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Lignolytic enzymes are very promising tools for biotechnological applications in water treatment. Among them, laccases (EC 1.10.3.2: p-diphenol:dioxygen oxidoreductase) are versatile enzymes with the ability to oxidize a wide range of aromatic and non-aromatic compounds (polyphenols, aryl diamines, anilines, methoxy substituted phenols, organic/inorganic metal compounds, etc.). Laccases have confirmed their potential for the degradation of recalcitrant residual phenolic compounds in water. Typically, oxidation of a laccase substrate leads to the formation of free radical with the concomitant loss of one electron and reduction of molecular oxygen into water. The formed radicals can react via non-enzymatic reactions i.e. oxidative condensation, and oxidative phenolic coupling or oxidative coupling, leading to the formation of soluble or non-soluble reaction products, several of them of polymeric nature. As many studies have highlighted the generation of products potentially more toxic than the parent molecules with the use of tertiary treatments such as advanced oxidative processes (AOPs) applied in water treatment plans, the identification of reaction products generated by the degradation of phenolic contaminants in water by laccases, and their potential toxicity, have to be investigated. This review summarizes and discuss progress made this last decades in identification of products and their risk assessment regarding their potential toxicity for a list of the most studied recalcitrant phenolic pollutants in water, such as dyes, bisphenol A, triclosan, nonylphenol, natural and synthetic hormones, etc.

Since recent years, pollution of surface and drinking waters by chemical pollutants fromanthropogenic activities, in particular micropollutants, has become an important environmentalissue in industrialized countries. Indeed the majority of these molecules are toxic toliving organisms, even present at very low concentrations (pg.L−1 to μg.L−1). Some of themare referred as endocrine disrupting compounds. The existing conventional wastewater treatmentsare most of the time not adapted for the removal of these compounds. Among them,advanced oxidative processes give the better removal efficiencies, but with drawbacks such ashigh energetic costs, or the formation of reaction products, sometimes more toxic than theparent compounds. A promising solution for water decontamination could be bioremediation.This work is based on this technology, via the study of the use of lignolytic enzymes, such aslaccases, for the removal of micropollutants. Degradation studies of a lot of micropollutants(bisphenol A, nonylphenol, triclosan, 17-_-estradiol, etc.) have already been investigatedwith different reactor configurations, using free (solubilized) or immobilized enzymes (biocatalysts).However, a decrease in the performance of some continuous long-term degradationprocesses has been highlighted, most of the cases because of biocatalysts deactivation. Oneof the reasons to explain this deactivation was identified as being induced by the deposit ofreaction products onto the surface of the biocatalysts.The general objective of this work was to investigate the degradation of bisphenol A(BPA) by laccases oxidation in different reactor configurations. Especially, the focus wasmade on the study of BPA degradation and reaction products kinetics, and reaction productscharacterization and identification. In the continuity, a second objective was related tothe optimization of a packed-bed reactor developed in our laboratory, through the developmentof a new biocatalyst, and assessment of biocatalyst deactivation.First, a deep literature review has been done in order to summarize the knowledge regardingsoluble and insoluble reaction products formation during laccase oxidation of a listof the most studied recalcitrant phenolic compounds, and their risk assessment. This reviewreported that the majority of reaction products were insoluble, and corresponded to smalloligomers associated by C-C or C-O bonds. In most of the cases, the assessment of theirstructure identification, and evaluation of their toxicity and/or estrogenic activity was missing.Secondly, a research for the selection of a new suitable support for laccase immobilizationhas been investigated. Celite R648 supports were selected for the immobilization of laccasesfrom Trametes versicolor, based on physical, catalytic and economic properties. Characterizationof the packed-bed reactor developed at the TIPs was performed with this support,through evaluation of pressure drop and residence time distributions. This new biocatalystwas selected as a tool for further studies regarding BPA degradation and reaction productsformation kinetics after laccase oxidation.The third part of this work consisted in the kinetic study of BPA degradation, and solubleand insoluble reaction products formation. For BPA degradation kinetic study, experimentaldata were obtained by LC/MS analyses for different initial conditions and reactor configurations.A mathematical model was build, based on a modified Briggs-Haldane model, in orderto identify the limiting step(s) occurring during laccase-catalyzed oxidation of BPA in batchreactor with free enzymes. This model was validated on experimental data, and highlightedthat the limiting step during BPA degradation was the formation of the enzyme-substratecomplex. For the kinetic study of insoluble reaction products, a protocol was developed enablingthe monitoring of these products over time, through their mass, in batch reactor withfree enzymes, and for seven different experimental conditions according to a Doehlert design.A mathematical model was build, expressed by a first-order kinetics, and fitted experimentaldate from 30 minutes of reaction. The modeling of short reaction times was achieved with theuse of the model build to characterize BPA degradation kinetics, with the assumption thatall the BPA degraded was converted into insoluble reaction products. Combination of resultsfrom these two kinetic studies highlighted that insoluble reaction products formation waslimited by BPA conversion, limited itself by the formation of the enzyme-substrate complex.The study of soluble reaction products kinetics was only experimental, and showed majorkinetics differences in batch reactor depending on the use of free enzymes or biocatalysts.Mass transfer limitations could occur in the case of immobilized enzymes.In parallel, experiments have been done in order to characterize and/or identify reactionproducts. DSC, GPC and FTIR analyses were performed for the characterization of insolublereaction products, and LC/MS(-MS) analyses for the characterization of soluble reactionproducts. Results highlighted that our products were in majority polymers, and that theircomposition was varying depending on initial BPA concentration and reaction time.All the information gathered in this work were used and exploited in order to characterizebiocatalysts deactivation, and to propose solutions to optimize the packed-bed reactor andrecover biocatalysts activity. In parallel, we have developed a tool to monitor biocatalystsdeactivation, with the purpose of increasing the degradation performance of the reactor., Depuis plusieurs années, la pollution des eaux potable et de surface par des polluants chimiquesprovenant d’activités anthropogéniques, en particulier les micropolluants, est devenueune problématique environnementale importante dans les pays industrialisés. En effet, la majoritéde ces substances sont toxiques pour les organismes vivants, même présentes en trèsfaibles concentrations (de l’ordre du pg.L−1 au μg.L−1). Un grand nombre de ces substancessont considérées comme des perturbateurs endocriniens. Les techniques conventionnelles actuellesde traitement des eaux usées ne sont la plupart du temps pas adaptées à l’abattementde ces substances. Parmi ces techniques, les procédés d’oxydation avancée sont ceux quidonnent les meilleurs rendements d’abattement. Cependant, ils présentent certains inconvénients,incluant des coûts énergétiques importants, et la formation de produits de réactionparfois plus toxiques que les molécules de départ. La bioremédiation pourrait constituer unesolution prometteuse. Ce travail est basé sur cette idée, au travers de l’étude de l’utilisationd’enzymes lignolytiques, comme les laccases, pour la dégradation des micropolluants. Desétudes sur la dégradation de nombreux micropolluants (bisphénol A, nonylphénol, triclosan,17-_-estradiol, etc.) ont déjà été menées pour différentes configurations de réacteurs, avecl’usage d’enzymes libres (solubilisées) ou immobilisées (biocatalyseurs). Cependant, à longterme, une diminution des performances de dégradation lors de certains procédés continusa été mise en évidence, la plupart du temps à cause d’une désactivation des biocatalyseurs.Une raison possible pouvant expliquer cette désactivation réside dans le dépôt de produits deréaction sur la surface des biocatalyseurs.L’objectif général de ce travail a été d’étudier la dégradation d’un micropolluant, le bisphénolA (BPA), via oxydation par les laccases, dans différentes configurations de réacteurs.Plus précisément, nous nous sommes intéressés à l’étude des cinétiques de dégradation dubisphénol A et de formation de ses produits de réaction, ainsi que leur caractérisation etindentification. Dans la continuité, un second objectif a consisté en l’étude de l’optimisationd’un réacteur à lit fixe développé dans notre laboratoire, au travers du développement d’unnouveau biocatalyseur, et l’évaluation de la désactivation enzymatique de ces biocatalyseurs.Premièrement, une revue détaillée de la littérature a été effectuée dans le but de résumerles connaissances acquises à propos de la formation des produits de réaction solubles etinsolubles après oxydation par les laccases des composés phénoliques récalcitrants les plusétudiés actuellement, et l’évaluation de leur toxicité. Cette revue a mis en évidence que lamajorité des produits de réaction sont insolubles, et correspondent à de petits oligomères dontles unités constitutives sont associées via des liaisons C-C ou C-O. Dans la plupart des cas,l’identification de leur structure, et l’évaluation de leur toxicité et/ou activité oestrogéniqueest manquante.Dans un second temps, une étude pour la sélection d’un nouveau support pour l’immobilisationde laccases a été menée. Le support Celite R648 a été sélectionné pour l’immobilisationde laccases de Trametes versicolor, sur bases de propriétés physico-chimiques, catalytiques etéconomiques. La caractérisation du réacteur à lit fixe a été réalisée avec ce support, au traversde l’évaluation des pertes de charges et des distributions de temps de séjour. Le nouveaubiocatalyseur développé a finalement été sélectionné comme outil pour l’étude des cinétiquesde dégradation du BPA, et de formation des produits de réaction, après oxydation par leslaccases.La troisième partie de ce travail a consisté en les études cinétiques de la dégradation du BPA, et de la formation des produits solubles et insolubles de réaction. Pour l’étude de la cinétiquede dégradation du BPA, des données expérimentales ont été obtenues via des analysesde LC/MS, pour différentes conditions expérimentales et pour différentes configurations deréacteurs. Un modèle mathématique a été construit, basé sur un modèle de Briggs-Haldanemodifié, dans le but d’identifier la(les) étape(s) limitante(s) se produisant durant l’oxydationdu BPA par les laccases, en réacteur batch et avec enzymes libres. Ce modèle a été validésur les données expérimentales, mettant en évidence que l’étape limitante dans la réactionde dégradation du BPA était la formation du complexe enzyme-substrat. Pour l’étude de lacinétique de formation des produits de réaction insolubles, un protocole a été développé pourle suivi de ces produits au cours du temps, au travers de leur masse, en réacteur batch etavec enzymes libres, dans sept conditions expérimentales différentes, selon le schéma d’undesign expérimental de Doehlert. Un modèle mathématique a été construit, exprimé commeune cinétique de premier ordre, et a été validé sur les données expérimentales à partir de 30minutes de réaction. La modélisation sur des temps de réactions inférieurs à 30 minutes a étéobtenue en utilisant le modèle construit pour la cinétique de dégradation du BPA, en supposantque tout le BPA dégradé était directement converti en produits de réaction insolubles.L’étude combinée des résultats obtenus a mis en évidence que la formation des produits deréaction insolubles était limitée par la dégradation du BPA, elle-même limitée par la formationdu complexe enzyme-substrat. L’étude cinétique de la formation de produits solubles deréaction a uniquement été expérimentale, et a permis de mettre en évidence des différencesmajeures dans les cinétiques de formation en réacteur batch, selon l’usage d’enzymes libresou de biocatalyseurs.En parallèle, des expériences ont été réalisées dans le but de caractériser et/ou d’identifierles produits de réaction. Des expériences de DSC, GPC et FTIR ont été faites pour la caractérisationdes produits insolubles de réaction, et des expériences de LC/MS(-MS) ont étéréalisées pour la caractérisation des produits solubles de réaction. Les résultats ont permisde mettre en évidence que les produits obtenus sont en majorité des petits oligomères, etque leurs compositions varient en fonction de la concentration initiale en BPA et le temps deréaction.Les informations récoltées dans ce travail ont été utilisées et exploitées pour tenter decaractériser la désactivation des biocatalyseurs, et de proposer des solutions pour optimiserle réacteur à lit fixe et récupérer l’activité initiale des biocatalyseurs. En parallèle, nousavons également développé une méthode pour détecter et suivre la désactivation, dans le butd’améliorer les performances de dégradation du réacteur., Doctorat en Sciences de l'ingénieur et technologie, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Moringa Oleifera is a fast growing tree that is indigenous in south eastern Asia. The dried leaf of this plant is used in traditional medicine as well as in hot beverage. It is also considered as a high protein source for local population having a protein depleted diet [1]. Nowadays in Cambodia the drying of leaf is realized using direct exposition to sun light in a basic an empiric way during more than 48h. This lengthy process induces loss of nutritional quality of and a risk of dust and microbial contamination of the product.This work deals with a first step toward the development of a technique for controlled sun based drying realizable in rural conditions at a scale suitable for local farmer (batch of 10 kg of fresh product per day).First, a suitable cabinet solar dryer was dimensioned following a rational modelling approach [2]. It was then designed, installed, instrumented (temperature, pressure, flow rate, humidity and inlet solar flux) and tested for heat transfer performance without any drying material. TIt allows a sustainable air inlet of 0.6 kg/s at 55°C with just 10 fans of 22W each.10 full scale tests of drying of Moringa Oleifera leafs show that 12 kg of fresh product can be dried in an hygienically acceptable process over an average day of 8 hour of partially cloudy sky. Figure 1b highlight the evolution of the leaf water content during a typical drying experiment at different positions in the dryer. This Figure allows seeing that the drying is practically complete in the entire dryer after 8 hour but that non negligible spatial heterogeneities are observed due to channelling of the air entering the drying zone. The next step of optimization of the capacity of the installation is the reduction of these heterogeneities before considering a duplication of the device in remote Cambodian area., info:eu-repo/semantics/published

Les microARNs sont de petits ARNs non codant impliqués dans la régulation négativede nombreuses voies métaboliques. Dans ce travail, leur rôle de régulateur est étudié dans lecadre de l’interaction plante-pathogène entre Arabidopsis thaliana et Rhodococcus fascians.En effet, de nombreuses études ont mis en évidence l’implication de cette bactérie dansl’établissement de déformations phénotypiques appelées « galles feuillées » chez la plante.Ces symptômes apparaissent à cause d’une modification de la balance hormonaleauxine/cytokinine de la plante par la bactérie.Le but de cette étude est de réaliser un screening sur une sélection de microARNsétablie par des recherches bioinformatiques, selon certains critères, et de tenter de mettre enévidence leur implication dans la perturbation de cette balance hormonale, via la régulationdes voies de signalisation auxiniques et cytokiniques de la plante, ainsi que dans lephénomène de maintenance des méristèmes.Pour ce faire, des plantules d’A. thaliana de 8 jours ont été infectées par trois souchesdifférentes de R. fascians :la D188, la D5 et la A44A. Nous avons extrait l’ARN de cesplantes après 14 dpi, et réalisé des expériences de RT-qPCR afin d’étudier l’expressionrelative des microARNs sélectionnés, en comparaison avec une plante saine. Cinq réplicasbiologiques de l’expérience ont été réalisés.Les résultats obtenus par RT-qPCR sont très hétérogènes d’un réplica à l’autre,probablement à cause d’une grande variabilité biologique. Cependant, par comparaison avecles phénotypes observés macroscopiquement chez les plantes infectées, pour les cinq réplicas,des tendances intéressantes ont pu être dégagées.En conclusion, nous avons pu montrer que certains microARNs sont impliqués dans larégulation des voies de signalisation des auxines ainsi que dans la maintenance desméristèmes. Par contre, aucune information ne nous permet de corréler la régulation par lesmicroARNs à une modification des voies de signalisation cytokiniques. De plus, l’étude apermi de mettre en évidence que la plante ne semble pas activer ses mécanismes de défense,médiés par les microARNs, lorsqu’elle est infectée par une souche virulente de R. fascians., info:eu-repo/semantics/nonPublished