Author: "Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )" - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

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1. Optimal extended optical flow subject to a statistical constraint

Author: Martine Picq, Bertrand Delhay, Patrick Clarysse, Jérôme Pousin, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Modélisation mathématique, calcul scientifique ( MMCS ), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] ( ICJ ), École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ INFO.INFO-MO ] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Mathematical optimization, [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Optical flow, Motion (geometry), [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, 02 engineering and technology, 01 natural sciences, Image (mathematics), Transport equation, 65D19 (35Q92 62P10 65C60 92C55), [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Applied mathematics, Set of nonconvex constraints, 0101 mathematics, Mathematics, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Applied Mathematics, Numerical analysis, Process (computing), Parzen approximation, Observable, Statistical model, [ MATH.MATH-NA ] Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, 010101 applied mathematics, Constraint (information theory), Computational Mathematics, Tangency condition, Viability, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], 020201 artificial intelligence & image processing, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [MATH.MATH-NA]Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA]
Abstract: This work is motivated by the necessity to improve heart image tracking. This technique is related to the ability of generating an apparent continuous motion, which is observable through the variation of intensity from a starting image to an ending one. Given two images @r"0 and @r"1, we calculate an evolution process @r(t,@?) which transports @r"0 to @r"1 by using the optimal extended optical flow. Such a strategy is found to be well suited for heart image tracking, provided the motion is controlled by a statistical model. In this paper we use viability theory to give sufficient conditions to handle the optimal extended optical flow subject to a point-wise statistical constraint by using Parzen's approximation. The strategy is implemented in a 1D case and the numerical results which are presented show the efficiency of the proposed strategy.
Published: 2010

2. Functional imaging of pulmonary ventilation and inflammation in an experimental model of lung injury

Author: Pouzot-Névoret , Céline, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard - Lyon I, Jean-Claude Guérin, Jean-Christophe Richard, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and STAR, ABES
Subjects: Positron emission tomography, Tomographie par impédance électrique, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Lung inflammation, Inflammation pulmonaire, Tomographie par émission de positons, Prone position, SDRA, Décubitus ventral, Electrical impedance tomography, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Lung ventilation, ARDS, Ventilation pulmonaire, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Acute respiratory distress syndrome (ARDS) is characterized by diffuse alveolar damage andresulting from an increased permeability of the alveolar-capillary membrane. Of notice, thereis an intense lung inflammation. Positron emission tomography (PET) and electricalimpedance tomography (EIT) allow noninvasive assessment of pulmonary ventilation,perfusion and inflammation. We use these techniques to decipher the impairments ofventilation and inflammation throughout the lungs in an experimental model of acute lunginjury by hydrochloric acid inhalation in pigs.In a first study, we compared EIT to PET in quantifying pulmonary aerated volume andventilation, using PET as a gold standard. We found that lung ventilation and volume wereaccurately measured with EIT over a wide range of lung volume and minute ventilation. Wehave then described and validated a new model to obtain lung aerated volume and ventilationwith PET, without the requirement of gas sampling in the respiratory circuit. Finally, weconducted a controlled study with PET to evaluate the effects of positive end-expiratorypressure and body position on regional lung inflammation, ventilation and perfusion.Inflammation was significantly higher in injured groups than in control. However, there wasno significant change in inflammation across ALI groups despite significant differencebetween ventilation and perfusion repartition.We have developed in this work a stable experimental model of acute lung injury andvalidated noninvasive imaging tools allowing studying of important physiologic parametersthat could help setting up mechanical ventilation., Le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) est caractérisé par des lésions alvéolairesdiffuses qui résultent d’une lésion de la membrane alvéolo-capillaire entrainant entre autresune réaction inflammatoire intense et une perte massive et hétérogène du volume pulmonaireaéré. La tomographie par émission de positons (TEP) et la tomographie par impédanceélectrique (TIE) sont deux techniques d’imagerie fonctionnelle permettant l’étude noninvasive, quantitative et régionale du poumon.Ce travail présente le résultat d’études expérimentales conduites dans le SDRA. Tout d’abord,nous avons comparé positivement la TIE à la TEP pour la mesure de la ventilation pulmonaireet du volume aéré. Nous avons ensuite décrit et validé une technique robuste d’obtention duvolume aéré et de la ventilation spécifique en TEP sans prélèvement invasif. Enfin, nousavons étudié en TEP l’influence de la pression expiratoire positive (PEP) et du décubitusventral (DV) sur la répartition de la ventilation, de la perfusion et de l’inflammationpulmonaires. Les poumons agressés par l’acide chlorhydrique inhalé ont une inflammationsignificativement plus élevée que le groupe contrôle. Aucune différence significatived’inflammation n’a été trouvée entre les groupes expérimentaux malgré des modificationsimportantes de la répartition de la ventilation et de la perfusion régionales lors de la mise enDV. Ces études donc ont permis le développement d’un modèle porcin stable d’agressionpulmonaire aiguë et la validation de techniques d’imagerie permettant l’étude non invasive deparamètres physiologiques importants pouvant aider au réglage de la ventilation mécanique aucours du SDRA.
Published: 2010

3. Impact of respiratory motion correction on the detection of small lesions in whole-body PET imaging: A simulation study

Author: S. Marache-Francisco, Carole Lartizien, Frederic Lamare, Rémy Prost, Dimitris Visvikis, J.-M. Rouet, Hadi Fayad, MedisysResearch Lab ( Medisys ), Philips Research, Laboratoire de Traitement de l'Information Medicale ( LaTIM ), Université européenne de Bretagne ( UEB ) -Télécom Bretagne-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest ( CHRU Brest ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Mines-Télécom [Paris], Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), MedisysResearch Lab (Medisys), Laboratoire de Traitement de l'Information Medicale (LaTIM), Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Télécom Bretagne-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest)-Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Université de Brest (UBO)-Télécom Bretagne-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ciofolo-Veit, Cybèle
Subjects: medicine.medical_specialty, [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Image quality, Computer science, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, ComputingMethodologies_IMAGEPROCESSINGANDCOMPUTERVISION, Image registration, CAD, Solid modeling, Iterative reconstruction, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Respiratory motion correction, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, medicine, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, medicine.diagnostic_test, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Positron emission tomography, 030220 oncology & carcinogenesis, Whole body pet, Radiology, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Biomedical engineering
Abstract: International audience; Respiratory motion in Positron Emission Tomography leads to reduced image quality, influencing this way the quantitative accuracy of PET measurements, as shown in numerous studies. However, only few results have been published on its impact on lesion detection. This study intends to evaluate the impact of motion correction on the detection of small lesions (between 8 and 12 mm diameter) using a Computed-Aided Detection (CAD) system on FDG whole-body simulated PET images. We evaluate two types of motion correction techniques, both using motion fields derived from the reconstruction of gated PET images. The first technique consists in averaging the coregistered gated reconstructed PET images, while the second method integrates the motion fields during the iterative reconstruction process. (c) 2010 IEEE. Personal use of this material is permitted. Permission from IEEE must be obtained for all other users, including reprinting/ republishing this material for advertising or promotional purposes, creating new collective works for resale or redistribution to servers or lists, or reuse of any copyrighted components of this work in other works.
Published: 2010

4. OncoPET_DB : a freely distributed database of realistic simulated whole body 18F-FDG PET images for oncology

Author: Dimitris Visvikis, Sandrine Tomei, Carole Lartizien, Nicolas Boussion, Anthonin Reilhac, Francesco Giammarile, Christophe Odet, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Traitement de l'Information Medicale ( LaTIM ), Université européenne de Bretagne ( UEB ) -Télécom Bretagne-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest ( CHRU Brest ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Mines-Télécom [Paris], Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Traitement de l'Information Medicale (LaTIM), and Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Télécom Bretagne-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest)-Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)
Subjects: Oncology, Nuclear and High Energy Physics, medicine.medical_specialty, medicine.diagnostic_test, Observer (quantum physics), Distributed database, Computer science, Monte Carlo method, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Imaging phantom, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 18f fdg pet, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Nuclear Energy and Engineering, Positron emission tomography, 030220 oncology & carcinogenesis, Internal medicine, medicine, Noise (video), Electrical and Electronic Engineering, Whole body, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing
Abstract: International audience; The purpose of this paper is to generate and distribute a database of simulated whole bod 18F-FDG positron emission tomography (PET) oncology images. As far as we know, this database is the first addressing the need for simulated 18F-FDG PET oncology images by providing a series of realistic whole-body patient images with well-controlled inserted lesions of calibrated uptakes. It also fulfills the requirements of detection performance studies by including normal and pathological cases. The originality of the database is based on three points. First, we built a complex model of 18F-FDG patient based on the Zubal phantom in combination with activity distributions in the main organs of interest derived from a series of 70 clinical cases. Secondly, we proposed a model of lesions extent corresponding to real lymphoma patients. The lesion contrast levels were derived from a human observer detection study so as to cover the entire range of detectability. Lastly, the simulated database was generated with the PET-SORTEO Monte Carlo simulation tool that was fully validated against the geometry of the ECAT EXACT HR+ (CTI/Siemens Knoxville). The oncoPET_DB database is composed of 100 whole-body PET simulated images, including 50 normal cases coming from different realizations of noise of the healthy model and 50 pathological cases including lesions of calibrated uptakes and various diameters. Such a database will be useful to evaluate algorithms that may impact quantification or contrast recovery, to perform observer studies or to assess computer-aided diagnosis methods. Perspectives include enriching the present database with new pathological and normal cases accounting for interindividual variability of anatomy and FDG uptake.
Published: 2010

5. Imagerie par résonance magnétique du tenseur de diffusion (IRM-TD) en imagerie cardiaque humaine : traitements et premi'eres interprétations

Author: Frindel , Carole, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSA de Lyon, ZHU Yue-Min, ROBINI Marc, Siemens Medical Solutions, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Frindel, Carole, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Classification, Modèle statistique, Analyse d'images, Tractographie, Débruitage, Théorie des graphes, Imagerie cardiaque, Régularisation, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, IRM du tenseur de diffusion
Abstract: The motivation of this thesis is the study of the spatial organization of cardiac muscle fibers from a series of three-dimensional images acquired by Diffusion Tensor MRI (DT-MRI). This organization is a fundamental property underlying the heart contractile function. However it is very difficult to obtain considering the difficulties inherent to cardiac and respiratory motion. Our goal is to develop new approaches that can cope with physiological motion and noise sensititvity, for the estimation, the analysis and the visualization of myocardial fibers. My work is composed of three main axis. The first compares, in the context of ex vivo clinical studies, the main regularization approaches that operate either on diffusion weighted images or on diffusion tensors. The differences are small enough to conclude that the quality of our DT-MRI data is sufficient to consider all regularization methods as equivalent. The second concerns a new tractography method especially designed for cardiac specificity. It is guided by a global cost functional which allows automatic estimation of cardiac fibers in one shot, without using any initialization points. The latest axis consists in distinguishing a cardiac fibre population into clusters. It is based on the comparison of two classification methods (geometrical and topological type) using three different fibre representation modes. Our results establish that classification may allow automatic identification of myocardial regions from DT-MRI images, which could greatly ease analysis and comparison of these images towards the design of patient-specific therapies., Cette thèse a pour cadre l'étude de l'organisation spatiale des fibres du muscle cardiaque à partir de séries d'images tridimensionnelles acquises par IRM du Tenseur de Diffusion (IRMTD). Cette organisation constitue une propriété fondamentale du coeur sous-tendant la fonction contractile. Néanmoins elle est très complexe à obtenir au vu des difficultés inhérentes au mouvements cardiaque et respiratoire. Notre objectif consiste à développer de nouvelles approches, basées sur la prise en compte du mouvement du coeur et de la sensibilité au bruit de l'acquisition, pour l'estimation, l'analyse et la visualisation des fibres du myocarde. Dans ce cadre, mes travaux se déclinent selon trois axes principaux. Le premier compare, dans le contexte d'études cliniques ex vivo, les principales approches de régularisation opérant soit sur les images pondérées en diffusion soit sur les champs de tenseurs de diffusion. Les différences sont suffisamment faibles pour conclure que la qualité de nos données IRMTD est suffisante pour considérer toutes les méthodes de régularisation comme équivalentes. Partant de ce constat, une méthode de régularisation simple et rapide apparaî satisfaisante. Le second concerne la mise en place d'une méthode de tractographie spécialement conçue pour la spécificité cardiaque. Celle-ci est guidée par une fonctionnelle de coût globale qui permet l'estimation automatique des fibres cardiaques en une seule fois pour l'ensemble des données, et ce sans l'utilisation de points d'initialisation. Le dernier axe consiste en la distinction d'une population de fibres cardiaques en sous-groupes. Celle-ci s'appuie sur la comparaison de méthodes de classification de type géométrique et de type topologique exploitant toutes trois modes différents de représentation des fibres. Les résultats établissent que la classification pourrait permettre l'identification automatique de régions spécialisées dans le myocarde, ce qui pourrait grandement faciliter l'analyse et la comparaison des données IRMTD cardiaques pour la conception de thérapies patient-spécifiques.
Published: 2009

6. 3D Mesh Generation of Anatomical Structures for Electromagnetic and Thermal Simulations

Author: Dardenne, Julien, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INSA de Lyon, Pr. Rémy Prost (CREATIS), Pr. Noël Burais (Ampère)(remy.prost@creatis.insa-lyon.fr), Thèse en co-encadrement entre les laboratoires Ampère et CREATIS, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ampère, École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Dardenne, Julien
Subjects: largeur locale, [ INFO.INFO-MO ] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Voronoi Diagram, tetrahedral mesh, finite element method, éléments finis, Delaunay Triangulation, axe médian, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, medial axis, local feature size, maillage tétraédrique, diagramme de Voronoï, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, triangulation de Delaunay
Abstract: In his daily environment, the man is voluntarily or involuntarily exposed to Radio-Frequency Electromagnetic Fields. The prediction of inferred temperature rise by this radiation, by means of the calculation on a meshed anatomical model, depends a lot from quality of this model. The current methods of tetrahedral mesh generation use intermediate surface representations on the anatomical data. We show that it is not necessary to have a surface representation to generate a volume mesh. We propose a tetrahedral mesh generation based on the Centroidal Voronoi Diagram and their dual, the Delaunay Triangulation. This approach, contrary to surrounding areas of the literature, treats directly a volume of segmented voxels, obtained by MRI or by tomography X. To obtain meshes, either uniform but adapted at the anatomical complexity, we proposed a new method of capture of this complexity by means of medial axis approximation. A comparison with three other methods of tetrahedral mesh generation shows that our approach builds tetrahedra of better geometrical quality for various criteria. Of this quality ensues a better precision of the temperature inferred by the electromagnetic radiation, calculated by finite element methods, as well as a calculation time reduction. These results show the potential of our discrete approach of type "Voronoï-Delaunay" for tetrahedral mesh generation., Dans son environnement quotidien, l'homme est volontairement ou involontairement exposé à des champs électromagnétiques radiofréquences. La prédiction de l'élévation de température induite par ce rayonnement, à l'aide d'un calcul sur un modèle anatomique maillé, dépend beaucoup de la qualité de ce modèle. Les méthodes actuelles de génération de maillages volumiques utilisent des représentations surfaciques intermédiaires des données anatomiques. Nous montrons qu'il n'est pas nécessaire d'avoir une représentation surfacique pour générer un maillage volumique. Nous proposons une construction de maillages tétraédriques basée sur les diagrammes de Voronoi Centroïdaux et leur dual, la triangulation de Delaunay. Cette approche, contrairement aux approches de la littérature, traite directement un volume de voxels segmentés, obtenu par IRM ou par tomographie X, sans passer par une représentation surfacique. An d'obtenir des maillages, non plus uniformes mais adaptés à la complexité anatomique, nous avons proposé une nouvelle méthode de capture de cette complexité à l'aide d'une approximation de l'axe médian. Une comparaison, avec trois autres méthodes de génération de maillages de la littérature, montre que notre approche construit des tétraèdres de meilleure qualité géométrique pour différents critères. De cette qualité découle une meilleure précision sur la température induite par le rayonnement électromagnétique, calculée par une méthode d'éléments finis, ainsi qu'un temps de calcul réduit. Ces résultats montrent le potentiel de notre approche discrète de type "Voronoï-Delaunay" pour la génération de maillages tétraédriques.
Published: 2009

7. A data-driven workflow language for grids based on array programming principles

Author: Mireille Blay Fornarino, Benjamin Isnard, Tristan Glatard, Ketan Maheshwari, Johan Montagnat, Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Algorithms and Scheduling for Distributed Heterogeneous Platforms (GRAAL), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-06-MDCA-0009,GWENDIA,Grid Workflow Efficient Enactement for Data Intensive Applications(2006), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems ( SPARKS ), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Algorithms and Scheduling for Distributed Heterogeneous Platforms ( GRAAL ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme ( LIP ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and ANR-06-MDCA-0009,GWENDIA,Grid Workflow Efficient Enactement for Data Intensive Applications ( 2006 )
Subjects: Complex data type, Design, Programming language, Computer science, Control (management), 020207 software engineering, 02 engineering and technology, Expression (computer science), computer.software_genre, Data-driven, Workflow technology, Set (abstract data type), [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], Workflow, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Languages, 020201 artificial intelligence & image processing, Array programming, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], computer, D.3.2 [Programming Languages]: Language Classi cations -- Data-flow languages
Abstract: International audience; Different scientific workflow languages have been developed to help programmers in designing complex data analysis pro- cedures. However, little effort has been invested in com- paring and finding a common root for existing approaches. This work is motivated by the search for a scientific workflow language which coherently integrates different aspects of dis- tributed computing. The language proposed is data-driven for easing the expression of parallel flows. It leverages array programming principles to ease data-intensive applications design. It provides a rich set of control structures and it- eration strategies while avoiding unnecessary programming constructs. It allows programmers to express a wide set of applications in a compact framework.
Published: 2009

8. Realistic X-ray CT simulation of the XCAT phantom with SINDBAD

Author: W. Paul Segars, Joachim Tabary, Carole Lartizien, Sébastien Valette, S. Marache-Francisco, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MedisysResearch Lab (Medisys), Philips Research, Department of Radiology, Duke University [Durham], Laboratoire d'Electronique et des Technologies de l'Information ( CEA-LETI ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Grenoble Alpes [Saint Martin d'Hères], Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), MedisysResearch Lab ( Medisys ), Duke university [Durham], Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Physics, Scanner, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, business.industry, Computation, Monte Carlo method, Detector, Physics::Medical Physics, Solid modeling, computer.software_genre, Imaging phantom, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Simulation software, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, 030220 oncology & carcinogenesis, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Computer vision, Artificial intelligence, business, Projection (set theory), computer
Abstract: International audience; An efficient simulation tool is developed to generate realistic X-ray CT images, including a good modeling of physics and a very detailed anthropomorphic model in a reasonable computing time. This simulation tool consists in a coupling of the existing X-ray radiographic simulation software SINDBAD with the extended NURBS-Based Cardiac-Torso (XCAT) phantom. Both primary and scatter contributions in X-ray CT projections are calculated thanks to a combination of analytical and Monte Carlo approaches. The representation of the XCAT phantom is adapted to the level of resolution required by the primary and scatter images. We present in this paper first X-ray CT projection data which are simulated under an angiography configuration. Although the XCAT phantom is complex, the computation time is reasonable, even with the estimation of the scatter radiation. In future studies, similar simulations will be performed in real clinical CT scanner conditions, with an accurate modelling of detectors and a finer representation of the XCAT phantom, and will be compared with real X-rays CT images for validation.
Published: 2009

9. Optimal extended optical flow and statistical constraint

Author: Patrick Clarysse, Jérôme Pousin, Picq Martine, Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), J. Vigo Aguiar, Modélisation mathématique, calcul scientifique ( MMCS ), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] ( ICJ ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Mathematical optimization, Optical flow, Process (computing), Statistical model, Observable, [ MATH.MATH-NA ] Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA], 02 engineering and technology, Image segmentation, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Image (mathematics), Constraint (information theory), 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, 020201 artificial intelligence & image processing, Algorithm, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [MATH.MATH-NA]Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA], Interpolation, Mathematics
Abstract: This work is motivated by the necessity to improve the Heart image tracking. This technique is related to the ability to generate an apparent continuous motion, observable through intensity variation from one starting image to an ending one, which are both supposed segmented. Given two images ρ 0 and ρ 1 , we calculate an evolution process ρ(t, ·) which transports ρ 0 to 1 by using the optimal extended optical flow. Such a strategy has been found well suited to Heart image tracking, provided the motion is controlled by a statistical model. In this paper we use viability theory to give sufficient conditions for handling the optimal extended optical flow subject to point-wise statistical constraint using Parzen's approximation. The strategy is implemented in a 1D case and numerical results are presented showing the efficiency of the proposed strategy.
Published: 2009

10. Towards Production-level Cardiac Image Analysis with Grids

Author: Maheshwari , Ketan, Glatard , Tristan, Schaerer , Joel, Delhay , Bertrand, Camarasu-Pop , Sorina, Clarysse , Patrick, Montagnat , Johan, Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Tony Solomonides, Martin Hofmann-Apitius, Mathias Freudigmann, Sebastian Claudius Semler, Yannick Legré, Mary Kratz, ANR-06-MDCA-0009,GWENDIA,Grid Workflow Efficient Enactement for Data Intensive Applications(2006), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems ( SPARKS ), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and ANR-06-MDCA-0009,GWENDIA,Grid Workflow Efficient Enactement for Data Intensive Applications ( 2006 )
Subjects: [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], workflow enactment, production, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], grid computing, Cardiac image analysis
Abstract: International audience; Production exploitation of cardiac image analysis tools is hampered by the lack of proper IT infrastructure in health institutions, the non trivial integration of heterogeneous codes in coherent analysis procedures, and the need to achieve complete automation of these methods. HealthGrids are promising technologies to address these difficulties. This paper details how they can be complemented by high level problem solving environments such as workflow managers to improve the performance of applications both in terms of execution time and robustness of re- sults. Two of the most important important cardiac image analysis tasks are consid- ered, namely myocardium segmentation and motion estimation in a 4D sequence. Results are shown on the corresponding pipelines, using two different execution environments on the EGEE grid production infrastructure.
Published: 2009

11. Grid Analysis of Radiological Data

Author: Germain-Renaud, Cecile, Breton, Vincent, Clarysse, Patrick, Delhay, Bertrand, Gaudeau, Yann, Glatard, Tristan, Jeannot, Emmanuel, Legre, Yannick, Montagnat, Johan, Moureaux, Jean-Marie, Osorio, Angel, Pennec, Xavier, Schaerer, Joel, Texier, Romain, Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Machine Learning and Optimisation (TAO), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Equipe PCSV, Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand (LPC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Automatique de Nancy (CRAN), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms for the Grid (ALGORILLE), INRIA Lorraine, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), HealthGrid, Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur (LIMSI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Sorbonne Université - UFR d'Ingénierie (UFR 919), Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Saclay (COmUE), Analysis and Simulation of Biomedical Images (ASCLEPIOS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), The AGIR project has been funded by the French Ministry of Research under the Masses de Données program. Developments has been partially supported by the EGEE-II project funded by the European Union INFSO-RI-031688, by other grants from the European Commission (BioinfoGRID, Embrace), and for the work in section 7 by regional authorities (Conseil Régional d'Auvergne, Conseil Général du Puy-de-Dôme, Conseil Général de l'Allier), Mario Cannataro (Ed.), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Université Nancy 2-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Université Nancy 2-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Paris Saclay (COmUE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université - UFR d'Ingénierie (UFR 919), Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Laboratoire de Recherche en Informatique ( LRI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Machine Learning and Optimisation ( TAO ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Automatique de Nancy ( CRAN ), Université de Lorraine ( UL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Algorithms for the Grid ( ALGORILLE ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications ( LORIA ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ) -Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine ( INPL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ) -Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine ( INPL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems ( SPARKS ), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur ( LIMSI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Analysis and Simulation of Biomedical Images ( ASCLEPIOS ), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée ( CRISAM ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - CentraleSupélec - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - CentraleSupélec - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - CentraleSupélec - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP) - Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP) - Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en applications et traitement de l'image pour la santé (CREATIS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Hospices Civils de Lyon - Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) - Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Lorraine (UL) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP) - Université Nancy 2 - Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP) - Université Nancy 2 - Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (SPARKS), Université Nice Sophia Antipolis (UNS) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université Nice Sophia Antipolis (UNS) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (UNS) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université Nice Sophia Antipolis (UNS) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur [Orsay] (LIMSI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC) - Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), and Montagnat, Johan
Subjects: 020203 distributed computing, Data processing, Telemedicine, Exploit, business.industry, Computer science, Data management, 02 engineering and technology, Grid, Data science, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Semantic grid, Workflow, [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], Use case, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], business
Abstract: IGI-Global Medical Information Science Discoveries Research Award 2009; International audience; Grid technologies and infrastructures can contribute to harnessing the full power of computer-aided image analysis into clinical research and practice. Given the volume of data, the sensitivity of medical information, and the joint complexity of medical datasets and computations expected in clinical practice, the challenge is to fill the gap between the grid middleware and the requirements of clinical applications. This chapter reports on the goals, achievements and lessons learned from the AGIR (Grid Analysis of Radiological Data) project. AGIR addresses this challenge through a combined approach. On one hand, leveraging the grid middleware through core grid medical services (data management, responsiveness, compression, and workflows) targets the requirements of medical data processing applications. On the other hand, grid-enabling a panel of applications ranging from algorithmic research to clinical use cases both exploits and drives the development of the services.
Published: 2009

12. Modeling user submission strategies on production grids

Author: Diane Lingrand, Tristan Glatard, Johan Montagnat, Lingrand, Diane, Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work is partially funded by the French national research agency (ANR), NeuroLog project4 under contract number ANR-06-TLOG-024 and CNRS ST2I PEPS \Grid Observatory'. We are grateful to the EGEE European project for providing the grid infrastructure and user assistance., Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems ( SPARKS ), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Low overhead, Computer science, Distributed computing, Probabilistic logic, 020206 networking & telecommunications, Workload, 02 engineering and technology, computer.software_genre, [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], Grid computing, Cost criterion, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Operating system, [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], 020201 artificial intelligence & image processing, Latency (engineering), [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], computer
Abstract: International audience; Production-grid users experience many system faults as well as high and variable latencies due to the scale, complexity and sharing of such infrastructures. To improve performance, they adopt different submission strategies, that are potentially aggressive for the infrastructure. This work studies the impact of three different strategies. It is based on a probabilistic modeling of these strategies which are evaluated according to their performance, measured as the reduction of the latency expectation, and the infrastructure overhead, measured as the additional number of submitted jobs. A strategy cost criterion is then derived. Experiments are performed using real workload traces collected from the EGEE production infrastructure. Under these conditions, a good balance between high performance and low overhead can be found.
Published: 2009

13. Toward a quantitative analysis of in vivo proton magnetic resonance spectroscopic signals using the continuous Morlet wavelet transform

Author: Suvichakorn , A., Ratiney , H., Bucur , A., Cavassila , S., J.P , Antoine, RMN et optique : De la mesure au biomarqueur, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.ACOU ] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, [ PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [ SPI.ELEC ] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SPI.OPTI ] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [ SDV.IB.IMA ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [ PHYS.MECA.ACOU ] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: article; International audience
Published: 2009

14. Hybrid gadolinium oxide nanoparticles combining imaging and therapy

Author: Gilbert Blondiaux, Alain Le Pape, Roland Sabattier, Stéphanie Lerondel, Claire Billotey, Charlotte Rivière, Marc Janier, Guillaume Cartron, Jean-Luc Bridot, Pascal Perriat, David Daydé, Stéphane Roux, Olivier Tillement, Céline A. Mandon, Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cente d'imagerie du Petit Animal, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ONERA - The French Aerospace Lab [Meudon], ONERA-Université Paris Saclay (COmUE), Laboratoire SUBATECH Nantes (SUBATECH), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Nantes (UN)-Mines Nantes (Mines Nantes), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mécanique et Technologie (LMT), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents (LPCML), Laboratoire de Physique Subatomique et de Cosmologie ( LPSC ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology ( Grenoble INP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire ( CGPhiMC ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ONERA - The French Aerospace Lab ( Meudon ), ONERA, Laboratoire SUBATECH Nantes ( SUBATECH ), Mines Nantes ( Mines Nantes ) -Université de Nantes ( UN ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] ( MATEIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire de Mécanique et Technologie ( LMT ), École normale supérieure - Cachan ( ENS Cachan ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Mines Nantes (Mines Nantes)-Université de Nantes (UN)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: integumentary system, Gadolinium, Radiochemistry, [ SPI.MAT ] Engineering Sciences [physics]/Materials, Nanoparticle, chemistry.chemical_element, 02 engineering and technology, General Chemistry, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 01 natural sciences, Fluorescence, Neutron temperature, 0104 chemical sciences, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials, Neutron capture, chemistry, Materials Chemistry, Luciferase, Irradiation, 0210 nano-technology, Cytotoxicity
Abstract: The cytotoxicity of luminescent paramagnetic gadolinium oxide nanoparticles activated by harmless thermal neutron irradiation was evaluated on a luciferase coding gene transfected lymphome cells (EL4-Luc). Cellular uptake of nanoparticles was determined by fluorescence and magnetic resonance imaging and by ICP-MS analyses while the metabolic activity of irradiated EL4-Luc cells was monitored by bioluminescence. The alteration of the irradiated cells depends both on neutron irradiation dose and on gadolinium content within cells. In addition to their dual modality imaging ability, the application of these multifunctional particles for neutron capture therapy can be envisaged.
Published: 2009

15. Multi-luminescent hybrid gadolinium oxide nanoparticles as potential cell labeling

Author: Charlotte Rivière, Mireille Raccurt, Catherine Louis, N. Charvet, Claire Billotey, Stéphane Roux, Olivier Tillement, Guillaume Morel, J. Fizet, Pascal Perriat, Jean-Luc Bridot, Institute of Molecular Biology and Biotechnology (IMBB-FORTH), Foundation for Research and Technology - Hellas (FORTH), Department of Biology, University of Crete [Heraklion] (UOC), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique (ISIR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance aux Gestes et Applications THErapeutiques (AGATHE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Mécanique et Technologie (LMT), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents (LPCML), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Lyon-Université de Lyon, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire de Physique Subatomique et de Cosmologie ( LPSC ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology ( Grenoble INP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Institute of Molecular Biology and Biotechnology ( IMBB-FORTH ), Foundation for Research and Technology - Hellas ( FORTH ), University of Crete ( UOC ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés ( LEHNA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique ( ISIR ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Mécanique et Technologie ( LMT ), École normale supérieure - Cachan ( ENS Cachan ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] ( MATEIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Materials science, Fluorophore, Gadolinium, [ SPI.MAT ] Engineering Sciences [physics]/Materials, Biomedical Engineering, Metal Nanoparticles, Nanoparticle, chemistry.chemical_element, Bioengineering, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Mass Spectrometry, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials, chemistry.chemical_compound, Microscopy, Electron, Transmission, Cell Line, Tumor, Humans, General Materials Science, Particle Size, Microscopy, Confocal, Cell growth, General Chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, Condensed Matter Physics, Fluorescence, 0104 chemical sciences, chemistry, Cell culture, Biophysics, 0210 nano-technology, Luminescence, Ethylene glycol, Cell Division
Abstract: This manuscript analyses the use of newly developed hybrid gadolinium oxide nanoparticles as cell-labeling tracers. The nanoparticles are core-shell particles composed of a core of gadolinium oxide of [2-4] nm and a protecting shell of polysiloxane [1-3 nm] where different organic dyes (fluoresceine isothiocyanate (FITC) or rhodamine B isothiocyanate (RBITC)) are embedded. They are functionalized with poly(ethylene glycol)bis(carboxymethyl) to ensure their colloidal stability in biological buffers. These particles are potential multi-labeling tracers (magnetic and optical). In this paper, we show by optical imaging that they can be efficiently internalized in cells without cell alteration. The in-vitro uptake of the nanoparticles was followed in two cell lines (human fibroblasts and a human adenocarnima cell lines MCF7 cells). Nanoparticles distribution within cells was analysed by confocal analysis, and gadolinium concentration within cells was quantified by mass spectrometry (ICP-MS analysis). Nanoparticles uptake is found to be fast and efficient for both cell lines, with fluorescent labeling visible after 10 min of incubation whatever the nature of the fluorophore. The fluorescent intensity is mainly found as concentrated dots in the perinuclear region of the cells and decreases with the number of days in culture, but is still easily detectable after 3 days in culture. No significant effect on cell growth was detected. Finally, we show in this study the protective effect of the polysiloxane layer: encapsulation of RBITC within the polysiloxane shell, leads to a better photostability of this low cost dye than Cy3 and even reach a level comparable to Alexa 595. With their high photostability and long-lasting contrast properties, these hybrid luminescent nanoparticles appears thus as a versatile solution to assess multiple cell fate both in in-vitro cell model as well as in-vivo.
Published: 2009

16. Comparison of T1 and T2 Metabolite Relaxation Times in Glioma and Normal Brain at 3T

Author: Li, Y., Srinivasan, R., Ratiney, H., Lu, Y., Chang, S. M., Nelson, S. J., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Laboratoire Creatis, Compte Général
Subjects: [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [SPI.OPTI] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, [ PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SDV.IB.IMA ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [ PHYS.MECA.ACOU ] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.ACOU ] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [ SPI.ELEC ] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SPI.OPTI ] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.MECA.ACOU] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: article
Published: 2008

17. Multimodal imaging for the detection and characterization of liver lesions in a mouse model of neuroendocrine tumor

Author: Jean-Baptiste Langlois, Jean-Yves Scoazec, Laurent Milot, Frank Pilleul, Olivier Beuf, Loredana Baboi, Carole Lartizien, Colette Roche, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'Exploration et de Recherche Médicales par Émission de Positons ( CERMEP ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Tumeurs endocrines digestives : mécanismes de la tumorigenèse et de la progression tumorale, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etude et de Recherche Multimodal Et Pluridisciplinaire en imagerie du vivant (CERMEP - imagerie du vivant), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: MESH : Autoradiography, Pathology, Time Factors, MESH : Liver Neoplasms, Biopsy, MESH : Diagnostic Imaging, Neuroendocrine tumors, 030218 nuclear medicine & medical imaging, MESH: Magnetic Resonance Imaging, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mice, MESH: Biopsy, 0302 clinical medicine, MESH: Autoradiography, MESH: Liver Neoplasms, MESH: Fluorodeoxyglucose F18, MESH: Animals, medicine.diagnostic_test, Liver Neoplasms, Gastroenterology, MESH : Mice, Nude, MESH : Neuroendocrine Tumors, General Medicine, Magnetic Resonance Imaging, 3. Good health, MESH : Chromogranin A, Neuroendocrine Tumors, 030220 oncology & carcinogenesis, medicine.symptom, MESH: Radiopharmaceuticals, medicine.drug, MESH : Time Factors, Diagnostic Imaging, medicine.medical_specialty, MESH: Cell Line, Tumor, MESH: Neuroendocrine Tumors, Ratón, Mice, Nude, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Injections, Lesion, 03 medical and health sciences, In vivo, Fluorodeoxyglucose F18, Cell Line, Tumor, MESH : Magnetic Resonance Imaging, MESH : Mice, medicine, MESH: Mice, Nude, Animals, Humans, MESH: Injections, MESH: Mice, Fluorodeoxyglucose, MESH: Humans, business.industry, MESH: Diagnostic Imaging, MESH : Cell Line, Tumor, MESH: Time Factors, MESH : Humans, Magnetic resonance imaging, MESH : Fluorodeoxyglucose F18, medicine.disease, MESH : Disease Models, Animal, MESH : Injections, Disease Models, Animal, MESH : Radiopharmaceuticals, MESH : Biopsy, Autoradiography, Chromogranin A, MESH: Chromogranin A, MESH : Animals, Radiopharmaceuticals, MESH: Disease Models, Animal, Nuclear medicine, business, Ex vivo
Abstract: International audience; BACKGROUND: The aim of this study was to compare in vivo magnetic resonance imaging (MRI) and ex vivo autoradiography with histopathological results for the detection and characterization of liver lesions in an experimental model of human neuroendocrine tumors. MATERIAL AND METHODS: Intestinal STC-1 endocrine tumor cells were injected into 30 nude mice to achieve hepatic dissemination. Seven to 30 days after injection, T2-weighted in vivo images covering the entire liver were acquired with a 7-T system. Autoradiographs were also obtained in 28 mice after injection of fluorodeoxyglucose (18F-FDG). The autoradiographic liver samples were then stained with an antichromogranin antibody before histological analysis. Tumor size and the hepatic tumor fraction were measured using the three imaging modalities. RESULTS: Metastatic tumors visualized on the histological liver sections ranged in size from 50 microm (day 7) to 3 mm (day 30). The hepatic tumor fraction increased with time, reaching 30% of the hepatic surface area on day 30. Visual analysis revealed variable tumor distribution and type (solid and/or cystic). On MRI, lesions were identified from day 12 (about 100 icrom in diameter) and the hepatic tumor fraction was up to 48% at day 30. The smallest lesions (350 microm in diameter) were also detected at day 12 on the autoradiographs. There was good correlation between tumor fractions determined from autoradiographic and histological data. CONCLUSION: In vivo, MRI appears to be well suited to the follow-up of liver lesions in a mouse model of neuroendocrine tumor. Preliminary results using 18F-FDG in this animal model are promising, showing differences in FDG uptake.
Published: 2008

18. A Comparison Framework for Breathing Motion Estimation Methods From 4-D Imaging

Author: S. Delhay, David Sarrut, Michael Beuve, Vlad Boldea, Pierre-Frédéric Villard, Patrick Clarysse, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Simulation, Analyse et Animation pour la Réalité Augmentée (SAARA), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Institut de Physique Nucléaire de Lyon (IPNL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Simulation, Analyse et Animation pour la Réalité Augmentée ( SAARA ), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information ( LIRIS ), Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Extraction de Caractéristiques et Identification ( imagine ), Institut de Physique Nucléaire de Lyon ( IPNL ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [ INFO.INFO-MO ] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Time Factors, Movement, Motion (geometry), Image registration, Deformable registration, Tracking (particle physics), Models, Biological, Sensitivity and Specificity, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Pattern Recognition, Automated, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Imaging, Three-Dimensional, validation, Motion estimation, [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Humans, Computer vision, Electrical and Electronic Engineering, Lung, radiotherapy, Physics, thorax, Landmark, Radiological and Ultrasound Technology, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, business.industry, Radiotherapy Planning, Computer-Assisted, Reproducibility of Results, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Computer Science Applications, Exhalation, 030220 oncology & carcinogenesis, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Metric (mathematics), Trajectory, A priori and a posteriori, Artificial intelligence, business, Artifacts, Tomography, X-Ray Computed, Software, Algorithms
Abstract: International audience; Motion estimation is an important issue in radia- tion therapy of moving organs. In particular, motion estimates from 4-D imaging can be used to compute the distribution of an absorbed dose during the therapeutic irradiation. We propose a strategy and criteria incorporating spatiotemporal information to evaluate the accuracy of model-based methods capturing breathing motion from 4-D CT images. This evaluation relies on the identification and tracking of landmarks on the 4-D CT images by medical experts. Three different experts selected more than 500 landmarks within 4-D CT images of lungs for three patients. Landmark tracking was performed at four instants of the expi- ration phase. Two metrics are proposed to evaluate the tracking performance of motion-estimation models. The first metric cumu- lates over the four instants the errors on landmark location. The second metric integrates the error over a time interval according to an a priori breathing model for the landmark spatiotemporal trajectory. This latter metric better takes into account the dy- namics of the motion. A second aim of this paper is to estimate the impact of considering several phases of the respiratory cycle as compared to using only the extreme phases (end-inspiration and end-expiration). The accuracy of three motion estimation models (two image registration-based methods and a biomechanical method) is compared through the proposed metrics and statistical tools. This paper points out the interest of taking into account more frames for reliably tracking the respiratory motion.
Published: 2007

19. Hybrid gadolinium oxide nanoparticles: multimodal contrast agents for in vivo imaging

Author: Stéphane Roux, Jean-Luc Bridot, Jean-Luc Coll, Bassem Hiba, Marc Janier, Claire Billotey, Sophie Laurent, Luce Vander Elst, Olivier Tillement, Pascal Perriat, Robert N. Muller, Véronique Josserand, Anne-Charlotte Faure, Charlotte Rivière, Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents (LPCML), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Laboratoire de RMN, Université de Mons-Hainaut, NanoH-sas, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSERM U823, équipe 5 (cibles diagnostiques ou thérapeutiques et vectorisation de drogues dans le cancer du poumon), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble ( INSERM U823 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] ( MATEIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Hurbin, Amandine, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Fluorescence-lifetime imaging microscopy, MESH : Siloxanes, Nanoparticle, Contrast Media, Gadolinium, 02 engineering and technology, [SPI.MAT] Engineering Sciences [physics]/Materials, MESH : Gadolinium, 01 natural sciences, Biochemistry, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Polyethylene Glycols, MESH: Magnetic Resonance Imaging, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials, Paramagnetism, Mice, Colloid and Surface Chemistry, Nuclear magnetic resonance, Heterocyclic Compounds, MESH: Animals, Lung, medicine.diagnostic_test, Chemistry, MESH : Rats, MESH : Polyethylene Glycols, MESH : Mice, Nude, 021001 nanoscience & nanotechnology, Magnetic Resonance Imaging, Liver, Covalent bond, MESH : Organometallic Compounds, 0210 nano-technology, Preclinical imaging, MESH : Fluorescence, Siloxanes, MESH: Rats, MESH: Heterocyclic Compounds, MESH : Lung, Mice, Nude, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, 010402 general chemistry, Catalysis, Fluorescence, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, MESH : Magnetic Resonance Imaging, MESH: Contrast Media, PEG ratio, MESH : Mice, medicine, Organometallic Compounds, MESH: Mice, Nude, Animals, MESH: Lung, MESH: Siloxanes, MESH: Mice, MESH : Contrast Media, MESH: Fluorescence, MESH : Liver, Magnetic resonance imaging, MESH: Organometallic Compounds, General Chemistry, 0104 chemical sciences, Rats, MESH : Heterocyclic Compounds, MESH: Polyethylene Glycols, MESH : Nanoparticles, Nanoparticles, MESH : Animals, Luminescence, MESH: Gadolinium, MESH: Nanoparticles, MESH: Liver
Abstract: International audience; Luminescent hybrid nanoparticles with a paramagnetic Gd2O 3 core were applied as contrast agents for both in vivo fluorescence and magnetic resonance imaging. These hybrid particles were obtained by encapsulating Gd2O3 cores within a polysiloxane shell which carries organic fluorophores and carboxylated PEG covalently tethered to the inorganic network. Longitudinal proton relaxivities of these particles are higher than the positive contrast agents like Gd-DOTA which are commonly used for clinical magnetic resonance imaging. Moreover these particles can be followed up by fluorescence imaging. This study revealed that these particles suited for dual modality imaging freely circulate in the blood vessels without undesirable accumulation in lungs and liver.
Published: 2007

20. Differential optical spectroscopy for absorption characterization of scattering media

Author: Cyril Billet, Raphaël Sablong, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Laboratoire Creatis, Compte Général
Subjects: Optics and Photonics, Optical fiber, [SPI.OPTI] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, Light, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, 01 natural sciences, law.invention, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, law, [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, Scattering, Radiation, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Absorption (electromagnetic radiation), [ SDV.IB.IMA ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.ACOU ] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Atomic and Molecular Physics, and Optics, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Spectrophotometry, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SPI.OPTI ] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.MECA.ACOU] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Algorithms, Materials science, [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Absorption, 010309 optics, Optics, Ultraviolet visible spectroscopy, Nephelometry and Turbidimetry, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, 0103 physical sciences, [ PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Spectroscopy, [ PHYS.MECA.ACOU ] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Models, Statistical, business.industry, Scattering, [SPI.ELEC] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, 010401 analytical chemistry, Reproducibility of Results, Models, Theoretical, 0104 chemical sciences, Light intensity, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Attenuation coefficient, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [ SPI.ELEC ] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, Diffuse reflection, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: article; Reflectance techniques are commonly used to characterize the optical properties of tissues. However, the precise determination of local chromophore concentrations in turbid media is usually difficult because of the nonlinear dependence of light intensity as a function of scattering and absorption coefficients. A technique is presented to easily determine absorbent compound concentration ratios in a turbid media from three optical reflectance spectra, in the visible range, measured for source-detector distances less than 1cm. The validity of the method is experimentally established, in cases of sets of diluted milk containing absorbent inks, over a relatively wide range of absorption (0.05-0.5 cm(-1)) and reduced scattering (10-20 cm(-1)) coefficients
Published: 2007

21. Estimation of metabolite T1 relaxation times using tissue specific analysis, signal averaging and bootstrapping from magnetic resonance spectroscopic imaging data

Author: Radhika Srinivasan, Susan M. Noworolski, Michaël Sdika, Dominique Pelletier, Sarah J. Nelson, Hélène Ratiney, Roland G. Henry, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Laboratoire Creatis, Compte Général
Subjects: Male, Magnetic Resonance Spectroscopy, [SPI.OPTI] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Metabolite, MR spectroscopic imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, computer.software_genre, 030218 nuclear medicine & medical imaging, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Nuclear magnetic resonance, Computer-Assisted, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Voxel, [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, Tissue Distribution, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SDV.IB.IMA ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Mathematics, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine.diagnostic_test, Radiological and Ultrasound Technology, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.ACOU ] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Magnetic resonance spectroscopic imaging, Brain, Signal Processing, Computer-Assisted, Magnetic Resonance Imaging, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Nuclear Medicine & Medical Imaging, [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, medicine.anatomical_structure, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Radiology Nuclear Medicine and imaging, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Biomedical Imaging, Female, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Signal averaging, [ SPI.OPTI ] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.MECA.ACOU] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Algorithms, Research Article, Adult, [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Metabolic Clearance Rate, Biophysics, Nerve Tissue Proteins, White matter, 03 medical and health sciences, Clinical Research, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [ PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Image Interpretation, Computer-Assisted, medicine, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, bootstrap, Image Interpretation, [ PHYS.MECA.ACOU ] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Monte Carlo simulation, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Relaxation time T1 estimation, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SPI.ELEC] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, relaxation time T-1 estimation, Neurosciences, Magnetic resonance imaging, Bootstrap, Standard error, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Bootstrapping (electronics), chemistry, Signal Processing, [ SPI.ELEC ] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, computer, 030217 neurology & neurosurgery, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: OBJECT: A novel method of estimating metabolite T1 relaxation times using MR spectroscopic imaging (MRSI) is proposed. As opposed to conventional single-voxel metabolite T1 estimation methods, this method investigates regional and gray matter (GM)/white matter (WM) differences in metabolite T1 by taking advantage of the spatial distribution information provided by MRSI. MATERIAL AND METHODS: The method, validated by Monte Carlo studies, involves a voxel averaging to preserve the GM/WM distribution, a non-linear least squares fit of the metabolite T1 and an estimation of its standard error by bootstrapping. It was applied in vivo to estimate the T1 of N-acetyl compounds (NAA), choline, creatine and myo-inositol in eight normal volunteers, at 1.5 T, using a short echo time 2D-MRSI slice located above the ventricles. RESULTS: WM-T 1,NAA was significantly (P < 0.05) longer in anterior regions compared to posterior regions of the brain. The anterior region showed a trend of a longer WM T1 compared to GM for NAA, creatine and myo-Inositol. Lastly, accounting for the bootstrapped standard error estimate in a group mean T1 calculation yielded a more accurate T1 estimation. CONCLUSION: The method successfully measured in vivo metabolite T1 using MRSI and can now be applied to diseased brain.
Published: 2007

22. Host size effects on optical properties of Y2O3:Eu3+ and Gd2O3:EU3+ nanoparticles synthesized by laser pyrolysis

Author: Ledoux, G., Leconte, Y., Amans, D., Dujardin, C., Lionel Combemale, Nathalie Herlin-Boime, Reynaud, C., Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Francis PERRIN ( LFP - URA 2453 ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne ( LICB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents (LPCML), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Laboratoire Francis PERRIN (LFP - URA 2453), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne (LICB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), DRT/LITEN/DSEN/GENEC/Laboratoire Cellules et Composants (LABORATOIRE CELLULES ET COMPOSANTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne (ICB)
Subjects: [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, [ CHIM.INOR ] Chemical Sciences/Inorganic chemistry, [CHIM.INOR]Chemical Sciences/Inorganic chemistry, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2007

23. Estimation of metabolite concentrations of healthy mouse brain by magnetic resonance spectroscopy at 7 T

Author: Cudalbu, C., Cavassila, S., Ratiney, H., Grenier, D., Briguet, A., Graveron-Demilly, D., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Creatis, Compte Général, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [SPI.OPTI] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [SDV.IB.MN]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.IB.MN] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, [ SDV.IB.MN ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, [ PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SDV.IB.IMA ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [ PHYS.MECA.ACOU ] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.ACOU ] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [ SPI.ELEC ] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SPI.OPTI ] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.MECA.ACOU] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: article
Published: 2006

24. Elaboration de nanoparticules hybrides à cœur d'or pour des applications en IRM

Author: Debouttiere , Pj, Lamartine , R., Vocanson , Francis, Roux , Stéphane, Tillement , Olivier, Perriat , Pascal, Billotey , Claire, Beuf , Olivier, Laboratoire d'Application de la Chimie à l'Environnement ( LACE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] ( MATEIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Application de la Chimie à l'Environnement (LACE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents (LPCML), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Subjects: [ CHIM.MATE ] Chemical Sciences/Material chemistry, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry
Published: 2006

25. Partitionning medical image databases for content-based queries on a grid

Author: Johan Montagnat, Vincent Breton, Isabelle Magnin, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe PCSV, Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand (LPC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Montagnat, Johan, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: article; International audience; In this article we study the impact of executing a medical image database query application on the grid. For lowering the total computation time, the image database is partitioned in subsets to be processed on different grid nodes. A theoretical model of the application computation cost and estimates of the grid execution overhead are used to efficiently partition the database. We show results demonstrating that smart partitioning of the database can lead to significant improvements in terms of total computation time.
Published: 2005

26. Time-Domain Semi-Parametric Estimation Based on a Metabolite Basis Set

Author: Ratiney, H., Sdika, Michaël, Coenradie, Y., Cavassila, S., Van Ormondt, D., Graveron-Demilly, D., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Creatis, Compte Général, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [SPI.OPTI] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [SDV.IB.MN]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.IB.MN] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, [ SDV.IB.MN ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [ INFO.INFO-TI ] Computer Science [cs]/Image Processing, [ PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SDV.IB.IMA ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [ PHYS.MECA.ACOU ] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SPI.ACOU] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [ SPI.ACOU ] Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [PHYS.MECA.ACOU]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [SPI.OPTI]Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [ SPI.ELEC ] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SPI.OPTI ] Engineering Sciences [physics]/Optics / Photonic, [PHYS.MECA.ACOU] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Acoustics [physics.class-ph], [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: article
Published: 2005

27. Grid-enabling medical image analysis

Author: C. Germain, V. Breton, P. Clarysse, Y. Gaudeau, T. Glatard, E. Jeannot, Y Legré, C. Loomis, I. Magnin, J. Montagnat, J. -M. Moureaux, A. Osorio, X. Pennec, R. Texier, Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand (LPC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Automatique de Nancy (CRAN), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Algorithms for the Grid (ALGORILLE), INRIA Lorraine, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de l'Accélérateur Linéaire (LAL), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analysis and Simulation of Biomedical Images (ASCLEPIOS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Grid'5000, Germain, Cecile, Laboratoire de Recherche en Informatique ( LRI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Automatique de Nancy ( CRAN ), Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ) -Institut National Polytechnique de Lorraine ( INPL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Algorithms for the Grid ( ALGORILLE ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications ( LORIA ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ) -Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine ( INPL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ) -Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine ( INPL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de l'Accélérateur Linéaire ( LAL ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur ( LIMSI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Medical imaging and robotics ( EPIDAURE ), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée ( CRISAM ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), AGIR - Grid'5000, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Université Nancy 2-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Université Nancy 2-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur (LIMSI), Université Paris Saclay (COmUE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université - UFR d'Ingénierie (UFR 919), Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Medical imaging and robotics (EPIDAURE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Sorbonne Université - UFR d'Ingénierie (UFR 919), Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Saclay (COmUE), Analysis and Simulation of Biomedical Images ( ASCLEPIOS ), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - CentraleSupélec - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique Corpusculaire [Clermont-Ferrand] (LPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3) - Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Centre de recherche et d'applications en traitement de l'image et du signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) - Institut National des Sciences Appliquées Lyon (INSA Lyon) - École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP) - Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL) - Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP) - Université Nancy 2 - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL) - Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP) - Université Nancy 2 - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11) - Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (UNS) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur [Orsay] (LIMSI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC) - Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
Subjects: Computer science, Information Storage and Retrieval, Health Informatics, Image processing, 02 engineering and technology, Critical Care and Intensive Care Medicine, computer.software_genre, Application software, [SPI.AUTO]Engineering Sciences [physics]/Automatic, Computer Communication Networks, [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [ SPI.AUTO ] Engineering Sciences [physics]/Automatic, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Medical imaging, Image Processing, Computer-Assisted, [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], Data processing, Database, Volume (computing), 020206 networking & telecommunications, Grid, Systems Integration, Anesthesiology and Pain Medicine, [SPI.AUTO] Engineering Sciences [physics]/Automatic, Grid computing, Computer architecture, Middleware, 020201 artificial intelligence & image processing, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], computer, medical image analysis
Abstract: International audience; Grids have emerged as a promising technology to handle the data and compute intensive requirements of many application areas. Digital medical image processing is a promising application area for grids. Given the volume of data, the sensitivity of medical information, and the joint complexity of medical datasets and computations expected in clinical practice, the challenge is to fill the gap between the grid middleware and the requirements of clinical applications. The research project AGIR (Grid Analysis of Radiological Data) presented in this paper addresses this challenge through a combined approach: on one hand, leveraging the grid middleware through core grid medical services which target the requirements of medical data processing applications; on the other hand, grid-enabling a panel of applications ranging from algorithmic research to clinical applications.
Published: 2005

28. Grid technology for biomedical applications

Author: BRETON, Vincent, Blanchet, Christophe, Maigne, L., Montagnat, Johan, Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] ( IBCP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand (LPC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: International audience; The deployment of biomedical applications in a grid environment has started about three years ago in several European projects and national ini-tiatives. These applications have demonstrated that the grid paradigm was rele-vant to the needs of the biomedical community. They have also highlighted that this community had very specific requirements on middleware and needed fur-ther structuring in large collaborations in order to participate to the deployment of grid infrastructures in the coming years. In this paper, we propose several ar-eas where grid technology can today improve research and healthcare. A cru-cial issue is to maximize the cross fertilization among projects in the perspec-tive of an environment where data of medical interest can be stored and made easily available to the different actors of healthcare, the physicians, the health-care centres and administrations, and of course the citizens.
Published: 2004

29. Medical images simulation storage and processing on the European DataGrid testbed

Author: Lydia Maigne, Tiffany Tweed, Vincent Breton, Isabelle E. Magnin, Yannick Legré, Johan Montagnat, Fabrice Bellet, Jean-Marc Pierson, Lionel Brunie, Ludwig Seitz, Serge Miguet, Hugues Benoit-Cattin, Hector Duque, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information ( LIRIS ), Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand (LPC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Database, Computer Networks and Communications, Computer science, Testbed, Image processing, 02 engineering and technology, computer.software_genre, Grid, Field (computer science), 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Grid computing, Hardware and Architecture, Application domain, Middleware (distributed applications), 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Medical imaging, Systems engineering, 020201 artificial intelligence & image processing, [PHYS.PHYS.PHYS-INS-DET]Physics [physics]/Physics [physics]/Instrumentation and Detectors [physics.ins-det], computer, [ PHYS.PHYS.PHYS-INS-DET ] Physics [physics]/Physics [physics]/Instrumentation and Detectors [physics.ins-det], Software, Information Systems
Abstract: International audience; The European IST DataGrid project was a pioneer in identifying the medical imaging field as an application domain that can benefit from grid technologies. This paper describes how and for which purposes medical imaging applications can be grid-enabled. Applications that have been deployed on the DataGrid testbed and middleware are described. They relate to medical image manipulation, including image production, secured image storage, and image processing. Results show that grid technologies are still in their youth to address all issues related to complex medical imaging applications. If the benefit of grid enabling for some medical applications is clear, there remain opened research and technical issues to develop and integrate all necessary services.
Published: 2004

30. 3D quantification of ultrasound images: Application to mouse embryo imaging in vivo

Author: J. Lefloc'h, A. Discher, Johan Montagnat, W. Mai, Didier Vray, Marc Janier, Quoc Cuong Pham, Patrick Clarysse, Imagerie Ultrasonore, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'Exploration et de Recherche Médicales par Émission de Positons (CERMEP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Intelligence Ambiante et Systèmes Interactifs (DIASI), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etude et de Recherche Multimodal Et Pluridisciplinaire en imagerie du vivant (CERMEP - imagerie du vivant), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Montagnat, Johan, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'Exploration et de Recherche Médicales par Émission de Positons ( CERMEP ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems ( SPARKS ), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), and Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, 02 engineering and technology, imagerie_ultrasonore, Biology, 01 natural sciences, Linear array, [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], In vivo, 3d segmentation, 0103 physical sciences, [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Computer vision, 010301 acoustics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], business.industry, Ultrasound, Embryo, Image segmentation, Pregnant female, categₘixte, Imagerie Ultrasonore, imagerie_ultrasonore, Imagerie Ultrasonore, categₘixte, 020201 artificial intelligence & image processing, Artificial intelligence, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], business, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Biomedical engineering, High frequency ultrasound
Abstract: International audience; High frequency ultrasound imaging has become an effective tool for anatomical mice studies. This work is focused on 3D quantification of mouse embryo development to extract pertinent information of its evolution. A series of B-Scan ultrasound images was acquired at different spatial positions along the embryo. A 3D deformable model was used to segment the images. A pregnant female mouse at embryonic day 14.5 was imaged with an ATL HDI 5000, 7-15MHz linear array. The probe was moved by a step by step motor along the abdomen of the mouse. 3D segmentation results are presented including volume quantification of the embryo.
Published: 2003

31. Apport de l'imagerie fonctionnelle à l'étude des couplages entre la perfusion, le métabolisme glucidique et la fonction contractile dans l'ischémie myocardique

Author: Mazzadi , Alejandro N., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'Exploration et de Recherche Médicales par Émission de Positons ( CERMEP ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard - Lyon I, Janier Marc F., Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etude et de Recherche Multimodal Et Pluridisciplinaire en imagerie du vivant (CERMEP - imagerie du vivant), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Mazzadi, Alejandro N., Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: [SDV.MHEP.PHY] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], [ SDV.MHEP.PHY ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], [SDV.MHEP.PHY]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], métabolisme glucidique myocardique, Tomographie en Emission de Positons, Imagerie par Résonance Magnetique de "tatouage, Imagerie par Résonance Magnetique de "tatouage", viabilité myocardique, perfusion myocardique
Abstract: The study of the myocardial viability is a critical factor in guiding medical decisions regarding coronary artery disease (CAD) patients. The knowledge of the relationship between perfusion, metabolism and myocardial contractile function is essential in distinguishing the pathophysiological consequences of the ischemic injury and so, to determine myocardial viability. We evaluated in CAD patients (n=43), the relationship between perfusion (by positron emission tomography –PET- and 18FDG), glucose metabolism (by PET and H215O) and intramyocardial contractile function (by tagged magnetic resonance imaging –MRI-).Firstly, we studied the relationship between regional values of perfusion and glucose metabolism. Perfusion was evaluated at rest and after Dipyridamole stimulation for coronary reserve estimations. Glucose metabolism measurements were carried out under hyperinsulinemic euglycemic clamp for standardization of metabolic conditions. For each patient, the distribution of regional perfusion and glucose metabolism was analyzed and it showed large inter-individual differences. Such differences allowed to determining that myocardial hibernation (classically defined as viable) associated to reversible stress defects is specific of patients with preserved perfusion and glucose uptake.Next, we added the quantitative evaluation of the intramyocardial contractile function to the coupling between regional perfusion and glucose metabolism. Contractile function was assessed at rest and after Dobutamine for evaluating inotropic reserve. Our results showed that resting contractile function relates to perfusion and glucose metabolism, but the presence of inotropic reserve does not.Finally, we included in the Appendix a work aiming to provide a useful clinical tool for perfusion evaluations with MRI. In this pilot study in humans (13 patients, 5 normal volunteers) we showed the value of FAMIS applied to first-pass MR imaging series in detecting perfusion defects., L'étude de la viabilité myocardique est prioritaire pour la prise en charge des patients coronariens. La connaissance des couplages entre la perfusion, le métabolisme et la fonction contractile permet l'appréciation précise de la pathophysiologie ischémique du myocarde et d'estimer au mieux la viabilité. Nous avons évalué, chez des patients coronariens (n=43), les couplages entre la perfusion (par tomographie d'émission de positons TEP avec H215O), le métabolisme glucidique (par TEP avec 18FDG) et la fonction contractile intramyocardique (par Imagerie par Résonance Magnétique IRM de « tatouage »).Dans un premier temps, nous avons visé à l'étude du couplage entre la perfusion et le métabolisme glucidique régionale. L'étude de la perfusion myocardique a été réalisée au repos et sous stimulation avec Dipyridamole pour l'évaluation de la réserve coronaire. L'emploi d'un clamp euglycemique hyperinsulinemique a permis la standardisation des conditions métaboliques durant les mesures du métabolisme glucidique. Nous avons analysé la distribution régionale de la perfusion et la captation du glucose myocardique sur chaque patient, et nous avons montré que cette distribution présente d'importantes différences interindividuelles. L'étude de ces différences permet de conclure que les territoires hibernants (classiquement définis comme viables) avec un défaut de perfusion sous stimulation se trouvent chez des patients qui ont préservé leur perfusion et leur métabolisme glucidique.Ensuite, nous avons ajouté l'évaluation quantitative de la fonction contractile intramyocardique au couplage entre la perfusion et le métabolisme glucidique régionale. L'étude de la fonction contractile a été réalisée au repos et sous stimulation béta-adrénergique avec Dobutamine pour l'évaluation de la réserve inotropique. Nos résultats montrent que la fonction contractile intramyocardique au repos corrèle avec la perfusion et le métabolisme glucidique régional. A l'inverse, la présence de réserve inotropique n'est pas en relation avec les niveaux de perfusion et de métabolisme glucidique.Enfin, nous présentons en Annexe un travail visant à fournir un outil clinique pour l'évaluation de la perfusion en IRM. Chez 13 patients coronariens et 5 volontaires sains, nous avons montré l'utilité de l'analyse factorielle des séquences d'images dynamiques (AFSIM) appliquée à des séries d'images IRM du premier passage d'un agent de contraste, dans l'évaluation des troubles de la perfusion.
Published: 2003

32. DM2: A Distributed Medical Data Manager for Grids

Author: Lionel Brunie, I.E. Magninn, Johan Montagnat, Jean-Marc Pierson, H. Duque, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'ingénierie des systèmes d'information (LISI), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Montagnat, Johan, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'ingénierie des systèmes d'information ( LISI ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information ( LIRIS ), Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA )
Subjects: Computer science, Data management, Distributed computing, Data security, 02 engineering and technology, computer.software_genre, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], 0302 clinical medicine, Biomedical imaging, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Medical imaging, [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], Prototypes, [INFO]Computer Science [cs], Computer architecture, Architecture, business.industry, Computer Applications, Data manipulation language, Biomedical equipment, Grid computing, Medical services, 020201 artificial intelligence & image processing, Delta modulation, Computer applications, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], business, computer, Distributed Data Management Architecture
Abstract: International audience; Medical data represent tremendous amount of data for which automatic analysis is increasingly needed. Grids are very promising to face today challenging health issues such as epidemiological studies through large image data sets. However, the sensitive nature of medical data makes it difficult to widely distribute medical applications over computational grids. In this paper, we review fundamental medical data manipulation requirements and then propose a distributed data management architecture that addresses the medical data security and high performance constraints. A prototype is currently being developed inside our laboratories to demonstrate the architecture capability to face realistic distributed medical data manipulation situations.
Published: 2003

33. Using grid technologies to face medical image analysis challenges

Author: Johan Montagnat, Isabelle E. Magnin, Vincent Breton, Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Equipe PCSV, Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand (LPC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Montagnat, Johan, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems ( SPARKS ), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: 020205 medical informatics, Distributed database, Computer science, Image processing, 02 engineering and technology, Grid, computer.software_genre, Data science, 3. Good health, Digital image, [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], Grid computing, Component (UML), Digital image processing, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Key (cryptography), [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], 020201 artificial intelligence & image processing, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], computer
Abstract: International audience; The availability of digital imagers inside hospitals and their ever growing inspection capabilities have established digital medical images as a key component of many pathologies diagnosis, follow-up and treatment. To face the growing image analysis requirements, automated medical image processing algorithms have been developed over the two past decades. In parallel, medical image databases have been set up in health centers. Some attempts have been made to cross data coming from different origins for studies involving large databases. Grid technologies appear to be a promising tool to face the raising challenges of computational medicine. They offer wide area access to distributed databases in a secured environment and they bring the computational power needed to complete some large scale statistical studies involving image processing. In this paper, we review grid-related requirements of medical application that we illustrate through two real examples.
Published: 2003

34. Medical Image Content-Based Queries using the Grid

Author: Johan Montagnat, Hector Duque, Jean-Marc Pierson, Vincent Breton, Lionel Brunie, Isabelle Magnin, Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Equipe PCSV, Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand (LPC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Montagnat, Johan, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evaluation-orientation de la COopération Scientifique (ECOS) Nord Committee (action C03S02), European DataGrid IST, French ministry ACI-GRID, Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems ( SPARKS ), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis ( I3S ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information ( LIRIS ), Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), and Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: International audience; Computation and data grids have encountered a large success among the scientific computing community in the past few years. The medical imaging community is increasingly aware of the potential benefit of these technologies in facing today medical image analysis challenges. In this paper, we report on a first experiment in deploying a medical application on a large scale grid testbed. Our pilot application is a hybrid metadata and image content-based query system that manipulates a large data set and for which image analysis computation can be easily parallelized on several grid nodes. We analyze the performances of this algorithm and the benefit brought by the grid. We further discuss possible improvements and future trends in porting medical applications to grid infrastructures.
Published: 2003

35. Matrix Metalloproteinase-9 and Monocyte Chemoattractant Protein-1 Are Associated With Collateral Status in Acute Ischemic Stroke With Large Vessel Occlusion

Author: Camille Amaz, Nathan Mewton, Yves Berthezène, Claire Crola Da Silva, Marielle Buisson, Thomas Bochaton, Nathalie Dufay, Elodie Ong, Omer Eker, Alexandre Paccalet, Norbert Nighoghossian, Laurent Derex, Michel Ovize, Tae-Hee Cho, Laura Mechtouff, Stroke Department, Neurological Hospital, Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Virologie et pathogenèse virale (VPV), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Neuroradiology Department, Neurological Hospital, Department of Cardiology, and Imagerie Tomographique et Radiothérapie
Subjects: Monocyte Chemoattractant Proteins, medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030204 cardiovascular system & hematology, digital subtraction angiography, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Internal medicine, medicine, collateral circulation, Acute ischemic stroke, brain edema, Advanced and Specialized Nursing, medicine.diagnostic_test, business.industry, Matrix metalloproteinase 9, Digital subtraction angiography, Collateral circulation, Inflammatory biomarkers, Cardiology, matrix metalloproteinase 9, Neurology (clinical), monocyte chemoattractant proteins, Cardiology and Cardiovascular Medicine, business, 030217 neurology & neurosurgery, Large vessel occlusion, Monocyte chemoattractant protein
Abstract: Background and Purpose: In ischemic stroke, inflammatory status may condition the development of collateral circulation. Here we assessed the relationship between systemic inflammatory biomarkers and collateral status in large vessel occlusion before mechanical thrombectomy. Methods: HIBISCUS-STROKE is a cohort study including acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion treated with mechanical thrombectomy following admission magnetic resonance imaging. MMP-9 (matrix metalloproteinase-9) and MCP-1 (monocyte chemoattractant protein-1) were measured on blood sampling collected at admission. Collateral status was assessed on pretreatment Digital subtraction angiography and categorized into poor (Higashida score, 0–2) and good (Higashida score, 3–4). A multiple logistic regression model was performed to detect independent markers of good collateral status. Results: One hundred and twenty-two patients were included, of them 71 patients (58.2%) had a good collateral status. In univariate analysis, low MMP-9 levels ( P =0.01), high MCP-1 levels ( P P =0.046), a high diastolic blood pressure ( P =0.049), the absence of tandem occlusion ( P =0.046), a high Alberta Stroke Program Early CT Score ( P P P =0.02) and high MCP-1 levels ( P Conclusions: Low MMP-9 and high MCP-1 levels were associated with good pretreatment collateral status in patients with acute ischemic stroke with large vessel occlusion. These results might suggest a relationship between collateral status and inflammation.
Published: 2020

36. A non-human primate model of stroke reproducing endovascular thrombectomy and allowing long-term imaging and neurological read-outs

Author: F. Taborik, Karine Portier, Norbert Nighoghossian, Adrien Oudotte, Michaël Verset, Thomas Troalen, Omer Eker, Denis Vivien, Inés Mérida, Christelle Leon, Christian Tourvieille, Didier Le Bars, Emmanuelle Canet-Soulas, Michel Ovize, Hugues Contamin, Nicolas Costes, Nikolaos Makris, Véronique Agin, Joachim Confais, Tae-Hee Cho, Mohamed Aggour, Sophie Lancelot, Justine Debatisse, Jean-Baptiste Langlois, Océane Wateau, Marjorie Villien, Imagerie Tomographique et Radiothérapie, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etude et de Recherche Multimodal Et Pluridisciplinaire en imagerie du vivant (CERMEP - imagerie du vivant), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cynbiose, CYNBIOSE, Institut Claude Bourgelat (ICLB), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Université de Lyon-Université de Lyon-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Siemens Healthcare [France], Siemens AG [Munich], Institute of Electronic Structure and Laser (FORTH-IESL), Foundation for Research and Technology - Hellas (FORTH), Radiopharmaceutical and Neurochemical Biomarkers Team (BioRaN), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Cardiology, Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Chimie de la Matière Condensée de Paris (site ENSCP) (LCMCP (site ENSCP)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Chimie du CNRS (INC), French Ministry of Higher Education and Research (ANRT), ANR-15-CE17-0020,CYCLOPS,CYCLOsporine A : effet neuroprotecteur dans un modèle Primate de Stroke en imagerie(2015), ANR-16-RHUS-0009,MARVELOUS,MARVELOUS(2016), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Executive Function, 0302 clinical medicine, Occlusion, Stroke, Thrombectomy, 0303 health sciences, Behavior, Animal, Endovascular Procedures, Infarction, Middle Cerebral Artery, Magnetic Resonance Imaging, 3. Good health, Treatment Outcome, Neurology, Blood-Brain Barrier, Motor Skills, Reperfusion Injury, Middle cerebral artery, Cardiology, medicine.symptom, Cardiology and Cardiovascular Medicine, medicine.medical_specialty, Ischemia, Context (language use), ischemia–reperfusion, Asymptomatic, Lesion, 03 medical and health sciences, medicine.artery, Internal medicine, medicine, Animals, cardiovascular diseases, Thrombus, Ischemic Stroke, 030304 developmental biology, business.industry, Original Articles, medicine.disease, Disease Models, Animal, Macaca fascicularis, Endovascular non-human primate stroke model, PET-MRI imaging, Positron-Emission Tomography, neurofunctional tests, Neurology (clinical), Tomography, X-Ray Computed, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; Stroke is a devastating disease. Endovascular mechanical thrombectomy is dramatically changing the management of acute ischemic stroke, raising new challenges regarding brain outcome and opening up new avenues for brain protection. In this context, relevant experiment models are required for testing new therapies and addressing important questions about infarct progression despite successful recanalization, reversibility of ischemic lesions, blood-brain barrier disruption and reperfusion damage. Here, we developed a minimally invasive non-human primate model of cerebral ischemia (Macaca fascicularis) based on an endovascular transient occlusion and recanalization of the middle cerebral artery (MCA). We evaluated per-occlusion and post-recanalization impairment on PET-MRI, in addition to acute and chronic neuro-functional assessment. Voxel-based analyses between per-occlusion PET-MRI and day-7 MRI showed two different patterns of lesion evolution: "symptomatic salvaged tissue" (SST) and "asymptomatic infarcted tissue" (AIT). Extended SST was present in all cases. AIT, remote from the area at risk, represented 45% of the final lesion. This model also expresses both worsening of fine motor skills and dysexecutive behavior over the chronic post-stroke period, a result in agreement with cortical-subcortical lesions. We thus fully characterized an original translational model of ischemia-reperfusion damage after stroke, with consistent ischemia time, and thrombus retrieval for effective recanalization.
Published: 2020

37. Cooperating Networks To Enforce A Similarity Constraint In Paired But Unregistered Multimodal Liver Segmentation

Author: Guillaume Julien Joseph Pizaine, Olivier Pierre Nempont, Vincent Couteaux, Pierre-Jean Valette, Mathilde Trintignac, Laurent Milot, Isabelle Bloch, Anna Sesilia Vlachomitrou, Laboratoire Traitement et Communication de l'Information (LTCI), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Télécom Paris, MedisysResearch Lab (Medisys), Philips Research, Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Learning, Fuzzy and Intelligent systems (LFI), LIP6, Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Image, Modélisation, Analyse, GEométrie, Synthèse (IMAGES), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Télécom Paris-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Télécom Paris, Département Images, Données, Signal (IDS), and Télécom ParisTech
Subjects: Forcing (recursion theory), Modalities, Computer science, business.industry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Pattern recognition, Dice, 02 engineering and technology, Image segmentation, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Constraint (information theory), 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Market segmentation, Similarity (network science), 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, 020201 artificial intelligence & image processing, Segmentation, [INFO]Computer Science [cs], Artificial intelligence, business
Abstract: International audience; We propose a method for segmenting two unregistered images from different modalities of the same patient and study at once, while enforcing a similarity constraint between the two segmentation masks. Our method relies on a segmentation network and a registration network, cooperating to get accurate and consistent segmentation masks across modalities, while forcing the segmentor to use all information available. Experiments on a dataset of T1 and T2-weighted liver MRI show that our method enables to get more similar segmentation masks across modalities than manual annotations, without deteriorating the performance (Dice =0.95 for T1, 0.92 for T2).
Published: 2021

38. Matrix Metalloproteinase-9 Relationship With Infarct Growth and Hemorrhagic Transformation in the Era of Thrombectomy

Author: Mechtouff, L., Bochaton, T., Paccalet, A., Crola Da Silva, C., Buisson, M., Amaz, C., Bouin, M., Derex, L., Ong, E., Berthezene, Y., Eker, O. F., Dufay, N., Mewton, N., Ovize, M., Nighoghossian, N., Cho, T. H., Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hôpital neurologique et neurochirurgical Pierre Wertheimer [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre d'Investigation Clinique [Bron] (CIC1407), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Groupement Hospitalier Est [Bron], Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis (MYRIAD), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Cardiology, Imagerie Tomographique et Radiothérapie, CarMeN, laboratoire, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Neurology, thrombectomy, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, [SDV.NEU.NB] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, matrix metalloproteinase 9, Neurology (clinical), stroke, Original Research, MRI, thrombolytic therapy
Abstract: International audience; Objective: To assess the relationship between matrix metalloproteinase 9 (MMP-9), a proteolytic enzyme involved in the breakdown of the blood-brain barrier, and infarct growth and hemorrhagic transformation in acute ischemic stroke (AIS) with large vessel occlusion (LVO) in the era of mechanical thrombectomy (MT) using the kinetics of MMP-9 and sequential magnetic resonance imaging (MRI).Methods: HIBISCUS-STROKE is a cohort study including AIS patients with LVO treated with MT following admission MRI. Patients underwent sequential assessment of MMP-9, follow-up CT at day 1, and MRI at day 6. The CT scan at day 1 classified any hemorrhagic transformation according to the European Co-operative Acute Stroke Study-II (ECASS II) classification. Infarct growth was defined as the difference between final Fluid-Attenuated Inversion Recovery volume and baseline diffusion-weighted imaging volume. Conditional logistic regression analyses were adjusted for main confounding variables including reperfusion status.Results: One hundred and forty-eight patients represent the study population. A high MMP-9 level at 6 h from admission (H6) (p = 0.02), a high glucose level (p = 0.01), a high temperature (p = 0.04), and lack of reperfusion (p = 0.02) were associated with infarct growth. A high MMP-9 level at H6 (p = 0.03), a high glucose level (p = 0.03) and a long delay from symptom onset to groin puncture (p = 0.01) were associated with hemorrhagic transformation.Conclusions: In this MT cohort study, MMP-9 level at H6 predicts infarct growth and hemorrhagic transformation.
Published: 2020

39. To clip, or not to clip heart failure patients, that is the question

Author: Michel Cucherat, Nathan Mewton, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Evaluation et modélisation des effets thérapeutiques, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Heart Failure, medicine.medical_specialty, business.industry, [SDV]Life Sciences [q-bio], MEDLINE, 030204 cardiovascular system & hematology, Surgical Instruments, medicine.disease, Surgery, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Heart failure, medicine, Humans, 030212 general & internal medicine, Cardiology and Cardiovascular Medicine, business
Published: 2020

40. MRI of Reperfused Acute Myocardial Infarction Edema: ADC Quantification versus T1 and T2 Mapping

Author: Kevin Moulin, Pierre Croisille, Alban Chazot, Nathan Mewton, Karl Isaaz, William Romero, Magalie Viallon, Department of Medical Imaging and Information Sciences, Interventional Neuroradiology Unit, Geneva University Hospital (HUG), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), RMN et optique : De la mesure au biomarqueur, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Myocardial Infarction, Cardiomyopathy, Myocardial Reperfusion Injury, Sensitivity and Specificity, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Electrocardiography, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Edema, medicine, Humans, Effective diffusion coefficient, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Multislice, Prospective Studies, Myocardial infarction, Aged, medicine.diagnostic_test, business.industry, Middle Aged, medicine.disease, Confidence interval, 030220 oncology & carcinogenesis, Heart failure, Female, medicine.symptom, business, Nuclear medicine, Magnetic Resonance Angiography
Abstract: International audience; Background After acute myocardial infarction (AMI), reperfusion injury is associated with microvascular lesions and myocardial edema. Purpose To evaluate the performance of apparent diffusion coefficient (ADC) quantification compared with T1 and T2 values in the detection of acute myocardial injury. Materials and Methods In this prospective study conducted from June 2016 to November 2018, participants without a history of heart failure or cardiomyopathy were enrolled after undergoing reperfusion for their first AMI. Quantitative T1 and T2 mapping were performed with a 1.5-T MRI scanner and compared with a fast free-breathing acquisition technique for ADC mapping (approximate duration, 3 minutes; five slices; spin-echo cardiac diffusion acquisition; b values, 0 and 200 sec/mm(2); six diffusion-encoding directions; five repetitions). Quantitative ADC and unenhanced T1 and T2 values were compared in infarct, border, and remote regions by using Welch analysis of variance with Games-Howell post hoc test for pairwise comparisons. Results Thirty-four participants with AMI underwent MRI an average of 5 days ± 1.9 (standard deviation) after reperfusion. Mean ADC was markedly high in the infarcted regions (2.32 × 10(-3) mm(2)/sec; 95% confidence interval [CI]: 2.28, 2.36) and moderately high in the border regions (1.91 ×10(-3) mm(2)/sec; 95% CI: 1.89, 1.94; P \textless .001). In remote regions, mean ADC (1.62 ×10(-3) mm(2)/sec; 95% CI: 1.59, 1.64) was comparable to that measured in vivo in healthy volunteers. Within the same regions of interest, although the measures showed similar trends in infarct and remote regions for T1 (mean, 1332 mec [95% CI: 1296, 1368] vs 1045 msec [95% CI: 1034, 1056]; P \textless .001) and T2 (72 msec [95% CI: 69, 75] vs 50 msec [95% CI: 49, 51]; P \textless .001), the magnitude of the differences among regions was greater when using ADC. Normalized signal differences between infarct and remote regions showed that diffusion-weighted MRI depicted edema 5.1 (P \textless .001) and 3.5 (P \textless .001) times greater than did T1 and T2 maps, respectively. Conclusion Multislice cardiac diffusion-weighted images could be acquired in those with acute myocardial injury. Quantitative apparent diffusion coefficient mapping showed greater differences among remote regions and lesions than did T1 or T2 mapping.
Published: 2020

41. Ex Vivo and In Vivo Imaging and Biodistribution of Aptamers Targeting the Human Matrix MetalloProtease-9 in Melanomas

Author: Marc Janier, Elsa Charignon, Catherine Savona-Baron, Jean Jacques Toulmé, Pauline Bonazza, Aref Hassan, Philippe Fernandez, Laurent Azéma, Olivier Paurelle, F. Debordeaux, David Kryza, Jacqueline Taleb, Jürgen Schulz, Laboratoire d'automatique, de génie des procédés et de génie pharmaceutique (LAGEPP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Neurosciences cognitives et intégratives d'Aquitaine (INCIA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-SFR Bordeaux Neurosciences-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Acides Nucléiques : Régulations Naturelle et Artificielle (ARNA), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Régulations Naturelles et Artificielles (ARNA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Lumière Matière [Villeurbanne] (ILM), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Sciences de la Terre (LST), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Vascular Pathology (IDI-IRCCS), Istituto Dermopatico dell'Immacolata, Kryza, David, Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-SFR Bordeaux Neurosciences-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Melanomas, Pathology, Polymers, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Oligonucleotides, lcsh:Medicine, Immunostaining, Metastasis, Mice, 0302 clinical medicine, Drug Delivery Systems, Medicine and Health Sciences, lcsh:Science, Melanoma, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Staining, Multidisciplinary, Chemistry, Optical Imaging, Aptamers, Nucleotide, 3. Good health, Neoplasm Proteins, In Vivo Imaging, Oncology, Macromolecules, Matrix Metalloproteinase 9, 030220 oncology & carcinogenesis, Physical Sciences, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Anatomy, Preclinical imaging, Research Article, Biodistribution, medicine.medical_specialty, Imaging Techniques, Materials by Structure, Aptamer, Materials Science, Mice, Nude, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Research and Analysis Methods, 03 medical and health sciences, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.SP.MED]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Medication, Cell Line, Tumor, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Fluorescence Imaging, medicine, Animals, Humans, Electrophoretic mobility shift assay, Molecular Biology Techniques, Molecular Biology, Immunohistochemistry Techniques, Fluorescent Dyes, lcsh:R, Cancers and Neoplasms, Biology and Life Sciences, Kidneys, Renal System, [SDV.MHEP.DERM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Dermatology, medicine.disease, Polymer Chemistry, Molecular biology, Xenograft Model Antitumor Assays, Histochemistry and Cytochemistry Techniques, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, 030104 developmental biology, [SDV.SP.PG]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Galenic pharmacology, Specimen Preparation and Treatment, Cell Labeling, Cancer cell, Immunologic Techniques, lcsh:Q, Ex vivo, [SDV.MHEP.DERM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Dermatology, Radiolabeling
Abstract: International audience; The human Matrix MetalloProtease-9 (hMMP-9) is overexpressed in tumors where it promotes the release of cancer cells thus contributing to tumor metastasis. We raised aptamers against hMMP-9, which constitutes a validated marker of malignant tumors, in order to design probes for imaging tumors in human beings. A chemically modified RNA aptamer (F3B), fully resistant to nucleases was previously described. This compound was subsequently used for the preparation of F3B-Cy5, F3B-S-acetylmercaptoacetyltriglycine (MAG) and F3B-DOTA. The binding properties of these derivatives were determined by surface plasmon resonance and electrophoretic mobility shift assay. Optical fluorescence imaging confirmed the binding to hMMP-9 in A375 melanoma bearing mice. Quantitative biodistribution studies were performed at 30 min, 1h and 2 h post injection of 99mTc-MAG-aptamer and 111In-DOTA-F3B. 99mTc radiolabeled aptamer specifically detected hMMP-9 in A375 melanoma tumors but accumulation in digestive tract was very high. Following i.v. injection of 111In-DOTA-F3B, high level of radioactivity was observed in kidneys and bladder but digestive tract uptake was very limited. Tumor uptake was significantly (student t test, p
Published: 2020

42. Myocardial infarction: Economic, health, and social impacts on informal caregivers

Author: Cyrille Colin, Michel Ovize, Hugo Rabier, Anne-Marie Schott, Antoine Duclos, Marie Viprey, Norbert Nighoghossian, Gwen Grguric, Marine Barral, Pascale Guerre, Christell Julien, Jennifer Margier, Jessica Dalaudiere, Hassan Serrier, Asma Fares, Nathan Mewton, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Animal Health Department, Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario [Derio] (NEIKER), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'études et de recherche sur les services de santé et la qualité de vie (CEReSS), Aix Marseille Université (AMU), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Department of Cardiology, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Health Service and Performance Research (HESPER), Université de Lyon-Université de Lyon, Géosciences Paris Sud (GEOPS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-16-RHUS-0009,MARVELOUS,MARVELOUS(2016)
Subjects: Male, Multivariate analysis, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Willingness to pay, Surveys and Questionnaires, Medicine, Humans, Interpersonal Relations, 030212 general & internal medicine, Prospective Studies, Survivors, education, media_common, Aged, Aged, 80 and over, education.field_of_study, Contingent valuation, business.industry, 030503 health policy & services, Health Policy, Caregiver burden, Middle Aged, Health indicator, Economic evaluation, Informal care, 3. Good health, Myocardial infarction, Feeling, Caregivers, Health impact, Social impact, Female, France, Patient Care, 0305 other medical science, business, Demography
Abstract: ObjectivesThe aim of the study was to measure the economic impact of informal care (IC) on caregivers assisting myocardial infarction (MI) survivors in France. Health and social impacts were also described.MethodsData from the prospective 2008 Health and Disabilities Households Survey (Enquête Handicap-Santé), carried out among the French general population, were used to obtain information about patients with MI and their informal caregivers. To estimate the approximate monetary value of IC, three methods were used: the proxy good method, opportunity cost method (OCM), and contingent valuation method (CVM). A multivariate analysis was performed to determine the associations of the IC duration and the existence of professional care with the health indicators stated by caregivers.ResultsThe analysis included data from 147 caregivers. The mean value of IC ranged from €9,679 per year using the CVM to €11,288 per year using the OCM (p> .05). The mean willingness to pay for an additional hour of IC was €10.9 (SD = 8.3). A total of 46.2 percent of caregivers reported that IC negatively affected theirs physical condition, and 46.3 percent reported that it negatively affected their psychological health. In addition, 40.1 percent declared that caregiving activity made them anxious and 38.8 percent stated they felt alone. Associations were identified between the duration of IC and feeling the need to be replaced, feeling alone and making sacrifices (p< .05).ConclusionsInformal caregiver burden may be recognized in health technology assessment in order not to underestimate the cost of strategies and to facilitate the comparability of cost-effectiveness outcomes between studies.
Published: 2020

43. On the use of CdSe scintillating nanoplatelets as time taggers for high-energy gamma detection

Author: Z Meng, Christophe Dujardin, Benoit Mahler, E. Auffray, Iwan Moreels, Stefan Gundacker, Marco Kirm, Ali Hossain Khan, Juhan Saaring, Rosana Martinez Turtos, Paul Lecoq, Sergey Omelkov, Andrey N. Vasil’ev, Institut Lumière Matière [Villeurbanne] (ILM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Institute of Physics [Tartu], University of Tartu, Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Archéologie des Amériques (AA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Panthéon-Sorbonne (UP1), European Organization for Nuclear Research (CERN), Università degli Studi di Milano-Bicocca [Milano] (UNIMIB), Luminescence (LUMINESCENCE), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), D.V. Skobeltsyn Institute of Nuclear Physics (SINP), Lomonosov Moscow State University (MSU), European Project: 338953,EC:FP7:ERC,ERC-2013-ADG,TICAL(2014), Università degli Studi di Milano-Bicocca = University of Milano-Bicocca (UNIMIB), and Universiteit Gent = Ghent University (UGENT)
Subjects: DYNAMICS, Physics::Instrumentation and Detectors, 02 engineering and technology, Scintillator, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, lcsh:Chemistry, lcsh:TA401-492, General Materials Science, Spontaneous emission, [PHYS.PHYS.PHYS-INS-DET]Physics [physics]/Physics [physics]/Instrumentation and Detectors [physics.ins-det], Detectors and Experimental Techniques, Pixel, business.industry, Mechanical Engineering, Detector, Metamaterial, RISE, General Chemistry, PERFORMANCE, 021001 nanoscience & nanotechnology, Condensed Matter Physics, 0104 chemical sciences, Chemistry, Semiconductor, Physics and Astronomy, RESOLUTION, lcsh:QD1-999, Mechanics of Materials, LUMINESCENCE, X-RAY, [PHYS.COND.CM-MS]Physics [physics]/Condensed Matter [cond-mat]/Materials Science [cond-mat.mtrl-sci], Optoelectronics, PHOTOLUMINESCENCE, lcsh:Materials of engineering and construction. Mechanics of materials, 0210 nano-technology, business, Ultrashort pulse, Energy (signal processing)
Abstract: The technological challenge imposed by the time resolution essential to achieve real-time molecular imaging calls for a new generation of ultrafast detectors. In this contribution, we demonstrate that CdSe-based semiconductor nanoplatelets can be combined with standard scintillator technology to achieve 80 ps coincidence time resolution on a hybrid functional pixel. This result contrasts with the fact that the overall detector light output is considerably affected by the loss of index-light-guiding. Here, we exploit the principle of 511 keV energy sharing between a high-Z, high stopping power bulk scintillator, and a nano-scintillator with sub-1 ns radiative recombination times, aiming at a breakthrough in the combined energy and time resolution performance. This proof-of-concept test opens the way to the design and study of larger size sensors using thin nanocomposite layers able to perform as efficient time taggers in a sampling detector geometry of new generation.
Published: 2019

44. Granulocyte Colony-Stimulating Factor Nanocarriers for Stimulation of the Immune System (Part I): Synthesis and Biodistribution Studies

Author: Gloria Jiménez Sánchez, Doriane Mathé, Charles Dumontet, David Kryza, Carole Chaix, Stéphane Roux, Jacqueline Taleb, Gabriel De Crozals, Marc Janier, SIMS - Surfaces-(bio)Interfaces - Micro & Nano Systèmes, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Laboratoire d'automatique et de génie des procédés ( LAGEP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Univers, Transport, Interfaces, Nanostructures, Atmosphère et environnement, Molécules ( UTINAM ), Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Interfaces & biosensors - Interfaces & biocapteurs, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'automatique et de génie des procédés (LAGEP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Univers, Transport, Interfaces, Nanostructures, Atmosphère et environnement, Molécules (UMR 6213) (UTINAM), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and The authors would like to thank Christian Chapelle (Pulsalys/SATT de Lyon) for his constant support during the project. Financial support was provided by Pulsalys/SATT de Lyon, the Ministry of Research and Education and the Lyric Grant INCa-DGOS-4664.
Subjects: Biodistribution, medicine.medical_treatment, Biomedical Engineering, Pharmaceutical Science, Bioengineering, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mice, Drug Delivery Systems, Immune system, Adjuvants, Immunologic, Cancer immunotherapy, In vivo, Granulocyte Colony-Stimulating Factor, PEG ratio, medicine, Animals, [CHIM]Chemical Sciences, Tissue Distribution, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Pharmacology, Drug Carriers, Chemistry, Organic Chemistry, Silicon Dioxide, 021001 nanoscience & nanotechnology, 3. Good health, 0104 chemical sciences, Granulocyte colony-stimulating factor, Colloidal gold, Biophysics, Nanoparticles, Gold, Nanocarriers, 0210 nano-technology, Spleen, Biotechnology
Abstract: In the field of cancer immunotherapy, an original approach consists of using granulocyte colony-stimulating factor (G-CSF) to target and activate neutrophils, cells of the innate immune system. G-CSF is a leukocyte stimulating molecule which is commonly used in cancer patients to prevent or reduce neutropenia. We focused herein on developing a G-CSF nanocarrier which could increase the in vivo circulation time of this cytokine, keeping it active for targeting the spleen, an important reservoir of neutrophils. G-CSF-functionalized silica and gold nanoparticles were developed. Silica nanoparticles of 50 nm diameter were functionalized by a solid phase synthesis approach. The technology enabled us to incorporate multiple functionalities on the surface such as a PEG as hydrophilic polymer, DTPA as 111In chelating agent and G-CSF. The gold nanocarrier consisted of nanoparticles of 2–3 nm diameter elaborated with DTPA groups on the surface and functionalized with G-CSF. We studied the particle biodistribution i...
Published: 2017

45. Hemorrhagic and necrotic adenoma associated with a congenital portosystemic shunt

Author: Sophie Collardeau-Frachon, Alain Lachaux, Pierre-Jean Valette, Jérôme Dumortier, Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and CCSD, Accord Elsevier
Subjects: Adenoma, medicine.medical_specialty, Hepatology, Portal Vein, business.industry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Liver Neoplasms, Gastroenterology, medicine.disease, Magnetic Resonance Imaging, [SDV] Life Sciences [q-bio], 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, 030220 oncology & carcinogenesis, medicine, Humans, Hyperammonemia, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, Radiology, Portosystemic shunt, Child, Tomography, X-Ray Computed, business
Published: 2020

46. Importance of infarct size versus other variables for clinical outcomes after PPCI in STEMI patients

Author: Cyrille Bergerot, Thomas Bochaton, Hélène Thibault, Michel Ovize, Claire Jossan, Nathan Mewton, David Garcia-Dorado, Marc J. Claeys, Camille Amaz, Inesse Boussaha, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assoc Prevent Obesite Pediat, Partenaires INRAE, Department of Cardiology, and Hospices Civils de Lyon (HCL)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Multivariate analysis, Physiology, medicine.medical_treatment, microvascular obstruction, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030204 cardiovascular system & hematology, ischemia/reperfusion injury, Infarct size, 0302 clinical medicine, Comorbidities ischemia-reperfusion, Myocardial infarction, Ventricular Remodeling, Incidence, angioplasty, Middle Aged, Prognosis, 3. Good health, reperfusion, Europe, elevation myocardial-infarction, strategies, cardioprotection, Cardiology, Female, pooled analysis, Cardiology and Cardiovascular Medicine, TIMI, medicine.medical_specialty, injury, Cardio-protection, STEMI, 03 medical and health sciences, Physiology (medical), Internal medicine, Post-hoc analysis, medicine, Humans, cardiovascular diseases, Aged, Heart Failure, business.industry, Myocardium, percutaneous coronary intervention, Percutaneous coronary intervention, medicine.disease, Clinical trial, position, 030104 developmental biology, Heart failure, Conventional PCI, Cardiovascular System & Cardiology, ST Elevation Myocardial Infarction, Human medicine, business
Abstract: Despite promising experimental studies and encouraging proof-of-concept clinical trials, interventions aimed at limiting infarct size have failed to improve clinical outcomes in patients with ST-elevation myocardial infarction (STEMI). Our objective was to examine whether variables (cardiovascular risk factors, comorbidities, post-procedural variables, cotreatments) might be associated with clinical outcomes in STEMI patients independently from infarct size reduction. The present study was based on a post hoc analysis of the CIRCUS trial database (Clinicaltrials.gov NCT01502774) that assessed the clinical benefit of a single intravenous bolus of cyclosporine in 969 patients with anterior STEMI. Since cyclosporine had no detectable effect on clinical outcomes as well as on any measured variable, we here considered the whole study population as one group. Multivariate analysis was performed to address the respective weight of infarct size and variables in clinical outcomes. Multivariate analysis revealed that several variables (including gender, hypertension, renal dysfunction, TIMI flow grade post-PCI < 3, and treatment administered after PCI with betablockers and angiotensin-converting enzyme inhibitors) had per se a significant influence on the occurrence of [death or hospitalization for heart failure] at 1 year. The relative weight of infarct size and variables on the composite endpoint of [death or hospitalization for heart failure] at 1 year was 18% and 82%, respectively. Several variables contribute strongly to the clinical outcomes of STEMI patients suggesting that cardioprotective strategy might not only focus on infarct size reduction.
Published: 2019

47. Impact of Collateral Status on Neuroprotective Effect of Cyclosporine A in Acute Ischemic Stroke

Author: Roxana Ameli, Omer Eker, Norbert Nighoghossian, Lise Prune Berner, Lucie Cornut, Yves Berthezène, Camille Amaz, Nathan Mewton, Michel Ovize, T.-H. Cho, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de Neuroradiologie[Montpellier], Hôpital Gui de Chauliac [Montpellier]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Imagerie Tomographique et Radiothérapie, Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Department of Cardiology, Hospices Civils de Lyon (HCL), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Neuroradiology Department, Neurological Hospital, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, medicine.medical_specialty, acute ischemic stroke, [SDV]Life Sciences [q-bio], Phases of clinical research, Collateral Circulation, Lesion volume, Neuroprotection, Brain Ischemia, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, 0302 clinical medicine, collateral flow, Developmental Neuroscience, Internal medicine, medicine, Humans, In patient, cyclosporine, Acute ischemic stroke, Aged, Aged, 80 and over, business.industry, Brain, Middle Aged, Infarct size, Collateral circulation, Magnetic Resonance Imaging, reperfusion, Stroke, 030104 developmental biology, Collateral flow, Neuroprotective Agents, Treatment Outcome, Neurology, Cardiology, Female, neuroprotection, business, 030217 neurology & neurosurgery, Mri
Abstract: Background: Neuroprotection for acute ischemic stroke remains an elusive goal. Intracranial collaterals may favor neuroprotective drugs delivery at the acute stage of ischemic stroke. A recent phase 2 study showed that cyclosporine A (CsA) reduced ischemic damage in patients with a proximal occlusion who experienced effective recanalization. Collateral flow may improve this benefit. Materials & Methods: Collateral supply was assessed using dynamic susceptibility contrast MRI in 47 patients among the 110 patients from the original study and were graded in two groups: good collaterals and poor collaterals. Patients with good collaterals had significantly smaller initial infarct in both CsA group (p = 0.003) and controls (p = 0.016). Similarly, the final lesion volume was significantly lower in patients with good collaterals in both groups. Results: In patients with either good or poor collaterals CsA showed no additional benefit on ischemic lesion progression and final infarct size at day 30. Conclusion: We failed to demonstrate any significant additional benefit of CsA in patients with good collateral circulation.
Published: 2019

48. Extracorporeal life support in the multidisciplinary management of cardiogenic shock complicating acute myocardial infarction

Author: Gérard Finet, Léo Cuenin, Tommaso Generali, Matteo Pozzi, Lisa Green, Jean-François Obadia, Xavier Armoiry, Kaled Adamou Nouhou, François Derimay, Catherine Koffel, Jean Luc Fellahi, Guillaume Cellier, Rémi Schweizer, Gilles Rioufol, Michele Flagiello, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Service d'Anesthésie-Réanimation, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France, parent, Plant Health Laboratory, Tropical Pests and Diseases Unit, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Adult, Male, medicine.medical_specialty, Time Factors, Databases, Factual, acute heart failure, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Myocardial Infarction, Shock, Cardiogenic, 030204 cardiovascular system & hematology, Extracorporeal, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Risk Factors, Internal medicine, medicine, Extracorporeal membrane oxygenation, Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Hospital Mortality, 030212 general & internal medicine, Myocardial infarction, Aged, Cause of death, business.industry, Mortality rate, Cardiogenic shock, percutaneous coronary intervention, Percutaneous coronary intervention, Recovery of Function, General Medicine, Middle Aged, extracorporeal membrane oxygenation, medicine.disease, Patient Discharge, 3. Good health, Treatment Outcome, ST-elevation myocardial infarction, Life support, Cardiology, Female, Cardiology and Cardiovascular Medicine, business
Abstract: Objectives To analyze the results of extracorporeal life support (ECLS) for cardiogenic shock complicating acute myocardial infarction (AMI) in a single-center experience. Background Cardiogenic shock is still a leading cause of death for AMI. Conventional management carries mortality rates exceeding 50%. ECLS may be considered as a bridge to decision in the setting of AMI complicated by cardiogenic shock not responsive to standard management. Methods We performed an observational analysis of our local database. The primary end-point was survival to hospital discharge. All variables were compared between survivors and nonsurvivors. Results Between January 2007 and December 2017, 56 patients were supported for cardiogenic shock complicating AMI. The mean age was 56.7 years and 89.3% were males. Baseline characteristics were comparable between both groups. Of the 50 primary percutaneous coronary interventions that were attempted, 44 (88.0%) were successful. Twenty-three (41.1%) patients died during ECLS support. The complications' rate during ECLS support was comparable between both groups. Twenty-eight (50%) patients were successfully weaned from ECLS after a mean support of 8.7 days. Eight (14.3%) patients eventually died after weaning before hospital discharge. Five (8.9%) patients could not be weaned from ECLS and were switched to a long-term mechanical circulatory support. Overall survival to hospital discharge was 41.1% (n = 23). Eighteen (32.1%) patients were alive after a mean follow-up of 38.0 ± 29.9 (range, 4.2-95.4) months. Conclusions ECLS should be considered as a therapeutic solution in the management of AMI-related cardiogenic shock with a satisfactory short- and long-term survival.
Published: 2019

49. PET C-11 acetate is also a perfusion tracer for kidney evaluation purposes

Author: Nicolas Costes, Didier Le Bars, Inés Mérida, Zacharie Irace, Sandrine Lemoine, Gabrielle Normand, Thomas Troalen, Laurent Juillard, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Neurosciences précliniques, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Siemens Healthcare [France], Siemens AG [Munich], Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Exploration et de Recherche Médicales par Émission de Positons (CERMEP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre d'Etude et de Recherche Multimodal Et Pluridisciplinaire en imagerie du vivant (CERMEP - imagerie du vivant), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Siemens Healthineers France collaboration program, ANR-11-EQPX-0026,LILI,Lyon - Imagerie Intégrée du Vivant : IRM-TEP hybride(2011), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), CCSD, Accord Elsevier, and Equipements d'excellence - Lyon - Imagerie Intégrée du Vivant : IRM-TEP hybride - - LILI2011 - ANR-11-EQPX-0026 - EQPX - VALID
Subjects: Cancer Research, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Renal oxidative, Revascularization, positron-emission-tomography, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, renal blood-flow, In vivo, TRACER, medicine, Renal functional parameters, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, validation, Kidney, medicine.diagnostic_test, carbon-11-acetate, Chemistry, business.industry, Acetate, Blood flow, 3. Good health, Cardiovascular physiology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Nuclear Medicine & Medical Imaging, medicine.anatomical_structure, Positron emission tomography, 030220 oncology & carcinogenesis, PET-MRI, Molecular Medicine, Nuclear medicine, business, Radiology, Perfusion, metabolism, oxidative-metabolism, Renal perfusion
Abstract: International audience; Rationale: Renal positron emission tomography (PET) functional imaging allows non-invasive and dynamic measurements of functional and metabolic parameters. [O-15]H2O is used as a perfusion tracer, and [C-11]acetate as an oxidative metabolism in this purpose, requiring two injections to assess those fundamental parameters. Yet, in cardiac physiology study, the high first-pass myocardial extraction fraction of [C-11]acetate allowed to use its influx rate as a blood flow marker too. Since [C-11]acetate has been characterized by a 20-25% single pass renal extraction in dogs, it could be used as a potential tracer for renal perfusion. The aim of this study was to determine whether [C-11]acetate influx rate can be used as quantitative in vivo marker of kidney perfusion in human. Methods: In 10 healthy subjects, dynamic PET acquisitions were performed after [O-15]H2O and [C-11]acetate injections spaced by a 15-minute interval. As previously validated, with compartmental modeling of kinetics, renal perfusion and oxidative metabolism were estimated respectively with influx rate of [O-15]H2O and efflux rate of [C-11]acetate. Additionally, influx rate of [C-11]acetate was regressed to influx rate of [O-15]H2O. Results: Renal time activity curves of [C-11]-acetate was best fitted with a mono compartmental model compared to a bi-compartmental model (p \textless 0.0001). [C-11]acetate influx rate was significantly correlated with perfusion quantified with [O-15]H2O (r(2) = 0.37, p \textless 0.001) at baseline. This regression allowed the computation of a renal [C-11]acetate extraction fraction (EF), and further the computation of renal blood flow from its influx rate. Conclusion: In healthy subjects, over a wide range of renal perfusion, direct estimates of renal oxygen consumption as well as tissue perfusion can be obtained by PET with a single tracer [C-11]acetate. This approach needs to be validated in CKD patients, and would be of great interest to design clinical protocol aiming at evaluating ischemic nephropathies candidate to revascularization. (C) 2019 Elsevier Inc. All rights reserved.
Published: 2019

50. Genetic polymorphisms of ABCB1 (P-glycoprotein) as a covariate influencing daptomycin pharmacokinetics: a population analysis in patients with bone and joint infection

Author: Jacquesson, T., Mojallal, A., Braye, F., Boucher, F., Shipkov, H., Chateau, J., Ceruse, P., Fuchsmann, C., Gleizal, A., Aubrun, F., Dziadzko, M., Macabeo, C., Rasigade, J. P., Beraut, L., Dupieux, C., Kolenda, C., JOSSE, J., Craighero, F., Boussel, L., Pialat, J. B., Morelec, I., Janier, M., Giammarile, F., Tod, M., Mabrut, E., Lyon Bone Joint Infect Study, Grp, Bricca, R., Goutelle, S., Gagnieu, M. C., Laurent, F., Ferry, T., Valour, F., Perpoint, T., Boibieux, A., Biron, F., Miailhes, P., Ader, F., Becker, A., Roux, S., Triffault-Fillit, C., Conrad, A., Bosch, A., Daoud, F., Lippman, J., Braun, E., Chidiac, C., Lustig, S., Servien, E., Gaillard, R., Schneider, A., Gunst, S., Batailler, C., Fessy, M. H., Herry, Y., Viste, A., Chaudier, P., Courtin, C., Louboutin, L., Martres, S., Trouillet, F., Barrey, C., Jouanneau, E., RMN et optique : De la mesure au biomarqueur, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut universitaire des systèmes thermiques industriels (IUSTI), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Unite de Microbiologie Alimentaire et Previsionnelle, Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre National de Référence Legionella, Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Physiopathologie, diagnostic et traitements des maladies osseuses / Pathophysiology, Diagnosis & Treatments of Bone Diseases (LYOS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal (CREATIS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of nuclear Imaging, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), ARVALIS - Institut du végétal [Paris], Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hosp Civils Lyon, Serv Malad Infect, Lyon, France, Institut für Physik [Rostock], Universität Rostock, Laboratoire de Mécanique et Technologie (LMT), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre interrégional de référence Rhône-Alpes - Auvergne des infections ostéo-articulaires complexes, University of Arizona, University of Barcelona, Service des Maladies Infectieuses, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France, parent, Service de Chirurgie Orthopédique [Centre Albert Trillat], Centre Albert Trillat [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Neuroimagerie cognitive (LCogn), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service hospitalo-universitaire de santé mentale et de thérapeutique, CHU Paris, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe 15, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Oncology, Pharmacogenomic Variants, [SDV]Life Sciences [q-bio], efficacy, 0302 clinical medicine, Genotype, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, Pharmacology & Pharmacy, mdr1, education.field_of_study, Middle Aged, Bone Diseases, Infectious, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, modulation, Infectious Diseases, Area Under Curve, Population Surveillance, Female, Drug Monitoring, Glomerular Filtration Rate, medicine.drug, Microbiology (medical), safety, medicine.medical_specialty, ATP Binding Cassette Transporter, Subfamily B, 030106 microbiology, Population, Polymorphism, Single Nucleotide, Microbiology, 03 medical and health sciences, Daptomycin, Pharmacokinetics, Internal medicine, medicine, Humans, high-dose daptomycin, education, Genotyping, Alleles, Aged, Pharmacology, Arthritis, Infectious, therapy, business.industry, variability, Haplotype, Pharmacogenetics, exposure, Pharmacodynamics, resistant staphylococcus-aureus, Gene polymorphism, business
Abstract: International audience; Background Daptomycin has been recognized as a therapeutic option for the treatment of bone and joint infection (BJI). Gene polymorphism of ABCB1, the gene encoding P-glycoprotein (P-gp), may influence daptomycin pharmacokinetics (PK). Objectives We aimed to examine population PK of daptomycin and its determinants, including genetic factors, in patients with BJI. Patients and methods We analysed data from patients who received daptomycin for BJI between 2012 and 2016 in our regional reference centre and who had measured daptomycin concentrations and P-gp genotyping. A population approach was used to analyse PK data. In covariate analysis, we examined the influence of three single nucleotide variations (SNVs) of ABCB1 (3435C\textgreaterT, 2677G\textgreaterT/A and 1236C\textgreaterT) and that of the corresponding haplotype on daptomycin PK parameters. Simulations performed with the final model examined the influence of covariates on the probability to achieve pharmacodynamic (PD) targets. Results Data from 81 patients were analysed. Daptomycin body CL (CLDAP) correlated with CLCR and was 23% greater in males than in females. Daptomycin central V (V1) was allometrically scaled to body weight and was 25% lower in patients with homozygous CGC ABCB1 haplotype than in patients with any other genotype. Simulations performed with the model showed that sex and P-gp haplotype may influence the PTA for high MIC values and that a dosage of 10mg/kg/24h would optimize efficacy. Conclusions Daptomycin dosages higher than currently recommended should be evaluated in patients with BJI. Gender and P-gp gene polymorphism should be further examined as determinants of dosage requirements.
Published: 2019

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