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Sylvie Behillil, Dominique Rousset, Flora Donati, Laurine Levillayer, Grégory Jouvion, Jean Jaubert, Xavier Montagutelli, Vincent Enouf, Mélanie Albert, Sylvie van der Werf, Fabiana Gámbaro, Eduard Baquero Salazar, Etienne Simon-Loriere, Félix A. Rey, Laurine Conquet, Matthieu Prot, Génétique de la souris - Mouse Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Génétique fonctionnelle des maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre National de Référence des virus respiratoires (dont la grippe et le SARS-CoV2) [Paris] (CNR - laboratoire associé), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This work was supported by the « URGENCE COVID-19 » fundraising campaign of Institut Pasteur), the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (Grant No. ANR-10-LABX-62-IBEID), the Agence Nationale de la Recherche (Grant No. ANR-20-COVI-0028-01) and the RECOVER project funded by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No. 101003589. ESL acknowledges funding from the INCEPTION programme (Investissements d’Avenir grant ANR-16-CONV-0005)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0028,HuMoCID,Développement de modèles murins de COVID-19(2020), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), and European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020)

Kostas Danis, Isabelle Hau, Leyla Krajten, Robert M. Cohen, Ralph Epaud, Céline Delestrain, Marie-Noëlle Billard, Sylvie Behillil, and Louis Bont

Agnes Delaunay‐Moisan, Tiffany Guilleminot, Michaela Semeraro, Nelly Briand, Brigitte Bader‐Meunier, Romain Berthaud, Guillaume Morelle, Pierre Quartier, Caroline Galeotti, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Vincent Gajdos, Mathie Lorrot, Mahmoud Rifai, Matis Crespin, Zakary M'Sakni, Faheemah Padavia, Catherine Savetier‐Leroy, Michelle Lorenzi, Caroline Maurin, Sylvie Behillil, Loic de Pontual, Narcisse Elenga, Naim Bouazza, Brigitte Moltrecht, Sylvie van der Werf, Marianne Leruez‐Ville, Isabelle Sermet‐Gaudelus, Département Plateforme (PF I2BC), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CIC - Mère Enfant Necker Cochin Paris Centre (CIC 1419), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Ministère de l'Éducation nationale, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Unité de recherche clinique / Centre d'investigation clinique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut Pasteur [Paris] (IP), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Université Paris Cité (UPCité), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This study was funded by a research grant from the French Ministry of Health (PHRC) and sponsored by the Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP) and by delegation: Délégation à la Recherche Clinique et à l'Innovation - DRCI (Clinical Research and Innovation Department)., and The authors thank all the families for their participation and URC-CIC Paris Centre for the implementation, monitoring and data management of the study. The later includes Jean-Marc Treluyer and Caroline Elie, Mathilde Serpinet, Céline Hauw, Amel Bouheraoua, Victor Bruyère, Mégane Ribot, Rosa Salhi, Gael Plastow, Cindy Parent, Sonia Lounis, Insaf Berrazaga, Wafa Atmani, Amélie de Haut de Sigy, Geovanna Meneses and Fabrice Gourmelon. The authors thank Carl Mann for careful reading of the manuscript.

Bruno Lina, M. Valette, Paul-Henri Wicky, Lila Bouadma, Alexandre Gaymard, Duc Bao Nguyen, Alexandra Mailles, Flora Donati, Quentin Le Hingrat, Xavier Duval, Yazdan Yazdanpanah, Marion Parisey, Denis Malvy, Jean-François Timsit, Nadhira Houhou-Fidouh, Sylvie Behillil, Diane Descamps, François-Xavier Lescure, Vincent Enouf, Jean-Christophe Lucet, M. Bouscambert-Duchamp, Sylvie van-der-Werf, Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Réanimation médicale et infectieuse - Medical and Infectious Diseases Intensive Care [Paris], Department of Infectious Diseases and Tropical Medicine [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Virologie [Lyon], Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M), Pasteur International Bioresources network (PIBNet), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Infection Control Unit [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Cité (UPCité), Department of Epidemiology, Biostatistics and Clinical Research [Paris], CIC Hôpital Bichat, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, REACTing (Research & Action Emerging Infectious Diseases)., ANR-20-COVI-0035,COCONEL,COronavirus et CONfinement : Enquête Longitudinale(2020), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and CCSD, Accord Elsevier

Esther Kissling, Mariëtte Hooiveld, Iván Martínez-Baz, Clara Mazagatos, Naoma William, Ana-Maria Vilcu, Marjolein N. Kooijman, Maja Ilić, Lisa Domegan, Ausenda Machado, Simon de Lusignan, Mihaela Lazar, Adam Meijer, Mia Brytting, Itziar Casado, Amparo Larrauri, Josephine-L K. Murray, Sylvie Behillil, Brechje de Gier, Ivan Mlinarić, Joan O'Donnell, Ana Paula Rodrigues, Ruby Tsang, Olivia Timnea, Marit de Lange, Maximilian Riess, Jesús Castilla, Francisco Pozo, Mark Hamilton, Alessandra Falchi, Mirjam J. Knol, Sanja Kurečić Filipović, Linda Dunford, Raquel Guiomar, Jade Cogdale, Carmen Cherciu, Tessa Jansen, Theresa Enkirch, Luca Basile, Jeff Connell, Verónica Gomez, Virginia Sandonis Martín, Sabrina Bacci, Angela MC Rose, Lucia Pastore Celentano, and Marta Valenciano

Aida Elargoubi, John M. Morobe, Jiro Yasuda, Madisa Mine, Faustinos T. Takawira, Jean-Jacques Muyembe Tamfum, Amal Souissi, Hela Karray, Dominique Goedhals, Michael Owusu, Mitoha O. Ayekaba, Pascale Ondoa, Bryan Fulbert Nkengfack Tegomoh, Daniel G. Amoako, Mathabo Mareka, Sameh Trabelsi, Dorcas Maruapula, Magalutcheemee Ramuth, Danny S. Park, Bamidele Soji Oderinde, Maitshwarelo I. Matsheka, Robert A. Kingsley, Philippe Dussart, Matthew Cotten, Hesham A. Elgahzaly, Oyewale Tomori, Arash Iranzadeh, Nicksy Gumede, Marta Giovanetti, Folarin Onikepe, Omoruyi E. Chukwuma, Nnaemeka Ndodo, Mba Nwando, Oladiji Femi, Sylvie L. Budiaki, Gemma L. Kay, Johnson C. Okolie, Saber Masmoudi, Okokhere Peter, Hlanai Gumbo, Sara H.A. Agwa, Mooko Sekhele, Imed Gaaloul, Sheila M. Mandanda, Enatha Mukantwari, Ngonda Saasa, Sanaâ Lemriss, Hellen Nansumba, Akano Kazeem, Upasana Ramphal, Carolyn Williamson, Belinda Louise Herring, Vagner Fonseca, Edidah M. Ong'era, Joana Q. Mends, Ahmed E Ogwell Ouma, Anika Vinze, Ahmad Sayed, Richard Phillips, Adewunmi M. Olubusuyi, Bourema Kouriba, Vivianne Gorova, John O. Gyapong, Tulio de Oliveira, Arnold W. Lambisia, Najla Kharrat, Wolfgang Preiser, Ojide Chiedozie Kingsley, Yenew K. Tebeje, Sherihane Aryeetey, Yaw Bediako, David A. Rasmussen, Wael H. Roshdy, Norosoa Harline Razanajatovo, Siham Elhamoumi, Sylvie van der Werf, Moussa Moïse Diagne, Claudia Daubenberger, Oshomah Cyril, Andrew J. Page, Uwanibe Jessica, Matoke-Muhia Damaris, Daniel J. Bridges, Sumir Panji, Mahjoub Aouni, Adnene Hammami, Simani Gaseitsiwe, Daniel Lule Bugembe, Gugu Maphalala, Kim Hae-Young, Mohamed K. Khalifa, Safietou Sankhe, Fabian H. Leendertz, Richard Njouom, Ousmane Faye, Kwabena O. Duedu, Jeffrey G. Shaffer, Tobias Schindler, Bankole Bolajoko, Cathrine Scheepers, Francisca M. Muyembe, Ajogbasile F. Victoria, Mirabeau T. Youtchou, Ayoade Femi, Amel Chtourou, Kefentse A. Tumedi, Adrienne A. Amuri, Joyce M. Ngoi, Etile Anoh, Richmond Gorman, Mohamed Abouelhoda, Ali Ahmed Yahaya, Paulo Arnaldo, Alexander J. Trotter, Lahcen Belyamani, Isaac Ssewanyana, Susan Nabadda, Arshad Ismail, Julia C. Andeko, James Emmanuel San, Susan Engelbrecht, Sikhulile Moyo, Jinal N. Bhiman, Jean-Michel Heraud, Julius J. Lutwama, Samar Metha, Amadou Diallo, Soa-Fy Andriamandimby, Rosina A. A. Carr, Edgar Simulundu, Steve A. Mundeke, Nelson B. Silochi, Shymaa S. Ahmed, Nadia Touil, Ihekweazu Chikwe, Deogratius Ssemwanga, Ilhem Boutiba-Ben Boubaker, Houriiyah Tegally, Okogbenin Sylvanus, Abdoul K. Sangare, Mulenga Mwenda, Fausta Shakiwa Mosha, Amadou A. Sall, Derek Tshiabuila, D. James Nokes, Yvan Butera, Maximillian Mpina, Adedotun-Sulaiman Kemi, Onwe E. Ogah, Jean B. Lekana-Douk, Stephen F. Schaffner, Vincent Enouf, Chantal Akoua-Koffi, Diarra Bassirou, Edwin Shumba, Deelan Doolabh, Saba Gargouri, Kayode T. Adeyemi, Wonderful T. Choga, Nicola Mulder, Inbal Gazy, Mushal Allam, Saâd El Kabbaj, Christian T. Happi, Frank Tanser, Sobajo Tope, Michael R. Wiley, Katherine J. Siddle, Charles N. Agoti, John Kayiwa, George Githinji, Diego F. Cuadros, Abdoul-Salam Ouédraogo, Fowotade Adeola, Sonia Lekana-Douki, Edith N. Ngabana, William Ampofo, U George, Elmostafa El Fahime, Jean-Claude C Makangara, Nalia Ismael, Ebenezer Foster-Nyarko, Samar K. Kassim, Nedio Mabunda, Hafaliana Christian Ranaivoson, Tapfumanei Mashe, Sylvie Behillil, Etienne Simon-Loriere, Donwilliams O. Omuoyo, Darren P. Martin, Azeddine Ibrahimi, Paul E. Oluniyi, Richard J Lessells, My V. T. Phan, Feriel Bouzid, Salako B. Lawal, Gert U. van Zyl, Fares Wasfi, Christophe Peyrefitte, Joyce Namulondo, Ugochukwu J. Anyaneji, Mariétou Faye Paye, Augustina Sylverken, Sébastien Calvignac-Spencer, Malebogo Kebabonye, Sophie J Prosolek, Mahmoud el Hefnawi, Adeyemi O. O. Oluwapelumi, Fakayode O. Enoch, Eddy Kinganda Lusamaki, Gaetan Thilliez, Beatrice Dhaala, Gabriel K. Mbunsu, Lavanya Singh, Nnennaya A. Ajayi, Justin O'Grady, Olawoye Idowu, Ngoy Nsenga, Baba Marycelin, Ndongo Dia, Abdul Karim Sesay, Ikponmwosa Odia, Chika K. Onwuamah, Pardis C. Sabeti, Collins M. Morang’a, Hajar Lemriss, Dominic S. Y. Amuzu, Jones Gyamfi, Sofonias K. Tessema, Iyaloo Konstantinus, Pontiano Kaleebu, Patrick Semanda, Fawzi Derrar, Alpha Kabinet Keita, Joweria Nakaseegu, Ibtihel Smeti, Jocelyn Kiconco, Audu Rosemary, K Said, Bronwyn Kleinhans, Fatma Abdelmoula, Sureshnee Pillay, Abechi Priscilla, Manel Turki, Fred A. Dratibi, Berthe-Marie Njanpop-Lafourcade, Zaydah R. de Laurent, David Baker, Nadine Rujeni, Oguzie Judith, Peter K. Quashie, Phillip Armand Bester, Emmanuel Lokilo, Catherine Pratt, Nabil Abid, Mamadou Diop, Placide Mbala, Eduan Wilkinson, Johnathan A. Edwards, Ahmed Rebai, Haruka Abe, Ana Victoria Gutierrez, Thanh Le-Viet, Essia Belarbi, Steven Rudder, Jouali Farah, Maha Mastouri, Nei-yuan Hsiao, Happi Anise, Cara E. Brook, Lamia Fki-Berrajah, Gordon A. Awandare, Ugwu Chinedu, Abdel-Rahman N. Zekri, Sami Kammoun, Leonardo de Oliveira Martins, Martin M. Nyaga, Lynn Tyers, Jingjing Li, Ikhlas Ben Ayed, Mouna Ouadghiri, Amadou Koné, Reuben Ayivor-Djanie, Innocent Mudau, Thabo Mohale, Olumade Testimony, Eromon Philomena, Yeshnee Naidoo, Patrice Combe, Seydou Doumbia, Anne von Gottberg, Akpede George, Nosamiefan Iguosadolo, Mohamed G. Seadawy, Bronwyn McInnis, Faida Ajili, Grit Schubert, Tarik Aanniz, Maureen W. Mburu, Soumeya Ouangraoua, John N. Nkengasong, Jennifer Giandhari, University of KwaZulu-Natal [Durban, Afrique du Sud] (UKZN), Stellenbosch University, Laboratório de Biologia Molecular de Flavivírus [Rio de Janeiro], Instituto Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Institute [Rio de Janeiro] (IOC), Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Universidade Federal de Minas Gerais = Federal University of Minas Gerais [Belo Horizonte, Brazil] (UFMG), University of Cincinnati (UC), University of Cape Town, North Carolina State University [Raleigh] (NC State), University of North Carolina System (UNC), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), University of Chicago, Institut Pasteur de Madagascar, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre Hospitalier de Mayotte, Centre Pasteur du Cameroun, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Sfax - University of Sfax, National Institute for Communicable Diseases [Johannesburg] (NICD), University of the Witwatersrand [Johannesburg] (WITS), Centre Hospitalier Universitaire Souro Sanou [Bobo-Dioulasso] (CHUSS), Centre for the AIDS Programme of Research [Durban, South Africa] (CAPRISA), University of Washington [Seattle], The University of Ghana (WACCBIP) team was funded by a Wellcome/African Academy of Sciences Developing Excellence in Leadership Training and Science (DELTAS) grant (DEL-15-007 and 107755/Z/15/Z: Awandare), National Institute of Health Research (NIHR) (17.63.91) grants using UK aid from the UK government for a global health research group for genomic surveillance of malaria in West Africa (Wellcome Sanger Institute, UK) and the global research unit for Tackling Infections to Benefit Africa (TIBA partnership, University of Edinburgh), and a World Bank African Centres of Excellent grant (WACCBIP-NCDs: Awandare). Project ADAGE PRFCOV19-GP2 (2020-2022) includes 40 researchers from the Center of Biotechnology of Sfax, the University of Sfax, the University of Monastir, the University Hospital Hédi Chaker of Sfax, the Military Hospital of Tunis, and Dacima Consulting. Ministry of Higher Education and Scientific Research and Ministry of Health of the Republic of Tunisia. The Uganda contributions were funded by the UK Medical Research Council (MRC/UKRI) and the UK Department for International Development (DFID) under the MRC/DFID concordat agreement (grant agreement number NC_PC_19060) and by the Wellcome, DFID–Wellcome Epidemic Preparedness–Coronavirus (grant agreement number 220977/Z/20/Z) awarded to M.C. Work from Quadram Institute Bioscience was funded by The Biotechnology and Biological Sciences Research Council Institute Strategic Programme Microbes in the Food Chain BB/R012504/1 and its constituent projects BBS/E/F/000PR10348, BBS/E/F/000PR10349, BBS/E/F/000PR10351, and BBS/E/F/000PR10352 and by the Quadram Institute Bioscience BBSRC–funded Core Capability Grant (project number BB/CCG1860/1). The Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI) at the Africa CDC is supported by the Bill & Melinda Gates Foundation (INV018978 and INV018278), Illumina Inc, the US Centers for Disease Control and Prevention (CDC), and Oxford Nanopore Technologies. Sequences generated in Zambia through PATH were funded by the Bill & Melinda Gates Foundation. The findings and conclusions contained within are those of the authors and do not necessarily reflect positions or policies of the Bill & Melinda Gates Foundation. Funding for sequencing in Côte d’Ivoire, Burkina Faso, and part of the sequencing in the DRC was granted by the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF). Sequencing efforts from Morocco have been supported by Academie Hassan II of Science and Technology, Morocco. Funding for surveillance, sampling, and testing in Madagasar was provided by the WHO, the CDC (grant U5/IP000812-05), the US Agency for International Development (USAID, cooperation agreement 72068719CA00001), and the Office of the Assistant Secretary for Preparedness and Response in the US Department of Health and Human Services (DHHS, grant number IDSEP190051-01-0200). Funding for sequencing was provided by the Bill & Melinda Gates Foundation (GCE/ID OPP1211841), Chan Zuckerberg Biohub, and the Innovative Genomics Institute at UC Berkeley. The Botswana Harvard AIDS Institute was supported by the following funding: H3ABioNet through funding from the National Institutes of Health Common Fund (U41HG006941)—H3ABioNet is an initiative of the Human Health and Heredity in Africa Consortium (H3Africa) program of the African Academy of Science (AAS), DHHS–NIH–National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) (5K24AI131928-04 and 5K24AI131924-04), Sub-Saharan African Network for TB/HIV Research Excellence (SANTHE), a DELTAS Africa Initiative (grant DEL-15-0060—the DELTAS Africa Initiative is an independent funding scheme of the AAS’s Alliance for Accelerating Excellence in Science in Africa (AESA) and supported by the New Partnership for Africa’s Development Planning and Coordinating Agency (NEPAD Agency) with funding from the Wellcome Trust [grant 107752/Z/15/Z] and the UK government, and the South African Medical Research Council (SAMRC) and the Department of Technology and Innovation as part of the Network for Genomic Surveillance in South Africa (NGS-SA) and the Stellenbosch University Faculty of Medicine & Health Sciences, Strategic Equipment Fund. D.P.M. is funded by the Wellcome Trust (Wellcome Trust grant 222574/Z/21/Z). Sequencing activities at the NICD were supported by a conditional grant from the South African National Department of Health as part of the emergency COVID-19 response, a cooperative agreement between the National Institute for Communicable Diseases of the National Health Laboratory Service and the U.S. Centers for Disease Control and Prevention (grant number 5 U01IP001048-05-00), the African Society of Laboratory Medicine (ASLM) and Africa Centers for Disease Control and Prevention through a sub-award from the Bill and Melinda Gates Foundation grant number INV-018978, the UK Foreign, Commonwealth and Development Office and Wellcome (Grant no 221003/Z/20/Z), the South African Medical Research Council (Reference number SHIPNCD 76756), the UK Department of Health and Social Care, managed by the Fleming Fund and performed under the auspices of the SEQAFRICA project. Furthermore, pandemic surveillance in South Africa and Senegal was supported in part through NIH grant U01 AI151698 for the United World Antiviral Research Network (UWARN). Support for pandemic surveillance from the Tulio de Oliveira group to other African countries is funded by the Rockefeller Foundation. Sequencing efforts in the DRC were funded by the Bill & Melinda Gates Foundation under grant INV-018030 awarded to C.B.P. and further supported by funding from the Africa CDC through the ASLM (African Society of Laboratory Medicine) for Accelerating SARS-CoV-2 Genomic Surveillance in Africa. Sequencing efforts in Rwanda were commissioned by the NIHR Global Health Research program (16/136/33) using UK aid from the UK government (funding to E.M. and N.R. through TIBA partnership) and additional funds from the government of Rwanda through RBC/National Reference Laboratory in collaboration with the Belgian Development Agency (ENABEL) for additional genomic sequencing at GIGA Research Institute–Liege/Belgium. The sequencing effort in Equatorial Guinea was supported by a public-private partnership, the Bioko Island Malaria Elimination Project, composed of the government of Equatorial Guinea Ministries of Mines and Hydrocarbons, and Health and Social Welfare, Marathon EG Production Limited, Noble Energy, Atlantic Methanol Production Company, and EG LNG. Sample collection and typing in Mali were supported by Fondation Merieux–France, and sequence efforts have been supported by the Enable and Enhance Initiative of the German Federal Government’s Security Cooperation against Biological Threats in the G5 Sahel Region. The Nigeria work was made possible by support from Flu Lab and a cohort of generous donors through TED’s Audacious Project, including the ELMA Foundation, MacKenzie Scott, the Skoll Foundation, and Open Philanthropy. Further Nigeria funding came from grants from the NIAID (www.niaid.nih.gov), NIH-H3Africa (https://h3africa.org) (U01HG007480 and U54HG007480), and the World Bank grant (worldbank.org) (ACE IMPACT project) to C.H. Analysis for the Gabon strains was supported by the Science and Technology Research Partnership for Sustainable Development (SATREPS), Japan International Cooperation Agency (JICA), and Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) (grant number JP20jm0110013) and a grant from AMED (grant number JP20wm0225003). Sequencing at KEMRI-Wellcome Trust Research Programme site in Kenya was supported by the National Institute for Health Research (NIHR) (project references 17/63/82 and 16/136/33), using UK aid from the UK Government to support global health research, and the UK Foreign, Commonwealth and Development Office and Wellcome Trust (grant# 102975, 220985)., and We acknowledge the authors from the originating laboratories and the submitting laboratories, who generated and shared, via GISAID, the genetic sequence data on which this research is based (table S4). We also acknowledge the contribution of K. Maria from the NGS-SA platform for their contribution toward the sequencing effort in Cape Town, South Africa. Similarly, we thank A. M. Elsaame, S. M. Elsayed, and R. M. Darwish from the Faculty of Medicine Ain Shams Research Institute (MASRI) for their efforts toward sequencing in Egypt. We thank S. Bane, M. Sanogo, D. Diallo, A. Combo Georges Togo, and A. Coulibaly from the University Clinical Research Centre (UCRC) at the University of Sciences, Techniques, and Technologies of Bamako for the contribution they have made toward sequencing efforts in Mali. We acknowledge the contribution of M. Moeti and A. Salam Gueye from the WHO for their contribution toward combating SARS-CoV-2 on the African continent. We further wish to extend acknowledgment to S. Lutucuta and J. Morais from the Angolan Ministry of Health for their continued hard work with regards to SARS-CoV-2 sampling, sequencing, and pandemic response in Angola. From Malawi we wish to acknowledge the work of B. Chilima, B. Mvula, and M. Chitenje from the Malawian Ministry of Health for their work on the COVID-19 response within the country.

Sylvie Behillil, Maryline Bourgine, Maxime Chazal, Sylvie van der Werf, Marco Vignuzzi, Nolwenn Jouvenet, Christope Malabat, Piergiuseppe Quarato, Germano Cecere, Thomas Vallet, Meetali Singh, Loan Bourdon, Nathalie Sauvonnet, Giulia Nigro, Flora Donati, Mécanismes de l'Hérédité épigénétique / Mechanisms of epigenetic inheritance, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Signalisation antivirale - Virus sensing and signaling, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Département de Biologie cellulaire et infection - Department of Cell Biology and infection (BCI), Microenvironnement et Immunité - Microenvironment and Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris] (IP)-TheraVectys, Virologie Moléculaire et Vaccinologie / Molecular Virology and Vaccinology, This project has received funding from the URGENCE COVID-19 Institut Pasteur fundraising campaign. M.S. is supported by the Pasteur-Roux-Cantarini Postdoctoral Fellowship program., and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Robert M. Cohen, Leyla Kragten, Ralph Epaud, Isabelle Hau, Sylvie Behillil, Céline Delestrain, Bont Louis, Kostas Danis, and Marie-Noëlle Billard

Sylvie Behillil, Véronique Béven, Emmanuel Garin, Séverine Hervé, Stéphane Quéguiner, Yannick Blanchard, Amélie Chastagner, David Peroz, Gaëlle Simon, Pierrick Lucas, Philippe Leneveu, Vincent Enouf, Sylvie van der Werf, Stéphane Gorin, Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Pasteur [Paris] (IP), Atlantic Vétérinaires [Ancenis], CEVA Santé Animale [Libourne, France] (Laboratoire Vétérinaire Pharmaceutique), Coop de France, and Plateforme Epidémiosurveillance Santé Animale [Lyon]

Sylvie Behillil, Vincent Enouf, Sylvie van der Werf, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Virus et Immunité - Virus and immunity, and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Pierre Fillatre, Marie-José Dufour, Sylvie Behillil, Remi Vatan, Pascale Reusse, Alice Gabellec, Nicolas Velmans, Catherine Montagne, Sophie Geffroy, Edith Droumaguet, Véronique Merour, Vincent Enouf, Rodolphe Buzele, Marion Valence, Elena Guillotel, Bertrand Gagniere, Artem Baidaluk, Anna Zhukova, Mathieu Tourdjman, Vincent Thibault, Claire Grolhier, Charlotte Pronier, Xavier Lescure, Etienne Simon-Loriere, Dominique Costagliola, Sylvie Van Der Werf, Pierre Tattevin, and Nicolas Massart

Kim N. Wijnant, Albertas Timinskas, Frédéric S. Niatou-Singa, Dovilė Juozapaitė, Barney Potter, Gediminas Alzbutas, Dowbiss Meta Djomsi, Mantas Šarauskas, Daniel Naumovas, Thais B. Tombolomako, Kamran Khan, Darius Čereškevičius, Ahidjo Ayouba, Ligita Raugaitė, Samuel L. Hong, Monika Katėnaitė, Martin Foudi Maidadi, Emilija Vasiliūnaitė, Alma Gedvilaitė, Christelle Butel, Alexander Watts, Joost Snijder, Terence Fuh-Neba, Arnoldas Pautienius, Fabian H. Leendertz, Danguolė Žiogienė, Vaiva Lesauskaitė, Inga Nasvytienė, Lukas Žemaitis, Rimvydas Norvilas, Laimonas Griskevicius, Dovydas Gečys, Guy Baele, Marius Šukys, Kamilė Tamušauskaitė, Rasa Ugenskienė, Aistis Šimaitis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Milda Norkienė, Sylvie Behillil, Ulrich Vickos, Miglė Gabrielaitė, Rimvydas Jonikas, Živilė Žemeckienė, Celestin Godwe, Sébastien Calvignac-Spencer, Markus Ulrich, Gytis Dudas, Pascale Martres, Ingrida Olendraitė, and Astra Vitkauskienė

Yazdan Yazdanpanah, Patricia Bruijning-Verhagen, Charles Burdet, Xavier Duval, Jeremie Guedj, Thierry Rose, Sarah Tubiana, Sylvie van der Werf, Julia Bielicki, Pauline Manchon, François Blanquart, Sylvie Behillil, Loubna Alavoine, Diane Descamps, Anne Leclercq, Herman Goossens, Jean-Christophe Lucet, Mickael Attia, Michael Thy, Caroline Demeret, Charlotte Charpentier, N. Houhou, Bruno Lina, Centre d'Investigations Cliniques [CHU Bichat] (CIC plurithématique), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre de Ressources Biologiques [CHU Bichat], Département d'Epidemiologie, Biostatistique et Recherche Clinique (DEBRC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Hôpital Beaujon [AP-HP], Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], Physique des fonctions biologiques / Physics of Biological Functions, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute for Infection and Immunity [Londres, UK], St George's, University of London, University Children’s Hospital Basel = Hôpital pédiatrique universitaire des deux Bâle [Bâle, Suisse] (UKBB), Julius Center for Health Sciences and Primary Care, University Medical Center [Utrecht], Vaccine & Infectious Disease Institute [Antwerp, Belgium] (VAXINFECTIO), University of Antwerp (UA), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), The study was founded by Reacting, the French Ministry of Health (PHRC-N COVID-19, project PHRC-20-0242) and the European Commission (RECoVer, grant agreement 101003589). Some authors received financial support of the national research agency (ANR) through the ANR-Flash calls for COVID-19 (TheraCoV ANR-20-COVI-0018), ANR-20-COVI-0018,TheraCoV,Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales(2020), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], demeret, caroline, Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales - - TheraCoV2020 - ANR-20-COVI-0018 - COVID-19 - VALID, Rapid European COVID-19 Emergency Response research - RECOVER - - H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-20202020-02-14 - 2022-02-13 - 101003589 - VALID, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Marina Charbit, Johanne Auriau, Dulanjalee Kariyawasam, Isabelle Sermet-Gaudelus, Marc Eloit, Elsa Foucaud, Christèle Huon, Albert Faye, Delphine Chrétien, Flora Donati, Tiffany Guilleminot, Vincent Enouf, Bettina Mesplees, Coralie Briand, Marianne Leruez-Ville, Mélodie Aubart, Thomas Bigot, Sylvie van der Werf, Sarah Temmam, Brigitte Bader-Meunier, Mélanie Albert, Célia Crétolle, Agnès Delaunay-Moisan, Gilles Orliaguet, Grégoire Benoist, Vincent Gajdos, L. Fertitta, Bénédicte Pigneur, Julie Toubiana, Thibaut Lurier, Sylvie Behillil, Marija Backovic, Mathie Lorrot, marc duval-arnould, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité - UFR Médecine [Santé] (UPCité UFR Médecine), Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), Virologie Structurale - Structural Virology, Département Plateforme (PF I2BC), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Hôpital Robert Debré Paris, Hôpital Robert Debré, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M), Pasteur International Bioresources network (PIBNet), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), This work was supported by the « URGENCE COVID-19 » fundraising campaign of Institut Pasteur., Martel, Anne-Sophie, UFR Médecine [Santé] - Université Paris Cité (UFR Médecine UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Université de Paris - UFR Médecine Paris Centre [Santé] (UP Médecine Paris Centre), Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)

Samira Fafi-Kremer, Maaran Michael Rajah, Julian Buchrieser, Flora Donati, Thierry Prazuck, Mélanie Albert, Hugo Mouquet, Florence Guivel-Benhassine, Sylvie van der Werf, Aymeric Sève, Etienne Simon-Loriere, Laurent Hocqueloux, Françoise Porrot, Emmanuelle Varon, Hélène Péré, Karl Stefic, Vincent Enouf, Frédérique Schortgen, Layla Yahyaoui, Olivier Schwartz, Sylvie Behillil, Marianne Maquart, David Veyer, María González, Delphine Planas, Jérôme De Seze, Isabelle Staropoli, Elodie Bishop, Timothée Bruel, Matthieu Prot, Mounira Smati-Lafarge, Ludivine Grzelak, Cyril Planchais, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris Cité (UPCité), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil (CHIC), CHU Strasbourg, CIC Strasbourg (Centre d’Investigation Clinique Plurithématique (CIC - P) ), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Génomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides (U1162), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Université de Strasbourg (UNISTRA), Centre National de Référence du VIH [Tours] (CNR VIH), Work in the laboratory of O.S. is funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, ANRS, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), ANR/FRM Flash COVID PROTEO-SARS-CoV-2 and IDISCOVR. Work in UPBI is funded by grant ANR-10-INSB-04-01 and Région Ile-de-France program DIM1-Health. D.P. is supported by the Vaccine Research Institute. L.G. is supported by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. The laboratory of H.M. is funded by the Institut Pasteur, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01), the INSERM, REACTing and EU (RECOVER) grants. The laboratory of S.v.d.W. is funded by Institut Pasteur, CNRS, Université de Paris, Santé publique France, Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), REACTing, EU grant RECOVER. The laboratory of S.F.-K. is funded by Strasbourg University Hospital (SeroCoV-HUS, PRI 7782), Programme Hospitalier de Recherche Clinique (PHRC N 2017-HUS no. 6997), the Agence Nationale de la Recherche (ANR-18-CE17-0028), Laboratoire d’Excellence TRANSPLANTEX (ANR-11-LABX-0070_TRANSPLANTEX) and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (UMR_S 1109). Work in CHR Orléans is funded by COREVIH Centre Val de Loire., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-18-CE17-0028,HuMABK,Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées(2018), ANR-11-LABX-0070,TRANSPLANTEX,Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app(2011), Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Donati, Flora, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, Laboratoires d'excellence - GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE - - MILIEU INTERIEUR2010 - ANR-10-LABX-0069 - LABX - VALID, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées - - HuMABK2018 - ANR-18-CE17-0028 - AAPG2018 - VALID, Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app - - TRANSPLANTEX2011 - ANR-11-LABX-0070 - LABX - VALID, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg]-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), and Centre National de Référence du VIH [Tours] - laboratoire associé (CNR VIH)

Andrés Pizzorno, Julien Lemaitre, Nathalie Dereuddre-Bosquet, Flora Donati, Raphael Ho Tsong Fang, Xavier de Lamballerie, Pauline Maisonnasse, Nidhal Kahlaoui, Olivier Terrier, Romain Marlin, Vanessa Contreras, Thibaut Naninck, Caroline Solas, Mélanie Albert, Bruno Hoen, Franck Touret, Antonio Gonçalves, Bruno Lina, Roger Le Grand, Catherine Chapon, Vincent Enouf, Angela Brisebarre, Sylvie van der Werf, Jeremie Guedj, Manuel Rosa Calatrava, Sylvie Behillil, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), This work was funded by the French national research agency (ANR) through the TheraCoV ANR-20-COVI-0018 (JG) and also by the Bill & Melinda Gates Foundation through INV-017335 (JG)., ANR-20-COVI-0018,TheraCoV,Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales(2020), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Donati, Flora, and Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales - - TheraCoV2020 - ANR-20-COVI-0018 - COVID-19 - VALID

Sylvie van der Werf, Caroline Demeret, Bernadette Crescenzo-Chaigne, Lila Bouadma, Jade Ghosn, Vincent Enouf, Sarah Tubiana, Stéphane Petres, Marie Noelle Ungeheuer, Sylvie Behillil, Nicolas Escriou, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M), Laboratoire d’innovation : vaccins – Innovation lab : vaccines, Plateforme technologique Production et purification de protéines recombinantes – Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform (PPR), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Université Sorbonne Paris Nord, Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre d'Investigations Cliniques [CHU Bichat] (CIC plurithématique), This work was supported by the « URGENCE COVID-19 » fundraising campaign of Institut Pasteur, by REACTING (Research & Action Emerging Infectious Diseases) and by the H2020 project 101003589 (RECOVER). The French Covid Cohort is funded through the Ministry of Health and Social Affairs (PHRC n°20-0424) and Ministry of Higher Education and Research dedicated COVID19 fund., List of the membership of the French COVID cohort study group : Mélanie RORIZ, Patrick RISPAL, Sarah REDL (CHG d'Agen), Laurent LEFEBVRE, Pascal GRANIER, Laurence MAULIN (CH du Pays d'Aix, Aix en Provence), Cédric JOSEPH, Julien MOYET, Sylvie LION-DAOLIO (CHU Amiens Nord), Rafael MAHIEU, Alexandra DU-CANCELLE, Vincent DUBEE (CHU d'Angers), Stéphane SALLA-BERRY, Aldric MANUEL, Gabriel MACHEDA, Mylène MAILLET, Bruno CHANZY (CH d'Annecy Genevois), Jean-Charles GAGNARD (Hôpital privé d'Antony), Guillermo GIORDANO, Clara MOUTON PERROT, Vincent PESTRE (CH Henri Duffaut, Avignon), Cécile FICKO, Marie GOMINET, Aurore BOUSQUET (Hôpital d'instruction des armées Begin), Charline VAUCHY, Kévin BOUILLER, Maïder PAGADOY, Solène MARTY-QUINTERNET, Quentin LEPILLER (CHU Jean Minjoz, Besançon), Cyril LE BRIS, Benoit THILL, Marie-Laure CASANOVA, Georges LE FALHER, Eric OZIOL (CH de Béziers), Hugues CORDEL, Nathalie DOURNON, Olivier BOUCHAUD, Ségolène BRICHLER (Hôpital Avicenne, Bobigny), Duc NGUYEN, Pantxika BELLECAVE, Camille CICCONE, Marie-Edith LAFON (CHU Pellegrin, Bordeaux), Ségolène GREFFE (CHU Ambroise Paré, Boulogne Billancourt), Camille BOUISSE, Nicholas SEDILLOT, Damien BOUHOUR (CH Fleyriat, Bourg en Bresse), Camille CHASSIN (CH Pierre Oudot, Bourgoin-Jallieu), Erwan L'HER, Séverine ANSART, Cécile TROMEUR, Dewi GUELLEC (CHRU de Brest), Antoine MERCKX (CH de Cahors), Felix DJOSSOU (CH Andrée Rosemon, Cayenne), Vincent PEIGNE, Carola PIEROBON, Marie-Christine CARRET, Florence JEGO, Margaux ISNARD (CHMS Chambéry NH), Johann AUCHABIE, Roxane COURTOIS (CH de Cholet), Olivier LESENS (CHU Gabriel Montpied, Clermont-Ferrand), Martin MARTINOT (Hôpital Pasteur, Colmar), Olivier PICONE (Hôpital Louis Mourier, Colombes), Marie LACOSTE (CH Alpes Leman Contamine sur Arve), Brigitte ELHAR-RAR, Valérie GARRAIT, Isabelle DELACROIX, Thomas MAITRE, Jean Baptiste ASSIE (Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil), Elsa NYAMANKOLLY (CH de Dax), François Xavier CATHERINE, Ma-thieu BLOT, Sophie MAHY, Marielle BUISSON, Lionel PIROTH, Florence GUILLOTIN, Alexis DE ROUGEMONT (CHU de Dijon Bourgogne), Valentine CAMPANA, Jérémie PASQUIER, André CABIE (CHU de Martinique, Fort de France), Simon BESSIS (Hôpital Raymond Poincaré, Garches), Olivier EPAULARD, Nicolas TERZI, Jean-François PAYEN, Laurence BOUILLET, Rebecca HAMIDFAR, Marion Le MARECHAL (CHU de Grenoble), Moïse MACHADO, Audrey BARRELET, Alexandra BEDOSSA (Grand Hôpital de l'Est Francilien site Marne-la-Vallée, Jossigny), Gwenhaël COLIN, Romain DECOURS, Thomas GUIMARD (CHD Les Oudairies, La Roche Sur Yon), Cécile GOUJARD, Stéphane JAUREGUIBERRY, Antoine CHERET (Hôpital Universitaire Bicêtre, Le Kremlin-Bicêtre), Anne Sophie RESSEGUIER (CH Emile Roux, Le Puy en Velay), Julien POISSY, Daniel MATHIEU, Saad NSEIR, Ilka ENGELMANN, Martine REMY (CHRU de Lille, Hôpital Salengro), Fanny VUOTTO, Benoit GACHET, Karine FAURE, Marielle BOYER-BESSEYRE, Kazali Enagnon (CHRU de Lille, Hôpital Fourrier), Marc LAMBERT, Arnaud SCHERPEREEL, Dominique DEPLANQUE, Stéphanie FRY, Cécile YELNIK (CHRU de Lille, Hôpital Albert Calmette), Laurent BITKER, Mehdi MEZIDI, Hodane YONIS, Nicolas BENECH, Thomas PERPOINT, Anne CONRAD, Vinca ICARD, Martine VALETTE (Hôpital de la Croix Rousse, Lyon), Simon-Djamel THIBERVILLE (Hôpital Louis Raffalli, Manosque), Stanislas REBAUDET (Hôpital Européen de Marseille), Bertrand DUSSOL (Hôpital Conception, Marseille), Sylvain DIAMANTIS, Catherine CHAKVEATZE, Clara FLATEAU (Groupe Hospitalier Sud Ile De France, hôpital de Melun), Vincent DINOT, Rostane GACI, Nadia OUAMARA (Hôpital de Mercy, CHR Metz-Thionville, Ars laquenexy), Hajnal-Gabriela ILLES, Louis GER-BAUD MORLAES, Jérôme DIMET (CH de Mont Marsan), Vincent LE MOING, Nathalie PANSU, Clément LE BIHAN, Brigitte MONTES (CHU de Montpellier), Anne Sophie BOUREAU, Clotilde ALLAVENA, Sabelline BOUCHEZ, Romain GUERY, Paul LE TURNIER, Cécile MEAR-PASSARD, Virginie FERRE (CHU de Nantes), Christophe RAPP (Hôpital Américain de Paris, Neuilly sur Seine), Elisa DE-MONCHY, Céline MICHELANGELLI, Karine RISSO (CHU de Nice), Paul LOUBET, Jean-Phillippe LAVIGNE (CHU Caremeau, Nîmes), Etienne DE MONTMOLLIN, Juliette PATRIER, Paul Henri WICKY, Lucie LE FEVRE, Pierre JACQUET, Raphael BORIE, Antoine DOSSIER, Dominique LUTON, Valentina ISERNIA, Sylvie LE GAC (Hôpital Bichat, Paris), Cécile AZOULAY, Nicolas CARLIER, Liem LUONG, Marie LACHATRE, Odile LAUNAY (Hôpital Cochin, Paris), Younes KERROUMI, Vanina MEYSSONNIER (Groupe Hospitalier Diaconesses Croix Saint-Simon, Paris), Jean-Luc DIEHL, Jean-Sébastien HULOT, Bernard CHOLLEY, Jean-Benoît ARLET, Olivier SANCHEZ (Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris), Victoria MANDA, Laurène AZEMAR, Guylaine CASTOR-ALEXANDRE (Hôpital Lariboisière, Paris), Karine LACOMBE, Thibault CHIARABINI, Bénédicte LEFEBVRE, Laurence MORAND-JOUBERT, Djeneba FOFANA, Aurélie SCHNURIGER (Hôpital Saint Antoine, Paris), Nathalie DE CASTRO, Constance DELAUGERRE, Marie-Laure CHAIX (Hôpital Saint Louis, Paris), Julie CHAS (Hôpital Tenon, Paris), Valérie GABORIEAU, Eve LE COUSTUMIER, Walter PICARD (CH de Pau), Jean-Benoît ZABBE, Florent PEELMAN, Edouard SOUM (CH de Périgueux), Hugues AUMAÎTRE (CH de Perpignan), Elodie CURLIER, Rachida OUISSA, Isabelle FABRE (CHU de Pointe à Pitre, Guadeloupe), Blandine RAMMAERT (CHU de Poitiers), Nadia SAIDANI (CH Quimper), Firouzé BANI-SADR, Maxime HENTZIEN, Yohan N 'GUYEN, Juliette ROMARU, Kévin DIDIER (CHU Reims), Isabelle ENDERLE, Vincent THIBAULT, Fabrice LAINE, Matthieu LESOU-HAITIER, Matthieu REVEST, Pierre TATTEVIN (CHU Rennes), Jean-Christophe PLANTIER, Manuel ETIENNE, Véronique LEMEE, Eglantine FERRAND DEVOUGE, Kévin ALEXANDRE, Elise ARTAUD-MACCARI (CHU Rouen), Nathalie ALLOU, Marie LAGRANGE, Julien JABOT (CH Saint Denis et Saint Pierre, La réunion), Benoît ROZE, Delphine BREGEAUD, Younes AIT TAMLIHAT (CH Saintes), Ali HACHEMI (CH Soisson), Hélène SALVATOR, Erwan FOURN, David ZUCMAN (Hôpital Foch, Suresnes), Eric DELAVEUVE, Coline JAUD-FISCHER, Paul DUNAND (Hôpital Bel Air, Thionville), François BISSUEL (CH Thonon les Bains), Karen DELAVIGNE, Marie PIEL-JULIAN, Pierre DELOBEL, Benjamine SARTON, Marie RAFIQ, Guillaume MARTIN-BLONDEL, Laurent GUILLEMINAULT, Marlène MURRIS, Agnès SOMMET (CHU de Toulouse), Eric SENNEVILLE, Olivier ROBINEAU, Agnès MEYBECK (CH Tourcoing), Denis GAROT, Laurent PLANTIER, Valérie GISSOT, Julien MARLET, Karl STEFIC, Catherine GAUDY-GRAFFIN, Francis BARIN, Adrien LEMAIGNEN (CHU Bretonneau, Tours), Grégory CORVAISIER, Delphine LARIVIERE, Marie LANGELOT-RICHARD (CH Vannes), Elisabeth BOTELHO-NEVERS , Amandine GAGNEUX-BRUNON, Tiffany TROUILLON, Thomas BOURLET, Thomas BOURLET, Sylvie PILLET, Bruno POZZETTO (CHU de St Etienne), Antoine KIMMOUM, Bruno LEVY, Mathieu MATTEI, François GOEHRINGER, Christian RABAUD, Sibylle BEVILACQUA, Benjamin LEFEVRE, Anne GUILLAUMOT, Véronique VENARD, Hélène JEULIN, Evelyne SCHVOERER, Cédric HARTARD (CHU de Nancy, Vandoeuvre les Nancy), Pauline CARAUX PAZ, Laurent RICHIER, Mohamed EL SANHARAWI (CH Villeneuve St Georges)., European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord

Ludivine Grzelak, Mélanie Albert, María González, Vincent Enouf, Françoise Porrot, Hélène Péré, Marianne Maquart, Flora Donati, Timothée Bruel, Maaran Michael Rajah, Olivier Schwartz, Jérôme De Seze, Isabelle Staropoli, Julian Buchrieser, Sylvie van der Werf, Aymeric Sève, Florence Guivel-Benhassine, Laurent Hocqueloux, Samira Fafi-Kremer, Karl Stefic, David Veyer, Cyril Planchais, Etienne Simon-Loriere, Delphine Planas, Elodie Bishop, Thierry Prazuck, Hugo Mouquet, and Sylvie Behillil

Alessandra Falchi, Itziar Casado Buesa, Theresa Enkirch, Ana-Maria Vilcu, Mia Brytting, Adam Meijer, Janneke Hendriksen, Josie Murray, Jesús Castilla, Debbie Sigerson, Diogo F P Marques, Vincent Enouf, Sylvie Behillil, Mariëtte Hooiveld, AnnaSara Carnahan, Iván Martínez-Baz, Marta Valenciano, Esther Kissling, Frederika Dijkstra, Naoma William, Marit M A de Lange, EpiConcept [Paris], Netherlands Institute for Health Services Research [Utrecht] (NIVEL), Public Health Agency of Sweden, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Public Health Scotland [Glasgow], Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Virologie [UNIV Corse-Inserm] (EA7310), Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), European Union. Grant Number: 101003673, European Project: 101003673,H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,I-MOVE-COVID-19(2020), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pascal Paoli (UPP), and University of St Andrews. School of Medicine

Alessandra Falchi, Cécile Souty, Shirley Masse, Daniel Lévy-Bruhl, Clément Turbelin, Bruno Lina, M. Valette, Sibylle Bernard-Stoecklin, Sylvie van der Werf, Thomas Hanslik, Natacha Villechenaud, Thierry Blanchon, Morgane Paternoster, Caroline Guerrisi, Sylvie Behillil, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université Pascal Paoli (UPP), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines - UFR Sciences de la santé Simone Veil (UVSQ Santé), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and HAL-SU, Gestionnaire

Diane Descamps, Arnaud Tarantola, Lucile Trutt, Josselin Vincent, Aurélien Zhu-Soubise, Lisa King, Olivier Catelinois, Colin Deschanvres, Olivier Glass, Vincent Enouf, Mounira Smati-Lafarge, Marilyne Gojon, Delphine Barataud, Jacques Izopet, Florence Daubresse, Valérie Lebaillif, Sylvie Behillil, Anne Guinard, Valérie Garrait, Sylvie van der Werf, Guillaume Spaccaferri, Etienne Simon-Loriere, Amine Si Ali, Sibylle Bernard-Stoecklin, Simon Ribes, Blandine De Kerros, Esra Morvan, Muriel Beliah-Nappez, Karine Vilhes, Clémentine Calba, Alexandra Mailles, Sarah Mahdjoub-Assaad, Damien Mouly, Aurélie Misme, Berenice Villegas-Ramirez, Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Agence Régionale de Santé Ile-de-France [Paris] (ARS IDF), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Prévention et contrôle des infections (PCI ), Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG), Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil (CHIC), Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Agence régionale de Santé Pays de la Loire [Nantes], Nantes Université - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (Nantes Univ - UFR MEDECINE), Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Agence Régionale de Santé Occitanie (ARS Occitanie), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Pasteur International Bioresources network (PIBNet), and Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M)

Jean-Christophe Plantier, Antonin Bal, Gonché Danesh, Anne-Geneviève Marcelin, Laurence Josset, Sonia Burrel, Sylvie Behillil, Sylvie van der Werf, Etienne Simon-Loriere, Samuel Alizon, Grégory Destras, Yannis Michalakis, Vincent Enouf, Vincent Thibault, Bruno Lina, Baptiste Elie, David Boutolleau, Mircea T. Sofonea, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Virology and human respiratory Pathologies - Virology and human respiratory Pathologies (VirPath), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Pontchaillou [Rennes], Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris], Pasteur International Bioresources network (PIBNet), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), ANR-20-COVI-0098,PHYEPI,Intégration de données de séquences et d'incidence pour analyser et contrôler les épidémies virales(2020), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]-Université de Paris (UP), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Alizon, Samuel, and Intégration de données de séquences et d'incidence pour analyser et contrôler les épidémies virales - - PHYEPI2020 - ANR-20-COVI-0098 - COVID-19 - VALID

Reusse P, C. Grolhier, Pronier C, Guillotel E, Geffroy S, Pierre Tattevin, Mathieu Tourdjman, Anna Zhukova, Baidaluk A, Gagniere B, Valence M, Buzele R, Dominique Costagliola, Gabellec A, Etienne Simon-Loriere, Velmans N, Vatan R, Werf Svd, Droumaguet E, Thibault, Lescure X, Massart N, Dufour Mj, Montagne C, Fillatre P, Merour, Enouf, and Sylvie Behillil

Gianfranco Spiteri, James Fielding, Michaela Diercke, Christine Campese, Vincent Enouf, Alexandre Gaymard, Antonino Bella, Paola Sognamiglio, Maria José Sierra Moros, Antonio Nicolau Riutort, Yulia V. Demina, Romain Mahieu, Markku Broas, Malin Bengnér, Silke Buda, Julia Schilling, Laurent Filleul, Agnès Lepoutre, Christine Saura, Alexandra Mailles, Daniel Levy-Bruhl, Bruno Coignard, Sibylle Bernard-Stoecklin, Sylvie Behillil, Sylvie van der Werf, Martine Valette, Bruno Lina, Flavia Riccardo, Emanuele Nicastri, Inmaculada Casas, Amparo Larrauri, Magdalena Salom Castell, Francisco Pozo, Rinat A. Maksyutov, Charlotte Martin, Marc Van Ranst, Nathalie Bossuyt, Lotta Siira, Jussi Sane, Karin Tegmark-Wisell, Maria Palmérus, Eeva K. Broberg, Julien Beauté, Pernille Jorgensen, Nick Bundle, Dmitriy Pereyaslov, Cornelia Adlhoch, Jukka Pukkila, Richard Pebody, Sonja Olsen, and Bruno Christian Ciancio

Antonio Gonçalves, Pauline Maisonnasse, Flora Donati, Mélanie Albert, Sylvie Behillil, Vanessa Contreras, Thibaut Naninck, Romain Marlin, Caroline Solas, Andres Pizzorno, Julien Lemaitre, Nidhal Kahlaoui, Olivier Terrier, Raphael Ho Tsong Fang, Vincent Enouf, Nathalie Dereuddre-Bosquet, Angela Brisbarre, Franck Touret, Catherine Chapon, Bruno Hoen, Bruno Lina, Manuel Rosa-Calatrava, Xavier de Lamballerie, France Mentré, Roger Le Grand, Sylvie van der Werf, and Jeremie Guedj

Mélanie Albert, Fawzi Derrar, Sylvie Behillil, Flora Donati, Sylvie van der Werf, Marion Barbet, Andreea Alexandru, Etienne Simon-Loriere, Fabiana Gámbaro, Angela Brisebarre, Maud Vanpeene, Artem Baidaliuk, Meline Bizard, Vincent Enouf, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M), National Influenza Center, Viral Respiratory Laboratory [Alger], This study has received funding from Institut Pasteur, CNRS, Université de Paris, Santé publique France, the French Government's Investissement d'Avenir programme, Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (grant n°ANR-10-LABX-62-IBEID), REACTing (Research & Action Emerging Infectious Diseases), France Génomique (ANR-10-INBS-09-09), IBISA, and the RECOVER project funded by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No. 101003589. ESL acknowledges funding from the INCEPTION programme (Investissements d’Avenir grant ANR-16-CONV-0005)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), Institut Pasteur [Paris], Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)

Isabelle Sermet-Gaudelus, Sarah Temmam, Christèle Huon, Sylvie Behillil, Vincent Gajdos, Thomas Bigot, Thibaut Lurier, Delphine Chrétien, Marija Backovic, Agnès Moisan-Delaunay, Flora Donati, Mélanie Albert, Elsa Foucaud, Bettina Mesplées, Grégoire Benoist, Albert Faye, Marc Duval-Arnould, Célia Cretolle, Marina Charbit, Mélodie Aubart, Johanne Auriau, Mathie Lorrot, Dulanjalee Kariyawasam, Laura Fertitta, Gilles Orliaguet, Bénédicte Pigneur, Brigitte Bader-Meunier, Coralie Briand, Vincent Enouf, Julie Toubiana, Tiffany Guilleminot, Sylvie van der Werf, Marianne Leruez-Ville, and Marc Eloit

Sylvie van der Werf, Sylvie Behillil, Jeremy Boussier, Bernadette Crescenzo-Chaigne, Vincent Enouf, Nadia Naffakh, and Sandie Munier

Angela Brisebarre, Jeremie Guedj, Manuel Rosa Calatrava, Bruno Lina, Julien Lemaitre, Romain Marlin, Raphael Ho Tsong Fan, Vanessa Contreras, Catherine Chapon, Roger Le Grand, Antonio Gonçalves, Caroline Solas, Thibaut Naninck, Nathalie Bosquet, Bruno Hoen, Sylvie van der Werf, Sylvie Behillil, Nidhal Kahlaoui, Olivier Terrier, Vincent Enouf, Pauline Maisonnasse, Andrés Pizzorno, Xavier de Lamballerie, and Franck Toure

Meline Bizard, Etienne Simon-Loriere, Andreea Alexandru, Sylvie van der Werf, Vincent Enouf, Flora Donati, Marion Barbet, Maud Vanpeene, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Angela Brisebarre, Fawzi Derrar, Sylvie Behillil, and Mélanie Albert

Lucie Le Fevre, Diane Descamps, Sylvie van der Werf, Nicolas Escriou, Delphine Planas, Olivier Schwartz, Flora Donati, Cyril Planchais, Rémy Robinot, Isabelle Staropoli, Bernadette Crescenzo, Bruno Hoen, Mireille Nowakowski, Marion Gransagne, Mélanie Albert, Jérémy Dufloo, Marc Eloit, Stéphane Petres, Camille Besombes, Ludivine Grzelak, Yazdan Yazdanpanah, Hugo Mouquet, Sarah Temmam, Arnaud Fontanet, Pierre Charneau, Marija Backovic, Vincent Enouf, Pascal Morel, Françoise Porrot, Quentin Le Hingrat, Audrey Lemaitre, Timothée Bruel, Philippe Souque, Maxime Chazal, Guillaume Mellon, Laura Tondeur, Anabelle Pourbaix, Simon Rolland, Félix A. Rey, Christèle Huon, Julian Buchrieser, Sylvie Behillil, Marie-Noëlle Ungeheuer, François Anna, Maaran Michael Rajah, Lila Bouadma, Florence Guivel, Jacques Bellalou, Marie-Aude Creach, Caroline Demeret, and Kuang-Yu Chen

Thomas Hanslik, Bruno Lina, Sylvie Behillil, Clément Turbelin, Caroline Guerrisi, Sylvie van der Werf, Thierry Blanchon, Daniel Lévy-Bruhl, Titouan Launay, Chiara Poletto, Pierre-Yves Boëlle, Vincent Enouf, Cécile Souty, Vittoria Colizza, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Virologie [Lyon], Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Santé Publique France., Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Bodescot, Myriam

Laurent Filleul, C. Saura, Gianfranco Spiteri, Alexandra Mailles, Paola Sognamiglio, Magdalena Salom Castell, Rinat A. Maksyutov, Inmaculada Casas, Lotta Siira, Yulia V. Demina, Amparo Larrauri, Agnes Lepoutre, Sonja J. Olsen, Michaela Diercke, Flavia Riccardo, Alexandre Gaymard, Sylvie van der Werf, Jussi Sane, Bruno Christian Ciancio, Nick Bundle, Romain Mahieu, Cornelia Adlhoch, Julia Schilling, Silke Buda, María José Sierra Moros, Francisco Pozo, Eeva Broberg, Richard Pebody, Maria Palmérus, Markku Broas, Nathalie Bossuyt, Charlotte Martin, Bruno Lina, Martine Valette, Malin Bengnér, Antonio Nicolau Riutort, Sylvie Behillil, Pernille Jorgensen, Karin Tegmark-Wisell, C Campese, Jukka Pukkila, Antonino Bella, Daniel Lévy-Bruhl, Bruno Coignard, James E Fielding, Dmitriy Pereyaslov, Sibylle Bernard-Stoecklin, Julien Beauté, Vincent Enouf, Emanuele Nicastri, Marc Van Ranst, European Centre for Disease Prevention and Control [Stockholm, Sweden] (ECDC), WHO Regional Office for Europe [Copenhagen], Robert Koch Institute [Berlin] (RKI), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Istituto Superiore di Sanità (ISS), Istituto Nazionale di Malattie Infettive 'Lazzaro Spallanzani' (INMI), Centro de Coordinacion de Alertas y Emergencias Sanitarias - Coordination Centre for Health Alerts and Emergencies [Madrid, Spain] (CCAES), Ministerio de Sanidad / Ministry of Health [Madrid, Spain], Rospotrebnadzor - Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Well-being [Moscow, Russia], Santé publique France Nouvelle-Aquitaine [Bordeaux], Santé publique France Auvergne‑Rhône‑Alpes, Partenaires INRAE, Rega Institute for Medical Research [Leuven, België], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Sciensano [Bruxelles], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and Finnish Institute for Health and Welfare [Helsinki, Finland] (FIHW)

Daniel Lévy-Bruhl, Sylvie Behillil, Clément Bassi, Alexandra Mailles, Anne Simondon, Yassoungo Silue, P. Rolland, François Xavier Lescure, Matthieu Mechain, Morgane Stempfelet, Anouk Tabaï, Clément Lazarus, Bruno Coignard, C Campese, Investigation team, Sophie Ismael, Sibylle Bernard Stoecklin, Denis Malvy, Vincent Enouf, Mathieu Nguyen, Laure Meurice, Estelle Yamani, Duc Minh Nguyen, Scarlett Georges, Santé publique France - French National Public Health Agency, Agence Régionale de Santé Ile-de-France [Paris] (ARS IDF), Agence Régionale de la Santé (ARS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Bordeaux GeoSentinel Site [Bordeaux], Service des maladies infectieuses et tropicales [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Direction Générale de la Santé [Paris] (DGS), Ministère des Solidarités et de la Santé [Paris, France], Santé publique France [Saint-Maurice, France] (French National Public Health Agency), parent-French National Public Health Agency, Investigation Team: Laurent Filleul, Stéphanie Vandentorren, Guillaume Spaccaferri, Hélène Prouvost, Mélanie Albert, Marion Barbet, Angela Brisebarre, Flora Donati, Sylvie van der Werf, Alexis Ardoin, Marion Dreyer, Karim Tararbit, Matthieu Amodeo, Elodie Couaillier, Pascal Fabre, Daniel Habold, Didier Che, Gisèle Bendjelloul, Marine Billaudelle Lallemant, Valentine Charachon, Laurène Deconinck, Diane Descamps, Sandrine Gérard, Nadirha Houhou, Quentin Le Hingrat, Isabelle Lolom, Jean-Christophe Lucet, Annabelle Pourbaix, Simon Valayer, Yazdan Yazdanpanah, Alexandre Boyer, Benjamin Clouzeau, Xavier Combes, Arnaud Desclaux, Jean-Michel Dindart, Alexandre Duvignaud, Isabelle Garrigue, Didier Gruson, Marie-Edith Lafon, Pauline Perreau, Thierry Pistone, Maxime Poteau, Eric Tentillier, Pauline Mathieu., Direction des maladies infectieuses - Infectious Diseases Division [Saint-Maurice], Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Direction des régions [Saint-Maurice], Cellule Régionale Ile-de-France [Paris], Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France]-Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Agence Régionale de Santé Nouvelle-Aquitaine [Bordeaux] (ARS NA), Cellule Régionale Nouvelle-Aquitaine [Bordeaux], Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre opérationnel de réception et de régulation des urgences sanitaires et sociales [Paris], Ministère des Solidarités et de la Santé [Paris, France]-Ministère des Solidarités et de la Santé [Paris, France], Direction alerte et crise [Saint-Maurice], Investigation Team : Laurent Filleul, Stéphanie Vandentorren, Guillaume Spaccaferri, Hélène Prouvost, Mélanie Albert, Marion Barbet, Angela Brisebarre, Flora Donati, Sylvie van der Werf, Alexis Ardoin, Marion Dreyer, Karim Tararbit, Matthieu Amodeo, Elodie Couaillier, Pascal Fabre, Daniel Habold, Didier Che, Gisèle Bendjelloul, Marine Billaudelle Lallemant, Valentine Charachon, Laurène Deconinck, Diane Descamps, Sandrine Gérard, Nadirha Houhou, Quentin Le Hingrat, Isabelle Lolom, Jean-Christophe Lucet, Annabelle Pourbaix, Simon Valayer, Yazdan Yazdanpanah, Alexandre Boyer, Benjamin Clouzeau, Xavier Combes, Arnaud Desclaux, Jean-Michel Dindart, Alexandre Duvignaud, Isabelle Garrigue, Didier Gruson, Marie-Edith Lafon, Pauline Perreau, Thierry Pistone, Maxime Poteau, Eric Tentillier, Pauline Mathieu, Bodescot, Myriam, and Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR)

Sylvie van der Werf, Anna Zhukova, Etienne Simon-Loriere, Elena Guillotel, Pierre Fillâtre, Alice Gabellec, Artem Baidaliuk, François-Xavier Lescure, Rodolphe Buzelé, Dominique Costagliola, Bertrand Gagnière, Vincent Enouf, Vincent Thibault, Pascale Reusse, Véronique Merour, Marion Valence, Sylvie Behillil, Catherine Montagne, Marie-José Dufour, Claire Grolhier, Charlotte Pronier, Pierre Tattevin, Mathieu Tourdjman, Rémi Vatan, Nicolas Velmans, Edith Droumaguet, Sophie Geffroy Du Coudret, and Nicolas Massart

Cyril Planchais, S van der Werf, Jérémie Sellam, Maxime Beretta, Hélène Péré, C. Miceli Richard, O. Fogel, B. Parfait, Hugo Mouquet, Bruno Fautrel, Sylvie Behillil, Camille Deprouw, J Morel, J. Di Santo, Pedro Gonçalves, Francis Berenbaum, T. Bruneau, and J. Avouac

Sylvie Behillil, Lucie Chevallier, Laurent Tiret, Ambre Jaraud, Christèle Huon, Djérène Maso, Sarah Temmam, Vincent Enouf, Alix Barbarino, Sylvie van der Werf, Philippe Pérot, Marc Eloit, Marija Backovic, Patrick Verwaerde, Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris], Centre Collaborateur de l'OIE de Détection et identification chez l’homme des pathogènes animaux émergents et développement d’outils pour leur diagnostic / Collaborating Center for the Detection and identification in humans of emerging animal pathogens and development of tools for their diagnoses (CCOIE-OIECC), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Animal Health Information System (OIE-WAHIS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), We also thank funding from Institut Pasteur, Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), REACTing (Research & Action Emerging Infectious Diseases), Cani-DNA BRC that is part of the CRB-Anim infra-structure, ANR-11-INBS-0003 and EU Grant 101003589 RECoVER., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-11-INBS-0003,CRB-Anim,Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques(2011), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Organisation Animal Health [Paris] (OIE), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Animal Health Information System (OIE-WAHIS), Tiret, Laurent, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Infrastructures - Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques - - CRB-Anim2011 - ANR-11-INBS-0003 - INBS - VALID, and Rapid European COVID-19 Emergency Response research - RECOVER - - H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-20202020-02-14 - 2022-02-13 - 101003589 - VALID

Guillaume Voiriot, Sylvie Behillil, Thomas Chicheportiche, Romain Sonneville, Yacine Tandjaoui-Lambiotte, Damien Roux, Armand Mekontso Dessap, Slim Fourati, Nicolas de Prost, Faten May, Julien Mayaux, Sylvie van der Werf, Vincent Enouf, Laurent Guérin, Alexis Ferré, Eric Maury, Charles-Edouard Luyt, Jean-François Georger, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Groupe Henri Mondor-Albert Chenevier, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Hôpital Albert Chenevier, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases [IHU ICAN], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], CIC - CHU Bichat, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Réanimation Médico-Chirurgicale [Avicenne], Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Service de Réanimation Médico-Chirurgicale [Hôpital Louis Mourier], Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service de Pneumologie et Réanimation Médicale [CHU Pitié-Salpêtrière] (Département ' R3S '), Service de Réanimation Médicale [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Centre Hospitalier Intercommunal de Villeneuve-Saint-Georges (CHIV), Service de Réanimation et USC Médico-Chirurgicale = Médecine intensive réanimation [CHU Tenon], CHU Tenon [AP-HP], Génétique moléculaire des virus à ARN ((U-Pasteur_ 2 / UMR_3569)), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Service de Réanimation et USC Médico-Chirurgicale [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), and CHU Saint-Antoine [AP-HP]

M. Valette, Clément Turbelin, S van der Werf, Sylvie Behillil, Bruno Lina, Lisandru Capai, Cécile Souty, Ana-Maria Vilcu, Shirley Masse, Thierry Blanchon, Alessandra Falchi, Isabelle Bonmarin, Thomas Hanslik, C. Pino, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de Virologie [UNIV Corse-Inserm] (EA7310), Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Virologie [HCL, Lyon] (Institut des Agents Infectieux), Hospices civils de Lyon (HCL)-HCL Groupement Hospitalier Nord [Lyon]-Centre National de Reference des virus des Infections Respiratoires France Sud [HCL, Lyon], Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Service de Médecine Interne [AP-HP Hôpital Ambroise Paré], Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), This project has received funding from the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme under grant agreement No 634446 to conduct the study in individuals aged 65 years or older and from Santé publique France, the national public health agency in France., European Project: 634446,H2020,H2020-PHC-2014-two-stage,I-MOVE-plus(2015), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pascal Paoli (UPP), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)