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This paper argues that Ron Rash’s 2020 return to his 2008 bestseller, Serena, and to its eponymous character’s destructive frenzy operates as a pretext for him to deal, in his own poetic way, with the devastating consequences of such ruthless exploitative behaviors and their lethal contribution to the sixth extinction. This paper shows that “In the Valley” partakes of the genre of the poetry of extinction. Focusing on the diverse ways in which the valley’s inexorable emptying is represented, it regards “In the Valley” as an animal elegy that poetically represents the inexorable extinction of numerous species. Cet article démontre que le retour de Ron Rash en 2020 à son bestseller paru en 2008, Serena, et à la frénésie destructrice de son personnage éponyme constitue un prétexte lui permettant de traiter des conséquences désastreuses de ce mode d’exploitation sans vergogne et de sa contribution mortifère à la sixième extinction. Cet article inscrit « In the Valley » dans le genre défini comme poetry of extinction, en se focalisant sur les diverses représentations de l’évidement inexorable de la vallée. Le texte est ainsi considéré comme une élégie animale qui dépeint, de manière poétique, l’extinction de nombreuses espèces.

Web applications are at every corner of modern society.The largest web applications can serve millions of people.These applications are expected to be strongly reliable and stable yet capable to evolve to adapt to its users.At such a scale, these expectations can only be met through huge resources and time.For this reason, it is critical to further our ability to understand the structure of web applications to ease their maintenance and evolution.In this thesis, we explore web application structure through a variety of lenses: web testing, data extraction and web analytics.Our study shows that many web-related research, regardless of the research domain, suffer greatly from the lack of a generic fully unsupervised web application abstraction inference solution. We attempt to develop such a solution iteratively leading to three main contributions:SFTM. Similarity-based Tree Matching, an algorithm allowing to match two web pages. Compared to traditional, generic Tree Matching algorithms, SFTM produces better matchings for computation times several orders of magnitude smaller.ERRATUM. An approach allowing to repair locators on web applications. ERRATUM strongly improves the quality of repairs for little to no overhead. We integrated ERRATUM to a widely used open-source testing framework.APPSTRACT. An approach to automatically generate an abstraction of a web application. APPSTRACT combines intra-page abstraction and inter-page abstraction using SFTM to generate robust and semantically-rich application-wide locator identifiers for each element of a webpage.We believe our work opens up many new possibilities in a variety of research domains, in particular: the computation speed of SFTM enables approaches that were previously unpractical with generic tree matching and the approach we describe in APPSTRACT could pioneer new web analytics or web testing generation solutions based on web application abstraction.; Les applications web sont omniprésentes au sein de la société moderne.Les plus grandes applications web peuvent servir des millions de personnes.On attend de ces applications qu'elles soient fiables et stables tout en étant capables d'évoluer pour s'adapter à ses utilisateurs.À une telle échelle, ces attentes ne peuvent être satisfaites qu'avec d'énormes ressources et du temps.Pour cette raison, il est essentiel d'approfondir notre capacité à comprendre la structure des applications web pour faciliter leur maintenance et leur évolution.Dans cette thèse, nous explorons la structure des applications web sous plusieurs angles : les tests web, l'extraction de données et l'analyse de comportement utilisateur sur le web.Notre étude montre que de nombreuses recherches liées au web, quel que soit le domaine de recherche, souffrent grandement de l'absence d'une solution générique d'inférence d'abstraction d'applications web entièrement non supervisée. Nous tentons de développer une telle solution de manière itérative aboutissant à trois contributions principales :SFTM. Tree Matching basé sur la similarité, un algorithme permettant de faire correspondre deux pages Web. Comparé aux algorithmes de matching d'arbres génériques traditionnels, SFTM produit de meilleures matching pour des temps de calcul de plusieurs ordres de grandeur plus petits.ERRATUM. Une approche permettant de réparer les localisateurs sur les applications web. ERRATUM améliore fortement la qualité des réparations pour peu ou pas de frais généraux. Nous avons intégré ERRATUM à un cadre de test open source largement utilisé.APPSTRACT. Une approche pour générer automatiquement une abstraction d'une application Web. APPSTRACT combine l'abstraction intra-page et l'abstraction inter-page à l'aide de SFTM pour générer des identifiants de localisation robustes et sémantiquement riches à l'échelle de l'application pour chaque élément d'une page Web.Nous pensons que notre travail ouvre de nombreuses nouvelles possibilités dans une variété de domaines de recherche, en particulier : la vitesse de calcul de SFTM permet des approches qui n'étaient auparavant pas possibles avec le matching d'arbres génériques et l'approche que nous décrivons dans APPSTRACT pourrait ouvrir la voie à de nouvelles solutions pour l'analyse de comportement utilisateur sur le web ou de génération de tests.

Les applications Web sont omniprésentes dans la société moderne.Certaines applications Web peuvent servir des millions de personnes.Ces applications se doivent d'etre fiables et stables tout en étant capables d'évoluer pour s'adapter à ses utilisateurs.À une telle échelle, ces attentes ne peuvent être satisfaites qu'avec d'importantes ressources.Pour cette raison, il est essentiel d'approfondir notre capacité à comprendre la structure des applications Web pour faciliter leur maintenance et leur évolution.Dans cette thèse, nous explorons la structure des applications Web à travers plusieurs perspectives : les tests Web, l'extraction de données et l'analyse Web.Notre étude montre que de nombreuses recherches liées au Web, quel que soit le domaine de recherche, souffrent grandement de l'absence d'une solution générique d'inférence d'abstraction d'applications Web entièrement non supervisée. Nous tentons de développer une telle solution de manière itérative aboutissant à trois contributions principales :SFTM Similarity-based Tree Matching, un algorithme permettant de faire correspondre deux pages web. Comparé aux algorithmes de correspondance d'arbres génériques traditionnels, SFTM produit de meilleures correspondances plus rapidement.ERRATUM une approche permettant de réparer les localisateurs sur les applications web. ERRATUM améliore fortement la qualité des réparations pour peu ou pas de frais généraux. Nous avons intégré ERRATUM à logiciel de test open source largement utilisé.APPSTRACT une approche pour générer automatiquement une abstraction d'une application web. APPSTRACT combine l'abstraction intra-page et l'abstraction inter-page à l'aide de SFTM pour générer des identifiants de localisation robustes et sémantiquement riches à l'échelle de l'application pour chaque élément d'une page Web.Nous pensons que notre travail ouvre de nombreuses nouvelles possibilités dans une variété de domaines de recherche, en particulier : la vitesse de calcul de SFTM permet des approches qui n'étaient auparavant pas possibles avec l'appariement d'arbres génériques et l'approche que nous décrivons dans APPSTRACT pourrait ouvrir la voie à de nouvelles analyses Web ou à des solutions de génération de tests Web basées sur l'abstraction d'applications Web. Web applications are at every corner of modern society.The largest web applications can serve millions of people.These applications are expected to be strongly reliable and stable yet capable to evolve to adapt to its users.At such a scale, these expectations can only be met through huge resources and time. For this reason, it is critical to further our ability to understand the structure of web applications to ease their maintenance and evolution.In this thesis, we explore web application structure through a variety of lenses: web testing, data extraction and web analytics.Our study shows that many web-related research, regardless of the research domain, suffer greatly from the lack of a generic fully unsupervised web application abstraction inference solution. We attempt to develop such a solution iteratively leading to three main contributions:SFTM Similarity-based Tree Matching, an algorithm allowing to match two web pages. Compared to traditional, generic Tree Matching algorithms, SFTM produces better matchings for computation times several orders of magnitude smaller.ERRATUM an approach allowing to repair locators on web applications. ERRATUM strongly improves the quality of repairs for little to no overhead. We integrated ERRATUM to a widely used open-source testing framework.APPSTRACT an approach to automatically generate an abstraction of a web application. APPSTRACT combines intra-page abstraction and inter-page abstraction using SFTM to generate robust and semantically-rich application-wide locator identifiers for each element of a webpage.We believe our work opens up many new possibilities in a variety of research domains, in particular: the computation speed of SFTM enables approaches that were previously unpractical with generic tree matching and the approach we describe in APPSTRACT could pioneer new web analytics or web testing generation solutions based on web application abstraction.

The present work has been elaborated under the direction of the Diputació de Girona to solve the problem of the excess of carbon dioxide emissions into the atmosphere during the last years, through a pilot tree planting project in the schools and town hall of the different counties of Girona, to fulfil the SDGs of the 2030 Agenda and with its Mandate Plan. The initial proposal, which responded to the needs raised, proposed 9 climatic zones that divided and characterized the territory, depending on the altitude and whether the municipality was located in an inland or coastal area. Three alternatives are proposed, each containing two tree species adapted to each zone. Subsequently, and through a more detailed study of the landscape of the province of Girona, the 9 climates are included in the classification made by the Catàleg del Paisatge de les Comarques Gironines (Landscape Catalog of the Girona Counties), which, through its study, analysis and evaluation, distinguishes 26 differentiated landscape units. The selection of the different tree species has been made priorizing their climatic, edaphological adaptation, and to its different conditions, giving priority to those species that have a greater capacity for CO2 capture. El presente Trabajo ha sido elaborado a raíz del encargo de la Diputación de Girona para resolver la problemática del exceso de emisiones producidas de dióxido de carbono en la atmosfera durante los últimos años, mediante un proyecto piloto de plantación de arbolado en las escuelas y los ayuntamientos de las distintas comarcas de Girona, para cumplir con los ODS de la Agenda 2030 y con su Plan de Mandato. La propuesta inicial, que respondía a las necesidades planteadas, proponía 9 zonas climáticas que dividían y caracterizaban el territorio, en función de la altitud y de si el municipio se localizaba en una zona de interior o de costa. Se proponen tres alternativas que contienen, cada una de ellas, dos especies arbóreas adaptadas a cada zona. Posteriormente, y a través de un estudio más detallado del paisaje de la provincia de Girona, se incluyen las 9 climáticas dentro de la clasificación que realiza el Catálogo del Paisaje de las Comarcas de Girona que, mediante su estudio, análisis y evaluación, distingue 26 unidades del paisaje diferenciadas. La selección de las diferentes especies arbóreas se ha realizado priorizando su adaptación climática, edafológica y a los diferentes condicionantes, primando aquellas especies que tienen una mayor capacidad de captación de CO2. El present treball ha estat elaborat arrel de l’encàrrec de la Diputació de Girona per a resoldre la problemàtica de l’excés d’emissions produïdes de diòxid de carboni a l’atmosfera durant els darrers anys, mitjançant un projecte pilot de plantació d’arbrat a les escoles i els ajuntaments de les diferents comarques de Girona, per acomplir els ODS de l’Agenda 2030 i amb el seu Pla de Mandat. La proposta inicial, que responia a les necessitats plantejades, proposava 9 zones climàtiques que dividien i caracteritzaven el territori, en funció de l’altitud i de si el municipi es localitzava en una zona interior o costanera. Es proposen tres alternatives que contenen, cadascuna d’elles, dues espècies arbòries adaptades a cada zona. Posteriorment, i a través d’un estudi més detallat del paisatge de la província de Girona, s’inclouen les 9 climàtiques dins la classificació que realitza el Catàleg del Paisatge de les Comarques Gironines que, mitjançant el seu estudi, anàlisi i avaluació, distingeix 26 unitats del paisatge diferenciades. La selecció de les diferents espècies arbòries s’ha realitzat prioritzant la seva adaptació climàtica, edafològica i als diferents condicionants, primant aquelles espècies que tenen una major capacitat de captació de CO2. Objectius de Desenvolupament Sostenible::13 - Acció per al Clima

Drought is an important driver of forest dynamics in the Mediterranean region. The forecasted increase in drought frequency and severity can notably influence tree growth, forest structure, composition and productivity. Understanding how coexisting tree species respond to drought is thus crucial to understand which are less vulnerable and will perform better in a warmer and drier world. To assess drought vulnerability, we used dendrochronology to study the radial growth trends and responses to a drought index of four pine species (Pinus halepensis, Pinus pinea, Pinus nigra, and Pinus sylvestris) coexisting in North-eastern Spain. We reconstructed the growth of each species and evaluated their short- and long-term growth response to drought for the common period 1980–2017. The growth of the four pine species depended on water availability and high early spring temperatures impacted the growth of P. nigra and P. sylvestris negatively. The occurrence of a severe drought between 2005 and 2007 lead to marked growth reductions in the four species, but it was greater in magnitude in P. pinea and P. halepensis in 2005, and in P. nigra in 2007. The results of basal area increment models at the individual tree level suggested that P. halepensis trees grow more than the rest of species. After accounting for age and drought effects, P. nigra and P. sylvestris displayed negative growth trends in the 2008–2017 period while P. pinea and P. halepensis displayed positive growth trends. P. sylvestris was the most resistant species and P. pinea the less resistant. Conversely, P. halepensis and P. pinea were slightly more resilient than P. sylvestris. Moreover, P. sylvestris was the species displaying the highest autocorrelation and the lowest coefficient of variation in ring-width indices. A marked drop in the autocorrelation of P. pinea ring-width index was observed in response to the 2005 drought. These results indicate that all study species are vulnerable to drought but in different degrees. The strong resilience capacity of P. halepensis suggests that it will better thrive in a drier future, but mixed pine forests, such as the one here studied, may contract or become rare due to the strong sensitivity of P. pinea to drought and the lower post-drought performance of P. nigra and P. sylvestris.

Trees are among the most studied data structures and several techniques have consequently been developed for comparing two trees belonging to the same category. Until the end of year 2020, there was a serious lack of suitable metrics for comparing two weighted trees or two trees from different categories. The problem of comparing two tree sets was not also specifically addressed. These limitations have been overcome in a paper published in 2021 where a customizable metric based on hidden Markov models have been proposed for comparing two tree sets, each containing a mixture of trees belonging to various categories. Unfortunately, that metric does not allow the use of non metric-dependent classifiers which take descriptor vectors as inputs. This paper addresses this drawback by deriving a descriptor vector for each tree set from the behavior of its associated models after a sufficiently long time. The comparison between two tree sets is then realized by comparing their associated descriptor vectors. Classification experiments carried out on the databases FirstLast-L (FL), FirstLast-LW (FLW) and Stanford Sentiment Treebank (SSTB) respectively showed best accuracies of 99.75%, 99.75% and 87.22%. These performances are respectively 40.75% and 20.52% better than the tree Edit distance respectively for FLW and SSTB. Additional clustering experiments exhibited 54.25%, 98.75% and 75.53% of correctly clustered instances respectively for FL, FLW and SSTB. No clustering was performed in existing work.; Les arbres font partie des structures de données les plus étudiées et plusieurs techniques ont par conséquent été développées pour comparer deux arbres appartenant à la même catégorie. Jusqu'à la fin de l'année 2020, il y avait un sérieux manque de métriques appropriées pour comparer deux arbres pondérés ou deux arbres de catégories différentes. Le problème de la comparaison de deux ensembles d'arbres n'a pas non plus été spécifiquement abordé. Ces limites ont été surmontées dans un article publié en 2021 dans lequel une métrique paramétrable basée sur des modèles de Markov cachés a été proposée pour comparer deux ensembles d'arbres, chacun contenant un mélange d'arbres appartenant à différentes catégories. Malheureusement, cette métrique ne permet pas l'utilisation de classificateurs ne dépendant pas d'une mesure de distance qui prennent généralement des vecteurs en entrées. Le présent article s'attaque à cette limite en proposant un descripteur vectoriel pour chaque ensemble d'arbres à partir du comportement sur une longue période des modèles qui lui sont associés. La comparaison entre deux ensembles d'arbres est alors réalisée en comparant leurs descripteurs vectoriels respectifs. Des expériences en classification menées sur les bases de données FirstLast-L (FL), FirstLast-LW (FLW) et Stanford Sentiment Treebank (SSTB) ont respectivement permis d'obtenir les meilleures performances de 99,75 %, 99,75 % et 87,22 %. Ces performances sont respectivement 40,75% et 20,52% meilleures que la 'Tree Edit distance' respectivement pour FLW et SSTB. Des expériences supplémentaires en clustering ont permis d'avoir respectivement 54,25 %, 98,75 % et 75,53 % instances correctement groupées pour FL, FLW et SSTB. Aucun clustering n'avait été effectué dans les travaux existants.

À l’hiver 2020, la galerie Lelong consacrait une exposition aux paysages normands réalisés sur tablette numérique par David Hockney pendant le premier confinement français. On retrouve dans la nouvelle exposition que lui dédie l’Orangerie le même thème et des motifs déjà aperçus : les différentes vues depuis la fenêtre de la ferme acquise par l’artiste au tout début de l’année 2019. La presse a déjà raconté comment l’invitation d’un ami français à passer le week-end de l’autre côté de la Manc...

The article highlights the contradictions between saying and doing in plant and urban ecology. This article, based on field observations and discussions with users and planning officials, focuses on urban parks, Parc Bertrand (Geneva) in particular. It makes some concrete local ecology proposals., L'article relève des contradictions entre le dire et le faire en matière d'écologie végétale et urbaine. Cet article, basé sur des observations de terrain et des échanges avec des usagers et des responsables de l'aménagement, se focalise sur les parcs urbains, le parc Bertrand à Genève en particulier. Il émet quelques propositions concrètes d''écologie de proximité., Lévy Bertrand. Quelques propositions pour Genève et ses parcs. In: Le Globe. Revue genevoise de géographie, tome 161, 2021. Écologie théorique et pratique. pp. 104-123.

[cat] Les masses forestals estan en constant transformació per de l'acció de l'home i pel canvi climàtic. L'estudi de la biodiversitat, el seguiment de l'estat en les espècies i la distribució de la vegetació en el territori es converteix en un camp de recerca i treball cada vegada més necessari per a estudiar els impactes i efectes d'aquests canvis. Durant les últimes dècades, els satèl·lits d'Observació de la Terra han monitorat el territori i, per tant, els nostres boscos aportant dades i informacions rellevants de la distribució i estat de les masses forestals arreu del món. Històricament els satèl·lits Landsat han proporcionat col·leccions d'imatges del nostre territori cada 15 dies i actualment de 8 dies. Però actualment, l'augment de missions de satèl·lits focalitzades en l'estudi de la Terra és vertiginós. Cal destacar les missions Sentinel dins del Programa Europeu Copernicus (ESA) i per a la recerca que ens ocupa, la missió Sentinel-2 amb una constel·lació de dos satèl·lits que prenen imatges del nostre territori cada 5 dies. A més, apareixen noves constel·lacions de microsatèl·lits per a obtenir dades de les activitats i canvis en el territori amb major precisió. Un bon exemple és el nanosatèl·lit de l'estratègia NewSpace Catalonia amb resolucions espacials majors. En l'actualitat bona part de les dades o imatges associades, així com dels diferents programaris basats en els Sistemes d'Informació Geogràfica (*SIG) per a analitzar aquesta informació són de lliure accés i permeten el seu estudi de forma generalitzada per tota la comunitat científica i usuaris en general. És en aquest context en que s’ha desenvolupat aquest treball de Tesi per a triar les millors imatges de satèl·lit actuals i obertes (open data) que captin en l'espectre visible i infraroig per a estudiar les masses arbòries en el sud-est del massís del Montseny i la seva fusió amb dades dendromètriques. Son dades preses durant diferents treballs d'inventaris forestals realitzats en les tres últimes dècades i recollits i treballats en aquesta Tesi. Fer el treball de camp ha donat directament la fiabilitat necessària per a poder comparar la massa arbrada del territori i el què pot captar les imatges multiespectrals de satèl·lit. Prèviament s'han analitzat una gran quantitat d'imatges, especialment de les missions Landsat i Sentinel-2. Al final s'ha triat el millor subconjunt basat en 129 imatges del Sentinel-2 entre els anys 2017 i 2020. Aquestes imatges van ser descarregades amb un nivell de preprocessament (L2A) per a obtenir directament els millors valors de reflectàncies. Gran part del treball presentat s'ha centrat en analitzar la informació espectral a partir de les bandes originals, també a partir de càlculs d'índexs de vegetació més afins als estudis de les masses forestals. D'aquesta manera i finalment, s'ha proposat el càlcul d'un nou índex basat en les variacions percentuals entre les quatre bandes espectrals que inclouen la part visible del verd i vermell i dues bandes de l'infraroig més pròxim que hem anomenat Índex de Creixement de la Vegetació (ICV). Amb aquest índex hem realitzat un estudi temporal de tres anys, entre 2018 i 2020, on s'han pogut determinar uns patrons temporals de l'ICV per a les espècies arbòries dominats de les masses forestals estudiades. Aquests patrons temporals espectrals segueixen especialment un comportament fenològic al llarg de l'any. Quan la seqüència del cicle vegetatiu amb l'ICV no es compleix implica molt probablement un indicador de canvi derivat de la gestió forestal, d'afectacions biòtiques o abiòtiques, de la substitució de les cobertes, etc. Per tant, aquest model d'aproximació temporal a la informació espectral ens proporciona una nova eina per a classificar i detectar canvis en les masses forestals. Obre noves línies de treball per a explotar les dades de satèl·lit actuals i futurs, amb l'objectiu de conèixer millor els nostres boscos mediterranis i amb suficient informació de camp pot ser aplicat a qualsevol tipus de massa forestal., [eng] Forest masses are constantly changing due to man's action and climate change. The study of the biodiversity, the monitoring of the species’ state and the distribution of the vegetation in the territory becomes an increasingly necessary field of research to study the impacts and the effects of these changes. At this juncture, this Thesis has been developed to choose the best current and open satellite images that capture the visible and infrared spectrum to study the tree masses of the southeast of Montseny and its union with dendrometric data. Dendrometric data was taken during different forest inventory work done over the last three decades. The best subset based on 129 images of Sentinel-2 between 2018 and 2020 has been chosen. These images were downloaded with a pre-processed level (L2A) to directly obtain the best reflectance values. Part of the work presented is focused on analysing spectral information from the original bands, also from calculations of vegetation indexes more closely related to forest mass studies. In this way, a new index based on percentage variations has been proposed among the four spectral bands that include the visible portion of green and red and two closest infrared bands. We have called this new index as Índex de Creixement de la Vegetació (ICV), in English, Vegetation Growth Index. With this index, we have carried out a three-year temporary study, between 2018 and 2020, where temporary ICV patterns have been determined for the predominant tree species of the studied forested masses. These spectral time patterns follow a particular phenological behaviour during the year. When the sequence of the vegetative cycle is not met with the ICV, it most likely implies a change indicator derived from forest management, biotic or abiotic diseases, cover land replacement, etc. Therefore, this model of temporary approximation to spectral information provides us with a new tool for classifying and detecting changes in forest masses. Opens new working lines to exploit current and future satellite data to better understand our Mediterranean forests and with sufficient field information, it can be applied to all forest masses.

À l’origine de la diversité du vivant, l’évolution biologique est le phénomène par lequel les espèces naissent, se transforment ou disparaissent au cours du temps. Son étude fait intervenir des méthodes d’analyse sophistiquées qui reposent à la fois sur la modélisation mathématique des processus biologiques qui interviennent et sur la conception d’algorithmes efficaces pour ajuster ces modèles aux données génétiques et morphologiques.Modèles et méthodes pour l’évolution biologique expose les principales méthodes utilisées pour étudier l’évolution et offre un large panorama illustrant la variété des approches formelles mises en oeuvre notamment dans l’optimisation combinatoire, les modèles stochastiques, l’inférence statistique, l’échantillonnage par Monte-Carlo.Certaines des applications marquantes de ces méthodes y sont détaillées. Elles concernent, par exemple, l’étude d’événements migratoires des anciennes populations humaines ou la progression des épidémies.

Dans cet article, Usher se propose d’examiner la présence de la vie végétale dans les Tragiques d’Agrippa d’Aubigné. Dans le contexte de l’essor de la botanique à la Renaissance, il étudie les paysages, les arbres (cèdres, cyprès, aubépines…) et les fleurs (aconit, hellébore, lauriers, roses…) que rencontre le lecteur de l’épopée calviniste., In this article, Usher offers an examination of the presence of vegetal life in the Tragiques of Agrippa d’Aubigné. Within the wider context of a Renaissance renewal of botany, he studies landscapes, trees (cedars, cypresses, hawthorn…) et flowers (aconite, hellebore, laurels, roses…) that the reader comes across in the Calvinist epic.

This thesis aims at studying models for representing transformations of trees,elaborating algorithms for verification on such models and applying these toolsto the transformations performed by scripts on file hierarchies. We especiallyfocus on using techniques and models from the tree transducers literature, asopposed to formalisms based on logical formulas.In the Debian GNU/Linux distribution in particular, Shell scripts are a crucialpart of the installation, update and removal of software packages. The Shellscripting language provides access to Unix commands performing changes onfile systems in addition to other tools.We model Unix file systems as feature trees and we represent theactions of Unix commands on a file system using a model we call tree patterntransducers. This model uses tree patterns to represent modifications onfeature trees, and it uses a system of constraints to represent the domainsof tree transformations. We translate Unix commands into this model. We thenprovide an algorithm for computing the composition of tree pattern transducers.Our final goal is to use this representation of commands to detectconfigurations of the file system in which a given Shell script can fail.Instead of computing the transducers corresponding to Unix commands andcomposing them, we opt to only compute the inverse image (we view commands asfunctions from trees to trees) of the set of all feature trees through Unixcommands successively. We examine the pros and cons of this algorithm andwe implement it. To represent inverse images we use a variation of the system ofconstraints designed to model the domains of tree pattern transducers. Theimplementation is then tested on a corpus of Debian package scripts. To betterinform the discussion around this algorithm's complexity, we give a proof thatthe problem we are solving is NP-hard, even on very restricted sets of scripts.In a more theoretical direction, we use techniques from the field of functionnalprogramming to shed new light on known models of transducers. We contribute anew class of transducers we call High-Order Deterministic tree Transducers(HODT) which generalizes some known models of tree transducers. HODT aredefined similarly to Top-down tree transducers (DTOP), but the output of rulesare simply-typed lambda-terms. We show how putting constraints on theseterms yields different known classes of transducers: restriction to terms oforder 0 yields the class of DTOP, while restriction to terms of order at most1 yields the class of Macro Tree Transducers (MTT). We give a procedure forcomputing the composition of two HODT. We show that the order of the compositionis the sum of the orders of the composed transducers, which gives an interestingexplanation of why DTOP are closed under composition (as HODT of order 0)but not MTT (HODT of order 1).In particular we study the restriction of HODT to linear terms, to which we addan inspection by a regular bottom-up automaton. We show that this modelrepresents the same tree-to-tree functions as other known classes oftransducers, notably Transductionsdefined by Monadic Second-Order logic (MSOT). We then prove a similar result forthe restriction to almost linear terms and an extension of MSOT called MonadicSecond-Order logic tree Transductions with Sharing of subtrees (MSOTS).We then give a specialized procedure for composition of linear HODT whichpreserves linearity. This procedure relies onlinear logic and coherence spaces. Because the time complexity of this proceduredepends a lot on the order of transducers, we give a procedure that allows us toreduce the order of linear and almost linear transducers.As a last part, we prove that the word language MIX defined as the commutativeclosure of the Dyck language does not belong to the class of EDT0L languages northe class of non-branching Multiple Context-Free Languages.; This thesis aims at studying models for representing transformations of trees,elaborating algorithms for verification on such models and applying these toolsto the transformations performed by scripts on file hierarchies. We especiallyfocus on using techniques and models from the tree transducers literature, asopposed to formalisms based on logical formulas.In the Debian GNU/Linux distribution in particular, Shell scripts are a crucialpart of the installation, update and removal of software packages. The Shellscripting language provides access to Unix commands performing changes onfile systems in addition to other tools.We model Unix file systems as feature trees and we represent theactions of Unix commands on a file system using a model we call tree patterntransducers. This model uses tree patterns to represent modifications onfeature trees, and it uses a system of constraints to represent the domainsof tree transformations. We translate Unix commands into this model. We thenprovide an algorithm for computing the composition of tree pattern transducers.Our final goal is to use this representation of commands to detectconfigurations of the file system in which a given Shell script can fail.Instead of computing the transducers corresponding to Unix commands andcomposing them, we opt to only compute the inverse image (we view commands asfunctions from trees to trees) of the set of all feature trees through Unixcommands successively. We examine the pros and cons of this algorithm andwe implement it. To represent inverse images we use a variation of the system ofconstraints designed to model the domains of tree pattern transducers. Theimplementation is then tested on a corpus of Debian package scripts. To betterinform the discussion around this algorithm's complexity, we give a proof thatthe problem we are solving is NP-hard, even on very restricted sets of scripts.In a more theoretical direction, we use techniques from the field of functionnalprogramming to shed new light on known models of transducers. We contribute anew class of transducers we call High-Order Deterministic tree Transducers(HODT) which generalizes some known models of tree transducers. HODT aredefined similarly to Top-down tree transducers (DTOP), but the output of rulesare simply-typed lambda-terms. We show how putting constraints on theseterms yields different known classes of transducers: restriction to terms oforder 0 yields the class of DTOP, while restriction to terms of order at most1 yields the class of Macro Tree Transducers (MTT). We give a procedure forcomputing the composition of two HODT. We show that the order of the compositionis the sum of the orders of the composed transducers, which gives an interestingexplanation of why DTOP are closed under composition (as HODT of order 0)but not MTT (HODT of order 1).In particular we study the restriction of HODT to linear terms, to which we addan inspection by a regular bottom-up automaton. We show that this modelrepresents the same tree-to-tree functions as other known classes oftransducers, notably Transductionsdefined by Monadic Second-Order logic (MSOT). We then prove a similar result forthe restriction to almost linear terms and an extension of MSOT called MonadicSecond-Order logic tree Transductions with Sharing of subtrees (MSOTS).We then give a specialized procedure for composition of linear HODT whichpreserves linearity. This procedure relies onlinear logic and coherence spaces. Because the time complexity of this proceduredepends a lot on the order of transducers, we give a procedure that allows us toreduce the order of linear and almost linear transducers.As a last part, we prove that the word language MIX defined as the commutativeclosure of the Dyck language does not belong to the class of EDT0L languages northe class of non-branching Multiple Context-Free Languages.

This thesis aims at studying formal modelisations of tree transformations, with a focus on tree transducers.In particular we want to use tree transformations to represent operations on file systems which are represented as tree structures. More precisely we modelise operations performed by Shell scripts used to install and remove packages on Debian GNU/Linux distributions. The Shell scripting language provides access to Unix commands performing changes on file systems in addition to other tools. We model Unix file systems as feature trees and we represent the actions of Unix commands on a file system using a model we call tree pattern transducers. This model uses tree patterns to represent modifications on feature trees, and a system of constraints to represent the domains of tree transformations. We translate Unix commands into this model. We then provide an algorithm for computing the composition of tree pattern transducers.We implement a tool for finding the configurations of the file system which can make a given Shell script fail. Instead of computing the transducers representing scripts recursively on the structure of scripts, we only compute their domains. This allows us to reduce the complexity of our algorithm. The domains of transformations performed by scripts are computed recursively, starting with the last comand in the script. This amounts at computing successive inverse images of the commands in a script. We examine the pros and cons of this algorithm and we implement it. The implementation is then tested on a corpus of Debian package scripts. To better inform the discussion around this algorithm’s complexity, we give a proof that the problem we are solving is NP-hard, even on very restricted sets of scripts.In a more theoretical direction, we use techniques from the field of functional programming to shed new light on known models of transducers. We contribute a new class of transducers named High-Order Deterministic tree Transducers (HODT) which generalizes some known models of tree transducers. HODT are defined similarly to deterministic Top-down tree transducers (DTOP), but the output of rules are simply-typed λ-terms. We show how putting constraints on these terms yields different known classes of transducers: restriction to terms of order 0 yields the class of DTOP, while restriction to terms of order ≤ 1 yields the class of Macro Tree Transducers (MTT). We give a procedure for computing the composition of two HODT based on models of the λ-caclculus. We show that the order of the composition is the sum of the orders of the composed transducers, which gives an interesting explanation as to why DTOP are closed under composition (as HODT of order 0) but not MTT (HODT of order ≤ 1).In particular we study the restriction of HODT to linear terms, to which we add an inspection by a bottom-up tree automaton. We show that this model represents the same tree-to-tree functions as other known classes of transducers, most notably Transductions defined by Monadic Second-Order logic (MSOT). We then prove a similar result for the restriction to almost linear terms and an extension of MSOT called Monadic Second-Order logic tree Transductions with Sharing of subtrees (MSOTS). We then give a specialized procedure for the composition of HODT which preserves linearity. This procedure relies on linear logic and coherence spaces. Because the time complexity of this procedure largely depends on the order of transducers, we give a procedure to reduce the order of linear and almost linear transducers. We argue that composition algorithms for equivalent classes of transducers can also be decomposed into two steps: first computing composition in a meta-class of transducers ressembling HODT and second reducing the order to fall back to the initial model of transducers.In a last part, we prove that the word language MIX also known as the double-sided Dyck language, is not an EDT0L. This implies that it cannot be the output language of an MSOT from a regular language.; L'objectif de cette thèse est d'étudier les représentations formelles de transformations de structure de données arborescentes, en particulier les transducteurs d'arbres.Nous utilisons des méthodes formelles venant de la litérature scientifique des transducteurs d'arbres pour la vérification sur des scripts Shell utilisés dans les systèmes Debian GNU/Linux pour installer et désinstaller des packages. Nous modélisons les systèmes de fichiers par des arbres, et les scripts Shell qui modifient le système de fichier par des transformations de ces arbres. Nous avons implémenté un outil qui, étant donné un script, détècte les configurations du système de fichier qui peuvent faire échouer ce script. Nous avons testé cet outil sur un corpus de scripts Debian. Nous étudions ensuite la compléxité de cet algorithme, et nous démontrons que le problème résolu est NP-dur, même sur des classes de script simples.Dans une étude plus théorique, nous utilisons la programmation fonctionnelle pour revisiter des modèles connus de transducteurs d'arbres. Nous présentons un nouveau modèle de transducteurs nommé High-Order Deterministic tree Transducers (HODT) qui donne une généralisation de différents modèles connus. Les transducteurs HODT sont définis comme des transducteurs d'arbres Top-down (DTOP), sauf que leurs règles peuvent produire des λ-termes simplement typés à la place d'arbres. Ajouter des contraintes sur les λ-termes produits par les règles conduit à différents modèle connus: la restriction aux termes d'ordre 0 donne la classe DTOP, la restriction aux termes d'ordre 1 donne la classe des Macro Tree Transducers (MTT). Nous utilisons des modèles du λ-caclcul pour donner une procédure pour calculer la composition de deux transducteurs HODT. La somme des ordres de deux transducteurs HODT donne l'ordre de leur composition, ceci donne une nouvelle compréhension de pourquoi la classe DTOP (HODT d'ordre 0) est fermée par composition, mais pas MTT (HODT d'ordre ≤1).En particulier on étudie la restriction des transducteurs HODT dont les λ-termes sont linéaires, à laquelle on ajoute une inspection par un automate bottom-up (BOT). Elle caractérise la même classe de fonctions que plusieurs modèles connus, entre autres les Streaming Tree Transducers (STT) et les transductions d'arbres définies par Monadic Second-Order logic (MSOT). Nous prouvons également que la restriction aux λ-termes quasi-linéaires donne la classe des Attribute Tree Transducers (ATT). Nous présentons ensuite une nouvelle procédure de composition qui préserve la linéarité. Cette procédure est permise par une analyse de flot basée sur la logique linéaire et les espaces cohérents. Cet algorithme est ensuite comparé aux algorithmes existants sur les modèles équivalents. Finalement, nous prouvons que le langage de mot MIX (ou double-sided Dyck language) n'est pas un EDT0L. Ce qui implique qu'il n'est pas le langage de sortie d'une tranformation MSOT depuis un langage d'entrée régulier.

Soil salinity is a widespread stress in semi-arid forests worldwide, but how to manage nitrogen (N) nutrition to improve plant saline tolerance remains unclear. Here, the cuttings of a widely distributed poplar from central Asia, Populus russikki Jabl., were exposed to either normal or low nitrogen (LN) concentrations for two weeks in semi-controlled greenhouse, and then they were added with moderate salt solution or not for another two weeks to evaluate their physiological, biochemical, metabolites and transcriptomic profile changes. LN-pretreating alleviated the toxicity caused by the subsequent salt stress in the poplar plants, demonstrated by a significant reduction in the influx of Na+ and Cl- and improvement of the K+/Na+ ratio. The other salt-stressed traits were also ameliarated, indicated by the variations of chlorophyll content, PSII photochemical activity and lipid peroxidation. Stress alleviation resulted from two different processes. First, LN pretreatment caused a significant increase of non-structural carbohydrates (NSC), allowed for an increased production of osmolytes and a higher potential fueling ion transport under subsequent salt condition, along with increased transcript levels of the cation/H+ ATPase. Second, LN pretreatment enhanced the transcript levels of stress signaling components and phytohormones pathway as well as antioxidant enzyme activities. The results indicate that early restrictions of N supply could enhance posterior survival under saline stress in poplar plants, which is important for plantation programs and restoration activities in semi-arid areas. This research was supported by Natural Science Foundation of China ( 31770644 and 31270660 ), Project of Innovation research team in Sichuan Education Administration in China (No. 13TD0023 ).