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1. Altération du métabolisme énergétique de repos chez les patients atteints de sclérose latérale amyotrophique (SLA) par rapport à une population témoin

Author

Philippe Fayemendy, Marie Nicol, Anaïs Labrunie, Huguette Sourisseau, Yves Boirie, Stephane Walrand, Najate Achamrah, Moïse Coëffier, Pierre-Marie Preux, Benoît Marin, Géraldine Lautrette, Philippe Couratier, Jean-Claude Desport, Pierre Jésus, Service d'Hépato-Gastro-Entérologie et Nutrition [CHU Limoges], CHU Limoges, Neuroépidémiologie Tropicale (NET), Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Neurologie [CHU Limoges], Equipe Alimentation, Squelette et Métabolismes (INRA UMR1019 - UCA), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Service de nutrition [CHU Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Service de l'Information Médicale et de l'Évaluation [CHU Limoges] (SIME), Laboratoire de Biostatistique et d'Informatique Médicale, Université de Limoges (UNILIM), Société Française de Nutrition (SFN) et la Société Francophone de Nutrition Clinique et Métabolisme (SFNEP), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Grelier, Elisabeth, CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
[SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie
Abstract

International audience; Introduction et but de l’étudeL’hypermétabolisme (HM) est défini par une variation (Δ) > + 10 % entre la dépense énergétique de repos mesurée (DERm) et calculée. L’objectif principal de l’étude était de confirmer l’existence de l’HM lors de la SLA par rapport à des témoins sains. Les objectifs secondaires étaient de préciser s’il existait une augmentation de DER chez les patients en l’absence d’HM, et quel était le niveau de ΔDER par rapport aux témoins.Matériel et méthodesLes patients et les témoins avaient des mesures de la DER par calorimétrie indirecte (DERm), de la DER par la formule d’Harris et Benedict de 1919 et de la masse maigre [MM] par impédancemétrie. L’analyse statistique utilisait les tests t de Student, de Mann–Withney et du Chi2. L’analyse multivariée comportait une régression logistique, et des modèles linéaires généralisés.Résultats et analyse statistiqueTrois-cent-quinze patients et 80 témoins étaient comparés. Un HM était retrouvé chez 55,2 % des patients SLA versus 13,7 % chez les témoins (p < 0,0001). L’HM était fortement et positivement associé à la présence d’une SLA (Odds Ratio ajusté = 9,50 [4,49–20,10], p < 0,0001). Le DERm médiane était plus élevée chez les patients SLA à 1503 kcal/j [1290–1696] vs 1220 kcal/j [938–1450] chez les témoins (p < 0,0001), même en l’absence d’HM (1339 kcal/j [1154–1543] vs 1200 kcal/j [1005–1461], p < 0,0001). La ΔDER et le rapport DERm/MM étaient plus élevés chez les patients avec ou sans HM par rapport aux témoins (p < 0,0001). En l’absence d’HM, l’effet du groupe sur la ΔDER ne concernait que les sujets de plus de 67 ans (βajusté > 0 et p < 0,05) et l’élévation du ratio DERm/MM n’intéressait que les hommes (différence de moyenne du rapport DERm/MM entre SLA et témoins à 1,99 kcal/kg/j [0,22–3,75] ; p = 0,027).ConclusionL’HM concerne plus d’un patient sur deux et est fortement associé à la SLA. Après ajustement en modèle multivarié, ce travail confirme une très fréquente altération métabolique lors de cette maladie et ce même en l’absence d’HM. Des études métaboliques plus approfondies sont nécessaires pour étudier ces perturbations au cours de la SLA.

Published
2017

2. Localized layers of turbulence in vertically-stratified plane Poiseuille flow

Author

Labarbe, Joris, Le Gal, P, Harlander, U, Le Dizès, S, Favier, B, Institut de Recherche sur les Phénomènes Hors Equilibre (IRPHE), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Department of Aerodynamics and Fluid Mechanics, and Brandenburg University of Technology [Cottbus – Senftenberg] (BTU)

Subjects
[PHYS.PHYS.PHYS-FLU-DYN]Physics [physics]/Physics [physics]/Fluid Dynamics [physics.flu-dyn]
Abstract

This article presents a numerical analysis of the instability developing in horizontal plane Poiseuille flow, when stratification extends along the direction orthogonal to the plane of shear. Our study builds up on the previous work that originally detected the linear instability of such configuration, by means of experiments, theoretical analysis and numerical simulations (Le Gal et al. 2021). We extend hereafter this former investigation beyond linear theory, investigating nonlinear regimes with direct numerical simulations. We notice a tendency for the flow to lose its vertical homogeneity through a point of secondary bifurcation, due to harmonic resonances, and further describe this symmetrybreaking mechanism in the vicinity of the instability threshold. When departing away from this limit, we observe a series of bursting events that break down the flow into disordered motions driven by localized shear instabilities. This intermittent dynamics leads to the coexistence of localized layers of stratified turbulence surrounded by quiescent regions of meandering waves.

Published
2022

3. Targeting the gut to prevent and counteract metabolic disorders and pathologies during aging

Author

Dragan Milenkovic, Frédéric Capel, Lydie Combaret, Blandine Comte, Dominique Dardevet, Bertrand Evrard, Christelle Guillet, Laurent-Emmanuel Monfoulet, Alexandre Pinel, Sergio Polakof, Estelle Pujos-Guillot, Didier Rémond, Yohann Wittrant, Isabelle Savary-Auzeloux, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and INRAE, Université Clermont Auvergne

Subjects
Aging, age-related pathologies, nutrition, [SDV]Life Sciences [q-bio], microbiota, gut, inflammaging, General Medicine, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Industrial and Manufacturing Engineering, Food Science
Abstract

International audience; Impairment of gut function is one of the explanatory mechanisms of health status decline in elderly population. These impairments involve a decline in gut digestive physiology, metabolism and immune status, and associated to that, changes in composition and function of the microbiota it harbors. Continuous deteriorations are generally associated with the development of systemic dysregulations and ultimately pathologies that can worsen the initial health status of individuals. All these alterations observed at the gut level can then constitute a wide range of potential targets for development of nutritional strategies that can impact gut tissue or associated microbiota pattern. This can be key, in a preventive manner, to limit gut functionality decline, or in a curative way to help maintaining optimum nutrients bioavailability in a context on increased requirements, as frequently observed in pathological situations. The aim of this review is to give an overview on the alterations that can occur in the gut during aging and lead to the development of altered function in other tissues and organs, ultimately leading to the development of pathologies. Subsequently is discussed how nutritional strategies that target gut tissue and gut microbiota can help to avoid or delay the occurrence of aging-related pathologies.

Published
2022

4. Development and validation of an SNP-based new set of markers useful for early selection for Sharka disease in apricot (P. armeniaca)

Author

Véronique Decroocq, Jean Marc Audergon, Anne Bernole, Carole Confolent, Clarisse Auvinet, Naïma Dlalah, Arnaud Remay, Guillaume Roch, Patrick Lambert, Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CEP Innovation, BioGEVES, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ministère en charge de l'Agriculture-Groupement National Interprofessionnel des Semences, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), ISHS, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Bordeaux (UB)

Subjects
0106 biological sciences, haplotype, [SDV]Life Sciences [q-bio], Disease, Computational biology, KASP™, Horticulture, Biology, 01 natural sciences, marker-assisted selection, resistance, PRUNUS ARMENIACA L, Set (abstract data type), 03 medical and health sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, SNP, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, sharka, Selection (genetic algorithm), arbre fruitier, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, virus phytopathogène, 0303 health sciences, Plum pox virus, IDENTIFICATION, Haplotype, KASP (TM), food and beverages, POX-VIRUS-RESISTANCE, fruit, Marker-assisted selection, SSR, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDE]Environmental Sciences, 010606 plant biology & botany
Abstract

International audience; Sharka disease, due to the Plum pox virus, is a major threat to apricot trees. Most of the accessions world-wide and particularly those cultivated in Western Europe and the Mediterranean area are susceptible to the disease. A few resistance sources have been identified to date in cultivars developed in the US from a basis of Central Asian germplasm, all of these sharing the same genomic region associated with resistance to sharka in chromosome 1. Based on this, Simple sequence repeats (SSR) markers framing the MATH genes possibly responsible for the resistance have been developed in this region and a set of 2 SSRs (PGS1.21 and PGS1.24) and an indel (ZP002) was selected for identifying and discarding susceptible individuals at the plantlet stage of the apricot breeding process. However SSR markers could be difficult to implement by small teams due to the investment in hands-on time and equipment. As a consequence we turned to single nucleotide polymorphisms (SNP) to develop an alternative set of markers that could be cheaper and more easily implemented. Taking advantage of the numerous apricot genomic-sequences available at the UGAFL, we identified resistant/susceptible SNP/indel haplotypes and developed a set of three primer triplets (SP353, SP870, and SP871) based on the competitive allele-specific PCR (KASP™) technique by LGC genomics. This set was validated using a wide range of apricot accessions from different geographic origins and genetic backgrounds, concurrently with the original set of three SSRs. The new set gave similar results as the SSR-based set, was more convenient and, as a result, is now routinely used for early selection of apricot seedlings in our breeding programs.

Published
2020

5. Long-term follow-up of diabetic macular edema treated with dexamethasone implant: a real-life study

Author

Thibaud Mathis, Laurent Kodjikian, Philippe Denis, Théo Lereuil, Amro Abukashabah, Alper Bilgic, Nicolas Voirin, Corinne Dot, Aditya Sudhalkar, Equipe 14 - Inflammation dans la dégénérescence neuronale et le remodelage vasculaire (Inserm U968/CNRS UMR7210/UPMC UM80), Institut de la Vision, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hôpital d'Instruction des Armées Desgenettes, Service de Santé des Armées, École du Val de Grâce (EVDG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Adult, Male, medicine.medical_specialty, genetic structures, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, medicine.medical_treatment, Visual Acuity, 030209 endocrinology & metabolism, 030204 cardiovascular system & hematology, Dexamethasone, Macular Edema, Cohort Studies, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Endocrinology, Diabetic macular edema, Diabetic retinopathy, Diabetes mellitus, Ophthalmology, Internal Medicine, Humans, Corticosteroids, Medicine, Dexamethasone implant, Adverse effect, Intraocular Pressure, Aged, Retrospective Studies, Aged, 80 and over, Drug Implants, Central macular thickness, [PHYS]Physics [physics], business.industry, Incidence (epidemiology), Retrospective cohort study, General Medicine, Middle Aged, Cataract surgery, medicine.disease, eye diseases, Intravitreal Injections, Female, sense organs, Implant, business, Follow-Up Studies, medicine.drug
Abstract

International audience; Aims To evaluate the efficacy and safety of intravitreal dexamethasone implant (DEX-implant) for diabetic macular edema (DME) in real-life practice with an extended follow-up for up to 5 year. Methods This multicentric retrospective study reviewed 227 eyes of 152 patients with DME treated by DEX-implant. Main outcome measures included changes in best corrected visual acuity (BCVA), central macular thickness (CMT), time to retreatment and incidence of adverse effects. Results The mean number of DEX-implant received by patients was 2.6 (+/- 2.2) with a mean (SD) follow-up of 20.1 (+/- 15.8) months, median [IQR] 15.8 [7.4-30.1]. The mean time of retreatment was 6.9 months. The mean maximal BCVA gain during follow-up was 12.3 (+/- 12.7) letters. A gain of >= 5, >= 10 and >= 15 letters from baseline BCVA was obtained for 71.8%, 48.9% and 34.8% of eyes, respectively. A total of 62.6% of eyes presented a significant anatomical response (decrease of CMT >= 20%), and DME was resolved (absence of cystoid macular spaces on OCT) in 37% of cases at the end of the follow-up. A transient increase in intraocular pressure >= 25 mmHg occurred in 14.1% of eyes, and cataract surgery was performed for 49.1% of the phakic eyes during the follow-up. Four eyes developed a proliferative diabetic retinopathy. Conclusion This large cohort study showed favorable long-term outcomes when using DEX-implant, which provides substantial long-term benefits in the treatment of DME in real life.

Published
2020

6. OBEDIS Core Variables Project: European Expert Guidelines on a Minimal Core Set of Variables to Include in Randomized, Controlled Clinical Trials of Obesity Interventions

Author

António L. Palmeira, Thorkild I. A. Sørensen, Martin Neovius, Martine Laville, Mikael Rydén, Andrea Natali, Maud Alligier, Romain Barrès, Kristina Campbell, David Jacobi, I. Sadaf Farooqi, Jean-Michel Oppert, Helen M. Roche, André Scheen, Karine Clément, Ellen E. Blaak, Yves Boirie, Gijs H. Goossens, Jason C.G. Halford, Luc Tappy, Nathalie Farpour-Lambert, Hannele Yki-Järvinen, Uberto Pagotto, Chantal Simon, Jörg Hager, Jildau Bouwman, Paul Brunault, Gema Frühbeck, Dominique Langin, Olivier Ziegler, Chantal Julia, Hans Hauner, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône-Alpes (CRNH-RA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research (CBMR), Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Maastricht University Medical Centre (MUMC), Maastricht University [Maastricht], CHU Clermont-Ferrand, Netherlands Organization for Applied Scientific Research (TNO), TNO Science and Industry, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Tours (UT), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Imagerie et cerveau (iBrain - Inserm U1253 - UNIV Tours ), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), KC Microbiome Communications Group, Nutrition et obésités: approches systémiques (nutriomics) (UMR-S 1269 INSERM - Sorbonne Université), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), NIHR Biomedical Research Centre [London], Guy's and St Thomas' NHS Foundation Trust-King‘s College London, University of Cambridge [UK] (CAM), Université de Genève (UNIGE), Geneva University Hospitals and Geneva University, Clínica Universidad de Navarra [Pamplona], Nestlé Institute of Health Sciences SA [Lausanne, Switzerland], University of Liverpool, Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Klinikums rechts der Isar, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Nantes (UN), unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Sorbonne Paris Nord-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Pisa - Università di Pisa, Karolinska Institutet [Stockholm], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Alma Mater Studiorum University of Bologna (UNIBO), Université de Lisbonne, University College Dublin [Dublin] (UCD), Centre Hospitalier Universitaire de Liège (CHU-Liège), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Université de Lausanne (UNIL), Minerva Foundation Institute for Medical Research, University of Helsinki, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Joint Programming Initiative Heathy Diet for Healthy Life, Alligier M., Barres R., Blaak E.E., Boirie Y., Bouwman J., Brunault P., Campbell K., Clement K., Farooqi I.S., Farpour-Lambert N.J., Fruhbeck G., Goossens G.H., Hager J., Halford J.C.G., Hauner H., Jacobi D., Julia C., Langin D., Natali A., Neovius M., Oppert J.M., Pagotto U., Palmeira A.L., Roche H., Ryden M., Scheen A.J., Simon C., Sorensen T.I.A., Tappy L., Yki-Jarvinen H., Ziegler O., Laville M., FCRIN/FORCE Network, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône-Alpes, Novo Nordisk, Department of Human Biology, Maastricht University Medical Center (MUMC), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Nutrition clinique, Centre Hospitalier Universitaire Gabriel Montpied, TNO,Netherlands Organisation for Applied Scientific Research, UMR U 1253, Université de Tours, Nutrition et obésité : approches systémiques, Sorbonne Université, Wellcome-MRC Institute of Metabolic Science and NIHR Biomedical Research Centre, University of Cambridge, Service of Therapeutic Education for Chronic Diseases, Department of Community Health, Primary Care and Emergency, Geneva University Hospitals, Department of Endocrinology and Nutrition, Navarra Public Health Institute, Centro de Investigación Biomédica en Red de la Fisiopatología de la Obesidad y Nutrición - Biomedical Research Center in Red-Physiopathology of Obesity and Nutrition (CIBEROBN), University of Navarra, University of Cape Town, Metabolic Phenotyping, Nestlé Institute of Health Sciences, Psychological Sciences, University of Liverpool (University of Liverpool), Institut für Ernährungsmedizin des Klinikums Rechts der Isar, Technical University of Munich (TUM), Institut du Thorax, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Toulouse III - Paul Sabatier, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Department of Clinical and Experimental Medicine, Università degli studi di Napoli Federico II, Department of Medicine (Solna), Nutrition, Institut de Cardiométabolisme et Nutrition (ICAN), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Department of Medical and Surgical Sciences, Universita degli Studi di Padova, CIPER, PANO-SR, Faculty of Human Kinetics, University of Lisbon, UCD Institute of Food and Health, University College Dublin (UCD), Department of Medicine, The University of Sydney, Diabètes, Nutrition et maladies métaboliques, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Physiologie, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Helsinki University Central Hospital, Endocrinologie, Diabetes et Nutrition, Hôpital Brabois, Maastricht University [Maastricht]-Maastricht University [Maastricht], Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, ProdInra, Archive Ouverte, Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Unité de recherche de l'institut du thorax (ITX-lab), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, HUS Internal Medicine and Rehabilitation, Humane Biologie, and RS: NUTRIM - R1 - Obesity, diabetes and cardiovascular health

Subjects
0301 basic medicine, Research design, Gerontology, Health (social science), Psychological intervention, Choice Behavior, 0302 clinical medicine, QUALITY-OF-LIFE, OBSTRUCTIVE SLEEP-APNEA, Medicine, Medical History Taking, lcsh:RC620-627, Interventions, METABOLIC SYNDROME, Randomized Controlled Trials as Topic, ddc:616, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Precision medicine, Prognosis, C-REACTIVE PROTEIN, 3. Good health, Europe, lcsh:Nutritional diseases. Deficiency diseases, CARDIOVASCULAR-DISEASE, Research Design, Variable, lcsh:Nutrition. Foods and food supply, Human, Prognosi, education, WEIGHT-LOSS, lcsh:TX341-641, Intervention, 030209 endocrinology & metabolism, GASTRIC BYPASS-SURGERY, Guidelines, Patient care, 03 medical and health sciences, Variables, Physiology (medical), Humans, CORONARY-HEART-DISEASE, Obesity, Expert Testimony, Core set, 030109 nutrition & dietetics, business.industry, Stratification, medicine.disease, Diet, BODY-MASS INDEX, Clinical trial, PHYSICAL-ACTIVITY, Biological Variation, Population, 3121 General medicine, internal medicine and other clinical medicine, Metabolic syndrome, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

Heterogeneity of interindividual and intraindividual responses to interventions is often observed in randomized, controlled trials for obesity. To address the global epidemic of obesity and move toward more personalized treatment regimens, the global research community must come together to identify factors that may drive these heterogeneous responses to interventions. This project, called OBEDIS (OBEsity Diverse Interventions Sharing - focusing on dietary and other interventions), provides a set of European guidelines for a minimal set of variables to include in future clinical trials on obesity, regardless of the specific endpoints. Broad adoption of these guidelines will enable researchers to harmonize and merge data from multiple intervention studies, allowing stratification of patients according to precise phenotyping criteria which are measured using standardized methods. In this way, studies across Europe may be pooled for better prediction of individuals' responses to an intervention for obesity - ultimately leading to better patient care and improved obesity outcomes. © 2020 The Author(s) Published by S. Karger AG, Basel.

Published
2020

7. When idiopathic male infertility is rooted in maternal malnutrition during the perinatal period in mice

Author

Yuki Muranishi, Laurent Parry, Mélanie Vachette-Dit-Martin, Fabrice Saez, Cécile Coudy-Gandilhon, Pierre Sauvanet, David H Volle, Jérémy Tournayre, Serge Bottari, Francesca Carpentiero, Guillaume Martinez, Jana Muroňová, Jessica Escoffier, Alain Bruhat, Anne-Catherine Maurin, Julien Averous, Christophe Arnoult, Pierre Fafournoux, Céline Jousse, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine, Génétique, Reproduction et Développement (GReD), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), CHU Clermont-Ferrand, Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Grenoble Alpes (UGA), Service de Chirurgie Digestive et Hépatobiliaire [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Universitaire de Grenoble, UM de Génétique Chromosomique, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Adult, Male, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, male fertility, sperm capacitation, 03 medical and health sciences, Mice, 0302 clinical medicine, Pregnancy, Animals, Humans, Lactation, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Infertility, Male, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 030219 obstetrics & reproductive medicine, Malnutrition, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, Cell Biology, General Medicine, Spermatozoa, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Fertility, Reproductive Medicine, Sperm Motility, Female, nutritional programming, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Infertility represents a growing burden worldwide, with one in seven couples presenting difficulties conceiving. Among these, 10–15% of the men have idiopathic infertility that does not correlate with any defect in the classical sperm parameters measured. In the present study, we used a mouse model to investigate the effects of maternal undernutrition on fertility in male progeny. Our results indicate that mothers fed on a low-protein diet during gestation and lactation produce male offspring with normal sperm morphology, concentration, and motility but exhibiting an overall decrease of fertility when they reach adulthood. Particularly, in contrast to control, sperm from these offspring show a remarkable lower capacity to fertilize oocytes when copulation occurs early in the estrus cycle relative to ovulation, due to an altered sperm capacitation. Our data demonstrate for the first time that maternal nutritional stress can have long-term consequences on the reproductive health of male progeny by affecting sperm physiology, especially capacitation, with no observable impact on spermatogenesis and classical quantitative and qualitative sperm parameters. Moreover, our experimental model could be of major interest to study, explain, and ultimately treat certain categories of infertilities.

Published
2022

8. Maternal nutritional stress alters sperm competence in male mice offspring leading to reduced fertility

Author

Serge Bottari, Francesca Carpentiero, Anne-Catherine Maurin, Christophe Arnoult, Cécile Coudy-Gandilhon, Mélanie Vachette-dit-Martin, Fabrice Saez, Pierre Fafournoux, Yuki Muranishi, Jessica Escoffier, Céline Jousse, Alain Bruhat, David Volle, Laurent Parry, Julien Averous, Pierre Sauvanet, Jérémy Tournayre, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
Infertility, Offspring, media_common.quotation_subject, Fertility, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, Andrology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Capacitation, Lactation, medicine, Ovulation, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, 030304 developmental biology, media_common, 0303 health sciences, 030219 obstetrics & reproductive medicine, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, medicine.disease, Sperm, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], medicine.anatomical_structure, Spermatogenesis, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Infertility represents a growing burden worldwide, with one in seven couples presenting difficulties conceiving. Amongst these, 10-15% of the men have idiopathic infertility that does not correlate with any defect in the classical sperm parameters measured. In the present study, we used a mouse model to investigate the effects of maternal undernutrition on fertility in male progeny. Our results indicate that mothers fed on a low protein diet during gestation and lactation produce male offspring with normal sperm morphology, concentration and motility but exhibiting an overall decrease of fertility when they reach adulthood. Particularly, sperm from these offspring show a remarkable lower capacity to fertilize oocytes when copulation occurs early in the estrus cycle relative to ovulation, due to an altered sperm capacitation.Our data demonstrate for the first time that maternal nutritional stress can have long-term consequences on the reproductive health of male progeny by affecting sperm physiology, especially capacitation, with no observable impact on spermatogenesis and classical quantitative and qualitative sperm parameters. Moreover, our experimental model could be of major interest to study, explain, and ultimately treat certain categories of infertilities.

Published
2021

9. Into the range: a latitudinal gradient or a center-margins differentiation of ecological strategies in Arabidopsis thaliana ?

Author

Denis Vile, François Vasseur, Justine Bresson, Aurélien Estarague, Stéphane Herbette, Cyrille Violle, Moises Exposito-Alonso, Denis Cornet, Grégory Beurier, Lauriane Rouan, Cristina C. Bastias, Kevin Sartori, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Stanford University, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux (LEPSE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, European Project: 639706,H2020,ERC-2014-STG,CONSTRAINTS(2015), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Carnegie Institution for Science, European Research Council (ERC) Starting Grant Project 'Ecophysiological and biophysical constraints on domestication in crop plants' (Grant ERC-StG-2014- 639706-CONSTRAINTS)., Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
0106 biological sciences, plant trait-based ecology, Range (biology), Nitrogen, Acclimatization, Species distribution, Population, Arabidopsis, Plant Science, fuctionnal trait, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Intraspecific competition, 03 medical and health sciences, water stress, CSR strategies, interspecific variation, education, Macroecology, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Phenotypic plasticity, education.field_of_study, Ecology, Phenotypic trait, Original Articles, 15. Life on land, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, Adaptation, Physiological, Phenotype, phenotopic plasticity, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Adaptation, performance, stress resistance-fecondity trade -off, 010606 plant biology & botany
Abstract

Background and Aims Determining within-species large-scale variation in phenotypic traits is central to elucidate the drivers of species’ ranges. Intraspecific comparisons offer the opportunity to understand how trade-offs and biogeographical history constrain adaptation to contrasted environmental conditions. Here we test whether functional traits, ecological strategies from the CSR scheme and phenotypic plasticity in response to abiotic stress vary along a latitudinal or a center- margins gradient within the native range of Arabidopsis thaliana. Methods We experimentally examined the phenotypic outcomes of plant adaptation at the center and margins of its geographic range using 30 accessions from southern, central and northern Europe. We characterized the variation of traits related to stress tolerance, resource use, colonization ability, CSR strategy scores, survival and fecundity in response to high temperature (34 °C) or frost (- 6 °C), combined with a water deficit treatment. Key Results We found evidence for both a latitudinal and a center-margins differentiation for the traits under scrutiny. Age at maturity, leaf dry matter content, specific leaf area and leaf nitrogen content varied along a latitudinal gradient. Northern accessions presented a greater survival to stress than central and southern accessions. Leaf area, C-scores, R-scores and fruit number followed a center-margins differentiation. Central accessions displayed a higher phenotypic plasticity than northern and southern accessions for most studied traits. Conclusions Traits related to an acquisitive/conservative resource-use trade-off followed a latitudinal gradient. Traits associated with a competition/colonization trade-off differentiated along the historic colonization of the distribution range and then followed a center-margins differentiation. Our findings pinpoint the need to consider the joint effect of evolutionary history and environmental factors when examining phenotypic variation across the distribution range of a species.

Published
2021

10. La valorisation des ressources forestières en Afrique centrale : état des lieux et perspectives de développement à partir des produits forestiers non ligneux (PFNL) en Angola, au Cameroun, au Congo, au Gabon et en République Démocratique du Congo

Author

Vunda, Mayawa, Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne, Daniel Ricard, and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)

Subjects
Valorisation des ressources, [territorial development], [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [resource development], Afrique centrale, [Central Africa], [non-timber forest products (NTFP)], Forêt, Développement territorial, [forest], Gestion durable, [know-how], [sustainable management], Produits forestiers non ligneux (PFNL), Savoir-faire
Abstract

This doctoral research in geography is geared towards terrorial development and starts from the observation of a transition of the traditional way of life of « hunter-gatherers » subjected to growing demographic pressure which disrupts ecosystems towards contemporary, more ecological and sustainable practices. The study insists on the valuation of « non-timber forest products » (NTFPs), spontaneous products of plant and animal origin (other than timber), resulting from the traditional harvesting carried out by rural gatherers in the region, huge forest ecoregion of Central Africa. These products, which are culturally shared among the peoples of region, feed into intense and varied forms of consumption, making them a « safety net » for many poor rural and urban households. They therefore constitute an undeniable source of food, treatment for tropical diseases, energy, construction and income, and even job creation, involving 80 % of women in the essentially informal commercial sectors. NWFPs are gradually appearing today as a territorial resource and are posed as an alternative to end the crisis or to end local endemic disease. The main hypothesis of the research therefore considers that « the valuation of NWFPs from Central Africa could contribute to territorial developpement », a hypothesis verified in particular from the case study of two priority products (honey and Gnetum spp.) in the province of Uíge (northen Angola) and supported by documentary research which made it possible to carry out a preliminary overview of the situation of these products in Angola, Cameroon, Congo, Gabon and the Democratic Republic of the Congo.In this geography thesis, it was a question of understanding the modes of access to NTFPs resources by rural communities, the socio-economic and environmental impact of these in the face of continuous demographic and urban growth, associated with a strong demand and strong pressure on natural environments due to the paradigm shift that we observe, from products that have long fallen from simple village subsistence to go towards specialties gradually inserted into the market, all leaging to exit from the « local » to go to the « global ». This new dynamic is expressed by the development of regional trade associated with regional integration (establishment of supraregional trade zones) and exports to Europe. This form of reconsideration of NTFPs opens the way to prospects for territorial development, subject, however, to the question of sustainability due to intense exploitation, together with other forms of logging which further depletes these products and disrupts ecosystems (timber exploitation, mining, slash-and-burn agriculture, etc.), as is the case with Gnetum spp. (a forest vegetable highly prized in the region) which is experiencing significant forest loss. The convergence plan of the Central African Forests Commission (COMIFAC) aims here for a more sustainable management and development of forest resources, in particular NTFPs, which must also integrate the formal economic policies of the countries of the region for a possible territorial development. The domestication of the species most coveted by rural gatherers and the modernization of local traditional harvesting know-how are all strategies targeted by this study for the sustainable management of resources providing NTFPs. The beekeeping experience of action reseach aimed at popularizing beekeeping in the province of Uíge, to the detriment of honey hunting, which is not very ecological (use of fire to decimate bees at the time of sampling), is an example concrete for the protection of biodiversity and the environment. The involvement of politicians and rural people in the sustainable management of the forests (common heritage) of Central Africa, will then limit the strengthening of food insecurity and poverty of present and future generations. The same is true for the sustainable development of forest resources and the fight [...]; Cette recherche doctorale en géographie est tournée vers le développement territorial et part du constat d’une transition du mode de vie traditionnel des « chasseurs-cueilleurs » soumis à une pression démographique croissante qui perturbe les écosystèmes vers des pratiques contemporaines, davantage écologiques et durables. L’étude insiste sur la valorisation des « produits forestiers non ligneux » (PFNL), des produits spontanés d’origine végétale et animale (autres que le bois d’œuvre), issus du prélèvement traditionnel effectué par les ruraux-cueilleurs dans l’immense écorégion forestière de l’Afrique centrale. Ces produits culturellement partagés entre les peuples de la région et alimentant des formes de consommation intense et variée faisant d’eux un « filet de sauvetage » pour bien des ménages ruraux et urbains démunis. Ils constituent, de ce fait, une source indéniable d’alimentation, de traitement contre les maladies tropicales, d’énergie, de construction et de revenu, voire de création d’emplois impliquant 80 % des femmes dans les filières commerciales essentiellement informelles. Les PFNL apparaissent progressivement aujourd’hui comme une ressource territoriale et se posent comme une alternative de sortie de crise ou de sortie du mal développement endémique local. L’hypothèse principale de la recherche considère donc que « la valorisation des PFNL d’Afrique centrale pourrait contribuer au développement territorial », hypothèse vérifiée notamment à partir de l’étude de cas de deux produits prioritaires (le miel et Gnetum spp.) dans la province d’Uíge (nord de l’Angola) et appuyée par une recherche documentaire ayant permis de réaliser au préalable un état des lieux global de la situation de ces produits en Angola, au Cameroun, au Congo, au Gabon et en République Démocratique du Congo. Il a été question dans cette thèse de géographie de comprendre les modes d’accès à la ressource des PFNL par les communautés rurales, l’impact socio-économique et environnemental de ceux-ci face à une croissance démographique et urbaine continue, corrélée à une forte demande et à une forte pression sur les milieux naturels due au changement de paradigme que l’on observe, depuis des produits ayant longtemps relevé de la simple subsistance villageoise pour aller vers des spécialités progressivement insérées dans le marché, le tout conduisant à sortir du « local » pour aller vers le « global ». Cette nouvelle dynamique s’exprime par le développement des échanges régionaux associés à l’intégration régionale (mise en place de zones commerciales suprarégionales) et à l’exportation vers l’Europe. Cette forme de reconsidération des PFNL ouvre la voie à des perspectives de développement territorial, soumis cependant à la question de durabilité à cause d’une intense exploitation, de concert avec d’autres formes d’exploitation forestière appauvrissant davantage ces produits et perturbant les écosystèmes (exploitation du bois d’œuvre, minière, agriculture sur brulis…), comme c’est le cas du Gnetum spp. (légume forestier très prisé dans la région) qui connaît un fort recul forestier. Le plan de convergence de la Commission des Forets d’Afrique Centrale (COMIFAC) vise ici une gestion et une valorisation plus durable des ressources forestières, notamment des PFNL, qui doivent aussi intégrer les politiques économiques formelles des pays de la région pour un possible développement territorial. La domestication des espèces les plus convoitées par les ruraux-cueilleurs et la modernisation des savoir-faire locaux de prélèvement traditionnel, sont autant de stratégies ciblées par cette étude pour une gestion durable des ressources fournissant les PFNL. L’expérience apicole de recherche-action visant à vulgariser l’apiculture dans la province d’Uíge, au détriment de la chasse au miel, bien peu écologique (usage du feu pour décimer les abeilles au moment de prélèvement), en est un exemple concret pour la protection de la biodiversité et de [...]

Published
2021

11. Impact des comorbidités sur la fatigue dans la polyarthrite rhumatoïde : Résultats d’un programme infirmier de prise en charge des comorbidités (COMEDRA)

Author

Martin Soubrier, Bruno Pereira, Anne Tournadre, Laure Gossec, Maxime Dougados, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Service de Rhumatologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand, Service de rhumatologie [CHU Pitié Salpêtrière] (GRC-08 EEMOIS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Service de Rhumatologie [CHU Pitié Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CCSD, Accord Elsevier, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], 030203 arthritis & rheumatology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Rheumatology, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030212 general & internal medicine, 3. Good health
Abstract

Resume Objectifs Analyser les facteurs associes a la fatigue en se focalisant sur les comorbidites dans une importante cohorte de patients atteints de polyarthrite rhumatoide (PR). Methodes Des analyses transversales ont ete realisees sur les patients atteints de PR de l’etude longitudinale francaise COMEDRA, un programme realise par des infirmiers sur la prise en charge des comorbidites. La fatigue a ete evaluee par la question no 3 du score RAID (Rheumatoid Arthritis Impact of Disease) sur une echelle numerique de 0 a 10 (NRS). Trois niveaux de fatigue ont ete definis : acceptable (≤ 2 sur 10), moderee (3 ou 4 sur 10) et severe (≥ 5 sur 10). Des modeles univaries et multivaries ont ete appliques pour explorer les relations entre fatigue et caracteristiques demographiques, sociales et de la maladie, comorbidites (cardiovasculaires, infections, cancer, pulmonaires, osteoporose et psychiatriques), activite physique, qualite de vie et traitements. Resultats Les analyses ont ete realisees pour 962 patients. Le score moyen de fatigue etait de 3,8 ± 2,7 et 40 % des patients ont indique souffrir d’une fatigue severe. Les patients presentaient en moyenne 1,8 comorbidites, l’anxiete/depression etant la plus frequente (52 %). Dans l’analyse univariee, la fatigue severe etait plus frequente chez les femmes, les patients sans activites professionnelles et ceux pratiquant peu d’activite physique. Elle a ete associee a la duree et a l’activite de la maladie, au score de handicap mHAQ, a la douleur et aux problemes de sommeil et emotionnels. La fatigue severe a ete correlee avec l’indice de multimorbidite qui evalue le nombre de morbidites, et associee a l’obesite, l’hypertension, la BPCO et l’anxiete/depression. Les analyses multivariees ont associe le risque de fatigue severe au sexe feminin, a l’activite de la maladie, au score de handicap mHAQ, aux traitements en cours par AINS et agents biologiques, au score de multimorbidite, a l’obesite et a l’anxiete/depression. Conclusions les comorbidites, la sante mentale et l’activite physique devraient etre evaluees dans la prise en charge du probleme courant qu’est la fatigue severe dans la PR.

Published
2019

12. MS-based targeted metabolomics of eicosanoids and other oxylipins: Analytical and inter-individual variabilities

Author

Nils Helge Schebb, John W. Newman, Annika I. Ostermann, Cécile Gladine, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Faculty of Mathematics and Natural Sciences, University of Wuppertal, United States Department of Agriculture, Agricultural Researh Service, Western Human Nutrition Research Center, Department of Nutrition, Harvard School of Public Health, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
thromboxanes, SPM, HETE, PG, Biochemistry, TriHOME, ethylenediaminetetraacetic acid, GPCR, 0302 clinical medicine, TRPs, Specialized pro-resolving mediators, Tandem Mass Spectrometry, transient receptor potential channels, CYP, hydroxyeicosapentaenoic acid, Profiling (information science), CAD, Biomarker discovery, Chromatography, High Pressure Liquid, EDTA, docosahexaenoic acid, 3. Good health, coronary artery diseases, electrospray ionization-mass spectrometry, Fatty Acids, Unsaturated, nuclear factor kappa B, PD, CRP, BHT, PPARs, trihydroxyoctadecenoic acid, lipoxin, gas liquid chromatography mass spectrometry, FLAP, 1 Abbreviations : (U)HPLC-MS, hydroxyeicosatetraenoic acid, 03 medical and health sciences, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Physiology (medical), Humans, Metabolomics, G protein-coupled receptor, maresin, LLOQ, 5-lipoxygenase-activating protein, hydroxydocosahexaenoic acid, EPA, AA, lipoxygenase, cardiovascular diseases, 030104 developmental biology, Vasoconstriction, EpETrE, time of flight, 3-Hydroxy-3-Methyl-Glutaryl-CoA reductase, C- reactive protein, 030217 neurology & neurosurgery, NFκB, Biological variability, 0301 basic medicine, eicosapentaenoic acid, QqQ-MS, HEPE, ketooctadecadienoic acid, epoxyoctadecenoic acid, Nuclear factor kappa b, LX, MaR, GLC-MS, LT, leukotrienes, Triple quadrupole mass spectrometry, epoxyeicosatrienoic acid, LOD, HMG- CoA, Observer Variation, HODE, limit of detection, TOF, soluble epoxyhydroalse, LOX, lower limit of quantification, Neurodegenerative Diseases, CVD, Vasodilation, DHA, peroxisome proliferator-activated receptors, prostaglandin, polyunsaturated fatty acids, cytochrome P450, butylated hydroxytoluene, sEH, Computational biology, Biology, HDHA, arachidonic acid, Oxylipins, KODE, hydroxyoctadecadienoic acid, Inflammation, triple quadrupole mass spectrometry, protectin, COX, solid phase extraction, Reproducibility of Results, ESI-MS, Tx, (ultra) high performance liquid chromatography-mass spectrometry, Oxylipin, cycloxygenase, specialized pro-resolving mediators, PUFAs, Eicosanoids, SPE, EpOME, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Targeted metabolomics
Abstract

Epub ahead of print; Oxylipins, including the well-known eicosanoids, are potent lipid mediators involved in numerous physiological and pathological processes. Therefore, their quantitative profiling has gained a lot of attention during the last years notably in the active field of health biomarker discovery. Oxylipins include hundreds of structurally and stereochemically distinct lipid species which today are most commonly analyzed by (ultra) high performance liquid chromatography-mass spectrometry based ((U)HPLC-MS) methods. To maximize the utility of oxylipin profiling in clinical research, it is crucial to understand and assess the factors contributing to the analytical and biological variability of oxylipin profiles in humans. In this review, these factors and their impacts are summarized and discussed, providing a framework for recommendations expected to enhance the interlaboratory comparability and biological interpretation of oxylipin profiling in clinical research.

Published
2019

13. Genetic differentiation in functional traits among European sessile oak populations

Author

Laura Truffaut, Sylvain Delzon, Fabrice Bonne, Antoine Kremer, Timothy J. Brodribb, Laurent J. Lamarque, Madeline R. Carins Murphy, Alexis Ducousso, José M. Torres-Ruiz, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), SILVA (SILVA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Université de Lorraine (UL)

Subjects
0106 biological sciences, capacité adaptative, Physiology, Range (biology), Population, Index Medicus, Plant Science, Biology, phenology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Article, Quercus, embolism resistance, Climate change, adaptive capacity, plant ecophysiology, plant functional traits, Genetic variation, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, education, Ecosystem, changement climatique, education.field_of_study, Adaptive capacity, Vegetal Biology, Natural selection, Phenology, Ecology, 15. Life on land, biology.organism_classification, phénologie, Europe, Phenotype, 13. Climate action, Quercus petraea, Adaptation, Biologie végétale, 010606 plant biology & botany
Abstract

International audience; The vulnerability of forest species and tree populations to climate change is related to the exposure of the ecosystem to extreme climatic conditions and to the adaptive capacity of the population to cope with those conditions. Adaptive capacity is a relatively under-researched topic within the forest science community and there is an urgent need to understand to what extent particular combinations of traits have been shaped by natural selection under climatic gradients, potentially resulting in adaptive multi-trait associations. Thus, our aim was to quantify genetic variation in several leaf and woody traits that may contribute to multi-trait associations in which intraspecific variation could represent a source for species adaptation to climate change. A multi-trait approach was performed using nine Quercus petraea provenances originating from different locations that cover most of the species' distribution range over Europe and that were grown in a common garden. Multiple adaptive differences were observed between oak provenances but also some evolutionary stasis. Also, our results revealed higher genetic differentiation in traits related to phenology and growth than in those related to xylem anatomy, physiology and hydraulics for which no genetic differentiation was observed. The multiple associations between those traits and climate variables resulting from multivariate and path analyses suggest a multi-trait association largely involving phenological and growth traits for Quercus petraea. © The Author(s) 2019. Published by Oxford University Press. All rights reserved. For permissions, please e-mail: journals.permissions@oup.com.

Published
2019

14. Contribution of plant food bioactives in promoting health effects of plant foods: why look at interindividual variability?

Author

Francisco A. Tomás-Barberán, Christine Morand, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Consejo Superior de Investigaciones Científicas (Spain) (CSIC), European Cooperation in Science and Technology (COST) FA1403, Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
0301 basic medicine, Phytochemicals, Medicine (miscellaneous), Review, Health Promotion, Biology, Plant foods, Interindividual variability, 03 medical and health sciences, Humans, 2. Zero hunger, 030109 nutrition & dietetics, Nutrition and Dietetics, business.industry, Diet, Vegetarian, fungi, digestive, oral, and skin physiology, Human nutrition, Cardiometabolic health, food and beverages, Food phytochemicals, Personalised nutrition, 3. Good health, Biotechnology, 030104 developmental biology, Biological Variation, Population, Plants, Edible, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Purpose Research has identified plant-based diets as the most protective for our health; it is now essential to focus on good food associations and the beneficial constituents in plant foods. From a growing body of evidence, some categories of food phytochemicals are increasingly considered to play a crucial role in the cardiometabolic health effects associated with plant food consumption. However, the heterogeneity in responsiveness to plant food bioactive intake that is frequently observed in clinical trials can hinder the identification of the effects of these compounds in specific subpopulations and likely lead to underestimating their actual contribution to the health effects of their food sources. Results The magnitude and the main factors responsible for this between-subject variation in response to the consumption of the major families of food phytochemicals have been poorly documented so far. Thus, research efforts in this area must be developed. More importantly, capturing the interindividual variability in response to plant food bioactive intake, together with identifying the main determinants involved, is a crucial step that will enable the development and production of plant food products, thereby satisfying the nutritional needs and conferring benefits to different categories of populations. Conclusion The development of a science-based personalised nutrition approach focusing on plant foods rich in specific bioactive compounds could contribute to alleviating the dramatic burden of metabolic and cardiovascular diseases., Key messages Plant food bioactives represent a tremendous potential for innovation in the field of food, nutrition, and health.The role of phytochemicals in the health benefits of plant-based foods has been underestimated so far.A full consideration of plant food bioactives in future preventive strategies implies research that tackles the factors responsible for interindividual variability.A better understanding of interindividual variability in response to plant food bioactives is needed to:Refine dietary recommendations towards foods that are particularly rich in specific bioactives.Broaden perspectives for the food industry to develop strategies for future personalised food products targeted to specific consumer groups.

Published
2019

15. Comparison of psychometric properties between the Labin, a new electronic dynamometer, and the Jamar: Preliminary results in healthy subjects

Author

Isabelle Conforto, B. Pereira, Emmanuel Coudeyre, Chafik Samir, Anna Goldstein, F. Chausse, Service de Médecine Physique et de Réadaptation [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand-CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Louise Michel [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand, Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'Optimisation des Systèmes (LIMOS), Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pascal (IP), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universities Space Research Association (USRA), Biostatistiques, Inferential, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Adult, Male, medicine.medical_specialty, Psychometrics, Handgrip, Intraclass correlation, [SDV]Life Sciences [q-bio], Muscle Strength Dynamometer, 030230 surgery, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], Dynamometer, 03 medical and health sciences, Grip strength, 0302 clinical medicine, medicine, Humans, Orthopedics and Sports Medicine, 030222 orthopedics, Cross-Over Studies, Hand Strength, Kilogram, Healthy population, Rehabilitation, Healthy subjects, Reproducibility of Results, Healthy Volunteers, [STAT]Statistics [stat], Physical therapy, Female, Surgery, Strength, Grip force, Psychology
Abstract

International audience; Many instruments exist for measuring grip strength. The Jamar hydraulic hand dynamometer is currently the gold standard. The Labin is a prototype electronic dynamometer that can also measure maximum grip strength. The main objective was to compare the Labin dynamometer with the gold standard instrument, the Jamar, in a healthy population, and secondarily to compare discomfort during use. A single-center exploratory study was conducted. The subjects enrolled had to be aged between 20 and 60, be volunteers and give consent. The required number of subjects was 30. The subjects were positioned according to American Society of Hand Therapists recommendations. Maximum grip force was measured in kilograms using the mean of three successive trials. The first dynamometer used was chosen randomly. The handle's discomfort during use was rated on a simple verbal scale from 0 to 10. Thirty-four subjects were included. The concordance coefficient for peak torque between the Labin and Jamar dynamometers was 0.90 for the dominant hand and 0.83 for the non-dominant hand. The intraclass correlation coefficient for peak torque with the Labin was 0.81 [0.69; 0.89] for the dominant hand and 0.86 [0.76; 0.92] for the non-dominant hand. In our study, we have shown that the Labin prototype has acceptable validity and reproducibility. The Labin will need to be tested in pathological conditions next.

Published
2019

16. Discrimination of Escherichia coli and Shigella spp. by Nuclear Magnetic Resonance Based Metabolomic Characterization of Culture Media

Author

Isabelle Canard, Gilles J. P. Rautureau, Sonia Chatellier, Bénédicte Elena-Herrmann, Tony Lionel Palama, Alex van Belkum, Caroline Mirande, Centre Européen de Résonance Magnétique Nucléaire à Très Hauts Champs (CERMNTHC), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, BIOMERIEUX, Unité de Microbiologie (MIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), R&D Microbiologie, bioMerieux SA, Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre de RMN à très hauts champs de Lyon (CRMN), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and Elena-Herrmann, Bénédicte

Subjects
0301 basic medicine, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, metabolic footprint, 030106 microbiology, Biology, medicine.disease_cause, 03 medical and health sciences, exometabolome, Metabolomics, Nuclear magnetic resonance, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, medicine, Shigella, Escherichia coli, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Therapeutic strategy, E. coli, Dysentery, medicine.disease, metabolomics, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, bacterial identification, NMR, 3. Good health, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Infectious agent, Multivariate classification
Abstract

International audience; Dysentery is a major health threat that dramatically impacts childhood morbidity and mortality in developing countries. Various pathogenic agents cause dysentery, such as Shigella spp. and Escherichia coli, which are very closely related if not identical species. Sensitive and precise detection and identification of the infectious agent is important to target the best therapeutic strategy, but the differential diagnosis of these two groups remains a challenge using conventional methods. Here, we present a nuclear magnetic resonance (NMR) based multivariate classification model employing bacterial metabolic footprints in postculture growth media with remarkable segregation capability, including the discrimination of lactose negative E. coli and Shigella spp. Our results confirm the potential of metabolomic markers in the field of bacterial identification for the distinction of even very closely related species.

Published
2019

17. Plasma Metabolomic Signatures Associated with Long-term Breast Cancer Risk in the SU.VI.MAX Prospective Cohort

Author

Mélanie Pétéra, Lucie Lécuyer, Aicha Demidem, Stéphanie Durand, Delphine Centeno, Nathalie Druesne-Pecollo, Emmanuelle Kesse-Guyot, Mélanie Deschasaux, Valentin Partula, Pilar Galan, Adrien Rossary, Bernard Lyan, Marie-Paule Vasson, Bernard Srour, Serge Hercberg, Mathilde Touvier, Marie Lagree, Thomas Ferreira, Estelle Pujos-Guillot, Paule Latino-Martel, Céline Dalle, Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateforme d'Exploration du Métabolisme, MetaboHUB, Institut de Chimie, Université Clermont Auvergne (UCA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Adult, 0301 basic medicine, Oncology, medicine.medical_specialty, Epidemiology, Breast Neoplasms, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mass Spectrometry, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Breast cancer, Risk Factors, Internal medicine, Biomarkers, Tumor, medicine, Humans, Metabolomics, Prospective Studies, Prospective cohort study, Cell Proliferation, Cause of death, business.industry, Blood Proteins, Environmental exposure, Middle Aged, medicine.disease, 3. Good health, Glutamine, Oxidative Stress, 030104 developmental biology, Case-Control Studies, 030220 oncology & carcinogenesis, Etiology, Female, Energy Metabolism, business, Chromatography, Liquid, Follow-Up Studies, Cohort study, Blood drawing
Abstract

Background: Breast cancer is a major cause of death in occidental women. The role of metabolism in breast cancer etiology remains unclear. Metabolomics may help to elucidate novel biological pathways and identify new biomarkers to predict breast cancer long before symptoms appear. The aim of this study was to investigate whether untargeted metabolomic signatures from blood draws of healthy women could contribute to better understand and predict the long-term risk of developing breast cancer. Methods: A nested case–control study was conducted within the SU.VI.MAX prospective cohort (13 years of follow-up) to analyze baseline plasma samples of 211 incident breast cancer cases and 211 matched controls by LC/MS. Multivariable conditional logistic regression models were computed. Results: A total of 3,565 ions were detected and 1,221 were retained for statistical analysis. A total of 73 ions were associated with breast cancer risk (P < 0.01; FDR ≤ 0.2). Notably, we observed that a lower plasma level of O-succinyl-homoserine (OR = 0.70, 95%CI = [0.55-0.89]) and higher plasma levels of valine/norvaline [1.45 (1.15–1.83)], glutamine/isoglutamine [1.33 (1.07–1.66)], 5-aminovaleric acid [1.46 (1.14–1.87)], phenylalanine [1.43 (1.14–1.78)], tryptophan [1.40 (1.10–1.79)], γ-glutamyl-threonine [1.39 (1.09–1.77)], ATBC [1.41 (1.10–1.79)], and pregnene-triol sulfate [1.38 (1.08–1.77)] were associated with an increased risk of developing breast cancer during follow-up. Conclusion: Several prediagnostic plasmatic metabolites were associated with long-term breast cancer risk and suggested a role of microbiota metabolism and environmental exposure. Impact: After confirmation in other independent cohort studies, these results could help to identify healthy women at higher risk of developing breast cancer in the subsequent decade and to propose a better understanding of the complex mechanisms involved in its etiology.

Published
2019

18. Gene deletion of Corynespora cassiicola cassiicolin Cas1 suppresses virulence in the rubber tree

Author

Marine Déon, Dinh Minh Tran, Valérie Pujade-Renaud, Mouman Soumahoro, Dominique Garcia, Sébastien Ribeiro, Aurélien Masson, André Clément-Demange, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Société Africaine de Plantations d'Hévéa, Société de Caoutchouc de Grand Béréby (SOGB), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), IFC ('Institut Francais du Caoutchouc', Paris, France), Michelin, SIPH ('Societe Internationale de Plantations d'Hevea'), Socfin, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), and Société des Caoutchoucs de Grand-Béréby

Subjects
Mutagénèse, Population, Mutant, Virulence, Microbiology, F30 - Génétique et amélioration des plantes, Fungal Proteins, 03 medical and health sciences, Ascomycota, Deletion mutant, Effecteur moléculaire, Genetics, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Expression des gènes, Corynespora cassiicola, education, Cassiicolin, Necrotrophy, Effector, Mycelium, Plant Diseases, H20 - Maladies des plantes, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, education.field_of_study, Vegetal Biology, biology, 030306 microbiology, Genetic Variation, biology.organism_classification, Plant Leaves, Complementation, Hevea brasiliensis, cassiicoline, Hevea, Gene Deletion, Biologie végétale
Abstract

International audience; Corynespora cassiicola is an ascomycete fungus causing important damages in a wide range of plant hosts, including rubber tree. The small secreted protein cassiicolin is suspected to play a role in the onset of the disease in rubber tree, based on toxicity and gene expression profiles. However, its exact contribution to virulence, compared to other putative effectors, remains unclear. We created a deletion mutant targeting the cassiicolin gene Cas1 from the highly aggressive isolate CCP. Wild-type CCP and mutant ccpΔcas1 did not differ in terms of mycelium growth, sporulation, and germination rate in vitro. Cas1 gene deletion induced a complete loss of virulence on the susceptible clones PB260 and IRCA631, as revealed by inoculation experiments on intact (non-detached) leaves. However, residual symptoms persisted when inoculations were conducted on detached leaves, notably with longer incubation times. Complementation with exogenous cassiicolin restored the mutant capacity to colonize the leaf tissues. We also compared the toxicity of CCP and ccpΔcas1 culture filtrates, through electrolyte leakage measurements on abraded detached leaves, over a range of clones as well as an F1 population derived from the cross between the clones PB260 (susceptible) and RRIM600 (tolerant). On average, filtrate toxicity was lower but not fully suppressed in ccpΔcas1 compared to CCP, with clone-dependent variations. The two QTL, previously found associated with sensitivity to CPP filtrate or to the purified cassiicolin, were no longer detected with the mutant filtrate, while new QTL were revealed. Our results demonstrate that: (1) cassiicolin is a necrotrophic effector conferring virulence to the CCP isolate in susceptible rubber clones and (2) other effectors produced by CCP contribute to residual filtrate toxicity and virulence in senescing/wounded tissues. These other effectors may be involved in saprotrophy rather than necrotrophy.

Published
2019

19. Native-source climate determines the Douglas-fir potential of adaptation to drought

Author

Philippe Rozenberg, Hervé Cochard, Thibaud Chauvin, Vincent Segura, Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt (BioForA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Office National des Forêts (ONF), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Région Centre-Val de Loire, France, IR 'Intérêt Régional' project n° 2015-00099659 EMPIR, European Union RISE project 645654 TOPWOOD, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Office national des forêts (ONF)

Subjects
0106 biological sciences, Provenance, Provenance variation, [SDV]Life Sciences [q-bio], Drought tolerance, Climate change, Hydraulic traits, Context (language use), Phenotypic plasticity, Evolutionary adaptation, Management, Monitoring, Policy and Law, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Pseudotsuga mensiesii (Mirb.) Franco, Nature and Landscape Conservation, Natural selection, Resistance (ecology), Ecology, food and beverages, Forestry, 15. Life on land, Cavitation resistance, Geography, 13. Climate action, [SDE]Environmental Sciences, Common garden, Adaptation, 010606 plant biology & botany
Abstract

International audience; Context: Douglas-fir, a fast growing conifer from western North America, recently suffered diebacks following drought in France. We investigated the link between native-source climate and provenance drought resistance in a common garden in France. We compared the adaptive potential of provenances from different parts of the natural area. Methods: We collected branches from a 25-year-old provenance trial replicated in two test sites in southern France. We estimated provenance variation of cavitation resistance traits, survival and circumference. We compared Washington-Oregon provenances to coastal and interior Californian provenances. Results: In the common gardens, the hydraulic traits were significantly variable between provenances, with a strong site x provenance interaction, and significantly related to the climate of the natural area and survival. The relationships were different between variables and test-sites. The two test-sites and their particular climatic selective pressure revealed different geographical adaptive structures in the natural area. Conclusions: Douglas-fir evolutionary adaptation to drought results from natural selection to summer climate and shapes populations for cavitation resistance. In the dryer site only, the Interior California provenances seem more drought resistant. The strong within-provenance variations suggest that there is also a certain withinprovenance adaptation potential to drought at the cost of variable mortality rates.

Published
2019

20. Depression Severity as a Risk Factor of Sarcopenic Obesity in Morbidly Obese Patients

Author

Céline Lambert, Clément Lahaye, C. Palmier-Forestier, M. Pouget, V. Venant, N. Farigon, Bruno Pereira, E. Gentes, Carla Domingues-Faria, J. Debarges, Yves Boirie, M. Miolanne, Nutrition clinique, Centre Hospitalier Universitaire Gabriel Montpied, Biostatistiques, Danone Research, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Adult, Male, medicine.medical_specialty, Physical disability, muscle, 030309 nutrition & dietetics, Population, Medicine (miscellaneous), macromolecular substances, sarcopenia, 03 medical and health sciences, Grip strength, 0302 clinical medicine, Risk Factors, Internal medicine, mental disorders, Prevalence, Humans, Medicine, Sarcopenic obesity, Muscle Strength, Obesity, 030212 general & internal medicine, Risk factor, education, Depression (differential diagnoses), 0303 health sciences, education.field_of_study, Nutrition and Dietetics, business.industry, musculoskeletal, neural, and ocular physiology, [SDV.MHEP.GEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Geriatry and gerontology, medicine.disease, mobility, Obesity, Morbid, 3. Good health, nervous system, Sarcopenia, depression, Female, Geriatrics and Gerontology, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Etiopathogenic factors of physical disability in obesity are numerous, underestimated and not sought in the non-geriatric population. Amongst these factors, depression may favor the development of sarcopenic obesity by reducing strength and physical performance even in the absence of overt muscle loss. Objectives and participants: To study the link between depression status and muscle functional disorders (dynapenia) in a population of adult subjects with severe and morbid obesity.Patients were assessed for body composition, grip strength, the Short Physical Performances Battery test (SPPB), for depression according to the Beck II score as well as for metabolic parameters through biological tests.In 373 obese subjects (mean age 44 ± 13y and BMI 43 ± 6 kg/m²), the prevalence of depression was 53% with 18% having mild depression, 18% moderate depression and 16% severe depression. Depression was significantly related to dynapenia: 62% of dynapenic (D) patients suffered from depression compared to 50% of non-dynapenic (ND) patients (p = 0.036). The Beck questionnaire score for D patients was 20 ± 13 and 15 ± 10 for ND patients (p = 0.001). The depression intensity was significantly correlated with dynapenia with D patients having a higher severe depression degree than ND patients (30% versus 11%; p0.0001). Fat-free to fat mass ratio was also significantly correlated with dynapenia (p = 0.01). In multivariate analysis, the presence of depression was twice as likely to be associated with dynapenia.Depression is associated with a reduction of muscle function in severe obesity in relation to its severity and to changes in fat to fat-free mass, suggesting that screening and prevention of sarcopenic obesity should be considered in adult obese patients with depression.

Published
2019

21. Gluten-free diet in French adults without coeliac disease: sociodemographic characteristics, motives and dietary profile

Author

Camille Buscail, Laëtitia Perrin, Emmanuelle Kesse-Guyot, Catherine Ravel, Chantal Julia, Benjamin Allès, Serge Hercberg, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Département de Santé Publique [Avicenne], Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales - Clermont Auvergne (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), French National Research Agency (ANR) Ministere de la Sante Sante Publique France Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (Inserm) Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) Conservatoire National des Arts et Metiers (CNAM) Paris 13 University, Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Adult, Male, 0301 basic medicine, Health Behavior, Population, Medicine (miscellaneous), Logistic regression, Coeliac disease, Cohort Studies, Food group, Diet, Gluten-Free, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Intolerances, Environmental health, medicine, Humans, 030212 general & internal medicine, Dietary patterns, education, Non-coeliac gluten sensitivity, Aged, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, Motivation, education.field_of_study, Sociodemographic characteristics, 030109 nutrition & dietetics, Nutrition and Dietetics, business.industry, Middle Aged, medicine.disease, Gluten, Diet, 3. Good health, Celiac Disease, Socioeconomic Factors, chemistry, Motives, Cohort, Gluten-free diet, Educational Status, Female, Gluten free, France, Diet, Healthy, Energy Intake, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

The number of people avoiding gluten is growing in many Western countries. However, little information is available on their sociodemographic and dietary profiles. We aimed to describe sociodemographic, behavioural and dietary profiles of participants avoiding gluten in the NutriNet-Santé cohort. Participants of the NutriNet-Santé cohort – excluding coeliac patients – who completed a questionnaire about food exclusions, with complete data on sociodemographic characteristics and dietary intake were included (n 20 456). Food group consumptions and nutrient intakes according to self-reported avoidance of gluten were estimated using ANCOVA adjusted for age, sex and daily energy intake. Based on principal component analysis, three dietary patterns (DP) were identified. Association between DP and avoidance of gluten was investigated using multivariate logistic regression. All data were weighted on the French census. A total of 10·31 (95 % CI 9·90, 10·73) % of the participants declared avoiding gluten, of which 1·65 % totally. They were more likely to be women, older persons, non-smokers, to have a lower educational level and declared more food intolerances. They had higher consumption of fruit, vegetables and lower consumption of dairy products, salty/sweet and fatty foods and alcohol. After adjustments on confounders, a healthy dietary pattern was positively associated with total gluten avoidance (ORQuintile5vsQuintile1 = 14·44, 95 % CI 8·62, 24·19). Our study highlighted that, in this population, individuals who avoid gluten from their diet tend to have a diet more favourable to health. These results can serve as a basis for future studies investigating the potential consequences of a gluten-free diet in non-coeliac population.

Published
2019

22. Traitements immunosuppresseurs chez le sujet âgé

Author

Clément Lahaye, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
030203 arthritis & rheumatology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Rheumatology, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030212 general & internal medicine, 3. Good health
Abstract

Resume L’utilisation d’immunosuppresseurs cibles a revolutionne le traitement des rhumatismes inflammatoires. Chez les sujets âges, ces traitements interviennent neanmoins sur un systeme immunitaire senescent producteur de syndrome inflammatoire a bas bruit et moins efficace contre les pathogenes et les cancers. Les effets des immunosuppresseurs s’ajoutent aux risques propres a la maladie et aux comorbidites. Si l’efficacite des immunosuppresseurs semble etre globalement conservee chez les sujets âges, les effets indesirables qui leur sont imputes et la rarete des publications et des recommandations specifiques a cette classe d’âge expliquent leur relative sous-utilisation. Leur prescription raisonnee assortie de mesures preventives et d’une surveillance rapprochee permettrait de garantir une balance benefice-risque acceptable.

Published
2019

23. Association between consumption of fruit or processed fruit and chronic diseases and their risk factors: a systematic review of meta-analyses

Author

Anthony Fardet, Céline Richonnet, André Mazur, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Groupe MOM, Funding Agency: MOM Group (a producer of commercial fruit purees) Paris, France, Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Adult, Male, 0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, pooled, Adolescent, Dried fruit, Food Handling, Medicine (miscellaneous), 030209 endocrinology & metabolism, Context (language use), Cochrane Library, law.invention, chronic diseases, Young Adult, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Meta-Analysis as Topic, systematic review, Randomized controlled trial, Risk Factors, law, Environmental health, Epidemiology, Humans, Medicine, Child, Aged, 2. Zero hunger, 030109 nutrition & dietetics, Nutrition and Dietetics, business.industry, food and beverages, fruit, Middle Aged, Diet, 3. Good health, Diabetes Mellitus, Type 2, Data extraction, meta-analyses, Child, Preschool, Chronic Disease, Food processing, Female, processing, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Cohort study
Abstract

Context The degree of fruit processing is rarely considered in epidemiological studies of fruit consumption. Objective Pooled analyses and meta-analyses of cohort studies and randomized controlled trials that linked fruit consumption with the risk of chronic disease and metabolic deregulation were reviewed systematically to examine the effects of fruit processing. Data sources The Web of Science and Cochrane Library databases were searched until June 2018. Search terms, querying the article title only, were based on multiple combinations and included the following: type of publication, fruit products, and chronic diseases and their risk factors. Study selection The selection of studies and the systematic review were carried out in accordance with the PRISMA statement. Data extraction The literature search identified 189 pooled analyses and meta-analyses, 10 of which met the inclusion criteria. Results The results showed that the degree of processing influences the health effects of fruit-based products. Fresh and dried fruits appeared to have a neutral or protective effect on health, 100% fruit juices had intermediary effects, and high consumption of canned fruit and sweetened fruit juice was positively associated with the risk of all-cause mortality and type 2 diabetes, respectively. Conclusions The results support the need to consider the degree of food processing in future epidemiological studies and randomized controlled trials in order to adjust official recommendations for fruit consumption.

Published
2019

24. Impact of 3-week citrulline supplementation on postprandial protein metabolism in malnourished older patients: The Ciproage randomized controlled trial

Author

C. Forasassi, Agathe Raynaud-Simon, Luc Cynober, Ester Guery, C. Faure, Christian Aussel, Philippe Le Corvoisier, Alain Astier, Nathalie Neveux, Stéphane Herbaud, O. Bouillanne, Yves Boirie, Muriel Paul, J.-C. Melchior, Valérie Nivet-Antoine, Didier Chevenne, Stéphane Walrand, Florence Canoui-Poitrine, Département de Gérontologie, Hôpital Henri Mondor, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), EA 4466, Laboratoire de Biologie de la Nutrition, Faculté des sciences pharmaceutiques et biologiques, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Nutrition clinique-TCA, Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], Département de Pharmacie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de Santé Publique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor, EA 7376, Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Département de Nutrition Clinique, CHU Fattouma Bourguiba [Monastir] (HFB), Centre de Recherche en Nutrition Humaine, Département de Biochimie et d'Hormonologie, Hôpital Robert Debré, Service de gériatrie [Poitiers], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), AP-HP, Hôpital Henri-Mondor Albert-Chenevier, Service d'Immunologie Clinique et Maladies Infectieuses 94000 Créteil, France, Plateforme de Ressources Biologiques, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Bichat - Claude Bernard, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Département de Pharmacie, Unité de Nutrition, PHRC Hospital-led Clinical Research Program: DRRC: AOM07014-P070127, IMRB - CEPIA/'Clinical Epidemiology And Ageing : Geriatrics, Primary Care and Public Health' [Créteil] (U955 Inserm - UPEC), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris Descartes (Paris 5), Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Hôpital Raymond Poincaré, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre Hospitalier Universitaire, URC, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), and CCSD, Accord Elsevier

Subjects
Male, 0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, Population, Protein metabolism, Muscle Proteins, 030209 endocrinology & metabolism, Critical Care and Intensive Care Medicine, Placebo, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Double-Blind Method, Internal medicine, Citrulline, Humans, Medicine, Prospective Studies, education, Geriatric Assessment, Aged, Aged, 80 and over, 2. Zero hunger, education.field_of_study, 030109 nutrition & dietetics, Nutrition and Dietetics, business.industry, Malnutrition, Lean mass, Postprandial Period, 3. Good health, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Postprandial, Endocrinology, chemistry, Protein Biosynthesis, Older adults, Dietary Supplements, Lean body mass, Amino acids, Female, Dietary Proteins, business, Splanchnic, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Body mass index
Abstract

BACKGROUND: Citrulline (CIT), is not extracted by the splanchnic area, can stimulate muscle protein synthesis and could potentially find clinical applications in conditions involving low amino acid (AA) intake, such as in malnourished older subjects. OBJECTIVE: Our purpose was to research the effects of CIT supplementation on protein metabolism in particular on non-oxidative leucine disposal (NOLD, primary endpoint), and splanchnic extraction of amino acids in malnourished older patients. DESIGN: This prospective randomized multicenter study determined whole-body and liver protein synthesis, splanchnic protein metabolism and appendicular skeletal muscle mass (ASMM) in 24 malnourished older patients [80-92 years; 18 women and 6 men] in inpatient rehabilitation units. All received an oral dose of 10 g of CIT or an equimolar mixture of six non-essential amino acids (NEAAs), as isonitrogenous placebo, for 3 weeks. RESULTS: NOLD and albumin fractional synthesis rates were not different between the NEAA and CIT groups. Splanchnic extraction of dietary amino acid tended to decrease (p = 0.09) in the CIT group (45.2%) compared with the NEAA group (60.3%). Total differences in AA and NEAA area under the curves between fed-state and postabsorptive-state were significantly higher in the CIT than in the NEAA group. There were no significant differences for body mass index, fat mass (FM), lean mass (LM) or ASMM in the whole population except for a tendential decrease in FM for the citrulline group (p = 0.089). Compared with Day 1, lean mass and ASMM significantly increased (respectively p = 0.016 and p = 0.018) at Day 20 in CIT-treated women (mean respective increase of 1.7 kg and 1.1 kg), and fat mass significantly decreased (p = 0.001) at Day 20 in CIT-group women (mean decrease of 1.3 kg). CONCLUSIONS: Our results demonstrate that CIT supplementation has no effect on whole-body protein synthesis or liver protein synthesis in malnourished older subjects. However, CIT supplementation was associated with a higher systemic AA availability. In the subgroup of women, CIT supplementation increased LM and ASMM, and decreased FM.

Published
2019

25. Polymorphism in the short arm of 1R rye chromosomes in wheat lines with 1RS.1BL translocation and 1R(1B) substitution from different sources

Author

M. K. Toporash, A. Börner, Pierre Sourdille, I. I. Motsnyy, S. V. Chebotar, Odessa National I.I.Mechnikov University, National Center of Seed and Cultivar Investigations, Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research [Gatersleben] (IPK-Gatersleben), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
2. Zero hunger, 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Genetics, 1RS.1BL translocation, [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Chromosomal translocation, General Medicine, Biology, 01 natural sciences, polymorphism, microsatellites markers, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, PCR analysis, Polymorphism (materials science), [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 010606 plant biology & botany
Abstract

Aim. The short arm of 1R rye (Secale cereale L.) chromosome is widely used in the breeding of bread wheat (Triticum aestivum L.), in particular 1RS.1BL, to introsgress genes of resistance to leaf (Lr26), stem (Sr31), striped (Yr9) rusts, as well as powdery mildew (Pm8); 1RS.1AL carries Gb2/Gb6 resistance genes to the wheat aphid (Schizaphis graminum Rondani), powdery mildew (Pm17), and the Cmc4 resistance gene to the Aceria tosichella Koifer mite, which is a vector for spreading of wheat mosaic virus. The aim of the research is to reveal molecular genetic polymorphisms of short arm rye 1RS chromosomes of different origins in bread wheat lines with 1RS.1BL translocation or 1R(1B) substitution from different sources. Methods. Genetic polymorphism of lines was analyzed by using PCR with a number of rye and wheat microsatellite markers. Results. It was shown that the CWXs line has a recombinant 1RS arm that contains the chromosomes parts of 1RS of the parental lines H242/97-2 and H273/97, due to crossover event, which led to the recombination of marked loci. Conclusions. Molecular genetic polymorphism has been reviled in 1RS.1BL translocations and 1R substituted rye chromosomes of different origins in H242/97-2, CWXs, H273/97, PavonMA1, Salmon lines, as there are different alleles present at loci: Xscm9, Xtsm422, Xgwm752, Xgwm18, Taglgap. Keywords: polymorphism, 1RS.1BL translocation, PCR analysis, microsatellites markers.

Published
2019

26. Genetic architecture of a plant adaptive trait: QTL mapping of intraspecific variation for tolerance to metal pollution in Arabidopsis halleri

Author

Olivier Bouchez, Dima Souleman, Charles Poncet, Sophie Gallina, Hélène Frérot, Julien Spielmann, Marie-Joe Karam, Marc Hanikenne, M. Sol Schvartzman, Maxime Pauwels, Université de Lille, Université de Liège, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), French National Research Agency (ANR ELOCANTH) ANR-12-JSV7-0010 / Fonds de la Recherche Scientifique-FNRS PDR-T.0206.13 / University of Liege SFRD-12/03, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Candidate gene, Genotype, Quantitative Trait Loci, Arabidopsis, Sequence assembly, Context (language use), adaptation, Quantitative trait locus, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Genome, Article, Intraspecific competition, 03 medical and health sciences, Species Specificity, evolution, Genetics, mobilization, Genetics (clinical), Human evolutionary genetics, zinc, cadmium tolerance, Chromosome Mapping, 15. Life on land, Adaptation, Physiological, Genetic architecture, 030104 developmental biology, Metals, metallicolou population, Evolutionary biology
Abstract

International audience; Anthropogenic activities are among the main drivers of global change and result in drastic habitat modifications, which represent strong evolutionary challenges for biological species that can either migrate, adapt, or disappear. In this context, understanding the genetics of adaptive traits is a prerequisite to enable long-term maintenance of populations under strong environmental constraints. To examine these processes, a QTL approach was developed here using the pseudometallophyte Arabidopsis halleri, which displays among-population adaptive divergence for tolerance to metallic pollution in soils. An F2 progeny was obtained by crossing individuals from metallicolous and non-metallicolous populations from Italian Alps, where intense metallurgic activities have created strong landscape heterogeneity. Then, we combined genome de novo assembly and genome resequencing of parental genotypes to obtain single-nucleotide polymorphism markers and achieve high-throughput genotyping of the progeny. QTL analysis was performed using growth parameters and photosynthetic yield to assess zinc tolerance levels. One major QTL was identified for photosynthetic yield. It explained about 27% of the phenotypic variance. Functional annotation of the QTL and gene expression analyses highlighted putative candidate genes. Our study represents a successful approach combining evolutionary genetics and advanced molecular tools, helping to better understand how a species can face new selective pressures of anthropogenic origin.

Published
2019

27. Climate change impact and adaptation for wheat protein

Author

Mohamed Jabloun, Pierre Martre, Garry O'Leary, Dominique Ripoche, Bruno Basso, Pramod K. Aggarwal, Daniel Wallach, Matthew P. Reynolds, Marijn van der Velde, John R. Porter, Heidi Webber, Enli Wang, Frank Ewert, Joost Wolf, Christian Klein, Belay T. Kassie, Christian Biernath, Margarita Garcia-Vila, M. Ali Babar, Pierre Stratonovitch, Yujing Gao, Glenn J. Fitzgerald, Davide Cammarano, Bing Liu, Peter J. Thorburn, Fulu Tao, Andrew J. Challinor, Reimund P. Rötter, Christine Girousse, Zhigan Zhao, Christoph Müller, Ann-Kristin Koehler, Jørgen E. Olesen, Elias Fereres, Iwan Supit, Andrea Maiorano, Marco Bindi, Sebastian Gayler, Kurt Christian Kersebaum, Giacomo De Sanctis, Alex C. Ruane, Rosella Motzo, Juraj Balkovic, Manuel Montesino San Martin, Roberto Ferrise, Mikhail A. Semenov, Claudio O. Stöckle, Soora Naresh Kumar, Gerrit Hoogenboom, Benjamin Dumont, Ehsan Eyshi Rezaei, Mukhtar Ahmed, Senthold Asseng, Thilo Streck, Yan Zhu, R. Cesar Izaurralde, Katharina Waha, Ahmed M. S. Kheir, Taru Palosuo, Liujun Xiao, Sara Minoli, Eckart Priesack, Heidi Horan, Curtis D. Jones, Francesco Giunta, Zhao Zhang, Claas Nendel, International Food Policy Research Institute (US), CGIAR (France), European Commission, Institut National de la Recherche Agronomique (France), National Natural Science Foundation of China, Federal Ministry of Food and Agriculture (Germany), Biotechnology and Biological Sciences Research Council (UK), Innovation Fund Denmark, China Scholarship Council, Ministero delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali, Academy of Finland, Finnish Ministry of Agriculture and Forestry, Federal Ministry of Education and Research (Germany), Department of Agriculture and Water Resources (Australia), University of Melbourne, Grains Research and Development Corporation (Australia), National Institute of Food and Agriculture (US), German Research Foundation, Gorgan University, Department of Agricultural and Biological Engineering [Gainesville] (UF|ABE), Institute of Food and Agricultural Sciences [Gainesville] (UF|IFAS), University of Florida [Gainesville] (UF)-University of Florida [Gainesville] (UF), Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux (LEPSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), European Food Safety Authority = Autorité européenne de sécurité des aliments, Tropical Plant Production and Agricultural Systems Modelling (TROPAGS), Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen, Centre for Biodiversity and Sustainable Land-use [University of Göttingen] (CBL), Department of Economic Drt and Resources, Grains Innovation Park, Agriculture Victoria Research, Department of Economic Development, Jobs, Transport and Resources, Faculty of Veterinary and Agricultural Science [Melbourne], Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Department of Agricultural Sciences, University of Naples Federico II = Università degli studi di Napoli Federico II, World Food Crops Breeding, Department of Agronomy, IFAS, University of Florida [Gainesville] (UF), International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT), Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR), Soils, Water and Environment Research Institute, Agricultural Research Center (ARC), Agriculture and Food, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), NASA Goddard Institute for Space Studies (GISS), NASA Goddard Space Flight Center (GSFC), International Maize and Wheat Improvement Centre [Inde] (CIMMYT), Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR)-Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR), Biological Systems Engineering, University of Wisconsin-Madison, Department of Agronomy, University of El-Tarf, Ecosystem Services and Management Program, International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA), Department of Soil Science, Faculty of Natural Sciences, Comenius University in Bratislava, W. K. Kellogg Biological Station (KBS), Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System-Michigan State University System, Department of Earth and Environmental Sciences [Ann Arbor], University of Michigan [Ann Arbor], University of Michigan System-University of Michigan System, Institute of Biochemical Plant Pathology, Research Center for Environmental Health, Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health, Department of Agri‐food Production and Environmental Sciences (DISPAA), Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), The James Hutton Institute, Institute for Climate and Atmospheric Science [Leeds] (ICAS), School of Earth and Environment [Leeds] (SEE), University of Leeds-University of Leeds, Collaborative Research Program from CGIAR and Future Earth on Climate Change, Agriculture and Food Security (CCAFS), International Center for Tropical Agriculture, GMO Unit, European Food Safety Authority, Department Terra & AgroBioChem, Gembloux Agro‐Bio Tech, Université de Liège, Institute of Crop Science and Resource Conservation [Bonn] (INRES), Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Department of Crop Sciences, Instituto de Agricultura Sostenible - Institute for Sustainable Agriculture (IAS CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Institute of Soil Science and Land Evaluation, University of Hohenheim, Food Systems Institute [Gainesville] (UF|IFAS), Department of Geographical Sciences, College Park, University of Maryland [College Park], University of Maryland System-University of Maryland System, Texas A and M AgriLife Research, Texas A&M University System, Department of Agroecology, Aarhus University [Aarhus], Leibniz-Zentrum für Agrarlandschaftsforschung = Leibniz Centre for Agricultural Landscape Research (ZALF), Institute of Biochemical Plant Pathology [Neuherberg], German Research Center for Environmental Health - Helmholtz Center München (GmbH), National Engineering and Technology Center for Information Agriculture, Key Laboratory for Crop System Analysis and Decision Making, Ministry of Agriculture, Jiangsu Key Laboratory for Information Agriculture, Jiangsu Collaborative Innovation Center for Modern Crop Production, Nanjing Agricutural University, Member of the Leibniz Association, Potsdam Institute for Climate Impact Research (PIK), Department of Plant and Environmental Sciences [Copenhagen], Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Centre for Environment Science and Climate Resilient Agriculture [New Delhi], Indian Agricultural Research Institute (IARI), Natural Resources Institute Finland (LUKE), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), University of Lincoln, Agroclim (AGROCLIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Rothamsted Research, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Water & Food and Water Systems & Global Change Group, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Institute of geographical sciences and natural resources research [CAS] (IGSNRR), Chinese Academy of Sciences [Beijing] (CAS), Joint Research Centre (IPTS), Commission Européenne, AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), CSIRO Agriculture and Food (CSIRO), Plant Production Systems, State Key Laboratory of Earth Surface Processes and Resource Ecology, Faculty of Geographical Science, Beijing Normal University (BNU), Department of Agronomy and Biotechnology, China Agricultural University (CAU), National Research Foundation for the Doctoral Program of Higher Education of China, Grant/Award Number: 20120097110042, International Food Policy, European Project: 267196,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2010-COFUND,AGREENSKILLS(2012), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Georg-August-University [Göttingen], Centre of Biodiversity and Sustainable Land Use (CBL), University of Göttingen - Georg-August-Universität Göttingen, University of Naples Federico II, Helmholtz-Zentrum München (HZM), Universtiy of Florence, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Natural Resources Institute Finland, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Wageningen University, Institute of Geographical Sciences and Natural Resources Research, Chinese Academy of Sciences (CAS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agricultural & Biological Engineering Department, University of Florida [Gainesville], Georg-August-Universität Göttingen, University of Goettingen, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Research Program on Climate Change, Agriculture and Food Security, BISA‐CIMMYT, Consultative Group on International Agricultural Research (CGIAR), Comenius University [Bratislava], Helmholtz Zentrum München, Institute of Crop Science and Resource Conservation INRES, University of Bonn, IAS‐CSIC, Universidad de Cordoba, Institute for Sustainable Food Systems, Texas A&M AgriLife Research and Extension Center, Aarhus University, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), UE Agroclim (UE AGROCLIM), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Wageningen University and Research Center (WUR), Beijing Normal University, and China Agricultural University

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Water en Voedsel, 01 natural sciences, grain protein, adaptation au milieu, climate change adaptation, climate change impact, food security, wheat, Co2 concentration, adaptation to the environment, Triticum, General Environmental Science, 2. Zero hunger, changement climatique, Global and Planetary Change, Food security, Ecology, Temperature, food and beverages, Adaptation, Physiological, Droughts, Nitrogen, Climate Change, Climate change, 010603 evolutionary biology, blé, Crop production, Food Quality, Grain quality, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Environmental Chemistry, Grain Proteins, global change, 0105 earth and related environmental sciences, WIMEK, Water and Food, Global change, Carbon Dioxide, Models, Theoretical, 15. Life on land, Agronomy, 13. Climate action, Grain yield, Environmental science, Water Systems and Global Change, Protein concentration
Abstract

Wheat grain protein concentration is an important determinant of wheat quality for human nutrition that is often overlooked in efforts to improve crop production. We tested and applied a 32‐multi‐model ensemble to simulate global wheat yield and quality in a changing climate. Potential benefits of elevated atmospheric CO2 concentration by 2050 on global wheat grain and protein yield are likely to be negated by impacts from rising temperature and changes in rainfall, but with considerable disparities between regions. Grain and protein yields are expected to be lower and more variable in most low‐rainfall regions, with nitrogen availability limiting growth stimulus from elevated CO2. Introducing genotypes adapted to warmer temperatures (and also considering changes in CO2 and rainfall) could boost global wheat yield by 7% and protein yield by 2%, but grain protein concentration would be reduced by −1.1 percentage points, representing a relative change of −8.6%. Climate change adaptations that benefit grain yield are not always positive for grain quality, putting additional pressure on global wheat production., B.L received support from the International Food Policy Research Institute (IFPRI) through the Global Futures and Strategic Foresight project, the CGIAR Research Program on Climate Change, Agriculture and Food Security (CCAFS) and the CGIAR Research Program on Wheat. A.M. received support from the EU Marie Curie FP7 COFUND People Programme, through an AgreenSkills fellowship under grant agreement no. PCOFUND‐GA‐2010‐267196. PM, A.M., D.R., and D.W. acknowledge support from the FACCE JPI MACSUR project (031A103B) through the metaprogram Adaptation of Agriculture and Forests to Climate Change (AAFCC) of the French National Institute for Agricultural Research (INRA). L.X. and Y.Z. were supported by the National High‐Tech Research and Development Program of China (2013AA100404), the National Natural Science Foundation of China (31271616), the National Research Foundation for the Doctoral Program of Higher Education of China (20120097110042), and the Priority Academic Program Development of Jiangsu Higher Education Institutions (PAPD). F.T. and Z.Z. were supported by the National Natural Science Foundation of China (41571088, 41571493 and 31561143003). R.R. received support from the German Ministry for Research and Education (BMBF) through project SPACES‐LLL. Rothamsted Research receives support from the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) Designing Future Wheat programme [BB/P016855/1]. M.J. and J.E.O. were supported by Innovation Fund Denmark through the MACSUR project. L.X. and Y.G. acknowledge support from the China Scholarship Council. M.B and R.F. were funded by JPI FACCE MACSUR2 through the Italian Ministry for Agricultural, Food and Forestry Policies and thank A. Soltani from Gorgan Univ. of Agric. Sci. & Natur. Resour. for his support. R.P.R., T.P., and F.T. received financial support from the FACCE MACSUR project funded through the Finnish Ministry of Agriculture and Forestry (MMM) and from the Academy of Finland through the projects NORFASYS (decision nos. 268277 and 292944) and PLUMES (decision nos. 277403 and 292836). K.C.K. and C.N. received support from the German Ministry for Research and Education (BMBF) within the FACCE JPI MACSUR project. S.M. and C.M. acknowledge financial support from the MACMIT project (01LN1317A) funded through BMBF. G.J.O. and G.J.F. acknowledge support from the Victorian Department of Economic Development, Jobs, Transport and Resources, the Australian Department of Agriculture and Water Resources, The University of Melbourne and the Grains Research Development Corporation, Australia. P.K.A.'s work was implemented as part of the CGIAR Research Program on Climate Change, Agriculture and Food Security (CCAFS), which is carried out with support from the CGIAR Trust Fund and through bilateral funding agreements. For details please visit https://ccafs.cgiar.org/donors. The views expressed in this document cannot be taken to reflect the official opinions of these organizations.. B.B. received financial support from USDA NIFA‐Water Cap Award 2015‐68007‐23133. F.E. acknowledges support from the FACCE JPI MACSUR project through the German Federal Ministry of Food and Agriculture (2815ERA01J) and from the German Science Foundation (project EW 119/5‐1).

Published
2019

28. Efficacy of non-pharmacological interventions to treat malnutrition in older persons : A systematic review and meta-analysis. The SENATOR project ONTOP series and MaNuEL knowledge hub project

Author

Roy L. Soiza, Avril Collinson, Mary Hickson, Lisette C. P. G. M. de Groot, Antonio Cherubini, Isabel Lozano-Montoya, Dorothee Volkert, Marjolein Visser, Alfonso José Cruz Jentoft, Andrea Correa-Pérez, Dominique Dardevet, Maike Wolters, Denis O'Mahony, Iosief Abraha, Marian A. E. de van der Schueren, Javier Jaramillo-Hidalgo, Antje Hebestreit, Servicio de Geriatría, Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria (IRYCIS), Italian National Research Centre on Aging (INRCA), Institute of Health and Community, Plymouth University, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Division of Human Nutrition and Health, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), department of nutrition and health, HAN University of Applied sciences, department of nutrition and dietetics, VU University Amsterdam Medical Center, Leibniz Institute for Prevention Research and Epidemiology - BIPS, Leibniz Association, Hospital Central de la Cruz Roja San José y Santa Adela, Department of Geriatric Medicine, Oslo University Hospital [Oslo], Department of Medicine for the Elderly, Grampian University Hospitals NHS Trust, Institute for Biomedicine of Aging, Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, MalNutrition in the ELderly (MaNuEL) knowledge hub Joint Programming Initiative 'Healthy Diet for a Healthy Life' from the European Union's H2020 Research and Innovation Programme 696300SENATOR from the European Union 305930, European Project: 696300,H2020,H2020-ISIB-2015-1,CSA JPI HDHL 2.0(2016), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Wageningen University and Research Center (WUR)

Subjects
0301 basic medicine, Aging, Activities of daily living, Protein–energy malnutrition, Psychological intervention, Review, Biochemistry, 0302 clinical medicine, Elderly, Quality of life, Activities of Daily Living, systematic, Dietary supplementation, Elderly, dietary supplementation, 2. Zero hunger, Protein energy malnutrition, Review, systematic, Aged, Body Weight, Exercise, Humans, Malnutrition, Muscle Strength, Nutritional Status, Quality of Life, Dietary Supplements, [SDV.MHEP.GEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Geriatry and gerontology, Systematic review, Neurology, Meta-analysis, Biotechnology, Systematic, medicine.medical_specialty, 03 medical and health sciences, medicine, SDG 2 - Zero Hunger, Molecular Biology, VLAG, Global Nutrition, Wereldvoeding, business.industry, dietary supplementation, medicine.disease, 030104 developmental biology, Physical therapy, business, Body mass index, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

Introduction: We aimed to perform a review of SRs of non-pharmacological interventions in older patients with well-defined malnutrition using relevant outcomes agreed by a broad panel of experts. Methods: PubMed, Cochrane, EMBASE, and CINHAL databases were searched for SRs. Primary studies from those SRs were included. Quality assessment was undertaken using Cochrane and GRADE criteria. Results: Eighteen primary studies from seventeen SRs were included. Eleven RCTs compared oral nutritional supplementation (ONS) with usual care. No beneficial effects of ONS treatment, after performing two meta-analysis in body weight changes (six studies), mean difference: 0.59 (95%CI -0.08, 1.96) kg, and in body mass index changes (two studies), mean difference: 0.31 (95%CI -0.17, 0.79) kg/m2 were found. Neither in MNA scores, muscle strength, activities of daily living, timed Up&Go, quality of life and mortality. Results of other intervention studies (dietary counselling and ONS, ONS combined with exercise, nutrition delivery systems) were inconsistent. The overall quality of the evidence was very low due to risk of bias and small sample size. Conclusions: This review has highlighted the lack of high quality evidence to indicate which interventions are effective in treating malnutrition in older people. High quality research studies are urgently needed in this area.

Published
2019

29. Mixed mucosal-parenteral immunizations with the broadly conserved pathogenic Escherichia coli antigen SslE induce a robust mucosal and systemic immunity without affecting the murine intestinal microbiota

Author

Mariagrazia Pizza, Mickaël Desvaux, Grégory Jubelin, Juliette Vinot, Barbara Baudner, Ugo D'Oro, Annick Bernalier-Donadille, Cecilia Buonsanti, Ilham Naili, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), GlaxoSmithKline [Siena, Italy] (GSK), Marie Sklodowska-Curie Actions ITN EID DISCo FP7-PEOPLE-607611, Universite Clermont-Auvergne and Universita degli studi Roma Tre, INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), GlaxoSmithKline, Glaxo Smith Kline, Novartis Vaccines, Siena, Italy, and Novartis Vaccines

Subjects
Virulence Factors, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, Immunization, Secondary, Pathogenic E. coli, Gut microbiota, Biology, Gut flora, Injections, Intramuscular, Mice, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immune system, Antigen, Pathogenic Escherichia coli, Immunity, Sepsis, Escherichia coli, Animals, 030212 general & internal medicine, SsLe, Immunity, Mucosal, Administration, Intranasal, Escherichia coli Infections, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mice, Inbred BALB C, Intramuscular, General Veterinary, General Immunology and Microbiology, Escherichia coli Vaccines, Escherichia coli Proteins, Reverse vaccinology, Public Health, Environmental and Occupational Health, biology.organism_classification, Antibodies, Bacterial, Gastrointestinal Microbiome, 3. Good health, Vaccination, Infectious Diseases, Intranasal, Immunization, Immunology, Cytokines, Molecular Medicine, [SDV.IMM.VAC]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology
Abstract

International audience; Emergence and dissemination of multidrug resistance among pathogenic Escherichia coli have posed a serious threat to public health across developing and developed countries. In combination with a flexible repertoire of virulence mechanisms, E. coli can cause a vast range of intestinal (InPEC) and extraintestinal (ExPEC) diseases but only a very limited number of antibiotics still remains effective against this pathogen. Hence, a broad spectrum E. coli vaccine could be a promising alternative to prevent the burden of such diseases, while offering the potential for covering against several InPEC and ExPEC at once. SslE, the Secreted and Surface-associated Lipoprotein of E. coli, is a widely distributed protein among InPEC and ExPEC. SslE functions ex vivo as a mucinase capable of degrading mucins and reaching the surface of mucus-producing epithelial cells. SslE was identified by reverse vaccinology as a protective vaccine candidate against an ExPEC murine model of sepsis, and further shown to be cross-effective against other ExPEC and InPEC models of infection. In this study, we aimed to gain insight into the immune response to antigen SslE and identify an immunization strategy suited to generate robust mucosal and systemic immune responses. We showed, by analyzing T cell and antibody responses, that mice immunized with SslE via an intranasal prime followed by two intramuscular boosts developed an enhanced overall immune response compared to either intranasal-only or intramuscular-only protocols. Importantly, we also report that this regimen of immunization did not impact the richness of the murine gut microbiota, and mice had a comparable cecal microbial composition, whether immunized with SslE or PBS. Collectively, our findings further support the use of SslE in future vaccination strategies to effectively target both InPEC and ExPEC while not perturbing the resident gut microbiota.

Published
2019

30. Functional exploration of aquaporins through structural modeling. Impact on the leaf hydraulic conductance in poplar

Author

Mom, Robin, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Clermont Auvergne [2017-2020], Philippe Label, Agílio Pádua, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and Université Clermont Auvergne

Subjects
Drought stress, Perméabilité membranaire, Aquaporines, Stress hydrique, Molecular dynamics, Water channel, Peuplier, Aquaporins, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Simulations de dynamique moléculaire, Transporteur d’eau, Membrane permeability, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Gating, Poplar
Abstract

Aquaporins (AQPs) are transmembrane proteins involved in water and other small polar solutes transport. Because of their essential role in cells homeostasis, they are conserved in all branches of life and constitute a wide and ancient protein family. The diversity of these water channels is striking in plants where it is common to find dozens of AQPs homologues in there genome. Despite a good understanding of the molecular mechanisms underlying AQPs functions and regulations, the conservation and the expression of that many genes in some species still rise questions. This diversity is well illustrated in poplar, the woody “plant model” species studied in our team, experiencing drought. In the leaves of trees undergoing severe water deficiency, 10 AQP homologues, which according to our current knowledge are supposed to function in the same way, are differentially expressed at a given time point. Moreover, half of them are up-regulated while the other half are down-regulated. In order to link this genetic diversity to a functional diversity, we studied water transport across AQPs at the atomic resolution through molecular simulations, focusing on this particular biological context of poplar leaves undergoing water deficiency. Starting from the available crystallographic structures resolved from human, bacteria and plants, we managed to : (i) highlight a new functional diversity in strict AQPs, (ii) propose a correction constant for the osmotic permeability coefficient (pf), a commonly used AQPs permeability indicator, (iii) propose the underlying molecular mechanism, (iv) contextualize this mechanism with poplar genetic diversity during drought and (v) extend the concept to the whole AQP family. Conjointly, preliminary results obtained regarding a plant AQP gating mechanism previously described as well as the study of Trichoderma spp. AQPs allowed us to : (i) open new research opportunities and (ii) unify our team’s prior works to propose an AQP functional archetype.; Les Aquaporines (AQPs) constituent une famille de protéines transmembranaires impliquées dans le transport de l’eau et d’autres petites molécules polaires. Essentielles au maintien des équilibres chimiques des cellules, elles sont conservées dans tous les embranchements du vivant et forment une famille ancienne, étendue et diverse. Cette diversité est particulièrement frappante chez les plantes qui arborent souvent plusieurs dizaines d’homologues d’AQPs dans leur génome. Malgré une base de connaissances solides sur les mécanismes moléculaires du fonctionnement et des régulations des AQPs, la conservation et l’expression d’un certain nombre de gènes de ces homologues témoignent d’une diversité fonctionnelle encore incomprise à ce jour. Chez le peuplier, plante “modèle” et sujet d’étude central de nos recherches, cette énigme s’illustre très clairement en contexte de sécheresse. Dans les feuilles en carence hydrique sévère, les gènes d’une dizaine d’homologues d’AQPs strictes qui sur la base des connaissances actuelles fonctionnent et sont régulés de manière identique, sont différentiellement exprimés dans le même référentiel de temps. De plus, la moitié d’entre eux est sur-exprimée tandis que l’autre est sous-exprimée. C’est dans l’optique de relier cette diversité génétique à une diversité fonctionnelle que nous avons décidé d’étudier le mécanisme de transport de l’eau au travers des AQPs à l’échelle atomique par modélisation moléculaire en nous focalisant sur le cas d’étude des feuilles de peuplier en carence hydrique. En s’appuyant sur des structures cristallographiques d’AQPs humaine, bactérienne et végétales, cette étude nous a permis : (i) de mettre en lumière une diversité fonctionnelle nouvelle au sein des AQPs strictes, (ii) de proposer une correction du coefficient de perméabilité osmotique (pf), indicateur communément utilisé pour caractériser les AQPs, (iii) de proposer un mécanisme moléculaire de cette diversité, (iv) de contextualiser ce mécanisme dans la diversité génétique chez le peuplier en carence hydrique (v) d’étendre ce concept à l’ensemble de la famille AQP. De manière parallèle, des résultats préliminaires autour d’un autre mécanisme de régulation des AQPs végétales faisant intervenir une boucle intra-cellulaire ainsi que l’étude de la diversité de cette famille chez Trichoderma spp. nous a également permis : (i) d’ouvrir des pistes de recherche annexes et (ii) d’unifier les travaux de l’équipe pour proposer un archétype fonctionnel d’AQP.

Published
2020

31. Kaposi sarcoma among people living with HIV in the French DAT'AIDS cohort between 2010 and 2015

Author

Obry-Roguet, Véronique, Duvivier, Claudine, Lions, Caroline, Huleux, Thomas, Jacomet, Christine, Ferry, Tristan, Cheret, Antoine, Allavena, Clotilde, Bani-Sadr, Firouzé, Palich, Romain, Cabié, André, Pugliese, Pascal, Delobel, Pierre, Lamaury, Isabelle, Hustache-Mathieu, Laurent, Bregigeon, Sylvie, Makinson, Alain, Rey, David, Poizot-Martin, Isabelle, Hustache‐Mathieu, Laurent, Drobacheff‐Thiébaut, C., Foltzer, A., Bouiller, K., Hustache‐ Mathieu, L., Chirouze, C., LEPILLER, Q., Bozon, F., Babre, O, Brunel, A.S., Muret, P., Laurichesse, H., Lesens, O., Vidal, M., Mrozek, N., Aumeran, C., Baud, O., Corbin, V., Letertre‐Gibert, P., Casanova, S., Prouteau, J., Fabre, I., Curlier, E., Ouissa, R., Herrmann‐Storck, C., Tressieres, B., Bonijoly, T., Receveur, M.C., Boulard, F., Daniel, C., Clavel, C., Merrien, D., Perré, P., Guimard, T., Bollangier, O., Leautez, S., Morrier, M., Laine, L., Ader, F., Becker, A., Biron, F., Boibieux, A., Cotte, L., Miailhes, P., Perpoint, T., Roux, S., Triffault‐Fillit, C., Degroodt, S., Brochier, C., Valour, F., Chidiac, C., Ménard, A., Belkhir, A.Y., Colson, P., Dhiver, C., Madrid, A., Martin‐Degioanni, M., Meddeb, L., Mokhtari, M., Motte, A., Raoux, A., Ravaux, I., Tamalet, C., Tomei, C., Tissot Dupont, H., Zaegel‐Faucher, O., Obry‐Roguet, Véronique, Laroche, H, Orticoni, M., Soavi, M.J., Geneau de Lamarlière, P, Ressiot, E, Ducassou, M.J., Jaquet, I., Galie, S., Galinier, A., Martinet, P., Landon, M., Ritleng, A.S., Ivanova, A., Debreux, C., Poizot‐Martin, I., Abel, S., Cabras, O., Cuzin, L., Guitteaud, K., Illiaquer, M., Pierre‐François, S., Osei, L., Pasquier, J., Rome, K., Sidani, E., Turmel, JM, Varache, C., Atoui, N., Bistoquet, M., Delaporte, E., Le Moing, V., Meftah, N., Merle de Boever, C., Montes, B., Montoya Ferrer, A., Tuaillon, E., Reynes, J., André, M., Boyer, L., Bouillon, MP., Delestan, M., Rabaud, C., May, T., Hoen, B., Bernaud, C., Billaud, E., Biron, C., Bonnet, B., Bouchez, S., Boutoille, D., Brunet‐Cartier, C., Deschanvres, C., Hall, N., Morineau, P., Reliquet, V., Sécher, S., Cavellec, M., Soria, A., Paredes, E., Ferre, V., André‐Garnier, E., Rodallec, A., Lefebvre, M., Grossi, O., Aubry, O., Raffi, F., Breaud, S., Ceppi, C., Chirio, D., Cua, E., Dellamonica, P., Demonchy, E., De Monte, A., Durant, J., Etienne, C., Ferrando, S., Garraffo, R., Michelangeli, C., Mondain, V., Naqvi, A., Oran, N., Perbost, I., Pillet, S., Pradier, C., Prouvost‐Keller, B., Risso, K., Rio, V., Roger, PM., Rosenthal, E., Sausse, S., Touitou, I., Wehrlen‐Pugliese, S., Zouzou, G., Hocqueloux, L., Prazuck, T., Gubavu, C., Sève, A., Maka, A., Boulard, C., Thomas, G., Lerolle, N., Landman, R., Joly, V., Ghosn, J., Rioux, C., Lariven, S., Gervais, A., Lescure, F.X., Matheron, S., Louni, F., Julia, Z., Mackoumbou‐Nkouka, C., Le Gac, S., Charpentier, C., Descamps, D., Peytavin, G., Yazdanpanah, Y., Amazzough, K., Benabdelmoumen, G., Bossi, P., Cessot, G., Charlier, C., Consigny, P.H., Danion, F., Dureault, A., Goesch, J., Guery, R., Henry, B., Jidar, K., Lanternier, F., Loubet, P., Lortholary, O., Louisin, C., Lourenco, J., Parize, P., Pilmis, B., Touam, F, Valantin, M.A., Tubiana, R., Agher, R, Seang, S., Schneider, L., Blanc, C., Katlama, C., Berger, J.L., N'guyen, Y., Lambert, D., Kmiec, I., Hentzien, M., Brunet, A., Brodard, V., Bani‐Sadr, Firouze, Tattevin, P., Revest, M., Souala, F., Baldeyrou, M., Patrat‐Delon, S., Chapplain, J.M., Bénézit, F., Dupont, M., Poinot, M., Maillard, A., Pronier, C., Lemaitre, F., Guennoun, C., Poisson‐Vanier, M., Jovelin, T., Sinteff, J.P., Arvieux, C., Botelho‐Nevers, E., Gagneux‐Brunon, A., Frésard, Anne, Ronat, V., Lucht, F., Fischer, P., Partisani, M., Cheneau, C., Priester, M, Batard, ML, Bernard‐Henry, C, de Mautort, E, Fafi‐Kremer, S., Alvarez, M., Biezunski, N., Debard, A., Delpierre, C., Lansalot, P., Lelievre, L., Martin‐Blondel, G., Piffaut, M., Porte, L., Saune, K., Ajana, F., Aïssi, E., Alcaraz, I., Baclet, V., Bocket, L., Boucher, A., Choisy, P., Lafon‐Desmurs, B., Meybeck, A., Pradier, M., Robineau, O., Viget, N., Valette, M., Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Tourcoing, Département des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Gabriel-Montpied, Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], Pathogénie des Staphylocoques – Staphylococcal Pathogenesis, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Services des maladies infectieuses [CH Turcoing], Centre Hospitalier de Tourcoing, Service de maladies infectieuses et tropicales [Nantes], Université de Nantes (UN)-Hôtel-Dieu-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Alliance for International medical Action (ALIMA), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], Service de Maladies Infectieuses [Nice], Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe], service de maladies infectieuses CHU J Minjoz Besancon, Hôpital Jean Minjoz, Service d'Immuno-hématologie clinique [Hôpital Sainte Marguerite - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire d'Ingénierie Circulation Transport (LICIT), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université de Lyon, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Universitaire de Besançon (CHU Besançon), Université libre de Bruxelles (ULB), Hôpital Gabriel Montpied, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Centre Hospitalier Universitaire de Clermont-Ferrand, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne (LMGE), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Gabriel Montpied (CHU), CHU Clermont-Ferrand, CCLIN Sud-Est – Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections Nosocomiales Sud-Est, Montpellier Research in Management (MRM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Groupe Sup de Co Montpellier (GSCM) - Montpellier Business School-Université de Montpellier (UM), Laboratoire Traitement et Communication de l'Information (LTCI), Télécom ParisTech-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pathologies Pulmonaires et Plasticité Cellulaire - UMR-S 1250 (P3CELL), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hosp Civils Lyon, Serv Malad Infect, Lyon, France, Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Equipe 15, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon], Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU AMU), Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neurobiologie, plasticité tissulaire et métabolisme énergétique (NPTME), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CECIL, Space Research Institute of the Russian Academy of Sciences (IKI), Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS), Système membranaires, photobiologie, stress et détoxication (SMPSD), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiologie et analyses en santé publique : risques, maladies chroniques et handicaps (LEASP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre IRD de Montpellier (IRD), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre d'études et de recherche sur les services de santé et la qualité de vie (CEReSS), Aix Marseille Université (AMU), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Bell Labs (BELL), Lucent Technologies, Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Plant Biomechanics Group, Botanischer Garten, Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, Service de virologie [CHU Nantes], Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service des maladies infectieuses, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-University Hospital, CHU Nice [Cimiez], Hôpital Cimiez [Nice] (CHU), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Hopital l'Archet, Centre d'Information et de Soins de I'Immunodéficience Humaine (CISIH). Hôpital l'Archet 1, Hôpital l'Archet, Public Health Department, Hôpital de l'Archet, Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse, Infectious Diseases Department, Université Montpellier 1 (UM1), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Centre Régional de recherche et de Formation à la prise en charge Clinique de Fann (CRCF), CHNU Fann, Registre EPIMAD, CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Amiens-Picardie-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre d'Etudes Lasers Intenses et Applications (CELIA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Bordeaux (UB), Pharmacie de l'Hôpital Bichat, UMR CNRS 8179, Université de Lille, Sciences et Technologies-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de rhumatologie [Strasbourg], CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Pathogénie des infections systémiques (UMR_S 570), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses [CHU Pitié-Salêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Laboratoire d'aérologie (LA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Météo France-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Météo France-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Service de pneumologie, Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], SEV, Groupe d'Etudes et de Contrôle des Variétés et des Semences (GEVES), Service de virologie [Rennes], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes], Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), University Hospital and University Jean Monnet, Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie (U1064 Inserm - CRTI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie et pathogenèse virale (VPV), Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre Hospitalier Gustave Dron [Tourcoing], Infection à VIH, réservoirs, diversité génétique et résistance aux antirétroviraux (ARV) (EA 7327), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Département d'Hématologie Clinique [CHU Nantes] (Hôtel-Dieu), Hôtel-Dieu de Nantes-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hôpital Robert Debré, Hôpital Robert Debré-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], Maladies infectieuses et tropicales dans la Caraïbe (MAITC EA 4537), CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de la Martinique [Fort de France]-Université des Antilles (UA), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service Maladies infectieuses et tropicales [CHU Toulouse], Pôle Inflammation, infection, immunologie et loco-moteur [CHU Toulouse] (Pôle I3LM Toulouse), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Dermatologie et Maladies infectieuses [Pointe-à-Pitre], CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Centre de Gestion du Risque Infectieux Nosocomial [Pointe-à-Pitre] (CGRIN), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Infectious and Tropical Diseases Department [Montpellier], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Dat'AIDS study group: C Drobacheff-Thiébaut, A Foltzer, K Bouiller, C Chirouze, Q Lepiller, F Bozon, O Babre, A S Brunel, P Muret, H Laurichesse, O Lesens, M Vidal, N Mrozek, C Aumeran, O Baud, V Corbin, P Letertre-Gibert, S Casanova, J Prouteau, I Fabre, E Curlier, R Ouissa, C Herrmann-Storck, B Tressieres, T Bonijoly, M C Receveur, F Boulard, C Daniel, C Clavel, D Merrien, P Perré, T Guimard, O Bollangier, S Leautez, M Morrier, L Laine, F Ader, A Becker, F Biron, A Boibieux, L Cotte, P Miailhes, T Perpoint, S Roux, C Triffault-Fillit, S Degroodt, C Brochier, F Valour, C Chidiac, A Ménard, A Y Belkhir, P Colson, C Dhiver, A Madrid, M Martin-Degioanni, L Meddeb, M Mokhtari, A Motte, A Raoux, I Ravaux, C Tamalet, C Toméi, H Tissot Dupont, O Zaegel-Faucher, H Laroche, M Orticoni, M J Soavi, P Geneau de Lamarlière, E Ressiot, M J Ducassou, I Jaquet, S Galie, A Galinier, P Martinet, M Landon, A S Ritleng, A Ivanova, C Debreux, S Abel, O Cabras, L Cuzin, K Guitteaud, M Illiaquer, S Pierre-François, L Osei, J Pasquier, K Rome, E Sidani, J M Turmel, C Varache, N Atoui, M Bistoquet, E Delaporte, V Le Moing, N Meftah, C Merle de Boever, B Montes, A Montoya Ferrer, E Tuaillon, J Reynes, M André, L Boyer, M P Bouillon, M Delestan, C Rabaud, T May, B Hoen, C Bernaud, E Billaud, C Biron, B Bonnet, S Bouchez, D Boutoille, C Brunet-Cartier, C Deschanvres, N Hall, T Jovelin, P Morineau, V Reliquet, S Sécher, M Cavellec, A Soria, E Paredes, V Ferré, E André-Garnier, A Rodallec, M Lefebvre, O Grossi, O Aubry, F Raffi, S Breaud, C Ceppi, D Chirio, E Cua, P Dellamonica, E Demonchy, A De Monte, J Durant, C Etienne, S Ferrando, R Garraffo, C Michelangeli, V Mondain, A Naqvi, N Oran, I Perbost, S Pillet, C Pradier, B Prouvost-Keller, K Risso, V Rio, P M Roger, E Rosenthal, S Sausse, I Touitou, S Wehrlen-Pugliese, G Zouzou, L Hocqueloux, T Prazuck, C Gubavu, A Sève, A Maka, C Boulard, G Thomas, C Goujard, Y Quertainmont, E Teicher, N Lerolle, O Deradji, A Barrail-Tran, R Landman, V Joly, J Ghosn, C Rioux, S Lariven, A Gervais, F X Lescure, S Matheron, F Louni, Z Julia, C Mackoumbou-Nkouka, S Le Gac, C Charpentier, D Descamps, G Peytavin, Y Yazdanpanah, K Amazzough, G Benabdelmoumen, P Bossi, G Cessot, C Charlier, P H Consigny, F Danion, A Dureault, J Goesch, R Guery, B Henry, K Jidar, F Lanternier, P Loubet, O Lortholary, C Louisin, J Lourenco, P Parize, B Pilmis, F Touam, M A Valantin, R Tubiana, R Agher, S Seang, L Schneider, C Blanc, C Katlama, J L Berger, Y N'Guyen, D Lambert, I Kmiec, M Hentzien, A Brunet, V Brodard, P Tattevin, M Revest, F Souala, M Baldeyrou, S Patrat-Delon, J M Chapplain, F Benezit, M Dupont, M Poinot, A Maillard, C Pronier, F Lemaitre, C Guennoun, M Poisson-Vanier, T Jovelin, J P Sinteff, C Arvieux, E Botelho-Nevers, A Gagneux-Brunon, A Frésard, V Ronat, F Lucht, P Fischer, M Partisani, C Cheneau, M Priester, M L Batard, C Bernard-Henry, E de Mautort, S Fafi-Kremer, M Alvarez, N Biezunski, A Debard, C Delpierre, P Lansalot, L Lelièvre, G Martin-Blondel, M Piffaut, L Porte, K Saune, F Ajana, E Aïssi, I Alcaraz, V Baclet, L Bocket, A Boucher, P Choisy, B Lafon-Desmurs, A Meybeck, M Pradier, O Robineau, N Viget, M Valette., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris], Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Amiens-Picardie, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Groupe Sup de Co Montpellier (GSCM) - Montpellier Business School-Université de Montpellier (UM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Météo France-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Météo France-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, and Dupuis, Christine

Subjects
0301 basic medicine, Pediatrics, medicine.medical_specialty, MESH: Sarcoma, Kaposi* / epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, HIV Infections, Dermatology, Skin Infectiology, Venereology and Sexual Health, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), medicine, Humans, MESH: HIV Infections* / complications, 030212 general & internal medicine, Sarcoma, Kaposi, Retrospective Studies, Response rate (survey), MESH: Acquired Immunodeficiency Syndrome, MESH: Herpesvirus 8, Human, Acquired Immunodeficiency Syndrome, MESH: Humans, business.industry, Kaposi sarcoma, HIV, Retrospective cohort study, MESH: Retrospective Studies, MESH: HIV Infections* / drug therapy, medicine.disease, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], medical dermatology, Regimen, Infectious Diseases, Clinical research, clinical research, Herpesvirus 8, Human, Cohort, oncology, Original Article, Sarcoma, business, Viral load, MESH: HIV Infections* / epidemiology, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

International audience; Background - Although antiretroviral therapy (ART) has reduced the risk of Kaposi sarcoma (KS), KS cases still occur in HIV-infected people. Objective - To describe all KS cases observed between 2010 and 2015 in a country with high ART coverage. Methods - Retrospective study using longitudinal data from 44 642 patients in the French Dat'AIDS multicenter cohort. Patients' characteristics were described at KS diagnosis according to ART exposure and to HIV-plasma viral load (HIV-pVL) (≤50 or >50) copies/mL. Results - Among the 209 KS cases diagnosed during the study period, 33.2% occurred in ART naïve patients, 17.3% in ART-experienced patients and 49.5% in patients on ART, of whom 23% for more than 6 months. Among these patients, 24 (11.5%) had HIV-pVL ≤50 cp/mL, and 16 (66%) were treated with a boosted-PI-based regimen. The distribution of KS localization did not differ by ART status nor by year of diagnosis. Limitations - Data on human herpesvirus 8, treatment modalities for KS and response rate were not collected. Conclusion - Half of KS cases observed in the study period occurred in patients not on ART, reflecting the persistence of late HIV diagnosis. Factors associated with KS in patients on ART with HIV-pVL ≤50 cp/mL remain to be explored.

Published
2020

32. CPlantBox, a whole-plant modelling framework for the simulation of water- and carbon-related processes

Author

Harry Vereecken, Guillaume Lobet, André Lacointe, Jan Vanderborght, Andrea Schnepf, Xiao-Ran Zhou, Daniel Leitner, Agrosphere, IBG-3, Forschungszentrum Jülich GmbH | Centre de recherche de Juliers, Helmholtz-Gemeinschaft = Helmholtz Association-Helmholtz-Gemeinschaft = Helmholtz Association, Helmholtz-Gemeinschaft = Helmholtz Association, Simulationswerkstatt, Leonding, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institute of Bio- and Geosciences Agrosphere (IBG-3), Earth and Life Institute [Louvain-La-Neuve] (ELI), Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Simulationswerkstatt, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agrosphere, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
0106 biological sciences, DYNAMICS, XYLEM, FLOW, chemistry.chemical_element, PHLOEM TRANSPORT, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, High complexity, Architecture, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ROOT-SYSTEM, PROCESSES, 030304 developmental biology, GROWTH-MODEL, Flexibility (engineering), 0303 health sciences, ARCHITECTURE, Science & Technology, SINK, PHOTOSYNTHESIS, fungi, Plant Sciences, Shoot, Experimental data, food and beverages, Water, Agriculture, ENVIRONMENTAL-CONTROL, Plant, 15. Life on land, Agronomy, Carbon, Variety (cybernetics), chemistry, Coupling (computer programming), Root, Environmental science, Biochemical engineering, Plant Structures, Mathematical & Computational Biology, ddc:004, Life Sciences & Biomedicine, 010606 plant biology & botany, CPlantBox, Model
Abstract

The interaction between carbon and flows within the plant is at the center of most growth and developmental processes. Understanding how these fluxes influence each other, and how they respond to heterogeneous environmental conditions, is important to answer diverse questions in forest, agriculture and environmental sciences. However, due to the high complexity of the plant-environment system, specific tools are needed to perform such quantitative analyses.Here we present CPlantBox, full plant modelling framework based on the root system model CRootBox. CPlantbox is capable of simulating the growth and development of a variety of plant architectures (root and shoot). In addition, the flexibility of CPlantBox enables its coupling with external modeling tools. Here, we connected it to an existing mechanistic model of water and carbon flows in the plant, PiafMunch.The usefulness of the CPlantBox modelling framework is exemplified in four case studies. Firstly, we illustrate the range of plant structures that can be simulated using CPlantBox. In the second example, we simulated diurnal carbon and water flows, which corroborates published experimental data. In the third case study, we simulated impacts of heterogeneous environment on carbon and water flows. Finally, we showed that our modelling framework can be used to fit phloem pressure and flow speed to (published) experimental data.The CPlantBox modelling framework is open-source, highly accessible and flexible. Its aim is to provide a quantitative framework for the understanding of plant-environment interaction.

Published
2020

33. DORN1/P2K1 and purino-calcium signalling in plants: making waves with extracellular ATP

Author

Nathalie Leblanc-Fournier, Katie A. Wilkins, Bruno Moulia, Julia M. Davies, Madhura G Bhat, Limin Wang, Elsa Matthus, Jian Sun, Amirah B Mohammad-Sidik, Valérie Legué, Gary Stacey, Apollo - University of Cambridge Repository, Department of Plant Sciences, University of the Free State [South Africa], Institute of Integrative Plant Biology, Université de Jiangsu, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Wilkins, Katie [0000-0001-6513-856X], Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and University of the Free State [South Africa] (UFS)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, ATPase, Aequorin, Arabidopsis, Plant Science, 01 natural sciences, Plant Roots, Research In Context, ATP, calcium, DORN1, P2K1, reactive oxygen species, root, wave, plasma-membrane ca2+, heterotrimeric g-protein, nadph oxidase, arabidopsis-thaliana, gene-expression, guard-cell, inositol, hexakisphosphate, binding-protein, abscisic-acid, long-distance, chemistry.chemical_compound, Adenosine Triphosphate, Guard cell, Wave, Calcium signaling, Vegetal Biology, biology, Cell biology, onde, Second messenger system, chemistry.chemical_element, Calcium, atpase, 03 medical and health sciences, Extracellular, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Calcium Signaling, Dorn1, Arabidopsis Proteins, P2k1, racine, 030104 developmental biology, chemistry, Root, biology.protein, Reactive oxygen species, Adenosine triphosphate, Biologie végétale, 010606 plant biology & botany
Abstract

Background and AimsExtracellular ATP governs a range of plant functions, including cell viability, adaptation and cross-kingdom interactions. Key functions of extracellular ATP in leaves and roots may involve an increase in cytosolic free calcium as a second messenger (‘calcium signature’). The main aim here was to determine to what extent leaf and root calcium responses require the DORN1/P2K1 extracellular ATP receptor in Arabidopsis thaliana. The second aim was to test whether extracellular ATP can generate a calcium wave in the root.MethodsLeaf and root responses to extracellular ATP were reviewed for their possible links to calcium signalling and DORN1/P2K1. Leaves and roots of wild type and dorn1 plants were tested for cytosolic calcium increase in response to ATP, using aequorin. The spatial abundance of DORN1/P2K1 in the root was estimated using green fluorescent protein. Wild type roots expressing GCaMP3 were used to determine the spatial variation of cytosolic calcium increase in response to extracellular ATP.Key ResultsLeaf and root ATP-induced calcium signatures differed markedly. The leaf signature was only partially dependent on DORN1/P2K1, while the root signature was fully dependent. The distribution of DORN1/P2K1 in the root supports a key role in the generation of the apical calcium signature. Root apical and sub-apical calcium signatures may operate independently of each other but an apical calcium increase can drive a sub-apical increase, consistent with a calcium wave.ConclusionDORN1 could underpin several calcium-related responses but it may not be the only receptor for extracellular ATP in Arabidopsis. The root has the capacity for a calcium wave, triggered by extracellular ATP at the apex.

Published
2020

34. HYPERAUTOFLUORESCENT SPOTS IN ACUTE OCULAR TOXOPLASMOSIS A New Indicator of Outer Retinal Inflammation

Author

Benoit Delaunay, Thibaud Mathis, Philippe Denis, Catherine Favard, Laurent Kodjikian, Equipe 14 - Inflammation dans la dégénérescence neuronale et le remodelage vasculaire (Inserm U968/CNRS UMR7210/UPMC UM80), Institut de la Vision, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Panthéon-Assas (UP2), Centre d’Etudes et de Recherche en Droit Administratif, Constitutionnel, Financier et Fiscal (CERDACFF), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre Ophtalmologique de l'Odéon, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Adult, Indocyanine Green, Male, medicine.medical_specialty, genetic structures, Adolescent, Inflammation, Multimodal Imaging, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Young Adult, 0302 clinical medicine, Acute onset, Optical coherence tomography, Ophthalmology, medicine, Humans, Fluorescein Angiography, Coloring Agents, Toxoplasmosis, Ocular, 030304 developmental biology, Retrospective Studies, [PHYS]Physics [physics], 0303 health sciences, medicine.diagnostic_test, Spots, business.industry, Optical Imaging, Retinitis, Retinal, General Medicine, Optical coherence tomography angiography, Middle Aged, medicine.disease, eye diseases, Toxoplasmosis, 3. Good health, chemistry, Acute Disease, 030221 ophthalmology & optometry, Female, sense organs, medicine.symptom, business, Vasculitis, Biomarkers, Tomography, Optical Coherence
Abstract

PURPOSE The aim of this study was to describe the fundus autofluorescence patterns in acute ocular toxoplasmosis (OT) and to correlate these findings with other imaging. METHODS A retrospective multicenter case series of 27 eyes from 27 patients with acute onset of posterior OT was conducted. Multimodal imaging including fundus autofluorescence was performed at diagnosis and during follow-up. RESULTS All OT lesions were hypoautofluorescent on fundus autofluorescence imaging. Fourteen patients (51.8%) also had hyperautofluorescent spots around the active foci that disappeared after retinal photobleaching. Although these spots were not seen on early phase of indocyanine green angiography, they become hypofluorescent in the late phase without choriocapillaris flow impairment on optical coherence tomography angiography. On B-scan spectral domain optical coherence tomography, spots corresponded to outer retinal alterations in all cases. All hyperautofluorescent spots disappeared during follow-up as acute OT resolved. Younger patients and those with more posterior inflammatory symptoms (vasculitis and/or papillitis) were more frequent with the presence of hyperautofluorescent spots. CONCLUSION Ocular toxoplasmosis may trigger a transient outer retinal disruption in eyes with marked inflammatory symptoms of the younger patients.

Published
2020

35. Design of experiments for bio-based composites with lignosulfonates matrix and corn cob fibers

Author

Claude-Gilles Dussap, Eric Badel, Hélène de Baynast, Amélie Tribot, Philippe Michaud, Cédric Delattre, Institut Pascal (IP), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
0301 basic medicine, Materials science, Lignosufonates, Composite number, Compaction, Mechanical properties, Composite, Young's modulus, 02 engineering and technology, Lignin, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, Lignosulfonates, Fiber, Composite material, 021001 nanoscience & nanotechnology, Compression (physics), 030104 developmental biology, Compressive strength, symbols, Particle size, 0210 nano-technology, Corn cob, Agronomy and Crop Science
Abstract

Bio-based composites with lignosulfonates as a matrix and corn cob particles as reinforcement were developed. Their mechanical strength in compression mode was evaluated with determination of Young modulus (E) and ultimate compressive strength (σ max). The influence of fiber content, fibers particle size, and compaction pressure applied on the composite during processing was investigated with a design of experiments approach. The model enabled to calculate an optimum for σ max equal to 18 MPa for a corresponding Young modulus of 0.27 GPa. Particle size was found to be the most influent parameter on mechanical properties responses. In order to understand this dependency, an automated optical particle analysis was performed to measure size and shape of corn cob particles. Distribution leading to the highest σ max was the one with the less smooth surface of particles (low convexity shape parameter), providing a better mechanical adhesion between fiber and matrix. Increasing compaction pressure and fiber content was in favor of compressive strength. Interface between lignosulfonates and corn cob inside the composites was observed with X-ray microtomography technique. It was noticed that interlocking occurred between the two phases.

Published
2018

36. Low Levels of Branched Chain Amino Acids, Eicosapentaenoic Acid and Micronutrients are Associated with Low Muscle Mass, Strength and Function in Community-Dwelling Older Adults

Author

Yvette C. Luiking, C.P.G.M. de Groot, A. van Helvoort, Yves Boirie, Jos M. G. A. Schols, S. ter Borg, Danone Nutricia Research, Department of Kinesiology, Health, Center for Translational Research in Aging and Longevity, Texas A&M University System, NUTRIM School of Nutrition and Translational Research in Metabolism, Maastricht University [Maastricht], Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Nutrition Clinique, CHU Clermont-Ferrand, Centre de Recherche en Nutrition Humaine, Department of Family Medicine, Health Services Research, School CAPHRI, Division of Human Nutrition and Health, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Danone Nutricia Research, Nutricia Advanced Medical Nutrition, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre Hospitalier Universitaire de Clermont-Ferrand, Wageningen University and Research Center (WUR), RS: NUTRIM - R3 - Respiratory & Age-related Health, RS: CAPHRI - R1 - Ageing and Long-Term Care, Health Services Research, RS: Academische Werkplaats Ouderenzorg, and Family Medicine

Subjects
Male, Sarcopenia, Homocysteine, 030309 nutrition & dietetics, Medicine (miscellaneous), VITAMIN-D STATUS, RECOMMENDATIONS, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Medicine, Micronutrients, 030212 general & internal medicine, older adults, Aged, 80 and over, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Nutrition and Dietetics, [SDV.MHEP.GEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Geriatry and gerontology, n-3 fatty acids, 25-hydroxyvitamin D, Eicosapentaenoic acid, 3. Good health, medicine.anatomical_structure, Eicosapentaenoic Acid, Docosahexaenoic acid, Female, Independent Living, HEALTH, Leucine, DIETARY-PROTEIN INTAKE, Polyunsaturated fatty acid, medicine.medical_specialty, BODY-COMPOSITION, 03 medical and health sciences, AGE, Internal medicine, Vitamin D and neurology, Humans, Muscle, Skeletal, Aged, VLAG, Global Nutrition, Wereldvoeding, amino acids, DECLINE, business.industry, Skeletal muscle, medicine.disease, HOMOCYSTEINE LEVELS, Cross-Sectional Studies, Endocrinology, chemistry, PHYSICAL PERFORMANCE, Geriatrics and Gerontology, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, human activities, Amino Acids, Branched-Chain
Abstract

Background: Sarcopenia, the age-related decrease in muscle mass and function can result in adverse health outcomes and subsequent loss of independence. Inadequate nutrition is an important contributor to the aetiology of sarcopenia, and dietary strategies are studied to prevent or delay this geriatric syndrome. Objective: The present study investigated whether there is an association between biochemical nutrient status markers, muscle parameters and sarcopenia in community-dwelling older adults. Design: Data from the cross-sectional Maastricht Sarcopenia study (MaSS) were used, in which skeletal muscle index (SMI), 4 meter gait speed, 5 times chair stand and handgrip strength were assessed among older adults (n=227). Sarcopenia was defined following the algorithm of the European Working Group on Sarcopenia in Older People. Fasted blood samples were analyses on amino acids levels, RBC phospholipid profile, 25-hydroxyvitamin D (25(OH)D), α-tocopherol, magnesium and homocysteine were determined in fasted blood levels. Generalized linear modelling and logistic regression were used for data analysis. Results: Lower blood levels of essential amino acids (EAA), total branched-chain amino acids (BCAA) and leucine were associated with lower SMI (P

Published
2018

37. A new marker for nutritional assessment in acute care geriatric units: The phase angle measured by bioelectrical impedance analysis

Author

Yves Boirie, Bruno Lesourd, Jérôme Bohatier, Aurélien Mulliez, S. Dadet, Marc Bonnefoy, Guillaume Ducher, Gériatrie, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Délégation à la Recherche Clinique et à l'Innovation (DRCI), Centre Hospitalier Universitaire de Clermont-Ferrand, Université Clermont Auvergne (UCA), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Nutrition Clinique, CHU Clermont-Ferrand, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Male, Aging, medicine.medical_specialty, 030309 nutrition & dietetics, Nutritional Status, Comorbidity, Biochemistry, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Endocrinology, Predictive Value of Tests, Acute care, Electric Impedance, Genetics, medicine, Humans, Prospective Studies, 030212 general & internal medicine, Hospitals, Teaching, Geriatric Assessment, Molecular Biology, Aged, Aged, 80 and over, 0303 health sciences, business.industry, [SDV.MHEP.GEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Geriatry and gerontology, Phase angle, Cell Biology, Logistic Models, Nutrition Assessment, Multivariate Analysis, Female, France, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Bioelectrical impedance analysis, Biomarkers, Biomedical engineering
Abstract

A new marker for nutritional assessment in acute care geriatric units: The phase angle measured by bioelectrical impedance analysis

Published
2018

38. Targeting Colon Luminal Lipid Peroxidation Limits Colon Carcinogenesis Associated with Red Meat Consumption

Author

Pascal Schlich, Véronique Santé-Lhoutellier, Fabrice Pierre, Valérie Scislowski, Nathalie Naud, Thierry Sayd, Didier Viala, Didier Attaix, Laurent Debrauwer, Gunter G. C. Kuhnle, Adeline Blot, Denis E. Corpet, Françoise Guéraud, Estelle Pujos-Guillot, Nathalie Meunier, Florence Blas-Y-Estrada, Christine Urbano, Sylviane Taché, Sylvie Chevolleau, Océane C B Martin, Céline Chantelauze, Denis Durand, J. Dupuy, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), SensoStat, Food and Nutritional Sciences, University of Reading (UOR), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), CRNH, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Meat Quality and Processes, Association pour le Développement de l'Industrie de la Viande, ANR [ANR-10-ALIA-14], INRA, ADIV, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Prévention et promotion de la cancérogénèse par les aliments (ToxAlim-PPCA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), MetaToul AXIOM (E20), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Plateforme Ezop (Ezop), Association pour le Développement de l'Industrie de la Viande (ADIV), French National Institute for Agricultural Research (INRA) French Technical Center of Meat (ADIV), ANR-10-ALIA-0014,SECURIVIANDE,Stratégies préventives de la cancérogenèse colorectale en production et transformation des viandes(2010), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
Male, intermediate consumption, 0301 basic medicine, Cancer Research, Antioxidant, Colorectal cancer, medicine.medical_treatment, Lipid peroxidation, Feces, Mice, chemistry.chemical_compound, Cooking, 2. Zero hunger, Human feces, Cross-Over Studies, peroxydation lipidique, food and beverages, lipid peroxidation, Middle Aged, Healthy Volunteers, 3. Good health, Oncology, Red Meat Consumption, Colonic Neoplasms, Red meat, biomarker, Female, carcinogenesis, biomarqueur, cancerogénèse, Adult, medicine.medical_specialty, Azoxymethane, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Heme, 03 medical and health sciences, Internal medicine, medicine, Animals, Humans, viande rouge, Carcinogen, 030109 nutrition & dietetics, colon, business.industry, Neoplasms, Experimental, medicine.disease, Rats, Inbred F344, Rats, Red Meat, consommation, Endocrinology, chemistry, Carcinogens, business, Biomarkers
Abstract

Red meat is probably carcinogenic to humans (WHO/IARC class 2A), in part through heme iron-induced lipoperoxidation. Here, we investigated whether red meat promotes carcinogenesis in rodents and modulates associated biomarkers in volunteers, speculating that an antioxidant marinade could suppress these effects via limitation of the heme induced lipid peroxidation. We gave marinated or non-marinated beef with various degrees of cooking to azoxymethane-initiated rats, Min mice, and human volunteers (crossover study). Mucin-depleted foci were scored in rats, adenoma in Min mice. Biomarkers of lipoperoxidation were measured in the feces and urine of rats, mice, and volunteers. The organoleptic properties of marinated meat were tested. Fresh beef increased colon carcinogenesis and lipoperoxidation in rats and mice and lipoperoxidation in humans. Without an adverse organoleptic effect on meat, marinade normalized peroxidation biomarkers in rat and mouse feces, reduced peroxidation in human feces and reduced the number of Mucin-depleted foci in rats and adenoma in female Min mice. This could lead to protective strategies to decrease the colorectal cancer burden associated with red meat consumption. Cancer Prev Res; 11(9); 569–80. ©2018 AACR.

Published
2018

39. Le profil en sphingolipides circulants est modifié par un apport en sphingolipides alimentaires via une supplémentation en lipides polaires laitiers chez des femmes ménopausées à risque cardiovasculaire

Author

Mélanie Le Barz, Cécile Vors, Laurie Joumard-Cubizolles, Emmanuel Combe, Joffre, F., Ouchchane, L., Chloe Robert, Annie Durand, Raynal, K., Nadine Leconte, Hubert Vidal, Laville, M., Lambert-Porcheron, S., Corinne Malpuech-Brugère, David Cheillan, Marie-Caroline Michalski, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut des corps gras (ITERG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Actalia [Saint-Lô], Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône-Alpes (CRNH-RA), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR UMR INRA / AgroCampus Rennes : Science et Technologie du Lait et de l'?uf (1253)., Actalia, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-CHU Saint-Etienne-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Grenoble

Subjects
sphingolipide, risque cardiovasculaire, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, lipide polaire, ménopause, supplémentation, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, produit laitier
Abstract

International audience

Published
2019

40. Stress management in obesity during a thermal spa residential programme (ObesiStress): protocol for a randomised controlled trial study

Author

Yves Boirie, Daniela M. Pfabigan, Omar Izem, Magalie Miolanne-Debouit, N. Farigon, Bruno Pereira, Laurie Mobdillon, Guillaume T. Vallet, Armand Abergel, Pascale Duché, Gil Boudet, Philippe Obert, Shihui Han, Elodie Chaplais, Daniel Courteix, Frédéric Dutheil, Audrey Vilmant, Martial Mermillod, Laboratoire de Psychologie Sociale et Cognitive - Clermont Auvergne (LAPSCO), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Médecine du Travail, CHU Clermont-Ferrand-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Laboratoire Développement, Adaptation et Handicap (DevAH), Unité de Biostatistiques [CHU Clermont-Ferrand] (Département de la recherche clinique et de l'innovation - DRCI), CHU Clermont-Ferrand, Laboratoire des Adaptations Métaboliques à l'Exercice en Conditions Physiologiques et Pathologiques (AME2P), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Faculté des Sciences du SportFaculté des Sciences du Sport, UFR STAPS, Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Impact de l'Activité Physique sur la Santé (IAPS), Université de Toulon (UTLN), Service d'Hépato-Gastroentérologie [CHRU Clermont-Ferrand], Centre Hospitalier Universitaire de Clermont-Ferrand, Peking University [Beijing], PKU-IDG/McGovern Institute For Brain Research, Centre de recherche en économie de Grenoble (CREG), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Physiopathologie des adaptations cardiovasculaires à l'Exercice, Avignon Université (AU), EA4278 Laboratoire de Pharm-Ecologie Cardiovasculaire (LaPEC), Nutrition clinique, Centre Hospitalier Universitaire Gabriel Montpied, nutrition clinique, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Université Clermont Auvergne (UCA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service Santé Travail Environnement, EA 3450, Université de Lorraine (UL), Département Recherche Clinique et Innovation, EA 3533, Laboratoire des Adaptations Métaboliques à l’Exercice en conditions Physiologiques et Pathologiques (AME2P), Laboratoire Impact de l’Activité Physique sur la Santé, Hépatologie Gastro-Entérologie, Centre Hospitalier Universitaire Estaing, UMR 6284, University Beijing, Laboratoire de Psychologie et NeuroCognition (LPNC), Université Grenoble Alpes (COMUE) (UGA), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), EA 4278, laboratoire de Pharm-Ecologie Cardiovasculaire (LaPEC ), Biostatistiques, Danone Research, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Psychologie Sociale et Cognitive (LAPSCO), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Développement, Adaptation et Handicap. Régulations cardio-respiratoires et de la motricité (DevAH), Unité de Biostatistiques [CHU Clermont-Ferrand], Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives - Clermont-Ferrand (UFR STAPS - UBP), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Service d'Hépatologie Gastro-entérologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Auvergne Rhone-Alpes University Hospital of Clermont-Ferrand European Regional Development Fund (Fonds Europeen de Developpement Economique et Regional), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives - Clermont-Ferrand (UFR STAPS - UBP), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
musculoskeletal diseases, Stress management, medicine.medical_specialty, obesity, Cardiovascular Medicine, Overweight, Body Mass Index, law.invention, 03 medical and health sciences, stress, 0302 clinical medicine, Quality of life, Randomized controlled trial, prevention, Heart Rate, law, Protocol, Humans, Medicine, 030212 general & internal medicine, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Randomized Controlled Trials as Topic, 2. Zero hunger, business.industry, Public health, heart rate variability, Hyperthermia, Induced, General Medicine, Anthropometry, medicine.disease, Obesity, 3. Good health, spa bath, Body Composition, Quality of Life, Physical therapy, France, medicine.symptom, business, Body mass index, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biomarkers, Stress, Psychological, 030217 neurology & neurosurgery, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

IntroductionStress and obesity are two public health issues. The relationship between obesity and stress is biological through the actions of stress on the major hormones that regulate appetite (leptin and ghrelin). Many spa resorts in France specialise in the treatment of obesity, but no thermal spa currently proposes a specific programme to manage stress in obesity. The ObesiStress protocol has been designed to offer a new residential stress management programme. This thermal spa treatment of obesity implements stress management strategies as suggested by international recommendations.Methods and analysis140 overweight or obese participants with a Body Mass Index of >25 kg/m2 and aged over 18 years will be recruited. Participants will be randomised into two groups: a control group of usual practice (restrictive diet, physical activity and thermal spa treatment) and an intervention group with stress management in addition to the usual practice. In the present protocol, parameters will be measured on five occasions (at inclusion, at the beginning of the spa (day 0), at the end of the spa (day 21), and at 6 and 12 months). The study will assess the participants’ heart rate variability, cardiac remodelling and function, electrodermal activity, blood markers, anthropometric profile, body composition, psychology and quality of life via the use of questionnaires and bone parameters.Ethics and disseminationThe ObesiStress protocol complies with the ethics guidelines for Clinical Research and has been approved by the ethics committee (CPP Sud-Est VI, Clermont-Ferrand - ANSM: 2016-A01774-47). This study aimed to highlight the efficacy of a 21-day thermal spa residential programme of stress management in obesity through objective measurements of well-being and cardiovascular morbidity. Results will be disseminated during several research conferences and articles published in peer-reviewed journals.Trial registration numberNCT03578757.

Published
2019

41. Cancer bronchique non à petites cellules, immunité et microbiote : base d’étude de l'axe intestin-poumon-cancer du poumon chez l‘Homme

Author

Bingula, Rea, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne [2017-2020], Edith Filaire, and Marc Filaire

Subjects
Lobe tumoral, Metastatic lymph nodes, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Non-small cell lung cancer, Tumour lobe, Cancer du poumon non à petites cellules, Ganglions lymphatiques métastatiques, Lung microbiota, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Réponse immunitaire, Immune response, Microbiote pulmonaire, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Lung cancer is the main cause of death by cancer worldwide. Despite the variety of available treatments, including surgery, chemotherapy, radiotherapy, and immune therapy, the average 5-year survival is 60%. One of the underlying reasons is a very high variability in patients’ susceptibility to treatment, explained by genetic background and since recently – our microbiota. The term microbiota includes bacteria, archaea, fungi, viruses and protists that inhabit our organism. The studies in animal models show that the gut microbiota (focused on bacteria) has a crucial role in host’s responsiveness to therapy through the stimulation of immune system. In this light, several “communication axes” between the gut and distal tumour sites have started to develop, including the “gut-lung” axis. However, the resident microbiota in the lungs that could directly influence the tumour response and interact with the gut microbiota has been scarcely characterised. To enable further development of the idea of the “gut-lung-lung cancer” axis, we included 18 non-small cell lung cancer (NSCLC) patients eligible for surgery and analysed the microbiota from four different lung samples (non-malignant, peritumoural and tumour tissue and bronchoalveolar lavage fluid; BAL), saliva and faeces by high-throughput sequencing. We also analysed several immune markers, as lymphocytic tumour infiltrate, Th and neutrophil profiles and cytokines in BAL and blood, and inflammatory markers in faeces along with short-chain fatty acids. Focusing first on the lungs, we show that BAL microbiota represents a significantly distinct community compared to lung tissue microbiota by providing detailed characterisation of the four different lung samples. Since tumours in lower lobes are reported as the ones with the worse prognosis, we investigated how the lobe location affected the microbiota composition. Peritumoural tissue and BAL microbiota were identified as the most affected in both abundance and diversity, and tumour as the least affected. However, phylum Firmicutes, previously reported as elevated in chronic obstructive pulmonary disease compared to controls, was found more abundant in microbiota from lower lung lobes. Therefore, we propose that both increase in Firmicutes and extensive changes in peritumoural tissue could be associated to increased aggressiveness of the lower lobe tumours. Next, we show that the presence of metastatic lymph nodes (LN), negative prognostic marker in NSCLC, significantly influence the local tissue microbiota in relation to its respiratory profile. We reported that anaerobic bacteria were more abundant within the tumour in the presence of metastatic LN, and aerobic bacteria within the one without it. Moreover, exactly inverse was observed for the same bacteria in extratumoural tissues. Along with migratory hypothesis depending on the bacterial preference for growth conditions shaped by tumour’s features, we propose several biomarkers for detection of metastatic LN that might facilitate their detection without imposing LN biopsy. Finally, we showed that BAL microbiota is the most associated to the local immune response and independent of the presence of metastatic LN. Future research will focus on the exploration of the interaction between the lung microbiota, systemic immunity and the gut microbiota.; Le cancer du poumon est la principale cause de décès par cancer dans le monde. En dépit de la variété de traitements disponibles, tels que la chirurgie, la chimiothérapie, la radiothérapie et l’immunothérapie, la survie moyenne à 5 ans est de 60 %. L’une des raisons sous-jacente est une très grande variabilité de réponse au traitement, expliquée par les antécédents génétiques du patient et depuis peu par son microbiote. Le terme « microbiote » regroupe les bactéries, les archées, les champignons, les virus et les protistes qui colonisent notre organisme. Des études utilisant des modèles animaux montrent que le microbiote intestinal joue un rôle crucial dans la réponse de l’hôte au traitement, via la stimulation du système immunitaire. Dans ce contexte, plusieurs « axes de communication » entre le site intestinal et les sites tumoraux distaux commencent à émerger, y compris l’axe « intestin-poumon ». Cependant, le microbiote pulmonaire, qui pourrait directement influencer la réponse tumorale et interagir avec le microbiote intestinal, est pour l’heure peu caractérisé. Afin de développer cette idée d’un axe « intestin, poumon et cancer du poumon », nous avons inclus dans notre étude 18 patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC) admissibles à la chirurgie. Nous avons analysé leurs microbiotes par séquençage à haut débit à partir de quatre échantillons différents de poumon (tissu sain, tissus péritumoral et tumoral et fluide de lavage broncho-alvéolaire LBA) mais également à partir d’échantillons de salive et de fèces. Nous avons également analysé plusieurs marqueurs immunitaires (infiltration lymphocytaire des tumeurs, profils Th et neutrophiles, cytokines dans le LBA et le sang), des marqueurs inflammatoires et enfin les acides gras à chaînes courtes dans les fèces. Une caractérisation détaillée de ces quatre types d’échantillons de poumons nous a permis de montrer que le microbiote du LBA présente une communauté nettement distincte de celle du tissu pulmonaire. Les tumeurs des lobes inférieurs prédisant le plus mauvais pronostic, nous avons décidé d’étudier le lien entre l’emplacement des tumeurs et la composition du microbiote. Les microbiotes du tissu péritumoral et du LBA ont été identifiés comme étant les plus impactés en terme d’abondance et de diversité ; la tumeur est quant à elle moins impactée. Cependant nous avons observé que le phylum des Firmicutes, décrit comme étant élevé dans les maladies pulmonaires obstructives chroniques, est plus abondant dans le microbiote des lobes inférieurs du poumon. Par conséquent, nous pouvons émettre l’hypothèse que l’augmentation des Firmicutes et les variations importantes du microbiote dans le tissu péritumoral pourraient être associés à une agressivité accrue des tumeurs du lobe inférieur. Nous avons ensuite démontré que la présence de ganglions lymphatiques (GL) métastatiques, marqueur d’un pronostic négatif dans le NSCLC, influence considérablement le microbiote local de par le profil respiratoire du tissu. Nous avons en effet observé que les bactéries anaérobies étaient plus abondantes dans les tumeurs en présence de LN métastatiques. Les bactéries aérobies sont quant à elles plus représentées dans les tumeurs sans GL métastatiques. Nous avons cependant observé la situation inverse dans les tissus extratumoraux. L’hypothèse avancée est celle d’une migration bactérienne en fonction des préférences de conditions de croissance, directement liées aux caractéristiques de la tumeur. Ceci nous permet de proposer plusieurs biomarqueurs pour la détection de GL métastatique, facilitant ainsi leur détection sans imposer de biopsie. Enfin, nous montrons que le microbiote du LBA est d’avantage associé à la réponse immunitaire locale et est indépendant de la présence de GL métastatique. Les recherches à venir porteront sur l’exploration de l’interaction entre le microbiote pulmonaire, l’immunité systémique et le microbiote intestinal.

Published
2019

42. Système d’information nutritionnelle en face avant des emballages : Nutri-Score. Etude de cas ASIRPA

Author

Chantal Julia, Anne Lacroix, Sylvie Bardon, Aline Fugeray-Scarbel, Emmanuelle Kesse-Guyot, Bernard Ruffieux, Veronique Coxam, Séverine Gojard, Serge Hercberg, Université Sorbonne Paris Nord, Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (UREN), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Economie Appliquée de Grenoble (GAEL), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre Maurice Halbwachs (CMH), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Sciences sociales ENS-PSL, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), INRAE, Gojard, Séverine, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris 13 (UP13)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), HESAM Université (HESAM), and Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
[SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, ASIRPA, économie comportementale, etiquetage nutritionnel, nutriscore, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, epidemiologie nutritionnelle, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

L’Inra, en partenariat avec l’université Paris-XIII (Université Sorbonne Paris Nord), l’Inserm, le Cnam et Grenoble INP, a contribué à développer un étiquetage nutritionnel à cinq couleurs, le Nutri-Score, dont l’objectif est d’inciter les Français à limiter leur consommation de produits riches en gras, en sel, en sucre et en calories, pour lutter contre la progression de l’obésité et des maladies chroniques. Au terme d’un débat public animé, d’une étude grandeur nature testant quatre systèmes d’information, et de travaux de recherche qui ont constitué progressivement un dossier scientifique permettant de soutenir la décision politique, un arrêté interministériel a reconnu en octobre 2017 le Nutri-Score comme le système d’information nutritionnelle officiel pour la France.Malgré des résistances initiales, le Nutri-Score a été adopté sur la base du volontariat par plus de 200 entreprises, distributeurs et industriels, représentant fin 2019 plus de 20% des parts de marché des produits laitiers, des plats cuisinés et des aliments transformés suivis par l’Observatoire de l’alimentation (OQALI).Cette évolution présage d’un impact nutritionnel potentiellement important pour les consommateurs, dans la mesure où le Nutri-Score leur donnera les moyens d’améliorer la qualité nutritionnelle de leurs achats alimentaires. D’autre part, on observe que les industriels ont engagé les premières reformulations nutritionnelles de leurs produits alimentaires, afin d’améliorer leurs scores. Le Nutri-Score a rapidement dépassé les frontières françaises : il a été adopté en Belgique en 2018 puis en Allemagne et en Espagne en 2019. Le succès de cette initiative alimente un débat à l’échelle européenne sur l’opportunité d’harmoniser l’étiquetage en face avant des emballages. Sept associations membres du Bureau Européen des Unions de Consommateurs (Beuc) ont lancé une Initiative Citoyenne Européenne visant à inciter la Commission Européenne à rendre obligatoire le Nutri-Score sur les emballages alimentaires en Europe. En France, l’Assemblée Nationale a voté en 2019 un amendement pour rendre l’utilisation du Nutri-Score obligatoire pour la publicité alimentaire. Les pouvoirs publics ont également annoncé son extension à la restauration collective et aux aliments vendus en vrac. Les associations de consommateurs françaises militent pour la création d’un dispositif d’étiquetage analogue des produits ménagers.

Published
2019

43. Non-small cell lung cancer, immunity and microbiota : laying ground for the gut-lung-lung cancer axis in human subjects

Author

Bingula, Rea, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne [2017-2020], Edith Filaire, and Marc Filaire

Subjects
Lobe tumoral, Metastatic lymph nodes, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Non-small cell lung cancer, Tumour lobe, Cancer du poumon non à petites cellules, Ganglions lymphatiques métastatiques, Lung microbiota, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Réponse immunitaire, Immune response, Microbiote pulmonaire, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Lung cancer is the main cause of death by cancer worldwide. Despite the variety of available treatments, including surgery, chemotherapy, radiotherapy, and immune therapy, the average 5-year survival is 60%. One of the underlying reasons is a very high variability in patients’ susceptibility to treatment, explained by genetic background and since recently – our microbiota. The term microbiota includes bacteria, archaea, fungi, viruses and protists that inhabit our organism. The studies in animal models show that the gut microbiota (focused on bacteria) has a crucial role in host’s responsiveness to therapy through the stimulation of immune system. In this light, several “communication axes” between the gut and distal tumour sites have started to develop, including the “gut-lung” axis. However, the resident microbiota in the lungs that could directly influence the tumour response and interact with the gut microbiota has been scarcely characterised. To enable further development of the idea of the “gut-lung-lung cancer” axis, we included 18 non-small cell lung cancer (NSCLC) patients eligible for surgery and analysed the microbiota from four different lung samples (non-malignant, peritumoural and tumour tissue and bronchoalveolar lavage fluid; BAL), saliva and faeces by high-throughput sequencing. We also analysed several immune markers, as lymphocytic tumour infiltrate, Th and neutrophil profiles and cytokines in BAL and blood, and inflammatory markers in faeces along with short-chain fatty acids. Focusing first on the lungs, we show that BAL microbiota represents a significantly distinct community compared to lung tissue microbiota by providing detailed characterisation of the four different lung samples. Since tumours in lower lobes are reported as the ones with the worse prognosis, we investigated how the lobe location affected the microbiota composition. Peritumoural tissue and BAL microbiota were identified as the most affected in both abundance and diversity, and tumour as the least affected. However, phylum Firmicutes, previously reported as elevated in chronic obstructive pulmonary disease compared to controls, was found more abundant in microbiota from lower lung lobes. Therefore, we propose that both increase in Firmicutes and extensive changes in peritumoural tissue could be associated to increased aggressiveness of the lower lobe tumours. Next, we show that the presence of metastatic lymph nodes (LN), negative prognostic marker in NSCLC, significantly influence the local tissue microbiota in relation to its respiratory profile. We reported that anaerobic bacteria were more abundant within the tumour in the presence of metastatic LN, and aerobic bacteria within the one without it. Moreover, exactly inverse was observed for the same bacteria in extratumoural tissues. Along with migratory hypothesis depending on the bacterial preference for growth conditions shaped by tumour’s features, we propose several biomarkers for detection of metastatic LN that might facilitate their detection without imposing LN biopsy. Finally, we showed that BAL microbiota is the most associated to the local immune response and independent of the presence of metastatic LN. Future research will focus on the exploration of the interaction between the lung microbiota, systemic immunity and the gut microbiota.; Le cancer du poumon est la principale cause de décès par cancer dans le monde. En dépit de la variété de traitements disponibles, tels que la chirurgie, la chimiothérapie, la radiothérapie et l’immunothérapie, la survie moyenne à 5 ans est de 60 %. L’une des raisons sous-jacente est une très grande variabilité de réponse au traitement, expliquée par les antécédents génétiques du patient et depuis peu par son microbiote. Le terme « microbiote » regroupe les bactéries, les archées, les champignons, les virus et les protistes qui colonisent notre organisme. Des études utilisant des modèles animaux montrent que le microbiote intestinal joue un rôle crucial dans la réponse de l’hôte au traitement, via la stimulation du système immunitaire. Dans ce contexte, plusieurs « axes de communication » entre le site intestinal et les sites tumoraux distaux commencent à émerger, y compris l’axe « intestin-poumon ». Cependant, le microbiote pulmonaire, qui pourrait directement influencer la réponse tumorale et interagir avec le microbiote intestinal, est pour l’heure peu caractérisé. Afin de développer cette idée d’un axe « intestin, poumon et cancer du poumon », nous avons inclus dans notre étude 18 patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC) admissibles à la chirurgie. Nous avons analysé leurs microbiotes par séquençage à haut débit à partir de quatre échantillons différents de poumon (tissu sain, tissus péritumoral et tumoral et fluide de lavage broncho-alvéolaire LBA) mais également à partir d’échantillons de salive et de fèces. Nous avons également analysé plusieurs marqueurs immunitaires (infiltration lymphocytaire des tumeurs, profils Th et neutrophiles, cytokines dans le LBA et le sang), des marqueurs inflammatoires et enfin les acides gras à chaînes courtes dans les fèces. Une caractérisation détaillée de ces quatre types d’échantillons de poumons nous a permis de montrer que le microbiote du LBA présente une communauté nettement distincte de celle du tissu pulmonaire. Les tumeurs des lobes inférieurs prédisant le plus mauvais pronostic, nous avons décidé d’étudier le lien entre l’emplacement des tumeurs et la composition du microbiote. Les microbiotes du tissu péritumoral et du LBA ont été identifiés comme étant les plus impactés en terme d’abondance et de diversité ; la tumeur est quant à elle moins impactée. Cependant nous avons observé que le phylum des Firmicutes, décrit comme étant élevé dans les maladies pulmonaires obstructives chroniques, est plus abondant dans le microbiote des lobes inférieurs du poumon. Par conséquent, nous pouvons émettre l’hypothèse que l’augmentation des Firmicutes et les variations importantes du microbiote dans le tissu péritumoral pourraient être associés à une agressivité accrue des tumeurs du lobe inférieur. Nous avons ensuite démontré que la présence de ganglions lymphatiques (GL) métastatiques, marqueur d’un pronostic négatif dans le NSCLC, influence considérablement le microbiote local de par le profil respiratoire du tissu. Nous avons en effet observé que les bactéries anaérobies étaient plus abondantes dans les tumeurs en présence de LN métastatiques. Les bactéries aérobies sont quant à elles plus représentées dans les tumeurs sans GL métastatiques. Nous avons cependant observé la situation inverse dans les tissus extratumoraux. L’hypothèse avancée est celle d’une migration bactérienne en fonction des préférences de conditions de croissance, directement liées aux caractéristiques de la tumeur. Ceci nous permet de proposer plusieurs biomarqueurs pour la détection de GL métastatique, facilitant ainsi leur détection sans imposer de biopsie. Enfin, nous montrons que le microbiote du LBA est d’avantage associé à la réponse immunitaire locale et est indépendant de la présence de GL métastatique. Les recherches à venir porteront sur l’exploration de l’interaction entre le microbiote pulmonaire, l’immunité systémique et le microbiote intestinal.

Published
2019

44. Etude structurelle et fonctionelle de la plasticité de la vulnérabilité à l'embolie chez le peuplier

Author

Lemaire, Cédric, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne [2017-2020], and Stéphane Herbette

Subjects
Cavitation, Xylème, Vessel, Plasticity, Drought, Anatomie, Embolism, Vaisseaux, Peuplier, Hydraulic, Hydraulique, Sécheresse, Plasticité, Embolie, Xylem, Pit, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Functioning, Anatomy, Fonctionnement, Poplar, Ponctuation
Abstract

Forest vulnerability against climate change is highlighted by the forest diebacks caused by intense droughts. Trees are functioning at their limit of hydraulic failure due to a little hydraulic safety margin. Their behaviour in a context of climate change is, at least partially, linked with phenotypic variability of a key parameter in drought resistance: the xylem vulnerability to cavitation. Previous studies have shown this trait to be under phenotypic plasticity. The main objective of this thesis is to study the consequences of this plasticity in the hydraulic functioning and to identify its structural basis, which is the priority for the search of the genetic determinants for this trait.Poplar saplings were cultivated under grown in contrasted water availability or light exposure in order to induce acclimation in cavitation resistance. The measurements of several functional traits reveal that the leaf area and the cavitation resistance vary the most as response of drought. Simulations using a model (SurEau) confirm the importance of these two traits in drought response, in particular for cavitation resistance. The search of structural determinants was conducted at three levels: xylem, vessel dimensions and pit ultrastructure using several microscopy techniques (S.E.M., T.E.M., optical) and X-ray microtomography. The results show that acclimation of vulnerability to cavitation relies on changes in xylem and vessel dimensions while pit structure remains constant. X-ray microtomography reveals the importance of connectivity between vessels to improve embolism resistance. Plasticity for this trait was also observed on poplar leaves and wheat stems. This calls for research of structural determinants for the primary xylem, and more generally for herbaceous species.; Les dépérissements forestiers causés par des sécheresses intenses mettent en lumière la vulnérabilité des forêts face aux changements climatiques. Les arbres sont en limite de dysfonctionnement hydraulique du fait d’une marge de sécurité hydraulique faible. Leur comportement dans un contexte de changement climatique dépendra donc, au moins en partie, de la variabilité phénotypique d’un paramètre clé dans la résistance à la sécheresse des arbres, la vulnérabilité du xylème à la cavitation. Des études précédentes ont montré que ce trait est soumis à plasticité phénotypique. L’objectif principal de cette thèse est d’évaluer l’impact de cette plasticité dans le fonctionnement hydraulique et d’en identifier les bases structurelles, un préalable à la recherche de déterminants génétiques sur ce trait.Des plants de peupliers ont été cultivés dans des conditions de croissance contrastées pour l’eau et la lumière dans le but d’induire de la plasticité sur la vulnérabilité à la cavitation. Des mesures réalisées sur différents traits fonctionnels indiquent que ce sont principalement des variations de surface foliaire et de résistance à la cavitation qui varient en réponse à une contrainte hydrique. Les simulations d’un modèle de fonctionnement hydraulique (SurEau) confirme l’importance de ces deux traits dans la réponse à la sécheresse, en particulier de la résistance à la cavitation. La recherche de déterminants structuraux de la plasticité pour ce trait a été conduite aux niveaux du xylème, des dimensions des vaisseaux et de l’ultrastructure des ponctuations, grâce à plusieurs techniques de microscopie (M.E.B., M.E.T., optique), et à la tomographie à rayons X. Les résultats montrent que l’acclimatation de la vulnérabilité à la cavitation repose sur un changement de l’organisation du xylème et des dimensions des vaisseaux, alors que la structuration des ponctuations reste constante. La microtomographie à rayons X permet de révéler l’importance de la connectivité entre vaisseaux pour améliorer la résistance à l’embolie. En outre, une plasticité pour ce trait est aussi observée sur des feuilles de peupliers ou sur des tiges de blé, appelant à la recherche de déterminants structuraux du xylème primaire, et plus généralement des espèces herbacées.

Published
2019

45. Structural and functional study of plasticity of vulnerability to embolism in poplar

Author

Lemaire, Cédric, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne [2017-2020], and Stéphane Herbette

Subjects
Cavitation, Xylème, Vessel, Plasticity, Drought, Anatomie, Embolism, Vaisseaux, Peuplier, Hydraulic, Hydraulique, Sécheresse, Plasticité, Embolie, Xylem, Pit, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Functioning, Anatomy, Fonctionnement, Poplar, Ponctuation
Abstract

Forest vulnerability against climate change is highlighted by the forest diebacks caused by intense droughts. Trees are functioning at their limit of hydraulic failure due to a little hydraulic safety margin. Their behaviour in a context of climate change is, at least partially, linked with phenotypic variability of a key parameter in drought resistance: the xylem vulnerability to cavitation. Previous studies have shown this trait to be under phenotypic plasticity. The main objective of this thesis is to study the consequences of this plasticity in the hydraulic functioning and to identify its structural basis, which is the priority for the search of the genetic determinants for this trait.Poplar saplings were cultivated under grown in contrasted water availability or light exposure in order to induce acclimation in cavitation resistance. The measurements of several functional traits reveal that the leaf area and the cavitation resistance vary the most as response of drought. Simulations using a model (SurEau) confirm the importance of these two traits in drought response, in particular for cavitation resistance. The search of structural determinants was conducted at three levels: xylem, vessel dimensions and pit ultrastructure using several microscopy techniques (S.E.M., T.E.M., optical) and X-ray microtomography. The results show that acclimation of vulnerability to cavitation relies on changes in xylem and vessel dimensions while pit structure remains constant. X-ray microtomography reveals the importance of connectivity between vessels to improve embolism resistance. Plasticity for this trait was also observed on poplar leaves and wheat stems. This calls for research of structural determinants for the primary xylem, and more generally for herbaceous species.; Les dépérissements forestiers causés par des sécheresses intenses mettent en lumière la vulnérabilité des forêts face aux changements climatiques. Les arbres sont en limite de dysfonctionnement hydraulique du fait d’une marge de sécurité hydraulique faible. Leur comportement dans un contexte de changement climatique dépendra donc, au moins en partie, de la variabilité phénotypique d’un paramètre clé dans la résistance à la sécheresse des arbres, la vulnérabilité du xylème à la cavitation. Des études précédentes ont montré que ce trait est soumis à plasticité phénotypique. L’objectif principal de cette thèse est d’évaluer l’impact de cette plasticité dans le fonctionnement hydraulique et d’en identifier les bases structurelles, un préalable à la recherche de déterminants génétiques sur ce trait.Des plants de peupliers ont été cultivés dans des conditions de croissance contrastées pour l’eau et la lumière dans le but d’induire de la plasticité sur la vulnérabilité à la cavitation. Des mesures réalisées sur différents traits fonctionnels indiquent que ce sont principalement des variations de surface foliaire et de résistance à la cavitation qui varient en réponse à une contrainte hydrique. Les simulations d’un modèle de fonctionnement hydraulique (SurEau) confirme l’importance de ces deux traits dans la réponse à la sécheresse, en particulier de la résistance à la cavitation. La recherche de déterminants structuraux de la plasticité pour ce trait a été conduite aux niveaux du xylème, des dimensions des vaisseaux et de l’ultrastructure des ponctuations, grâce à plusieurs techniques de microscopie (M.E.B., M.E.T., optique), et à la tomographie à rayons X. Les résultats montrent que l’acclimatation de la vulnérabilité à la cavitation repose sur un changement de l’organisation du xylème et des dimensions des vaisseaux, alors que la structuration des ponctuations reste constante. La microtomographie à rayons X permet de révéler l’importance de la connectivité entre vaisseaux pour améliorer la résistance à l’embolie. En outre, une plasticité pour ce trait est aussi observée sur des feuilles de peupliers ou sur des tiges de blé, appelant à la recherche de déterminants structuraux du xylème primaire, et plus généralement des espèces herbacées.

Published
2019

46. Identification of crack front in wooden material by X-ray microtomography

Author

Moutou Pitti, Rostand, Mambili Lebongui1, G, Badel, Eric, Hamdi, Seif Eddine, Gri1, J, Institut Pascal (IP), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre national de la recherche scientifique et technologique (CENAREST), Université des Sciences et Techniques de Masuku [Franceville, Gabon] (USTM), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), and MOUTOU PITTI, Rostand

Subjects
[SPI.GCIV.CD]Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering/Construction durable, Cracking in opening mode, [SPI.GCIV.STRUCT] Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering/Structures, Reaction wood, 3D image analysis, [SPI.GCIV.CD] Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering/Construction durable, [SPI.GCIV.STRUCT]Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering/Structures, [SPI.MAT] Engineering Sciences [physics]/Materials, Energy release rate, [SPI.GCIV.MAT]Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering/Matériaux composites et construction, [SPI.GCIV.MAT] Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering/Matériaux composites et construction, Green wood, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials
Abstract

International audience; In the wood construction sector, the reduction of energy costs involves the use of alternative methods to natural drying such as the use of green wood obtained immediately after cutting the tree. However, the high hygrometry coupled with the delayed behavior and the orthotropic / heterogeneous nature of the wood can lead to cracks that eventually weaken the structures, especially when they are more and more massive. In this case, the present study proposes a new method for the measurement of the stress intensity factor and the critical energy release rate G in green wood using X-ray microtomography (µCT). The work was performed on "normal" and "reaction" wood for two species; a hardwood (Populus nigra) and a softwood (Abies alba). After cutting from fresh trees, samples were machined in the form of Mixed-Mode Crack Growth specimens. The specimen was placed in a press to control the advance of the crack tip in opening mode. Then a microtomographic scan allowed to observe and measure the crack front in 3D. The critical energy release rate was obtained verus crack fronts, on the outer faces and perpendicular to the direction of propagation for each type of wood. Results enlightened that G is greater in normal wood than in reaction wood in relation to the density of each species. This work highlights the potential of nondestructive observation of the process zone by μCT in the green wood.

Published
2019

47. Les cellules adipeuses pourraient favoriser l'invasion du cancer du sein en induisant la perte du profil suppresseur de tumeur des cellules myoépithéliales mammaires

Author

Delort, Laetitia, Bernard-Vermerie, Marion, Chauvet, Cindy, Decombat, Caroline, Mojallal, Ali, Auxenfans, Céline, Caldefie-Chézet, Florence, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), CRNH Auvergne, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Service de chirurgie plastique, reconstructrice esthétique, Hôpital Edouard-Herriot, Banque de tissus et cellules, Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Fondation ARC pour la recherche sur le cancer, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne [CHU Clermont-Ferrand] (CRNH A), Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
obésité, sphéroïdes tumoraux multicellulaires, cellules myoépithéliales, cancer du sein, cellules adipeuses, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, sécrétome adipocytaire
Abstract

Cet évènement s’inscrit dans le cadre du partenariat établi entre le réseau NACRe et la Fondation ARC. Ce sera également l’occasion de marquer les 20 ans du Réseau NACRe.; L'obésité, facteur de risque établi de cancer du sein chez les femmes ménopausées, est aussi responsable de taux plus élevés de récidives et de mortalité. Parmi l’ensemble des types cellulaires présents dans le sein, les cellules myoépithéliales (CME), situées à l’interface des cellules épithéliales et du stroma, sont considérées comme des cellules "suppressives de tumeurs". Au cours de la transition d’un carcinome canalaire in situ (CCIS) vers un cancer invasif, une désorganisation voire une disparition des CME est observée, favorisant ainsi la capacité des cellules cancéreuses à migrer. Le microenvironnement adipeux, étant désormais considéré comme un acteur central de la progression du cancer mammaire, notre objectif était d’évaluer son rôle sur la fonctionnalité des CME dans un contexte d’obésité.Méthodes Des CME (Hs 578Bst) ont été co-cultivées en présence i/de cellules souches adipeuses humaines (hASC) (lignée cellulaire hMAD, hASC de patientes normopondérées ou obèses [hASC20,hASC30]) différenciées en adipocytes matures (AM20,AM30) ou ii/des différents sécrétomes adipocytaires (SA). Après 72h, la prolifération, l’apoptose et les modifications d’expression de gènes (32 gènes,n=6) impliqués dans la prolifération, l’invasion et l’adhésion cellulaire ont été étudiées. En parallèle, un modèle de sphéroïdes tumoraux multicellulaires nommé «TRIMISTIC» (TRIdimensional Model of In Situ To Invasive Carcinoma) a été développé afin de reproduire un modèle multigrade d’évolution des cancers mammaires dans lequel les interactions entre les CME et les cellules épithéliales pourront être évaluées en présence de SA.Résultats En présence des hASC et des AM, une diminution de la viabilité des CME est observée (-23%,-10% avec hMAD et hASC respectivement,p

Published
2019

48. Influence of eicosapentaenoic acid on cardiac activity and its modulation by oxidative stress - Prospects for obesity and acute endocarditis in human

Author

Leger, Thibault, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Clermont Auvergne, Luc Demaison, Kasra Azarnoush, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and Université Clermont Auvergne [2017-2020]

Subjects
Stress oxydant, Cœur, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Oxidative stress, Mitochondries, EPA, Heart, Antioxidant, Antioxydant, Mitochondria
Abstract

Cardiovascular disease is the leading cause of death in the world. Many situations trigger heart failure which is usually associated with mitochondrial dysfunction. Oxidative stress is a major contributor to these dysfunctions. Polyunsaturated fatty acids of the 3 family, in particular EPA, have often been associated with cardioprotective effects, but in some cases their impact is deleterious. The hypothesis behind this thesis is that EPA becomes harmful in situations in which the oxidative stress is too high: an appropriate combination with an antioxidant would maintain the cardio-protective properties. Several models of pathological situations characterized by a low or severe and chronic oxidative stress were studied. EPA displays beneficial effects on the heart by modulating collagen, coronary reactivity, mitochondrial function, oxidative status, inflammation, energy metabolism, calcium homeostasis and lipid profile. However, in case of a high and chronic oxidative stress triggered by diabetes mellitus and an obesogenic diet, EPA results in a dramatic increase in animal mortality. This effect is countered by enriching the diet with green tea extract thanks to the antioxidant and lipid-lowering properties of this last. The combination of EPA with an antioxidant adapted to the situation and administered in adequate doses is essential when the oxidative stress is severe enough to induce lipid peroxidation. The beneficial impact of EPA is related to mitochondrial actors such as SOD2, UCP3 and Sirt3. The findings obtained in these animal studies need to be verified in humans to determine whether the cardioprotective effect of EPA combined with an antioxidant is maintained. This thesis also describes a reliable method allowing the extraction of human cardiac mitochondria from atrial rejection obtained during extracorporeal circulation. Omic studies on the plasma would also allow the discovery of new biomarkers of mitochondrial function permitting clinicians to highlight possible dysfunctions prior to onset of the heart failure and to adapt a precocious treatment to the particular patient situation.; Les maladies cardiovasculaires constituent la première cause de mortalité dans le monde. De nombreuses situations conduisent à une insuffisance cardiaque généralement associée à une altération mitochondriale. Le stress oxydant est un acteur majeur favorisant ces dysfonctionnements. Les acides gras polyinsaturés de la famille 3 et, en particulier l’EPA, ont été souvent associés à des effets cardio-protecteurs. Cependant, dans certains cas, l’impact engendré était délétère. L’hypothèse qui a porté cette thèse soutient que l’EPA devient nocif dans les situations où le stress oxydant est trop intense : l’association avec un agent antioxydant adapté permettrait de maintenir les propriétés cardioprotectrices. Divers modèles de situations pathologiques, d’un stress oxydant faible vers une situation où il est sévère et chronique, ont été étudiés. L’EPA a montré des effets bénéfiques pour le cœur en modulant le collagène, la réactivité coronaire, la fonction mitochondriale, le statut oxydant, l’inflammation, le métabolisme énergétique, l’homéostasie calcique et le profil lipidique. Cependant, dans le cas d’un stress oxydant intense et chronique modélisé par un diabète sucré associé à un régime obésogène, l’EPA a entraîné un accroissement radical de la mortalité. Cet effet a été contrecarré par un enrichissement en extrait de thé vert grâce aux propriétés anti oxydantes et hypolipémiantes de ce dernier. L’association de l’EPA à un agent antioxydant adapté à la situation et administré à doses adéquates est indispensable dans les situations où le stress oxydant est suffisamment sévère pour induire une peroxydation lipidique. L’impact bénéfique de l’EPA est lié à des acteurs mitochondriaux tels que la SOD2, l’UCP3 et la Sirt3. Les observations récoltées au cours de ces travaux nous incitent à étudier la fonction mitochondriale chez l’Homme afin de déterminer si l’effet cardioprotecteur de l’EPA combiné à un antioxydant est maintenu. Cette thèse décrit également une méthode fiable pour extraire des mitochondries cardiaques humaines à partir de rejections atriales obtenues lors de circulations extracorporelles. Des analyses omiques sur le plasma permettraient également de découvrir des biomarqueurs du fonctionnement mitochondrial permettant la mise en lumière d’altérations éventuelles survenant en amont du développement de l’insuffisance cardiaque et l’adaptation précoce d’un traitement adéquat.

Published
2019

49. Virulence des Escherichia coli entérohémmoragiques : rôle central du monoxyde d'azote dans le devenir de l'infection et identification de nouveaux déterminants impliqués dans l'adaptation du pathogène à l'envirronement digestif

Author

Gardette, Marion, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne [2017-2020], Grégory Jubelin, STAR, ABES, and INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Virulence, Enterohemorrhagic Escherichia coli, Monoxyde d’azote, Escherichia coli entérohémorragiques, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, EHEC, Nitric oxide, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Shigatoxines, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Shigatoxin
Abstract

Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) are a major public health concern. Indeed, these pathogens are responsible for thousands of food-borne illness cases worldwide every year and can lead to serious complications, including kidney damages in young children and brain damages in the elderly. Currently, the main issue is the limited number of available therapeutic treatments since antibiotic therapy can promote the development of infection-related complications. Therefore, it appears essential and topical to identify bacterial factors associated with EHEC virulence and to understand the interactions occurring between the pathogen and the host, in order to develop new anti-infective strategies. The first objective of this thesis was to identify new bacterial factors potentially involved in the infectious process. Application of the RIVET technology to the reference strain O157:H7 EDL933 revealed 31 genes specifically induced during mouse infection. Characterization of these genes showed that some of them encode niche factors potentially involved in the adaptation of EHEC to the intestinal environment, therefore contributing to virulence. The second aim of this thesis was to characterize in vivo the response of EHEC to nitric oxide (NO), a mediator of the host’s immune response, and thus assess the protective role of NO against EHEC infection in a mouse model. By using a NO-sensing reporter EHEC strain, we demonstrated that NO is produced by the host at the early stages of infection and this NO limits adhesion of the pathogen to the colonic mucosa. On the other hand, we also showed that NO is detrimental to the host since it promotes the production of Shigatoxins (Stx), which is the major EHEC virulence factor, and leads to the development of renal dysfunction. Finally, we showed that the NO reductase NorVW is important for the virulence of some, but not all, EHEC strains. Inactivation of the norVW operon in strain O157:H7 620 reduces the ability of the pathogen to efficiently colonize the digestive tract and to produce Stx. However, this observation is strain-specific and this suggests that EHEC response to nitrosative stress during infection is complex and probably multifactorial. This work contributes to a better understanding of the EHEC infectious process, an essential step for the development of future anti-infective strategies., Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) représentent un enjeu majeur en santé publique. En effet, ces pathogènes sont responsables chaque année de milliers de cas de toxi-infections alimentaires à travers le monde et peuvent engendrer des complications graves, notamment des atteintes rénales chez les jeunes enfants et cérébrales chez les personnes âgées. Actuellement, le principal problème réside dans le fait que les traitements thérapeutiques disponibles sont limités puisque l’antibiothérapie peut favoriser le développement des complications liées à l’infection. Il est donc primordial et d’actualité de mettre en évidence les facteurs bactériens associés à la virulence des EHEC et de comprendre les interactions entre le pathogène et l’hôte afin de développer des stratégies thérapeutiques visant à éliminer le pathogène et limiter l’apparition des symptômes graves. Ainsi, le premier objectif de cette thèse était d’identifier de nouveaux facteurs bactériens potentiellement impliqués dans le processus infectieux. L’utilisation de la technologie RIVET sur la souche de référence O157:H7 EDL933 en modèle murin, a permis de mettre en évidence 31 gènes dont l’expression est spécifiquement induite lors de l’infection. La caractérisation de ces gènes a démontré que certains codent des facteurs de niche qui pourraient accroître le potentiel des souches d’EHEC à s’adapter à l’environnement intestinal et ainsi participer à la virulence du pathogène. Le second volet de cette thèse avait pour but de caractériser in vivo la réponse des EHEC au monoxyde d’azote (NO), un médiateur de la réponse immunitaire de l’hôte, et ainsi d’évaluer le potentiel rôle protecteur du NO lors d’une infection en modèle murin. En utilisant une souche d’EHEC rapportant la présence de NO, nous avons démontré que le NO est produit dès les premiers stades de l’infection et que celui-ci limite l’adhésion du pathogène à la muqueuse colique. En revanche, nous avons également mis en évidence un effet néfaste du NO pour l’hôte puisqu’il favorise la production des Shigatoxines (Stx), le facteur de virulence majeur des EHEC, conduisant au développement d’un dysfonctionnent rénal. Enfin, nous avons montré l’importance de la NO réductase NorVW dans la virulence de certaines souches d’EHEC. En effet, l’inactivation de l’opéron norVW chez la souche O157:H7 620 réduit la capacité du pathogène à coloniser efficacement le tractus digestif et à produire Stx. Cette observation est toutefois souche dépendante et suggère que la réponse des EHEC au stress nitrosant lors d’une infection est complexe et probablement multifactoriel. L’ensemble de ces travaux contribue à une meilleure compréhension du processus infectieux des EHEC, une étape indispensable au développement de futures stratégies anti-infectieuses.

Published
2019

50. Influence du sécrétome adipocytaire dans la résistance aux traitements anticancéreux à l’aide d’un modèle d’organoïdes pluricellulaires TRIMISTIC

Author

Delort, Laetitia, Vermerie, Marion, Chauvet, Cindy, Puravet, Antoine, Decombat, Caroline, Mojallal, Ali, Auxenfans, Céline, Caldefie-Chézet, Florence, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), CRNH Auvergne, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Service de chirurgie plastique, reconstructrice esthétique, Hôpital Edouard-Herriot, Banque de tissus et cellules, Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Fondation ARC pour la recherche sur le cancer, AVIESAN. FRA., Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université Clermont Auvergne (UCA), Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne [CHU Clermont-Ferrand] (CRNH A), Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), and CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand

Subjects
[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer
Abstract

L'obésité est aujourd’hui considérée comme un facteur de risque de cancer du sein chez les femmes ménopausées et est aussi responsable de plus forts taux de récidives et de mortalité. Dans ce contexte, notre équipe a mis en évidence une moindre efficacité des traitements anticancéreux par hormonothérapie à l’aide de différents modèles : i/ un modèle de co-cultures entre cellules cancéreuses mammaires et cellules souches adipeuses prélevées chez des femmes normopondérées ou obèses et différenciées en adipocytes matures ; ii/ un modèle tridimensionnel de peau reconstruite adipeuse permettant de récréer un véritable microenvironnement adipeux [1,2]. Notre objectif est désormais d’évaluer le rôle du sécrétome adipocytaire dans la résistance aux thérapies anticancéreuses à l’aide d’un nouveau modèle 3D d’organoïdes appelé TRIMISTIC (TRIdimensional Multigrade In Situ To Invasive Cancer) consistant en la réalisation d’un modèle pluricellulaire multigrade d’évolution des cancers mammaires d’une structure bénigne vers une structure invasive en passant par le stade in situ.Afin de s’affranchir de la présence de facteurs de croissance, des cellules cancéreuses (MCF-7, MCF10-DCIS) ou non cancéreuses mammaires (MCF10a) sont ensemencées dans un système sans matrice dans lequel les cellules ne peuvent adhérer au support. Après 72h de culture, les sphéroïdes obtenus sont mis au contact des cellules myoépithéliales pendant 24h afin d’obtenir des organoïdes pluricellulaires. L’impact du sécrétome adipocytaire sur l’efficacité de traitements anticancéreux est ensuite évalué sur la viabilité cellulaire et l’organisation cellulaire à l’aide de marqueurs spécifiques de chaque type cellulaire.La mise au point de ce modèle nécessite des expérimentations complémentaires qui nous permettront de mieux appréhender les interactions entre cellules mammaires et le sécrétome adipocytaire ainsi que les mécanismes de résistance aux traitements anticancéreux, l’objectif final étant d’évaluer la réponse thérapeutique à l’aide de cellules cancéreuses de patientes.1. L. Bougaret, L. Delort, H. Billard, C. Le Huede, C. Boby, A. De la Foye, A. Rossary, A. Mojallal, O. Damour, C. Auxenfans, M. P. Vasson, and F. Caldefie-Chezet, PLoS ONE 13, e0191571 (2018).2. L. Delort, C. Lequeux, V. Dubois, A. Dubouloz, H. Billard, A. Mojallal, O. Damour, M.-P. Vasson, and F. Caldefie-Chézet, PLoS ONE 8, e66284 (2013).

Published
2019

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