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11. How to name those to blame: A practical taxonomical study of the Xanthomonas causing bacterial leaf spot of lettuce has major consequences for the boundaries delimitation of X. hortorum

Author

Morinière, Lucas, Burlet, Alexandre, Rosenthal, Emma, Nesme, Xavier, Portier, Perrine, Bull, Carolee, Lavire, Céline, Fischer-Le Saux, Marion, Bertolla, Franck, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Station expérimentale Rhône-Alpes et Information Légumière, SERAIL, Department of Plant pathology and Environmental Microbiology, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System-Penn State System, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

International audience; Assessment of the taxonomy and diversity of the Xanthomonas strains causing bacterial leaf spot of lettuce (BLSL), commonly referred to as X. campestris pv. vitians, has been a long-lasting issue which held back the global efforts made to understand this pathogen. In order to provide a sound basis essential to its study, we conducted a polyphasic approach on a panel of strains obtained through sampling campaigns or acquired from collections. Results of a multilocus sequence analysis combined with phenotypic assays revealed that the pathotype strain of X. campestris pv. vitians does not match the description of the nomenspecies provided by Brown in 1918 [1]. However, LMG 938 = CFBP 8686 does fit this description. Therefore, we propose that LMG 938 = CFBP 8686 replaces LMG 937 = CFBP 2538 as pathotype strain of X. campestris pv. vitians. Then, overall genome relatedness indices (OGRIs) calculations and crossed-pathogenicity assays on lettuce allowed to validate the nomenclature X. hortorum pv. vitians comb. nov. originally proposed by Vauterin et al. in 1995 [2]. Interestingly, genome-based phylogenies exhibited an evolutionary continuum between closely related species X. hortorum and X. cynarae, confirmed by multiple OGRIs calculations between all the taxonomically relevant members of these two species. Phenotypic profiles characterized with Biolog GEN III microplates did not reveal any stable diagnostic traits legitimizing the distinction into two different species but a strong stable core phenotype. Thus, to be in accordance with nowadays standards in bacterial taxonomy and with respect to the global taxonomical framework of the genus Xanthomonas [3, 4], we propose the new combination of X. hortorum Vauterin et al. 1995 and X. cynarae (Trébaol 2000) Timilsina et al. 2018 into a new X. hortorum comb. nov. This new stable species would allow to integrate new uncharacterized members of X. hortorum isolated over the years on a wide range of host plants, making it a promising model for the study of genomic and ecologic determinants underlying adaptation to host plants. 1. Brown NA. Some bacterial diseases of lettuce. J Agric Res 1918;13:367. 2. Vauterin L, Hoste B, Kersters K, Swings J. Reclassification of Xanthomonas. Int J Syst Evol Microbiol 1995;45:472-489. 3. Chun J, Oren A, Ventosa A, Christensen H, Arahal DR, et al. Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol 2018;68:461-466. 4. Rosselló-Móra R, Amann R. Past and future species definitions for Bacteria and Archaea. Syst Appl Microbiol 2015;38:209-216.

Published
2020

12. Saisine relative à une demande d’avis sur la période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author

Deberdt, Péninna, Legrand, Philippe, Manceau, Charles, Nesme, Xavier, Olivier, Valérie, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone-Sereno, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Gachet, Emmanuel, Tayeh, Christine, Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Unité de quarantaine (LSV Clermont-Ferrand), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Retraitée, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de bactériologie, virologie, OGM (BVO), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania = University of Catania (Unict), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Anses, Contrat : 2019-SA-0050, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-10

Subjects
Xylella fastidiosa, période asymptomatique, latent infection, Citrus, survival period, période de latence, sub-species pauca, latence period, timing symptoms appearance, symptoms appearance, période d’incubation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, asymptomatic period, sub-species multiplex, période endophytique, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, sous-espèce pauca, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, endophytic period, sous-espèce multiplex, incubation period
Abstract

La bactérie Xylella fastidiosa, sous-espèce multiplex, a été identifiée pour la première fois en France en 2015. Aujourd’hui, elle est établie dans certaines communes du littoral méditerranéen de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur et dans la région Corse, pour laquelle une stratégie d’enrayement est en place depuis janvier 2018.La décision d’exécution 2015/789/UE modifiée précise les dispositions visant à empêcher d’autres introductions de la bactérie Xylella fastidiosa ainsi que sa propagation dans l’UE. Conformément à l'article 9.1 de cette décision, les mouvements de végétaux spécifiés (la liste des espèces spécifiées est précisée en annexe I de la décision d’exécution 2015/789/UE) en dehors des zones délimitées (la définition d’une zone délimitée est précisée à l’article 4 de la décision d’exécution 2015/789/UE), sont interdits. Par dérogation, l’article 9.2 définit des conditions permettant à l'autorité compétente d’autoriser un opérateur à déplacer des végétaux spécifiés hors de zones délimitées. Parmi ces dispositions1, l’obligation de maintenir sous protection matérielle (en conditions « insect-proof » permanentes) le site de production du végétal spécifié pendant toute la durée de culture pose des difficultés de mise en œuvre. De ce fait, aucune dérogation n’a été délivrée, à ce jour, en France. Cela se traduit notamment par des pertes de marchés et des baisses du chiffre d'affaires chez les professionnels concernés pouvant aller jusqu'à 50 %.

Published
2020

13. Stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author

Verdin, Eric, Sicard, Anne, Gentzbittel, Laurent, Legendre, Bruno, Suffert, Frédéric, Thébaud, Gaël, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Helene, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Herve, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Nesme, Xavier, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Tassus, Xavier, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, ANSES - Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (ANSES), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania [Catania], Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Unité de recherche d'Agronomie (UA), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, Contrat : 2018-SA-0248, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-29

Subjects
Xylella fastidiosa, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, olivier, Antibes, gestion, Menton, France, olive tree, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, management, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

AVIS de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail relatif à « la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa ». L’Anses a été saisie le 26 novembre 2019 par la Direction générale de l’alimentation pour la réalisation de l’expertise suivante : demande d’avis relatif à la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa.

Published
2020

14. Période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus

Author

Deberdt, Péninna, Legrand, Philippe, Manceau, Charles, Nesme, Xavier, Olivier, Valérie, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Gachet, Emmanuel, Tayeh, Christine, Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Università degli studi di Catania [Catania], Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, Contrat : 2019-SA-0050, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-10

Subjects
Xylella fastidiosa, période asymptomatique, latent infection, Citrus, survival period, période de latence, sub-species pauca, latence period, timing symptoms appearance, symptoms appearance, période d’incubation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, asymptomatic period, sub-species multiplex, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, période endophytique, sous-espèce pauca, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, endophytic period, sous-espèce multiplex, incubation period
Abstract

AVIS de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail relatif à une « Demande d’avis de l’Anses sur la période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus »

Published
2020

15. Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine : Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author

Verdin, Eric, Gentit, Pascal, Steyer, Stéphan, Wetzel, Thierry, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Helene, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Herve, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Nesme, Xavier, Robin, Marie-Hélène, Verheggen, François, and Tayeh, Christine

Subjects
risque phytosanitaire, virus phytopathogène, analyse de risques, description de symptomes, Vegetal Biology, tomato brown rugose fruit virus, tobamovirus, tomate, piment, résistance, dissémination, semences, évaluation du risque, Phytopathology and phytopharmacy, état de l'art, Virologie, maladie émergente, culture legumiere, expertise scientifique, Phytopathologie et phytopharmacie, filière économique, Virology, pathologie végétale, épidémie, Biologie végétale
Published
2020

17. Potential of a 16S rRNA-based taxonomic microarray for analyzing the rhizosphere effects of maize on Agrobacterium spp. and bacterial communities

Author

Sanguin, Herve, Remenant. Benoit, Dechesne, Arnaud, Thioulouse, Jean, Vogel, Timothy L., Nesme, Xavier, Moenne-Loccoz, Yvan, and Grundmann, Genevieve L.

Subjects
Agrobacterium tumefaciens -- Genetic aspects, Ribosomal RNA -- Research, Ribosomal RNA -- Structure, Rhizosphere -- Research, Soil biology -- Research, Biological sciences
Abstract

Bacterial diversity is central to ecosystem sustainability and soil biological function, for which the role of roots is important and the high-throughput analysis of potential of taxonomic microarray should match the breadth of bacterial diversity. The power of this technology was evidenced through methodological verifications and analysis of maize rhizosphere effect based on a 16S rRNA-based microarray developed from the prototype of H.

Published
2006

22. Novel tellurite-amended media and specific chromosomal and Ti plasmid probes for direct analysis of soil populations of Agrobacterium biovars 1 and 2

Author

Mougel, Christophe, Cournoyer, Benoit, and Nesme, Xavier

Subjects
Agrobacterium tumefaciens -- Analysis, Bacteriology, Agricultural -- Equipment and supplies, Tellurium -- Usage, Culture media (Biology) -- Evaluation, Biological sciences
Abstract

Use of the tellurium mineral compound tellurite is evaluated as a selective agent and media supplement for analyzing agrobacteria. The agrobacteria grown on tellurite-amended media were confirmed as bona fide Agrobacterium colonies via 16S ribosomal DNA probes, suggesting that the use of tellurite is effective.

Published
2001

23. Clarifying the taxonomy of the causal agent of bacterial leaf spot of lettuce through a polyphasic approach reveals that Xanthomonas cynarae Trébaol et al. 2000 emend. Timilsina et al. 2019 is a later heterotypic synonym of Xanthomonas hortorum Vauterin et al. 1995

Author

Morinière, Lucas, primary, Burlet, Alexandre, additional, Rosenthal, Emma R., additional, Nesme, Xavier, additional, Portier, Perrine, additional, Bull, Carolee T., additional, Lavire, Céline, additional, Fischer-Le Saux, Marion, additional, and Bertolla, Franck, additional

Published
2020
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24. Plant genome complexity may be a factor limiting in situ the transfer of transgenic plant genes to the phytopathogen Ralstonia solanacearum

Author

Bertolla, Franck, Pepin, Regis, Passelegue-Robe, Paget, Eric, Simkin, Andrew, Nesme, Xavier, and Simonet, Pascal

Subjects
Genomes -- Analysis, Eukaryotic cells -- Genetic aspects, Prokaryotes -- Genetic aspects, Genetically modified plants -- Research, Bacterial genetics -- Analysis, Biological sciences
Abstract

Research demonstrates that effective transfer of eukaryotic genes to prokaryotic systems is influenced by the ratio of eukaryotic genome complexity and the number copies of the transgene as shown in a study involving transfer of plant genes into Ralstonia solanacearum bacteria.

Published
2000

25. Quantification of bias related to the extraction of DNA directly from soils

Author

Frostegard, Asa, Courtois, Sophie, Ramisse, Vincent, Clerc, Sylvie, Bernillon, Dominique, LeGall, Francoise, Jeannin, Pascale, Nesme, Xavier, and Simonet, Pascal

Subjects
DNA -- Research, Soil microbiology -- Research, Microorganisms -- Identification and classification, Polymerase chain reaction -- Evaluation, Biological sciences
Abstract

A means of quantifying bias related to the direct extraction of DNA from soils to detect microorganisms has been developed. To identify and quantify the biases of various methods to develop the most favorable or the least unfavorable protocol, three types of experiments were run using a range of soils with various clay and organic matter contents. Different purification methods were studied. The PCR methods were optimized to develop a protocol based on hybridization of the PCR products and quantification by phosphorimaging.

Published
1999

28. Who’s who : Resolving the taxonomy of the causal agent of bacterial leaf spot of lettuce through a polyphasic approach leads to combine Xanthomonas hortorum Vauterin et al. 1995 and Xanthomonas cynarae (Trébaol 2000) Timilsina et al. 2018

Author

Morinière, Lucas, Burlet, Alexandre, Rosenthal, Emma, Nesme, Xavier, Portier, Perrine, Bull, Carolee, Lavire, Céline, Fischer-Le Saux, Marion, Bertolla, Franck, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Station expérimentale Rhône-Alpes et Information Légumière, SERAIL, Department of Plant pathology and Environmental Microbiology, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System-Penn State System, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA)

Subjects
taxonomy, [SDV]Life Sciences [q-bio], Xanthomonas hortorum, Xanthomonas cynarae, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, bacterial leaf spot of lettuce, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

International audience; Assessment of the taxonomy and diversity of the Xanthomonas strains causing bacterial leaf spot of lettuce (BLSL), commonly referred as Xanthomonas campestris pathovar vitians, has been a long-lasting issue which held back the global efforts made to understand this disease and struggle against the damages it causes in the field. In order to restore sane bases essential to the study of this pathogen, we conducted an extensive polyphasic approach on a panel of strains obtained through sampling campaigns or collection strains acquisitions. Results of a multilocus sequence analysis crossed with pathogenicity assays revealed that BLSL-causing strains formed a monophyletic pathovar sparsely diversified in three clonal groups. However, genome-based phylogenies yielded only two major groups of strains. From the bigger picture perspective, phylogenies exhibited the intermediate position of pathovar vitians between close species X. hortorum and X. cynarae, resulting in a phylogenetic continuum regarding the known diversity of the genus. Finally, whole-genome comparisons of all type, pathotype or representative strains of these two species by multiple overall genome relatedness indices (OGRIs) calculation endorsed the hypothesis of one single specie. Carbon and nitrogen sources utilization tested using Biolog microplates did not revealed any particular phenotypic differences which would have legitimate the distinction into two species. Therefore, we propose the combination of X. hortorum, X. cynarae and X. campestris pv. vitians into a new X. hortorum comb. nov. with CFBP 4925 T = LMG 937 T remaining the type strain, and LMG 938 neoPT = NCPB 2248 neoPT becoming the pathotype strain of X. hortorum pv. vitians.

Published
2019

29. Maladie du huanglongbing: Analyse du risque phytosanitaire pour l’Union européenne

Author

Silvie, Pierre, Cellier, Gilles, Gentzbittel, Laurent, Martin, Pierre, Milagros - Lopez, Maria, Ryckewaert, Philippe, Sauvion, Nicolas, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Bolivie]), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias - Institut Valencià d'Investigacions Agraries - Valencian Institute for agricultural Research (IVIA), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), UMR Résistance des plantes aux bioagresseurs, Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2016-SA-0235, Superviseur : Pierre Silvie, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2016-10-31

Subjects
risque phytosanitaire, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, dissémination, huanglongbing, expertise scientifique, phytopathogenic bacteria, Trioza erytreae, Candidatus Liberibacter africanus, plant introduction, introduction de plantes, Citrus spp, Union européenne, Rutaceae, Candidatus Liberibacter asiaticus, pathologie végétale, bactérie phytopathogène, analyse de risques, état de l'art, Candidatus Liberibacter americanus, analyse de risque phytosanitaire (ARP), région méditerrannéenne, insect vectors, vecteur de transmission des maladies, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Murraya paniculata, filière économique, HLB, agrume, Diaphorina citri, outbreaks, psylle vecteur, insecte vecteur, épidémie
Abstract

Maladie du huanglongbing. Analyse du risque phytosanitaire pour l’Union européenne

Published
2019

30. Maladie du huanglongbing

Author

Silvie, Pierre, Cellier, Gilles, Gentzbittel, Laurent, Martin, Pierre, Milagros - Lopez, Maria, Ryckewaert, Philippe, Sauvion, Nicolas, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone-Sereno, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
risque phytosanitaire, dissémination, huanglongbing, expertise scientifique, phytopathogenic bacteria, Trioza erytreae, Candidatus Liberibacter africanus, plant introduction, introduction de plantes, Citrus spp, Union européenne, Rutaceae, Candidatus Liberibacter asiaticus, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, bactérie phytopathogène, analyse de risques, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, état de l'art, Candidatus Liberibacter americanus, analyse de risque phytosanitaire (ARP), région méditerrannéenne, insect vectors, vecteur de transmission des maladies, Murraya paniculata, filière économique, HLB, agrume, Diaphorina citri, outbreaks, psylle vecteur, insecte vecteur, épidémie
Abstract

Maladie du huanglongbing. Analyse du risque phytosanitaire pour l’Union européenne

Published
2019

33. Résistance de la variété Platanor contre Ceratocystis platani: Evaluation des résultats d'expérimentation de contournement

Author

Gentzbittel, Laurent, Sache, Ivan, Tharreau, Didier, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Clement, Christophe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas Navarro, Maria, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Agriculture, Alimentation et environnement, Université de Catagne, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Résistance Induite et Bioprotection des Plantes - EA 4707 (RIBP), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agronomie, Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Dienstleistungszentrum Ländlicher Raum DLR Rheinpfalz (DLR Rheinpfalz), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2018-SA-0069, Superviseur : Thomas Le Bourgeois, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2018-03-12, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), and DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, arbre ornemental, résistance variétale, platane, prévention des infections, état de l'art, Platanus sp, Platanor® Vallis-Clausa, health status, champignon phytopathogène, expertise scientifique, état sanitaire, phytopathogenic fungus, niveau de contamination, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, chancre colore du platane, outbreaks, chancre coloré du platane, Ceratocystis platani, contournement de résistance, évolution génétique des populations, pathologie végétale, source d'inoculum, épidémie, analyse de risque
Abstract

Résistance de la variété Platanor contre [i]Ceratocystis platani[/i]. Evaluation des résultats d'expérimentation de contournement

Published
2019

34. Comparison of randomly amplified polymorphic DNA with amplified fragment length polymorphism to assess genetic diversity and genetic relatedness within genospecies III of Pseudomonas syringae

Author

Clerc, Agathe, Manceau, Charles, and Nesme, Xavier

Subjects
Genetic polymorphisms -- Research, Gene amplification -- Usage, Pseudomonas syringae -- Genetic aspects, Bacterial genetics -- Research, Biological sciences
Abstract

Research was conducted to examine the genetic diversity and genetic relatedness of 23 strains belonging to the Pseudomonas syringae genospecies III. The methologies used were amplified fragment length polymorphic (AFLP) techniques and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Experimental data revealed that the AFLP technique was more effective in the assessment of intrapathovar diversity than the RAPD method.

Published
1998

36. Conditions for natural transformation of Ralstonia solanacearum

Author

Bertolla, Franck, Gijsegem, Frederique van, Nesme, Xavier, and Simonet, Pascal

Subjects
Bacterial transformation -- Research, DNA -- Research, Biological sciences
Abstract

A research was conducted to study the in vitro transformation conditions and parameters for the development of Ralstonia solanacearum. The transformation efficiencies were determined with various concentrations of genomic DNA extracted from strain GMI1004. Results suggested that the lack of transformants with foreign linear DNA was probably not due to a DNA restriction system. There were also similarities in the transformation process to that of the human pathogen N. gonorrhoeae.

Published
1997

38. IS292: a novel insertion element from Agrobacterium

Author

Ponsonnet, Cecile, Normand, Philippe, Pilate, Gilles, and Nesme, Xavier

Subjects
Insertion elements, DNA -- Analysis, Agrobacterium tumefaciens -- Research, Rhizobium -- Research, Biological sciences
Abstract

The IS292 insertion sequence was located in a nopaline-type Agrobacterium X88-292 strain, and is unlike any other insertion sequence found in Agrobacterium. The sequence was found by using DNA isolation, mapping, cloning and sequence analysis methods. It generates a 10-base pair repeated strain once integration occurs. The sequence has similarities with the ISRl1 from Rhizobium leguminosarum bv. viciae. IS292 is 2494 base pairs long and has 21 base pairs that are inverted terminal repeats with two mismatches.

Published
1995

40. Detection and enumeration of bacteria in soil by direct DNA extraction and polymerase chain reaction

Author

Picard, Christine, Ponsonnet, Cecile, Paget, Eric, Nesme, Xavier, and Simonet, Pascal

Subjects
Soil microbiology -- Methods, Polymerase chain reaction -- Usage, DNA -- Measurement, Biological sciences
Abstract

A protocol for the detection and enumeration of bacteria in soil was developed using polymerase chain reaction techniques. The procedure involved the use of successive steps of sonication, microwave heating and thermal shocks to maximize the DNA yields. Subsequent purification steps involved the use of Elutip d columns in three passages. Tests on artificially-inoculated soil samples showed the validity of the procedure. An actual application was perfomed to detect and estimate the indigenous populations of Frankia spp.

Published
1992

41. Connaissances nécessaires à la gestion du risque 'écorces sensibles au nématode du pin'

Author

Castagnone-Sereno, Philippe, Jactel, Hervé, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2018-SA-103, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2018-04-23, and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, lutte contre les nématodes, état de l'art, transmission, forestry tractors, copeau, expertise scientifique, insect vectors, méthode de transmission, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Bursaphelenchus xylophilus, nematode control, vecteur de maladies, disease vector, nématode du pin, Monochamus galloprovincialis, insecte vecteur, matériel forestier, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, écorce
Abstract

Connaissances nécessaires à la gestion du risque "écorces sensibles au nématode du pin"

Published
2018

42. Connaissances nécessaires à la gestion du risque ' écorces sensibles au nématode du pin

Author

Tassus, Xavier (ed.), Castagnone, Philippe, Jactel, Hervé, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdin, Eric, Verheggen, François, and Wetzel, Thierry

Published
2018

43. Risques et bénéfices relatifs des alternatives aux produits phytopharmaceutiques comportant des néonicotinoïdes

Author

Jactel, Hervé, Bonafos, Romain, DELORME, Robert, Thybaud, Eric, Thiery, Denis, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Chercheur indépendant, Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), UMR Résistance des plantes aux bioagresseurs, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Bolivie]), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2016-SA-0057, Superviseur : Hervé JACTEL, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2016-07-18

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, insecte pollinisateur, indicateurs de risque, néonicotinoïdes, état de l'art, public health, insecticide, expertise scientifique, environmental impact, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, santé publique, méthodes de lutte alternatives, organismes nuisibles, impact environnemental, organisme nuisible, lutte alternative, pests, évaluation économique
Abstract

Risques et bénéfices relatifs des alternatives aux produits phytopharmaceutiques comportant des néonicotinoïdes. Tome 1 – Rapport du groupe de travail Identification des alternatives aux usages autorisés des néonicotinoïdes

Published
2018

44. Risques et bénéfices relatifs des alternatives aux produits phytopharmaceutiques comportant des néonicotinoïdes. Tome 1 – Rapport du groupe de travail Identification des alternatives aux usages autorisés des néonicotinoïdes

Author

Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verdin, Eric, Verheggen, François, and Wetzel, Thierry

Subjects
H01 - Protection des végétaux - Considérations générales, Pollinisateur, Lutte anti-insecte, Impact sur l'environnement, neonicotinoid insecticides [EN], Santé publique, Pesticide, Méthode alternative, P01 - Conservation de la nature et ressources foncières
Published
2018

45. Risque phytosanitaire (ARP) portant sur Fusarium oxysporum f. sp. cubense (agent pathogène responsable de la maladie de Panama) pour les départements d'Outre-mer

Author

Balesdent, Marie-Hélène, Chilin Charles, Yolande, Makowski, David, Steinberg, Christian, Silvie, Pierre, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AgroParisTech-Université Paris-Saclay, Agronomie, AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2017-SA-0050, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2017-03-08, and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
Analyse de risque phytosanitaire, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, outre mer français, état de l'art, risque économique, regulation, weed control methods, race tropicale 4, champignon phytopathogène, expertise scientifique, phytopathogenic fungus, banane, détection, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Foc TR4, méthode de lutte, maladie de Panama, Fusarium oxysporum f. sp. cubense, réglementation, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, économie des filières
Abstract

Risque phytosanitaire (ARP) portant sur [i]Fusarium oxysporum[/i] f. sp.[u] cubense[/u] (agent pathogène responsable de la maladie de Panama) pour les départements d'Outre-mer

Published
2018

46. Espèces hôtes dans le cadre de la lutte contre Phytophthora ramorum

Author

Desprez Loustau, Marie-Laure, Robin, Cécile, Ioos, Renaud, Marçais, Benoit, Pautasso, Marco, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone-Sereno, Philippe, Clement, Christophe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas Navarro, Maria, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), European Food Safety Authority (EFSA), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Catane, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agronomie, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2017-SA-0259, Superviseur : Marie-Laure Deprez Loustau, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2017-12-26, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania = University of Catania (Unict), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Dienstleistungszentrum Ländlicher Raum DLR Rheinpfalz (DLR Rheinpfalz)

Subjects
risque phytosanitaire, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, arbre forestier, Larix, champignon phytopathogène, expertise scientifique, forest tree, plant introduction, pépinières, mélèze, introduction de plantes, épidémiologie végétale, sensibilité, pathologie végétale, analyse de risques, programme d'éradication, zonage de risque, état de l'art, phytopathogenic fungus, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, outbreaks, France, réseau de surveillance, sensibilité aux maladies, épidémie, Phytophthora ramorum
Abstract

Espèces hôtes dans le cadre de la lutte contre [i]Phytophthora ramorum[/i]

Published
2018

48. Stratégies de lutte contre le charançon rouge du palmier

Author

Silvie, Pierre, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verdin, Eric, Verheggen, François, and Wetzel, Thierry

Subjects
Ravageur des plantes, Lutte anti-insecte, Arecaceae, H10 - Ravageurs des plantes, Rhynchophorus ferrugineus, Méthode de lutte, Curculionidae
Abstract

Deux situations dans la lutte contre le charançon rouge du palmier sont à prendre en considération : i) la situation de la zone dite " centre-atlantique "pour laquelle une éradication du CRP est possible et ii) la situation de la zone dite " méditerranéenne " pour laquelle la recherche d'une stabilisation des populations de CRP est envisageable mais demeure ambitieuse et coûteuse. Pour la zone " méditerranéenne ", l'alternative se présente de la manière suivante : i) stabiliser si possible la population de CRP en sachant que le coût sera élevé, et chercher à limiter son aire d'extension géographique ou ii) envisager de limiter la protection à certains palmiers notamment pour leur importance patrimoniale et de proposer des espèces végétales de remplacement pour les zones non protégées.

Published
2018

49. Diversifying anaerobic respiration strategies to compete in the rhizosphere

Author

Lecomte, Solène, Achouak, Wafa, ABROUK, Danis, Heulin, Thierry, Nesme, Xavier, Haichar, Feth El Zahar, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire d'Ecologie Microbienne de la Rhizosphère et d'Environnements Extrêmes (LEMIRE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), ANR [ANR-18-CE32-0005], ANR-18-CE32-0005,DIORE,Régulation de la dénitrification par la nature des exsudats racinaires(2018), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), and ANR-18-CE32-0005,DIORE,Régulation de la dénitrification par la nature des exsudats racinaires

Subjects
lcsh:GE1-350, rhizosphere competence, fungi, adaptation, respiration anaérobie, anaerobic respiration, terminal electron acceptors, colonisation racinaire, rhizobacteria, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, root colonization, rhizosphère, rhizobactérie, lcsh:Environmental sciences, respiratory pathways
Abstract

The rhizosphere is the interface between plant roots and soil where intense, varied interactions between plants and microbes influence plants 'health and growth through their influence on biochemical cycles, such as the carbon, nitrogen, and iron cycles. The rhizosphere is also a changing environment where oxygen can be rapidly limited and anaerobic zones can be established. Microorganisms successfully colonize the rhizosphere when they possess specific traits referred to as rhizosphere competence. Anaerobic respiration flexibility contributes to the rhizosphere competence of microbes. Indeed, a wide range of compounds that are available in the rhizosphere can serve as alternative terminal electron acceptors during anaerobic respiration such as nitrates, iron, carbon compounds, sulfur, metalloids, and radionuclides. In the presence of multiple terminal electron acceptors in a complex environment such as the rhizosphere and in the absence of O-2, microorganisms will first use the most energetic option to sustain growth. Anaerobic respiration has been deeply studied, and the genes involved in anaerobic respiration have been identified. However, aqueous environment and paddy soils are the most studied environments for anaerobic respiration, even if we provide evidence in this review that anaerobic respiration also occurs in the plant rhizosphere. Indeed, we provide evidence by performing a BLAST analysis on metatranscriptomic data that genes involved in iron, sulfur, arsenate and selenate anaerobic respiration are expressed in the rhizosphere, underscoring that the rhizosphere environment is suitable for the establishment of anaerobic respiration. We thus focus this review on current research concerning the different types of anaerobic respiration that occur in the rhizosphere. We also discuss the flexibility of anaerobic respiration as a fundamental trait for the microbial colonization of roots, environmental and ecological adaptation, persistence and bioremediation in the rhizosphere. Anaerobic respiration appears to be a key process for the functioning of an ecosystem and interactions between plants and microbes.

Published
2018

50. Réalisation d'une analyse de risques relative au houblon du Japon et élaboration de recommandations de gestion

Author

Monty, Arnaud, Albert, Arnaud, Fried, Guillaume, Silvie, Pierre, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone-Sereno, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Université de Liège, Agence Française de la Biodiversité, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2016-SA-0091, Superviseur : Arnaud Monty, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2016-02-19, and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, état de l'art, plante envahissante, Humulus japonicus, santé humaine, expertise scientifique, human health, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, stratégie de gestion, perte de rendement, union européenne, espèce exotique invasive, analyse de risque phytosanitaire, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Humulus scandens, impact sur la biodiversité, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, houblon du japon
Abstract

Réalisation d'une analyse de risques relative au houblon du Japon et élaboration de recommandations de gestion

Published
2018

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