Search

Son yıllarda sosyoekonomik nedenlerden kaynaklı kanatlı eti ve ürünlerine ilgi oldukça fazladır. Kanatlı etlerinin doğal florası üretim şartlarından kaynaklı çeşitli kontaminasyonlara maruz kaldıkları için önemli miktarda mikrobiyal yüke sahiptir. Bu nedenle güvenilir gıda üretmek için kanatlı etinin korunması ve muhafazası amacıyla birçok yöntem geliştirilmektedir. Bu çalışmada kanatlı etlerinin raf ömrünü uzatabilmek için kimyasal dekontaminasyon yöntemleri incelenmiştir.

Secondary infections are among the main complications leading to high mortality in patients hospitalized with COVID-19. This study aimed to determine the prevalence, risk factors, etiological agents and antimicrobial resistance patterns of secondary infections that developed in patients with COVID-19. In the study, patients with a positive COVID-19 PCR test who developed secondary bacterial and fungal infections after 48 hours of hospitalization were included. The results of the bacterial and fungal cultures obtained from the clinical samples of the patients were retrospectively evaluated. At the end of this study, it was determined that 16.1% (n=43) of 267 hospitalized patients developed secondary infections. Secondary infections were detected more in males (n=28, 65.1%) than females (n=15, 34.9%) (p=0.024). The median age (65.0 years) of patients with secondary infection was found to be higher (p, Sekonder enfeksiyonlar, COVID-19 ile hastaneye yatırılan hastalarda yüksek mortaliteye yol açan başlıca komplikasyonlar arasındadır. Bu çalışmada, COVID-19 hastalarında gelişen sekonder enfeksiyonların prevalansı, risk faktörleri, etiyolojik ajanları ve antimikrobiyal direnç paternlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya 48 saat hastanede yattıktan sonra sekonder bakteriyel ve fungal enfeksiyon gelişen, COVID-19 PCR testi pozitif olan hastalar dahil edilmiştir. Hastaların klinik örneklerinden elde edilen bakteri ve mantar kültürlerinin sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Bu çalışmanın sonunda hastanede yatan 267 hastanın %16.1'inde (n=43) sekonder enfeksiyon geliştiği belirlenmiştir. Sekonder enfeksiyonlar erkeklerde (n=28, %65.1) kadınlara (n=15, %34.9) göre daha fazla saptanmıştır (p=0.024). Sekonder enfeksiyonu olan hastaların medyan yaşı (65.0 yıl) daha yüksek bulunmuştur (p

Bu araştırmada marketlerde, büfelerde, kafelerde, vb. farklı zamanlarda satışa sunulan çeşitli içeceklerin üst kapaklarının mikrobiyal profilinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla Ekim- Haziran ayları arasında toplam 800 adet içecek numunesi alınmıştır. Örneklerin toplam aerobik mezofilik bakteri (TAMB), toplam maya küf (TMK), toplam koliform grubu bakteri (TKGB) ve Staphylococcus aureus sayıları ile Escherichia coli, Salmnonella spp. ve Listeria monocytogenes türü bakteri varlıkları araştırılmıştır. En yüksek TAMB sayısı 5.22 log kob/cm2 ile soğuk çay grubu içeceklerde, en yüksek TMK, TKBG sayıları ve Staphylococcus aureus türü bakteri sayısı sırasıyla 5.11 log kob/cm2, 4.21 log kob/cm2 ve 3.37 log kob/cm2 meyve aromalı içecekler grubunda olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca 35 örnekte Escherichia coli, 21 örnekte Salmonella spp. ve 18 örnekte de Listeria monocytogenes türü bakteri varlığı belirlenmiştir., In this research, it was aimed to determine the microbial profile of the upper lids of various beverages offered for sale in TFS packages at markets, buffets, cafes and grocery stores etc. at different times. For this purpose, a total of 800 beverage samples were taken between October and June. Total aerobic mesophilic bacteria (TAMB), total yeast mold (TMK), total coliform group bacteria (TKGB) and Staphylococcus aureus and Escherichia coli, Salmonella spp. and Listeria monocytogenes type bacteria were investigated. The highest TAMB number was 5.22 log cfu/cm2 in cold tea group beverages, the highest TMK, TKBG numbers and Staphylococcus aureus species bacteria count were in the group of fruit flavored beverages, respectively 5.11 log cfu/cm2, 4.21 log cfu/cm2, and 3.37 log cfu / cm2. has been determined. In addition, presence bacteria species, Escherichia coli in 35 samples, Salmonella spp. in 21 samples and Listeria monocytogenes 18 samples was detected.

Bebek ve küçük çocukların bağışıklık sistemi tam olarak gelişmemiştir. Bu dönemde beslenme hem büyüme hem de sağlık açısından önem taşımaktadır. Birçok bilimsel çalışmada devam formülleri ve ek gıdalarda patojen veya fırsatçı patojen varlığı belirlenmiştir. Hammadde, üretim, koruma ve tüketim aşamalarında bu gıdaların mikroorganzimalarla kontaminasyonunun engellenmesi gerekmektedir. Bebek ve küçük çocuk gıdalarındaki mikroorganizmaların belirlenmesi olası halk sağlığı riskleri açısından önemlidir. Bu çalışmada, bebek ve küçük çocuk gıdalarında saptanan patojen, fırsatçı patojen mikroorganizmalar ve halk sağlığı riskleri hakkında bilgi verilmesi amaçlanmıştır. The immune system of infants and young children is not fully developed. In this period, nutrition is important for both growth and health. Many scientific studies have identified the presence of pathogens or opportunistic pathogens in follow-on formulas and supplementary foods. Contamination of these foods with microorganisms should be prevented during raw material, production, storage and consumption stages. Identification of microorganisms in the food of infants and young children is possibly important for public health. In this study, it is aimed to give information about pathogens, opportunistic pathogens and public health risks in infant and young children’s food.time. The need for comprehensive studies on host immune response is evident.

Son yıllarda canlı probiyotik mikroorganizmaların kullanıma alternatif olmak üzere "postbiyotik" olarak adlandırılan mikrobiyal türevli biyomoleküllerin kullanımı oldukça dikkat çekici konulardandır. Hücresiz süpernatantlar söz konusu olduğunda postbiyotikler, probiyotikler tarafından salgılanan enzimler, vitaminler, biyo yüzey-aktif moleküller, amino asitler, peptitler, organik asitler gibi metabolik ürünleri kapsar. İnsanda tükürük, anne sütü, bağırsak ve dışkı örneklerinde varlığı saptanan Streptococcus salivarius, Gram-pozitif ve fakültatif anaerobik bir bakteri olup, oral mukozanın baskın bir türüdür. S. salivarius yaygın olarak dil dorsumunda ve farengeal mukozada bulunur. Streptococcus salivarius M18, sağlıklı bir yetişkinin ağız boşluğundan izole edilmiş bir probiyotik suştur. Bu tez çalışmasında S. salivarius M18 hücresiz süpernatantının, insanda pek çok farklı enfeksiyondan sorumlu olmanın yanı sıra gıda patojenleri arasında da yer alan iki Gram-negatif patojen, Pseudomonas aeruginosa ve Klebsiella pneumonia, üzerindeki anti-patojen etkileri araştırılmış olup, probiyotik süpernatantının patojen büyümesini ve biyofilm oluşumunu inhibe ettiği, ayrıca patojenleri antibiyotiğe karşı hassaslaştırdığı gösterilmiştir. Çalışmada ayrıca S. salivarius M18 hücresiz süpernatantının kolon kanseri hücreleri üzerindeki anti-kanser etkileri in vitro olarak incelenmiş olup, M18 suşu hücresiz süpernatantının kolon kanseri hücreleri üzerinde hücre büyümesini inhibe edici ve apoptotik etki gösterdiği ve söz konusu etkinin bir prebiyotik olarak inülin kullanımı ile arttığı görülmüştür. En önemlisi de S. salivarius M18 hücresiz süpernatantının bu anti-kanser etkisinin kanser mikroçevresine spesifik bir etki olduğu gösterilmiştir. Özetle, tez çalışması ile elde edilen veriler S. salivarius M18 hücresiz süpernatantının anti-patojen ve anti-kanser etkilerini ortaya koymakta olup, çalışmanın sonuçları kolon kanseri ile ilişkili olmak üzere kolon mikrobiyotası disbiyozunun, oral mikrobiyotadan da etkilendiğinin gösterildiği güncel literatür bilgileri açısından değerlendirildiğinde oldukça önemlidir. In recent years, there is an increasing attempt to develop potential approaches as an alternative to the use of live probiotic microorganisms. In the case of cell-free supernatants, postbiotics include the secreted metabolic products such as enzymes, vitamins, bio-surface-active molecules, amino acids, peptides, and organic acids. Streptococcus salivarius, found in human saliva, breast milk, intestine, and stool samples, is a Gram-positive and facultative anaerobic bacteria. Being the dominant type of oral mucosa, S. salivarius is commonly found in the dorsum of the tongue and pharyngeal mucosa. Streptococcus salivarius M18 is a probiotic strain isolated from the oral cavity of a healthy adult. The probiotic strain has been shown to reduce dental plaque formation, moderate and severe gingivitis, and periodontitis and prevent the occurrence of new tooth decay through the production of some bacteriocins as well as dextranase and urease enzymes that help reduce dental plaque formation and acidification, respectively. In this thesis, the anti-pathogenic effects of S. salivarius M18 cell-free supernatant on two Gram-negative pathogens, Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumonia, which are responsible for many different human infections as well as food borne-diseases, were investigated. The probiotic supernatant was shown to inhibit the growth of the pathogens and biofilm formation and sensitize the pathogens to the antibiotic treatment. In this study, the anti-cancer effects of S.salivarius M18 cell-free supernatant on colorectal cells were also investigated in vitro, and the cell-free supernatant of the M18 strain was shown to inhibit cancer cell viability and promote apoptosis. This effect was enhanced by the use of the prebiotic inulin. Most importantly, the observed anti-cancer effect was specific for the cancer microenvironment. In summary, the data obtained through this thesis reveal the anti-pathogenic and anti-cancer effects of the S.salivarius M18 cell-free supernatant. These results are important when evaluated in terms of current literature highlighting that colon microbiota dysbiosis, as a contributing factor for colorectal cancer, is affected by oral Microbiota. Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projesi - 2019-02.BŞEÜ.01-05. Bilecik Seyh Edebali University Scientific Research Project - 2019-02.BŞEÜ.01-05.

Bal arıları, doğal ekosistem ve tarımsal alanda tozlaşmada oldukça önemli rol oynarlar. Patojenler (Parazit, mantar, virüs ve bakteriler), ekosistem değişikliği ya da kayıpları, zirai kimyasal kullanımı gibi birçok biyotik ve abiyotik stres faktörü tek başına ya da birlikte arı kolonisinin, sağlık ve yaşamını olumsuz olarak etkilemektedir. Tüm bu faktörler arıların bağışıklık sistemini etkileyerek savunma mekanizmalarını değiştirir. Bal arıları kendilerini infeksiyöz ve paraziter etkenlere karşı korumak için fiziksel bariyerler, genelleşmiş hücresel ve humoral immün yanıttan oluşan doğal bir immün sisteme sahiptir. Patojenler, akarisitler, fungisitler, herbisitler ve diğer böcek ilaçları arı bağışıklık sistemini ve dolayısıyla arı sağlığını etkiler. Arı bağışıklık sisteminin savunma mekanizmaları sinyal yollarını, patojen tanıma reseptörlerini ve doğal bağışıklık sistemi efektörlerini içerir. Bal arısı kolonilerindeki, salgın infeksiyon riski, bireysel ve sosyal bağışıklık ile azaltılır. Her iki bağışıklık türü birlikte çeşitli düzeylerde hastalıklardan korur, oluşan paraziter ya da diğer infeksiyöz hastalıklara karşı immun yanıt oluşmasında önemli rol oynarlar. Honey bees play an important role in pollination in the natural ecosystem and agricultural field. Many biotic and abiotic stress factors such as pathogens (parasites, fungi, viruses and bacteria), ecosystem changes or losses, use of agricultural chemicals, alone or in combination, adversely affect the health and life of the bee colony. All these factors affect the immune system of the bees and change their defense mechanisms. Honey bees have a natural immune system consisting of physical barriers, generalized cellular and humoral immune response to protect themselves against infectious and parasitic agents. Pathogens, acaricides, fungicides, herbicides and other pesticides affect the bee immune system and hence bee health. Defense mechanisms of the bee immune system include signaling pathways, pathogen recognition receptors and innate immune system effectors. The risk of epidemic infection in honey bee colonies is reduced by individual and social immunity. Both types of immunity protect from diseases at various levels and play an important role in the formation of immune response against parasitic or other infectious diseases.

Tıbbi bitki çayları sağlık üzerine olumlu etkilerinden dolayı her yaş grubu tarafından tüketilmektedir. Bu çalışmada ambalajlı ve ambalajsız olarak perakende satışa sunulan farklı tıbbi bitki çaylarının (kekik, nane, rezene, adaçayı, ıhlamur, hatmi, sinameki, defne, civanperçemi ve anason) mikrobiyolojik kalitesinin belirlenmesi amaçlandı. Analiz edilen 120 örneğin %95, %90, %77.5, %74.16, %42.5, %14.17, %3.33 ve %2.5’inin sırasıyla toplam mezofilik aerobik bakteriler (TMAB), küf-maya, Enterobacteriaceae, koliform, sülfit indirgeyen anaerob bakteriler, Staphylococcus-Micrococcus spp., Escherichia coli ve Salmonella spp. ile kontamine olduğu belirlendi. Ancak örneklerin hiçbirinde Staphylococcus aureus ve Bacillus cereus tespit edilmedi. En yüksek ortalama TMAB (5.03 log10 kob/g) sayısı nane örneklerinde; Enterobacteriaceae (4.19 log10 kob/g), koliform (3.87 log10 kob/g) ve küf-maya sayısı (4.92 log10 kob/g) ise hatmi örneklerinde bulundu. Kapalı ambalajlarda satışa sunulan örneklerdeki ortalama Enterobacteriaceae ve koliform bakteri sayıları açıkta satışa sunulan örneklerden önemli derecede daha düşük bulundu (P

Bu çalışmada piyasa koşullarından temin edilen farklı firmalara ait dondurulmuş meyve (ahududu, böğürtlen, çilek, vişne) ve sebzeler (ıspanak, bezelye, mısır, patates) fiziksel kalite parametrelerinin (hasarlı, kusurlu, lekeli, çürük, kırık, yabancı madde, renk farklılığı ve bloklaşma durumu) yanı sıra, biyoaktif bileşenlerden fenolik maddeler ve antioksidan kapasite yönünden değerlendirilmiştir. Ayrıca ürünlerde toplam canlı, maya-küf, toplam koliform ve Escherichia coli sayısı saptanmış; patojenite açısından E. coli O157:H7 ve Listeria monocytogenes varlığı araştırılmıştır. Bireysel hızlı dondurulmuş meyve ve sebzelerin fiziksel kusurları kabul edilebilir sınırlar içinde bulunurken, yalnızca 1 kodlu firmaya ait ıspanakta ve ahudududa yüksek miktarda bloklaşma görülmüştür. Toplam fenolik madde miktarı meyvelerde 8.88-37.36 mg GAE g-1 kurumadde, sebzelerde 0.75-11.34 mg GAE g-1 kurumadde arasında saptanmıştır. Troloks eşdeğeri ve askorbik asit eşdeğeri cinsinden ortaya konan antioksidan kapasite sonuçlarına göre meyve grubundan ahududu, sebze grubundan ise ıspanak en yüksek değerleri vermiştir. Ürünler genel olarak toplam canlı, maya-küf, toplam koliform, E. coli sayısı ile E. coli O157:H7 ve L. monocytogenes yönünden kodekse uygun bulunmuş, ancak 1 kodlu firmaya ait dondurulmuş mısırlarda L. monocytogenes pozitif çıkmıştır. Her ne kadar piyasada bulunan dondurulmuş ürünlerin çoğu tüketilebilir özellikte bulunmuş olsa da, sonuçlar uygun nitelikte hammadde kullanımının, hijyen koşullarının üretimin her aşamasında sağlanmasının ve olası kontaminasyonların önüne geçilmesinin önemini bir kez daha ortaya koymuştur. In this study, the physical quality parameters (damaged, defective, stained, rotten, broken, foreign material, color difference and blocking) as well as bioactive phenolic components and antioxidant capacity of frozen fruits (raspberry, blackberry, strawberry, sour cherry) and vegetables (spinach, peas, corn, potatoes) were evaluated. Additionally, total viable, yeast-mold, total coliform and Escherichia coli counts were determined in the products and existence of E. coli O157:H7 and Listeria monocytogenes were researched in terms of pathogenicity. While the physical defects of individually quick frozen fruits and vegetables were found within acceptable limits, a large amount of blocky structure was observed only in spinach and raspberries of firm 1. Total phenolic content was found between 8.88-37.36 mg GAE g-1 dry matter in frozen fruits and 0.75-11.34 mg GAE g-1 dry matter in vegetables. According to the results of antioxidant capacity in terms of both trolox equivalent and ascorbic acid equivalent, raspberry from fruit group and spinach from vegetable group had the highest values. In general, the products were found to be suitable for total viable, yeast-mold, total coliform, E. coli counts and E. coli O157:H7 and L. monocytogenes, except frozen maize of firm 1 contaminated with L. monocytogenes. Although most of the frozen products on the market have been found to be consumable, the results have once again demonstrated the importance of using appropriate raw material, ensuring hygiene conditions at all stages of production and avoiding possible contamination.

Bu çalışmada Salmonella inoküle edilmiş kasap ve inegöl köftelerinin termal inaktivasyonu araştırılmıştır. İnegöl köfte örneğine ortalama 6,97 log10 kob/g seviyesinde bulaştırılan Salmonella, 170 °C sıcaklıktaki elektrikli ızgarada pişirilmiştir. Pişirilen inegöl köftelerden 50-90 °C arasında 5 'er °C köfte merkez sıcaklıkları ölçülmüştür ve her bir sıcaklıktaki Salmonella canlılığı araştırılmıştır. İnegöl köftelerin merkez sıcaklıklarının ölçülmesi ile 50 °C sıcaklıkta 1,31 log-kob/g lık bir azalma sağlanmıştır. Merkez sıcaklığı 70 °C ye ulaştığında ise 2,55 log-kob/g lık bir azalma sağlanmıştır. İnegöl köfte örneklerinin merkez sıcaklığı 85 °C ye geldiğinde ise 5,35 log10kob/g’lık bir Salmonella azalması rapor edilmiştir. Kasap köfte örneğine ortalama 7,19 log10 kob/g seviyesinde bulaştırılan Salmonella 170 °C sıcaklıktaki elektrikli ızgarada pişirilmiştir. Pişirilen kasap köftelerden 50-90 °C arasında 5 'er °C köfte merkez sıcaklıkları ölçülmüştür ve her bir sıcaklıktaki Salmonella canlılığı araştırılmıştır. Kasap köftelerin merkez sıcaklıklarının ölçülmesi ile 60 °C sıcaklıkta 1,99 log10kob/g lık bir patojen azalması tespit edilmiştir. 80 °C ye ulaşılan merkez sıcaklıkda ise kasap köfteler için 6,19 log10kob/g lık bir Salmonella inaktivasyonu belirlenmiştir. Köftelerin merkezi sıcaklığının 90 oC’ye yaklaşık olarak 9 dakikada çıktığı saptanmıştır. Köfte merkezi sıcaklığının 85 oC’ye çıkması açısından kıyaslandığında kasap köftenin bu sıcaklıklara çok daha hızlı çıktığı (7,54 dak.), inegöl köftenin ise daha geç ulaştığı (8.40 dak) belirlenmiştir. Çalışma sonucunda sanayi tipi ızgarada kondüksiyonel olarak pişirme yöntemi ile tüketime sunulan kasap köftelerde merkez sıcaklığı en az 80 °C ve üzerindeki sıcaklıklarda; inegöl köftelerde ise merkez sıcaklıkları en az 90 °C ve üzerindeki sıcaklıklarda tüketilmesinin gıda güvenliği açısından uygun olduğu belirlenmiştir.

Müzik ya da sesin hayatımızı veya duygularımızı etkilediği yadsınamaz bir gerçektir. Şimdiye kadar ses dalgaları ile yapılan çalışmaların büyük çoğunluğu hücreden ziyade organ veya organizmaları konu almıştır. Ses dalgaları ile yapılan çalışmalar bundan 60-70 yıl öncesine dayanmasına rağmen hücre üzerindeki etkisi son yıllarda anlaşılmaya başlanmıştır. Ses dalgalarının duyulabilen veya ultrasonik dalgalar olarak kullanıldıklarında organizmalar üzerinde doz, frekans ve süreye bağlı olarak olumlu ve olumsuz etkileri mevcuttur. Kimi dalgalar organizmalar üzerinde büyüme ve gelişimi teşvik ederken kimi dalgalar ise içinden geçtiği ortamda fiziksel ve kimyasal değişiklik yapabilecek potansiyele sahiptirler. Bu derlemede, çeşitli frekans, yoğunluk ve sürelerde tatbik edilen ses dalgalarının mekanizması, ürünlerin muhafazası ve bitki gelişimi üzerine etkileri ele alınmıştır.

İklim ve toprak istekleri yönünden çok seçici olamayışı, değerlendirme şekilleri ve çeşit açısından zengin olması nedeniyle Asma (Vitis vinifera) dünyada en yaygın ve en eski kültür bitkilerinden biridir. Bağcılık için dünyanın en elverişli üretim alanlarından biri olan ülkemiz zengin asma gen potansiyeline sahiptir. Bitkisel üretimde önemli bir yere sahip olan bağcılık, günümüzde üretimden pazarlamaya kadar geçen süreç içerisinde bir çok sorunla karşı karşıyadır. Bu sorunlar içerisinde üretimi sınırlandıran fungal hastalıklar önemli yer tutmaktadır.Çalışmada Malatya ili bağ alanlarında kurumalara sebep olan gövde fungal etmenlerinin saptanması amaçlanmıştır. Bu amaçla Malatya ilinde bağcılığın yoğun olduğu Arapgir, Yeşilyurt, Battalgazi ve Darende ilçelerinde vejatasyon peryodu dikkate alınarak iki farklı dönemde örnekleme yapılmış ve hastalık belirtisi görülen bitkilerden numuneler alınmıştır. Çalışmada toplamda 2400 da'lık alanda survey yapılmıştır. Survey sonucu 69 adet enfekteli bitki örnekleri alınmış ve bu bitki örneklerinden 240 adet fungal izolat elde edilmiştir. Fungal izolatların tanısı morfolojik özelliklerine ve moleküler yöntemlere göre yapılmıştır. Moleküler tanılamada ITS, β-Tubulin, LSU ve TEF-1α primerleri kullanılarak sekans analizleri yapılmıştır. Sekans analizleri sonucu elde edilen dizilerin moleküler tanılamaları NCBI'ın web sayfası ile BLAST analiz programı kullanılarak genbank veri tabanında mevcut olan türlerle benzerlik oranına bakılarak moleküler tanılamaları yapılmıştır. Tanılama çalışmaları sonucunda Botryospharia spp., Phaeomoniella chlamydospora, Fomitiporia mediterranea, Cytospora viticola, Neoscytalidium dimidiatum, Neoscytalidium novaehollandiae, Dothiorella spp., Lasiodiplodia spp. hastalık etmenleri ve birçok saprofit fungus saptanmıştır. Çalışmada Türkiye'de bağlarda ilk kez tespiti yapılan Cytospora viticola ile Neoscytalidium dimidiatum'a ait seçilen birer izolatın patojenite denemeleri yapılmıştır. Teşhisleri yapılan patojenlerden Cytospora viticola bağlarda Amerika kıtasından sonraki ilk tespitidir.ANAHTAR KELİMELER: Bağ, Malatya, gövde, fungal, patojen Grapevine (Vitis vinifera L.) is one of the most prevalent and long standing cultivated crops in the world thanks to its non-selective climate and soil demands, types of usage and having a wide range of varieties. Turkey has a rich grapevine gene pool because of its favorable climate zone. Viticulture, which has an important role in agriculture, faces a lot of problems in the process of production to marketing. Among them, fungal diseases take an important place by limiting the production wherever grapevine is cultivated. It is aimed to determine the stem fungal diseases that cause drying in viticulture areas of Malatya province with this research. For this reason, Arapgir, Yeşilyurt, Battalgazi and Darende distrcits of Malatya province, where grapevine is intensely cultivated, were surveyed in two different vegetation periods and samples were taken from symptomatic plants. Surveys were conducted in totally 2400 da area. Sixty-nine infected plant samples were collected and 240 fungal isolates were obtained from these infected plants. Identification of these isolates were performed according to morphological properties and by molecular methods. Sequence analyses were performed by using ITS, β-Tubulin, LSU and TEF-1α primers and the comparisons with other sequences from GenBank were obtained using the Basic Local Alignment Search Tool, BLASTn program, of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). As a result of the identification studies, Botryosphaeria spp., Phaeomoniella chlamydospora, Fomitiporia mediterranea, Cytospora viticola, Neoscytalidium dimidiatum, Neoscytalidium novaehollandiae Dothyorella spp., Lasiodiplodia spp. and numerous of saprophyte fungi were determined. The pathogenty trials were performed to one isolate of Cytospora viticola and Neoscytalidium dimidiatum, which are the first records for Turkey on grapevine. Cytospora viticola was first recorded in Turkey after its report in America in grapevine cultivation areas of the world.KEYWORDS: Grapevine, Malatya, stem, fungal, pathogen 67

Amaç: Bu tez çalışmasında bebek formülleri, devam formülleri, tahıl bazlı ek gıdalar, meyve püreleri, sebze püreleri, menüler ve karışımlar, sütlaçlar ve muhallebiler, atıştırmalıklar ve içeceklerden oluşan 135 adet bebek gıdası bazı patojen bakterilerin varlığı ve hijyenik kalitelerinin belirlenmesi amacıyla incelenmiştir.Gereç ve yöntem: Tüm örneklerde Salmonella spp., Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7, Escherichia coli, Cronobacter sakazakii, Bacillus cereus, Staphylococcus aureus, toplam mezofilik aerob bakteri, Enterobacteriaceae, koliform, küf ve maya ile sülfit indirgeyen anaerob bakteri varlığı ve/veya sayısı klasik kültürel yöntemlerle incelenmiştir. İzole edilen bakterilerin Vitek 2 compact bakteri tanımlama cihazı ile identifikasyonları yapılmış ve antibiyotiklere olan dirençleri disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır.Bulgular: Bu tez çalışması sonucunda örneklerin hiçbirinde Salmonella spp., L. monocytogenes, E. coli O157:H7, E. coli, C. sakazakii ve SAB tespit edilememiştir. İncelenen örneklerde Enterobacteriaceae, koliform, B. cereus, S. aureus, küf ve maya kontaminasyon düzeyleri sırasıyla %42,96, %0,74, %2,22, %0,74, %23,70 ve %2,96 olarak bulunmuştur. Analiz edilen örneklerde Pantoea spp. (%2,96), Klebsiella pneumonia (%5,19), Enterobacter cloacae (%0,74), Serratia plymuthica (%0,74), Sphingomonas paucimobilis (%0,74), Bacillus pumilus (%0,74), Staphylococcus hominis (%2,96), Staphylococcus epidermidis (%2,96), Enterococcus casseliflavus (%2,96) ve Enterococcus faecium (%0,74) varlığı da tespit edilmiştir. Pantoea spp., K. pneumonia, E. cloacae, S. paucimobilis, B. cereus, S. hominis ve S. epidermidis izolatları üç veya daha fazla antibiyotiğe direnç göstermiştir. Sonuç: Patojen ve fırsatçı/potansiyel patojen bakterilerin varlığı ile bazı izolatlarda çoklu antibiyotik direncinin saptanması halk sağlığı açısından önem taşımaktadır. Bebek ve devam formülleri ile bebek ve küçük çocuk ek gıdaları bağışıklığı tam gelişmemiş veya baskılanmış bireyler tarafından da tüketilebileceği için üretim hijyeninin ve uygun muhafaza koşullarının sağlanması gerekmektedir.Anahtar kelimeler: devam sütü, ek gıda, patojen, mikrobiyolojik kalite, antibakteriyel direnç Aim: In this thesis study, 135 baby foods of baby formulas, continued formulas, cereal based foods, fruit purees, vegetable purees, menus and blends, rice pudding and custards, snacks and drinks were investigated to determine the presence of some pathogenic bacteria and their hygienic qualities.Material and Method: In all samples, the presence of Salmonella spp., Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7, Escherichia coli, Cronobacter sakazakii, Bacillus cereus, Staphylococcus aureus, total mesophilic aerobe bacteria, Enterobacteriaceae, coliform, mold-yeast and sulfide reducing anaerobic bacteria were examined by classical cultural methods. The isolated bacteria were identified by Vitek 2 compact bacterial identification system and their resistance to antibiotics by using disk diffusion method was investigated.Results: As a result of this thesis study, Salmonella spp., L. monocytogenes, E. coli O157:H7, E. coli, C. sakazakii and SAB was not found in any sample. In the samples examined, Enterobacteriaceae, coliform, B. cereus, S. aureus, mold and yeast contamination levels were found to be 42,96%, 0,74%, 2,22%, 0,74%, 23,70% and 2,96%, respectively. The presence of Pantoea spp. (2.96 %), Klebsiella pneumonia (5,19%), Enterobacter cloacae (0,74%), Serratia plymuthica (0,74%), Sphingomonas paucimobilis (0,74%), Bacillus pumilus (0,74%), Staphylococcus hominis (2,96%), Staphylococcus epidermidis (2,96%), Enterococcus casseliflavus (2,96%) and Enterococcus faecium (0,74%) was also found in analyzed samples. Pantoea spp., K. pneumonia, E. cloacae, S. paucimobilis, B. cereus, S. hominis and S. epidermidis isolates showed resistance to three or more antibiotics. Conclusion: The determination of multiple antibiotic resistance in some isolates with the presence of pathogen and opportunist/potential pathogenic bacteria was found to be important in terms of public health. Since baby and child follow-on milk and supplementary foods can be consumed by people without fully developed immunity or with suppressed immunity, it is necessary to ensure production hygiene and appropriate storage conditions.Keywords: follow-on milk, supplementary food, pathogen, microbiological quality, antibacterial resistance 109

Yüzyıllardır insanların diyetlerinde yer alan probiyotiklere ilgi son yıllarda daha çok artmış, probiyotiklerin bağırsak faaliyetlerinin iyileştirmesi, diyare, laktoz intoleransı, alerji, bağışıklığın güçlenmesi ve hatta kanser hücrelerinin yok edilmesi gibi önemli etkileri üzerinde durulmaya başlanmıştır. Bu çalışmada Escherichia coli, Klebsiella pneumoniea ve Staphylococcus aureus klinik izolatları ile probiyotik özellikteki Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium animalis subs. lactis arasındaki etkileşimin araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji laboratuvarında izole edilen her türden beş adet E. coli, K. pneumoniea ve S. aureus kökeni çalışmaya dahil edildi. Klinik izolatlar ile probiyotik bakteriler arasındaki etkileşimin araştırılması amacıyla, bir klinik izolat ile bir probiyotik bakteri sıvı besiyerinde birlikte kültür edildikten sonra katı besiyerine pasaj yapılarak, inkübasyondan sonra koloni sayılarındaki değişim incelendi. Probiyotik bakterilerin süpernatanlarının inhibisyon etkisini incelemek amacıyla agar difüzyon yöntemi ve optik yoğunluk ölçümüne dayalı yöntem uygulandı. Agar difüzyon yönteminde klinik kökenler katı besiyerine ekildikten sonra besiyerlerinde kuyular açılarak probiyotik bakterilerin kültürlerinden elde edilen süpernatanlar bu kuyulara konuldu. İnkübasyondan sonra kuyular etrafında oluşan inhibisyon zon çapları değerlendirildi. Optik yoğunluk ölçümüne dayalı yöntemde ise, 0.5McFarland bulanıklığındaki klinik kökenler mikroplakalara konulup üzerlerine probiyotik süpernatanları eklenerek inkübasyona bırakıldı ve inkübasyon sonunda optik yoğunlukları ölçüldü. Elde edilen veriler SPSS 22.0 ile yorumlandı. Klinik izolatlar ile probiyotiklerin birlikte inkübasyonu sonrasında bazı klinik kökenlerin koloni sayılarında anlamlı düzeyde olmasa da azalma gözlenirken, probiyotik bakterilerin son pasajlarında üreme görülmedi. Bu yöntemde yapılan tekrarlarda farklı sonuçlar elde edildi. Bu nedenle yöntemin tekrarlanabilirliği ve güvenilirliğinin arttırılması için modifiye edilmesi gerektiği düşünüldü. Agar difüzyon yönteminde, probiyotik bakteriler klinik kökenlerinin tümünün üzerine inhibitör etki gösterdi. Optik yoğunluk ölçümleri sonucunda, B. animalis subs. lactis'te L. acidophilus'a göre daha yüksek olmak üzere, probiyotik bakterilerin klinik kökenler üzerine %39 ile %86 arasında değişen oranlarda inhibisyon gösterdiği saptandı. Probiyotiklerin olumlu etkilerinin daha geniş kapsamlı araştırılması ve insan sağlığı üzerindeki etkilerinin netleştirilmesi önemlidir. Bu amaç doğrultusunda bu çalışmanın bundan sonra gerçekleştirilecek araştırmalara bir temel oluşturacağını düşünmekteyiz. Kullanılan yöntemler modifiye edilerek, tekrarlanabilir ve güvenilir yöntemler geliştirilmelidir. Probiyotiklerin insan sağlığı üzerindeki etkilerini daha iyi gözlemlemek ve netleştirmek için in vivo çalışmaların gerçekleştirilmesi de önemli ve gereklidir., Interest in probiotics, which have taken place in people's diets for centuries, has increased more in recent years, and the important effects of probiotics such as recovery of intestinal activities, diarrhea, lactose intolerance, allergies, strengthening of immunity and even destroying cancer cells have been emphasized. The aim of this study was to investigate the interaction between the clinical isolates of E. coli, K. pneumoniea and S. aureus and probiotic Lactobacillus acidophilus and Bifidobacterium animalis subs lactis. Five E. coli, K. pneumoniea and S. aureus strains of all species isolated in the bacteriology laboratory of Ege University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology were included in the study. In order to investigate the interaction between clinical isolates and probiotic bacteria, a clinical isolate and a probiotic bacterium were cultured together in a liquid medium and then passaged to a solid medium to examine the change in colony counts after incubation. Agar diffusion method and optical density measurements were applied to investigate the effect of inhibition of supernatants of probiotic bacteria. In the agar diffusion method, after the clinical origins were planted on solid media, wells were drilled and the supernatants obtained from the cultures of probiotic bacteria were put into these wells. After incubation, inhibition around wells was evaluated according to zone diameters. In the optical density measurement method, clinical strains with 0.5McFarland turbidity were placed in microplates and probiotic supernatants were added and incubated, then optical densities were measured at the end of incubation. The data obtained were interpreted with SPSS 22.0. After the co-incubation of clinical isolates and probiotics, the number of colonies of some clinical isolates decreased but it was not found significant, in addition to that, no growth was observed in the last passages of probiotic bacteria. Different results were obtained in this method. Therefore, it was thought that the method should be modified in order to increase its reproducibility and reliability. In agar diffusion method, probiotic bacteria showed inhibitory effect on all of their clinical origins. As a result of optical density measurements, B. animalis subs. lactis was higher than L. acidophilus, probiotic bacteria showed inhibition on clinical strains ranging from 39% to 86%. It is important to further investigate the positive effects of probiotics and clarify their impact on human health. For this purpose, we believe that this study will provide a basis for further research. Reproducible and reliable methods should be developed by modifying the methods used. It is also important and necessary to carry out in vivo studies to better observe and clarify the effects of probiotics on human health.

Toprak kökenli hastalık etmenleri, ülkemizde çilek yetiştiriciliği için en önemli sorunlardan biridir. Bu hastalıklarla mücadele kapsamında kullanılan kimyasal yöntemler yeterince etkili olmamakla birlikte bu kimyasalların kullanılması yasaklanmaktadır. Bu nedenle bu çalışmada toprak kökenli hastalıklara karşı dayanıklı çeşit ıslahı çalışmalarının başlatılabilmesi için ülkemiz önemli çilek yetiştiricilik alanlarından Silifke, Anamur, Gazipaşa, Antalya ve Sultanhisarda hastalık etmenlerinin tespiti hedeflenmiştir. Bu amaçla faklı bahçelerden, sera, tünel, mini tünel ve açıkta yetiştiriciliği yapılan, ‘Camorosa’, ‘Rubygem’ ve ‘Festival’ vb. çeşitlerinden solgunluk belirtisi gösteren 150 farklı çilek bitkisi 2014'de toplanmıştır. Laboratuvarda izolasyon çalışmaları sonucu, çilek bitkilerinin kök, taç ve/veya yaprak saplarından izolat elde edilmiş ve tespit edilen başlıca patojenler %63’ü Fusarium oxysporum, 29’u Rhizoctonia, %21’i Pestalotiopsis, %18’i Alternaria, % 18’i Macrophomina, % 16'ü Phytophthora, %14'ü Colletotrichum, % 11’i Fusarium solani olarak toplamda 24 farklı patojen tespit edilmiştir. Ayrıca çeşitli ıslah programlarından 13 çilek çeşidi moleküler belirteçlerle Phytophthora fragariae ve Colletotrichum acutatum dayanım için taranmıştır. Phytophthora fragariae’e dayanıklı çeşit bulunmazken ‘San Andreas’, ‘Benicia’ ve ‘Eren 77’ Colletotrichum acutatum’a dayanıklı oldukları saptanmıştır., Soil-borne diseases are one of the most important problems for strawberry production in Turkey. The chemical methods used in the fight against these diseases are both not effective enough and the use of these chemicals is forbidden. For this reason, in order to initiate soil-borne disease resistant breeding studies in this project, it was aimed to determine the disease factors in Silifke, Anamur, Gazipaşa, Antalya and Sultanhisar regions of Turkey. For this purpose, different strawberry varieties, nursery source and production techniques information were recorded in these locations, greenhouses, tunnels and open field cultivation. Total of 150 strawberry plants displaying signs of wilt were collected in April, 2014. As a result of isolation studies in the laboratory, more than 150 isolates were obtained from stem, crown and / or leaf stalks of strawberry plants. The major pathogens identified in these isolates were Fusarium oxysporum (63%), Rhizoctonia (29%), Pestalotiopsis (20%), Alternaria (18%), Macrophomina (18%) and Phytophthora (16%). Thirteen strawberry cultivars from different breeding programs were also screened by molecular markers against resistance to Phytophthora fragariae and Colletotrichum acutatum. The results revealed that no resistant cultivars against Phytophthora fragariae while ‘San Andreas’, ‘Benicia’ and ‘Eren 77’ cultivars were found to be resistant against Colletotrichum acutatum.

Nowadays, the antibiotic resistance in pathogenic bacteria is rapidly increasing, which makes it difficult to prevent and treat bacterial infections. This led researchers to seek alternative treatment methods for antibiotics. Among these alternatives phage therapy using bacteriophages specifically infecting bacteria and phytotherapy using plant-derived bioactive components become prominent. Within the scope of the thesis study, it was aimed to bring a different approach to phage therapy by associating these two alternative methods. For this purpose phage isolation was performed from various sources and the activity of phages on pathogenic bacteria was determined afterwards. In parallel, extraction of phenolic compounds from pomegranate peels, grape seeds, quince and black cumin seeds was carried out and antimicrobial activity of phenolic compounds on pathogenic bacteria was determined. Later, the most effective phage and phenolics were detected and the effect of phenolic extracts on phage activity was examined in both solid and liquid media. As a result of the studies, it has been found that only the black cumin extract had a positive effect on the phage activity. Conversely, pomegranate peel and grape seed extracts were found to inhibit phage activity. In addition, phages, phenolics, and phage-phenolic mixtures were microencapsulated in biopolymer matrices using spray dryer to minimize damage of physiological environment. The stability of the obtained microcapsules in simulated gastric fluid and bile salt presence was controlled in vitro. As a result of microencapsulation studies, it has been observed that this method significantly increased the stability of phages in physiological conditions and the phages maintain their viability at high titers even after two hours and more incubation in simulated gastric fluid and bile salts. TÜBİTAK Günümüzde patojen bakterilerin gittikçe artan antibiyotik direnci sebebiyle enfeksiyonların önüne geçilmesi zor bir hal alması araştırmacıları antibiyotiklere alternatif tedaviler bulmaya yönlendirmiştir. Bu alternatifler arasında bakterileri spesifik olarak enfekte eden bakteriyofajların kullanıldığı faj terapi ile bitki kaynaklı biyoaktif bileşenlerin kullanıldığı fitoterapi öne çıkmaktadır. Tez çalışması kapsamında, bu iki alternatif yöntem birbiriyle ilişkilendirilerek faj terapiye farklı bir yaklaşım getirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda çeşitli kaynaklardan faj izolasyonu yapılarak fajların patojen bakteriler üzerindeki aktivitesi tayin edilmiştir. Paralel şekilde nar kabuğu, üzüm çekirdeği, ayva ve çörek otundan fenolik maddelerin ekstraksiyonu gerçekleştirilerek bunların patojen bakteriler üzerindeki antimikrobiyal aktivitesi saptanmıştır. Daha sonra en etkili faj ve fenolikler saptanarak ekstrakte edilen fenolik bileşenlerin fajların aktivitesi üzerine etkisi hem katı hem sıvı besiyeri ortamında incelenmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda yalnızca çörek otunun faj aktivitesi üzerinde olumlu etki gösterdiği, nar kabuğu ve üzüm çekirdeğinin ise faj aktivitesi üzerinde olumsuz etkileri olduğu saptanmıştır. Buna ek olarak fajlar ve fenolikler ile faj-fenolik karışımları, fizyolojik ortamlarda gördükleri zararı minimize edebilmek amacıyla püskürtmeli kurutma yöntemi kullanılarak biyopolimer matrikslerde mikroenkapsüle edilmiş ve mikrokapsüllerin mide ortamı ile safra tuzu varlığındaki stabiliteleri in vitro olarak kontrol edilmiştir. Mikroenkapsülasyon çalışmalarının sonucunda bu yöntemin özellikle fajların fizyolojik koşullardaki stabilitesini belirgin şekilde artırdığı ve simüle edilen fizyolojik koşullarda iki saat ve üstü inkübasyon sonucunda bile canlılığını çok yüksek şekilde koruduğu gözlenmiştir.

Nisin doğal ve güvenilir bir gıda katkı maddesidir ve Lactococcus lactis’ ten üretilir. Peynirden balığa ve içeceklere kadar çeşitli gıdalarda katkı maddesi olarak kullanılabilir. Nisin özellikle gram pozitif bakteriler üzerine etkili iken gram negatif ve maya küfler üzerine bir etkisi yoktur. Nisin vücuda alındıktan sonra sindirim enzimleri tarafından inaktif hale getirilir bu nedenle hiçbir toksik etki yaratmaz. Ayrıca, FDA tarafından onaylanan tek bakteriosindir. Nisin sadece toplam bakteriler üzerinde etkin değil aynı zamanda laktik asit bakterileri, koliform ve patojenler üzerine de etkilidir. Nisin su ürünlerinde bulunabilecek L. monocytogenes gibi bazı patojenler üzerine inhibe edici özelliğe sahiptir. Ayrıca; nisin üzerine yapılan pek çok çalışmaya göre, nisin su ürünlerinin mikrobiyolojik güvenliğini sağlar ve raf ömrünü uzatır. Balığın kokusu üzerine olumsuz bir etkisi yoktur. Dahası, balığın doğal kokusunu muhafaza eder. Balıketi pH’sı ve rengi üzerine de olumsuz bir etkisi yoktur. Nisin TVBN, TMA değerleri ve psikrofilik ve mezofilik bakteri sayısının artışını depolama süresince kontrol etmektedir. Ayrıca, nisin vakum paketleme, ışınlama ve diğer katkı maddeleri ile beraber başarı ile kullanılmaktadır. Bu sayede nisin su ürünlerinin raf ömrünü artıran güvenli ve doğal bir katkı maddesi olarak kabul edilmektedir.

Objective: Heterotopic ossification (HO)—the formation of bone in soft tissues—is a frequent problem after surgery of the hip and pelvis, but little is known about its underlying pathogenic mechanisms.It is vital to study the underlying pathogenesis in animal models to develop and evaluate new prophylactic regimens directed against HO. However, previously developed small-animal models for the study of HO imitate neither surgery nor trauma-mechanisms that potentially cause HO. Hence, the goal of this study was to develop a novel small-animal model imitating hip surgery that can reliably produce HO.Methods: Twenty male Wistar rats were subjected to surgery of the right hip during which the femoral canal was reamed in three steps up to 2 mm, and a muscle lesion was made. Twelve weeks after surgery, the amount of heterotopic bone was assessed using micro-computed tomography.Results: Eighteen of 20 animals showed HO around the hip 12 weeks after surgery. The amount of heterotopic bone varied from very small particles up to near ankylosis.Conclusion: A rat model of hip/pelvic surgery that does not use exogenous osteogenic stimulus and can reliably produce HO was developed., Amaç: Heterotopik ossifikasyon (HO)–yumuşak dokularda kemik oluşumu–pelvis ve kalça cerrahisi sonrası sık görülen bir sorundur ama temelinde yatan patojenik mekanizmalar hakkında çok az bilinmektedir. Heterotopik ossifikasyona karşı yöneltilen yeni profilaktik tedavi rejimlerini değerlendirmek ve geliştirmek için hayvan modellerinde temelde yatan patojenleri irdelemek önemlidir. Ancak, HO için önceden geliştirilen küçük hayvan modelleri potansiyel olarak HO’ya sebep olan cerrahi ya da travma mekanizmalarını örnek almamıştır. Dolayısıyla, bu çalışmanın amacı eksiksiz bir biçimde HO’ya yol açabilecek bir kalça cerrahisini taklit eden yeni bir küçük hayvan modeli geliştirmekti.Çalışma planı: Yirmi erkek Wistar sıçan, üç adımda femoral kanal 2 mm’ye kadar delinen ve kas lezyonu oluşturulan bir sağ kalça cerrahisine tabi tutuldu. Operasyondan 12 hafta sonra mikro-bilgisayarlı tomografi kullanılarak heterotopik kemik miktarı değerlendirildi.Bulgular: Yirmi hayvanın 18’inde, operasyondan 12 hafta sonra kalça çevresinde HO görüldü. Heterotopik kemik miktarı çok küçük parçacıklardan neredeyse ankiloz seviyesine kadar değişkenlik gösterdi.Çıkarımlar: Ekzojen osteojenik uyarıcı kullanmayan ve eksiksiz bir biçimde HO’ya yol açan kalça/pelvik cerrahisi bir sıçan modeli üzerinde geliştirildi.

Methyl bromide applications are commonly used in Turkey production areas of vegetable, cut flower, tobacco for protection of crops to pests and diseases. MeBr is applied to the soil regardless of its necessity without considering target pest population and disease during the pre-planting stage. These applications are both increased of inputs and also led to occur of negative effect to the environment. Some studies have been carried out as alternative of MeBr in control measurements. There is however, no a product replaced to application of MeBr in the agricultural production. The using of chemical seems to be maintained in close future since no clearly progress achieved with the presented current alternatives of MeBr in the control of disease and pest., Ülkemizde özellikle sebze, kesme çiçek ve tütün yetiştiriciliği yapılan alanlar ile depo ürün zararlılarından korunmak amacıyla yoğun olarak MeBr kullanılmaktadır. MeBr uygulamaları ekim-dikim faaliyetleri öncesinde hedef olan hastalık etmen ve zararlı populasyon yoğunlukları göz önüne alınmadan ve gerekli olup olmadığına bakılmadan yapılmaktadır. Bu da hem gereksiz girdi kullanımına, hem de MeBr nedeniyle çevrede olumsuz etkilerin ortaya çıkmasına neden olmaktadır. MeBr alternatifleri için bazı çalışmalar yapılmaktadır. Ancak, tarımsal üretimde MeBr uygulamalarının yerini alacak bir ürün henüz yoktur. Alternatif olarak sunulan ürünlerden kimyasal olmayan fumigantlarda henüz net bir ilerleme kaydetmediğinden dolayı hastalık ve zararlıların kontrolünde kimyasal ürünlerin kullanımı yakın gelecekte de devam edecek gibi görünmektedir.

Aktif oksijen olarak bilinen Ozon (O3), antimikrobiyal etkisi güçlü bir dezenfektandır. Güneşin ultraviyole ışını ve yıldırım anında ortaya çıkan elektrik arkları ile oluşan ozon, dünyanın etrafında koruyucu kalkan olarak mevcuttur ve canlıları güneşin radyasyon etkisine karşı korur. Gıda endüstrisinde doğrudan gıda ile temas eden veya dolaylı olarak gıdaların işlenmeleri sırasında kullanılan suların bakteriyolojik dezenfeksiyonu ve kimyasal arıtımında ozonlama alternatif koruma yöntemi olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, klasik dezenfektanlara alternatif bir yöntem olarak ozon uygulamalarının gıda sanayinde etkileri değerlendirilecektir, Known as active oxygen Ozone (O3 ), are among the most effective antimicrobials. The sun's ultraviolet rays and ozone caused by electric arcs of lightning occurring instantly around the world, and is available as a protective shield protects the animals against the effects of the sun's radiation. In the food industry, directly or indirectly in contact with food during processing of foods and chemical treatment of water disinfection bacteriological emerges as an alternative protection method. In this study, the effects of the ozone applications will evaluated as an alternative to conventional disinfectants in food industry.

Yüksek Lisans Tezi İnsanın yaşamında gerekli olan su, çevresel ve antropojenik kaynaklı kimyasal, fiziksel ve mikrobiyal kirlilik riski taşımaktadır. Bu tez çalışmasının amacı Edirne İli kent merkezi ve yakınlarındaki bazı süs havuzları, nehirler, dere ve Ergene Nehri kıyısında bulunan bir çeltik tarlası olmak üzere toplam on istasyondan su örneği alarak mikrobiyal kirlilik indikatörü bakteriler ve bazı yeni/yeniden ortaya çıkan, son yıllarda önem kazanan patojenlerin varlığının ve kantitatif incelemelerinin, konvansiyonel seçici/ayırt edici besiyerlerine ekim yapılarak ve moleküler yöntemlerle araştırılmasıdır. Membran filtrasyonu ve 220C ve 36 0C’de inkübasyon yöntemiyle toplam koloni sayısı, koliformlar, Escherichia coli, fekal enterokoklar, sülfit indirgeyen anaerop Clostridium’lar ve Aeromonas cinsi bakterilerin izolasyonu ve sayımı yapıldı. Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real time PCR) (Q-PCR) yöntemiyle Escherichia coli’nin beş patojenik tipi (EHEC, ETEC, EPEC, EIEC ve EAEC), Enterococcus faecalis, Clostridium perfringens, Legionella pneumophila ve Leptospira interrogans bakterilerinin varlığı araştırıldı. Sonuçlara göre, nehirler, dere ve çeltik tarlasındaki mikrobiyal kirlilik düzeylerinin süs havuzlarına göre daha yüksek olduğu görüldü. Q-PCR yöntemiyle Leptospira interrogans ve Escherichia coli’nin patojenik tiplerinden EIEC incelediğimiz su örneklerinde tespit edilmedi, ancak, bazı numunelerde bu bakterinin diğer patojenik tipleri ve ayrıca E.faecalis, C.perfringens, L.pneumophila patojenleri saptandı. Çalışma, klasik kirlilik indikatörü olan koliform bakteriler kadar C.perfringens bakterisinin de su numunelerinde fekal kirliliği etkin olarak gösterdiğini ve patojen bakterilerin varlığıyla fekal kirlilik indikatörü bakterilerin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle saptanması arasında pozitif korelasyon bulunduğunu kanıtlamıştır. Anahtar Kelimeler : Edirne, çevresel sular, indikatör, patojen, bakteri, moleküler yöntemler, konvansiyonel yöntemler Abstract Water which is essential for human life carries the risk of chemical, physical and microbial pollution coming from environmental and anthropogenic sources. The aim of this dissertation is investigating the presence and quantification of microbial pollution indicator bacteria and some newly emerging or re-emerging pathogens which are recently gaining importance by inoculating into conventional selective/differential media and by using molecular methods for the water samples collected from a total of 10 stations including decorational fountains, rivers, a creek and a rice field located near the Ergene river in Edirne and surroundings. Investigation of the total colony counts of coliform bacteria, E.coli fecal enterococci, sulfate reducing anaerobic Clostridia and bacteria of the Aeromonas sp. were done by using membrane filtration and incubation at 220C ve 36 0C. Presence of five pathogenic types of E.coli (EHEC, ETEC, EPEC, EIEC and EAEC), Enterococcus faecalis, Clostridium perfringens, Legionella pneumophila and Leptospira interrogans bacteria were investigated by using real time PCR (RTPCR) (Q-PCR) methods. According to the results, the microbial pollution levels in rivers , creek and rice field were higher than the levels of the decorational fountains. Leptospira interrogans and EIEC, one of the pathogenic types of Escherichia coli was not detected in any of the water samples that we tested by the RT-PCR method, however, other pathogenic types of this bacterium and also E.faecalis, C.perfringens, L.pneumophila pathogens were found in some of these samples. This study has been proven that the detection of C.perfringens in water samples demonstrated the presence of fecal pollution as efficient as the detection of coliform bacteria which are the classical fecal pollution indicators and a positive correlation exists between the presence of pathogens and fecal pollution levels detected by using classical and molecular methods.

Su ürünleri farklı toplumlarda çiğ, yarı pişmiş ya da pişmiş olarak tüketilen değerli hayvansal protein kaynaklarıdır. Su ürünleri yüksek nem ve protein içerikleri, nötre yakın pH değerleri nedeniyle birçok mikroorganizmanın gelişmesi için elverişli besinlerdir. Patojen mikroorganizmalar insan vücudunda istenmeyen etki oluşturan (hastalık yapan) mikroor ganizmalardır. Bazı patojenler sadece insanda, bazıları sadece hayvanda etkili iken, bazı türler hem hayvan hem de insanda zararlı olmaktadırlar. Su ürünleri kaynaklı patojen mikroorganizmalar ile toksinleri ise özellikle çiğ ve yarı pişmiş gıdalardan insanlara geçerek tehlike oluşturmaktadırlar. Patojen mikroor ganizmalar yeni avlanmış taze su ürünlerinde bulunabildiği gibi, çapraz kontaminasyonla; taşıma, iç or ganların ayrılması, balıkçı tezgâhlarında satış aşamalarında insanlardan ya da su ürünlerinin işlenmesi esnasında eklenen maddelerden bulaşabilmektedir. Su ürünleri kaynaklı patojen mikroor ganizmaların cinsi ve bulundukları koşullar çok değişkendir. Staphlococcus aur eus, Salmonella spp., Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, V ibrio parahaemolyticus, V ibrio cholerae, V ibrio vulnificus, Listeria monocytogenes su ürünleri kaynaklı patojen mikroor ganizmalar arasında sayılabilir. Su ürünlerinde bulunan toksinler alg ve bakteriler tarafından oluşturulmakta ve ekonomik açıdan oldukça büyük kayıplara neden olmaktadır. Bu çalışmada; su ürünleri kaynaklı patojen mikroor ganizmalar ve toksinler ile bunların neden olduğu gıda zehirlenmeleri hakkında bilgi verilmektedir., Seafoods are consumed as raw , semi-cooked or cooked in dif ferent societies and they are valuable animal protein sources. They are suitable foods for growing of microor ganisms because of their high water and protein contents, near neutral pH value. Pathogen microor ganisms cause adverse ef fect ( causing disease ) on human body . Some pathogens are only ef fective in human, some species are only in animal while some of harmful to both animal and human. Pathogen microor ganisms and their toxins are dangerous for people consuming these foods especially as raw or semi-cooked. Pathogen microor ganisms could be observed in seafoods caught newly fresh and also could be transmitted by cross contamination from human or substances added during marketing, transporting, heading, eviscerating or processing. The type and natural habitats of seafoods pathogens are so va r iable. Staphlococcus aur eus , Salmonella spp., Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, V ibrio parahaemolyticus, V ibrio cholerae, V ibrio vulnificus , Listeria monocytogenes are among the some seafood pathogen microor ganism . Seafood toxins formed by algae and bacteria, cause huge economic losses. This study provide information concerning with seafood pathogens and their toxins and food poisoning caused by them.

Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2013, Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2013, Günümüzde gıdaların muhafazasında çeşitli metotlar ve teknolojiler kullanılmaktadır. Ancak kimyasal katkı maddelerinin sağlığa zararlı bulunması, uygulanan işlemlerin de gıdanın tadında, yapısında, dokusunda hasara neden olması ve besin değerlerinde kayıplara neden olması gibi nedenlerden ötürü doğal koruma yöntemlerine yönelimler her geçen gün artmaktadır. Laktik asit bakterileri gibi biyokontrol ajanları bu anlamda doğal koruma metotlarına örnek olarak verilebilir. Laktik asit bakterilerinin metabolitleri arasında yer alan organik asitler, hidrojen peroksit, bakteriyosinler…vb. maddeler, gıdalarda insan sağlığı açısından tehlike yaratan biyolojik tehlikeler olan patojen mikroorganizmalara karşı inhibe edici etki göstermektedir. Staphylococcus aureus ve Salmonella typhimurium gıdalarda sıkça rastlanan patojen bakterilerdir ve sırasıyla gastroenteritis ve salmonellosis hastalıklarına yol açmaktadırlar. Özellikle Salmonella türleri kaynaklı salgınlar çok sayıda hayat kaybına neden olmaktadır. Staphylococcus aureus ve Salmonella typhimurium açısından riskli başlıca gıdalar tavuk, yumurta, et ürünleri, süt ve süt ürünleridir. Çalışmada, tulum peynirinden izole edilmiş 47 laktik asit bakterisi izolatının Staphylococcus aureus ve Salmonella typhimurium patojen bakterileri üzerine etkileri ELISA microplate metodu ile araştırılmıştır. Bu bakterilerden elde edilen supernatantlar toplam supernatant etkisi, nötralize supernatant etkisi ve nötr, katalaz eklenmiş supernatant etkisi olarak incelenmiş ve bu şekilde organik asitler, hidrojen peroksit ve diğer antimikrobiyal maddeler olarak laktik asit bakteri metabolitleri üç ayrı grup olarak incelenmiştir. Staphylococcus aureus üzerindeki antimikrobiyal etki Baird-Parker katı besi yerine yapılan ekimlerle doğrulanmıştır. Salmonella typhimurium bulguları ise Xylose Lysine Deoxycholate katı besiyerine yapılan ekimlerle doğrulanmıştır. Çalışmadan elde edilen bulgular, Staphylococcus aureus patojeni inhibisyonunda çalışılan üç grup supernatantın da, yani organik asitlerin, hidrojen peroksitin ve diğer antimikrobiyal metabolitlerin etkili olduğunu göstermiştir. Çalışmanın Salmonella typhimurium ile gerçekleştirilen kısmında ise organik asitlerin inhibisyonda etkili olduğunu, ancak hidrojen peroksit ve diğer antimikrobiyal maddelerin Salmonella typhimurium inhibisyonu üzerine hiçbir etki göstermediği tespit edilmiştir. Lactobacillus brevis türünün Salmonella typhimurium patojeni üzerindeki antimikrobiyal etkisi ilk defa bu çalışmada incelenmiş ve bu tür için de çalışılan diğer laktik asit bakteri türlerine benzer olarak, metabolitleri arasında yalnızca organik asitlerin Salmonella typhimurium inhibisyonunda etkili olduğu görülmüştür., Food products are consumed by everyone including sensitive division of people like babies, children, elders. That’s why food safety is very important and food products are supposed to be prepared regarding every possible hazard and risk which may affect human health. Various methods and technologies are being used in food preservation nowadays. However, reasons like chemical additives being considered az hazards against human health, processing food cause damage in texture, nutrition and sensory attributes of the product, interest in natural preservation methods keep increasing. Heat treatments like pasteurization and sterilization cause nutritional loss like denaturation of protein. Consumers prefer natural and safe food with no chemical additive and loss in nutrition. In this means, use of lactic acid happens to be a natual and preferable preservation method. Lactic acid is an ancient food preservation method whic has been improved with time. This study examines the antibacterial effect of some lactic acid bacteria strains isolated from tulum cheese against the growth of Staphylococcus aureus and Salmonella typhimurium pathogen bacteria. Lactic acid bacteria generates an example for natural preservation methods. Lactic acid bacteria metabolites like organic acids, hydrogen peroxide, bacteriocins, carbohydrate…etc. show inhibitory effect against pathogen microorgnisms. Organic acids generate a low pH medium and therefore decrease the pathogen microorganism viability. Hydrogen peroxide is decomposed by catalase enzyme, lactic acid bacterium is catalase (-) so they don’t decompose hydrogen peroxide. However Staphylococcus aureus and Salmonella typhimurium are catalase (+) pathogens and decompose hydrogen peroxide, released free oxygen causes a strong oxidative reaction in pathogen cells. Carbohydrate effects aerob strains of pathogens by creating anerob medium and another effect mechanism of carbohydrate is affecting the pathogen cells by causing functional disorders on the cell membrane. Staphylococcus aureus and Salmonella typhimurium are common food pathogen bacteria. Staphylococcus aureus can cause gastroenteritis which affects stomach and intestines. Gastroenteritis symptoms are nausea, vomiting, stomach aches and in some cases high fever. Staphylocoocus aureus affects human health in two ways. This pathogen can affect directly with it’s presence in food products or the enterotoxins produced by Staphylococcus aureus can affect health. Salmonella typhimurium can cause salmonellosis which is seriously fatal. Symptoms for salmonellasis are like gastroenteritis nausea, vomiting, stomach aches ans high fever. Especially Salmonella sourced outbreaks can cause high death ratios. Foods that are risky in means of Staphylococcus aureus and Salmonella typhimurium are mainly poultry, eggs, meat and dairy products. Especially Salmonella typhimurium pathogen bacteria is a serious and important risk in poultry and egg products. In the study, effect of 47 lactic acid bacteria strains isolated from tulum cheese are used. Variaty of these lactic acid bacteria is given as 16 strains of Lactobacillus brevis 1, 10 strains of Lactobacillus brevis 3, 13 strains of Lactobacillus plantarum 1, 4 strains of Lactobacillus paracasei subsp. paracasei, 2 stains of Lactobacillus pentosus, 1 strain of Lactobacillus brevis 2 and 1 strain of Lactococcus lactis subsp. lactis. The antibacterial effect of the lactic acid bacteria metabolites on Staphylococcus aureus and Salmonella typhimurium pathogen bacteria are observed via ELISA microplate method. Supernatants obtained from lactic acid bacteria strains by centrifuging the 24-48 hour incubated lactic acid bacteria strains. Supernatants are studied for three effect mechanisms. Firstly the total antibacterial effect is observed by using the unprocessed supernatant. The effect of each lactic acid bacteria’s supernatant are observed within 6hours, 24hours and 48 hours period. To observe the antibacterial effect of organic acids only, neutralized supernatants are used. Initial oH values of unprocessed supernatants vary between 3.77 and 5,55. Neutral supernatants are prepared by adding Sodium Hydroxide to the supernatant until the pH value reaches 6. By neutralizing supernatants the effect of organic acids are excluded. To see only the effect of hydrogen peroxide in the neutralized supernatant, catalyse enzyme is used. Catalase enzyme decomposes hydrogen peroxide. This way we can exlude the effect of hydrogen peroxide besides organic acids and can observe the antibacterial effect of hydrogen peroxide by looking at the difference. For preparation of the ELISA microplates, 24 hour incubated pathogen bacteria is inoculated in three cells and non pathogen broth is inoculated in other three cells to compare and extract the absorbance value of the supernatant’s own color and turbidity. Control groups are prepared with using MRS broth without lactic acid bacteria metabolites in it to see the normal growth of the pathogen bacteria. Likewise pathogen inoculated three cells and non-pathogen three cells are prepared. Antimicrobial effect on Staphylococcus aureus is verified with Baird-Parker Agar inoculations and for Salmonella typhimuriumSalmonella typhimurium, this verification is done with Xylose Lysine Deoxycholate Agar. Results of the study are obtained from the observation of the absorbance values of each supernatant with pathogen bacteria. Microplates are incubated at 37˚C and absorbance values are measured at the 6th, 24th and 48th hour of the incubation. This measurement is done for unprocessed supernatant containing cells as well a microplates prepared with neutralized supernatant and catalase added neutral supernatant. Absorbance values of the pathogen added cells are compared with non-pathogen cells and numerical difference between these absorbance values is evaluated as pathohen activity. To see the inhibitory effect of lactic acid bacteria metabolites on activity of Staphylococcus aureus and Salmonella typhimurium pathogens these absorbance values are compared with the control group which does not contain any antibacterial materials and enable normal pathogen growth. ELISA results showing the antibacterial effect of unprocessed supernatants on Staphylococcus aureus indicated that all 47 strains of lactic acid bacteria inhibited the growth of Staphylococcus aureus pathogen bacteria. Neutral supernatants are found to be effective in inhibition as well, however the absorbance values are close to the control group values which means neutral supernatants are much less effective and the main metabolite that stops Staphylococcus aureus growth is organic acids. To see the part of hydrogen peroxide among antibacterial metabolites catalase added neutral supernatants are used and we found out that the aborbance values are even closer to the control group values than the neutral supernatants. This shows that hydrogen peroxide is also has antibacterial effect against Staphylococcus aureus pathogen bacteria. Catalase added supernatant absorbance values are also found to be below control group values which indicates that lactic acid bacteria metabolites other than organic acids and hydrogen peroxide have antibacterial effect against Staphylococcus aureus pathogen bacteria. However the biggest antibacterial effect is found to be coming from organic acids. ELISA results obtained related to Salmonella typhimurium are evaluated likewise. Unprocessed supernatants are found to be very effective in inhibiting the growth of Salmonella typhimurium pathogen bacteria, the absorbance values are found to be a lot below control grouğ absorbance values. However neutralized supernatants and catalase added neutral supernatants did not show any inhibitory effect against Salmonella typhimurium. These results show that among lactic acid bacteria metabolites, only organic acids are effective in inbiting the growth. Other matabolites like hydrogen peroxide, diacetyl, carbon dioxide and bacteriocins had no antibacterial effect on Salmonella typhimurium growth. Considering the results obtained with both pathogens, it is seen that organic acids are the most antibacterial agents among lactic acid bacteria metabolites against pathogens. Salmonella typhimurium is found to be more resistant to antibacterial agents than Staphylococcus aureus. Antibacterial effect is also verified with inoculation on petri dishes. Antimicrobial effect on Staphylococcus aureus is verified with Baird-Parker Agar inoculations and for Salmonella typhimuriumSalmonella typhimurium, this verification is done with Xylose Lysine Deoxycholate Agar. Supernatant containing pathogen bacteria broth in inoculated on petri dishes on incubation periods 24 hours and 48 hours. After incubating the petri dishes for 24 hours at 37˚C the growth level on petri dishes is compared with ELISA absorbance values and the results are found to be paralel. Studies related to determining lactic acid bacteria’s antibacterial effect on pathogens usually use well diffusion method, inoculationg the antibacterial agent to the petri dish where pathogenic growth took place and watching the inhibition zones on the petri dish afterwards in certain periods. ELISA method for determining the effect of antimicrobial agents like organic acids on pathogen microorganisms is newer and fewer among these type of experiments. Additionally, this study is first to examine the antimicrobial effect of Lactobacillus brevis on Salmonella typhimurium and only organic acids of Lactobacillus brevis are found to be inhibitory against Salmonella typhimurium., Yüksek Lisans, M.Sc.