Search

Cotton varieties with white fibers have been using in textile industry after treating with many processes such as bleaching and dyeing. Synthetic chemical dyes are the most effective factors on the cost and also dangerous for the environment and the human health. For this reason, the researchers have started working on naturally pigmented cotton germplasm. This study aims to show the potential of both organically grown and naturally colored cotton fibers in relation to clothes, furniture and home decoration in the concept of “from field to final product” with contributions of plant biotechnology, Beyaz lifli pamuk çeşitleri beyazlatma ve boyama gibi çok prosesli muamelelerden sonra tekstil endüstrisinde kullanılmaktadırlar. Sentetik kimyasal boyalar maliyet üzerine en etkili faktör olmalarının yanısıra, çevre ve insan sağlığı için de tehlikelidirler. Bu nedenle araştırmacılar doğal pigmentli pamuk germplazmı üzerinde çalışmaya başlamışlardır. Bu çalışmada, bitki biyoteknolojisinin de katkılarıyla “tarladan ürüne” konsepti içinde hem organik yetiştirilen, hem de doğal renklere sahip pamuk liflerinin, giysi, mobilya ve ev dekorasyonları alanlarındaki kullanım potansiyellerinin ortaya konması hedeflenmiştir

Beyaz lifli pamuk çeşitleri beyazlatma ve boyama gibi çok prosesli muamelelerden sonra tekstil endüstrisinde kullanılmaktadırlar. Sentetik kimyasal boyalar maliyet üzerine en etkili faktör olmalarının yanısıra, çevre ve insan sağlığı için de tehlikelidirler. Bu nedenle araştırmacılar doğal pigmentli pamuk germplazmı üzerinde çalışmaya başlamışlardır. Bu çalışmada, bitki biyoteknolojisinin de katkılarıyla "tarladan ürüne" konsepti içinde hem organik yetiştirilen, hem de doğal renklere sahip pamuk liflerinin, giysi, mobilya ve ev dekorasyonları alanlarındaki kullanım potansiyellerinin ortaya konması hedeflenmiştir. Cotton varieties with white fibers have been using in textile industry after treating with many processes such as bleaching and dyeing. Synthetic chemical dyes are the most effective factors on the cost and also dangerous for the environment and the human health. For this reason, the researchers have started working on naturally pigmented cotton germplasm. This study aims to show the potential of both organically grown and naturally colored cotton fibers in relation to clothes, furniture and home decoration in the concept of "from field to final product" with contributions of plant biotechnology.

Two lentil ( Lens culinaris medic. ) populations, one of them were of large-seeded genotypes and other one were small-seeded genotypes, were tested at one location in 1990 and at two locations in the years of 1991 and 1992 and some stability statistics were estimated for grain yield. The relationship between yield and stability were studied in both populations using the simple correlations among mean yields and six stability parameters. The significant correlations between mean yield and stability statistics (b, r2, s2d, W2, s2) except S2 occurred in large-seeded genotypes, while all stability parameters were not significantly correlated with mean yield in small-seeded genotypes. Correlations between regression coefficient (b) and variance across enviroments (S2) were positive and significant in both populations. It was determined that two parameters, between which highest correlations (1.000** and 0.999**) were obtained, ecovalance (W2) and stability variance (s2) rank genotypes identically for stability. Results from stability and correlation analyses suggested that high yield potential was related with instability in large - seeded genotypes, whereas the possibilities to idendify the desirable genotypes for high yield and stability could be more within small - seeded ones because of no meaningful relationship between mean yield and stability.

47 6- ÖZET 1990-1991 sezonunda Bornova ekolojik koşullarında farklı sıra arası mesafelerinin (20, 30 cm) ve bitki sıklığının (200, 300, 400 bit./ro2) mercimeğin büyümesi, verim komponentleri ve verimi üzerine etkileri araştırılmıştır. Deneme basit faktöriyel tesadüf blokları deneme desenine göre üç tekerrürlü olarak düzenlenmiştir. Denemede ICARDA'dan temin edilmiş Lübnan orijinli Lens cul i nar i s ssp. m i er osperma (küçük daneli) bir mercimek hattı kullanılmıştır. Büyüme için, 5 farklı dönemde örnekler alınmış ve bitkide yandal sayısı, bitki boyu ile kök ve toprak üstü aksam ağırlığının vejetasyon dönemi boyunca sıra arası mesafeye ve farklı sıklıklara göre değişim seyri grafize edilmiştir. Buna göre mercimeğin büyümesi önce çok yavaş seyretmiş, sonra hızlı büyüme periyoduna girmiş ve vejetasyon dönemi sonunda çok az bir kuru madde azalışı gözlenmiştir. Olgunlukta bitki boyu, yandal sayısı, toprak üstü ve altı kuru ağırlık, sap verimi, dane verimi, bin dane ağırlığı, bitkide bakla sayısı, baklada dane sayısı, saptanmış ve sıklığın bitki boyuna etkisinin olmadığı, sıra arası mesafesi ve M2'de bitki sayısı arttıkça yandal sayısının azaldığı tespit edilmiştir. Yine bitki sıklığı arttıkça toprak üstü aksam ve kök kuru madde ağırlığı azalırken birim alandaki toprak üstü aksam ve kök kuru madde ağırlığı sıklık arttıkça artış göstermiştir. Bitkide bakla sayısı ise sıklık arttıkça azalma gösterirken baklada dane sayısı ise M2'de 300 bitki sıklığında en yüksek olmuştur. Bin dane ağırlığı deneme faktörlerinden etkilenmemiştir. En yüksek verim 20 cm sıra arası mesafesinde ve 400 bit./M2 sıklığında 120.8 kg/da olarak elde edilmiştir, ölen bitki sayısı M2'de bitki sayısından etkilenmiş, sıklğın artmasıyla ölen bitki sayısı da artış göstermiştir.En çok ölen bitki sayısı 30 cm sıra arası mesafesinde ve 400 bitki sıklığında 62 adet/m2 olarak saptanmıştır. 48 SUMMARY The effects of different row spacings ( 20, 30 cm) and plant densities (200, 300, 400 plants/m2) on lentil growth, yield and yield components were investigated in Bornova ecological conditions in 1990-1991 season. The trial was conducted in the complete ran domized block design (two factors) with three replications. Five plants were taken from each parcel at the different five growth stage for the determination of the number of branches, plant height and the dry weight of root and stem per plant. From these datas grafics were drawn to show the variation of these charac teristics throughout the vegatation period. Firstly the lentils grew very slowly, then they had rapid growth period. At the end of the vegatation a little decrease was observed in the dry matter weigth of root and stem. The plant heigth, number of braches, dry weigth of the root and stem, seed and stem yield, T.G.W., number of pods per plant, number of seeds/pod were determined in mature plants. The plant density had no effect on the plant heigth. As the distance between the rows and the number of plants/m2 increased, number of branches were decreased. When the pod number per plant was increased with the increasing plant density, seed number per pod was the highest at the plant density 300 plant/m2. The T.G.W. wasn't significant affected from the experimental factors. The highest seed yield was obtained from the combination of 20 cm distance between the rows and plant density of 400 plan/m2. During the vegatation period number of dead plants were affected from the plant density. The number of dead plants were increased with the increasing plant densities. 51

Gelişmiş prostat kanseri başlangıçta androgen baskılayıcı terapiye (ADT) yanıt verse de, bu tedavi agresif ve genellikle iyileştirilemeyen durumla sonuçlanmakta ve hastalığın invazif ve metastatik kastralasyon dirençli prostat kanserlerin gelişmesi yönündeki (mCRPCs) progresyonunun halen karşısı alınamamaktadır. Mevcut tedaviler genellikle neoplastik, hızlı büyüyen kanser hücrelerini hedeflemekte, oysa tedavinin daha etkili ve başarılı olabilmesi için kanser hücre populyasyonu içerisinde az sayda hücreden oluşan kanser kök hücrelerinin (KKH) hedeflenmesi gerekmektedir. KKH, geleneksel tedavilere dirençten, invazyondan ve hatta metastazdan sorumlu tutulan, tümör yapısı içinde çok az sayıda hücreden oluşan, kök hücre gibi sonsuz sayıda bölünebilen ve sessiz kalabilen hücre gurubudur. KKH’de SHH, Wnt, Notch ve BMP yolakları gibi çok yönlü sinyal yolaklarının düzenlenmesindeki bozukluklar kanser oluşumu ve yayılması ile ilişkili bulunmaktadır. SHH sinyali prostat bazal/kök hücrelerin prostat KKH’e transformasyonunda yer alarak KKH devamlılığı, sağ kalımını düzenlemektedir. Sağlıklı dokularda megalin/LRP2, SHH reseptörü işlevi yaparak SHH yolağını duruma-bağlı olarak uyaran veya baskılayan bir endositik reseptördür. KKH’de SHH yolak inhibisyonu için megalinin bir biyolojik belirtec olasılığını saptanması KKH’ni yok etmek, dolayısı ile ilaça direnci azaltmak, olası invazyon ve metastazı önlemek için ümit verici tedavi hedefi sunmaktadır. Ancak megalin ekspresyon ve işlevini etkileyen prostat KKH’ ne özgü genetik ve epigenetik faktörlerin daha detaylı incelenmesi, megalin-aracılıklı SHH yolak düzenlenme mekanizmasına yönelik yeni fonksiyonel çalışmaların yapılması, elde edilen verilerin prostat kanser hasta klinik verileri ile karşılaştırılması gerekmektedir. Bunun ynı sıra prostat KKH’de SHH yolağı ve Wnt, Notch ve BMP, TGFß yolakları gibi çok diğer yolaklar arasındaki karşılıklı etkileşim araştırılmalıdır., Although advanced prostate cancer initially responds to androgen deprivation therapy (ADT), this initially effective treatment results in an aggressive and often unhealthy condition, and the disease progression to invasive and metastatic curettage-resistant prostate cancer development (mCRPCs) is not yet reversible. Current therapies generally target neoplastic, rapidly growing cancer cells, but in order to be more effective and successful, need to target cancer stem cells (CSC) that consist of few cells within cancer cell populations. CSCs is a group of cells consisting of very few cells in the tumor structure that are resistant to conventional treatments, invasive and even metastatic and ability proliferation endless by itself and keeping silent such as stem cell. The deregulation of the multiple signaling pathways in the stem cells including the Hh, Wnt, Notch and BMP pathways have been related with the formation and expansion of cancer. SHH signaling plays role in transformation of prostate basal ⁄ stem cells into prostate cancer stem cells (PCSCs) and regulates maintance and survival of cancer stem cells. Megalin/LRP2 is the endosytic reseptor that acts as reseptor of SHH and stimulates or suppresses of SHH pathway in contex-depedent–manner in the healthy tissues. To determined megalin role as biologic marker for inhibition of SHH pathway in CSC will provide promising therapeutic target to eliminate CSC, prevent metastasis and invasion and decrease drug resistance. However, more detailed examination of genetic and epigenetic factors that affect megalin expression and function, spesific for prostate CSC and new functional studies fort he megalin-mediated regulation of SHH pathway should be done and the obtained data should be compared with clinical data of prostate cancer patients. In addition, prostate interactions between SHH pathway and and other pathways such as Wnt, Notch and BMP, TGFß pathways should be investigated in prostate CSC.

Zeytin bitkisinin ıslahında meyve, çekirdek ve zeytinyağı ile ilişkili fenotipik özellikler, temel ıslah seleksiyon kriterleri arasında en önemli faktörlerdendir. Moleküler genetik tekniklerinin gelişmesi ile ortaya çıkan ilişki haritalama sayesinde haritalama populasyonlarının geliştirilmesi gibi uzun zaman alan işlemlere gerek kalmadan, yüksek genetik çeşitliliğe sahip doğal populasyonlarda fenotip ve genotip arasında bağlantı kurularak, fenotip ile ilişkili DNA markörleri belirlenebilmektedir. Bu tez çalışması kapsamında Ulusal Zeytin Koleksiyonunda koruma altına alınan 96 zeytin genotipi kullanılarak zeytin bitkisinde, uzun yıllar gerektiren ve maliyeti yüksek olan haritalama populasyonu geliştirmek yerine varolan ve yüksek oranda genetik varyasyon içeren doğal zeytin populasyonunda önemli bazı agronomik özellikler ile ilişkili DNA markörleri ilişki haritalama tekniği uygulanarak belirlenmiştir. Bu amaçla 96 zeytin genotipinde 9 tane fenotipik özellik için AFLP, SSR, SNP markörleri kullanılarak ve 94 zeytin genotipinde 14 tane fenotipik özellik için GBS markörleri kullanılarak markör çiftleri arasındaki bağlantı dengesizliği analiz edilmiş, zeytin genotiplerinin populasyon yapısı belirlenmiş ve farklı istatistiksel yaklaşımlar kullanılarak ilişki haritalama yapılmıştır. AFLP, SSR ve SNP markörleri ile yapılan ilişki haritalama sonucunda en iyi sonucu veren MLM (K+Q) modeli kullanıldığında toplamda meyve ağırlığı, meyve şekli, çekirdek ağırlığı ve çekirdek şekli ile ilişkili 11 markör elde edilmiştir. GBS markörleri ile yapılan ilişki haritalaması sonucunda ise en iyi sonucu veren GLM (PCs) modeli kullanıldığında lentisel varlığı ile ilişkili 7 markör, meme oluşumu ile ilişkili 20 markör belirlenmiştir. Tez çalışmasında elde edilen sonuçlar ilişki haritalamanın, haritalama populasyonu geliştirmeden varolan zeytin genotiplerinde markör-özellik ilişkisini belirlemede etkili bir yöntem olduğunu göstermiştir., In olive breeding, the phenotypic traits associated with the fruit, endocarp and oil are the key factors that determine productivity among the main breeding selection criteria. Association mapping is an efficient method for dissecting the associations between phenotypic variation and gene polymorphisms in existing germplasms, without the development of mapping populations. In the current study, a total of 96 olive genotypes, including both oil and table olive genotypes from Turkish Olive GenBank Resources, were used to examine marker-trait associations. Nine yield-related traits of these olive genotypes were recorded during the years of 2011-2012 and 2013-2014. For olive genotyping, AFLP, SSR and SNP markers data of 96 olive genotypes and GBS marker data of 94 olive genotypes were used to perform association mapping for yield-related traits. The linkage disequilibrium of pair-wise loci was analyzed, followed by association analysis between AFLP, SSR, SNP markers and nine yield related traits and also between GBS markers and 14 yield-related traits. Different approaches were used to control for false-positive results in association tests and compared for their capacity to fit the data. Using AFLP, SSR and SNP markers, eleven significant associations were obtained for fruit weight, fruit shape, stone weight and stone shape when the MLM (Q+K) model was used. Using the GBS markers, seven significant associations were obtained for presence of lenticels while twenty significant associations were obtained for fruit nipple when the GLM (PCs) model was used. Our results suggested that association mapping can be an effective approach for identifying marker-trait associations in olive genotypes, without the development of mapping populations.

Alport sendromu, tip IV kollajen yapımında bozuklukla seyreden çocukluk çağında hematüri ile ortaya çıkan genetik bir hastalıktır. COL4A4 genini etkileyen mutasyonlar otozomal resesif, otozomal dominant olarak Alport sendromuna neden olurlar. Mutasyonun tipi, hastalığın seyrini ve prognozunu etkiler.Sağlıklı bireylerden ve Alport kliniği gösteren hematurili hastalardan alınan genomik DNA örnekleri DNA sekans yöntemi ile çalışılarak nükleotid yapısı karşılaştırılmıştır. Tüm gen analizi ile COL4A4 genindeki tek nükleotid yerdeğişimi mutasyonları tespit edilmiştir. The Alport syndrome, a geneticilness that brings defection in type IV kollogene formation; appears in the childhood period with hematuria. The mutations that affect COL4A4 genes, cause Alport syndromeas autosomal recessive and autosomal dominance. The type of mutation affects the course and prognosis of ilness.With a specific analysis on healthy individuals' genomic DNA samples, the possible mutations on COL4A4 gene are identified by using DNA sequence method. 74

Bağlantı dengesizliğine (Linkage Disequilibrum, LD) dayanan ilişki haritaları, kantitatif özellik lokusu (Quantitative Trait Locus, QTL) haritalarına alternatif ve önemli özellikleri kontrol eden genlerin belirlenmesinde etkili bir metotdur. Bu çalışmada 66 fasulye genotipi kullanılmış ve 233 Amplified Fragment Lenght Polymorphism (AFLP), 105 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ve 80 Simple Sequence Repeat (SSR) markırı analiz edilmiştir. Bu populasyonda LD ve populasyon yapısı belirlenmiştir. Tüm genomu kapsayacak şekilde yüksek LD değeri saptanmıştır (r2?0.1, p

Ailesel Akdeniz ateşi (FMF), yaygın olarak Akdeniz toplumlarını etkileyen otozomal resesif bir hastalıktır. Genelde karında görülen ağrılar ve buna eşlik eden ateş ve yükselmiş akut-evre molekülleriyle karakterizedir.Bu çalışmada daha önce MEFV geninin farklı ekzonlarında homozigot ve heterozigot mutasyonlar belirlenen hastalardan DNA örnekleri alınarak, inflamasyonda önemli rola sahip interlökin-6 geninin -174. Pozisyonundaki G/C değişimi ile RANTES geninin -403. pozisyonundaki G/A polimorfizimleri belirlenmiştir. Statistiksel testler kullanılarak bu polimorfizimler ile FMF hastalarında ki inflamatuar yanıt arasında anlamlı ilişkinin olup olmadığı incelenmiştir.Elde edilen veriler sonucunda IL-6 ve RANTES genlerindeki bu polimorfizimler ile inflamatuar yanıt arasında genotip bazında anlamlı ilişki belirlenememiştir. Bununla beraber MEFV geninde heterozigot mutasyon taşıyan hastalarda IL-6 ile kontrol grubu arasında allel bazında anlamlı ilişki belirlenmiştir. Familial Mediterranean Fever (FMF) is an autosomal recessive disease that commonly affects people of Mediterranean heritage. It is typically characterized by attacks of serositis observed in the abdomen and accompanied by fever and elevated acute-phase molecules. In this study, DNA samples were collected from patients in which previously detected homozygot and heterozygot mutations in different exon of MEFV gene. In a patients, G/C polymorphysm in -174 position ol IL-6 gene and G/A polymorphysm in -403 position of RANTES gene which also have important roles in inflammation process, were identified. By running statistical tests, whether there were significant relations among these genes and inflammatory response in FMF patients was analyzed.As a result of collected data, there wasn?t any significiant relationship between polymorphysms in IL-6 and RANTES gene with inflammatory response on genotype basis. Furthermore, a significiant relationship between IL-6 and control group which carried heterozygot mutation in MEFV gene, was detected on allel basis. 73

Ailesel Akdeniz ateşi (FMF), yaygın olarak Akdeniz toplumlarını etkileyen otozomal çekinik bir hastalıktır. Genelde karında görülen ağrılar ve buna eşlik eden ateş ve yükselmiş akut-evre molekülleriyle karakterizedir.Bu tezde MEFV geninde mutasyon tespit edilememesine rağmen FMF kliniği gösteren hastaların MEFV geni promotor, 5' UTR ve 3' UTR bölgelerinde hastalığa yol açabilecek mutasyonlar incelenmiştir. Sağlıklı bireylerden alınan genomik DNA örnekleri ile MEFV geninde mutasyon olmamasına rağmen FMF kliniği gösteren hastalardan alınan genomik DNA örnekleri karşılaştırılarak promotor, 5'UTR ve 3'UTR bölgelerindeki mutasyonlar tespit edilmeye çalışılmıştır.Elde edilen veriler sonucunda hastalığa yol açabilecek herhangi bir mutasyon saptanamamıştır. Bu da Türk popülasyonlarında promotor, 5' UTR ve 3' UTR mutasyonlarının çok yaygın olmamasından kaynaklanmaktadır. Ancak hastalığın mekanizması tam olarak aydınlatılamadığından MEFV geni dışındaki hangi bozuklukların hastalığa yol açtığı araştırmaları devam etmektedir. Familial Mediterranean Fever (FMF) is an autosomal recessive disease that commonly affects people of Mediterranean heritage. It is typically characterized by attacks of serositis observed in the abdomen and accompanied by fever and elevated acute-phase molecules.In this thesis, possible FMF causing mutations in 5?UTR and 3? UTR regions of MEFV gene has been researched in FMF patients without any MEFV gene mutation. In this study the genomic DNA samples has been compared between the healthy controls and the FMF patients without MEFV gene mutation for detecting any mutations on promoter, 5?UTR and 3?UTR regions.As a result, any mutations has been found that can cause disease. It is a result of promoter, 5?UTR and 3?UTR mutations in MEFV gene are not so prevalent in Turkish populations. But, because of the mecanism of MEFV gene is not well known, the studies are continues for finding mutations on promoter, 3?UTR and 5? UTR regions of MEFV gene. 72

Fragaria x ananassa çeşitleri `Holiday' ve `Korona' çaprazlanmasıyla elde edilen F1 haritalama populasyonunun 82 bireyi SSR ve NBS markırları kullanılarak genotiplendirilmiştir. SSR' ların diğer Rosaceae türlerinden Fragaria ailesine transferi test edilmiştir. Elma, şeftali, erik ve gülden elde edilen 132 SSR'ın 106 tanesi oktoploid çilek DNA'larında amplifikasyon göstermiştir. Toplam 626 SSR ve 300 NBS markırı kantitatif olarak skorlanmıştır. Holiday x Korona populasyon genomu Joinmap 4.0 programı kullanılarak haritalanmış ve toplam 1244.5 cM uzunlukta harita elde edilmiştir. Skorlanan markırlardan 340 SSR (%54) ve 102 NBS (%34) markırı bağlantı grupları üzerinde yer almıştır. Harita üzerinde ortalama markır yoğunluğu her 2.81 cM'da 1 markır olarak saptanmıştır. Bağlantı grubu uzunlukları 93.1 cM ile 2.8 cM arasında değişmekte olup, ortalama uzunluk 62.2 cM ve bağlantı grubu başına ortalama markır sayısı 23'tür. Bağlantı grubundaki maksimum markır sayısı 50 (LG6A), minimum sayı ise 3'tür (LG4D). Bazı NBS markırlarının LG4A, LG4C, LG5A, LG5C, LG5D, LG6A, LG6C, LG6D üzerinde küme halinde bulundukları görülmüştür. Genetik bağlantı haritası oluşturulduktan sonra MapQTL5.0 programı ve basit interval haritalama fonksiyonu kullanılarak QTL analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda P.cactorum'a dayanıklılık ile ilgili, fenotipik varyasyonu açıklayan 2 QTL bulunmuştur. QTL bölgesinde bulunan markırlar NBS markırlarıdır. HxK (HolidayxKorona) bağlantı haritası ile, çok sayıda SSR markırı içermesi nedeniyle oktoploid çileğin haritalanması çalışmalarına önemli katkı sağlanmıştır. Harita, NBS markırları ile zenginleştirilmiştir. HxK bağlantı haritası oktoploid çileğin haritalanması çalışmalarına referans olabileceği gibi NBS markırlarını içeren ilk çilek bağlantı haritasıdır. Belirlenen QTL'ler gelecekte markıra dayalı ıslah (MAB) çalışmalarında kullanılabilirler. Eighty-two individuals from F1 mapping population derived from a cross between two Fragaria x ananassa cultivars `Holiday? and `Korona? were genotyped by using simple sequence repeat (SSR) and nucleotide binding site (NBS) markers. SSR transferability to Fragaria from other Rosaceae species has been tested. A hundred and six out of 132 SSRs obtained from apple, peach, pear and rose produced amplified fragments in octoploid strawberry DNAs. A total of 626 SSR and 300NBS markers were scored quantitatively. Holiday x Korona population genome was mapped by using Joinmap 4.0 software and covered 1244.5 cM. Among the scored markers, 340 SSR (54%) and 102 NBS (34%) markers were able to be mapped on linkage groups. The 442 markers across 1244,5 cM provided an average marker density of 1 marker per 2.81cM. Linkage group sizes were ranging from 93.1 cM to 2.8 cM with a mean length of 62.2 cM and 23 markers per linkage group were mapped. The maximum number of markers in one linkage group was 50 (LG 6A), the minimum was just 3 (LG4D). Some of NBS markers formed clusters on the chromosomes LG4A, LG4C, LG5A, LG5C, LG5D, LG6A, LG6C, LG6D. After constructing genetic linkage map, quantitative trait loci (QTL) analysis was performed inMapQTL5.0 software using the simple interval mapping function. In the experiment, 2 possible QTLs were found for resistance to P.cactorum explaining the phenotypic variation. The markers found in a QTL region were NBS markers. With the HxK linkage map, big progress was represented in octoploid strawberry mapping with large number of SSR markers. The map has also been enriched with NBS markers. This map can be a reference linkage map for octoploid strawberry and be first map which includes NBS markers. QTL found in our study can be useful for marker assisted breeding (MAB) for future. 135

Bu çalışmada, doğal yeşil renkli pamukta lif renk genlerini kontrol eden DNA markırlarının belirlenmesi amacıyla, farklı lif rengi ve lif fiziksel özelliklerine sahip G. hirsutum (Yeşil) ve G. hirsutum (Maydos Yerlisi) çeşitlerinin melezlenmesiyle elde edilen F2 popülasyonunda genetik haritalama yapılmış ve lif rengi değerleri (L, a, b, ?L, ?a, ?b, ?E) ile bazı lif fiziksel özellikleri (uzunluk, uniformite ve elastikiyet) ile ilgili QTL'ler belirlenmiştir.94 bitkiden oluşan F2 popülasyonu ile elde edilen genetik bağlantı haritası, 123 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) markırı ile 27 bağlantı grubundan oluşan 2068,5 cM uzunluğunda bir harita olup, haritada iki markır arasındaki ortalama uzaklık 16,8 cM'dir. Tek Markır Analizi kullanılarak 11 bağlantı grubunda lif rengi ve lif fiziksel özellikleri ile ilgili 43 QTL belirlenmiştir: Lif uzunluğu ile ilgili 4 QTL, lif uniformitesi ile ilgili 2 QTL, lif elastikiyeti ile ilgili 2 QTL, L değeri ile ilgili 5 QTL, a değeri ile ilgili 4 QTL, b değeri ile ilgili 4 QTL, ?L değeri ile ilgili 8 QTL, ?a değeri ile ilgili 4 QTL, ?b değeri ile ilgili 4 QTL ve ?E değeri ile ilgili 6 QTL. Lif renk değerleri ile ilgili QTL'ler fenotipik varyasyonu % 7,8-14,6 arasında açıklarken, lif fiziksel özellikleri ile ilgili QTL'ler fenotipik varyasyonu % 5,9-14,7 arasında açıklamıştır. Belirlenen bu QTL'lerin ileride ıslah sürecinin kısaltılması amacıyla pamuk ıslah programlarında markır yardımlı seleksiyonda kullanılmaları mümkündür.Bunun yanında, F2 açılım popülasyonunda yeşil lif rengine ve uzun liflere, yeşil lif rengine ve yüksek düzgünlükte liflere ve yeşil lif rengine ve yüksek elastikiyette liflere sahip olan rekombinant bireyler elde edilmiştir. Bu bireylerin ileride yeni pamuk çeşitlerinin geliştirilmesinde kullanılması mümkündür. In this research, in order to identify the DNA markers controlling the fiber color genes in natural green colored cotton, genetic mapping was performed on F2 population developed from the progeny of the interspecific cross G. hirsutum (Yeşil) and G. hirsutum (Maydos Yerlisi) which have different fiber colors and fiber quality traits, and QTLs for fiber color parameters (L, a, b, ?L, ?a, ?b, ?E) and some fiber quality traits (length, uniformity and elongation) were identified.The resulting genetic linkage map constructed from F2 segregating population containing 94 plants comprised of 123 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) markers and 27 linkage groups, covering 2068.5 cM with an average distance of 16.8 cM between two markers. Fortythree QTLs for fiber color parameters and fiber quality traits were identified in 11 linkage groups by Single Marker Analysis: 4 QTLs for fiber length, 2 QTLs for fiber uniformity, 2 QTLs for fiber elongation, 5 QTLs for L, 4 QTLs for a, 4 QTLs for b, 8 QTLs for ?L, 4 QTLs for ?a, 4 QTLs for ?b and 6 QTLs for ?E. The QTLs identified for fiber color parameters explained 7,8-14,6 % of the phenotypic variation while the QTLs for fiber quality traits explained 5,9-14,7 % of the phenotypic variation. These QTLs can be used in cotton breeding program as a part of marker assisted selection to shorten the breeding period in the future.Besides, some recombinant individuals having green fiber color and long fiber length, green fiber color and high fiber uniformity and green fiber color and high fiber elongation were detected in F2 segregating population. These individuals can be used to develop new cotton varieties in the future. 115

Bu çalışmada, herediter otoinflamatuar hastalıklarda bir prototip olan Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF: Familial Mediterrenean Fever: OMIM249100) hastalığında ortaya çıkan farklı fenotiplerin oluşumunda intraselüler adaptör protein olarak bilinen ASC (apopthosis-associated speck like protein with a CARD) molekülünün rolü araştırılmıştır. 165 bireyden oluşan çalışma grubumuzda, MEFV ve PYCARD (ASC) geni mutasyon analizleri ve `'PYCARD'' mRNA gen ekspresyonu kantitasyonu gerçekleştirilmiştir. MEFV geni mutasyon analizinde; 2, 3, 5 ve 10. ekson mutasyonlarından homozigot, heterozigot, bileşik heterozigot ve MEFV geninde major mutasyon saptanmayan klinik olarak şüpheli FMF gruptan oluşan hasta alt grupları oluşturulmuştur. ASC geninin tüm kodlayan eksonlarını içeren mutasyon analizinde hiç bir hastada nukleotit değişimi saptanmamıştır. ASC geni mRNA ekspresyonu kantitasyonunda, sağlıklı kontrollere relatif olarak FMF hastalarında istatistikî anlamlı (p

Doğal kahverenkli pamukta lif renk ve lif uzunluğu genleri ile ilişkili olan QTL bölgelerini belirlemek üzere Kahve 95 x Aydın 110 ebeveynlerinin melezlenmesinden elde edilen 112 bireye sahip F2 populasyonunda RAPD, SSR ve AFLP DNA markörleri kombine edilerek genom haritaları oluşturulmuştur. Bu harita ve DNA markörleri kullanılarak QTL analizleri gerçekleştirilmiştir. Kahve 95 x Aydın 110 haritalama populasyonunda, 179 AFLP, 70 RAPD, 20 SSR polimorfik markör ve 1 morfolojik markör elde edilmiş, bunların 199 adeti haritalanarak, 1975 cM uzunluğunda ve 12 bağlantı grubu içeren bir genom haritası oluşturulmuştur. İki markör arası ortalama uzaklık 9.92 cM olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda 6 farklı lif fiziksel özelliği (lif inceliği, lif mukavemeti, lif uzunluğu, lif uniformite indeksi, SFI, lif elastikiyeti) incelenmiştir. Lif renklerini sayısal rakamlara dönüştürmek için Minolta marka Chromometer cihazı kullanılmış ve bu cihazın lif renklerine ilişkin 7 farklı parametresi (L, a, b, ?L, ?a, ?b, ?E) analiz edilmiştir. Kahve 95 x Aydın 110 melezinde toplam 121 QTL saptanmıştır. Kahve 95 x Aydın 110 melezinde lif fiziksel özellikler ile ilgili QTL'lerin, fenotipik varyasyonu % 1 ile % 25 arasında açıkladığı, renk özelliği için belirlenen QTL'lerin fenotipik varyasyonu % 1 ile % 54 arasında açıkladığı bulunmuştur. Açılma gösteren F2 generasyonunda 209, 240, 249, 254, 277, 294, 295 ve 304 nolu bireylerde hem kahverenk lifli ve hem de uzun lifli rekombinantlar elde edilmiştir. Elde edilen bu lif özelliklerine sahip bireyler ileriki generasyonlarda homozigotlaşmaları sağlanarak yeni çeşitler (uzun lifli ve kahverenkli) geliştirme yoluna gidilebilir. Ayrıca elde edilen bu QTL'ler pamuk ıslahında marköre dayalı seleksiyonda kullanılabilir ve ıslah sürecini kısaltabilir.Anahtar Sözcükler: Pamuk, DNA markör, genom Haritalama, QTL, Lif uzunluğu, doğal lif rengi In order to identify QTL related to fiber color genes and fiber length genes in natural brown colored cotton, genome mapping was developed by combining RAPD, SSR and AFLP markers consisted of 112 individuals in F2 population derived from crossing of Kahve 95 x Aydın 110. By using this genome map and DNA markers, QTL analysis were carried out. In Kahve 95 x Aydın 110 F2 mapping population, 179 AFLP, 70 RAPD, 20 SSR markers and 1 morphological markers were detected as polymorphic and 199 of these were mapped. As a result of this, a total of 12 linkage groups was constructed with spanning 1975 cM of the genom, with an average distance of 9.92 cM in length. The traits of six different fiber qualities (fiber fineness, fiber strength, fiber length, fiber uniformity index, SFI (short fiber index), fiber elongation) were analyzed. Chromameter (Minolta, C400) device was used to quantify of fiber colors and seven different parameters related to fiber colors in device mesures were analyzed. A total of 121 QTL in Kahve 95 x Aydın 110 F2 populations were determined. In Kahve 95 x Aydın 110 F2 population, the QTLs related to fiber quality traits explained the phenotypic variation between 1 % and 25 %, the QTLs determined for color traits explained the phenotypic variation between 1 % and 54 %. Segregation population in F2 generations, among the individuals numbered as 209, 240, 249, 254, 277, 294, 295, 304 have fiber characteristics as brown colored fibers and long fibered recombinants were determined. New coton varieties can be developed using these line as selection materials for further generations. Also, these QTLs obtained in this reasearch can be used in cotton breeding program in marker assisted selection and the breeding period can be shortened and gene pyrimiding can be applied by using these markers.Key Words: Cotton, DNA marker, genome mapping, QTL, fiber length, natural fiber color 171

Bu tezde, sistematik ve taksonomik olarak tartışmalara neden olan ve ekonomik olarak önem taşıyan, ülkemizdeki bazı Galanthus türlerinin AFLP yöntemiyle aralarındaki benzerlikler analiz edilmiştir.Galanthus cinslerinde, taksonomik ve sistematik olarak gelişen problemler, bu cinsteki türlerin morfolojik olarak yakın özellik taşımasından ve ayırt edici özellik oranlarının az olmasından meydana gelmektedir.Bu sorunun çözümüne yardımcı olabilmek için AFLP DNA markır tekniğini kullanılarak, daha tutarlı sonuçlar elde edilmesi amaçlanmıştır. In this thesis, some of the native Galanthus spesies, has economical value, have been analysed, which are cause in taxsonomical and systematical debates,In genus of Galanthus, taxanomical and systematical problems have been continuing because of their similarities of morphological properties.It was aimed that using of AFLP DNA marker technique which can search whole genom, may have solved this problem. 48

Fusarium hastalıkları tüm dünyada domates üretimini en çok zarara uğratan salgınlardandır. Bu hastalığa dayanıklı çeşit geliştirme alınabilecek en iyi tedbirlerden biridir. Dayanıklı çeşit geliştirmede ise klasik ıslah teknikleri yerine moleküler markör destekli seleksiyon tekniklerinin kullanılması daha hızlı, etkin ve ucuz sonuçlar getirecektir.Bu tez çalışmasında RAPD ve CAPS markörleri kullanılarak Frl ve I-2 dayanıklılık genlerinin varlığı araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre taranan 288 bireyden 66 tanesi (%22,9) homozigot dayanıklı, 95 tanesi (%32,9) heterozigot dayanıklı ve 127 tanesi (%44,1) homozigot dayanıksızdır. Sonuç olarak bu tez kapsamında elde edilen bilgilerin ışığında ileriki çeşit geliştirme çalışmaları için doğru bitkiler seçilerek melezlemeler yapılabilecektir. Fusarium diseases constitute most of the loss in tomato production worldwide, because it spread on all geographic fields that it is so hard to find a place without Fusarium infestation. Thus, the best way to produce tomato is developing resistant cultivars against Fusarium species. In cultivar developing molecular marker assisted techniques took place of high cost and time consuming traditional breeding techniques.In this study RAPD and CAPS markers were used to screen tomato (Lycopersicon esculentum) lines against resistance genes Frl and I-2. Results showed that out of 288 plants, 66 (22,9%) were homozygous resistant, 95 (32,9%) were heterozygous resistant and 127 (44,1%) were homozygous susceptible. Under the light of this information, the upcoming cultivar development studies will be carried out. 67

Bu çalışmada, 192 domates (Lycopersicon esculentum) bitkisinin domates sarı yaprak kıvırcıklık virüsüne (TYLCV) dayanıklılıklarının RAPD ve CAPS markör teknikleriyle tespit edilmesi amaçlanmıştır.Bitkilerin DNA'ları izole edildikten sonra CAPS primerleri (REX-F1- ve REX-R3) uygulanarak her bir bireyin primer bağlanma bölgesinin olup olmadığı belirlenmiştir. 192 örneğin 165'inde primer bağlanma bölgesi tespit edilmiştir. Daha sonra CAPS primerleri ile PCR'da çoğaltılan DNA fragmentleri TaqI restriksiyon enzimi ile kesilerek bitkilerin dayanıklılık geni bakımından homozigot ya da heterozigot oldukları belirlenmiştir. TYLCV'ye duyarlı bitki sayısı 151, heterozigot dayanıklı bitki sayısı ise 14 olarak bulunmuştur. Populasyon içerisinde homozigot dayanıklı bireyler tespit edilmemiştir. In this study, 192 tomato (Lycopersicum esculentum) plants were screened for resistance to Tomato Yellow Leaf Curl Virus (TYLCV) using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Cleaved Amplified Polymorphic Sequence (CAPS) marker techniques. After DNA extraction from plants, CAPS primers were applied and screened for primer annealing of gene locus. Out of 192 plants, 165 plants were detected containing gene locus. After that, the amplicons, obtained from PCR with CAPS primers (REX-F1 and REX-R3), were restricted with TaqI restriction endonuclease enzyme to identify whether the lines carrying resistance gene is homozygous or heterozygous. Hundred and fifty one plants were found to be susceptible and 14 out of 192 were heterozygous for the resistance gene. Rest of the plants did not have primer annealing sites and no homozygous resistant plants were found. 80

Bu çalışmada, Lens culinaris Medic. (mercimek) bitkisinin genomuna ait bağlantı genom haritasının elde edilmesi amaçlanmıştır. Genom haritasında AFLP, RAPD, ISSR ve morfolojik markörler kullanılmıştır. Çalışmada WA8649041 ve Precoz ebeveynlerin çaprazlanmasıyla elde edilmiş 93 adet rekombinant hat (Rekombinant Inbred Lines, RILs) kullanılmıştır. 178 adet AFLP markörü tespit edilmiştir. 178 AFLP, 192 RAPD, 18 ISSR ve 3 morfolojik marker olmak üzere toplam 391 adet DNA marköründen 166 adeti ile bağlantı genom haritası yapılmıştır. Sonuçta, toplam 11 tane bağlantı (linkaj) grubu elde edilmiştir. Elde edilen haritanın toplam büyüklüğü 2091.5 cM olarak saptanmıştır.

Nohutta Antraknoz hastalıına dayanıklılıı belirlemek üzere C.arietinum (FLIP84-92C, dayanıklı) x C. reticulatum Lad. (PI 599072,hassas) ebeveynlerinin çaprazlanmasıyla oluturulan, 77 bireye sahip birRekombinant Kendilenmi Hat (RIL) populasyonunda, DNA markörlerikullanılarak QTL analizleri gerçekletirilmitir. 118 polimorfik RAPDmarköründen 87'si (%74), toplam 889,1 cM uzunluunda 11 balantı grubu(BG) içeren bir balantı haritası oluturmutur. ki markör arası ortalamauzaklık 10 cM'dır. QTL analizleri sonucu BG1 ve BG3 üzerinde iki QTLbelirlenmitir. Bu iki QTL üzerinde bulunan markörler Antraknozhastalıına dayanıklı çeit gelitirmede kullanılma potansiyeli mümküngörünmektedir..Anahtar Kelimeler: Nohut, Antraknoz Hastalıı, QTL Analizleri To characterize the genetics of resistance to Ascochyta blight inchickpea using DNA markers, a population, consisted of 77 RecombinantInbred Lines (RILs) derived from an interspesific cross of C. arietinum(FLIP84-92C, resistant parent) x C. reticulatum Lad. (PI 599072,susceptible parent) was used in this research. Among 118 polymorphicRAPD markers, 87 (74%) formed 11 linkage groups covering 889,1 cMwith an average of 10 cM. Two QTLs were mapped on linkage group 1 and3. Two QTLs together explained 31% of the total phenotypic variation forAscochyta blight resistance. The markers on these two QTL may be used formarker assisted selection (MAS) in chickpea breeding programs to developnew resistant cultivars.Keywords: Chickpea, Ascocyta Blight, QTL Analysis 100

Bu çalışmada, Lens culinaris Medic. (mercimek) bitkisiningenomuna ait bağlantı genom haritasının elde edilmesi amaçlanmıştır.Genom haritasında AFLP, RAPD, ISSR ve morfolojik markörlerkullanılmıştır. Çalışmada WA8649041 ve Precoz ebeveynlerinçaprazlanmasıyla elde edilmiş 93 adet rekombinant hat (RekombinantInbred Lines, RILs) kullanılmıştır. 178 adet AFLP markörü tespitedilmiştir. 178 AFLP, 192 RAPD, 18 ISSR ve 3 morfolojik markerolmak üzere toplam 391 adet DNA marköründen 166 adeti ile bağlantıgenom haritası yapılmıştır.Sonuçta, toplam 11 tane bağlantı (linkaj) grubu elde edilmiştir.Elde edilen haritanın toplam büyüklüğü 2091.5 cM olarak saptanmıştır.Anahtar Sözcükler: Mercimek, genetik markörler, AFLP, haritalama In this study, a linkage genome map of Lens culinaris Medic.(lentil) was aimed to construct using AFLP, RAPD, ISSR andmorphological markers. Genetic material, consisted of 93 RecombinantLines (Recombinant Inbred Lines, RILs), was developed fromWA8649041 and Precoz crosses. A total of 178 AFLP, 192 RAPD, 18ISSR and 3 morphological markers were detected. Out of these, 166DNA markers were able to be mapped in the lentil genome.As a result total of 11 linkage groups was constructed withspanning 2091.5 cM of the genome.Key Words: Lens culinaris Medic., genetic markers, AFLP, mapping 64

Nohutta Antraknoz hastalığına dayanıklılığı belirlemek üzere C. arietinum (FLIP84-92C, dayanıklı) x C. reticulatum Lad. (PI 599072, hassas) ebeveynlerinin çaprazlanmasıyla oluşturulan, 77 bireye sahip bir Rekombinant Kendilenmiş Hat (RIL) populasyonunda, DNA markörleri kullanılarak QTL analizleri gerçekleştirilmiştir. 118 polimorfik RAPD marköründen 87ʼsi (%74), toplam 889,1 cM uzunluğunda 11 bağlantı grubu (BG) içeren bir bağlantı haritası oluşturmuştur. İki markör arası ortalama uzaklık 10 cMʼdır. QTL analizleri sonucu BG1 ve BG3 üzerinde iki QTL belirlenmiştir. Bu iki QTL üzerinde bulunan markörler Antraknoz hastalığına dayanıklı çeşit geliştirmede kullanılma potansiyeli mümkün görünmektedir.

V ÖZET GASTROINTESTINAL KANALIN POLİPOİD LEZYONLARINDA M 3 (MUSCARINIC TİP 3) RESEPTÖR GEN EXPRESYONU YILMAZ, Hülya Yüksek Lisans Tezi, Biyomühendislik Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Bahattin TANYOLAÇ Aralık 2005, 45 sayfa Muskarinik-3 (M3) reseptörleri G-proteine bağlı reseptörler olup, kolon hücreleri üzerinde bulurımaktadırlar. Bazı hücre sistemlerinde muskarinik reseptörlerin uyarılmasının hücre proliferasyonuna veya transformasyonuna neden olduğu bilinmektedir. Bu olgu alt türe spesifiktir (sadece mi ve m3 reseptörleri etkindir) ve hücre tipine bağlıdır. Tümör gelişimi için en önemli nokta sürekli gerçekleşen hücre proliferasyonudur. Bu çalışmada amaç, kolon lezyonlarmdaki muskarinik-3 reseptör düzeyini gen ekspresyon yöntemi ile belirlemek, komşu normal doku ile karşılaştırmak, dolayısı ile kolorektal kanserlerin karsinogenezisinde muskarinik-3 reseptör gen ekspresyonunun rolünü tartışmaktır. Bu çalışmada, kolonoskopi sırasında 25 hastanın, lezyonundan ve kenar sağlam dokusundan örnekler alınmış, real time PCR yöntemiyle poliplerdeki muskarinik-3 reseptör gen ekspresyon seviyeleri belirlenmiş ve komşu normal doku ile karşılaştuılmıştır. Kolon poliplerindeki muskarinik-3 reseptör gen düzeyi normal kolon dokularındaki muskarinik-3 reseptör gen düzeyi ile karşılaştırıldığında, kolonpoliplerindeki ekspresyon değerlerinin daha yüksek olduğu bulunmuştur. Polip M3 gen ekspresyon değerleri ile normal doku M3 gen ekspresyon değerleri arasında anlamlı bir fark olduğu istatistik analizi ile belirtilmiştir (p

Muskarinik-3 (M3) reseptörleri G-proteine bağlı reseptörler olup, kolon hücreleri üzerinde bulunmaktadırlar. Bazı hücre sistemlerinde muskarinik reseptörlerin uyarılmasının hücre proliferasyonuna veya transformasyonuna neden olduğu bilinmektedir. Bu olgu alt türe spesifiktir (sadece m1 ve m3 reseptörleri etkindir) ve hücre tipine bağlıdır. Tümör gelişimi için en önemli nokta sürekli gerçekleşen hücre proliferasyonudur. Bu çalışmada amaç, kolon lezyonlarındaki muskarinik-3 reseptör düzeyini gen ekspresyon yöntemi ile belirlemek, komşu normal doku ile karşılaştırmak, dolayısı ile kolorektal kanserlerin karsinogenezisinde muskarinik-3 reseptör gen ekspresyonunun rolünü tartışmaktır. Bu çalışmada, kolonoskopi sırasında 25 hastanın, lezyonundan ve kenar sağlam dokusundan örnekler alınmış, real time PCR yöntemiyle poliplerdeki muskarinik-3 reseptör gen ekspresyon seviyeleri belirlenmiş ve komşu normal doku ile karşılaştırılmıştır. Kolon poliplerindeki muskarinik-3 reseptör gen düzeyi normal kolon dokularındaki muskarinik-3 reseptör gen düzeyi ile karşılaştırıldığında, kolon poliplerindeki ekspresyon değerlerinin daha yüksek olduğu bulunmuştur. Polip M3 gen ekspresyon değerleri ile normal doku M3 gen ekspresyon değerleri arasında anlamlı bir fark olduğu istatistik analizi ile belirtilmiştir (p

V ÖZET KANTİTATİF TRAİT LOKUS ANALİZİ İLE ÇİÇEKLENME ZAMANINI KONTROL EDEN GENLERİN HARİTALANMASI GÜLDİKEN, Nurdan Yüksek Lisans Tezi, Biyomühendislik Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Bahattin TANYOLAÇ l Aralık 2005, 71 sayfa Bu araştınnada Lens culinaris Medic. (mercimek) bitkisinde çiçeklenme zamanı ile bağlantılı olan DNA markörleri saptanarak, mercimek genomunda haritalanmıştır. Çiçeklenme zamanı üzerine etkisi olan QTL' ler (Çuantitatİve Trait Locus) belirlenmeye çalışılmıştır. Bu markörlerden MAS (Markör yarduncılı seçim) teknolojisinde yararlanılması hedeflenmiştir. Araştırmada WA8649041 ve Precoz ebeveynlerinin çaprazlanmasından geliştirilen 93 tane rekombinant saf hattı (Recombinant Inbred Lines, RIL) kullanılmıştır. Çalışma sonucunda, RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA ) ve ISSR (Inter Simple Sequences Repeats) teknikleri ile 213 tane DNA markörü saptanmıştu-. Bu markörlerden 121 adeti bağlantı haritalamasında kullanılmış ve dört tane DNA markörünün (MOPsoo, M09soo, UBC220, UBC318) bulunduğu bölgede tek bir majör QTL belirlenmiştir. Bu nedenle mercimekte çiçeklenme zamanından tek bir genin sorumlu olduğu ileri sürülmüştür. Anahtar sözcükler: Çiçeklenme zamanı, Lens culinaris Medic., genetik markörler, RAPD VII ABSTRACT MAPPING OF FLOWERING TIME GENES WITH QUANTITATIVE TRAIT LOCUS ANALYSIS GÜLDİKEN, Nurdan M. Sc. Thesis, Department of Bioengineering Supervisor: Doç. Dr. Bahattin TANYOLAÇ lth December 2005, 71 pages In this study, DNA markers which linked to genes conferring flowering time were determined in Lens culinaris Medic. QTLs (Quantitative Traits Loci) and wrere mapped in Lentil genome. This markers were evaluated for Marker Assisted Selection. By crossing WA8649041 and Precoz parents recombinant inbred lines (RIL) were obtained. 213 DNA markers were determined by RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA) and ISSR (Inter Simple Sequences Repeats) techniques. 121 DNA markers out of 213 were mapped in to linkage groups, and four DNA markers (M09300, M095oo, UBC220 ve UBC318) were found to be associated with flowering time in lentil. Also, in this region where the markers found, a major QTL was determined. Based on these findings, we believe that there is only one gene responsible for flowering time in lentil. Key Words: flowering time genes, Lens culinaris Medic, genetic markers, RAPD, MAS 86

Bu çalışmada, FLIP 84-92C nohut (Cicer arietinum L.) çeşidinin genom kütüphanesi hazırlanmıştır. Öncelikle, nohut genomik DNAʼsı izole edilip hydroshear ile mekanik olarak parçalara ayrılmış, daha sonra DNA fragmanları pUC119 klonlama vektörlerine aktarılmıştır. Elde edilen rekombinant pUC119 vektörlerinin taşıyıcı organizma Esherichia coliʼye transforme edilmesinin ardından kütüphanede yer alan hedef DNAʼlar Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılmıştır. Sonuç olarak, bu çalışma ile nohut genomunu 7 defa kavrayan ve ortalama hedef DNA büyüklükleri 3 kb olan 672 klondan oluşan nohut genom kütüphanesi elde edilmiştir. Bu çalışmanın amacı, ileride yüksek çözünürlüğe sahip genetik linkaj haritalarının oluşturulması için kütüphanede yer alan her bir klonum prob olarak hizmet vermesidir.

V ÖZET pUC 119 VEKTÖRÜ İLE RANDOM NOHUT (Cicer arietinum L.) GENOM KÜTÜPHANESİNİN HAZIRLANMASI SARIKAYA, Devrim Yüksek Lisans Tezi, Biyomühendislik Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Bahattin TANYOLAÇ Aralık 2004, 66 sayfa Bu çalışmada, FLIP 84-92C nohut (Cicer arietinum L.) çeşidinin genom kütüphanesi hazırlanmıştır. Öncelikle, nohut genomik DNA' sı izole edilip hydroshear ile mekanik olarak parçalara ayrılmış, daha sonra DNA fragmanları pUC119 klonlama vektörlerine aktarılmıştır. Elde edilen rekombinant pUCl 19 vektörlerinin taşıyıcı organizma Escherichia colfye transforme edilmesinin ardından kütüphanede yer alan hedef DNA' lar Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılmıştır. Sonuç olarak, bu çalışma ile nohut genomunu 7 defa kavrayan ve ortalama hedef DNA büyüklükleri 3 kb olan 672 klondan oluşan nohut genom kütüphanesi elde edilmiştir. Bu çalışmanın amacı, ileride yüksek çözünürlüğe sahip genetik linkaj haritalarının oluşturulması için kütüphanede yer alan her bir klonun prob olarak hizmet vermesidir. Anahtar sözcükler: Genom kütüphanesi, klon, nohut (Cicer arietinum L.), prob, pUCl 19. VII ABSTRACT CONSTRUCTION OF RANDOM CHICKPEA {Cicer arietinum L.) GENOME LIBRARY BY pUC119 VECTOR SARIKAYA, Devrim MSc. in Bioengineering Supervisor: Assis. Prof. Bahattin TANYOLAÇ December 2004, 66 pages In this study, genome library of chickpea (Cicer arietinum L.) variety, 'FLIP 84-92C, has been constructed. First of all, chickpea genomic DNA was isolated and mechanically sheared by hydroshearing, and then DNA fragments were ligated into pUC119 cloning vectors. After the transformation of recombinant pUC119 vectors into the host organism, Escherichia coli, DNA inserts in the library were amplified via Polimerase Chain Reaction (PCR). Consequently, the chickpea genome library covering the chickpea genome 7 times and containing 672 clones with an average insert size of 3 kb has been created by this study. The aim of the study is to serve an each of the clones in the library as a probe to construct high- resolution genetic linkage maps in the future. Keywords: Genome library, clone, chickpea {Cicer arietinum L.), probe, pUCl 19. 86