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En 1965 WILLI HENNIG publie un court article, intitulé Phylogenetic systematics en forme d'introduction à son livre portant le même titre, issu l'année suivante. A partir de 1965 également, à la suite d'ERNST MAYR et de ROBERT SOKAL la systématique phylogénétique est appelée « cladistique » et ses schémas « cladogrammes », mettant ainsi l'accent sur le coeur de la méthode : la séquence des branchements et la notion de clade. La jeune génération de systématiciens américains s'empare de l'oeuvre de HENNIG dans les années 70 et est à l'origine de la « révolution cladistique ». Une nouvelle lecture de L'Origine des espèces de DARWIN à la lumière des développements de la phylogénétique contemporaine permet de rappeler que le fondement de la cladistique-le groupe monophylétique ou clade-est tout entier décrit par DARWIN avec sa notion de « communauté de descendance ». On tente d'explorer les raisons pour lesquelles HENNIG et ses partisans, tout comme ses opposants de l'époque qui se réclament de DARWIN, n'enracinent pas l'explication de la filiation dans ce concept central.

International audience; I-Principe de l'analyse à trois éléments. L'analyse à trois éléments ("three-taxon analysis" ou "three-item analysis" en anglais, abrégée 3ia dans ce qui suit) est une méthode phylogénétique qui s'applique aux taxons et aux aires biogéographiques. Elle se justifie par l'interprétation suivante des principes de base de la théorie cladistique :  La 3ia est conçue comme une méthode d'argumentation des relations de parenté entre taxons. Elle permet de contrôler de façon pertinente les idées de parenté émises par un systématicien et s'exempte de celles qui seraient seulement proposées par l'application d'un algorithme.  Les caractères sont considérés comme des arguments en faveur d'une hypothèse phylogénétique. Ils ne sont pas de simples données ou de simples observations : ce sont des hypothèses d'homologie formellement structurées, c'est-à-dire des hypothèses sur l'identité due à la parenté.  Le but de l'analyse 3ia est de contrôler si l'hypothèse phylogénétique proposée par le systématicien peut être argumentée à partir des hypothèses d'homologie explicitées sur chacun des caractères. L'analyse à trois éléments représente donc une forme originale de penser et de pratiquer la phylogénétique et la biogéographie. Les caractères sont considérés comme des arguments phylogénétiques (Hennig 1966 : 90) que le systématicien fournit pour défendre une hypothèse phylogénétique. Les caractères dérivent directement d'hypothèses d'homologie, la notion d'homologie utilisée ici se rapprochant de celle donnée par Richard Owen (1843 : 373). Ce dernier ne définit pas l'homologie mais un homologue. Un homologue constitue un même organe chez différents organismes, sous toute la diversité de ses formes et de ses fonctions. Peut-on dire que le bras chez l'humain est la même chose que la patte antérieure d'un chien ? Il est difficile de répondre par l'affirmative tout autant que par la négative. En revanche, dire que ces structures sont en même temps la même tout en étant différentes est plus satisfaisant. L'assertion prend du sens lorsqu'on affirme que le bras humain ressemble davantage à une patte avant de chien qu'à une aile de pigeon, c'est-à-dire lorsque l'on introduit un troisième terme. Les homologues représentent donc des classes d'équivalence de parties d'organismes qui établissent des relations d'identité relative à d'autres classes d'équivalence (Prin 2016 : 432). Ainsi, l'ensemble « bras humain » et l'ensemble « pattes antérieures de chien » peuvent être réunis dans une classe d'équivalence plus inclusive, un nouvel homologue qui exclut l'ensemble « aile de pigeon ». Les trois membres (de l'homme, du chien et du pigeon) sont à leur tour réunis dans une nouvelle classe de degré d'équivalence, celle des membres antérieurs de tétrapodes (figure 1). FIGURE 1. Hypothèse d'homologie sous forme de classes de degré d'équivalence du membre antérieur de tétrapodes.

International audience; Les arbres évolutifs, ou phylogénies, racontent une histoire, l’histoire des êtres vivants, de leur morphologie et de leurs gènes, mais aussi, l’histoire des langues, des textes, des faits culturels ou même des idées. Ces arbres sont avant tout des hypothèses sur les liens de parentés qui exigent réflexions à la fois sur les faits et sur les méthodes. Ce livre définit les concepts fondamentaux de la reconstruction phylogénétique. Il explique la nature et la diversité des approches pratiquées depuis leurs balbutiements au XIXe siècle jusqu’à nos jours. Il insiste, de manière pédagogique et aussi objectivement que possible, sur leurs performances et leurs limites, en fonction de la nature des données étudiées.Cet ouvrage constitue une version largement augmentée de La Reconstruction phylogénétique. Concepts et méthodes publié en 1993 dans la collection « Biologique théorique » des éditions Masson. Il tient donc compte des méthodes et débats qui ont marqué l’évolution rapide de la discipline ces vingt-cinq dernières années.Il s’adresse aux étudiants des 1er, 2e et 3e cycles et aux chercheurs non spécialistes de phylogénie mais désireux de connaître l’état actuel de la question.

To think out-of-the-box, we applied an analysis methodology used for biological evolution (i.e. the phylogenetic approach) with the aim to highlight some innovative ways to revisit the current Aircraft configuration in terms of design solutions, architectures, We developed a Proof of Concept on a sample of 63 types of Aircraft with an analysis of 105 external characters : these inputs and the coding of the criteria have been used with a heuristic analysis and with calculation of robustness index. The resulting cladogram allowed us to successfully re-build the phylogenetic tree of such sample of Aircraft.

Tassy, Pascal (2016): Proboscidea. Geodiversitas 38 (2): 261-271, DOI: 10.5252/g2016n2a7, URL: http://dx.doi.org/10.5252/g2016n2a7

International audience; Paris, 1804. Au Muséum national d'Histoire naturelle, un homme est content : entre ses mains, il a une molaire, une grosse molaire. Cet homme, c'est Georges Cuvier, monument de l'histoire naturelle en France, l'un des premiers qui a su faire parler les fossiles. La molaire, c'est celle d'un mastodonte... parent lointain et spectaculaire de l'éléphant qui vécut il y a quinze millions d'années, dans ce qui est aujourd'hui le Gers, où la dent a été trouvée. Il faudra cent ans d'enquête pour que la reconstitution de l'animal à qui appartenait la dent soit menée à bien et réponde, juste à temps, au rendez-vous de l'exposition universelle de 1900 à Paris. Et à cette époque où rares étaient ceux qui avaient vu un grand squelette de dinosaure, le mastodonte reconstitué est une star... Cent ans seront encore nécessaires pour déterminer qui est vraiment ce mastodonte. Pour ce faire, personnages de premier et de second plans vont rivaliser d'astuces, de ténacité, d'ambition, d'agressivité aussi, tout en donnant peu à peu au Muséum le visage qui est aujourd'hui le sien. C'est cette enquête passionnante de près de deux siècles que cet ouvrage richement illustré vous propose de découvrir...

Tassy, Pascal (2014): L'odontologie de Gomphotherium angustidens (Cuvier, 1817) (Proboscidea, Mammalia): données issues du gisement d'En Péjouan (Miocène moyen du Gers, France). Geodiversitas 36 (1): 35-115, DOI: 10.5252/g2014n1a2, URL: http://dx.doi.org/10.5252/g2014n1a2

Tassy, Pascal (2013): L'anatomie cranio-mandibulaire de Gomphotherium angustidens (Cuvier, 1817) (Proboscidea, Mammalia): données issues du gisement d'En Péjouan (Miocène moyen du Gers, France). Geodiversitas 35 (2): 377-445, DOI: 10.5252/g2013n2a6, URL: http://dx.doi.org/10.5252/g2013n2a6

Tassy, Pascal (2009): Mammuthus (Mammalia, Proboscidea) à la croisée de la Beringia, avec une digression sur les mammifères. Geodiversitas 31 (4): 993-1005, DOI: 10.5252/g2009n4a993, URL: http://www.bioone.org/doi/abs/10.5252/g2009n4a993

Middle Miocene chalicotheriine remains from France have played an important part in the palaeontological history of chalicotheres. For example, both the first known skull and first complete individual come from Sansan (MN 6, Gers, France). Nevertheless, these remains have never been described in detail until now. Firstly, cranial remains of Anisodon grande from Sansan are described. A review of nomenclatural problems supports Anisodon Lartet, 1851 as the appropriate genus name for this species and a new lectotype is designated. Secondly, the description of new remains of Chalicotherium goldfussi from Saint-Gaudens (MN 8, Haute-Garonne, France) considerably increases knowledge of this taxon. Thirdly, a skull from La Grive Saint-Alban (MN 7–8, Isere, France) is reassessed. A new cladistic analysis of the Chalicotheriinae is proposed incorporating these new data. This analysis, including 12 taxa and 51 cranio-mandibular and dental characters, supports the division of Middle and Late Miocene chalicotheriines into two clades. A novel pattern of relationships is proposed and the systematics is revised. However, chalicotheriine relationships remain labile because of the need for both a revision of pre-Middle Miocene taxa and the addition of postcranial data. © 2007 The Natural History Museum, London. Journal compilation © 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 151, 577–608.

Tassy, Pascal (2005): Proboscideans (Mammalia) from the late Miocene of Akkaşdağı, Turkey. Geodiversitas 27 (4): 707-714, DOI: http://doi.org/10.5281/zenodo.4665333, {"references":["BERNOR R. L., SOLOUNIAS N., SWISHER III C. C. F VAN COUVERING J. A. 1996. - The correlation of three classical \"Pikermian\" mammal faunas - Maragheh, Samos, and Pikermi - with the European MN unit system, in BERNOR R. L., FAHLBUSCH V. F MITTMANN H.-W. (eds), The Evolution of Western Eurasian Neogene Mammal Faunas. Columbia University Press, New York: 137-154.","GAUDRY A. 1862. - Animaux fossiles et geologie de l'Attique. Savy, Paris, 474 p. (1867: atlas).","GAUDRY A. F LARTET E. 1856. - Resu ltats des recherches paleontologiques entreprises dans l'Attique sous les auspices de l'Academie. Comptes Rendus de l'Academie des Sciences, Paris 43: 271-274.","GAZIRY A. W. 1976. - Jungtertiare Mastodonten aus Anatolien (Turkei). Geologisches Jahrbuch 22: 3-145.","KARADENIZLI L., SEYITOG LU G., SEN S., ARNAUD N., KAZANCi N., SARAC G. F ALCICEK C. 2005. - Mammal bearing late Miocene tuffs of the Akkasdagwi region; distribution, age, petrographical and geochemical characteristics, in SEN S. (ed.), Geology, mammals and environments at Akkasdagwi, late Miocene of Central Anatolia. Geodiversitas 27 (4): 553-566 (this volume).","KAZANCi N., KARADENIZLI L., SEYITOG LU G., SEN S., ALCICEK M. C., VAROL B., SARAC G. F HAKYEMEZ Y. 2005. - Stratigraphy and sedimentology of Neogene mammal bearing deposits in the Akkasdagw i area, Turkey, in SEN S. (ed.), Geology, mammals and environments at Akkasdagwi, late Miocene of Central Anatolia. Geodiversitas 27 (4): 527-551 (this volume).","SCHLESINGER G. 1917. - Die Mastodonten des K. K. naturhistorischen Hofmuseums. Denkschriften des k. k. naturhistorischen Hofmuseums. Geologisch- Palaontologische Reihe 1: 1-230.","SCHLESINGER G. 1922. - Die Mastodonten der Budapester Sammlungen. Geologica Hungarica, Editio Separata 2: 1-284.","SEYITOG LU G., KARADENIZLI L., KAZANCi N. F SEN S. 2005. - The position of Akkasdagwi mammal locality in the neo-tectonic framework of Cankiri basin, Turkey, in SEN S. (ed.), Geology, mammals and environments at Akkasdagw i, late Miocene of Central Anatolia. Geodiversitas 27 (4): 519-525 (this volume).","TASSY P. 1985. - La place des mastodontes miocenes de l'Ancien Monde dans la phylogenie des Mammalia : hypotheses et conjectures. These de Doctorat es Sciences, Memoires des Sciences de la Terre, Universite Pierre et Marie Curie, Paris, France 85-34, xii + 862 p.","TASSY P. 1994. - Les gisements de mammiferes du Miocene superieur de Kemiklitepe, Turquie : 7. Proboscidea (Mammalia). Bulletin du Museum national d'Histoire naturelle, 4e ser., s ection C, 16 (1): 143-157.","TASSY P. 1999. - Miocene elephantids (Mammalia) from the Emirates of Abu Dhabi, United Arab Emirates: palaeobiogeographic implications, in WHYBROW P. J. F HILL A. (eds), Fossil Vertebrates of Arabia. Yale University Press, New Haven; London: 209-233.","TOBIEN H. 1978. - On the evolution of Mastodonts (Proboscidea, Mammalia). Part 2: the bunodont tetralophodont groups. Geologisches Jahrbuch Hessen 106: 159-208.","VACEK M. 1877. - Uber Osterreichische Mastodonten und ihre Beziehungen zu den Mastodonarten Europas. Abhandlungen der k. k. geologischen Reichsanstalt 7: 1-45.","WAGNER A. 1857. - Neue Beitrage zur Kenntnis der fossilen Saugerthier-Ueberreste von Pikermi. Abhandlungen der koniglich bayerischen Akademie der Wissenschafen, II. Classe, 8: 109-158."]}

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