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Doctoral; La Guadeloupe est actuellement confrontée à de nombreux dérèglements environnementaux d'origine naturelle et anthropique. Les associations environnementalistes jouent un rôle essentiel dans la protection de la nature, l'amélioration du cadre de vie et la sensibilisation de la population, mais elles sont soumises à des contraintes qui entravent leurs activités. Dans ce contexte, l'objectif de cette étude a été, d'une part, de réaliser un diagnostic de la structure et du fonctionnement de ces associations et, d'autre part, de proposer des éléments factuels en vue d'améliorer leur efficacité et leur visibilité dans la société de Guadeloupe. Le diagnostic a été basé sur l'analyse de la liste des 121 associations environnementalistes fournie par la Direction de l’Équipement, de l'Aménagement et du Logement ( DEAL Guadeloupe), la recherche sur Internet des sites Web des associations, et la réalisation des enquêtes sur un échantillon de 28 associations, sélectionnées par leur objet (analyse typologique) et par l'information obtenue sur les sites Web. Nous nous sommes fondé sur ce diagnostic afin de proposer la construction d'un réseau "possible", incluant quelques-unes des associations enquêtées, en détaillant les aspects jugés clés de son organisation. Nous avons constaté que la taille des associations (nombre d'adhérents) est un bon indicateur de leur structure et leur fonctionnement. Elle détermine leur objet, leur niveau de professionnalisation (technicité), le type et le nombre de difficultés retrouvées. Les petites et moyennes associations (

Master; D’après le Millenium Ecosystem Assessment, l’une des premières causes de l’érosion de la biodiversité à l’échelle mondiale est la modification et la perte d’habitat, notamment par le biais de la fragmentation du paysage. Les corridors qui peuvent exister entre les taches habitats, réduisent les effets négatifs de la fragmentation en facilitant le mouvement des espèces, empêchant ainsi les extinctions locales de populations. En France ce sont les Trames Vertes et Bleues (TVB) qui aident à préserver de tels corridors, et sont mis en oeuvre par l'application de divers outils de planification de projets d’aménagement. Le travail réalisé s’intègre dans un projet européen portant sur le rôle des haies comme corridors écologiques. Les travaux réalisés dans ce stage ont pour but d’étudier l’impact des éléments du paysage sur les communautés végétales des haies. Pour cela des relevés floristiques ont été réalisés sur 28 haies et 10 fragments forestiers sur la Zone Atelier Armorique (France, Bretagne). Cette étude a permis de mettre en évidence des effets mineurs de la composition ou de la configuration du paysage sur la structuration des communautés végétales des haies, quelle que soit l’échelle observée. Néanmoins, les variables locales liées à la structure horizontale et verticale de la haie affectent les abondances relatives des espèces présentes dans les haies. Les variables de gestion quant à elles jouent un rôle majeur sur la richesse spécifique des communautés ainsi que sur leur composition. Les variables liées à la connectivité du paysage sont significativement positives ce qui souligne l’importance de la trame boisée sur la richesse spécifique et l’équitabilité des communautés végétales des haies. En moyenne, 72% des espèces présentes dans les haies échantillonnées sont également présentes dans les fragments forestiers étudiés. Ce qui démontre l’importance de restaurer et conserver les haies mais également de proposer des stratégies de gestion adaptées afin d’améliorer non seulement la quantité mais également la qualité des habitats que constituent les haies dans la mise en place de la TVB au sein des paysages agricoles.

SESSION 1: Contributed lectures; National audience; This paper focuses on panel data models with spatially nested random ef- fects. This specification is useful for panel data applications which exhibit spatial dependence and a nested (hierarchical) structure. We propose to use a generalized moments estimator in the spirit of Kelejian and Prucha (1998, 1999) and Kapoor, Kelejian and Prucha (2007) for estimating the spatial autoregressive parameter and the variance components of the disturbance process. Then a spatial counterpart of the Cochrane-Orcutt transformation is defined to obtain a feasible generalized least squares procedure to estimate the regression parameters. Using Monte Carlo simulations, we show that our estimators perform well in terms of root mean square error compared to the maximum likelihood estimator. The approach is demonstrated using English house price data by district, with districts nested within counties.

Il n'y a pas de pièce jointe, car certains résultats sont confidentiels SPE IPM UB; Master

IPM SPE Agrosup; Master; Plants are under the constant threat of microbial pathogens. To defend themselves, plants have evolved a sophisticated immune system involving complex signaling by reactive oxygen and nitrogen species (including nitric oxide, NO) and downstream the activation of the synthesis of defense compounds that can lead to resistance. However, these plant defense responses are costly and lead plants to continuously face a dilemma regarding the partitioning of their available resources. The aim of this project is to highlight the functional links between NO, nitrogen nutrition and plant defense responses. We analyzed the impact of nitrogen (N) nutrition and NO on the capacity of different M. truncatula genotypes to resist against A. euteiches, the causal agent of legume root rot disease. Both N deficiency and interaction with A. euteiches appear to enhance NO levels in M. truncatula roots as assessed by SNO measurements. Using transformed roots altered in NO homeostasis, we highlighted the role of NO production on resistance or sensitivity to A. euteiches. Furthermore, alteration of NO homeostasis was correlated with changes in intracellular nitrate concentrations. To further assess the importance of NO production in these conditions we have analyzed the tyrosine nitration profiles (a post-translational modification of proteins generated indirectly by NO) of protein extracts from roots of plants cultivated under N deficiency or interacting with the pathogen. These profiles were indeed different. Last, a targeted approach focusing on tyrosine nitration of glutamine synthetase, an important enzyme involved in N assimilation/remobilisation, highlighted the role of NO in modulating possibly this enzymatic activity. Altogether our results confirm the role of NO in plant immune response and in the modulation of plant N metabolism.

Rapport de Stage de Master 2 EA (CAPA) ECOLDUR; Master

National audience; Les différents segments de professionnels de la filière vitivinicole partagent-t-ils les mêmes représentations vis-à-visdes vins rouges de Bourgogne? Tel le est la question à laquelle nous avons souhaité répondre. Afin d’évaluer dans un premier temps le degré de convergence des réponses sensorielles, visuelles et olfacto-gustatives, deux familles d’acteurs de la filière bourguignonne ont été étudiées: celle des professionnels amont(viticulteurs, œnologues,techniciens) et celle des professionnels aval (restaurateurs,sommeliers,cavistes, commerciaux grande distribution). L’approche sensorielle convoquée ici reposait sur la mesure intrinsèque d’exemplarité. [1]Pour ce faire, 40 vins rouges de Bourgogne d’entrée et de moyenne gamme, de cépage Pinot noir, du millésime 2010 illustrant la diversité de l’offre (appellations régionales et certaines communales, zones viticoles, type d’acteurs, prix, facteurs technologiques et humains,...) ont été présentés aux deux panels professionnels. Au total, 38 sujets ont été réunis: 20 professionnels amont et 18 professionnels aval. L’enjeu était double: (i)déterminer le degré d’accord ou de désaccord entre sujets,cela en fonction de la famille d’acteurs considérée, (ii) bipolariser les vins à l’issue des mesures d’exemplarité. Les participants devaient également répondre à un questionnaire sur leurs pratiques et leurs représentations à l’égard des vins rouges de Bourgogne. Enfin, une analyse conjointe a été menée afin de déterminer les attributs extrinsèques (prix,nom de marque, appellation d’origine,...) les plus importants aux yeux des professionnels dans la discrimination et le positionnement commercial de tels vins.

International audience; Les différents segments de professionnels de la filière vitivinicole partagent-t-ils les mêmes représentations vis-à-visdes vins rouges de Bourgogne? Tel le est la question à laquelle nous avons souhaité répondre. Afin d’évaluer dans un premier temps le degré de convergence des réponses sensorielles, visuelles et olfacto-gustatives, deux familles d’acteurs de la filière bourguignonne ont été étudiées: celle des professionnels amont(viticulteurs, œnologues,techniciens) et celle des professionnels aval (restaurateurs,sommeliers,cavistes, commerciaux grande distribution). L’approche sensorielle convoquée ici reposait sur la mesure intrinsèque d’exemplarité. [1]Pour ce faire, 40 vins rouges de Bourgogne d’entrée et de moyenne gamme, de cépage Pinot noir, du millésime 2010 illustrant la diversité de l’offre (appellations régionales et certaines communales, zones viticoles, type d’acteurs, prix, facteurs technologiques et humains,...) ont été présentés aux deux panels professionnels. Au total, 38 sujets ont été réunis: 20 professionnels amont et 18 professionnels aval. L’enjeu était double: (i)déterminer le degré d’accord ou de désaccord entre sujets,cela en fonction de la famille d’acteurs considérée, (ii) bipolariser les vins à l’issue des mesures d’exemplarité. Les participants devaient également répondre à un questionnaire sur leurs pratiques et leurs représentations à l’égard des vins rouges de Bourgogne. Enfin, une analyse conjointe a été menée afin de déterminer les attributs extrinsèques (prix,nom de marque, appellation d’origine,...) les plus importants aux yeux des professionnels dans la discrimination et le positionnement commercial de tels vins.

National audience

Legume-rhizobium association leads to the production of nodules on plant roots, in which atmospheric nitrogen is caught by the bacteria and exchanged for plant carbohydrates. This symbiotic association is probably the best way to increase nitrogen fertilization without using biological or chemical input. Symbiosis mechanisms between both species are thus a challenge for the current research. Previous studies have shown that rhizobia are not equally selected by the different pea genotypes. The objective of this study was to assess if peas select the most efficient bacterial strain. In order to answer this question, we sowed 18 pea genotypes and inoculated each of them with five different rhizobium strains, and we measured the efficiency obtained by each of the pea genotype with each of the five rhizobium strain. We have observed that pea plants do not always select the rhizobium strain that allows them to optimize their growth. Plant x rhizobium interactive effects have been shown., L’association Légumineuse-rhizobium conduit à la production de nodosités sur les racines de la plante, dans laquelle les bactéries capturent l'azote atmosphérique et l’échange contre des assimilats carbonés fournis par la plante. Cette association symbiotique est probablement la meilleure façon d'augmenter la fertilisation azotée sans utiliser d’engrais biologique ou chimique. Les mécanismes de la symbiose entre les deux espèces sont donc un défi pour les recherches en cours. Des études antérieures ont montré que les rhizobia ne sont pas sélectionnés de la même façon par les différents génotypes de pois. L’objectif de cette étude était d'évaluer si chaque génotype de pois sélectionne préférentiellement la souche bactérienne avec laquelle il obtient la meilleure efficience symbiotique. Afin de répondre à cette question, 18 génotypes de pois ont été semés et inoculés avec cinq différentes souches de rhizobium, et l’efficience obtenue pour chacun des génotypes avec chacune de ces souches mesurée. Il a été observé que les génotypes de pois ne choisissent pas toujours la souche de rhizobium qui leur permet d'obtenir la meilleure croissance. Des effets d’interaction plante x rhizobium ont en effet été mis en évidence

EA Geapsi CT2 EA EJ2; DEUG; L’augmentation du nombre d’épisodes de sécheresse conduit à une diminution et une plus forte variabilité des rendements des cultures de légumineuses. Mais leur culture est essentielle cas nous en tirons de nombreux avantages (source importante de protéines végétales, apport d’engrais azoté dans le sol …). Les légumineuses telles que le Pois (Pisum sativum) sont capables d’établir des interactions avec trois types de partenaires : une symbiose avec des Rhizobium et avec des mycorhizes, et une interaction mutualiste avec les communautés microbiennes du sol. Ces dernières apportent éléments minéraux et protection contre les pathogènes à la plante, augmentant sa croissance. Ces activités biologiques du sol dépendent fortement de la disponibilité en eau, facteur déterminant de la croissance des plantes. L’amélioration de la nutrition azotée en conditions hydriques stressantes via les communautés microbiennes est donc envisagée pour augmenter la stabilité de la légumineuse. Il s’agit ici dans un premier temps de mettre en évidence un lien possible entre la diversité des communautés microbiennes du sol et la stabilité d’une culture de Pois en conditions hydriques stressantes. Dans un second temps, nous nous demandons si la symbiose Pois-Rhizobium-Mycorhizes est si importante que n’importe quel niveau de diversité des communautés microbiennes influence peu la stabilité du Pois en cas de stress hydrique. L’étude s’est basée sur des données acquises en début de cycle de croissance du Pois. Nous n’avons pas mis en évidence l’effet de la diversité des communautés microbiennes, hormis sur la surface foliaire et de la biomasse foliaire. Nous observons notamment des tendances qui semble indiquer un effet de la diversité des communautés microbiennes. En effet, la conductance stomatique, qui est une réponse rapide des plantes face au stress hydrique, semble influencée par les différents niveaux de diversité. L’inoculation supplémentaire en Rhizobium et en mycorhizes n’a pas avantagé le génotype sauvage. Et pourtant, des tendances nous indiquent que le poids de la symbiose est tel qu’il ne peut pas être négligé. Les tendances observées peuvent être révélatrices de la réponse des plantes à maturité physiologique en fonction des différents niveaux de diversité. Les données sur le rendement de la légumineuse (nombre de gousses, de graines, etc.) sont très importantes à prendre en compte dans le rôle que peut jouer à terme la diversité des communautés microbiennes. De même, les tendances observées sur les inoculations en symbiotes sont à consolider avec de futures analyses de l’infection mycorhizienne, afin de vérifier la présence de mycorhizes.

Rapport de Stage de Master 1 EA MERS CT3

Rapport de Stage de Master 1 EA Geapsi CT2 EA EJ1; In an environmental and political context which requests an increase of food production and a decrease in fertilizer use, pea culture seems to be one solution due on the one hand to its atmospheric nitrogen fixation and on the other hand to the important nitrogen quantity left by plants in the soil after harvest. But pea plants are very sensitive to soil water stress, that’s why scientists are searching information about enzyme activities to reveal how peas react when they are submitted to drought in the purpose of minimizing the negative impact and thus reach optimum yields. This report focuses on key enzymes involved in carbon and nitrogen metabolisms which are essentials to an optimum root and nodule growth, themselves essentials to enhance water and nitrogen nutrition of the plant is case of soil water stress. We used robotized assays to determine enzyme activities after having identified the dilutions allowing a high recovery and an optimum repeatability. Optimizations were performed on sixteen enzymes corresponding to destorage and storage enzymes, key enzymes of Krebs cycle, glycolysis and pentose phosphate pathway. The activities of these enzymes have been calculated and preferential storage and destorage pathways have been discussed. It was verified that nitrate pathway enzymes are not highly produced during atmospheric nitrogen fixation. It was observed that the carbon enzymes the most active provide carbon from sucrose, glucose and fructose and they preferentially stored it under the form of aspartate while a few was stored under the form of glutamate with glutamine as intermediary. Nodules have a more important activity of penthose phosphate pathway than root cells. This work is a first step in the characterization of root- and nodule- enzymatic activities of well watered and water stressed plants.

Rapport de stage de Master II R SPE IPM; Master

Rapport de stage de Master II R SPE IPM; Master

Master

Rapport de stage de Master II R SPE IPM CT1; Master

The Pisum genus presents a large genetic diversity, that makers difficult its taxonomic classification. The Center for Grain Legumes Genetic Resources holds 1800 pea accessions. Some of them are lacking passport data. Previous genotyping studies have identified SNP markers specific to wild Pisum pools. The main aim of my work was to conceive simple criteria in order to classify the unknown genotypes. Towards this goal, plants have been observed at the phenotypic level and their DNA were extracted for their characterisation using discriminating SNP markers. Furthermore, candidate genes of domestication were sequenced. Our results clearly showed distinctive traits between the P. sativum and P. fulvum accessions. Among these criteria, P. sativum had larger flower peduncles and stipules than P. fulvum. The latter had dented leaflets and orange flowers. Wild sub-species including P.sativum elatius, humile, and abyssinicum as well as P. fulvum had curved and dehiscent pods. Some tested SNP were specific to the different wild pools. In particular, the gene PsCam023451 showed mutations in the coding sequence, and the gene Pscam044473 had two mutation sites fixed in P. fulvum. Genome size was significantly different between P. fulvum and P. sativum., Le genre Pisum a une large diversité compliquant ainsi sa classification taxonomique. Le Centre de Ressource Génétique des légumineuses à grosses graines possède 1800 accessions de pois. Certaines d'entre elles ont des données passeports manquantes. Des études de génotypage préalables à mon stage ont révélés des marqueurs SNP spécifiques aux pools de pois sauvages. L’objectif de notre étude était de concevoir des critères simples pour classer les différents génotypes inconnus. Pour ce faire, des plantes ont été observées phénotypiquement et leurs ADN ont été extraits pour les caractériser à l'aide de marqueurs SNP discriminants. De plus, deux gènes candidats susceptibles d’être associés à la domestication ont été séquencés. Par ailleurs, la taille du génome des génotypes étudiés a été mesurée par cytométrie en flux. L'ensemble des résultats obtenus a montré des caractères distinctifs entre les accessions de P. sativum et de P. fulvum. Parmi ces critères, les P. sativum ont montré des pédoncules floraux et stipules plus larges que les P. fulvum. Ces derniers ont des feuilles dentelées et des fleurs orangées. Les sous-espèces sauvages regroupant les P.sativum elatius, humile, et abyssinicum ainsi que P. fulvum ont des gousses arquées et déhiscentes. Certains des SNP testés sont spécifiques aux différents pools sauvages analysés. En particulier, le gène PsCam023451 présentait des mutations dans la séquence codante et le gène Pscam044473 deux sites de mutations fixées chez les P. fulvum. La taille du génome est significativement différente entre les P. fulvum et les P. sativum.

Rapport de Stage de Master 2 Biologie Intégrative des Interactions Plantes Microorganismes Environnement (B2IPME) EA Geapsi CT2 EJ1; La sécheresse est un des facteurs limitant le plus important pour les cultures de pois et affecte chaque année la qualité et la quantité des récoltes. Dans le but de mieux comprendre les réactions du pois au stress hydrique, deux expériences ont été menées. Une première expérience qui a pour but d’évaluer l’effet d’un stress hydrique en phase végétative ainsi que l’effet d’une ré-humectation sur le compartiment racinaire (racine et nodules). Le stage a porté sur l’analyse d’image de feuilles et de racines stressées et non stressées ainsi que sur la quantification en éléments carbone et azote des différents compartiments. Une seconde expérience qui a pour but d'évaluer l’effet d’un stress hydrique sur le remplissage de la graine et sur la remobilisation des assimilats des parties végétatives. Le stage était porté sur la mise en place de l’expérience et la réalisation des prélèvements pour évaluer la biomasse des différents compartiments de la plante et qui permettront également d’extraire les ARN et les métabolites des tissus. Lors d’un stress hydrique avant floraison, l’impact au niveau des taux C/N semble continuer durant la première et seconde semaine après la fin du stress. Il semblerait qu’un stress modéré appliqué au début de remplissage pendant une semaine n’a pas d’effet sur l’accumulation de la biomasse dans les différents compartiments.

Rapport de Stage de Master 2 EA MERS CT3; Master; La dissémination des zoonoses est une préoccupation majeure pour les autorités concernées en termes de santé publique. Ces maladies font l’objet de suivi temporel et spatial afin de comprendre les facteurs favorisant leur dissémination. Les oiseaux, de par leur forte capacité de mouvement représentent un groupe taxonomique très étudié dans la dissémination des pathogènes. Le pigeon biset (Columbia liva) est une des espèces les plus présentes dans l’environnement urbain et peut-être porteur de différentes souches bactériennes pathogènes. Cette étude s’est intéressé à estimer l’état sanitaire des pigeons au sein de la ville de Dijon. La recherche de Salmonella spp., Listeria monocytogenes et d’Escherichia coli productrice de BLSE (résistantes à des antibiotiques (céphalosporines de 3éme génération)). En plus de cet état sanitaire, l’infestation par ces pathogènes a été mise en lien avec la mélanine du plumage, pigment ayant un rôle dans l’immunité chez les vertébrées. Les résultats démontrent des prévalences faibles pour et Listeria monocytogenes et E.coli BLSE (2,53% chacune). Aucun pigeon n’a été détecté positif avec des Salmonella spp. Aucune association entre l’infestation par ces pathogènes et le phénotype des oiseaux, n’a été détectée. De plus il n’existe pas de différences de condition corporelle entre les morphes mélaniques et les morphes les plus clairs, ceci chez les deux sexes. Ces résultats démontrent que le potentiel zoonotique des pigeons de la ville de Dijon est probablement faible et l’infestation par ces pathogènes, notamment Listeria monocytogenes et Salmonella spp. serait indépendante de la coloration ou du sexe des hôtes. Ce travail ouvre comme perspectives de mieux cerner les déplacements des pigeons au sein de l’habitat urbain ou entre des localités plus éloignées afin de connaître les sources de contamination potentielles. L’étude d’autres bactéries pathogènes pouvant être détectés avec de fortes prévalence ou d’autre type de bactéries, tel que celles bactéries dégradant le plumage seraient autant de piste afin d’expliquer le maintien du polymorphisme de coloration chez le pigeon biset.

Rapport de stage Master II R SPE IPM; Master

Rapport de stage de master 1 BAP GEAPSI

Rapport de stage de Master 2 Spécialité Biologie Intégrative des Interactions Plantes, Microbes, Environnement BAP GEAPSI; Master; Climatic changes since more than a century combined with the urge for better crop yields due to a huge demographic growth and coupled with the need for a more sustainable agriculture led to a number of stresses for plants. Understanding them and their effect on growth, seed quality and seed production of plants is one of the most important agronomical issues of our time. We have chosen to study legumes because they are a major lipid and protein source, as both food and feed, and for their unique ability to absorb the atmospheric nitrogen via a symbiosis with Rhizobium bacteria, whereby they can store more protein in their seeds than other crops. They also can establish an endosymbiosis with some soil fungi which improves water and mineral absorption. Legumes are hence interesting research subjects. We worked on the legume model plant, Medicago truncatula, a diploid, autogamous organism which can produce a large number of seeds in a short period of time and is phylogenetically close to the main legume crops in Europe. We focused on the b-ZIP gene family which codes for regulatory factors controlling the plant metabolism under stress conditions and more specifically on the ATB2 gene. ATB2 expression is not yet known in M. truncatula but it is repressed by high sucrose concentrations and it activates the amino acid metabolism in Arabidopsis thaliana whereby it is a critical intermediary between the Carbon and Nitrogen metabolisms in stress conditions. Being very close to the A. thaliana gene AtATB2, MtATB2 could have the same functions. Thus, the main goals of this study were to study the spatiotemporal expression of MtATB2 during the development of the seed (through in situ Hybridization and pATB2-GUS transgenic plants), to start the functional analysis of this gene with Tnt1 insertion mutants, and to test its induction in abiotic stress conditions like water stress. Contamination problems delayed the transformation experiments, which could not be completed during my training’s timeframe. HIS experiments showed that ATB2 is expressed, in the seed, only in the seed coat and specifically in the outer layer of the Hilum area. Its expression is, throughout the development, stable and constant. MtATB2 is also overexpressed in water stress conditions, unlike AtATB2. The Tnt-mutants likely are Knock-Out mutants for ATB2 because its expression is 90-fold lower than in the wild type. In parallel, we studied the expression of possible ATB2 target genes and showed that one gene called ASN1 had an expression 90-fold lower than the wild type. Their affiliation is, thus, probable but not yet proven. Expression of the other putative target genes did not change significantly. All these results suggest that MtATB2 is an important gene for seed development, and possibly an intermediary between Carbon and Nitrogen pathways, like AtATB2. However, the way it works is probably slightly different from AtATB2.

International audience; Conservation agriculture is designed to deliver more sustainable cropping systems by preserving agricultural soils with tillage abandonment. However, knowledge on the impacts of Conservation agriculture adoption on weed infestation level and potential shifts in the composition of weed communities appears low and contradictory. We used a trait-based approach to investigate whether there are shifts in values of a set of traits within weed communities following the adoption of Direct Drilling with cover-crop (DD) which is one of the Conservation Agriculture practices. Weed surveys were conducted across a range of times since conversion to DD in 52 winter wheat fields located in north-eastern France. A three-table ordination method (RLQ analysis) was performed to relate environmental data to species traits data using weed community composition data. We found a shift in the weed community toward perennial and monocotyledon species with increasing time since conversion to DD. Weeds tended to invest more in maintaining their roots system than in seed production as time since conversion increased. Thus, weeds developing in DD systems tended to be more persistent, and this poses a challenge for management with current practices.

Rapport de Stage de Master 2 EA MERS CT3; Master

Rapport de stage de Master 1, Spécialité Sciences de l'Environnement EA EcolDur GenoSol CT?; Le projet MOSAIC vise à étudier les facteurs contrôlant la dynamique des MOS à l’échelle d’un paysage agricole dans un contexte de durabilité des systèmes culturaux. Le but du stage était d’étudier l’impact du gradient d’hydromorphie sur les communautés microbiennes des sols à l’échelle d’un versant agricole du site d’étude de MOSAIC. Les échantillons de sol étudiés sont issus de campagnes de prélèvement datant du 28 mars et du 21 mai 2013. Les analyses en laboratoire ont démontré la présence effective d’un gradient d’humidité croissant du haut vers le bas de versant ainsi que des différences dans les valeurs de respiration hétérotrophe de ces sols. Par la suite, l’étude a mis en évidence des différences de quantité d’ADN microbien des sols donc de taille des populations microbiennes des sols ainsi que des différences dans la structure génétique des communautés bactériennes et fongiques via la technique de PCR-ARISA. La zone de bas de versant, avec ses caractéristiques de sol (humidité, teneur en carbone, structure) constitue un habitat écologique spécifique.

Rapport de stage de Master 1, Spécialité Sciences de l'Environnement EA GenoSol CT?; Les sols assurent des fonctions fondamentales (alimentation, support, réservoir de diversité…) et sont de plus en plus fortement sollicités par les activités humaines, en particulier l’agriculture. Leur gestion est un enjeu majeur pour l’humanité car ces ressources ne sont pas renouvelables, et il est actuellement nécessaire de modifier nos pratiques culturales en vue d'une agriculture durable. Afin d’évaluer l’impact des pratiques agricoles il existe de nombreux bioindicateurs (macro, méso et microfaunes) dont les bioindicateurs microbiens, sensibles aux changements de modes d'usage des sols de part leurs implications dans les cycles biogéochimiques et la décomposition de la matière organique. Dans ce contexte, mon stage a consisté à déterminer l’impact de différentes pratiques agricoles sur les communautés microbiennes telluriques en termes d’abondance et de diversité. Pour cela des prélèvements ont été réalisés sur 20 parcelles d’un même site expérimental pendant quatre années. Ces parcelles présentaient 5 traitements différents de par le travail du sol mais aussi la restitution des résidus de culture et la fertilisation azotée. La biomasse microbienne ainsi que les densités bactériennes et fongiques ont été quantifiées à l’aide de techniques de biologie moléculaire. Il a ainsi été mis en évidence une tendance au développement microbien face à un travail réduit du sol, à une restitution des résidus et un apport d’azote. Tous ces éléments contribueraient donc à la fertilité des sols. En revanche, le labour nous montre une hétérogénéité des biomasses dans le temps. Ces informations pourront servir à mettre au point des systèmes innovants et participer au maintien d'une agriculture durable.

Rapport de stage de Master 1 EcolDur; Les pratiques agriculturales intensives ont conduit à un fort déclin des insectes pollinisateurs en Europe par l’utilisation abusive de pesticides, la fragmentation et la destruction des habitats naturels. Parallèlement, l’effondrement de la diversité des adventices (mauvaises herbes des cultures) observé, se traduit pour les pollinisateurs par une forte diminution de la diversité des ressources florales comme le pollen et le nectar. Le but de cette étude est d’étudier les relations existant entre la diversité fonctionnelle des pollinisateurs et celle des communautés végétales pollinisées en milieu agricole. Cette approche fonctionnelle peut permettre d’analyser et de comprendre le fonctionnement de ces communautés et les conséquences que peut avoir l’effondrement observé de la biodiversité sur les interactions plantes-pollinisateurs. Des assemblages artificiels de plantes adventices et rudérales, choisies pour leur fréquence dans les milieux agricoles et représentant 3 groupes fonctionnels divergeant dans la quantité et la qualité des ressources florales, ont été réalisés. Les pollinisateurs visitant les inflorescences fleuries des différents assemblages ont été suivis durant le mois de mai 2013, puis identifiés et classés dans des groupes fonctionnels liés à leur mode alimentaire dominant. Des fréquences de visite différentes ont été observées entre groupes fonctionnels d’insectes en fonction des espèces de plantes visitées, traduisant l’existence de préférences pour certaines fleurs. Une corrélation positive, bien que faible, a été trouvée entre le nombre d’inflorescences fleuries de Plantago lanceolata et la richesse fonctionnelle des pollinisateurs les visitant. Ces résultats tendraient à indiquer qu’une communauté végétale fonctionnellement plus diversifiée accueillerait plus de pollinisateurs représentant des groupes fonctionnels différents. La poursuite de l’étude devrait permettre de le confirmer en recouvrant davantage d’espèces de fleurs.

EA GEAPSI CT2 (EA) EJ (EA)

EA EcolDur CT1 EJ1

Rapport de stage de fin d'études de DUT, Spécialité Génie Biologique option Bio-Informatique EA GenoSol CT?; DEUG; Dans un contexte où l'agriculture doit pouvoir produire toujours plus pour faire face à la croissance mondiale tout en étant respectueuse de l'environnement, l'agroécologie apparaît comme un domaine d'étude déterminant. Dans ce domaine, la plateforme GénoSol s'est fixé comme objectif de caractériser les microorganismes des sols agricoles en utilisant les techniques de séquençage à haut-débit. Possédant son propre pipeline d'analyse, GénoSol s'est intéressé à l'ajout de bases de données d'ADNr 16S pour l'étape d'assignation taxonomique, afin d'augmenter la fiabilité des résultats obtenus. La base de données SILVA a été choisie dans le cadre de ce stage. Elle a tout d'abord été évaluée, puis nettoyée. Une base de données d'informations taxonomiques a ensuite été développée à partir de NCBI et d'EzTaxon, et a servi à améliorer la base SILVA « propre ». La comparaison entre l'ancienne et la nouvelle base confirme sa qualité et sa richesse supérieure. Enfin, les différents scripts utilisés lors du développement de la base ont été intégrés à un Workflow pour permettre une mise à jour automatique de la base SILVA. Ce Workflow permettra, à chaque nouvelle mise à jour de SILVA, d'obtenir rapidement une base de données d'ADNr 16S de qualité.

Rapport de Stage de Master 2 Sciences, Technologies et Santé (STS) SPE ECOLDUR équipe CAPA; Master; Comprendre la connectivité fonctionnelle d’un paysage pour une espèce ou un groupe d’espèces donné revient à rechercher des distances écologiques pertinentes vis-à-vis de la dispersion de ces organismes. Pour cela, la similarité dans la composition en espèce entre communautés, qui mesure leur degré de ressemblance, peut être mise en relation avec des distances écologiques entre ces communautés qui sont issues de mesures de connectivité du paysage, et qui reposent sur des hypothèses concernant les processus de dispersion. Au sujet des adventices des cultures, une hypothèse est que la prise en compte des trajets potentiels des machines agricoles et donc des routes dans le calcul de connectivité permet d’améliorer la relation entre la similarité de communautés et la distance entre points d’échantillonnage par rapport à une simple mesure de distance Euclidienne. Nos analyses ont porté sur des relevés de flore adventice effectués annuellement entre 2008 et 2012 sur de la zone agricole de Fénay. La similarité de composition entre ces relevés a été calculée, et confrontée à des mesures de connectivité du paysage (distance Euclidienne et distance via les routes). Les résultats de cette étude n’ont indiqué aucune amélioration de la relation entre la similarité de communautés et la distance entre points d’échantillonnage lorsqu’on considère la distance calculée via les routes plutôt que la distance Euclidienne. La distance a de manière générale un effet faible sur la similarité, effet qui est plus marquée dans les interfaces que les pleins champs. La similarité est apparue principalement dépendante du type de culture et, dans une moindre mesure, de l'appartenance ou non à une même exploitation.

Rapport de stage de Master 2 EA EcolDur; Master; L’objectif de cette étude était d’évaluer le degré de résistance de communautés rudérales couramment colonisées par l’Ambroisie à feuilles d’armoise lors d’un envahissement contrôlé par l’Ambroisie trifide. Trois groupes fonctionnels d’espèces rudérales (Fabacées, Poacées, autres Eudicotylédonnes) ont constitué les assemblages d’espèces testés en placettes cultivées selon un dispositif déjà en place sur le Domaine expérimental de l’INRA à Epoisses. L’évolution des individus d’Ambroisie trifide au sein des différents assemblages a été suivie par l’estimation de leur survie et par la mesure de leurs traits d’histoire de vie (hauteur, envergure, surface foliaire). Le rôle potentiel de la diversité spécifique (richesse en espèces) et fonctionnelle (richesse en groupes fonctionnels et abondance relative en marqueurs fonctionnels) des communautés végétales sur leur résistance à l’invasion par l’Ambroisie trifide a été évalué.

Rapport de stage de Master II UB MERS; Master; Candida albicans est un champignon commensal de l’homme capable d’adhérer et d’envahir la muqueuse intestinale lorsque l’équilibre entre le champignon et la flore bactérienne ainsi que les défenses immunitaires de la cellule hôte est rompu. Ainsi, il a été montré que, chez le sujet immunodéprimé, la levure peut envahir les cellules épithéliales intestinales par pénétration active pour ensuite disséminer via la circulation sanguine. La résistance de l’épithélium digestif joue donc un rôle prépondérant dans la protection contre les agents pathogènes. Ainsi, afin de mieux comprendre les étapes précoces de la dissémination de Candida à partir du tube digestif, un modèle d’étude in vitro de l’interaction de C. albicans avec les cellules épithéliales intestinales de la lignée Caco-2 a été développé dans le laboratoire. Des travaux préliminaires ont montré que l’infection à Candida conduit à une variation de la résistance électrique trans-épithéliale connue pour être corrélée à un changement d’organisation des jonctions serrées. Parmi les jonctions inter cellulaires, les jonctions serrées forment une barrière sélective régulant le passage des ions et molécules à travers l’espace para-cellulaire mais aussi celui des agents microbiens pathogènes et commensaux. Une première série de nos travaux a montré que l’invasion des cellules épithéliales digestives par C. albicans était favorisée par une altération des jonctions serrées par deux agents conduisant à leur desserrement : la patuline, une mycotoxine ou le peptide AT1002 ciblant Zot facteur impliqué dans l’engagement de la protéine ZO-1 constitutive des jonctions serrées. Parallèlement, nous avons montré une augmentation de l’expression de deux protéines constituant les jonctions serrées lors de l’infection à Candida à de forts inoculi : l’occludine par le western blotting et la localisation cellulaire de la protéine ZO-1 par observation microscopique après marquage fluorescent.

Rapport de stage de Master 1 Biologie des Organismes et des Populations (BOP) EcolDur; L’agriculture intensive s’est avérée néfaste aussi bien pour les communautés de pollinisateurs que pour les communautés adventices (mauvaises herbes des cultures), pour lesquelles un fort déclin est à présent observé. Or ces adventices constituent des ressources florales fondamentales pour l’alimentation et la survie des pollinisateurs. Cette étude a pour but d’étudier les relations existant entre la diversité spécifique des pollinisateurs et celle des communautés végétales pollinisées en milieu agricole afin de comprendre et mesurer l’impact de la perte de ces ressources pour les pollinisateurs. Des assemblages artificiels d’espèces de plantes adventices et rudérales, divergeant dans la quantité et la qualité de leurs ressources florales, ont été mis en place afin de réaliser un suivi de la pollinisation durant le mois de mai 2013, lorsque les ressources étaient encore limitées. Les communautés de pollinisateurs ont alors pu être décrites et mises en relation avec les différentes espèces florales épanouies. Hormis M. lupulina pour laquelle aucune visite n’a été observée, les visites des autres espèces fleuries des assemblages n’étaient pas significativement différentes laissant supposer le caractère généraliste des espèces pollinisatrices observées. Le nombre d’espèces d’insectes pollinisateurs, leur abondance et leur fréquence de visite étaient corrélées positivement avec le nombre d’inflorescences épanouies des quadrats. La poursuite de l’étude devrait permettre d’observer la dynamique de la communauté des pollinisateurs au cours d’une saison de floraison entière et de préciser les relations de diversité d’insectes pollinisateurs et d’adventices.

Rapport de stage de Master 2, Spécialité Biologie Intégrative des Interactions Plante Microbe Environnement SPE IPM CT non renseigné car non soutenu par INRA; Master

Un rapport de stage de Master 2 est joint à cette notice. SPE GEAPSI CT1 (vu CD); Master; Non-target-site based resistance to herbicides (NTSR) is complex, widespread, unpredictable and can confer resistance to a range of herbicides with different modes of action. Thus, it is the major threat to grass weed chemical control. NTSR to ACCase and to ALS inhibitors is widespread in France, especially among Poaceae as black-grass (Alopecurus myosuroides) and ray-grass (Lolium ssp). Variation in the expression of numerous genes is at the basis of plant response to environmental stresses. NTSR is endowed by a subset of the genes involved in herbicide stress response. Therefore, differences in gene expression between resistant and sensitive plants can be at the root of NTSR and a transcriptomics-based approach is expected to identify NTSR candidate genes. Currently, quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-qPCR) is the most accurate tool to determine differences in gene expression. Using this method, candidate genes identified by RNA sequencing in blackgrass and ray-grass sprayed with ACCase and ALS inhibitors were analysed, respectively. Expression profiles observed after RNA-sequencing and differences of expression between resistant and sensitive plants were confirmed by RT-qPCR for all genes studied. We enlarged results to other plants and populations of blackgrass and ray-grass, and noticed that the differences of expression observed in plants used for RNA-sequencing were generally not observed anymore. We concluded that no clear cut exists between the resistance and the expression of one unique gene, and that NTSR should be explained by the over-expression of several genes simultaneously.

SPE Geapsi CT3 SPE; Licence; In a context of increasing food demand and environmental awareness, it is necessary to evaluate the impact of weeds on crop performance. In this paper we focus specifically on the effects of weed communities and on the effects of two agricultural practices on crop performance: fertilisante and herbicide application. In our experiments, we measured a number of traits (height, phenological stage,…) on both wheat and weeds. We tested the effect of treatments on the traits of both wheat and weeds. Then we tested the effect of the functional structure of weeds on yield and biomass at flowering. We found that nitrogen influences parameters of wheat and herbicide influences the functional traits of weeds. Moreover different weed species according to their functional strategies have different effects on the wheat. We were able to demonstrate that for the production of wheat biomass the most problematic weed species are blooming early in the season and grow fast but they do not appear to have negative effects on yield. This suggests that competition in the early stages of wheat leads to a stress and therefore there is an increase in the allocation of seed resources. These results should be validated by field studies conducted over several years.; Dans un contexte de demande alimentaire croissante et de prise de conscience environnementale, il est nécessaire d’évaluer l’impact des adventices sur le rendement des cultures. Dans ce mémoire nous nous sommes intéressés plus précisément à l’effet des communautés adventices et de deux pratiques agricoles, la fertilisation et l’application herbicide. Au cours de notre expérimentation, nous avons mesuré différents traits (hauteur, stade phénologique,…) à la fois sur le blé et les adventices. Nous avons testé l’effet des traitements sur la productivité du blé puis sur les traits des adventices. Ensuite nous avons testé l’effet de la structuration fonctionnelle des communautés d’adventices sur deux paramètres importants du blé, le rendement et la biomasse à floraison. Nous avons pu constater deux effets significatifs : l’azote influence les paramètres du blé et l’herbicide influence les traits fonctionnels des adventices. Nous avons également pu montrer des effets distincts des différentes communautés adventices en fonction de leurs stratégies fonctionnelles. Nous avons pu mettre en avant que les espèces les plus problématiques pour la production de biomasse à floraison sont précoces et à développement rapide. En revanche pour ce qui concerne le rendement, ces espèces ne semblent pas présenter d’effets négatifs. On peut donc penser que la compétition à des stades précoces du blé entraine un stress pour la culture et donc une augmentation de l’allocation des ressources vers les graines. Ces résultats devront être validés par des études terrains sur plusieurs années.

Rapport de stage de Master 2 Sciences, Technologies, Santé (STS) EA MERS CT3 EJ3; Master

www.opaline-dijon.fr/ ; Equipe de recherche OPALINE : Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (R. Bouhalassa, C. Chabanet, S. Crevoisier, F. Durey, V. Feyen, S. Issanchou, S. Jacob, C. Lange, C. Laval, S. Monnery Patris, S. Nicklaus, C. Pédron, J. Piérard, P. Schlich, B. Schaal, C. Schwartz, E. Szleper, M. Visali) + Faculté de Médecine de Dijon - Université de Bourgogne (V. Boggio) + Université de Paris X (N. Rigal) + Centre d'études de Physiologie Appliquée (L. Marlier) + Unité de sociologie rurale (C. Wisner-Bourgeois) + Unité de Neurobiologie de l'olfaction et de le prise alimentaire (M. Taouis, D. Gripois)

Rapport de stage de Master 2 Science Technologie Santé (STS) - Expertise et Traitement en Environnement (ETE), Spécialité Biologie des Organismes et des Populations EA GEAPSI CT2 EA EJ1 EA; Master

http://prodinra.inra.fr/record/270428 SPE IPM CT2 (vu AB); Master; Au sein de l’espèce Fusarium oxysporum, champignon tellurique, il existe des souches pathogènes et des souches non pathogènes. Parmi les espèces phytopathogènes, il existe 120 formes spéciales, chacune caractéristique de l’espèce qu’elles infectent. La forme spéciale melonis colonise les racines du melon et s’installe dans le système vasculaire provoquant un jaunissement et un flétrissement des parties aériennes. Ces dix dernières années, malgré l’utilisation de variétés partiellement résistantes, on assiste à une augmentation de l’incidence et de la gravité de la fusariose du melon, les souches isolées étant de plus en plus agressives. Le sujet de cette étude pose le problème de l’érosion de la résistance polygénique. Nous nous proposons de vérifier si la rhizosphère favorise la multiplication et l’émergence des souches agressives de Fusarium oxysporum f. sp. melonis (race 1-2). Pour éprouver cette hypothèse, la dynamique de population de deux souches pathogènes et d’une souche non pathogène est suivie, par la technique de suspensiondilution, dans un sol nu et dans la rhizosphère de deux variétés de melon. Les deux souches pathogènes choisies ont un niveau d’agressivité différent, une des deux souches, récemment isolée, étant plus agressive. Les deux variétés de melon ont un niveau de résistance différent à la race 1-2 (sensible ou partiellement résistante). La colonisation des racines des plantes sensibles et partiellement résistantes est également quantifiée par PCR quantitative. De nombreuses difficultés ont été rencontrées pour quantifier les trois souches dans la rhizosphère des plantes et les résultats obtenus ne permettent pas de confirmer ou d’infirmer l’hypothèse. Des optimisations du protocole sont proposées mais les limites de la technique de suspensions dilutions sont soulignées. Le développement d’un outil moléculaire (SCAR) permettrait de palier les difficultés rencontrées et de quantifier précisément le développement des souches.

National audience

Rapport de Stage de Master 2 EA MERS CT3; Master; Zoonotic diseases such as bovine tuberculosis that infect livestock and wildlife are particularly difficult to eradicate, especially in agricultural areas where wildlife may be present on the same areas as livestock. This is particularly the case in relation badger / cattle where the precise route of transmission of bovine tuberculosis remains unclear. Two major themes were proposed: direct transmission and indirect transmission. This is a particular problem in Côte d'Or (France), where this study sought to understand the spatio-temporal aspects of interactions between badgers and cattle which can lead to the risk of transmission of bovine tuberculosis via the environment. For this, the study determined home ranges, habitat use and contact rate of badger / cattle by capturing and collaring eight badgers. This study provides some elements on attendance of badgers on pastures and buildings in relation to their geographical location. The habitat composition has a significant influence on the distribution of the badger. To better understand the transmission of bovine tuberculosis badger / cattle, these results should be coupled with those on the density of badgers, the rate of infection and persistence of M. bovis in the environment.; Les maladies zoonotiques comme la tuberculose bovine qui infectent le bétail et la faune sauvage sont particulièrement difficile à éradiquer, spécialement dans les zones agricoles où la faune sauvage peut être présente sur les mêmes zones que le bétail. C’est le cas notamment dans la relation blaireau/bétail où la voie précise de transmission de la tuberculose bovine reste floue. Deux grands axes ont été proposés : une transmission directe et une transmission indirecte. Ce problème se pose notamment en Côte d’Or (France), où cette étude a tenté de comprendre les aspects spatio-temporels des interactions entre blaireaux et bovins pouvant conduire au risque de transmission de la tuberculose bovine via l’environnement. Pour cela, l’étude a déterminé les domaines vitaux, l’utilisation de l’habitat et le taux de contact blaireau/bovin par la capture et la pose de colliers GPS sur huit blaireaux. L’étude a permis d’apporter certains éléments sur la fréquentation des blaireaux sur les pâtures et les bâtiments par rapport à leur situation géographique. La composition de l'habitat exerce une influence considérable sur la distribution du blaireau. Afin de mieux comprendre la transmission de la tuberculose bovine blaireau/bétail, ces résultats doivent alors être couplés à ceux sur la densité des blaireaux, le taux d’infection et la persistance de M.bovis dans l’environnement.

SPE IPM CT non renseigné car non soutenu par INRA; Master

Rapport de stage de Master 2 Recherche en Biochimie Biologie Cellulaire et Moléculaire (BBCM) SPE IPM CT non renseigné car non soutenu par INRA; Master

Rapport de Stage de Master 2 EA MERS CT3; Master

Rapport de stage Master 1 Sciences, Technologies, Vie, Terre et Santé. Spécialité Biologie Cellulaire et Physiologie BAP GEAPSI CT2