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Le présent travail propose de représenter la structure des problématiques de recherche en éducation sous la forme de cladogrammes. Ces graphiques ayant l’aspect d’arbres sont utilisés ici afin de visualiser les relations entre les thèmes d’une problématique ainsi que le développement de ces thèmes. Ils bonifient la métaphore de l’entonnoir limité à une progression du général au spécifique. La métaphore du cladogramme met en exergue la diversité des structures des problématiques. Nous concluons par des suggestions pouvant guider la réalisation des problématiques. The present work proposes to represent the structure of educational research issues in the form of cladograms. These charts that are in the appearance of trees are used to visualize the relationships between the themes of a problem as well as the development of these themes. They improve the metaphor of the funnel limited to the progression from general to specific. The metaphor of the cladogram highlights the diversity of existing structures. We conclude with suggestions that can be a guide in the creation of research problem.

Chapitre à paraître dans Journées de Statistique de la SFdS 2020 (volume exceptionnel); International audience; The spatial proximity between pairs of genomic positions can be measured by Hi-C experiments, which give insights into the 3D organization of DNA. This organization plays an important role in the regulation of gene expression. The aim of Hi-C differential analysis is to find significant differences in the 3D structure of the genome between two biological conditions from replicates of Hi-C experiments in each condition. Here, we present a new differential analysis method based on Hierarchical Agglomerative Clustering with Contiguity Constraint (CCHAC). CCHAC is used to represent the hierarchical structure of genomic positions in the form of a binary tree. The problem of Hi-C differential analysis is then translated into a tree comparison problem and handled using tree distances.; Les données Hi-C mesurent la proximité spatiale entre paires de positions génomiques et donnent des informations sur l'organisation 3D de l'ADN qui, elle-même, a un rôle important dans la régulation de l'expression des gènes. Le but de l'analyse différentielle de données Hi-C est de trouver des différences significatives entre la structure 3D du génome de deux conditions biologiques différentesà partir de plusieurs réplicats d'expériences Hi-C dans chaque condition. Ici, nous proposons une nouvelle méthode d'analyse différentielle basée sur la Classification Ascendante Hiérarchique avec Contrainte de Contiguïté (CAHCC). Celle-ci est utilisée pour représenter la structure hiérarchique des positions génomiques sous la forme d'un arbre binaire et le problème de l'analyse différentielle Hi-C est alors transformé en un problème de comparaison d'arbres, résolu en utilisant des distances entre arbres. Mots-clés. Classification ascendante hiérarchique, classification ascendante hiérarchique sous contrainte, dendrogramme, données Hi-C, analyse différentielle, distances entre arbres. .

National audience; La classification ascendante hiérarchique (CAH) avec lien de Ward est une approche fréquemment utilisée pour partitionner des objets d'un espace multi-dimensionnel. Nous discutons ici de la validité théorique des extensions de cette approches à différents types d'entrées (distances, dissimilarités, noyaux, similarités) ainsi que de la pertinence de l'utilisation de sa version contrainte (parfois appelée "CONISS") dans ces divers cas. En particulier, nous étudions les conditions garantissant la cohérence entre les résultats de la CAH et leur représentation graphique classique sous forme de dendrogramme. Nous présentons également une étude de simulations montrant que la version contrainte de la méthode permet, outre des gains computationnels, d'obtenir de meilleurs résultats de classification lorsque la contrainte est cohérente avec la structure des données. Beaucoup de ces résultats sont présents dans une littérature hétéroclite : l'objet de cette communication est de proposer donc un cadre de présentation uniforme et de compléter les résultats existants.

Phytoplankton plays a key role in aquatic ecosytems as an oxygen producer, a CO2 trap, a primary source of food in trophic chains and as an indicator of changes in the environment. However, despite this positive importance, it can also develop into harmful algal blooms. With the aim of increasing knowledge about this group of microorganisms in Mexican aquatic ecosystems, a list of the phytoplankton species of the Sontecomapan Lagoon was made indicating those that potentially can provoke red tides. Besides, the distribution and abundance of these species was studied in two seasons, the rainy one (June, 2015) and the dry one (February, 2016) on eight sampling stations. Phytoplankton samples were collected with a Van Dorn bottle to measure environmental factors (transparency, salinity, temperature, pH and dissolved oxygen). A list with 357 species with a clear dominance of diatoms (67.8%) and dinoflagellates (20.16%) was obtained from literature review and materials derived from this study. Among them, 19.88% can potentially from red tides, and some of them are toxic. From the sample collected, 102 species of phytoplankton were recorded; 42 of them during the rainy season, 65 during the dry one and 7 présents in both. Among these species, 17 can potentially form red tides and from these, only two can be toxic for humans : Dinophysis caudata and Lyngbya majuscula. The cluster analysis of the environmental factors showed the formation of four groups in the rainy season and three in the dry season, associated to teh salinity gradients.

The taxonomy of the genus Manihot is still uncertain and the genetic origin of cassava (M. esculenta Crantz) continues to be controversial. We studied the degree of genetic relatedness between cassava and two naturally occurring species (M. flabellifolia and M. peruviana) which are probably involved in the evolution of cassava, using RAPD and AFLP molecular markers. Thirty-three clonal accessions of cassava of known genetic diversity and 15 accessions of the wild species M. flabellifolia and M. peruviana were analyzed using 92 polymorphic RAPD bands and 73 polymorphic AFLP bands. The genetic markers were unable to differentiate the two wild species, which confirms their botanical similarity. Half of the total number of amplified bands were monomorphic in all of the genotypes evaluated. The mean genetic similarity (Jaccard) between cassava and the species M. flabellifolia/M. peruviana was 0.59. A grouping analysis (neighbor-joining method) with RAPD markers of cultivated cassava, M. flabellifolia/M. peruviana and the other wild species located the genotypes of cassava and M. flabellifolia/M. peruviana at one extremity and the three Mexican species (M. aesculifolia, M. michaelis and M. chlorostica) at the other. An intermediate position between these groups was occupied by two wild species (M. glaziovii and M. reptans) native to central and northeastern Brazil. These results are consistent with the hypothesis that the species M. flabellifolia and M. peruviana gave rise to the cultivated species.A taxonomia do gênero Manihot em grande parte não está resolvida e a origem genética da mandioca (M. esculenta Crantz) continua controvertida. Na tentativa de contribuir para elucidar sua história evolutiva, as relações de proximidade genética da mandioca com duas espécies selvagens que provavelmente participaram da sua história evolutiva, M. flabellifolia e M. peruviana, foram estudadas através de dois tipos de marcadores moleculares, os RAPDs e os AFLPs. Para tanto, foram empregados 33 acessos clonais de mandioca de reconhecida diversidade genética e 15 acessos das espécies selvagens M. flabellifolia e M. peruviana das regiões central e norte do Brasil, importantes centros de ocorrência natural destas espécies. Noventa e duas bandas polimórficas RAPD e 73 AFLP foram utilizadas para análise dos resultados. Ambos marcadores foram incapazes de diferenciar as duas espécies selvagens utilizadas, confirmando a grande semelhança botânica entre elas. Em relação à mandioca cultivada, os resultados revelaram grande proximidade genética entre estas e as espécies selvagens. Metade do total de bandas amplificadas apresentaram-se monomórficas entre todos os genótipos avaliados. O valor médio de similaridade genética (Jaccard) entre a mandioca e as espécies M. flabellifolia/M. peruviana é de 0.59. As relações de proximidade genética entre a mandioca e M. flabellifolia/M. peruviana foram confirmadas quando outras cinco espécies selvagens foram também incorporadas em relação ao polimorfismo gerado pelos RAPDs. A análise de agrupamento (neighbor-joining) realizada com genótipos de mandioca, de M. flabellifolia/M. peruviana e das demais espécies selvagens reuniu numa extremidade os genótipos de mandioca e M. flabellifolia/M. peruviana e na outra extremidade três espécies mexicanas (M. aesculifolia, M. michaelis e M. chlorostica). Entre estes dois grupos se posicionaram outras duas espécies selvagens cuja ocorrência natural é na região central e no nordeste brasileiro (M. glaziovii e M. reptans). Embora não conclusivos, os resultados apresentados são coerentes com a hipótese de que as espécies M. flabellifolia e M. peruviana poderiam ter originado a espécie cultivada. No entanto, outras espécies pouco estudadas (M. procumbens, M. fruticulosa, M. pentaphylla e M. pruinosa) foram recentemente citadas como geneticamente muito próximas da mandioca. Assim, um estudo abordando maior número de espécies e com marcadores mais apropriados, a exemplo dos microsatélites, merece ser feito.

This work focuses on the genetic diversity of American cassava through RAPD molecular markers. The 126 genotypes studied were distributed on four geographical levels ranging from local to continental. Samples included ethnocultivars from the Santa Isabel community in the Brazilian Amazon, local cultivars collected in the State of São Paulo, native accessions from very diverse Brazilian regions, and representative accessions from the Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) core collection. Eighty-eight polymorphic bands were analyzed. Results revealed the weak genetic structure of the cassava analyzed. The pattern formed by the first two axes of the principal coordinates analysis (PCoA) revealed an overlapping of the São Paulo State genotype, the Brazilian group and the core collection accessions. The Santa Isabel ethnocultures formed a separate group. The weak genetic structure of cassava can be explained by the common practice of exchanging botanical material among small producers as well as by recombinations among genotypes. When the genotypes were analyzed using climatic data, the sample sites were found to be structured according to temperature and precipitation. RAPD markers proved very useful in the genetic diversity study, resulting in important implications for cassava germ plasm collections and genetic breeding.Este trabalho enfoca a diversidade genética de mandiocas americanas através de marcadores moleculares do tipo RAPD. Os 126 genótipos estudados estão distribuídos em quatro escalas geográficas, indo do local ao continental, ou seja, etnocultivares de uma comunidade chamada Santa Isabel, na Amazônia brasileira, cultivares locais coletados no Estado de São Paulo, um grupo representado por acessos oriundos das mais diversas regiões brasileiras e acessos representantes da "core collection" do CIAT. Oitenta e oito bandas RAPD polimórficas foram retidas para as análises. A estrutura genética das mandiocas deste estudo revelou-se fraca. O plano formado pelos dois primeiros eixos da análise de coordenadas principais (PCoA) revelou sobreposição dos genótipos do Estado de São Paulo, do grupo Brasil e dos acessos da "core collection". Por outro lado, os etnocultivares de Santa Isabel mostraram-se estruturados num grupo a parte com relação aos demais genótipos. Além disso, os etnocultivares de Santa Isabel apresentaram importante diversidade genética em relação aos genótipo dos outros três grupos. A fraca estrutura genética das mandiocas cassava pode ser explicada pelas trocas de material botânico entre pequenos produtores, prática normalmente empregada, assim como recombinação entre genótipos, visto que a mistura de diferentes cultivares em uma mesma parcela de cultura é também uma prática usada por pequenos produtores. Entretanto, quando os genótipos foram analisados em função de dados climáticos das localidades de origem dos mesmos, pudemos evidenciar uma estruturação em função da temperatura e da precipitação destes locais. Os marcadores RAPD mostraram-se informativos para o estudo da diversidade genética de mandiocas, oferecendo indicações importantes para a coleta de germoplasma de mandioca, assim como para o seu melhoramento genético. Com relação à importante diversidade genética encontrada na comunidade de Santa Isabel, outros estudos, através de outros marcadores e com genótipos de outras localidades, precisariam ser realizados para se tirarem conclusões mais diretas a respeito desta variabilidade.

La Quinua (Chenopodium quinoa Willd.) es un pseudocereal originario de los Andes importante para la seguridad alimentaria de los pequeños agricultores, así como para la producción comercial. Recientemente, se ha afirmado que la erosión genética en Bolivia podría ser el resultado de la marginación del cultivo en el Altiplano norte y de su estandarización comercial en el Altiplano sur. El objetivo de este estudio fue cuantificar la estructura jerárquica de la variación genética presente en ocho poblaciones de quinua, que corresponden a formas cultivadas y formas silvestres, representativas del Altiplano y de valles interandinos de Bolivia. El análisis con marcadores polimórficos de ADN muestra que la quinua tiene una fuerte estructura de población y una alta variación intra-población. Un efecto de la estructura geográfica de las poblaciones se evidencia, debido al aislamiento de las poblaciones, no simplemente ligado a las distancias, pero más probablemente a las barreras climáticas y orográficas presentes en la zona estudiada. La estructura de la población es también reforzada por los intercambios limitados de semillas entre agricultores, revelado por entrevistas realizadas en campo. esta estructura de poblaciones aparece relacionada con las tres grandes zonas biogeográficas: la del norte y centro del Altiplano, valles interandinos y el Altiplano sur. La diversidad genética intrapoblacional fue mayor que la esperada para una especie principalmente autógama, y mayor que lo reportado en estudios anteriores en base a colecciones de germoplasma. Estos resultados se comentan en vista de los conocimientos actuales sobre la filogenia y la biología reproductiva de la especie, y sus implicaciones frente al manejo de los recursos genéticos pueden ser discutidas. (résumé d'auteur)

9 p., gráf., tablas -- Vol. en el que se publican las actas del IV Colloque International sur le Genévrier Thurifère celebrado del 5 al 8 de octubre de 2011 en Mont-Dauphin et Saint-Crépin (Hautes-Alpes, France), [EN]Hot spots of endemicity such as the Canary Isles are of particular interest as far as conserving biodiversity is concerned. The most westerly of these oceanic islands preserve dry woodlands dominated by the Canarian juniper (Juniperus turbinata subsp. canariensis). The island of El Hierro has been studied because it conserves the biggest extension of this kind of dry forest in the Canary Islands. In this context, the arid zones are reputed as being zones that present a low biodiversity. A study of 24 plots of 200 m2 has been carried out. All the vascular taxa present have been identified, and the degree of cover and gregarianism has been calculated using the Braun-Blanquet methodology. For each one of the taxa the biological type and the chorology have been assigned. Tables with relevés have been elaborated and an analysis of clusters and dendrograms to see the affinities between the studied plots has been drawn up. Although less than a tenth part of the natural vegetation is composed of juniper woodlands dominated by Juniperus turbinata subsp. canariensis, it contains more than a fifth of the total of wild vascular plants from the island. This flora associated with junipers contains 30,6% of the endemic taxa from the Macaronesian region. Between them it represents 22,1% of endemics from the Canary Islands, 4,6% of endemics from Canary islands and Madeira, 3,1% of endemics for El Hierro and 0,8% of endemics from the Canary, Madeira and Cape Verde islands. The analysis of phytodiversity of the different plots studied reflects a high affinity between the dry juniper woodlands from the lowlands and the others situated in more elevated places. From these we can differentiate those situated in moister conditions, which enter in contact with laurel forests on one hand, and those in close proximity with the Pinus canariensis forest, on the other., [FR]Les points chauds d’endémicité, tels que le sont les îles Canaries, sont particulièrement intéressants pour la conservation de la biodiversité. Les îles les plus occidentales des Canaries préservent des forêts sèches dominées par le genévrier Juniperus turbinata subsp. canariensis. Notre étude se concentre sur l’île d’El Hierro, parce qu'elle présente la plus grande extension de ce type de forêt sèche dans l’ensemble des îles Canaries. Dans ce contexte, les zones arides sont réputées pour avoir une faible biodiversité. Nous avons étudié 24 parcelles de 200 m2, pour lesquelles toutes les plantes vasculaires ont étéidentifiées, leur couverture et leur sociabilité ont été calculées en employant la méthodologie établie par Braun-Blanquet. Pour chaque taxon, le type biologique et la chorologie ont été précisés. Nous avons élaboré des tableaux avec l’ensemble des relevés et, afin de connaître les affinités des parcelles étudiées, nous présentons également les résultats sous forme de clusters et de dendrogrammes. Bien que la forêt de genévriers (dominée par Juniperus turbinata subsp. canariensis) représente moins d’un dixième de la végétation naturelle, on y trouve un cinquième du total de la flore vasculaire de l’île d’El Hierro. La flore associée avec le genévrier comprend 30,6% des taxons endémiques de la région macaronésique, parmi lesquels 22,1% d’endémiques des îles Canaries, 4,6 % d’endémiques des îles Canaries et Madeira, 3,1 % d’endémiques d’El Hierro, et 0,8 % d’endémiques des îles Canaries, Madeira et Cap Vert. L’analyse de la phytodiversité des différentes parcelles étudiées reflète une très forte affinité entre les forêts sèches de genévriers des parcelles les plus basses et les forêts de genévriers des parcelles de plus haute altitude. Parmi les parcelles plus élevées, on peut différencier celles situées dans des conditions plus humides près de la forêt laurifoliée, de celles situées à proximité des forêts de Pinus canariensis en ambiances plus sèches., This project was funded by Ministerio de Ciencia e Innovación-Spain (CSO2011-24425) and from our own resources

Microsatellites or simple sequence repeats (SSR) were used to assess polymorphism among 16 Coffea arabica and four Coffea canephora accessions, and to identify DNA introgression fragments from C. canephora in four C. arabica lines. Thirty-one primer pairs allowed for the identification of 92 polymorphic alleles distributed over 37 loci. The C. arabica accessions derived from the genetic bases 'Typica' and 'Bourbon' were grouped separately according to their genetic origin. Two genotypes derived from a spontaneous hybrid (C. arabica x C. canephora) were classified with the C. canephora accessions from Central Africa. Coffea canephora from West Africa were separated from the other accessions studied. Four alleles related to introgression (i.e. present in C. canephora and introgressed lines, and absent in C. arabica) were identified. The SSR markers were used successfully for characterization of a particular cultivar ('Veranero') from Costa Rica, which is known for its late maturity. (Resume d'auteur)

In recent years we have characterized 250 Bradyrhizobium strains, mainly from Senegal, using several taxonomic techniques i.e. numerical taxonomy of pheno-typic features, Biolog system, SDS-PAGE of total cellular proteins, 16S rDNA RFLP and sequence analyses, 16S-23S rDNA intergenic gene spacer RFLP and sequence analyses, AFLP, DNA:DNA hybridizations. Here we evaluate the taxonomic resolving power of these techniques by comparing the results obtained on various subsets of the same strains. We conclude that AFLP is a useful method for an initial grouping of Bradyrhizobium strains and provides infraspecific information. However, from a limited comparison, it appears that the less labor-intensive 16S-23S rDNA intergenic gene spacer analysis gives similar results and may provide additional information on deeper groupings.

Eighteen strains of anaerobic thiosulfate-reducing bacteria unable to use sulfate as electron acceptor (TSRnSR) were isolated from four ricefield soils originating from France and the Philippines, using peptides as energy sources, H2 as electron donor, thiosulfate as electron acceptors, and four enrichment methods to vary the selection pressure. They were strict proteolytic asaccharolytic anaerobes producing H2S when grown on thiosulfate + H2. They exhibited the same RFLP profile (11 restriction enzymes tested). Partial sequencing of the 16S rDNA showed that they belonged to the genus Clostridium and were phylogenetically related to C. subterminale. DNA-DNA hybridization of a representative strain with the closest C. subterminale strain (DSM 6970T) yielded a value of 68.9%. Previous counts of TSRnSR in ricefield soils, their identification as Clostridium strains, and the known ubiquity of this genus in such soils indicate that TSRnSR may play a significant role in S cycling in some wetland soils. (Résumé d'auteur)

Les différences spécifiques dans les profils estérasiques de dix-neuf espèces d'#Heterodera$ d'origine géographique variée ont été observées à l'aide des techniques du point isoélectrique et de l'électrophorèse en gel natif. Vingt six bandes majeures d'activité estérasique ont été détectées. Quelques bandes sont communes à plusieurs espèces, alors que d'autres sont particulières à certaines espèces. #Heterodera elachista$ montre des phénotypes distincts et spécifiques. Les comparaisons entre les espèces d'#Heterodera$ ont été réalisées par l'analyse en grappe, à tous les niveaux, afin de préciser les coefficients de similarité. Les groupements révélés par les dendogrammes ne concordent pas avec ceux obtenus par d'autres techniques. L'utilisation des isoestérases pour séparer les espèces constitue une approche simple, rapide, peu coûteuse et donnant des résultats reproductibles. (Résumé d'auteur)

L'utilisation simultanée des statistiques multivariées et des analyseurs automatiques de protéines a permis de choisir la composition en acides aminés des protéines capsidaires de virus de plantes comme critère de classification. Une classification multidimensionnelle des virus de plantes pris dans leur ensemble ou par sous-groupes est proposée, ainsi qu'un tableau des distances de tous les virus entre eux. Ce seul critère permet de classer les virus dans un hyper-espace multidimensionnel, apportant ainsi une notion de continuum dans le monde des virus. Nous pouvons aisément y retrouver la classification, habituellement utilisée pour les virus de plantes. Les analyses discriminantes mettent en évidence le fait qu'il y a eu co-évolution entre les propriétés structurales, biologiques et sérologiques et la composition en acides aminés de la protéine de capside des virus de plantes. (Résumé d'auteur)

International audience; Du XIIIe au XVe siècle, les importations de céramiques italiennes en Provence et Languedoc, regroupent des productions incisées sur engobe (sgraffito archaïque) et des faïences à décor vert et brun (majoliques archaïques). Les analyses de laboratoire en fluorescence X ont permis de d’identifier l’origine ligure du sgraffito à Savone. Elles confirment l’origine pisane des majoliques ainsi que d’autres centres de productions possibles en Toscane et en Ligurie.

Les études typo chronologiques et l’apport des analyses physicochimiques de laboratoire permettent une première classification des importations de céramiques médiévales venues d’Espagne en France méditerranéenne. Les échantillons issus des fouilles provençales et languedociennes ont été confrontés aux échantillons d’ateliers espagnols de références incluant des faïences à décor vert et brun. Le principal groupe de faïence à décor bleu et lustre abondant au XIVe siècle, provient des ateliers de Valence et de sa région Paterna et Manises dans lequel rentre le lot dit de « Pula ». Un second, regroupe des séries andalouses de Malaga plus précoces. Un troisième groupe également plus ancien présente des affinités avec le groupe valencien.

International audience; Les études typo chronologiques et l’apport des analyses physicochimiques de laboratoire permettent une première classification des importations de céramiques médiévales venues d’Espagne en France méditerranéenne. Les échantillons issus des fouilles provençales et languedociennes ont été confrontés aux échantillons d’ateliers espagnols de références incluant des faïences à décor vert et brun. Le principal groupe de faïence à décor bleu et lustre abondant au XIVe siècle, provient des ateliers de Valence et de sa région Paterna et Manises dans lequel rentre le lot dit de « Pula ». Un second, regroupe des séries andalouses de Malaga plus précoces. Un troisième groupe également plus ancien présente des affinités avec le groupe valencien.

Du XIIIe au XVe siècle, les importations de céramiques italiennes en Provence et Languedoc, regroupent des productions incisées sur engobe (sgraffito archaïque) et des faïences à décor vert et brun (majoliques archaïques). Les analyses de laboratoire en fluorescence X ont permis de d’identifier l’origine ligure du sgraffito à Savone. Elles confirment l’origine pisane des majoliques ainsi que d’autres centres de productions possibles en Toscane et en Ligurie.