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miRNA-Seq raw, quality controlled and aligned reads: Rows represent samples, where MDCK 1â 4 and MDCK-Ras 1â 4 refer to the biological replicates. Numbers are single-end read counts in million. (PDF 35 kb)

RNA-Seq raw, quality controlled and aligned reads. Rows represent samples, where MDCK 1â 4 and MDCK-Ras 1â 4 refer to the biological replicates. Numbers are paired-end read counts in million. (PDF 34 kb)

miRNA-Seq gene counts: Listed are numbers of miRNAs detected/predicted when our miRNA-Seq data were aligned to miRNAs from dog, human or other species. Numbers of differentially expressed miRNAs between MDCK and MDCK-Ras cells are shown in the right two columns. The numbers of genes with a fold change greater than two are shown within parentheses. (PDF 37 kb)

Characterization of MDCK and MDCK-Ras cells: (A) Species-specific PCR of restriction fragment length polymorphism. The lane containing the MDCK-Ras sample was inserted from another part of the same gel. (B) Immunoprecipitation and Western Blot analysis of V12-Ha-Ras. (PDF 3891 kb)

(A) FASTQC quality check report on the read length distribution of miRNA-Seq data after adaptor and quality-based trimming of reads. (B) Heatmap plot and dendogram based on sample-to-sample Euclidean distances between miRNA-Seq samples (dark for small distances). MDCK 1–4 represent the biological replicates of MDCK cells, MDCK-Ras 1–4 those of MDCK-Ras cells. (PDF 253 kb)

Heatmap plot and dendogram based on sample-to-sample Euclidean distances between RNA-Seq samples (dark for small distances). MDCK 1â 4 represent the biological replicates of MDCK cells, MDCK-Ras 1â 4 those of MDCK-Ras cells. (PDF 222 kb)

RNA-Seq gene counts. Listed are number of genes found and differentially expressed. The numbers of genes with a fold change greater than two are shown within parentheses. (PDF 38 kb)

Signal transducer and activator of transcription (STAT) 1 is part of the Janus kinase (JAK)/STAT signalling cascade and is best known for its essential role in mediating responses to all types of interferons (IFN). STAT1 regulates a variety of cellular processes, such as antimicrobial activities, cell proliferation and cell death. It exerts important immune modulatory activities both in the innate and the adaptive arm of the immune system. Based on studies in mice and data from human patients, STAT1 is generally considered a tumour suppressor but there is growing evidence that it can also act as a tumour promoter. This review aims at contrasting the two faces of STAT1 in tumourigenesis and providing an overview on the current knowledge of the underlying mechanisms or pathways.

Master thesis - University of Veterinary Medicine Vienna - 2020, Multiple Myeloma (MM) is characterized by an accumulation of malignant plasma cells in the bone marrow and represents the second most common hematological malignancy. Despite the implementation of several novel therapeutic options, including the proteasome inhibitor (PI) carfilzomib (CARF), MM is still incurable. This is mainly attributed to the frequent occurrence of treatment-resistant disease, underlying the urgent need for novel therapeutic strategies. We therefore generated CARF resistant human MM cell lines (HMMCLs) to tackle CARF resistance in MM. According to the results of a high-throughput drug repurposing screen (> 2000 compounds) we selected five hit candidates that appeared to overcome CARF resistance. In this study, we validated our preliminary high-throughput findings and tested the identified hits in both, mono- and co-culture assays. These experiments demonstrated that two of the hits, fangchinoline (FANG) and nelfinavir (NEL), were particularly efficient in re-sensitizing resistant MM cells to CARF. Next, we were interested in the mechanism of action of these compounds. We speculated that both, FANG and NEL, were able to specifically re-activate the PI-induced endoplasmic reticulum (ER) stress pathway in combination with CARF. Our analysis of several components of the ER stress pathway at the protein level indeed demonstrated that the combination of CARF with either FANG or NEL, but not CARF alone, was able to induce key ER stress markers in CARF resistant MM cells. This culminated in the common upregulation of the pro-apoptotic factor CHOP with both combination treatments. In conclusion, our drug repurposing screen revealed FANG and NEL as promising ready-to-use agents that can be clinically explored to overcome CARF resistance in MM., Masterarbeit - Veterinärmedizinische Universität Wien - 2020, Das Multiple Myelom (MM) ist durch eine Ansammlung maligner Plasmazellen im Knochenmark gekennzeichnet und stellt die zweithäufigste hämatologische Erkrankung dar. Ungeachtet der Implementierung einer Vielzahl an neuartigen therapeutischen Möglichkeiten, wie zum Beispiel dem Proteasominhibitor (PI) Carfilzomib (CARF), gilt das MM immer noch als unheilbar. Dies ist meist auf die Entwicklung von Resistenzmechanismen zurückzuführen. Um mögliche neue Ansatzpunkte für die Überwindung der Resistenzmechanismen zu definieren, wurden CARF resistente humane Myelomzellen generiert. Nach Durchführung eines Hochdurchsatz-Screenings (> 2000 etablierte und experimentelle Therapeutika) wurden fünf hit Substanzen definiert, welche die CARF Resistenz spezifisch überwinden können. In dieser Studie validierten wir diese vorläufigen Ergebnisse und testeten die identifizierten hit Substanzen sowohl in Mono- als auch Co-Kultur Assays. Die Resultate zeigten, dass zwei der Trefferkandidaten, Fangchinoline (FANG) und Nelfinavir (NEL), besonders wirksam in der Sensibilisierung resistenter MM Zellen gegen CARF waren. Weiters interessierten wir uns für den Wirkungsmechanismus dieser Substanzen. Wir spekulierten, dass sowohl FANG als auch NEL in der Lage sind, den üblicherweise von PI induzierten endoplasmatischen Retikulum (ER) Stress in Kombination mit CARF wieder spezifisch zu aktivieren. Die Analyse mehrerer Komponenten des ER Stress Signalwegs auf Proteinebene zeigte tatsächlich, dass eine Kombinationsbehandlung aus CARF mit entweder FANG oder NEL, jedoch nicht CARF alleine, wichtige ER Stressmarker in CARF resistenten Myelomzellen induzieren konnte. Dies kumulierte in der gemeinsamen Hochregulierung des pro-apoptotischen Faktors CHOP bei beiden Kombinationsbehandlungen. Zusammenfassend ergab die vorliegende Untersuchung, dass FANG und NEL vielversprechende, gebrauchsfertige Wirkstoffe darstellen, um die CARF-Resistenz beim MM zu überwinden.

Masterarbeit - Veterinärmedizinische Universität Wien - 2019, Glioblastome und Gliosarkome gehören zu den häufigsten und aggressivsten Gehirntumoren im Erwachsenen. Trotz maximaler Therapieeskalation beträgt die durchschnittliche Lebenserwartung unter 15 Monate. Da die bisher in der Klinik angewendeten Standardtherapiemethoden nur in einer Subgruppe von Patienten den gewünschten Effekt erzielen, ist die Entwicklung neuer Therapieansätze von außerordentlicher Dringlichkeit. Fibroblastische Wachstumsfaktorrezeptoren gehören zur Familie der Rezeptor-Tyrosinkinasen, deren Expression oder Aktivität in Tumoren oft dereguliert sind. Frühere Experimente in unserem Labor konnten nachweisen, dass eine Gruppe von Glioblastomen und Gliosarkomen besonders hohe Expression von fibroblastischem Wachstumsfaktorrezeptor 4 zeigt. Folglich liegt das Ziel dieser Arbeit darin, die Auswirkungen der Überexpression und Aktivität von fibroblastischen Wachstumsfaktorrezeptor 4 auf Wachstums- und Aggressivitätsmerkmale des Glioblastom zu untersuchen. Um die Rolle der Rezeptoraktivität in den basal fibroblastischen Wachstumsfaktorrezeptor 4 überexprimierenden Zelllinien zu prüfen, wurden verschiedene genetisch modifizierte Varianten des Rezeptors stabil in das Genom der Gliomzelllinien eingebracht. Neben einem Einzelnukleotid-Polymorphismus, der bereits in anderen Krebsformen mit erhöhter Aggressivität in Verbindung gebracht wurde, wurde auch eine Kinase-inaktivierte und somit dominant-negativ wirkende Variante von fibroblastischen Wachstumsfaktorrezeptor 4 exprimiert. Inaktivierung der Kinase Domäne hatte signifikant hemmende Effekte auf das aggressive Verhalten der Krebszellen hinsichtlich zwei- und dreidimensionalen Wachstum, Differenzierung und Migration sowie Tumorigenität in vivo. Des Weiteren konnte gezeigt werden, dass die Aktivität von fibroblastischem Wachstumsfaktorrezeptor 4 Auswirkungen auf den Phänotyp der Zellen hat. Ein regulierender Einfluss auf den Prozess der epithelialen zur mesenchymalen Transition wurde als zugrunde liegender Mechanismus nachgewiesen. Zusammenfassend weisen die Ergebnisse dieser Arbeit fibroblastischem Wachstumsfaktorrezeptor 4 als einen wichtigen Regulator der Aggressivität einer Subgruppe von in Gliomen aus. Dessen Inhibierung stellt somit eine neue, vielversprechende Möglichkeit in der Glioblastom Therapie dar., Master thesis - University of Veterinary Medicine Vienna - 2019, Glioblastoma multiforme and gliosarcoma are the most frequent malignant brain tumors in adults accounting for approximately 45%. With a 5-year overall survival rate of