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1. High-throughput sequencing of kDNA amplicons for the analysis of Leishmania minicircles and identification of Neotropical species

Author

Jérôme Murienne, Anne-Laure Bañuls, Sophie Valière, Arthur Kocher, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Du gène à l'écosystème (MIVEGEC-GeneSys), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])

Subjects
leishmini primers, 0301 basic medicine, diagnosis, Sequence analysis, detection, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, Biology, Minicircle, Polymerase Chain Reaction, leishmania viannia, DNA sequencing, Conserved sequence, law.invention, leishmini primer, Leishmania Viannia, 03 medical and health sciences, Illumina, pcr, law, parasitic diseases, DNA Barcoding, Taxonomic, illumina, Polymerase chain reaction, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Leishmania, Genetics, DNA, Kinetoplast, Genetic Variation, High-Throughput Nucleotide Sequencing, DNA, Protozoan, New World, Amplicon, biology.organism_classification, Detection, PCR, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Kinetoplast, Animal Science and Zoology, Parasitology, new world, sand fly, Genome, Protozoan
Abstract

SUMMARYLeishmaniakinetoplast DNA contains thousands of small circular molecules referred to as kinetoplast DNA (kDNA) minicercles. kDNA minicircles are the preferred targets for sensitiveLeishmaniadetection, because they are present in high copy number and contain conserved sequence blocks in which polymerase chain reaction (PCR) primers can be designed. On the other hand, the heterogenic nature of minicircle networks has hampered the use of this peculiar genomic region for strain typing. The characterization ofLeishmaniaminicirculomes used to require isolation and cloning steps prior to sequencing. Here, we show that high-throughput sequencing of single minicircle PCR products allows bypassing these laborious laboratory tasks. The 120 bp long minicircle conserved region was amplified by PCR from 18Leishmaniastrains representative of the major species complexes found in the Neotropics. High-throughput sequencing of PCR products enabled recovering significant numbers of distinct minicircle sequences from each strain, reflecting minicircle class diversity. Minicircle sequence analysis revealed patterns that are congruent with current hypothesis ofLeishmaniarelationships. Then, we show that a barcoding-like approach based on minicircle sequence comparisons may allow reliable identifications ofLeishmaniaspp. This work opens up promising perspectives for the study of kDNA minicercles and a variety of applications inLeishmaniaresearch.

Published
2018
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2. iDNA screening: Disease vectors as vertebrate samplers

Author

Anne-Laure Bañuls, Jérôme Murienne, François Catzeflis, Arthur Kocher, Benoit de Thoisy, Sophie Valière, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire de Paléontologie-Paléobiologie-Phylogénie (UMR CNRS 5554), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Agence Nationale de la Recherche. Grant Numbers: ANR‐10‐LABX‐25‐01, ANR‐10‐LABX‐41, ANR‐11‐IDEX‐0002‐02, LABEX DRIIHM ANR-11-LABX-0010, ANR-11-LABX-0010/11-LABX-0010,LabEx DRIIHM,Dispositif de recherche interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux(2011), ANR-10- LABX-25-01,CEBA,Labex CEBA ANR-10- LABX-25-01, ANR-11-IDEX-0002-02/10-LABX-0041,TULIP,Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental(2011), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Du gène à l'écosystème (MIVEGEC-GeneSys), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), ANR-11-LABX-0010,DRIIHM / IRDHEI,Dispositif de recherche interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux(2011), ANR-10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010), and ANR-11-IDEX-0002,UNITI,Université Fédérale de Toulouse(2011)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Arboreal locomotion, bloodmeal, media_common.quotation_subject, Fauna, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biodiversity, mosquito, Insect, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Field methods, 03 medical and health sciences, biology.animal, parasitic diseases, Genetics, Animals, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, media_common, Invertebrate, Ecology, Vertebrate, dipteran, DNA, Feeding Behavior, 15. Life on land, biology.organism_classification, French Guiana, Insect Vectors, feeding preference, Culicidae, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, Vertebrates, insect, Arthropod, sand fly, Psychodidae
Abstract

International audience; In the current context of global change and human-induced biodiversity decline, there is an urgent need for developing sampling approaches able to accurately describe the state of biodiversity. Traditional surveys of vertebrate fauna involve time-consuming and skill-demanding field methods. Recently, the use of DNA derived from invertebrate parasites (leeches and blowflies) was suggested as a new tool for vertebrate diversity assessment. Bloodmeal analyses of arthropod disease vectors have long been performed to describe their feeding behaviour, for epidemiological purposes. On the other hand, this existing expertise has not yet been applied to investigate vertebrate fauna per se. Here, we evaluate the usefulness of hematophagous dipterans as vertebrate samplers. Blood-fed sand flies and mosquitoes were collected in Amazonian forest sites and analysed using high-throughput sequencing of short mitochondrial markers. Bloodmeal identifications highlighted contrasting ecological features and feeding behaviour among dipteran species, which allowed unveiling arboreal and terrestrial mammals of various body size, as well as birds, lizards and amphibians. Additionally, lower vertebrate diversity was found in sites undergoing higher levels of human-induced perturbation. These results suggest that, in addition to providing precious information on disease vector host use, dipteran bloodmeal analyses may represent a useful tool in the study of vertebrate communities. Although further effort is required to validate the approach and consider its application to large-scale studies, this first work opens up promising perspectives for biodiversity monitoring and eco-epidemiology.

Published
2017
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3. Evaluation of short mitochondrial metabarcodes for the identification of Amazonian mammals

Author

Mailis Huguin, Arthur Kocher, Jérôme Murienne, Lucie Zinger, Sophie Valière, François Catzeflis, Anne-Laure Bañuls, Benoit de Thoisy, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Association Kwata (Kwata), Kwata, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Evolution et Diversité Biologique (EDB), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Du gène à l'écosystème (MIVEGEC-GeneSys), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Investissement d'Avenir CEBA: ANR-10-LABX-25-01 TULIP: ANR-10-LABX-41 ANR-11-IDEX-0002-02 / project METABAR ANR-11-BSV7-0020, Université de Toulouse (UT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0301 basic medicine, Amazonian, blood meals, Biology, MT-RNR1, Barcode, DNA barcoding, law.invention, COI, 03 medical and health sciences, law, parasitic diseases, mitochondrial 12S rRNA gene, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Ecology, Ecological Modeling, Ribosomal RNA, French Guiana, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, Reference database, Identification (biology), Primer (molecular biology), sand fly, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract

International audience; 1. DNA barcoding and metabarcoding are increasingly used as alternatives to traditional morphological identifications. For animals, the standard barcode is a c. 658-bp portion of the COI gene, for which reference libraries now cover a large proportion of described mammal species. Unfortunately, because its sequence is too long and does not contain highly conserved primer binding sites, this marker is not adapted for metabarcoding. Although alternative metabarcodes have been developed, their performances are generally seldom assessed. 2. We evaluate the reliability of a short metabarcode located in the mitochondrial 12S ribosomal RNA for the identifications of Amazonian mammals. We (i) constitute a nearly exhaustive reference library for species found in French Guiana, (ii) assess the taxonomic resolution of the marker and validate its use with dipteran blood meal analyses, (iii) assess the conservation of the primer binding sites, and (iv) compare its theoretical performances with that of a newly designed metabarcode located within the standard COI barcode. 3. About 576 specimens representing 164 species were gathered and sequenced. We show that the 12S marker allows remarkably accurate taxonomic assignations despite its very short size, and that primer binding sites are highly conserved, which is important to avoid PCR amplification bias potentially leading to detection failure. Additionally, our results stress that the identifications should only be considered at the generic level when they are based on incomplete reference libraries, even when a stringent similarity cutoff is used. A new short COI metabarcode was designed based on 569 reference sequences of mammals retrieved on BOLD. Our results clearly show that, while both markers provide similar taxonomic resolution, much higher rates of primer mismatches are found with COI. 4. Besides demonstrating the accuracy of the short 12S marker for the identification of Amazonian mammals and providing a reliable molecular reference database, this study emphasizes that the accuracy of taxonomic assignations highly depends on the comprehensiveness of the reference library and that great caution should be taken for interpreting metabarcoding results based on scarce reference libraries. The comparison with a short COI metabarcode also provides novel evidence in support for the use of ribosomal markers in metabarcoding studies.

Published
2017
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4. Intermediate degrees of synergistic pleiotropy drive adaptive evolution in ecological time

Author

Etienne Baron, Olivier Bouchez, Renaud Vitalis, Laurent Amsellem, Sébastien Carrère, Cyril Libourel, Fabrice Roux, Cédric Glorieux, Joy Bergelson, Marie Vidal, Léa Frachon, Romain Villoutreix, Carine Huard-Chauveau, Miguel Navascués, Valérie Le Corre, Dominique Roby, Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Biologie Computationnelle (IBC), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Department of Ecology and Evolution [Chicago], University of Chicago, This work was funded by the Region Midi-Pyrenees (CLIMARES project), the INRA Sante des Plantes et Environnement department (RESURRECTION project), the INRA-ACCAF metaprogram (SELFADAPT project), the LABEX TULIP (ANR-10-LABX-41, ANR-11-IDEX-0002-02) and the National Institute of Health., ANR-11-IDEX-0002,UNITI,Université Fédérale de Toulouse(2011), ANR-10-LABX-0041,TULIP,Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental(2010), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), GeT PlaGe, Genotoul, INRA, Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM), UMR441, Castanet Tolosan, France, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo (EEP)), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes ( LIPMO ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 ( Evo-Eco-Paléo ), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut de Biologie Computationnelle ( IBC ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales ( UMR AGAP ), Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
0301 basic medicine, Population, Adaptation, Biological, Arabidopsis, Genome-wide association study, Biology, Quantitative trait locus, Polymorphism, Single Nucleotide, 03 medical and health sciences, Genetic variation, Genetic Pleiotropy, Association mapping, education, Gene, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 2. Zero hunger, Genetics, education.field_of_study, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Ecology, fungi, food and beverages, Biological Evolution, Genetic architecture, [ SDV.GEN.GPO ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], 030104 developmental biology, Evolutionary biology, Genome-Wide Association Study
Abstract

International audience; Rapid phenotypic evolution of quantitative traits can occur within years, but its underlying genetic architecture remains uncharacterized. Here we test the theoretical prediction that genes with intermediate pleiotropy drive adaptive evolution in nature. Through a resurrection experiment, we grew Arabidopsis thaliana accessions collected across an 8-year period in six micro-habitats representative of that local population. We then used genome-wide association mapping to identify the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with evolved and unevolved traits in each micro-habitat. Finally, we performed a selection scan by testing for temporal differentiation in these SNPs. Phenotypic evolution was consistent across micro-habitats, but its associated genetic bases were largely distinct. Adaptive evolutionary change was most strongly driven by a small number of quantitative trait loci (QTLs) with intermediate degrees of pleiotropy; this pleiotropy was synergistic with the per-trait effect size of the SNPs, increasing with the degree of pleiotropy. In addition, weak selection was detected for frequent micro-habitat-specific QTLs that shape single traits. In this population, A. thaliana probably responded to local warming and increased competition, in part mediated by central regulators of flowering time. This genetic architecture, which includes both synergistic pleiotropic QTLs and distinct QTLs within particular micro-habitats, enables rapid phenotypic evolution while still maintaining genetic variation in wild populations.

Published
2017
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5. Shotgun assembly of the assassin bug Brontostoma colossus mitochondrial genome (Heteroptera, Reduviidae)

Author

Emeline Lhuillier, Jérôme Murienne, Jérôme Chave, Julie Péneau, Arthur Kocher, Maria Kamilari, Eric Coissac, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), PO-FEDER TIMGED 30195, Agence Nationale de la Recherche (CEBA) ANR-10-LABX-25-01, Agence Nationale de la Recherche (TULIP) ANR-10-LABX-41 ANR-11-IDEX-0002-02, and project METABAR ANR-11-BSV7-0020

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Mitochondrial DNA, Polyadenylation, genome skimming, Genome, Insect, Molecular Sequence Data, Codon, Initiator, Biology, Genome, DNA sequencing, Heteroptera, RNA, Transfer, Phylogenetics, Genetics, Animals, Reduviidae, Gene, Phylogeny, Base Sequence, Phylogenetic tree, phylogenomic, General Medicine, Assassin bug, RNA, Ribosomal, Genome, Mitochondrial, Codon, Terminator, next-generation sequencing
Abstract

International audience; The complete mitochondrial genome of the assassin bug Brontostoma colossus (Distant, 1902) (Heteroptera: Reduviidae) has been sequenced using a genome-skimming approach on an Illumina Hiseq 2000 platform. Fifty-four additional heteropteran mitogenomes, including five assassin bug species, were retrieved to allow for comparisons and phylogenetic analyses. The mitochondrial genome of B. colossus was determined to be 16,625 bp long, and consists of 13 protein-coding genes (PCGs), 23 transfer-RNA genes (tRNAs), two ribosomal-RNA genes (rRNAs), and one control region. The nucleotide composition is biased toward adenine and thymine (A + T = 73.4%). Overall, architecture, nucleotide composition and genome asymmetry are similar among all available assassin bug mitogenomes. All PCGs have usual start-codons (Met and Ile). Three T and two TA incomplete termination codons were identified adjacent to tRNAs, which was consistent with the punctuation model for primary transcripts processing followed by 3' polyadenylation of mature mRNA. All tRNAs exhibit the classic clover-leaf secondary structure except for tRNA(Ser)(AcN) in which the DHU arm forms a simple loop. Two notable features are present in the B. colossus mitogenome: (i) a 131 bp duplicated unit including the complete tRNA(Arg) gene, resulting in 23 potentially functional tRNAs in total, and (ii) a 857 bp duplicated region comprising 277 bp of the srRNA gene and 580 bp of the control region. A phylogenetic analysis based on 55 true bug mitogenomes confirmed that B. colossus belongs to Reduviidae, but contradicted a widely accepted hypothesis. This highlights the limits of phylogenetic analyses based on mitochondrial data only.

Published
2014
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6. Joint estimation of effective population size and selection coefficient without neutrel markers: method validation and application to experimental evolution of viruses

Author

Rousseau, Elsa, Moury, B., Mailleret, Ludovic, Senoussi, R., Palloix, A., Simon, V., Grognard, Frédéric, Valiere, S., Fabre, F., Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BIOSP), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), GeT PlaGe, Genotoul, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Département de Génétique Animale [Toulouse], Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SPI]Engineering Sciences [physics], [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; Experimental evolution studies deserve considerable attention to the estimation of basic evolutionary forces such as selection and genetic drift. With the advent of high-throughput sequencing techniques, these studies gained a renewed attention. However the joint estimation of selection and genetic drift still remain challenging when no neutral markers are available, a common situation with many microbes, such as viruses, due to their small tightly packed genomes.

Published
2016

7. Plasticité de l’Empreinte du placeNta Et de L’EndOmetre en lien avec la maturité du PorcElet (Projet PENELOPE)

Author

Bonnet, Agnès, Chavatte-Palmer, Pascale, Canario, Laurianne, Riquet, Juliette, Liaubet, Laurence, Voillet, Valentin, Secula, Aurelie, Bluy, Lisa, San Cristobal, Magali, Roulet, Alain, Maman Haddad, SARAH, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Biologie du Développement et Reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology
Abstract

National audience; La sélection pour plus de prolificité et plus de croissance maigre chez le porc s’est accompagnée d’une augmentation de la mortalité néonatale des porcelets. Cette mortalité est une source importante de perte économique pour la production porcine européenne et pose un problème éthique relatif au bien-être animal. Les facteurs qui contrôlent la survie des porcelets sont nombreux et dépendent de caractères inhérents à la mère et au porcelet. Le poids de naissance est généralement proposé en tant que bon indicateur de survie des porcelets (Leenhouwers et al. 2001) . Ce poids reflète l’ensemble du développement fœtal et des processus spécifiques de maturation qui se mettent en place en fin de gestation (van der Lende et al. 2001). Les porcelets sélectionnés pour le taux de survie sont aussi plus mature à la naissance et mieux préparés à la vie extra utérine (Leenhouwers et al. 2001; Leenhouwers et al. 2002). Le poids et la maturité sont donc des bons marqueurs de survie. Cependant il n’existe pas de lien évident entre le poids à la naissance et le taux de survie entre les races puisque les porcelets Meishan (MS) sont plus petits à la naissance mais moins sujets à la mortalité que les porcelets de race Large White (LW) (Canario et al. 2014). Les porcelets MS sont physiologiquement plus matures que les porcelets LW. La maturité est définie ici comme l’état de plein développement permettant la survie à la naissance. Les processus d’acquisition de cette maturité au cours du dernier mois de gestation, et leurs éventuelles variations en relation avec la génétique et l’environnement maternel utérin, jouent donc un rôle déterminant dans la mortalité précoce du porcelet. La survie des porcelets est, par exemple, corrélée positivement avec l’efficacité placentaire (Leenhouwers et al. 2002). Dans ce contexte, la régulation par le placenta de l’allocation des nutriments de la mère vers le jeune impacte grandement la croissance fœtale (et en conséquence la maturité), la santé et les performances des animaux. Le placenta est aussi le siège d’un conflit entre le génome maternel et paternel. Un dialogue utéro-placentaire s’instaure donc, faisant intervenir des mécanismes épigénétiques encore mal connus. L’objectif de du projet PENELOPE est d’évaluer, à partir d’une sélection de gènes (40 gènes) connus dans d’autres espèces ou d’expression préférentielle nouvelle, le statut de l’empreinte chez le porc en fin de gestation. Nous disposons pour cela des 2 tissus adjacents le placenta et l’endomètre pour 4 génotypes fœtaux (LW (lignée à mortalité néonatale importante), MS (peu de mortalité), et les croisés réciproques) issus du projet PORCINET. Un séquençage au débit des ADN et ADNc est en cours pour identifier les SN! P informatifs puis évaluer le statut mono allèlique et mono parental de l’expression de ces gènes. Ces premiers résultats permettront d’évaluer plasticité de ces gènes dans le placenta et l’endomètre.

Published
2016

8. Draft Genome Sequence of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus CFL1, a Lactic Acid Bacterium Isolated from French Handcrafted Fermented Milk

Author

Catherine Béal, Fernanda Fonseca, Françoise Irlinger, Séverine Layec, Julie Meneghel, Stéphanie Passot, Eric Dugat-Bony, Marie Vidal, Valentin Loux, Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires (GMPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de physique et chimie des nano-objets (LPCNO), Institut de Recherche sur les Systèmes Atomiques et Moléculaires Complexes (IRSAMC), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche sur les Systèmes Atomiques et Moléculaires Complexes (IRSAMC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche sur les Systèmes Atomiques et Moléculaires Complexes (IRSAMC), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Agronomique Paris-Grignon (INA P-G), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département de Génétique Animale [Toulouse], and LAYEC, Séverine

Subjects
0301 basic medicine, lactic acid bacterium, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, fermented milk, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus CFL1, 030106 microbiology, Microbiology, 03 medical and health sciences, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Lactobacillus, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Genetics, Prokaryotes, Molecular Biology, Whole genome sequencing, biology, food and beverages, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, biology.organism_classification, equipment and supplies, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 030104 developmental biology, Lactic acid bacterium, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Fermentation, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus
Abstract

Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ( L. bulgaricus ) is a lactic acid bacterium widely used for the production of yogurt and cheeses. Here, we report the genome sequence of L. bulgaricus CFL1 to improve our knowledge on its stress-induced damages following production and end-use processes.

Published
2016
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9. Shotgun assembly of the complete mitochondrial genome of the neotropical cracker butterfly Hamadryas epinome

Author

Amaia Iribar, Eric Coissac, Emeline Lhuillier, Ivonne J. Garzón-Orduña, Sébastien Cally, Jérôme Murienne, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Middle Tennessee State University, Partenaires INRAE, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), nvestissement d'Avenir [ANR-10-LABX-25-01, ANR-10-LABX-41, ANR-11-IDEX-0002-02], and project METABAR [ANR-11-BSV7-0020]

Subjects
0106 biological sciences, Mitochondrial DNA, nymphalid, [SDV]Life Sciences [q-bio], Genome, Insect, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Nymphalidae, DNA sequencing, Lepidoptera genitalia, 03 medical and health sciences, Ditrysia, RNA, Transfer, Gene Order, Genetics, Animals, Genome skimming, Molecular Biology, Base Pairing, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, biology, Hamadryas epinome, Chromosome Mapping, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, Biblidinae, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Genes, Mitochondrial, Butterfly, Genome, Mitochondrial, next-generation sequencing, Butterflies
Abstract

International audience; The complete mitochondrial genome of the cracker butterfly Hamadryas epinome (C. Felder and R. Felder, 1867) (Lepidoptera: Nymphalidae: Biblidinae) has been sequenced using a genome-skimming approach on an Illumina Hiseq 2000 platform. The mitochondrial genome of H. epinome was determined to be 15,207 bp long and presents an organization similar to other Ditrysia mitogenomes. A non-coding poly-AT region of uncertain length is present at position 6180.

Published
2016
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10. Conséquences de la mise en œuvre de la sélection génomique. Jeu de rôles

Author

Deretz, Severine, Casabianca, François, Selmi, Adel, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Recherches sur le Développement de l'Elevage (LRDE), Laboratoire Interdisciplinaire Sciences, Innovations, Sociétés (LISIS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-ESIEE Paris-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Jeu de rôle, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Sélection génomique, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

National audience

Published
2016

11. Museomics illuminate the history of an extinct, paleoendemic plant lineage (Hesperelaea, Oleaceae) known from an 1875 collection from Guadalupe Island, Mexico

Author

Zedane, L, Hong-Wa, C, Murienne, J, Jeziorski, C, Baldwin, BG, Besnard, G, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Missouri Botanical Garden, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de Ressources Génomiques Végétales (CNRGV), Department of Integrative Biology, University of California, University of California [Berkeley], University of Al Furat, Syria, European Project: 219262,EC:FP7:KBBE,FP7-ERANET-2007-RTD,ARIMNET(2008), Université de Toulouse (UT), University of California (UC), and University of California [Berkeley] (UC Berkeley)

Subjects
phylogenetics, Evolutionary Biology, chloroplast DNA, [SDV]Life Sciences [q-bio], Human Genome, Genetics, genome assembly, historic herbarium collections, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Biological Sciences, nuclear ribosomal DNA, California flora
Abstract

© 2015 The Linnean Society of London. Museum collections are essential for understanding biodiversity and next-generation sequencing methods (NGS) offer new opportunities to generate genomic data on specimens of extinct species for phylogenetic and other studies. Hesperelaea is a monotypic Oleaceae genus that was collected only once, 140 years ago on Guadalupe Island, Mexico. This lineage is almost certainly extinct, and has been considered an insular paleoendemic of unknown relationship within subtribe Oleinae. Here, a genome skimming approach was attempted on the H.palmeri specimen to generate genomic data in order to interpret the biogeographic history of Hesperelaea in a phylogenetic framework. Despite highly degraded DNA, we obtained the complete plastome, the nuclear ribosomal DNA cluster (nrDNA), and partial sequences of low-copy genes. Six plastid regions and nrDNA internal transcribed spacers were used for phylogenetic estimations of subtribe Oleinae, including data from previous studies. Bayesian and maximum likelihood phylogenies strongly place Hesperelaea within an American lineage that includes Forestiera and Priogymnanthus. Molecular dating suggests an Early Miocene divergence between Hesperelaea and its closest relatives. Our study thus confirms that Hesperelaea was a paleoendemic lineage that likely predates Guadalupe Island, and provides a notable example of the high potential of NGS for analyzing historical herbarium specimens and revolutionizing systematics.

Published
2016
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12. Etat des lieux de l'antibiorésistance en élevage cunicole français et application du concept d'exclusion compétitive pour limiter la transmission d'un microbiote maternal antibiorésistant

Author

Achard, Caroline, Dupouy-Guiraute, Véronique, Siviglia, Susanna, Arpaillange, Nathalie, Gabinaud, Beatrice, Combes, Sylvie, RAMAYO CALDAS, Yuliaxis, Denis, Catherine, Ballester, Maria, Boucher, Stéphane, Dile, B., Chatellier, S., Le Normand, Bernadette, Chaubet, Adeline, Esquerre, Diane, Ghozlane, Amine, Ruppe, Etienne, Bousquet‐Mélou, Alain, Estelle, Jordi, Zemb, Olivier, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Labovet Conseil, Clinique Vétérinaire des Marchés de Bretagne, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), MetaGenoPolis, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
antibiotique, microbiote, élevage cunicole, [SDV]Life Sciences [q-bio], antibiorésistance, transmission, [INFO]Computer Science [cs], résistance
Abstract

National audience; In order to fight against antibiotic resistance in livestock, we need to know which antibiotic resistance genes (ARGs) are relevant in France and then lower their abundance. Out of the 102 ARGs identified by metagenomics across 30 French rabbit husbandries, 5 genes leading to tetracycline resistance belonged to the 10 most abundant ARGs. Quantitative PCR on tetO confirmed that the abundance using metagenomics is relevant. To lower ARGs abundance in kits, a control group was raised in standard conditions (n=5), a NF group had the maternal feces removed from the nest (n=4) and 3 groups were inoculated regularly with suspensions of fecal bacteria originating from farms using less antibiotics. The proportion of enterobacteria resistant to tetracyline was lower in the inoculated groups (45%, 48% and 10%) than in the control group (94%). This trend has to be confirmed in a second trial but competitive exclusion opens interesting means to fight against antibiotic resistant bacteria in livestock.; Afin de proposer un système de maîtrise de l'antibiorésistance microbienne en élevage cunicole, nous avons identifié les gènes d'antibiorésistance stratégiques en France et testé une solution potentielle pour limiter le niveau d’antibiorésistance dans la flore digestive des lapins d’élevage. 102 gènes d’antibiorésistance ont été identifiés par analyse métagénomique des gènes microbiens issus de fèces de 30 lapines provenant d’élevages différents. Cinq des 10 gènes d’antibiorésistance les plus abondants confèrent une résistance à la tétracycline, antibiotique le plus utilisé dans le panel d’élevages. Les gènes de résistance aux tétracyclines sont plus abondants dans les échantillons issus d’élevages consommateurs d’antibiotiques. Les résultats de la PCR quantitative du gène tetO sont cohérents avec l’analyse métagénomique. Nous avons utilisé l'exclusion compétitive pour limiter la transmission d’antibiorésistance. Les lapereaux de 24 mères traitées à la tétracycline ont été utilisés dans les conditions standards d’élevage (n=5), dans des conditions de retrait des fèces maternelles (n=4) et dans le cas d’inoculation de 3 suspensions fécales pauvres en bactéries résistantes (n=5, 5 et 5). Le taux d’entérobactéries résistantes à la tétracycline dans les fèces de lapereaux après sevrage est moindre (45%, 48% et 10%) dans les lapereaux inoculés que dans le groupe contrôle (94%). Cette tendance doit être confirmée à l’aide d’un deuxième essai. L’exclusion compétitive appliquée pour limiter le niveau de résistance aux antibiotiques de la flore fécale ouvre des perspectives d’action en termes de techniques d’élevages reposant sur la coprophagie.

Published
2015

13. Development of preantral follicles in culture: Cellular characterization and gene expression

Author

Cadoret, Véronique, Frapsauce, Cynthia, Jarrier, Peggy, Maillard, Virginie, Bonnet, Agnès, Roulet, Alain, Monget, Philippe, Monniaux, Danielle, Royère, Dominique, Locatelli, Yann, Guerif, Fabrice, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie de la Reproduction, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Direction des Jardins botaniques et zoologiques, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), INRA, Région Centre, Université de Haute Bretagne ( Rennes 2 ) (UR 2). Rennes, FRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS)

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

14. Sequencing of the mitochondrial genome of the avocado lace bug Pseudacysta perseae (Heteroptera, Tingidae) using a genome skimming approach

Author

Emeline Lhuillier, Eric Guilbert, Jérôme Murienne, Arthur Kocher, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Département Systématique et Évolution, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and 'Investissement d'avenir' grants

Subjects
0106 biological sciences, Mitochondrial DNA, Illumina Hiseq, [SDV]Life Sciences [q-bio], Genome, Insect, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Genome, Tingidae, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Heteroptera, 03 medical and health sciences, Monophyly, Species Specificity, Corythucha ciliata, Phylogenomics, Botany, Animals, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, General Immunology and Microbiology, Phylogenetic tree, biology, Persea, Shotgun sequencing, Sequence Analysis, DNA, General Medicine, 15. Life on land, biology.organism_classification, French Guiana, Mitogenome, Evolutionary biology, Genome, Mitochondrial, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract

International audience; Lace bugs (Tingidae) are a family of phytophagous heteropterans, some of which are important agricultural and forestry pests. They currently comprise around 2500 species distributed worldwide, for which only one mitochondrial genome has been described so far. We sequenced the complete mitochondrial genome and the nuclear ribosomal gene segment of the avocado lace bug Pseudacysta perseae using a genome skimming approach on an Illumina Hiseq 2000 platform. Fifty-four additional heteropteran mitogenomes, including the one of the sycamore lace bug Corythucha ciliata, were retrieved to allow for comparisons and phylogenetic analyses. P. perseae mitochondrial genome was determined to be 15,850 bp long, and presented the typical organisation of insect mitogenomes. The phylogenetic analysis placed P. perseae as a sister to C. ciliata but did not confirm the monophyly of Miroidae including Tingidae. Our results contradicted widely accepted phylogenetic hypothesis, which highlights the limits of analyses based on mitochondrial data only. Shotgun sequencing approaches should provide substantial improvements in harmonizing mitochondrial and nuclear databases.

Published
2015
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15. The characterization of novel tissue microbiota using an optimized 16S metagenomic sequencing pipeline

Author

Cécile Donnadieu, Rémy Burcelin, Carine Valle, Claire Kuchly, Jacques Amar, Michael Courtney, Sandrine Païssé, Florence Servant, Jérôme Lluch, Gaelle Vilchez, Benjamin Lelouvier, Sophie Valière, Olivier Bouchez, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Vaiomer, Hôpital de Rangueil, and CHU Toulouse [Toulouse]

Subjects
Sequence analysis, Science, [SDV]Life Sciences [q-bio], mechanism, Eukaryotic DNA replication, Computational biology, Biology, dna, DNA sequencing, law.invention, Microbiology, real time pcr, Mice, 03 medical and health sciences, platform, law, blood, RNA, Ribosomal, 16S, Animals, Humans, [INFO]Computer Science [cs], Microbiome, Polymerase chain reaction, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Multidisciplinary, 030306 microbiology, Microbiota, human body, Animal Structures, Computational Biology, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, DNA extraction, inhibition, Mice, Inbred C57BL, gut, identification, erythrocyte, Metagenomics, Medicine, Bacteria, Research Article
Abstract

BackgroundSubstantial progress in high-throughput metagenomic sequencing methodologies has enabled the characterisation of bacteria from various origins (for example gut and skin). However, the recently-discovered bacterial microbiota present within animal internal tissues has remained unexplored due to technical difficulties associated with these challenging samples.ResultsWe have optimized a specific 16S rDNA-targeted metagenomics sequencing (16S metabarcoding) pipeline based on the Illumina MiSeq technology for the analysis of bacterial DNA in human and animal tissues. This was successfully achieved in various mouse tissues despite the high abundance of eukaryotic DNA and PCR inhibitors in these samples. We extensively tested this pipeline on mock communities, negative controls, positive controls and tissues and demonstrated the presence of novel tissue specific bacterial DNA profiles in a variety of organs (including brain, muscle, adipose tissue, liver and heart).ConclusionThe high throughput and excellent reproducibility of the method ensured exhaustive and precise coverage of the 16S rDNA bacterial variants present in mouse tissues. This optimized 16S metagenomic sequencing pipeline will allow the scientific community to catalogue the bacterial DNA profiles of different tissues and will provide a database to analyse host/bacterial interactions in relation to homeostasis and disease.

Published
2015
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16. Placenta and endometrium imprinting related of piglet maturity

Author

Bonnet, Agnès, Chavatte-Palmer, Pascale, Couturier-Tarrade, Anne, Riquet, Juliette, Canario, Laurianne, Voillet, Valentin, San Cristobal, Magali, Maman, SARAH, Donnadieu, Cecile, Valiere, Sophie, Liaubet, Laurence, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Biologie du développement et reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme SIGENAE, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Département de Génétique Animale [Toulouse], Société Francophone pour la Recherche et l'Education sur les Origines Développementales, Environnementales et Epigénétiques de la Santé et des Maladies (SF-DOHAD). Nantes, FRA., and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
survival potential, placenta, genetic environment, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, endometrium, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, epigenetic
Abstract

National audience

Published
2014

17. From museums to genomics: old herbarium specimens shed light on a C3 to C4 transition

Author

Pierre-Jean G. Malé, Pascal-Antoine Christin, Emeline Lhuillier, Maria S. Vorontsova, Guillaume Besnard, Eric Coissac, Christine Lauzeral, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Department of Animal and Plant Sciences, University of Sheffield [Sheffield], Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Toronto, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Royal Botanic Gardens, ANR, TULIP (ANR-10-LABX-0041), ANR, CEBA (ANR-10-LABX-0025), ABR, METABA (ANR-11-BSV7-0020), BBSRC, NERC, National Geographic Society Global Exploration Fund, Northern Europe grant (GEFNE10-11), Royal Society University (UF120119), SYNTHESYS (FR-TAF-2694), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)

Subjects
Subfamily, Physiology, Lineage (evolution), [SDV]Life Sciences [q-bio], Gene Dosage, Plant Science, Biology, single-copy genes, Genes, Plant, Poaceae, Specimen Handling, Contig Mapping, Species Specificity, Genus, Botany, Madagascar, plastid genome, Plastids, Ribosomal DNA, Aristidoideae, herbarium, Phylogeny, Cell Nucleus, ribosomal DNA, Base Composition, Phylogenetic tree, Geography, Museums, Sartidia, Genomics, Sequence Analysis, DNA, 15. Life on land, biology.organism_classification, Carbon, Herbarium, Sister group, Evolutionary biology, NGS, Stipagrostis, Multigene Family, Africa, Ribosomes
Abstract

International audience; Collections of specimens held by natural history museums are invaluable material for biodiversity inventory and evolutionary studies, with specimens accumulated over 300 years readily available for sampling. Unfortunately, most museum specimens yield low-quality DNA. Recent advances in sequencing technologies, so called next-generation sequencing, are revolutionizing phylogenetic investigations at a deep level. Here, the Illumina technology (HiSeq) was used on herbarium specimens of Sartidia (subfamily Aristidoideae, Poaceae), a small African-Malagasy grass lineage (six species) characteristic of wooded savannas, which is the C-3 sister group of Stipagrostis, an important C-4 genus from Africa and SW Asia. Complete chloroplast and nuclear ribosomal sequences were assembled for two Sartidia species, one of which (S. perrieri) is only known from a single specimen collected in Madagascar 100 years ago. Partial sequences of a few single-copy genes encoding phosphoenolpyruvate carboxylases (ppc) and malic enzymes (nadpme) were also assembled. Based on these data, the phylogenetic position of Malagasy Sartidia in the subfamily Aristidoideae was investigated and the biogeographical history of this genus was analysed with full species sampling. The evolutionary history of two genes for C-4 photosynthesis (ppc-aL1b and nadpme-IV) in the group was also investigated. The gene encoding the C-4 phosphoenolpyruvate caroxylase of Stipagrostis is absent from S. dewinteri suggesting that it is not essential in C-3 members of the group, which might have favoured its recruitment into a new metabolic pathway. Altogether, the inclusion of historical museum specimens in phylogenomic analyses of biodiversity opens new avenues for evolutionary studies.

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2014
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18. Response to selection for Orylag ® fur production traits estimated by using a control cryopreserved population

Author

Allain, Daniel, Auvinet, Gerard, Deretz, Severine, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Département de Génétique Animale [Toulouse]

Subjects
orylag, [SDV]Life Sciences [q-bio], selection, [INFO]Computer Science [cs], production, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

19. Complete Genome Sequence of a Field Strain of Peste des Petits Ruminants Virus Isolated during 2010-2014 Epidemics in Senegal

Author

Yaya Thiongane, Jean-Luc Guérin, Guillaume Croville, Christophe Klopp, Olivier Kwiatek, Geneviève Libeau, Jérôme Mariette, Habib Salami, Sophie Valière, Moustapha Lo, Emmanuel Albina, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Département de Génétique Animale [Toulouse], and Institut Sénégalais de Recherches Agricoles [Dakar] (ISRA)

Subjects
Séquence nucléotidique, Expérimentation in vivo, Biology, L73 - Maladies des animaux, Genome, Virus peste petits ruminants, Genetics, medicine, Surveillance épidémiologique, [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], Molecular Biology, Epizootic, Whole genome sequencing, Génome, Strain (biology), medicine.disease, Virology, 3. Good health, Épidémiologie, Peste-des-petits-ruminants virus, Viruses
Abstract

Peste des petits ruminants virus (PPRV) infection is expanding and results in regular epizootic activities in Africa, the Middle East, and Asia. Here, we report the complete genome sequence of a field strain of PPRV isolated in Senegal (SnDk11I13) in 2013.

Published
2014
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20. Fast assembly of the mitochondrial genome of a plant parasitic nematode (Meloidogyne graminicola) using next generation sequencing

Author

Emeline Lhuillier, Frank Jühling, Stéphane Bellafiore, Guillaume Besnard, Elodie Chapuis, Thierry Mateille, Loubab Zedane, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Leipzig University, UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement (UMR IPME), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Plateforme Genomique and Bioinformatics platform of Genopole Toulouse Midi-Pyrenees, 'Agence nationale de la recherch' [ANR-10-LABX-0041], Rice Science Partnership (GRiSP) Grant (Menergep Project), [ANR-12-AGRI-0002 (ARIMNET 2011-PESTOLIVE)], European Project: 219262,EC:FP7:KBBE,FP7-ERANET-2007-RTD,ARIMNET(2008), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0106 biological sciences, Mitochondrial DNA, Genome evolution, Meloidogyne, [SDV]Life Sciences [q-bio], Molecular Sequence Data, Biology, 01 natural sciences, Genome, DNA, Mitochondrial, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, DNA sequencing, Deep sequencing, 03 medical and health sciences, RNA, Transfer, Next generation sequencing, Animals, Genome skimming, Tylenchoidea, Gene, 030304 developmental biology, Mitogenomics, Nematode, Genetics, 0303 health sciences, General Immunology and Microbiology, Base Sequence, General Medicine, Genome project, Sequence Analysis, DNA, Genome, Mitochondrial, General Agricultural and Biological Sciences, Organellar genome assembly, 010606 plant biology & botany, Reference genome
Abstract

International audience; Little is known about the variations of nematode mitogenomes (mtDNA). Sequencing a complete mtDNA using a PCR approach remains a challenge due to frequent genome reorganizations and low sequence similarities between divergent nematode lineages. Here, a genome skimming approach based on HiSeq sequencing (shotgun) was used to assemble de novo the first complete mtDNA sequence of a root-knot nematode (Meloidogyne graminicola). An AT-rich genome (84.3%) of 20,030 bp was obtained with a mean sequencing depth superior to 300. Thirty-six genes were identified with a semi-automated approach. A comparison with a gene map of the M. javanica mitochondrial genome indicates that the gene order is conserved within this nematode lineage. However, deep genome rearrangements were observed when comparing with other species of the superfamily Hoplolaimoidea. Repeat elements of 111 bp and 94 bp were found in a long non-coding region of 7.5 kb, as similarly reported in M. javanica and M. hapla. This study points out the power of next generation sequencing to produce complete mitochondrial genomes, even without a reference sequence, and possibly opening new avenues for species/race identification, phylogenetics and population genetics of nematodes.; Il existe peu de connaissances sur la variation des génomes mitochondriaux de nématodes, car leur séquençage avec une approche PCR reste difficile du fait de fréquentes réorganisations génomiques et de la faible similitude de séquence entre des lignées divergentes. Nous avons utilisé une approche d’écrémage de génome pour assembler la première séquence mitochondriale complète d’un nématode à galles (Meloidogyne graminicola). Un génome riche en AT (84,3 %) de 20 030 paires de bases (pb) a été obtenu avec une profondeur de séquençage supérieure à 300. Trente-six gènes ont été identifiés selon une approche semi-automatisée. La comparaison de cette séquence avec la carte physique du génome mitochondrial de M. javanica indique que l’ordre des gènes est conservé chez Meloidogyne. Toutefois, des réarrangements génomiques importants ont été observés entre genres de la superfamille Hoplolaimoidea. Des éléments répétés de 111 et 94 pb ont été détectés dans une longue région non codante d’environ 7500 pb, comme rapporté chez M. javanica et M. hapla. Cette étude montre le potentiel du séquençage de nouvelle génération pour produire rapidement des génomes mitochondriaux complets, même en l’absence de séquence de référence. Ceci ouvre des perspectives dans les domaines de l’identification d’espèces/races, de la phylogénie et de la génétique des populations de nématodes.

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2014
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21. Protecting the durability of major resistance genes to plant viruses with quantitative resistance

Author

Rousseau, Elsa, Fabre, Frédéric, Mailleret, Ludovic, Palloix, Alain, Simon, Vincent, Valière, Sophie, Moury, Benoît, Grognard, Frédéric, Gouzé, Jean-Luc, Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département Génétique Animale (DEPT GA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM)

Subjects
quantitative resistance, [MATH.MATH-RT]Mathematics [math]/Representation Theory [math.RT], durable resistance, [SPI] Engineering Sciences [physics], [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, [MATH] Mathematics [math], [SDV] Life Sciences [q-bio], [SPI]Engineering Sciences [physics], viral evolution, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, landscape epidemiology, [INFO]Computer Science [cs], genetic drift, [MATH]Mathematics [math], [INFO.INFO-AU] Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; The deployment of virus-resistant crops often leads to the emergence of resistance-breaking (RB) pathogens that suppress the yield benefit provided by the resistance (Fabre et al,2012). Although breakdowns are well known for qualitative resistances conferring total resistance to the virus, they are still poorly understood for quantitative resistances conferring partial resistance. Furthermore, it has been proved for several pathosystems that combining qualitative and quantitative resistances can increase the durability of the qualitative resistance (Palloix et al, 2009, Quenouille et al, 2013). Two mechanisms can explain this result : either (i) an increase of genetic drift in the virus population, or (ii) a decrease of the selection advantage of the RB mutant. The purpose of the ongoing work presented here is to disentangle the role of these two mechanisms on the durability of plant qualitative resistances to viruses.To investigate this, we concentrated on a pepper Potato virus Y (PVY) pathosystem on which we report consistent variability in bottlenecks undergone by viral populations at inoculation and in viral accumulation, both determined by the host genotype. We follow by high-throughput sequencing the within-host demo-genetic dynamics of several virus variants in contrasted plant genotypes, carrying a qualitative resistance and different combinations of quantitative resistances. The respective effects of genetic drift and selection are evaluated by fitting models to these data (Fabre, 2012). We further aim at predicting the potential of combining qualitative and quantitative plant resistances to achieve sustainable plant resistance management at the epidemic scale.

Published
2014

22. Mass production of SNP markers in a nonmodel passerine bird through RAD sequencing and contig mapping to the zebra finch genome

Author

Borja Milá, Josselin Cornuault, Emeline Lhuillier, Boris Delahaie, Yann Bourgeois, Timothee Cezard, Christophe Thébaud, Joris A. M. Bertrand, Thomas Duval, Olivier Bouchez, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Edinburgh, Société Calédonienne d'Ornithologie, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Museo Nacional de Ciencias Naturales, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), and This work was supported by Institut Français de la Biodiversité (IFB), Agence Française pour le Développement (AFD) and ANR Biodiversity Program grants to CT, the Génopole Toulouse Midi-Pyrénées, the National Geographic Society and the ‘Laboratoire d'Excellence’ TULIP (ANR-10-LABX-41).

Subjects
0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Single-nucleotide polymorphism, pooled dna, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Genome, Polymorphism, Single Nucleotide, DNA sequencing, Contig Mapping, 03 medical and health sciences, zebra finch genome, biology.animal, Genetics, Animals, Passeriformes, Zebra finch, passerine, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, snp detection, biology, Contig, High-Throughput Nucleotide Sequencing, DNA Restriction Enzymes, biology.organism_classification, Passerine, Zosterops, zosterops, Evolutionary biology, next-generation sequencing, Biotechnology
Abstract

Chantier qualité GA; International audience; Here, we present an adaptation of restriction-site-associated DNA sequencing (RAD-seq) to the Illumina HiSeq2000 technology that we used to produce SNP markers in very large quantities at low cost per unit in the Reunion grey white-eye (Zosterops borbonicus), a nonmodel passerine bird species with no reference genome. We sequenced a set of six pools of 18-25 individuals using a single sequencing lane. This allowed us to build around 600000 contigs, among which at least 386000 could be mapped to the zebra finch (Taeniopygia guttata) genome. This yielded more than 80000 SNPs that could be mapped unambiguously and are evenly distributed across the genome. Thus, our approach provides a good illustration of the high potential of paired-end RAD sequencing of pooled DNA samples combined with comparative assembly to the zebra finch genome to build large contigs and characterize vast numbers of informative SNPs in nonmodel passerine bird species in a very efficient and cost-effective way.

Published
2013
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23. Preliminary responses to the request for contributions to the drafting of the ESEB’s 'framework for socio-economic analysis of GMO cultivation'. Rapport du groupe de travail du Haut Conseil des Biotechnologies sur l'évaluation économique et sociologique des plantes génétiquement modifiées

Author

Baret, Philippe, Butault, Jean-Pierre, Chauvel, Bruno, Desquilbet, Marion, Caffier, David, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Economie Forestière (LEF), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Groupe de recherche en économie mathématique et quantitative (GREMAQ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published
2013

24. Genomic Characterization and Chromosomal Mapping of 5 River Buffalo Skeletal Muscle Differentiation Master Genes

Author

Maurizio D'Esposito, Maria Strazzullo, G.P. Di Meo, Giovanna Fusco, Giuseppe Campanile, Andre Eggen, Francesco Filippini, C. Campanile, Cristina Rossetti, Lino Ferrara, Domenico Vecchio, Angela Perucatti, ISPAAM, Consiglio Nazionale delle Ricerche [Roma] (CNR), Institute of Genetics and Biophysics ‘A. Buzzati Traverso', DISCIZIA, Facoltà di Medicina Veterinaria, Institute of Genetics and Biophysics ‘A. Buzzati Traverso’, Faculty of Veterinary Medicine, DISCIZIA, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Molecular Biology and Bioinformatics Team ‘MOLBINFO’, Department of Biology, Universita degli Studi di Padova, Institute for Applied Mathematics ‘Mauro Picone’, Istituto per le Applicazioni del Calcolo 'Mauro Picone' (IAC), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Strazzullo, M, Rossetti, C, Fusco, G, Campanile, C, Vecchio, Domenico, Campanile, Giuseppe, Perucatti, A, Di Meo, Gp, Filippini, F, Eggen, A, Ferrara, L, and D'Esposito, M.

Subjects
Buffaloes, Genotype, Protein family, Acclimatization, [SDV]Life Sciences [q-bio], Environment, Biology, bhlh, Genome, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Species Specificity, Gene mapping, Genetics, Animals, Coding region, Cloning, Molecular, skeletal muscle, Muscle, Skeletal, Molecular Biology, Gene, In Situ Hybridization, Fluorescence, Genetics (clinical), DNA Primers, MyoD Protein, 030304 developmental biology, Comparative genomics, fish, 0303 health sciences, Polymorphism, Genetic, Nucleic acid sequence, Chromosome Mapping, Computational Biology, Cell Differentiation, DNA, Myostatin, Myogenic Regulatory Factors, Cattle, MYF5, river buffalo, comparative genomic, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

River buffalo (Bubalus bubalis, 2n = 50, BBU) is a species of economic relevance in a number of countries. This species shows a very peculiar biology and a great capacity for environmental adaptation. There has been an increasing economic interest as well as a growing demand for a more detailed knowledge of molecular features in this species. From this perspective we report a genomic, transcriptional and cytogenetic analysis of 5 master genes involved in skeletal muscle development. Of these 5 genes, MYOD1, MYF5, MYF6 and MYOG belong to the basic helix-loop helix protein family while MSTN belongs to the TNF-B protein family. In mammals, these genes are involved in the early stages of skeletal muscle differentiation, development and regeneration. These pivotal biological functions are finely regulated in a tissue- and temporal-specific manner. We used a comparative genomic approach to obtain the buffalo specific sequences of MYOD1 and MYF6. The nucleotide sequence similarity and the protein domain conservation of the newly obtained sequences are analysed with respect to bovine and other mammalian species showing sequence similarity. The presence of a polymorphism in MYOD1 coding sequence is described and its possible effect discussed. Using a quantitative PCR approach, we compared the level of the 5 transcripts in adult and fetal muscle. These genes were physically localised on river buffalo R-banded chromosomes by FISH using bovine genomic BAC-clones. Here, we present a genomic and cytogenetic analysis which could offer a background to better characterise the buffalo genes involved in muscle function and which may be responsible for buffalo-specific meat features.

Published
2010
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25. Red wine polyphenols prevent cyclosporine-induced nephrotoxicity at the level of the intrinsic apoptotic pathway

Author

Ramaroson Andriantsitohaina, Sandra Tengattini, Olga Pechanova, F. Filippini, Rossella Bianchi, Francesca Bonomini, Rita Rezzani, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mission Experts Division, Partenaires INRAE, Stress Oxydant et Pathologies Métaboliques (SOPAM), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie Neurovasculaire Intégrée (BNVI), and Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Male, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Wistar, Blood Pressure, Wine, Apoptosis, 030204 cardiovascular system & hematology, Pharmacology, Kidney, Kidney Function Tests, Nephrotoxicity, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Phenols, medicine, Animals, Rats, Wistar, 030304 developmental biology, bcl-2-Associated X Protein, 2. Zero hunger, Flavonoids, 0303 health sciences, business.industry, Intrinsic apoptotic pathway, Body Weight, Cyclosporine nephrotoxicity, food and beverages, Cytochromes c, Polyphenols, General Medicine, Kidney disease, medicine.disease, Immunohistochemistry, Red wine polyphenols, 3. Good health, Rats, Oxidative Stress, Cyclosporine, Provinols™, business
Abstract

International audience; Flavonoids, polyphenol derivatives of plant origin, possess a broad range of pharmacological properties. A number of studies have found both pro/anti-apoptotic effects for many of these compounds. For these reasons we investigated whether Provinols flavonoids obtained from red wine, have anti-apoptotic properties. The investigations have been carried out in rats treated with Cyclosporine A (CsA). In particular, four groups of rats have been treated for 21 days with either olive oil (control group), with CsA, with Provinols, or with CsA and Provinols simultaneously. Oxidative stress, systolic blood pressure, body weight, biochemical parameters and different markers of pro/anti-apoptotic pathway were measured. CsA produced an increase of systolic blood pressure, a decrease in body weight, serum creatinine levels, urinary total protein concentration and creatinine clearance. Moreover, CsA induced renal alterations and the translocation of Bax and cytochrome c from cytoplasm to mitochondria and vice versa. These changes activated the caspase cascade pathway, that leads to morphological and biochemical features of apoptosis. Provinols restored morphological and biochemical alterations and prevented nephrotoxicity. In conclusion, this study may augment our current understanding of the controversial pro-/anti-apoptotic properties of flavonoids and their molecular mechanisms.

Published
2009

26. Advantage of artificial insemination in the measurement of genetic progress

Author

Tixier Boichard, Michèle, Ollivier, L., Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Département de Génétique Animale [Toulouse], and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
1983

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