotype / phenotype and protein structure. For this purpose mutations in each gene were determined. In our study, the mutations were studied detected in the NLRP12, PLCG2 and NLRC4 genes related to the disease with FCAS2, FCAS3, FCAS4 syndrome. All nucleotide displacements causing mutation in the DNA sequence were determined in 10 patients in the NLRP12, in 9 patient in the PLCG2, in 6 patients in the NLRC4 gene.

Mezenkimal kök hücreler (MKH) başlangıçta kemik iliğinden izole edilmiş ve takibinde yapılan çok sayıda araştırma ile yağ dokusu, diş dokuları, fetal dokular gibi değişik kaynaklardan izole edilen yetişkin kök hücreleridir. Bu hücreler kıkırdak, kemik ve yağ hücreleri gibi destek dokularına farklılaşabilmektedir. Ancak onların en önemli kullanım alanları eşsiz immünomodülasyon yeteneklerinden dolayı ölümcül akut graft versus host disease (GVHD) başta olmak üzere farklı otoimmün hastalıklardır. Bu çalışma ile anti-inflamatuvar lipid medyatörler olan Lipoksin A4 ve Resolvin D1 moleküllerinin MKH’lerin immünomodülasyon yeteneklerine olan etkilerini araştırmayı amaçladık. Bu amaçla yağ dokusu kökenli MKH’ler ile aktive edilmiş periferik kan mononükleer hücreleri (PBMC) farklı efektör:target oranlarında ko-kültür ettik. Lipoksin A4 ve Resolvin D1 etkinliğini daha iyi anlamak için MKH’lere 15-lipoksijenaz (15-LOX) genini kodlayan plazmit transfeksiyonu yapılarak aynı deneyleri tekrarladık. Etkinlikleri kıyaslamak için hücre kültürü süpernatantlarından Lipoksin A4, Resolvin D1, IFN-g, IL-4, IL-10 ve IL-17a düzeylerini ELISA yöntemi ile tespit ettik. Bulgularımıza göre Lipoksin A4’ün MKH’lerin immünomodülasyon yeteneklerini özellikle yüksek E:T oranlarında arttırabildiğini gözlemledik. 15-LOX trasnfeksiyonu yapılan hücrelerin immünmodülasyon etkilerinin naive MKH’lere göre anlamlı olarak daha yüksek olduğunu gözlemledik. Sonuç olarak, Lipoksin A4 ve Resolvin D1 moleküllerinin naive MKH’lerin immünomodülasyon yetenekleri üzerinde direk bir etki oluşturmayabileceğini, ancak bu moleküllerin sentezlerinde direk rol alan 15-LOX enzimini eksprese eden MKH’lerin normal hücrelerden daha üstün bir etkiye sahip olduklarını bulduk. Daha kesin sonuçlara ulaşmak için in-vitro deneyler ile bulduğumuz bu verilerin in-vivo modeller ile desteklenmesine gereksinim bulunmaktadır., Mesenchymal stem cells (MSCs) are adult stem cells that initially isolated from bone marrow and after the large number of follow-up studies they also could isolated from a variety of sources, including fat tissue, dental tissues, fetal tissues. These cells can differentiate into the mesenchymal cells such as cartilage, bone and fat cells. However, due to their unique immunomodulation ability, they are used in the clinic, especially lethal acute graft versus host disease (GVHD) and different autoimmune diseases. In this study, we aimed to investigate the effects of anti-inflammatory lipid mediators Lipoxin A4 and Resolvin D1 molecules, on the immunomodulation ability of MSCs. For this purpose, we co-cultured activated peripheral blood mononuclear cells (PBMC) with adipose tissue-derived MSCs at different effector: target ratios. In order to better understand the efficacy of Lipoxin A4 and Resolvin D1 we were repeated the same experiments by conducting a plasmid transfection encoding the 15-lipoxygenase (15-LOX) gene in MSCs. In order to compare the activities, we were determined the levels of Lipoxin A4, Resolvin D1, IFN-g, IL- 4, IL-10 and IL-17a from cell culture supernatants by ELISA. According to our findings, we observed that Lipoxin A4 increased the immunomodulation ability of MSCs especially at high E:T ratios. We observed that the immunomodulation effects of 15-LOX transfected cells were significantly higher than the naive MSCs. In conclusion, we have found that Lipoxin A4 and Resolvin D1 molecules may not have a direct effect on the immunomodulation ability of naive MSCs, but that MSCs expressing 15- LOX enzyme, which plays a direct role in the synthesis of these molecules, may show a superior effect compared with normal cells. In order to reach more accurate results, we need to support our data with in-vivo models.

Giriş: AML moleküler patogenezinin tanımı son yıllarda çarpıcı bir ilerleme kaydetmiştir. Lösemik transformasyon için hayati önem taşıyan iki ana genetik olay türü tanımlanmıştır: hematopoietik farklılaşmayı yöneten miyeloid transkripsiyon faktörlerinde değişiklikler ve sinyal transdüksiyon ara ürünlerinin aktive edici mutasyonları. Hematopoietik progenitör hücrelerdeki transkripsiyonel kontrolü değiştiren moleküler olaylar, büyüme faktörü reseptörleri için mevcut olan sinyal iletim moleküllerinin kompozisyonunu değiştirirken, sinyal transdüksiyon moleküllerindeki aktive edici mutasyonlar, çeşitli transkripsiyon faktörlerinin aktivitesinde ve ekspresyonunda değişikliğe neden olurlar. Bu süreçler birbirine oldukça bağımlıdırlar ve normal miyeloid farklılaşması için çok önemlidir. AML, olgunlaşmamış progenitör hücrelerin klonal büyümesi ile karakterizedir. Artan çoğalma ve apoptoz direnci ve aynı zamanda farklılaşma inhibisyonu bu patojenik olayın merkezinde ve büyüme faktörü reseptör sinyal yolaklarının yapıcı ve/veya anormal aktivasyonuna katkıda bulunması muhtemel görünmektedir. Sinyal transdüksiyon moleküllerinin anormal ve yapısal olarak aktivasyonu primer AML kemik iliği örneklerinin yaklaşık %50'sinde bulunmuştur. Bu aktive edici olayların en yaygın olanı RTK FLT3, N-Ras ve K-Ras, KIT'te ve diğer RTK'lerde gözlenmiştir. Bu mutasyonlardan bazıları için, miyeloid hücrelerdeki aktive etme ve dönüştürme yetenekleri in vitro veya fare kemik iliğinde gösterilmiştir. Bu patogenezde hücre sitosteleti ve polaritesinde olan değişikliklerle bağlı literatürde çok az veri bulunmaktadır. Amaç: Bu çalışmada, AML KG-1 ve Kasumi -3 hücrelerinde Planar Hücre Kutuplaşması yolağı proteinlerinin ekspresyonunun hastalığa bağlı olarak değişikliğini öğrenmek ve bu değişikliğe FLT3 inhibitörleri olan Quizartinib (Faz II), Midostaurin (Faz II) ve Lestaurtinib (klinik deneylerde) moleküllerinin ve Mezenkimal Kök Hücre co-kültürünün in vitro hedef tedavisine ektisini öğrenmek amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: KG-1, Kasumi-3, Kemik İliği Kök Hücreleri ve Mezenkimal Kök Hücre hatları hücre protokolünde de gösterildiği gibi 75 sm2'lik flasklara ekilir. Hücreler 37oC ve %5 CO2 ortamında 1 hafta inkübe edilir. Bu süre zarfında hücrelerin besiyeri değiştirilir, gerektiğinde pasaj yapılır. Gereken sayıya ulaştıktan sonra hücreler 6 kuyucuklu yeni flasklara ekilir. Her flaskta 3 kuyucuğa Mezenkimal Kök hücreler ekilir. Üç flaska Quizartinib, üç flaska Lestaurtinib ve son üç flaska Midostaurin eklendi. Çalışma 3 tekrar olarak yapıldı. 24 saat inkübasyon sonrası flasklardan hücreler alındı ve mRNA ekspresyonu yapıldı. Alınan RNA örneklerinden Taqman Reverse Transciptase Reagents ile cDNA elde edildi. Alınan cDNA materyali jel elektroforezinde kontrol edildikten sonra her gen için önceden ısmarlanmış Tagman hazır primerler ile elde olunan karışımlar Taqman 2x RT-PCR kullanılarak ABI7000 RT PCR cihazına yüklendi. Reaksiyon eş zamanlı olarak ABI7000 makinesinin bilgisayarından gözlemlenmiştir. Cihazdan alınan Ct değerlerinden Ct değeri hesaplandı ve katlama formülü ile Fold Change değerleri hesaplandı. Bulgular: Alınan değerlere göre Planar Hücre Kutuplaşması yolağı proteinlerini kodlayan genlerin ekspresyonunda değişim gözlemlendi. Hedef tedavisinde kullanılan moleküllerin etkisi ile malum genlerin ekspresyonlarında azalma görüldü. Mezenkimal kök hücre ko-kültürü ve FLT3 inhibitörleri kullanılan modellerde Fold Change değerleri ortalama 3 defa azalmıştır. Tartışma ve sonuç: Deney bulgularımıza göre sağlıklı kemik iliği hücrelerine kıyasla, lösemi hücre hatlarında hücre polarite genlerinin ekspresyonu artmıştır. Bunun da lösemi prognozunu negatif etkilediği bilinmektedir. Diğer yandan, Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin ve mezenkimal kök hücre ko-kültürü kullanılan modellerde genlerin ekspresyonu, dolaysıyla lösemi prognozu pozitif etkilendiği sonucuna varılmıştır. Bu sonuçlar, kullanılan FLT3 inhibitörü moleküllerinden Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin için yeni bir etki mekanizmasını ortaya koymaktadır., The definition of molecular pathogenesis of AML has made remarkable progress in recent years. Two major types of genetic events that are vital for leukemic transformation have been described: changes in myeloid transcription factors that govern hematopoietic differentiation and activating mutations of signal transduction intermediates. Molecular events that alter the transcriptional control in hematopoietic progenitor cells alter the composition of signal transduction molecules present for growth factor receptors, while activating mutations in signal transduction molecules change the activity and expression of various transcription factors. These processes are highly dependent on each other and are very important for normal myeloid differentiation. AML is characterized by clonal growth of immature progenitor cells. Increased growth and apoptosis resistance, as well as differentiation inhibition, seem likely to contribute to the constitutive and / or abnormal activation of this pathogenic event and growth factor receptor signaling pathways. Abnormal and structural activation of signal transduction molecules was found in approximately 50% of the primary AML bone marrow samples. The most common of these activating events was observed in RTK FLT3, N-Ras and K-Ras, KIT and other RTKs. For some of these mutations, the ability to activate and transform myeloid cells has been demonstrated in vitro or in the mouse bone marrow. There is little data in the literature related to changes in cell cytoskeleton and polarity in this pathogenesis. Goal: In this study, it was aimed to learn the change of the expression of Planar Cell Polarization pathway proteins in AML KG-1 and Kasumi-3 cells depending on the disease and to investigate the effect of FLT3 inhibitors, Quizartinib, Midostaurin and Lestaurtinib molecules and mesenchymal stem cell co-culture in in vitro target therapy. Materials and Methods: KG-1, Kasumi-3, Bone Marrow Stem Cells and Mesenchymal Stem Cell lines are transplanted into 75 cm 2 flasks as shown in the cell protocol. Cells are incubated at 37 ° C and 5% CO 2 for 1 week. During this time, the media of the cells are changed and the passage is made when necessary. After reaching the required number, the cells are planted in 6-well new flasks. Mesenchymal stem cells are planted in 3 wells at each flask. To three flask added quizartinib, to three Lestaurtinib and to the last three added Midostaurin. The study was performed as 3 repetitions. After 24 h incubation, cells were taken from flasks and mRNA expression was performed. cDNA was obtained from Taqman Reverse Transciptase Reagents from RNA samples. After the cDNA material was checked in gel electrophoresis, mixtures obtained with pre-ordered Tagman ready primers for each gene were loaded onto the ABI7000 RT PCR device using Taqman 2x RT-PCR. The reaction was monitored simultaneously from the computer of the ABI7000 machine. The Ct value was calculated from the Ct values taken from the device and Fold Change values were calculated with the folding formula. Results: Changes in the expression of genes encoding Planar Cell Polarization pathway proteins were observed according to the values obtained. The effect of the molecules used in the target treatment decreased the expression of known genes. Fold Change values decreased by 3 times in the models using mesenchymal stem cell co-culture and FLT3 inhibitors. Discussion and Conclusion: According to our experimental findings, the expression of cell polarity genes in leukemia cell lines increased compared to healthy bone marrow cells. It is known that this negatively affects the prognosis of leukemia. On the other hand, the expression of genes in the models using Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin and mesenchymal stem cell co-culture was found to be positively influenced by the prognosis of leukemia. These results demonstrate a novel mechanism of action for Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin from the FLT3 inhibitor molecules used.

Son 50 yıl boyunca araştırıcıların çoğu DNA ve RNA moleküllerinin dizi analizlerini gerçekleştiren teknik ve teknolojilerin üretilmesi için çaba harcamıştır. Yeni Nesil Dizileme YND yönteminin temeli DNA’nın enzimatik reaksiyonlarla kesilerek çok sayıda DNA parçasıyla bir kütüphane oluşturulması, kütüphaneyi oluşturan DNA parçalarının çoğaltılmasına dayanmaktadır. OMIM istatistiklerine göre günümüzde 6000’den fazla tek gen hastalığı bulunmakta ve bunların nerdeyse üçte ikisinin moleküler temeli bilinmemektedir. YND teknolojileri ile tüm genom, tüm ekzom dizilenmesinin yanısıra hedefe yönelik olarak oluşturulan YND panelleri ile etiyolojisi genetik heterojenite gösteren hastalıklar için çok sayıda gen aynı anda dizilenebilmektedir. Yeni nesil dizi analizlerinin gelişmesi ile birlikte fenotipik ve genotipik heterojenite gösteren hastalıkların genetik temelinin ortaya konması mümkün olmaktadır. Bu tezde belirtilen zaman aralığında DNA dizilemenin temelini oluşturan önemli gelişmeler, dizilemede kullanılan tekniklerin ve teknolojilerin ortaya çıkışı, gelişmeleri ve uygulama alanları açıklanmaktadır., For the past 50 years, researchers have been struggling to produce techniques and technologies that allow sequencing of DNA and RNA. This time intesrval has witnessed a tremendous improvement from these squencing of small molecules to these squencing of the entire genome. The Next-Generation Sequencing (NGS) method is based on by forming a library with a plurality of DNA fragments by cutting the base DNA with enzymatic reactions and the amplification of DNA fragments constituting the library. According to OMIM statistics, there are now more than 6,000 single gene disorders and molecular basis of nearly two thirds of these disorder is unknown. With NGS technology, in addition to whole genomes and whole exome sequencing, a large number of genes can be sequenced for the etiology of diseases with genetic heterogeneity using target-oriented NGS panels at the same time. It is possible to reveal the genetic basis of phenotypic and genotypic heterogeneous diseases with the development of new generation lineage analyzes. In this thesis, important developments that constitute the basis of DNA sequencing in this time period, the emergence and development of techniques and technologies also applications for next generation technologies used in sequencing are explained.

BTK geni tarafından kodlanan protein, B hücresi gelişiminde önemli bir rol oynamaktadır. Bu genin mutasyonları, Xbağlantılı agammaglobulinemi'e neden olur, bu immün yetmezliği, olgun B lenfositleri üretememe ile karakterizedir ve Ig ağır zincir yeniden düzenlenmesinin başarısızlığı ile ilişkilidir. Tec ailesinin tirozin kinazı olan Bruton tirozin kinaz (BTK), B hücresinin fonksiyonu için şarttır. X-bağlantılı agammaglobulinemi adlandırılan bu genetik hastalığına muzdarip kalan insanların çoğu, az miktarda olgun B-hücresine sahiptirler ve bakteriyel enfeksiyonlara son derece duyarlıdırlar. Hastalığa, B hücresi gelişiminde rol oynayan BTK genindeki mutasyonlarından kaynaklanmaktadır. BTK geninin etki alanındaki tek tek mutasyonların rolü incelenmekte olup ve tekabül eden mutansyonların yapısı belirlenmektedir. Bu yapıda, nokta mutasyonlar BTK'yi nasıl inaktive edebileceğini ve daha sonra XLA'ya neden olacağı tartışmamızı sağlamaktadır.Mutasyonları BTK geninin genomik organizasyonu ve bireylerin hastalık seyri açısından yorumlanmaktadır.saptanan BTK'dakı XLA'ya neden olan mutasyonlar BTKbaz ve HGMD veritabanında rapor edilmiştir., The protein encoded by BTK gene plays a crucial role in B-cell development. Mutations in this gene cause X-linked agammaglobulinemia , which is an immunodeficiency characterized by the failure to produce mature B lymphocytes, and associated with a failure of Ig heavy chain rearrangement. Bruton's tyrosine kinase (Btk), a Tec-family tyrosine kinase, is essential for B-cell function. People suffering from a genetic disease called X-linked agammaglobulinemia have fewer fully mature B-cells than most people and are extremely susceptible to bacterial infections. The disease is caused by mutations in the gene (Btk), which is involved in B-cell development. We have studied the roles of individual mutations in the domains of BTK gene and determined the structure of the mutations. This structure allows us to discuss how the point mutations may inactivate BTK and subsequently cause XLA. The mutations is interpreted in terms of the genomic organization of the BTK gene and the disease course in individual patients. The database of XLA‐causing identified mutations in Btk, the BTKbase and HGMD It has been reported.

İnflammasomlar doğal immun yanıtın en önemli bir parçası olup ve adaptif bağışıklığın farklı yönlerini ciddi olarak kontrol eden çoklu hücre içi protein kompleksleridir. Genellikle, inflammasomlar, farklı patojenik (PAMP) veya endojen steril tehlike sinyalleri (DAMP) kabul ettikten sonra ASC gibi adaptör proteinleri kullanarak kaspaz1 aktivasyonu yaparak interlökin (IL) -1β ve IL-18 gibi pro-enflamatuar sitokinlerin işlenmesine ve salınmasına yol açar. Bilinen 7 farkılı inflamazom arasında en çok araştırılan NLRP3 inflamazom yolağıdır. Bu yolağın sensör proteini olan kiryopirini kodlayan NLRP3 geninde saptanan mutasyonların 3 farkılı hastalıgın nedeni olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada , otoinflamatuar hastalığa özgü kilinik ve laboratuar bulguları olan , MEFV ve MVK gen mutasyonları negatif olan hastalarda NLRP3 gen analizi yaparak elde edilen DNA varyantlarının ve protein yapısının değerlendirilmesi ve fenotipe yansımasının araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 25'i sağlıklı ve 25'i çalışma grubunu oluşturan toplam 50 kişi çalışmaya alınmıştır. Çalışmaya dahil edilen 50 olgudan edle edilen venöz kandan genomik DNA elde edilerek mutasyon analizi sanger DNA dizileme yöntemleri ile ve sonuçların okunması ise Finch TV, CLC Sequence Viewer - QIAGEN Bioinformatics ve MEGA7 biyanformatik porogramları ile yapılmıştır. Mutsyon değerlendirmeleri NCBI, PolyPhen-2, İNFEVERS ve bir çok farkılı veritabanlarına göre yapılmiştir. Kontrol ve çalışma gurubunda iki adet (Ala240Ala, Arg260Arg ) sinonim amino asit mutasyonu saptanmıştır ve fenotip ile hiç bir ilişkisi olmadiği için polimorfizm olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca çalışma gurubunda iki kişide sekans taranmasında mutasyon bulunmadı ve mühtemenel diğer genetik Otoinflamatuvar hastalık açısından diğer genlerin çalışılması yapıldı. Kontrol gurubunda hastalıkla ilişkili hiç bir mutasyon saptanmamıştır. Çalışma gurubunda hastalıkla iklişkili 6 adet farklı mutasyon saptanmıştır bunlardan biri Thr913Met mutasyon olmak üzere tarafımızdan ilk defa olarak İNFEVERS veritabanına bildirilmiştir. Çalışma grubunda ayrıca 2 adet sinonim aminoasit mutasyonu da saptanmıştır. Her mutasyonun protein yapısına etkisi ayrıca araştırılmıştır .Sonuç olarak, bu tezde , hem sağlıklı hem de otoinflamatuar kilinik ve labratuar bulguları olan hastalarda NLRP3 gen analizi yapılarak hastalığın nedensel genetik varyantıları saptanmış ve proteine etkileri ortaya konulmuştur., Inflammomas are an essential part of the natural immune response and are multiple intracellular protein complexes that severely control different aspects of adaptive immunity. Generally, sensory molecules recognize different pathogenic (PAMP) or endogenous sterile distress signals (DAMP) they activate caspase-1 using adapter proteins such as ASC, leading to the processing and release of pro-inflammatory cytokines such as interleukin (IL) -1β and IL-18. 7 different, the inflammasome is known among my most researched NLRP3 inflammasome pathway. It is known that mutations detected in the NLRP3 gene, which encodes the sensor protein chryphoria, are caused by 3 different diseases. In this study, it was aimed to evaluate the DNA variants and protein structure obtained by NLRP3 gene analysis in patients with clinically and laboratory findings specific for autoinflammatory disease and negative MEFV and MVK gene mutations, and to investigate its reflection on the phenotype. For this purpose, a total of 50 people, 25 of which are healthy and 25 of which are working groups, were taken into employment. Mutagenesis was performed by sanger DNA sequencing methods and results were read by Finch TV, CLC Sequence Viewer - QIAGEN Bioinformatics and MEGA7 biomorphological porograms. Mortality evaluations were done according to NCBI, PolyPhen-2, INFEVERS and many different databases. Consequently, control and two study groups (Ala240Ala and Arg260Arg) synonymous amino acid mutations were identified and evaluated with no phenotype poyimorfizm as to whether there is a relationship. In addition, two individuals in the study group did not have a mutation in the Intron-Exon sequence screening and it is estimated that other genes associated with the genetic genetic autoinflammatory disease were affected. There was no disease-related mutation in the control group. Seven different mutations were identified in the study group, which were reported to the INFEVERS database for the first time as a Thr913Met mutation. The effect of each mutation on protein structure was further investigated. Consequently, in this thesis, NLRP3 gene analysis was performed in patients with both healthy and autoinflamatory clinical and laboratory findings and the causative genetic variants of the disease were determined and protein effects were determined.

Hyperphenylalaninemia (HPAs), en sık görülen ve doğuştan gelen metabolizma bozukluğudur (1: 10.000), resesif kalıtımlı ve fenilalanin hidroksilaz (PAH) genini kodlayan mutasyonlar sonucunda meydana gelmektedir. PAH L-Fenilalanini , L-Tyrosine dönüştürmektedır. PAH süprese olmasıs L-Phe ve toksik metabolitlerin birikimine yol açmaktadır . HPAs Phe serum seviyelerine uygun olarak üç grupta incelenmektedir : 1. Klasik PKU 2. Hafif PKU 3.Hafif HPA . kromozom 12 üzerinde yer alan PAH geni, 171 kb ve 13 eksondan oluşmaktadır. Bugüne kadar PKU için 600'den fazla etken mutasyonlar , tüm PAH genine tarif edilmekte olup , bunlardan : %62 missens mutasyon ; %14 delesyon ; %11splise sit mutasyon %6 nonsens mutasyon ;%2 insersiyondur . PAH, hepatik monooksijenaz ve 452 amino asitli 6R-L-eritro-5,6,7,8-tetrahidrobiopterin (BH4) ve moleküler oksijen kullanarak L-Phe , L-Tyr dönüşümünü kataliz etmektedir. PAH üç domaindan oluşur : 1. N-terminal düzenleyici domain 2. Geniş katalitik domain 3. C-terminal tetramerizasyon domain . Ayrıca HPA ilk tanımlanan metabolik bozukluğudur ve klinik semptomları önlemek için kısıtlı-Phe diyeti tedavi olarak saptanmıştır. Benim tezin amacı 25 PKU hastalarında ve 25 taşıyıcılarda PAH geninin moleküler analizi gerçekleştirmek için yapılmiştır. PAH mutasyonlarının analizi ve PAH geninin moleküler epidemiyolojisini tanımlayabilmek ve Ege'nin diğer bölgelerinden gelenlerden elde edilen verileri karşılaştırmak amaçlandı. PAH geninin analizi, amplifikasyon ve tüm gen direk sekanslama ile, periferal kandan genomik DNA ekstraksiyon yoluyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın son aşamasında, optimize edilmiş negatif hastalarda PKU etken mutasyonların tespitlenmesi, intron ve düzenleyici bölgeler dahil olmak üzere tüm PAH geninin dizi analizi yapılmıştır. Sonuç olarak, bizim çalışmamızda, hastalarda PAH geninin taşıyıcı veya kalıcılık riski mutasyonların epidemiyolojisi ve aile içinde PKU prenatal tanı, PKU hastalarında BH4 duyarlılığı, mutasyonları ve fenotip ile hastalığın ilişkisi saptandı . Veri görünümünde, ülkemizde meydana gelen çeşitli yerleşimler tarihsel ve antropolojik noktanın yenilenmesine yardımcı olabilirliği amaçlanmıştır., Hyperphenylalaninemias (HPAs), the most common inborn error of metabolism (1:10.000), is recessively inherited and caused by mutations in the gene encoding phenylalanine hydroxylase (PAH). PAH converts L-phenylalanine into L-Tyrosine. PAH block results in accumulation of L-Phe and toxic metabolites. HPAs is classified according Phe serum levels as: 1.Classical PKU 2.Mild PKU 3.Mild HPA. PAH gene, located on chromosome 12, is composed of 171 Kb and 13 exons. To date more than 600 causative mutations for PKU are described in the entire PAH gene: 62% are missense mutations; 14% deletions; 11% splice site mutations; 6% nonsense mutations; 2% insertions. PAH, hepatic monooxygenase of 452 amino acids that catalyzes conversion of L-Phe to L-Tyr using 6R-l-erythro- 5,6,7,8-tetrahydrobiopterin (BH4) and molecular oxygen. PAH consists of three structural domains: 1.N-term regulatory domain 2.Large catalytic domain 3.C-term tetramerization domain. HPA is also the first metabolic disorder in which treatment (a Phe-restricted diet) was found to prevent clinical symptoms. The aim of my thesis was to perform molecular analysis of the PAH gene in 25 PKU patients and 25 carriers from the Ege University . The analysis of PAH mutations allowed to define the molecular epidemiology of PAH gene and compare the obtained data with those from other regions of Ege. The analysis of the PAH gene have been performed through the extraction of genomic DNA from peripheral blood, followed by amplification and direct sequencing of the entire gene. In the last phase of the study, we optimized and analysis of the entire PAH gene sequence, including introns and regulatory regions to identify PKU causative mutations in patients negative. In conclusion, our study, epidemiology of mutations in PAH gene of patients the residual risk to be carriers, and prenatal diagnosis in PKU family, the responsiveness of BH4 in PKU patients, good correlation between mutations and phenotypes of the disease. These data may help to reconstruct the historical and anthropological point of view, the various settlements that have occurred in our country.

Amaç: Juvenil İdiopatik Artrit(JIA) patogenez basamakları iyi anlaşılamamış kronik, inflamasyon sebebiyle dokusal erozyonun sonucunda oluşan bir hastalıktır. Hastalık tanısı konulmasında birçok klinik ve laboratuvar kriteri söz konusudur. JIA patogenezinde meydana gelen değişimler arasında immün hücrelerin gruplar halinde Sinoviyal sıvıya migrasyonu da vardır. Bu migrasyon dokunun kendini rejenere etme kabiliyetinde görev alan mekanizmalarda aksamalara yol açmaktadır. Hem sinoviyal hem de sinoviyal sıvıya göç eden immün hücrelerin polaritesindeki moleküler değişimler bu tip immün hasarlanmada önemli olduğu tartışılmaktadır. Hücre içi polarite WNT sinyal yolakları tarafından kontrol edilir. Non kanonik sinyal yolağında görev alan proteinler PARD3, DVL1, SCRIB ve Ca+2 yolağında rol alan DMP1 proteinleri hücrelerin şekillerini, birbirleriyle olan bağlantılarını, stabil durumda formasyonlarını ve ekstrasellüler alandan gelen sinyale bağlı olarak göç etme mekanizmasını kontrol ederler. Bu çalışmada, sinoviyal kök hücre hasar taklit modelinde hücre polaritesinde yer alan proteinlerin fonksiyonel değişimini değerlendirmek için gen ekspresyon düzeylerini saptayarak, JIA patogenezinde hücre polaritesinde yerini ve bu değişimin farmakolojik modülasyonunu araştırmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu amaçla JIA hasar taklidi Sinoviyal kökenli kök hücreleri kültür modelinde immün uyarılar ile polarite değişimi ve farmakolojik modülasyonunu ortaya koymak için bahsi geçen WNT yolağının önemli proteinlerinin ekspresyon seviyeleri ve invitro ilaç etkileri değerlendirilmiştir. Deneyde 6 kuyucuklu 3 plate'de Sinoviyal kökenli kök hücreler kültürlendi. Toplam 18 kuyucuğun 3 kuyusu normal kültür, sırasıyla 3'er kuyusu IL-1, TNF-a, IL-1+TNF-a, IL-1+Canakinumab, TNFa+Adalimumab olacak şekilde 48 saatte bir pasajlanarak 2 pasaj şeklinde manipüle edildi. Ardından kültür ortamından alınan örneklerden mRNA izolasyonu yapıldı ve izole mRNA'lardan Reverse-Transkriptaz PCR ile cDNA elde edildikten sonra cDNAların RealTime PCR ile daha önce sipariş verilen PARD3, DVL1, SCRIB, III DMP1 Taqman hazır probları kullanılarak ekspresyon seviyeleri Ct değeri olarak ABI7000 RT-PCR cihazında ölçüldü. Çıkan sonuçlar Ct hesabı ile değerlendirildi. Bulgular: Değerlendirmelere göre JIA hasar taklitleri ve farmakolojik modülasyonlarda hücre içi polarite yolaklarının değişime uğradığı gözlemlendi. IL-1 ve TNF-a hasar taklitlerinde polarite proteinlerinin ortamda azalmasına sebep olacak bir gen ekspresyonu azalması gözlemlendi. Bunun yanında stabil halde formasyonu koruyan hasar anında mineralizasyon başlangıcı olan DMP1 proteini hasar taklidi ile ekspresyon seviyesini artırmıştır. Farmakolojik modülasyonlarda elde edilen bulgularda ekspresyon seviyelerindeki değişimler daraltılmıştır ancak tamamen durdurulduğu sadece hücre içinde diğer yaşamsal yolaklara da yardım eden DVL1 proteini kodlayan Dvl1 geninde gözlemlenmiştir. Tartışma ve Yöntem: Bulgularımızda elde edilen verilere göre JIA çerçevesinde gerçekleşen hasarın hücre içi polariteye ve dolaylı olarak hücre-hücre bağlantılarına verdiği internal zarardan dolayı kök hücrelerinde dokularda tutunma yetisini kaybettiği ve bunun sonucunda erozyona maruz kaldığı, kök hücrelerin rejenerasyon yetilerinin bağlanma/polarite kaybı sonucunda azaldığı ancak mineralizasyon gibi acil önlemlerin daha iyi çalıştığı kanaatine varıldı., Goal: Juvenile idiopathic arthritis (JIA) is a chronic, inflammation-induced textural erosion that is not well understood by the pathogenesis stages. There are many clinical and laboratory criteria in the diagnosis of disease. Among the changes that occur in the pathogenesis of JIA are migration of synovial fluid in groups of immunocytes. This migration leads to dislocations in mechanisms that play a role in self-regenerating touch. Molecular changes in polarity of immunocytes that migrate to both synovial and synovial fluid are discussed as important for such immunological damage. Intracellular polarity is controlled by WNT signaling pathways. Proteins involved in non-canonical signaling pathways DMP1 proteins involved in the pathways PARD3, DVL1, SCRIB and Ca+2 control the shape of cells, their connections to each other, their formation in a stable state, and the mechanism of migration due to signal from the extracellular domain. In this study, we aimed to investigate the localization of cell polarity in JIA pathogenesis and to investigate the pharmacological modulation of this change, by determining gene expression levels to evaluate the functional changes of the proteins involved in cell polarity in the synovial stem cell damage mimetic model. Materials and Methods: Implications of JIA damage for this purpose In order to demonstrate the polarity change and pharmacological modulation by immunostimulants in the synovial root cell culture model, expression levels and in-vitro drug effects of important proteins of the wild-type WNT pathway were evaluated. In experiment, 3 cells of 6 wells were cultured with Sinovial stem cells. A total of 18 well, 3 wells were manipulated in the form of 2 passages with a 48-hour passage through the normal culture as 48 wells, respectively, as well as IL-1, TNF-a, IL-1 + TNF-a, IL-1 + Canakinumab, TNF-a + Adalimumab It was. Then, mRNA isolation was performed from the samples taken from the culture medium. After cDNA was obtained by reverse transcriptase PCR from isolated mRNAs, cDNAs were amplified using ABI7000 RT-PCR as expression levels Ct value using PARD3, DVL1, SCRIB, DMP1 Taqman prepared probes previously ordered with RealTime PCR Was measured in the device. The results were evaluated by Ct. V Results: According to the evaluations, it was observed that the intracellular polarity pathways were changed in JIA damage imitations and pharmacological modulations. A decrease in gene expression was observed in IL-1 and TNF-a impairments that would result in reduced polarity proteins in the environment. In addition, the level of expression was enhanced by mimicking DMP1 protein damage, which is the initial mineralization at the time of damage, which protects the formation in a stable state. The changes in expression levels in the pharmacological modulations were narrowed but observed only in the Dvl1 gene encoding the DVL1 protein, which is also completely stopped in the cell, which also helps other life pathways. Discussion and Method: According to the results obtained in our findings, the JIA frame damage is lost due to internal damage to stem cells, due to internal damage to the cell polarity and indirectly to the cell-cell junctions and consequently, the regeneration ability of the stem cells is decreased due to binding / polarity loss, It was concluded that the measures worked better.

Kistik fibrozis birçok vücut sistemini etkileyen otozomal resesif bir hastalıktır. Kistik fibrozis transmembran regulatör (CFTR) geninde meydana gelen mutasyonlar, bu haslığa neden olur. CFTR geni insanda kromozom 7 üzerinde lokalize olup 250000 nükleotidden meydana gelir. ABCC7 olarakta bilinen CFTR proteini hücrede kanal proteini olarak görev yapar ve klor iyonlarının hücre içine ve dışına geçişini kontrol eder. CFTR genindeki mutasyonlar, CFTR proteininin yapısında değişikliğe neden olabilir. Sağlıklı (control grup) 25 bireylerden ve kistik fibrozis şüphelisi 30 bireylerden genomik DNA örnekleri DNA sekans yöntemi ile karşılaştırılmıştır. Tüm gen analizi ile CFTR genindeki mutasyonlar tespit edilmiştir. Sağlıklı bireylerin hiç birinde hastalık yapıcı mutasyon gözlenmezken, buna karşın hasta grubunda, 26 farklı mutasyon gözlenmiştir. Hasta grubunda en yaygın gözlenen mutasyonlar ve görülme oranları sırasıyla, F508del (%13.3), F1052V (%13.3), I148T (%10), R297Q (%6.6), E92K (%6.6), E632X (%6.6), bunların yanında R74W (%3.3), G126D (%3.3), L183I (%3.3), G178R (%3.3), K174X (%3.3), R347P (%3.3), E379X (%3.3), T388M (%3.3), M472V (%3.3), G542X (%3.3), I807M (%3.3), I982I (%3.3), L1034F (%3.3), Y1092H (%3.3), K1165E (%3.3), T1220I (%3.3), S1235R (%3.3), W1282X (%3.3), S1426F (%3.3) mutasyon oranları saptanmıştır. Çalışmamızda veri tabanında yer almayan altı yeni mutasyon ilk olarak tanımlandı. Bu mutasyonlardan üçü misens (M472V, K1165E, L1034F) biri sinonim (I982I) ve iki taneside stop kodon (K174X, E632X) mutasyonlarıdır., Cystic fibrosis (CF) is an autosomal recessive disease that affects many body systems. It is caused by mutations to the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gene. The CFTR gene is located on chromosome 7 and consisted of 250.000 DNA nucleotids. The CFTR protein also known as ABCC7 acts as a channel protein which control transition of chloride ions to the inside and outside of the cells. The mutations in the CFTR gene can cause changes in the structure of the CFTR protein. In this study, genomic DNA samples taken from healthy (control group=25) individuals were compared with the individuals with CF clinical pre-diagnosis (working group =30) via the using of DNA sequencing method. Mutations in the CFTR gene were detected by whole gene analysis. None of the pathogenic mutations were observed in healthy individuals, however, in the patient group, 26 different mutations have been observed. The most common mutations observed in the patient group and the observation rates were F508del (13.3%), F1052V (13.3%), I148T (10%), R297Q (6.6%), E92K (6.6%) and E632X (6.6%) R74W(3.3%), G126D (3.3%), L183I (3.3%), G178R (3.3%), K174X (3.3%), R347P (3.3%), E379X (3.3% (3.3%), K1165E (3.3%), T1220I (3.3%), S1235R (3.3%), I1270M (3.3%), I807M (3.3%), I982I 3.3%), W1282X (3.3%) and S1426F (3.3%). Also in our study, six novel mutations were first described which are three missense (M472V, K1165E, L1034F), one synonym (I982I) and two stop codons (K174X, E632X) mutations Keywords: Cystic fibrosis, CF, CFTR, Mutation, DNA sequencing.

Beta talasemi (β talasemi), mikrositik hipokromik anemi, çekirdekli kırmızı kan hücreleri bulunan anormal periferik kan yayması ve düşük hemoglobin A (HbA) ile sonuçlanan hemoglobin alt birim beta'nın (hemoglobin beta zinciri) sentezinin azalması ile karakterizedir. Talasemi majörlü bireylerde şiddetli anemi ve hepatosplenomegali görulup ; Genellikle yaşamın ilk iki yılında tıbbın dikkatini çekmektedirler. Tedavi edilmeden etkilenen Çocukların gelişmesi ciddi derecede başarısız ve yaşam süresini kısalmasına neden olmaktadır. Transfüzyon demirin aşırı yüklenmesini azaltan düzenli bir transfüzyon programı ve şelasyon tedavisi ile normal büyüme ve gelişmeyi sağlamak ve genel prognozu önlemek amaclanmiştir. HBB geninde yaklaşık 400 mutasyonun oluştuğu tespit edilmiştir. Mutasyonların çoğu, HBB geninin içinde tek bir DNA yapı bloğunda (nükleotid) bir değişiklik ile saptanılmaktadır. Beta-globin üretimini azaltan HBB gen mutasyonları, beta-plus (B + ) talasemi adı verilen bir duruma neden olduğu ve Hücrelerin herhangi bir beta-globin üretmesini engelleyen mutasyonlar ise beta sıfır (B 0 ) talasemi ile sonuçlanan mutasyonların analizi araştırılmıştır ., Beta-thalassemia (β-thalassemia) is characterized by reduced synthesis of the hemoglobin subunit beta (hemoglobin beta chain) that results in microcytic hypochromic anemia, an abnormal peripheral blood smear with nucleated red blood cells, and reduced amounts of hemoglobin A (HbA) on hemoglobin analysis. Individuals with thalassemia major have severe anemia and hepatosplenomegaly; they usually come to medical attention within the first two years of life. Without treatment, affected children have severe failure to thrive and shortened life expectancy. Treatment with a regular transfusion program and chelation therapy, aimed at reducing transfusion iron overload, allows for normal growth and development and may improve the overall prognosis. Nearly 400 mutations in the HBB gene have been found to cause beta thalassemia. Most of the mutations involve a change in a single DNA building block (nucleotide) within or near the HBB gene. Other mutations insert or delete a small number of nucleotides in the HBB gene. HBB gene mutations that decrease beta-globin production result in a type of the condition called beta-plus (B+) thalassemia. Mutations that prevent cells from producing any beta-globin result in beta-zero (B0) thalassemia.

Ekstrasellüler matriks immün inflamasyon aracılı oluşan patogenezi tam olarak anlaşılmış ancak rejenerasyon etkisi birçok dokuda örneklenmemiş durumdur. İnflamasyon sebebiyle ekstraselüler matriks proteazlarına maruz kalan dokularda immün hasarlanma oluşur ve hücresel aracılı sıvılarda artış gözlenir. Bu durumda bu hasarlanma sonucu dokularda şişlik kızarıklık ve ısı artışı oluşur ki bu da ağrı ve haraket kısıtlılığına sebep olur. Bundan dolayı bu tip patogenezlerde kök hücrelerin moleküler değişimi ve bu hasarlanmanın hücresel rejenerasyonu literatürde aktüel olarak tartışılmaktadır. Kök hücrelerin hasarlı dokudan göç sebebiyle hasarın yaşandığı ekstrasellüler matrixe göç etmesi ve bunun sonucu bazı doku onarım mekanizmalarının aksamaya uğraması dokudaki yıkımı hızlandırmaktadır. Kök hücrelerin rejenerasyon yapabilmek için mikro çevre nişlerine ihtiyacı vardır. Rejenerasyon mekanizmaları üzerine yapılmış birçok araştırmada kök hücrelerde işleyen yolaklar iyi anlaşılmıştır. Tezimde bu yolaklar üzerinde görev alan JUNB, MEPE, MMP13, MMP2 proteinlerine yoğunlaştım. Bu genlerin kodladığı proteinler kök hücrelerin yeniden modellenmesi, asimetrik bölünmesi, doku onarımı gibi önemli işlevlerde görev alırlar. Tezimde dokuda gerçekleşen inflamasyonun doku rejenerasyon mekanizmalarına olan etkisi kök hücre migrasyonunda işlev kaybettiği savunuldu. Dokuyu rejenere etme kabiliyetlerinin kaybetmelerinin sebebi olarak mikro çevre nişlerinin bozulması ve tutunma yetilerinin azalması olduğu düşünüldü., The pathogenesis caused by the extracellular matrix immunoinflammation is fully understood, but the regeneration effect is not sampled in many tissues. Immunological damage occurs in tissues exposed to extracellular matrix proteases due to inflammation and increases in cellular mediators. In this case, the swelling redness and temperature increase occur in these damaged tissues, which causes pain and movement restriction. Hence, molecular alteration of stem cells in such pathogenesis and cellular regeneration of these damages are currently discussed in the literature. Migration of the stem cells to the extracellular matrix where the damage is experienced due to migration from the damaged tissue, which results in the acceleration of the destruction of the tissue due to the occlusion of some tissue repair mechanisms. Stem cells require microenvironmental niches to regenerate. In many studies on regeneration mechanisms, the pathways that work in stem cells are well understood. I concentrated on the JUNB, MEPE, MMP13, MMP2 proteins involved in these pathways. The proteins encoded by these genes function in important functions such as stem cell remodeling, asymmetric cleavage, tissue repair. It has been argued that the effect of tissue inflammation on tissues in tissue has lost its role in stem cell migration. The loss of their ability to regenerate the tissue was thought to be due to the degradation of microenvironmental niches and the decrease in their ability to hold

ÇOCUKLUK ÇAĞI OTOİNFLAMATUAR HASTALIKLARDA GENOTİP-FENOTİP İLİŞKİSİ Amaç: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ç. Romatoloji ve Genel Pediatri polikliniklerine Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF) ve otoinflamatuar hastalık ön tanısıyla yönlendirilen, MEFV geninde mutasyon saptanmayan 40 olgunun diğer otoinflamatuar hastalıklar (Tümör Nekroz Faktör Reseptör 1 İlişkili Periyodik Sendrom (TRAPS), Hiperimmunglobulin D Sendromu (HIDS), Kriyopirin İlişkili Periyodik Sendrom (CAPS), Pyojenik artrit, Pyoderma Gangrenosum ve Akne Sendromu (PAPA) ) açısından yeni nesil dizileme (NGS) yöntemi ile değerlendirilmesi amaçlandı. Bu çalışma kesitsel ve kontrollü bir çalışmadır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya dahil edilen 40 olgu ve ebeveynleri ile görüşülerek anket formu (hastalığın başlangıç yaşı, ataklara eşlik eden semptomlar, aile öyküsü, aldıkları tedavi, atak döneminde yapılan tetkik bilgilerini içeren) dolduruldu. Her olgudan 2 cc kan EDTA'lı tüpe alındı. Genetik analiz için Yeni Nesil Dizileme yöntemi ile kullanıldı. Çıkan sonuçlar veritabanlarına göre değerlendirildi. Araştırma verileri SSPS istatistik programında analiz edildi. P < 0.05 olduğu durumlar istatistik olarak anlamlı kabul edildi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 40 olgudan 16'sında mutasyon saptandı. Mutasyon pozitif olgularda hastalığın ortalama başlangıç yaşı 7.1 ± 4.6, ortalama tanıda gecikme yılı 4.1 ± 3.9, mutasyon negatif olgularda ise hastalığın ortalama başlangıç yaşı 5.2 ± 4.6 olarak saptandı. Mutasyon pozitif olgularda aile öyküsünün %37.5, mutasyon negatif olgularda %16.6 oranında olduğu görüldü. Her iki grupta da ataklara en sık eşlik eden semptomlar ateş, eklem ağrısı ve karın ağrısıydı. Mutasyon negatif olgularda aft ve makulopapüler döküntü mutasyon pozitif olgulara kıyasla anlamlı olarak daha yüksek saptandı (sırasıyla %41 - %0 p=0.003, %37 - %6 p=0.03) Mutasyon pozitif olgularda atak döneminde alınan akut faz reaktan değerlerinin mutasyon negatif olgulara göre istatiksel anlamlı olmasa da daha yüksek olduğu görüldü. NLRP3 gen mutasyonu saptanan 7 olgu CAPS olgu grubuna dahil edildi. 7 hastadan 5'inde Q703K, 1'inde V198M ve 1'inde I313V mutasyonu saptandı. Bu olgularda ortalama hastalık başlangıç yaşı 6.5 ± 3.8 idi. Ataklara en sık eşlik eden semptomlar ateş, artralji, karın ağrısı ve döküntüydü (sırasıyla %86, %71, %43 ve %43). MVK geninde mutasyonu saptanan 6 olgu HIDS olgu grubuna dahil edildi. 6 hastadan 5'inde S52N, 1'inde V377I mutasyonu saptandı. Bu olgularda ortalama hastalık başlangıç yaşı 8.4 ± 5.1 idi. Ataklara en sık eşlik eden semptomlar artralji, karın ağrısı ve döküntüydü (sırasıyla %100, %50 ve %50). TNFRSF1A geninde mutasyonu saptanan 2 olgu TRAPS olgu grubuna dahil edildi. 2 hastadan 1'inde C52Y mutasyonu, 1'inde R92Q mutasyonu saptandı. Bu olgularda ortalama hastalık başlangıç yaşı 7.7 ± 8.8 idi. Ataklara en sık eşlik eden semptomlar ateş, karın ağrısı, artraljiydi (sırasıyla %100, %50, %50). PSTPIP1 geninde A372V mutasyonu saptanan 1 olgu PAPA olgu grubuna dahil edildi. Hastalık başlangıç yaşı 2 yaş olan bu olgumuzun ateş, karın ağrısı ve artraljinin eşlik ettiği 1 gün süren atakları mevcuttu. Tartışma ve Yorum: Bu çalışma Türkiye'de otoinflamatuar hastalıklarla ilgili yapılan kesitsel ve kontrollü ilk çalışmadır. Çalışmamızda saptanan mutasyondan 4'ü kesin patojenik (V377I, C52Y, I313V, A372V), 3'ü düşük penetranslı mutasyon (Q703K, V198M, R92Q), 1'i de patojenik önemi bilinmeyen (S52N) mutasyondur. Mutasyon pozitif hasta grubumuzda hastalık başlangıç yaşının literatürdeki olgulara göre daha geç olmasının, klinik bulgularının daha hafif olmasının, ciddi nörolojik tutulum ve kas iskelet sistemi tutulumu olmamasının, hastalarımızın büyük çoğunluğunda (12 hastada) düşük penetranslı mutasyonların saptanması ile ilişkili olduğu düşünülmüştür. Q703K mutasyonu saptanan 5 olgu ve S52N mutasyonu saptanan 5 olgu incelendiğinde, aynı mutasyona sahip olgularda hastalık başlangıç yaşlarının ve klinik semptomların birbirinden farklı olduğu izlenmiş, mutasyonların değişken penetransı ve oluşturdukları heterojen fenotip nedeniyle aynı mutasyonun farklı olgularda farklı klinik tablo (asemptomatik - ağır atak) yapabileceği görülmüştür. Tekrarlayan ateş, artralji, karın ağrısı yakınmaları ile başvuran FMF öntanısıyla refere edilen ancak MEFV geninde mutasyon saptanmayan olgularda düşük insidans oranına rağmen diğer otoinflamatuar hastalıklar göz önünde bulundurulmalı ve klinik şüphe halinde buna yönelik ileri genetik inceleme yapılmalıdır. GENOTYPE-PHENOTYPE RELATIONSHIP IN CHILDHOOD AUTOINFLAMMATORY DISEASESObjective: 40 cases with no mutation in MEFV gene, directed with FMF and autoinflammatory disease pre-diagnosis to Pediatric Rheumotology and General Pediatrics polyclinics of Pediatrics in Medical School of Aegean University have been aimed to be assessed with New Generation Sequencing (NGS) in terms of other auto-inflammatory diseases (Tumor Necrosis Factor 1 Associated Periodic System (TRAPS), Hyperimmunoglobulobin D Syndrome (HIDS), Cryopyrine Associated Periodic Syndrome (CAPS), Pyogenic Arthritis, Pyoderma Gangrenosum and Acne Syndrome (PAPA) ). This study is a cross-sectional and controlled study. Material and Method: 40 cases and their parents involved in the study were interviewed and survey form was filled in (including onset age of disease, symptoms accompanying the attacks, family history, received treatment, information of examinations performed in attack period). 2 cc blood was taken from each case into EDTA tube. New Generation Sequencing method was used for genetic analysis. The obtained results were assessed according to databases. The research data were analyzed in SSPS statistical program. The conditions of P < 0.05 were accepted as statistically significant.Findings: Mutation was detected in 16 of the 40 cases involved in the study. In cases with mutation positive, the average age of the disease onset was detected to be 7.1 ± 4.6, average year of delayed diagnosis to be 4.1 ± 3.9, in cases with mutation negative, the average age of disease onset was detected to be 5.2 ± 4.6. Family history was observed to be 37.5% in mutation positive cases and to be 16.6% in mutation negative cases. The most common symptoms accompanying the attacks in each group were fever, arthralgia and abdominal pain. Aphtha and maculopapular rash were determined to be significantly higher in mutation negative cases than mutation positive cases (p = 0.003, p = 0.03). Acute phase reactant levels taken in the attack period in mutation positive cases were seen to be higher than mutation negative cases even though not statistically significant. 7 cases detected with NLRP3 gene mutation were included in CAPS case group. In 5 of 7 patients Q703K mutation, in 1 of them V198M and in 1 of them I313V mutation were detected. The average age of disease onset was 6.5 ± 3.8 in these cases. The most common symptoms accompanying the attacks were fever, arthralgia, abdominal pain, and rash (86%, 71%, 43%, and 43%, respectively). 6 cases detected with MVK gene mutation were included in HIDS case group. S52N mutation was found in 5 and V377I mutation was found in 1 of 6 patients. The average age of disease onset in these cases was 8.4 ± 5.1. The most common symptoms accompanying the attacks were arthralgia, gastralgia and rash (100%, 50% and 50%, respectively). 2 cases detected with TNFRSF1A gene mutation were included in TRAPS case group. In one of the two patients C52Y mutation and in the other one R92Q mutation were found out. The average age of disease onset in these cases were 7.7 ± 8.8. The most common symptoms accompanying the attacks were fever, abdominal pain and arthralgia (100%, 50%, 50% respectively). 1 cases detected with A372V mutation in PSTPIP1 gene was included in PAPA case group. This case of ours the disease onset of whom was 2 years had one day lasting attacks accompanied by fever, abdominal pain, arthralgia.Discussion and conclusion: This study is the first cross sectional and controlled study made on auto-inflammatory diseases in Turkey. 4 of the mutations found in our study were definite pathogenic (V377I, C52Y, I313V, A372V), 3 of them were low penetrance mutations (Q703K, V198M, R92Q), and 1 of them was the mutation with uncertain significance (S52N). The fact that in our mutation positive patient group, the disease onset age was older than the cases in literature, their clinical findings were lighter, and there were not serious neurological involvement and musculoskeletal involvement was thought to be associated with the fact that low penetrance mutations were found in most of our patients (12 patients). In examining 5 cases detected with Q703K mutation and 5 cases detected with S52N mutation, the disease onset age and clinical symptoms in cases with the same mutation were observed to be different from one another, and mutations were observed to have changeable penetrance, and the same mutation were observed to cause different clinical picture (asymptomatic - severe attack) in different cases because of heterogeneous phenotype they created. In cases having applied with repetitive fever, arthralgia and abdominal pain complaints, referred with FMF pre-diagnosis, but not detected with mutation in MEFV gene, other auto-inflammatory diseases must be considered despite the low incidence rate, and prospective genetic examination must be carried out for it in the event of clinical suspect. 115

Dravet sendromu (DS) ve ateşli nöbet artı jeneralize epilepsi (GEFS +) Voltaj bağımlı sodyum kanalı kodlayan gen tip I(scn1a) bir dizi mutasyonlar insanlarda çeşitli epilepsi sendromlarının nedeni olmaktadır. Bu mutasyonların büyük çoğunluğu SCN1A geninde, ve temamen dominant geçişlidirler.(Gefs +) neden olan ve bilinen mutasyonlar muhtemelen kanal aktivitesini değiştirerek, yanlış anlamlıyken DS neden olan mutasyonların çoğu, fonksiyon kaybı ile sonuçlanır. DS ve (GEFS +) mutasyonu olan Aile üyelerinde genellikle geniş bir nöbet tipi ve şiddet aralığında değişiklikler göstermektedirler ve bu değişkenliğe diğer genlerden gelen olay sonuçlarının bir kısmı gösterilecek. Birçok farklı biyofiziksel etkileri (SCN1A – DS,GEFS+ ) mutasyonlar kazançı , kanal aktivitesi kaybı ile tutarlı heterolog ekspresyon sistemleri içinde gözlenmektedir.DS ve Gefs + hastalarında nesil nöbeti, önemli bir faktör olduğu mühtemeldir ve SCN1A mutasyonları, GABAerjik inhibitör nöronların aktivitesini azaltmasına genel bir illet olabilmektedir.Ülkemizde ilk defa olarak bu genin nukleotit yapısı sağlıklı insanlarda araştırılacaktır Ayrıca epilepsi hastalarda bu genin mutasyonları tanı amacıyla kullanılarak,Dravet sendromu gibi moleküler tanısı zor olan hastalığa erken ve kesin tanı konulacaktır. Mutations in a number of genes encoding voltage-gated sodium channels cause a variety of epilepsy syndromes in humans, including genetic (generalized) epilepsy with febrile seizures Plus (GEFS+) and Dravet syndrome (DS, severe myoclonic epilepsy of infancy). The vast majority of these mutations are in theSCN1A gene, and all are dominantly inherited. Most of the mutations that cause DS result in loss of function, whereas all of the known mutations that cause GEFS+ are missense, presumably altering channel activity. Family members with the same GEFS+ mutation often display a wide range of seizure types and severities, and at least part of this variability likely results from variation in other genes. Many different biophysical effects of SCN1A- DS,GEFS+ mutations have been observed in heterologous expression systems, consistent with both gain and loss of channel activity. However, results from mouse models suggest that the primary effect of both GEFS+ and DS mutations is to decrease the activity of GABAergic inhibitory neurons. Decreased activity of the inhibitory circuitry is thus likely to be a major factor contributing to seizure generation in patients with GEFS+ and DS, and may be a general consequence of SCN1Amutations. 130

Moleküler tekniklerin gelişmesi ile hücre biyolojisi son yıllarda çok fazla önem kazanmıştır. Birçok hastalığın ve özelliklede çağımızın hastalığı olarak kabul edilen kanser hastalığının nedeni ve etkin tedavi yöntemlerinin araştırılımasında moleküler biyolojinin önemi artmıştır. Bu tez çalışmasında son yıllarda dünyada ve ülkemizde artan meme kanseri vakalarının kalıtsal ve moleküler kısmı çalışıldı. Meme kanseri bir çok faktöre bağlı olarak gelişebilen bir kanser türüdür. Yapılan araştırmalarda meme kanserinin genetik faktörünün önemini ortaya çıkardı ve meme kanseri ile ilişkili mutasyon ve polimorfizmler saptanmaya başlandı. Bu çalışmada da meme kanserine bağlı varyantlar incelenmiştir. Son yıllarda meme kanseri üzerinde yapılan çalışmalar, BRCA1 adı verilen tümör baskılayıcı protein kodlayan bir gen bölgesi üzerinde yoğunlaşmıştır. BRCA1 17q21 kromozomu üzerinde bulunan 1863 amino asit kodlayan bir gen bölgesidir.24 tane ekzon bölgesi vardır. En önemli görevi DNA tamir mekanizmasında görev almasıdır.. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi Moleküler Tıp birimine gelen kişilerden rastgele seçilen 25 kişinin DNA sı ile çalışıldı. İlk olarak kan ürünlerinden DNA izolasyonu yapıldı ardından PCR yöntemi ile ilgili gen bölgesi çoğaltıldı. Çoğaltılan bölgelere enzim kesimi uygulandı ve Sanger Dizi Analizi yöntemi ile BRCA1 ait sekanlar elde edildi. Kullanılan uygun bilgisayar programı ile bu sekansların araştırılması sağlandı. Bu çalışma sonucunda 14 farklı DNA varyantı saptandı. Bu saptanan DNA varyantları HGMD verilerine göre değerlendirildi ve 6 tane mutasyon 8 tane polimorfizm bulunduğu kaydedildi. Bulunan 8 polimorfizmden 4 tanesi ilk defa saptanan varyantlar oluduğu anlaşıldı. Bu 4 varyantın araştırılması meme kanseri hakkında bize yeni bilgiler kazandıracağı düşüncesindeyiz. 9 Pro871leu, 11 Glu1038Gly, 13 Lys1183Arg, 13 ser694ser, 8 leu771leu, 8 Gln356Arg, 5 Ser1436Ser, 4 Ser1636Gly, 10 Ser1613Gly, 5 3'UTR+421, 1 Ser1040Asn, 7 549-48 delT, 1 er tane IVS6+39, 41,44 varyantları tespit edildi. Ser1613Gly mutasyonu HGMD verilerinde bulunmamaktadır. Sonuç olarak bu araştırmadan elde edilen veriler BRCA1 geni üzerinde yapılacak ileriki çalışmalarla desteklendiğinde meme kanserinin tedavisinde kişiye özel tedavinin geliştirilebileceği ve daha etkin bir tedavinin uygulanbileceğini düşünmekteyiz., Cell biology has become more of an issue recently in conjunction with the development of the molecular techniques. The importance given to the molecular biology on the investigation of several diseases' and especially cancer's -the disease of our time- reasons and their effective treatment methods has been scaled up. In this thesis study the genetic and the molecular side of the breast cancer cases, which have been recently increased, were studied. The breast cancer is a cancer type that is able to progress depending upon several impacts. The conducted studies have revealed that the genetic factors have a significant effect on the breast cancer. As a result of these studies it has been started to be detected some mutations and polymorphisms regarding the breast cancer. Therefore the variants related to the breast cancer were investigated in this study. The studies about the breast cancer in the recent years have focused more on a gene zone called BRCA1 that encodes tumor suppressor protein. BRCA1 is a gene region that is located on chromosome 17q21 and it encodes 1863 amino acids. There are 24 exons on the related gene. The most important role of the gene is that it is involved in DNA repairing mechanisms 14 different DNA variants have been detected in the study that was conducted with the randomized chosen 25 people who submitted to the Ege University Medical Faculty Children's Hospital – Department of Molecular Medicine. 4 of these variants have been detected for the first time and we consider that the detailed investigation of these 4 variants will provide new information about the breast cancer. Firtly the DNA isolation was performed from the obtained samples and this related gene region was replicated with PCR method. The enzyme cutting was implemented on the replicated regions and the sequences belongs to the BRCA1 gene were obtained by using Sanger Sequence Analysis Method. As a result of this study 14 different DA variants were detected. The detected DNA variants were evaluated according to HGMD. It was recorded that 6 mutations and 8 polimorphisims had been found. 4 of these variants have been detected for the first time and we consider that the detailed investigation of these 4 variants will provide new information about the breast cancer. 9 Pro871leu, 11 Glu1038Gly, 13 Lys1183Arg, 13 ser694ser, 8 leu771leu, 8 Gln356Arg, 5 Ser1436Ser, 4 Ser1636Gly, 10 Ser1613Gly, 5 3'UTR+421, 1 Ser1040Asn, 7 549-48 delT, 1 er tane IVS6+39, 41,44 variants has been detected. Ser1613Gly mutation is not recorded in HGDM database. Finally we suggest that when the results regarding this study are supported with the further studies on BRCA1 gene, personalized treatment will be able to be developed for the breast cancer.

Dravet sendromu (DS) ve ateşli nöbet artı jeneralize epilepsi (GEFS +) Voltaj bağımlı sodyum kanalı kodlayan gen tip I(scn1a) bir dizi mutasyonlar insanlarda çeşitli epilepsi sendromlarının nedeni olmaktadır. Bu mutasyonların büyük çoğunluğu SCN1A geninde, ve temamen dominant geçişlidirler.(Gefs +) neden olan ve bilinen mutasyonlar muhtemelen kanal aktivitesini değiştirerek, yanlış anlamlıyken DS neden olan mutasyonların çoğu, fonksiyon kaybı ile sonuçlanır. DS ve (GEFS +) mutasyonu olan Aile üyelerinde genellikle geniş bir nöbet tipi ve şiddet aralığında değişiklikler göstermektedirler ve bu değişkenliğe diğer genlerden gelen olay sonuçlarının bir kısmı gösterilecek. Birçok farklı biyofiziksel etkileri (SCN1A – DS,GEFS+ ) mutasyonlar kazançı , kanal aktivitesi kaybı ile tutarlı heterolog ekspresyon sistemleri içinde gözlenmektedir.DS ve Gefs + hastalarında nesil nöbeti, önemli bir faktör olduğu mühtemeldir ve SCN1A mutasyonları, GABAerjik inhibitör nöronların aktivitesini azaltmasına genel bir illet olabilmektedir.Ülkemizde ilk defa olarak bu genin nukleotit yapısı sağlıklı insanlarda araştırılacaktır Ayrıca epilepsi hastalarda bu genin mutasyonları tanı amacıyla kullanılarak,Dravet sendromu gibi moleküler tanısı zor olan hastalığa erken ve kesin tanı konulacaktır., Mutations in a number of genes encoding voltage-gated sodium channels cause a variety of epilepsy syndromes in humans, including genetic (generalized) epilepsy with febrile seizures Plus (GEFS+) and Dravet syndrome (DS, severe myoclonic epilepsy of infancy). The vast majority of these mutations are in theSCN1A gene, and all are dominantly inherited. Most of the mutations that cause DS result in loss of function, whereas all of the known mutations that cause GEFS+ are missense, presumably altering channel activity. Family members with the same GEFS+ mutation often display a wide range of seizure types and severities, and at least part of this variability likely results from variation in other genes. Many different biophysical effects of SCN1A- DS,GEFS+ mutations have been observed in heterologous expression systems, consistent with both gain and loss of channel activity. However, results from mouse models suggest that the primary effect of both GEFS+ and DS mutations is to decrease the activity of GABAergic inhibitory neurons. Decreased activity of the inhibitory circuitry is thus likely to be a major factor contributing to seizure generation in patients with GEFS+ and DS, and may be a general consequence of SCN1Amutations.

IgA Nefropatisi poligenik bir hastalıktır. Son zamanlarda artan kanıtlar, anormal glikozilasyon sonucu IgA1'de oluşan α2,6 sialik asit ve galaktoz bozukluğunun IgAN'nin patogenezinde rol oynadığını göstermektedir. Bu çalışmada IgA1 molekülünün glikozilasyonuna katılan üç önemli genin ST6GALNAC2, C1GALT1 ve NEU1 polimorfizmlerinin IgAN ile ilişkisi araştırılmıştır. Histolojik olarak kanıtlanmış 50 IgAN hastası, 25 sağlıklı (kontrol grubu) birey araştırmaya katılmıştır. ST6GALNAC2, C1GALT1 ve NEU1 genlerinin aminoasit kodlayan bölgelerinde, bu bölgelere yakın intron bölgelerinde ve promotör bölgelerinde nukleotit dizilimi yolu ile SNP taranması yapıldı. ST6GALNAC2 geninde IVS2+65insA, IVS2+12G>A, IVS3+39 T>C, Ala73Asp, Leu83Leu, IVS7-19T>C polimorfizimleri, C1GALT1 geninde ise c.-1625G>A, c.-1042G>C, c.-694C>T, c.-562C>T, 5'UTR-321 A>G, c.-517A>T, 5'UTR-1391ins21bp, 3'UTR+211G>A polimorfizimleri saptandı. Sonuçlar ST6GALNAC geninin intron bölgesinde saptanan IVS2+65insA polimorfizminin kontrol bireylere kıyaslamada IgAN hastalarında daha sık rastlandığını göstermiştir (p = 0.001 A sadece IgAN hastalarında bulunmuştur. ST6GALNAC2. IVS7-19T>C (P=0,006; OR=0,2 0,09< IG95%, IgA Nephropathy is a polygenic disorder. Increasing evidence has implicated that aberrant glycosylation of IgA1 molecules, including a2,6 sialic acid and galactose defects, are involved in the pathogenesis of IgAN. In the present study, we designed an association study to investigate polymorphisms of three important genes, ST6GALNAC2, C1GALT1 and NEU1 which are involved in the glycosylation of the IgA1 molecule, in the susceptibility to IgA Nephropathy. A total of 50 patients with histologically proven IgAN and 25 healthy controls were enrolled. Screening of SNPs in the coding, and promoter regions of the ST6GALNAC2, C1GALT1 and NEU1 genes was performed by sequencing. IVS2+65insA, IVS2+12G>A, IVS3+39 T>C, Ala73Asp, Leu83Leu, IVS7-19T>C in the ST6GALNAC2 gene and c.-1625G>A, c.-1042G>C, c.-694C>T, c.-562C>T, 5'UTR-321 A>G, c.-517A>T, 5'UTR-1391ins21bp, 3'UTR+211G>A in the C1GALT1 gene were detected. Our results demonstrated that the frequency of IVS2+65insA polymorphism in the intron region of ST6GALNAC2 was significantly higher in IgAN patients than that in controls (P=0.003A was found only in patients with IgAN. ST6GALNAC2. IVS7-19T>C (P=0,006; OR=0,2 0,09< IG95%

MODY tip 3 insülinden bağımsız monogenik diyabet ailesinin bir formudur. HNF1A DNA transkripsiyon faktör geni, HNF-1α transkripsiyon faktörü kodlar ve bu genin mutasyonu MODY3 hastalığına neden olduğu görülmektedir. Bu çalışmada MODY tip 3 sendromuna neden olan, HNF1A geninde oluşan mutasyonlar araştırılmıştır.Ön tanısı konulmuş 150 (64 kız ve 86 erkek) MODY tip 3 hastası çalışmaya katılmıştır. HNF1A geni aminoasit kodlayan bölgelerinde, bu bölgelere yakın intron bölgelerinde ve 3' UTR bölgelerinde nükleotit dizilimi yolu ile mutasyon taranması yapılmıştır. Sonuçlara göre, HNF1A geni ekson bölgelerinde üç yeni Gln28His, Pro290Arg, Arg272Gly mutasyon ve dört yeni olmayan Ile27Leu, Ser487Asn, Gly574Ser mutasyon tespit edilmiştir. Ayrıca, intron bölgelerinde üç yeni IVS7+8G>A, IVS8+29T>C , IVS8 +75G>A ve 3'UTR bölgesinde üç yeni 3'UTR+438G>A, 3'UTR+197G>T 3'UTR+603G>A varyasyon belirlenmiştir. MODY tip 3 insülinden bağımsız monogenik diyabet ailesinin bir formudur. HNF1A DNA transkripsiyon faktör geni, HNF-1α transkripsiyon faktörü kodlar ve bu genin mutasyonu MODY3 hastalığına neden olduğu görülmektedir. Bu çalışmada MODY tip 3 sendromuna neden olan, HNF1A geninde oluşan mutasyonlar araştırılmıştır.Ön tanısı konulmuş 150 (64 kız ve 86 erkek) MODY tip 3 hastası çalışmaya katılmıştır. HNF1A geni aminoasit kodlayan bölgelerinde, bu bölgelere yakın intron bölgelerinde ve 3' UTR bölgelerinde nükleotit dizilimi yolu ile mutasyon taranması yapılmıştır. Sonuçlara göre, HNF1A geni ekson bölgelerinde üç yeni Gln28His, Pro290Arg, Arg272Gly mutasyon ve dört yeni olmayan Ile27Leu, Ser487Asn, Gly574Ser mutasyon tespit edilmiştir. Ayrıca, intron bölgelerinde üç yeni IVS7+8G>A, IVS8+29T>C , IVS8 +75G>A ve 3'UTR bölgesinde üç yeni 3'UTR+438G>A, 3'UTR+197G>T 3'UTR+603G>A varyasyon belirlenmiştir. 95

Alport sendromu, tip IV kollajen yapımında bozuklukla seyreden çocukluk çağında hematüri ile ortaya çıkan genetik bir hastalıktır. COL4A4 genini etkileyen mutasyonlar otozomal resesif, otozomal dominant olarak Alport sendromuna neden olurlar. Mutasyonun tipi, hastalığın seyrini ve prognozunu etkiler.Sağlıklı bireylerden ve Alport kliniği gösteren hematurili hastalardan alınan genomik DNA örnekleri DNA sekans yöntemi ile çalışılarak nükleotid yapısı karşılaştırılmıştır. Tüm gen analizi ile COL4A4 genindeki tek nükleotid yerdeğişimi mutasyonları tespit edilmiştir. The Alport syndrome, a geneticilness that brings defection in type IV kollogene formation; appears in the childhood period with hematuria. The mutations that affect COL4A4 genes, cause Alport syndromeas autosomal recessive and autosomal dominance. The type of mutation affects the course and prognosis of ilness.With a specific analysis on healthy individuals' genomic DNA samples, the possible mutations on COL4A4 gene are identified by using DNA sequence method. 74

Ailevi Akdeniz Ateşi (FMF) tekrarlayan ateş ve seröz zarların iltihabı ile karakterize resesif geçişli otoinflamatuar bir hastalıktır.AAA tanısı genellikle klinik bulgularla konulmakta ve genetik incelemelerle desteklenmektedir.Moleküler genetik tekniklerin tanıdaki yeri gün geçtikçe artmaktadır. MEFV üzerinde 150'den fazla mutasyon tespit edilmiş ve bu mutasyonlar hastalığın şiddeti ile ilişkilendirilmiştirAilevi Akdeniz Ateşi klinik heterojeniteye sahip bir hastalıktır .Hastalığın kliniği hastadan hastaya değişmektedir. Aynı MEFV mutasyonuna sahip hastalarda bile hastalığın kliniği geniş bir spektrum sergilemektedir. IL-1B otoinflamatuar hastalıkların ve Ailevi Akdeniz Ateşinin patogenezinde önemli role sahip bir sitokindir.IL-1 B sistemik inflamasyonda majör rol oynar. IL-1B ve onun antagonisti olan IL-1Ra arasındaki dengenin bozulması inflamasyonu tetikler. Çalışmamızda IL1-B ve IL-1Ra gen polimorfizlerinin AAA hastalığının şiddetine ve kolşisin direncine etkisi araştırıldı.Metot: 160 AAA hastası ile 100 sağlıklı çocuk (kontrol grubu) çalışmaya dahil edildi. Hastaların ayrıntılı medikal öykülerini ve demografik verilerini kapsayan olgu rapor formları dolduruldu. Hastalara ait demografik ve tıbbi veriler toplandı. Hasta ve kontrol grubuna ait numunelerde: PCR-RFLP kullanılarak IL-1B + 3953 (C/T) polimorfizmi, PCR kullanarak IL-1Ra VNTR polimorfizimleri çalışılarak genotiplendirildi.Bulgular: Hastaların yaş ortalaması:119.6± 53.4 ay (min-max.: 13-217), semptomlarının başlma yaşı ise ortalama 64±41.1ay (min.-max.: 2-192), tanı yaşları:88.3±7.0 ay (min.-max.: 13-204) olarak saptandı. Tanı gecikme süresi ortalama 24.4 aydı. Hastalarda ve sağlıklı kontrol grubunda IL-1+ 3953 (C/T) ve IL- 1Ra VNTR polimorfizimlerinin allel ve genotipleri karşılaştırıldı.IL-1Ra ait ILRN2 genotipinin ve IL-1 B +3953 (C/T) polimorfizmine ait T allel sıklığının AAA hastalarında kontrol grubuna göre artığı gösterildi (p:0.006) (p:0.007) AncakIIIhastaların kliniklerine etkileri tesbit edilmedi.Ağır hastalık skoru ve kolşisin direnci ile ilişkileri saptanmadı.Sonuç: IL-1B +3953 (C/T) polimorfizmi ve IL-1Ra polimorfizmlerinin kolşisin direnci ile ilişkisi saptanmadı ve bu polimorfizmlerin hastalıkta ağırlaştırıcı etkisi saptanmadı.Anahtar Kelimeler: MEFV, FMF, IL-1β, IL-1 Ra, polimorfizim Familial Mediterranean Fever (FMF) is a recessively inherited autoinflammatory disorder characterised by recurrent, self-limited attacks of fever and inflammation of serous membranes (peritonitis, pleuritis, pericarditis, arthritis). The diagnosis is made according to clinical findings and supported bygenetic analysis .Moleculergenetic techniques are increasingly used in diagnosing FMF. More than 150 mutations have been identified on MEFV and these mutations correlate with the severity of disease. M694V mutation is the most common in Turkish population and other populations .Homozygote M694V mutation is also associated with the severity of disease. FMF is a clinically heterogeneous disease. Clinical features of FMF are variable from a patient to another .Even in patients having the same mutation, there can be different clinical spectrum.It is not exactly known why some patients have more severe disease and some have not. IL-1B plays a crucial role in the pathogenesis of inflammation in autoinflamatory disorders such as FMF. IL-1B is a majör mediator of fever and systemic inflammation. In the case of IL-1 mediated immune response, the pro-inflammatory response is downregulated by IL-1Ra. The balance between IL-1 and its competitive antagonist IL-1Ra may contribute to various inflammatory diseases .In view of the inflammatory nature of FMF disease we have invastigated whether IL-1B and IL-1 reseptor antagonist gene polymorphisims may cause more severe disease and resistance to colchicine .Material and Method: Hundred and sixty patients diagnosed as FMF and a 100 healthy controls were included to our study.Detailed demographic and medical data based on a structured questionnaire and medical records were collected.160 FMF patients and 100 healthy controls samples were genotyped for IL-1B+3953 (C/T) polymorphisms using PCR-RFLP and for IL-1Ra VNTR polymorphisms using PCR.VResults: Mean age of the patients was 119.6± 53.4 months (min-max.: 13- 217). Mean age at the onset of the symptoms was 64±41.1 months (min.-max.: 2- 192) mean age of diagnosis was detected as 88.3±7.0 months (min.-max.: 13-204). When ages at the onset of the complaints and mean age at diagnosis were evaluated, mean time of delay for diagnosis was detected as 24.4 months . The allele and genotype frequencies of IL-1+ 3953 (C/T) and IL-1Ra VNTR polymorphisms in FMF patients were all compared with those in controls. Our results showed that the ILRN 2 genotype was more frequent in FMF patients compared with controls (p:0.006) and IL-1B +3953 (C/T) polymorphisms was more frequent in FMF patients compared with controls (p:0.007). However, in our study neither IL-1B gene polymorphism: IL-1B+3953 (C/T) nor IL-1Ra genotypes, showed an association with severity of the disease and these polymorphisms are not associated with the resistance of colchicine.Conclusion: IL-1B +3953 (C/T) polymorphisms and IL-1Ra polymorphisms are not associated with resistance of colchicine in FMF patients. These polymorphisms had no effect on the severity of the disease.Key Words: MEFV, FMF, IL-1β, IL-1 Ra, polymorphisms 175

Henoch-Schonlein Vasküliti poligenik bir hastalıktır. Son zamanlarda artan kanıtlar gösterir ki anormal galaktozilasyon sonucu IgA1'de oluşan ?2,6 sialik asit ve galaktoz bozukluğu HSV ve IgAN'nin patogenezinde rol oynar. Bu çalışmada IgA1 molekülünün glikozilasyonuna katılan iki önemli genin ST6GALNAC2 ve C1GALT1 polimorfizmlerinin HSV ile ilişkisi araştırılmıştır.Histolojik olarak kanıtlanmış 50 HSV hastası, 14 IgAN hastası ve 25 sağlıklı (kontrol grubu) birey araştırmaya katılmıştır. ST6GALNAC2 ve C1GALT1 genlerinin aminoasit kodlayan bölgelerinde, bu bölgelere yakın intron bölgelerinde ve promotör bölgelerinde nukleotit dizilimi yolu ile SNP taranması yapıldı. ST6GALNAC2 geninde IVS2+65insA, IVS2+12G>A, IVS3+39 T>C, Ala73Asp, Leu83Leu, IVS7-19T>C polimorfizimleri, C1GALT1 geninde ise c.-1625G>A, c.-1042G>C, c.-694C>T, c.-562C>T, 5'UTR-321 A>G, c.-517A>T, c.-544 A>G, 5'UTR-1391ins63bp, 5'UTR-1391ins42bp, 5'UTR-1391del21bp, 3'UTR+211G>A polimorfizimleri saptandı.Sonuçlar ST6GALNAC2 geninin intron bölgesinde saptanan IVS2+65insA polimorfizmin kontrol bireylere kıyaslamada HSV ve IgAN hastalarında daha sık rastlandığı gösterildi (p = 0.003 A sadece HSP ve IgAN hastalarında bulunmuştur. Henoch-Schonlein Purpura (HSP) is a polygenic disorder. Increasing evidence has implicated that aberrant glycosylation of IgA1 molecules, including a2,6 sialic acid and galactose defects, are involved in the pathogenesis of HSP and IgAN. In the present study, we designed an association study to investigate polymorphisms of two important genes, ST6GALNAC2 and C1GALT1, which are involved in the glycosylation of the IgA1 molecule, in the susceptibility to HSV. A total of 50 patients with histologically proven HSV,14 with IgAN and 25 healthy controls were enrolled. Screening of SNPs in the coding and promoter regions of the ST6GALNAC2 and C1GALT1 genes was performed by sequencing. IVS2+65insA, IVS2+12G>A, IVS3+39 T>C, Ala73Asp, Leu83Leu, IVS7-19T>C in the ST6GALNAC2 gene and c.-1625G>A, c.-1042G>C, c.-694C>T, c.-562C>T, 5'UTR-321 A>G, c.-517A>T, c.-544 A>G, 5'UTR-1391ins63bp, 5'UTR-1391ins42bp, 5'UTR-1391del21bp, 3'UTR+211G>A in the C1GALT1 gene were detected. Our results demonstrated that the frequency of IVS2+65insA polymorphism in the intron region of ST6GALNAC2 was significantly higher in HSP and IgAN patients than that in controls (P=0.003A was found only in patients with HSP and IgAN. 97

Nefrotik sendrom (NS), glomerüler kapiller duvarın seçici geçirgenliğinin değişmesi ve idrarda protein kaçağını önleyen rolünü kaybetmesi ile karakterize olan çocukluk çağının kronik hastalığıdır. Çocukluk çağı idiopatik nefrotik sendromun yönetiminde ve izleminde patolojik tanı kadar tedaviye klinik yanıt da önemlidir. Tüm patolojik tipleri steroid tedavisine gösterdiği yanıt ile steroid duyarlı, bağımlı ve dirençli olarak sınıflandırılır. Steroid dirençli nefrotik sendromlarda kronik böbrek yetmezliğine ilerleme sıktır ve SRNS grubu hastalar içinde transplantasyon sonrası renal graftte hastalık rekürrensi oluşabilmektedir. Podosit hücreleri slit membranın üzerinde yeni bir protein belirlenmiştir ve bu proteini kodlayan gen haritalanmış ve TRPC6 olarak isimlendirilmiş olan bir kalsiyum kanal reseptörüdür ve mutasyonunun FSGS tip 2 ye yol açtığı bildirilmiştir. Bu çalışmada, Türk popülasyonunda nefrotik sendromlu hastalarda TRCP6 gen mutasyon taramasının yapılması ve fenotipe ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya 50 SRNS, 25 sağlıklı kontrol bireyler dahil edilmiştir. TRPC6 gen mutasyon taraması tüm ekzonlarda direkt DNA dizi analizi ile yapılmıştır. Yapılmış çalışma sonucunda hiç bir mutasyona saptanmamıştır.

Nefrotik sendrom (NS) glomerüler kapiller duvarın seçici geçirgenliğinin değişmesi ve idrarda protein kaçağını önleyen rolünü kaybetmesi ile karakterize olan çocukluk çağının kronik hastalığıdır. Çocukluk çağı idiopatik nefrotik sendromun yönetiminde ve izleminde patolojik tanı kadar tedaviye klinik yanıt da önemlidir. Tüm patolojik tipleri steroid tedavisine gösterdiği yanıt ile steroid duyarlı, bağımlı ve dirençli olarak sınıflandırılır. Steroid dirençli nefrotik sendromlarda kronik böbrek yetmezliğine ilerleme sıktır ve SRNS grubu hastalar içinde transplantasyon sonrası renal graftte hastalık rekürrensi oluşabilmektedir. Podosit hücreleri slit membranın üzerinde yeni bir protein belirlenmiştir ve bu proteini kodlayan gen haritalanmış ve TRPC6 olarak isimlendirilmiş olan bir kalsiyum kanal reseptörüdür ve mutasyonunun FSGS tip 2 ye yol açtığı bildirilmiştir. Bu çalışmada, Türk popülasyonunda nefrotik sendromlu hastalarda TRCP6 gen mutasyon taramasının yapılması ve fenotipe ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya 50 SRNS, 25 sağlıklı kontrol bireyler dahil edilmiştir. TRPC6 gen mutasyon taraması tüm ekzonlarda direkt DNA dizi analizi ile yapılmıştır. Yapılmış çalışma sonucunda hiç bir mutasyona saptanmamıştır. Anahtar kelimeler: Steroide Dirençli Nefrotik Sendrom (SDNS), Fokal Segmental Glomeruloskleroz (FSGS), Minimal Lezyon Hastalığı (MLH), TRPC6 Nephrotic syndrome (NS), is a chronic childhood disase which is characterized by the change of selective permeability of glomerular capillary and the loss of prevention role of protein leakage in the urine. In the management and follow up of childhood nehprotic syndrome, clinical response to treatment is important as much as pathological diagnosis. All pathological diagnostic types are classified as steroid sensitive, steroid dependent and steroid resistant according to response to steroid treatment. Progression to chronic renal failure is common in SRNSs and recurrence may be seen in the renal graft after transplantation. A new protein has been described in slit membrane of podocytes. The gene coding for this new protein is a calcium channel receptor named TRPC6. Mutations in TRCP6 are known to cause FSGS type 2. In this study, TRCP6 gene mutation is investigated in nephrotic syndrome patients for the first time in Turkish population. Study population will includes 50 SRNS patients and 25 healthy controls. TRPC6 gene mutation screening is performed by direct DNA sequencing of all exons. We have not identified any mutations in our group of patient. Keywords: Steroid Resistant Nephrotic Syndrome (SDNS), Focal segmental glomerulosclerosis (FSGS), Minimal lesion disease (MLH), TRPC6. 100

Ailesel Akdeniz ateşi (FMF), yaygın olarak Akdeniz toplumlarını etkileyen otozomal resesif bir hastalıktır. Genelde karında görülen ağrılar ve buna eşlik eden ateş ve yükselmiş akut-evre molekülleriyle karakterizedir.Bu çalışmada daha önce MEFV geninin farklı ekzonlarında homozigot ve heterozigot mutasyonlar belirlenen hastalardan DNA örnekleri alınarak, inflamasyonda önemli rola sahip interlökin-6 geninin -174. Pozisyonundaki G/C değişimi ile RANTES geninin -403. pozisyonundaki G/A polimorfizimleri belirlenmiştir. Statistiksel testler kullanılarak bu polimorfizimler ile FMF hastalarında ki inflamatuar yanıt arasında anlamlı ilişkinin olup olmadığı incelenmiştir.Elde edilen veriler sonucunda IL-6 ve RANTES genlerindeki bu polimorfizimler ile inflamatuar yanıt arasında genotip bazında anlamlı ilişki belirlenememiştir. Bununla beraber MEFV geninde heterozigot mutasyon taşıyan hastalarda IL-6 ile kontrol grubu arasında allel bazında anlamlı ilişki belirlenmiştir. Familial Mediterranean Fever (FMF) is an autosomal recessive disease that commonly affects people of Mediterranean heritage. It is typically characterized by attacks of serositis observed in the abdomen and accompanied by fever and elevated acute-phase molecules. In this study, DNA samples were collected from patients in which previously detected homozygot and heterozygot mutations in different exon of MEFV gene. In a patients, G/C polymorphysm in -174 position ol IL-6 gene and G/A polymorphysm in -403 position of RANTES gene which also have important roles in inflammation process, were identified. By running statistical tests, whether there were significant relations among these genes and inflammatory response in FMF patients was analyzed.As a result of collected data, there wasn?t any significiant relationship between polymorphysms in IL-6 and RANTES gene with inflammatory response on genotype basis. Furthermore, a significiant relationship between IL-6 and control group which carried heterozygot mutation in MEFV gene, was detected on allel basis. 73

Ailesel Akdeniz ateşi (FMF), yaygın olarak Akdeniz toplumlarını etkileyen otozomal çekinik bir hastalıktır. Genelde karında görülen ağrılar ve buna eşlik eden ateş ve yükselmiş akut-evre molekülleriyle karakterizedir.Bu tezde MEFV geninde mutasyon tespit edilememesine rağmen FMF kliniği gösteren hastaların MEFV geni promotor, 5' UTR ve 3' UTR bölgelerinde hastalığa yol açabilecek mutasyonlar incelenmiştir. Sağlıklı bireylerden alınan genomik DNA örnekleri ile MEFV geninde mutasyon olmamasına rağmen FMF kliniği gösteren hastalardan alınan genomik DNA örnekleri karşılaştırılarak promotor, 5'UTR ve 3'UTR bölgelerindeki mutasyonlar tespit edilmeye çalışılmıştır.Elde edilen veriler sonucunda hastalığa yol açabilecek herhangi bir mutasyon saptanamamıştır. Bu da Türk popülasyonlarında promotor, 5' UTR ve 3' UTR mutasyonlarının çok yaygın olmamasından kaynaklanmaktadır. Ancak hastalığın mekanizması tam olarak aydınlatılamadığından MEFV geni dışındaki hangi bozuklukların hastalığa yol açtığı araştırmaları devam etmektedir. Familial Mediterranean Fever (FMF) is an autosomal recessive disease that commonly affects people of Mediterranean heritage. It is typically characterized by attacks of serositis observed in the abdomen and accompanied by fever and elevated acute-phase molecules.In this thesis, possible FMF causing mutations in 5?UTR and 3? UTR regions of MEFV gene has been researched in FMF patients without any MEFV gene mutation. In this study the genomic DNA samples has been compared between the healthy controls and the FMF patients without MEFV gene mutation for detecting any mutations on promoter, 5?UTR and 3?UTR regions.As a result, any mutations has been found that can cause disease. It is a result of promoter, 5?UTR and 3?UTR mutations in MEFV gene are not so prevalent in Turkish populations. But, because of the mecanism of MEFV gene is not well known, the studies are continues for finding mutations on promoter, 3?UTR and 5? UTR regions of MEFV gene. 72

Hashimoto tiroiditi, tiroid hücrelerine zarar veren ve onların hormon üretme yeteneğini tehlikeye atan bağışıklık hücrelerinin ve otoantikorların üretimi ile seyreden otoimmün bir hastalıktır.İmmün sistem hücrelerinin yüzeyinde bulunan Fc reseptörleri, IgG bağlı immün komplekslerini yok etmede etkin olan ve fagosit sisteminin etkinliliğini direkt olarak etkileyeci role sahiptirler (1,64).Fc reseptörleri immün sistem hücrelerinin yüzeyinde bulunur ve glikoprotein sınıfına aittirler. Fc receptorleri, tanıdıkları antikor tipine göre sınıflandırılır, Fc-gamma reseptorleri (Fc?R), opsonize edilmiş mikropların fagositozunun indüksiyonunda en önemli Fc reseptör grubudur (Fridman W, 1991) (64). Humoral immün yanıtın gelişmesi için farklı IgG subgrublarının bağlanmasını kontrol ederler (1).Fc gama reseptör ailesindeki fonksiyonel genetik varyantlar,çeşitli toplumlarda,otoimmün hastalıklara kalıtsal yatkınlık faktörleri olarak tanımlanmaktadırlar (2).Bu çalışmanın amacı, immün sistemde son derece etkin bir role sahip olan bu proteinlerin üretiminden sorumlu FCGRIIC geninde görülen polimorfizm veya mutasyon niteliğindeki nükleotid varyasyonlarının, otoimmün bir hastalık olan Hashimoto tiroidindeki klinik fenotipik rolünü genotip-fenotip korelasyon analizleri dahilinde ortaya koymaktadır.Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Endokrinoloji Bilim Dalı Polikliniğine başvuran, Hashimoto hastalığı kriterlerine uyan 48 hasta çalışma grubunu oluşturmuştur. Ayrıca, Hashimoto tiroiditi tanısı olmayan, aile öyküsü olmayan ve çalışmaya katılmayı kabul eden 25 sağlıklı birey kontrol grubu olarak çalışmada yer almıştır.Bu çalışmanın sonuçlarına bakıldığında; FCGRIIC geni tüm protein kodlayan eksonların analizinde 12 adet mutasyon saptanmıştır.Bunlardan 7'i mises (nokta) mutasyonu, 5'i sinonim aminoasit saptanmıştır.Ayrıca intron bölgesinde 6 adet nukleotid yer değişimi saptanmıştır.Bu çalışmada bizim bulduğumuz mutasyon ve polimorfizmlerin bulunduğu protein bölgelerine bakarsak: Pro83Gln, Pro83Pro, Gln57Gln, Gln63Gln FCGRIIC proteini birinci domainine denk gelmektedir.FCGRIIC proteini ikinci domainine denk gelen mutasyon ve polimorfizmler ise şöyledir: Ile183Met, Ser189Thr, Tyr205Phe, Gln57Gln, Gln63Gln, Leu150Leu, Thr203Thr ve Leu204Leu.Genbank veritabanında gösterilmiş olan FCGRIIC proteini varyasyon bölgelerine bakıldığında, bu çalışmada saptadığımız mutasyon ve polimorfizmlerin protein bölgelerinde yerleşim durumları şöyledir:FCGRIIC reseptör proteini Sitoplazmik bölgesinde yerleşik gen değişimleri: Pro280Leu mutasyonu ve Pro299Pro polimorfizmidir.FCGRIIC reseptör proteini Transmembran bölgesinde yerleşik gen değişimleri: Ile232Thr mutasyonudur.FCGRIIC reseptör proteini Extraselüler bölgesinde yerleşik gen değişimleri: Pro83Gln, Thr118Ile, Ile183Met, Ser189Thr ve Tyr205Phe mutasyonları ile Gln57Gln, Gln63Gln, Leu150Leu, Thr203Thr ve Leu204Leu polimorfizmleridir.Görüldüğü gibi FCGR2C Tip I transmembran reseptörünün farklı fonksiyonel bölgelerine yerleşik olan bu nükleotid varyasyonlarının reseptör biyolojisi üzerine ve dolayısyla da Hashimoto Hastalığı patogenezi üzerine direkt etkileri net bir şekilde görülmektedir.Bu noktada, FCGR2C mutasyonlarının analizini protein veritabanında analiz ettiğimizde ekstraselüler domain yerleşimli Thr118Ile ve Ile183Met mutasyonları ile transmebran yerleşimli Ile232Thr mutasyonunun patogenik olduğu gözlenmiştir. Diğer mutasyon ve polimorfizmler ise hasta grubunda daha sık rastlanarak Hashimoto hastalığının patogenezi ile ilgili olduklarını göstermişlerdir.Ayrıca, FCGRIIC geni mutant allel sıklığı; hasta grubunda %90, sağlıklı kontrol grubunda ise %70 sıklıkta bulunmuştur. Bu sonuçlar, istatistik analize uygulandığında, Hashimoto Tiroidit tanılı hastalarında FCGRIIC geni mutasyonlarının anlamlı olarak arttığı gözlenmiştir (?2: 10.559 ? p: 0.001).FCGRIIC geni ilk kez bir hastalıkta araştırılmıştır. Aynı zamanda, FCGRIIC geninin bu çalışmada araştırıldığı Hashimoto Titoiditi hastalığı da ulusal ve uluslararası alanda bir ilktir.Dolayısıyla, bu çalışmada FCGRIIC geni tüm gen DNA dizileme analizinde elde ettiğimiz nükleotid varyasyonları tamamıyla yeni saptanan gen değişimleridir ve hastalıkla potansiyel kritik ilişkisi düşünülmektedir.ANAHTAR KELİMELER: Hashimoto tiroiditi, Fc Reseptör süperailesi, FCGR2C geni, Mutasyon, Polimorfizm, Fenotip, Genotip. Hashimoto's thyroditis or chronic lymphocytic thyroditis is an autoimmune disease in which the thyroid gland is gradually destroyed by a variety of cell- and antibody-mediated immune processes.Fc receptors named as a group of glycoproteins of hematopoietic cell surface and based on surface of the cells of immune system, characterized by direct affection of the mononuclear phagocytosis system which destructed IgG immune complexes. And functional genetic variants of this receptors family are defined as vulnerability factors participate in autoimmune diseases in population. The aim of this study is to show with genotype-phenotype correlation analysis of the clinical phenotypic role in autoimmune disease of Hashimoto`s thyroiditis of nucleotide polymorphisms or variations in the nature of mutations in FcGRIIC gene, responsible for the production of proteins which have an extremely active role in immune system. The study group comprised by 48 patients admitted to Department of endokrinology of Ege Univercity Faculty of Medicine, Department of Internal Medicine and corresponding to Hoshimoto disease criteries.Also, 25 healthy individuals not diagnosed with Hashimoto thyroid and family history of this disease aggred to participate in the study was included in this study.Looking to the results of this study; after analysis of the entire coding region of FCGRIIC there was found 12 new mutations,This is 7 mises mutations, 5 sininim aminoacit and also in intron 6 pieces nucleotide was seen.Looking to regions where was found mutations and polymorphisms in this study: Pro83Gln ,Pro83Pro, Gln57Gln, Gln63Gln FCGRIIC proteins are correspond to the first domain. Mutations and polymorphisms are correspending to second domaine of FCGRIIC are Ile183Met, Ser189Thr, Tyr205Phe, Gln57Gln, Gln63Gln, Leu150Leu, Thr203Thr ve Leu204Leu.Looking to proteins variations regions for FCGRIIC showed in GenBank Database, placcement status in protein regions of muatations and polymorphisms found in our study are:For the cytoplasmic region settled gene change of FCGRIIC receptor protein is: Pro280Leu mutation and Pro299Pro polymorphism morfizmidir.For the transmembrane region settled gene change of FCGRIIC receptor protein is:Ile232Thr mutation.For theextracelular region settled gene changes of FCGRIIC receptor protein are: Pro83Gln, Thr118Ile, Ile183Met, Ser189Thr ve Tyr205Phe mutations and Gln57Gln, Gln63Gln, Leu150Leu, Thr203Thr ve Leu204Leu polymorphisms.As shown this nucleotide variations settled in different regions of FCGR2C type I transmembrane receptors affections on the biology of the receptors and therefore directly affects on pathogenesis of Hashimoto disease are clearly seen.In this point, after analysis in protein databases of FCGR2C mutations the ekstracelular domain settled Thr118Ile and Ile183Met mutations and transmembrane settled Ile232Thr mutations are was observed as a pathogenetic. Other mutations and polymorphisms more frequently found in patients groups and have shown that they are related to Hashimoto disease pathogenesis.Furthermore, the frequency of mutant alleles of FCGRIIC gene were; %90 in patients group and %70 in healthy control group. After applied for the statistical analysis FCGRIIC gene mutations increased significantly (?2: 10.559 ? p: 0.001) in Hashimoto disease patients.FCGRIIC gene was investigated in disease pathology at first time. Futhermore FCGRIIC gene was investigated at first time in Hashimoto disease in national and international arena.Also, in this study the nucleotide variations that we obtained after DNA sequencing analysis of the entire FCGRIIC gene were completely new genetic changes and though potentially critical relationship with this disease.Key words: Hashimoto`s thyroditis, Fc receptors superfamily, FCGR2C gene, Mutation, Polymorphism, Phenotype, Genotype 86

Bu çalışmada, Steroide dirençli nefrotik sendromlu hasta grubunda podosin ve podoplanin proteinlerinin mRNA ekspresyon düzeylerinin değişip değişmediği araştırılmıştır. Bu amaçla Real-Time PCR yöntemiyle mRNA ekspresyon düzeyleri belirlenmiştir. Elde edilen mRNA ekspresyon düzeyleri minimal lezyon hastalarındaki sonuçlarla karşılaştırlmıştır.Elde edilen verilere göre; podosin ve podoplanin mRNA ekspresyon düzeylerinin steroide dirençli nefrotik sendromda farklı olduğu bulunmuştur. Sonuçlar, özellikle hastalığa sebep olan podosin proteinin mRNA ekspresyonun kantitatif bir noksanlığına dayandığı hipotezini destekleyici niteliktedir. In this study, changes at the mRNA expression levels of podocin and podoplanin proteins in a group of steroid-resistant nephrotic syndrome patients has been investigated. For this purpose, mRNA expression levels are determined by the Real-Time PCR method. The obtained mRNA expression levels were compared with the results in patients with minimal lesions.According to the data obtained; podocin and podoplanin mRNA expression levels in steroid-resistant nephrotic syndrome was found to be different. Outcomes supports the hypotesis that lack of mRNA expression of podocin protein causes the disase. 80

Bu çalışmada, herediter otoinflamatuar hastalıklarda bir prototip olan Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF: Familial Mediterrenean Fever: OMIM249100) hastalığında ortaya çıkan farklı fenotiplerin oluşumunda intraselüler adaptör protein olarak bilinen ASC (apopthosis-associated speck like protein with a CARD) molekülünün rolü araştırılmıştır. 165 bireyden oluşan çalışma grubumuzda, MEFV ve PYCARD (ASC) geni mutasyon analizleri ve `'PYCARD'' mRNA gen ekspresyonu kantitasyonu gerçekleştirilmiştir. MEFV geni mutasyon analizinde; 2, 3, 5 ve 10. ekson mutasyonlarından homozigot, heterozigot, bileşik heterozigot ve MEFV geninde major mutasyon saptanmayan klinik olarak şüpheli FMF gruptan oluşan hasta alt grupları oluşturulmuştur. ASC geninin tüm kodlayan eksonlarını içeren mutasyon analizinde hiç bir hastada nukleotit değişimi saptanmamıştır. ASC geni mRNA ekspresyonu kantitasyonunda, sağlıklı kontrollere relatif olarak FMF hastalarında istatistikî anlamlı (p

Ailesel Akdeniz ateşi (AAA), yaygın olarak Akdeniz toplumlarını etkileyen otozomal çekinik bir hastalıktır. Genelde karında görülen serozit atakları ve buna eşlik eden ateş ve yükselmiş akut-evre molekülleriyle karakterizedir.Bu çalışmada fenotip ve genotip korelasyondaki moleküler temelin, değişen MEFV mRNA ekspresyonu olup olmadığı araştrıldı. Fmf hastalarından ve sağlıklı kontrol grubundan elde edilen periferik kan lökositlerindeki mefv transkriptinin rölatif miktarı tespit edildi.Elde edilen veriler, Mefv mesaj düzeylerinin hem fenotipine hemde genotipine bağlı olduğunu gösterdi. Sonuçlar, hastalığın patofizyolojisinin, MEFV mRNA ekspresyonunun kantitatif bir noksanlığına dayandığı hipotezini destekleyici niteliktedir Familial Mediterranean Fever (FMF) is an autosomal recessive disease that commonly affects people of Mediterranean heritage. It is typically characterized by attacks of serositis observed in the abdomen and accompanied by fever and elevated acute-phase molecules.To address whether the molecular basis of the phenotype?genotype correlation could be related to altered MEFV messenger RNA (mRNA) expression, we quantified the relative abundance of MEFV transcripts in peripheral blood leukocytes from patients with FMF, healthy carriers of a single MEFV mutation, and healthy control subjects.Our results demonstrate that MEFV message levels are related to both the genotype and the phenotype, and suggest that the pathophysiology of FMF relies on a quantitative defect of MEFV mRNA expression. 95

BÖLÜM VIÖZETKompleman sistemin lektin yolunun aktivasyonunda önemli rol oynayan ve doğalimmunitenin anahtar komponenti olan Mannoz Bağlayıcı Lektin (MBL) C tipi lektin ailesineait bir serum proteinidir. Enflamatuvar hastalıklarda hastalık riskinin artmasında serum MBLdüzeyindeki eksiklik ve MBL gen polimorfizmleri yakın ilişkilidir. Bu amaçla çalışmamızda,enflamatuvar bir hastalık olan kronik periodontitis ile serum MBL düzeylerinin ve Türkpopulasyonunda MBL gen polimorfizminin ilişkisini ve genotip dağılımlarının uygulananbaşlangıç periodontal tedaviye yanıtta olan etkisini değerlendirmeyi amaçladık.Çalışmamıza kronik periodontitisli 83 ve periodontal sağlıklı 89, toplam 172 hasta dahiledildi. MBL polimorfizm değerlendirmeleri için çalışmaya katılan bireylerden periferal kanörnekleri alınarak elde edilen genomik DNA'lar PCR-RFLP yöntemi ile değerlendirildi.Sonuçlar ki kare testi ve çoklu lojistik regresyon analizi ile değerlendirildi.Çalışmamızda serum MBL düzeyleri ile kronik periodontitis arasında bir ilişkibulunamamıştır(P>0.05). Grupların allel frekansları ve genotip dağılımları Hardy-Weinbergeşitliğine uygundur (P>0.05, X20.05). Serum MBLdüzeyleri ile genotip dağılımları arasında anlamlı farklılık bulunmuştur(P0.05).Sonuç olarak çalışmamızda, Türk populasyonunda MBL gen polimorfizmi ile kronikperiodontitis arasında bir ilişki bulunmamışsa da, Türkiye'nin farklı bölgelerinde de kapsamlıçalışmaların yapılması gerektiği kanısındayız. ABSTRACTMannose Binding Lectin Serum Levels and Gene Polymorphisms and Genotype -Phenotype Associations in Periodontal Diseased PatientsMannose-binding lectin (MBL) which is a member of C type lectin family plays animportant role in the activation of complement system lectin pathway and a key component ofinnate immunity. Low serum MBL levels and MBL gene polymorphisms have beenassociated with increased susceptibility to infectious diseases. The aim of the present studywas to investigate the associations between serum MBL levels and MBL gene polymorphismwith chronic periodontitis (CP) in a Turkish population and the influence of genotypes onresponse to the non-surgical periodontal therapy.A total of 172 Turkish subjects were included in the present study for MBLpolymorphisms analysis and 83 of them were selected for serum levels analysis. MBLpolymorphism was genotyped by polymerase chain reaction amplification followingrestriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method and serum analysis wereanalyzed by MBL ELISA kit. The data were analyzed by Chi-square test, ANOVA, Spearmancorrelation test and multi variant logistic regression.Serum MBL levels were not related with chronic periodontitis (P>0.05). Genotypedistributions and allele frequencies in this study were found in accordance with Hardy-Weinberg equilibrium (P>0.05, X20.05). SerumMBL levels were related with genotypes (P0.05).Within the limitations of the present study it might be concluded that MBL genepolymorphism is not associated with susceptibility to chronic periodontitis and responses tonon-surgical periodontal therapy were not associated with polymorphic allele carriage ofMBL gene in Turkish population. 93

131

ÖZET IgA Nefropatisi; yineleyen makroskobik hematüri ile giden ve dünyada en sık görülen glomeruler hastalıktır. Hastalık, ilk bulunduğu zamanlarda oldukça benign olarak değerlendirilmiş ancak daha sonraki izlemlerde olguların önemli bir yüzdesinde yavaş yavaş son dönem böbrek yetmezliği geliştiği ve prognozlarının kötü olduğu görülmüştür. Son zamanlarda farklı ülkelerde IgA nef ropatili hastalarda yapılan çalışmalarda, bu hastalarda %40'lara varan oranlarda kronik böbrek yetmezliği geliştiği ortaya konmuştur. Kronik böbrek yetmezliği gelişmiş bir hastanın tedavi masrafları tüm ülkeler için ağır bir ekonomik yüktür. Bu çalışmada, çocukluk yaş grubunda IgA Nefropatisi'nde renal hasarlanmada lipid ve protein yapısındaki biyolojik aktif moleküllerin rolünün varlığı ve omega-3 yağ asitlerinin renoprotektif etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Pediatrik Nefroloji Polikliniği'nde izlenen, 9'u kız, ll'i erkek olan, yaş dağılımları 9-17 arasında olup, yaş ortalamaları 14.5 ± 2.7 yıl olan biyopsi ile tanı konulmuş IgA nefropatili hastalar alınmıştır. Kontrol grubu yaş ortalamaları hasta grubu ile aynı olan, 6'sı kız, 4'ü erkek, toplam 10 sağlıklı çocuktan oluşturulmuştur. Çalışmanın başlangıcında olguların taze idrarında nefelometre ile kantitatif protein ve Nikon OPTİPHOT-2 marka mikroskopla mikroskopik bakı yapılmış, ALCYON 300 î aleti ile 24 saatlik idrarda iyon ve kreatinin atılımları, serumda Sodyum, Potasyum, Kalsiyum, Fosfor, Magnezyum, Üre ve Kreatinin, Trigliserid, Kolesterol, HDL ve LDL çalışılmıştır. İdrar 86sonuçlarından kreatinin klirensi hesaplanmış ve 3 gün üst üste toplanan 24 saatlik idrarda mikroalbumln çalışılarak ortalamaları alınmıştır. İdrar ve plazmadan kemokinler ELİSA yöntemi ile, aynı örneklerden PAF ise RİA yöntemi ile çalışılmıştır. Tedavi grubuna günde 1,8 gr EPA (Eikozapentaenoik asit) ve 1,4 gr OHA (Dokozahekzaenoikasit) içeren omega- 3 yağ asidi karışımı verilmiştir. Plasebo grubuna ise aynı miktarda bitkisel yağ verilerek kontrol ölçümleri üçüncü ve altıncı aylarda yapılmıştır. Sonuçların istatistiksel değerlendirmesinde Nonparametrik test, Wilcoxon Signed Rank Test, Mann-Whitney Test ve Kruskal-Wallis Test kullanılmıştır. Tedavi öncesi gruplar arasında idrar iyon ekskresyonları, kreatinin klirensi, IgA ve C3 düzeyleri istatistiksel olarak farklı bulunmamış, ancak IgA nefropatili hasta grubunda mikroalbuminüri ve eritrositüri, sağlıklı gruba göre anlamlı yüksek bulunmuştur. Plazmada ölçülen MCP-1 değerleri ile kontrol grubu arasında farklı bulunmazken, PAF ve RANTES düzeyleri IgA nefropatili grupta anlamlı yüksek bulunmuştur (P< 0.001 ; 0.001 sırasıyla). İdrarda ölçülen MCP-1 ve PAF değerleri IgA nefropatili grupta daha yüksek olarak saptanırken, RANTES değerleri ise IgA Nefropatisi grup ile sağlıklı grup arasında farklı bulunmamıştır. Altı aylık omega-3 tedavisi sonrasında tedavi grubunda eritrositüri, mikroalbuminüri, kolesterol, trigliserid ve LDL değerleri plasebo grubuna oranla anlamlı olarak azaldığı, HDL değerlerinin ise tedavi grubunda arttığı görülmüştür. Tedavi grubunda plazma ve idrar MCP-1 değerleri değişmezken, RANTES değerleri sadece plazmada değişmemiş, idrarda her 87iki grupta da RANTES ekskresyonunun arttığı saptanmıştır. PAF değerleri ise tedavi grubunda hem plazmada hem de idrarda anlamlı düşmüştür.(P< 0.005 ; 0.005 sırasıyla) IgA Nefropatisi'nde IgA molekülünün mezengiyal hücre ile etkileşimi ile başlayan, glomerül hasarı sonucu ortaya çıktığı düşünülen proteinüri ve hematürinin oluşumunda glomerül resident hücreleri ve infiltre periferik hücreler tarafından salındığı düşünülen biyolojik aktif moleküllerden lipid yapısındaki PAF ve kemokinlerin önemli yere sahip oldukları düşünülmektedir. Artmış endojen ve ekskrete olan kemokinler ve PAF, glomerül hasarı yanısıra, otokrin ve parakrin etkileri, ayrıca da karşılıklı etkileşimleri ile tubulointerstisyel yangıyı oluştururlar ki, bu da IgA nefropatisinin progresyonunda esas etkili olan f ibrotik süreci başlatabilir. Omega-3 yağ asitleri, altı aylık tedavi sonrasında lipid metabolizması üzerine olumlu etkiler oluşturur ve PAF düzeyinde yaptıkları düşüşe paralel olarak mikroalbuminüri ve hematüriyi azaltır. Hastalıkta rol oynayan diğer mediyatörlerden RANTES ve MCP-l'in tedaviden etkilenmemesi; omega-3 yağ asitlerinin bu moleküllerin transkripsiyon faktörlerine etki etmediğini veya kısa dönemde bu moleküller üzerine etkilerini oluşturamadıklarını düşündürmüştür. Ancak; inflamasyonun daha önceden başlamış olması ve kısır döngülerin oluşmuş olmasının yanında çalışma süremizin kısa olmasından dolayı omega-3 yağ asitlerinin bu düzeyde etkilerini görememiş olabiliriz. Buradan da; inflamasyon başladıktan sonra oluşan kısır döngüler ne kadar erken tedavi edilmeye başlanırsa hastalığın son dönem böbrek yetmezliğine gitme olasılığının o kadar az olacağı düşüncesi ortaya çıkmaktadır. 88Sonuç olarak; IgA Nefropatisi'nde hastalığın başlangıcında oluştuğu düşünülen ve renal hasarlanmadan sorumlu olan özellikle de lipid yapısındaki moleküllerin, omega-3 yağ asitleri tarafından sentezlerinin engellenmesinin, oluşacak olan hasarlanmayı önleyebileceği ve böylelikle omega-3 yağ asitleri ile tedavinin erken çocukluk dönemlerinde başlanmasının yararlı olduğu kanaatine varılmıştır. 89 113