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1. Qualités des viandes : influences des caractéristiques des animaux et de leurs conditions d'élevage

Author: Hélène Alami-Durante, Florence Lefèvre, Françoise Médale, Sophie Prache, Cécile Berri, Geneviève Corraze, Brigitte Picard, Dominique Bauchart, Bénédicte Lebret, Justine Faure, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Nutrition, Aquaculture et Génomique (NUAGE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Nutrition, Aquaculture et Génomique ( NUAGE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherches Avicoles (URA), Brigitte Picard, and Bénédicte Lebret
Subjects: 2. Zero hunger, condition d'élevage, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], composition de la carcasse, [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité sensorielle, 0402 animal and dairy science, système d'élevage, qualité de la viande, 04 agricultural and veterinary sciences, filière, 040401 food science, 040201 dairy & animal science, qualité technologique, qualité nutritionnelle, 0404 agricultural biotechnology
Abstract: Cette synthèse présente l’influence des caractéristiques des animaux et de leurs conditions d’élevage sur les qualités des viandes et des chairs des principales espèces animales d’élevage (porc, bovins, ovins, poulets, poissons). Les dimensions intrinsèques (composition des carcasses, qualités sensorielle, nutritionnelle et technologique) et extrinsèques (interactions entre productions animales et environnement, bien-être des animaux, origine des produits, authenticité des pratiques de production…) de la qualité des produits sont considérées. Dans toutes les espèces, le type génétique et la conduite alimentaire sont les principaux déterminants de la composition des carcasses. La nature de l’alimentation des animaux constitue le principal levier pour moduler la qualité nutritionnelle, toutefois le niveau d’enrichissement des viandes et chairs en acides gras, minéraux ou vitamines favorables à la santé humaine varie selon les espèces. Pour une espèce donnée, les caractéristiques des animaux, leurs conditions d’élevage et d’abattage interagissent pour déterminer les propriétés (teneurs en lipides, glycogène, myoglobine…) et le métabolisme péri et post-mortem des muscles, et consécutivement la qualité sensorielle des viandes ou chairs et de leurs produits. A l’inverse, la qualité technologique, composante importante dans les filières porc, poulet et poisson résulte essentiellement du type génétique et des conditions d’abattage des animaux et de transformation des viandes. Dans les différentes filières animales, les qualités extrinsèques des produits font partie intégrante de certaines démarches collectives ou privées et sont garanties aux consommateurs au travers des signes officiels de qualité. Elles visent à améliorer les interactions favorables entre les productions animales et l’environnement et/ou le bien-être des animaux, garantir l’origine des produits et/ou valoriser l’authenticité des méthodes de production et de transformation. Différents exemples sont développés pour illustrer la prise en compte par les acteurs des filières de cette demande croissante des consommateurs et plus largement des citoyens envers leur alimentation., This review describes the influences of the characteristics of animals and their rearing conditions on the quality of meat and flesh in the main livestock species (pig, cattle, sheep, poultry, fish). Both the intrinsic (carcass composition and sensory, nutritional and technological qualities) and extrinsic (interactions between animal production and the environment, animal welfare, origin of products, authenticity of production practices…) dimensions of quality of meat and flesh products are considered. In all animal species, the genotype and feeding practices are the main factors determining carcass composition. Feed composition is the main factor modulating nutritional quality, even though the enrichment level of meat or flesh with fatty acids, minerals or vitamins favorable for human health depends on the species considered. Within species, interactions between the characteristics of animals and their rearing and slaughtering conditions determine the properties (intramuscular fat, glycogen, myoglobin contents…) and peri and postmortem metabolism of muscles and, consequently, the sensory quality of meat or flesh and their products. Conversely, the technological quality of meat, which is important especially for pig, poultry and fish mainly results from the animal genotype and the slaughtering and processing techniques. In all meat animal chains, some productions are differentiated on claims on extrinsic qualities of products and are guaranteed to consumers by official quality schemes. They aim at improving the positive interactions between animal production and environment and/or animal welfare, or guaranteeing products origin or authenticity of production and processing methods. Some examples are described to underline the awareness of meat chain actors about the increasing demand from consumers and more generally citizens towards their diet.
Published: 2020

2. Les principales composantes de la qualité des carcasses et des viandes dans les différentes espèces animales

Author: Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 2. Zero hunger, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], muscle, [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité sensorielle, 0402 animal and dairy science, qualité de la viande, 04 agricultural and veterinary sciences, 040401 food science, 040201 dairy & animal science, système d'élevage durable, qualité technologique, qualité nutritionnelle, 0404 agricultural biotechnology
Abstract: La viande et la chair de poisson constituent une source essentielle de protéines, de vitamines et de micronutriments pour l’alimentation humaine. Les produits carnés représentent une activité économique importante au niveau mondial ; le niveau et l’évolution de leur consommation varient fortement selon les espèces et les zones géographiques. Le volume des productions doit répondre à l’accroissement de la population mondiale, tout en considérant les composantes environnementales, sociétales et économiques du développement durable. Cet article constitue une introduction générale au numéro spécial « Le muscle et la viande ». Il définit les principales composantes de qualité des carcasses, de la viande ou de la chair communes aux différentes espèces animales. Dans les articles suivants les principales filières (bovin, ovin, porc, poulet, poisson) sont présentées : production, consommation, problèmes de qualité spécifiques et attentes des acteurs, enjeux et questions de recherche prioritaires., Meat and fish flesh are important suppliers of proteins, vitamins and micronutrients in the human diet. Meat and fish products play an important economic role at the world level. The level and evolution of consumption highly differs according to species and geographical areas. Production level needs to fulfill the increasing population worldwide, while considering the environmental, societal and economic components of sustainable development. This manuscript presents a general introduction of the main common quality components of carcasses, meat and fish flesh. In the next papers, each main meat/flesh chain (cattle, sheep, pork, poultry and fish), is described: production, consumption, specific meat quality components and expectations of chain actors, main issues and research topics.
Published: 2020

3. Long noncoding RNAs annotation in chicken and livestock species : Focus on lncRNAs regulating lipid metabolism

Author: Muret, Kévin, UMR 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agrocampus Ouest, Sandrine Lagarrigue, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Lipid metabolism, Adipogenesis, Modélisation, Annotation, Modeling, ARNlnc, RNA-Seq, Conservation, LncRNA, Adipogenèse, Métabolisme des lipides
Abstract: Genome annotation is a major challenge in connecting genotypes with phenotypes. Identifying long noncoding RNAs (lncRNA) in genomes is part of this challenge; they are relatively low-expressed and have only been highlighted in 2012 thanks to the development of high throughput sequencing technologies. This research work has led to the identification of a large number of lncRNAs in livestock species, particularly in the chicken, in which no lncRNA had yet been described at the beginning of this thesis (2015). First, my aim was to identify these lncRNAs using liver and adipose tissue and to improve this catalogue by integrating other existing lncRNA public databases.Moreover, according to the literature, lncRNAs are involved in the regulation of any biological process, from gene expression to cell structure. One of the goals of our team is to understand the regulation of lipid metabolism in the chicken, I thus established the list of all lncRNAs known within the animal kingdom and involved in this metabolism or in adipogenesis, the process of storage and formation of adipose tissue. The conservation by synteny analyses revealed around twenty conserved lncRNAs in the chicken. From divergent abdominal fat weight chicken lines, I lastly identified new lncRNAs that potentially regulate this lipid metabolism.; L’annotation des génomes est un défi majeur pour lier les génotypes aux phénotypes. Identifier les ARN longs non-codants (ARNlnc) dans les génomes fait partie de ce défi ; d’expression relativement faible, ils n’ont été mis en évidence que récemment (2012) par l’avènement des technologies de séquençage haut débit. Ces travaux de recherche ont permis à partir de données RNA-seq, de mettre en lumière un grand nombre d’ARNlnc chez les espèces d’élevage et en particulier chez la poule chez qui aucun ARNlnc n’était décrit au début de cette thèse (2015). Un premier travail a consisté à identifier ces ARNlnc en utilisant des échantillons de foie et tissu adipeux puis nous avons amélioré ce catalogue par intégration d’autres bases de données publiques d’ARNlnc disparates. De plus, d’après la littérature, les ARNlnc ont été décrits comme intervenant dans la régulation de tous les processus biologiques :de la structure cellulaire à l’expression des gènes. La problématique de l’équipe étant associée à la compréhension de la régulation du métabolisme des lipides chez la poule, mon second travail a consisté à établir la liste des ARNlnc connus dans le règne animal comme étant impliqués dans ce métabolisme ou dans le processus de stockage et de formation du tissu adipeux, l’adipogenèse. Les analyses de conservation par synténie ont permis de retrouver une vingtaine de ces ARNlnc chez la poule. Enfin, à partir de lignées divergentes pour le poids de gras abdominal, j’ai également mis en évidence de nouveaux ARNlnc potentiellement régulateurs de ce métabolisme lipidique.
Published: 2018

4. The Extent of mRNA Editing Is Limited in Chicken Liver and Adipose, but Impacted by Tissular Context, Genotype, Age, and Feeding as Exemplified with a Conserved Edited Site in COG3

Author: Diane Esquerre, Frédérique Pitel, Sophie Leroux, Morgane Boutin, Sandrine Lagarrigue, Pierre-François Roux, Christophe Klopp, Anis Djari, Pascal G.P. Martin, Tatiana Zerjal, Laure Fresard, David Gourichon, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (PEAT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours ( PEAT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (UE PEAT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]
Subjects: Male, 0301 basic medicine, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, tissu adipeux, RNA-Seq, QH426-470, Genome, Transcriptome, Genotype, Genetics (clinical), Genetics, Age Factors, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Genomics, foie, Adipose Tissue, Liver, RNA editing, Female, Genetic Background, Autre (Sciences du Vivant), [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], chicken, Molecular Sequence Data, poulet, Context (language use), Biotechnologies, Computational biology, Investigations, Biology, 03 medical and health sciences, Sex Factors, séquençage, Animals, Amino Acid Sequence, RNA, Messenger, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Molecular Biology, DNA-seq, génome, Computational Biology, Reproducibility of Results, [ SDV.BIO ] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, liver and adipose tissue, mRNA editing, Animal Feed, Adaptor Proteins, Vesicular Transport, genomic DNA, 030104 developmental biology, RNA Editing, RNA-seq, Chickens, Sequence Alignment
Abstract: RNA editing is a posttranscriptional process leading to differences between genomic DNA and transcript sequences, potentially enhancing transcriptome diversity. With recent advances in high-throughput sequencing, many efforts have been made to describe mRNA editing at the transcriptome scale, especially in mammals, yielding contradictory conclusions regarding the extent of this phenomenon. We show, by detailed description of the 25 studies focusing so far on mRNA editing at the whole-transcriptome scale, that systematic sequencing artifacts are considered in most studies whereas biological replication is often neglected and multi-alignment not properly evaluated, which ultimately impairs the legitimacy of results. We recently developed a rigorous strategy to identify mRNA editing using mRNA and genomic DNA sequencing, taking into account sequencing and mapping artifacts, and biological replicates. We applied this method to screen for mRNA editing in liver and white adipose tissue from eight chickens and confirm the small extent of mRNA recoding in this species. Among the 25 unique edited sites identified, three events were previously described in mammals, attesting that this phenomenon is conserved throughout evolution. Deeper investigations on five sites revealed the impact of tissular context, genotype, age, feeding conditions, and sex on mRNA editing levels. More specifically, this analysis highlighted that the editing level at the site located on COG3 was strongly regulated by four of these factors. By comprehensively characterizing the mRNA editing landscape in chickens, our results highlight how this phenomenon is limited and suggest regulation of editing levels by various genetic and environmental factors.
Published: 2016

5. Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé

Author: Yon, Jérémy, Bareille, Nathalie, Bed'Hom, Bertrand, Berthelot, Xavier, Combes, Sylvie, Dameron, Olivier, Foucras, Gilles, Journaux, Alexandre, Launay, Frédéric, Le Bail, Pierre-Yves, Le Floc'h, Nathalie, Martignon, Mélanie, Nédellec, Claire, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Quillet, Edwige, Meunier-Salaün, Marie-Christine, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale ( BIOEPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences ( Dyliss ), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Domaine expérimental animal du Pin ( SEA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers ( UEARF ), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] ( MaIAGE ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - 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Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers (UEARF), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Domaine Expérimental du Pin (DEP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - 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Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Subjects: animal health, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], santé animale, maladie animale, caractère phénotypique, [SDV]Life Sciences [q-bio], production animale, livestock farms, symptôme, ontology, symptom, ontologie
Abstract: un poster présenté; L'ontologie des caractères phénotypiques ATOL, est un outil dédié aux productions animales, permettant uneannotation des bases de données phénotypiques (http://www.atol-ontology.com/). Sur l’ensemble des finalitésciblées dans l’ontologie, les caractères liés à la santé ont été initialement renseignés uniquement dans la finalité Bien-Etre. Le projet P-AHOL, soutenu par le métaprogramme GISA, avait pour objectif de compléter ces caractères en créant une finalité «santé» avec l'ensemble des troubles détectés en élevage et susceptibles de pénaliser les autres finalités (croissance, nutrition, reproduction, production de lait, d’oeufs et foie gras, bien-être). Une démarche de co-construction a été ainsi réalisée sur la standardisation des troubles de santé, par leur dénomination et leur définition, et leur caractérisation, par leur hiérarchisation et avec une attention sur les symptômes. Le travail s’est appuyé sur quatre groupes d'experts du domaine de la santé, pluridisciplinaires (immunologie, virologie, bactériologie, …) et multi-espèces (ruminants, oiseaux, poissons, porc-lapin et cheval) et sur un réseau plus large incluant des scientifiques des départements Santé Animale, Génétique Animale et PHASE, et des porteurs d’enjeu au coeur des questions de santé animale (responsables d’installations expérimentales et de R&D). Pour le choix des maladies retenues, la démarche de co-construction s’est appuyée sur la liste des maladies identifiées dans le système d’informations Sicpa sanitaire et un document ANSES sur les poissons. Pour leur caractérisation, nous nous sommes appuyés sur des ontologies existantes telles que l’ontologie SNOMED CT pour les symptômes et l’ontologie NCBI Taxonomy pour les organismes. Le projet décrit la finalité santé avec 3 branches principales : les maladies classées en fonction de leur type (infectieux, génétique, métabolique, physique, psychologique, chronique) et de leur voie de transmission (horizontale, verticale, vectorielle), les symptômes et les organismes. La branche «organisme» correspond aux classes des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons, parasites) et des espèces atteintes. De plus, des propriétés ont été créées pour développer la sémantique entre les différents classes (est pathogène de, a comme symptôme, affecte). En perspective, l’objectif du programme ATOL vise à une utilisation de l’ontologie par différents acteurs impliqués dans les programmes de phénotypage, ainsi que pour l’évaluation du statut sanitaire des animaux et des troupeaux. Aussi le travail va se poursuivre avec la création de liens entre les données du SICPA Sanitaire et l’ontologie ATOL. En parallèle un travail d’enrichissement sera mis en place (1) sur les propriétés entre les finalitésde l’ontologie pour renseigner leurs interactions, (2) sur l’apport de nouveaux caractères ou de liens sur desméthodes de mesures en utilisant des méthodes de text-mining appliquées à la bibliographie ou à des bases de données.
Published: 2018

6. Combined QTL and Selective Sweep Mappings with Coding SNP Annotation andcis-eQTL Analysis RevealedPARK2andJAG2as New Candidate Genes for Adiposity Regulation

Author: Morgane Boutin, M. J. Duclos, Colette Désert, Elisabeth Le Bihan-Duval, Diane Esquerre, Yuna Blum, Sandrine Lagarrigue, Frédérique Pitel, Hervé Guillou, Pierre-François Roux, Etienne Mouisel, Brian W. Parks, Olivier Demeure, Sophie Leroux, Christophe Klopp, Anis Djari, Bertrand Servin, Aldons J. Lusis, Simon Boitard, Alexandra Montagner, Frédéric Lecerf, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Department of Medecine/Division of Cardiology, University of California [Los Angeles] (UCLA), University of California-University of California, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), SIGENAE, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherches Avicoles (URA), Department of Human Genetics, Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Université européenne de Bretagne ( UEB ), Biologie Intégrative des Populations, École pratique des hautes études ( EPHE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, University of California at Los Angeles [Los Angeles] ( UCLA ), Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, UMR 1048 I2MC, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle ( UBIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, GENOTOUL, Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Recherches Avicoles (SRA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California (UC)-University of California (UC), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) (UBIA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Candidate gene, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], génomique fonctionnelle, métabolisme des lipides, Mice, selective sweeps, 0302 clinical medicine, Family-based QTL mapping, régulation, Genetics (clinical), Genetics, adiposity, 0303 health sciences, Genome, Chromosome Mapping, High-Throughput Nucleotide Sequencing, adiposité, cis-eQTLs, divergent lines, gène candidat, Jagged-2 Protein, JAG2, Adipose Tissue, White, Ubiquitin-Protein Ligases, Quantitative Trait Loci, poulet, Context (language use), annotation génomique, Myosins, Investigations, Quantitative trait locus, Biology, Polymorphism, Single Nucleotide, Cell Line, 03 medical and health sciences, Gene mapping, séquençage à haut débit, Animals, Molecular Biology, Alleles, 030304 developmental biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Membrane Proteins, Molecular Sequence Annotation, Sequence Analysis, DNA, PARK2, détection de qtl, SNP annotation, Expression quantitative trait loci, Selective sweep, Chickens, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Very few causal genes have been identified by quantitative trait loci (QTL) mapping because of the large size of QTL, and most of them were identified thanks to functional links already known with the targeted phenotype. Here, we propose to combine selection signature detection, coding SNP annotation, and cis-expression QTL analyses to identify potential causal genes underlying QTL identified in divergent line designs. As a model, we chose experimental chicken lines divergently selected for only one trait, the abdominal fat weight, in which several QTL were previously mapped. Using new haplotype-based statistics exploiting the very high SNP density generated through whole-genome resequencing, we found 129 significant selective sweeps. Most of the QTL colocalized with at least one sweep, which markedly narrowed candidate region size. Some of those sweeps contained only one gene, therefore making them strong positional causal candidates with no presupposed function. We then focused on two of these QTL/sweeps. The absence of nonsynonymous SNPs in their coding regions strongly suggests the existence of causal mutations acting in cis on their expression, confirmed by cis-eQTL identification using either allele-specific expression or genetic mapping analyses. Additional expression analyses of those two genes in the chicken and mice contrasted for adiposity reinforces their link with this phenotype. This study shows for the first time the interest of combining selective sweeps mapping, coding SNP annotation and cis-eQTL analyses for identifying causative genes for a complex trait, in the context of divergent lines selected for this specific trait. Moreover, it highlights two genes, JAG2 and PARK2, as new potential negative and positive key regulators of adiposity in chicken and mice.
Published: 2015

7. Delayed muscle development in small pig fetuses around birth cannot be rectified by maternal early feed restriction and subsequent overfeeding during gestation

Author: Marie-France Palin, Isabelle Louveau, Chantal Farmer, Florence Gondret, Louis Lefaucheur, Marie-Hélène Perruchot, Lenha Mobuchon, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agriculture et Agroalimentaire Canada, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: pig, Swine, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Intrauterine growth restriction, pref1, Muscle Development, développement musculaire, Fetal Development, Pregnancy, Myosin, Myocyte, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, culture cellulaire, Fetal Growth Retardation, Myogenesis, alimentation maternelle, 04 agricultural and veterinary sciences, intrauterine growth retardation, myogénèse, Animal culture, medicine.anatomical_structure, Alimentation et Nutrition, retard de croissance intrautérine, Body Composition, Gestation, Female, myogenesis, porcelet, maternal nutrition, medicine.medical_specialty, Offspring, croissance compensatrice, Biology, SF1-1100, 03 medical and health sciences, Insulin-Like Growth Factor II, Internal medicine, medicine, Food and Nutrition, Animals, nutrition animale, IGF, Muscle, Skeletal, 030304 developmental biology, Fetus, Body Weight, 0402 animal and dairy science, Skeletal muscle, medicine.disease, 040201 dairy & animal science, Diet, Endocrinology, Animal Science and Zoology, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, porc
Abstract: International audience; Intrauterine variations in nutrient allowance can alter body composition and tissue features of the porcine offspring around birth. This study aimed to determine the effects of fetal weight variations between littermates and of maternal dietary regimen during gestation on fetal muscle traits just before birth. Fourteen pregnant gilts were reared under a conventional (control, CTL; n=7) or an experimental (treatment, TRT; n=7) dietary regimen during gestation. The dietary treatment provided 70% of the protein and digestible energy contents of the CTL diet during the first 70 days of gestation and then, 115% of the protein and digestible energy contents up to farrowing. At 110 days of gestation, sows were sacrificed and one fetus having a low (824±140 g) and one having a normal (1218±192 g) BW per litter were sampled. Irrespective of maternal dietary regimen, the longissimus muscle of the small fetuses exhibited higher expression levels of DLK1/Pref1 and NCAM1/CD56, two genes known to be downregulated during normal skeletal muscle development. Expression levels of the embryonic isoform of the myosin heavy chain (MyHC), both at the mRNA and at the protein levels, were also higher in small fetuses. In addition, the ratios of perinatal to embryonic and of adult fast to developmental MyHC isoforms were generally lower in light fetuses compared with their medium-weight littermates. These modifications suggest a delayed myofiber development in spontaneous growth-retarded fetuses. Finally, GLUT1 was expressed to a lesser extent in the muscle of small v. normal fetuses, suggesting decreased ability for glucose uptake in muscle. Initial feed restriction and subsequent overfeeding of sows during gestation led to a lower expression of the myogenic factor MYOD1, a prerequisite for myogenic initiation in skeletal muscle. This maternal strategy was also associated with a lower expression level of insulin-like growth factor 1 receptor (IGFR) but an upregulation of IGF2. This suggests an altered susceptibility of muscle cells to IGFs’ signal in fetuses from treated sows. Altogether, intrauterine growth restriction impaired fetal muscle development, and restricted feeding followed by overfeeding of gestating sows did not allow small fetuses to recover normal contractile and metabolic characteristics.
Published: 2015

8. Combined transcriptomics and metabolomics in the whole blood to depict feed efficiency in pigs

Author: Juigné, Camille, Becker, Emmanuelle, Gondret, Florence, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), and Région Bretagne, Métaprogramme DigitBio de l'INRAE.
Subjects: Feed efficiency, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Abstract: Les informations bibliographiques du livre des résumés sont à venir après la fin du congrès.; International audience; Feed efficiency is a research priority to support a sustainable meat production, but it is also recognized as a complex trait that integrates multiple biological pathways orchestrated in and by various tissues. This study aims to determine the relationships between biological entities underlying the interindividual variation of feed efficiency in growing pigs. The feed conversion ratio (FCR) was calculated from a total of 47 Large White pigs from a divergent selection for residual feed intake and fed high starch or high-fat high fiber diets during 58 days. We considered transcriptomics (60 k porcine microarray) and metabolomics (1H-NMR analysis and target gas chromatography) datasets obtained in the whole blood of pigs at the end of the trial. We studied whether connecting these two levels of biological organization will help for a better understanding of the key biological processes driving the phenotypic difference in feed efficiency. We identified 33 weighted gene co-expression networks (WGCNA) in the whole blood (13 to 2,491 unique genes). The eigengenes of six modules were correlated to FCR (P < 0.05). Most of these modules were enriched in genes participating in immune and defense-related processes. Profiles in circulating metabolites and fatty acids were summarized by weighed linear combinations from principal component analyses, and correlated to the eigengenes of the co-expressed genes modules. A significant association was found between a module of coexpressed genes participating to T cell receptor signaling and cell development process and related to FCR, and the circulating concentrations of omega-3 fatty acids. Finally, we provided a new method to integrate those experimental data and the public knowledge from metabolic pathway networks databases, to show where and how these molecules at different levels of biological organization participate and interact with each other. Databases of biological pathways in BioPAX format, represented by graphs, were queried to identify participants of interest in interactions. Altogether, these different approaches will help to depict biological systems and understand complex traits such as feed efficiency.
Published: 2023

9. Multi-tissue transcriptomic study reveals the main role of liver in the chicken adaptive response to a switch in dietary energy source through the transcriptional regulation of lipogenesis

Author: David Causeur, Cécile Berri, Magalie Houée-Bigot, Christelle Hennequet-Antier, Colette Désert, Yuna Blum, Morgane Boutin, Elisabeth Baéza, Jérôme Montfort, Sonia Métayer-Coustard, E. Le Bihan, Anne Collin, Michel J. Duclos, Sandrine Lagarrigue, M. Aite, Florence Gondret, A. le Cam, Pierre-François Roux, S. Allais, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), AGROCAMPUS OUEST [Le Rheu], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), This project received financial support from French National Agency of Research (FatInteger project, ANR-11-SVS7) and also used data from the ChickStress Project (ANR-13-ADAP)., ANR-11-BSV7-0004,FatInteger,Recherche de régulateurs clefs de la plasticité lipidique chez deux espèces monogastriques majeures (porc et poule) en combinant des données haut débit et des approches statistique, bioinformatique et phylogénique.(2011), ANR-13-ADAP-0014,ChickStress,Mécanismes d'adaptation à la chaleur et à un aliment suboptimal chez la poule pondeuse(2013), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), ANR FatInteger project (ANR-11-SVS7), ANR ChickStress Project (ANR-13-ADAP), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest
Subjects: 0301 basic medicine, Dietary Fiber, Transcription, Genetic, Adipose tissue, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Transcriptome, chemistry.chemical_compound, Transcriptional regulation, Beta oxidation, lipogénèse, Animal biology, 2. Zero hunger, Regulation of gene expression, Fat diet, TADA2A, amidon, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Starch, Lipid, polyunsaturated fatty acid, foie, Chicken, SREBF1, Biochemistry, Liver, fibre, Lipogenesis, animal feeding, Energy source, Biotechnology, fiber, expression des gènes, Research Article, Regulation, Meat, lcsh:QH426-470, alimentation animale, lcsh:Biotechnology, poulet, Biology, Diet, High-Fat, 03 medical and health sciences, acide gras polyinsaturé, lcsh:TP248.13-248.65, Biologie animale, Genetics, Animals, Adaptation, Gene expression, PUFA, Fatty acid synthesis, lipide, 030102 biochemistry & molecular biology, transcriptomique, lcsh:Genetics, 030104 developmental biology, chemistry, Gene Expression Regulation, liver function tests, régulation génique, Chickens
Abstract: The 178 microarrays are MIAME compliant and available in Gene Expression Omnibus (GEO) through GEO Series accession number GSE104042 andplatform number GPL19630.; International audience; Background: Because the cost of cereals is unstable and represents a large part of production charges for meattype chicken, there is an urge to formulate alternative diets from more cost-effective feedstuff. We have recently shown that meat-type chicken source is prone to adapt to dietary starch substitution with fat and fiber. The aim of this study was to better understand the molecular mechanisms of this adaptation to changes in dietary energy sources through the fine characterization of transcriptomic changes occurring in three major metabolic tissues – liver, adipose tissue and muscle – as well as in circulating blood cells.Results: We revealed the fine-tuned regulation of many hepatic genes encoding key enzymes driving glycogenesis and de novo fatty acid synthesis pathways and of some genes participating in oxidation. Among the genes expressed upon consumption of a high-fat, high-fiber diet, we highlighted CPT1A, which encodes a key enzyme in the regulation of fatty acid oxidation. Conversely, the repression of lipogenic genes by the high-fat diet was clearly associated with the downregulation of SREBF1 transcripts but was not associated with the transcript regulation of MLXIPL and NR1H3, which are both transcription factors. This result suggests a pivotal role for SREBF1 in lipogenesis regulation in response to a decrease in dietary starch and an increase in dietary PUFA. Other prospective regulators of de novo hepatic lipogenesis were suggested, such as PPARD, JUN, TADA2A and KAT2B, the last two genes belonging to the lysine acetyl transferase (KAT) complex family regulating histone and non-histone protein acetylation. Hepatic glycogenic genes were also down-regulated in chickens fed a high-fat, high-fiber diet compared to those in chickens fed a starch-based diet. No significant dietary-associated variations in gene expression profiles was observed in the other studied tissues, suggesting that the liver mainly contributed to the adaptation of birds to changes in energy source and nutrients in their diets, at least at the transcriptional level. Moreover, we showed that PUFA deposition observed in the different tissues may not rely on transcriptional changes.Conclusion: We showed the major role of the liver, at the gene expression level, in the adaptive response of chicken to dietary starch substitution with fat and fiber.
Published: 2017

10. Is a world without meat realistic?

Author: Hocquette, Jean-François, Mollier, Pascale, Peyraud, Jean-Louis, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), UAR 1186 Communication, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], food and beverages, consommation de viande, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], élevage, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract: Citizens have growing concerns about livestock and meat consumption. Answers cannot be simplistic solutions such as no meat, to avoid killing animals, improve human health and reduce harmful emission to the environment. First, farm animals are today well adapted to living with humans, and cannot simply return to the wild world without suffering. Second, the relationship between food and health has to be considered for the overall eating pattern, not for one part of the diet. Eating some products in excess as meat will cause health disorders. Nutritional recommendations will be met by consuming in a reasonable amount a variety of foods including lean meats because they provide high-quality proteins, micronutrients (iron, vitamins, etc). Eating meat from herbivores is also an efficient way to indirectly make the most of plants and grass. This is of particular importance in marginal areas, where climate and soil do not allow crop production. Therefore, conversion of plant proteins to animal proteins should be calculated for non-edible proteins (and not for total proteins), since 80% of food consumed by livestock is not consumable by humans. By this way, cattle will appear much more efficient in converting natural resources into edible products. Other claims should be carefully weighted: livestock do occupy 70-75% of agricultural land, but mostly non-arable lands; to produce 1 kg of meat, it is claimed that 15,000 liters are required, but only the blue water (river, ground water) is in competition with human needs, therefore 1 kg of beef requires less than 700 liters of blue water. In addition, carbon storage by grasslands corresponds to 30-80% of methane emissions by ruminants. Livestock manure in Europe represents an important supply of nitrogen and phosphorus to the soils. They are also a source of organic matter essential for soil fertility. Finally, livestock and meat consumption are closely associated with our cultural heritage (food gastronomy). Rearing livestock also offers jobs in rural areas and poor countries. In conclusion, livestock and meat production are faced with a range of sustainability challenges, including changing consumer perceptions and improving rearing practices, but no more meat is not realistic.
Published: 2017

11. Genome specific expression in the liver of mule and hinny duck hybrids

Author: Diot, Christian, Herault, Frédéric, Navarro, Julien, Le Calvez, Laure, Baéza, Elisabeth, Klopp, Christophe, Bouchez, Olivier, Esquerre, Diane, Peterlongo, Pierre, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Sigenae - Genotoul, GeT PlaGe, Genotoul, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse ( MIAT INRA ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Recherches Avicoles (URA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: polymorphisme nucléotidique simple (SNP), canard hinny, animal structures, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], génome, animal diseases, canard de barbarie, [SDV]Life Sciences [q-bio], canard mulard, foie gras, muscovy ducks, genome, hybridization, hybridation, expression des gènes
Abstract: Among different duck genetic types, Muscovy and especially mule ducks are the only ones involved in fatty liver production. Mule ducks are hybrids from male Muscovy ducks (Cairina moschata, Cm) and female common ducks (Anas platyrhynchos, Ap). They benefit from a heterosis effect on feed ingestion capacity and fatty liver weight and thus they account for 95% of fatty liver production. Conversely, common ducks and hinny hybrids (male common duck X female Muscovy duck) are not used to produce fatty liver. In order to better characterize these reciprocal hybrids, genome specific expression was analyzed. RNA sequencing was conducted in the liver of common, Muscovy, mule and hinny ducks fed ad libitum or overfed (n=10). SNPs with genome specific alleles were selected in common and Muscovy duck RNA sequences by discosnp++, a de novo assembly method that does not require a reference genome. Sequence reads corresponding to the two alleles of genome specific SNPs were then counted in RNA sequences from mule and hinny hybrids. These counts were considered as expression levels. Only three loci were found to be expressed in a strict genome specific manner. They were localized in the mitochondrial genome and, as expected, the maternal allele of the hybrids was found to be expressed. Interestingly, some genes were also found to be expressed with allelic imbalance, i.e. the ratio of Ap allele expression on Cm allele expression being < 1 in at libitum fed and > 1 in overfed ducks or conversely > 1 in at libitum fed and < 1 in overfed ducks, pointing out orthologue genes with and without regulation by (over)feeding. In conclusion, genome specific expression and allelic imbalance could be observed in duck hybrids, strongly suggesting regulatory divergence between parental alleles.
Published: 2017

12. Signatures épigénétiques associées à l’état physiologique, nutritionnel et pathologique chez la vache laitière en postpartum

Author: Maxime Gasselin, Marion Boutinaud, Laura Notebaert, Jean-Philippe Perrier, Francois PIUMI, Luc Jouneau, Audrey Prézelin, Christine Leroux, José Pires, Bruno Pount, Jackie Zawadzki, Hélène Kiefer, Hélène Jammes, Biologie du Développement et Reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris-Saclay, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, XR-Repro, Groupe Piladière, Biologie du développement et reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Biologie du développement et reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], RRBS, dairy cattle, état pathologique, nutritional status, epigénétique, bovin laitier, vache laitière, [ SDV.BDD ] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, disease condition, postpartum, adn génomique, état nutritionnel, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], monocytes, méthylation, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, état physiologique
Abstract: La santé et la fertilité des vaches laitières sont au cœur des préoccupations de la filière professionnelle dans un objectif d’efficience, de quantité et de qualité de la production de lait. La mise en place d’une lactation performante se superpose aux profonds changements hormonaux et métaboliques de la période postpartum, se traduisant par une balance énergétique négative. Les conséquences en sont souvent une altération de la fertilité et une immunodépression qui accroit la susceptibilité aux pathologies. Dans les élevages, il existe encore une grande variabilité d’état général et de performances chez les vaches laitières malgré la sélection génomique. Il est proposé que des modifications de la méthylation de l’ADN puissent contribuer à cette variabilité phénotypique individuelle. En effet, la méthylation de l’ADN, en tant que processus épigénétique, est impliquée dans la régulation transcriptionnelle des gènes, et présente une certaine plasticité face aux contraintes environnementales. Nous avons fait l’hypothèse que des signatures épigénétiques portées par les cellules du sang, pourraient refléter l’état de santé des vaches et pourraient être modifiées en réponse à différents facteurs intrinsèques (parité, stades physiologiques…) et aux contraintes environnementales. Ces signatures ont été recherchées dans une population de cellules du sang particulière : les monocytes. Ces cellules, accessibles par prélèvements sanguins et purification en présence d’un anticorps spécifique, constituent la première ligne de réponse d’immunité innée face aux infections aigües participant à la dégradation de l’état de santé des vaches en postpartum. Pour tester l’hypothèse de signatures épigénétiques monocytaires, une analyse du méthylome par « Reduced Representation Bisulfite Sequencing », (RRBS) dans diverses situations d’élevage a été réalisée. En utilisant des ADN génomiques de vaches incluses dans plusieurs protocoles, 22 banques ont été construites et séquencées. Leur analyse a été réalisée en utilisant un pipeline d’analyses bioinformatique et biostatistique développé au laboratoire. En moyenne 1 250 000 CpG sont pris en considération et permettent l’identification et la localisation de cytosines différentiellement méthylées (DMC) : i) 27143 DMC en comparant les méthylomes de différents types cellulaires (monocytes versus fibroblastes et PBMC) ii) 4788 DMC en réponse à un challenge nutritionnel basé sur la distribution du complément alimentaire GENIAL®, fabriqué et distribué en élevage par nos partenaires PILARDIERE et XR-Repro. iii) 2615 et 4616 DMC en réponse au challenge infectieux pour le groupe de vaches témoins et le groupe en restriction alimentaire respectivement (protocole coordonné par Christine Leroux et José Pires (RUMINFLAME, INRA, Theix) combinant une restriction alimentaire et un challenge immunitaire, par injection de LipoPolySaccharide). iv) 4420 DMC issues de la comparaison entre méthylomes de vaches à génome constant (issues du transfert nucléaire, clones) et de vaches à génome variable mais de même âge et élevées dans les mêmes conditions que les clones. Pour certaines régions différentiellement méthylées (DMR) ciblant le promoteur de gènes, le statut de méthylation a été confirmé par conversion bisulfite et pyroséquençage. L’expression des gènes associés a été étudiée. Une anti corrélation significative est observée entre méthylation et expression signant la fonctionnalité de ces régions. En comparant les 11 méthylomes monocytaires, il est montré que 21% des CpG sont extrêmement stables et ne présentent qu’une faible variation de méthylation entre échantillons ( 20%).L’ensemble de ces informations peut être pris en considération pour la conception d’un outil d’épigénotypage. A l’avenir, il serait aussi possible d’utiliser cet outil en routine afin d’appréhender les variations du méthylome monocytaire dans différentes conditions d’élevage.
Published: 2017

13. Elfe. Une base de données pour caractériser les émissions gazeuses

Author: Guingand, Nadine, Espagnol, Sandrine, Vigan, Aurore, Hassouna, Melynda, Lorinquer, Elise, Ponchant, Paul, Lagadec, Solène, Brame, Coline, Edouard, Nadège, Genermont, Sophie, Loyon, Laurence, Eugène, Maguy, Klumpp, Katja, Fiorelli, Jean-Louis, Mathias, Etienne, Legall, Cécile, Cohan, Jean-Pierrre, Eglin, Thomas, Robin, Paul, Institut du Porc, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut de l'Elevage, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI), Chambre Régionale d'Agriculture de Bretagne, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Interprofessionnel Technique d'Etude des Pollutions Atmosphériques (CITEPA), Terres Inovia, ARVALIS - Institut du végétal [Paris], Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Institut du Porc (IFIP), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de l'élevage (IDELE), ITAVI, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux ( ITAVI ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt ( ASTER Mirecourt ), Centre Interprofessionnel Technique d'Etude des Pollutions Atmosphériques ( CITEPA ), ARVALIS - Institut du Végétal, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie ( ADEME ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: base de données, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], gas emission, poultry, [SDV]Life Sciences [q-bio], metadata, herbivore, swine, émission gazeuse, élevage, [SDV] Life Sciences [q-bio], volaille, métadonnée, effluent, porc
Abstract: In France, 70% of ammonia and 18% of greenhouse gas (GHG) originate from the livestock sector. Thus, improving knowledge on the magnitude and origin of gaseous emissions is essential to reduce them, and then meet societal requirements and setup regulations at national and European levels. A consortium involving research (Inra, Irstea) and technical development (Ifip, Itavi, Idele, CRAB, Terres Innovia, Arvalis) was created to implement a robust database (ELFE) gathering (inter)national literature references on gaseous emissions of poultry, pork, herbivore productions and related indicators. With the help of the database ELFE, we aim to determine emission factors (EF) for NH3, GHG, particles and odors in various technical itineraries integrating the different steps of animal and manure management (i.e. building, manure storage and treatment, spreading and pasture). Building the structure of the database was the first step of this project financed by the French Agency of the Environment and the Control of Energy (ADEME). Further on, national and international literature data were integrated into the database. At the moment, around 1,000 publications are recorded, essentially focusing on NH3 and GHG emissions. The next steps concentrate on data analysis to determine average EF’s per itinerary and EF-variability due to metadata (i.e. animal type, climate, diet, duration, storage type...). Outcomes will be published in scientific journals but also made available for stakeholders as guidance documents (i.e. fact sheets, technical reports). The purpose of these documents is to advise agricultural consultants and authorities on ways of reducing emissions and improving air quality in livestock production systems.
Published: 2017

14. Recherche de régions génomiques responsables du diabète insipide et de la couleur de la coquille celadon chez la Caille japonaise par RADseq

Author: Leroux, Sophie, Marissal, Anna, Bernard, Maria, Esquerre, Diane, BARBIERI, Johanna, Gourichon, David, Riviere, Sandrine, Boulliou-Robic, Annie, Hochu, Isabelle, Lagarrigue, Sandrine, Klopp, Christophe, Zerjal, Tatiana, Bed'Hom, Bertrand, Minvielle, Francis, Pitel, Frederique, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (PEAT), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (UE PEAT), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GeT PlaGe, Genotoul, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages ( BIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours ( PEAT ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], caille japonaise, polymorphisme, génétique, diabète, génomique
Abstract: Japanese quail is a species for which there is no commercial genotyping chip. We tested the RADSeq (Restriction site associated DNA Sequencing) technique for the first time in this species. RADSeq is a technique for genotyping by sequencing a reduced representation of the genome - the same for all individuals - obtained by selecting DNA fragments derived from restriction enzyme digestion of the genome. The sequences obtained are then compared to detect Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) and to analyze the genotype of each individual in these variable positions. This technique has been applied to the study of two phenotypes: "celadon" and "diabetes insipidus". The former is responsible for the shell color called "celadon" (blue-green); the latter, which is present at low frequency in commercial populations, is characterized by polydipsia and polyuria, very marked in females, and by a decrease of hematocrit levels. A family design in which both phenotypes are segregating has been established: 158 F2 females informative for both traits were obtained by crossing quail lines fixed for either phenotype. More than 230,000 SNPs were identified, and 36,000 were used for association analyzes with the traits under study, identifying the "celadon" region on chromosome 16. The "diabetes insipidus" region could not be localized, and additional analyzes are under way.; La caille japonaise est une espèce pour laquelle il n'existe pas de puce de génotypage commerciale. Nous avons testé l'utilisation de la technique de RADSeq (Restriction site Associated DNA Sequencing), pour la première fois sur cette espèce. Le RADSeq est une technique de génotypage par séquençage d’une sous-représentation du génome - la même pour tous les individus - obtenue par sélection de fragments d'ADN issus de la digestion du génome par des enzymes de restriction. Les séquences obtenues sont ensuite comparées pour détecter des polymorphismes de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et analyser le génotype de chaque individu en ces positions variables. Cette technique a été appliquée à l'étude de deux phénotypes : "céladon" et "diabète insipide", dont le caractère mendélien est connu ou soupçonné. Le premier est responsable de la couleur de coquille "céladon" (bleu-vert) ; le second, qui est présent à faible fréquence dans les populations commerciales, se manifeste par une polydipsie et une polyurie très marquées chez les femelles, et par une diminution de l’hématocrite. Un dispositif familial dans lequel ségrègent ces deux phénotypes a été mis en place : 158 femelles F2, informatives pour les deux caractères, ont été obtenues par croisement de lignées fixées pour l’un ou l’autre des phénotypes. Plus de 230 000 SNP ont été identifiés, et 36 244 ont été utilisés pour des analyses d’association avec les caractères étudiés, ce qui a permis d’identifier la région de "céladon" sur le chromosome 16. La région du "diabète insipide" n'a pas pu être localisée, des analyses complémentaires sont en cours.
Published: 2017

15. Recherche des régions génomiques responsables du diabète insipide et de la couleur coquille celadon chez la caille japonaise par radseq

Author: Leroux , Sophie, Marissal , Anna, Bernard , Maria, Esquerre , Diane, BARBIERI , Johanna, Gourichon , David, Riviere , Sandrine, Boulliou-Robic , Annie, Hochu , Isabelle, Lagarrigue , Sandrine, Klopp , Christophe, Zerjal , Tatiana, Bed'Hom , Bertrand, Minvielle , Francis, Pitel , Frederique, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GeT PlaGe, Genotoul, Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (PEAT), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages ( BIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours ( PEAT ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], caille japonaise, polymorphisme, génétique, génomique, diabète
Abstract: Japanese quail is a species for which there is no commercial genotyping chip. We tested the RADSeq(Restriction site associated DNA Sequencing) technique for the first time in this species. RADSeq is a techniquefor genotyping by sequencing a reduced representation of the genome - the same for all individuals - obtained byselecting DNA fragments derived from restriction enzyme digestion of the genome. The sequences obtained arethen compared to detect Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) and to analyze the genotype of eachindividual in these variable positions. This technique has been applied to the study of two phenotypes: "celadon"and "diabetes insipidus". The former is responsible for the shell color called "celadon" (blue-green); the latter,which is present at low frequency in commercial populations, is characterized by polydipsia and polyuria, verymarked in females, and by a decrease of hematocrit levels. A family design in which both phenotypes aresegregating has been established: 158 F2 females informative for both traits were obtained by crossing quaillines fixed for either phenotype. More than 230,000 SNPs were identified, and 36,000 were used for associationanalyzes with the traits under study, identifying the "celadon" region on chromosome 16. The "diabetesinsipidus" region could not be localized, and additional analyzes are under way.; La caille japonaise est une espèce pour laquelle il n'existe pas de puce de génotypage commerciale. Nous avonstesté l'utilisation de la technique de RADSeq (Restriction site Associated DNA Sequencing), pour la premièrefois sur cette espèce. Le RADSeq est une technique de génotypage par séquençage d’une sous-représentation dugénome - la même pour tous les individus - obtenue par sélection de fragments d'ADN issus de la digestion dugénome par des enzymes de restriction. Les séquences obtenues sont ensuite comparées pour détecter despolymorphismes de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et analyser le génotype de chaque individu ences positions variables. Cette technique a été appliquée à l'étude de deux phénotypes : "céladon" et "diabèteinsipide", dont le caractère mendélien est connu ou soupçonné. Le premier est responsable de la couleur decoquille "céladon" (bleu-vert) ; le second, qui est présent à faible fréquence dans les populations commerciales,se manifeste par une polydipsie et une polyurie très marquées chez les femelles, et par une diminution del’hématocrite. Un dispositif familial dans lequel ségrègent ces deux phénotypes a été mis en place : 158 femellesF2, informatives pour les deux caractères, ont été obtenues par croisement de lignées fixées pour l’un ou l’autredes phénotypes. Plus de 230 000 SNP ont été identifiés, et 36 244 ont été utilisés pour des analyses d’associationavec les caractères étudiés, ce qui a permis d’identifier la région de "céladon" sur le chromosome 16. La régiondu "diabète insipide" n'a pas pu être localisée, des analyses complémentaires sont en cours.
Published: 2017

16. Quels leviers pour aboutir à des solutions « gagnant-gagnant » dans les territoires d’élevage herbagers ?

Author: Bertrand Dumont, Julie Ryschawy, Michel Duru, Pierre Dupraz, Marc Benoit, Luc Delaby, Olivier Huguenin-Elie, Katja Klumpp, Servane Lavenant, Dominique Vollet, Rodolphe Sabatier, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Agroscope, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), UMR Territoires - Clermont Auvergne ( UMR Territoires ), AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Territoires - UMR 1273 (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], prairie, cartographie, legume, grassland, mapping, relation herbe troupeau, légumineuse, élevage
Abstract: Session 2-B : Alimenter les troupeaux à partir de ressources variéesSession 2-B : Alimenter les troupeaux à partir de ressources variées; Cette proposition émane d’un collectif interdisciplinaire mobilisé dans le cadre d’une expertise scientifique collective réalisée par l’INRA sur les « rôles, impacts et services issus des élevages en Europe ». Au-delà d’une synthèse exhaustive de la littérature, cette expertise a conduit à deux productions originales : -Une cartographie des principaux territoires d’élevage européens selon les densités animales et la part de « l’herbe » dans l’alimentation des animaux d’élevage, - Un cadre d’analyse sous forme d’une « grange » afin de représenter et d’analyser les synergies, antagonismes et compromis à mettre en œuvre pour assurer une meilleure durabilité de l’élevage selon les territoires. Ici, nous nous proposons de présenter ce cadre d’analyse et de le décliner dans quatre territoires le long d’un gradient de densités animales : la Bretagne, l’Irlande, les zones AOP du Massif central et les systèmes transhumants de Méditerranée. Nous discutons ensuite des leviers à mettre en œuvre selon les territoires pour aboutir à des solutions « gagnant-gagnant » conciliant les performances productives et environnementales des systèmes d’élevage. A l’échelle du système, il s’agit i) de préserver des prairies riches en légumineuses et en diverses, ii) de conserver les infrastructures agro-écologiques et iii) de repenser la gestion du troupeau en lien avec la pousse de l’herbe. A l’échelle du territoire, les principaux enjeux concernent i) le maintien et le développement de filières de qualité, ii) le développement de cercles d’information et de lieux d’apprentissage, et iii) la préservation des organisations paysagères complexes assurant la connectivité des milieux.
Published: 2017

17. A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs

Author: Gondret, Florence, Vincent, Annie, Houée-Bigot, Magalie, Siegel, Anne, Lagarrigue, Sandrine, Causeur, David, Gilbert, Hélène, Louveau, Isabelle, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus ( LMA2 ), AGROCAMPUS OUEST, Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences ( Dyliss ), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, ANR FatInteger, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus (LMA2), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), and ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011)
Subjects: consommation alimentaire résiduelle, Swine, Feed efficiency, tissu adipeux, lignée divergente, Residual feed intake, Quantitative Trait, Heritable, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Biologie animale, pig, feed efficiency, transcriptomics, integrative biology, multivariate statistics, Genetics, Food and Nutrition, Animals, Gene Regulatory Networks, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Multi-tissues, Animal biology, Pig, Gene Expression Profiling, efficacité alimentaire, Computational Biology, Genetic Variation, réponse moléculaire, foie, Animal Feed, muscle longissimus, analyse multifactorielle, Multiple factor analysis, Gene Expression Regulation, Organ Specificity, Alimentation et Nutrition, Body Composition, Animal Nutritional Physiological Phenomena, Transcriptome, porc, Biotechnology, Research Article, Signal Transduction
Abstract: Background Animal’s efficiency in converting feed into lean gain is a critical issue for the profitability of meat industries. This study aimed to describe shared and specific molecular responses in different tissues of pigs divergently selected over eight generations for residual feed intake (RFI). Results Pigs from the low RFI line had an improved gain-to-feed ratio during the test period and displayed higher leanness but similar adiposity when compared with pigs from the high RFI line at 132 days of age. Transcriptomics data were generated from longissimus muscle, liver and two adipose tissues using a porcine microarray and analyzed for the line effect (n = 24 pigs per line). The most apparent effect of the line was seen in muscle, whereas subcutaneous adipose tissue was the less affected tissue. Molecular data were analyzed by bioinformatics and subjected to multidimensional statistics to identify common biological processes across tissues and key genes participating to differences in the genetics of feed efficiency. Immune response, response to oxidative stress and protein metabolism were the main biological pathways shared by the four tissues that distinguished pigs from the low or high RFI lines. Many immune genes were under-expressed in the four tissues of the most efficient pigs. The main genes contributing to difference between pigs from the low vs high RFI lines were CD40, CTSC and NTN1. Different genes associated with energy use were modulated in a tissue-specific manner between the two lines. The gene expression program related to glycogen utilization was specifically up-regulated in muscle of pigs from the low RFI line (more efficient). Genes involved in fatty acid oxidation were down-regulated in muscle but were promoted in adipose tissues of the same pigs when compared with pigs from the high RFI line (less efficient). This underlined opposite line-associated strategies for energy use in skeletal muscle and adipose tissue. Genes related to cholesterol synthesis and efflux in liver and perirenal fat were also differentially regulated in pigs from the low vs high RFI lines. Conclusions Non-productive functions such as immunity, defense against pathogens and oxidative stress contribute likely to inter-individual variations in feed efficiency. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s12864-017-3639-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2017

18. Phenotyping of animals and their meat: applications of low-power ultrasounds, near-infrared spectroscopy, raman spectroscopy and hyperspectral imaging

Author: Andueza Urra , Jesus Donato, Mourot , Benoît-Pierre, Hocquette , Jean-François, Mourot , Jacques, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Valorex SAS, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Fidel Toldra, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], spectroscopy, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], ultrasound, phénotypage, spectroscopie raman, [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, animal, spectroscopie proche infrarouge, imagerie hyperspectrale, near-infrared, ultrason
Abstract: Phenotyping of animals and their meat: applications of low-power ultrasounds, near-infrared spectroscopy, raman spectroscopy and hyperspectral imaging
Published: 2017

19. Animal consciousness

Author: Le Neindre, Pierre, Bernard, Emilie, Boissy, Alain, Boivin, Xavier, Calandreau, Ludovic, Delon, Nicolas, Deputte, Bertrand, Desmoulin‐Canselier, Sonia, Dunier-Thomann, Muriel, Faivre, Nathan, Giurfa, Martin, Guichet, Jean-Luc, Lansade, Léa, Larrère, Raphaël, Mormède, Pierre, Prunet, Patrick, Schaal, Benoist, SERVIERE, Jacques, Terlouw, Claudia, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Environmental Studies and Animal Studies, New York University, Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Droit et changement social ( DCS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Nantes ( UN ), Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Centre d'économie de la Sorbonne ( CES ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ), UMR 5169 Centre de recherches sur la cognition animale, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ), CAREF Ecole supérieure du professorat et de l’éducation de Beauvais, Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), UR Ritme, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), AgroParisTech, EFSA-Q-2015-00390, European Food Safety Authority, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU)-NYU System (NYU), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Droit et changement social (DCS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Centre d'économie de la Sorbonne (CES), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre Amiénois de Recherche en Education et Formation - UR UPJV 4697 (CAREF), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Risques, Travail, Marchés, Etat (RiTME), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Commanditaire : European Food Safety Authority (Italy), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Organisations européennes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN), Unité Prospective (PROSPECTIVE), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], épistémologie, cognition animale, adaptation animale, conscience, Awareness, perception, consciousness, phylogeny, comportement animal, Philosophy, Neurobiology, neurobiologie, phylogénie, Behaviour, pain, animal, douleur, Adaptation, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT]
Abstract: After reviewing the literature on current knowledge about consciousness in humans, we present a state-of-the art discussion on consciousness and related key concepts in animals. Obviously much fewer publications are available on non-human species than on humans, most of them relating to laboratory or wild animal species, and only few to livestock species. Human consciousness is by definition subjective and private. Animal consciousness is usually assessed through behavioural performance. Behaviour involves a wide array of cognitive processes that have to be assessed separately using specific experimental protocols. Accordingly, several processes indicative of the presence of consciousness are discussed: perception and cognition, awareness of the bodily-self, self-related knowledge of the environment (including social environment). When available, specific examples are given in livestock species. Next, we review the existing evidence regarding neuronal correlates of consciousness, and emphasize the difficulty of linking aspects of consciousness to specific neural structures across the phyla because high-level cognitive abilities may have evolved independently along evolution. Several mammalian brain structures (cortex and midbrain) are involved in the manifestations of consciousness, while the equivalent functional structures for birds and fishes would likely be the pallium/tectum and midbrain. Caution is required before excluding consciousness in species not having the same brain structures as the mammalian ones as different neural architectures may mediate comparable processes. Finally, specific neurophysiological mechanisms appear to be strongly linked to the emergence of consciousness, namely neural synchrony and neural feedback. Considering the limited amount of data available and the few animal species studied so far, we conclude that different manifestations of consciousness can be observed in animals but that further refinement is still needed to characterize their level and content in each species. Further research is required to clarify these issues, especially in livestock species.
Published: 2017

20. Impact of feed restriction and housing hygiene conditions on specific and inflammatory immune response, the cecal bacterial community and the survival of young rabbits

Author: Océane C B Martin, Sylvie Combes, K. Massip, Géraldine Pascal, Olivier Zemb, Thierry Gidenne, Isabelle P. Oswald, O. Bouchez, N. Le Floc’h, Laurent Cauquil, H. Furbeyre, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], INPT-ENSAT - INPT-ENVT, UMR 1388 GenPhySE Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GeT PlaGe, Genotoul, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Toxalim, Université de Toulouse, INRA, INPT, ENVT, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, specific and inflammatory immune response, Veterinary medicine, Globulin, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], rabbit, housing hygiene, Feed conversion ratio, SF1-1100, feed restriction, 03 medical and health sciences, Animal science, Immune system, Hygiene, medicine, Weaning, Animals, cecal microbiota, media_common, Caloric Restriction, 2. Zero hunger, biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Lachnospiraceae, Haptoglobin, 0402 animal and dairy science, 04 agricultural and veterinary sciences, Feeding Behavior, 040201 dairy & animal science, Housing, Animal, Immunity, Innate, Gastrointestinal Microbiome, Animal culture, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030104 developmental biology, biology.protein, Animal Science and Zoology, Female, Rabbits, medicine.symptom, business, Weight gain
Abstract: Limiting the post-weaning intake of the young rabbit is known to improve its resistance to digestive disorders, whereas a degradation of its housing hygiene is assumed to have a negative impact on its health. This study aims at providing insights into the mechanism of digestive health preservation regarding both host (growth and immune response) and its symbiotic digestive microbiota. A 2×2 factorial design from weaning (day 28) to day 64 was set up: ad libitum intake or restricted intake at 70% of ad libitum, and high v. low hygiene of housing (n=105 per group). At day 36 and day 45, 15 animals/group were subcutaneously immunized with ovalbumin (OVA) to assess their specific immune response. Blood was sampled at 36, 45, 57 and 64 days of age to determine total and anti-OVA immunoglobulin type G (IgG) and haptoglobin levels. The cecal bacterial community was explored (18 per group) by 454 pyrosequencing of genes coding for the 16S ribosomal RNA, whereas cecal pH, NH3 and volatile fatty acid (VFA) concentrations were measured to characterize fermentative activity. A 30% reduction in feed intake reduced the growth by only 17% (P
Published: 2017

21. La conscience animale: Une expertise scientifique collective de l’Inra

Author: Le Neindre, Pierre, Dunier-Thomann, Muriel, Boissy, Alain, BERNARD, Emilie, Boivin, Xavier, Calandreau, Ludovic, Delon, Nicolas, Deputte, Bertrand, Desmoulin‐Canselier, Sonia, Faivre, Nathan, Giurfa, Martin, Guichet, Jean‐Luc, Lansade, Léa, Larrère, Raphaël, Mormède, Pierre, Prunet, Patrick, Schaal, Benoist, SERVIERE, Jacques, Terlouw, Claudia, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Prospective (PROSPECTIVE), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Environmental Studies and Animal Studies, New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU)-NYU System (NYU), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Droit et changement social (DCS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN), Centre d'économie de la Sorbonne (CES), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, CAREF Ecole supérieure du professorat et de l’éducation de Beauvais, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), UR Ritme, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), AgroParisTech, EFSA-Q-2015-00390, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Risques, Travail, Marchés, Etat (RiTME), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), New York University, Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Droit et changement social ( DCS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Nantes ( UN ), Centre d'économie de la Sorbonne ( CES ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ), UMR 5169 Centre de recherches sur la cognition animale, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC )
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], philosophy, neurobiology, expertise collective, conscience, bien-être animal, adaptation, consciousness, behaviour, animal welfare, neurobiologie, awareness, pain, animal, douleur, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT]
Abstract: Ce dossier a préalablement été publié par l’Inra sur son site : http://institut.Inra.fr/Missions/Eclairer-les-decisions/Expertises/Toutes-les-actualites/Conscience-animale; This paper presents the outcome of a scientific multidisciplinary assessment on animal consciousness carried out by Inra from 2015 to 2017. The experts, produced in a 169 pages report in English, an exhaustive analysis of the scientific and philosophical knowledge available in the international literature. It first describes the knowledge about humans in which the concepts and tools describing consciousness have been developed. The available data on animals are much less numerous, but they make it possible to draw firm conclusions, even if they still require more data. Most of the reported results were obtained on laboratory and wild vertebrates and little on livestock species. Consciousness is defined as the subjective experience that the animal has of its environment and of its own knowledge. The overall view of the behavioral, cognitive and neurobiological studies analyzed in the report tends to show the existence of elaborate consciousness contents in the species studied. The consequences for animals of the presence of consciousness on pain and on ethical behavior towards them are presented. Additional researches should complement existing ones, particularly on farmed species.; Ce dossier présente les résultats d’une expertise scientifique collective sur la conscience animale réalisée par l’Inra en 2015-2017. Les experts ont produit dans un rapport de 169 pages en anglais une analyse exhaustive des connaissances scientifiques et philosophiques disponibles dans la littérature internationale. Il décrit tout d’abord les connaissances sur les humains où ont été élaborés les concepts et les outils décrivant la conscience. Les données disponibles sur les animaux sont beaucoup moins nombreuses mais elles permettent cependant de tirer des conclusions solides, même si elles demandent à être confortées. La plupart des résultats rapportés ont été obtenus sur des vertébrés de laboratoire ou sauvages et peu sur les espèces de rente. La conscience est définie comme l’expérience subjective que l’animal a de son environnement et de ses propres connaissances. La vision d’ensemble des études comportementales, cognitives et neurobiologiques analysées dans le rapport tend à montrer l’existence de contenus élaborés de conscience chez les espèces étudiées. Les conséquences pour les animaux de la présence d’une conscience sur la douleur et sur les conduites éthiques vis-à-vis d’eux sont présentées. Des recherches supplémentaires devront compléter celles existantes, particulièrement sur les espèces d’élevage.
Published: 2017

22. Assessing multiple goods and services derived from livestock farming on a nation-wide gradient

Author: Gilles Allaire, Olivier Aznar, Caroline Guinot, Edmond Tchakérian, Catherine Disenhaus, Jacques Lasseur, Julie Ryschawy, Sophie Bertrand, Muriel Tichit, Claude Aubert, Christophe Perrot, Etienne Josien, Sylvain Plantureux, AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Service Environnement,Direction des Affaires Scientifiques et Techniques, CNIEL, Observatoire des Programmes Communautaires de Développement Rural (US ODR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Département Environnement et Territoires, Interprofession Betail et Viandes (INTERBEV), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Département Economie, Institut de l’Élevage, Institut de l'élevage (IDELE), ITAVI, Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Territoires - UMR 1273 (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut de l'Elevage, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Observatoire des Programmes Communautaires de Développement Rural ( US ODR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut d'Enseignement Supérieur et de Recherche en Alimentation, Santé Animale, Sciences Agronomiques et de l'Environnement, Laboratoire Agronomie et Environnement ( LAE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Interprofession Betail et Viandes ( INTERBEV ), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux ( ITAVI ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-AgroParisTech-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: agroecology, Conservation of Natural Resources, Livestock, multi-criteria, 010501 environmental sciences, SF1-1100, 01 natural sciences, Ecosystem services, Goods and services, 11. Sustainability, Animals, Animal Husbandry, Agroecology, Environmental quality, 0105 earth and related environmental sciences, trade-off, 2. Zero hunger, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Food security, business.industry, indicator, Environmental resource management, 0402 animal and dairy science, Biodiversity, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, 040201 dairy & animal science, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Animal culture, ecosystem service, Geography, Sustainability, Animal Science and Zoology, France, Rural area, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: Livestock farming is an essential activity in many rural areas, where it contributes to the maintenance of soil fertility and farmland biodiversity, as well as to a set of social public goods including food security, rural vitality and culture. However, livestock sustainability assessments tend to focus primarily on environmental and economic dimensions; therefore, these valuations might be limited because they do not consider the complete set of associated goods and services (GS). Hence, a need exists to recognise the multiple contributions provided by livestock to human well-being and society. The objective of this study was to analyse the provision of multiple GS derived from livestock across regions in France and empirically demonstrate sets of GS that repeatedly appeared together. We designated these multiple GS provided by livestock as contributions to productive, environmental, rural vitality and cultural benefits that human populations derive directly or indirectly from livestock agroecosystems. First, we combined expert knowledge with results of a literature review to define a bundle of GS provided by livestock. We then described indicators that quantified each good or service and screened national databases to determine the availability of supporting data. Finally, we assessed the GS and their relationships (synergies or trade-offs) on a nation-wide gradient in France at the department level (Nomenclature of Territorial Units for Statistics 3). Four main categories of GS were considered: provisioning (e.g. food quantity and quality), environmental quality (e.g. biodiversity, landscape heterogeneity, water quality), rural vitality (e.g. employment, rural dynamism) and culture (e.g. gastronomy and landscape heritage). Four major types of GS bundles were identified, which suggested strong contrasts among French rural areas in terms of the nature of the GS that occurred together and their levels of provision. GS bundles in France had a non-random spatial distribution. This study represents an initial step towards developing a methodology to consider GS bundles provided by livestock. Nonetheless, further research is needed to understand socio-economic, environmental, political and geographic determinants of the composition of GS bundles.
Published: 2017

23. Quels programmes d'amélioration génétique des animaux pour des systèmes d'élevage agro-écologiques ?

Author: J. P. Bidanel, Gilles Foucras, Pauline Ezanno, Laurence Fortun-Lamothe, Jean-Yves Dourmad, D. Hazard, Catherine Belloc, Carole Moreno-Romieux, Eliel Gonzalez-Garcia, S. Lubac, Michèle Tixier-Boichard, Sandrine Mignon-Grasteau, M. Brochard, Florence Phocas, Bertrand Dumont, Catherine Larzul, Luc Delaby, Brigitte Frappat, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR 1300 Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque (BioEpAR)-Santé animale (S.A.), Institut du Porc (IFIP), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut de l'élevage (IDELE), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), ITAVI, Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut du Porc, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de l'Elevage, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI), Recherches Avicoles (SRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique ( ONIRIS ) -Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque ( BioEpAR ) -Santé animale ( S.A. ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux ( ITAVI ), Recherches Avicoles ( SRA ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: 2. Zero hunger, Ecological footprint, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], climat, business.industry, Reproduction (economics), [SDV]Life Sciences [q-bio], Context (language use), robustesse, génétique, agro-ecologie, sélection, production, Agriculture, Production (economics), Business, Adaptation, Agroecology, Environmental planning, Selection (genetic algorithm)
Abstract: L’agro-écologie utilise les processus naturels et les ressources locales plutôt que des intrants chimiques pour assurer la production tout en limitant l’impact environnemental de l’agriculture. A cette fin, des innovations en génétique sont nécessaires pour disposer d’animaux productifs et adaptés à des contextes locaux variés. Pour toute filière d’élevage, réorienter les programmes de sélection actuels semble plus utile que développer des programmes spécifiques qui peineront à être efficaces en termes de coûts et de progrès génétiques attendus. Améliorer la robustesse des animaux vise à promouvoir leurs capacités d’adaptation en intégrant de nombreux critères de sélection, en particulier de reproduction, santé, et d’adaptation à des ressources alimentaires peu digestibles et au changement climatique. Cela amène à considérer les interactions génotype-environnement dans la prédiction des valeurs génétiques et à évaluer les performances des animaux dans des systèmes à bas intrants pour sélectionner ceux qui sont adaptés à des conditions limitantes. La standardisation tant des animaux que des conditions d’élevage paraît antinomique avec les principes de l’agro-écologie prônant une adaptation des animaux aux ressources et contraintes locales dans des systèmes peu artificialisés et très liés à leur environnement physique. Il n’y a donc pas UN animal type agro-écologique, mais DES animaux aux profils variés permettant de répondre aux attentes de l’agro-écologie. Face à la diversité des milieux et des systèmes d’élevage, il faut conserver une diversité génétique importante intra-race, mais aussi préserver la diversité génétique entre races. Cela nécessite une caractérisation phénotypique et génétique des races locales. Enfin, il s’agit de favoriser l'appropriation par les éleveurs et les techniciens d’élevage des outils et des ressources génétiques disponibles pour répondre à leurs besoins., Agroecology uses natural processes and local resources rather than chemical inputs to ensure production while limiting the environmental footprint of agriculture. In this context, breeding innovations are necessary to obtain animals that are both productive and adapted to a broad range of local contexts. Whatever the animal sector, reorienting current breeding programmes seems to be more useful than developing programmes dedicated to agroecological systems that will struggle to be really effective in terms of costs and expected genetic progress. Breeding for robustness aims to promote individual adaptive capacities by considering various selection criteria including reproduction, health, and adaptation to rough feed resources, warm climate or fluctuating environmental conditions. It leads considering genotype-environment interactions in the prediction of breeding values. Animal performance should be evaluated in low-input systems in order to select those animals adapted to limiting conditions. Standardization of both animals and breeding conditions appears contradictory to the agroecological paradigm that calls for an adaptation of animals to local opportunities and constraints in weakly artificialized systems tied to their physical environment. There is thus not a single agroecological animal type, but animals with various profiles that meet the expectations of agroecology. As well as supporting the value of within-breed diversity, we must preserve between-breed diversity to maintain numerous options for adaptation to a variety of production environments and contexts. This may involve to phenotypically and genetically characterize local breeds. Last but not least, improved assimilation by farmers and farm technicians of available genetic resources and breeding tools is necessary.
Published: 2017

24. Mesures d’atténuation des émissions de gaz à effet de serre en élevage bovin lait et viande

Author: Dolle, Jean-Baptiste, Chambaut, Hélène, Delagarde, Remy, Edouard, Nadège, Eugène, Maguy, Foray, S., Lorinquer, Elise, Manneville, V., Institut de l'élevage (IDELE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Casdar Mages, Institut de l'Elevage, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], construction industry, logement animal, alimentation animale, carbon, [SDV]Life Sciences [q-bio], élevage bovin, stockage, système d'élevage, Livestock farming, Greenhouse gas, Carbon storage, environmental impact, storage, cattle farming, greenhouse gases, batiment, impact environnemental, animal feeding, gaz à effet de serre, carbone
Abstract: De nombreux travaux sont nécessaires pour préciser la contribution des systèmes d’élevage aux émissions de gaz à effet de serre, déterminer l’empreinte carbone du lait et de la viande bovine et identifier les leviers de réduction. Les travaux conduits dans le cadre du projet MAGES confirment qu’une incorporation de légumineuses et de chicorée à hauteur de 40 % dans le régime permet de réduire jusqu’à 20 % les émissions de méthane entérique. En bâtiment, le logement des animaux sur litière accumulée se traduit par des émissions plus élevées de méthane et de gaz carbonique. A l’échelle du système, les évaluations mettent en évidence que l’empreinte carbone brute du lait et de la viande oscillent respectivement entre 823 et 1 067 kg CO2/1 000 kg lait et 16,8 et 11,4 kg CO2/kg viande vive. Les différences observées ont trait au système fourrager, à la conduite du troupeau et de leur alimentation (suppléments lipidiques, fourrages, …) ou encore aux pratiques agronomiques (gestion des déjections, ...). Enfin le stockage de carbone qui compense jusqu’à 80 % des émissions, reste sensible aux modes de gestion des prairies et aux conditions climatiques. Les résultats obtenus et la variabilité observée illustre que la réduction de la contribution de l’élevage bovin au changement climatique est envisageable, même si des travaux de recherche complémentaires sont nécessaires pour préciser les mécanismes biologiques et les leviers., Many research works are needed to figure out the contribution of animal production systems to greenhouse gas emissions, evaluate carbon footprint of milk and beef cow and identify levers of reduction. The work led within the framework of MAGES project confirmed that an incorporation of legumes and chicory up to 40% in the diet leads to a reduction of up to 20% of enteric methane emissions. In the livestock buildings, housing of animals on an accumulated liter leads to higher emissions of methane and carbon dioxide. At the scale of the system, the assessment demonstrated that the gross carbon footprint of milk and meat fluctuates between respectively 823 and 1 067 kg CO2/1 000 kg of milk and 16.8 and 11.4 kg CO2/kg of meat. The differences noticed are linked to feed system, cattle management and diet (lipid additives, feed,…) or agronomic practices (dejection management,…). Finally, the storage of carbon, which compensates the emissions up to 80%, is sensitive to grassland management and to climatic conditions. The results provided and the observed variability illustrate that the reduction of the contribution of livestock farming to climate change is possible, even though complementary research work is needed in order to precise the biological mechanisms and the levers.
Published: 2017

25. The net contribution of livestock production to protein supply for humans

Author: Laisse, S., Baumont, René, Dusart, Léonie, Gaudre, Didier, Rouillé, B., Peyraud, Jean-Louis, ProdInra, Archive Ouverte, Institut de l'élevage (IDELE), Institut du Porc (IFIP), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, ITAVI, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), European Association of Animal Production (EAAP). Tallinn, FRA., Institut de l'Elevage, Institut du Porc, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Technique de l'Aviculture (ITAVI), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut Technique de l'Aviculture ( ITAVI ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: alimentation humaine, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], alimentation animale, [SDV]Life Sciences [q-bio], poultry, food and beverages, swine, ruminant, élevage, volaille, [SDV] Life Sciences [q-bio], production de protéine, human feeding, animal feeding, France, compétition alimentaire, competitive feeding, porc
Abstract: Livestock may be perceived as less efficient and in competition with crops for the human food supply because they partly consume human-edible feedstuffs to produce milk, eggs or meat. The aim of this study is to estimate the net production of protein for human consumption of ruminant, pig and poultry livestock systems in France. The total protein Conversion Ratio (pCR = kg feed protein consumed/kg protein produced by milk, eggs or meat) does not differentiate human-edible from human non-edible feedstuffs (e.g. grass, byproduct of food and biofuels industries). Thus, we used also the human-edible protein Conversion Ratio (hepCR) that needs to estimate the human-edible protein fraction (hepF) of feedstuffs used in livestock diets. First, we built a table of hepF values for feedstuffs consumed by livestock, applied to the current market and technologies used in the food industries in France (e.g. hepF of wheat grain = 66%, hepF of rapeseed meal = 0%). Then, we estimated the pCR and hepCR values for contrasted feeding systems in ruminants, pigs and poultry. As expected, the pCR values are lower than 1, between 0.05 and 0.25 for ruminant systems, about 0.4 for pigs, 0.3 for laying hens and up to 0.5 for broiler chickens. In contrast, the values of hepCR show that all livestock systems can contribute positively to the human protein supply (hepCR~or>1). Grass-based dairy cow systems can produce up to twice the amount of edible protein they consume (hepCR~2). Pig or poultry systems can respectively produce up to 1.5 (for pig) and 1.3 (for broilers) time more human edible protein that the amount they consume, depending on the proportion of corn, rapeseed/sunflower/soybean meals and other byproducts in the diet. The utilization of grass in ruminant systems and of byproducts in all livestock systems are the key factors to improve the net contribution of livestock production to human food supply, in particular if we consider that advances in food industry technology and modifications of human eating habits can reinforce the feed/food competition in the future.
Published: 2017

26. Expression de gènes dans le foie de canards nourris ad libitum ou gavés

Author: Herault, Frédéric, Houee, Magalie, Baeza, Elisabeth, Bouchez, Olivier, Esquerre, Diane, Klopp, Christophe, Diot, Christian, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mathématiques Appliquées, AGROCAMPUS OUEST, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GeT PlaGe, Genotoul, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Sigenae, Genotoul, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Recherches Avicoles (URA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Animal biology, gavage, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, canard de barbarie, transcriptomique, Canards de Barbarie, Canard Pékin, Mulard, Gavage, Expression gène, Foie, Mulard, race de canard pekin, Canards de Barbarie, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, foie, canard mulard, régime alimentaire, force feeding, Biologie animale, liver function tests, Canard Pékin, muscovy ducks, annotation fonctionnelle, Expression gène
Abstract: L’analyse des transcriptomes de foies de canards de différents types génétiques, nourris ad libitum ou gavés et présentant des aptitudes différentes à la production de foie gras, a été conduite afin de mettre en évidence les gènes présentant des différences d’expression et ainsi mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le développement de la stéatose hépatique. Des ARN ont donc été extraits de foies provenant de canards communs, de Barbarie et de leurs hybrides réciproques mulards et hinnies, gavés ou non. Ces ARN ont été séquencés à haut débit et l’analyse des données d’expression a été réalisée. Des analyses par classification hiérarchique ou en composantes principales montrent que le premier regroupement des individus se fait en fonction du régime alimentaire, les différences entre types génétiques n’intervenant qu’ensuite. Les canards de Barbarie nourris ad libitum sont cependant plus proches des canards de Barbarie gavés que des autres canards nourris ad libitum. Parmi tous les groupes constitués, celui des canards Pékin gavés est le plus hétérogène. Par contre, et pour chacun des deux régimes, les canards mulards et hinnies ne peuvent pas être distingués. De nombreux gènes présentent des différences d’expression selon le régime alimentaire, gènes impliqués dans diverses voies métaboliques plus ou moins attendues comme le catabolisme des sucres, la lipogenèse ou le cycle cellulaire, l’immunité et la réponse inflammatoire. Enfin, ces processus d’annotation fonctionnelle permettent aussi de distinguer des fonctions discriminant les réponses au gavage des différents types génétiques. Au final, ce projet permet d’améliorer la connaissance des fonctions mises en œuvre lors du gavage et impliquées dans le développement de la stéatose hépatique dans quatre types génétiques de canards., Transcriptome analyses have been conducted on RNAs extracted from the livers of ducks, ad libitum fed or overfed and presenting different susceptibility to fatty liver production, in order to identify genes with differences in expression and thus to better describe mechanisms involved in hepatic steatosis. RNAs have been extracted from the liver of “pure species”, Pekin and Muscovy ducks, and of their reciprocal hybrids, mule and hinny. RNAs have been sequenced and sequencing data have been analyzed. Hierarchic clustering and principal component analyses indicate that differences between individuals lie primarily in feeding effect, differences between genotypes being less important. However, Muscovy ducks ad libitum fed and overfed are clustered together. Interestingly, hinny and mule ducks are clustered together according to feeding. Many genes with differences in expression between overfed and ad libitum fed have been identified. Analyses of functional annotations associated to these differential genes highlight some expected functions (carbohydrate and lipid metabolisms) but also some unexpected ones (cell proliferation and immunity). These analyses also allow to evidence differences in response to overfeeding between the different genotypes. Finally, these RNA sequence analyses help to better characterize functions involved in hepatic steatosis in ducks.
Published: 2017

27. Identifying cost-competitive greenhouse gas mitigation potential of French agriculture

Author: Nathalie Delame, Marc Benoit, Marie-Hélène Jeuffroy, Sylvain Pellerin, Fabrice Béline, Elisabeth Samson, Melynda Hassouna, Claire Chenu, Stéphane De Cara, Dominic Moran, Catherine Hénault, Denis A. Angers, Philippe Faverdin, Isabelle Savini, Jean-Pierre Butault, Laure Bamière, Lenaïc Pardon, Pierre Dupraz, Aurélie Metay, Philippe Chemineau, Florence Garcia-Launay, Michel Doreau, Katja Klumpp, Caroline Colnenne-David, Sylvie Recous, Interactions Sol Plante Atmosphère (ISPA), Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Economie Publique (ECO-PUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Centre de recherche et de développement sur les aliments, Agriculture et Agroalimentaire Canada [Saint Hyacinte, Québec, Canada], Optimisation des procédés en Agriculture, Agroalimentaire et Environnement (UR OPAALE), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Economie Forestière (LEF), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Agronomie, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Unité de recherche Science du Sol (USS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Scotland's Rural College (SCUR), Fractionnement des AgroRessources et Environnement - UMR-A 614 (FARE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Prospective (PROSPECTIVE), Interactions Sol Plante Atmosphère ( ISPA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine ( Bordeaux Sciences Agro ), Economie Publique ( ECO-PUB ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Agriculture et Agroalimentaire Canada, Optimisation des procédés en Agriculture, Agroalimentaire et Environnement ( UR OPAALE ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire d'Economie Forestière ( LEF ), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Unité de recherche Science du Sol ( USS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens ( SYSTEM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Land Economy and Environment Research, SRUC, Fractionnement des AgroRessources et Environnement - UMR-A 614 ( FARE ), SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ), UAR 1384 Antenne - Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Direction Collégiale ( DCOLL ) -Antenne - Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes ( Antenne - DEPE ), Interactions Sol Plante Atmosphère (UMR ISPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Scotland's Rural College (SRUC), Fractionnement des AgroRessources et Environnement (FARE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), and Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Geography, Planning and Development, Biomass, 010501 environmental sciences, Management, Monitoring, Policy and Law, 7. Clean energy, 01 natural sciences, Greenhouse gas, Agricultural economics, 12. Responsible consumption, Marginal abatement costs, Mitigation measures, Economics, Production (economics), 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, Consumption (economics), Land use, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Agriculture, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, Investment (macroeconomics), 13. Climate action, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Livestock, business
Abstract: The agriculture, forestry and other land use sector are responsible for 24% (10–12 Pg CO2e per year) of anthropogenic greenhouse gas (GHG) emissions worldwide, with concomitant opportunities for mitigation. A scientific panel used deliberative methods to identify ten technical measures comprising 26 sub-measures to reduce GHG emissions from agriculture in France. Their abatement potential and cost are compared. The proposed measures concern nitrogen (N) management, management practices that increase carbon stocks in soils and biomass, livestock diets, and energy production and consumption on farms. Results show that the total abatement potential can be divided into three parts. One third of the cumulated abatement potential corresponds to sub-measures that can be implemented at a negative technical cost. These sub-measures focus on increased efficiency in input use including N fertilisers, animal feed and energy. The second third are sub-measures with moderate cost (€25 per metric Mg of avoided CO2e). These require investment with no direct financial return, the purchase of particular inputs, dedicated labour time or involve production losses. Assuming additivity, the cumulated abatement is 32.3 Tg CO2e per year in 2030, but only 10 Tg (i.e. 10% of current agricultural emissions) when calculated under current inventory rules. This study confirms that a significant abatement potential exists in the agricultural sector, with two thirds of this potential at low or even negative cost. This is likely to be an underestimated as it is based on a status quo of the current agricultural system. Results also emphasise the need to upgrade inventory rules so that efforts to reduce emissions can be accounted for.
Published: 2017

28. Approximately Half of Total Protein Intake by Adults Must be Animal-Based to Meet Nonprotein, Nutrient-Based Recommendations, With Variations Due to Age and Sex

Author: Florent Vieux, Didier Rémond, Jean-Louis Peyraud, Nicole Darmon, MS Nutrition [Marseille, France], Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Montpellier Interdisciplinary center on Sustainable Agri-food systems (Social and nutritional sciences) (UMR MoISA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, and French National Interprofessional Association of Livestock and Meat = Association nationale interprofessionnelle du bétail et des viandes (Interbev)
Subjects: Optimization, Nutrition and Dietetics, Diet cost, Nutritional adequacy, Animal to plan protein ratio, Medicine (miscellaneous), France, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Protein quality control
Abstract: International audience; BackgroundShifting towards a more plant-based diet, as promoted in Western countries, will reduce the animal protein contribution to total proteins. Such a reduction may not only impair protein adequacy, but also the adequacy in other nutrients. ObjectivesWe determined, for different adult subpopulations, the minimum total protein level and the minimum animal protein contribution to total proteins that are compatible with the fulfillment of all non-protein nutrient-based recommendations. MethodsMean nutritional content and mean diet cost for 5 French subpopulations were estimated using a French cross-sectional representative survey: Women
Published: 2022

29. The Loss of Adipokine Genes in the Chicken Genome and Implications for Insulin Metabolism

Author: Virginie Maillard, Michel J. Duclos, Hugues Roest Crollius, Sandrine Lagarrigue, Sophie Leroux, Nataša Đaković, Philippe Monget, Elisabeth Baéza, Morgane Térézol, Frédérique Pitel, Christophe Klopp, Sébastien Elis, Florence Gondret, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, UMR 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA), Recherches Avicoles (SRA), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), FATINTEGER Agence Nation ale Recherche (ANR) – grant no. ANR-11-BSV7-004., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], animal structures, Pseudogene, Adipokine, Biology, Synteny, Genome, Avian Proteins, Evolution, Molecular, Adipokines, Genetics, Animals, Insulin, Radiation hybrid mapping, Molecular Biology, Zebra finch, Gene, Phylogeny, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Expressed sequence tag, Sequence Analysis, RNA, Reproduction, Vertebrates, Female, Chickens, Gene Deletion
Abstract: Remerciements : INRA, UMR1331 ToxAlim Toxicologie Alimentaire; Plateforme GENOTOUL, Toulouse; Gene loss is one of the main drivers in the evolution of genomes and species. The demonstration that a gene has been lost by pseudogenisation is truly complete when one finds the pseudogene in the orthologous genomic region with respect to active genes in other species. In some cases, the identification of such orthologous loci is not possible because of chromosomal rearrangements or if the gene of interest has not yet been sequenced. This question is particularly important in the case of birds because the genomes of avian species possess only about 15,000 predicted genes, in comparison with 20,000 in mammals. Yet, gene loss raises the question of which functions are affected by the changes in gene counts. We describe a systematic approach that makes it possible to demonstrate gene loss in the chicken genome even if a pseudogene has not been found. By using phylogenetic and synteny analysis in vertebrates, genome-wide comparisons between the chicken genome and ESTs, RNAseq data analysis, statistical analysis of the chicken genome, and Radiation Hybrid mapping, we show that resistin, TNFα and PAI-1 (SERPINE1), three genes encoding adipokines inhibiting insulin sensitivity, have been lost in chicken as well as zebra finch genomes. Moreover, omentin, a gene encoding an adipokine that enhances insulin sensitivity, has also been lost in the chicken genome. Overall, only one adipokine inhibiting insulin sensitivity, and five adipokines enhancing insulin sensitivity, are still present in the chicken genome. These genetic differences between mammals and chicken, given the functions of the genes in mammals, would have dramatic consequences on chicken endocrinology, leading to novel equilibriums especially in the regulation of energy metabolism, insulin sensitivity, as well as appetite and reproduction.
Published: 2014

30. Livestock and Agroecology: redesigning animal production systems in the 21st century

Author: Eliel González-García, Laurence Lamothe, Magali Jouven, Davi Savietto, Marielle Thomas, Jean-Yves Dourmad, Christian Ducrot, Muriel Tichit, Bertrand Dumont, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux (URAFPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, UMR : Systèmes d'Elevage Méditerranéens et Tropicaux, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux ( URAFPA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale ( UEA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), and VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: sustainable agriculture, central asia, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], agriculture durable, système alimentaire, asie centrale, [SDV]Life Sciences [q-bio], food system, europe
Abstract: Livestock and Agroecology: redesigning animal production systems in the 21st century. Regional Symposium on Agroecology for Sustainable Agriculture and Food Systems in Europe and Central Asia
Published: 2016

31. The effect of immunization against GnRF on nutrient requirements of male pigs

Author: J. R. D. Allison, R. G. Campbell, Michael D. Tokach, P. Matzat, Jean Noblet, Dustin Dee Boler, James P. Crane, Frank R. Dunshea, F. K. McKeith, D. P. Hennessy, L. Brossard, P. J. U. Moraes, B.P. Mullan, Lee-Anne Huber, Nathalie Quiniou, N. Ferguson, C. F. M. de Lange, M. Bertram, Melbourne School of Land and Environment, University of Melbourne, New Products Marketing, Zoetis, First Choice Livestock, Department of Animal Sciences, Ohio State University [Columbus] (OSU), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Pork CRC Roseworthy, Veterinary Medicine Research and Development, Department of Animal and Poultry Science, University of Guelph, Nutreco Canada Inc, PIC, Department of Animal Science, University of Illinois System, Department of Agriculture and Food Western Australia, Livestock Industries, Institut du Porc, Department of Animal Science and Industry, Kansas State University, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc (IFIP), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Ohio State University [Columbus] ( OSU ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, University of Illinois, and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Male, Boar taint, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sus scrofa, Gonadotropin-Releasing Hormone, chemistry.chemical_compound, Nutrient, castration hormonale, besoin nutritionnel, Animal Husbandry, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, finishing pigs, 04 agricultural and veterinary sciences, Animal husbandry, Immunization (finance), 3. Good health, Animal culture, Animal Nutritional Physiological Phenomena, medicine.medical_specialty, nutritional requirements, Animal feed, growth, immunological castration, Biology, boars, Feed conversion ratio, Models, Biological, SF1-1100, 03 medical and health sciences, Animal science, Internal medicine, Animal welfare, medicine, croissance animale, Animals, nutrition animale, 030304 developmental biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Lysine, 0402 animal and dairy science, castration, 040201 dairy & animal science, Animal Feed, Diet, Endocrinology, Castration, chemistry, bacteria, Animal Science and Zoology, Immunization, Energy Intake, porc
Abstract: In most countries, male pigs are physically castrated soon after birth to reduce the risk of boar taint and to avoid behaviours such as fighting and mounting. However, entire male pigs are more feed efficient and deposit less fat than barrows. In addition, many animal welfare organizations are lobbying for a cessation of castration, with a likelihood that this could lead to inferior pork unless an alternative method is used to control boar taint. An alternative to physical castration is immunization against gonadotrophin releasing factor (GnRF) which allows producers to capitalize on the superior feed efficiency and carcass characteristics of boars without the risk of boar taint. From a physiological perspective, immunized pigs are entire males until shortly after the second dose, typically given 4 to 6 weeks before slaughter. Following full immunization, there is a temporary suppression of testicular function and a hormonal status that resembles that of a barrow. Nutrient requirements will be different in these two phases, before and after full immunization. Given that there have been few published studies comparing the lysine requirements of entire males and barrows in contemporary genotypes, it is useful to use gilt requirements as a benchmark. A series of meta-analyses comparing anti-GnRF immunized boars and physical castrates and use of nutritional models suggest that the lysine requirement of entire males before the second immunization is 5% higher than for gilts, from 25 to 50 kg BW, and by 8% from 50 to 95 kg. Given that the penalty in growth performance for having inadequate dietary lysine is greater in males than in gilts or barrows, it is important to ensure that lysine requirements are met to obtain the maximum benefits of entire male production during this phase. After the second immunization, the lysine requirement of immunized males decreases and may become more like that of barrows. In addition, a consistent effect of full immunization is a marked increase in voluntary feed intake from about 10 days after the second dose. Putting these together, the estimated lysine requirement, expressed in terms of diet composition, falls to 94% of the gilt level. Although general principles can be described now, further research is needed to fully define the lysine requirements of immunized boars. It is important that the temporal pattern of tissue deposition rates and feed intake be explored to be incorporated into models to predict nutrient requirements over the period of rapidly changing metabolism.
Published: 2013

32. The richer the better: 16S metabarcoding analysis of gut microbiota oflaying hens in relation to feed efficiency and adaptation to diet change: 16S metabarcoding analysis of gut microbiota of laying hens in relation to feed efficiency and adaptation to diet change

Author: Bernard, Maria, Lecoeur, Alexandre, Coville, Jean-Luc, Bruneau, Nicolas, Jardet, Deborah, Lagarrigue, S., Troegeler-Meynadier, Annabelle, Calenge, Fanny, Pascal, Géraldine, Zerjal, Tatiana, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Rowett Institute, University of Aberdeen, INRAE Clermont Auvergne Rhône Alpes Centre, ANR-13-ADAP-0014,ChickStress,Mécanismes d'adaptation à la chaleur et à un aliment suboptimal chez la poule pondeuse(2013), and European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015)
Subjects: [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity
Abstract: International audience
Published: 2023

33. Pratiquer une recherche éthique et engagée, est-ce possible ?

Author: Aubin-Houzelstein, Genevieve, Cognie, Juliette, Deiss, Véronique, Favreau-Peigné, Angélique, Fillon, Valérie, Leterrier, Christine, Lévy, Frédéric, Merlot, Elodie, Nozières-Petit, Marie-Odile, Richard, Freddie-Jeanne, Collège de Direction (CODIR), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie de la Reproduction, Environnement, Epigénétique & Développement (BREED), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Territoires (Territoires), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: International audience
Published: 2023

34. Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using semantic web technologies

Author: Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker, Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and This work was supported by the French National Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE, metaprogram DigitBio) and the Région Bretagne, France
Subjects: Statistics and Probability, Computational Mathematics, Computational Theory and Mathematics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Molecular Biology, Biochemistry, Computer Science Applications
Abstract: Motivation Molecular complexes play a major role in the regulation of biological pathways. The Biological Pathway Exchange format (BioPAX) facilitates the integration of data sources describing interactions some of which involving complexes. The BioPAX specification explicitly prevents complexes to have any component that is another complex (unless this component is a black-box complex whose composition is unknown). However, we observed that the well-curated Reactome pathway database contains such recursive complexes of complexes. We propose reproductible and semantically rich SPARQL queries for identifying and fixing invalid complexes in BioPAX databases, and evaluate the consequences of fixing these nonconformities in the Reactome database. Results For the Homo sapiens version of Reactome, we identify 5833 recursively defined complexes out of the 14 987 complexes (39%). This situation is not specific to the Human dataset, as all tested species of Reactome exhibit between 30% (Plasmodium falciparum) and 40% (Sus scrofa, Bos taurus, Canis familiaris, and Gallus gallus) of recursive complexes. As an additional consequence, the procedure also allows the detection of complex redundancies. Overall, this method improves the conformity and the automated analysis of the graph by repairing the topology of the complexes in the graph. This will allow to apply further reasoning methods on better consistent data. Availability and implementation We provide a Jupyter notebook detailing the analysis https://github.com/cjuigne/non_conformities_detection_biopax.
Published: 2023

35. Synthèse du chantier Agroécologie (AE) & Marché

Author: Magrini, Marie-Benoît, Alaphilippe, Aude, Bertagnoli, Stéphane, Cadoré, Jean-Luc, Caillat, Hugues, CARLIN, Frédéric, Cressent, Marion, Debaeke, Philippe, Delaby, Luc, Duclos, Michel, Foucher, Fabrice, Julier, Bernadette, Larzul, Catherine, Lauri, Pierre-Éric, Lamothe, Laurence, Lebret, Bénédicte, Le Gouis, Jacques, Lullien-Pellerin, Valérie, Nozières-Petit, Marie-Odile, Prache, Sophie, Renard, Michel, Sebillotte, Clementina, Schouler, Catherine, This, Patrice, Tchamitchian, Marc, Veysset, Patrick, Thiollet-Scholtus, Marie, Vandeputte, Marc, Lantremange, Hadrien, Saint-Ges, Veronique, Détang-Dessendre, Cécile, AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Expérimentale de Recherches Intégrées en Production Fruitière (UERI), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Virales et Pathologie Comparée - UMR 754 (IVPC), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Fourrages Environnement Ruminants Lusignan (FERLUS), Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Recherche & Innovation, Institut Français du Cheval et de l'Equitation, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Agrosystèmes Biodiversifiés (UMR ABSys), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Ingénierie des Agro-polymères et Technologies Émergentes (UMR IATE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Alimentation et sciences sociales (ALISS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station de Pathologie aviaire et parasitologie [Nouzilly] (PAP), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Centre d'Economie et de Sociologie Rurales Appliquées à l'Agriculture et aux Espaces Ruraux (CESAER), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Agroécologie, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience
Published: 2023

36. A dataset to study group-housed sows’ individual behaviours and production responses to different short-term events

Author: M. Durand, C. Largouët, L. Bonneau de Beaufort, J.Y. Dourmad, C. Gaillard, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), and ANR-16-CONV-0004,DIGITAG,Institut Convergences en Agriculture Numérique(2016)
Subjects: Health, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, Welfare, Precision livestock farming, Nutrition, Sensor
Abstract: International audience; The relational database SOWELL was created to better understand the behaviour and individual responses of gestating sows facing different short-term events induced: a competitive situation for feed, hot and cold thermal conditions, a sound event, an enrichment (straw, ropes and bags available) and an impoverishment (no straw, no objects) of the pen. The data were collected on 102 crossbred sows equipped with activity sensors, group-housed in video-recorded pens (16–18 sows per pen), with access to automatons. Feeding and drinking behaviours were extracted from the electronic feeders and drinkers’ recordings. Social behaviours, physical activities and locations in the pen were recorded thanks to manual video analysis labelling at the individual scale. Accelerometer fixed on the sows’ ears also recorded individual physical activities. The physical activity was also determined at a group scale by automatic video analysis using deep learning techniques. BWs, back fat thickness, and body condition (cleanliness, body damages) were recorded weekly during the whole gestation. Last gestation room data regarding environmental conditions (temperature, humidity, noise level) were recorded using automatic sensors. The database can fulfil different research purposes, namely sows’ nutrition for example to better calculate the energy requirements regarding environmental factors, or also on welfare or health during gestation by providing indicators.
Published: 2023

37. Developing win-win outcomes across a range of grassland-based livestock systems

Author: Dumont, Bertrand, Benoit, Marc, Delaby, Luc, Duru, Michel, Hughenin-Elie, Olivier, Lavenant, Servane, Ryschawy, Julie, Sabatier, RODOLPHE, Vollet, Dominique, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agrosystèmes Cultivés et Herbagers (ARCHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agroscope, Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Institute for Sustainability Sciences (ISS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Agrosystèmes Cultivés et Herbagers ( ARCHE ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Institute for Sustainability Sciences ( ISS ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: In Europe, grassland-based livestock farming systems develop across a wide range of biogeographicalconditions. These systems allow producing meat, milk and cheese with limited competition with human foodsupply. Intensive grazing systems limit greenhouse gas emission per unit of product, but high animal densitieslead to nitrate leaching and various other nuisances. Favorable grass-growth conditions combined with theuse of grass-legume mixtures allows limiting the inputs needed for production and system environmentalfootprint. Under more marginal conditions, permanent grasslands and rangelands provide valuable habitats forvarious forms of biodiversity, and a wide bundle of regulating (e.g. climate regulation via carbon sequestration,pollination, flood regulation, fire prevention, erosion prevention) and cultural (e.g. aesthetic value, productquality, ecotourism) ecosystem services. Provisioning services usually exhibit negative correlations withcultural and regulating services so that trade-offs between stakeholders occur. Though win-wins are theexception, not the rule, case-studies from various European countries illustrate opportunities for win-winsin grassland-based systems. Analyzing the mechanisms involved in grazing management and acting on thespatial arrangement of practices to increase landscape heterogeneity can help reconciling production andbiodiversity. In order to create win-win situations, it is also necessary to take into account the point of viewof all stakeholders. Importantly, it should not be assumed that provisioning services must always dominateany other ecosystem services. Finally, prospective scenarios offer opportunities to quantify whether shifts inproduction systems or food choices are likely to lead to win-win solutions.
Published: 2016

38. Socio-economic and broader impact

Author: Alain Boissy, Isabelle Veissier, Marie-Christine Meunier-Salaün, Pierre Mormede, Francois Hochereau, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., ProdInra, Archive Ouverte, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: socio-economic, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, [SHS.SOCIO] Humanities and Social Sciences/Sociology, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, broader impact
Abstract: Socio-economic and broader impact. Lauriers de l'INRA
Published: 2016

39. Liver PPARα is crucial for whole-body fatty acid homeostasis and is protective against NAFLD

Author: Thierry Pineau, Talal Al Saati, Frédéric Lasserre, Edwin Fouché, Justine Bertrand-Michel, Laila Mselli-Lakhal, Alexandra Montagner, Dominique Langin, Fadila Benhamed, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Simon Ducheix, Catherine Postic, Nicolas Loiseau, Céline Lukowicz, Valentin Barquissau, Patricia Cano, Gilles Mithieux, Alison Iroz, Walter Wahli, Marion Régnier, Yannick Lippi, Fabienne Rajas, Arnaud Polizzi, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Prévention et promotion de la cancérogénèse par les aliments (ToxAlim-PPCA), Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Régional d'Exploration Fonctionnelle et Ressources Expérimentales (CREFRE), Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), U855, Nutrition et cerveau, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Nanyang Technological University [Singapour], Université de Lausanne (UNIL), Di Carlo, Marie-Ange, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UPS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, UMR 1048 Institute of Metabolic and Cardiovascular Diseases, UMR 1048, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UPS), US006/CREFRE, Centre Hospitalier Universitaire de Purpan (CHU Purpan), U855, Université de Lyon, Université de Brest (UBO), Laboratory of Clinical Biochemistry, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Lee Kong Chian School of Medicine, Center for Integrative Genomics, Université de Lausanne, ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse ( ENVT ), Institut National Polytechnique de Toulouse ( INPT ) -Institut National Polytechnique de Toulouse ( INPT ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Centre Hospitalier Universitaire de Purpan ( CHU Purpan ), Université de Lyon (COMUE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, and Université de Brest ( UBO )
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Aging, FGF21, [ SDV.TOX ] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Peroxisome proliferator-activated receptor, Hypothermia, métabolisme des lipides, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Toxicology, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Cytochrome P-450 Enzyme System, Fenofibrate, glyceride metabolism, liver steatosis, liver function tests, Non-alcoholic Fatty Liver Disease, Adipocyte, Adipocytes, Homeostasis, Fatty acid homeostasis, Hypolipidemic Agents, Mice, Knockout, Animal biology, LIPID METABOLISM, chemistry.chemical_classification, glyceride metabolism, NONALCOHOLIC STEATOHEPATITIS, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Fatty Acids, Fatty liver, Gastroenterology, Fasting, foie, Liver, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, 030220 oncology & carcinogenesis, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], expression des gènes, GENE EXPRESSION, medicine.medical_specialty, Lipolysis, Biology, liver steatosis, 03 medical and health sciences, métabolisme des lipides, expression des gènes, stéatose hépatique, foie, stéatose hépatique, Internal medicine, Biologie animale, medicine, Animals, Humans, PPAR alpha, Cytochrome P450 Family 4, RNA, Messenger, [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Triglycerides, Toxicologie, Hepatology, Gene Expression Profiling, Lipid metabolism, Overweight, medicine.disease, Hypoglycemia, Mice, Inbred C57BL, Fibroblast Growth Factors, Disease Models, Animal, 030104 developmental biology, Endocrinology, chemistry, Hepatocytes, MESH: GENE EXPRESSION, liver function tests, Steatosis
Abstract: Supplementary Data : http://gut.bmj.com/content/early/2016/01/31/gutjnl-2015-310798/suppl/DC1; International audience; OBJECTIVE:Peroxisome proliferator-activated receptor α (PPARα) is a nuclear receptor expressed in tissues with high oxidative activity that plays a central role in metabolism. In this work, we investigated the effect of hepatocyte PPARα on non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD).DESIGN:We constructed a novel hepatocyte-specific PPARα knockout (Pparα(hep-/-)) mouse model. Using this novel model, we performed transcriptomic analysis following fenofibrate treatment. Next, we investigated which physiological challenges impact on PPARα. Moreover, we measured the contribution of hepatocytic PPARα activity to whole-body metabolism and fibroblast growth factor 21 production during fasting. Finally, we determined the influence of hepatocyte-specific PPARα deficiency in different models of steatosis and during ageing.RESULTS:Hepatocyte PPARα deletion impaired fatty acid catabolism, resulting in hepatic lipid accumulation during fasting and in two preclinical models of steatosis. Fasting mice showed acute PPARα-dependent hepatocyte activity during early night, with correspondingly increased circulating free fatty acids, which could be further stimulated by adipocyte lipolysis. Fasting led to mild hypoglycaemia and hypothermia in Pparα(hep-/-) mice when compared with Pparα(-/-) mice implying a role of PPARα activity in non-hepatic tissues. In agreement with this observation, Pparα(-/-) mice became overweight during ageing while Pparα(hep-/-) remained lean. However, like Pparα(-/-) mice, Pparα(hep-/-) fed a standard diet developed hepatic steatosis in ageing.CONCLUSIONS:Altogether, these findings underscore the potential of hepatocyte PPARα as a drug target for NAFLD.
Published: 2016

40. Rénovation des systèmes d’unités d’alimentation pour les ruminants : Systali

Author: Noziere, Pierre, Sauvant, Daniel, Peyraud, Jean-Louis, Agabriel, Jacques, Baumont, René, Cantalapiedra Hijar, Gonzalo, Champciaux, Pascal, Eugène, Maguy, Ferlay, Anne, Lamadon, Anne, Maxin, Gaëlle, Ortigues, Isabelle, Schmidely, Philippe, Berthelot, Valérie, Boval, Maryline, Chapoutot, Patrick, DANIEL, Jean-Baptiste, Friggens, Nicolas, Giger-Reverdin, Sylvie, Boudon, Anne, Delaby, Luc, Delagarde, Remy, Faverdin, Philippe, Lemosquet-Simon, Sophie, Hassoun, Philippe, Archimède, Harry, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants (MoSAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité de Recherches Zootechniques (URZ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants ( MoSAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Unité de Recherches Zootechniques ( URZ ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: système d’alimentation, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, rationnement, ruminant, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: National audience; Objectifs. Les systèmes d’expression des besoins et de la valeur des aliments pour les ruminants (UF pour l’énergie, PDI pour les protéines, et UE pour l’ingestion) ont fait leurs preuves, mais ils présentaient des limites qu’il convenait de lever pour répondre à la multiplicité des enjeux en matière de nutrition des ruminants, et pour élargir leurs zones d’influence au niveau européen et international. Le projet Systali, initié en 2010, avait pour objectif d’aboutir à une révision des systèmes d’alimentation pour Ruminants. Ces nouveaux systèmes seront plus précis, dynamiques et évolutifs, tenant mieux compte des interactions digestives et métaboliques. Ils seront applicables à une plus grande diversité de contextes y compris en zone tropicale, pour piloter la production et l’efficacité. L’objectif était également d’adosser à ces systèmes rénovés 3 modules : un module de prévision de la réponse moyenne à l’alimentation de la composition des produits (taux protéique du lait, teneur en matières grasses et qualité de la matière grasse des produits lait et viande) ; un module d’évaluation des risques d’acidose et des recommandations permettant de limiter ce risque ; et un module de prévision des rejets (CH4, N urinaire et fécal).Méthodes. De larges bases de données comprenant des centaines de résultats de mesures de la digestion, de bilans métaboliques et des performances animales, représentatives des pratiques alimentaires courantes, ont été construites et interprétées par des approches statistiques homogènes et bien tracées, permettant de dissocier la variabilité intra vs inter expérience. Les équations empiriques issues des différentes méta-analyses ont été intégrées dans des modèles mécanistes pour assurer leur cohérence interne ; ces modèles ont ensuite été couplés en conservant un principe de construction « apports vs besoins », dans un outil de simulation dédié, permettant un contrôle de la cohérence globale de l'ensemble des nouveaux systèmes, pour une large gamme de pratiques alimentaires et de caractéristiques animales.
Published: 2016

41. L'amélioration des pratiques et l'accompagnement des éleveurs : le cas de l'écornage des veaux et de la caudectomie des porcelets

Author: De Boyer Des Roches, Alice, Le Guenic, Marylise, Prunier, Armelle, Courboulay, Valérie, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Chambre Régionale d'Agriculture de Bretagne, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut du Porc (IFIP), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: L'amélioration des pratiques et l'accompagnement des éleveurs : le cas de l'écornage des veaux et de la caudectomie des porcelets. Séminaire final du projet AccEC : Accompagner les éleveurs pour une meilleure prise en charge des douleurs animales : le cas de l’écornage des bovins et de la caudectomie des porcelets
Published: 2016

42. Prédire la qualité des viandes : mythe ou réalité ? Etat des lieux des avancées récentes réalisées dans le domaine de la prédiction des qualités des viandes ; réflexion sur les perspectives d’application: Etat des lieux des avancées récentes réalisées dans le domaine de la prédiction des qualités des viandes ; réflexion sur les perspectives d’application

Author: Cécile Berri, Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, Jesus Donato Andueza Urra, Antoine Vautier, Pascal Chartrin, Stéphane Beauclercq, Florence, Isabelle Legrand, Jean-François Hocquette, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service Qualité des viandes, Institut de l'Elevage, Unité de Recherches Avicoles (URA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc (IFIP), Institut de l'élevage (IDELE), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: perspective d'application, viande, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], qualité, marqueur biologique, [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité sensorielle, perspective avancee, qualité de la viande, truite, qualité de la chair, spectroscopie, tendrete de la viande, volaille, qualité nutritionnelle, meat, phénotype, viande bovine, poisson, viande porcine, produit carné, prédiction, spectroscopie proche infrarouge, modèle phénotypique
Abstract: Cette revue a pour objectif de faire un point sur les avancées récentes obtenues dans le domaine de la prédiction de la qualité des viandes. Elle aborde différentes démarches menées au sein des principales filières de production pour développer des équations puis des outils prédictifs basés sur différents types de marqueurs biologiques (génomiques ou phénotypiques) ou physiques (spectroscopiques). Au travers des différents exemples présentés, il apparaît que l’identification de marqueurs biologiques se confronte au déterminisme complexe des paramètres de qualité qui rend encore difficile la mise au point de tests moléculaires génériques utilisables sur le terrain. Toutefois, les avancées ont été notables ces dernières années bénéficiant des récents développements technologiques en génomique, protéomique et métabolomique. Les premières équations de prédiction de la qualité sensorielle et du potentiel technologique des viandes laissent entrevoir des possibilités d’applications dans les années à venir. Concernant la spectroscopie, les principaux résultats ont été obtenus dans le domaine de la Spectroscopie Proche Infrarouge (SPIR) avec des développements aboutis pour prédire la composition et la valeur nutritionnelle des viandes. La prédiction du potentiel technologique des viandes à l’aide de cette méthode et surtout de la qualité sensorielle est en revanche plus difficile. Enfin, l’exemple du modèle phénotypique MSA (« Meat Standards Australia ») de prévision de la qualité sensorielle de la viande bovine basée sur une combinaison de données d’amont et d’aval et dont la plus-value pour la filière a été démontrée en Australie, présente une généricité qui a déjà été éprouvée dans plusieurs pays., This review was aimed at providing an overview of recent advancements obtained in the field of meat quality prediction. The different methods used in the production sectors for the development of equations and the tools used based on different types of biological markers (genomic or phenotypic) or physical (spectroscopy) are discussed. Through the different examples that are presented, it appears that the identification of biological markers is confronted with the complex determinism of quality parameters. This makes the development of generic molecular tests to be used on the field even more difficult. However, in recent years, progress has been made, benefitting from genomics, proteomics and metabolomics technological developments. The first equations that predict the sensorial quality and the technological potential of meat hint to possible applications in the near future. Concerning spectroscopy, the main results were obtained using Near Infrared Spectroscopy (NIR) with developments obtained for the prediction of the composition and nutritional value of meats. The prediction of the technological potential of meats using this method and mainly the sensorial quality is, however, more difficult. Finally, the example of the MSA (« Meat Standards Australia ») phenotypic model which predicts the sensorial quality of bovine meat based on a combination of upstream and downstream data and whose added-value for the sector has been identified in Australia, presents a genericness that has already been proven in several countries.
Published: 2016

43. Pre- and postnatal adipose tissue development in farm animals: from stem cells to adipocyte physiology

Author: Louveau, Isabelle, Perruchot, Marie-Hélène, Bonnet, Muriel, Gondret, Florence, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Clermont Université, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology
Abstract: To view supplementary material for this article, please visit http://dx.doi.org/10.1017/S1751731116000872; Both white and brown adipose tissues are recognized to be differently involved in energy metabolism and are also able to secrete a variety of factors called adipokines that are involved in a wide range of physiological and metabolic functions. Brown adipose tissue is predominant around birth, except in pigs. Irrespective of species, white adipose tissue has a large capacity to expand postnatally and is able to adapt to a variety of factors. The aim of this review is to update the cellular and molecular mechanisms associated with pre- and postnatal adipose tissue development with a special focus on pigs and ruminants. In contrast to othertissues, the embryonic origin of adipose cells remains the subject of debate. Adipose cells arise from the recruitment of specific multipotent stem cells/progenitors named adipose tissue-derived stromal cells. Recent studies have highlighted the existence of a variety of those cells being able to differentiate into white, brown or brown-like/beige adipocytes. After commitment to the adipocyte lineage, progenitors undergo large changes in the expression of many genes involved in cell cycle arrest, lipid accumulation and secretory functions. Early nutrition can affect these processes during fetal and perinatal periods and can also influence or pre-determinate later growth of adipose tissue. How these changes may be related to adipose tissue functionalmaturity around birth and can influence newborn survival is discussed. Altogether, a better knowledge of fetal and postnatal adipose tissue development is important for various aspects of animal production, including neonatal survival, postnatal growth efficiency and health.
Published: 2016

44. Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Rapport final

Author: Bertrand Dumont, Pierre Dupraz, Joël Aubin, Miroslav Batka, Diane Beldame, Jaume Boixadera, Alain Bousquet-Mélou, Marc Benoit, Zohra Bouamra-Mechemache, Vincent Chatellier, Michael Corson, Luc Delaby, Claire Delfosse, Catherine Donnars, Jean-Yves Dourmad, Michel Duru, Nadège Edouard, Estelle Fourat, Lise Frappier, Marine Friant-Perrot, Carl Gaigné, Agnès Girard, Jean-Luc Guichet, Nadia Haddad, Petr Havlik, Jonathan Hercule, Nathalie Hostiou, Olivier Huguenin-Elie, Katja Klumpp, Alexandra Langlais, Servane Lavenant, Sophie Le Perchec, Olivier Lepiller, Elodie Letort, Fabrice Levert, Bruno Martin, Bertrand Méda, Elise Line Mognard, Christian Mougin, Carlos Ortiz, Laurent Piet, Thierry Pineau, Julie Ryschawy, Rodolphe Sabatier, Stéphane Turolla, Isabelle Veissier, Etienne Verrier, Dominique Vollet, Hayo van der Werf, Aurélie Wilfart, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA), Chercheur indépendant, Gouvernement de Catalogne, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Toulouse School of Economics (TSE-R), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Laboratoire d'Études Rurales (LER), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Droit et changement social (DCS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Université de Nantes (UN), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Amiénois de Recherche en Education et Formation - UR UPJV 4697 (CAREF), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Agroscope, Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Normandie Université (NU), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Université de Toulouse (UT), Unité de Recherches Avicoles (URA), Taylor’s University, Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Département Santé Animale (DEPT SA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Partenaires : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), Ministère de l'Environnement, de l'Energie et de la Mer (MEEM), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Isara, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), UR 0874 Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP)-Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Taylor's University, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Prospective (PROSPECTIVE), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Recherches Avicoles (SRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), International Institute for Applied Systems Analysis ( IIASA ), Indépendant, ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Toulouse School of Economics ( TSE ), Toulouse School of Economics, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Laboratoire d’études rurales, EA 3728 LER - Institut des sciences de l’Homme, Université Lumière (Lyon 2) ( UL2 ), Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir ( CERTOP ), Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut national universitaire Champollion - Albi ( INU Champollion ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Droit et changement social ( DCS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Nantes ( UN ), Université de Nantes ( UN ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques ( BIPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-AFSSA-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut de l'Ouest : Droit et Europe, UMR 6262 IODE, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Normandie Université ( NU ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique ( DV-IST ), Université de Toulouse, Recherches Avicoles ( SRA ), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Département Santé Animale ( DEPT SA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA )
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 030309 nutrition & dietetics, évaluation, [ SHS.DROIT ] Humanities and Social Sciences/Law, 03 medical and health sciences, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, [ SHS.ECO ] Humanities and Social Sciences/Economies and finances, appraisement, service, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 0303 health sciences, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, indicator, [SHS.PHIL]Humanities and Social Sciences/Philosophy, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, élevage, [ SHS.PHIL ] Humanities and Social Sciences/Philosophy, impact, expertise, impact économique, impact sur l'environnement, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, europe, indicateur
Abstract: Rapport de l’Expertise scientifique collective réalisée par l’INRA à la demande des ministères en charge de l'Ecologie et de l'Agriculture, et de l'Ademe; Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Rapport final
Published: 2016

45. Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Synthèse de l’expertise scientifique collective

Author: Bertrand Dumont, Pierre Dupraz, Joel Aubin, Marc Benoit, Vincent Chatellier, Zohra Bouamra-Mechemache, Luc Delaby, Claire Delfosse, Jean-Yves Dourmad, Michel Duru, Lise Frappier, Marine Friant-Perrot, Carl Gaigné, Agnès Girard, Jean-Luc Guichet, Petr Havlik, Nathalie Hostiou, Olivier Huguenin-Elie, Katja Klumpp, Alexandra Langlais, Servane Lavenant, Sophie Le Perchec, Olivier Lepiller, Bertrand Méda, Julie Ryschawy, Rodolphe Sabatier, Isabelle Veissier, Etienne Verrier, Dominique Vollet, Isabelle Savini, Jonathan Hercule, Catherine Donnars, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire d'Études et de Recherches en Economie (LERECO CEDRAN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Université de Nantes (UN), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Agroscope, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Normandie Université (NU), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Recherches Avicoles (SRA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Collège de Direction, Unité Prospective (PROSPECTIVE), auto-saisine, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), UR 0874 Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP)-Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Unité de Recherches Avicoles (URA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Collège de Direction (CODIR), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Commanditaire : (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Partenaires : Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), Ministère de l'Environnement, de l'Energie et de la Mer (MEEM), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Amiénois de Recherche en Education et Formation - UR UPJV 4697 (CAREF), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE-R), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Laboratoire d'Études et de Recherches en Economie ( LERECO CEDRAN ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Toulouse School of Economics ( TSE ), Toulouse School of Economics, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Université Lumière (Lyon 2) ( UL2 ), Université de Nantes ( UN ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), International Institute for Applied Systems Analysis ( IIASA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, IODE, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Normandie Université ( NU ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique ( DV-IST ), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir ( CERTOP ), Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut national universitaire Champollion - Albi ( INU Champollion ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Recherches Avicoles ( SRA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), and Unité Prospective ( PROSPECTIVE )
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, cultural inheritance, nitrogen, service écosystémique, labour, patrimoine culinaire, droit de l'environnement, [ SHS.ECO ] Humanities and Social Sciences/Economies and finances, phosphorus, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, gastronomie régionale, azote, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, climat, market, patrimoine culturel, expertise collective, [SHS.PHIL]Humanities and Social Sciences/Philosophy, système d'élevage, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, marché, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, élevage, phosphore, évaluation de l'impact environnemental, [ SHS.PHIL ] Humanities and Social Sciences/Philosophy, travail, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, europe
Abstract: À la demande des ministères en charge de l’Écologie et de l’Agriculture, et de l’Ademe, l’Inra a conduit une expertise scientifique collective sur les systèmes d’élevage européens et leurs produits. Leurs rôles, leurs impacts économiques, sociaux et environnementaux, ainsi que les services marchands ou non marchands qu’ils rendent à la société ont été analysés sur la base d’un important travail de synthèse bibliographique internationale. Les résultats, qui suggèrent aussi des leviers d’action pour les différents systèmes d’élevage, sont présentés et mis en débat lors d’un colloque le 30 novembre 2016 à Paris.
Published: 2016

46. Prédire la qualité des viandes: mythe ou réalité ?

Author: Berri, Cécile, Picard, Brigitte, Lebret, Bénédicte, Andueza Urra, Jesus Donato, Vautier, Antoine, Chartrin, Pascal, Beauclercq, Stéphane, Lefèvre, Florence, Legrand, Isabelle, Hocquette, Jean-François, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service Qualité des Viandes, Institut de l'Elevage, Unité de Recherches Avicoles (URA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc (IFIP), Institut de l'élevage (IDELE), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: spectroscopy, viande, qualité sensorielle, Ingénierie des aliments, qualité de la viande, truite, qualité de la chair, near-infrared, spectroscopie, tendrete de la viande, qualité nutritionnelle, meat, poisson, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Food engineering, prédiction, modèle phénotypique, marqueur biologique, qualité, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, volaille, phénotype, viande bovine, quality, viande porcine, spectroscopie proche infrarouge, biological markers
Abstract: Cette revue a pour objectif de faire un point sur les avancées récentes obtenues dans le domaine de la prédiction de la qualité des viandes. Elle aborde différentes démarches menées au sein des principales filières de production pour développer des équations puis des outils prédictifs basés sur différents types de marqueurs biologiques (génomiques ou phénotypiques) ou physiques (spectroscopiques). Au travers des différents exemples présentés, il apparaît que l’identification de marqueurs biologiques se confronte au déterminisme complexe des paramètres de qualité qui rend encore difficile la mise au point de tests moléculaires génériques utilisables sur le terrain. Toutefois, les avancées ont été notables ces dernières années bénéficiant des récents développements technologiques en génomique, protéomique et métabolomique. Les premières équations de prédiction de la qualité sensorielle et du potentiel technologique des viandes laissent entrevoir des possibilités d’applications dans les années à venir. Concernant la spectroscopie, les principaux résultats ont été obtenus dans le domaine de la Spectroscopie Proche Infrarouge (SPIR) avec des développements aboutis pour prédire la composition et la valeur nutritionnelle des viandes. La prédiction du potentiel technologique des viandes à l’aide de cette méthode et surtout de la qualité sensorielle est en revanche plus difficile. Enfin, l’exemple du modèle phénotypique MSA (« Meat Standards Australia ») de prévision de la qualité sensorielle de la viande bovine basée sur une combinaison de données d’amont et d’aval et dont la plus-value pour la filière a été démontrée en Australie, présente une généricité qui a déjà été éprouvée dans plusieurs pays., This review was aimed at providing an overview of recent advancements obtained in the field of meat quality prediction. The different methods used in the production sectors for the development of equations and the tools used based on different types of biological markers (genomic or phenotypic) or physical (spectroscopy) are discussed. Through the different examples that are presented, it appears that the identification of biological markers is confronted with the complex determinism of quality parameters. This makes the development of generic molecular tests to be used on the field even more difficult. However, in recent years, progress has been made, benefitting from genomics, proteomics and metabolomics technological developments. The first equations that predict the sensorial quality and the technological potential of meat hint to possible applications in the near future. Concerning spectroscopy, the main results were obtained using Near Infrared Spectroscopy (NIR) with developments obtained for the prediction of the composition and nutritional value of meats. The prediction of the technological potential of meats using this method and mainly the sensorial quality is, however, more difficult. Finally, the example of the MSA (« Meat Standards Australia ») phenotypic model which predicts the sensorial quality of bovine meat based on a combination of upstream and downstream data and whose added-value for the sector has been identified in Australia, presents a genericness that has already been proven in several countries.
Published: 2016

47. How muscle structure and composition influence meat and flesh quality

Author: Anne Listrat, L. Lefaucheur, Brigitte Picard, Isabelle Louveau, Muriel Bonnet, Bénédicte Lebret, Thierry Astruc, Jéroˆme Bugeon, ProdInra, Archive Ouverte, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Qualité des Produits Animaux ( QUAPA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0301 basic medicine, bovin, fibre musculaire, muscle, propriété sensorielle, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Adipose tissue, Review Article, composition du muscle, lcsh:Technology, histologie, qualité nutritionnelle, poisson, animal, Food science, lcsh:Science, Flavor, General Environmental Science, 2. Zero hunger, acide gras, food and beverages, muscle squelettique, animal d'élevage, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, structure du muscle, tendrete, Tenderness, [SDV] Life Sciences [q-bio], jutosité, medicine.anatomical_structure, Composition (visual arts), Intramuscular fat, medicine.symptom, tissu conjonctif, saveur, composition biochimique, Meat, mouton, Article Subject, biochimie musculaire, qualité sensorielle, Connective tissue, Biology, qualité de la chair, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, medicine, Animals, Humans, Muscle, Skeletal, composition des tissus, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], lcsh:T, Flesh, lcsh:R, 0402 animal and dairy science, Skeletal muscle, croissance, 040201 dairy & animal science, volaille, qualité technologique, 030104 developmental biology, lcsh:Q, tissu adipeux intramusculaire, porc
Abstract: Skeletal muscle consists of several tissues, such as muscle fibers and connective and adipose tissues. This review aims to describe the features of these various muscle components and their relationships with the technological, nutritional, and sensory properties of meat/flesh from different livestock and fish species. Thus, the contractile and metabolic types, size and number of muscle fibers, the content, composition and distribution of the connective tissue, and the content and lipid composition of intramuscular fat play a role in the determination of meat/flesh appearance, color, tenderness, juiciness, flavor, and technological value. Interestingly, the biochemical and structural characteristics of muscle fibers, intramuscular connective tissue, and intramuscular fat appear to play independent role, which suggests that the properties of these various muscle components can be independently modulated by genetics or environmental factors to achieve production efficiency and improve meat/flesh quality.
Published: 2016

48. Évaluation de la contribution nette des systèmes bovins laitiers français à l’approvisionnement alimentaire protéique pour l’être humain

Author: Laisse, S., Rouille, B., Baumont, René, Peyraud, Jean-Louis, ProdInra, Archive Ouverte, Institut de l'Elevage, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut de l'élevage (IDELE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Les ruminants valorisent des matières premières riches en fibres, notamment les fourrages et les coproduits d’industries agroalimentaires et de biocarburants, pour produire du lait et de la viande. Dans les systèmes bovins laitiers français, d’autres matières premières telles que les céréales ou les protéagineux sont aussi consommées alors qu’elles pourraient en grande partie être valorisées directement en alimentation humaine. Cette étude s’appuie sur les données des réseaux d’élevage Inosys pour calculer l’efficience de conversion des protéines (ECP) végétales en protéines animales de différents systèmes d’alimentation des vaches laitières en considérant (i) la totalité des protéines végétales consommées par l’élevage (ECPT) et (ii) les protéines végétales consommables par l’être humain (ECPC). Ce calcul nécessite d’estimer la proportion de protéines consommables (PPC) des différentes matières premières végétales utilisées en alimentation animale. Si les valeurs de EPCT sont faibles et peu variables entre systèmes, en revanche les valeurs de ECPC sont beaucoup plus élevées et très variables. Elles peuvent être largement supérieures à 1, indiquant que le système produit plus de protéines animales consommables par l’homme qu’il ne consomme de protéines végétales pouvant entrer dans la chaine alimentaire actuelle. C’est notamment le cas des systèmes basés sur l’herbe alors que les systèmes consommant beaucoup de grains peuvent consommer plus de protéines végétales consommables par l’homme qu’ils n’en produisent (ECPC < 1). Certains systèmes bovins laitiers ont donc une contribution nette positive en protéines pour l’alimentation humaine, argument important à considérer dans le débat sur l’efficience alimentaire entre systèmes de production animaux et végétaux. Les résultats sont discutés en fonction des hypothèses prises pour estimer la teneur en PPC des aliments utilisés en alimentation animale. Plus les protéines des tourteaux sont directement utilisables en alimentation humaine, plus les systèmes qui ont recours à des quantités importantes de tourteaux seront en compétition avec l’alimentation humaine.
Published: 2016

49. Actualisation de la prévision des apports en acides aminés digestibles dans l’intestin pour les vaches laitières

Author: Lemosquet, Sophie, Panzuti, Clémence, Cantalapiedra-Hijar, Gonzalo, Chapoutot, Patrick, Noziere, Pierre, Sauvant, Daniel, Guinard-Flament, Jocelyne, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants (MoSAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants ( MoSAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: acide aminé, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], digestibilité, [SDV]Life Sciences [q-bio], vache laitière, méthode de prévision
Abstract: National audience; Un travail de méta-analyse a été engagé pour revoir le calcul des valeurs d’acides aminés digestibles dans l’intestin (AADI) dans le projet INRA Systali de révision des systèmes d’alimentation des ruminants. Le calcul des valeurs AADI dépend des calculs des flux de protéines digestibles dans l’intestin d’origine microbienne (PDIM) et alimentaire (PDIA), or ces valeurs ont été modifiées dans Systali. Une nouvelle base de données contenant des essais mesurant les flux d’acides aminés (AA) dans le duodénum a été constituée. La même démarche de calculs que celle choisie par Rulquin et al. (1998, 2001) a été appliquée. La première étape de la démarche a consisté en un calcul théorique des concentrations en AA dans le duodénum basé sur une approche factorielle des flux de PI d’origine microbienne (PIM), alimentaire (PIA) et endogène (PIendo) et de leurs compositions (%) respectives en AA. Ce calcul théorique a alors été confronté aux concentrations mesurées dans le duodénum par la méta-analyse. Des facteurs de correction ont été estimés à partir d’une analyse de covariance avec un effet essai fixe et un modèle linéaire. Les nouveaux modèles ont permis d’améliorer la prédiction des concentrations d’AA mesurées avec des erreurs de prédiction des modèles plus faibles que les modèles passés pour les 16 AA considérés dans le système AADI. De plus, les nouvelles estimations des PI appliquées à la nouvelle base de données ont permis de réduire les biais entre les concentrations calculées et mesurées et d’appliquer des facteurs de correction moins importants. Au final, 15 équations sur 16 (à l’exception de la Phe) présentaient des ordonnées à l’origine plus proche de zéro et des pentes plus proches de 1 que les modèles passés. Les 16 nouvelles équations de correction (incluant celle de la Phe) sont utilisées dans le calcul des 16 valeurs AADI de Systali.
Published: 2016

50. L’herbe : un atout pour améliorer l’autonomie des systèmes d’élevages caprins du Grand Ouest et produire des fromages sous signes de qualité

Author: Caillat, Hugues, Barre, Philippe, Delagarde, Remy, Disenhaus, Catherine, Ferlay, Anne, Freund, Geneviève, Gaborit, Patrice, Giger-Reverdin, Sylvie, Jacquot, Anne-Lise, Jenot, Frantz, Jost, Jérémy, Lecaro, Leila, Pelletier, Estelle, Wimmer, Emilie, Verdier, Géraldine, UE 1373 Fourrages Environnement Ruminants Lusignan, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage ( PHASE ) -Environnement et Agronomie ( E.A. ) -Biologie et Amélioration des Plantes ( BAP ) -Fourrages Environnement Ruminants Lusignan ( FERLUS ), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères ( P3F ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), ACTALIA [Villers-Bocage], Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants ( MoSAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Fédération Régionale Caprine de Nouvelle-Aquitaine et Vendée ( FRCap ), Institut de l'Elevage, Chambre Régionale d'Agriculture de Bretagne, Chambre Régionale d'Agriculture des Pays de la Loire, Lycée d'Enseignement Général et Technologique Agricole de Melle ( LEGTA ), Bureau Régional Interprofessionnel du Lait de Chèvre de Charentes-Poitou et des Pays de la Loire ( BRILAC ), Fromages et laits issus d’élevages de chèvres conduits à l’herbe, Institut National de la Recherche Agronomique, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Biologie et Amélioration des Plantes (BAP)-Fourrages Environnement Ruminants Lusignan (FERLUS), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants (MoSAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Fédération Régionale Caprine de Nouvelle-Aquitaine et Vendée (FRCap), Lycée d'Enseignement Général et Technologique Agricole de Melle (LEGTA), Bureau Régional Interprofessionnel du Lait de Chèvre de Charentes-Poitou et des Pays de la Loire (BRILAC), Fourrages Environnement Ruminants Lusignan (FERLUS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de l'élevage (IDELE), Financement : PSDR Grand-Ouest 4, Superviseur : Hugues Caillat, Commanditaire : Institut National de la Recherche Agronomique (France), and Partenaires : Bureau Régional Interprofessionnel du Lait de Chèvre de Charentes-Poitou et des Pays de la Loire (BRILAC), Institut de l'Elevage (IDELE), Actalia, Chambre Régionale d'Agriculture de Bretagne (CRA Bretagne), Chambre Régionale d'Agriculture des Pays de la Loire (CRA Pays de la Loire), EPLFPEA Terres et Paysages Sud Deux Sèvres, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, élevage caprin, fromage de chèvre, lait de chèvre, filière, produit de qualité, alimentation à l'herbe, ouest de la france, goat milk, herbe, autonomie alimentaire, goat cheese, caprin, qualité des produits, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract: Programme Pour et Sur le Développement Régional 4; La France est le premier producteur de lait de chèvre en Europe. Le Grand Ouest représente 54% de cette production nationale et près de la moitié de l’effectif de chèvres.Cependant, les systèmes caprins peuvent être fragilisés par leur relative faible autonomie alimentaire. Le projet Flèche vise à renforcer la durabilité des filières caprines laitières du Grand Ouest par une plus grande utilisation de l’herbe dans les élevages.Flèche est basé sur un partenariat fort entre acteurs du territoire, interprofession caprine, unités de recherches, organismes de développement et établissements d’enseignement secondaire et supérieur.
Published: 2016

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