Expression de gènes dans le foie de canards nourris ad libitum ou gavés

L’analyse des transcriptomes de foies de canards de différents types génétiques, nourris ad libitum ou gavés et présentant des aptitudes différentes à la production de foie gras, a été conduite afin de mettre en évidence les gènes présentant des différences d’expression et ainsi mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le développement de la stéatose hépatique. Des ARN ont donc été extraits de foies provenant de canards communs, de Barbarie et de leurs hybrides réciproques mulards et hinnies, gavés ou non. Ces ARN ont été séquencés à haut débit et l’analyse des données d’expression a été réalisée. Des analyses par classification hiérarchique ou en composantes principales montrent que le premier regroupement des individus se fait en fonction du régime alimentaire, les différences entre types génétiques n’intervenant qu’ensuite. Les canards de Barbarie nourris ad libitum sont cependant plus proches des canards de Barbarie gavés que des autres canards nourris ad libitum. Parmi tous les groupes constitués, celui des canards Pékin gavés est le plus hétérogène. Par contre, et pour chacun des deux régimes, les canards mulards et hinnies ne peuvent pas être distingués. De nombreux gènes présentent des différences d’expression selon le régime alimentaire, gènes impliqués dans diverses voies métaboliques plus ou moins attendues comme le catabolisme des sucres, la lipogenèse ou le cycle cellulaire, l’immunité et la réponse inflammatoire. Enfin, ces processus d’annotation fonctionnelle permettent aussi de distinguer des fonctions discriminant les réponses au gavage des différents types génétiques. Au final, ce projet permet d’améliorer la connaissance des fonctions mises en œuvre lors du gavage et impliquées dans le développement de la stéatose hépatique dans quatre types génétiques de canards.
Transcriptome analyses have been conducted on RNAs extracted from the livers of ducks, ad libitum fed or overfed and presenting different susceptibility to fatty liver production, in order to identify genes with differences in expression and thus to better describe mechanisms involved in hepatic steatosis. RNAs have been extracted from the liver of “pure species”, Pekin and Muscovy ducks, and of their reciprocal hybrids, mule and hinny. RNAs have been sequenced and sequencing data have been analyzed. Hierarchic clustering and principal component analyses indicate that differences between individuals lie primarily in feeding effect, differences between genotypes being less important. However, Muscovy ducks ad libitum fed and overfed are clustered together. Interestingly, hinny and mule ducks are clustered together according to feeding. Many genes with differences in expression between overfed and ad libitum fed have been identified. Analyses of functional annotations associated to these differential genes highlight some expected functions (carbohydrate and lipid metabolisms) but also some unexpected ones (cell proliferation and immunity). These analyses also allow to evidence differences in response to overfeeding between the different genotypes. Finally, these RNA sequence analyses help to better characterize functions involved in hepatic steatosis in ducks.