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Background During the last decade carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAB) became hyper-endemic in hospitals due to difficult to control spreading. Our aim is to identify risk factors for nosocomial rectal CRAB colonization in an endemic hospital. Methods A retrospective matched case–control study (ratio 1:2) with a prospective inclusion of cases and concurrent selection of controls was conducted from January 2017 to December 2018 in a tertiary-care hospital. Universal active surveillance for CRAB was implemented. Univariate and multivariate logistic regression was carried out using a stepwise selection method to compare prognostic factors between cases and controls. A sub-analysis was carried out according to the type of department. Results Forty-five cases with nosocomial rectal CRAB colonization and 90 controls were included. One hundred and two (75%) patients were hospitalized in medical departments. At multivariable analysis significant risk factors associated with CRAB colonization were: use of permanent devices (OR 10.15, 95% CI 2.27–45.39; P = 0.002), mechanical ventilation (OR 40.01, 95% CI 4.05–395.1; P = 0.002), urinary catheters (OR 4.9, 95% CI 1.52–16.19; P = 0.008), McCabe score (OR 5.45, 95% CI 1.87–15.89; P = 0.002), length of stay (OR 1.03, 95% CI 1.01–1.05; P = 0.002), carbapenem use (OR 5.39, 95% CI 1.14–25.44; P = 0.033). The sub-analysis showed that patients admitted to different departments had different risk factors. In geriatric department a fatal disease and a longer hospital stay represented significant risk factors both in univariate and multivariate analysis, while in internal medicine department the use of permanent devices, current antibiotic therapy and antibiotic polytherapy represented significant risk factors for CRAB at the univariate analysis, also confirmed in multivariate analysis. Conclusions Our data suggest that active surveillance for rectal CRAB colonization should be addressed to patients with an unfavourable prognosis, longer hospitalizations and carriers of multiple devices. To counter CRAB spreading in endemic settings, clinicians must limit the use of carbapenems, and reinforce interventions aimed at proper use of devices.

Salinas are highly valued habitats for the conservation of ground-nesting colonial waterbirds in the Mediterranean, yet they often lack islets, preferred breeding habitats for these species. In this paper, we evaluated the relative importance of island availability and terrestrial predation risk for nesting habitat selection of five species of colonial Charadriiformes (Avocet, Little Tern, Common Tern, Gull-billed Tern and Slender-billed Gull) in the Sfax Salina (Tunisia), one of the most important breeding areas of these species along the southern Mediterranean coast. We monitored colony settlement pattern, colony size and colony site features used by the birds in 2004 and 2005. In total, 101 sites were occupied during the two years of study. These occupied sites included 19 isolated islets, which represent the total number of available inaccessible islets in the studied salina. 92.6% of the 8277 breeding pairs counted in 2004 and 86.3% of the 7844 breeding pairs counted in 2005 settled on accessible sites. Our results also show that the occupation of accessible sites began before the occupation of isolated ones. We propose that these accessible sites should be considered as ecological traps resulting from the overall lack of isolated sites. Finally, because dikes are an unlimited habitat for nesting, we identify the environmental cues selected by colonial Charadriiformes within this habitat to develop guidelines for the construction of attractive islets., Importance relative de la disponibilité en îlots et du risque de prédation terrestre pour la sélection de l’habitat de nidification des Charadriiformes coloniaux dans le salin de Sfax (Tunisie). En zone Méditerranéenne, les salins sont de plus en plus considérés comme un habitat particulièrement important pour la nidification des oiseaux d’eau coloniaux. Toutefois, ces salins manquent le plus souvent d’îlots isolés et inaccessibles aux prédateurs terrestres, ce qui est de nature à exposer les colonies d’oiseaux à une importante pression de prédation, diminuant ainsi leur succès reproducteur. L’importance relative de la disponibilité en îlots inaccessibles et de la pression de prédation terrestre comme clefs possibles dans le processus de sélection des sites de nidification par ces oiseaux a été rarement élucidée. Ainsi, l’objectif de ce travail est d’examiner cette question en utilisant des données sur la nidification de cinq espèces de Laro-limicoles (Avocette élégante, Sterne naine, Sterne pierregarin, Sterne hansel et Goéland railleur) dans le salin de Sfax, l’un des plus importants sites de nidification de ces oiseaux sur la rive sud de la Méditerranée. Ces données ont été recueillies grâce à un suivi des colonies de nidification installées sur un total de 101 sites au cours de deux saisons de reproduction successives (2004 et 2005). Parmi ces sites, 19 correspondent à des îlots complètement isolés, soit le nombre total de sites inaccessibles aux prédateurs terrestres du salin. La très grande majorité des effectifs reproducteurs se sont installés sur des sites accessibles (92,6% et 86,3% des 8277 et des 7844 couples recensés en 2004 et 2005 respectivement). Nos résultats montrent aussi que l’occupation des sites accessibles précède généralement celle des sites inaccessibles et que les caractéristiques physiques sélectionnées par les oiseaux pour le choix de ces sites accessibles varient selon les espèces. Globalement, l’ensemble de nos résultats suggère qu’en absence d’un nombre suffisant d’îlots isolés, les digues, parcourues par les prédateurs terrestres, représentent des pièges écologiques pour les oiseaux d’eau coloniaux nichant dans ce salin. Ces résultats sont enfin utilisés pour proposer un mode de création de sites de nidification attractifs pour les oiseaux., Ali Chokri Mohamed,Sadoul Nicolas,Selmi Slaheddine,Bechet Arnaud. Relative importance of island availability and terrestrial predation risk for nesting habitat selection of colonial Charadriiformes in Sfax salina (Tunisia). In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 66, n°4, 2011. pp. 367-382.

Pl@ntNet is an innovative participatory sensing platform relying on image-based plants identification as a mean to enlist non-expert contributors and facilitate the production of botanical observation data. One year after the public launch of the mobile application, we carry out a self-critical evaluation of the experience with regard to the requirements of a sustainable and effective ecological surveillance tool. We first demonstrate the attractiveness of the developed multimedia system (with more than 90K end-users) and the nice self-improving capacities of the whole collaborative workflow. We then point out the current limitations of the approach towards producing timely and accurate distribution maps of plants at a very large scale. We discuss in particular two main issues: the bias and the incompleteness of the produced data. We finally open new perspectives and describe upcoming realizations towards bridging these gaps.

Pl@ntNet est un réseau humain s'appuyant sur une infrastructure informatique, permettant l'identification, l'agrégation et le partage d'observations botaniques à très grande échelle. Cette initiative mobilise différentes institutions de recherche dans divers champs scientifiques (informatique, agronomie, écologie) et de larges réseaux associatifs de naturalistes ; elle a permis au cours des 20 derniers mois la collecte de plusieurs dizaines de milliers d'observations de plantes sur le territoire européen. Celles-ci sont collectées à travers un système web ou mobile d'aide à l'identification des plantes par l'image, au sein duquel chacun des participants peut partager des observations déterminées ou non, avec différents niveaux d'informations. Ces observations, sont ensuite révisées collaborativement à travers 2 applications web, l'une dédiée à la révision de la détermination des observations (IdentiPlante), l'autre à l'estimation de la qualité visuelle des images illustrant l'observation (PictoFlora). Les observations révisées et / ou validées, viennent alors enrichir la base d'observations publiques exploitée par le système d'aide à l'identification par l'image. Bien que cette infrastructure logicielle soit encore récente (lancement des applications mobiles en févier 2013), elle a été exploitée au cours des 20 derniers mois par près de 300 000 utilisateurs à travers le monde. Les modalités de fonctionnement de celle-ci, ainsi que les perspectives d'évolution sont présentées dans cet article, qui se conclut par une discussion sur les changements actuels que les nouvelles technologies de l'information permettent d'opérer en Botanique.

International audience

Chitin has been extracted from two Tunisian crustacean species. The obtained chitin was transformed into the more useful soluble chitosan. These products were characterized by their biological activity as antimicrobial and antifungal properties. The tested bacterial strains were Escherichia coli American Type Cell Culture (ATCC) 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27950 and Staphylococcus aureus ATCC 25923. Four fungi strains were also tested Candida glabrata, Candida albicans, Candidaparapsilensis and Candida kreusei. Squilla chitosan showed a minimum inhibitory concentration (MIC) against the different fungi exceptionally for C. kreusei. Their antioxidant activity was investigated with 2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) radical scavenging activity and inhibition of linoleic acid peroxidation. Parapenaeus longirostris Chitosan showed the highest radical scavenging properties. Chitin and chitosan produced were also characterized with Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR).Key words: Antibacterial, antifungal, antioxidant, chitin, chitosan, crustacean.

Fatty acid and amino acid profiles were determined in three silverside populations caught in Tunisian waters Atherina boyeri (open sea), Atherina lagunae (lagoon) and Atherina sp. (island coasts). Saturated fatty acids reached in total lipids 43.54%, 36.96% in marine and 33.64% in insular silverside and A. lagunae, in which eicosapentaenoic acid, docosahexaenoic acid and linoleic acid were the prominent fatty acids. The n-3/n-6 index showed a significant level indicating a tendency to accumulate n-3 fatty acids in A. boyeri and A. lagunae and n-6 fatty acids in Atherina sp. Total amino acid content ranged from 528 to 588 mg/g crude protein, in which, glutamic acid was the most abundant. Methionine had the lowest essential amino acid score in A. boyeri and Atherina sp. (0.73 and 0.71, respectively)while tryptophan had the lowest in A. lagunae (0.07).

Atherina boyeri de la Méditerranée est un complexe hautement polymorphe ayant un génotype capable d’une réponse phénotypique flexible. Elle peut rapidement adapter les traits de sa morphologie à des environnements allant des eaux douces aux eaux saumâtres côtières polyhalines et aux eaux océaniques. Les travaux de recherche réalisés, en Méditerranée, sur ce complexe ont permis de le scinder en trois espèces. Deux espèces marines (Atherina boyeri et Atherina punctata) et une espèce qui peuplent les lagunes et les côtes des îles Kerkennah (Atherina lagunae) (Trabelsi et al. 2009). Dans le présent travail l’analyse d’une portion du gène cytochrome b a été utilisée pour étudier les variations génétiques d’une population d’athérine, prélevée des côtes de l’île de Djerba, afin de situer cette population au sein du complexe Atherina boyeri. Nos analyses moléculaires ont montré que les athérines de l’île de Djerba tout comme celles des îles Kerkennah appartiennent à l’espèce Atherina lagunae. Toutes les analyses phylogénétiques ont montré que les athérines insulaires de l’île de Djerba constituent avec les athérines du lac de Tunis et celles des îles Kerkennah un clade qui est fortement supporté par les analyses statistiques. D’autre part, les séquences des athérines insulaires de l’île de Djerba et des îles Kerkennah montrent un taux élevé de divergence intrapopulationnel. Cependant les analyses d’une portion du gène cytochrome b des poissons du lac de Tunis présentent un faible taux d’hétérogenité. Ces résultats pourraient suggérer un modèle de métapopulation avec des structures core-sattelites dont les poissons insulaires représentent les cores; alors que ceux du lac de Tunis seraient une population satellite. L’ancêtre des atéhrines lagunaires pourrait être un poisson marin qui s’est adapté au milieu insulaire en premier lieu et qui a colonisé les lagunes en second lieu ou alors les poissons d’origine lagunaire ont fini par peupler les côtes insulaires. Cependant, le premier scénario pourrait être le plus plausible d'après l'hypothèse du model core- satellite, parce qu'il expliquerait la colonisation des milieux lagunaires avec une réduction de la diversité du gène. يعتبر سمك الأترينا الذي يعيش في البحر الأبيض المتوسط من الأسماك التي لها قدرة فائقة على التأقلم في العيش في جميع أنواع المياه. أكدت الدراسات الأخيرة أن سمك الأترينا ينقسم إلي 3 فصائل: * فصيلتان تعيشان في البحار. Atherina punctata et Atherina boyeri * فصيلة ثالثة تعيش في البحيرات و على ضفاف جزر قرقنة Atherina lagunae . الهدف من هذه الدراسة هو معرفة إنتماء سمك الأترينا المتواجد بجزيرة جربة إلى أي فصيلة من الفصائل التي وقع ذكرها سابقا. أظهرت دراسة الخاصيات الجينية لقطعة من جين Cyt b إنتمائها إلى الفصيلة الثالثة Atherina lagunae مثلها مثل أسماك جزر قرقنة. كما أكدت الدراسة الفيلوجينية إنتماء أسماك بحيرة تونس و جزر قرقنة و جزيرة جربة إلى نفس المجموعة الجينية مما يمكننا من تصنيف هذه الأسماك ضمن core satellite Metapopulation. The Mediterranean Atherina boyeri species complex has been recently divided into three species, two living in marine environments (A. boyeri and A. punctata) and one found in lagoons and in shallow coasts of the Tunisian Kerkennah islands (A. lagunae) (Trabelsi et al. 2009). Genetic variation in a portion of the cytochrome b gene was examined for two populations belonging to the A. boyeri complex which have been caught in shallow waters of another Tunisian southern Island (Djerba). Similarly to the Kerkennah fish, molecular studies have shown that fish from Djerba, inspite of their marine habitat, belong to the A. lagunae species. All the phylogenetic analysis showed that the sequences of the Djerba insular fish constitute with the lagoon Atherina of the Lake of Tunis and Kerkennah insular fish a clade which is strongly statistically supported. In addition, within this clade, the both sequences from fish caught Djerba and Kerkennah coasts exhibit a great level of intrapopulational divergence between them. Whereas, analysis of partial cytochrome b gene of fish from the Lake of Tunis suggests a very low level of sequence heterogeneity. These results could suggest a metapopulation pattern with core-satellite structure in which cores are insular populations; whereas population of Lake of Tunis would be an example of satellite population. The ancestors of the A. lagunae can considered marine fish adaptated in a first step to shallow waters of the island coasts and in a second step, they have colonized lagoons; or some lagoon fish could have migrated and lived on similar habitats such as island coasts. However, according to the core-satellite hypothesis, the first scenario could be the most realistic according to the fish colonization of lagoon habitats with reduction of its gene diversity. Published

In North Africa, very few studies dealt with livestock and meat marketing channels. In order to contribute to covering this gap, surveys were conducted Moroccan, Algerian and Tunisian rural communities. Additionally, and in order to describe the role of different actors in the marketing channels, other surveys were organized in several animal markets. The objective was to reconstruct the different pathways through which sheep move from producers to consumers and understand transactions’ modalities. This first hand descriptive analysis helped gaining insights on sheep marketing channels and strategies adopted by farmers, traders’ characterization, price and margin formation and meat consumption trends. The paper emphasizes also distinctive and common features across the three countries. Meat market analysis revealed the beginning of a price differentiation according to market and consumer types, season and social event and finally by the recent development of super markets that provide new types of meat cuts. These changes could influence distribution channels with the emergence of differentiated whole carcass sales with different pieces targeting different socio-economic niches. The present research faced some difficulties of reliable data availability as it is the case of the Algerian trans-border informal transactions towards Tunisia and Morocco. This study is first hand description of sheep marketing channels in North Africa with a preliminary understanding of sheep and meat marketing channels and transactions in the three communities studied. Up scaling such research to include a larger and a more comprehensive sampling is necessary in order to gain more representation of different realities and gathering more accurate and reliable data., En Afrique du Nord, les recherches consacrées à l’étude de la commercialisation du cheptel et de la viande sont très limitées. Afin de contribuer à combler cette lacune, des enquêtes ont été menées dans trois communautés rurales au Maroc, en Algérie et en Tunisie. Par ailleurs, et afin de cerner le rôle des différents acteurs dans les circuits de commercialisation des ovins vifs et de leur viande, d’autres enquêtes ont été menées dans plusieurs marchés. Le but était de reconstituer les différents circuits dans lesquels évolue l’animal depuis l’exploitation jusqu’au consommateur, et de comprendre les modalités de transaction. L’analyse descriptive préliminaire a permis de s’informer sur les circuits et les stratégies de commercialisation des producteurs et des intermédiaires, la caractérisation des intermédiaires, la formation des prix et des marges et la dynamique des modèles de consommation et de commercialisation. La présente recherche a rencontré des difficultés relatives à la fiabilité des données collectées, comme c’est le cas du commerce ovin transfrontalier entre l’Algérie et les deux pays riverains. Le temps limité consacré à l’étude n’a pas permis d’élargir son étendue à un niveau régional ou national, empêchant l’élaboration de modèles des fonctions de l’offre et de la demande. Cette recherche a fourni une description préliminaire sur les circuits de commercialisation des ovins dans trois communautés respectivement Marocaine, Algérienne et Tunisienne. L’augmentation de la taille de l’échantillon est nécessaire dans un souci de représentativité de diverses réalités des systèmes de production.

Dans le présent travail, l’effet du séchage solaire sur la composition biochimique et la qualité des lipides des athérines a été étudié. La teneur en lipides, protéines et en cendres dans l’athérine a augmenté significativement (p

لدراسة تأثير عملية تحويل سمك السردين واللاطشة إلى المعلبات على الجودة الغذائية، قمنا بمتابعة موشرات جودة الدهنيات و تركيبتها من الأحماض الدهنية و أثبتت النتائج أن تغيرات كمية و جودة الدهنيات متعلقة أساسا بتركيبة سمك السردين أو اللاطشة الطازج بالدهنيات و بتركيبة المادة الحافظة (زيت الزيتون أو الطماطم). كما أثبتت التحاليل بواسطة الكروماتوغرافيا ذات الطور الغازي ثراء المعلبات بالأحماض الدهنية التالية C18 :1 ω9 وC18 :2 ω6 . وأخيرا، يمكننا التأكيد أن سمك السردين واللاطشة المعلب بزيت الزيتون و الطماطم غني بالأحماض الدهنية من عائلتيωω3 وω6 . The effects of cooking and sterilisation steps on muscle lipid deterioration of Sardinella aurita and Sardina pilchardus canned in olive oil and tomato sauce respectively were investigated. Lipid contents of Sardinella aurita flesh were significantly affected (p < 0.05) by the canning process. However, lipid levels of Sardina pilchardus remained constant during processing. The peroxide value and thiobarbituric index increased slightly after the cooking step but changed significantly (p < 0.05) following canning. Both canned sardine and sardinella absorbed coating-oil during sterilisation inducing a higher oleic (C18:1 n-9) and linoleic (C18:2 n-6) acids content. Independently of coating-oil category, the eicosapentaenoic (C20:5 n-3) and docosahexaenoic (C22:6 n-3) acids concentrations ranged from 3.00 to 6.24% and from 5.12% to 40.26% respectively. Although, lipids of Sardinella aurita and Sardina pilchardus were slightly affected by the canning process, and they remain a good source of ω3 and ω6 fatty acids. Dans le présent travail, les effets de la cuisson et de la stérilisation sur la qualité et la composition en acide gras des lipides de la sardinelle Sardinella aurita et la sardine Sardina pilchardus au cours de la mise en boite dans l’huile d’olive et la sauce de tomate ont été étudiés. La teneur en lipides dans la chair de la sardinelle Sardinella aurita a augmenté significativement (p

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Dans le semi-aride tunisien, l'eau oblige au regroupement et à la cohésion sociale des populations. La création des lacs collinaires, une forme nouvelle d'intervention de l'Etat en milieu rural, constitue souvent la seule alternative de développement des zones pauvres et déshéritées. En l'absence d'une règlementation définissant la gestion adéquate de l'eau, les quelques associations d'intérêts collectifs récemment crées, en majorité par initiative privée, doivent pour fonctionner, faire face à plusieurs handicaps, d'ordre technique, économique et social. (Résumé d'auteur)

Diffusion du document : INRA Unité d'Economie et Sociologie rurales ENSA 9 place Viala 34060 Montpellier Cedex (FRA) Diplôme : other; La mise en oeuvre de lacs collinaires en Tunisie est une des composantes les plus importantes de la stratégie nationale et décennale (1990-2000) en matière de conservation des eaux et des sols. L'évaluation de l'intervention de l'Etat est faite sur trois gouvernorats de la zone semi-aride : Siliana, Kasserine et Kairouan, elle a porté sur une cinquantaine de retenues, construites au début du projet, d'une capacité théorique dépassant 50 000 m3 et sur 203 exploitations agricoles potentiellement bénéficiaires des ressources ainsi créées. Il s'agit le plus souvent de petites unités familiales oeuvrant dans des circonstances désavantageuses et dans un contexte général de pauvreté. Deux hypothèses principales sont avancées : d'une part, il y a divergence entre les objectifs de l'Etat investisseur et les stratégies paysannes, et d'autre part la création d'une ressource rare n'est pas une condition suffisante pour son allocation optimale. La grille d'analyse est construite sur une articulation de raisonnements issus de concepts empruntés à l'économie publique, l'économie des ressources naturelles, la théorie de la croissance endogène et à la théorie micro-économique liée à l'analyse des comportements sociaux et économiques des exploitants agricoles. La première partie permet de comprendre les enjeux agricoles, politiques et financiers de l'intervention de l'Etat dans la gestion des ressources naturelles. La seconde partie est consacrée à l'évaluation des lacs collinaires au niveau national et régional. Dans la troisième partie, les incidences de la création des ressources sur les systèmes de production agricole et auprès des populations locales sont analysées. Les interventions de l'Etat privilégiant la réalisation physique des aménagements, sans accorder beaucoup d'importance au capital humain et aux intérêts multiples et stratégies diverses des exploitants agricoles, aboutissent à une sous-utilisation des ressources et à une faible adhésion des paysans à la petite irrigation. L'analyse des réactions diverses des paysans face à la gestion du facteur eau et des conditions de réussite des projets publics et de gestion optimale de ressources rares permet de proposer une typologie de facteurs favorables ou défavorables à un développement socio-économique efficace des lacs collinaires.