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Resumen del trabajo presentado en la FoodMicro2022 Conference, celebrada en Atenas (Grecia); del 28 al 31 de agosto de 2022, This work reports on the first described aerotolerant Bifidobacterium bifidum strain. One of the main challenges for exploiting the therapeutic potential of next generation probiotics is their inclusion into functional foods, which is hampered by extreme oxygen sensitivity. This is indeed an unmet technological problem of human gut bifidobacteria. Aerobic conditions are present during the processes of producing, handling, manufacturing and storing probiotics. B. bifidum species includes several probiotic strains of invaluable therapeutic potential, but they also exhibit one of the lowest resistance to oxygen among human bifidobacteria. In this work, we present strain Bifidobacterium bifidum IPLA60003, which has the ability to form colonies on the surface of agar plates under aerobic conditions, a weird phenotype that to our knowledge has never been observed in B. bifidum. The strain IPLA60003 was generated after random UV mutagenesis from an intestinal isolate. It incorporates 26 single nucleotide polymorphisms that activate the expression of native oxidative defense mechanisms such as the alkyl hydroxyperoxide reductase, the glycolytic pathway and several genes coding for enzymes involved in redox reactions. In the present work, we discuss the molecular mechanisms underlying the aerotolerance phenotype of B. bifidum IPLA60003, which will open new strategies for the selection and inclusion of probiotic gut strains and next generation probiotics into functional foods. Further, we addressed the technological application of IPLA60003 evaluating its survival and metabolic activity in milk for 28 days. Besides, we studied the survival of the strains in fresh cultures, after freezing at -80ºC and after lyophilization by plate counts incubated in anaerobiosis and in the presence of O2. Globally, technological performance of strain IPLA60003 was better than other two non-aerotolerant B. bifidum strains.

[EN] The consumption of fermented vegetables is widespread throughout the world and represents an important component of the human diet with considerable contribution to the food supply for a world popula-tion in continuous growth. Many of the fermented vegetables share a general process which requires salting and acidification steps. Among the microorganisms responsible for fermentation, lactic acid bacteria are the most relevant with important organoleptic, quality and safety benefits. This review deals with the microbial ecology of fermented vegetables focusing on the biodiversity of lactic acid bacteria, the most important molecular tech-niques used for their identification and genotyping, their importance for the formation of biofilms as well as their use as starter cultures for obtaining high-quality and safe vegetable products, [ES] El consumo de vegetales fermenta-dos está muy extendido en el mundo y representa un componente importante de la dieta humana con un apoyo considerable a la cadena alimentaria para una población mundial en continuo crecimiento. Muchos de los vege-tales fermentados comparten un proceso general, que requiere una puesta en salmuera y acidificación. Entre los microorganismos responsables de la fermentación, las bacterias del ácido láctico son las más relevantes con una importante influencia sobre aspectos organolépticos, de calidad y seguridad del producto final. Esta revisión trata sobre la ecología microbiana de los vegetales fermentados, prestando especial atención a la biodiversidad de las bacterias del ácido láctico, las técnicas moleculares más importantes utilizadas para su identificación y genotipado, su importancia para la formación de biofilms y su uso como cultivos iniciadores multifuncionales para la obtención de productos vegetales de alta calidad y seguridad.

Trabajo presentado en la 13ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Madrid (España) del 17 al 18 de junio de 2019, Durante los últimos diez años ha habido avances en la compresión de cómo la microbiota intestinal humana contribuye a nuestra salud y enfermedad. La microbiota humana, especialmente la microbiota intestinal, es considerada un “órgano esencial” debido a que las comunidades microbianas que colonizan todas las superficies de nuestro cuerpo nos proporcionan funciones metabólicas, inmunológicas y fisiológicas esenciales. Tras el nacimiento, nuestra microbiota intestinal alcanza su configuración final a la edad de 2 a 3 años con la introducción de alimentos sólidos, estableciéndose una comunidad de microorganismos dominada por anaerobios obligados. Después del nacimiento, alrededor de 100 especies bacterianas colonizan el intestino, aumentando hasta 103 en la edad adulta. Su composición evoluciona constantemente, dependiendo de factores internos y externos como la edad, la raza, la dieta, la colonización materna, así como la exposición a antibióticos y xenobióticos. Además, otros factores como el estrés o los tratamientos farmacológicos conducen a rápidos cambios en la composición de nuestra microbiota. La complejidad de la microbiota intestinal hace difícil deducir la contribución individual de una especie/cepa a un fenotipo, enfermedad o condición. Por ello, el desarrollo de métodos para la modificación dirigida de una microbiota, especialmente enfocada en eliminar de una comunidad microbiana una bacteria específica, podría ser útil para descifrar como una especie contribuye a una enfermedad o a un proceso fisiológico, inmunológico o metabólico. En este estudio presentamos una tecnología que, si bien no es desconocida, sí que es pionera en cuanto a su aplicación. Hemos utilizado un anticuerpo policlonal dirigido a la proteína A de la capa S de Lactobacillus acidophilus DSM20079T para conseguir detectarlo en un consorcio bacteriano compuesto de 8 especies representativas de la microbiota intestinal humana. Además, se ha realizado una depleción y enriquecimiento positivo (y por lo tanto un aislamiento de esta bacteria del resto de especies microbianas) tanto en una microbiota sintética como en microbiotas reales. La depleción de L. acidophilus del resto de especies se realiza en un solo paso, mientras que para el enriquecimiento positivo de esta especie fue necesario el uso de tripsina ya que L. acidophilus interacciona con otras bacterias de su entorno a través de interacciones proteínaproteína u otros potenciales receptores presentes en bacterias como Akkermansia muciniphila. Esta técnica contribuirá a comprender las contribuciones específicas de una sola bacteria dentro de una microbiota intestinal humana compleja., AGL2016-78311-R

Trabajo presentado en el 10th Workshop on Probiotics and Prebiotics, de la Sociedad Española de Probióticos y Prebióticos (SEPyP), celebrado en Las Palmas de Gran Canarias, del 6 al 8 de febrero de 2019, [Aim] The aim of this work was to evidence that the use of different stool collection strategies has a deep impact on the viability and diversity of the fecal microbiota that is recovered in the laboratory, notably if oxygen toxicity is not considered. This is particularly critical if the purpose of the sample is to envisage personalized biotherapeutic purposes, such as autologous fecal microbiota transplant or designing personalized biotherapeutics. [Methods] In order to analyze differences in the viability of fecal microbial populations during the whole delivery procedure, the same fecal specimens were sampled in conventional stool containers and GutAlive® devices, which minimize exposure of fecal microbiota to oxygen. Samples from five healthy donors were used and 150 differential colonies between the two devices were recovered. Differences included those associated to the two collection devices and individuals. All colonies were identified by 16S rRNA gene sequencing. Complete genomes of two extremely oxygen sensitive (EOS) bacteria recovered were sequenced with the Illumina MiSeq Sequencing System. [Results] Microbial diversity obtained was notably higher using GutAlive®. This device was able to maintain the viability of EOS species such as Akkermansia muciniphila, Faecalibacterium prausnitzii and a possible new member of the Clostridiales order. These obligate anaerobes were not recovered using the conventional stool container. Remarkably, GutAlive® allowed culturing and identifying an anaerobic isolate which may represent a new lineage within Clostridiales. This shows the importance of a personalized approach in microbiota-based therapies, as this novel isolate was recovered only from feces of one of the donors. [Conclusion] Using GutAlive® for stool sampling and transport allowed higher recovery of viable EOS bacteria by limiting oxygen exposure during the whole process. By standardizing the sampling and transport of the fecal specimens to the lab, GutAlive® can be applied for the normalization of microbiota-based studies, analysis and developments. Competing interests: NM is a full-time employee of Microviable Therapeutics; CH-C, SD, AM and BS are co-founders and SAB members of Microviable Therapeutics, and also co-inventors on at least one patent regarding microbiome stool collection kit and applications.

Trabajo presentado en el 10th Workshop on Probiotics and Prebiotics, de la Sociedad Española de Probióticos y Prebióticos (SEPyP), celebrado en Las Palmas de Gran Canarias, del 6 al 8 de febrero de 2019, The human gut microbiota is composed of the different microorganisms of our intestinal ecosystem. It has an important metabolic and nutritional role, and it is involved in the correct development of the gut and the maturation of our immune system. Currently, the application of fecal microbiota transplantation (FMT) has allowed us to establish causality in microbiome studies, and we know that microbiota can cure diseases or induce the appearance of disease symptoms, or even determine the success of some health treatments. But knowledge of the curative effects of feces has been documented many centuries ago. In the present article we want to make a brief review of the history of FMT, focusing on its effect on the human microbiome and its capacity to act on human physiology. We also want to place special emphasis on aspects that must be taken into account to translate microbiome research to medicine, related to safety, regulation and standardization of methods, as well as the importance of being able to predict the success of FMT., Research in our group is funded by grants BIO2014-55019-JIN and AGL2016-78311-R (from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness) and a grant from the Asociación Española contra el Cáncer (Reference: PS2016). Lorena Ruiz is the recipient of a Juan de la Cierva Post-Doctoral contract (IJCI-2015-23196) from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness

Trabajo presentado en el 10th Workshop on Probiotics and Prebiotics, de la Sociedad Española de Probióticos y Prebióticos (SEPyP), celebrado en Las Palmas de Gran Canarias, del 6 al 8 de febrero de 2019, [Background] Several independent studies have addressed the beneficial role of lactic acid bacteria over different cancer types, both in vitro and in vivo. However, and to our knowledge, no molecular study has been performed to understand how this inhibitory effect may take place. [Methods] Different fractions from several lactic acid bacteria and bifidobacteria were obtained in order to test their effect over two well-known epithelial cell lines, Caco-2 and Ht29, using the RTCA device. Effect of this extract over cell cycle and the process of necrosis/apoptosis was checked by flow cytometry. Molecular mechanism of action was elucidated by RNASeq. Results: The most active fraction was obtained from Lactobacillus acidophilus, and RNASeq analysis revealed an activation of several detoxification/xenobiotic pathways in epithelial cells. Nuclear magnetic resonance revealed a quite complex extract with the presence of alanine and lactic acid. Alanine had no effect over proliferation but buffering of the extract suggested that some of the observed inhibitory effect was due to lactic acid. The antiproliferative effect was visible from 300 mg/L lactic acid, and 2,7 g/L were enough to induce complete culture death in Ht29 an Caco-2. [Conclusion] Although it remains to known the role of other compounds in the anti-proliferative effect of the L. acidophilus extract, we have shown for the first time that CaCo-2 and Ht29 cell lines are sensible to lactic acid concentrations lower than those observed for instance in yoghourt (9 g/L), suggesting that carcinogenic cells may be more sensitive to lactic acid than normal cells. Production of lactic acid in the colon is therefore a molecular mechanism of action by which lactic acid bacteria exert their beneficial role in the colon.

Trabajo presentado en las Charlas de Otoño CSIC Asturias, celebradas en Oviedo (España) del 18 de octubre al 18 de diciembre de 2018

Trabajo presentado en el 9º Encuentro Internacional de Biotecnología (BioSpain), celebrado en Sevilla (España), del 25 al 27 de septiembre de 2018

Trabajo presentado en el 7th International Human Microbiome Congress, IHMC, celebrado en County Kerry (Irlanda) del 28 al 26 de junio de 2018, The human gastrointestinal tract (GIT) is a very complex ecosystem involving a continuous interaction between nutrients, host cells and microorganisms. Recently, we have discovered a new family of immunomodulatory peptides that are encrypted within the sequence of a precise extracellular protein, which is secreted by the lactic acid bacterium Lactobacillus plantarum (Patent WO 2013034795 A1) (1). The genetic information about commensal/probiotic bacteria and gut microbiomes that is present in public repositories is huge, with only a list of 10 million unique bacterial proteins available mainly from the METAHIT and HMP projects (http://gigadb.org/dataset/100064). Our aim is to explore these 10 million unique proteins to obtain information on encrypted peptides which might have immunomodulatory bioactivity on host cells. With this in mind we have developed the MAHMI (Mechanism of Action of the Human Microbiome) database, a unique resource that provides comprehensive information about the sequence of potential immunomodulatory and antiproliferative peptides encrypted in the proteins produced by the human gut microbiota. Fifteen peptides were chosen by its potential immunomodulatory bioactivity. Selected peptides were assayed in vitro at a final concentration of 10 µg/mL using monocyte derived cells (Mo-DCs). Our bioinformatics/in vitro methodology allowed selection of new inmunomodulatory peptides encrypted in the human intestinal bacteria metaproteome. HM14 signaled through an unknown receptor, and imprinted anti-inflammatory traits in immune cells as evidenced by RNASeq and flow cytometry. The mechanisms used by this kind of peptides may be useful for the treatment of inflammatory diseases

Trabajo presentado en el 7th International Human Microbiome Congress, IHMC, celebrado en County Kerry (Irlanda) del 28 al 26 de junio de 2018, New studies and therapies based on gut microbiota sampling need from protocol normalization and standardization. During this process, keeping microbial viability from the sampling to the delivery, and the manipulation and storage of the faecal samples is crucial. This standardization requires a device/kit to avoid the toxic effect of oxygen on intestinal microbiota. [Objective] To develop and validate an anaerobic stool sample collection device: GutAliveR (PCT/ES2017/070087). [Methods] The efficiency of GutAliveRwas tested and compared with other stool collection systems. Maintenance of the anaerobic conditions was experimentally evaluated by means of total counts of anaerobic microorganisms. For this purpose, autoclaved faecal samples were inoculated with cultures of different anaerobic microorganisms. Also, a biodiversity index was calculated from faecal samples of healthy donors. Recounts were carried out at inoculation time and after 5/24/72 h incubation at room temperature (RT). [Results] In GutAliveR , anaerobic microorganisms inoculated showed a lower loss of viability after 24 and 72 h compared with conventional systems. Bifidobacterium bifidum remained viable and culturable up to 72 h at RT, while using a conventional system the bifidobacterial population was reduced 37% at 24 h and more than 99% at 72 h. The biodiversity index is higher when GutAliveR is used to collect and transport the faecal samples. [Conclusion] GutAliveR ensures an anoxic environment for the stool sampling and transport until processing at the laboratory. This could be critical in some applications, such as standardization and normalization of microbiota-based studies and the isolation of new probiotic strains from faeces.

Methods in Molecular Biology 2278, Bifidobacteria represent an important group of (mostly) commensal microorganisms, which have enjoyed increasing scientific and industrial attention due to their purported health-promoting attributes. For the latter reason, several species have been granted “generally recognized as safe” (GRAS) and “qualified presumption of safety” (QPS) status by the Food and Drugs Administration (FDA) and European Food Safety Authority (EFSA) organizations. Increasing scientific evidence supports their potential as oral delivery vectors to produce bioactive and therapeutic molecules at intestinal level. In order to achieve an efficient utilization of bifidobacterial strains as health-promoting (food) ingredients, it is necessary to provide evidence on the molecular mechanisms behind their purported beneficial and probiotic traits, and precise mechanisms of interaction with their human (or other mammalian) host. In this context, developing appropriate molecular tools to generate and investigate recombinant strains is necessary. While bifidobacteria have long remained recalcitrant to genetic manipulation, a wide array of Bifidobacterium-specific replicating vectors and genetic modification procedures have been described in literature. The current chapter intends to provide an updated overview on the vectors used to genetically modify and manipulate bifidobacteria, including their general characteristics, reviewing examples of their use to successfully generate recombinant bifidobacterial strains for specific purposes, and providing a general workflow and cautions to design and conduct heterologous expression in bifidobacteria. Knowledge gaps and fields of research that may help to widen the molecular toolbox to improve the functional and technological potential of bifidobacteria are also discussed.

Con autorización de la editorial para este libro. La edición de este libro estuvo a cargo de Jesús Rey Rocha y Víctor Ladero., Este libro surge como una iniciativa para compilar una serie de artículos alumbrados a partir de la génesis del Grupo CURIE (Científic@s Unid@s por la Reactivación de la Investigación en España), semilla de la Asociación Española para el Avance de la Ciencia (AEAC). Durante meses sus miembros estuvieron intercambiando reflexiones y debatiendo sobre la distancia entre la ciencia y la sociedad, y la necesidad de crear una asociación que llenase ese vacío entre los científicos y los ciudadanos, que apostase por llevar la ciencia y los conocimientos generados por la misma a toda la sociedad, tal y como establecen la Declaración de Derechos Humanos y la Constitución Española, en su artículo 44.

Resumen del trabajo presentado en el XI Workshop de la Sociedad Española de Microbiota, Probióticos y Prebióticos, celebrado en Granada (España), del 12 al 14 de febrero de 2020, Escherichia coli es una de los primeros colonizadores del intestino humano, normalmente las cepas pertenecientes a esta especie son comensales incluso algunas de ellas han sido seleccionadas como probióticos. Sin embargo, algunas cepas llevan consigo las llamadas islas de patogenicidad o diferentes elementos móviles que están asociados con enfermedades intra- y extra- intestinales. La isla genómica pks codifica la maquinaria necesaria para la síntesis de una genotoxina híbrida péptido-poliquétido llamada colibactina. La colibactina induce roturas de doble cadena en el ADN, aberraciones cromosómicas y detección del ciclo celular. La cepa probiótica Nissle 1917, contiene la isla pks y produce una genotoxina funcional. Recientes estudios han encontrado la isla de patogenicidad en otros miembros de la familia Enterobacteriaceae, tales como Citrobacter, Klebsiella y Enterobacter. El objetivo principal de este estudio fue realizar un análisis a gran escala para detectar cepas pks+ de E. coli utilizando la citometría de flujo.

Trabajo presentado en la 12ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Sevilla (España) del 17 al 18 de mayo de 2018, Proyecto AGL2015-71923-REDT

In this paper we bring together two perspectives onto one single issue: the relevance of fundamental research. We depart from the personal experience of a scientist to arrive at a philosophical reasoning, which allows us to detach ourselves from the question what is this for? We conclude that, even if there are plenty of examples of the utility of fundamental research, that question is of no use in identifying good scientific work.

Trabajo presentado en la 12ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Sevilla (España) del 17 al 18 de mayo de 2018., Y presentado también en el 7th International Human Microbiome Congress, IHMC, celebrado en County Kerry (Irlanda) del 28 al 26 de junio de 2018, n los últimos años se está revelando la relación entre el metabolismo de sales biliares y el colesterol, la microbiota intestinal y su implicación en la salud. A diferencia de otras localizaciones, el microbioma del tracto biliar apenas ha sido estudiado. En este trabajo se ha realizado un análisis metagenómico filogenético y funcional de muestras de bilis humana, además de un análisis metabolómico, con el fin de caracterizar el microbioma biliar de donantes de hígado y pacientes con colelitiasis, e identificar posibles disbiosis asociadas a esta patología. Se obtuvieron muestras de bilis de donantes de hígado y pacientes con colelitiasis, de las que se extrajo el ADN biliar siguiendo un protocolo optimizado. Se llevó a cabo la secuenciación masiva de amplicones del ADNr 16S mediante la tecnología Illumina. Además, se realizó secuenciación masiva por shotgun y análisis de metagenómica funcional de tres muestras de bilis de sujetos sanos. El análisis metabolómico se realizó utilizando técnicas de NMR. Los resultados mostraron una gran diversidad microbiana presente en este tipo de muestras, con presencia de 4 filos mayoritarios: Firmicutes, Bacteriodetes, Actinobacteria y Proteobacteria. El análisis estadístico mostró diferencias significativas en la abundancia relativa de diversos taxones presentes en la bilis de ambos grupos. En concreto, secuencias de la familia Propionibacteriaceae fueron más abundantes en la bilis de los donantes de hígado, mientras que en pacientes con colelitiasis fueron más frecuentes las de las familias Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Porphyromonadaceae y Veillonellaceae. El análisis funcional mostró que la asignación a las principales categorías funcionales del COG es similar a la del microbioma intestinal humano. Por último, el análisis metabolómico nos permitió asociar diferentes perfiles metabólicos a los grupos de individuos objeto de estudio., This work was financed by the Spanish “Plan Nacional I+D+i” through the project AGL2013-44761-P

Trabajo presentado en las III Jornadas sobre Investigación en Cáncer en León de la Asociación Española Contra el Cáncer, celebrado en León (España) del 13 al 15 de noviembre de 2017

Trabajo presentado en la 10th International Conference on Predictive Modelling in Food, celebrada en Córdoba (España) del 26 al 29 de septiembre de 2017

Trabajo presentado en el Congreso Gobernanza, Confianza y Cultura del Riesgo, celebrado en Oviedo (Asturias) del 25 al 27 de septiembre de 2017

Trabajo presentado en el 7th Congress of European Microbiologists (FEMS 2017), celebrado en Valencia (España), del 9 al 13 de julio de 2017, [Backgrounds] Infections caused by Clostridium difficile are increasing and constitute a problem due to the high morbidity and mortality rates in groups of risk, being the main aetiological agent of antibiotic-associated diarrhoea. This opportunistic pathogen is a common inhabitant of the intestinal microbiota but starts to proliferate after a microbiota dysbiosis caused by antibiotic treatment. The major virulence factor is the production of different toxins, mainly A and B. In previous works we have selected the strain Bifidobacterium longum IPLA20022 as a probiotic candidate being able to in vitro reduce the toxicity of C. difficile LMG21717 producing both types of toxins. [Objectives] Our aim is to gain insight into the potential mechanisms involved in the ability of IPLA20022 strain to reduce the cytotoxic effect of C. difficile upon an intestinal epithelial monolayer obtained from HT29 cells. [Methods] Different cellular fractions were obtained from B. longum IPLA20022 and were incubated with C. difficile. Afterwards, the cell-free supernatants were tested for their anti-clostridial capability upon HT29 cells using the RTCA (real time cell analyser) technology following the integrity of the intestinal monolayer; the remaining toxins were analyzed by means of ELISA tests. Those bifidobacterial fractions showing capability to reduce the toxicity of C. difficile were analyzed by means of proteomic techniques. [Conclusions] Preliminary results show that extracellular factors from B. longum IPLA20022 are involved in the reduction of clostridial cytotoxicity. This opens new opportunities for the therapeutically application of the strain, or their metabolites, for attenuating symptoms of C. difficile infection

Trabajo presentado en la 11ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Gijón (Asturias, España) del 28 al 30 de Junio de 2017, [Introducción] La fibrosis quística (FQ) es una enfermedad autosómica recesiva atribuible a una mutación en el gen regulador de la conductancia transmembranal de la Fibrosis Quística (CFTR). Como resultado, existe una alteración en el transporte transepitelial de iones, lo que resulta en una deficiencia en la producción de la capa de mucus que recubre los epitelios respiratorio y gastrointestinal. Esta disfunción es un factor crítico que condiciona la calidad y esperanza de vida en los pacientes con FQ, generando además unas condiciones muy particulares en la mucosa intestinal y respiratoria, que pueden condicionar la composición de la microbiota asociada a dichos ambientes. [Objetivos] Identificar marcadores microbianos a nivel de la microbiota intestinal, asociados a la FQ así como caracterizar la microbiota asociada a muestras de esputo en los mismos pacientes. Materiales y Métodos: Se ha estudiado la composición de la microbiota en muestras fecales y de esputo de 21 pacientes con FQ, mediante secuenciación masiva de productos de amplificación del gen del ARN ribosomal 16S mediante la plataforma Ion Torrent. Las posibles disbiosis intestinales asociadas a la FQ han sido analizadas mediante comparación con los perfiles metagenómicos obtenidos en 22 individuos sanos equiparables en distribución de sexo y edad. [Resultados] El perfil microbiano obtenido en muestras de heces de pacientes de FQ presentó una diversidad alfa significativamente menor al observado en el grupo control de individuos sanos, observándose además una reducción significativa de la ratio Firmicutes/Bacteroidetes. A nivel de Familia, los grupos cuya abundancia mostro cambios significativos en el grupo de FQ respecto al grupo control han sido las familias de Lachnospiraceae y Verrucomicrobia. Asimismo, se han determinado los perfiles microbianos en las muestras de esputo de los pacientes de FQ. Cambios en el perfil microbiano asociado a los pacientes con FQ han podido asociarse con el número de ciclos de toma de antibiótico que dichos pacientes habían recibido a lo largo del año anterior a la toma de la muestra para el estudio. [Conclusiones] La FQ se asoció con cambios importantes en la composición de la microbiota fecal, caracterizada por una disminución de la ratio Firmicutes / Bacteroidetes, encontrándose los grupos Lachnospiracea, Verrucomicrobia y Veillonaceae entre las familias más afectadas. La toma de antibióticos en los pacientes de FQ se ha correlacionado con estas alteraciones en sus microbiomas y podría tener importantes implicaciones en las complicaciones asociadas al cuadro médico de dicha patología.

Trabajo presentado en la 11ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Gijón (Asturias, España) del 28 al 30 de Junio de 2017, [Introducción] Actualmente existe muy poca información acerca del efecto de la congelación sobre la viabilidad de la microbiota fecal, y hasta la fecha, no se ha realizado ninguna investigación para determinar las condiciones y compuestos más adecuados para criopreservar y maximizar la viabilidad microbiana durante la conservación de esta microbiota. La preservación de muestras complejas de microbiota puede ser de utilidad para recuperar microorganismos de interés, así como ahondar en estudios de microbiota intestinal mediante el empleo de modelos in vitro e in vivo sin necesidad de depender de muestras fecales frescas. [Objetivos] En el presente trabajo se analizó el papel de distintos criopreservantes y condiciones de congelación en muestras de microbiota intestinal extraída de heces, evaluándose el mantenimiento de la viabilidad y recuperación de la microbiota en su conjunto, así como de distintas poblaciones representativas a los 3 meses de su preservación. [Materiales y Métodos] A partir de 5 muestras de heces de donantes voluntarios sanos se obtuvo la microbiota fecal mediante un procedimiento de separación en gradiente de densidad por ultracentrifugación previamente descrito (Hevia y cols., 2015). Las muestras, procesadas en una estación de trabajo en anaerobiosis, se alicuotaron y se guardaron congeladas bajo 4 condiciones experimentales: A) en presencia de glicerol al 15% a -20°C; B) con glicerol al 20% a -80°C; C) con sacarosa al 10% a -80°C y D) con polietilenglicol (PEG) al 20% a -196°C. Se evaluó la viabilidad de la microbiota extraída antes y después de ser preservada mediante recuentos en placa en distintos medios, microscopia de fluorescencia (kit ¿Live/Dead BacLight¿) y mediante qPCR usando monoazida de propidio (PMA) para la detección de células no dañadas. [Resultados] Al comparar de forma global las cuatro condiciones de preservación se observó una diferencia significativa entre las distintas condiciones en cuanto a la reducción de los recuentos en placa, con una mayor pérdida cuando la microbiota extraída es preservada en glicerol y menor cuando la congelación se realizó a -196°C. El conteo total de células vivas mediante microscopia después de la conservación reveló reducciones de en torno a una unidad logarítmica con un mayor porcentaje de células vivas tras la congelación en nitrógeno líquido, en concordancia con los resultados de cultivo. El análisis por qPCR, previo tratamiento con PMA, de distintos grupos microbianos mostró variaciones en función de las muestras procedentes de los distintos donantes. Para las bifidobacterias y el grupo de Clostridium XIVa se observaron mayores diferencias entre las condiciones de preservación, con mayores niveles cuantificados en presencia de PEG a -196°C. [Conclusiones] Aunque es preciso ampliar con más muestras y analizar la viabilidad tras periodos de tiempo más largo de conservación, los resultados obtenidos muestran una mejor preservación de la microbiota fecal en su conjunto a temperaturas ultrabajas., Proyecto I+D+I para jóvenes investigadores MINECO (Ref: BIO2014-55019-JIN).

Trabajo presentado en el Annual meeting of the American Society for Microbiology (ASM Microbe), celebrado en New Orleans (Estados Unidos) del 1 al 5 de junio de 2017, Bifidobacterium longum strains are amongst the most widely used probiotics for human consumption due to their ability to modulate the host immune response, and withstand passage through the human gastrointestinal tract. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, CRISPR, occur widely in bacteria and provide adaptive immunity via acquisition of DNA sequences from viruses and plasmids that constitute unique genetic records of immunization in each bacterium (1). CRISPR-Cas systems comprise a variety of cas genes and a repeat-spacer array, where the repeat sequence (diamonds) flanked the spacers (squares). The spacers are short sequences homologous to the invasive DNA that the bacteria recorded to be immunize against a future challenge with the same virus. Spacers represent the immune background of each strain and are consider a barcode for genotyping each strain

Trabajo presentado en el VIII Workshop de la Sociedad Española de Probióticos y Prebióticos (SEPyP), celebrado en Santiago de Compostela (España) el 23 y 24 de febrero de 2017

Trabajo presentado en el VIII Workshop de la Sociedad Española de Probióticos y Prebióticos (SEPyP), celebrado en Santiago de Compostela (España) el 23 y 24 de febrero de 2017, [Objetivos] Los exopolisacáridos (EPS) son polímeros de carbohidratos localizados en la superficie bacteriana que desempeñan un papel relevante en la supervivencia del tracto gastrointestinal de la bacteria productora. Estudios previos de nuestro grupo han demostrado que los EPS de elevado peso molecular, los cuales confieren un fenotipo ¿ropy¿ (filante), están implicados en las propiedades anti-inflamatorias de ciertas cepas de Bifidobacterium animalis subsp. Lactis (B. Lactis). El objetivo de este estudio fue obtener cepas de B. Lactis con marcaje fluorescente para demostrar sus propiedades funcionales así como la implicación de los EPS en las mismas. [Metodología] Hemos construido plásmidos portadores de genes que codifican proteínas fluorescentes (GFP and mCherry), cuya expresión está bajo el control del promotor del factor de elongación Tu específico de esta especie. Los plásmidos se han introducido en dos cepas: DSM10140 (parental, no ropy) y S89L (recombinante, ropy); esta última ha adquirido el fenotipo ropy mediante la inclusión del gen que lo confiere por doble sobre-cruzamiento. [Resultados] Se ha detectado y cuantificado la fluorescencia de las cuatro cepas portadoras de proteínas fluorescentes. Se ha comprobado que la cepa ropy S89L-mCherry se adhiere en menor proporción que la cepa no-ropy 10140-mCherry a superficies bióticas (línea intestinal humana HT29) y abióticas (vidrio, plástico y oro). Este hecho indica que la presencia de polímeros de gran tamaño puede reducir la adherencia de la cepa productora al epitelio intestinal. [Conclusiones] Hemos aplicado, por primera vez, con éxito la técnica de doble-sobre-cruzamiento para incluir un gen en bifidobacterias y también hemos conseguido el marcaje fluorescente en cepas de B. Lactis, las cuales no habían sido descritas hasta el momento. Dada la gran aplicación de esta especie en el campo de los probióticos, la disponibilidad de cepas fluorescentes supone una nueva oportunidad para su estudio en modelos biológicos más complejos. Agradecimientos: AGL2015-64901-R.

Trabajo presentado en el V Congreso de Psoriasis de la Academia de Dermatología, celebrado en Madrid (España), los días 17 y 18 de enero de 2020

[EN] The invention relates to the field of medical diagnosis, particularly to methods and antibodies useful for the identification of colibactin producing bacteria (pks+ bacteria). Herein are disclosed peptides and antibodies that allow for the detection and isolation of pks+ bacteria, as well as uses and methods of use of said peptides and antibodies, [FR] L'invention concerne le domaine du diagnostic médical, en particulier des procédés et des anticorps utiles pour l'identification de bactéries productrices de colibactine (bactéries pks+). L'invention concerne des peptides et des anticorps qui permettent la détection et l'isolement de bactéries pks+, ainsi que des utilisations et des procédés d'utilisation desdits peptides et anticorps, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España), Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer, A1 Solicitud de patente con informe sobre el estado de la técnica

Trabajo presentado en las IX Jornadas de Divulgación y Prevención del Cáncer, celebrado en La Bañeza (León, España) del 21 al 23 de noviembre de 2017

Trabajo presentado en la 11ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Gijón (Asturias, España) del 28 al 30 de Junio de 2017, Clostridium difficile es la causa más común de diarrea nosocomial en los países industrializados siendo los principales grupos de riesgo pacientes hospitalizados y ancianos, pero la incidencia está aumentando en otras poblaciones. Los factores de virulencia más importantes son las exotoxinas, sobre todo la A y la B, ya que incrementan la permeabilidad intestinal e inducen una respuesta inmune inflamatoria; todo ello conduce a la formación de pseudomembranas en el colon y en casos extremos se puede producir perforación intestinal, sepsis y muerte. El tratamiento convencional de la infección asociada a C. difficile consiste en la administración de antibióticos (metronidazol, vancomicina y fidaxomicina); sin embargo, el alto porcentaje de recurrencia de esta infección hace que se estén estudiando terapias alternativas y tratamientos adyuvantes para reducir los efectos causados por este patógeno, entre estas alternativas está el uso de probióticos. En nuestro grupo hemos desarrollado un modelo in vitro basado en la monitorización continua del comportamiento de líneas celulares intestinales, a través de medidas de impedancia empleando la tecnología ¿Real Time Cell Analyzer¿ (RTCA), que es eficaz para estudiar la cinética de citotoxicidad de los sobrenadantes procedentes de un cultivo toxigénico de C. difficile1. Estudios previos con este modelo nos permitieron evaluar el potencial probiótico de distintas cepas de bifidobacterias y lactobacillos para contrarrestar in vitro el efecto citotóxico de C. difficile LMG21717 (ribotipo 001), productor de toxinas A y B, sobre la línea intestinal HT29. La cepa que mostró la mayor capacidad para reducir el efecto tóxico fue Bifidobacterium longum IPLA200222. El objetivo del presente trabajo se centró en analizar la capacidad de esta bifidobacteria para atenuar el efecto tóxico de otras cepas de C. difficile. Para ello se utilizaron aislados del patógeno, procedentes de colección así como aislados clínicos, entre las que se incluyen los ribotipos más prevalentes en España (001, 014, 078 y 106) y una cepa hipervirulenta e epidémica a nivel mundial (ribotipo 027). Inicialmente, hemos puesto a punto un método para detectar el daño celular causado por cepas productoras exclusivamente de toxina B y hemos observado que el estado celular de HT29 es determinante a la hora de detectar la toxicidad de la misma. Estudios preliminares muestran que la cepa B. longum IPLA20022 parece secretar peptidasas con potencial para disminuir el efecto citotóxico de C. difficile.

Trabajo presentado en la 11ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Gijón (Asturias, España) del 28 al 30 de Junio de 2017

Trabajo presentado en el 4th microbiome R&D and Business Collaboration Forum: Europe and Probiotics Congress: Europe, celebrado en Amsterdam (Holanda) el 3 y 4 de abril del 2017

Trabajo presentado en la 4th International Food Safety, Quality & Policy Conference, celebrada en Dubai los días 5 y 6 de diciembre de 2016, This work has received funding from the Spanish Government through the Olifilm project (AGL2013-48300-R)

Trabajo presentado en el XXXVII Congreso Nacional de la Sociedad Española de Medicina Interna (SEMI) y XII Congreso de la Sociedad de Medicina Interna de Aragón, Navarra, La Rioja y País Vasco (SOMIVRAN), celebrado en Zaragoza (España) del 23 al 25 de noviembre de2016

Trabajo presentado en el 4th International Symposium on Propionibacteria and Bifidobacteria (PropioBifido 2016), celebrado en la Universidad de Cork (Irlanda) del 21 al 23 de septiembre de 2016, Exopolysaccharides (EPS) are carbohydrate polymers that play an important role in survival and colonization of the gastrointestinal tract by the producing bacteria. An EPS producing Bifidobacterium animalis subsp. lactis strain has a ropy phenotype due to the synthesis of a high molar mass polymer, which seems to be involved in the anti-inflammatory properties induced by the bacterium. The ropy strain has a mutation in the wzz gene responsible for EPS chain length determination, which is absent in the non-ropy parental strain. To demonstrate the biological relevance of ropy-EPS production, we have obtained the mutant B. animalis subsp. lactis S89L derived from the non-ropy DSM10140 strain in which the wzz gene is replaced by the mutated one (wzzS89L). The ropy S89L mutant presented lower capability to adhere to HT29 intestinal cell monolayers. Additionally, both DSM10140 and S89L strains were labeled with fluorescent proteins (GFP and mCherry) harbored in plasmids containing the tuf promoter of this species. The fluorescence of the four strains obtained was quantified by flow cytometry and visualized under epifluorescence microscopy. The mCherry labeled strains were analyzed in the HT29 model, corroborating the lower adhesion capability of the ropy S89L with respect to its isogenic DSM10140. To the best of our knowledge, fluorescently-labeled B. animalis subsp. lactis strains have not been reported in literature. Given the industrial relevance of this species in the probiotic field, results presented here will open future opportunities to study the role of different EPS in the interaction of the producing bacteria with the host.

Trabajo presentado en el XXXIX Congreso de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM), celebrado en Salamanca (España) del 5 al 8 de septiembre de 2016

Trabajo presentado en la X Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas, celebrada en Madrid el 23 y 24 de Junio de 2016, [Introducción] La fermentación de los carbohidratos no digeribles de la dieta en el colon por acción de la microbiota intestinal da lugar a la producción de ácidos grasos de cadena corta (AGCC). Los mayoritarios son los ácidos acético, propiónico y butírico, los cuales a su vez tienen un papel clave en el metabolismo lipídico y energético del hospedador. Recientes estudios han sugerido además que los polifenoles presentes en los alimentos ricos en fibra podrían influir en la composición y/o actividad metabólica de la microbiota intestinal [Objetivos] Realizar un estudio preliminar para detectar asociaciones entre el tipo de fibra ingerida en la dieta, los polifenoles presentes en estos alimentos y los cambios en la composición y actividad de la microbiota intestinal. [Materiales y Métodos] A partir de un total de 124 individuos sin diagnóstico previo de cáncer, enfermedad autoinmune o digestiva se ha realizado un cuestionario de frecuencias de consumo de alimentos para determinar la información dietética. A partir de las muestras fecales de estos individuos se ha estudiado la composición de la microbiota intestinal mediante qPCR y se ha determinado el contenido de AGCC mediante la técnica de CG-MS. [Resultados] El ácido acético fue el AGCC mayoritario en heces seguido de los ácidos propiónico y butírico. Se han identificado varios compuestos fenólicos y tipos de fibra ingeridos con la dieta como predictores de la producción fecal de los ácidos propiónico y butírico. Se han observado a su vez correlaciones positivas entre los polifenoles totales y varias subclases de estos compuestos así como de la fibra total y diferentes tipos de fibra con Bacteroides. El género Faecalibacterium se ha asociado también positivamente con la ingesta de fibra total y determinados tipos de fibra. [Conclusiones] Los resultados obtenidos sugieren la asociación entre la ingesta de fibra y polifenoles, procedentes de la dieta sobre los cambios en la producción de AGCC de la microbiota intestinal, AGL2010-14952 (Plan Nacional I+D+i), Biópolis S.L. dentro del proyecto e-CENIT SENIFOOD. Proyectos CLARÍN-COFUND 14-CB-08 y GRUPIN 14-043 del Plan Regional de Investigación (Principado de Asturias).

Trabajo presentado en el 21ème colloque du Club des Bactéries Lactiques, celebrado en Lille (Francia) el 14 y 15 de julio de 2017, The "Red Española de Bacterias Lácticas" -RedBAL- is a network of Spanish researchers working on different aspects of LAB related with the involvement of this bacterial group in food safety and quality, as well as in health. Our raison d'être is to stimulate the exchange of knowledge and the establishment of collaborations among the members, in order to improve our scientific achievements and favors the transfer of Science to Industry and Society. In addition, one of the new bets of redBAL is our opening to other scientific groups, with special emphasis in Latin American countries taking advantage of the use of a common language. Currently our RedBAL is constituted by 197 members, organized in 42 groups belonging to 21 Institutions, among others Universities and different Governmental Research Centers, spread around the Spanish geography. About 30% of the members are young Scientists (pre- and post-doctoral students) who constitute the future in the fascinating research field of LAB. The network started in 2002 and since them we have had several meetings to present our results; the next one will be the 11st and it will take place in Gijón (Asturias) from 28th-30th June (http://www.redbal.es). A number of groups in the RedBAL are devoted to study the interaction of commensal and probiotic bacteria with the human immune system. Scientific studies focused on the role of the human microbiome over human health have generated billions of gigabits of genetic information during the last decade. Prediction of the potential bioactivity of the products encoded by the human gut microbiome, or metaproteome, is the first step for identifying proteins responsible for the molecular interaction between microorganisms and the immune system. We have recently published the Mechanism of Action of the Human Microbiome (MAHMI) database (http://www.mahmi.org) (1), conceived as a resource compiling peptide sequences with a potential immunomodulatory activity. We have shown that the bacterial peptides FR-16 and LR-17 encrypted in extracellular proteins from B. longum DJ010A and B. fragilis YCH46, modulated the immune response towards increases in the Th17 and possibly Th22 cell responses. Moreover, peptide LR-17, but not FR-16, induced secretion of higher concentrations of GM-CSF and IL-1ß, suggesting capability of activating macrophages in strain YCH46 but not in DJ010A (2). These results will be presented in the next oncoming RedBAL2017 meeting., The Red Española de Bacterias Lácticas is currently funded by the grant AGL2015-71923-REDT and the research on the molecular mechanism of action of lactic acid bacteria is granted by the project AGL2013-44039-R (both from the Ministry Economy, Industry and Competiveness MINEICO).

Trabajo presentado en la XIX Reunión Anual de la Asociación Española de Gastroenterología (AEG), celebrado en Madrid (España) del 1 al 4 de marzo de 2016, Este proyecto ha sido financiado por el Ministerio de Economía y Competitividad (Proyectos de I+D+I para jóvenes investigadores SAF2014-56642-JIN

Trabajo presentado en el VII Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Sevilla (España) el 28 y 29 de enero de 2016

Trabajo presentado en el 4th International Symposium on Propionibacteria and Bifidobacteria (PropioBifido 2016), celebrado en la Universidad de Cork (Irlanda) del 21 al 23 de septiembre de 2016, Bifidobacteria administered in fermented dairy products have to overcome the acidic pH found in the stomach during the gastrointestinal transit to be able to reach/colonize the lower parts of the intestine. The mechanisms underlying acid response and adaptation in Bifidobacterium longum NCIMB8809 and its acidpH-resistant mutant B. longum 8809dpH were studied. Comparison of protein maps allowed us to identify nine different proteins whose production largely changed in the mutant strain. Furthermore, the production of 47 proteins was modulated by pH in one or both strains. Adaptation and response to low pH involved changes in the glycolytic flux and in the ability to regulate the internal pH. These changes were accompanied by a higher content of ammonium in the cytoplasm. Remarkably, key proteins of the biosynthetic routes of cysteine and methionine were highly overrepresented. These results prompted us to perform a genomic and transcriptomic study in order to clarify the genetic mechanism behind the acquired acid resistance phenotype. Full genome sequencing and a transcriptomic analysis (microarray and RNAseq) allowed us to conclude that: i) a deletion of a large fragment of DNA in the mutant strain could be partially responsible for the acid resistance and ii) genes involved in the sulphur amino acid metabolism (metE, metB and cysD) were constitutively overexpressed in the mutant. Thus, the acquired acid resistance phenotype of B. longum 8809dpH could be related to a different cysteine and methionine metabolism in this strain.

Trabajo presentado en el VII Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Sevilla (España) el 28 y 29 de enero de 2016

Trabajo presentado en el VI Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Oviedo (España) el 5 y 6 de febrero de 2015, El género Bacteroides representa hasta un 25% de la microbiota intestinal de adultos, mientras que el género Bifidobacterium constituye un 3% de ésta. Algunos microorganismos son capaces de producir carbohidratos complejos, exopolisacáridos (EPS), cuya función no está completamente elucidada. En estudios previos observamos que algunos EPS producidos por bifidobacterias tienen la capacidad de modular la microbiota intestinal humana en cultivos fecales. Sabemos también que el patrón de comportamiento de Bacteroides durante la fermentación de estos EPS es dependiente del EPS utilizado y diferente a lo que ocurre con glucosa. El objetivo de este trabajo fue profundizar en las interacciones moleculares de la cepa Bacteroides fragilis DSMZ2151 con EPS aislados de las cepas B. longum IPLA E44 y Bifidobacterium animalis IPLA R1 mediante una aproximación proteómica. Para ello, se realizaron geles de proteínas mediante la técnica 2D-DIGE comparando los proteomas de Ba. fragilis obtenidos en presencia de EPS o glucosa como fuentes de carbono. Las proteínas que mostraron diferencias significativas de producción fueron identificadas por huella peptídica mediante MALDI-TOF. Se observó una sobreproducción en el enzima metilmalonil-CoA mutasa, implicado en la síntesis de ácido propiónico en presencia de EPS. Además se obtuvo una mayor producción de proteínas de membrana, del enzima α-glucosidasa y una inhibición en la producción de enzimas relacionados con el metabolismo y la biosíntesis de aminoácidos. Algunos de los resultados obtenidos fueron corroborados mediante qPCR y cromatografía e indican que la presencia de EPS producidos por bifidobacterias causa modificaciones en el metabolismo energético y proteíco de Bacteroides fragilis.

Junto a los procedimientos tributarios de gestión, recaudación, sanción y revisión, se encuentra el procedimiento de inspección. En este procedimiento la Administración Tributaria lleva a cabo una investigación y comprobación sobre los obligados tributarios y sus situaciones tributarias. Sin embargo, el objeto de este trabajo es el de analizar cómo, en este procedimiento, las facultades de la Administración Tributaria para efectuar esa investigación y comprobación no son absolutas, sino que han de conciliarse con los derechos y garantías que ostentan todos los obligados tributarios., The tax audit proceeding is, together with the proceedings of tax management, collection, penalties and appeal, one of the main actions that Tax Administration can develop to carry out an investigation and verification about the taxpayer and their tax situations. However, this paper aims to analyze how, in tax audit proceeding, Tax Administration’s faculties to do that investigation and verification are not absolutes. On the contrary they must reconcile administrative powers with taxpayers’ rights and guaranties., Máster Universitario en Acceso a la Profesión de Abogado (M155)