Analyse à trois éléments (3ia)

International audience; I-Principe de l'analyse à trois éléments. L'analyse à trois éléments ("three-taxon analysis" ou "three-item analysis" en anglais, abrégée 3ia dans ce qui suit) est une méthode phylogénétique qui s'applique aux taxons et aux aires biogéographiques. Elle se justifie par l'interprétation suivante des principes de base de la théorie cladistique :  La 3ia est conçue comme une méthode d'argumentation des relations de parenté entre taxons. Elle permet de contrôler de façon pertinente les idées de parenté émises par un systématicien et s'exempte de celles qui seraient seulement proposées par l'application d'un algorithme.  Les caractères sont considérés comme des arguments en faveur d'une hypothèse phylogénétique. Ils ne sont pas de simples données ou de simples observations : ce sont des hypothèses d'homologie formellement structurées, c'est-à-dire des hypothèses sur l'identité due à la parenté.  Le but de l'analyse 3ia est de contrôler si l'hypothèse phylogénétique proposée par le systématicien peut être argumentée à partir des hypothèses d'homologie explicitées sur chacun des caractères. L'analyse à trois éléments représente donc une forme originale de penser et de pratiquer la phylogénétique et la biogéographie. Les caractères sont considérés comme des arguments phylogénétiques (Hennig 1966 : 90) que le systématicien fournit pour défendre une hypothèse phylogénétique. Les caractères dérivent directement d'hypothèses d'homologie, la notion d'homologie utilisée ici se rapprochant de celle donnée par Richard Owen (1843 : 373). Ce dernier ne définit pas l'homologie mais un homologue. Un homologue constitue un même organe chez différents organismes, sous toute la diversité de ses formes et de ses fonctions. Peut-on dire que le bras chez l'humain est la même chose que la patte antérieure d'un chien ? Il est difficile de répondre par l'affirmative tout autant que par la négative. En revanche, dire que ces structures sont en même temps la même tout en étant différentes est plus satisfaisant. L'assertion prend du sens lorsqu'on affirme que le bras humain ressemble davantage à une patte avant de chien qu'à une aile de pigeon, c'est-à-dire lorsque l'on introduit un troisième terme. Les homologues représentent donc des classes d'équivalence de parties d'organismes qui établissent des relations d'identité relative à d'autres classes d'équivalence (Prin 2016 : 432). Ainsi, l'ensemble « bras humain » et l'ensemble « pattes antérieures de chien » peuvent être réunis dans une classe d'équivalence plus inclusive, un nouvel homologue qui exclut l'ensemble « aile de pigeon ». Les trois membres (de l'homme, du chien et du pigeon) sont à leur tour réunis dans une nouvelle classe de degré d'équivalence, celle des membres antérieurs de tétrapodes (figure 1). FIGURE 1. Hypothèse d'homologie sous forme de classes de degré d'équivalence du membre antérieur de tétrapodes.