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Vermersch, D. and Institut Pasteur [Paris]

Marina Avramescu, Pierre Isnard, Sarah Temmam, Agnès Chevalier, Paul Bastard, Mikael Attia, Romain Berthaud, Marc Fila, Claire Dossier, Julien Hogan, Tim Ulinski, Damia Leguevaques, Férielle Louillet, Edouard Martinez Casado, Jean-Michel Halimi, Sylvie Cloarec, Ariane Zaloszyc, Camille Faudeux, Caroline Rousset-Rouvière, Stéphanie Clavé, Jérôme Harambat, Edouard Rollot, Thomas Simon, Megan Nallet-Amate, Bruno Ranchin, Justine Bacchetta, Florence Porcheret, Josselin Bernard, Amélie Ryckewaert, Anne Jamet, Jacques Fourgeaud, Nicolas Da Rocha, Philippe Pérot, Nicolas Kuperwasser, Naïm Bouazza, Marion Rabant, Jean-Paul Duong Van Huyen, Matthieu P Robert, Julien Zuber, Jean-Laurent Casanova, Marc Eloit, Isabelle Sermet-Gaudelus, Olivia Boyer, Centre de Référence des Maladies Rénales Héréditaires de l'Enfant et de l'Adulte [CHU-Necker] (MARHEA), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP), Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Rockefeller University [New York], Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), CHU Strasbourg, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), CHU Bordeaux [Bordeaux], Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), CHU Pontchaillou [Rennes], Pharmacologie et évaluations thérapeutiques chez l'enfant et la femme enceinte (URP_7323), Université Paris Cité (UPCité), Site Tarnier (hôpital Cochin) - APHP, CIC - Mère Enfant Necker Cochin Paris Centre (CIC 1419), Hôpital Cochin [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)

Morgan Gaïa, Lingjie Meng, Eric Pelletier, Patrick Forterre, Chiara Vanni, Antonio Fernandez-Guerra, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Hiroyuki Ogata, Mart Krupovic, Tom O. Delmont, Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-École Centrale de Nantes (Nantes Univ - ECN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Université australe du Chili, Kyoto University, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Microbiologie - Department of Microbiology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Universität Bremen, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Virologie des archées - Archaeal Virology, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This study was supported in part by FRANCE GENOMIQUE (ANR-10-INBS-09), the Japan Society for the Promotion of Science KAKENHI (18H02279 and 22H00384), the Research Unit for Development of Global Sustainability, Kyoto University Research Coordination Alliance, and the International Collaborative Research Program of the Institute for Chemical Research, Kyoto University (2022-26, 2021-29 and 2020-28). M.K. was supported by grants from the l’Agence Nationale de la Recherche (ANR-20-CE20-0009-02 and ANR-21-CE11-0001-01), M.G. was supported by ANR ALGALVIRUS ANR-17-CE02-0012, and T.O.D. was supported by ANR HYDROGEN ANR-14-CE23-0001., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-20-CE20-0009,VIROMET,Devoiler le virome des archées methanogenes(2020), ANR-21-CE11-0001,ArcFus,Protéines de classe II de fusion membranaire chez les archées(2021), ANR-17-CE02-0012,ALGALVIRUS,Adaptations Génomique des Algues Marines aux Virus(2017), and ANR-14-CE23-0001,HydroGen,Metagenomique comparative comme instrument de mesure pour la biodiversité. Application à l'étude de la vie dans les océans(2014)

Linda Grillova, Thomas Cokelaer, Jean-François Mariet, Juliana Pipoli da Fonseca, Mathieu Picardeau, Biologie des Spirochètes / Biology of Spirochetes, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence de la Leptospirose - National Reference Center Leptospirosis (CNR), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Biomics (plateforme technologique), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, This work was supported by the Institut Pasteur through grant PTR 30-2017 and Santé Publique France to MP. TC and JP (Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France), supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09) and IBISA., and ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010)

Mathieu Mateo, Stéphanie Reynard, Natalia Pietrosemoli, Emeline Perthame, Alexandra Journeaux, Kodie Noy, Clara Germain, Xavier Carnec, Caroline Picard, Virginie Borges-Cardoso, Jimmy Hortion, Hélène Lopez-Maestre, Pierrick Regnard, Lyne Fellmann, Audrey Vallve, Stéphane Barron, Ophélie Jourjon, Orianne Lacroix, Aurélie Duthey, Manon Dirheimer, Maïlys Daniau, Catherine Legras-Lachuer, Caroline Carbonnelle, Hervé Raoul, Frédéric Tangy, Sylvain Baize, Biologie des Infections Virales Émergentes - Biology of Emerging Viral Infections (UBIVE), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Strasbourg (UNISTRA), Simian Laboratory Europe (SILABE), Laboratoire P4 Jean Mérieux-Inserm [Lyon] (Unité de service 3), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Européen de Recherche en Virologie et Immunologie [Lyon] (Tour Inserm CERVI), Délégation régionale Auvergne Rhône-Alpes [Bron, France], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ViroScan3D SAS [Trévoux, France], Laboratoire d’innovation : vaccins – Innovation lab : vaccines, This study was funded by a grant from the Coalition for Epidemic Preparedness and Innovations (CEPI-CfP-001) to S. Baize and by a grant from the Agence Nationale de la Recherche (ANR-21-CE18-0004-01) to M. Mateo., and ANR-21-CE18-0004,EXPUNGER,Vaccins post exposition contre les virus emergents(2021)

Arthur Louche, Amandine Blanco, Thais Lourdes Santos Lacerda, Lison Cancade-Veyre, Claire Lionnet, Célia Bergé, Monica Rolando, Frédérique Lembo, Jean-Paul Borg, Carmen Buchrieser, Masami Nagahama, Francine C. A. Gérard, Jean-Pierre Gorvel, Virginie Gueguen-Chaignon, Laurent Terradot, Suzana P. Salcedo, Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Reproduction et développement des plantes (RDP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie des Bactéries intracellulaires - Biology of Intracellular Bacteria, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Meiji Pharmaceutical University, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SFR Biosciences, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CB lab was funded by the Institut Pasteur and ANR-10-LABX-62-IBEID for the Legionella experiments. These effectors were discovered under the ERA-Net Pathogenomics grant and the remaining work funded by ANR-15-CE15-0011-01 attributed to Suzana Salcedo. The work was completed with the ANR SNAPshot ANR-21-CE15-0024 attributed to Suzana Salcedo., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-15-CE15-0011,NucPath,Caractérisation du rôle cellulaire de nouveaux effecteurs bactériens ciblant les noyaux des cellules hôtes(2015), ANR-21-CE15-0024,SNAPshot,Détournement du stress nucléaire par les bactéries pathogènes(2021), Laurent, Terradot, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Caractérisation du rôle cellulaire de nouveaux effecteurs bactériens ciblant les noyaux des cellules hôtes - - NucPath2015 - ANR-15-CE15-0011 - AAPG2015 - VALID, Détournement du stress nucléaire par les bactéries pathogènes - - SNAPshot2021 - ANR-21-CE15-0024 - AAPG2021 - VALID, and École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)

Alina Lakosa, Anaïs Rahimian, Flavio Tomasi, Fabio Marti, Lauren M. Reynolds, Léa Tochon, Vincent David, Anne Danckaert, Candice Canonne, Sylvana Tahraoui, Fabrice de Chaumont, Benoît Forget, Uwe Maskos, Morgane Besson, Neurobiologie intégrative des Systèmes cholinergiques / Integrative Neurobiology of Cholinergic Systems (NISC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Plasticité du Cerveau Brain Plasticity (UMR 8249) (PdC), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neuroscience Paris Seine (NPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB), Institut de Neurosciences cognitives et intégratives d'Aquitaine (INCIA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-SFR Bordeaux Neurosciences-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme technologique Bioimagerie Photonique - Photonic BioImaging Technologic Platform, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique humaine et fonctions cognitives - Human Genetics and Cognitive Functions (GHFC (UMR_3571 / U-Pasteur_1)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by the Institut Pasteur, Paris (GPF Microbes and Brain, project 'µBIOTADDICT'). UtechS PBI/C2RT is part of the France BioImaging infrastructure supported by the French National Research Agency (ANR-10-INSB-04-01, 'Investments for the future') and is supported by Conseil de la Region Ile-de-France (Domaine d’Intérêt Majeur DIM1HEALTH) and by Fondation Française pour la Recherche Médicale (Programme Grands Equipements)., and ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010)

Zhao Chen, Ying Liu, Yixuan Wang, Xincheng Du, Xiaoyuan Deng, Jialin Xiang, Yangyang Wang, Jiao Wang, Mart Krupovic, Shishen Du, Xiangdong Chen, Wuhan University [China], Virologie des archées - Archaeal Virology, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Natural Science Foundation of China [32270167], National Foundation for Fostering Talents of Basic Sciences [J1103513], and Research (Innovative) Fund of Laboratory Wuhan University (to X.C.).

Christian E. Demeure, Hendrik Poinar, Luis Barreiro, Javier Pizarro-Cerdá, Yersinia, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), McMaster University [Hamilton, Ontario], University of Chicago, and NIH

Sylvie Behillil, Dominique Rousset, Flora Donati, Laurine Levillayer, Grégory Jouvion, Jean Jaubert, Xavier Montagutelli, Vincent Enouf, Mélanie Albert, Sylvie van der Werf, Fabiana Gámbaro, Eduard Baquero Salazar, Etienne Simon-Loriere, Félix A. Rey, Laurine Conquet, Matthieu Prot, Génétique de la souris - Mouse Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Génétique fonctionnelle des maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre National de Référence des virus respiratoires (dont la grippe et le SARS-CoV2) [Paris] (CNR - laboratoire associé), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This work was supported by the « URGENCE COVID-19 » fundraising campaign of Institut Pasteur), the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (Grant No. ANR-10-LABX-62-IBEID), the Agence Nationale de la Recherche (Grant No. ANR-20-COVI-0028-01) and the RECOVER project funded by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No. 101003589. ESL acknowledges funding from the INCEPTION programme (Investissements d’Avenir grant ANR-16-CONV-0005)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0028,HuMoCID,Développement de modèles murins de COVID-19(2020), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), and European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020)

Jing Miao, Lulu Zuo, Dongmei He, Zhixin Fang, Nicolas Berthet, Chao Yu, Gary Wong, Institut Pasteur de Shanghai, Académie des Sciences de Chine - Chinese Academy of Sciences (IPS-CAS), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), University of Chinese Academy of Sciences [Beijing] (UCAS), Guangdong Provincial Center for Disease Control and Prevention, Guangdong General Hospital [Guangzhou] (MICURAE), Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence (Centre National de Référence) - Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (National Reference Center) (CIBU), Université Paris Cité (UPCité)-Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks (ERI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut Pasteur [Paris] (IP), This study was supported by the Ministry of Science and Technology of the People's Republic of China (Grant No. 2021YFC0863400, 2022YFE0114700), the Alliance of International Scientific Organizations (Grant No. ANSOsingle bondCR-SP-2020–02), the Science and Technology Commission of Shanghai Municipality (Grant No. 2019SHZDZX02), the Advanced User Project of Wuhan National Biosafety Laboratory, Chinese Academy of Sciences (2022ACCP-MS08, 2022ACCP-MS09), G4 funding from Institut Pasteur, Fondation Merieux, and Chinese Academy of Sciences to G.W., and and the International Affairs Department of the Institut Pasteur of Paris.

Rosani, Umberto, Gaia, Morgan, Delmont, Tom, Krupovic, Mart, Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-École Centrale de Nantes (Nantes Univ - ECN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Université australe du Chili, Virologie des archées - Archaeal Virology, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and UR was financially supported by the Italian PRIN 2017 project VIRIDE (2017EKFA98).

David R M Smith, Jonathan Bastard, Pearl Anne Ante-Testard, Oumou Salama Daouda, Laura Temime, Tom Duchemin, Helene Neynaud, Kévin Jean, Audrey Duval, Mounia N. Hocine, Rania Assab, Narimane Nekkab, William Dab, Radowan Lounissi, Jérôme-Philippe Garsi, Laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques sanitaires (MESuRS), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Malakoff Humanis, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Epidémiologie et modélisation de la résistance aux antimicrobiens - Epidemiology and modelling of bacterial escape to antimicrobials (EMAE), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Institut Pasteur [Paris] (IP), Malaria : parasites et hôtes - Malaria : parasites and hosts, TD PhD is funded by Association Nationale de la Recherche et de la Technologie and Malakoff Humanis. JB PhD is funded by the INCEPTION project (PIA/ANR-16-CONV-0005). PAAT PhD is funded by INSERM-ANRS (France Recherche Nord & Sud Sida-HIV Hépatites), grant number ANRS-12377 B104. DS PhD is funded by a Canadian Institutes of Health Research Doctoral Foreign Study Award (Funding Reference Number 164263) as well as the French government through its National Research Agency project SPHINX-17-CE36–0008-01., ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), ANR-17-CE36-0008,SPHINx,Diffusion de pathogènes au sein des réseaux de soins : une étude de modélisation(2017), TD is supported by Association Nationale de la Recherche et de la Technologie and Malakoff Humanis. JB is supported by the INCEPTION project (PIA/ANR-16-CONV-0005) PAA is supported by INSERM-ANRS (France Recherche Nord & Sud Sida-HIV Hepatites), grant number ANRS-12377 B104 DS is supported by a Canadian Institutes of Health Research Doctoral Foreign Study Award (Funding Reference Number 164263) as well as the French government through its National Research Agency project SPHINX-17-CE36-0008-01., Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut Pasteur [Paris], Hocine, Mounia N., Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs - - INCEPTION2016 - ANR-16-CONV-0005 - CONV - VALID, and Diffusion de pathogènes au sein des réseaux de soins : une étude de modélisation - - SPHINx2017 - ANR-17-CE36-0008 - AAPG2017 - VALID

Uzum, Zerrin, Ershov, Dmitry, Pavia, Michael, Mallet, Adeline, Gorgette, Olivier, Plantard, Olivier, Sassera, Davide, Stavru, Fabrizia, Biologie Évolutive de la Cellule Microbienne - Evolutionary Biology of the Microbial Cell, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub d'analyse d'images - Image Analysis Hub (Platform) (IAH), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Arizona State University [Tempe] (ASU), Plate-forme de bioimagerie ultrastructurale - Ultrastructural BioImaging Core Facility, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Università degli Studi di Pavia = University of Pavia (UNIPV), This research was financially supported by the Human Frontier Science Program (HFSP), Young Investigator Program grant RGY-0075., and We are grateful to Dr. Valérie Choumet and Dr. Elisabeth Ferquel (Institut Pasteur, France) for their contributions to tick handling, and Maarteen Voourdouw (University of Saskatchewan, Canada) for providing the Neuchâtel line of I. ricinus. Professor Simonetta Gribaldo, Professor Pascale Cossart, and Professor John McCutcheon are thanked for their valuable support, and Professor John Murray for proofreading.

Adriaenssens, Evelien, Roux, Simon, Brister, J. Rodney, Karsch-Mizrachi, Ilene, Kuhn, Jens, Varsani, Arvind, Yigang, Tong, Reyes, Alejandro, Lood, Cédric, Lefkowitz, Elliot, Sullivan, Matthew, Edwards, Robert, Simmonds, Peter, Rubino, Luisa, Sabanadzovic, Sead, Krupovic, Mart, Dutilh, Bas, Quadram Institute, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] (LBNL), National Center for Biotechnology Information (NCBI), Integrated Research Facility at Fort Detrick (IRF-Frederick), National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda] (NIAID-NIH), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH)-National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Arizona State University [Tempe] (ASU), University of Cape Town, Beijing University of Chemical Technology, Universidad de los Andes [Bogota] (UNIANDES), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Friedrich-Schiller-Universität = Friedrich Schiller University Jena [Jena, Germany], University of Alabama at Birmingham [ Birmingham] (UAB), Ohio State University [Columbus] (OSU), Flinders University [Adelaide, Australia], University of Oxford, CNR Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante [Torino, Italia] (IPSP), National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Mississippi State University [Mississippi], Virologie des archées - Archaeal Virology, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Utrecht University [Utrecht], E.M.A. gratefully acknowledges the support of the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), and this research was funded by the BBSRC Institute Strategic Program Gut Microbes and Health BB/R012490/1 and its constituent projects BBS/E/F/000PR10353 and BBS/E/F/000PR10356. The work conducted by the US Department of Energy (DOE) Joint Genome Institute (S.R.) was supported by the Office of Science of the DOE under contract no. DE-AC02-05CH11231. Work by J.R.B. and I.K.M. was supported by the National Center for Biotechnology Information of the National Library of Medicine (NLM), NIH. This work was supported in part through Laulima Government Solutions, LLC, prime contract with the NIAID under contract no. HHSN272201800013C. J.H.K. performed this work as an employee of Tunnell Government Services (TGS), a subcontractor of Laulima Government Solutions, LLC, under Contract No. HHSN272201800013C. M.B.S. was supported by the US National Science Foundation Award #1759874. R.A.E. was supported by the National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases of the NIH under award no. RC2DK116713 and by the Australian Research Council under award no. DP220102915. C.L. was supported by a Postdoctoral Mandate from KU Leuven (PDMt2/21/038) and the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation) under Germany’s Excellence Strategy – EXC 2051 – Project-ID 390713860. E.J.L. was supported by the NIAID, NIH, under award no. U24AI162625. P.S. was supported by a Wellcome Trust Biomedical Resource grant (WT108418AIA). S.S. acknowledges support from the Mississippi Agricultural and Forestry Experiment Station (MAFES), US Department of Agriculture (USDA)–Agricultural Research Service project 58-6066-9-033, and the National Institute of Food and Agriculture, USDA, Hatch Project, under accession USDA 1021494. B.E.D. was supported by the European Research Council (ERC) Consolidator Grant 865694: DiversiPHI, the DFG under Germany’s Excellence Strategy – EXC 2051 – Project-ID 390713860, the Alexander von Humboldt Foundation in the context of an Alexander von Humboldt Professorship founded by German Federal Ministry of Education and Research, and the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program, under Marie Skłodowska-Curie Actions Innovative Training Networks grant agreement no. 955974 (VIROINF).

Molinos-Albert, Luis, Baquero, Eduard, Bouvin-Pley, Mélanie, Lorin, Valerie, Charre, Caroline, Planchais, Cyril, Dimitrov, Jordan, Monceaux, Valérie, Vos, Matthijn, Group, Anrs Visconti, Hocqueloux, Laurent, Berger, Jean-Luc, Seaman, Michael, Braibant, Martine, Avettand-Fenoël, Véronique, Sáez-Cirión, Asier, Mouquet, Hugo, Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Plateforme technologique Nanoimagerie / Nanoimaging Technological Platform, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Réservoirs viraux et contrôle immunitaire / Viral reservoirs and immune control, HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Hôpital La Source [Orléans] (HLSO), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Beth Israel Deaconess Medical Center [Boston] (BIDMC), and Harvard Medical School [Boston] (HMS)

Bouyssou, Isabelle, Martínez, Francisco José, Campagne, Pascal, Ma, Laurence, Doderer-Lang, Cécile, Chitnis, Chetan, Ménard, Didier, Génétique du paludisme et résistance - Malaria Genetics and Resistance, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Ecole Doctorale Complexité du Vivant (ED515), Sorbonne Université (SU), Biologie de Plasmodium et Vaccins - Malaria Parasite Biology and Vaccines, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), École Doctorale Bio Sorbonne Paris Cité [Paris] (ED562 - BioSPC), Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biomics (plateforme technologique), Dynamique des interactions hôte pathogène (DIHP), Université de Strasbourg (UNISTRA), Cette revue a été soutenue par une subvention de l’Agence Nationale de la Recherche (VIPeRs, ANR-18-CE15-0026), par l’Institut Pasteur, Paris, le Laboratoire d’Excellence (LabEx) « Alliance Française de Parasitologie pour la Santé » (ANR-11-15-LABX-0024-PARAFRAP) et l’Université de Strasbourgà travers le Programme IdEX 2022 (Attractivité — Dotation d’accueil des professeurs d’université recrutésen 2021)., ANR-18-CE15-0026,VIPeRs,Voies d'invasion des réticulocytes humains par Plasmodium vivax(2018), and ANR-11-LABX-0024,ParaFrap,Alliance française contre les maladies parasitaires(2011)

Jens H. Kuhn, Scott Adkins, Sergey V. Alkhovsky, Tatjana Avšič-Županc, María A. Ayllón, Justin Bahl, Anne Balkema-Buschmann, Matthew J. Ballinger, Martina Bandte, Martin Beer, Nicolas Bejerman, Éric Bergeron, Nadine Biedenkopf, Laurent Bigarré, Carol D. Blair, Kim R. Blasdell, Steven B. Bradfute, Thomas Briese, Paul A. Brown, Rémy Bruggmann, Ursula J. Buchholz, Michael J. Buchmeier, Alexander Bukreyev, Felicity Burt, Carmen Büttner, Charles H. Calisher, Thierry Candresse, Jeremy Carson, Inmaculada Casas, Kartik Chandran, Rémi N. Charrel, Yuya Chiaki, Anya Crane, Mark Crane, Laurent Dacheux, Elena Dal Bó, Juan Carlos de la Torre, Xavier de Lamballerie, William M. de Souza, Rik L. de Swart, Nolwenn M. Dheilly, Nicholas Di Paola, Francesco Di Serio, Ralf G. Dietzgen, Michele Digiaro, J. Felix Drexler, W. Paul Duprex, Ralf Dürrwald, Andrew J. Easton, Toufic Elbeaino, Koray Ergünay, Guozhong Feng, Claudette Feuvrier, Andrew E. Firth, Anthony R. Fooks, Pierre B. H. Formenty, Juliana Freitas-Astúa, Selma Gago-Zachert, María Laura García, Adolfo García-Sastre, Aura R. Garrison, Scott E. Godwin, Jean-Paul J. Gonzalez, Joëlle Goüy de Bellocq, Anthony Griffiths, Martin H. Groschup, Stephan Günther, John Hammond, Jussi Hepojoki, Melanie M. Hierweger, Seiji Hongō, Masayuki Horie, Hidenori Horikawa, Holly R. Hughes, Adam J. Hume, Timothy H. Hyndman, Dàohóng Jiāng, Gilda B. Jonson, Sandra Junglen, Fujio Kadono, David G. Karlin, Boris Klempa, Jonas Klingström, Michel C. Koch, Hideki Kondō, Eugene V. Koonin, Jarmila Krásová, Mart Krupovic, Kenji Kubota, Ivan V. Kuzmin, Lies Laenen, Amy J. Lambert, Jiànróng Lǐ, Jun-Min Li, François Lieffrig, Igor S. Lukashevich, Dongsheng Luo, Piet Maes, Marco Marklewitz, Sergio H. Marshall, Shin-Yi L. Marzano, John W. McCauley, Ali Mirazimi, Peter G. Mohr, Nick J. G. Moody, Yasuaki Morita, Richard N. Morrison, Elke Mühlberger, Rayapati Naidu, Tomohide Natsuaki, José A. Navarro, Yutaro Neriya, Sergey V. Netesov, Gabriele Neumann, Norbert Nowotny, Francisco M. Ochoa-Corona, Gustavo Palacios, Laurane Pallandre, Vicente Pallás, Anna Papa, Sofia Paraskevopoulou, Colin R. Parrish, Alex Pauvolid-Corrêa, Janusz T. Pawęska, Daniel R. Pérez, Florian Pfaff, Richard K. Plemper, Thomas S. Postler, Françoise Pozet, Sheli R. Radoshitzky, Pedro L. Ramos-González, Marius Rehanek, Renato O. Resende, Carina A. Reyes, Víctor Romanowski, Dennis Rubbenstroth, Luisa Rubino, Artemis Rumbou, Jonathan A. Runstadler, Melanie Rupp, Sead Sabanadzovic, Takahide Sasaya, Heike Schmidt-Posthaus, Martin Schwemmle, Torsten Seuberlich, Stephen R. Sharpe, Mang Shi, Manuela Sironi, Sophie Smither, Jin-Won Song, Kirsten M. Spann, Jessica R. Spengler, Mark D. Stenglein, Ayato Takada, Robert B. Tesh, Jana Těšíková, Natalie J. Thornburg, Nicole D. Tischler, Yasuhiro Tomitaka, Keizō Tomonaga, Noël Tordo, Kenta Tsunekawa, Massimo Turina, Ioannis E. Tzanetakis, Anna Maria Vaira, Bernadette van den Hoogen, Bert Vanmechelen, Nikos Vasilakis, Martin Verbeek, Susanne von Bargen, Jiro Wada, Victoria Wahl, Peter J. Walker, Anna E. Whitfield, John V. Williams, Yuri I. Wolf, Junki Yamasaki, Hironobu Yanagisawa, Gongyin Ye, Yong-Zhen Zhang, Arnfinn Lodden Økland, Virology, NIH - National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) (Estados Unidos), Battelle National Biodefense Institute, Mississippi Agricultural and Forestry Experiment Station (MAFES) (Estados Unidos), United States Department of Agriculture. National Institute of Food and Agriculture, Integrated Research Facility at Fort Detrick (IRF-Frederick), National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda] (NIAID-NIH), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH)-National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), U.S. Horticultural Research Laboratory ( Fort Pierce, USA), United States Department of Agriculture (USDA), N.F. Gamaleya Federal Research Centre N.F. Gamaleya Federal Research Centre of Epidemiology and Microbiology (Gamaleya), University of Ljubljana, Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria = National Institute for Agricultural and Food Research and Technology (INIA), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie - Lyssavirus Epidemiology and Neuropathology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence de la Rage - National Reference Center Rabies (CNR), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Départemental d’Analyses du Jura (LDA39), Virologie des archées - Archaeal Virology, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Guinée, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Chinese Center for Disease Control and Prevention, Pharmaq Analytiq, This work was supported in part through Laulima Government Solutions, LLC prime contract with the US National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) under Contract No. HHSN272201800013C. J.H.K. performed this work as an employee of Tunnell Government Services (TGS), a subcontractor of Laulima Government Solutions, LLC under Contract No. HHSN272201800013C. This work was also funded in part by Contract No. HSHQDC-15-C-00064 awarded by DHS S&T for the management and operation of The National Biodefense Analysis and Countermeasures Center, a federally funded research and development center operated by the Battelle National Biodefense Institute (V.W.), and NIH contract HHSN272201000040I/HHSN27200004/D04 and grant R24AI120942 (N.V., R.B.T.). S.S. acknowledges support from the Mississippi Agricultural and Forestry Experiment Station (MAFES), USDA-ARS project 58-6066-9-033 and the National Institute of Food and Agriculture, US Department of Agriculture, Hatch Project, under Accession Number 1021494., Ayllón, María A., Casas, I., Navarro Bohigues, J.A., and Pallas, V.

Clara Pardinhas, Rui Filipe, Paul Vergnaud, Mathilde Grapin, Elsa Ferrière, Anne Jamet, Jacques Fourgeaud, Nicolas Da Rocha, Philippe Pérot, Olivia Boyer, Marion Rabant, Jean-Paul Duong Van Huyen, Pierre Isnard, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Référence des Maladies Rénales Héréditaires de l'Enfant et de l'Adulte [CHU-Necker] (MARHEA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Collaborateur de l'OIE de Détection et identification chez l’homme des pathogènes animaux émergents et développement d’outils pour leur diagnostic / Collaborating Center for the Detection and identification in humans of emerging animal pathogens and development of tools for their diagnoses (CCOIE-OIECC), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Organisation Animal Health [Paris] (OIE)-Université Paris Cité (UPCité)

François Anna, Jodie Lopez, Fanny Moncoq, Catherine Blanc, Pierre Authié, Amandine Noirat, Ingrid Fert, Philippe Souque, Fabien Nevo, Alexandre Pawlik, David Hardy, Sophie Goyard, Denis Hudrisier, Roland Brosch, Françoise Guinet, Olivier Neyrolles, Pierre Charneau, Laleh Majlessi, Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris] (IP)-TheraVectys-Université Paris Cité (UPCité), Pathogénomique mycobactérienne intégrée - Integrated Mycobacterial Pathogenomics, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-Forme d’Histopathologie / Histopathology Platform, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Plateforme d'Innovation et de Développement de Tests Diagnostiques / Diagnostic Test Innovation and Development Core Facility, Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lymphocytes et Immunité - Lymphocytes and Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), This work was also supported by the Programmes Transversaux de Recherche (PTR # 52-17 from Institut Pasteur to L.M. and P.C.), the EU program TBVAC2020 (contract n°643381 to P.C.), CNRS, University of Toulouse, Agence Nationale de la Recherche/Program d’Investissements d’Avenir (ANR-11-EQUIPEX-0003 to O.N.), the Fondation pour la Recherche Médicale (DEQ20160334902 to O.N.), the Bettencourt Schueller Foundation (Grants Coup d’Élan pour la Recherche Française and Explore-TB to O.N.)., European Project: 643381,H2020,H2020-PHC-2014-single-stage,TBVAC2020(2015), Hardy, David, TBVAC2020, Advancing novel and promising TB vaccine candidates from discovery to preclinical and early clinical development - TBVAC2020 - - H20202015-01-01 - 2018-12-31 - 643381 - VALID, and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Jennifer Klunk, Tauras P. Vilgalys, Christian E. Demeure, Xiaoheng Cheng, Mari Shiratori, Julien Madej, Rémi Beau, Derek Elli, Maria I. Patino, Rebecca Redfern, Sharon N. DeWitte, Julia A. Gamble, Jesper L. Boldsen, Ann Carmichael, Nükhet Varlik, Katherine Eaton, Jean-Christophe Grenier, G. Brian Golding, Alison Devault, Jean-Marie Rouillard, Vania Yotova, Renata Sindeaux, Chun Jimmie Ye, Matin Bikaran, Anne Dumaine, Jessica F. Brinkworth, Dominique Missiakas, Guy A. Rouleau, Matthias Steinrücken, Javier Pizarro-Cerdá, Hendrik N. Poinar, Luis B. Barreiro, McMaster Ancient DNA Center [Hamilton, Ontario], McMaster University [Hamilton, Ontario], Daicel Arbor Biosciences [Ann Arbor, MI], University of Chicago, Yersinia, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Museum of London, University of South Carolina [Columbia], University of Manitoba [Winnipeg], University of Southern Denmark (SDU), Indiana University [Bloomington], Indiana University System, Rutgers University [Newark], Rutgers University System (Rutgers), Université de Montréal (UdeM), University of Michigan [Ann Arbor], University of Michigan System, Centre de recherche du CHU Sainte-Justine / Research Center of the Sainte-Justine University Hospital [Montreal, Canada], Université de Montréal (UdeM)-CHU Sainte Justine [Montréal], University of California [San Francisco] (UC San Francisco), University of California (UC), University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana], University of Illinois System, McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], and This work was supported by grant R01-GM134376 to L.B.B., H.P. and J.P.-C., a grant from the Wenner-Gren Foundation to J.F.B. (8702), and the UChicago DDRCC, Center for Interdisciplinary Study of Inflammatory Intestinal Disorders (C-IID) (NIDDK P30 DK042086). The SSHRC Insight Development Grant supported the collection of the Danish samples (430-2017-01193). H.N.P. was supported by an Insight Grant no. 20008499 from the Social Sciences and Humanities Research Council of Canada (SSHRC) and The Canadian Institute for Advanced Research under the Humans and the Microbiome programme. T.P.V. was supported by NIH F32GM140568. X.C. and M. Steinrücken were supported by grant R01GM146051. We also thank the University of Chicago Genomics Facility (RRID:SCR_019196), especially P. Faber, for their assistance with RNA sequencing. H.P. thanks D. Poinar for continued support and manuscript suggestions and editing.

Richter Razafindratsimandresy, Marie‐Line Joffret, Jonhson Raharinantoanina, Patsy Polston, Nelson S. Andriamamonjy, Iony Manitra Razanajatovo, Ousmane M. Diop, Francis Delpeyroux, Jean‐Michel Héraud, Maël Bessaud, Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Signalisation antivirale - Virus sensing and signaling, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP), World Health Organisation (WHO), Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), and Dennis and Mireille Gillings FoundationUS CDCWorld Health Organization

Jill-Léa Ramassamy, Chanceline Bilounga Ndongo, Patrick Nnuka, Maëlle Antunes, Margot Le Mener, Edouard Betsem a Betsem, Richard Njouom, Olivier Cassar, Arnaud Fontanet, Antoine Gessain, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes / Oncogenic Virus Epidemiology and Pathophysiology (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Ministère de la Santé Publique [Yaoundé, Cameroun], Université de Douala, Université de Yaoundé I, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Université Paris Cité (UPCité)-Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), This work was supported by the European Union as part of the EboSursy project (grant number FOOD/2016/379-660 to J. L. R.), and the Institut Pasteur, France and the Centre National de la Recherche Scientifique, UMR 3569, through the Investissement d’Avenir as part of a Laboratoire d’Excellence French research program, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant number ANR10-LBX- 62 IBEID to A. G.). Funding to pay the Open Access publication charges for this article was provided by the European Union., and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)