LisBeth: New cladistics for phylogenetics and biogeography

International audience; Within phylogenetics, two methods are known to implement cladistics: parsimony or maximum parsimony (MP) and three-item analysis (3ia). Despite the lack of suitable software, 3ia is occasionally used in systematic, and more regularly, in historical biogeography. Here, we present LisBeth, the first and only phylogenetic/biogeographic program freely available that uses the 3ia approach and offer some insights into its theoretical propositions. LisBeth does not rely on the conventional taxon/character matrix. Instead, characters are represented as rooted trees. LisBeth performs 3ia analyses based on maximum congruence of three-item statements and calculates the intersection tree (which differs from usual consensus). In biogeography, it applies the transparent method to handle widespread taxa and implements paralogy-free subtree analysis to remove redundant distributions. For the sake of interoperability, LisBeth may import/export characters from/to matrix in NEXUS format, allowing comparison with other cladistic programs. LisBeth also imports phylogenetic characters from Xper2 knowledge bases.; En cladistique, ne bénéficiant d’aucun logiciel adéquat, l’analyse à trois éléments (3ia) est moins répandue que la parcimonie (MP), bien que fréquemment utilisée en biogéographie historique. LisBeth est le premier et unique logiciel de 3ia pour la phylogénie et la biogéographie, disponible gratuitement, et développé à partir de propositions théoriques déjà publiées et originales. LisBeth ne repose pas sur la représentation matricielle conventionnelle, les caractères étant des arbres racinés dont sont issues les hypothèses à trois éléments, parmi lesquelles LisBeth recherche la congruence maximale. LisBeth reconstruit un arbre qui diffère des consensus habituels : l’arbre d’intersection. En biogéographie, la « méthode transparente » et « l’analyse des sous-arbres libres de paralogie » sont implémentées pour gérer les taxons à distributions larges et/ou redondantes. Dans un souci d’interopérabilité, LisBeth peut importer/exporter des matrices de caractères au format NEXUS, rendant ainsi comparables les différentes approches cladistiques. Un import existe aussi à partir des bases de connaissances Xper2.