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1. Temperature, productivity, and habitat characteristics collectively drive lake food web structure

Author: Camille Leclerc, Nathalie Reynaud, Pierre‐Alain Danis, Florentina Moatar, Martin Daufresne, Christine Argillier, Philippe Usseglio‐Polatera, Valérie Verneaux, Nicolas Dedieu, Victor Frossard, Arnaud Sentis, Risques, Ecosystèmes, Vulnérabilité, Environnement, Résilience (RECOVER), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Pôle Écla - écosystèmes lacustres (ECLA), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), RiverLy - Fonctionnement des hydrosystèmes (RiverLy), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and ANR-19-CE02-0001,EcoTeBo,Conséquences écologiques des changements de taille induit par la température(2019)
Subjects: trophic ecology, Global and Planetary Change, productivity, Ecology, aquatic ecosystem, habitat, Environmental Chemistry, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, climate, freshwater ecosystem, General Environmental Science
Abstract: International audience; While many efforts have been devoted to understand variations in food web structure among terrestrial and aquatic ecosystems, the environmental factors influencing food web structure at large spatial scales remain hardly explored. Here, we compiled biodiversity inventories to infer food web structure of 67 French lakes using an allometric niche-based model and tested how environmental variables (temperature, productivity, and habitat) influence them. By applying a multivariate analysis on 20 metrics of food web topology, we found that food web structural variations are represented by two distinct complementary and independent structural descriptors. The first is related to the overall trophic diversity, whereas the second is related to the vertical structure. Interestingly, the trophic diversity descriptor was mostly explained by habitat size (26.7% of total deviance explained) and habitat complexity (20.1%) followed by productivity (dissolved organic carbon: 16.4%; nitrate: 9.1%) and thermal variations (10.7%). Regarding the vertical structure descriptor, it was mostly explained by water thermal seasonality (39.0% of total deviance explained) and habitat depth (31.9%) followed by habitat complexity (8.5%) and size (5.5%) as well as annual mean temperature (5.6%). Overall, we found that temperature, productivity, and habitat characteristics collectively shape lake food web structure. We also found that intermediate levels of productivity, high levels of temperature (mean and seasonality), as well as large habitats are associated with the largest and most complex food webs. Our findings, therefore, highlight the importance of focusing on these three components especially in the context of global change, as significant structural changes in aquatic food webs could be expected under increased temperature, pollution, and habitat alterations.
Published: 2023

2. Population genetics reveals divergent lineages and ongoing hybridization in a declining migratory fish species complex

Author: Quentin Rougemont, Charles Perrier, Anne-Laure Besnard, Isabelle Lebel, Yann Abdallah, Eric Feunteun, Elodie Réveillac, Emilien Lasne, Anthony Acou, David José Nachón, Fernando Cobo, Guillaume Evanno, Jean-Luc Baglinière, Sophie Launey, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Association Migrateurs Rhône Méditerranée (MRM), Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA), Ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie-Ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, Fédération Nationale de la Pêche en France et de la Protection du Milieu Aquatique, Partenaires INRAE, SCIMABIO Interface SAS, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Station marine Dinard, Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Universidade de Santiago de Compostela [Spain] (USC ), and This study was funded by the European Regional Development Fund (Transnational program Interreg IV. Atlantic Aquatic Resource Conservation Project)
Subjects: Gene Flow, Population genetics, Speciation, Fishes, Genetic Variation, Bayes Theorem, Invertebrates, Genetics, Population, [SDE]Environmental Sciences, Genetics, Animals, Hybridization, Genetic, Genetic variation, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Genetics (clinical)
Abstract: Deciphering the effects of historical and recent demographic processes responsible for the spatial patterns of genetic diversity and structure is a key objective in evolutionary and conservation biology. Using population genetic analyses, we investigated the demographic history, the contemporary genetic diversity and structure, and the occurrence of hybridization and introgression of two species of anadromous fish with contrasting life history strategies and which have undergone recent demographic declines, the allis shad (Alosa alosa) and the twaite shad (Alosa fallax). We genotyped 706 individuals from 20 rivers and 5 sites at sea in Southern Europe at thirteen microsatellite markers. Genetic structure between populations was lower for the nearly semelparous species A. alosa, which disperses greater distances compared to the iteroparous species, A. fallax. Individuals caught at sea were assigned at the river level for A. fallax and at the region level for A. alosa. Using an approximate Bayesian computation framework, we inferred that the most likely long term historical divergence scenario between both species and lineages involved historical separation followed by secondary contact accompanied by strong population size decline. Accordingly, we found evidence for contemporary hybridization and bidirectional introgression due to gene flow between both species and lineages. Moreover, our results support the existence of at least one distinct species in the Mediterrannean sea: A. agone in Golfe du Lion area, and another divergent lineage in Corsica. Overall, our results shed light on the interplay between historical and recent demographic processes and life history strategies in shaping population genetic diversity and structure of closely related species. The recent demographic decline of these species’ populations and their hybridization should be carefully considered while implementing conservation programs.
Published: 2022

3. Forage nutritive value shows synergies with plant diversity in a wide range of semi-natural grassland habitats

Author: Cian Blaix, Olivier Chabrerie, Didier Alard, Manuella Catterou, Sylvain Diquelou, Thierry Dutoit, Jérôme Lacoux, Grégory Loucougaray, Alice Michelot-Antalik, Marine Pacé, Antoine Tardif, Servane Lemauviel-Lavenant, Anne Bonis, Laboratoire de Géographie Physique et Environnementale (GEOLAB), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut Sciences de l'Homme et de la Société (IR SHS UNILIM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Ecologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés - UMR CNRS 7058 (EDYSAN), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions NCS (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des EcoSystèmes et des Sociétés en Montagne (UR LESSEM), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work is a result of the SUR-PAS project ('SURveillance de l’état de conservation des habitats agro-PAStoraux pelousaires et prairiaux') funded by Le Ministère de la Transition Ecologique et Solidaire (MTES) and driven by UMS PatriNat for the Office Français de la Biodiversité (OFB), within the framework of the 'Habitats, Fauna, Flora' directive, Natura 2000 Project., and This work is a result of the SUR-PAS project ('SURveillance de l’état de conservation des habitats agro-PAStoraux pelousaires et prairiaux') funded by Le Ministère de la Transition Ecologique et Solidaire (MTES), France, and driven by UMS PatriNat for the Office Français de la Biodiversité (OFB), within the framework of the 'Habitats, Fauna, Flora' directive, Natura 2000 Project
Subjects: History, LDMC, Ecology, Polymers and Plastics, mineral content, [SDV]Life Sciences [q-bio], Evenness, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, Functional diversity, Industrial and Manufacturing Engineering, permanent grasslands, Grassland conservation, Forage quality, crude protein, forage digestibility, [SDE]Environmental Sciences, Animal Science and Zoology, Natura 2000, SLA, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Business and International Management, semi-natural grasslands, Agronomy and Crop Science, Species diversity
Abstract: International audience; Assessing the relationship between grassland plant diversity and agronomic value is a major challenge to reconcile nature conservation and agricultural use of extensive grassland habitats. To do this, multiple facets of forage production must be considered such as the quantity produced and its nutritive value, commonly assessed through its digestibility, energy content, and nutrient content. The aim of this study was to analyse the effects of plant diversity and functional traits on forage productivity and nutritive value in a wide set of semi-natural grassland habitats.Forage was sampled in 202 plots located across 68 permanent extensive grasslands in eight regions of France. Species and functional diversity indices, community-weighted means (CWM) of plant functional traits, and the relative cover of main plant functional types (PFT; graminoids, forbs, and legumes) were used to describe plant communities. Forage production was evaluated by recording early standing biomass (SB), and nutritive value parameters, namely digestibility (DMD), crude protein content (CP), and average mineral content (MinAv) at the beginning of the vegetation growing season.Species richness was negatively associated with SB and MinAv. Species evenness was positively correlated with CP, DMD, and MinAv, while PFT evenness was positively correlated with CP and DMD. Forage standing biomass increased with increasing graminoid cover and decreased with increasing forb cover. A higher legume cover and specific leaf area CWM as well as a lower leaf dry matter content CWM was associated with improved forage nutritive value and had no effect on SB. Our results highlight that a better forage nutritive value can be obtained with a higher plant species evenness in permanent grassland habitats. Furthermore, in grasslands with an even distribution of plant functional types, forage nutritive value may be improved with no loss in early standing biomass.
Published: 2023

4. What are the toxicity thresholds of chemical pollutants for tropical reef-building corals? A systematic review

Author: Dakis-Yaoba Ouédraogo, Hugo Mell, Olivier Perceval, Karen Burga, Isabelle Domart-Coulon, Laetitia Hédouin, Mathilde Delaunay, Mireille M. M. Guillaume, Magalie Castelin, Christophe Calvayrac, Odile Kerkhof, Romain Sordello, Yorick Reyjol, Christine Ferrier-Pagès, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Excellence CORAIL (LabEX CORAIL), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de La Réunion (UR)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Institut d'écologie et environnement-Université des Antilles (UA), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Biocapteurs-Analyses-Environnement (BAE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes (LBBM), PIERRE FABRE-EDF (EDF)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Scientifique de Monaco (CSM), and This work was funded by the French Office for Biodiversity (OFB) and the French National Museum of Natural History (MNHN).
Subjects: No observed effect concentration, Contamination, Ecology, Hermatypic, [SDV.TOX.ECO]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Management, Monitoring, Policy and Law, Hazard assessment, Scleractinian, Toxicity endpoints, Pollution
Abstract: Background Tropical coral reefs cover only ca. 0.1% of the Earth’s surface but harbour exceptional marine biodiversity and provide vital ecosystem services to millions of people living nearby. They are currently threatened by global (e.g. climate change) and local (e.g. chemical pollution) stressors that interact in multiple ways. While global stressors cannot be mitigated by local actions alone, local stressors can be reduced through ecosystem management. Here, we aimed to systematically review experimental studies assessing the toxicity of chemical pollutants to tropical reef-building corals to generate accessible and usable knowledge and data that can be used to calculate measurement endpoints in ecological risk assessment. From the quantitative estimates of effects, we determined toxicity thresholds as the highest exposures tested at which no statistically significant adverse effects were observed, and we compared them to regulatory predicted no effect concentrations for the protection of marine organisms, to assess whether these reference values are indeed protective of corals. Methods The evidence was taken from a systematic map of the impacts of chemicals arising from human activity on tropical reef-building corals published in 2021. All studies in the map database corresponding to the knowledge cluster “Evidence on the ecotoxicological effects of chemicals on corals” were selected. To identify subsequently published literature, the search was updated using a subset of the search string used for the systematic map. Titles, abstracts and full-texts were screened according to the criteria defining the selected cluster of the map. Because the eligibility criteria for the systematic review are narrower than the criteria used to define the cluster in the systematic map, additional screening was performed. Studies included were critically appraised and each study was rated as low, unclear, medium, or high risk of bias. Data were extracted from the studies and synthesised according to a strategy dependent on the type of exposure and outcome. Review findings The systematic review reports the known effects of chemical exposures on corals from 847 studies corresponding to 181 articles. A total of 697 studies (161 articles) were included in the quantitative synthesis and 150 studies (50 articles) in the narrative synthesis of the findings. The quantitative synthesis records the effects of 2706 exposure concentrations-durations of 164 chemicals or mixtures of chemicals, and identifies 105 toxicity thresholds corresponding to 56 chemicals or mixtures of chemicals. When toxicity thresholds were compared to reference values set for the protection of marine organisms by environmental agencies, the reference values appear to be protective of corals for all but three chemicals assessed: the metal copper and the pesticides diuron and irgarol 1051. Conclusions This open-access database of known ecotoxicological effects of chemical exposures on corals can assist managers in the ecological risk assessment of chemicals, by allowing easy determination of various ecotoxicological thresholds. Several limitations of the toxicity tests synthesised here were noted (in particular the lack of measurement of effective concentrations for more than half of the studies). Overall, most of the currently available data on coral toxicity should be replicated independently and extended to corals from less studied geographical regions and functional groups.
Published: 2023

5. Comment l'Inventaire national du patrimoine naturel (INPN) contribue-t-il au partage et à la diffusion des connaissances sur le milieu marin ?

Author: Brosseau, Olivier, de Mazieres, Jeanne, La Rivière, Marie, Michal, Leslie, Robert, Solène, Souquière, Anne, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Service hydrographique et océanographique de la marine (Shom), Ifremer, Office français de la biodiversité (OFB), and École nationale supérieure maritime (ENSM)
Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity
Abstract: International audience
Published: 2023

6. La valorisation des données sur les habitats marins grâce au Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP)

Author: Michal, Leslie, Brosseau, Olivier, La Rivière, Marie, Robert, Solène, de Mazieres, Jeanne, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Service hydrographique et océanographique de la marine (Shom), Ifremer, Office français de la biodiversité (OFB), and École nationale supérieure maritime (ENSM)
Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Données, Mer, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, Systèmes d'informations, Habitats, Patrimoine naturel inventaire
Abstract: International audience
Published: 2023

7. Pre-assessments of plant conservation status in islands: the case of French Overseas Territories

Author: Véron, Simon, Bernard, Arthur, Lebreton, Elise, Rodrigues-Vaz, Carlos, Durand, M, Procopio, Lilian, Hélion, Mike, Gayot, Marc, Viscardi, Guillaume, Krupnick, Gary, Carrington, C M Sean, Boullet, Vincent, Mallet, Bertrand, Dimassi, Abassi, Pailler, Thierry, Hivert, Jean, Lebouvier, Marc, Agnola, Pierre, Bruy, David, Gateblé, Gildas, Lannuzel, Guillaume, Meyer, Shankar, Gargominy, Olivier, Gigot, Guillaume, Invernon, Vanessa, Leblond, Sébastien, Pignal, Marc, Tercerie, Sandrine, Muller, Serge, Rouhan, Germinal, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), Office national des forêts (ONF), Conservatoire Botanique de Martinique (CBMq), Smithsonian Institution, The University of the West Indies, Institut de Géoarchitecture, Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Brestois des Sciences de l'Homme et de la Société (IBSHS), Université de Brest (UBO)-Université de Brest (UBO), Université de La Réunion (UR), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Montpellier (UM), Herbier de Nouvelle-Calédonie (Herbier NOU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Nouvelle-Calédonie]), Institut Agronomique Néo-Calédonien (IAC), New Caledonia Plant Red List Authority Endemia, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Office Français de la Biodiversité (OFB), Ministère des Outre-mer, and Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN)
Subjects: Islands, Ecology, Red List, Tracheophytes, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Endemics, Pre-assessments, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Nature and Landscape Conservation, French overseas territories
Abstract: International audience; Assessment methods have been developed to estimate a preliminary conservation status for species and subsequently to facilitate the building of Red Lists. Such pre-assessment methods could be particularly useful in the French Overseas Territories (FOTs) where Red Lists tend to be outdated or absent and where a high number of endemic species face detrimental anthropogenic pressures. We first aimed to conduct a preliminary assessment (hereafter, pre-assessment) of the conservation status of endemic plants from Guadeloupe, Martinique, Réunion, Mayotte, French sub-Antarctic islands, New Caledonia, and Scattered Islands. We then compared the various methods used in conducting the pre-assessment and discussed ways to adapt these methods to small territories. We compiled occurrence data of endemic species identified thanks to a previous taxonomic work and pre-assessed their conservation status under Red List criteria A and B and the use of a Random Forest algorithm. We then measured the accuracy, specificity, and sensitivity of each method based on existing Red Lists. The Random Forest algorithm and a method based on range-size performed best at correctly attributing conservation status. Using these pre-assessment methods, we estimated that up to 60% of the endemic flora of the FOTs is potentially threatened. Range restriction but also anthropogenic pressures were key factors that explained these risks. Pre-assessment methods are useful tools to get a first measure of species conservation status. These methods should be adapted to the territories considered and their conservation issues in order to reach a good performance.
Published: 2023

8. HYDRINDIC - Suivi et évaluation de la restauration/création de zones humides avec un indicateur hydrologique, Guide méthodologique

Author: Clément, Hugo, Gaucherand, Stéphanie, Gayet, Guillaume, Baptist, Florence, Porteret, Jérôme, Caessteker, Pierre, Magand, Claire, Vivier, Anne, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire des EcoSystèmes et des Sociétés en Montagne (UR LESSEM), Office français de la biodiversité (OFB), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Soltis-environnement, CONSERVATOIRE D'ESPACES NATURELS DE SAVOIE FRA, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), and Office français de la biodiversité
Subjects: Restauration écologique, évaluation, compensation écologique, [SDE]Environmental Sciences, piézomètres, suivi, HYDRINDIC, ERC, indicateurs écologiques, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, hydrologie, zones humides
Abstract: National audience; En France, afin de pallier la dégradation et destruction des zones humides, de nombreux projets de restauration/création de zones humides voient le jour. Une partie de ces opérations sont réalisées dans le contexte réglementaire de la compensation écologique. Ces opérations sont désormais soumises à obligation de résultat et doivent, pour démontrer leur efficacité, disposer d’indicateurs robustes et facilement mobilisables. D’une façon plus générale, disposer d’indicateurs de suivi permet d’évaluer l’efficacité des opérations de restauration/création de zones humides et d’améliorer progressivement les pratiques.Malgré le développement de méthodes et d’indicateurs pour le suivi des zones humides (MhéO, RhoMeO…), l’utilisation de piézomètres simples (tubes de moins de 2 m) pour connaitre la profondeur et les fluctuations de la nappe d'eau superficielle restent peu fréquents. Ils sont pourtant particulièrement utiles en amont des opérations de restauration, afin de dimensionner le projet, et lors des suivis après travaux pour identifier les éventuelles causes d’échec du projet et y remédier. En effet, le maintien d’un bon fonctionnement hydrologique détermine l’avenir d’une zone humide sur le long terme. L’absence d’information sur le fonctionnement hydrologique d’une zone pressentie pour des travaux de restauration/création est un frein important à la réussite des projets. Ce guide méthodologique a été construit pour lever les freins actuels à la mise en place de piézomètres et compléter les indicateurs existants par un indicateur hydrologique (HYDRINDIC). Cet indicateur repose sur la comparaison annuelle de chroniques piézométriques entre une zone humide en voie de restauration/création et des zones humides correspondant à l'objectif de restauration/création (SCORs). Les données piézométriques récoltées sur les SCORs permettent de construire une enveloppe de référence, c’est-à-dire une gamme de variations de profondeur de nappe « autorisée » pour objectiver une conclusion sur le succès vraisemblable de la restauration/création d’un point de vue hydrologique.Le guide méthodologique aborde notamment la définition des sites suivis, la stratégie de déploiement des piézomètres, le matériel nécessaires, les coûts, la méthode d’analyse et d’interprétation, etc. et s’adresse à un public technique non spécialisé en hydrologie et statistique. Il est accompagné de deux outils téléchargeables gratuitement en ligne, permettant la visualisation des données, le calcul de l’indicateur et l’interprétation des résultats. Le guide et l’indicateur proposé ont vocation à être mis à jour régulièrement, en fonction de l’avancée des connaissance et des retours d’expérience.
Published: 2023

9. Comportement de deux poissons prédateurs Esox lucius Linnaeus, 1758 et Silurus glanis Linnaeus, 1758 lors de deux crues successives dans l’Aisne (France)

Author: Chevallier, Emmanuelle, Denys, Gaël P.J., Marlot, Romain, Duntze, Martin, Mierral, Antoine, Fasquel, Anthony, Dhainaut, Maël, Boucault, Julien, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), and Office français de la biodiversité (OFB)
Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, European catfish, Flood zone, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, European catfish, Flood zone, Floods, Northern pike, Riverine management, Telemetry, Northern pike, Riverine management, Telemetry, Floods
Abstract: International audience; French rivers are subject to winter floods. The northern pike (Esox lucius) needs these, as it performs lateral migrations for breeding. On the contrary, the allochthonous European catfish (Silurus glanis) is known to be less active in winter. however, very few studies have focused on the behaviour of these two predatory fishes during winter floods. Thus, we propose to characterize their respective responses to high waters, using a radio telemetry approach: thirty northern pikes and seven European catfish were tagged with radio transmitters in the aisne river (northern France) and monitored between october 2020 and May 2021. as a result, some northern pikes and at least one catfish were recorded in the major bed, in various habitats, during two major floods. A "preferential zone" was identified for the northern pike and defined from the pre-flood positions; three types of behaviour were identified: "sedentary" pikes never left these zones, "returned" pikes left during floods but returned when the water level dropped, and "departed" pikes did not come back at all. Individuals from the departed group were significantly larger than those from the other two groups (5% threshold), and those in the sedentary group significantly smaller (10% threshold), suggesting a greater exploration capacity in experienced northern pikes. Meanwhile, the supposed winter quiescence of the European catfish can be questioned, as our observations highlight an adaptability to various conditions. These results also underline the importance of taking the major bed into account in riverine management policies. Résumé.-Comportement de deux poissons prédateurs Esox lucius linnaeus, 1758 et Silurus glanis linnaeus, 1758 lors de deux crues successives dans l'Aisne (France).; Les rivières françaises sont sujettes aux crues hivernales, et ces périodes d’inondation sont des événements importants pour le comportement du brochet commun (Esox lucius), qui effectue des migrations latérales pour se reproduire. Le silure glane (Silurus glanis), allochtone, est quant à lui connu pour être plutôt moins actif pendant l’hiver. Cependant, peu d’études ont été réalisées sur le comportement de ces deux poissons prédateurs lors des crues hivernales. Nous avons donc cherché à caractériser leurs réponses respectives à la montée des eaux à l’aide d’une approche de radio télémétrie. Trente brochets communs et sept silures glanes ont été marqués à l’aide d’émetteurs radio dans la rivière Aisne (Nord de la France), et suivis entre octobre 2020 et mai 2021. Un nombre important de brochets ainsi qu’au moins un silure ont été enregistrés dans le lit majeur, dans divers habitats inondés, lors des deux crues les plus importantes. Concernant les brochets, une “zone préférentielle” a été identifiée, et définie à partir des positions des individus avant les inondations. Trois types de comportements principaux ont été identifiés : les brochets “sédentaires” ne quittaient jamais ces zones, les brochets “explorateurs” les quittaient mais revenaient à la décrue, et les brochets “délaisseurs” n’y revenaient pas du tout. Les individus du groupe des délaisseurs étaient significativement plus gros que ceux des deux autres groupes au seuil de 5 %, et ceux du groupe des sédentaires significativement plus petits au seuil de 10 %. Ceci suggère une plus grande capacité d’exploration chez les brochets plus expérimentés. Concernant le silure glane, nos observations remettent en cause sa supposée quiescence et mettent en évidence l’adaptabilité de l’espèce à diverses conditions. Ces résultats soulignent l’importance de la prise en compte du lit majeur dans les politiques de gestion fluviale.
Published: 2023

10. Actes du séminaire : Les habitats rocheux intertidaux et subtidaux des façades Manche - Mer du Nord - Atlantique

Author: Capietto, Anna, Derrien-Courtel, Sandrine, Beauvais, Sophie, de Bettignies, Thibaut, delavenne, Juliette, Marzin, Anahita, Pibot, Alain, Office français de la biodiversité (OFB), Station de Biologie Marine de Concarneau, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (LEFE), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université de Toulouse (UT)
Subjects: [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography
Published: 2023

11. What evidence exists regarding the effects of photovoltaic panels on biodiversity? A critical systematic map protocol

Author: Alix Lafitte, Romain Sordello, Véronique de Crespin de Billy, Jérémy Froidevaux, Philippe Gourdain, Christian Kerbiriou, Joseph Langridge, Geoffroy Marx, Bertrand Schatz, Chloé Thierry, Yorick Reyjol, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Stirling, Centre de Synthèse et d’Analyse sur la Biodiversité (CESAB), Fondation pour la recherche sur la Biodiversité (FRB), Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), and This project is funded through the 2021 call for proposals entitled 'Impacts on terrestrial biodiversity in the Anthropocene' (https://www.fondationbiodiversite.fr/en/actualite/call-for-proposals-frb-mte-ofb-projects-selected-withinthe-call-impacts-on-terrestrial-biodiversity-in-the-anthropocene/). All projects in the framework of this call are funded by the French Ministry of Ecology andmanaged by the FRB (French Foundation for Research on Biodiversity).
Subjects: USSE, Solar panels, Ecology, Green infrastructure, Conservation, Wildlife, Management, Monitoring, Policy and Law, Floatovoltaics, Pollution, Ecological transition, Utilityscale solar energy, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Floating solar
Abstract: Background Climate change and the current phase-out of fossil fuel-fired power generation are currently expanding the market of renewable energy and more especially photovoltaic (PV) panels. Contrary to other types of renewable energies, such as wind and hydroelectricity, evidence on the effects of PV panels on biodiversity has been building up only fairly recently. PV panels have been linked to substantial impacts on species and ecosystems, the first and most obvious one being the degradation of natural habitats but they may also lead to mortality of individuals and displacements of populations. Hence, we propose a systematic map aiming to draw a comprehensive panorama of the available knowledge on the effects of photovoltaic and solar thermal (PVST) installations, whatever their scales (i.e. cells, panels, arrays, utility-scale facilities), on terrestrial and semi-aquatic species and natural/semi-natural habitats and ecosystems. This work aims at providing decision-makers with a better understanding of the effects of PVST installations and, therefore, help them further protect biodiversity while also mitigating anthropogenic climate change. Methods We will follow the collaboration for environmental evidence guidelines and search for relevant peer-reviewed and grey literature in English or French. The search string will combine population (all wild terrestrial and semi-aquatic species—e.g. animals, plants, fungi, microorganisms—as well as natural/semi-natural terrestrial habitats and ecosystems) and exposure/intervention (all technologies of PVST panels at all scales of installations and therefore excluding concentrated solar power) terms. A pre-built test list of relevant articles will be used to assess the comprehensiveness of the search string. Extracted citations will be screened at title and full-text stages thanks to pre-defined inclusion/exclusion criteria. Accepted citations will then be split into studies and observations, from which relevant metadata (e.g. taxon, exposure/intervention, outcome) will be extracted and their internal validity assessed through a critical appraisal. The database will be accessible alongside a map report which will draw a landscape of eligible studies. By describing studied populations, exposures/interventions, outcomes and internal study validity results, the report will identify potential knowledge clusters and gaps regarding the effects of PVST installations on biodiversity and ecosystems.
Published: 2022

12. Decoupling carry-over effects from environment in fish nursery grounds

Author: Nils Teichert, Anne Lizé, Henrique Cabral, Anthony Acou, Thomas Trancart, Laure-Sarah Virag, Eric Feunteun, Alexandre Carpentier, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), University of Liverpool, Station marine Dinard, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Ecosystèmes aquatiques et changements globaux (UR EABX), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Pôle OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Centre de Géo-Écologie Littorale (CGEL), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Université de Rennes (UR), and This study was financially supported by the French Biodiversity Agency (5 square Félix Nadar 94300 Vincennes) as part of the CRIJEST project
Subjects: Early life-history traits, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Environmental Engineering, Otolith analysis, Trait covariance, Temperature, Human impact, Food limitation, Pollution, Otolithic Membrane, Fish nursery, Larva, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Animals, Humans, Environmental Chemistry, Bass, Atlantic Ocean, Waste Management and Disposal, Ontogenetic trajectory
Abstract: International audience; Life-history trait expression not only depends on the current environmental constraints, but also on the past ones that shaped traits expressed earlier in life. Such an effect, named carry-over, can occur in fish nursery grounds when juvenile performances after settlement are influenced by their larval traits in combination with conditions experienced in nurseries. To date, the impacts of environmental and human stressors on post-settlement traits have been assessed, but independently from larval traits, so that the contributions of environmental versus carry-over constraints remain unquantified. Here, we used a reconstructive approach based on otolith microstructure to investigate how carry-over and environment affect life-history traits of the European seabass, Dicentrarchus labrax. In the northeast Atlantic Ocean, seabass juveniles were collected in six French estuarine nursery areas with contrasted environmental conditions (water temperature, salinity, food availability, and anthropogenic impacts), and five of their life-history traits across ontogenetic stages were measured (pelagic growth, larval duration, size at settlement, post-settlement growth and body condition). Piecewise structural equation model emphasized the strong co-variation of larval traits in response to food availability and temperature in the pelagic environment, stressing that fast growing larvae are characterized by shorter pelagic larval duration, but larger size at recruitment. However, the magnitude of carry-over effects greatly varied between traits, revealing that larval trait impacts on post-settlement traits remained minor as compared to the nursery environment. In estuarine nurseries, our findings suggest that resource allocation results from a trade-off between somatic growth and energy storage. Fish juveniles exposed to anthropogenic stress or risk of food limitation tended to predominantly invest in storage, whereas individuals in favourable conditions allocated their resources in somatic growth. These findings highlight the importance of heterogeneity in pelagic and nursery environments in understanding trait variations and population dynamic of estuarine dependent fish.
Published: 2022

13. Guide d’identification – Concombres de mer commercialisés

Author: Di Simone, Marie, Horellou, Arnaud, Ducarme, Frédéric, Conand, Chantal, Office français de la biodiversité (OFB), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie marine tropicale dans les Océans Pacifique et Indien (ENTROPIE [Réunion]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), PatriNat (OFB-CNRS-MNHN), and Ducarme, Frédéric
Subjects: JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q3 - Nonrenewable Resources and Conservation/Q.Q3.Q34 - Natural Resources and Domestic and International Conflicts, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q5 - Environmental Economics/Q.Q5.Q57 - Ecological Economics: Ecosystem Services • Biodiversity Conservation • Bioeconomics • Industrial Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q2 - Renewable Resources and Conservation/Q.Q2.Q27 - Issues in International Trade, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q3 - Nonrenewable Resources and Conservation/Q.Q3.Q37 - Issues in International Trade, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q5 - Environmental Economics/Q.Q5.Q56 - Environment and Development • Environment and Trade • Sustainability • Environmental Accounts and Accounting • Environmental Equity • Population Growth, [SDV.BID.SPT] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.BA.ZI] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, [SDV.EE.ECO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SHS.GESTION] Humanities and Social Sciences/Business administration, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q2 - Renewable Resources and Conservation/Q.Q2.Q22 - Fishery • Aquaculture, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience
Published: 2022

14. Suivi des tendances des effectifs nicheurs de Crabier blanc Ardeola idae par survol en drone des colonies de reproduction de Mayotte. Rapport méthodologique, protocole version 1

Author: Couturier, Thibaut, Vadier, Almodis, Gaillard, Laurie, Dautrey, Emilien, Mathey, Jérôme, Scholten, Naomi, Jailloux, Adrien, Besnard, Aurélien, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), GEPOMAY, DroneGo, Parc naturel marin de Mayotte (PNM Mayotte), Direction des Outre-Mer (OFB - DOM), Office français de la biodiversité (OFB)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Financement OFB, and Coopération OFB-CEFE
Subjects: mangrove, crabier, abondance, [SDE]Environmental Sciences, Mayotte, capture-marquage-recapture, drone, ardéidé, Parc naturel marin, protocole
Abstract: Le Crabier blanc est une espèce d'ardéidé classée « en danger d’extinction » à l’échelle mondiale. La population nicheuse française, composée de plusieurs centaines de couples sur Mayotte, fait l’objet d’un Plan national d’actions. Le Parc naturel marin (PNM) de Mayotte souhaite mettre en place un indicateur des tendances des effectifs nicheurs de crabiers de l’île. Depuis quelques années, ce suivi des colonies nicheuses dans les mangroves est assuré par le GEPOMAY, association ornithologique locale. Il consiste à réaliser des survols par drone de toutes les colonies nicheuses connues, puis à compter les individus et les nids par photo-interprétation des clichés obtenus. Bien que l’utilisation de drones offre un accès à de nombreuses données non mobilisables depuis le sol, on peut pointer certaines limites à cette approche, liées aux technologies et à l’écologie de l’espèce. En effet, la détection des individus ou des nids sur les clichés réalisés par drone n’est pas de 100%, et cette proportion pourrait varier dans le temps et dans l’espace selon plusieurs facteurs tels que la phénologie de l’espèce, son rythme d’activité journalier, l’expérience du photo-interprète, etc. Ces facteurs, s’ils ne sont pas contrôlés, pourraient être à l’origine de biais dans les estimations de tendances des effectifs. Nous avons mis en place une étude-pilote en 2020-2021 afin de répondre à deux principaux objectifs :(i) caractériser les variations d’abondance (comptages) des adultes, juvéniles et nids au cours de la journée et au sein de la saison de reproduction ; (ii) estimer les abondances et probabilités de détection des nids de crabiers par méthodes de CMR à partir des clichés obtenus lors des différentes sessions de survol. Cette étude-pilote nous permettra d’évaluer les forces et faiblesses de l’approche par drone. Nous nous appuyons sur les résultats obtenus pour proposer une stratégie d’échantillonnage temporelle et spatiale pour mesurer les tendances des effectifs en nids actifs et en juvéniles de crabiers blancs sur l’île de Mayotte. Ce document justifie les choix méthodologiques réalisés et propose un cadre pour le recueil, le stockage et l’analyse des données. Il fixe également les moyens logistiques nécessaires à la mise en œuvre du protocole proposé. L’ensemble de ces informations garantit la pérennité de l’étude sur le long terme.L’élaboration de ce protocole s’inscrit dans le cadre d’une coopération entre l’Office Français de la Biodiversité et le Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive. Cette coopération lancée en 2018 vise à mettre en place un appui méthodologique et statistique pour un transfert continu de compétences, de savoirs, de méthodes, vers les gestionnaires des parcs nationaux et des autres aires protégées.
Published: 2022

15. The RMQS-Biodiversity as a project of large-scale soil biodiversity monitoring in France

Author: Camille Imbert, Lucia Santorufo, Carole Ortega, Claudy Jolivet, Appoline Auclerc, Nolwenn Bougon, Yvan Capowiez, Nathalie Cheviron, Daniel Cluzeau, Jérôme Cortet, Gaëlle Deronzier, Mickael Hedde, Antoine Lévêque, Florence Maunoury-Danger, Laurent Palka, Guénola Pérès, Lionel Ranjard, Benoît Vanhée, Cécile Villenave, Stanislas Wroza, Antonio Bispo, InfoSol (InfoSol), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Naples, Université de Lorraine (UL), Office français de la biodiversité (OFB), Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme BIOCHEM-ENV, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Université catholique de Lille (UCL), Elisol Environnement, and Mougin, Christian
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences
Abstract: International audience
Published: 2022

16. Modelling the distribution of vulnerable skate from fisheries dependent data using imperfect detection

Author: Amaëlle Bisch, Sophie A.M. Elliott, Alexandre Carpentier, Anthony Acou, Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), UMS PatriNat, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), and Office français de la biodiversité (OFB)
Subjects: Habitat, Elasmobranch, Fishery-dependent data, [SDE]Environmental Sciences, Hierarchical Bayesian model, Geology, Aquatic Science, Data-poor species, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, IUCN Red List Species
Abstract: International audience; Little is still known about the biology and ecology of many elasmobranchs which often inhibits species specific management measures from being implemented. The primary aim of this study was to improve the knowledge on the distribution and habitat use of the threatened and data deficient shagreen ray, Leucoraja fullonica, using fisheries dependent data. To model its distribution, we used Bayesian hierarchical modelling, taking into consideration imperfect capture from the non-random nature of fishing gear type and spatial autocorrelation. Our second objective was to identify the potential functional role of the high occurrence area by analysing spatial length segregation using a generalised additive mixed model. From five environmental variables, depth, distance to coast, and seabed sediment type were used to model its habitat. L. fullonica was found to mainly inhabit an area of high concentration between the southern Celtic Seas and the northern Bay of Biscay. Within this area, smaller individuals were found in the deeper south-western part and larger individuals in shallower waters, closer to the coast, suggesting ontogenetic shift or spawning migration. L. fullonica were mainly caught by bottom trawl fishing gears. The isolated habitat occupancy of this species may increase its vulnerability, particularly since high fishing pressure has been observed in this area. These results highlight the importance of fisheries-dependent data for data-poor species and provide valuable new information on its ecology when considering management or conservation measures at a species level.
Published: 2022

17. Adding a soil biodiversity monitoring to the French National Soil Quality Monitoring Network :the RMQS-Biodiversity

Author: Imbert, Camille, Santorufo, Lucia, Ortega, Carole, Jolivet, Claudy, Auclerc, Appoline, Bougon, Nolwenn, Capowiez, Yvan, Cheviron, Nathalie, Cluzeau, Daniel, Cortet, Jérôme, Deronzier, Gaëlle, Hedde, Mickael, Lévêque, Antoine, Maunoury-Danger, Florence, Mougin, Christian, Palka, Laurent, Pérès, Guénola, Ranjard, Lionel, Roucaute, Marc, Vanhee, Benoît, Villenave, Cécile, Wroza, Stanislas, Bispo, Antonio, InfoSol (InfoSol), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Naples, Université de Lorraine (UL), Office français de la biodiversité (OFB), Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme BIOCHEM-ENV, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Université catholique de Lille (UCL), Elisol Environnement, and Mougin, Christian
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, Earthworms
Abstract: International audience
Published: 2022

18. Rapport final du projet ACaPELA (ACoustique PELAgique)

Author: David, Viviane, Mouget, Anne, Le Goff, Loïc, Brehmer, Patrice, Perrot, Yannick, Thiriet, Pierre, Feunteun, Éric, Acou, Anthony, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Station marine Dinard, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Pôle OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and PatriNat (OFB-CNRS-MNHN), IRD, Dinard
Subjects: poissons pélagiques, sondeur, biocénose, ultra-côtier, [SDE]Environmental Sciences, côtier, surveillance, DCSMM, acoustique, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, sonar
Abstract: Le projet ACaPELA (ACoustique PELagique) est un projet porté par le MNHN (Station marine de Dinard) et réalisé en collaboration avec l’IRD (UMR LEMAR) et PatriNat (OFB-CNRS-MNHN). Ce projet R&D a pour objectif de développer et valider la méthodologie de surveillance DCSMM pour l’évaluation de l’état écologique des populations et peuplements de poissons et céphalopodes (PCs) des milieux pélagiques côtiers, c’est-à-dire les espèces pélagiques ou bentho-pélagiques fréquentant la colonne d’eau (le pelagos) dans les zones dont la bathymétrie est comprise entre 0 et 40 m (zones dites côtières). Les protocoles d’échantillonnages proposés consistent à combiner l’utilisation de deux technologies d’acoustiques actives complémentaires, orientées verticalement : un sondeur large bande (Simrad EK80, 70, 120 et 200 kHz) et un sonar multifaisceaux (Simrad M3, 500 kHz).L’allocation des objets détectés (ou échotraces) est réalisée en croisant les données acoustiques avec des techniques dites de « vérités terrain » dans le but d’identifier les individus à l’échelle spécifique, les dénombrer et estimer leur taille. Débuté fin 2019, ACaPELA a achevé la phase 1 de son développement méthodologique en mars 2021 et a entamé depuis sa phase 2 (développement méthodologique des stratégies d’échantillonnages et des indicateurs). La phase 1 a permis l’adaptation du matériel aux contraintes liées aux zones côtières et aux petits fonds (0-40 m), la mise en place du protocole et de la stratégie d’échantillonnage incluant la sélection des sites et le positionnement des radiales en prenant en compte les facteurs environnementaux et anthropiques susceptibles d’impacter les populations. Depuis fin 2019, 16 campagnes ont été planifiées, réparties sur 4 zones situées dans 2 sous-régions marines (SRM) différentes (Mers Celtiques et Méditerranée Occidentale). Ces campagnes ont permis de tester la méthodologie dans des écosystèmes variés dans l’optique d’un déploiement national et initier l’acquisition des séries chronologiques. La stratégie d’échantillonnage dans chaque SRM ainsi que les différents résultats de ces missions sont présentés dans ce rapport. Différentes méthodes (pêche au chalut méso-pélagique, observation par plongée, observation par caméras en utilisant un « Hammerhead », instrument remorqué et télécommandé équipé d’un système stéréoscopique) ont notamment été testées pour réaliser l’allocation spécifique, c’est-à-dire attribuer une espèce à une échotrace observée. Le chalut mesopélagique s’est révélé efficace uniquement en eau très peu profonde, tandis que les observations par plongée, quoique très efficaces, ne peuvent être utilisées à large échelle pour des raisons évidentes de logistique et sécurité des plongeurs. Ainsi, le Hammerhead équipé du système stéréoscopique apparait être la méthode la plus prometteuse pour un déploiement à large échelle même si le développement d’algorithmes de type deep learning est nécessaire pour automatiser l’identification ainsi que l’estimation du nombre et de la taille des individus. La phase 2 s’est centrée sur l’amélioration et la finalisation des différents protocoles d’acquisition de données et surtout sur les traitements et analyses des données acoustiques acquises. Ce dernier point est crucial pour calculer les métriques pouvant renseigner les critères DCSMM. L’objectif est d’évaluer le Bon Etat Ecologique (BEE) à l’échelle des populations (D1) (abondance des espèces pélagiques, distribution spatio-temporelle, habitat des espèces, etc.) et/ou à l’échelle du peuplement (D4) (composition spécifique et abondances relatives par guilde fonctionnelle) et d’évaluer les impacts des pressions anthropiques sur l’état écologique des PCs pélagiques côtiers. Les critères qu’il est possible de renseigner ont ainsi été explorés et décrits dans ce rapport. D’autre part, les méthodes pour évaluer le BEE à partir des données obtenues lors des missions sont également présentées. A ce stade, ledispositif ACaPELA n’est pas encore opérationnel pour renseigner le critère D1 (approche par espèce) puisque celui-ci nécessite l’obtention de vérités terrain afin d’identifier l’espèce. En revanche, le dispositif ACaPELA est opérationnel pour renseigner le critère D4 (approche par peuplement) puisquecelui-ci peut être renseigné sans vérité terrain, notamment par le suivi de grandes guildes trophiques (plancton, poisson, top prédateurs) en fonction de leur localisation dans la colonne d’eau (pélagique vs bentho-pélagique). Ces guildes sont distinguées en fonction de leur réponse acoustique et de données disponibles dans la littérature mais pourront être affinées (e.g., sous-groupe de poissons pélagiques en fonction de leur comportement en banc (agrégation, forme, etc.)). Les outils acoustiques utilisés dans ACaPELA permettent donc de tisser des synergies avec les autres programmes thématiques (e.g., Habitats Pélagiques, Habitats Benthiques, Mammifères marins).
Published: 2022

19. Pôle Gestion des Migrateurs Amphihalins dans leur Environnement (MIAME): Rapport d’activité 2019

Author: Roussel, Jean-Marc, Beaulaton, Laurent, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), OFB, INRAE, Institut Agro - Agrocampus Ouest, and UPPA
Subjects: transfert, Migrateurs Amphihalins, expertise, Outre-mer, recherche et développement, connaissance, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, sites pilotes, poissons, macrocrustacés, observatoires à long terme, innovation
Abstract: Le Pôle sur la gestion des Migrateurs Amphihalins dans leur Environnement (MIAME) regroupe quatre organismes (OFB, INRAE, L’Institut Agro et Université de Pau et des Pays de l’Adour), soit 38 agents titulaires participant au niveau national en 2021. Les travaux ont une vocation opérationnelle pour la gestion de cette biodiversité remarquable de poissons et macrocrustacés, ainsi que les écosystèmes continentaux, estuariens et marins qui l’abritent, en métropole et outre-mer. Sur cette thématique, les missions concernent la recherche-développement, l’expertise, le pilotage des observatoires nationaux, la centralisation des connaissances, le développement de sites pilotes, l’innovation-transfert et la formation. Le Pôle fait l’objet d’une convention de coopération public-public entre les organismes constitutifs, qui couvre la période 2019-2024. Ce rapport présente l’organisation du Pôle et les activités développées au cours de l’année 2021.
Published: 2022

20. Climbing for dummies: recommendation for multi‐specific fishways for the conservation of tropical eels and gobies

Author: Raphaël Lagarde, Dominique Courret, Henri Grondin, Dominique Ponton, Laetitia Faivre, Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Office français de la biodiversité (OFB), Institut de mécanique des fluides de Toulouse (IMFT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), OCEA Consult', Ecologie marine tropicale dans les Océans Pacifique et Indien (ENTROPIE [Réunion]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique - CNRS (FRANCE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la MER - IFREMER (FRANCE), Institut National Polytechnique de Toulouse - Toulouse INP (FRANCE), Institut Supérieur de l'Aéronautique et de l'Espace - ISAE-SUPAERO (FRANCE), Institut de Recherche pour le Développement - IRD (FRANCE), OCEA Consult (FRANCE), Université Toulouse III - Paul Sabatier - UT3 (FRANCE), Université de Poitiers (FRANCE), Université de La Réunion (FRANCE), Office français de la biodiversité - OFB (FRANCE), Université de la Nouvelle Calédonie - UNC (FRANCE), Université de Perpignan Via Domitia - UPVD (FRANCE), and Ecologie marine tropicale des océans Pacifique et Indien - ENTROPIE (Tuléar, Madagascar)
Subjects: 0106 biological sciences, food.ingredient, Fishways, Ingénierie de l'environnement, Cotylopus acutipinnis, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, food, 14. Life underwater, River continuum, Nature and Landscape Conservation, Fish migration, Amphidromy, Eels, Dam, Ecology, biology, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, 010604 marine biology & hydrobiology, Catadromy, Tropics, Sicyopterus lagocephalus, biology.organism_classification, Fishery, Substrate type, Upstream passage, Climbing, Environmental science, %22">Fish , Sicydiinae
Abstract: International audience; Dams and other man-made barriers impair upstream fish migration and thus threaten fish populations that need access to upper river reaches to complete their life cycle. For many years, fishways have been used to mitigate this impact. Fishways around the globe are typically built based on recommendations made for northern hemisphere species, particularly salmonids. These recommendations do not consider the locomotor characteristics and skills of other species, especially those living in the tropics. Among tropical species, freshwater eels and gobies of the Sicydiinae subfamily are important cultural and economic species that are particularly sensitive to the impact of man-made barriers. Our experimental study aimed to test different substrates and slopes for ramp-like fishways adapted to tropical eels and sicydiines. Among the five substrates tested for 368 eels Anguilla marmorata, elastomer pins appeared to be the most efficient. Elastomer pins also appeared to be more efficient than the fine concrete which is currently used in fishways for sicydiines (Sicyopterus lagocephalus, N = 1797, and Cotylopus acutipinnis, N = 1303). The slope had a lesser effect on the climbing success of sicydiines compared to substrate type, except for gradients greater than 50° that induced a slight decrease in success. Our results indicated that ramp-like fishways fitted with 1.0 cm diameter elastomer pins, positioned in staggered rows with a diagonal spacing of 1.3 cm, wetted with low-flow and angled less than 50°, are well adapted to accommodate the different locomotor characteristics and skills of tropical eels and sicydiines.
Published: 2021

21. A multi-approach study to reveal eel life-history traits in an obstructed catchment before dam removal

Author: Nils Teichert, Anne Lizé, Hélène Tabouret, Claudia Gérard, Gilles Bareille, Anthony Acou, Alexandre Carpentier, Thomas Trancart, Laure-Sarah Virag, Emma Robin, Morgan Druet, Jordan Prod’Homme, Eric Feunteun, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agence de l’Eau Seine Normandie, and Office Français pour la Biodiversité
Subjects: [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, River barrier, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Otolith microchemistry, Life-history trait, Metazoan parasites, Phenotypic plasticity, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry, Aquatic Science, LA-ICP-MS
Abstract: International audience; River fragmentation is expected to impact not only movement patterns and distribution of eels within catchment, but also their life-history traits. Here, we used otolith multi-elemental signatures to reconstruct life sequences of European silver eels within an obstructed catchment, just before the removal of hydropower dams. Beyond providing an initial state, we hypothesized that otolith signatures can provide crucial information on the way eels use the watershed. Indeed, their spatial distribution is expected to shape life-history traits, including condition coefficient, trophic level, growth rate, or infection by metazoan parasites. While Sr:Ca and Ba:Ca ratios were complementary in tracing fish movements between freshwater and estuary, the Ba:Ca variations allowed to discriminate three freshwater sectors. The eels assigned to the midstream sector were more mobile and exhibited lower growth rates, probably in response to higher competition at the vicinity of dams. While most eels are currently produced by downstream and midstream sectors, eels assigned to upper reaches of connected tributaries generally display higher richness in native parasite and higher body condition and lipid reserve, known to promote the success of migration and reproduction. In the near future, the dam removals will represent an outstanding experimental framework for evaluating impacts of catchment reconnection.
Published: 2022

22. Spatio-temporal variability of eDNA signal and its implication for fish monitoring in lakes

Author: Alix Hervé, Isabelle Domaizon, Jean-Marc Baudoin, Tony Dejean, Pierre Gibert, Pauline Jean, Tiphaine Peroux, Jean-Claude Raymond, Alice Valentini, Marine Vautier, Maxime Logez, Risques, Ecosystèmes, Vulnérabilité, Environnement, Résilience (RECOVER), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SPYGEN [Le Bourget-du-Lac], Pôle Écla - écosystèmes lacustres (ECLA), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Direction de la Recherche et de l’Appui Scientifique (OFB - DRAS), Office français de la biodiversité (OFB), RiverLy - Fonctionnement des hydrosystèmes (RiverLy), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Lac, Multidisciplinary, Inventaire, Fishes, Water, Biodiversity, DNA, Environmental, Lakes, Animals, DNA Barcoding, Taxonomic, Biodiversité aquatique, ADN électronique, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Variabilité spatiale, Environmental Monitoring
Abstract: International audience; Environmental DNA (eDNA) metabarcoding is revolutionizing the monitoring of aquatic biodiversity. The use of eDNA has the potential to enable non-invasive, cost-effective, time-efficient and high-sensitivity monitoring of fish assemblages. Although the capacity of eDNA metabarcoding to describe fish assemblages is recognised, research efforts are still needed to better assess the spatial and temporal variability of the eDNA signal and to ultimately design an optimal sampling strategy for eDNA monitoring. In this context, we sampled three different lakes (a dam reservoir, a shallow eutrophic lake and a deep oligotrophic lake) every 6 weeks for 1 year. We performed four types of sampling for each lake (integrative sampling of sub-surface water along transects on the left shore, the right shore and above the deepest zone, and point sampling in deeper layers near the lake bottom) to explore the spatial variability of the eDNA signal at the lake scale over a period of 1 year. A metabarcoding approach was applied to analyse the 92 eDNA samples in order to obtain fish species inventories which were compared with traditional fish monitoring methods (standardized gillnet samplings). Several species known to be present in these lakes were only detected by eDNA, confirming the higher sensitivity of this technique in comparison with gillnetting. The eDNA signal varied spatially, with shoreline samples being richer in species than the other samples. Furthermore, deep-water samplings appeared to be non-relevant for regularly mixed lakes, where the eDNA signal was homogeneously distributed. These results also demonstrate a clear temporal variability of the eDNA signal that seems to be related to species phenology, with most of the species detected in spring during the spawning period on shores, but also a peak of detection in winter for salmonid and coregonid species during their reproduction period. These results contribute to our understanding of the spatio-temporal distribution of eDNA in lakes and allow us to provide methodological recommendations regarding where and when to sample eDNA for fish monitoring in lakes.
Published: 2022

23. Indice de Qualité Écologique (IQE) du Golf de Vidauban - 2021

Author: Roquinarc'h, Océane, Delzons, Olivier, Gourdain, Philippe, Laignel, Julien, Michaud, Henri, Lacoeuilhe, Aurelie, Percevault, Louise, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Agence Française pour la Biodiversité (AFB), Service du Patrimoine Naturel (SPN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Ministère de l'Environnement et du Cadre de vie, Association des Naturalistes de la Vallée du Loing (ANVL), Association des Naturalistes de la Vallée du Loing, Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and PatriNat (OFB-CNRS-MNHN)
Subjects: IQE, Indice de Qualité Ecologique, Plan de gestion, Golf, Flore, Biodiversité, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Parcours de golf, Faune, Habitats
Abstract: Suite à la première étude écologique IQE réalisée en 2012, puis à la seconde réalisée en 2014, les relevés naturalistes effectués en 2021 ont permis d’affiner la compréhension de l’évolution de la biodiversité du Golf de Vidauban. Couvrant une superficie de 126 hectares le golf s’inscrit dans un contexte écologique particulièrement riche, dans la continuité du périmètre de la RNN de la Plaine des Maures.635 espèces ont ainsi pu être observées lors des prospections réalisées au cours de l’année 2021 et 1 548 données d’occurrences faune/flore ont été intégrées à l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN).Basé sur des critères de patrimonialité, de diversité et de fonctionnalité écologique, et à l’image du constat déjà réalisé en 2012 pour le calibrage de l’IQE puis au cours d’une 2e étude en 2014, le résultat de la mise en œuvre de l’Indice de Qualité Écologique (IQE) sur le site s’explique en particulier par :- Une richesse floristique exceptionnelle dont 31 espèces patrimoniales au regard des critères IQE.- 60 espèces d’oiseaux, appartenant à différents cortèges.- 11 espèces animales patrimoniales comptabilisées.- Une grande diversité d’habitats naturels et semi-naturels (+ de 20).- Une diversité de micro-habitats identifiés et potentiels.Mais également par :- La présence de surfaces artificialisées sur environ 38 ha (comprenant la plupart des zones de jeu).- La colonisation du site par des espèces végétales exotiques envahissantes (+ de 20 espèces identifiées), ainsi que l’accroissement de la population d’Écrevisse de Louisiane.Des aménagements et des mesures de gestion ont été proposées dans le cadre de plusieurs études et expérimentations conduites sur le golf et plus largement sur le domaine de Bouis (partenariat FEGVE-MNHN). Les recommandations faites doivent s’inscrire dans la durée et doivent être suivies plus précisément, dans le cadre du plan d’actions proposé, tout en tenant compte des contraintes liées au jeu.
Published: 2022

24. Hydraulic management of coastal freshwater marsh to conciliate local water needs and fish passage

Author: Léo Guiot, Ludovic Cassan, Pierre Sagnes, David Dorchies, Gilles Belaud, Institut de mécanique des fluides de Toulouse (IMFT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Gestion de l'Eau, Acteurs, Usages (UMR G-EAU), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Office français de la biodiversité (OFB), AgroParisTech (FRANCE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique - CIRAD (FRANCE), Centre National de la Recherche Scientifique - CNRS (FRANCE), Institut National Polytechnique de Toulouse - Toulouse INP (FRANCE), Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - INRAE (FRANCE), Institut de Recherche pour le Développement - IRD (FRANCE), Montpellier SupAgro (FRANCE), Université Toulouse III - Paul Sabatier - UT3 (FRANCE), Office français de la biodiversité - OFB (FRANCE), Université de Montpellier (FRANCE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Subjects: 0106 biological sciences, Marsh, Mécanique des fluides, 0207 environmental engineering, 02 engineering and technology, 01 natural sciences, Freshwater ecosystem, [SPI.MECA.MEFL]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Fluids mechanics [physics.class-ph], Tide gate, Biologie animale, Open-channel control, parasitic diseases, 14. Life underwater, 020701 environmental engineering, Water Science and Technology, Civil and Structural Engineering, Fish migration, geography, geography.geographical_feature_category, Brackish water, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [SPI.FLUID]Engineering Sciences [physics]/Reactive fluid environment, 010604 marine biology & hydrobiology, fungi, Milieux fluides et réactifs, Ecological continuity, 6. Clean water, Water management, Fishery, %22">Fish , Environmental science, Sluice gate, geographic locations
Abstract: International audience; Water control structures, used to regulate water levels and flow exchange in coastal marshes, act as barriers during fish migration between the ocean and brackish or freshwater ecosystems. Usual fish pass solutions may be unsuitable for obstacles subject to significant water level variations such as tidal range. This study proposes new solutions that were developed, implemented and evaluated on a marsh controlled by a series of hydraulic structures. These solutions were based on soft physical modifications (passive management) of the control gates, and on adaptations of their operation rules (active management). To evaluate the impacts of these adaptations, a hydraulic model of the marsh was built. It solves the one-dimensional Saint-Venant equations and appropriate gate equations. The model was used to identify management rules of control structures in a way to improve fish migration without significantly affecting the initial hydraulic management of the marsh (i.e. targeted seasonal water levels). Fish passability of upstream structures could be improved by managing downstream ones. It was concluded that the combination of active and passive management of water control structures could largely increase the passability of these obstacles during glass eel migration, while limiting seawater intrusion in the marsh and maintaining water levels into a range compatible with marsh management needs.
Published: 2020

25. The thermal behaviour of French water bodies: From ponds to Lake Geneva

Author: Jordi Prats, Nathalie Reynaud, Pierre-Alain Danis, Vincent Roubeix, Thierry Tormos, Pôle Écla - écosystèmes lacustres (ECLA), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Risques, Ecosystèmes, Vulnérabilité, Environnement, Résilience (RECOVER), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SEGULA Technologies [Trappes], Segula Technologies [France], and Office français de la biodiversité (OFB)
Subjects: 0106 biological sciences, Calibration and validation, media_common.quotation_subject, Large lakes, Small lakes, Lake size, Forcing (mathematics), 010501 environmental sciences, Aquatic Science, 01 natural sciences, Scarcity, Effects of global warming, Thermal, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 0105 earth and related environmental sciences, media_common, Hydrology, Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, 6. Clean water, Reservoirs, 13. Climate action, Transparency (graphic), [SDE]Environmental Sciences, Water temperature, Spatial variability, Thermocline depth, Thermocline
Abstract: International audience; The management of French freshwater bodies (lakes, reservoirs, ponds, etc.) needs to face the challenges imposed by the effects of climate change and by legal requirements to develop standards for water temperature and other physicochemical indicators. While 1D hydrodynamical models could be helpful in improving the knowledge of the thermal and hydrodynamic behaviour of French water bodies, the scarcity of data for calibration and validation, in addition to the unavailability of some forcing data, makes their application difficult for most French water bodies. In this article we explore an alternative statistical approach that takes advantage of the available data in order to inform future modelling applications. We used official monitoring data and satellite measurements to study the thermal characteristics of more than 400 French water bodies (depth: 1–310 m, surface area: 0.1–577 km2, volume: 0.1–89,000 hm3). The objective was to identify the importance of size on their thermal behaviour. For this we analysed the annual temperature cycle, the summer temperature profiles and within-lake spatial variability. Together with size, geography and transparency determine the thermal behaviour of water bodies through complex interactions. As a result of the analysis we propose a classification of French water bodies as a function of depth and surface area that reflects the summer vertical temperature gradient and the processes influencing the deepening of the thermocline.
Published: 2020

26. Mouflon Ovis gmelini Blyth, 1841

Author: Garel, Mathieu, Marchand, Pascal, Bourgoin, Gilles, Santiago-Moreno, Julián, Portanier, Elodie, Piegert, Holger, Hadjisterkotis, Eleftherios, Cugnasse, Jean-Marc, Cyprus Government, European Commission, Agencia Estatal de Investigación (España), Santiago-Moreno, Julián, Service Anthropisation et Fonctionnement des Écosystèmes Terrestres (OFB - SAFET), Direction de la Recherche et de l’Appui Scientifique (OFB - DRAS), Office français de la biodiversité (OFB)-Office français de la biodiversité (OFB), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology
Abstract: 35 Pág., This comprehensive species-specific chapter covers all aspects of the mammalian biology, including paleontology, physiology, genetics, reproduction and development, ecology, habitat, diet, mortality, and behavior. The economic significance and management of mammals and future challenges for research and conservation are addressed as well. The chapter includes a distribution map, a photograph of the animal, and a list of key literature., We would like also to thank the Minister of Agriculture, Rural Development and Environment of the Republic of Cyprus (Dr. Kostas Kadis), the Senior Officer of the Ministry of Agriculture Rural Development and Environment (Dr. Marina Michaelidou Kadi), and the Director of the Agricultural Research Institute (Dr. Dora Chimonidou) for their support. JSM is supported by grant AGL2017-85753-R (AEI/FEDER, UE).
Published: 2022

27. Fiches,descriptives des habitats marins benthiques de la Manche, de la Mer du Nord et de l’Atlantique

Author: La Rivière, Marie, delavenne, Juliette, Janson, A.-L., Andres, Salomé, de Bettignies, Thibaut, Blanchet, Hugues, Decaris, François-Xavier, Derrien, René, Derrien-Courtel, Sandrine, Grall, Jacques, Houbin, Céline, Latry, Lise, Le Gal, Aodren, Lutrand, Aurélie, Menot, Lenaick, Percevault, Louise, Tauran, Adeline, Thiébaut, Éric, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (LEFE), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Biologie Marine de Concarneau, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Patrinat (OFB-MNHN-CNRS)
Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDE]Environmental Sciences
Published: 2022

28. Etude « résilience » des milieux prairiaux du Golf National

Author: Percevault, Louise, Lacoeuilhe, Aurelie, Roquinarc'h, Océane, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service du Patrimoine Naturel (SPN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Ministère de l'Environnement et du Cadre de vie, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Agence Française pour la Biodiversité (AFB), and PatriNat (OFB-CNRS-MNHN), Muséum national d’Histoire naturelle
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences
Abstract: Dans le cadre du partenariat entre le Muséum national d’Histoire naturelle et la fédération française de golf, une étude a été menée portant sur la résilience des milieux prairiaux du Golf National suite à la Ryder Cup en 2018. L’étude mise en place pour une période de trois ans cherche à : identifier les impacts de la Ryder Cup sur la biodiversité des milieux prairiaux ; comprendre et caractériser l’évolution des milieux ; identifier les changements opérés dans la structure et la composition des communautés de trois groupes bioindicateurs. Au travers de l’analyse de la diversité taxonomique et de l’abondance de la flore, des rhopalocères et des orthoptères, plusieurs tendances ont pu être identifiées. Les communautés de chaque placette ont été caractérisées. Des différences et des similitudes ont été observées entre les zones « témoin » et « résilience » pour chacun des groupes bioindicateurs. Les différences en termes de structure des communautés apparaissent plus marquées pour la flore que pour les orthoptères et les rhopalocères. L’absence de données relatives à l’état initial des zones étudiées ne permet pas de quantifier précisément l’impact de la Ryder Cup sur la résilience des milieux prairiaux du Golf National. Cependant, les analyses menées suite à ces 3 années d’étude, ont mis en évidence la régénération rapide des communautés végétales associée à une recolonisation par certaines espèces de rhopalocères et d’orthoptères, sur des zones fortement impactées par le piétinement et les installations. Il reste important de prolonger les suivis de la biodiversité dans son ensemble afin de poursuivre la démarche de connaissance et de prise en compte de la biodiversité engagée par le Golf National.
Published: 2022

29. La Planète Revisitée en Corse. Expéditions terrestres 2021 - Côte orientale et Capicorsu: Bilan scientifique

Author: Ichter, Jean, Dusoulier, François, Barbut, Jérôme, Berquier, Cyril, Canard, Alain, Canut, Marie, Cailleret, Benoît, Cornuel-Willermoz, Alexandre, de Braekeleer, Anja, Decaëns, Thibaut, Déjean, Sylvain, Marchán, Daniel Fernández, Gargominy, Olivier, Jacquet, Claire, Jailloux, Adrien, Jeusset, Arzhvaël, Lebard, Thomas, Le Divelec, Romain, Lévêque, Antoine, Martin, Juliette, Matocq, Armand, Noblecourt, Thierry, Poirier, Eddy, Pollet, Marc, Poncet, Rémy, Ponel, Philippe, Robert, Solène, Rome, Quentin, Rougerie, Rodolphe, Santos, Bernardo, Soldati, Fabien, Streito, Jean‐Claude, Suberbielle, Nicolas, Villemant, Claire, Zelvelder, Benjamin, Touroult, Julien, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Université de Rennes (UR), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Office national des forêts (ONF), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Muséum national d'Histoire naturelle
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: "The Planet Reviewed in Corsica" is an expedition by the MNHN in partnership with the Collectivité de Corse and the French Office for Biodiversity. Between 2019 and 2022, several teams of scientists are undertaking an inventory of terrestrial and marine diversity of Corsica. The objective is to establish a reference state of a series of sites of high biological value and to modernize the collections of the MNHN. This report provides a quick overview of terrestrial expeditions from two emblematic sectors of Corsica: the west coast and northern Capicorsu. From March to May 2021, 34 participants took part of the inventory of about 10 sites. In 2021, the increased sampling effort and the first phase of identification made it possible to announce 2 227 inventoried species and 11 346 data uploaded and shared in the national inventory of natural heritage (INPN). This last field year makes an important contribution to the national inventory of natural heritage with 75 species inventoried for the first time in Corsica, 5 new species for France and 12 species expected new to science. Many taxa had not been observed for decades or several for more than a century. This knowledge is being disseminated on OpenObs, the French portal for biodiversity. Moreover, the Barcoding campaign achieved a total of 2 200 specimens sequenced for DNA (CO1 et ITS). The results will contribute to the species identifications, the taxonomic revisions to be published but also to enrich the global Barcode of Life information system.; « La Planète Revisitée en Corse » est une expédition du Muséum national d’histoire naturelle menée en partenariat avec la Collectivité de Corse et l’Office français de la Biodiversité. Entre 2019 et 2021, plusieurs équipes de scientifiques entreprennent l’inventaire de différents secteurs terrestres et marins représentatifs de la diversité de Corse afin d’établir un état de référence d’une série de sites à forte valeur biologique et de moderniser les collections d’histoire naturelle de référence du Muséum national. Ce rapport propose un premier bilan « à chaud » des expéditions terrestres de deux secteurs emblématiques de l’île : la côte orientale et le nord du Capicorsu. De mars à mai 2021, 34 personnes ont participé à l’inventaire d’une dizaine de sites. En 2021, l’effort important d’échantillonnage et la première phase d’identification permettent d’ores et déjà d’annoncer plus de 2 227 espèces inventoriées et 11 346 données mises en ligne et partagées. Cette troisième et dernière année de terrain apporte une contribution importante à l’inventaire du patrimoine naturel avec 12 nouvelles espèces pour la science, 75 espèces inventoriées pour la première fois en Corse et au moins 5 espèces nouvelles pour la France. De nombreux taxons n’avaient pas été observés depuis plusieurs décennies voire plus d’un siècle pour certains. Cette connaissance est en cours de diffusion sur OpenObs, le portail d'accès aux données d'observation sur les espèces. En parallèle, la campagne de codes-barres ADN (CO1 et ITS) de 2021 a permis de séquencer 2 200 individus. Les résultats permettront de contribuer aux déterminations pour les inventaires, aux révisions taxinomiques qui feront l’objet de publications scientifiques mais également d’enrichir le système d’information global Barcode of Life.
Published: 2022

30. An Overview of Marine Non-Indigenous Species Found in Three Contrasting Biogeographic Metropolitan French Regions: Insights on Distribution, Origins and Pathways of Introduction

Author: Cécile Massé, Frédérique Viard, Suzie Humbert, Elvire Antajan, Isabelle Auby, Guy Bachelet, Guillaume Bernard, Vincent M. P. Bouchet, Thomas Burel, Jean-Claude Dauvin, Alice Delegrange, Sandrine Derrien-Courtel, Gabin Droual, Benoit Gouillieux, Philippe Goulletquer, Laurent Guérin, Anne-Laure Janson, Jérôme Jourde, Céline Labrune, Nicolas Lavesque, Jean-Charles Leclerc, Michel Le Duff, Vincent Le Garrec, Pierre Noël, Antoine Nowaczyk, Christine Pergent-Martini, Jean-Philippe Pezy, Aurore Raoux, Virginie Raybaud, Sandrine Ruitton, Pierre-Guy Sauriau, Nicolas Spilmont, Delphine Thibault, Dorothée Vincent, Amelia Curd, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), LITTORAL (LITTORAL), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Biologie Marine de Concarneau, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Dynamiques des Écosystèmes Côtiers (DYNECO), Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques (LECOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Office français de la biodiversité (OFB), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération de recherche Environnement et Société (FRES 3041), Université Pascal Paoli (UPP), Ecology and Conservation Science for Sustainable Seas (ECOSEAS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)
Subjects: Ecology, Ecological Modeling, biogeographic provinces, Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), baseline, inventory, aquaculture, maritime trade, [SDE]Environmental Sciences, species introductions, France, MSFD, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Nature and Landscape Conservation
Abstract: International audience; Biological invasions are one of the main global threats to biodiversity in terrestrial, freshwater and marine ecosystems worldwide, requiring effective inventorying and monitoring programs. Here, we present an updated list of non-indigenous species in French marine and transitional waters. Focused on eukaryote pluricellular species found throughout the three metropolitan French marine regions (Western Mediterranean Sea, Bay of Biscay and the Northern Seas), a total of 342 non-indigenous, including 42 cryptogenic, species are listed as having been introduced since the 13th century. The majority of the species originated from the temperate Northern Pacific. They mainly arrived through both ballast and hull fouling and also are associated with shellfish farming activities. Most of them have been introduced since the 1970s, a time when maritime and aquaculture trade intensified. Despite important human-aided opportunities for species transfer between the three marine regions (for instance, via recreational boating or aquaculture transfers), only a third of these NIS are common to all regions, as expected due to their environmental specificities.
Published: 2023

31. Estimating ecotoxicological effects of chemicals on tropical reef-building corals; a systematic review protocol

Author: Dakis-Yaoba Ouédraogo, Olivier Perceval, Christine Ferrier-Pagès, Isabelle Domart-Coulon, Laetitia Hédouin, Karen Burga, Mireille M. M. Guillaume, Christophe Calvayrac, Magalie Castelin, Yorick Reyjol, Romain Sordello, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Office français de la biodiversité (OFB), Centre Scientifique de Monaco (CSM), Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Excellence CORAIL (LabEX CORAIL), Université des Antilles (UA)-Institut d'écologie et environnement-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de La Réunion (UR)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Biocapteurs-Analyses-Environnement (BAE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes (LBBM), PIERRE FABRE-EDF (EDF)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de La Réunion (UR)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Institut d'écologie et environnement-Université des Antilles (UA), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Subjects: Environmental sciences, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Contamination, Hermatypic, GE1-350, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Hazard assessment, Scleractinian, Pollution, Toxicity endpoints
Abstract: International audience; Background. Tropical coral reefs cover only ca. 0.1% of the Earth’s surface but host an outstanding biodiversity and provide important ecosystem services to millions of people living nearby. They are currently threatened by global (e.g., climate change) and local (e.g., chemical pollution) stressors that interact in different ways. While global stressors cannot be mitigated by local actions alone, local stressors can be reduced through ecosystem management. A systematic map on the impacts of chemicals arising from anthropogenic activities on tropical reef-building corals, which are the main engineer species of reef ecosystems, was published in 2021. This systematic map gathered an abundant literature (908 articles corresponding to 7937 studies), and identified four well-represented subtopics, amenable to relevant full syntheses. Here, we focused on one of the four subtopics: we aimed to systematically review the evidence on the ecotoxicological effects of chemicals on tropical reef-building corals.Methods. The evidence will be identified from the recent systematic map on the impacts of chemicals arising from anthropogenic activities on tropical reef-building corals. Especially, all studies in the map database corresponding to the knowledge cluster “evidence on the ecotoxicological effects of chemicals on corals” will be selected. To identify the evidence produced since then, a search update will be performed using a subset of the search string used for the systematic map, and titles, abstracts and full-texts will be screened according to the criteria defining the selected cluster of the map. In addition, as the eligibility criteria for the systematic review are narrower than those used to define the cluster in the systematic map, additional screening will be carried out. The included studies will then be critically appraised and a low, medium, or high risk of bias will be assigned to each study. Data will be extracted from studies and synthesised according to a strategy depending on the type of exposure and outcome. Synthesis will be mainly quantitative but also narrative, aiming to identify toxicity thresholds of chemicals for corals.
Published: 2021

32. De nouveaux protocoles pour caractériser l’hydromorphologie lacustre

Author: Argillier, Christine, Reynaud, Nathalie, Baudoin, Jean-Marc, Risques, Ecosystèmes, Vulnérabilité, Environnement, Résilience (RECOVER), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Pôle Écla - écosystèmes lacustres (ECLA), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), and Office français de la biodiversité (OFB)
Subjects: Lac, Hydromorphologie, Directive cadre européenne sur l'eau, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, État écologique, Caractérisation du milieu
Abstract: National audience; By highlighting hydromorphology as a key criterion for the ecological quality of water bodies, the European Water Framework Directive has proven to be an important driver of new work in Europe. For water bodies, several methods have been developed in France to meet this new regulatory context, through a multi-spatial approach combining geolocalized digital information and field measurements.; En mettant en avant l'hydromorphologie comme un critère clé de la qualité écologique des masses d'eau, la directive cadre européenne sur l'eau s'est révélée être un moteur important de nouveaux travaux en Europe. Pour les plans d'eau, plusieurs méthodes ont été développées en France pour répondre à ce nouveau contexte réglementaire, par le biais d'une approche multi-échelles spatiales couplant informations numériques géolocalisées et mesures de terrain.
Published: 2021

33. European flounder foraging movements in an estuarine nursery seascape inferred from otolith microchemistry and stable isotopes

Author: Nils Teichert, Anne Lizé, Hélène Tabouret, Jean-Marc Roussel, Gilles Bareille, Thomas Trancart, Anthony Acou, Laure-Sarah Virag, Christophe Pécheyran, Alexandre Carpentier, Eric Feunteun, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Station marine Dinard, Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), University of Liverpool, Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Pôle OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes (UR), This study was conducted with the financial support of the Agence de l’Eau Seine Normandie and the Office Français pour la Biodiversité., Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), and This study was conducted with the financial support of the Agence de l’Eau Seine Normandie and the Office Français pour la Biodiversité
Subjects: Nursery, Platichthys flesus, Estuary, Otolith chemistry, General Medicine, Dispersion, Aquatic Science, Oceanography, Pollution, Home range, Isotopes, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Feeding strategy
Abstract: International audience; Despite the importance of estuarine nurseries in the regulation of many fish stocks, temporal and spatial movements and habitat use patterns of juvenile fish remain poorly understood. Overall, combining several movement metrics allowed us to characterize dispersal patterns of juvenile flounder, Platichthys flesus, along an estuarine seascape. Specifically, we investigated otolith microchemistry signatures (Sr:Ca and Ba:Ca ratios) and stable isotope ratios (δ13C and δ15N) in muscles of these juveniles, during three consecutive years to assess inter-annual fluctuations in their home range and isotopic niches. The morphological condition and lipid content of individuals were lower in years of high as compared to low dispersal along the estuarine gradient. We discuss these results in relation to the ecosystem productivity and intra- and inter-specific competition level, which in turn affects movements and foraging behaviors of juvenile flounders.
Published: 2022

34. Un Réseau Neuronal Profond pour la Détection de Poissons Multi-Espèces Utilisant un Méthode Multi-Caméras Acoustiques

Author: Garcia, Guglielmo Fernandez, Martignac, François, Nevoux, Marie, Beaulaton, Laurent, Corpetti, Thomas, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Rennes), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: FOS: Computer and information sciences, Computer Vision and Pattern Recognition (cs.CV), Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition, convolutional neural network, deep learning, [INFO.INFO-CV]Computer Science [cs]/Computer Vision and Pattern Recognition [cs.CV], artificial intelligence, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, fisheries management, ARIS, [SDE]Environmental Sciences, DIDSON, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, sonar cameras
Abstract: Underwater acoustic cameras are high potential devices for many applications in ecology, notably for fisheries management and monitoring. However how to extract such data into high value information without a time-consuming entire dataset reading by an operator is still a challenge. Moreover the analysis of acoustic imaging, due to its low signal-to-noise ratio, is a perfect training ground for experimenting with new approaches, especially concerning Deep Learning techniques. We present hereby a novel approach that takes advantage of both CNN (Convolutional Neural Network) and classical CV (Computer Vision) techniques, able to detect a generic class ''fish'' in acoustic video streams. The pipeline pre-treats the acoustic images to extract 2 features, in order to localise the signals and improve the detection performances. To ensure the performances from an ecological point of view, we propose also a two-step validation, one to validate the results of the trainings and one to test the method on a real-world scenario. The YOLOv3-based model was trained with data of fish from multiple species recorded by the two common acoustic cameras, DIDSON and ARIS, including species of high ecological interest, as Atlantic salmon or European eels. The model we developed provides satisfying results detecting almost 80% of fish and minimizing the false positive rate, however the model is much less efficient for eel detections on ARIS videos. The first CNN pipeline for fish monitoring exploiting video data from two models of acoustic cameras satisfies most of the required features. Many challenges are still present, such as the automation of fish species identification through a multiclass model. 1 However the results point a new solution for dealing with complex data, such as sonar data, which can also be reapplied in other cases where the signal-to-noise ratio is a challenge.
Published: 2021

35. Evidence on the impacts of chemicals arising from human activity on tropical reef-building corals; a systematic map

Author: Dakis-Yaoba Ouédraogo, Mathilde Delaunay, Romain Sordello, Laetitia Hédouin, Magalie Castelin, Olivier Perceval, Isabelle Domart-Coulon, Karen Burga, Christine Ferrier-Pagès, Romane Multon, Mireille M. M. Guillaume, Clément Léger, Christophe Calvayrac, Pascale Joannot, Yorick Reyjol, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Laboratoire d'Excellence CORAIL (LabEX CORAIL), Université des Antilles (UA)-Institut d'écologie et environnement-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de La Réunion (UR)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Office français de la biodiversité (OFB), Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Scientifique de Monaco (CSM), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Direction générale déléguée aux collections (DGD.C), Biocapteurs-Analyses-Environnement (BAE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Laboratoire de Biochimie et de Biologie Moléculaire (Université d'Abomey Calavi, Cotonou, Bénin) (LBBM), University of Abomey Calavi (UAC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de La Réunion (UR)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Institut d'écologie et environnement-Université des Antilles (UA), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Université d’Abomey-Calavi = University of Abomey Calavi (UAC), French Office for Biodiversity (OFB), and French National Museum of Natural History (MNHN)
Subjects: fungi, technology, industry, and agriculture, social sciences, Nutrients, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, Pollution, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Environmental sciences, Contamination, Hermatypic, GE1-350, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Scleractinian, geographic locations
Abstract: International audience; Background: Tropical coral reefs cover ca. 0.1% of the Earth's surface but host an outstanding biodiversity and provide important ecosystem services to millions of people living nearby. They are currently threatened by local stressors (e.g. nutrient enrichment and chemical pollution arising from poor land management, sewage effluents, agriculture, industry) and global stressors (mainly seawater warming and acidification, i.e. climate change). Global and local stressors interact in different ways, but the presence of one stressor often reduces the tolerance to additional stress. While global stressors cannot be mitigated solely by local actions, local stressors can be reduced through ecosystem management, therefore minimizing the impact of climate change on coral reefs. We systematically mapped the evidence of impacts of chemicals arising from anthropogenic activities on tropical reef-building corals, which are the main engineer species of reef ecosystems, to inform decision-makers on the available evidence on this topic.Methods: We searched the relevant literature using English terms combined in a tested search string in two publication databases (Scopus and Web Of Science Core Collection). The search string combined terms describing the population (tropical reef-building corals) and the exposure (chemicals). We searched for additional literature through three search engines, three dissertations repositories, 11 specialist websites, and through a call to local stakeholders. Titles, abstracts, and full-texts were successively screened using pre-defned eligibility criteria. A database of all studies included in the map with coded metadata was produced. The evidence was described and knowledge clusters and gaps were identifed through the distribution and frequency of studies into types of exposure and/or types of outcomes and/or types of study.Review findings: The initial searches identifed 23,403 articles which resulted in 15,177 articles after duplicate removal. Among them, 908 articles were retained after screening process, corresponding to 7937 studies (a study being the combination of a taxon, an exposure, and an outcome). Among these studies, 30.5% dealt with the impact of nutrient enrichment on corals while 25% concerned the impact of human activities without referenceto a chemical. The most measured outcomes were those related to the chemical concentration in corals (bioaccumulation, 25.8%), to coral physiology (16.9%), cover (14%), and mortality (9%). Half of the studies (48.4%) were experimental—the exposure was controlled by the researchers—and were conducted in laboratory conditions (39.4%) and in situ (9%). The most studied taxa, exposure, and outcomes were diferent between experimental andobservational studies.Conclusions: We identifed four well-represented subtopics that may be amenable to relevant full syntheses via systematic reviews: (1) evidence on bioaccumulation of chemicals by corals; (2) evidence on the efects of nutrient enrichment on corals; (3) evidence on the efects of human activities on corals; and (4) evidence on the ecotoxicological efects of chemicals on corals (except nutrient enrichment). The systematic map shows that corals in their natural environment can be exposed to many categories of chemicals, and that there is a complete gap in experimental research on the combined efects of more than two categories of chemicals. We therefore encourage research on this topic.
Published: 2021

36. How to add a biodiversity survey to an already existing national pedologic survey? Case study of the french soil quality monitoring network

Author: Camille Imbert, Lucia Santorufo, Carole Ortega, Claudy Jolivet, Auclerc, A., Nolwenn Bougon, Yvan Capowiez, Bruno Chauvel, Nathalie Cheviron, Daniel Cluzeau, Jérôme Cortet, Gaelle Deronzier, Mickael Hedde, Antoine Lévêque, Florence Maunoury-Danger, Laurent Palka, Guenola Peres, Lionel Ranjard, Benoît Vanhee, Cécile Villenave, Stanislas Wroza, Antonio Bispo, InfoSol (InfoSol), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Naples Federico II = Università degli studi di Napoli Federico II, Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Office français de la biodiversité (OFB), Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme BIOCHEM-ENV, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Université catholique de Lille (UCL), Elisol Environnement, and Mougin, Christian
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences
Abstract: International audience; Despite its importance for human activities, soil biodiversity remains largely unknown. This gap of knowledge is a strong limit for studies including it such as in the agricultural field. Particularly, in France, no large-scale monitoring of soil biodiversity exist for the moment except for microorganisms (bacteria and fungi). Aware to this need, with the support of OFB, we studied the feasibility to add a soil biodiversity survey (RMQS-Biodiversity) to the already existing French soil quality monitoring network (RMQS). It is a systemic monitoring based on a 16*16 km grid where the sampling is done on a plot at the center of the mesh, which could belong to different land use types (forest, crops, urban gardens and wastelands, vines, orchards, pastures, meadows and other natural habitats). The sampling occurs throughout the year, every 15 years since 2000. The advantages to lean the new survey on an already existing one compared to establish an independent survey are that 1) field teams are already operational, 2) it reduces costs and 3) different data types (in our case, with pedologic and management practices ones) can be crossed at the country scale with a high statistical power to infer spatial and temporal variations and drivers. The objective of this new monitoring is to cover almost the whole soil biodiversity. With this aim, we gathered experts on soil microflora, microfauna, mesofauna and macrofauna and soil functions. We ask them if the RMQS sampling strategy could fit with a soil biodiversity survey. We together choose the taxons and functions to be surveyed, the associated protocols and estimate the related financial, material and human needs. According to the experts, the sampling design of RMQS fits with a soil biodiversity survey. We select sampling protocols for i) bacteria and fungi, ii) protists, iii) nematodes, iv) mesofauna (particularly springtails), v) below-ground macrofauna (earthworms), vi) surface macrofauna (beetles and spiders), and considering functions, vii) soil porosity, viii) enzymatic activity and ix) organic matter degradation. Before starting at National scale, we tested on several sites the selected sampling protocols and various sampling strategies in order to optimize the temporal sequence, the spatial arrangement of the protocols, the time spent on the field and to reduce the effect of disturbances on the soil organisms. The RMQS-biodiversity is a promising project that will help to fill the knowledge gap of soil biodiversity in France. The data would be used to assess the distribution of soil organisms and monitor the changes in soil biodiversity at the scale of the French territory. In addition, coupling data provided by biodiversity survey with data from RMQS will allow deciphering links between biodiversity, physical-chemical characteristics of the soil and human activities (practices, heavy metal loading, and pesticide residues for instance). Moreover, the RMQS-Biodiversity could serve as a model for other countries to establish a large-scale integrative soil monitoring including both pedologic and biodiversity data.
Published: 2021

37. 3D Photogrammetry Modeling Highlights Efficient Reserve Effect Apparition After 5 Years and Stillness After 40 for Red Coral (Corallium rubrum) Conservation in French MPAs

Author: Noëmie Michez, Pierre Drap, Patrick Bonhomme, Justine Richaume, Olivier Bianchimani, Virginie Hartmann, Frederic Cadene, Bruno Ferrari, Adrien Cheminée, Septentrion Environnement, Septentrion Environnement [Marseille], Laboratoire d'Informatique et Systèmes (LIS), Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Parc National des Calanques, Réserve naturelle marine de Cérbère Banyuls, Réserves Naturelles de France, Département des Pyrénées-Orientales, Parc Naturel Marin du Golfe du Lion/Office Français de la Biodiversité, Parc Naturel Marin du Golfe du Lion (PNM Golfe du Lion), Direction régionale Occitanie (OFB - DR OCC), and Office français de la biodiversité (OFB)-Office français de la biodiversité (OFB)
Subjects: 0106 biological sciences, Coral, Science, Population, Precious coral, MPAs, Ocean Engineering, Aquatic Science, QH1-199.5, Oceanography, photogrammetry, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, BACI design, 14. Life underwater, education, Reef, Water Science and Technology, Corallium rubrum, Seascape, Global and Planetary Change, education.field_of_study, geography.geographical_feature_category, biology, Ecology, National park, 010604 marine biology & hydrobiology, [INFO.INFO-CV]Computer Science [cs]/Computer Vision and Pattern Recognition [cs.CV], General. Including nature conservation, geographical distribution, Global change, biology.organism_classification, reserve effect, Geography, Photogrammetry
Abstract: Imaging the marine environment is more and more useful to understand relationships between species, as well as natural processes. Developing photogrammetry allowed the use of 3D measuring to study populations dynamics of sessile organisms at various scales: from colony to population. This study focuses on red coral (Corallium rubrum), as known as precious coral. Metrics measured at a colony scale (e.g., maximum height, diameter and number of branches) allowed population understanding and a comparison between an old (Cerbère-Banyuls reserve) vs. a new (Calanques National Park) MPA. Our results suggested a 5-year time step allows the appearance of a significant difference between populations inside vs. outside the Calanques National Park no-take zones. Red coral colonies were taller and had more branches inside no-take zones. A significant difference was still observable for the populations inside the Cerbère-Banyuls reserve after 40 years of protection, reflecting the sustainability and effectiveness of precautionary measures set by the reserve. The impacts at the local level (mechanical destruction) and those presumed to occur via global change (climatic variations) underline the need to develop strategies both to follow the evolutions of red coral populations but also to understand their resilience. Photogrammetry induced modeling is a time and cost effective as well as non-invasive method which could be used to understand population dynamics at a seascape scale on coralligenous reefs.
Published: 2021

38. An indicator to characterize hydrological alteration due to hydropeaking

Author: Dominique Courret, Michel Larinier, Philippe Baran, Centre National de la Recherche Scientifique - CNRS (FRANCE), Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et d'Aérotechnique - ENSMA (FRANCE), Institut National Polytechnique de Toulouse - Toulouse INP (FRANCE), Université Toulouse III - Paul Sabatier - UT3 (FRANCE), Université de Poitiers (FRANCE), Office français de la biodiversité - OFB (FRANCE), Etudes et COnseils en Gestion de l'Environnement Aquatique - ECOGEA (FRANCE), Institut Recherche et Ingénierie en Matériaux, Mécanique et Energétique - Pprime (Chasseneuil-du-Poitou, France), Institut de mécanique des fluides de Toulouse (IMFT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Office français de la biodiversité (OFB), Mécanique des Interfaces Lubrifiées (TriboLub), Département Génie Mécanique et Systèmes Complexes (GMSC), Institut Pprime (PPRIME), ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-Institut Pprime (PPRIME), ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-ENSMA-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers, Etudes et Conseils en Gestion de l'Environnement Aquatique - ECOGEA (FRANCE), and ISAE-ENSMA Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et d'Aérotechnique (FRANCE)
Subjects: Hydrology, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Hydrological alteration, Mécanique des fluides, Flow (psychology), 0207 environmental engineering, 02 engineering and technology, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, 01 natural sciences, 6. Clean water, Rate of change, [SPI.MECA.MEFL]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Fluids mechanics [physics.class-ph], Indicator, Abundance (ecology), Hydropeaking, Range (statistics), Stream flow, Environmental science, %22">Fish , Biodiversité, 020701 environmental engineering, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: International audience; Hydropeaking by hydroelectric facilities generates sudden changes in river flows and can affect the composition, abundance and structure of fish and invertebrate populations over long distances. To assess the level of hydrological alteration, as a factor of risk of biological impacts, a synthetic indicator was developed. Based on the analysis of 97 hydrometric stations and 1 575 years of unaltered flow data, rates of change in flow were calculated. Formulas representing the fastest natural variations, depending on the mean stream flow, the type of variation (increase or decrease) and the range of variation were established. Based on the analysis of 80 hydrometric stations and 491 years of flow data affected by hydropeaking, a method was developed to identify hydropeaks, essentially defined as variations with a rate of change greater than the maximum natural value computed using the formulas. A synthetic indicator differentiating five levels of hydrological alteration was developed using linear discriminant analysis based on five parameters characterizing hydropeaking regimes. Examples show that this indicator is sensitive to changes in the management of hydroelectric facilities and provides information on the spatial and temporal evolutions in hydropeaking regimes, including the progressive attenuation during downstream propagation.
Published: 2021

39. Modelling past migrations to determine efficient management rules favouring silver eel escapement from a large regulated Floodplain Lake

Author: Jacques Bourgeaux, Nils Teichert, Jean-Marc Gillier, Valentin Danet, Eric Feunteun, Anthony Acou, Fabien Charrier, Virgile Mazel, Alexandre Carpentier, Thomas Trancart, Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), École polytechnique (X), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Société Nationale pour la Protection de la Nature (SNPN), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA), Pôle OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Fish Pass, Université de Rennes (UR), and Agence de l'Eau Loire Bretagne, Region Pays de Loire, DREAL des Pays de la Loire, Syndicat de Bassin Versant de Grand-Lieu
Subjects: Fish migration, Eel conservation, Ecology, Predictive model, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Reservoir management, Nature and Landscape Conservation
Abstract: International audience; As human activities caused a dramatic decline of European eel population since the 1970 s, the European Union has set targets to ensure a 40% escapement to the sea of the silver eel biomass by considerably reducing anthropogenic impact. Thus, human obstacles to fish migration like dams and hydropower plants should enable efficient management measures ensuring safe passage for eels during the migration. In order to provide a quick and efficient assessment of eel conservation measure applied to the sluice gates of a large floodplain lake, we implemented a novel evaluation method using predictions on past migration seasons when no management measure were applied. For this purpose, we collected acoustic telemetry monitoring data over three migration seasons and fitted a predictive model based on Boosted Regression Trees (BRTs) to describe the influence of environmental parameters on migration. The water level difference over two days proved to be decisive, along with early migration occasions in the season, as an increase of at least 10 cm water level was associated with a sharp increase of migration probability. We then used the BRT model to predict migration occasions at the dam over 8 past seasons and forecast the impact on escapement of management measures if they had been applied. Thanks to this original prospective assessment of dam management measures, we identified an enhanced opening decision rule, capable of increasing the eel escapement for each year of the study. The management measure is particularly efficient during the years with poor hydrological conditions (i.e. droughts), that is the periods with the lowest initial escapement rates. Finally, efficient management measures to increase silver eel escapement were based on increasing the number of gate opening days by only a few days per year (c.a. 15%). However, the management measure only focused on silver eel migration, so that further investigations should consider the impacts of other threats occurring during the life cycle. This study also provides a highly operational approach for fast evaluation of conservation measures, avoiding lengthy and expensive monitoring campaigns of classical ex-post assessments.
Published: 2022

40. Synthèse sur l’état des populations, des pressions et des modalités de gestion du Saumon Atlantique en France

Author: André, Guirec, Guillerme, Noémie, Charles, Maud, Clermont-Ledez, Yohann, Legrand, Marion, Chapon, Pierre-Marie, Beaulaton, Laurent, Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Association Loire Grands Migrateurs (LOGRAMI), Association pour la gestion et la restauration des poissons migrateurs du bassin de la Loire, Office français de la biodiversité (OFB), and Beaulaton, Laurent
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, monitoring, répartition, Salmo salar, front de colonisation, réglementation, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, description des populations
Abstract: Atlantic salmon (Salmo salar) has declined significantly over the last century, and the situation is concerning over his entire distribution area. This report aims to make an overview of the regulatory framework, the state of populations in France by basin and to broach the main pressures affecting wild populations. This overview shows heterogeneous situations between different basins, in terms of distributions, stocks and biological characteristics. The more established populations are found in Brittany, Normandy and Adour; the situation remains concerning in the others basins. A decrease in size and weight of returning adults is observed over all the distribution area, but the Rhine catchment. The proportion of Multi-sea-winters salmon is decreasing over several basins, in particular over Brittany and Normandy.; Le saumon atlantique (Salmo salar) a connu un déclin important depuis le siècle dernier et présente aujourd’hui une situation préoccupante en France et dans le reste de son aire de répartition. Ce présent rapport a pour objectif de présenter le contexte réglementaire, d'établir un état par bassin des populations de saumon atlantique en France et d'aborder les principales pressions impactant les populations sauvages. Cette synthèse montre des situations hétérogènes sur la situation du saumon atlantique entre les différents bassins français, en termes de répartition, de stocks et de caractéristiques biologiques. Les populations les mieux établies sont aujourd'hui retrouvées en Bretagne, en Normandie et dans l'Adour ; la situation reste préoccupante dans les autres bassins. Une diminution de la taille et du poids des adultes de retour est observée de manière générale, excepté sur le Rhin. Une tendance à la baisse de la proportion de saumons ayant passé plusieurs hivers en mer est constatée notamment en Bretagne et en Seine-Normandie.
Published: 2021

41. Rapport final des travaux liés à la convention 1078068

Author: Druet, Morgan, Rault, Pablo, Acou, Antony, Azam, Didier, Bardonnet, Agnes, Lasne, Emilien, Evanno, Guillaume, Feunteun, Eric, LAUNEY, Sophie, Lizé, Anne, Martignac, François, Nevoux, Marie, Prod’homme, Jordane, Emma, Robin, TEICHERT, Nils, Petit, Eric, Marchand, Frédéric, Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Agence de l'Eau Seine-Normandie (AESN), dans le cadre du Programme Sélune, Agence de l'Eau Seine-Normandie, Pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)
Subjects: Sélune, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Published: 2021

42. Molecular detection of the swim bladder parasite Anguillicola crassus (Nematoda) in fecal samples of the endangered European eel Anguilla anguilla

Author: Anthony Acou, Thibaut Jousseaume, Eric Feunteun, Jean-Marc Roussel, Agnès Bardonnet, Sophie Launey, Elsa Amilhat, Elisabeth Faliex, Laurent Beaulaton, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Agence Française de la Biodiversité (grant AFB-INRA_2017_035_01), Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)
Subjects: Male, 030231 tropical medicine, prevalence, Endangered species, Zoology, Biology, 030308 mycology & parasitology, invasive species, Feces, Fish Diseases, 03 medical and health sciences, Critically endangered, 0302 clinical medicine, Swim bladder, Animals, IUCN Red List, Parasite hosting, 14. Life underwater, 0303 health sciences, Air Sacs, General Veterinary, Reproduction, General Medicine, Anguilla, biology.organism_classification, degraded DNA, Dracunculoidea, Infectious Diseases, Nematode, Insect Science, Microsatellite, parasite infection, Female, Parasitology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; The European eel Anguilla anguilla is listed as critically endangered by the IUCN. Among many threats, the introduced parasitic nematode Anguillicola crassus is suspected to alter the eels’ swim bladder and jeopardize their reproductive oceanic migration. To date, gaining knowledge about the distribution and prevalence of A. crassus requires individual sacrifice (over 50,000 eels were sacrificed for epidemiology studies since 2010). This paper describes a non-lethal molecular protocol for identifying prevalence of A. crassus in A. anguilla, based on searching for A. crassus DNA in the feces of eels. Tests using three DNA microsatellite markers specific to the nematode showed that molecular detection provided similar results to visual examination of the swim bladder in up to 80% of the cases, and allowed for comparison of prevalence among sites. Easy to implement, this non-lethal protocol for detecting A. crassus could be valuable for management plans of this endangered species.
Published: 2021

43. Shedding light on the river and sea lamprey in western European marine waters

Author: Anthony Acou, Etienne Rivot, Sophie A. M. Elliott, Elodie Réveillac, Laurent Beaulaton, Noémie Deleys, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), VIGIES, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Office français de la biodiversité (OFB), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, Ecology (disciplines), Anthropogenic pressure, Population, Endangered species, Growth, Distribution, Surveys, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 14. Life underwater, education, Semelparity and iteroparity, Migration, Nature and Landscape Conservation, education.field_of_study, Fish migration, biology, Lamprey, Ecology, Phenology, 010604 marine biology & hydrobiology, Botany, biology.organism_classification, Fishery, Geography, QL1-991, QK1-989, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Zoology
Abstract: Lampreys are ancestral jawless vertebrates with particularly complex life histories. Population declines resulting from increased anthropogenic pressure have been observed. For semelparous diadromous lampreys, the marine phase remains largely a black box, making targeted management and conservation measures difficult to implement. Here, we collated a database of 168904 hauls from both fisheries-dependent and fisheries-independent surveys between 1965 and 2019. Lampreys were observed in only 254 hauls (20 cm) and occurred in autumn, indicating inshore migration. Our observations provide insight into the ecology of lampreys at sea and highlight study locations and gear types, which may be more pertinent for future research. Greater awareness is needed during surveys to collate catch information on lampreys and improve understanding of their ecology and phenology at sea.
Published: 2021

44. Taking full advantage of the diverse assemblage of data at hand to produce time series of abundance. A case study on Atlantic salmon populations of Brittany

Author: Clément Lebot, Marie Nevoux, Etienne Rivot, Etienne Prévost, Gaelle Germis, Marie-Andrée Arago, Laurent Beaulaton, Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Bretagne Grands Migrateurs (BGM), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 0106 biological sciences, Series (stratigraphy), [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, Data Collection, Environmental Covariates, [SDV]Life Sciences [q-bio], Time Series, Aquatic Science, Bayesian Modelling, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Britanny -- France, Full Advantage, Hierarchical Bayesian, Geography, Abundance (ecology), Clear Trend, Fishing Effort, Assemblage (archaeology), Wild Populations, 14. Life underwater, Atlantic Salmon, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
Abstract: Estimation of abundance with wide spatiotemporal coverage is essential to the assessment and management of wild populations. But, in many cases, data available to estimate abundance time series have diverse forms, variable quality over space and time and they stem from multiple data collection procedures. We developed a hierarchical Bayesian modelling (HBM) approach that take full advantage of the diverse assemblage of data at hand to estimate homogeneous time series of abundances irrespective of the data collection procedure. We apply our approach to the estimation of adult abundances of 18 Atlantic salmon (Salmo salar) populations of Brittany (France) from 1987 to 2017 using catch statistics, environmental covariates, and fishing effort. Additional data of total or partial abundance collected in four closely monitored populations are also integrated into the analysis. The HBM framework allows the transfer of information from the closely monitored populations to the others. Our results reveal no clear trend in the abundance of adult returns in Brittany over the period studied. lations d'animaux sauvages. Dans de nombreux cas, toutefois, les donnees disponibles pour l'estimation de series chronologidifferentes procedures. Nous avons elabore une approche de modelisation bayesienne hierarchique (MBH) pour tirer pleinement parti de l'assemblage varie de donnees disponibles pour estimer des series chronologiques homogenes d'abondance, quelle que soit la procedure de collecte de donnees. Nous appliquons l'approche a l'estimation de l'abondance d'adultes dans 18 populations de saumon atlantique (Salmo salar) de Bretagne (France) de 1987 a 2017, en utilisant des statistiques sur les prises, des covariables faisant l'objet d'une surveillance etroite sont aussi integrees a l'analyse. Le cadre de MBH permet le transfert d'information l'abondance des adultes de retour en Bretagne au cours de la periode etudiee. [Traduit par la Redaction], L’estimation de l’abondance à vaste couverture spatiotemporelle est nécessaire pour l’évaluation et la gestion de populations d’animaux sauvages. Dans de nombreux cas, toutefois, les données disponibles pour l’estimation de séries chronologiques d’abondance prennent différentes formes, sont de qualité variable dans le temps et l’espace et ont été obtenues par différentes procédures. Nous avons élaboré une approche de modélisation bayésienne hiérarchique (MBH) pour tirer pleinement parti de l’assemblage varié de données disponibles pour estimer des séries chronologiques homogènes d’abondance, quelle que soit la procédure de collecte de données. Nous appliquons l’approche à l’estimation de l’abondance d’adultes dans 18 populations de saumon atlantique (Salmo salar) de Bretagne (France) de 1987 à 2017, en utilisant des statistiques sur les prises, des covariables environnementales et l’effort de pêche. D’autres données sur l’abondance totale ou partielle obtenues pour quatre populations faisant l’objet d’une surveillance étroite sont aussi intégrées à l’analyse. Le cadre de MBH permet le transfert d’information sur des populations étroitement surveillées aux autres populations. Nos résultats ne font ressortir aucune tendance nette de l’abondance des adultes de retour en Bretagne au cours de la période étudiée. [Traduit par la Rédaction]
Published: 2021

45. Le Saumon Rose (Oncorhynchus gorbuscha, Walbaum, 1792). Conduite à tenir et éléments d'écologie

Author: Beaulaton, Laurent, Josset, Quentin, Baglinière, Jean-Luc, Office français de la biodiversité (OFB), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), OFB, INRAE, INSTITUT AGRO, and UPPA
Subjects: Oncorhynchus gorbuscha, saumon rose du pacifique, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: Le saumon rose (Oncorhynchus gorbuscha, Walbaum, 1792) est l’espèce la plus abondante des 6 espèces de saumon du pacifique. Elle a un cycle de vie d’une durée quasi-stricte de 2 ans. Les adultes ont en moyenne une taille de 50 cm pour un poids moyen de 2 kg.L’espèce a été introduite au milieu du XXe siècle dans les eaux européennes. La souche la plus importante est celle des années impaires. La vague de migration de l’année 2017 a été particulièrement abondante et a touché des zones géographiques jusqu’alors non colonisées, dont la France.Afin de surveiller la progression de l’espèce en France, nous indiquons la conduite à tenir en cas d’observation ou de capture.
Published: 2021

46. Pôle Gestion des Migrateurs Amphihalins dans leur Environnement -MIAME. Rapport d'activité 2020

Author: Roussel, Jean-Marc, Beaulaton, Laurent, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), OFB, Inrae, Institut Agro - Agrocampus Ouest, UPPA, and Beaulaton, Laurent
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: Le Pôle sur les Migrateurs Amphihalins regroupe quatre organismes (OFB, INRAE, Institut Agro et Université de Pau et des Pays de l’Adour), soit 35 agents titulaires participant au niveau national en 2019, année de lancement. Les travaux ont une vocation opérationnelle pour la gestion de cette biodiversité remarquable de poissons et macrocrustacés, ainsi que les écosystèmes continentaux, estuariens et marins qui l’abritent, en métropole et outre-mer. Sur cette thématique, les missions concernent la recherche-développement, l’expertise, le pilotage des observatoires nationaux, la centralisation des connaissances, le développement de sites pilotes, l’innovation-transfert et la formation. Le Pôle fait l’objet d’une convention de coopération public-public entre les organismes constitutifs, qui couvre la période 2019-2024. Ce rapport présente l’organisation du Pôle et les activités développées au cours de l’année 2020.
Published: 2021

47. Compte rendu de l'atelier national « espèces non indigènes » (ENI), 14.10.2021, MNHN Paris

Author: Antajan, Elvire, Auby, Isabelle, Bernard, Guillaume, Bouchet, Vincent, Burel, Thomas, Charmasson, Julie, Curd, Amelia, Dauvin, Jean-Claude, Delaquaize, François, Duron, Noémie, Gouillieux, Benoît, Goulletquer, Philippe, Guérin, Laurent, Humbert, Suzie, Janson, Anne-Laure, Jourde, Jérôme, Lavesque, Nicolas, Duff, Michel Le, Garrec, Vincent Le, Lizinska, Anna, Massé, Cécile, Nowaczyk, Antoine, Pepin, Jean-François, Pezy, Jean-Philippe, Pisanu, Benoît, Quemmerais, Frédéric, Raybaud, Virgine, Rignault, Océane, Sarat, Emmanuelle, Serranito, Bruno, Souquière, Anne, Spilmont, Nicolas, Thibault, Delphine, Viard, Frédérique, Vincent, Dorothée, Zanuttini, Cyrielle, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Office français de la biodiversité (OFB), Laboratoire d'Ecologie Benthique Côtière (LEBCO), Dynamiques des Écosystèmes Côtiers (DYNECO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais (LERPC), LITTORAL (LITTORAL), Ecology and Conservation Science for Sustainable Seas (ECOSEAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), PatriNat (OFB-CNRS-MNHN), Ifremer, and EPOC
Subjects: [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Published: 2021

48. Rapport d’activité de l’Observatoire Long Terme de la Bresle. Année 2020

Author: Josset, Quentin, Aurélie, Flesselle, Bernardin, Anaïs, Macquet, Tony, Petit, Laurent, Lecoeur, Lucie, Josset, Quentin, pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Syndicat mixte d'aménagement, de gestion et de valorisation du bassin de la Bresle (SMAB), OFB, INRAE, and SMAB
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Published: 2021

49. Spatial and Temporal Variability of Diffusive CO 2 and CH 4 Fluxes From the Amazonian Reservoir Petit‐Saut (French Guiana) Reveals the Importance of Allochthonous Inputs for Long‐Term C Emissions

Author: Régis Vigouroux, Fanny Colas, Jean-Marc Baudoin, Martin Daufresne, Frederick Jacob, Lucie Buchet, Angelique Bonnet, Vincent Chanudet, Risques, Ecosystèmes, Vulnérabilité, Environnement, Résilience (RECOVER), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hydro Engineering Centre, EDF (EDF), Pôle Écla - écosystèmes lacustres (ECLA), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), HYDRECO GUYANE FRA, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Office français de la biodiversité (OFB), and HYDRECO
Subjects: tropical forest, Atmospheric Science, Global and Planetary Change, reservoir, 010504 meteorology & atmospheric sciences, variability, Amazonian, 010501 environmental sciences, 15. Life on land, Atmospheric sciences, Tropical forest, 01 natural sciences, 6. Clean water, Term (time), 13. Climate action, Greenhouse gas, greenhouse gases, [SDE]Environmental Sciences, Environmental Chemistry, Environmental science, 0105 earth and related environmental sciences, General Environmental Science
Abstract: International audience; Variability in greenhouse gas emissions from reservoirs creates uncertainty in global estimates of C emissions from reservoirs. This study examines the temporal and spatial variability in CO2 and CH4 surface water concentrations and diffusive fluxes from an Amazonian reservoir using an original data set combining both a high temporal (1 central site × 22 years) and spatial (44 sites × 1 season) resolution monitoring. The gas concentrations at the central site decreased over time and suggested reduced bioavailability of C in the initial flooded soil but exhibited strong seasonal variation. Not accounting for this variability may result in uncertainties in estimates of annual concentrations (ranging from −68.9% to +260% for CH4 and from −71.5% to +156% for CO2) and thus in estimates of diffusive gas emissions. Gas concentrations and diffusive fluxes exhibited high spatial variability in the reservoir, 24 years after impoundment. In particular, diffusive fluxes were higher in littoral and transitional areas than in open areas, suggesting a large contribution of allochthonous C to current gaseous emissions. Not accounting for this spatial variability in diffusive fluxes may underestimate the total emissions expressed in CO2 equivalents from the whole reservoir by 50.7%. Our study stresses the importance of well‐resolved temporal and spatial monitoring to provide reliable estimated of C emissions and a comprehensive understanding of the processes involved; both of these inputs are needed to support decision‐making for developing energy strategies.
Published: 2020

50. Assessment of the quality of European silver eels and tentative approach to trace the origin of contaminants -An European overview

Author: Paco Bustamante, Claude Belpaire, Michael Ingemann Pedersen, Gregory E. Maes, Elsa Amilhat, Laure Virag, Gustavo Becerra-Jurado, Elisabeth Faliex, Kim Aarestrup, Catherine Boisneau, Javier Lobón-Cerviá, Anthony Acou, Govindan Malarvannan, Eric Feunteun, Alan Walker, Lieven Bervoets, David Righton, Clarisse Boulenger, Niklas Sjöberg, Håkan Wickström, Thomas Trancart, Russell Poole, Adrian Covaci, Paddy Gargan, Bastien Bourillon, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), INBO - Research Institute for Nature and Forest, Research Institute for Nature and Forest (INBO), University of Antwerp (UA), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), DTU Aqua, National Institute of Aquatic Resources, Technical University of Denmark [Lyngby] (DTU), Cités, Territoires, Environnement et Sociétés (CITERES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours, Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Inland Fisheries Ireland, Institute for European Environmental Policy, National Museum of Natural Sciences, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Faculty of Bioscience Engineering, Department of Biosystems, Division of Gene Technology, Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Center for Human Genetics, University of Leuven School of Medicine, SCHOOL of MEDICINE [Louvain], Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL)-Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Centre for Sustainable Tropical Fisheries and Aquaculture - Comparative Genomics Centre - College of Science and Engineering, James Cook University, Marine Institute [Ireland], Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science [Lowestoft] (CEFAS), European Project: 212133,EC:FP7:ENV,FP7-ENV-2007-1,EELIAD(2008), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (DTU), Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), James Cook University (JCU), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours (UT)
Subjects: Pollution, Environmental Engineering, 010504 meteorology & atmospheric sciences, media_common.quotation_subject, Lipid energy, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Freshwater ecosystem, Anguillicola crassus, SDG 3 - Good Health and Well-being, Biomonitoring, Animals, Humans, Environmental Chemistry, 14. Life underwater, Biology, Waste Management and Disposal, Ecosystem, Flame Retardants, 0105 earth and related environmental sciences, media_common, SDG 15 - Life on Land, Pollutant, Managemen, Eels, Contamination, Anguilla, Polychlorinated Biphenyls, Bioaccumulation, 6. Clean water, Management, Europe, Fishery, Chemistry, Lipd energy, Bioindicators, Environmental science, Female, [SDV.TOX.ECO]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, Bioindicator
Abstract: The European eel is critically endangered. Although the quality of silver eels is essential for their reproduction, little is known about the effects of multiple contaminants on the spawning migration and the European eel management plan does not take this into account. To address this knowledge gap, we sampled 482 silver eels from 12 catchments across Europe and developed methods to assess three aspects of eel quality: muscular lipid content (N = 169 eels), infection with Anguillicola crassus (N = 482), and contamination by persistent organic pollutants (POPs, N = 169) and trace elements (TEs, N = 75). We developed a standardized eel quality risks index (EQR) using these aspects for the subsample of 75 female eels. Among 169 eels, 33% seem to have enough muscular lipids content to reach the Sargasso Sea to reproduce. Among 482 silver eels, 93% were infected by A. crassus at least once during their lifetime. All contaminants were above the limit of quantification, except the 1,2-bis(2,4,6-tribromophenoxy)ethane (BTBPE), Ag and V. The contamination by POPs was heterogeneous between catchments while TEs were relatively homogeneous, suggesting a multi-scale adaptation of management plans. The EQR revealed that eels from Warwickshire were most impacted by brominated flame-retardants and agricultural contaminants, those from Scheldt were most impacted by agricultural and construction activities, PCBs, coal burning, and land use, while Frémur eels were best characterized by lower lipid contents and high parasitic and BTBPE levels. There was a positive correlation between EQR and a human footprint index highlighting the capacity of silver eels for biomonitoring human activities and the potential impact on the suitability of the aquatic environment for eel population health. EQR therefore represents a step forward in the standardization and mapping of eel quality risks, which will help identify priorities and strategies for restocking freshwater ecosystems., The EELIAD project was funded by the European Union FP7 researchprogram on environment (Grant agreement No. GOCE-2008212133, EU-EELIAD 2008-2012).
Published: 2020

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