Search

Your search keyword '"Mathieu Emily"' showing total 74 results
Start Over Author "Mathieu Emily"
74 results on '"Mathieu Emily"'

1. Spatial patterns of causality in temperate silvopastoral systems: a perspective on nitrification stability in response to flooding

Author

Romane Mettauer, Mathieu Emily, Zita Bednar-Konski, Anaïs Widmer, Olivier Godinot, Lukas Beule, and Edith Le Cadre

Subjects
Nitrogen cycle, Soil microorganisms, Agroforestry, Hedgerow, Alley-cropping system, Grassland, Ecology, QH540-549.5
Abstract

Abstract Background Extreme rainfall and flooding events are projected to increase in frequency and disturb biogeochemical cycles such as the nitrogen (N) cycle. By combining trees and grasses, silvopastoral agroforestry is expected to increase the stability of this cycle in response to flooding. However, little is known about the response of nitrification to flooding in silvopastoral systems. Aim of this study was to assess nitrification stability in response to flooding and identify the main causal relations that drive it in temperate silvopastures. Methods The nitrification stability (i.e., resistance and resilience) was assessed in two silvopastoral systems (i.e., hedgerows and alley cropping) at three positions relative to the trees. The resistance and resilience of nitrification potential were measured in the laboratory after four weeks of flooding stress and four weeks after the end of the stress, respectively. For the first time, we used multigroup latent structural equation modeling (ML-SEM) to explore the spatial structure of causal relations between nitrification stability and soil properties across all positions of the two silvopastoral systems. Results Tree rows of both systems favored nitrification resistance, while the mean nitrification potential under flooded conditions was on average 27% and 35% higher as compared to non-stressed soils at the two positions assessed in the grass alleys. ML-SEM revealed that the causal relations that explained these results differed between the two systems. The ML-SEM models tested were unable to explain the causal relations in the hedgerow system. However, the model that considered a covariance between soil physical properties and soil resources availability (model A) was able to explain them in the alley-cropping system. It revealed that causal relations explaining nitrification stability varied according to the position relative to the trees: in the tree rows nitrification stability was associated with higher soil organic carbon concentration and earthworm abundance; in the grass alleys it was associated with higher soil organic carbon concentration and soil bulk density. Conclusions This study indicates that silvopastoral systems help regulate the N cycle near the trees. The results further imply that improvements in soil organic carbon concentration and soil bulk density favor the regulation of N-related processes in grasslands.

Published
2024
Full Text
View/download PDF

2. Forecasting Staphylococcus aureus Infections Using Genome-Wide Association Studies, Machine Learning, and Transcriptomic Approaches

Author

Mohamed Sassi, Julie Bronsard, Gaetan Pascreau, Mathieu Emily, Pierre-Yves Donnio, Matthieu Revest, Brice Felden, Thierry Wirth, and Yoann Augagneur

Subjects
Staphylococcus aureus, genomics, GWAS, coding and noncoding regions, random forest, trancriptomics, Microbiology, QR1-502
Abstract

ABSTRACT Staphylococcus aureus is a major human and animal pathogen, colonizing diverse ecological niches within its hosts. Predicting whether an isolate will infect a specific host and its subsequent clinical fate remains unknown. In this study, we investigated the S. aureus pangenome using a curated set of 356 strains, spanning a wide range of hosts, origins, and clinical display and antibiotic resistance profiles. We used genome-wide association study (GWAS) and random forest (RF) algorithms to discriminate strains based on their origins and clinical sources. Here, we show that the presence of sak and scn can discriminate strains based on their host specificity, while other genes such as mecA are often associated with virulent outcomes. Both GWAS and RF indicated the importance of intergenic regions (IGRs) and coding DNA sequence (CDS) but not sRNAs in forecasting an outcome. Additional transcriptomic analyses performed on the most prevalent clonal complex 8 (CC8) clonal types, in media mimicking nasal colonization or bacteremia, indicated three RNAs as potential RNA markers to forecast infection, followed by 30 others that could serve as infection severity predictors. Our report shows that genetic association and transcriptomics are complementary approaches that will be combined in a single analytical framework to improve our understanding of bacterial pathogenesis and ultimately identify potential predictive molecular markers. IMPORTANCE Predicting the outcome of bacterial colonization and infections, based on extensive genomic and transcriptomic data from a given pathogen, would be of substantial help for clinicians in treating and curing patients. In this report, genome-wide association studies and random forest algorithms have defined gene combinations that differentiate human from animal strains, colonization from diseases, and nonsevere from severe diseases, while it revealed the importance of IGRs and CDS, but not small RNAs (sRNAs), in anticipating an outcome. In addition, transcriptomic analyses performed on the most prevalent clonal types, in media mimicking either nasal colonization or bacteremia, revealed significant differences and therefore potent RNA markers. Overall, the use of both genomic and transcriptomic data in a single analytical framework can enhance our understanding of bacterial pathogenesis.

Published
2022
Full Text
View/download PDF

3. Gene-Based Methods to Detect Gene-Gene Interaction in R: The GeneGeneInteR Package

Author

Mathieu Emily, Nicolas Sounac, Florian Kroell, and Magalie Houée-Bigot

Subjects
association studies, gene-gene interaction, dependence, single nucleotide polymophism, Statistics, HA1-4737
Abstract

GeneGeneInteR is an R package dedicated to the detection of an association between a case-control phenotype and the interaction between two sets of biallelic markers (single nucleotide polymorphisms or SNPs) in case-control genome-wide associations studies. The development of statistical procedures for searching gene-gene interaction at the SNP-set level has indeed recently grown in popularity as these methods confer advantage in both statistical power and biological interpretation. However, all these methods have been implemented in home made softwares that are for most of them available only on request to the authors and at best have a web interface. Since the implementation of these methods is not straightforward, there is a need for a user-friendly tool to perform gene-based genegene interaction. The purpose of GeneGeneInteR is to propose a collection of tools for all the steps involved in gene-based gene-gene interaction testing in case-control association studies. Illustrated by an example of a dataset related to rheumatoid arthritis, this paper details the implementation of the functions available in GeneGeneInteR to perform an analysis of a collection of SNP sets. Such an analysis aims at addressing the complete statistical pipeline going from data importation to the visualization of the results through data manipulation and statistical analysis.

Published
2020
Full Text
View/download PDF

4. Galleria mellonella Larvae as an Infection Model to Investigate sRNA-Mediated Pathogenesis in Staphylococcus aureus

Author

Guillaume Ménard, Astrid Rouillon, Gevorg Ghukasyan, Mathieu Emily, Brice Felden, and Pierre-Yves Donnio

Subjects
Staphylococcus aureus, sRNA, Galleria mellonella, virulence, regulation, Microbiology, QR1-502
Abstract

Small regulatory RNAs (sRNAs) are key players in bacterial regulatory networks. Monitoring their expression inside living colonized or infected organisms is essential for identifying sRNA functions, but few studies have looked at sRNA expression during host infection with bacterial pathogens. Insufficient in vivo studies monitoring sRNA expression attest to the difficulties in collecting such data, we therefore developed a non-mammalian infection model using larval Galleria mellonella to analyze the roles of Staphylococcus aureus sRNAs during larval infection and to quickly determine possible sRNA involvement in staphylococcal virulence before proceeding to more complicated animal testing. We began by using the model to test infected larvae for immunohistochemical evidence of infection as well as host inflammatory responses over time. To monitor sRNA expression during infection, total RNAs were extracted from the larvae and invading bacteria at different time points. The expression profiles of the tested sRNAs were distinct and they fluctuated over time, with expression of both sprD and sprC increased during infection and associated with mortality, while rnaIII expression remained barely detectable over time. A strong correlation was observed between sprD expression and the mortality. To confirm these results, we used sRNA-knockout mutants to investigate sRNA involvement in Staphylococcus aureus pathogenesis, finding that the decrease in death rates is delayed when either sprD or sprC was lacking. These results demonstrate the relevance of this G. mellonella model for investigating the role of sRNAs as transcriptional regulators involved in staphylococcal virulence. This insect model provides a fast and easy method for monitoring sRNA (and mRNA) participation in S. aureus pathogenesis, and can also be used for other human bacterial pathogens.

Published
2021
Full Text
View/download PDF

5. MetAmyl: a METa-predictor for AMYLoid proteins.

Author

Mathieu Emily, Anthony Talvas, and Christian Delamarche

Subjects
Medicine, Science
Abstract

The aggregation of proteins or peptides in amyloid fibrils is associated with a number of clinical disorders, including Alzheimer's, Huntington's and prion diseases, medullary thyroid cancer, renal and cardiac amyloidosis. Despite extensive studies, the molecular mechanisms underlying the initiation of fibril formation remain largely unknown. Several lines of evidence revealed that short amino-acid segments (hot spots), located in amyloid precursor proteins act as seeds for fibril elongation. Therefore, hot spots are potential targets for diagnostic/therapeutic applications, and a current challenge in bioinformatics is the development of methods to accurately predict hot spots from protein sequences. In this paper, we combined existing methods into a meta-predictor for hot spots prediction, called MetAmyl for METapredictor for AMYLoid proteins. MetAmyl is based on a logistic regression model that aims at weighting predictions from a set of popular algorithms, statistically selected as being the most informative and complementary predictors. We evaluated the performances of MetAmyl through a large scale comparative study based on three independent datasets and thus demonstrated its ability to differentiate between amyloidogenic and non-amyloidogenic polypeptides. Compared to 9 other methods, MetAmyl provides significant improvement in prediction on studied datasets. We further show that MetAmyl is efficient to highlight the effect of point mutations involved in human amyloidosis, so we suggest this program should be a useful complementary tool for the diagnosis of these diseases.

Published
2013
Full Text
View/download PDF

8. HOW TO BUILD A FEMINIST CITY: As Canada attempts to turn the she-cession into a she-covery, building safe, livable spaces that accommodate women and children--and everyone else--is more important than ever

Author

Mathieu, Emily

Subjects
Racism -- Social aspects -- Methods, Child care -- Methods -- Social aspects, Local transit -- Social aspects -- Methods, Women's issues/gender studies
Abstract

POORLY LIT LANEWAYS, unreliable public transit and a lack of public space. Systemic racism, severe housing shortages and unaffordable child care. This set of very modern problems is rooted in [...]

Published
2021

17. A field indicator for rhizosphere effect monitoring in arable soils

Author

Sébastian Mira, Mathieu Emily, Christophe Mougel, Morgane Ourry, Edith Le Cadre, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Agro Rennes Angers, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Department of Plant and Environmental Sciences [Frederiksberg], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), and ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Plant soil feedback, Intercropping, Plant diversity, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Microbiota, Soil Science, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Plant Science, Holobiont
Abstract

International audience; For the agroecological transition, the rhizosphere is a critical interface for plants to acquire resources and to enhance plant health with limited inputs. In the present study, we developed a new indicator to estimate and monitor the intensity of plant-soil-microbiota interactions under field conditions.A Rhizosphere Effect Indicator (REI) was calculated by comparing individual and aggregated variables of bulk soil to those of the rhizosphere (i.e. soil enzyme activities and nutrient fluxes) every 2 weeks in the fields of three farms along a crop-diversification gradient. The diversity and structure of microbial communities in bulk soil and the rhizosphere in each field were assessed at flowering.The REI revealed statistically distinct dynamics and intensities of rhizosphere functioning among the three farms. Soil enzyme activities contributed more to the rhizosphere effect than nitrate and phosphate fluxes. Molecular analysis distinguished the two soil compartments and all crop-diversification levels. An integrated REI that provided a single value monitored the rhizosphere effect reliably.Methodological limits due to sampling of the rhizosphere under field conditions must be overcome to develop the REI, but the REI can serve as a complementary tool to traditional soil analysis for agroecological cropping system design and evaluation.

Published
2022
Full Text
View/download PDF

18. Adaptive Handling of Dependence in High-Dimensional Regression Modeling

Author

Florian Hébert, David Causeur, Mathieu Emily, Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011)

Subjects
Statistics and Probability, [STAT]Statistics [stat], Discrete Mathematics and Combinatorics, Statistics, Probability and Uncertainty
Abstract

Dependence within a high-dimensional profile of explanatory variables affects estimation and prediction performance of regression models. However, the strong belief that dependence should not be ignored, based on our well-proven knowledge of low-dimensional regression modeling, is not necessarily true in high dimension. To investigate this point, we introduce a new class of prediction scores defined as linear combinations of a same random vector, including the naive prediction score obtained when ignoring dependence and the Ordinary Least Squares (OLS) prediction score that, on the contrary, fully accounts for dependence by a preliminary whitening of the explanatory variables. Interestingly, the former class also contains Ridge and Partial Least Squares prediction scores, that both offer intermediate ways of dealing with dependence. Through a theoretical comparative study, it is first shown how the best handling of dependence should depend on the interplay between the structure of conditional dependence across explanatory variables and the pattern of the association signal. We also derive the closed form expression of the prediction score with best prediction performance within the proposed class, leading to an adaptive handling of dependence. Finally, it is demonstrated through simulation studies and using benchmark datasets that this prediction score outperforms existing methods in various settings. Supplementary materials for this article are available online.

Published
2022
Full Text
View/download PDF

19. International Arbitration

Author

Friedman, Mark, Laird, Ian, Mathieu, Emily J., Michaels, Steven, O'Gorman, Kevin, Prager, Dietmar W., Sabater, Anibal, and Sheppard,, Ben H.

Published
2007

20. Should I stay or should I go now?Recovery time effect on walking capacity in symptomatic peripheral artery disease

Author

Laurent Rouvière, Pierre-Yves de Müllenheim, Mathieu Emily, Alexis Le Faucheur, Adrien Kaladji, Guillaume Mahé, Ségolène Chaudru, Institut Formation Education Physique et Sportive Angers (IFEPSA), Université Catholique de l'Ouest (UCO), Activité Physique, Corps, Sport et Santé (APCOSS), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Mouvement Sport Santé (M2S), Université de Rennes (UR)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CORECT 2013, University hospital of Rennes, ENS Rennes, CDSN, ENS Cachan-Antennes de Bretagne, ARED, Conseil Régional de Bretagne, Jonchère, Laurent, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Time effect, medicine.medical_specialty, Physiology, Arterial disease, [SDV.MHEP.PHY] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], [SDV]Life Sciences [q-bio], Ischemia, Disease, ischemia, 030204 cardiovascular system & hematology, Peripheral Arterial Disease, 03 medical and health sciences, walking, 0302 clinical medicine, Physiology (medical), Internal medicine, medicine, [SDV.MHEP.PHY]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], Humans, 030212 general & internal medicine, Exercise Tolerance, exercise therapy, business.industry, Exercise therapy, intermittent claudication, medicine.disease, Intermittent claudication, [SDV] Life Sciences [q-bio], work-to-rest ratio, Lower Extremity, Exercise Test, Cardiology, medicine.symptom, business, human activities
Abstract

International audience; The objective of the study was to investigate the effect of recovery time on walking capacity (WC) throughout repeated maximal walking bouts in symptomatic lower-extremity peripheral artery disease (PAD). The effect of recovery time on WC (maximal walking time) was determined in 21 participants with PAD in three experimental conditions [recovery time from 0.5 to 9.5 min + a self-selected recovery time (SSRT)]: ) 11 repeated sequences of two treadmill walking bouts (TW-ISO); ) a single sequence of seven treadmill walking bouts (TW-CONS); ) a single sequence of seven outdoor walking bouts (OW-CONS). Exercise transcutaneous oxygen pressure changes were continuously recorded as an indirect measure of ischemia. An individual recovery time (IRT) beyond which WC did not substantially increased was determined in participants with a logarithmic fit. At the group level, mixed models showed a significant effect ( < 0.001) of recovery time on WC restoration. At the participant level, strong logarithmic relationships were found (median significant ≥ 0.78). The median SSRT corresponded to a median work-to-rest ratio >1:1 (i.e., a lower recovery time in view of the corresponding previous walking time) and was related to unrecovered ischemia and a WC restoration level of 1:1 leads to the resumption of walking with unrecovered ischemia and precludes the restoration of full walking capacity, whereas a work-to-rest ratio ≤1:2 allowed walking capacity to fully be restored.

Published
2021
Full Text
View/download PDF

21. Comparison of Activity Monitors Accuracy in Assessing Intermittent Outdoor Walking

Author

Sandrine Bickert, Pierre-Yves de Müllenheim, Guillaume Mahé, Aline Taoum, Guy Carrault, Bénédicte Noury-Desvaux, Ségolène Chaudru, Alexis Le Faucheur, Florian Congnard, Mathieu Emily, Laboratoire Mouvement Sport Santé (M2S), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Formation Education Physique et Sportive Angers (IFEPSA), Université Catholique de l'Ouest (UCO), Activité Physique, Corps, Sport et Santé (APCOSS), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pontchaillou [Rennes], The 'Acti-GPS' project was promoted by the University Hospital of Angers and was partially funded by the Genesia Foundation. The 'CLASH' project was promoted and partially funded by the University Hospital of Rennes (CORECT 2013). Both the 'Acti-GPS' and 'CLASH' projects were also partially funded by ENS Rennes. A. Taoum received a postdoctoral scholarship from the ENS Rennes and the Bretagne region (SAD funding). S. Chaudru received a PhD scholarship from the Bretagne region (ARED funding). P.-Y. de Müllenheim received a PhD scholarship from the ENS Cachan-Antenne de Bretagne (CDSN)., Jonchère, Laurent, Université de Rennes (UR)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
medicine.medical_specialty, Mean squared error, [SDV.MHEP.PHY] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], Population, Physical Therapy, Sports Therapy and Rehabilitation, Fitness Trackers, Walking, Root mean square, 03 medical and health sciences, Peripheral Arterial Disease, Young Adult, 0302 clinical medicine, Physical medicine and rehabilitation, Accelerometry, [SDV.MHEP.PHY]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], medicine, Humans, Orthopedics and Sports Medicine, 030212 general & internal medicine, education, Mathematics, Aged, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, education.field_of_study, Healthy subjects, 030229 sport sciences, Middle Aged, Confidence interval, 3. Good health, Walking Speed, Preferred walking speed, medicine.anatomical_structure, Automated algorithm, Geographic Information Systems, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Ankle, human activities, Algorithms
Abstract

International audience; Purpose - This study aimed to determine and compare the accuracy of different activity monitors in assessing intermittent outdoor walking in both healthy and clinical populations through the development and validation of processing methodologies. Methods - In study 1, an automated algorithm was implemented and tested for the detection of short (≤1 min) walking and stopping bouts during prescribed walking protocols performed by healthy subjects in environments with low and high levels of obstruction. The following parameters obtained from activity monitors were tested, with different recording epochs0.1s/0.033s/1s/3s/10s and wearing locationsscapula/hip/wrist/ankle: GlobalSat DG100 (GS) and Qstarz BT-Q1000XT/-Q1000eX (QS) speed; ActiGraph wGT3X+ (AG) vector magnitude (VM) raw data, VM counts, and steps; and StepWatch3 (SW) steps. Furthermore, linear mixed models were developed to estimate walking speeds and distances from the monitors parameters. Study 2 validated the performance of the activity monitors and processing methodologies in a clinical population showing profile of intermittent walking due to functional limitations during outdoor walking sessions. Results - In study 1, GS1s, scapula, QS1s, scapula/wrist speed, and AG0.033s, hip VM raw data provided the highest bout detection rates (>96.7%) and the lowest root mean square errors in speed (≤0.4 km·h-1) and distance (

Published
2021
Full Text
View/download PDF

22. Galleria mellonella Larvae as an Infection Model to Investigate sRNA-Mediated Pathogenesis in Staphylococcus aureus

Author

Astrid Rouillon, Mathieu Emily, Gevorg Ghukasyan, Guillaume Menard, Pierre-Yves Donnio, Brice Felden, HAL UR1, Admin, ARN régulateurs bactériens et médecine (BRM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Biosit : biologie, santé, innovation technologique (SFR UMS CNRS 3480 - INSERM 018), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), and ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011)

Subjects
Microbiology (medical), Staphylococcus aureus, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, RNAIII, Immunology, Virulence, Biology, medicine.disease_cause, Microbiology, Pathogenesis, 03 medical and health sciences, Cellular and Infection Microbiology, [STAT.AP] Statistics [stat]/Applications [stat.AP], In vivo, medicine, 030304 developmental biology, Original Research, 0303 health sciences, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], 030306 microbiology, fungi, regulation, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, QR1-502, 3. Good health, Galleria mellonella, virulence, Infectious Diseases, SprD, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, sRNA, Bacteria
Abstract

Small regulatory RNAs (sRNAs) are key players in bacterial regulatory networks. Monitoring their expression inside living colonized or infected organisms is essential for identifying sRNA functions, but few studies have looked at sRNA expression during host infection with bacterial pathogens. Insufficient in vivo studies monitoring sRNA expression attest to the difficulties in collecting such data, we therefore developed a non-mammalian infection model using larval Galleria mellonella to analyze the roles of Staphylococcus aureus sRNAs during larval infection and to quickly determine possible sRNA involvement in staphylococcal virulence before proceeding to more complicated animal testing. We began by using the model to test infected larvae for immunohistochemical evidence of infection as well as host inflammatory responses over time. To monitor sRNA expression during infection, total RNAs were extracted from the larvae and invading bacteria at different time points. The expression profiles of the tested sRNAs were distinct and they fluctuated over time, with expression of both sprD and sprC increased during infection and associated with mortality, while rnaIII expression remained barely detectable over time. A strong correlation was observed between sprD expression and the mortality. To confirm these results, we used sRNA-knockout mutants to investigate sRNA involvement in Staphylococcus aureus pathogenesis, finding that the decrease in death rates is delayed when either sprD or sprC was lacking. These results demonstrate the relevance of this G. mellonella model for investigating the role of sRNAs as transcriptional regulators involved in staphylococcal virulence. This insect model provides a fast and easy method for monitoring sRNA (and mRNA) participation in S. aureus pathogenesis, and can also be used for other human bacterial pathogens.

Published
2021
Full Text
View/download PDF

23. An adaptive decorrelation procedure for signal detection

Author

David Causeur, Florian Hébert, Mathieu Emily, Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
Statistics and Probability, Decorrelation, Global testing, Computer science, 01 natural sciences, 010104 statistics & probability, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], 0502 economics and business, Test statistic, Detection theory, 0101 mathematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 050205 econometrics, Statistical hypothesis testing, Pointwise, Applied Mathematics, 05 social sciences, Null (mathematics), Functional data analysis, Dependent tests, Computational Mathematics, Computational Theory and Mathematics, Null hypothesis, Algorithm, Signal detection
Abstract

In global testing, where a large number of pointwise test statistics are aggregated to simultaneously test for a collection of null hypotheses, the handling of dependence is a crucial issue. In various fields, more particularly in genetic epidemiology and functional data analysis, many testing methods for detecting an association signal between a response and explanatory variables have been proposed. Some aggregation procedures ignore dependence across pointwise test statistics whereas others introduce a model for decorrelation, with unclear conclusions on their relative performance. Indeed, the benefit that can be expected from decorrelation highly depends on the interplay between the structure of dependence across pointwise test statistics and the pattern of the association signal. Within a large class of test statistics covering a continuum of decorrelation approaches, an optimal procedure is introduced. This procedure is based on the maximization of an ad-hoc cumulant generating function-based distance between the null and nonnull distributions of a global test statistic, in order to adapt the aggregation of the pointwise statistics to the pattern of the association signal. A comparative study including simulations and applications to genetic association studies demonstrates that the ability of this test to detect a signal is more robust to the dependence structure than existing methods.

Published
2021
Full Text
View/download PDF

24. Gene-Based Methods to Detect Gene-Gene Interaction in R : The GeneGeneInteR Package

Author

Florian Kroell, Mathieu Emily, Magalie Houée-Bigot, Nicolas Sounac, Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST

Subjects
Statistics and Probability, Computer science, Association (object-oriented programming), Single-nucleotide polymorphism, statistical procedures, computer.software_genre, Statistical power, Gene interaction, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], association studies, gene-gene interaction, dependence, single nucleotide polymophism, [INFO]Computer Science [cs], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Statistical genetics, Data manipulation language, Statistics, Pipeline (software), HA1-4737, Visualization, ComputingMethodologies_PATTERNRECOGNITION, tools, Data mining, Statistics, Probability and Uncertainty, User interface, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], computer, Software
Abstract

GeneGeneInteR is an R package dedicated to the detection of an association between a case-control phenotype and the interaction between two sets of biallelic markers (single nucleotide polymorphisms or SNPs) in case-control genome-wide associations studies. The development of statistical procedures for searching gene-gene interaction at the SNP-set level has indeed recently grown in popularity as these methods confer advantage in both statistical power and biological interpretation. However, all these methods have been implemented in home made softwares that are for most of them available only on request to the authors and at best have a web interface. Since the implementation of these methods is not straightforward, there is a need for a user-friendly tool to perform gene-based genegene interaction. The purpose of GeneGeneInteR is to propose a collection of tools for all the steps involved in gene-based gene-gene interaction testing in case-control association studies. Illustrated by an example of a dataset related to rheumatoid arthritis, this paper details the implementation of the functions available in GeneGeneInteR to perform an analysis of a collection of SNP sets. Such an analysis aims at addressing the complete statistical pipeline going from data importation to the visualization of the results through data manipulation and statistical analysis.

Published
2020
Full Text
View/download PDF

25. The Arbitration Fairness Act: performing surgery with a hatchet instead of a scalpel?

Author

Hamid, Jyotin and Mathieu, Emily J.

Subjects
Labor arbitration -- Analysis, Arbitration Act, Arbitration Fairness Act of 2009 (Draft)
Abstract

Arbitration of employment disputes has become an increasingly controversial issue in recent years. Many plaintiff-side employment lawyers and other commentators have been intensely critical of predispute arbitration agreements. This groundswell [...]

Published
2011

26. How different tangible and virtual objects can be while still feeling the same?

Author

Mathilde Chevalier, Chloe Six, Anatole Lécuyer, Mathieu Emily, Xavier de Tinguy, Aurelie Guignardat, Maud Marchal, Claudio Pacchierotti, Morgan Guillaudeux, 3D interaction with virtual environments using body and mind (Hybrid), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-MEDIA ET INTERACTIONS (IRISA-D6), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Sensor-based and interactive robotics (RAINBOW), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-SIGNAUX ET IMAGES NUMÉRIQUES, ROBOTIQUE (IRISA-D5), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011)

Subjects
Computer science, Orientation (computer vision), InformationSystems_INFORMATIONINTERFACESANDPRESENTATION(e.g.,HCI), media_common.quotation_subject, 05 social sciences, Illusion, 020207 software engineering, 02 engineering and technology, Virtual reality, computer.software_genre, Field (computer science), Feeling, Virtual machine, Human–computer interaction, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, 0501 psychology and cognitive sciences, [INFO.INFO-HC]Computer Science [cs]/Human-Computer Interaction [cs.HC], Haptic perception, computer, 050107 human factors, media_common, Haptic technology
Abstract

International audience; Tangible objects are used in Virtual Reality to provide human users with distributed haptic sensations when grasping virtual objects. To achieve a compelling illusion, there should be a good correspondence between the haptic features of the tangible object and those of the corresponding virtual one, i.e., what users see in the virtual environment should match as much as possible what they touch in the real world. This paper aims at quantifying how similar tangible and virtual objects need to be, in terms of haptic perception, to still feel the same. As it is often not possible to create tangible replicas of all the virtual objects in the scene, it is important to understand how different tangible and virtual objects can be without the user noticing. This paper reports on the just-noticeable difference (JND) when grasping, with a thumb-index pinch, a tangible object which differ from a seen virtual one on three important haptic features: width, local orientation, and curvature. Results show JND values of 5.75%, 43.8%, and 66.66% of the reference shape for the width, local orientation, and local curvature features, respectively. These results will enable researchers in the field of Virtual Reality to use a reduced number of tangible objects to render multiple virtual ones.

Published
2019
Full Text
View/download PDF

27. Using GPS, accelerometry and heart rate to predict outdoor graded walking energy expenditure

Author

Guillaume Mahé, Jacques Prioux, Mathieu Emily, A. Le Faucheur, Sandrine Bickert, Marie Gernigon, P.-Y. de Müllenheim, Ségolène Chaudru, Bénédicte Noury-Desvaux, Faculté des Sciences du Sport, UFR STAPS, Faculté des Sciences du SportFaculté des Sciences du Sport, UFR STAPS, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), AGROCAMPUS OUEST, Biologie Neurovasculaire et Mitochondriale Intégrée, Université d'Angers ( UA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physiologie et d'Explorations Vasculaires, Centre Hospitalier Universitaire d'Angers, Laboratoire Mouvement Sport Santé ( M2S ), École normale supérieure - Cachan ( ENS Cachan ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Brest ( UBO ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Catholique de l'Ouest, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie Neurovasculaire et Mitochondriale Intégrée (BNMI), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Neurovasculaire Intégrée (BNVI), Laboratoire Mouvement Sport Santé (M2S), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Catholique de l'Ouest (UCO), Genesia Foundation, Complexité, Innovation, Activités Motrices et Sportives (CIAMS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université d'Orléans (UO), Service de cardiologie et maladies vasculaires [Rennes] = Cardiac, Thoracic, and Vascular Surgery [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université d'Angers (UA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Institut Formation Education Physique et Sportive Angers (IFEPSA), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Université de Rennes (UR)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Adult, Male, medicine.medical_specialty, Energy metabolism, Physical Therapy, Sports Therapy and Rehabilitation, Walking, 030204 cardiovascular system & hematology, Accelerometer, Wearable Electronic Devices, Young Adult, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Heart Rate, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Accelerometry, Statistics, Heart rate, medicine, Methods, Humans, Orthopedics and Sports Medicine, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Exercise, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Monitoring, Physiologic, Mathematics, Public health, business.industry, Gps receiver, 030229 sport sciences, Cross-Sectional Studies, Energy expenditure, Geographic Information Systems, Linear Models, Global Positioning System, Physical therapy, Female, business, Global positioning system
Abstract

Objectives To determine the best method and combination of methods among global positioning system (GPS), accelerometry, and heart rate (HR) for estimating energy expenditure (EE) during level and graded outdoor walking. Design Thirty adults completed 6-min outdoor walks at speeds of 2.0, 3.5, and 5.0 km h−1 during three randomized outdoor walking sessions: one level walking session and two graded (uphill and downhill) walking sessions on a 3.4% and a 10.4% grade. EE was measured using a portable metabolic system (K4b2). Participants wore a GlobalSat® DG100 GPS receiver, an ActiGraph™ wGT3X+ accelerometer, and a Polar® HR monitor. Linear mixed models (LMMs) were tested for EE predictions based on GPS speed and grade, accelerometer counts or HR-related parameters (alone and combined). Root-mean-square error (RMSE) was used to determine the accuracy of the models. Published speed/grade-, count-, and HR-based equations were also cross-validated. Results According to the LMMs, GPS was as accurate as accelerometry (RMSE = 0.89–0.90 kcal min−1) and more accurate than HR (RMSE = 1.20 kcal min−1) for estimating EE during level walking; GPS was the most accurate method for estimating EE during both level and uphill (RMSE = 1.34 kcal min−1)/downhill (RMSE = 0.84 kcal min−1) walking; combining methods did not increase the accuracy reached using GPS (or accelerometry for level walking). The cross-validation results were in accordance with the LMMs, except for downhill walking. Conclusions Our study provides useful information regarding the best method(s) for estimating EE with appropriate equations during level and graded outdoor walking.

Published
2018
Full Text
View/download PDF

28. Impact of pasteurization of human milk on the kinetics of peptide release during gastric digestion in the preterm infant

Author

Amélie Deglaire, Florian Kroell, Samira Cássia de Oliveira, Julien Jardin, Valérie Briard-Bion, Mathieu Emily, Amandine Bellanger, Patrick Pladys, Olivia Ménard, Claire Bourlieu, Didier Dupont, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Unité pédiatrique, Centre Hospitalier Universitaire [Rennes], Faculté de Médecine, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Ingénierie des Agro-polymères et Technologies Émergentes (UMR IATE), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infogest, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR UMR INRA / AgroCampus Rennes : Science et Technologie du Lait et de l'?uf (1253)., Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle Mère-Enfant, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus (LMA2), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf ( STLO ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Rennes, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Ingénierie des Agro-polymères et Technologies Émergentes ( IATE ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Université de Montpellier ( UM ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), CHU Rennes, Unité pédiatrique / CIC-INSERM, Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus ( LMA2 ), Université de Rennes - Faculté de Médecine (UR Médecine), and Université de Rennes (UR)

Subjects
lait pasteurisé, allegation nutritionnelle, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Ingénierie des aliments, pasteurisation, prématuré, digestion, human health, allégations nutritionnelles et de santé, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Food and Nutrition, Food engineering, allégation nutritionnelle, lait humain, pasteurizing, enfant prématuré, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, pasteurized milk, human milk, santé humaine, digestion gastrique, traitement thermique de l'aliment, premature infant, peptide, protéine, peptide bioactif, Alimentation et Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, nouveau-né
Abstract

Human milk is the ideal food for the newborn infant (WHO, 2015). Donor human milk is pasteurized for sanitary reasons, which can affect the gastric hydrolysis of intact proteins (De Oliveira et al., 2017). This study aimed to evaluate whether this also affects the kinetics of peptide release during gastric digestion in the preterm infant. Twelve hospitalized preterm infants fed by a nasogastric tube received daily the own mother’s milk as raw (RHM) or pasteurized (PHM), over 6 days (NCT02112331). Gastric content was withdrawn before the meal and either 35, 60 or 90 min after the feeding start. The postprandial sampling was conducted in duplicate on two different meals. Samples were analysed semi-quantitatively by tandem mass spectrometry coupled to nano-chromatography. After data transformation, a mixed linear model was applied to each peptide with the main factors being postprandial time, meal and their interaction. All interaction coefficients were subjected to an ascending hierarchical classification. Five clusters were identified over 1579 peptides, originating at 58% from β-casein and at 10% from lactoferrin. Clusters were significantly characterized by the parent protein and amino acid cut-off. Over three clusters (1, 3, 4; 32% of the peptides), peptide abundancy was significantly higher for PHM even before digestion, with the parent protein being represented more by β-casein and less by lactoferrin than in overall. On cluster 5 (23%), peptide abundancy was slightly higher for PHM. On cluster 2 (44% of the peptides), there was no difference of abundancy between RHM and PHM over the digestion course; the parent protein was more represented by lactoferrin than in overall. Pasteurization impacted the kinetics of peptide release for 56% of the peptides, which could partly result from the activation of the milk proteolytic system of plasmin (Deglaire et al., 2016). These modifications could impact the peptide bioactivities and/or amino acid absorption kinetics.

Published
2017

29. Power evaluation of asymptotic tests for comparing two binomial proportions to detect direct and indirect association in large-scale studies

Author

Mathieu Emily, Chloé Friguet, Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus (LMA2), AGROCAMPUS OUEST, Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environment observation with complex imagery (OBELIX), Université de Bretagne Sud (UBS)-SIGNAUX ET IMAGES NUMÉRIQUES, ROBOTIQUE (IRISA-D5), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus ( LMA2 ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Environment observation with complex imagery ( OBELIX ), Université de Bretagne Sud ( UBS ) -SIGNAUX ET IMAGES NUMÉRIQUES, ROBOTIQUE ( IRISA-D5 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), SIGNAUX ET IMAGES NUMÉRIQUES, ROBOTIQUE (IRISA-D5), and ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011)

Subjects
0301 basic medicine, Statistics and Probability, [ STAT ] Statistics [stat], Binomial (polynomial), Scale (ratio), Epidemiology, genetic association studies, Biostatistics, Polymorphism, Single Nucleotide, 01 natural sciences, local alternatives, 010104 statistics & probability, 03 medical and health sciences, Gene Frequency, Health Information Management, Statistics, Econometrics, Humans, odds ratio, Computer Simulation, χ2 test, 0101 mathematics, Association (psychology), Mathematics, Likelihood Functions, Molecular Epidemiology, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], Models, Statistical, Uniformly most powerful test, [ STAT.AP ] Statistics [stat]/Applications [stat.AP], Test power, likelihood ratio test, Power (physics), [STAT]Statistics [stat], Logistic Models, 030104 developmental biology, Sample size determination, Case-Control Studies, Sample Size, Likelihood-ratio test, Asymptotic tests, Genome-Wide Association Study
Abstract

Asymptotic tests are commonly used for comparing two binomial proportions when the sample size is sufficiently large. However, there is no consensus on the most powerful test. In this paper, we clarify this issue by comparing the power functions of three popular asymptotic tests: the Pearson’s χ2 test, the likelihood-ratio test and the odds-ratio based test. Considering Taylor decompositions under local alternatives, the comparisons lead to recommendations on which test to use in view of both the experimental design and the nature of the investigated signal. We show that when the design is balanced between the two binomials, the three tests are equivalent in terms of power. However, when the design is unbalanced, differences in power can be substantial and the choice of the most powerful test also depends on the value of the parameters of the two compared binomials. We further investigated situations where the two binomials are not compared directly but through tag binomials. In these cases of indirect association, we show that the differences in power between the three tests are enhanced with decreasing values of the parameters of the tag binomials. Our results are illustrated in the context of genetic epidemiology where the analysis of genome-wide association studies provides insights regarding the low power for detecting rare variants.

Published
2017
Full Text
View/download PDF

33. Power comparison of Cochran-Armitage trend test against allelic and genotypic tests in large-scale case-control genetic association studies

Author

Mathieu Emily, Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus ( LMA2 ), AGROCAMPUS OUEST, Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus (LMA2), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest

Subjects
0301 basic medicine, Statistics and Probability, Biomedical Research, Genotype, Epidemiology, Genome-wide association study, Hardy-Weinberg equilibrium, 03 medical and health sciences, Health Information Management, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Statistics, non-central chi-squared distribution, Humans, likelihood-ratio test, Genetic Predisposition to Disease, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Cochran-Armitage trend test, Power function, Alleles, Genetic association, Mathematics, Likelihood Functions, Uniformly most powerful test, Hardy–Weinberg principle, Pearson's chi-squared test, 030104 developmental biology, Sample size determination, Likelihood-ratio test, Cochran–Armitage test for trend, Linear Models, Algorithms, Genome-Wide Association Study
Abstract

A paraître; International audience; The Cochran-Armitage trend test (CA) has become a standard procedure for association testing in large-scale genome-wide association studies (GWAS). However, when the disease model is unknown, there is no consensus on the most powerful test to be used between CA, allelic, and genotypic tests. In this article, we tackle the question of whether CA is best suited to single-locus scanning in GWAS and propose a power comparison of CA against allelic and genotypic tests. Our approach relies on the evaluation of the Taylor decompositions of non-centrality parameters, thus allowing an analytical comparison of the power functions of the tests. Compared to simulation-based comparison, our approach offers the advantage of simultaneously accounting for the multidimensionality of the set of features involved in power functions. Although power for CA depends on the sample size, the case-to-control ratio and the minor allelic frequency (MAF), our results first show that it is largely influenced by the mode of inheritance and a deviation from Hardy–Weinberg Equilibrium (HWE). Furthermore, when compared to other tests, CA is shown to be the most powerful test under a multiplicative disease model or when the single-nucleotide polymorphism largely deviates from HWE. In all other situations, CA lacks in power and differences can be substantial, especially for the recessive mode of inheritance. Finally, our results are illustrated by the comparison of the performances of the statistics in two genome scans.

Published
2016
Full Text
View/download PDF

34. Impact de la pasteurisation du lait maternel sur les cinétiques de libération des peptides au cours de la digestion gastrique chez le nouveau-né prématuré

Author

Didier Dupont, C. Bourlieu-Lacanal, Amélie Deglaire, Valérie Briard-Bion, Amandine Bellanger, Florian Kroell, S. de Oliveira, Mathieu Emily, Julien Jardin, Olivia Ménard, Patrick Pladys, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité pédiatrique, Centre Hospitalier Universitaire [Rennes], Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf ( STLO ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Centre Hospitalier Universitaire de Rennes

Subjects
0301 basic medicine, cinétique de digestion, 030109 nutrition & dietetics, Nutrition and Dietetics, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, 010401 analytical chemistry, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, pasteurisation, prématurité, 01 natural sciences, peptide, 0104 chemical sciences, 03 medical and health sciences, lait maternel, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Internal Medicine, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, nouveau-né
Abstract

Introduction et but de l’étude : Le lait maternel est l’aliment idéal pour le nouveau-né, particulièrement chez le prématuré (WHO, 2015). Il peut être pasteurisé pour des raisons sanitaires, ce qui peut notamment modifier les cinétiques globales de protéolyse (De Oliveira et al., 2015, 2016, soumis). L’objectif de cette étude était d’évaluer l’impact de la pasteurisation du lait maternel sur les cinétiques de libération des produits intermédiaires de protéolyse, i.e les peptides.Matériel et méthodes : 12 enfants prématurés hospitalisés (30.0 ± 1.0 semaines d’aménorrhée; 1.4 ± 0.3 kg), nourris par sonde gastrique, ont participé à cette étude randomisée (NCT02112331). Sur 6 jours consécutifs, chaque enfant recevait le même jour deux repas tests à base de lait maternel cru (LMC) ou pasteurisé (LMP). Les effluents gastriques étaient collectés en double à 35, 60 ou 90 min. Le lait avant digestion et les effluents étaient analysés semi-quantitativement en spectrométrie de masse tandem, après séparation par nano-chromatographie. Après transformation des données et application pour chaque peptide d’un modèle linéaire mixte (facteurs : Temps, Repas, Repas x Temps, Jour(Temps), Poids corporel, Teneur en Protéines du Lait et Sujet), une classification hiérarchique ascendante était réalisée sur les coefficients d’interaction « Repas x Temps » et des clusters de peptides étaient ainsi identifiés (logiciel R).Résultats et Analyse statistique : La classification de 1579 peptides (6 à 51 acides aminés; caséine-β : 58%, lactoferrine: 10%), mettait en évidence 5 clusters, caractérisés par la protéine d’origine (P-value = 7.1 *10-9) et les acides aminés du site de coupure (P-value = 7.5 *10-5). Sur les clusters 1, 3 et 4 (32% des peptides), l’abondance était en moyenne significativement plus élevée pour LMP, ce même avant digestion. Ces clusters comprenaient une proportion significativement plus élevée de caséine-β par rapport à l’ensemble des peptides et à l’inverse significativement moins de lactoferrine. Pour le cluster 1, l’acide aminé correspondant au site de coupure de la plasmine était significativement plus représenté que dans l’ensemble. Pour le cluster 5 (23% des peptides), de légères différences d’abondance étaient observées avec globalement une abondance supérieure pour LMP. Enfin, pour le cluster 2 (44% des peptides), il n’y avait pas de différences de cinétiques sur l’ensemble de la digestion. Ce cluster comprenait significativement plus de lactoferrine que dans l’ensemble.Conclusion : La pasteurisation impactait les cinétiques de libération pour 56% des peptides, avec 32% ayant une abondance plus importante dans le lait pasteurisé ce même avant digestion. Ceci pourrait résulter d’une activation du système protéolytique endogène de la plasmine (Deglaire et al., 2016). Ces modifications pourraient avoir des conséquences nutritionnelles impactant la bioactivité des peptides et/ou les cinétiques d’absorption des acides aminés.

Published
2016

35. Impact of human milk pasteurization on the kinetics of peptide release during in vitro dynamic term newborn digestion

Author

Amélie Deglaire, Didier Dupont, Mathieu Emily, Claire Bourlieu, Julien Jardin, Valérie Briard-Bion, Olivia Ménard, Samira de Oliveira, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf ( STLO ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Departamento de Ciência da Computação [Minas Gerais] ( DCC - UFMG ), Universidade Federal de Minas Gerais [Belo Horizonte] ( UFMG ), Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus ( LMA2 ), AGROCAMPUS OUEST, Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Departamento de Ciência da Computação [Minas Gerais] (DCC - UFMG), Universidade Federal de Minas Gerais [Belo Horizonte] (UFMG), Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus (LMA2), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), 'COST (European Cooperation in Science and Technology) Action FA1005 'Improving health properties of food by sharing our knowledge on the digestive process (INFOGEST).', Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest

Subjects
0301 basic medicine, Plasmin, Proteolysis, Clinical Biochemistry, Kinetics, Pasteurization, Peptide, digestion, Biochemistry, Analytical Chemistry, law.invention, 03 medical and health sciences, law, Tandem Mass Spectrometry, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], medicine, Humans, Food science, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Peptidomics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, 030109 nutrition & dietetics, medicine.diagnostic_test, biology, Milk, Human, Lactoferrin, Human milk, Infant, Newborn, Milk Proteins, In vitro, 030104 developmental biology, chemistry, biology.protein, Digestion, Peptides, medicine.drug, Chromatography, Liquid
Abstract

International audience; Holder pasteurization (62.5°C, 30 min) ensures sanitary quality of donor’s human milk but also denatures beneficial proteins. Understanding whether this further impacts the kinetics of peptide release during gastrointestinal digestion of human milk was the aim of the present paper. Mature raw (RHM) or pasteurized (PHM) human milk were digested (RHM, n = 2; PHM, n = 3) by an in vitro dynamic system (term stage). Label-free quantitative peptidomics was performed onmilk and digesta (ten time points). Ascending hierarchical clustering was conducted on “Pasteurization × Digestion time” interaction coefficients. Preproteolysis occurred in human milk (159 unique peptides; RHM: 91, PHM: 151), mostly on -casein (88% of the endogenous peptides). The predicted cleavage number increased with pasteurization, potentially through plasmin activation (plasmin cleavages: RHM, 53; PHM, 76). During digestion, eight clusters resumed 1054 peptides from RHM and PHM, originating for 49% of them from -casein. For seven clusters (57% of peptides), the kinetics of peptide release differed between RHM and PHM. The parent protein was significantly linked to the clustering (p-value = 1.4 E-09), with -casein and lactoferrin associated to clusters in an opposite manner. Pasteurization impacted selectively gastric and intestinal kinetics of peptide release in term newborns, which may have further nutritional consequences.

Published
2016
Full Text
View/download PDF

36. Studying One and Two-Finger Perception of Tactile Directional Cues

Author

Maud Marchal, Yoren Gaffary, Mathieu Emily, Anouk Asselin, Marine Pellan, Anatole Lécuyer, Anthony Chabrier, Adrien Girard, Florian Gosselin, Benoit Peigne, 3D interaction with virtual environments using body and mind (Hybrid), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-MEDIA ET INTERACTIONS (IRISA-D6), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus (LMA2), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire de Robotique Interactive (LRI), Département Intelligence Ambiante et Systèmes Interactifs (DIASI), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Imperial College London, Fernando Bello, Hiroyuki Kajimoto, Yon Visell, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), and ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011)

Subjects
media_common.quotation_subject, Tactile device, Tactile perception, Middle finger, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Perception, 0103 physical sciences, Ring finger, medicine, Computer vision, 010306 general physics, media_common, business.industry, Index (typography), fingertip stimulation, [INFO.INFO-GR]Computer Science [cs]/Graphics [cs.GR], body regions, medicine.anatomical_structure, Artificial intelligence, Psychology, business, 030217 neurology & neurosurgery, multifinger
Abstract

ISBN: 978-3-319-42324-1 ; 978-3-319-42323-4; International audience; In this paper, we study the perception of tactile directional cues by one or two fingers, using either the index, middle, or ring finger, or any of their combination. Therefore, we use tactile devices able to stretch the skin of the fingertips in 2 DOF along four directions: horizontal, vertical, and the two diagonals. We measure the recognition rate in each direction, as well as the subjective preference, depending on the (couple of) finger(s) stimulated. Our results show first that using the index and/or middle finger performs significantly better than using the ring finger on both qualitative and quantitative measures. The results when comparing one versus two-finger configurations are more contrasted. The recognition rate of the diagonals is higher when using one finger than two, whereas two fingers enable a better perception of the horizontal direction. These results pave the way to other studies on one versus two-finger perception, and raise methodological considerations for the design of multi-finger tactile devices.

Published
2016
Full Text
View/download PDF

37. AGGrEGATOr: A Gene-based GEne-Gene interActTiOn test for case-control association studies

Author

Mathieu Emily, Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus ( LMA2 ), AGROCAMPUS OUEST, Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus (LMA2), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest

Subjects
0301 basic medicine, Statistics and Probability, minP, Computer science, Genome-wide association study, Single-nucleotide polymorphism, Coronary Artery Disease, computer.software_genre, Polymorphism, Single Nucleotide, Statistical power, News aggregator, Arthritis, Rheumatoid, 03 medical and health sciences, Crohn Disease, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Genetics, Humans, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Molecular Biology, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Statistical hypothesis testing, Genetic association, gene-gene interaction, Models, Statistical, Epistasis, Genetic, Replicate, Computational Mathematics, 030104 developmental biology, Case-Control Studies, genome-wide association, Data mining, computer, Algorithms, Genome-Wide Association Study
Abstract

Among the large of number of statistical methods that have been proposed to identify gene-gene interactions in case-control genome-wide association studies (GWAS), gene-based methods have recently grown in popularity as they confer advantage in both statistical power and biological interpretation. All of the gene-based methods jointly model the distribution of single nucleotide polymorphisms (SNPs) sets prior to the statistical test, leading to a limited power to detect sums of SNP-SNP signals. In this paper, we instead propose a gene-based method that first performs SNP-SNP interaction tests before aggregating the obtained p-values into a test at the gene level. Our method called AGGrEGATOr is based on a minP procedure that tests the significance of the minimum of a set of p-values. We use simulations to assess the capacity of AGGrEGATOr to correctly control for type-I error. The benefits of our approach in terms of statistical power and robustness to SNPs set characteristics are evaluated in a wide range of disease models by comparing it to previous methods. We also apply our method to detect gene pairs associated to rheumatoid arthritis (RA) on the GSE39428 dataset. We identify 13 potential gene-gene interactions and replicate one gene pair in the Wellcome Trust Case Control Consortium dataset at the level of 5%. We further test 15 gene pairs, previously reported as being statistically associated with RA or Crohn's disease (CD) or coronary artery disease (CAD), for replication in the Wellcome Trust Case Control Consortium dataset. We show that AGGrEGATOr is the only method able to successfully replicate seven gene pairs.

Published
2016
Full Text
View/download PDF

39. Spatial cluster detection using nearest neighbor distance

Author

Nicolas Picard, Mathieu Emily, Avner Bar-Hen, Mathématiques Appliquées à Paris 5 ( MAP5 - UMR 8145 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus ( LMA2 ), AGROCAMPUS OUEST, Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), OSA ( XLIM-OSA ), XLIM ( XLIM ), Université de Limoges ( UNILIM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Limoges ( UNILIM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Mathématiques Appliquées Paris 5 (MAP5 - UMR 8145), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions (INSMI)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mathématiques Appliquées Agrocampus (LMA2), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), OSA (XLIM-OSA), XLIM (XLIM), Université de Limoges (UNILIM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest

Subjects
Statistics and Probability, F40 - Écologie végétale, Distribution géographique, Closeness, Management, Monitoring, Policy and Law, Spatial distribution, Measure (mathematics), Point process, k-nearest neighbors algorithm, Écologie forestière, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Statistics, Cluster (physics), Dynamique des populations, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Forêt tropicale humide, Computers in Earth Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mathematics, point process, Méthode statistique, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, business.industry, Modèle de simulation, Pattern recognition, 15. Life on land, Classification, K10 - Production forestière, Hierarchical clustering, Cluster detection, Régime sylvicole, nearest-neighbor distance, Transformation (function), peuplement forestier, Artificial intelligence, business, Espacement
Abstract

Motivated by the analysis of the impact of ecological processes on spatial distribution of tree species, we introduce in this paper a novel approach to detect spatial cluster of points. Our procedure is based on an iterative transformation of the distance between points into a measure of closeness. Our measure has the advantage of being independent of an arbitrary cluster shape and allowing adjustment for covariates. The comparison of the observed measure of closeness to a reference point process leads to a hierarchical clustering of spatial points. The selection of the optimal number of clusters is performed using the Gap statistic. Our procedure is illustrated on a spatial distribution of the Dicorynia guianensis species in the French Guiana terra firme rainforest.

Published
2015
Full Text
View/download PDF

40. Conditional Coalescent Trees With Two Mutation Rates and Their Application to Genomic Instability

Author

Mathieu Emily, Olivier François, TIMB, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Modelling and Inference of Complex and Structured Stochastic Systems [?-2006] (MISTIS [?-2006]), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire de Modélisation et Calcul (LMC - IMAG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Genome instability, Mutation rate, DNA Repair, DNA repair, Investigations, Biology, Genomic Instability, Coalescent theory, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Genetics, Humans, Gene, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Polymorphism, Genetic, Models, Genetic, Nucleotides, Computational Biology, Tumor progression, 030220 oncology & carcinogenesis, Mutation, Mutation (genetic algorithm), DNA mismatch repair
Abstract

Humans have invested several genes in DNA repair and fidelity replication. To account for the disparity between the rarity of mutations in normal cells and the large number of mutations present in cancer, an hypothesis is that cancer cells must exhibit a mutator phenotype (genomic instability) during tumor progression, with the initiation of abnormal mutation rates caused by the loss of mismatch repair. In this study we introduce a stochastic model of mutation in tumor cells with the aim of estimating the amount of genomic instability due to the alteration of DNA repair genes. Our approach took into account the difficulties generated by sampling within tumoral clones and the fact that these clones must be difficult to isolate. We provide corrections to two classical statistics to obtain unbiased estimators of the raised mutation rate, and we show that large statistical errors may be associated with such estimators. The power of these new statistics to reject genomic instability is assessed and proved to increase with the intensity of mutation rates. In addition, we show that genomic instability cannot be detected unless the raised mutation rates exceed the normal rates by a factor of at least 1000.

Published
2006
Full Text
View/download PDF

41. Spatial Correlation of Gene Expression Measures in Tissue Microarray Core Analysis

Author

Mathieu Emily, Didier Morel, Raphael Marcelpoil, Olivier François, TIMB, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)

Subjects
Spatial correlation, Pathology, medicine.medical_specialty, Random geometry, Computational biology, Biology, 01 natural sciences, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 010104 statistics & probability, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Breast cancer, Gene expression, Covariate, medicine, 0101 mathematics, Tissue microarrays, Spatial analysis, Cancer prognosis, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], Tissue microarray, medicine.disease, Spatially marked point process, Voronoi tesselation, 030220 oncology & carcinogenesis, Breast carcinoma
Abstract

International audience; Tissue microarrays (TMAs) make possible the screening of hundreds of different tumour samples for the expression of a specific protein. Automatic features extraction procedures lead to a series of covariates corresponding to the averaged stained scores. In this article, we model the random geometry of TMA cores using voronoi tesselations. This formalism enables the computation of indices of spatial correlation of stained scores using both classical and novel approaches. The potential of these spatial statistics to correctly discriminate between diseased and non-diseased cases is evaluated through the analysis of a TMA containing samples of breast carcinoma data. The results indicate a significant improvement in the breast cancer prognosis.

Published
2005
Full Text
View/download PDF

42. MetAmyl: a METa-predictor for AMYLoid proteins

Author

Christian Delamarche, Mathieu Emily, Anthony Talvas, Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), 3D interaction with virtual environments using body and mind ( Hybrid ), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -MEDIA ET INTERACTIONS ( IRISA-D6 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Interactions cellulaires et moléculaires ( ICM ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -IFR140-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), 3D interaction with virtual environments using body and mind (Hybrid), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-MEDIA ET INTERACTIONS (IRISA-D6), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions cellulaires et moléculaires (ICM), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Models, Molecular, Amyloid, Science, Amyloidogenic Proteins, Biology, Bioinformatics, Fibril, Frameshift mutation, 03 medical and health sciences, Protein sequencing, medicine, Humans, Point Mutation, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amino Acids, [ SDV.BBM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Multidisciplinary, Point mutation, Amyloidosis, 030302 biochemistry & molecular biology, Medullary thyroid cancer, medicine.disease, 3. Good health, Cardiac amyloidosis, Medicine, Peptides, Algorithms, Research Article
Abstract

International audience; The aggregation of proteins or peptides in amyloid fibrils is associated with a number of clinical disorders, including Alzheimer's, Huntington's and prion diseases, medullary thyroid cancer, renal and cardiac amyloidosis. Despite extensive studies, the molecular mechanisms underlying the initiation of fibril formation remain largely unknown. Several lines of evidence revealed that short amino-acid segments (hot spots), located in amyloid precursor proteins act as seeds for fibril elongation. Therefore, hot spots are potential targets for diagnostic/therapeutic applications, and a current challenge in bioinformatics is the development of methods to accurately predict hot spots from protein sequences. In this paper, we combined existing methods into a meta-predictor for hot spots prediction, called MetAmyl for METapredictor for AMYLoid proteins. MetAmyl is based on a logistic regression model that aims at weighting predictions from a set of popular algorithms, statistically selected as being the most informative and complementary predictors. We evaluated the performances of MetAmyl through a large scale comparative study based on three independent datasets and thus demonstrated its ability to differentiate between amyloidogenic and non-amyloidogenic polypeptides. Compared to 9 other methods, MetAmyl provides significant improvement in prediction on studied datasets. We further show that MetAmyl is efficient to highlight the effect of point mutations involved in human amyloidosis, so we suggest this program should be a useful complementary tool for the diagnosis of these diseases.

Published
2013
Full Text
View/download PDF

43. Novel Interactive Techniques for Bimanual Manipulation of 3D Objects with Two 3DoF Haptic Interfaces

Author

Mathieu Emily, Maud Marchal, Clément Nicolas, Anatole Lécuyer, Anthony Talvas, Gabriel Cirio, Virtual Reality for Improved Innovative Immersive Interaction ( VR4I ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Cachan ( ENS Cachan ) -Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Virtual Reality for Improved Innovative Immersive Interaction (VR4I), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Rennes (UR), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Université de Rennes (UNIV-RENNES), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)

Subjects
0209 industrial biotechnology, Viewport, Computer science, business.industry, 05 social sciences, 02 engineering and technology, Workspace, [ INFO.INFO-GR ] Computer Science [cs]/Graphics [cs.GR], Object (computer science), Adaptation method, [INFO.INFO-GR]Computer Science [cs]/Graphics [cs.GR], 020901 industrial engineering & automation, 0501 psychology and cognitive sciences, Computer vision, Artificial intelligence, Set (psychology), Adaptation (computer science), business, 050107 human factors, Haptic technology, ComputingMethodologies_COMPUTERGRAPHICS
Abstract

International audience; This paper presents a set of novel interactive techniques adapted to two-handed manipulation of objects with dual 3DoF single-point haptic devices. We first propose the double bubble for bimanual haptic exploration of virtual environments through hybrid position/rate controls, and a bimanual viewport adaptation method that keeps both proxies on screen in large environments. We also present two bimanual haptic manipulation techniques that facilitate pick-and-place tasks: the joint control, which forces common control modes and control/display ratios for two interfaces grabbing an object, and the magnetic pinch, which simulates a magnet-like attraction between both hands to prevent unwanted drops of that object. An experiment was conducted to assess the efficiency of these techniques for pick-and-place tasks, by comparing the double bubble with viewport adaptation to the clutching technique for extending the workspaces, and by measuring the benefits of the joint control and magnetic pinch.

Published
2012

44. Using Biological Networks to Search for Interacting Loci in genome-wide association studies

Author

Mathieu Emily, Leif Schauser, Mikkel H. Schierup, Thomas Mailund, Jotun Hein, Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bioinformatics Research Center ( BiRC ), Department of Statistics [Oxford], University of Oxford [Oxford], Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Bioinformatics Research Center (BiRC), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and University of Oxford

Subjects
epistasis, Bipolar Disorder, Genotype, Single-nucleotide polymorphism, Locus (genetics), Genome-wide association study, Biology, Article, Arthritis, Rheumatoid, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Crohn Disease, Risk Factors, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Protein Interaction Mapping, Genetics, SNP, Humans, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Genotyping, Genetics (clinical), Alleles, 030304 developmental biology, Genetic association, 0303 health sciences, biological network, Models, Statistical, Models, Genetic, Computational Biology, Epistasis, Genetic, News and Commentary, [STAT.TH]Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [ STAT.TH ] Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], Phenotype, association studies, Hypertension, Epistasis, genome-wide scan, 030217 neurology & neurosurgery, Biological network, Genome-Wide Association Study
Abstract

International audience; Genome-wide association studies have identified a large number of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) that individually predispose to diseases. However, many genetic risk factors remain unaccounted for. Proteins coded by genes interact in the cell, and it is most likely that certain variants mainly affect the phenotype in combination with other variants, termed epistasis. An exhaustive search for epistatic effects is computationally demanding, as several billions of SNP pairs exist for typical genotyping chips. In this study, the experimental knowledge on biological networks is used to narrow the search for two-locus epistasis. We provide evidence that this approach is computationally feasible and statistically powerful. By applying this method to the Wellcome Trust Case–Control Consortium data sets, we report four significant cases of epistasis between unlinked loci, in susceptibility to Crohn's disease, bipolar disorder, hypertension and rheumatoid arthritis.

Published
2009
Full Text
View/download PDF

45. Risk Assessment for Hospital-Acquired Diseases: A Risk-Theory Approach

Author

Mathieu Emily, Pierre Casez, Olivier François, Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), TIMB, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications [Grenoble] ( TIMC-IMAG ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology ( Grenoble INP ) -IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology ( Grenoble INP ) -IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)

Subjects
medicine.medical_specialty, Disease, 01 natural sciences, Risk Assessment, 010104 statistics & probability, 03 medical and health sciences, Patient safety, 0302 clinical medicine, Physiology (medical), Statistics, Econometrics, Medicine, Humans, 030212 general & internal medicine, 0101 mathematics, Safety, Risk, Reliability and Quality, Event (probability theory), Estimation, Deviation risk measure, Cross Infection, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], business.industry, Public health, Nonparametric statistics, Models, Theoretical, humanities, 3. Good health, [ SDV.GEN.GPO ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], business, Risk assessment
Abstract

International audience; We introduce a new approach to hospital-acquired disease risk assessment from public health databases. In a spirit similar to actuarial risk theory, we define an adjustment coefficient that can quantify the risk associated with a hospital department, allowing comparisons of similar departments. The adjustment coefficient characterizes the tail of the distribution of the total patient length of stay in a department before the first disease event occurs. We show that this coefficient is the solution of a Lundberg-like equation, and we provide a nonparametric estimation procedure for this measure, based on a Cram?Lundberg approximation for the tail of the distribution. Using simulations, we provide evidence of the robustness of the approximation to various individual risk models. In addition, we illustrate the relevance of this approach by evaluating the risk associated with a standard patient safety indicator in 20 hospitals of southeastern France.

Published
2009
Full Text
View/download PDF

47. Biological networks and epistasis in genome-wide association studies

Author

Leif Schauser, Thomas Mailund, Mathieu Emily, Mikkel H. Schierup, Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
Metabolic network, Single-nucleotide polymorphism, Genome-wide association study, Computational biology, [STAT.TH]Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], Biology, [ STAT.TH ] Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Multiple comparisons problem, Epistasis, SNP, General Materials Science, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Biological network, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genetic association
Abstract

Over the last few years, technological improvements have made possible the genotyping of hundreds of thousands of SNPs, enabling whole-genome association studies. The first genome-wide association studies have recently been completed to detect causal variant for complex traits. Although increasing evidence suggests that interaction between loci, such as epistasis between two loci, should be considered, most of these studies proceed by considering each SNP independently. One reason for this choice is that looking at all pairs of SNPs increases dramatically the number of tests (approximatively 50 billions of tests for a 300,000 SNPs data set) that faces with computational limitation and strong multiple testing correction.We proposed to reduce the number of tests by focusing on pairs of SNPs that belong to genes known to interact in some metabolic network. Although some interactions might be missed, these pairs of genes are good candidates for epistasis. Furthermore the use of protein interaction databases (such as the STRING database) may reduce the number of tests by a factor of 5,000.Results using this approach will be presented on simulated data sets and on public data sets.

Published
2007

48. A statistical approach to estimating the strength of cell-cell interactions under the differential adhesion hypothesis

Author

Mathieu Emily, Olivier François, TIMB, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)

Subjects
Computer science, Health Informatics, lcsh:Computer applications to medicine. Medical informatics, 01 natural sciences, Models, Biological, MESH: Cell Adhesion, Quantitative Biology::Cell Behavior, 010104 statistics & probability, 03 medical and health sciences, Modelling and Simulation, Statistics, Cell Adhesion, Humans, 0101 mathematics, Cell adhesion, lcsh:QH301-705.5, Monte Carlo algorithm, 030304 developmental biology, MESH: Medulloblastoma, 0303 health sciences, Computational model, MESH: Humans, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Models, Statistical, Markov chain, Research, Statistical parameter, MESH: Models, Biological, Experimental data, Adhesion, lcsh:Biology (General), Modeling and Simulation, Differential adhesion hypothesis, lcsh:R858-859.7, Biological system, MESH: Models, Statistical, Medulloblastoma
Abstract

Background The Differential Adhesion Hypothesis (DAH) is a theory of the organization of cells within a tissue which has been validated by several biological experiments and tested against several alternative computational models. Results In this study, a statistical approach was developed for the estimation of the strength of adhesion, incorporating earlier discrete lattice models into a continuous marked point process framework. This framework allows to describe an ergodic Markov Chain Monte Carlo algorithm that can simulate the model and reproduce empirical biological patterns. The estimation procedure, based on a pseudo-likelihood approximation, is validated with simulations, and a brief application to medulloblastoma stained by beta-catenin markers is given. Conclusion Our model includes the strength of cell-cell adhesion as a statistical parameter. The estimation procedure for this parameter is consistent with experimental data and would be useful for high-throughput cancer studies.

Published
2007
Full Text
View/download PDF

50. Death, taxes and power. Power of attorney and its critical choices

Author

Mathieu, Emily

Subjects
Power of attorney -- Laws, regulations and rules, Personal finance -- Management, Government regulation, Company business management, Banking, finance and accounting industries, Business, Business, international
Published
2006

Catalog

Books, media, physical & digital resources
See catalog results