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Zhang, Qian, Pizzorno, Andrés, Miorin, Lisa, Bastard, Paul, Gervais, Adrian, Le Voyer, Tom, Bizien, Lucy, Manry, Jeremy, Rosain, Jérémie, Philippot, Quentin, Goavec, Kelian, Wroblewski, Isabelle, Husebye, Eystein, Fellay, Jacques, Pothier, Pierre, Morand, Patrice, Navarrete, Nicolás, Franco, José Luis, Uddin, Mohammed J., Carratalà, Jordi, Merino Díaz, Laura, Palomo, Virginia, Seppänen, Mikko R.J., Särekannu, Karita, Aiuti, Alessandro, Retamar Gentil, Pilar, Debette, Stéphanie, Belot, Alexandre, Abel, Laurent, Soler Palacín, Pere, Abad Arranz, Maria, Aguilar Guisado, Manuela, Meyts, Isabelle, Casanova, Jean-Laurent, Gonzalez Granado, Luis L., Butte, Manish J., Itan, Yuval, Escoresca Ortega, Ana, Morio, Tomohiro, Padey, Blandine, Niubó, Jordi, Gallardo Ríos, Rafaela, Lau, Yu-lung, Triantafyllia, Vasiliki, Briones, Marisa, Saker, Kahina, Richard, Pascale, Drolet, Beth A., Espinosa Padilla, Sara, Wauters, Joost, Peigue Lafeuille, Helene, Valiente, Adoración, El Baghdadi, Jamila, Tiberghien, Pierre, Balsera-manzanero, María, Zins, Marie, Hammarström, Lennart, Andreakos, Evangelos, Notarangelo, Luigi D., Prando, Carolina, Condino-neto, Antonio, Dominguez Pinilla, Nerea, Aydillo, Teresa, Okamoto, Keisuke, Soumaré, Aïcha, Karamitros, Timokratis, Medina, Rafael A., Kisand, Kai, Ramírez Duque, Nieves, Feys, Simon, Romero Oraa, Laura, Kuo, Chen-yen, Lei, Wei-te, Quintana Murci, Lluis, Milner, Joshua D., Ku, Cheng-lung, Van De Beek, Diederik, Hsieh, Elena W.Y., Tal, Galit, Fournet, Thomas, Cerba Healthcare Group, Patural, Hugues, Novelli, Giuseppe, Lyon Antigrippe Working Group, Arias, Andrés A., Rovina, Nikoletta, Rodríguez-gallego, Carlos, Puel, Anne, Jouanguy, Emmanuelle, Vinh, Donald C., Henny, Joseph, Mogensen, Trine H., Cobat, Aurélie, Casari, Giorgio, Ramaswamy, Sathishkumar, Abelenda Alonso, Gabriela, Morel, Pascal, Trouillet Assant, Sophie, Tzourio, Christophe, Gallian, Pierre, Reipi Inf Working Group, García Sastre, Adolfo, Constantinescu, Stefan N., Hamzeh Cognasse, Hind, Haerynck, Filomeen, Flores, Carlos, Bousfiha, Ahmed A., García Salum, Tamara, Shahrooei, Mohammed, Slaby, Ondrej, Fragkou, Paraskevi C., Argaud, Laurent, Shcherbina, Anna, Al-muhsen, Saleh, Biggs, Catherine M., Bogunovic, Dusan, Planas, Anna M., Heath, James R., Von Bernuth, Horst, Dufouil, Carole, Bolze, Alexandre, Boeuf, Benoit, Rodríguez Gallego, Carlos, Christodoulou, John, Bondarenko, Anastasiia, Martin, Fernando, Koltsida, Ourania, Sediva, Anna, Ruiz Hernandez, José Juan, Bonneaudeau, Brigitte, Cannet, Dorothée, Etablissement Français Du Sang Study Group, Froidure, Antoine, Laurent, Emilie, Galani, Ioanna Evdokia, Gregersen, Peter K., Lemonnier, Sylvie, Spaan, András N., Darmon, Michael, Grimbacher, Bodo, Del Mar Muñoz Garcia, Maria, Zawadzki, Pawel, Henrickson, Sarah E., O'farrelly, Cliona, Rosa Calatrava, Manuel, Lachaize, Morgane, Okada, Satoshi, Vanker, Martti, Bryceson, Yenan, Ling, Yun, Cooper, Megan A., Lucas, Carrie L., Maniatis, Tom, Romero Vázquez, Gloria María, Mansouri, Davood, Castagnoli, Riccardo, Maródi, László, Mironska, Kristina, Rapti, Vasiliki, Baris Feldman, Hagit, Pozzetto, Bruno, Renia, Laurent, Tancevski, Ivan, Imai, Kohsuke, Ozcelik, Tayfun, Pan-hammarström, Qiang, Al-mulla, Fahd, Pape, Jean W., Etzioni, Amos, Souweine, Bertrand, Perez De Diego, Rebeca, Sánchez Cordero, Maria Jose, Solé Violán, Jordi, Perlin, David S., Queromes, Gregory, Anderson, Mark S., Resnick, Igor, Pesole, Graziano, Su, Helen C., Vanderbeke, Lore, Hagin, David, Jeanne, Michel, Desai, Murkesh, Ferres, Marcela, Sánchez Céspedes, Javier, Perroquin, Magali, Ng, Lisa F.P., Abou Tayoun, Ahmad, Le Corre, Nicole, Snow, Andrew L., Temel, Şehime Gülsün, Tsiodras, Sotirios, Coeuret Pellicer, Mireille, Javouhey, Etienne, Turvey, Stuart E., Covid Human Genetic Effort, Rombauts, Alexander, Zatz, Mayana, Uddin, K.m. Furkan, Fievet, Nathalie, Jarvis, Erich D., Rodríguez De Castro, Felipe, Ferreres, José, Flaig, Amandine, Pujol, Aurora, Cognasse, Fabrice, Sancho Shimizu, Vanessa, Nadif, Rachel, Hanna, Suhair, Constances Cohort, Goldberg, Marcel, Brodin, Petter, Le Got, Stéphane, Ozguler, Anna, Quenot, Jean Pierre, Novelli, Antonio, Cordero, Elisa, Colomb, Benoit, Cupic, Anastasija, Mehlal Sedkaoui, Souad, Sallette, Jérôme, Hernu, Romain, Bustamante, Carlos D., Lina, Bruno, Halwani, Rabih, Casalegno, Jean Sebastien, Schwebel, Carole, Salamanca Rivera, Celia, 3C-Dijon Study, Tangye, Stuart G., Dalgard, Clifton L., Howard Hughes Medical Institute, Rockefeller University, St. Giles Foundation, National Institutes of Health (US), National Center for Advancing Translational Sciences (US), Fisher Center for Alzheimer's Research Foundation, Meyer Foundation, JPB Foundation, Agence Nationale de la Recherche (France), European Commission, Square Foundation, Ministre de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation (France), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (France), Université Paris Cité, Center for Research for Influenza Pathogenesis (US), National Institute of Allergy and Infectious Diseases (US), Center of Excellence for Influenza Research and Response (US) CEIRR, Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (Chile), Centre National de la Recherche Scientifique (France), Ministère des Solidarités et de la Santé (France), Instituto de Salud Carlos III, Ministerio de Ciencia e Innovación (España), Fundación Mapfre, Sociedad Española de Neumología y Cirugía Torácica, Cabildo de Tenerife, Hellenic Foundation for Research and Innovation, Fondation pour la Recherche Médicale, Fondation Bettencourt Schueller, Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (España), Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas (España), Junta de Andalucía, Research Foundation - Flanders, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etablissement Français du Sang [La Plaine Saint-Denis] (EFS), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), 01057100, HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04, MESRI-COVID-19, ANR-10-LABX-62-IBEID, P18-RT-3320, CGIEU0000219140, RTC-2017-6471-1, REIPI RD16/0016/0009, National Institutes of Health, NIH: R01AI088364, R01AI163029, Howard Hughes Medical Institute, HHMI, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIAID: 75N93021C00014, U19AI135972, U19AI142733, U19AI168631, Jeffrey Modell Foundation, JMF, Glenn Foundation for Medical Research, GFMR: ANRS-COV05, EA20170638020, EQU201903007798, Pfizer, Albert Ellis Institute, AEI, National Center for Advancing Translational Sciences, NCATS: UL1 TR001866, JPB Foundation, JPBF, Horizon 2020 Framework Programme, H2020: 824110, Fondation du Souffle, FdS, College of Natural Resources and Sciences, Humboldt State University, CNRS, Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, MCIU, Instituto Tecnológico y de Energías Renovables, ITER, SCOR Corporate Foundation for Science, Agence Nationale de la Recherche, ANR: ANR-10-IAHU-01, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Inserm, Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico, FONDECYT: 1161971, 1212023, Association Nationale de la Recherche et de la Technologie, ANRT, Fonds Wetenschappelijk Onderzoek, FWO: G0B5120N, G0C8517N, G0E8420N, KU Leuven: C16/18/007, Instituto de Salud Carlos III, ISCIII: COV20_01333, COV20_01334, PI12/01565, European Regional Development Fund, ERDF: CB21/13/00006, University of the East, UE, Hellenic Foundation for Research and Innovation, ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ, Université de Paris, SINOVAC outside the submitted work. P. Retamar-Gentil reported personal fees from Merck outside the submitted work. I. Meyts reported grants from CSL-Behring outside the submitted work. E. Andreakos reported grants from Janssen Pharmaceuticals during the conduct of the study. J. Wauters reported grants and personal fees from Pfizer and Gilead outside the submitted work. L. Vanderbeke reported grants from Research Foundation Flanders and non-financial support from Pfizer outside the submitted work. S. Feys reported grants from Pfizer outside the submitted work. J. Casalegno reported 'other' from Pfizer and grants from Sanofi outside the submitted work. M. Rosa-Calatrava reported a patent to WO2016/146836 licensed (Signia Therapeutics), a patent to WO2017/174593 licensed (Signia Therapeutics), and a patent to WO2019/224489 licensed (Signia Therapeutics), and is the co-founder of Signia Therapeutics SAS. S. Trouillet-Assant reported non-financial support from BioMérieux outside the submitted work. A. Garcia-Sastre reported 'other' from Vivaldi Biosciences, Pagoda, Contrafect, Vaxalto, Accurius, Curelab oncology, and Curelab veterinary, personal fees from Avimex, 7Hills, Esperovax, Pfizer, Farmak, Applied Biological Laboratories, Paratus, Pharmamar, Pfizer, and Synairgen, grants from Pfizer, Pharmamar, Blade Therapeutics, Avimex, Accurius, Dyna-vax, Kenall Manufacturing, ImmunityBio, Nanocomposix, Merck, Model Medicines, Atea Pharma, Shenwa Biosciences, Johnson & Johnson, 7 Hills, Hexamer, N-fold LLC, and Applied Biological Laboratories outside the submitted work, in addition, A. Garcia-Sastre had a patent for influenza virus vaccines and uses thereof issued, and invited speaker in meeting events organized by Seqirus, Janssen, Abbott, and Astrazeneca. J. Casanova reported a patent to PCT/US2021/ 042741 pending. No other disclosures were reported., We thank Dr. Cato Jacobs for her contribution to the sampling of UZLeuven patients in Belgium. The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH, R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences, NIH Clinical and Translational Science Award program (UL1 TR001866), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (EQU201903007798), the ANRS-COV05, ANR-RHU program ANR-21-RHUS-08, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), ANR GenMISC (ANR-21-COVR-0039), and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 824110 (EASI-genomics), the HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04 program under grant agreement 01057100 (UNDINE), the Square Foundation, Grandir–Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Sci-ence, the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), REACTing-INSERM, and the Université Paris Cité. This work was partly supported by the Center for Research on Influenza Pathogenesis and Transmis-sion, a National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)–funded Center of Excellence for Influenza Research and Response (contract no. 75N93021C00014), and the FLUOMICS Consortium (NIH-NIAID grant U19AI135972) to both A. García-Sastre and R.A. Medina, and by NIAID grant U19AI142733 and U19AI168631 to A. García-Sastre. Work in the Medina laboratory was also supported by the PIA ACT 1408, FONDECYT 1161971 and 1212023 grants from Agencia Nacional de Investigación y De-sarrollo of Chile. The VirPath team is supported by INSERM REACTing (Research & Action Emerging Infectious Diseases), CNRS, and Mérieux Research grants. B. Padey is supported by an ANRT CIFRE PhD scholarship. For the Lyon cohort, specimen collection and study was supported by a grant from the French Ministry of Health PHRC-I 2013 ANTIGRIPPE. C. Rodríguez-Gallego and colleagues were supported by the Instituto de Salud Carlos III (COV20_01333, COV20_01334, and PI12/01565, Spanish Ministry for Science and Innovation RTC-2017-6471-1, AEI/ FEDER, UE), Grupo DISA, Fundación MAPFRE Guanarteme, Sociedad Española de Neumología y Cirugía Torácica and Cab-ildo Insular de Tenerife (CGIEU0000219140 and 'Apuestas, científicas del Instituto Tecnológico y de Energías Renovables para colaborar en la lucha contra la COVID-19'). E. Andreakos is supported by the Hellenic Foundation for Research and Innovation (INTERFLU, no. 1574). P. Bastard was supported by the French Foundation for Medical Research (EA20170638020) and by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller). This study was supported by Plan Nacional de I+D+i 2013-2016 and In-stituto de Salud Carlos III, Subdirección General de Redes y Centros de Investigación Cooperativa, Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, Spanish Network for Research in Infectious Diseases (REIPI RD16/0016/0009), cofinanced by European Regional Development Fund 'A way to achieve Eu-rope', Operative Program Intelligence Growth 2014-2020 (CB21/13/00006) also was supported by CIBER-Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red, Instituto de Salud Carlos III, Ministerio de Ciencia e Innovación and Unión Europea–Next Generation EU and Consejería de Economía, Conocimiento, Empresas y Universidad, Secretaría General de Universidades, Investigación y Tecnología, Junta de Andalucía, Spain (P18-RT-3320). I. Meyts is a Senior Clinical Investigator at the Research Foundation–Flanders and is supported by the CSL Behring Chair of Primary Immunodeficiencies, a CSL-Behring Research Grant, KU Leuven C1 grant C16/18/007, a VIB GC PID Grant, Fonds Wetenschappelijk Onderzoek grants G0C8517N, G0B5120N, and G0E8420N, and the Jeffrey Modell Foundation. Open Access funding provided by Rockefeller University. Author contributions: Q. Zhang, A. Pizzorno, L. Miorin, P., The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH, R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences, NIH Clinical and Translational Science Award program (UL1 TR001866), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (EQU201903007798), the ANRS-COV05, ANR-RHU program ANR-21-RHUS-08, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), ANR GenMISC (ANR-21-COVR-0039), and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 824110 (EASI-genomics), the HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04 program under grant agreement 01057100 (UNDINE), the Square Foundation, Grandir–Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), REACTing-INSERM, and the Université Paris Cité. This work was partly supported by the Center for Research on Influenza Pathogenesis and Transmission, a National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)–funded Center of Excellence for Influenza Research and Response (contract no. 75N93021C00014), and the FLUOMICS Consortium (NIH-NIAID grant U19AI135972) to both A. García-Sastre and R.A. Medina, and by NIAID grant U19AI142733 and U19AI168631 to A. García-Sastre. Work in the Medina laboratory was also supported by the PIA ACT 1408, FONDECYT 1161971 and 1212023 grants from Agencia Nacional de Investigación y De-sarrollo of Chile. The VirPath team is supported by INSERM REACTing (Research & Action Emerging Infectious Diseases), CNRS, and Mérieux Research grants. B. Padey is supported by an ANRT CIFRE PhD scholarship. For the Lyon cohort, specimen collection and study was supported by a grant from the French Ministry of Health PHRC-I 2013 ANTIGRIPPE. C. Rodríguez-Gallego and colleagues were supported by the Instituto de Salud Carlos III (COV20_01333, COV20_01334, and PI12/01565, Spanish Ministry for Science and Innovation RTC-2017-6471-1, AEI/ FEDER, UE), Grupo DISA, Fundación MAPFRE Guanarteme, Sociedad Española de Neumología y Cirugía Torácica and Cabildo Insular de Tenerife (CGIEU0000219140 and 'Apuestas, científicas del Instituto Tecnológico y de Energías Renovables para colaborar en la lucha contra la COVID-19'). E. Andreakos is supported by the Hellenic Foundation for Research and, Innovation (INTERFLU, no. 1574). P. Bastard was supported by the French Foundation for Medical Research (EA20170638020) and by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller). This study was supported by Plan Nacional de I+D+i 2013-2016 and In-stituto de Salud Carlos III, Subdirección General de Redes y Centros de Investigación Cooperativa, Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, Spanish Network for Research in Infectious Diseases (REIPI RD16/0016/0009), cofinanced by European Regional Development Fund 'A way to achieve Europe', Operative Program Intelligence Growth 2014-2020 (CB21/13/00006) also was supported by CIBER-Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red, Instituto de Salud Carlos III, Ministerio de Ciencia e Innovación and Unión Europea–Next Generation EU and Consejería de Economía, Conocimiento, Empresas y Universidad, Secretaría General de Universidades, Investigación y Tecnología, Junta de Andalucía, Spain (P18-RT-3320). I. Meyts is a Senior Clinical Investigator at the Research Foundation–Flanders and is supported by the CSL Behring Chair of Primary Immunodeficiencies, a CSL-Behring Research Grant, KU Leuven C1 grant C16/18/007, a VIB GC PID Grant, Fonds Wetenschappelijk Onderzoek grants G0C8517N, G0B5120N, and G0E8420N, and the Jeffrey Modell Foundation. Open Access funding provided by Rockefeller University., ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), and ANR-21-RHUS-0008,COVIFERON,Covid-19 and interferons: from discovery to therapy(2021)

Pierre Laurent-Puig, Yan Ren, Frédérique Rachédi, Pascal Guénel, Sandya Liyanarachchi, Asta Försti, Albert de la Chapelle, Om Kulkarni, Claire Mulot, Huiling He, Federica Gemignani, Julie Guibon, Anne-Valérie Guizard, Fabienne Lesueur, Rossella Elisei, Ausrele Kesminiene, Anthony F. Herzig, Mojgan Karimi, Pierre-Emmanuel Sugier, Thérèse Truong, Delphine Bacq-Daian, Anne-Louise Leutenegger, Constance Xhaard, Daniel F. Comiskey, Celia M Pereda, Evgenia Ostroumova, Florent de Vathaire, Elisabeth Adjadj, Françoise Borson-Chazot, Jean-François Deleuze, Carole Rubino, Anne Boland-Auge, Hauke Thomsen, Elise A. Lucotte, Marie-Christine Boutron-Ruault, Juan J Lence-Anta, Rosa Ortiz, Claire Schvartz, Institut Gustave Roussy (IGR), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Saclay, Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, Institut Curie [Paris]-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique (DCAC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Épidémiologie des radiations, épidémiologie clinique des cancers et survie (U1018 (Équipe 3) ), Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Centre d'investigation clinique plurithématique Pierre Drouin [Nancy] (CIC-P), Centre d'investigation clinique [Nancy] (CIC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Cardiovascular and Renal Clinical Trialists [Vandoeuvre-les-Nancy] (INI-CRCT), Institut Lorrain du Coeur et des Vaisseaux Louis Mathieu [Nancy], French-Clinical Research Infrastructure Network - F-CRIN [Paris] (Cardiovascular & Renal Clinical Trialists - CRCT ), Service de biostatistique et d'épidémiologie (SBE), Direction de la recherche clinique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP), Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut Jean Godinot [Reims], UNICANCER, Registre Général des Tumeurs du Calvados, CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-UNICANCER, Unité de recherche interdisciplinaire pour la prévention et le traitement des cancers (ANTICIPE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital de Taaone, Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Health Service and Performance Research (HESPER), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Institute of Oncology and Radiobiology, Ohio State University [Columbus] (OSU), University of Pisa - Università di Pisa, Molecular Genetics of Breast Cancer, German Cancer Research Center (DKFZ), German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg] (DKFZ), Hopp Children's Cancer Center Heidelberg [Heidelber, Germany] (KITZ), German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg] (DKFZ)-Heidelberg University Hospital [Heidelberg], German Cancer Consortium [Heidelberg] (DKTK), Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078) (GGB), Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO)-Université de Brest (UBO)-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Maladies neurodéveloppementales et neurovasculaires (NeuroDiderot (UMR_S_1141 / U1141)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer (CIRC - IARC), Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, MESRI: 2102 918823 National Institute of Ecology, NIE Agence Nationale de la Recherche, ANR: ANR‐10‐COHO‐0006 Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer, ARC: PGA120150202302 Ligue Contre le Cancer Fondation de France Institut National Du Cancer, INCa: 9533 Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, ANSES Mutuelle Générale de l'Education Nationale, MGEN Electricité de France, EDF: EP 2019‐01, We thank Dr Yannick Rougier and Dr Dominique Baron-Dubourdieu for providing pathological reports for the NC study, as well as Dr Sylvie Laumond, Dr Jean-Paul Grangeon (Direction des affaires sanitaires et sociales de Nouvelle-Cal?donie) and the country's provincial health authorities (DPASS Sud, DPASS Nord, DPASS Iles Loyaut?) for support during data collection in the NC study. We thank Milagros Velasco, Mae Chappe and Idalmis Infante (Institute of Oncology and Radiobiology, La Havana, Cuba) and Silvia Turcios (National Institute of Endocrinology, La Havana, Cuba) for helping in the collection of the data in the Cuban Study. We thank John Paoaafaite and Joseph Teuri who contacted and interviewed cases and controls for the study. Finally, we also thank P. Morales, J. Iltis, P. Giraud, P. Didiergeorge, M. Brisard, G. Soubiran, B. Caillou, P. Dupire, J. Ienfa, G. de Clermont, N. Cerf, B. Oddo, M. Bambridge, C. Baron, A. Mouchard-Rachet, O. Simonet, D. Lamarque, J. Vabret, J. Delacre, M.P. Darquier and J. Leninger, for their help in the collection of the cases or in the organization of study in French Polynesia. We would like to thank the Association Centre de Regroupement Informatique et Statistique en Anatomie Pathologique en Provence-Alpes-C?te d'Azur (CRISAP PACA), as well as Dr Arlette Danzon, Dr Genevi?ve Sasolas, Dr Marc Christophe Sattonnet, Dr Marc Colonna, Dr Brigitte Lacour, Dr Michel Velten, Dr Enora Clero, Dr St?phane Maillard, Dr Laurent Bailly, Dr Eug?nia Marin? Barjoan, Dr Jean-Luc Lassalle, Dr Z Hafdi-Nejjari, Dr P Delafosse, Dr Elisabeth Adjadj, Kami-Marie Moreau, Cyrielle Orenes, Laurianne Sarrazin, St?phanie Bonnay, Fr?d?rique Chatelain, Maryse Barouh, Evelyne Rapp, Julie Festra?ts, Julie Valbousquet, Yusuf Atilgan, Jean Chappellet, Lallia Bedhouche, Florent Dayet and Ziyan Fami, for their help in the collection of cases, the organization and the management of the Young-Thyr study. We acknowledge Stefano Landi for the Italian GWAS data and Subhayan Chattopadhyay and Yasmeen Niazi (Division of Molecular Genetic Epidemiology, German Cancer Research Center?DKFZ) for technical assistance in these data analysis. We are grateful to Dr Herv? Perdry for his help in using the GASTON package. The EPITHYR GWAS was supported by Institut National du Cancer (grant number 9533) and Fondation ARC (grant number PGA120150202302). The E3N cohort received support from the MGEN, Gustave Roussy and Ligue contre le cancer for its setup and maintenance. The E3N cohort was also supported by a state grant from the Agence Nationale pour la Recherche (ANR) (grant number ANR-10-COHO-0006) within the Investissement d'Avenir program and from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation (MESRI, grant number 2102 918823). The other participating studies were funded by Ligue Nationale Contre le Cancer, ANR, the Direction G?n?rale de la Sante, the Agence Fran?aise de S?curit? Sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), CHILDTHYR EEC program, and the Fondation de France. JG was the recipient of a PhD fellowship from R?gion Ile-de-France, part of OK was the recipient of a post-doc fellowship from Electricit? de France (conseil scientifique de Radioprotection d'EDF, grant EP 2019-01)., The EPITHYR GWAS was supported by Institut National du Cancer (grant number 9533) and Fondation ARC (grant number PGA120150202302). The E3N cohort received support from the MGEN, Gustave Roussy and Ligue contre le cancer for its setup and maintenance. The E3N cohort was also supported by a state grant from the Agence Nationale pour la Recherche (ANR) (grant number ANR‐10‐COHO‐0006) within the Investissement d'Avenir program and from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation (MESRI, grant number 2102 918823). The other participating studies were funded by Ligue Nationale Contre le Cancer, the Direction Générale de la Sante, the Agence Française de Sécurité Sanitaire de l'alimentation, and the Fondation de France. JG was the recipient of a PhD fellowship from Région Ile‐de‐France, part of OK was the recipient of a post‐doc fellowship from Electricité de France (conseil scientifique de Radioprotection d'EDF, grant EP 2019‐01)., Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), EFS-Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)

Kocák, Tomáš, Munos, Rémi, Kveton, Branislav, Agrawal, Shipra, Valko, Michal, École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Scool (Scool), Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), DeepMind [Paris], Google Research, Columbia University [New York], The research presented in this paper was supported by French Ministry of Higher Education and Research, by European Community’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under grant agreement no270327 (project CompLACS), European CHIST-ERA project DELTA, French Ministry of Higher Education and Research, Inria and Otto-von-GuerickeUniversit¨at Magdeburg associated-team North-European project Allocate, Nord-Pas-deCalais Regional Council, CPER Nord-Pas de Calais/FEDER DATA Advanced data science and technologies 2015-2020, French National Research Agency projects ExTra-Learn (n°ANR-14-CE24-0010-01) and BoB (n°ANR-16-CE23-0003), Intel Corporation, FMJH Program PGMO with the support to this program from CRITEO., ANR-14-CE24-0010,ExTra-Learn,Extraction et transfert de connaissances dans l'apprentissage par renforcement(2014), ANR-16-CE23-0003,BoB,Inférence bayésienne à ressources limitées - données massives et modèles coûteux(2016), and École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)

Ludivine Grzelak, Valérie Lorin, Julian Buchrieser, Guillaume Mestrallet, Katia Bourdic, Jérémy Dufloo, Timothée Bruel, Emilie Dupouy, Olivier Schwartz, Olivier Lambotte, Florence Guivel-Benhassine, Hugo Mouquet, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Service de Médecine Interne - Immunologie Clinique [AP-HP Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Work in OS laboratory is funded by Institut Pasteur, ANRS, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), the Labex IBEID (ANR-10-IHUB-0002), the 'TIMTAMDEN' ANR-14-CE14-0029, the 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14-0015-01, L'Oréal Sponsorship, and the Gilead HIV cure program. HM is supported by the European Research Council (ERC)—Seventh Framework Program (ERC-2013-StG 337146), the G5 Institut Pasteur Program, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01), the INSERM, and the ANRS. JD is supported by a grant from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), European Project: 337146,EC:FP7:ERC,ERC-2013-StG,HUMANTIVIRUSES(2014), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Virus et Immunité, Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Work in OS laboratory is funded by Institut Pasteur, ANRS, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR‐10‐LABX‐77), the Labex IBEID (ANR‐10‐IHUB‐0002), the 'TIMTAMDEN' ANR‐14‐CE14‐0029, the 'CHIKV‐Viro‐Immuno' ANR‐14‐CE14‐0015‐01, L'Oréal Sponsorship, and the Gilead HIV cure program. HM is supported by the European Research Council (ERC)—Seventh Framework Program (ERC‐2013‐StG 337146), the G5 Institut Pasteur Program, the Milieu Intérieur Program (ANR‐10‐LABX‐69‐01), the INSERM, and the ANRS. JD is supported by a grant from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation., We thank members of the Virus and Immunity Unit for discussion and help. We thank patients who participated in the study and Cécile Goujard for supervision of the patients’ enrollment. We thank the NIH AIDS Reagent Program for providing reagents. We thank Michel C. Nussenzweig (The Rockefeller University) for providing the pMX‐YU2 ENVΔCT‐GFP‐PuroR expression vector. We thank Frank Kirchhoff and Daniel Sauter (Ulm University) for providing CH058, CH058∆Nef, CH058∆Vpu, and CH058∆Nef∆Vpu plasmids., and ANR-10-LABX-0077/10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010)

Lyam Baudry, Théo Foutel-Rodier, Agnès Thierry, Romain Koszul, Martial Marbouty, Régulation spatiale des Génomes - Spatial Regulation of Genomes, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Sorbonne Université (SU), LB is supported by an AMX fellowship from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. TFR is supported by an ENS fellowship by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. This research was supported by funding to RK from the European Research Council under the Horizon 2020 Program (ERC grant agreement 260822) and from the Agence Nationale pour la Recherche (JPI-EC-AMR STARCS ANR-16-JPEC-0003-05)., ANR-16-JPEC-0003,STARCS,Selection and Transmission of Antimicrobial Resistance in Complex Systems(2016), European Project: 260822,EC:FP7:ERC,ERC-2010-StG_20091118,DICIG(2011), and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Andrea Guarriello, Renaud Loison, Daniele Bresciani, Hervé Legay, George Goussetis, Institut d'Électronique et des Technologies du numéRique (IETR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Thales Alenia Space [Toulouse] (TAS), THALES [France], Heriot-Watt University [Edinburgh] (HWU), European Commission [MSCA-ITN2016-722840], and French Ministry of Higher Education, Research and Innovation through the 'France Relance' project SOAR [ANR-21-PRRD-0037-01]

Halbert, Loïc, Gomes, Andre Severo Pereira, Physico-Chimie Moléculaire Théorique (PCMT), Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 (PhLAM), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French Ministry of Higher Education and Research, region Hauts de France council and European Regional Development Fund (ERDF), Project CPER WAVETECH, French national supercomputing facilities (grants DARI A0090801859, A0110801859), ANR-11-LABX-0005,Cappa,Physiques et Chimie de l'Environnement Atmosphérique(2011), ANR-16-IDEX-0004,ULNE,ULNE(2016), and ANR-19-CE29-0019,CompRIXS,Calcul de la diffusion inélastique résonante de rayons X pour toute la classification périodique(2019)

Genovese, Luigi, Dawson, William, Nakajima, Takahito, Cristiglio, Viviana, Vallet, Valérie, Masella, Michel, Laboratory of Atomistic Simulation (LSIM), Modélisation et Exploration des Matériaux (MEM), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), RIKEN Center for Computational Science [Kobe] (RIKEN CCS), RIKEN - Institute of Physical and Chemical Research [Japon] (RIKEN), Institut Laue-Langevin (ILL), Physico-Chimie Moléculaire Théorique (PCMT), Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 (PhLAM), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie Structurale et Radiobiologie (LBSR), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), TGCC HPC resources under the allocation 2019-2020[A0070307078] and the Grand Challenge allocation [GC0429] made by GENCI, MAX EU Center of Excellence, CPER CLIMIBIO (European Regional Development Fund, Hauts de France council, French Ministry of Higher Education and Research), ANR-11-LABX-0005,Cappa,Physiques et Chimie de l'Environnement Atmosphérique(2011), and ANR-16-IDEX-0004,ULNE,ULNE(2016)

Hanna Oher, André Severo Pereira Gomes, Richard E. Wilson, David D. Schnaars, Valérie Vallet, Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physico-Chimie Moléculaire Théorique (PCMT), Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 (PhLAM), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chemical Sciences and Engineering Division [Argonne], Argonne National Laboratory [Lemont] (ANL), Deutsche Forschung Gemeinschaft JA 2329/6, I-SITE ULNE projects OVERSEE, I-SITE ULNE MESONM International Associated Laboratory (LAI), French Ministry of Higher Education and Research, Région Hauts de France council and European Regional Development Fund (ERDF) project CPER CLIMIBIO, WaveTech, French national supercomputing facilities (grants DARI A0130801859, A0110801859, U.S. DOE Office of Science, Office of Basic Energy Sciences, Chemical Sciences Geological and Biosciences Division,Heavy Element Chemistry program under Contract DE-AC02-06CH11357, ANR-21-CE29-0027,CHESS,Chimie, spectroscopie et spéciation du protactinium(2021), ANR-19-CE29-0019,CompRIXS,Calcul de la diffusion inélastique résonante de rayons X pour toute la classification périodique(2019), ANR-16-IDEX-0004,ULNE,ULNE(2016), and ANR-11-LABX-0005,Cappa,Physiques et Chimie de l'Environnement Atmosphérique(2011)

Barou, Emilie, Belloir, Christine, Poirier, Nicolas, Neiers, Fabrice, Briand, Loïc, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), The French Ministry for Higher Education and Research, the Regional Council of Burgundy France (PARI Agral 1) and the FEDER (European Funding for Regional Economical Development)., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French Ministry for Higher Education and Research Regiona Council of Burgundy France (PARI Agral 1) FEDER (European Funding for Regional Economical Development), European Chemorecept Res Org, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)

Delourme, Megane, Charlene, Chaix, Gerard, Laurene, Ganne, Benjamin, Perrin, Pierre, Vovan, Catherine, Bertaux, Karine, Nguyen, Karine, Bernard, Rafaelle, Magdinier, Frederique, Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de ressources biologiques Tissus ADN Cellules [Hôpital de la Timone - APHM] (CRB TAC), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Association Française contre les Myopathies (AFM-Telethon, TRIM-RD and MoThARD poles)French Ministry of Higher education and Research

Lamy-Besnier, Quentin, Bignaud, Amaury, Garneau, Julian, Titecat, Marie, Conti, Devon, von Strempel, Alexandra, Monot, Marc, Stecher, Bärbel, Koszul, Romain, Debarbieux, Laurent, Marbouty, Martial, Bactériophage, bactérie, hôte - Bacteriophage, bacterium, host, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Régulation spatiale des Génomes - Spatial Regulation of Genomes, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Biomics (plateforme technologique), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institute for Translational Research in Inflammation - U 1286 (INFINITE (Ex-Liric)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Lille, Max Von Pettenkofer Institute (MVP), Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), German Center for Infection Research, Partnersite Munich (DZIF), This research was supported by funding to BS from DFG-STE-1971/11–1 (PhaStGut project), to BS from the European Research Council under the Horizon 2020 Program (ERC grant agreement 865615), to LD and MMa from PRCI ANR-20-CE92-0048 (PhaStGut project), and to RK from the European Research Council under the Horizon 2020 Program (ERC grant agreement 771813) and from JPI-EC-AMR STARCS ANR-16-JPEC-0003–05. QLB received funding from École Doctorale FIRE-Program Bettencourt. AB is supported by an ENS fellowship from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. MMo and JRG were supported by JCJC ANR-18-CE35-0011 (project CDPhages). MT received funding from DigestScience. Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, was supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09) and IBISA. AB and DC belong to Ecole Doctorale Complexité du vivant ED515 of Sorbonne Université., ANR-20-CE92-0048,PhaStGut,Etude des mécanismes de la coexistence stable entre bactériophages et bactéries et de ses conséquences sur la fonction du microbiote intestinal(2020), ANR-16-JPEC-0003,STARCS,Selection and Transmission of Antimicrobial Resistance in Complex Systems(2016), ANR-18-CE35-0011,CDPhages,Le role des bactériophages dans l'évolution de la virulence chez Clostridium difficile(2018), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), and European Project: 771813,ERC-2017-COG,SynarchiC(2018)

Paul Bastard, Qian Zhang, Shen-Ying Zhang, Emmanuelle Jouanguy, Jean-Laurent Casanova, Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Yale Center for Mendelian Genomics and the GSP Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI) (UM1HG006504 and U24HG008956), the Yale High Performance Computing Center (S10OD018521), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the ‘Investments for the Future’ program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), ANR GenMISC (ANR-21-COVR-0039) and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarite ́pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, Institut National de la Sante ́ et de la Recherche Me ́ dicale (INSERM), the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), REACTing-INSERM and the University of Paris. PB was supported by the French Foundation for Medical Research (FRM, EA20170638020). PB was supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), Université Paris Cité, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères - - GENVIR2020 - ANR-20-CE93-0003 - AAPG2020 - VALID, Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant. - - GenMIS-C2021 - ANR-21-COVR-0039 - COVID-19 - VALID, and Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19. - - AABIFNCOV2020 - ANR-20-CO11-0001 - COVID-19 - VALID

Olejniczak, Małgorzata, Vallet, Valérie, Severo Pereira Gomes, André, Centre of New Technologies, Medical University of Warsaw - Poland, Physico-Chimie Moléculaire Théorique (PCMT), Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 (PhLAM), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), he French Ministry of Higher Education and Research, region Hauts de France council and European Regional Development Fund (ERDF) projects CPER CLIMIBIO and WAVETECH, Deutsche Forschungsgemeinschaft JA 2329/6-1, Polish National Science Centre (NCN) (grantnumber 2020/38/E/ST4/00614, ANR-16-IDEX-0004,ULNE,ULNE(2016), ANR-11-LABX-0005,Cappa,Physiques et Chimie de l'Environnement Atmosphérique(2011), ANR-21-CE29-0027,CHESS,Chimie, spectroscopie et spéciation du protactinium(2021), and ANR-19-CE29-0019,CompRIXS,Calcul de la diffusion inélastique résonante de rayons X pour toute la classification périodique(2019)

Martin van Horn, Nanna Holmgaard List, Trond Saue, Laboratoire de Chimie et Physique Quantiques Laboratoire (LCPQ), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de recherche « Matière et interactions » (FeRMI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Royal Institute of Technology [Stockholm] (KTH ), French Ministry of Higher Education and Research, CALMIP (Calcul en Midi-Pyrenées, project P13154), SNIC (Swedish National Infrastructure for Computing, and SNIC 2022/5-220)

Jérémie Rosain, Anna-Lena Neehus, Jérémy Manry, Rui Yang, Jérémie Le Pen, Wassim Daher, Zhiyong Liu, Yi-Hao Chan, Natalia Tahuil, Özden Türel, Mathieu Bourgey, Masato Ogishi, Jean-Marc Doisne, Helena M. Izquierdo, Takayoshi Shirasaki, Tom Le Voyer, Antoine Guérin, Paul Bastard, Marcela Moncada-Vélez, Ji Eun Han, Taushif Khan, Franck Rapaport, Seon-Hui Hong, Andrew Cheung, Kathrin Haake, Barbara C. Mindt, Laura Pérez, Quentin Philippot, Danyel Lee, Peng Zhang, Darawan Rinchai, Fatima Al Ali, Manar Mahmoud Ahmad Ata, Mahbuba Rahman, Jessica N. Peel, Søren Heissel, Henrik Molina, Yasemin Kendir-Demirkol, Rasheed Bailey, Shuxiang Zhao, Jonathan Bohlen, Mathieu Mancini, Yoann Seeleuthner, Marie Roelens, Lazaro Lorenzo, Camille Soudée, María Elvira Josefina Paz, María Laura González, Mohamed Jeljeli, Jean Soulier, Serge Romana, Anne-Sophie L’Honneur, Marie Materna, Rubén Martínez-Barricarte, Mathieu Pochon, Carmen Oleaga-Quintas, Alexandre Michev, Mélanie Migaud, Romain Lévy, Marie-Alexandra Alyanakian, Flore Rozenberg, Carys A. Croft, Guillaume Vogt, Jean-François Emile, Laurent Kremer, Cindy S. Ma, Jörg H. Fritz, Stanley M. Lemon, András N. Spaan, Nicolas Manel, Laurent Abel, Margaret R. MacDonald, Stéphanie Boisson-Dupuis, Nico Marr, Stuart G. Tangye, James P. Di Santo, Qian Zhang, Shen-Ying Zhang, Charles M. Rice, Vivien Béziat, Nico Lachmann, David Langlais, Jean-Laurent Casanova, Philippe Gros, Jacinta Bustamante, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hannover Medical School [Hannover] (MHH), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Yong Loo Lin School of Medicine [Singapore], Hospital del Niño Jesus, San Miguel de Tucumán, Bezmiâlem Vakıf Üniversitesi, McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Curie [Paris], University of North Carolina System (UNC), Garvan Institute of medical research, The University of Sydney, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Universidad de Antioquia = University of Antioquia [Medellín, Colombia], East China Normal University [Shangaï] (ECNU), Sidra Medicine [Doha, Qatar], 'Juan Pedro Garrahan' National Hospital of Pediatrics, Buenos Aires, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Vanderbilt University Medical Center [Nashville], Vanderbilt University [Nashville], Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Université de Montpellier (UM), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported in part by grants from Inserm, Paris Cité University, the St. Giles Foundation, The Rockefeller University, the Center for Clinical and Translational Science (UL1TR001866), the National Center for Research Resources and the National Center for Advancing Sciences, the National Institutes of Health (NIH), (R01AI095983, R01AI088364, R01AI163029, and U19AI162568), the National Institute of Allergy and Infectious Diseases, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANRS Nord-Sud (ANRS-COV05), ANRS (ECTZ170784-ANRS0073), GENVIR (ANR-20-CE93-003), GENMSMD (ANR-16-CE17-0005-01), AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001), GenMIS-C (ANR-21-COVR-0039), SUNLIVE (ANR-19-CE15-0012-01), MAFMACRO (ANR-22-CE92-0008) grants, Ecos-NORD (ECOS N°C19S01), the Fisher Center for Alzheimer's Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (824110, EASI-Genomics), the Square Foundation, Grandir–Fonds de solidarité pour l’Enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), and REACTing-INSERM. The Laboratory of Virology and Infectious Disease was supported in part by the NIH (R01AI091707-10 to C.M.R.). J.L.P. was supported by the Francois Wallace Monahan Postdoctoral Fellowship at The Rockefeller University and the European Molecular Biology Organization Long-Term Fellowship (ALTF 380-2018). N. Marr was supported by Sidra Medicine and the Qatar National Research Fund (NPRP9-251-3-045). The Yale Center for Mendelian Genomics (UM1HG006504) was funded by the National Human Genome Research Institute, the Yale GSP Coordinating Center (U24 HG008956), and the Yale High-Performance Computing Center (S10OD018521). This research was partly supported by Calcul Québec, Compute Canada Canadian Institutes of Health Research (CIHR) Project Grant to D. Langlais. (#168959) and a CIHR Foundation Grant (to P.G.). D. Langlais was also supported by an FRQS Chercheur-Boursier Junior 1 Award and the Calgary Foundation for Innovation John R. Evans Leaders Fund. P.G. is supported by a Distinguished James McGill Professorship award from McGill University. S.M.L is supported by the NIH: R01-AI103083 and R01-AI150095. J.R. was supported by poste d’accueil Inserm'. J.R., P.B., and T.L.V were supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute by the Bettencourt Schueller Foundation. N.L received funding from the European Research Council (ERC) under the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (852178 grant), German Research Foundation,(DFG) under Germany’s Excellence Strategy—EXC 2155—project number 390874280 and REBIRTH 'Förderung aus Mitteln des Niedersächsischen Vorab'. A.-L.N. was supported by the international PhD program of the Imagine Institute, by the Bettencourt Schueller Foundation and the fin de thèse FRM program (FDT202204015102). R.Y. was supported by the Sackler Center for Biomedicine and Nutrition, the Shapiro-Silverberg Fund for the Advancement of Translational Research at the Center for Clinical and Translational Science of the Rockefeller University, and the Research Grant Program from the Immune Deficiency Foundation. D. Lee. was supported by FRMfellowship (FDM202006011282). C.S.M was supported by an Early-Mid Career Research Fellowship from the Department of Health of the New South Wales Government of Australia. S.G.T was supported by an NHMRC Leadership 3 Investigator Grant (1176665) and NHMRC grant (1113904). M.O. was supported by the David Rockefeller Graduate Program, the Funai Foundation for Information Technology, the Honjo International Scholarship Foundation, and the New York Hideyo Noguchi Memorial Society. This work was supported by grants from ANRS (ECTZ118797), Sidaction (20-2-AEQ-12822-2), and FRM (EQU202103012774) to N. Manel, and H.I. was supported by fellowships from Institut Curie, Seneca Foundation (20941/PD/18), and ANRS (ECTZ171453). A.N.S. was supported in part by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (789645 Marie Sklodowska-Curie grant). Y.-H.C. is supported by an A∗STAR International Fellowship. J. Bohlen is an EMBO postdoctoral fellow. We thank the NIH Tetramer Core Facility (NTCF) for providing the 5-OP-RU-loaded MR1 tetramer, which was developed jointly with Dr. James McCluskey, Dr. Jamie Rossjohn, and Dr. David Fairlie., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-16-CE17-0005,GENMSMD,Dissection génétique de la Susceptibilité Mendélienne aux infections mycobactériennes chez l'homme(2016), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), ANR-19-CE15-0012,SUNLIVE,Variabilité structurale et fonctionnelle des lipides complexes chez les mycobactéries : de l'assemblage de la paroi à la physiopathologie et virulence(2019), ANR-22-CE92-0008,MAFMACRO,Genetic predisposition and the role of myeloid cells in the susceptibility to mycobacterial infection(2022), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), and TÜREL, ÖZDEN

Aurélien Sokal, Paul Bastard, Pascal Chappert, Giovanna Barba-Spaeth, Slim Fourati, Alexis Vanderberghe, Pauline Lagouge-Roussey, Isabelle Meyts, Adrian Gervais, Magali Bouvier-Alias, Imane Azzaoui, Ignacio Fernández, Andréa de la Selle, Qian Zhang, Lucy Bizien, Isabelle Pellier, Agnès Linglart, Anya Rothenbuhler, Estelle Marcoux, Raphael Anxionnat, Nathalie Cheikh, Juliane Léger, Blanca Amador-Borrero, Fanny Fouyssac, Vanessa Menut, Jean-Christophe Goffard, Caroline Storey, Caroline Demily, Coralie Mallebranche, Jesus Troya, Aurora Pujol, Marie Zins, Pierre Tiberghien, Paul E. Gray, Peter McNaughton, Anna Sullivan, Jane Peake, Romain Levy, Laetitia Languille, Carlos Rodiguez-Gallego, Bertrand Boisson, Sébastien Gallien, Bénédicte Neven, Marc Michel, Bertrand Godeau, Laurent Abel, Felix A. Rey, Jean-Claude Weill, Claude-Agnès Reynaud, Stuart G. Tangye, Jean-Laurent Casanova, Matthieu Mahévas, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Rockefeller University [New York], Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Henri Mondor [Créteil], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Université d'Angers (UA), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Université Paris-Saclay, Hôpital Nord Franche-Comté [Hôpital de Trévenans] (HNFC), Service de pédiatrie [CHRU Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), AP-HP. Nord - Université Paris Cité, Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Nancy (CHU Nancy), Hôpital Mère-Enfant [Hôpital Hôtel Dieu, Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université libre de Bruxelles (ULB), Hôpital Robert Debré, Centre Hospitalier le Vinatier [Bron], Hospital Universitario Infanta Leonor [Madrid], Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge [Barcelone] (IDIBELL), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Etablissement Français du Sang [La Plaine Saint-Denis] (EFS), Sydney Children's hospital, University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Children’s Health Queensland [Brisbane] (CHQ), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Universidad Fernando Pessoa Canarias [Las Palmas de Gran Canaria, Spain], Garvan Institute of medical research, Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Funder(s): Agence Nationale de la Recherche Award Id(s): ANR-21-RHUS-0008, ANR-10-IAHU-01, ANR-10-LABX-62-IBEID , ANR-20-CE93-003Funder(s): Fondation pour la Recherche MédicaleAward Id(s): MEMO-COV-2-FRMFunder(s): Institut PasteurFunder(s): Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites ViralesFunder(s): Howard Hughes Medical InstituteFunder(s): Rockefeller UniversityFunder(s): St. Giles FoundationFunder(s): National Institutes of Health Award Id(s): R01AI088364, R01AI163029, UL1TR001866Funder(s): National Center for Advancing Translational SciencesFunder(s): Fisher Center for Alzheimer’s Research FoundationFunder(s): Meyer FoundationFunder(s): JPB FoundationFunder(s): French Foundation for Medical Research Award Id(s): EQU201903007798, EA20170638020Funder(s): European Union’s Horizon 2020 Award Id(s): 824110Funder(s): Square FoundationFunder(s): Fondation du SouffleFunder(s): French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation Award Id(s): MESRI-COVID-19Funder(s): Institut National de la Santé et de la Recherche MédicaleFunder(s): Fondation Bettencourt SchuellerFunder(s): CSL BehringFunder(s): KU Leuven Award Id(s): C16/18/007Funder(s): http://dx.doi.org/10.13039/501100003130 Award Id(s): G0C8517N, G0B5120N, G0E8420NFunder(s): Jeffrey Modell FoundationFunder(s): National Health and Medical Research Council Award Id(s): 1176665Funder(s): Allergy and Immunology Foundation of AustraliaFunder(s): John Brown Cook FoundationFunder(s): Fondation Princesse GraceFunder(s): Comité ad-hoc de pilotage national des essais thérapeutiques et autres recherchesFunder(s): Assistance Publique—Hôpitaux de Paris Award Id(s): MEMO-COV-2Funder(s): Société Nationale de Médecine InterneFunder(s): ANRS Nord-Sud Award Id(s): ANRS-COV05Funder(s): ANR-RHU Award Id(s): ANR-21-RHUS-08 (COVIFERON)Funder(s): HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04 Award Id(s): 01057100Funder(s): Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfanceFunder(s): SCOR Corporate Foundation for ScienceFunder(s): REACTing-INSERMFunder(s): University of Paris CitéFunder(s): Imagine InstituteFunder(s): VIB GC PIDFunder(s): European Research Council Award Id(s): ERC-StG MORE2ADA2, ANR-21-RHUS-0008,COVIFERON,Covid-19 and interferons: from discovery to therapy(2021), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), European Project: 948959,ERC-2020-STG,MORE2ADA2(2021), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and CHU Henri Mondor

Tomasz Swebocki, Alexandre Barras, Amar Abderrahmani, Kamel Haddadi, Rabah Boukherroub, University of Lille, Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 [IEMN], NanoBioInterfaces - IEMN [NBI - IEMN], Circuits Systèmes Applications des Micro-ondes - IEMN [CSAM - IEMN ], Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), NanoBioInterfaces - IEMN (NBI - IEMN), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Circuits Systèmes Applications des Micro-ondes - IEMN (CSAM - IEMN ), Funding: The doctorate of TS is financed by the French Ministry of Higher Education, Research,and Innovation (MESRI). The CNRS, the University of Lille and the Hauts-de-France region areacknowledged for financial support., Acknowledgments: Figure 4 and the graphical abstract have been created using Biorender® softwareassets. The CNRS, the University of Lille, the Hauts-de-France region, and the Agence Nationale dela Recherche (project: MSN-2hv) are acknowledged for financial support., and ANR-19-CE09-0034,MSN-2hv,Matériaux théranostiques associant les fonctionnalités d'imagerie 2 photons et de thérapie photodynamique pour le ciblage de bactéries et le contrôle des infections lors de la cicatrisation(2019)

Thibault Tamin, Jennifer Morinay, Marion Germain, Charlotte Récapet, Blandine Doligez, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Ecology and Genetics [Uppsala] (EBC), Uppsala University, Département d'écologie et évolution [Lausanne] (DEE), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), French Ministry of Higher Education and Research, CNRS, Region Rhone-Alpes, and Zoological Institute of Uppsala University

Lee, Danyel, Le Pen, Jérémie, Yatim, Ahmad, Dong, Beihua, Aquino, Yann, Ogishi, Masato, Pescarmona, Rémi, Talouarn, Estelle, Rinchai, Darawan, Zhang, Peng, Perret, Magali, Liu, Zhiyong, Jordan, Iolanda, Elmas Bozdemir, Sefika, Bayhan, Gulsum Iclal, Beaufils, Camille, Bizien, Lucy, Bisiaux, Aurelie, Lei, Weite, Hasan, Milena, Chen, Jie, Gaughan, Christina, Asthana, Abhishek, Libri, Valentina, Luna, Joseph, Jaffré, Fabrice, Hoffmann, H.-Heinrich, Michailidis, Eleftherios, Moreews, Marion, Seeleuthner, Yoann, Bilguvar, Kaya, Mane, Shrikant, Flores, Carlos, Zhang, Yu, Arias, Andrés, Bailey, Rasheed, Schlüter, Agatha, Milisavljevic, Baptiste, Bigio, Benedetta, Le Voyer, Tom, Materna, Marie, Gervais, Adrian, Moncada-Velez, Marcela, Pala, Francesca, Lazarov, Tomi, Levy, Romain, Neehus, Anna-Lena, Rosain, Jérémie, Peel, Jessica, Chan, Yi-Hao, Morin, Marie-Paule, Pino-Ramirez, Rosa Maria, Belkaya, Serkan, Lorenzo, Lazaro, Anton, Jordi, Delafontaine, Selket, Toubiana, Julie, Bajolle, Fanny, Fumadó, Victoria, Dediego, Marta, Fidouh, Nadhira, Rozenberg, Flore, Pérez-Tur, Jordi, Chen, Shuibing, Evans, Todd, Geissmann, Frédéric, Lebon, Pierre, Weiss, Susan, Bonnet, Damien, Duval, Xavier, Pan-Hammarström, Qiang, Planas, Anna, Meyts, Isabelle, Haerynck, Filomeen, Pujol, Aurora, Sancho-Shimizu, Vanessa, Dalgard, Clifford, Bustamante, Jacinta, Puel, Anne, Boisson-Dupuis, Stéphanie, Boisson, Bertrand, Maniatis, Tom, Zhang, Qian, Bastard, Paul, Notarangelo, Luigi, Béziat, Vivien, Perez de Diego, Rebeca, Rodriguez-Gallego, Carlos, Su, Helen, Lifton, Richard, Jouanguy, Emmanuelle, Cobat, Aurélie, Alsina, Laia, Keles, Sevgi, Haddad, Elie, Abel, Laurent, Belot, Alexandre, Quintana-Murci, Lluis, Rice, Charles, Silverman, Robert, Zhang, Shen-Ying, Casanova, Jean-Laurent, Alavoine, Loubna, Behillil, Sylvie, Burdet, Charles, Charpentier, Charlotte, Dechanet, Aline, Descamps, Diane, Ecobichon, Jean-Luc, Enouf, Vincent, Frezouls, Wahiba, Houhou, Nadhira, Kafif, Ouifiya, Lehacaut, Jonathan, Letrou, Sophie, Lina, Bruno, Lucet, Jean-Christophe, Manchon, Pauline, Nouroudine, Mariama, Piquard, Valentine, Quintin, Caroline, Thy, Michael, Tubiana, Sarah, van der Werf, Sylvie, Vignali, Valérie, Visseaux, Benoit, Yazdanpanah, Yazdan, Chahine, Abir, Waucquier, Nawal, Migaud, Maria-Claire, Deplanque, Dominique, Djossou, Félix, Mergeay-Fabre, Mayka, Lucarelli, Aude, Demar, Magalie, Bruneau, Léa, Gérardin, Patrick, Maillot, Adrien, Payet, Christine, Laviolle, Bruno, Laine, Fabrice, Paris, Christophe, Desille-Dugast, Mireille, Fouchard, Julie, Malvy, Denis, Nguyen, Duc, Pistone, Thierry, Perreau, Pauline, Gissot, Valérie, Le Goas, Carole, Montagne, Samatha, Richard, Lucie, Chirouze, Catherine, Bouiller, Kévin, Desmarets, Maxime, Meunier, Alexandre, Lefèvre, Benjamin, Jeulin, Hélène, Legrand, Karine, Lomazzi, Sandra, Tardy, Bernard, Gagneux-Brunon, Amandine, Bertholon, Frédérique, Botelho-Nevers, Elisabeth, Christelle, Kouakam, Nicolas, Leturque, Roufai, Layidé, Amat, Karine, Couffin-Cadiergues, Sandrine, Espérou, Hélène, Hendou, Samia, Abolhassani, Hassan, Aguilera-Albesa, Sergio, Aiuti, Alessandro, Akcan, Ozge Metin, Akcay, Nihal, Alkan, Gulsum, Alkhater, Suzan, Allende, Luis Miguel, Alper, Yosunkaya, Amenzoui, Naima, Anderson, Mark, Arkin, Lisa, Aubart, Melodie, Avramenko, Iryna, Aydemir, Şehnaz, Gayretli Aydin, Zeynep Gökçe, Aytekin, Caner, Aytekin, Gökhan, Erol Aytekin, Selma, Bando, Silvia Yumi, Beland, Kathie, Biggs, Catherine, Bilbao Aburto, Agurtzane, Blanchard-Rohner, Geraldine, Blázquez-Gamero, Daniel, Bloomfield, Marketa, Bogunovic, Dusan, Bondarenko, Anastasia, Borghesi, Alessandro, Bousfiha, Amed Aziz, Boyarchuk, Oksana, Brodin, Petter, Bryceson, Yenan, Bucciol, Giorgia, Calcaterra, Valeria, Casari, Giorgio, Cavalcanti, Andre, Celik, Jale Bengi, Chrousos, George, Colobran, Roger, Condino-Neto, Antonio, Conti, Francesca, Cooper, Megan, Coskuner, Taner, Cyrus, Cyril, D’auria, Enza, Drolet, Beth, Bursal Duramaz, Burcu, El Zein, Loubna, Elnagdy, Marwa, Emiroglu, Melike, Erdeniz, Emine Hafize, Fabi, Marianna, Baris Feldman, Hagit, Fellay, Jacques, Fencl, Filip, Filippatos, Filippos, Freiss, Julie, Fremuth, Jiri, Gagro, Alenka, Garcia-Solis, Blanca, Vergine, Gianluca, González-Montelongo, Rafaela, Gul, Yahya, Gülhan, Belgin, Gultekin, Sara Sebnem Kilic, Gut, Marta, Halwani, Rabih, Hammarström, Lennart, Hatipoğlu, Nevin, Heath, James, Henrickson, Sarah, Hernandez-Brito, Elisa, Hoffman, Ilse, Hoste, Levi, Hsieh, Elena, Íñigo-Campos, Antonio, Itan, Yuval, Jabandziev, Petr, Kandemir, Bahar, Kanık-Yüksek, Saliha, Kapakli, Hasan, Karbuz, Adem, Kasapcopur, Ozgur, Kechiche, Robin, Kendir Demirkol, Yasemin, Kilic, Omer, Hansen, Stella Kim, Klocperk, Adam, Lau, Yu-Lung, Lebl, Jan, Lorenzo-Salazar, José, Lucas, Carrie, Maglorius, Majistor, Marque, Laura, Novoa Medina, Yeray, Montesdeoca Melián, Abián, Mentis, Alexios-Fotios, Pato, Michele, Michos, Athanasios, Milner, Joshua, Mogensen, Trine, Muñoz-Barrera, Adrián, Nepesov, Serdar, Farela Neves, João, Ng, Ashley, Ng, Lisa, Novelli, Antonio, Novelli, Giuseppe, Oz, Fatma Nur, Ocejo-Viñals, J. Gonzalo, Okada, Satoshi, Orbak, Zerrin, Kilic, Ahmet Osman, Ouair, Hind, Öz, Şadiye Kübra Tüter, Özçelik, Tayfun, Özkan, Esra Akyüz, Parlakay, Aslınur Özkaya, Pato, Carlos, Paz-Artal, Estela, Pelham, Simon, Pellier, Isabelle, Philippot, Quentin, Planas-Serra, Laura, Plassart, Samira, Pokorna, Petra, Polat, Meltem, Poli, Cecilia, Prando, Carolina, Renia, Laurent, Rivière, Jacques, Rodríguez-Palmero, Agustí, Roussel, Lucie, Rubio-Rodriguez, Luis, Salifu, Moro, Sasek, Lumir, Sasia, Laura, Scherbina, Anna, Schmitt, Erica, Sediva, Anna, Sevketoglu, Esra, Slaba, Katerina, Slaby, Ondrej, Sobh, Ali, Solé-Violán, Jordi, Soler-Palacin, Pere, de Somer, Lien, Sözeri, Betül, Spaan, András, Stepanovskiy, Yuriy, Tangye, Stuart, Tanir, Gonul, Tatsi, Elizabeth Barbara, Thorball, Christian, Hancerli Torun, Selda, Turvey, Stuart, Uddin, Mohammed, Uyar, Emel, Valencia-Ramos, Juan, van den Rym, Ana Maria, Vatansev, Hulya, Castillo de Vera, Martín, Vermeulen, François, Vinh, Donald, Volokha, Alla, von Bernuth, Horst, Wouters, Carine, Yahşi, Aysun, Yarar, Volkan, Yesilbas, Osman, Yıldız, Mehmet, Zatz, Mayana, Zawadzki, Pawel, Zuccotti, Gianvincenzo, Rockefeller University [New York], Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique évolutive, modélisation et santé (GEMS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de référence des rhumatismes inflammatoires et maladies auto-immunes systémiques rares de l’enfant / National Referee Centre for Rheumatic and AutoImmune and Systemic Diseases in Children [Lyon] (RAISE), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sidra Medicine [Doha, Qatar], BIOASTER Technology Research Institute, Lyon, France, St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Department of Paediatrics and Intensive Care, Hospital Universitari Sant Joan de Deu, Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Centre de Recherche Translationnelle - Center for Translational Science (CRT), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Shanghai Jiaotong University, Sheffield Hallam University, Institut Jean Lamour (IJL), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique (CIC 1425), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Centre d'Investigation Clinique - Innovation Technologique de Lille - CIC 1403 - CIC 9301 (CIC Lille), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Centre d'Investigation Clinique de La Réunion - INSERM (CIC 1410), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion (CHU La Réunion), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pontchaillou [Rennes], The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R21AI160576), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1TR001866), the Yale Center for Mendelian Genomics and the GSP Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI) (UM1HG006504 and U24HG008956), the Yale High-Performance Computing Center (S10OD018521), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JBP Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANR GenMISC (ANR-21-COVR-039), the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003) and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the ANR-RHU program (ANR-21-RHUS-08), the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 824110 (EASI-genomics), the HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04 program under grant agreement 01057100 (UNDINE), the ANR-RHU Program ANR-21-RHUS-08 (COVIFERON), the Square Foundation, Grandir – Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Paris Cité University. We acknowledge support from the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) of the NIH under award R01AI104887 to R.H.S. and S.R.W. The Laboratory of Human Evolutionary Genetics (Institut Pasteur) is supported by the Institut Pasteur, the Collège de France, the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoires d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (ANR-10-LABX-62-IBEID) and 'Milieu Intérieur' (ANR-10-LABX-69-01), the Fondation de France (no. 00106080), the FRM (Equipe FRM DEQ20180339214 team), and the ANR COVID-19-POPCELL (ANR-21-CO14-0003-01). A.Puj. is supported by ACCI20-759 CIBERER, EasiGenomics H2020 Marató TV3 COVID 2021-31-33, the HORIZON-HLTH-2021-ID: 101057100 (UNDINE), the Horizon 2020 program under grant no. 824110 (EasiGenomics grant no. COVID-19/PID12342), and the CERCA Program/Generalitat de Catalunya. The Canarian Health System sequencing hub was funded by the Instituto de Salud Carlos III (COV20_01333 and COV20_01334), the Spanish Ministry of Science and Innovation (RTC-2017-6471-1, AEI/FEDER, UE), Fundación MAPFRE Guanarteme (OA21/131), and Cabildo Insular de Tenerife (CGIEU0000219140 and 'Apuestas científicas del ITER para colaborar en la lucha contra la COVID-19'). The CoV-Contact Cohort was funded by the French Ministry of Health and the European Commission (RECOVER project). Our studies are also funded by the Ministry of Health of the Czech Republic Conceptual Development of Research Organization (FNBr, 65269705) and ANID COVID0999 funding in Chile. G. Novelli and A. Novelli are supported by Regione Lazio (Research Group Projects 2020) No. A0375-2020-36663, GecoBiomark. A.M.P., M.L.D., and J.P.-T. are supported by the Inmungen-CoV2 project of CSIC. This work was supported in part by the Intramural Research Program of the NIAID, NIH. The research work of A.M.P, M.L.D., and J.P.-T. was funded by the European Commission –NextGenerationEU (Regulation EU 2020/2094), through CSIC’s Global Health Platform (PTI Salud Global). I.M. is a senior clinical investigator at FWO Vlaanderen supported by a VIB GC PID grant, by FWO grants G0B5120N (DADA2) and G0E8420N, and by the Jeffrey Modell Foundation. I.M. holds an ERC-StG MORE2ADA2 grant and is also supported by ERN-RITA.​ A.Y. is supported by fellowships from the European Academy of Dermatology and Venereology and the Swiss National Science Foundation and by an Early Career Award from the Thrasher Research Fund. Y.-H.C. is supported by an A*STAR International Fellowship (AIF). M.O. was supported by the David Rockefeller Graduate Program, the New York Hideyo Noguchi Memorial Society (HNMS), the Funai Foundation for Information Technology (FFIT), the Honjo International Scholarship Foundation (HISF), and the National Cancer Institute (NCI) F99 Award (F99CA274708). A.A.A. was supported by Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación MINCIENCIAS, Colombia (111584467551/CT 415-2020). D.L. is supported by a fellowship from the FRM for medical residents and fellows. E.H. received funding from the Bank of Montreal Chair of Pediatric Immunology, Foundation of CHU Sainte-Justine, CIHR grants PCC-466901 and MM1-181123, and a Canadian Pediatric Society IMPACT study. Q.P.-H. received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (ATAC, 101003650), the Swedish Research Council, and the Knut and Alice Wallenberg Foundation. Work in the Laboratory of Virology and Infectious Disease was supported by NIH grants P01AI138398-S1, 2U19AI111825, R01AI091707-10S1, and R01AI161444, a George Mason University Fast Grant, the G. Harold and Leila Y. Mathers Charitable Foundation, the Meyer Foundation, and the Bawd Foundation. R.P.L. is on the board of directors of both Roche and the Roche subsidiary Genentech. J.L.P. was supported by a Francois Wallace Monahan Postdoctoral Fellowship at the Rockefeller University and by a European Molecular Biology Organization Long-Term Fellowship (ALTF 380-2018)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-RHUS-0008,COVIFERON,Covid-19 and interferons: from discovery to therapy(2021), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-21-CO14-0003,COVID-19-POPCELL,Facteurs génétiques et infectieux à l'origine de la variabilité populationnelle de la réponse immunitaire à l'infection par le SARS-CoV-2(2021), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), European Project: 101057100,UNDINE, Howard Hughes Medical Institute, Rockefeller University, St. Giles Foundation, National Institutes of Health (US), Instituto de Salud Carlos III, Ministerio de Ciencia e Innovación (España), Fundación Mapfre, Cabildo de Tenerife, Fundació La Marató de TV3, Centro de Investigación Biomédica en Red Enfermedades Raras (España), Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España), European Commission, and Pérez-Tur, Jordi

Andrew E. Prendergast, Kin Ki Jim, Hugo Marnas, Laura Desban, Feng B. Quan, Lydia Djenoune, Valerio Laghi, Agnès Hocquemiller, Elias T. Lunsford, Julian Roussel, Ludovic Keiser, Francois-Xavier Lejeune, Mahalakshmi Dhanasekar, Pierre-Luc Bardet, Jean-Pierre Levraud, Diederik van de Beek, Christina M.J.E. Vandenbroucke-Grauls, Claire Wyart, Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] (VU), Amsterdam institute for Infection and Immunity [Amsterdam, The Netherlands] (A3I), Macrophages et Développement de l’Immunité, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Institut des Neurosciences Paris-Saclay (NeuroPSI), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the Fondation Schlumberger pour l’Education et la Recherche (FSER/2017), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM no. Equation 202003010612), the ERC Starting Grant 'Optoloco' no. 311673, ERC PoC 'ZebraZoom' no. 825273, and ERC Consolidator Grant 'Exploratome' no. 101002870 (to C.W.). We acknowledge support from 'MeninGene' no. 281156 and the HFSP Program grant nos. RGP0063/2014 and RGP0063/2017 and grants from the Agence Nationale de la Recherche (ANR) ASCENTS no. ANR-21-CE13-0008, MOTOMYO no. ANR-21-CE14-0042, and ANR LOCOCONNECT no. ANR-22-CE37-0023 et la Fondation Bettencourt-Schueller don 0031. D.v.d.B. was supported by a ZonMw VICI grant no. 391819627. A.E.P. was supported by an EMBO long-term fellowship (ALTF-549-2013) and a Research in Paris grant from the Marie de Paris. L. Desban was supported by the French Ministry of Higher Education and Research doctoral fellowship. M.D. was supported by a PhD fellowship from the Sorbonne Université Ecole Doctorale ED3C., ANR-21-CE13-0008,ASCENTS,Étude d'une asymétrie structurelle nouvellement identifiée du centriole des vertébrés et de son impact sur le développement et la santé(2021), ANR-21-CE14-0042,MOTOMYO,Appariement entre sous types de motoneurones et sous types de myofibres: du développement à la pathologie(2021), ANR-22-CE37-0023,LOCONNECT,Transmission d'information causale lors de la locomotion(2022), European Project: 311673,EC:FP7:ERC,ERC-2012-StG_20111109,OPTOLOCO(2013), Medical Microbiology and Infection Prevention, AII - Infectious diseases, AII - Inflammatory diseases, Amsterdam Gastroenterology Endocrinology Metabolism, Graduate School, ANS - Neuroinfection & -inflammation, and Neurology

Nikaïa Smith, Céline Possémé, Vincent Bondet, Jamie Sugrue, Liam Townsend, Bruno Charbit, Vincent Rouilly, Violaine Saint-André, Tom Dott, Andre Rodriguez Pozo, Nader Yatim, Olivier Schwartz, Minerva Cervantes-Gonzalez, Jade Ghosn, Paul Bastard, Jean Laurent Casanova, Tali-Anne Szwebel, Benjamin Terrier, Niall Conlon, Cliona O’Farrelly, Clíona Ní Cheallaigh, Nollaig M. Bourke, Darragh Duffy, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Trinity College Dublin, Saint James Hospital (SJH), Centre de Recherche Translationnelle - Center for Translational Science (CRT), Datactix, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Rockefeller University [New York], Howard Hughes Medical Institute (HHMI), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This study was supported by the 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign of the Institut Pasteur (CoVarImm and Steroid Response), from the Agence Nationale de la Recherche (ANR-flash COVID-19), by the Laboratoire d’Excellence ‘Milieu Intérieur’ (grant no. ANR-10-LABX-69-01) (D.D.), the Fonds IMMUNOV for Innovation in Immunopathology (B.T.), and Science Foundation Ireland (C.O.F., C.N.C., and N.B.). We thank the STTAR-Bioresource of TCD-SJH-TUH COVID-19 bioresource which supported the collection of patient samples. N.S. is a recipient of the Pasteur–Roux–Cantarini Fellowship. C.O.F., N.C., and C.N.C. are part-funded by a Science Foundation Ireland (SFI) grant, Grant Code 20/SPP/3685. L.T. is supported by the Irish Clinical Academic Training (ICAT) Program, supported by the Wellcome Trust and the Health Research Board (Grant Number 203930/B/16/Z), the Health Service Executive, National Doctors Training and Planning and the Health and Social Care, Research and Development Division, Northern Ireland. N.B. is funded under the Science Foundation Ireland Phase 2 COVID-19 Rapid Response Call (20/COV/8487) and the Health Research Board COVID-19 Rapid Response Call (COV19e2020e053). The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) and ANR GenMISC (ANR-21-COVR-0039) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement No. 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir—Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, The French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), REACTing-INSERM and the University of Paris (J.L.C.). P.B. was supported by the MD–Ph.D. program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller)., We thank the UTechS CB of the Center for Translational Research, Institut Pasteur for supporting Luminex and Nanostring analysis. We thank Quanterix for the provision of IFNα multi-subtype prototype assays. We acknowledge all healthcare workers involved in the diagnosis and treatment of patients in Hopital Cochin, Hopital Bichat, and St James’s Hospital Dublin., ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), and European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019)

Jérémy Dufloo, Cyril Planchais, Stéphane Frémont, Valérie Lorin, Florence Guivel-Benhassine, Karl Stefic, Nicoletta Casartelli, Arnaud Echard, Philippe Roingeard, Hugo Mouquet, Olivier Schwartz, Timothée Bruel, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), École Doctorale Bio Sorbonne Paris Cité [Paris] (ED562 - BioSPC), Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Cité (UPCité), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Trafic membranaire et Division cellulaire - Membrane Traffic and Cell Division, Hôpital Bretonneau, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Plateforme IBISA de Microscopie Electronique [CHRU de Tours] (UNIV Tours), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), O.S. is funded by Institut Pasteur, Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales (ANRS), Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), 'TIMTAMDEN' ANR-14-CE14-0029, 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14-0015-01, and the Gilead HIV cure program. J.D. is funded by a Ph.D grant from the French Ministry of Higher Education and Research. H.M. is funded by the Institut Pasteur, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01), INSERM, ANRS, and Gilead HIV cure program. C.P. was supported by an ANRS fellowship. A.E. and S.F. are funded by Institut Pasteur, CNRS, and ANRS (ANRS-21020 AP2020-2). P.R. is funded by INSERM, Université de Tours and ANRS., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute (VRI), Institut Pasteur, Agence Nationale de la Recherche (France), Ministére de l'Education Nationale de la Recherche et de la Technologie (France), and Université de Tours

Oksana Reznichenko, Denis Leclercq, Jaime Franco Pinto, Liliane Mouawad, Valérie Gabelica, Anton Granzhan, Chimie et modélisation pour la biologie du cancer (CMBC), Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Acides Nucléiques : Régulations Naturelle et Artificielle (ARNA), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Européen de Chimie et Biologie (IECB), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French Ministry of Higher Education, Research and Innovation (PhD fellowship, to OR), European Union's Horizon 2020 Framework Programme(Marie Skłodowska-Curie Grant Agreement No. 666003 through an IC-3i international PhD programme, to JFP), and benefited from access to Plateforme de BioPhysico-Chimie Structurale of the IECB (Univ. Bordeaux, CNRS UMS3033, Inserm US001) for native mass spectrometry., ANR-17-CE07-0004,DYCONAS,Chimie dynamique constitutionnelle pour les structures d'acides nucléiques(2017), GRANZHAN, Anton, and Chimie dynamique constitutionnelle pour les structures d'acides nucléiques - - DYCONAS2017 - ANR-17-CE07-0004 - AAPG2017 - VALID

Oleksandr Ivanchenko, Stéphane Mazières, Rinaldo Poli, Simon Harrisson, Mathias Destarac, Interactions moléculaires et réactivité chimique et photochimique (IMRCP), Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Fluides, Energie, Réacteurs, Matériaux et Transferts (FERMAT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), P3R - Polymères de Précision par Procédés Radicalaires (P3R), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Laboratoire de chimie de coordination (LCC), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and French Ministry of Higher Education, Research and Innovation

Baptiste Duceau, Michael Blatzer, Jean Bardon, Thibault Chaze, Quentin Giai Gianetto, Florence Castelli, François Fenaille, Lucie Duarte, Thomas Lescot, Christophe Tresallet, Bruno Riou, Mariette Matondo, Olivier Langeron, Pierre Rocheteau, Fabrice Chrétien, Adrien Bouglé, Neuropathologie expérimentale - Experimental neuropathology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Henri Mondor, Spectrométrie de Masse pour la Biologie – Mass Spectrometry for Biology (UTechS MSBio), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB, CHU Saint-Antoine [AP-HP], Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Sainte Anne [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences, The study was funded by a grant of the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation (Agence Nationale de la Recherche ANR-17-CE14-0035) to F. Chrétien. Drs A. Bouglé and B. Duceau were the recipients of a research fellowship grant from the Institut Pasteur (Paris, France) and Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (Paris, France)., and ANR-17-CE14-0035,PUSHUPS,Etude de la dysfonction des cellules souches musculaires au cours du sepsis(2017)

Daraghmi, Yousef-Awwad, Daraghmi, Eman Yaser, Daraghma, Raed, Fouchal, Hacene, Ayaida, Marwane, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre de Recherche en Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication - EA 3804 (CRESTIC), Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), COMmunications NUMériques - IEMN (COMNUM - IEMN), INSA Institut National des Sciences Appliquées Hauts-de-France (INSA Hauts-De-France), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), and Project Number: 02/2020 <<NBIOT>>, Fund name: Al Maqdisi programme, funder: the French-Palestinian Hubert Curien partnership and coordinated by the French Ministry for Europe and Foreign Affairs (MEAE), the French Ministry for Higher Education, Research and Innovation(MESRI), and by the Consulate General of France in Jerusalem.The authors would like to thank Palestine Technical University–Kadoorie and University de Reims Champagne Ardenne for supporting this research.

Nur Biha Mohamed Nafis, Mohamad Kamal A. Rahim, Mohamed Himdi, Universiti Teknologi Malaysia (UTM), Institut d'Électronique et des Technologies du numéRique (IETR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Mobility Grant from Rennes Metropole, European Union through the European Regional Development Fund, French Ministry of Higher Education and Research, Region Bretagne, CPER Project 2015-2020 SOPHIE/STIC, Ministry of Higher Education (MOHE) [FRGS/1/2021/TK0/UTM/01/7], Universite de Rennes 1, Ondes, School of Postgraduate Studies (SPS), Research Management Centre, School of Electrical Engineering [09G19], and Universiti Teknologi Malaysia (UTM), Johor Bahru [09G19]

Nadiya Zhutova, Florent Réal, Valérie Vallet, Rémi Maurice, Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physico-Chimie Moléculaire Théorique (PCMT), Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 (PhLAM), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de physique subatomique et des technologies associées (SUBATECH), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Nantes université - UFR des Sciences et des Techniques (Nantes univ - UFR ST), Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), MITI of CNRS (80|Prime project MSM4Po), HPC resources from the CCIPL (‘‘Centre de calcul intensif des Pays de la Loire’’), French Ministry of Higher Education and Research, region Hauts de France council and European Regional Development Fund (ERDF) project CPER CLIMIBIO., ANR-11-LABX-0005,Cappa,Physiques et Chimie de l'Environnement Atmosphérique(2011), and ANR-16-IDEX-0004,ULNE,ULNE(2016)

Saux, Patrick, Maillard, Odalric-Ambrym, Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Scool (Scool), Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and French National Research Agency, the French Ministry of Higher Education and Research, Inria, the MEL and the I-Site ULNE regarding project R-PILOTE-19-004-APPRENF and Bandits For Health (B4H).

Rima Souki, Jérémy Amosse, Valentine Genêt, Morgane Le Gall, Benjamin Saintpierre, Franck Letourneur, Anne Maître, Christine Demeilliers, Eric Le Ferrec, Dominique Lagadic-Gossmann, Normand Podechard, Lydie Sparfel, Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Environnement et Prévention en Santé des Populations (TIMC-EPSP ), Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525 (TIMC ), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), and The funding of this work was supported by The French National Research Program for Environmental and Occupational Health of Anses (2019/1/010) Rima Souki had a doctoral fellowship from the French Ministry for Higher Education and Research. Jeremy Amosse was a post-doctoral recipient from Anses. We are also thankful to the faculty of Pharmacy of Rennes, for funding the extended contract of Rima Souki.

Tristan Montier, Philippe Guégan, Sandrine Quemener, Kévin Pluchon, Juliette Ropars, Chantal Pichon, Tanguy Haute, Yann Thierry Le Guen, Tony Le Gall, Patrick Midoux, Gestionnaire, Hal Sorbonne Université, monopDNA-Nanoparticules Virus-Inspirées pour transfert de gènes. - - VINP2017 - ANR-17-CE18-0015 - AAPG2017 - VALID, Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078) (GGB), EFS-Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), Centre de biophysique moléculaire (CBM), Université d'Orléans (UO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Parisien de Chimie Moléculaire (IPCM), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie des polymères (LCP), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Parisien de Chimie Moléculaire (IPCM), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Récepteurs Nucléaires, Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (RNMCD - U1011), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), This work was funded by grants from the AFM – Association Française contre les Myopathies (project no. AFM2017#20609, AFM, Evry, France), the ANR – Agence Nationale de la Recherche (project no. ANR-17-CE18-0015-03, 'monopDNA-Nanoparticules Virus-Inspirées pour transfert de gènes', ANR, Paris, France), the Association de Transfusion Sanguine et de Biogénétique Gaétan Saleün (Brest, France), and the Région Bretagne (France). The Service Général des Plateformes, Animalerie Commune (Brest, France) and SynNanoVect (Brest-Rennes, France) are also acknowledged. Y.T.L.G. was a recipient of a PhD fellowship from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation., ANR-17-CE18-0015,VINP,monopDNA-Nanoparticules Virus-Inspirées pour transfert de gènes.(2017), Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO)-Université de Brest (UBO)-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université d'Orléans (UO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Récepteurs Nucléaires, Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires - U1011 (RNMCD)

Ludivine Grzelak, Ferdinand Roesch, Amaury Vaysse, Anne Biton, Rachel Legendre, Françoise Porrot, Pierre‐Henri Commère, Cyril Planchais, Hugo Mouquet, Marco Vignuzzi, Timothée Bruel, Olivier Schwartz, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), École Doctorale Bio Sorbonne Paris Cité [Paris] (ED562 - BioSPC), Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Cité (UPCité), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Institut Pasteur [Paris] (IP), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis, Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, Fondation pour la Recherche Médicale (FRM, IDISCOVR European Health Emergency Preparedness and Response Authority (HERA), French Ministry of Higher Education, Research and Innovation, ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0059,PROTEO-SARS-CoV-2,Protéomique du SARS-CoV-2(2020), and ANR-21-CO14-0007,CoronaMito,Conséquences de l'infection par le SRAS-CoV-2 sur la fonction mitochondriale(2021)

Wallner, Adrian, Busset, Nicolas, Lachat, Joy, Guigard, Ludivine, King, Eoghan, Rimbault, Isabelle, Mergaert, Peter, Béna, Gilles, Moulin, Lionel, Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CGIAR research program (CRP) RICE, Ph.D. fellowships from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation, and ANR-19-CE20-0007,BURKADAPT,Etude de l'adaptation à l'hôte chez les Burkholderia symbiotiques et pathogènes des eucaryotes(2019)

Philippe Colson, Philippe Gautret, Jeremy Delerce, Hervé Chaudet, Pierre Pontarotti, Patrick Forterre, Raphael Tola, Marielle Bedotto, Léa Delorme, Wahiba Bader, Anthony Levasseur, Jean‐Christophe Lagier, Matthieu Million, Nouara Yahi, Jacques Fantini, Bernard La Scola, Pierre‐Edouard Fournier, Didier Raoult, Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Unité de Neurobiologie des canaux Ioniques et de la Synapse (UNIS - Inserm U1072), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the French Government under the 'Investments for the Future' program managed by the National Agency for Research (ANR) (Méditerranée-Infection 10-IAHU-03), by the Région Provence Alpes Côte d'Azur and European funding FEDER PRIMMI (Fonds Européen de Développement Régional-Plateformes de Recherche et d'Innovation Mutualisées Méditerranée Infection) (FEDER PA 0000320 PRIMMI), and by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation (Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation) and the French Ministry of Solidarity and Health (Ministère des Solidarités et de la Santé)., ANR-10-IAHU-0003,Méditerranée Infection,I.H.U. Méditerranée Infection(2010), Pontarotti, Pierre, Instituts Hospitalo-Universitaires - I.H.U. Méditerranée Infection - - Méditerranée Infection2010 - ANR-10-IAHU-0003 - IAHU - VALID, and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)

Louis-Valentin Méteignier, Cécile Lecampion, Florent Velay, Cécile Vriet, Laura Dimnet, Martin Rougée, Christian Breuer, Ludivine Soubigou-Taconnat, Keiko Sugimoto, Fredy Barneche, Christophe Laloi, Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Luminy Génétique et Biophysique des Plantes (LGBP), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), RIKEN Center for Sustainable Resource Science [Yokohama] (RIKEN CSRS), RIKEN - Institute of Physical and Chemical Research [Japon] (RIKEN), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Velux Stiftung (Switzerland)., L.D. was supported by the Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives and Région Provence-Alpes-Côte d’Azur. F.V. is a recipient of a PhD fellowship from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation., Mass spectrometry analysis was performed at the IMM platform supported by a grant from the Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) Infrastrutures en Biologie Sante et Agronomie (IBiSA)., ANR-14-CE02-0010,SLOSAM,Signalisation du stress photooxydant dans les mécanismes d'acclimatation des plantes aux changements climatiques(2014), ANR-10-LABX-0054,MEMOLIFE,Memory in living systems: an integrated approach(2010), ANR-18-CE13-0004,ChromaLight,Functional links between nuclear architecture and epigenome reprogramming during plant adaptive responses to light(2018), ANR-17-CE12-0026,RiboStress,Interconnections génétiques, épigénétiques et protéiques au cours de la réorganisation fonctionnelle du nucléole et des réponses aux stress(2017), ANR-10-LABX-0040,SPS,Saclay Plant Sciences(2010), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-10-JCJC-1205,CHROS,CHromatine et ROS : Rôle du facteur de remodelage de la chromatine topoisomérase VI dans la réponse transcriptionnelle des plantes à l'oxygène singulet et autres formes actives de l'oxygène lors de conditions de stress abiotique.(2010), BARNECHE, Fredy, Appel à projets générique - Signalisation du stress photooxydant dans les mécanismes d'acclimatation des plantes aux changements climatiques - - SLOSAM2014 - ANR-14-CE02-0010 - Appel à projets générique - VALID, Memory in living systems: an integrated approach - - MEMOLIFE2010 - ANR-10-LABX-0054 - LABX - VALID, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Functional links between nuclear architecture and epigenome reprogramming during plant adaptive responses to light - - ChromaLight2018 - ANR-18-CE13-0004 - AAPG2018 - VALID, Interconnections génétiques, épigénétiques et protéiques au cours de la réorganisation fonctionnelle du nucléole et des réponses aux stress - - RiboStress2017 - ANR-17-CE12-0026 - AAPG2017 - VALID, Saclay Plant Sciences - - SPS2010 - ANR-10-LABX-0040 - LABX - VALID, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs - CHromatine et ROS : Rôle du facteur de remodelage de la chromatine topoisomérase VI dans la réponse transcriptionnelle des plantes à l'oxygène singulet et autres formes actives de l'oxygène lors de conditions de stress abiotique. - - CHROS2010 - ANR-10-JCJC-1205 - JCJC - VALID, and Aix Marseille Université (AMU)

Estelle Vincendeau, Wenming Wei, Xuefei Zhang, Cyril Planchais, Wei Yu, Hélène Lenden-Hasse, Thomas Cokelaer, Juliana Pipoli da Fonseca, Hugo Mouquet, David J. Adams, Frederick W. Alt, Stephen P. Jackson, Gabriel Balmus, Chloé Lescale, Ludovic Deriano, Vincendeau, Estelle [0000-0002-0231-1609], Zhang, Xuefei [0000-0002-1873-6679], Yu, Wei [0000-0002-1777-5254], Cokelaer, Thomas [0000-0001-6286-1138], Adams, David J [0000-0001-9490-0306], Jackson, Stephen P [0000-0001-9317-7937], Balmus, Gabriel [0000-0003-2872-4468], Lescale, Chloé [0000-0003-0622-1149], Deriano, Ludovic [0000-0002-9673-9525], Apollo - University of Cambridge Repository, Intégrité du génome, immunité et cancer - Genome integrity, Immunity and Cancer, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), Peking University [Beijing], Immunologie humorale - Humoral Immunology, Biomics (plateforme technologique), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], University of Cambridge [UK] (CAM), The Deriano laboratory is funded by Institut Pasteur, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm), Wordwide Cancer Research (grant # 19-0333), Ligue Nationale Contre le Cancer (Equipe labellisée 2019), and Institut National du Cancer (INCa, grant # PLBIO19-122). E.V. is supported by the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (Doctoral School Bio Sorbonne Paris Cité) and by the Fondation pour la Recherche Médicale. W.W. is part of the Pasteur–Paris University International Ph.D. program and received funding from the CNBG company, China. The Balmus laboratory at the UK DRI is funded by the Medical Research Council, Alzheimer’s Society and Alzheimer’s Research UK. Research in the Jackson laboratory is funded by Cancer Research UK (CRUK) program grant DRCPGM\100005 and core grant C6946/A24843, Wellcome Investigator award 206388/Z/17/Z and core grant 203144, and ERC Synergy award 855741. S.P.J. receives a salary from the University of Cambridge. F.W.A is an investigator of the Howard Hughes Medical Institute. H.M. received core grants from the Institut Pasteur, the INSERM and the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01)., We thank the Wellcome Trust Sanger Institute Mouse Genetics Project (Sanger MGP) and its funders for providing the mutant mouse line (Allele: Shld1em1(IMPC)Wtsi), and INFRAFRONTIER/EMMA. We thank the Institut Pasteur animal facility, specifically Quentin Mille, Jeromine Rohard Blanco, and Franck Bourgade for mouse weighing. We thank Jean-Pierre de Villartay for providing the CD21-Cre3a line and Klaus Rajewsky and MGC for permission to use the line. We thank Michela Di Virgilio for providing 53BP1 knockout animals and Junjie Chen for permission to use them. We thank members of the Deriano lab for their discussion and technical help. We thank Bernardo Reina-San-Martin for the discussion and advices. We thank Christopher Carnie for the discussion on the design of SHLD1 mutant sites., ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), and Jackson, Stephen [0000-0001-9317-7937]

Darragh Duffy, Nikaïa SMITH, Céline Possémé, Vincent Bondet, Jamie Sugrue, Liam Townsend, Bruno Charbit, Vincent Rouilly, Violaine Saint-André, Tom Dott, Andre Rodriguez Pozo, Nader Yatim, Olivier Schwartz, Minerva Cervantes-Gonzales, Jade Ghosn, Paul Bastard, Jean-Laurent Casanova, Tali-Anne Szwebel, Benjamin Terrier, Niall Conlon, Cliona O'Farrelly, Cliona Ni Cheallaigh, Nollaig Bourke, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP), Trinity College Dublin, Datactix, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], St James' Hospital, This study was supported by the 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign the Institut Pasteur (CoVarImm and Steroid Response), from the Agence Nationale de la Recherche (ANR-flash COVID-19), by the Laboratoire d’Excellence ‘Milieu Intérieur’ (grant no. ANR-10-LABX-69-01), the Fonds IMMUNOV for Innovation in Immunopathology, and Science Foundation Ireland. We thank the STTAR-Bioresource of TCD-SJH-TUH COVID-19 bioresource which supported collection of patient samples. NS is a recipient of the Pasteur-Roux-Cantarini Fellowship. COF, NC and CNC are part-funded by a Science Foundation Ireland (SFI) grant, Grant Code 20/SPP/3685. LT is supported by the Irish Clinical Academic Training (ICAT) Programme, supported by the Wellcome Trust and the Health Research Board (Grant Number 203930/B/16/Z), the Health Service Executive, National Doctors Training and Planning and the Health and Social Care, Research and Development Division, Northern Ireland. N.B. is funded under the Science Foundation Ireland Phase 2 COVID-19 Rapid Response Call (20/COV/8487) and the Health Research Board COVID-19 Rapid Response Call (COV19e2020e053). The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) and ANR GenMISC (ANR-21-COVR-0039) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, The French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), REACTing-INSERM and the University of Paris. PB was supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller)., We thank the UTechS CB of the Center for Translational Research, Institut Pasteur for supporting Luminex and Nanostring analysis. We acknowledge all health-care workers involved in the diagnosis and treatment of patients in Hopital Cochin, Hopital Bichat, and St James’s Hospital Dublin., ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC)

Martin Philippe-Lesaffre, Clara Marino, Léo Lusardi, Camille Bernery, Elena Angulo, Elsa Bonnaud, Loreleï Guéry, Eléna Manfrini, Anna Turbelin, Céline Albert, Ugo Arbieu, Franck Courchamp, Ecologie Systématique et Evolution (ESE), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Estación Biológica de Doñana (EBD), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Smithsonian Conservation Biology Institute, Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre (SBiK-F), Goethe-Universität Frankfurt am Main-Senckenberg – Leibniz Institution for Biodiversity and Earth System Research - Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung, Leibniz Association-Leibniz Association, PhD students were funded by the French Ministry of Higher Education (CB, LL, CM, MPL), postdocs were funded by the Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre (UA), the Biodiversa ERA-Net AlienScenario project (AT), and the AXA Research Fund Chair for Invasion Biology of University Paris-Saclay (EA, CA, EM), and Tenured academics salary were funded by the University Paris-Saclay (EB), the CIRAD (LG) and the CNRS (FC). MPL was also funded as an intern by the ENS Paris-Saclay during part of the project.

Paul Bastard, Kuang-Chih Hsiao, Qian Zhang, Jeremy Choin, Emma Best, Jie Chen, Adrian Gervais, Lucy Bizien, Marie Materna, Christine Harmant, Maguelonne Roux, Nicola L. Hawley, Daniel E. Weeks, Stephen T. McGarvey, Karla Sandoval, Carmina Barberena-Jonas, Consuelo D. Quinto-Cortés, Erika Hagelberg, Alexander J. Mentzer, Kathryn Robson, Boubacar Coulibaly, Yoann Seeleuthner, Benedetta Bigio, Zhi Li, Gilles Uzé, Sandra Pellegrini, Lazaro Lorenzo, Zineb Sbihi, Sylvain Latour, Marianne Besnard, Tiphaine Adam de Beaumais, Evelyne Jacqz Aigrain, Vivien Béziat, Ranjan Deka, Litara Esera Tulifau, Satupa‘itea Viali, Muagututi‘a Sefuiva Reupena, Take Naseri, Peter McNaughton, Vanessa Sarkozy, Jane Peake, Annaliesse Blincoe, Sarah Primhak, Simon Stables, Kate Gibson, See-Tarn Woon, Kylie Marie Drake, Adrian V.S. Hill, Cheng-Yee Chan, Richard King, Rohan Ameratunga, Iotefa Teiti, Maite Aubry, Van-Mai Cao-Lormeau, Stuart G. Tangye, Shen-Ying Zhang, Emmanuelle Jouanguy, Paul Gray, Laurent Abel, Andrés Moreno-Estrada, Ryan L. Minster, Lluis Quintana-Murci, Andrew C. Wood, Jean-Laurent Casanova, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), University of Auckland [Auckland], Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), University of Pittsburgh (PITT), Pennsylvania Commonwealth System of Higher Education (PCSHE), Langebio (CINVESTAV), University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Sydney Children's hospital, Garvan Institute of medical research, UNSW Faculty of Medicine [Sydney], Institut Louis Malardé [Papeete] (ILM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Auckland City Hospital, Canterbury Health Laboratories, University of Oxford, University of Queensland [Brisbane], Brown University, Ministry of Health [Samoa], Tupua Tamasese Meaole Hospital (TTM), University of Cincinnati (UC), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Cité (UPCité), Institut Gustave Roussy (IGR), Centre Hospitalier de Polynésie Française, Signalisation des Cytokines - Cytokine Signaling, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), University of Oslo (UiO), National Laboratory of Genomics for Biodiversity (LANGEBIO), Centro de Investigacion y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional (CINVESTAV), Yale University [New Haven], Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Shanghai Jiaotong University, Murdoch Children's Research Institute (MCRI), The laboratory of V.-M. Cao-Lormeau is supported by MATAEA grant no. 03557/MED/REC_29/05/2019 (Délégation à la recherche de la Polynésie française). The Laboratory of Human Evolutionary Genetics is supported by Institut Pasteur, Collège de France, the Centre national de la recherche scientifique, Fondation Allianz-Institut de France, the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoires d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (ANR-10-LABX-62-IBEID) and 'Milieu Intérieur' (ANR-10-LABX-69-01), Fondation de France (grant no. 00106080), and Fondation pour la Recherche Médicale (Equipe FRM DEQ20180339214). The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH, R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences, the NIH Clinical and Translational Science Award program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Yale Center for Mendelian Genomics, and the Genome Sequencing Program Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (UM1HG006504 and U24HG008956), the Yale High-Performance Computing Center (S10OD018521), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM, EQU201903007798), the FRM and ANR GENCOVID project, the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, INSERM, the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), and the University of Paris. P. Bastard was supported by the FRM (EA20170638020) and by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of Fondation Bettencourt-Schueller). The National Laboratory of Genomics for Biodiversity (LANGEBIO-CINVESTAV) in Mexico is supported by Consejo Nacional de Ciencia y Technologia (grant number FONCICYT/50/2016), The Newton Fund through the Medical Research Council (grant number MR/N028937/1), and the International Center for Genetic Engineering and Biotechnology grant number CRP/MEX20-01, awarded to A. Moreno-Estrada. S.G. Tangye is supported by a Leadership 3 Investigator Grant awarded by the National Health and Medical Research Council of Australia (1176665) and the Jeffrey Modell Foundation. Clinical Immunogenomics Research Consortium Australasia investigators (K.-C. Hsiao, P. McNaughton, A. Blincoe, J. Peake, S.G. Tangye, and P. Gray) are supported by the John Brown Cook Foundation. This work was supported by the National Institutes of Health grants R01-HL093093 (S.T. McGarvey) and R01-HL133040 (R.L. Minster). Molecular data for the Trans-Omics in Precision Medicine (TOPMed) program were provided by the National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI). Genome sequencing for the Soifua Manuia study, labeled 'NHLBI TOPMed: Genome-wide Association Study of Adiposity in Samoans' (phs000972.v4.p1) in the dbGaP, was performed at the Northwest Genomics Center (HHSN268201100037C) and the New York Genome Center (HHSN268201500016C). Core support, including centralized genomic read mapping and genotype calling, along with variant quality metrics and filtering, was provided by the TOPMed Informatics Research Center (3R01-HL117626-02S1, contract HHSN268201800002I). Core support, including phenotype harmonization, data management, sample-identity QC, and general program coordination, was also provided by the TOPMed Data Coordinating Center (R01-HL120393, U01-HL120393, contract HHSN268201800001I). We gratefully acknowledge the studies and participants who provided biological samples and data for TOPMed. This research was funded in whole or in part by the French National Research Agency (ANR)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-20-COVI-0003,GENCOVID,Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé(2020), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPC), University of Oxford [Oxford], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Institute for Regenerative Medicine and Biotherapy [Montpellier], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Université Paris Cité (UPC), Garvan Institute of Medical Research [Sydney, Australia], and Chaire Génomique humaine et évolution

N. Karasiak, Claude Monteil, Jean-François Dejoux, David Sheeren, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'études spatiales de la biosphère (CESBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and French Ministry of Higher Education and Research (University of Toulouse)

Cyril Planchais, David Rey, Aurélie Velay, Ludivine Grzelak, Yoann Madec, Yves Hansmann, Isabelle Staropoli, Marie-Josée Wendling, Samira Fafi-Kremer, Arnaud Fontanet, Catherine Schmidt-Mutter, Timothée Bruel, Hugo Mouquet, Nathalie Reix, Ludovic Glady, Floriane Gallais, Olivier Schwartz, María González, Nicolas Meyer, Jérôme De Seze, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Cité (UPCité), Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), CIC Strasbourg (Centre d’Investigation Clinique Plurithématique (CIC - P) ), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], CHU Strasbourg, Groupe Méthodes en Recherche Clinique [Strasbourg] (GMRC), Nouvel Hôpital Civil [Strasbourg], CHU Strasbourg-CHU Strasbourg, Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), S. F. K.’s laboratory is funded by Strasbourg University Hospitals (Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, PRI 7782), Agence Nationale de la Recherche (ANR-18-CE17-0028), Laboratoire d’Excellence TRANSPLANTEX (ANR-11-LABX-0070_TRANSPLANTEX), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (UMR_S 1109). O. S.’s laboratory is funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, Agence Nationale de recherches sur le sida, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), 'TIMTAMDEN' Agence Nationale de la Recherche ANR-14-CE14-0029, 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14-0015-01, the Gilead HIV cure program, and ANR/Fondation Pour la Recherche Médicale Flash COVID. L. Gr., is supported by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation., ANR-18-CE17-0028,HuMABK,Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées(2018), ANR-11-LABX-0070,TRANSPLANTEX,Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app(2011), ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), univOAK, Archive ouverte, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées - - HuMABK2018 - ANR-18-CE17-0028 - AAPG2018 - VALID, Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app - - TRANSPLANTEX2011 - ANR-11-LABX-0070 - LABX - VALID, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Appel à projets générique - Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue - - TIMTAMDEN2014 - ANR-14-CE14-0029 - Appel à projets générique - VALID, and Appel à projets générique - Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya - - CHIKV-Viro-Immuno2014 - ANR-14-CE14-0015 - Appel à projets générique - VALID

Vincent M.P. Bouchet, Laurent Seuront, Akira Tsujimoto, Julien Richirt, Fabrizio Frontalini, Masashi Tsuchiya, Misako Matsuba, Hidetaka Nomaki, Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Shimane University, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology (JAMSTEC), Università degli Studi di Urbino 'Carlo Bo', and Pierre-Hubert Curien Sakura program (project number: 47041NL), implemented by the French Ministry for Europe and Foreign Affairs, the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation and the Japan Society for the Promotion of Science (JPJSBP 120213211).

Shakila Behzadifar, Alexandre Barras, Valérie Plaisance, Valérie Pawlowski, Sabine Szunerits, Amar Abderrahmani, Rabah Boukherroub, NanoBioInterfaces - IEMN (NBI - IEMN), Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), The CNRS, the University of Lille, the Hauts-de-France region, and the Agence Nationale de la Recherche (project: NANOMIC) are acknowledged for financial support., The doctorate of S.B. is financed by the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI)., and ANR-22-CE09-0016,NANOMIC,NANO plateforme innovant transportant des nanobodies et du manganèse pour le traçage et l'imagerie spécifique par résonance magnétique des cellules béta pancréatiques(2022)

Yeh, Shih-Chia, Strilets, Tania, Tan, Wei-Lian, Castillo, David, Medkour, Hacene, Rey-Cadilhac, Félix, Serrato-Pomar, Idalba, Rachenne, Florian, Chowdhury, Avisha, Chuo, Vanessa, Azar, Sasha, Singh, Moirangthem Kiran, Hamel, Rodolphe, Missé, Dorothée, Kini, R, Kenney, Linda, Vasilakis, Nikos, Marti-Renom, Marc a, Nir, Guy, Pompon, Julien, Garcia-Blanco, Mariano, Duke-NUS Medical School [Singapore], The University of Texas Medical Branch (UTMB), Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), National University of Singapore (NUS), Department of Computer and Information Science [Pennsylvania] (CIS), University of Pennsylvania, Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), ICREA Infection Biology Laboratory (Department of Experimental and Health Sciences), University of Texas Medical Branch at Galveston, Support for this research came from a fellowship from the McLauglin Family Foundation to TS, scholarships from the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM project SPF202110013925) to HM, from the Institut Méditerranéen Hospitalier (IHU, Marseille) to IMSP and from the graduate school French Ministry of Higher Education and Research to FRC and FR, UTMB start-up funds and Cancer Prevention & Research Institute of Texas grant RP200650 to LJK and MKS, the Ministerio de Ciencia e Innovación (PID2020-115696RB-I00) to MAM-R, Cancer Prevention & Research Institute of Texas grant ID RR210018 to GN, Ministry of Education (Singapore) Tier3 grant (MOE2015-T3-1-003) to RMK and JP, a National Medical Research Council (Singapore) ZRRF grant (ZRRF/007/2017) to JP, a French Agence Nationale de la Recherche grant (ANR-20-CE15-0006) to JP, and the Duke-NUS Signature Research Programme funded by the Agency for Science Technology and Research (A*Star Singapore) and NIH/NIAID P01 AI150585 to MAGB. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., and ANR-20-CE15-0006,VirSalivaEnhancer,Amplificateur de transmission d'origine flavivirale dans la salive de moustique(2020)

Samuel Depraz, Environnement Ville Société (EVS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), French Ministry for Higher Education and Research / Laboratory MTE / UMR 5045 CNRS, Montpellier. Material support was kindly given by the Alföld Institute of the Centre for Regional Studies of the Hungarian Academy of Sciences directed by Pr. Bálint CSATÁRI., Program of the French Ministry for Higher Education and Research, ACI 'Espace et territoires', lead in by Pr. Marie-Claude MAUREL (EHESS, Paris), Environnement Ville Société ( EVS ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -Université Jean Moulin - Lyon III-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Ecole Nationale Supérieure des Mines de Saint-Etienne-École nationale supérieure d'architecture de Lyon ( ENSAL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Corinne Lacaze-Dufaure, Christine Lepetit, Yann Bulteau, Centre National de la Recherche Scientifique - CNRS (FRANCE), Institut National Polytechnique de Toulouse - Toulouse INP (FRANCE), Université Toulouse III - Paul Sabatier - UT3 (FRANCE), Centre interuniversitaire de recherche et d'ingenierie des matériaux (CIRIMAT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC), Laboratoire de chimie de coordination (LCC), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and French Ministry of Higher Education and Research

Garot, Edith, Dussert, Stephane, Domergue, Frédéric, Joët, Thierry, Fock-Bastide, Isabelle, Combes, Marie-Christine, Lashermes, Philippe, Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The European Union (European Regional Development Fund), Région Réunion, and the Institut de Recherche pour le Développement (IRD) (CAFEDIV project 'Caractérisation et valorisation d’une espèce endémique des forêts réunionnaises : le caféier marron' GURDTI/20171191-00002607). E.G. benefited a doctoral grant from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation (University of Montpellier)., and Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)