For nearly eight millennia, animal husbandry and pastoralism have played a major role in the evolution of human societies in the northwestern Mediterranean. For Provence and the Southern Alps, however, the patterns and dynamics of the systems of exploitation of animal resources are little known from the end of the Neolithic to the beginning of Romanization. The aim of this PhD is to better understand these processes by studying the archaeozoological data available for these periods, and through the analysis of faunal material from five key archaeological sites: the cave of Pertus II (Méailles, Alpes-de-Haute-Provence), the settlement of Place Mariéjol (Antibes, Alpes-Maritimes), the sanctuary of the Cime de Tournerie (Roubion, Alpes-Maritimes), the oppidum of Entremont (Aix-en-Provence, Bouches-du-Rhône) and the city of Maritima Avaticorum (Martigues, Bouches-du-Rhône). Three major issues have been explored in this perspective: the role of livestock in the diet of protohistoric societies, the morphotypical diversity of sheep and goats present in the Provencal and South-Alpine territory, and the development of breeding practices, particularly regarding the caprines, at that time.For this purpose, in addition to the classical methods used in archaeozoology (taxonomic identification, studies of butchery and consumption practices), we have applied and developed tools that have benefited from significant methodological advances in recent years: the study of bone morphometry and the analysis of mortality profiles of ungulates. Thanks to the elaboration of a specific protocol in 2D/3D geometric morphometrics, we evidenced the existence of several sheep morphotypes. By crossing these results with the data obtained on herd management strategies and livestock productions (meat, milk and wool), we showed that different sheep and goat breeding systems were in use in Provence. This diversity seems to be partly determined by the territorial and cultural configuration of the region, with marked differences between littoral and mountains regarding sheep husbandry, while in the Aix basin and around the Etang de Berre, a particular terroir seems to have favoured goat farming. The end of this period is characterised by changes in food practices reflected, notably, by an increase in the consumption of beef and pork in certain cities, under the double influence of urbanization and the Roman conquest. This research, in addition to providing new elements of knowledge on the history of food and animal production, contributes to proposing new methodological tools to explore the past biodiversity of domestic species.; Depuis près de huit millénaires, l’élevage et le pastoralisme ont joué un rôle moteur dans le développement des sociétés de Méditerranée nord-occidentale. Pour la Provence et les Alpes méridionales, toutefois, les caractéristiques et les dynamiques des systèmes d’exploitation des ressources animales sont moins bien connues entre la fin du Néolithique et le début de la romanisation. Cette recherche doctorale a pour objectif de mieux comprendre ces processus à partir de l’étude des données archéozoologiques disponibles pour ces périodes, et à travers l’analyse du matériel faunique de cinq sites archéologiques clefs : la grotte de Pertus II (Méailles, Alpes-de-Haute-Provence), l’habitat de Place Mariéjol (Antibes, Alpes-Maritimes), le sanctuaire de la Cime de Tournerie (Roubion, Alpes-Maritimes), l’oppidum d’Entremont (Aix-en-Provence, Bouches-du-Rhône) et l’agglomération de Maritima Avaticorum (Martigues, Bouches-du-Rhône). Trois grandes questions ont été explorées dans cette perspective : la place des animaux domestiques dans l’alimentation des sociétés protohistoriques, la diversité morphotypique des moutons et des chèvres présents sur le territoire provençal et sud-alpin et les pratiques d’élevage développées, notamment pour les caprinés domestiques, au cours de cette période.Pour cela, en complément des méthodes classiques de l’archéozoologie (identification taxonomique, études des pratiques de boucherie et de consommation), nous avons appliqué et développé des outils qui bénéficient depuis ces dernières années d’avancées méthodologiques importantes : l’étude de la morphométrie du squelette et l’analyse des profils de mortalité des animaux domestiques. Grâce à la création d’un protocole d’analyse en morphométrie géométrique 2D/3D, nous avons mis en évidence l’existence de plusieurs morphotypes de moutons. En croisant ces résultats avec les données obtenues sur les stratégies de gestion des troupeaux et les principales productions recherchées (viande, lait et laine), nous avons montré que différents systèmes d’élevage ovin et caprin étaient présents en Provence. Cette diversité semble en partie déterminée par la configuration territoriale et culturelle de la région, avec des différences marquées entre le littoral et la haute montagne pour ce qui concerne l’exploitation des moutons, tandis que dans le bassin aixois et autour de l’étang de Berre semble s’individualiser un terroir particulier autour d’une spécialisation de l’élevage des chèvres. La fin de cette période est marquée par des modifications dans les pratiques alimentaires qui se manifestent, notamment, par une augmentation de la consommation en viande de bœuf et de porc dans certaines agglomérations, sous la double influence de l’urbanisation et de la conquête romaine.Cette recherche, en plus d’apporter des éléments nouveaux de connaissance sur l’histoire de l’alimentation et des productions animales, contribue à proposer de nouveaux outils méthodologiques pour explorer la biodiversité passée des espèces domestiques.