6 results on '"Etude des Hydrosystèmes Continentaux Tropicaux (ETHYC'O)"'
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2. Exploring the capacity of aquatic biofilms to act as environmental DNA samplers: Test on macroinvertebrate communities in rivers
- Author
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Olivier Monnier, Sinziana F. Rivera, Frédéric Rimet, Agnès Bouchez, Nathalie Mary, Valentin Vasselon, Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Etude des Hydrosystèmes Continentaux Tropicaux (ETHYC'O), Office français de la biodiversité (OFB), and OFB (Office Francais de la Biodiversite)COST (European Cooperation in Science and Technology) programCA15219
- Subjects
Environmental Engineering ,010504 meteorology & atmospheric sciences ,Microorganism ,Biodiversity ,010501 environmental sciences ,01 natural sciences ,Comoros ,Extracellular polymeric substance ,Rivers ,Environmental Chemistry ,Animals ,Environmental DNA ,14. Life underwater ,Waste Management and Disposal ,Ecosystem ,Biofilms Metabarcoding Environmental DNA Macroinvertebrates ,0105 earth and related environmental sciences ,Invertebrate ,Ecology ,Biofilm ,Ecological assessment ,DNA ,biochemical phenomena, metabolism, and nutrition ,Pollution ,DNA, Environmental ,Invertebrates ,Biofilms ,[SDE]Environmental Sciences ,Environmental science ,Species richness ,France ,Environmental Monitoring - Abstract
International audience; Aquatic biofilms are heterogeneous assemblages of microorganisms surrounded by a matrix of extracellular polymeric substances (EPS). Recent studies suggest that aquatic biofilms can physically act as sorptive sponges of DNA. We took the opportunity from already available samples of stone biofilms and macroinvertebrates specimens collected in parallel at the same sites to test the capacity of biofilms to act as DNA samplers of macroinvertebrate communities in streams. Macroinvertebrate communities are usually studied with metabarcoding using the DNA extracted from their bodies bulk samples, which remains a time-consuming approach and involves the destruction of all individual specimens from the samples. The ability of biofilms to capture DNA was explored on 19 rivers sites of a tropical island (Mayotte Island, France). First, macroinvertebrate specimens were identified based on their morphological characteristics. Second, DNA was extracted from biofilms, and macroinvertebrate communities were targeted using a standard COI barcode. The resulting morphological and molecular inventories were compared. They provided comparable structures and diversities for macroinvertebrate communities when one is working with the unassigned OTU data. After taxonomic assignment of the OTU data, diversity and richness were no longer correlated. The ecological assessment derived from morphological bulk samples was conserved by the biofilms samples. We also showed that the biofilm method allows to detect a higher diversity for some organisms (Cnidaria), that is hardly accessible with the morphological method. The results of this study exploring the DNA signal captured by natural biofilms are encouraging. However, a more detailed study integrating more replicates and comparing the biodiversity signal based on both morphological and molecular bulk macroinvertebrate samples to the one captured by biofilms will be necessary. Better understanding how the DNA signal captured by natural biofilms represents the biodiversity of a given sampling site is necessary before considering its use for bioassessment applications.
- Published
- 2021
3. Diagnostic écologique multi-compartiments des cours d’eau. Action 7 : Développement d’un indice biologique pour les cours d’eau de Mayotte, fondé sur la macrofaune benthique
- Author
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Meyer, Albin, Mary, Nathalie, Houviez, Lucie, Gomez, Livia, Usseglio-Polatera, Philippe, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etude des Hydrosystèmes Continentaux Tropicaux (ETHYC'O), OFB, and Rapport Université de Lorraine (LIEC) pour l’OFB
- Subjects
île de Mayotte ,[SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems ,indice ,[SDE]Environmental Sciences ,invertébrés ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,[SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society ,bioindication ,cours d'eau - Published
- 2020
4. Développement d’un indice biologique pour les cours d’eau de Mayotte, fondé sur la macrofaune benthique
- Author
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MEYER, Albin, MARY, Nathalie, HOUVIEZ, Lucie, GOMEZ, Livia, USSEGLIO-POLATERA, Philippe, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etude des Hydrosystèmes Continentaux Tropicaux (ETHYC'O), AFB, and Rapport Université de Lorraine (LIEC) pour l’AFB
- Subjects
[SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems ,Bioindication indices ,[SDE]Environmental Sciences ,Mayotte island ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,invertebrates ,streams ,[SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society ,diagnostic tool - Published
- 2019
5. Indice biotique de la Nouvelle-Calédonie (IBNC) et indice biosédimentaire (IBS) : guide méthodologique et technique
- Author
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Mary, Nathalie, Etude des Hydrosystèmes Continentaux Tropicaux (ETHYC'O), Nouvelle-Calédonie (DAVAR/SDE), province Sud de la Nouvelle-Calédonie, province Nord de la Nouvelle-Calédonie, Observatoire de l’environnement en Nouvelle-Calédonie (OEIL), CNRT Nickel et son environnement, Davar, Oeil, and CNRT Nickel et son environnement
- Subjects
[SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems ,Hydrobiologie ,FOS: Earth and related environmental sciences ,Qualité de l'eau ,Nouvelle-Calédonie ,Suivi environnemental ,[SDU.STU.HY]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Hydrology ,Eau douce ,Indice biosédimentaire ,Indice biotique - Abstract
International audience; – Le programme « IBNC-IBS, Amélioration des méthodes indicielles : indice biotique de la Nouvelle-Calédonie (IBNC) et indice biosédimentaire (IBS) » est une mise à jour de deux indices existants et utilisés en Nouvelle-Calédonie pour les suivis de la qualité des eaux des rivières.- Ces méthodes se basent sur les invertébrés benthiques inféodés aux milieux aquatiques, l’un des groupes les plus performants pour réaliser un diagnostic de la qualité des écosystèmes.- Destiné plus particulièrement aux hydrobiologistes, ce guide vise à les orienter vers une utilisation optimisée et homogène des méthodes indicielles développées pour la Nouvelle-Calédonie, afin d’obtenir des résultats représentatifs et comparables dans l’espace et dans le temps. - Ce document devrait également être utile aux institutionnels et commanditaires d’études qui y trouveront des éléments de réponses à leurs attentes et matière à préciser leurs cahiers des charges pour le suivi des macroinvertébrés.
- Published
- 2015
6. Are elemental and strontium isotopic microchemistry of otolith and histomorphometrical characteristics of vertebral bone useful to resolve the eel Anguilla obscura status in Lalolalo lake in Wallis Island?
- Author
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Bareille, G., sasal, Mary, N., Meunier, F. J., Deschamps, M. -H, Berail, S., Pecheyran, C., Lecomte-Finiger, R., Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Sorbonne Université (SU)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut Pluridisciplinaire de Recherche sur l'Environnement et les Matériaux (IPREM), Laboratoire de Chimie Analytique Bio-Inorganique et Environnement (LCABIE), Biologie et écologie tropicale et méditerranéenne (BETM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Excellence CORAIL (LabEX CORAIL), Université des Antilles (UA)-Institut d'écologie et environnement-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de La Réunion (UR)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Etude des Hydrosystèmes Continentaux Tropicaux (ETHYC'O), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), and Université Laval [Québec] (ULaval)
- Subjects
otolith microchemistry ,ecological status ,Anguilla obscura ,[SDU.STU.GC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geochemistry ,isotopic ratios ,[CHIM]Chemical Sciences ,bone histomorphometry ,Lalolalo lake - Abstract
cited By 0; International audience; Otolith Sr/Ca, Ba/Ca and 87 Sr/ 86 Sr ratios and vertebral bone histomorphometry were used to investigate the life-history of Anguilla obscura eels from an enclosed lake, Lalolalo (Wallis Island in the Pacific), with no apparent connection with the sea. 87 Sr/ 86 Sr isotopic ratio from the core region gives evidence of indisputable marine origin of eels caught in the lake suggesting that underground connections between the lake and the sea exist. Sr/Ca and Ba/Ca ratios recorded after the elver mark are undifferentiated from seawater ones, thus limiting their used as marker of entrance in the lake and movement. However, 87 Sr/ 86 Sr isotopic ratio demonstrated that: 1) eels enter in the lake just after their metamorphosis and spend their entire adult life in the lake and 2) the lake chemistry is consistent with 1 % seawater-like contribution and 99 % basalt weathering and/or geothermal spring contribution. The vertebrae do not show a particular demineralization of bone matrix (45-52 %). Reversely, the study of bone compactness shows an important loss of bone that favors the hypothesis of a genital maturation that arises in the ecological state of the lake.
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