1. Nanoscopic aspects of low energy electron damage to DNA : product yields as a function of chain length analyzed by LC-MS/MS and plasmid film charging
- Author
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Karmaker, Nanda, Sanche, Léon, Karmaker, Nanda, and Sanche, Léon
- Abstract
Low-energy electrons (LEEs) are generated in copious amounts by the interaction of ionizing radiation with biological tissue, such as cancer cells during radiotherapy. These secondary LEEs instigate chemical reactions that result in DNA damage, which is the primary focus of radiation therapy. The growing utilization of targeted radiopharmaceuticals for delivering radiation specifically to cancerous cells in patients requires the development of novel treatment planning methods that accurately consider energy deposition and molecular damage at the nanoscale. The project aims to utilize established techniques to produce nanoscale-thickness DNA films through molecular self-assembly and lyophilization. These films are subjected to irradiation with LEEs under ultra-high vacuum conditions to assess the yields of products resulting from the induced damage. These LEEs form Transient Anions (TAs), which are recognized as significant pathways for inducing biological damage. Techniques have been developed to detect and measure the type and extent of this damage in model DNA oligonucleotides using liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Recent studies reported base release, strand break damage and reductive base damage by LEEs of < 3 eV in TpT (T: thymine) and in a 16-mer oligonucleotide (ODN) containing all 4 bases in equal number. Surprisingly, the relative quantity of damages was quite different in both compounds, which may be related to delocalization of the electron within a conduction band in the longer DNA strands. Since in the range 1-3 eV, LEE damage proceeds exclusively via the formation of TAs, these results provide data on the action mechanism of LEEs on DNA. In the present project, thin coatings of DNA samples of nanometer thickness are applied onto the inner surface of tantalum cylinders using a spin coating technique. These cylinders are then transferred into a specifically built electron-irradiator, where the samples are subjected to, Les électrons de basse énergie (EBEs) sont générés en grand nombre par l'interaction des rayonnements ionisants avec le tissue biologique, tels que les cellules cancéreuses pendant la radiothérapie. Ces EBEs induisent des réactions chimiques qui endommagent l’ADN, la principale cible de la radiothérapie. L'utilisation croissante de produits radiopharmaceutiques, permettant aux rayonnements ionisants de cibler spécifiquement les cellules cancéreuses des patients, nécessite le développement de nouvelles méthodes de planification de traitement, prenant en compte la précision des dépôts d'énergie et des dommages moléculaires à l'échelle nanométrique. Le projet vise à utiliser des techniques établies pour produire des films d'ADN d’épaisseur nanométrique par autoassemblage moléculaire et lyophilisation. Ces films sont irradiés avec des EBEs sous des conditions d'hyper-vide pour évaluer les rendements des dommages induits. Ces EBEs produisent des anions transitoires (ATs) qui sont reconnus comme des voies importantes pour l’induction de dommages biologiques. Des techniques ont été développées pour détecter et mesurer le type et l’étendue de ces dommages sur des oligonucléotides (modèles d’ADN) en utilisant la spectrométrie de masse en tandem précédée par chromatographie liquide (LC-MS/MS). Des études récentes ont rapporté des libérations de bases, des dommages par rupture de brin et des dommages réducteurs de bases induits par les EBEs < 3 eV dans TpT (T : thymine) et dans un oligonucléotide de 16-mer contenant les 4 bases canoniques de l’ADN en nombre égal. Étonnamment, la quantité relative de dommages était très différente dans les deux composés, ce qui pourrait être lié à la délocalisation de l'électron dans une bande de conduction caractérisant les brins d'ADN les plus longs. Puisque dans la plage 1 à 3 eV, les dommages produit par les EBEs se font exclusivement via la formation d’ATs, ces résultats fournissent des données sur le mécanisme d'action des EBEs sur l'ADN.
- Published
- 2024