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Intrinsically disordered proteins (IDPs) are widespread in eukaryotes and fulfill important functions associated with signaling and regulation. Recent evidence points to a special and thus largely disrespected functional capacity of IDPs--that they can assist the folding of other proteins and prevent their aggregation, i.e., that they can act as chaperones. In this paper, we survey current information available on this phenomenon, with particular focus on (i) the structure and function of IDPs in general, (ii) disordered chaperones in plants, (iii) disordered chaperones in other organisms spanning from insects to mammals, (iv) the possible mechanisms of action of disordered chaperones, and (v) the possibility of twofaced (Janus) chaperone activity of disordered chaperones, which can assist the folding of both RNA and protein substrates. The evidence is most conclusive in the case of plant stress proteins, such as late embryogenesis abundant (LEA) proteins or dehydrins. We will show that the cellular function of LEA proteins in mitigating the damage caused by stress is clear; nevertheless, experiments carried out in vivo must be extended and the molecular mechanism of the action of IDP chaperones also requires clarification. Using these details, we chart out how far the field has progressed only to emphasize the long road ahead before chaperone function can be firmly established as part of the physiological mechanistic arsenal of the emerging group of IDPs. Key words: intrinsically disordered protein, IDP, IUP, chaperone, Janus chaperone. Les proteines intrinsequement desordonnees (IDP) sont repandues chez les eucaryotes et elles remplissent des fonctions importantes associees a la signalisation et a la regulation. Des preuves recentes pointent vers une capacite fonctionnelle speciale et largement negligee des IDP a l'effet qu'elles pourraient contribuer au repliement d'autres proteines et prevenir leur agregation, i.e. qu'elles exerceraient le role de chaperon. Dans cet article, nous examinons l'information actuellement disponible sur ce phenomene, en se concentrant particulierement sur (i) la structure et la fonction des IDP en general, (ii) les chaperons desordonnes chez les plantes, (iii) les chaperons desordonnes presents chez d'autres organismes allant des insectes aux mammiferes, (iv) les mecanismes d'action possibles des chaperons desordonnes, (v) la possibilite que l'activite a double facette (Janus) des chaperons desordonnes puisse contribuer au repliement de l'ARN ou de substrats de nature proteique. La preuve est plus solide du cote des proteines de stress chez les plantes, comme les proteines LEA (<< late embryogenesis abundant >>) ou dehydrines. Nous montrerons que la fonction cellulaire des proteines LEA dans l'atte nuation des dommages causes par le stress est claire, quoique les experience realisees in vivo necessitent d'etre developpe es et le mecanisme moleculaire d'action des chaperons IDP doit aussi etre clarifie. Par tous ces details, nous montrons jusqu'ou le champ de recherche a progresse, simplement pour souligner le long chemin qu'il reste a parcourir avant que la fonction de chaperon soit fermement etablie comme faisant partie de l'arsenal physiologique mecanistique du groupe emergent des IDP. Mots-cles: proteine intrinsequement desordonnee, IDP, IUP, chaperon, chaperon (Janus). [Traduit par la Redaction], Intrinsically disordered proteins and their functions For many proteins or protein regions (IDPs or IDRs) the functional state is intrinsically disordered, also termed intrinsically unstructured (Tompa 2002; Tompa 2003; Dyson [...]

Understanding how proteins adopt their unique native structures requires a complete structural characterization of the rate-limiting transition state(s) along the folding pathway. By definition, transition states are not significantly populated and are only accessible via folding kinetics studies. In this respect, interpreting the kinetic effects of amino acid substitutions (especially to Ala) via Φ-value analysis is the most common method to probe the structure of these transient, yet important states. A critical review of the key assumptions required for rigorous interpretation of Φ values reveals that a multiple substitution strategy in which a position of interest is mutated to a variety of amino acids, and not exclusively to Ala, provides the best means to characterize folding transition states. This approach has proven useful in revealing nonnative interactions and (or) conformations in folding transition states. Moreover, by simultaneously examining the folding kinetics of multiple substitutions made at a single surface-exposed position using the Bronsted analysis the backbone conformation in a folding transition state can be investigated. For folding equilibria with exchange rates on the order of milliseconds, the kinetic parameters for Φ-value analysis can be obtained from NMR relaxation dispersion experiments, under fully native conditions, along with a wealth of high-resolution structural information about the states in exchange (native, denatured, and intermediate states that populate the pathway). This additional structural information, which is not readily obtained through stopped-flow based methods, can significantly facilitate the interpretation of Φ values because it often reports on the validity of the assumptions required for a rigorous interpretation of Φ values. Key words: protein folding, Φ-value analysis, SH3 domains, mutagenesis, folding transition states. La comprehension du mecanisme par lequel les proteines adoptent leurs structures natives uniques requiert une caracterisation structurale complete de l'etat ou des etats de transitions limitants durant le processus de repliement. Par definition, les etats de transition ne sont pas significativement abondants et ne sont accessibles que par l'intermediaire d'etudes cinetiques de repliement. A cet effet, l'interpretation des effets cinetiques de la substitution d'acides amines (specialement par une Ala) a l'aide d'une analyse des valeurs de Φ est la methode la plus utilisee pour sonder ces etats transitoires mais importants. Une revue critique des postulats de base requis pour interpreter rigoureusement les valeurs de Φ revele qu'une strategie utilisant de multiples substitutions, par laquelle un acide amine situe dans une position d'interet est mute en une variete d'acides amines et non seulement en Ala, fournit le meilleur moyen de caracteriser les etats de transition de repliement. Cette approche a demontre son utilite en revelant les interactions/conformations non-natives dans les etats de transition de repliement. De plus, en examinant simultanement des cinetiques de repliement de multiples substitutions realisees sur un site unique expose a la surface par une analyse de Bronsted, la conformation d'une chaine dans un etat de transition de repliement donne peut etre etudiee. Dans le contexte d'un repliement a l'equilibre avec des taux d'echange de l'ordre de la milliseconde, les parametres cinetiques de l'analyse des valeurs de Φ peuvent etre obtenus par des experiences en RMN de relaxation/dispersion, sous des conditions pleinement natives, avec une abondance d'informations structurales a haute resolution des etats en echange (natif, denature et etats intermediaires qui jalonnent ce sentier). Cette information structurale additionnelle, qui n'est pas facilement obtenue par des methodes en stop-flow, peut faciliter de facon significative l'interpretation des valeurs de Φ car elle temoigne de la validite des postulats requis pour interpreter rigoureusement les valeurs de Φ. Mots-cles: repliement des proteines, analyse des valeurs de Φ, domaines SH3, mutagenese, etats de transition de repliement. [Traduit par la Redaction], Introduction to Φ-value analysis In the quest to understand the biophysical principles underlying the relationship between the amino acid sequence of a protein and its three-dimensional structure, many studies have [...]