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Le récepteur co-inhibiteur PD-1 joue un rôle majeur dans l’homéostasie des lymphocytes T et la tolérance périphérique. Les souris déficientes pour le récepteur PD-1 développent des maladies auto-immunes. Par ailleurs, il est bien connu que les patients sous traitement par inhibiteur de points de contrôle anti-PD1 sont à risque de réactions immuno-médiées. Ces exemples soulignent l’importance du rôle du récepteur PD-1 dans la physiologie de l’immunité T. Même si le récepteur PD-1 a été étudié de façon exhaustive dans des situations pathologiques, telles le cancer, son rôle en conditions physiologiques est beaucoup moins connu. Le foie contribue à l’homéostasie du système immunitaire et il a été démontré que cet organe participait à l’élimination de clones de lymphocytes T activés. Avec nos recherches, nous confirmons que l’absence de voies PD-1 efficaces est associée à une expansion de lymphocytes T CD8+ hépatiques. De façon intéressante et originale, nous observons que cette expansion est oligoclonale et que ces clones expriment un profil de différenciation terminale avec des taux élevés des facteurs de transcription EOMES et TOX. A l’aide de techniques d’invalidation ou de surexpression de gènes, nous avons pu démontrer qu’EOMES est nécessaire à l’expansion clonale des lymphocytes T CD8+ en absence de PD-1. Des analyses du profil épigénétique montrent que ces clones ont des modifications épigénétiques spécifiques, différentes des autres populations lymphocytaires résidentes du foie. Pour terminer, nos analyses unicellulaires de séquençage de l’ARN associées à des analyses du répertoire du TCR suggèrent fortement que ces cellules se développent à partir de lymphocytes T résidents du foie. Grâce à ces résultats, nous avons mis en évidence un nouveau rôle des voies PD-1 dans l’homéostasie des lymphocytes T CD8+ du foie., Doctorat en Sciences médicales (Médecine), info:eu-repo/semantics/nonPublished

G protein-coupled receptors (GPCRs) are seven transmembrane domains proteins that constitute the largest family of membrane receptors. These receptors respond to a wide variety of extracellular stimuli, proteins, peptides, lipids, ions, sugars, and light, which trigger a conformational change in the receptor and initiate downstream signaling cascades. GPCRs are involved in most physiological and pathophysiological processes, making them crucial targets for therapeutic drugs. However, many of them remain orphan without yet identified endogenous ligands. Super conserved receptors expressed in brain (SREB) constitute a subfamily of three orphan GPCRs characterized by their high evolutionary conservation in vertebrates and their high expression in the brain. They include GPR27 (SREB1), GPR85 (SREB2), and GPR173 (SREB3). In this study we aimed to characterize this subfamily by studying their pharmacological and signaling properties. We attempted to deorphanize these receptors using an aequorin-based calcium mobilization assay, screening for their endogenous ligands in fish tissue extracts. We also tested whether they displayed constitutive activity in cell-based assays by overexpressing them in heterologous systems. Then, given their particularly strong conservation of amino acid sequences in intracellular loops, an unusual feature in GPCR subgroups, we hypothesized that SREBs might interact with unusual intracellular partners. We therefore focused our efforts on the identification of such partners, using a BioID2 proximity-labeling approach, in order to shed light on original interaction networks. Although our deorphanization and constitutive activity approaches were not successful, we identified several intracellular interactors of SREBs, the amino acid transporter subunit SLC3A2, the AKAP protein LRBA, and the cytoskeletal protein 4.1G (EPB41L2) and confirmed these physical interactions. We further characterized the interaction between EPB41L2 and SREB1 by showing the, Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine), info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le mélanome est la forme la plus agressive et la plus mortelle des cancers de la peau. Une mutation activatrice dans les gènes BRAF ou NRAS est présente dans 95% des cas de mélanomes humains. L'importance de l'inflammation chronique et du microenvironnement tumoral dans le développement, la progression et le potentiel métastatique de cette maladie est bien établie. Les molécules chimioattractantes comme la chémérine jouent dans ce contexte un rôle clé via le recrutement sélectif de populations leucocytaires spécifiques exprimant le récepteur ChemR23. Lors de ma thèse, nous avons étudié le rôle de la chémérine, dans les différentes étapes de la carcinogenèse. Elle possède des propriétés antitumorales, et notamment dans le mélanome. Cependant, les mécanismes de base de son action in vivo restent à déterminer.Suite aux études sur le modèle murin, nous avons choisi d’utiliser le poisson-zèbre afin d’investiguer in vivo les fonctions de la chémérine dans la biologie du mélanome. En effet, les résultats chez le poisson-zèbre obtenus au sein de notre laboratoire, suggèrent que l'axe chémérine/ChemR23 est hautement conservé à travers le phylum des vertébrés. Pour évaluer les propriétés antitumorales de la chémérine, j’ai utilisé différentes stratégies préalablement établies et validées chez le poisson-zèbre :un modèle mosaïque utilisant le système MiniCoopR exprimant l'oncogène NRASQ61L, un modèle génétique stable de mélanome faisant intervenir l’oncogène BRAF sur fond d’absence d’une protéine p53 fonctionnelle, et un modèle de xénogreffe de tumeurs. Mes analyses comparant l’apparition et la progression tumorale entre des animaux invalidés pour le cluster b de la chémérine ou pour son récepteur cmklr1.1 et leurs contrôles WT démontrent de manière non ambigüe que les propriétés antitumorales du système chémérine/ChemR23 sont conservées chez le poisson-zèbre.En ouvrant la voie à l’utilisation du poisson-zèbre pour l’étude des mécanismes clés par lesquels la chémérine agit sur, Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine), info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les récepteurs olfactifs (OR) constituent la plus grande famille de récepteurs couplés aux protéines G (RCPG). L'intérêt croissant pour l'étude de ces récepteurs en dehors de la sphère olfactive a apporté des informations concernant l'expression des OR et leurs fonctions potentielles dans plusieurs tissus, tels que la peau, le cœur ou l'intestin. Au départ de ce projet, deux OR particuliers, nommés OR51E1/Olfr558 et OR51E2/Olfr78 (orthologues humain/souris), avaient été montrés comme étant exprimés dans certains sous-types de cellules entéroendocrines (EEC) de l’intestin. Les EEC jouent un rôle majeur dans la régulation du métabolisme global et de l’homéostasie intestinale grâce à la sécrétion d’hormones telles que GLP-1, PYY, ou encore la sérotonine aussi nommée 5-Hydroxytryptamine (5-HT). Il a été proposé que ces deux ORs, répondant aux acides gras à chaîne courte produits massivement par le microbiote intestinal, seraient impliqués dans la sécrétion des hormones EEC. Afin de mieux comprendre le rôle biologique potentiel de ces deux ORs dans l’intestin murin, nous avons d’abord étudié le profil d'expression complet de ces récepteurs le long du tractus digestif, en particulier celui de Olfr78. Nous avons montré que leur expression était principalement restreinte aux cellules épithéliales et mésenchymateuses du côlon. Ensuite, grâce à l’utilisation de la lignée murine transgénique rapportrice Olfr78-GFP dite « knock-in/knock-out » pour le récepteur Olfr78, nous avons pu étudier le profil transcriptomique des cellules épithéliales coliques exprimant Olfr78 et avons montré qu'il s’agit de cellules neuroendocrines de deux sous-types de EEC :les cellules L capables de produire du GLP-1 et du PYY et les cellules entérochromaffines (EC) sécrétant 5-HT. Ces dernières cellules sont enrichies en marqueurs présynaptiques et coexpriment l’OR Olfr558. En outre, nous avons démontré que la différenciation terminale des cellules EC, mais pas celle des cellules L, était déficiente, Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine), info:eu-repo/semantics/nonPublished

The Concise Guide to PHARMACOLOGY 2023/24 is the sixth in this series of biennial publications. The Concise Guide provides concise overviews, mostly in tabular format, of the key properties of approximately 1800 drug targets, and about 6000 interactions with about 3900 ligands. There is an emphasis on selective pharmacology (where available), plus links to the open access knowledgebase source of drug targets and their ligands (), which provides more detailed views of target and ligand properties. Although the Concise Guide constitutes almost 500 pages, the material presented is substantially reduced compared to information and links presented on the website. It provides a permanent, citable, point-in-time record that will survive database updates. The full contents of this section can be found at . G protein-coupled receptors are one of the six major pharmacological targets into which the Guide is divided, with the others being: ion channels, nuclear hormone receptors, catalytic receptors, enzymes and transporters. These are presented with nomenclature guidance and summary information on the best available pharmacological tools, alongside key references and suggestions for further reading. The landscape format of the Concise Guide is designed to facilitate comparison of related targets from material contemporary to mid-2023, and supersedes data presented in the 2021/22, 2019/20, 2017/18, 2015/16 and 2013/14 Concise Guides and previous Guides to Receptors and Channels. It is produced in close conjunction with the Nomenclature and Standards Committee of the International Union of Basic and Clinical Pharmacology (NC-IUPHAR), therefore, providing official IUPHAR classification and nomenclature for human drug targets, where appropriate.

The gastrointestinal epithelium constitutes a chemosensory system for microbiota-derived metabolites such as Short Chain Fatty Acids (SCFA). In this study, we investigated spatial distribution of Olfr78, one of the SCFA receptors, in the mouse intestine and studied the transcriptome of colon enteroendocrine cells expressing Olfr78. The receptor is principally detected in the enterochromaffin and L subtypes in the proximal and distal colon, respectively. Using the Olfr78-GFP and VilCre/Olfr78flox transgenic mouse lines, we reveal that loss of epithelial Olfr78 results in impaired enterochromaffin cell differentiation, blocking cells in an undefined secretory lineage state. This is accompanied by dysbiosis, characterized by an increased Firmicutes/Bacteroidetes ratio, as well as a less efficient antioxidant system in colon crypts. Using organoid cultures, we further show that maintenance of enterochromaffin cells involves activation of the Olfr78 receptor via the SCFA ligand acetate. Altogether, this work provides evidence that Olfr78 contributes to colon homeostasis by regulating enterochromaffin cell differentiation., info:eu-repo/semantics/published

Chemerin, a chemoattractant factor (and potentially an adipokine), is the product of tazarotene-induced gene 2 (TIG2) or retinoid acid receptor responder 2 (RARRES2). It is found to be the endogenous ligand for chemokine-like receptor 1 (CMKLR1), aka ChemR23 or Chemerin1. By modulating the transport of certain leukocyte populations (i.e. macrophages, dendritic cells, and natural killer cells), chemerin seems to be involved in the regulation of inflammatory conditions in different disease models and depicts pro- or anti-inflammatory characteristics depending on the study model. In addition, as an adipokine, chemerin has been shown to be involved in a repertoire of metabolic syndromes such as type 2 diabetes mellitus and cardiovascular diseases but its exact function in this context is not yet understood. Therefore, the multifunctional nature of chemerin in vivo remains an open question. Zebrafish became over recent years a major animal model in many research fields, including inflammation, leukocyte biology, and cancer. We decided to exploit the unique strengths of this model to complement the ongoing studies in mice and obtain new insights into key functional aspects of chemerin. Sequence and phylogenetic investigations suggested that due to several duplication events (including the teleost-specific whole genome duplication event), there are more chemerin and receptor genes in zebrafish compared to mammals. Our thorough analysis of the chemerin system in the zebrafish indicated that the different chemerin paralogs exhibit distinct pharmacological and expression properties. We further validated these results using knockout lines generated by us or available in the lab. These observations strongly suggest that subfunctionalization contributed to the evolution of the chemerin family in zebrafish, which may provide an advantage for the in vivo functional dissection of chemerin activities in physiology and disease. In addition, we also demonstrated that, as in human and, Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Pharmacie), info:eu-repo/semantics/nonPublished

The Concise Guide to PHARMACOLOGY 2023/24 is the sixth in this series of biennial publications. The Concise Guide provides concise overviews, mostly in tabular format, of the key properties of approximately 1800 drug targets, and about 6000 interactions with about 3900 ligands. There is an emphasis on selective pharmacology (where available), plus links to the open access knowledgebase source of drug targets and their ligands (https://www.guidetopharmacology.org), which provides more detailed views of target and ligand properties. Although the Concise Guide constitutes almost 500 pages, the material presented is substantially reduced compared to information and links presented on the website. It provides a permanent, citable, point-in-time record that will survive database updates. The full contents of this section can be found at http://onlinelibrary.wiley.com/doi/bph.16177. G protein-coupled receptors are one of the six major pharmacological targets into which the Guide is divided, with the others being: ion channels, nuclear hormone receptors, catalytic receptors, enzymes and transporters. These are presented with nomenclature guidance and summary information on the best available pharmacological tools, alongside key references and suggestions for further reading. The landscape format of the Concise Guide is designed to facilitate comparison of related targets from material contemporary to mid-2023, and supersedes data presented in the 2021/22, 2019/20, 2017/18, 2015/16 and 2013/14 Concise Guides and previous Guides to Receptors and Channels. It is produced in close conjunction with the Nomenclature and Standards Committee of the International Union of Basic and Clinical Pharmacology (NC-IUPHAR), therefore, providing official IUPHAR classification and nomenclature for human drug targets, where appropriate.

In breast cancer (BC), tumor-infiltrating lymphocytes (TIL) can organize in tertiary lymphoid structures (TLS) in the stroma. We show that CXCL13, a B-cell chemoattractant produced principally by both chronically differentiated CXCR5-PD-1hiICOSint CD4+ and CD8+ TIL, is involved in TLS formation and associated with favorable clinical outcomes. The present study investigated how TLS functionally contributes to immune responses in BC. CXCR5, the CXCL13 receptor, is expressed on infiltrating B-cells, CD4+ T-cells [follicular helper (Tfh) or regulatory (Tfr) T cells], and interestingly a CD8+ T-cell subpopulation. All of the CXCR5+ TIL co-localize in TLS where the balance between functional PD-1hiICOSint Tfh TIL and functional GARP+ Tfr TIL dictate B cells differentiation and cytotoxic immune response with respectively Ig production in germinal center and cytotoxic cells revitalization with granzyme B production and PD-1 decrease. TLS is an essential key for anti-tumoral immune response and may be considered as a new target for immunotherapy., Doctorat en Sciences médicales (Médecine), info:eu-repo/semantics/nonPublished

Chemerin is an extracellular protein with chemotactic activities and its expression is increased in various diseases such as metabolic syndrome and inflammatory conditions. Its role in lung pathology has not yet been extensively studied but both known pro- and anti-inflammatory properties have been observed. The aim of our study was to evaluate the involvement of the chemerin/ChemR23 system in the physiopathology of COVID-19 with a particular focus on its prognostic value., SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

Chemerin, the product of tazarotene-induced gene 2 (TIG2) or retinoid acid receptor responder 2 (RARRES2), was originally identified in our laboratory as the natural ligand of the Chemokine like receptor 1 (CMKLR1), also known as ChemR23 or Chemerin1. This potent chemoattractant factor (for macrophages, dendritic cells and natural killer cells) and adipokine appears to regulate leukocyte trafficking, inflammatory responses, angiogenesis and metabolism. In line with this, chemerin was reported to be implicated in various chronic inflammatory diseases, as well as in obesity and obesity-related diseases, such as type 2 diabetes mellitus and cardiovascular diseases. Furthermore, work performed on murine melanoma models in our group and by others highlighted the tumor-suppressive properties of chemerin in various cancer types, although the precise mechanisms by which chemerin acts on tumor initiation and/or progression is still poorly understood, with conflicting results, especially in melanoma. In this project, we sought to use the unique strengths of the zebrafish model system in combination with state-of-the-art techniques to address this question. In recent years, the zebrafish (Danio rerio) has emerged as a powerful model system for the study of cancer and immune cell biology in ways not possible in other vertebrates. Well established zebrafish cancer models in combination with the availability of various lineage-specific fluorescent transgenic reporter lines, offers unprecedented opportunities for high resolution in vivo analysis of cancer development and the dynamic interactions between tumor cells and the host microenvironment. A detailed characterization of the zebrafish chemerin system and its evolutionary history showed that the chemerin axis is highly conserved across the vertebrate phylum, although we found that zebrafish possesses more chemerin and Cmklr1 genes than mammalian species, due to several sequence duplication events. Subsequently, we generated kn, La chémérine, produit du gène tazarotene-induced gene 2 (TIG2) ou retinoid acid receptor responder 2 (RARRES2), a été initialement identifiée dans notre laboratoire comme le ligand naturel du récepteur Chemokine like receptor 1 (CMKLR1), également connu sous le nom de ChemR23 ou Chemerin1. Cette puissante molécule chimioattractante (pour les macrophages, cellules dendritiques et cellules tueuses naturelles) et adipokine est décrite comme régulant le trafic des leucocytes, les réponses inflammatoires, l'angiogenèse et le métabolisme. En ligne avec ces fonctions, la chémérine a été rapportée comme étant impliquée dans diverses maladies inflammatoires chroniques, ainsi que dans l'obésité, le diabète de type 2 et les maladies cardiovasculaires. En outre, les travaux réalisés sur des modèles murins de mélanome dans notre groupe et par d'autres ont mis en évidence les propriétés anti-tumorales de la chémérine dans divers types de cancer, bien que les mécanismes précis par lesquels la chémérine agit sur l'initiation et/ou la progression tumorale soient encore mal compris, avec des données contradictoires, en particulier dans le cas du mélanome. Dans ce projet, nous avons cherché à utiliser les atouts uniques du modèle poisson-zèbre, en combinaison avec des techniques de pointe, pour répondre à cette question. Ces dernières années, le poisson-zèbre (Danio rerio) est en effet devenu un modèle puissant pour l'étude du cancer et de la biologie des cellules immunitaires, avec des approches qui ne sont pas possibles chez les autres vertébrés. Des modèles de cancer bien établis chez le poisson-zèbre, combinés à la disponibilité de diverses lignées transgéniques exprimant des rapporteurs fluorescents dans des populations cellulaires spécifiques, offrent des possibilités sans précédent d'analyse in vivo à haute résolution des stades de développement du cancer et des interactions dynamiques entre cellules tumorales et le microenvironnement de l'hôte. Une caractérisation détaillée du, Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine), info:eu-repo/semantics/nonPublished