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La révision de l'anthracothère Parabrachyodus hyopotamoides, endémique au Sous-continent indien, et jusqu'à présent souvent confondu avec Brachyodus, est fondée sur la description de spécimens inédits provenant du Miocène basal du gisement de Samane Nala dans les collines Bugti (Pakistan). Ces fossiles ont été découverts entre 1998 et 2004 dans le cadre de la « Mission Paléontologique Française au Balouchistan ». Pour la première fois depuis Forster-Cooper (1924), un échantillonnage significatif de restes crânio-dentaires appartenant à P. hyopotamoides est décrit, et cela dans un contexte biochronologique précis (Antoine et al., 2013). Dans le cadre du projet ANR Splash, nous avons mené une analyse de la variabilité morphologique dentaire et crânienne fondée sur tous les spécimens connus de Parabrachyodus. Cela nous a permis de mettre en synonymie ce taxon avec plusieurs espèces d’anthracothères initialement rapportés à Brachyodus et de réviser les caractères diagnostiques de ce genre monotypique, parmi lesquels plusieurs convergences avec la sous-famille basale des Anthracotheriinae. Une analyse phylogénétique à l’échelle des hippopotamoïdes, incluant pour la première fois Parabrachyodus ainsi que les genres énigmatiques Telmatodon et Gonotelma (deux genres pour l’instant exclusivement documentés dans les collines Bugti) a été réalisée. Ces trois taxons, phylogénétiquement proches, s'avèrent être basaux à la tribu Merycopotamini (sensu Lihoreau et al., 2016), ce qui nous amène à proposer une définition plus inclusive de la diagnose de ce clade. Nos résultats établissent formellement le genre eurasiatique Elomeryx comme le groupe-frère des Merycopotamini au sein des Bothriodontinae, et enracinent l'histoire évolutive précoce des Merycopotamini au sein du Sous-continent Indien.

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International audience; "Tangible user interfaces take various forms : their design is often unique. As the number of systems is increasing, as understanding the whole becomes difficult. Yet, open innovation approaches require identifying and being inspired by previous solutions. By taking into account the line of descent of technological systems, we use a classification method from biology in HCI : the cladistic classification. The aim is to develop an original approachto characterize the variety of tangible interfaces. This paper presents our approach to develop a list of criteria and to develop a web application for the purpose of a collaborative inventory."; "Les interfaces utilisateur tangibles sont de formes variées et leur conception est souvent dédiée et unique. Les spécimens se multiplient et cerner le contour des possibles est aujourd’hui difficile. Or, les approches d’innovation dite ouverte demandent d’identifier et d’être inspiré par des solutions antérieures. En considérant la filiation entre les systèmes technologiques, nous reprenons une méthode de classification systématique issue de la biologie pour l’appliquer en IHM : la classification cladistique. Le butest de proposer une approche originale pour caractériser la diversité des interfaces tangibles. Cet article présente notre démarche pour établir une liste de critères et le développement d’une application web pour un inventaire collaboratif."

The evolution of sauropodomorph dinosaurs and the radiation of the large sauropods are still far from being understood and well-dated. If the first sauropods seem to appear at the end of the Triassic, they don’t start to diversify before the Middle Jurassic. The uncertainty surrounding the definition of the clade Sauropoda is one of the main causes of the lack of consensus regarding the prosauropod – sauropod transition. It is this issue of the “stem-group” of sauropods that is dealt with in this thesis. Some prosauropods are now considered to be sauropods by some authors. These basal taxa differ a lot depending on the authors. The multiplication of the cladistic analyses didn’t solve the problem as they never were compared.The discovery in 2008, by a MNHN team, in the Early Jurassic of Lesotho, of a prosauropod articulated skeleton is used herein as the basis for anatomical and systematic study of basal sauropodomorphs. Many other new dinosaur remains from Lesotho, housed in the MNHN collections, complement the study material. Among these, material referred to the Maphutseng prosauropod and fossils referred to the genus Meroktenos are described in details for the first time.A critical and detailed comparison of previous phylogenetic analyses is performed, using the comparative cladistics method as formalized by Sereno in 2009. This work allowed to highlight the significant impact of the choice of characters and their scoring on the topology of the trees. After that, a first reappraisal of a list of 449 compiled characters was carried out. It required the reexamination of a matrix consisting in 15 000 to 20 000 cells, and more than 1300 measures. This work led to remove more than one hundred morphological characters, and the building of a new matrix including 49 taxonomic units and 308 characters. The results of the phylogenetic analysis, although preliminary, raise some interesting points. Several clades, often recovered in the most recent analyses published by other authors, are not recognized here. However, clades that had, until then, never been found, are recovered. The different analyses also point out the hurdle of the origin of Sauropodomorpha, and reopen the debate on the origin of Sauropoda.; L’évolution des dinosaures sauropodomorphes et la radiation des grands sauropodes sont encore loin d'être comprises, ni même datées avec précision. Si les premiers sauropodes semblent apparaître à la fin du Trias, ils ne se diversifient qu'à partir du Jurassique moyen. L’incertitude entourant la définition à donner au clade Sauropoda est une des principales causes de l'absence de consensus quant à la transition prosauropodes – sauropodes. C’est ce problème du « stem-group » des sauropodes qui est abordé dans cette thèse. Certains prosauropodes sont ainsi aujourd’hui considérés comme des sauropodes à part entière par certains auteurs. Ces taxons basaux diffèrent cependant beaucoup selon les auteurs. La multiplication des analyses cladistiques n’a rien résolu puisque celles-ci n’ont jamais été comparées entre elles.La découverte en 2008, par une équipe du MNHN, dans le Jurassique inférieur du Lesotho, d'un squelette de prosauropode articulé sert ici de base à une étude anatomique et systématique des sauropodomorphes basaux. De nombreux autres restes de dinosaures inédits du Lesotho appartenant aux collections du MNHN viennent compléter le matériel d’étude. Parmi ceux-ci, du matériel rapporté au prosauropode de Maphutseng et des fossiles attribués au genre Meroktenos sont entièrement décrits en détail pour la première fois.Une comparaison critique et détaillée des analyses phylogénétiques antérieures a été réalisée en utilisant la méthode de cladistique comparée telle qu’elle a été formalisée par Sereno en 2009. Elle a permis de démontrer l’impact très important du choix des caractères et de leur codage sur la topologie des arbres. Suite à cela, un premier retour sur une liste compilée de 449 caractères a été effectué. Il a nécessité la vérification d’une matrice de 15 000 à 20 000 cellules, et plus de 1300 mesures. Ce retour aux caractères ont entraîné la suppression de plus d’une centaine de caractères, et la création d’une matrice inédite de 49 unités taxonomiques et 308 caractères. Les résultats de l’analyse phylogénétique de cette matrice, bien que préliminaires, soulèvent plusieurs points intéressants. Plusieurs clades, généralement retrouvés dans les analyses les plus récentes publiées par d’autres auteurs, n’apparaissent pas. En revanche, des clades qui n’avaient jusque-là jamais été retrouvés font leur apparition. Les différentes analyses pointent également du doigt le problème de l’origine des Sauropodomorpha, et relancent le débat sur l’origine du clade Sauropoda.

L’examen du livre « L’archéologie demain » révèle que toutes les grandes orientations qui ont guidé nos travaux jusqu’à ce jour sont déjà en place en 1986. Les trois décennies qui suivent vont s’attacher à approfondir ces notions théoriques à travers un certain nombre de lectures et d’expériences de terrain. Les préoccupations sont alors plus anthropologiques que strictement archéologiques.Le modèle biologique est étendu à toutes les disciplines étudiant des phénomènes ayant une dimension historique. La confrontation de l’essai d’épistémologie de Testart (1991), orienté vers l’approche nomologique, et du livre de Passeron (1991), consacré au caractère non poppérien du raisonnement sociologique, permet d’enrichir le modèle des relations entre science et histoire.La réflexion sur les relations entre science et littérature et entre pensée savante et pensée vulgaire a essentiellement été consacrée aux problèmes de la reconstitution iconographique des scènes de la vie préhistorique.Diverses expériences portant sur la promotion du logicisme de Jean-Claude Gardin montrent que la communauté scientifique n’est pas encore prête à accepter ce genre de formalisation, alors que nous restons persuadés de l’utilité d’une telle approche.Nos recherches sur les traditions céramiques de la boucle du Niger au Mali 1986-2005 ont permis de mettre en pratique notre conception théorique de l’ethnoarchéologie. Enfin nos derniers travaux explorent aujourd’hui les limites de l’investigation ethnoarchéologique à travers de nouvelles recherches consacrées au mégalithisme africain (Éthiopie, Sahara, Sénégal). A study of my book « L’archéologie demain » reveals that the major concerns that have guided my work to date were already in place in 1986. During the next three decades these theoretical notions were improved by numerous readings and field experiences. The concerns therefore were anthropological rather than strictly archaeological.The biological model was widened to incorporate all the fields of study involving historical aspects. The comparison of the essay on epistemology written by Testart (1991), which took a nomological approach, and of the book written by Passeron (1991), devoted to the non-popperian character of sociological thought, makes it possible to enrich the model by looking at the relationships between science and history.The reflections on the relationships between science and literature and between scholarly thought and primitive thought focus mainly on the problems linked to the iconographic reconstruction of scenes of prehistoric life.Various experiences relating to the promotion of Jean-Claude Gardin’s logicism revealed that the scientific community is not yet willing to accept this kind of formalisation although I still believe such an approach to be useful.My research on pottery traditions of the Niger bend carried out in Mali between 1986 and 2005 made it possible to put into practice my theoretical concept of ethnoarchaeology. Finally, my latest work currently explores the limits of ethnoarchaeological investigation using new research devoted to African megalithism (Ethiopia, Sahara, Senegal).

The rudist bivalves form a monophyletic group that extends in the fossil record from 160 to 66 million years. The objective of this thesis is to propose new insights at the evolutionary history of this group within the framework of cladistic theory. In the first part, we lay the theoretical, methodological and technical foundations of the three-item analysis. The concept of triplet allows us to propose arguments on the relevance of consensus trees in cladistics. The three-item analysis method is then compared to the method of parsimony using theoretical and methodological arguments, and simulations based on evolutionary models. In a second part, we apply the theory and method to the reconstruction of the rudist history. The genus Ichthyosarcolites is reviewed, and statistical analyses are used to test the relevance of homology hypotheses based on shell shape. Hypotheses of homology and new characters based on myophores and pallial canals are tested on the Hippuritida. The new, resulting phylogeny is consistent with known geological occurrences of the group and further our understanding of rudist evolutionary history during the Cretaceous. The study of Cenomanian outcrops of the South Provence Basin (Var, France) allows us to make a link between the history of the diversification of rudists and their paleoecology.; Les rudistes bivalves forment un groupe monophylétique qui s’étend dans le registre fossile de 160 à 66 millions d’années. L’objectif de cette thèse est de porter un nouveau regard sur l’histoire évolutionnaire de ce groupe dans le cadre de la théorie cladistique. Dans une première partie sont posées les bases théoriques, méthodologiques et techniques de l’analyse à trois éléments. Le concept de triplet permet de proposer des arguments sur la pertinence des arbres consensus. La méthode d’analyse à trois éléments est ensuite comparée à la méthode de parcimonie grâce à des arguments théoriques et méthodologiques, ainsi que par des simulations basées sur des modèles d’évolution. Dans une seconde partie, nous appliquons la théorie et la méthode à la reconstruction de l’histoire des rudistes. Le genre Ichthyosarcolites est révisé, et des analyses statistiques permettent de tester la pertinence des hypothèses d’homologie basée sur la forme de la coquille. Les hypothèses d’homologie sont revues et de nouveaux caractères basés sur les myophores et les canaux palléaux sont formalisés pour l’ensemble des Hippuritida. La nouvelle phylogénie qui en découle est cohérente avec l’âge géologique et permet de raffiner l’histoire évolutive des rudistes au Crétacé. L’étude de couches Cénomaniennes du Bassin Sud-Provençal (Var, France) nous permettent de faire un lien entre l’histoire de la diversification des rudistes et leur paléoécologie.

L’article s’articule en trois volets.1. On rappelle d’abord ce qu’est l’analyse cladistique en donnant les raisons qui nous permettent de proposer une adaptation de cette méthodologie à l’anthropologie.2. On tente d’appliquer cet outil à l’évolution des sociétés wolof du Sénégal, à partir du livre d’Abdulai-Bara Diop, La société wolof, tradition et changement : les systèmes d’inégalité et de domination (1981), qui fournit une information de première importance sur la nature des sociétés mégalithiques sénégambiennes sur lesquelles nous travaillons.3. On confronte ces résultats à ce que nous pouvons dire aujourd’hui des sociétés ouest-africaines précoloniales. Cette comparaison de deux classifications effectuées à des échelles géographiques différentes permet de tester les mérites et les limites du type d’approche.Trois grands ensembles se dessinent, que nous nommons ici sociétés de prestige, sociétés proto-étatiques segmentaires et sociétés étatiques de classes. L’embranchement des sociétés dites lignagères sensu stricto reste, selon les principe de la cladistique, un stade hypothétique qu’aucune source historique ne permet d’identifier concrètement.Les classifications obtenues sont des « modèles », soit des régularités structurales insistant sur la dynamique de transformation des caractéristiques. En tant que régularités, les modèles obtenus peuvent déboucher sur une analyse anthropologique des mécanismes assurant la transformation des sociétés ou, à l’opposé, s’actualiser dans des scénarios historiques locaux relevant d’approches historiques ciblées. The article has three parts.1. The first one reminds what the cladistic perspective is, and why we believe it an useful alternative method for the study of cultural change over the “longue durée”.2. The second one applies this perspective to the evolution of Senegal Wolof societies, as they are described by Abdulai-Bara Diop in « La société wolof, tradition et changement: les systèmes d’inégalité et de domination » (1981), a book containing prime information on the nature of megalithic Senegambian societies on which we work.3. The third one confronts the outcome with what we know of precolonial West-African societies, i. e. a classification deriving from another geographical scale. This two-dimensional view allows us to test the strenghts and limits of such a cladistic perspective.So, three large categories of societies emerge: prestige societies, segmented proto-state societies, and and class state societies. The root of so-called lineage societies stricto sensu remains, in phase with cladistic principles, a hypothetical link that no historical evidence can substantiate.Such classifiacations are « models », i. e. structural regularities emphasizing the dynamics of transformation of the features. As such, they can generate an anthropological analysis of the mechanisms by which societies evolve, or on the contrary, materialize into local historical scenarios related to targeted historical perspectives.

The evolution of sauropodomorph dinosaurs and the radiation of the large sauropods are still far from being understood and well-dated. If the first sauropods seem to appear at the end of the Triassic, they don’t start to diversify before the Middle Jurassic. The uncertainty surrounding the definition of the clade Sauropoda is one of the main causes of the lack of consensus regarding the prosauropod – sauropod transition. It is this issue of the “stem-group” of sauropods that is dealt with in this thesis. Some prosauropods are now considered to be sauropods by some authors. These basal taxa differ a lot depending on the authors. The multiplication of the cladistic analyses didn’t solve the problem as they never were compared.The discovery in 2008, by a MNHN team, in the Early Jurassic of Lesotho, of a prosauropod articulated skeleton is used herein as the basis for anatomical and systematic study of basal sauropodomorphs. Many other new dinosaur remains from Lesotho, housed in the MNHN collections, complement the study material. Among these, material referred to the Maphutseng prosauropod and fossils referred to the genus Meroktenos are described in details for the first time.A critical and detailed comparison of previous phylogenetic analyses is performed, using the comparative cladistics method as formalized by Sereno in 2009. This work allowed to highlight the significant impact of the choice of characters and their scoring on the topology of the trees. After that, a first reappraisal of a list of 449 compiled characters was carried out. It required the reexamination of a matrix consisting in 15 000 to 20 000 cells, and more than 1300 measures. This work led to remove more than one hundred morphological characters, and the building of a new matrix including 49 taxonomic units and 308 characters. The results of the phylogenetic analysis, although preliminary, raise some interesting points. Several clades, often recovered in the most recent analyses published by other authors, are not recognized here. However, clades that had, until then, never been found, are recovered. The different analyses also point out the hurdle of the origin of Sauropodomorpha, and reopen the debate on the origin of Sauropoda.; L’évolution des dinosaures sauropodomorphes et la radiation des grands sauropodes sont encore loin d'être comprises, ni même datées avec précision. Si les premiers sauropodes semblent apparaître à la fin du Trias, ils ne se diversifient qu'à partir du Jurassique moyen. L’incertitude entourant la définition à donner au clade Sauropoda est une des principales causes de l'absence de consensus quant à la transition prosauropodes – sauropodes. C’est ce problème du « stem-group » des sauropodes qui est abordé dans cette thèse. Certains prosauropodes sont ainsi aujourd’hui considérés comme des sauropodes à part entière par certains auteurs. Ces taxons basaux diffèrent cependant beaucoup selon les auteurs. La multiplication des analyses cladistiques n’a rien résolu puisque celles-ci n’ont jamais été comparées entre elles.La découverte en 2008, par une équipe du MNHN, dans le Jurassique inférieur du Lesotho, d'un squelette de prosauropode articulé sert ici de base à une étude anatomique et systématique des sauropodomorphes basaux. De nombreux autres restes de dinosaures inédits du Lesotho appartenant aux collections du MNHN viennent compléter le matériel d’étude. Parmi ceux-ci, du matériel rapporté au prosauropode de Maphutseng et des fossiles attribués au genre Meroktenos sont entièrement décrits en détail pour la première fois.Une comparaison critique et détaillée des analyses phylogénétiques antérieures a été réalisée en utilisant la méthode de cladistique comparée telle qu’elle a été formalisée par Sereno en 2009. Elle a permis de démontrer l’impact très important du choix des caractères et de leur codage sur la topologie des arbres. Suite à cela, un premier retour sur une liste compilée de 449 caractères a été effectué. Il a nécessité la vérification d’une matrice de 15 000 à 20 000 cellules, et plus de 1300 mesures. Ce retour aux caractères ont entraîné la suppression de plus d’une centaine de caractères, et la création d’une matrice inédite de 49 unités taxonomiques et 308 caractères. Les résultats de l’analyse phylogénétique de cette matrice, bien que préliminaires, soulèvent plusieurs points intéressants. Plusieurs clades, généralement retrouvés dans les analyses les plus récentes publiées par d’autres auteurs, n’apparaissent pas. En revanche, des clades qui n’avaient jusque-là jamais été retrouvés font leur apparition. Les différentes analyses pointent également du doigt le problème de l’origine des Sauropodomorpha, et relancent le débat sur l’origine du clade Sauropoda.

The evolution of sauropodomorph dinosaurs and the radiation of the large sauropods are still far from being understood and well-dated. If the first sauropods seem to appear at the end of the Triassic, they don’t start to diversify before the Middle Jurassic. The uncertainty surrounding the definition of the clade Sauropoda is one of the main causes of the lack of consensus regarding the prosauropod – sauropod transition. It is this issue of the “stem-group” of sauropods that is dealt with in this thesis. Some prosauropods are now considered to be sauropods by some authors. These basal taxa differ a lot depending on the authors. The multiplication of the cladistic analyses didn’t solve the problem as they never were compared.The discovery in 2008, by a MNHN team, in the Early Jurassic of Lesotho, of a prosauropod articulated skeleton is used herein as the basis for anatomical and systematic study of basal sauropodomorphs. Many other new dinosaur remains from Lesotho, housed in the MNHN collections, complement the study material. Among these, material referred to the Maphutseng prosauropod and fossils referred to the genus Meroktenos are described in details for the first time.A critical and detailed comparison of previous phylogenetic analyses is performed, using the comparative cladistics method as formalized by Sereno in 2009. This work allowed to highlight the significant impact of the choice of characters and their scoring on the topology of the trees. After that, a first reappraisal of a list of 449 compiled characters was carried out. It required the reexamination of a matrix consisting in 15 000 to 20 000 cells, and more than 1300 measures. This work led to remove more than one hundred morphological characters, and the building of a new matrix including 49 taxonomic units and 308 characters. The results of the phylogenetic analysis, although preliminary, raise some interesting points. Several clades, often recovered in the most recent analyses published by other authors, are not recognized here. However, clades that had, until then, never been found, are recovered. The different analyses also point out the hurdle of the origin of Sauropodomorpha, and reopen the debate on the origin of Sauropoda.; L’évolution des dinosaures sauropodomorphes et la radiation des grands sauropodes sont encore loin d'être comprises, ni même datées avec précision. Si les premiers sauropodes semblent apparaître à la fin du Trias, ils ne se diversifient qu'à partir du Jurassique moyen. L’incertitude entourant la définition à donner au clade Sauropoda est une des principales causes de l'absence de consensus quant à la transition prosauropodes – sauropodes. C’est ce problème du « stem-group » des sauropodes qui est abordé dans cette thèse. Certains prosauropodes sont ainsi aujourd’hui considérés comme des sauropodes à part entière par certains auteurs. Ces taxons basaux diffèrent cependant beaucoup selon les auteurs. La multiplication des analyses cladistiques n’a rien résolu puisque celles-ci n’ont jamais été comparées entre elles.La découverte en 2008, par une équipe du MNHN, dans le Jurassique inférieur du Lesotho, d'un squelette de prosauropode articulé sert ici de base à une étude anatomique et systématique des sauropodomorphes basaux. De nombreux autres restes de dinosaures inédits du Lesotho appartenant aux collections du MNHN viennent compléter le matériel d’étude. Parmi ceux-ci, du matériel rapporté au prosauropode de Maphutseng et des fossiles attribués au genre Meroktenos sont entièrement décrits en détail pour la première fois.Une comparaison critique et détaillée des analyses phylogénétiques antérieures a été réalisée en utilisant la méthode de cladistique comparée telle qu’elle a été formalisée par Sereno en 2009. Elle a permis de démontrer l’impact très important du choix des caractères et de leur codage sur la topologie des arbres. Suite à cela, un premier retour sur une liste compilée de 449 caractères a été effectué. Il a nécessité la vérification d’une matrice de 15 000 à 20 000 cellules, et plus de 1300 mesures. Ce retour aux caractères ont entraîné la suppression de plus d’une centaine de caractères, et la création d’une matrice inédite de 49 unités taxonomiques et 308 caractères. Les résultats de l’analyse phylogénétique de cette matrice, bien que préliminaires, soulèvent plusieurs points intéressants. Plusieurs clades, généralement retrouvés dans les analyses les plus récentes publiées par d’autres auteurs, n’apparaissent pas. En revanche, des clades qui n’avaient jusque-là jamais été retrouvés font leur apparition. Les différentes analyses pointent également du doigt le problème de l’origine des Sauropodomorpha, et relancent le débat sur l’origine du clade Sauropoda.

In two great caves decorated in the Paleolithic : Montespan and Le Tuc d’Audoubert (out of which a river flows) there were found headless snake skeletons. One of them was a Colubrid, a particularly long snake. The fact that the skeletons are headless may reflect the snake’s dangerousness : the dangerous animals, like bison and lions, were often represented arrowed or headless, for instance at the Tuc d’Audoubert cave. To understand the meaning of what was possibly an important ritual I have tried to statistically reconstruct the primal European Paleolithic folklore about the Snake.The software Paup4.0a147 and Mesquite2.75 were used to analyze a database of 42 mythological narratives concerning snakes (available here : http://ruthenia.ru/folklore/berezkin) and 22 geographical areas, each of them possessing more than ten narratives. The use of such a database was justified by a previous phylogenetic study of folktales concerning wild animals (d’Huy 2015) that showed a low correlation between the distribution of folk tales and geographical associations among populations, and established a parallel between the structure of phylogenetic trees built from folk tales and what we know of the first human migrations ; moreover, these phylogenetic trees allowed the reconstruction of the content of ancient tales corpora, e.g. Paleolithic.In this paper, a NeigbhorJoining (retention index : 0,52; fig.1), an UPGMA (retention index : 0,48; fig.2) and a majority rules consensus (RI : 0.54; fig.3) trees were build. The organization of these trees are similar to those obtained by the analysis of three other different databases : the first is about the stories where a rainbow snake drinks water on the ground, or in the sky (d’Huy on 2016 ; fig.4) ; the second, the fight against the dragon, based on many ethnic group’s beliefs (d’Huy 2014a ; fig.5) ; the third is based on some geographical areas and concerns the zoem of the dragon (d’Huy, 2013 ; fig.6). The results from these four independent, unrelated databases mostly coincide with respect to the topology of branching, and converge to strong conclusions about the evolution of snake folklore.Four almost identical trees have been reconstructed from the databases of the present paper (fig. 1, 2 and 3) and of d’Huy 2013 (fig.6). The human folklore about snakes seems to have left Africa in two steps. The first wave reached Oceania and then South America through the South and Southeast coast of Asia. This reconstructed wave is in agreement with the diffusion of the particular motif where a snake rainbow drinks water on the ground, or in the sky (fig. 4). Another wave left Africa to the Americas through central Asia (?). Finally, a late wave covered the major part of Eurasia, perhaps soon after the late glacial maximum. These two last waves are reflected in the two-step diffusion of the fight against the dragon (fig.5). The results obtained from four different databases at distinct levels (the diffusion of a set of narratives, a set of traits about a zoem, a mythological motif, a narrative structure where different story elements serve the same narrative plot) using different levels of analysis (geographical area, cultural area, cultural groups) and different statistical tools (including NeigbhorJoining, UPGMA, Bayesian algorithms, parcimony, consensus) all fit the same scenario.Once the structural integrity of the NeigbhorJoining, the UPGMA and the consensus trees controlled by the three independent sources of evidence, it is important to note the strong closeness between the structure of these mythological trees and what we know about the first human migrations. It seems possible to accurately reconstruct the first human migrations from the diffusion of sets of folk tales, or of given mythological narratives, by using statistical tools.Using all phylogenetic trees studied in this paper and monitoring the results by observing the congruence between the results and the reconstructions obtained from two completely different databases (d’Huy 2013, 2014a, b) at the same geographical level, it becomes possible to securely reconstruct various features of the first European folklore about snakes. During the European Paleolithic period, people imagined mythological snakes being of natural size (100 % probability), or giant (75 % probability), possessing horns on the head (83 % probability) and having one or many heads (100 % probability) ; they sometimes possessed a diamond or magic treasure, could fly and produce rain and/or thunderstorms (75 % probability) and could fight against the thunder or against a giant bird (66.66 % probability). They could take the form of a rainbow (75 % probability). They were dangerous. They could prevent people from reaching water : permitting them, most of the time, only in exchange for sacrifices or valuable goods (100 % probability). Snakes were not only immortal, but were responsible death, for the mortality of man (100 % probability). And so it is possible that the headless snake skeletons of Montespan and of Le Tuc d’Audoubert reflect a ritual used to control rain and water by neutralizing, symbolically, the dangerous master : the dispenser of this precious element.This reconstructed myth may well have been illustrated by a Paleolithic image found in the cave of La Madeleine, in Dordogne (France), dated to the Magdalenian period. This image (fig.7, 8), possibly related to water, shows an apparently dead snake thrown on his back, passive, on which a man with a stick on his shoulder turns his back. Significantly, the heads of two horses are added. Several current mythological motifs (shown to be, in fact, very old) and the comparison with other Paleolithic images (e.g. fig. 9) may give us an explanation. The horses as auxiliaries in the fight against the monster and the passivity of the defeated snake are motifs that are found among the first Indo-European narratives. Moreover, water is often associated with snakes in Paleolithic images (and are among, once again, the first Indo-European narratives). This second part of the paper is meant as independent support, and does not use statistics., Dans la grotte ornée de Montespan et du Tuc d’Audoubert, toutes deux traversées d’une rivière qui sort de leur porche, ont été trouvées des serpents acéphales, déposés de main d’homme au Paléolithique supérieur. Leur acéphalie témoignerait de leur dangerosité supposée. Afin de comprendre le sens de ce rituel, j’ai tenté de reconstruire le proto-folklore entourant les serpents au Paléolithique supérieur, et ce en utilisant des outils phylogénétiques. Les résultats convergent avec ceux obtenus à partir de quatre autres bases de données. C’est la première fois qu’une telle consilience est mise en évidence en phylogénétique des mythes. Le folklore entourant les ophidiens semble avoir suivi les premières routes migratoires de l’humanité. L’arbre rend aussi possible la reconstruction du folklore paléolithique du serpent en Eurasie. Si on accepte les résultats obtenus, les rituels de Montespan et du Tuc d’Audoubert auraient pu servir à contrôler l’eau, en neutralisant symboliquement le dangereux et long serpent dispensateur de l’élément liquide. Ces résultats trouvent par ailleurs un écho dans plusieurs images rupestres et se voient prolongés par certains motifs très anciens de la mythologie européenne.

The phylogeny and taxonomy of the whole family Hippopotamidae is in need of reconsideration, the present confusion obstructing palaeoecology and palaeobiogeography studies of these Neogene mammals. The revision of the Hippopotamidae initiated here deals with the last 8 Myr of African and Asian species. The first thorough cladistic analysis of the family is presented here. The outcome of this analysis, including 37 morphological characters coded for 15 extant and fossil taxa, as well as non-coded features of mandibular morphology, was used to reconstruct broad outlines of hippo phylogeny. Distinct lineages within the paraphyletic genus Hexaprotodon are recognized and characterized. In order to harmonize taxonomy and phylogeny, two new genera are created. The genus name Choeropsis is re-validated for the extant Liberian hippo. The nomen Hexaprotodon is restricted to the fossil lineage mostly known in Asia, but also including at least one African species. The genus Hippopotamus is confirmed. These changes represent substantial advances for understanding the evolutionary history of the Hippopotamidae, and provide a new framework for future studies. © 2005 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2005, 143, 1–26.

The dragon, defined as a hybrid animal which one of the parties is that of a snake and is related to water, is known everywhere on the planet. We studied how people imagine the dragon by analyzing 69 features in 23 regions of the world. To do this, we used tools belonging to evolutionary biology (Bayesian tree parsimony, NeighborNet) and statistics (principal component analysis, principal coordinates, non-metric multidimensional scaling). These tools have allowed us to demonstrate the existence of a historical link between multiple representations of the dragon motif whose evolution follows some of the great migrations that allowed the settlement of the planet. We then statistically reconstructed proto-narrative, first during the coming out of Africa, then in Paleolithic Europe, and put it in parallel with the headless snakes discovered in the caves of Montespan and Tuc of Audoubert in French Pyrenees. Finally, we proposed a neural mechanism able to explain the permanence of the pattern through the millennia., Le dragon, défini comme un animal hybride dont l'une des parties est celle d'un serpent et qui est lié à l'eau, se retrouve partout sur la planète. Nous avons étudié la façon dont les peuples imaginent le dragon en étudiant 69 traits dans 23 régions du monde. Pour ce faire, nous avons employé des outils appartenant à la biologie évolutive (arbre bayésien, parcimonie, NeighborNet) et aux statistiques (analyses en composantes principales, en coordonnées principales, en positionnement multidimensionnel non métrique). Ces différents outils nous ont permis de mettre en évidence l'existence d'un lien historique unissant les multiples représentations du dragon, motif dont l'évolution suit certaines des grandes migrations ayant permis le peuplement de la planète. Nous avons alors reconstruit statistiquement le proto-récit, d'abord lors de sa sortie d'Afrique, puis dans l'Europe paléolithique, et l'avons mis en parallèle avec les couleuvres acéphales découvertes dans les grottes de Montespan et du Tuc d'Audoubert. Enfin, nous avons proposé un mécanisme neuronal permettant d'expliquer la permanence du motif à travers les millénaires.

International audience; Within phylogenetics, two methods are known to implement cladistics: parsimony or maximum parsimony (MP) and three-item analysis (3ia). Despite the lack of suitable software, 3ia is occasionally used in systematic, and more regularly, in historical biogeography. Here, we present LisBeth, the first and only phylogenetic/biogeographic program freely available that uses the 3ia approach and offer some insights into its theoretical propositions. LisBeth does not rely on the conventional taxon/character matrix. Instead, characters are represented as rooted trees. LisBeth performs 3ia analyses based on maximum congruence of three-item statements and calculates the intersection tree (which differs from usual consensus). In biogeography, it applies the transparent method to handle widespread taxa and implements paralogy-free subtree analysis to remove redundant distributions. For the sake of interoperability, LisBeth may import/export characters from/to matrix in NEXUS format, allowing comparison with other cladistic programs. LisBeth also imports phylogenetic characters from Xper2 knowledge bases.; En cladistique, ne bénéficiant d’aucun logiciel adéquat, l’analyse à trois éléments (3ia) est moins répandue que la parcimonie (MP), bien que fréquemment utilisée en biogéographie historique. LisBeth est le premier et unique logiciel de 3ia pour la phylogénie et la biogéographie, disponible gratuitement, et développé à partir de propositions théoriques déjà publiées et originales. LisBeth ne repose pas sur la représentation matricielle conventionnelle, les caractères étant des arbres racinés dont sont issues les hypothèses à trois éléments, parmi lesquelles LisBeth recherche la congruence maximale. LisBeth reconstruit un arbre qui diffère des consensus habituels : l’arbre d’intersection. En biogéographie, la « méthode transparente » et « l’analyse des sous-arbres libres de paralogie » sont implémentées pour gérer les taxons à distributions larges et/ou redondantes. Dans un souci d’interopérabilité, LisBeth peut importer/exporter des matrices de caractères au format NEXUS, rendant ainsi comparables les différentes approches cladistiques. Un import existe aussi à partir des bases de connaissances Xper2.

The study deals with the systematic of the microbial endofauna of terricolous Oligochaeta Megascolecidae and Glossoscolecidae of the area of Yaounde, with a particular emphasis on the morphological and genetic analysis of Astomatous ciliates present in their digestive tract. A systematic revision of the family of Radiophryidae de Puytorac 1972 is carried out, with the description of five new species of the subfamily of Metaracoelophryinae de Puytorac, 1972. It makes it possible on the one hand, to confirm the presence of the genera Paracoelophrya and Dicoelophrya in the digestive tract of Oligochaeta earthworms of the genus Alma of Gabon and Cameroun and to confirm the homogeneity of this group on the other hand. The question of the phylogenetic relationship of Hoplitophryida is raised once more. The diversity of organisation of the nuclear apparatus in the genus Almophrya is studied through observations on the morphological variations of the nuclear apparatus after staining of the specimens with Diamidino Phényl Indol (Johnson et al., 1982), Feulgen or the ammoniacal silver carbonate (Fernandez Galiano, 1994). A new species is described: Almophrya nkoldensis n. sp. Futher more, the process of the morphogenesis of bipartition in three species of Astomes was studied; showing various alternatives of this division, besides traditional binary fission (Eudrilophrya complanata), the radiate and distal palintomie in Buchneriella eupolytoreuti n.sp.was specified. In addition, the process of the conjugation was explored in Eudrilophrya simplex n.sp. The analysis of the RNA gene sequences of small sub unit of ribosomal RNA (SSrRNA) in Anoplophrya marylandensis places this species of Astomatous Ciliate in the Class Oligohymenophorea (Affa'a et al., 2004). However, the gene sequence of only one species is insufficient to establish with confidence the phylogenetic relations in a large group. Consequently, we obtained sequences SSrRNA the gene of nine additional species distributed in six genera and the three orders of the subclass Astomatia: Hoplitophryida Cheissin, 1930 em., de Puytorac, 1972 ; Anoplophryida Cépède, 1910 et Haptophryida Cépède, 1923 (1910). A new genus of clausilocolidae de Puytorac in Corliss, 1979 is proposed: Paraclausilocola nov. gen., with two new species: P. constricta n. sp and P. elongata n. sp. This new genus is representative of the order Haptophryidae. The phylogenetic tree obtained shows a strong affinity of the sequences of new Astomatous Ciliates studied with that of A. marylandensis. The branch is precise and shows a considerable genetic distance with the other subclasses of Oligohymenophorea. This tree reveals Astomes like a sister clade of Scuticociliates, confirming the hypothesis that Astomes form a monophyletic group belonging to the class of Oligohymenophorea de Puytorac, 1954; Affa‟a et al., 2004). In the subclass of Astomatia, we find two branches quite distinct: one with the genera Anoplophrya, Almophrya and Metaracoelophrya; the second with the remaining genera: Eudrilophrya, Metaradiophrya, Paraclausilocola, and Njinella. Taking into consideration this grouping, ordinal attributions and assignments of the genus to the families in the two current classifications: that of de Puytorac (1994) and Lynn (2008) do not seem supported any more.; L‟étude porte sur la systématique de l‟endofaune microbienne des Oligochètes terricoles Megascolecidae et Glossoscolecidae de la région de Yaoundé et ses environs, avec un accent particulier sur l‟analyse morphologique et génétique des Ciliés Astomes présents dans leur tractus digestif. Une révision taxonomique de la famille des Radiophryidae de Puytorac 1972 est menée, avec la description de cinq espèces nouvelles de la sous-famille des Metaracoelophryinae de Puytorac, 1972. Elle permet de confirmer d‟une part, la présence des genres Paracoelophrya et Dicoelophrya dans le tube digestif des Oligochètes du genre Alma du Cameroun et de confirmer l‟homogénéité de ce groupe d‟autre part. La question de la parenté phylogénétique des Hoplitophryida est exposée. La diversité d‟organisation de l‟appareil nucléaire dans le genre Almophrya a été étudiée à travers des observations sur ses variations morphologiques après coloration des spécimens au Diamidino Phényl Indol (Johnson et al., 1982), au Feulgen ou au carbonate d‟argent ammoniacal (Fernandez Galiano, 1994). Une nouvelle espèce d‟Almophrya à vacuoles axiales est décrite, Almophrya nkoldaensis n. sp., imposant une révision des clés d‟identification des espèces au sein de ce genre. Bien plus, le processus de morphogenèse de bipartition chez trois espèces d‟Astomes a été étudié, montrant diverses variantes de cette division : à côté de la fission binaire classique chez Eudrilophrya complanata, la palintomie radiaire et distale chez Buchneriella eupolytoreuti n. sp. a été précisée. De plus, le processus de la conjugaison a été exploré chez Eudrilophrya simplex n.sp. L‟analyse des séquences de gènes RNA de la petite sous unité ribosomale (SSrRNA) chez Anoplophrya marylandensis Conklin, 1930 montre l‟appartenance de cette espèce d‟Astome à la Classe des Oligohymenophora (Affa‟a et al., 2004). Cependant, la séquence de gènes d‟une seule espèce est insuffisante pour établir avec certitude, les relations phylétiques dans un grand groupe. Par conséquent, nous avons obtenu les séquences de gènes SSrRNA de neuf espèces additionnelles distribuées dans six genres appartenant aux trois ordres de la sous-classe des Astomatia : Hoplitophryida Cheissin, 1930 em., de Puytorac, 1972 ; Anoplophryida Cépède, 1910 et Haptophryida Cépède, 1923. Dans le cadre de l‟analyse moléculaire, un nouveau genre de Clausilocolidae de Puytorac in Corliss, 1979 est proposé : Paraclausilocola nov. gen., avec deux espèces nouvelles : P. elongata n. sp. et P. constricta n. sp. Ce nouveau genre est représentatif de l‟ordre des Haptophryida. Le cladogramme obtenu montre une forte affinité des séquences des nouveaux Astomes étudiés avec celle d‟A. marylandensis Conklin, 1930. La branche de l‟arbre contenant les Astomes est précise et montre une distance génétique considérable avec les autres sous-classes des Oligohymenophorea. Cet arbre établit les Astomes comme un clade frère des Scuticociliés, confirmant l‟hypothèse selon laquelle les Astomes forment une sous-classe monophylétique appartenant à la classe des Oligohymenophora (de Puytorac, 1954 ; Affa‟a et al., 2004). Dans la sous-classe des Astomatia, nous observons deux branches bien distinctes : l‟une avec les genres Anoplophrya, Almophrya et Metaracoelophrya, la seconde avec les genres restants : Eudrilophrya, Metaradiophrya, Paraclausilocola et Njinella. Au regard de ce regroupement, les attributions ordinales et les assignations des genres aux familles dans les deux classifications actuelles, celle de de Puytorac (1994) et de Lynn (2008), ne semblent plus respectées.

Ce livre a été soumis à Grenoble Sciences qui après revue m'a conseillé de le traduire en anglais et de le transformer en weblog, ce qui a été fait :http://astrocladistics.org/ .; L'objectif de ce livre est d'expliquer en détail la démarche de l'astrocladistique aussi bien d'un point de vue conceptuel que d'un point de vue pratique, afin que le lecteur puisse ainsi non seulement effectuer ses propres analyses, mais puisse également les interpréter.L'astrocladistique est une thématique que je développe depuis 2001. Il s'agit d'appliquer à l'astrophysique des méthodes phylogénétiques et d'analyse de distance multivariée. C'est une approche totalement innovante, multidisciplinaire, qui a nécessité une longue démarche intellectuelle ainsi que la mise au point de concepts et définitions indispensables à l'utilisation concrète des outils développés par ailleurs. Les multiples articles publiés dans différentes disciplines ne reflètent que superficiellement ou ponctuellement cette démarche.

L'objectif de ce livre est d'expliquer en détail la démarche de l'astrocladistique aussi bien d'un point de vue conceptuel que d'un point de vue pratique, afin que le lecteur puisse ainsi non seulement effectuer ses propres analyses, mais puisse également les interpréter.L'astrocladistique est une thématique que je développe depuis 2001. Il s'agit d'appliquer à l'astrophysique des méthodes phylogénétiques et d'analyse de distance multivariée. C'est une approche totalement innovante, multidisciplinaire, qui a nécessité une longue démarche intellectuelle ainsi que la mise au point de concepts et définitions indispensables à l'utilisation concrète des outils développés par ailleurs. Les multiples articles publiés dans différentes disciplines ne reflètent que superficiellement ou ponctuellement cette démarche.

This contribution aims to focus on various descriptions and theories of the segmental inventory and distributional constraints of the phonology of Tu'un Savi (Mixtec). The Oto-Manguean languages are reputed to be among the most complex of Meso-America due to the intricacy of their surface forms. Mixtec (known as Tu'un Savi or Ñuu Savi by its speakers) is part of the Mixtecan sub-family, which includes Trique, Cuicatec and probably also Amuzgo (Longacre, 1957, 1961; Longacre & Millon, 1961), belonging to the eastern branch of the Oto-Manguean family of languages. Varieties of Mixtec offer up such degrees of differentiation that we are tempted to see Mixtec as a further sub-family of Mixtecan rather than simply posit dialectal variation within a single language. Using the work of Josserand (1983) on the dialectal network of Mixtec along with a database combining etymons and a selection of cognate lists from Longacre (1957), Bradley & Josserand (1982), Josserand (1983), and Dürr (1987), we propose a revision of the data through the eyes of the more modern phonological theory of Feature Geometry, enabling us to reach a certain number of conclusions concerning the complexity of the phonological inventory of the modern Mixtec languages. Feature Geometry (Clements 1985; Clements & Hume 1996) is a model for phonological typology aiming to simplify the structure of phonological categories into natural classes and features subject to hierarchical relations and interactions. It allows us to understand and describe what appears to be a high degree of diversification in languages via a limited set of parameters. Without entering into a debate on exactly which parameters should form this set and exactly how they should be organized, we intend to demonstrate in this paper how a system of apparent great phonological complexity, such as that of Mixtec, benefits from a Feature Geometry analysis, revealing a simplified, coordinated set of modules with relations of (a)symmetry of variable geometry. We will try to define how a complicated system with features of sonority and of tension, along with glottal, nasal, and labial features can be simplified and redefined; from the consonant system of 21 phonemes reported in the literature for a particular variant of Tu'un Savi (Peñoles Mixtec, Mixteca Alta, Suárez 1983: 38), we will recover only seven (or eight) underlying categories. This approach would like to bring to the forefront the value and possibilities of a theory such as Feature Geometry, and the importance of the simplicity/complexity of phonological inventories for typology. The Oto-Manguean languages happens to be a privileged observatory, contributing to the understanding of the world's languages., Le présent article propose une synthèse critique de diverses théories concernant l'inventaire segmental et les contraintes distributionnelles qui structurent le système phonologique du tu'un savi (ou mixtec). Les langues otomangues sont réputées compter parmi les plus complexes de la Mésoamérique, en raison du caractère compact des réalisations de surface (nasalisation, coalescences, tons ponctuels et à contours, etc.). Le mixtec - que les locuteurs préfèrent désormais la dénomination de tu'un savi ou de ñuu savi - est une composante de la sous-famille mixtécane, qui inclut le trique, le cuicatec et probablement aussi l'amuzgo (Longacre 1957, 1961; Longacre & Millon 1961), langues qui appartiennent toutes à la branche orientale de la famille otomangue. La variation interne du mixtec à elle seule est si intense qu'on serait tenté de considérer cette langue davantage comme une sous-famille au sein de l'ensemble mixtecan plutôt qu'un simple réseau dialectal. L'analyse présentée ici revisite les données de Josserand (1983) sur la texture (notamment, la classification) du réseau dialectal tu'un savi, à l'aide d'une base de données qui associe des listes de mots et des étymons compilés par Longacre (1957), Bradley & Josserand (1982), Josserand (1983), and Dürr (1987), en utilisant le dispositif de la géométrie des traits. Cette synthèse critique aboutit à un ensemble de conclusions concernant la dialectique de simplicité et de complexité du système phonologique du tu'un savi envisagé du point de vue du diasystème, et de la nature des inventaires segmentaux en tenant compte de phonotypes sous-jacents. La géométrie des traits (Clements 1985; Clements & Hume 1996) est un modèle d'analyse de la structure interne des segments et des interactions entre les constituants subordonnés aux racines des représentations phonologiques, qui recherche une certaine parcimonie dans la délimitation des classes naturelles. En tant que telle, la géométrie des traits permet de comprendre et de décrire ce qui à première vue apparaît comme un ensemble hautement diversifié d'objets phonologiques, à travers le prisme d'une modélisation réflexive, parcimonieuse, visant à alléger les représentations des structures et des processus ou des contraintes. Elle permet un degré de généralisation suffisant pour rendre compte à l'aide de quelques paramètres simples d'un ensemble de processus de diversification en apparence complexes, caractéristiques du tu'un savi et d'autres langues otomangue. Sans chercher pour autant à trancher dans le débat au sujet de quelle modélisation conviendrait le mieux au tu'un savi en particulier, nous tenterons à travers l'étude des données de cette langue, de montrer en quoi la géométrie des traits permet de mettre en perspective des niveaux de structuration d'un diasystème en apparence foisonnant comme celui du tu'un savi, selon une logique de géométrie variable de la spécification de traits, à titre d'étude de cas en typologie phonologique. A cette fin, nous tenterons de définir comment un système qui semble mêler des critères relevant de l'échelle de sonorité, de répartition autosegmentale de la glottalité et de la nasalité, et de contraintes liées à la labialité et à la palatalité, peut être réordonné en un ensemble d'options portant sur la spécification de traits. Nous montrerons comment un inventaire consonantique de 21 segments, comme celui du tu'un Savi de Peñoles, de la Haute Mixteca, présenté dans un manuel de linguistique mésoaméricaine (Suárez 1983: 38), ne fait probablement intervenir guère plus de 7 ou 8 phonotypes sous-jacents, si l'on envisage cet inventaire à l'aide d'une modélisation fondée sur la spécification de traits. De ce point de vue, les avantages de la géométrie des traits sont grands pour saisir la dynamique de simplicité et de complexité des inventaires phonologiques, en termes de typologie des catégories fonctionnelles dans les langues du monde, à travers des logiques de spécification de traits dans des systèmes observables, dans toute leur extension diasystémique. Les langues otomangues s'avèrent être un observatoire privilégié de cette dialectique, dont les enjeux sont grands à l'heure de la constitution de bases de données à l'échelle mondiale, afin de rappeler que les données sont par définition construites et jamais définitivement acquises, en fonction de théories plus ou moins explicites. Expliciter et discuter les prémisses de toute description s'avère à ce titre un exercice des plus salutaires pour approcher des valeurs de vérité relative en typologie phonologique, selon une logique de découverte popperienne.

Through the Southern Italo-Romance and Salentinian dialects this thesis aims at using cladistics to the service of dialectology. One must understand the cladistics as a means of classification mainly linked to the phylogenetic and typological study of animal and plant species. Most of the research focuses on the study of various dialectal diasystems that emerge from the cladistic analysis applied to the Southern Italo-Romance field. From a sociolinguistic point of view after a first study which describes the level of diglossia and the degree of use of the dialect in the Salentinian area, this thesis travels through the history of the Southern Italo-Romance dialects as well as the history of the Romance Italian dialectology since the first attempts to classify the dialects. Two different corpuses have been used. The first one was obtained after the studying of the ILA and it helped the analysis of the Southern Italo-Romance field as a whole. The dialectal area taken into account include Campania, Basilicata, Apulia, Salento, Sardinia, Sicily and Calabria. In each of these regions we have chosen three points according to an equidistant structure. We have selected 20 witness words. As for the second corpus, it was achieved through a questionnaire the author herself made in the Salento area and it is composed of 35 variables and six geographical points. The latter has been created on the basis of some sociologic criteria that the cladistic method had us to include into the analysis. The results we obtained don't imply to question the previous classifications but it allows a more formative vision of the dialectal fields studied by underlining the diversity of its own structure.; Au travers des dialectes italo-romans méridionaux et salentins, cette thèse met la cladistique au service de la dialectologie, la cladistique étant une méthode de classification principalement liée à l'étude phylogénétique et typologique des espèces vivantes. L'essentiel de la recherche porte sur l'étude des différents diasystèmes dialectaux qui se dégagent de l'analyse cladistique appliquée au domaine Italo-Roman Méridional. Après une première étude d'ordre sociolinguistique qui décrit le niveau de diglossie et le degré d'utilisation du dialecte dans l'espace salentin, cette thèse parcourt l'histoire des dialectes IRM et l'histoire de la dialectologie Italo-Romane, depuis les premiers essais de classification dialectale. Deux corpus différents ont été utilisés: dans un premier temps, un corpus obtenu à partir du dépouillement de l'ALI, et qui a servi à l'analyse du domaine IRM en général. L’espace dialectal pris en considération comprend la Campanie, la Basilicate, les Pouilles, le Salento, la Sardaigne, la Sicile et la Calabre. Dans chacune de ces régions nous avons sélectionné 3 points selon le principe d’équidistance. Les mots témoins relevés sont au nombre de 20. Le deuxième corpus, obtenu suite à un questionnaire réalisé dans la région du Salento par l'auteur même, se compose de 35 variables et six points d’enquête. Celui-ci a été construit en tenant compte de certains critères sociologiques que la méthode cladistique nous a permis d'intégrer dans notre analyse. Les résultats obtenus n'ont pas le but de bouleverser les classifications pré-existantes, mais de donner une vision plus structurante des aires dialectales étudiées en mettant en avant la diversité de leur structure interne.

The classification of Oïl dialects is revisited under the light of cladistics, mainly on the basis of syllable structure and the properties of simple and complex nuclei, according to basic principles of structural and generative phonology. Gillieron & Edmond's 1910 ALF provides the data, in this experimental endeavour to revisit the classification of Oïl dialects, an important network of Gallo-romance dialects to which the standard variety of French belongs to. Results address current trends in phonological typology and Romance phonology., La méthode cladistique est ici appliquée aux dialectes d'oïl, à partir des données de l'ALF.(Atlas Linguistique de France, Gilliéron & Edmont, 1910), afin d'explorer les congruences avec les classifications reçues ainsi que de nouvelles pistes de recherche, notamment du point de vue de la caractérisation typologique des systèmes phonologiques des parlers gallo-romans d'oïl. La méthode cladistique consiste à dériver les caractères en fonction des lois phonétiques connues, en attribuant une pondération aux variables phonologiques. De ce point de vue, la théorie des conditions de marquage, issue du structuralisme et de la phonologie générative, est appliquée aux noyaux simples et complexes attestés dans les dialectes d'oïl. La structure syllabique est au centre de cette approche. Il en résulte nombre de pistes de recherches dans les domaines associés à cette expérimentation cladistique que sont la géolinguistique, la diasystémique et la typologie linguistique.

International audience

En collaboration avec Darlu, Pierre, Gaillard-Corvaglia, Antonella.; La classification des dialectes d'oïl reste encore à développer, au-delà de l'approche purement dialectométrique (Goebl, Jagueneau), qui a donné des résultats satisfaisants en termes de taxinomie, mais qui ne permet pas d'analyser les données dans une perspective typologique. Le présent article soumet les données de l'ALF concernant les prinipales variables du vocalisme tonique des dialectes d'oïl à une analyse cladistique détaillée, dont les résultats sont systématiquement utilisés et réinvestis au profit d'une analyse de typologie phonologique des noyaux syllabiques simples et complexes. De ce point de vue, le potentiel du diasystème d'oïl, très diversifié à partir d'une division majeure est-ouest, ouvre des perspectives d'un grand intérêt dans le cadre de la typologie des vocalismes dans les langues du monde.

International audience

Il n’existe actuellement aucun consensus concernant la taxinomie et la constitution de l’hypodigme d’Homo habilis Leakey et al. 1964. Quatre hypothèses majeures sont aujourd’hui avancées à partir des restes crâniens et mandibulaires des spécimens attribués classiquement à Homo habilis sensu lato : (1) tous les spécimens appartiennent à un seul et même taxon : Homo habilis ; (2) deux espèces peuvent être identifiées dans ce groupe : Homo habilis sensu stricto et Homo rudolfensis ; (3) ces spécimens n’appartiennent pas au genre Homo mais au genre Australopithecus ; (4) les spécimens de l’espèce rudolfensis devraient être mis dans le genre Kenyanthropus. Le but de cette étude est de réévaluer de façon critique la variabilité au sein de cet ensemble fossile du Plio-Pléistocène et de tester si les spécimens appartiennent bien au genre Homo. Deux types d’étude ont été entrepris : une comparaison morphologique et une analyse cladistique. Dans cette dernière analyse, l’Unité Taxinomique Opérationnelle (OTU) est constituée par le spécimen et non l’espèce, en l’absence de consensus concernant l’attribution taxinomique des spécimens fossiles étudiés. Ces analyses portent sur les pièces originales provenant d’Éthiopie, du Kenya, de Tanzanie, du Malawi et de République d’Afrique du sud. L’étude morphologique permet de mettre en évidence une variabilité considérable au sein des premiers représentants du genre Homo. Deux espèces peuvent être définies au sein de cet ensemble : habilis et rudolfensis. L’analyse cladistique des 122 caractères crâniens montre l’appartenance de ces deux espèces au genre Homo et non aux genres Australopithecus ou Kenyanthropus. No consensus has been achieved concerning the taxonomic significance of the species Homo habilis. Four main hypotheses have been advanced: (1) the specimens from Olduvai, East Turkana and Omo belong to the same palaeospecies: Homo habilis sensu lato; (2) the hypodigm is heterogenous; two species could be defined : Homo habilis sensu stricto and Homo rudolfensis; (3) these specimens do not belong to the genus Homo but to Australopithecus or (4) Kenyanthropus. The goal of this study is to critically re-evaluate the hypotheses concerning the taxonomy of the specimens attributed to early Homo, and to test whether they belong to the genus Homo or to another genus. A morphological study and numerical cladistic analyses on 122 morphological characteristics were carried out on the original Plio-Pleistocene specimens. The Operational Taxonomic Unit (OTU) is defined by the fossil specimen rather than the species in the absence of consensus concerning the taxonomic attribution of the fossil specimens studied. Indeed, because no consensus concerning the hypodigm of Homo habilis has been achieved, the creation of OTU on the basis of shared anatomy would have introduced circularity into our analysis. The results of these analyses show that: (a) two species could be defined: habilis and rudolfensis; (b) the specimens belonging to these two taxa are included in the clade of Homo ; (c) the conclusions concerning the revision of the genus Homo and the inclusion of the specimens of habilis and rudolfensis to the genus Australopithecus or Kenyanthropus are questioned.

MOLECULAR APPROACH OF THE PHYLOGENY OF HOMINOIDEA : THE PSEUDO ETA-GLOBIN EXAMPLE Summary. — Nucleotide sequences from the pseudo eta-globin gene of Pan troglodytes (common chimpanzee), Gorilla gorilla (gorilla), Pongo pygmaeus (orangutan), Macaca mulatto (rhesus macaque) and Ateles geoffroyi (spider monkey) was compared to the same orthologous region of Homo sapiens (modern human). Cladistic analysis and pairwise comparison of these sequences demonstrate that human and chimpanzee are more closely related to each other and support the exclusion of Pongo from a monophyletic subfamily Homininae (modern human and african apes)., Résumé. — Les séquences de nucléotides du gène de la pseudo êta-globine de Pan troglodytes (chimpanzé commun), Gorilla gorilla (gorille), Pongo pygmaeus (orang-outan), Macaca mulatto (macaque rhésus) et Ateles geoffroyi (atèle) ont été comparées à celle de Homo sapiens (homme moderne). L'analyse cladistique de ces séquences de nucléotides et leur comparaison 2 à 2, indiquent que l'homme et le chimpanzé forment un clade et confirment l'exclusion de Pongo d'une sous-famille Homininae (homme et grands singes africains) monophylétique., Barriel Véronique, Darlu Pierre. Approche moléculaire de la phylogénie des hominoidea : l'exemple de la pseudo êta-globine. In: Bulletins et Mémoires de la Société d'anthropologie de Paris, Nouvelle Série. Tome 2 fascicule 1, 1990. pp. 3-23.

The Quaternary, which is sometimes also termed the Anthropogene Period, often is linked to the beginning of humankind. But what exactly is the basis in the fossil hominin record for this link, in particular what is the early Homo evidence? Since 1999, debate concerning the definition of the genus Homo and the identification of its first members has intensified. At the centre of recent debates, there are four hypotheses: (1) all early Homo specimens belong to the same species: Homo habilis sensu lato; (2) the early Homo hypodigm is heterogeneous, two species could be defined: Homo habilis sensu stricto and Homo rudolfensis; (3) these species do not belong to the genus Homo but to the genus Australopithecus; or (4) it would be more appropriate to put the specimens of Homo rudolfensis into the genus Kenyanthropus. The earliest appearance of the genus Homo will differ depending upon the favoured hypothesis: 2.45 Myr (hypotheses 1 and 2); 1.9 Myr (hypothesis 3); 1.9 or 2.4 Myr (hypothesis 4, depending on the genus attribution for habilis (2.4 Myr if Homo; 1.9 Myr if Australopithecus)). Our study, based on palaeoanthropological data, is focused on the 2.6-1.6 Myr period. In this paper, we propose to review and assess knowledge of early Homo taxonomy in the context of the definition of the Quaternary boundary. Le Quaternaire est souvent considéré comme une période liée à l’apparition du genre Homo et marquée par la diversité de ses représentants, ce qui lui valu parfois d’être défini comme une période « Anthropozoïque ». Mais que nous indique vraiment le registre des homininés fossiles et en particulier des premiers représentants du genre Homo? La définition du genre Homo et l’identification de ces premiers représentants sont l’objet de nombreux débats depuis 1999. Quatre hypothèses sont actuellement débattues : (1) tous les spécimens appartiennent à un seul et même taxon : Homo habilis ; (2) deux espèces peuvent être identifiées dans ce groupe : Homo habilis sensu stricto et Homo rudolfensis ; (3) ces spécimens n’appartiennent pas au genre Homo mais au genre Australopithecus ; (4) les spécimens de l’espèce rudolfensis devraient être mis dans le genre Kenyanthropus. L’émergence du genre Homo serait à 2,45 millions d’années (hypothèses 1 et 2) ; à 1,9 million d’années (hypothèse 3) ; à 1, 9 ou 2,4 millions d’années (hypothèse 4, selon l’attribution de l’espèce habilis, au genre Homo (2,4 Ma), ou au genre Australopithecus (1,9 Ma)). Nous exposons dans ce papier les problématiques actuelles et nos propres résultats (analyse cladistique) concernant l’émergence du genre Homo en Afrique, en les mettant en perspectives avec les différentes propositions concernant la limite du Quaternaire. Notre propos, basé sur les données paléoanthropologiques, est centré sur la période allant de 2,6 à 1,6 millions d’années.

en collaboration avec : Darlu, Pierre et Gaillard-Corvaglia, Antonella; La cladistique est une forme de systématique taxinomique, qui est loin d'avoir encore utilisé toutes les ressources de la phonétique historique, et n'a encore été que peu appliquée à la dialectologie ou à des données dialectales. Cet article applique la méthode cladistique basée sur des chaînes évolutives, ou graphes de dérivation des caractères, pour montrer le caractère heuristique de cette méthode à trevers deux domaines dialectaux romans.

The origin of late Neogene Hippopotamidae (Artiodactyla) involves one of the most serious conflicts between comparative anatomy and molecular biology: is Artiodactyla paraphyletic? Molecular comparisons indicate that Cetacea should be the modern sister group of hippos. This finding implies the existence of a fossil lineage linking cetaceans (first known in the early Eocene) to hippos (first known in the middle Miocene). The relationships of hippos within Artiodactyla are challenging, and the immediate affinities of Hippopotamidae have been studied by biologists for almost two centuries without resolution. Here, we compare opposing hypotheses implicating several “suiform” families. This morphological analysis of a comprehensive set of taxa and characters offers a robust solution to the origins of Hippopotamidae. This family appears to be deeply nested within the otherwise extinct artiodactyl family Anthracotheriidae, most precisely within the most advanced selenodont forms. The proposed sister group of hippos is the middle to late Miocene African semiaquaticLibycosaurus. Any close relationships of hippos with suoids, particularly with Tayassuidae, are rejected. Furthermore, the clade (Hippopotamidae, Anthracotheriidae) is proposed as the sister group of the Cetacea, offering broad morphological support for a molecular phylogeny, such support being also consistent with the fossil record. Corroboration of this relationship requires an exploration of anthracothere affinities with other Paleogene artiodactyls. Among those, the position of Ruminantia is a central question, still to be solved. Further progress in this debate is likely to come from morphological studies of paleontological data, whether known or still to be discovered.

The old debate on hippopotamid origins is still unresolved, balancing between two main phylogenetic hypotheses: origins within the Anthracotheriidae vs. origins within the Tayassuidae. The characters used in the literature to support one, the other, or both hypotheses were re-examined in light of a better known primitive hippopotamid morphology. A cladistic analysis was performed on the basis of these characters. On the one hand, although many features similar in hippopotamuses and anthracotheres appear to have evolved in parallel, the family Anthracotheriidae remains the best putative hippopotamus stem group on the basis of the reviewed characters. However, the precise identification of a stem group within this family is still uncertain. On the other hand, the lineage proposed in the tayassuid hypothesis should not be retained, being mostly based on some incorrect observations and without taking into account the derived or primitive nature of the features. The anatomic similarities seen between modern peccaries and Hippopotamus amphibius are the results of convergences between advanced species of both families.

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An original approach of phylogenetic reconstruction from whole genomes’ organization in a cladistic framework is proposed. This approach is based on global comparison of genomes’ organization with no a priori assumptions about rearrangements. Two codings are proposed: “Relative position” and “Junctions”, with two different options. These coding possibilities are analyzed and compared along with the “Signed junctions” coding of Cosner et al.; they allow to represent the functional units order along the chromosome, as an example, functional units can be gene or homologous chromosomal segments. The “Relative position” coding is composed of three different kinds of characters: position characters, polarity and units presence/absence characters. The “Junctions” coding is based on binary characters: units’ polarity, units and units junctions presence/absence. The “Signed junctions” coding is only composed of signed junctions presence/absence characters. This coding has the advantage of considering polarity and position simultaneously. On the other hand, the “Relative position” coding allows reconstituting ancestral genomes a posteriori, which is of great interest to interpreting genome evolution. The metazoan mitochondrial genome and Mastomys genus chromosomes have been successfully analyzed with the three coding approaches.; Une approche originale de reconstruction phylogénétique à partir de l’organisation de gé- nomes entiers dans un contexte cladistique est proposée. Cette approche se fonde sur la com- paraison globale de l’organisation des génomes étudiés, sans hypothèses a priori sur les remaniements. Deux codages sont proposés : « Position relative » et « Jonctions », avec deux options différentes. Ces possibilités de codage sont analysées et comparées avec le codage « Jonctions signées » de Cosner et al. ; ils permettent de représenter l’ordre d’unités fonctionnelles le long des chromosomes, les unités fonctionnelles pouvant être des gènes ou des segments chromosomiques homologues par exemple. Le codage « Position relative » regroupe trois types de caractères : des caractères de position, d’orientation et de présence/absence des unités. Le codage jonction est basé sur des caractères binaires : polarité d’unité, présence/absence d’unités et de jonctions d’unités. Le codage « Jonctions signées » est un codage entièrement fondé sur la présence/absence de jonctions signées. Ce dernier présente l’avantage de prendre en compte l’orientation et la position simultanément. Par contre, le codage « Position relative » permet de reconstituer les génomes ancestraux a posteriori, ce qui est d’un grand intérêt pour l’interprétation de l’évolution du génome. Le génome mitochondrial des métazoaires ainsi que les chromosomes du genre Mastomys ont été analysés avec succès au moyen des trois codages.

International audience; A new morphological feature in the mandible-"S"-shaped crista temporalis with flat superior anterior edge of the ramus-is present in the Tighenif Homo erectus and in the Zhoukoudian remains. The polarity of this feature, once used in a cladistic context, and study of its frequency among Homo sapiens and Homo erectus allow us to distinguish these two taxa.; Un caractère morphologique-forme sigmoïde et continue de la crista temporalis associée à un bord supéro-antérieur plan de la branche-présent sur les mandibules d'Homo erectus de Tighénif et Zhoukoudian apparaît avec une fréquence faible au sein des Homo sapiens. La variation de fréquence d'apparition et la polarité du caractère définie par les règles de la cladistique permettent d'utiliser ce caractère pour différencier Homo sapiens de Homo erectus.

The evolution of the avian palate has been a subject of great interest for over a century. Recently the primitive - derived sequences (i.e., character polarities) of the relevant features have become confused. Outgroup comparisons with theropod dinosaurs, crocodiles and other archosaurian reptiles suggest a number of palatal features that may be ancestral for birds. Ratites and tinamous exhibit a large number of these primitive features. Having polarized various palatal characters, we tested these polarities by examining the palates of Mesozoic birds. Archaeopteryx, Gobipteryx, and the hesperornithids were analysed. Although Archaeopteryx is too poorly known to reconstruct the palate, it shows a number of primitive features ; the identification of one of the bones as an ectopterygoid is questioned. Gobipteryx also exhibits many plesiomorphies and retains the elongate pterygoids of non-avian archosaurs. The palate of hesperornithid birds is reconstructed and shown to be widely divergent morphologically from other archosaurs ; it retains a few primitive features while showing several clear autapomorphies., Depuis plus d'un siècle l'évolution du palais avien a été un problème d'un grand intérêt. Récemment les séquences «primitif-dérivé», c'est-à-dire la polarisation des caractères pour les caractères pertinents, sont devenues confuses. Les comparaisons extra-groupes (outgroup comparisons) avec certains dinosaures théropodes, les crocodiles et d'autres reptiles archosauriens suggèrent un certain nombre de caractères palatins pouvant être ancestraux pour les oiseaux. Les Ratites et les Tinamous possèdent plusieurs de ces caractères primitifs. Ayant établi la polarité de plusieurs caractères palatins, nous avons testé ces polarités en examinant le palais d'oiseaux mésozoïques. Les conditions retrouvées chez Archaeopteryx, Gobipteryx et les Hesperornithiformes ont été analysées. Bien que le palais d'Archaeopteryx soit trop peu connu pour permettre sa reconstitution, il possède toutefois un certain nombre de caractères primitifs ; l'identification d'un des os comme étant un ectoptérygoïde est remise en question. Gobipteryx présente aussi plusieurs plésiomorphies et conserve les ptérygoïdes allongés retrouvés chez les Archosaures non-aviens. Le palais des Hesperornithiformes est reconstruit et montre une grande divergence morphologique par rapport à celui d'autres Archosaures ; il conserve quelques caractères primitifs mais présente en même temps plusieurs autapomorphies distinctes., Witmer Lawrence M., Martin Larry D. The primitive features of the avian palate, with special reference to Mesozoic birds. In: Documents des Laboratoires de Géologie, Lyon, n°99, 1987. L'évolution des oiseaux d'après le témoignage des fossiles. Table ronde internationale du CNRS, Lyon-Villeurbanne, 18-21 septembre 1985. pp. 21-40.

Une méthode non-aqueuse améliorée pour la préparation d'ADN chloroplastique (ADNcp) à partir de matériel foliaire séché de plantes adultes a permis une analyse des PLFR de l'ADNcp du riz à l'aide de 10 endonucléases de restriction. 320 plantes, représentant 248 variétés et 15 espèces de la Section #Eu-Oryza$ du genre #Oryza$, furent analysées. Un phylogramme hypothétique complet de 32 types de plastomes, dont 10 parmi les riz cultivés, fut déduit d'une analyse cladistique de 112 mutations décelées, calibré à l'aide de données bibliographiques sur les taux de mutation de l'ADNcp chez les Graminées, et confronté à certains repères paléo-géographiques. Les résultats apportent des informations nouvelles, en bonne partie compatibles avec les données existantes au niveau des génomes nucléaires et leur interprétation évolutive. (Résumé d'auteur)