Objectives: Our study was planned to investigate the effect of Clinical Pilates exercises in children and adolescents with Juvenile Idiopathic Arthritis (JIA). Methods: Fifteen participants diagnosed with JIA (mean age = 12.00 ±3.40 years) were included. The participants were randomly divided into two groups as Clinical Pilates exercise group (n = 6), and home exercise group (n = 9). Clinical Juvenile Arthritis Disease Activity Score (cJADAS), Wong Baker Face Scale, Brunininks-Oseretsky Test of Motor Proficiency Second Edition Short Form (BOT-2 SF), Juvenile Arthritis Biopsychosocial Scale (JAB-Q scale), and Pediatric Quality of Life Inventory (PedsQL) 3.0 Arthritis Module was used for evaluation before and after treatment. Exercises were performed by both groups 3 times a week for 6 weeks. Results: In the analysis of the before and after treatment results, a significant difference was observed in cJADAS (p = .027), manual dexterity (p = .020), running speed and agility (p = .027) subtests of BOT-2 SF, total score of BOT-2 SF (p = .042) and daily activity (p = .043) subtests of PedsQL child form in the Clinical Pilates exercise group. While there was statistically significant differences in manual dexterity (p = .024), running speed and agility (p = .041) and upper limb coordination (p = .034) subtests of BOT-2, and parent form of JAB-Q (p = .041) in home exercise group. When the delta values were compared, the difference was significant in the upper limb coordination subtest of BOT-2 SF (p = .008), and daily activities subtest of PedsQL child form (p = .003) in favour of the Clinical Pilates exercise group. Conclusions: Clinical Pilates exercises are a safe and useful method for children/adolescent with JIA. RESUMEN Objetivos: Nuestro estudio fue planeado para investigar el efecto de los ejercicios de pilates clínico en niños y adolescentes con artritis idiopática juvenil (AIJ). Métodos: Se incluyeron 15 participantes diagnosticados con AIJ (edad media = 12,00 ±3,40 años). Los participantes fueron divididos al azar en 2 grupos como grupo de ejercicio de pilates clínico (n = 6) y grupo de ejercicio en el hogar (n = 9). Para la evaluación antes y después del tratamiento se utilizó la puntuación de actividad de la artritis juvenil clínica (cJADAS), la escala Wong-Baker FACES®, la prueba Brunininks-Oseretsky de proficiencia motora en su segunda edición (BOT-2 SF), la escala biopsicosocial de artritis juvenil (escala JAB-Q) y el inventario de calidad de vida pediátrica (módulo PedsQL® 3.0) de artritis. Se realizaron ejercicios a ambos grupos, 3 veces por semana, durante 6 semanas. Resultados: Cuando se analizaron los resultados, antes y después del tratamiento, se observó una diferencia significativa en las subpruebas de cJADAS (p = 0,027), destreza manual (p = 0,020), velocidad y agilidad en la carrera (p = 0,027) de BOT-2 SF, puntuación total de BOT-2 SF (p = 0,042) y actividad diaria (p = 0, 043) subpruebas de PedsQL® forma infantil en el grupo de ejercicio de pilates clínico, mientras que hubo una diferencia estadísticamente significativa en la destreza manual (p = 0,024), la velocidad y la agilidad en la carrera (p = 0,041) y la coordinación de las extremidades superiores (p = 0,034) subpruebas de BOT-2 SF y forma parental de JAB-Q (p = 0,041) en el grupo de ejercicio en casa. Cuando se compararon los valores delta, la diferencia fue significativa en la subprueba de coordinación de los miembros superiores de BOT-2 SF (p = 0,008) y en la subprueba de actividades diarias de la forma infantil de PedsQL® (p = 0,003) a favor del grupo de ejercicio de pilates clínico. Conclusiones: Los ejercicios de pilates clínico son un método seguro y útil para niños/adolescentes con AIJ.