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8,197 results on '"Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)"'

1. Social–ecological experiments to foster agroecological transition

Author: Vincent Bretagnolle, Sabrina Gaba, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)
Subjects: agroecology, Biodiversity, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, stakeholders, 12. Responsible consumption, Ecosystem services, lcsh:QH540-549.5, lcsh:Human ecology. Anthropogeography, Agroecology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 0105 earth and related environmental sciences, biodiversity, 2. Zero hunger, Agroforestry, transformation, post-normal science, post‐normal science, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, Post-normal science, sustainability, social–ecological systems, 13. Climate action, [SDE]Environmental Sciences, Sustainability, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Business, lcsh:Ecology, lcsh:GF1-900, ecosystem services
Abstract: A paradigm shift is needed to make agriculture sustainable, and various substitutes for intensive agriculture have been proposed. However, moving from theory to practice, in the context of climate change, natural resource depletion and worldwide economic and social disorder requires a novel approach that goes beyond the confines of ‘normal’ scientific practice, to (a) consider ecological and socioeconomic processes within the agricultural socio‐ecosystem and (b) involving stakeholders in the research process. We propose an innovative experimental approach for identifying management practices that optimize multiple objectives, deliver a portfolio of ecosystem services and satisfy the social demands of key stakeholders while improving the socio‐economic welfare of farmers. Social–ecological experiments are undertaken in real‐field conditions, involving stakeholders explicitly, all along the experimental pathway, to help untangle the drivers of social–ecological dynamics under various practices of land management and farming. As an example, we describe a social–ecological experiment to reduce the intensity of weed control. These ‘social–ecological experiments’ go further, to participatory action research by not only involving stakeholders in the research process but also by manipulating simultaneously socioeconomic and ecological processes under real‐field conditions to foster agroecological transition. Such experiments are distinct from adaptive management, participatory agricultural research and scenario‐planning approaches as they highlight the interactions between ecological and social processes, manipulate the processes shaping the system and show causal links between patterns and processes. Social–ecological experiments offer great opportunities for increasing stakeholders' acceptance of environmental policies or sustainable agriculture programmes implemented through adaptive management. These experiments may help to identify management practices that deliver a portfolio of ecosystem services and satisfy key stakeholders. A free Plain Language Summary can be found within the Supporting Information of this article.
Published: 2020

2. Linking personality and health to use of space in the gray partridge: perspectives for management

Author: Clément Harmange, Vincent Bretagnolle, Olivier Pays, Mathieu Sarasa, Jérôme Moreau, Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Nantes), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Reconciling Ecological and Human Adaptations for a Biosphere-based Sustainability (REHABS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nelson Mandela Metropolitan University [Port Elizabeth, South Africa], LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Biologie et Ecologie des Organismes et Populations Sauvages (BEOPS), Fédération Nationale des Chasseurs (FNC), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Work supported by the Fédération Nationale des Chasseurs (grant number FNC-PSN-PR15-2014) and the French National Center for Scientific Research (CNRS).
Subjects: 0106 biological sciences, media_common.quotation_subject, Woodland, Management, Monitoring, Policy and Law, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Perdix, Health status, Predation, Space use, Personality, Wildlife management, Carnivore, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Behavioral adjustment, Nature and Landscape Conservation, Wildlife conservation, media_common, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, 15. Life on land, biology.organism_classification, Geography, Gray partridge, Habitat, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Demography
Abstract: 13 pages; International audience; Behavioral adjustments are of critical importance for the survival of animals when exposed to risk and resource variations in their environment. Moving to safer habitats allows prey to reduce the risk of mortality triggered by predation. This response has been well studied at the population level to assist in identifying key habitat components for wildlife conservation. However, while individuals may differ in their response to risk and thus in their survival expectancy, the determinants of individual adjustments in space and habitat use are largely unknown in management and conservation studies. Using GPS monitoring, we investigated the relationship between individual traits (morphometry, personality, health status) and adjustments in the use of space relative to risky features (hedgerows, roads/tracks, woodlands, built-up areas) with regard to predation risk. We used the gray partridge (Perdix perdix) as a study model (captive-reared birds released into the farmlands). During the diel cycle, predation risk mainly occurs by carnivores at night, whereas human hunting pressure occurs during the day. We found that personality and health status had an effect on adjustments in the use of space as response to risky features. At night, when carnivore activity is expected to be high, bolder individuals were farther from hedgerows relative to the day. Similarly, individuals in good health were located farther from hedgerows, roads/tracks, and woodland at night relative to the day. We discuss the need for better consideration of individual traits in management and conservation programs, with a particular focus on recovery programs that rely on translocation of captive-reared individuals.
Published: 2021

3. Feeding partridges with organic or conventional grain triggers cascading effects in life-history traits

Author: Maria Teresa Teixeira, Karine Monceau, Vincent Bretagnolle, Flavie Derouin Tochon, Malaury Crépin, Jérôme Moreau, Cécilia Mondet, Marie Fraikin, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)
Subjects: 010504 meteorology & atmospheric sciences, Partridges, Health, Toxicology and Mutagenesis, visual_art.art_subject, Foraging, Population, Population Dynamics, Biodiversity, Zoology, 010501 environmental sciences, Biology, Toxicology, 01 natural sciences, Life history theory, Pesticides residuals, Animals, Galliformes, education, Realistic exposure, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, Carotenoid, education.field_of_study, business.industry, Hormesis, General Medicine, 15. Life on land, Pesticide, Pollution, Europe, Parasite, Plant Breeding, Immune system, Agriculture, visual_art, North America, [SDE]Environmental Sciences, Long-term effect, business
Abstract: International audience; Farmland birds are declining across Europe and North America and the research of factors behind is the subject of extensive researches. Agricultural intensification is now recognized as a major factor governing the loss of biodiversity with strong evidence that pesticides induced direct bird mortality at a high dose. However, less attention has been given to the long-term effects of chronic exposure to low dose of pesticides. Here, we used an experimental procedure in which grey partridges were fed with untreated grains obtained from either organic (no pesticide) or conventional agriculture (with pesticide) for 26 weeks, thus strictly mimicking wild birds foraging on fields. We then examined a suite of life-history traits (ecophysiological and behavioural) that may ultimately, influence population dynamics. We show for the first time that ingesting low pesticide doses over a long period has long-term consequences on several major physiological pathways without inducing differential mortality. Compared to control partridges, birds exposed to chronic doses i) had less developed carotenoid-based ornaments due to lower concentrations of plasmatic carotenoids, ii) had higher activated immune system, iii) showed signs of physiological stress inducing a higher intestinal parasitic load, iv) had higher behavioural activity and body condition and v) showed lower breeding investment. Our results are consistent with a hormetic effect, in which exposure to a low dose of a chemical agent may induce a positive response, but our results also indicate that breeding adults may show impaired fitness traits bearing population consequences through reduced breeding investment or productivity. Given the current scale of use of pesticides in agrosystems, we suggest that such shifts in life-history traits may have a negative long-term impact on wild bird populations across agrosystems. We stress that long-term effects should no longer be ignored in pesticide risk assessment, where currently, only short-term effects are taken into account.
Published: 2021

4. Identification of the Arabidopsis Calmodulin-Dependent NAD+ Kinase That Sustains the Elicitor-Induced Oxidative Burst

Author: Michel Matringe, Giovanni Finazzi, Guillaume Decros, Yohann Couté, Alexandra Kraut, Christian Mazars, Alex Costa, Gilles Curien, Cécile Giustini, Yves Gibon, Elisa Dell’Aglio, Light Photosynthesis & Metabolism (Photosynthesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Department of Biosciences. University of Milan, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, HFSP grant RGP0052/2015, Transition Grant 2015/2017 – Horizon 2020 Linea 1A, ANR–10–LABEX–04 ,GRAL,Labex, ANR-10-INBS-08-01/10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0004,CeMEB,Mediterranean Center for Environment and Biodiversity(2010), ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: 0106 biological sciences, chemistry.chemical_classification, biology, Calmodulin, Physiology, Chemistry, food and beverages, Plant Science, biology.organism_classification, 01 natural sciences, Cofactor, Elicitor, Enzyme, Biochemistry, Arabidopsis, Genetics, biology.protein, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Arabidopsis thaliana, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, NAD+ kinase, Kinase activity, 010606 plant biology & botany
Abstract: NADP(H) is an essential cofactor of multiple metabolic processes in all living organisms, and in plants, NADP(H) is required as the substrate of Ca2+-dependent NADPH oxidases, which catalyze a reactive oxygen species burst in response to various stimuli. While NADP+ production in plants has long been known to involve a calmodulin (CaM)/Ca2+-dependent NAD+ kinase, the nature of the enzyme catalyzing this activity has remained enigmatic, as has its role in plant physiology. Here, we used proteomic, biochemical, molecular, and in vivo analyses to identify an Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) protein that catalyzes NADP+ production exclusively in the presence of CaM/Ca2+. This enzyme, which we named NAD kinase-CaM dependent (NADKc), has a CaM-binding peptide located in its N-terminal region and displays peculiar biochemical properties as well as different domain organization compared with known plant NAD+ kinases. In response to a pathogen elicitor, the activity of NADKc, which is associated with the mitochondrial periphery, contributes to an increase in the cellular NADP+ concentration and to the amplification of the elicitor-induced oxidative burst. Based on a phylogenetic analysis and enzymatic assays, we propose that the CaM/Ca2+-dependent NAD+ kinase activity found in photosynthetic organisms is carried out by NADKc-related proteins. Thus, NADKc represents the missing link between Ca2+ signaling, metabolism, and the oxidative burst.
Published: 2019

5. CryoEM structure of adenovirus type 3 fibre with desmoglein 2 shows an unusual mode of receptor engagement

Author: Chloe Zubieta, Pascal Fender, Hongjie Wang, Wim P. Burmeister, Frédéric Iseni, Emilie Vassal-Stermann, Grégory Effantin, Guy Schoehn, André Lieber, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), StructDev (StructDev), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Unité de Virologie, Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Department of Medicine, Division of Medical Genetics, University of Washington [Seattle], Division of Medical Genetics [Seattle], ISBG: Microscopie électronique, ANR-18-CE11-0001,AD-CADH,MECHANISM OF INTERACTION OF SUBGROUP B2 ADENOVIRUS TO THE DESMOSOMAL CADHERIN DSG2 AND APPLICATIONS(2018), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-18-CE11-0001,Ad-Cadh,Mécanisme d'interaction des adenovirus du sous-groupe B2 à la cadhérine desmosomale DSG2 et ses applications(2018), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: 0301 basic medicine, Models, Molecular, Viral protein, Adenoviridae Infections, viruses, Science, Protein domain, General Physics and Astronomy, Desmoglein-2, Virus Attachment, Trimer, 02 engineering and technology, medicine.disease_cause, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Article, Viral vector, 03 medical and health sciences, Protein Domains, medicine, Humans, Adenovirus infection, Receptor, lcsh:Science, Multidisciplinary, Desmoglein 2, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Adenoviruses, Human, HEK 293 cells, Cryoelectron Microscopy, General Chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, medicine.disease, Recombinant Proteins, 3. Good health, Cell biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 030104 developmental biology, HEK293 Cells, Receptors, Virus, Capsid Proteins, lcsh:Q, Asparagine, 0210 nano-technology
Abstract: Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a, Human adenoviruses (HAd) cause respiratory, gastrointestinal and ocular infections. Here, the authors provide insights into the early stages of adenovirus infection by determining the cryo-EM structure of the trimeric HAd type 3 fibre knob bound to its cellular receptor human desmoglein 2, which reveals residues critical for HAd-receptor interactions.
Published: 2019

6. How reversible are the effects of silver nanoparticles on macrophages? A proteomic-instructed view

Author: Catherine Aude-Garcia, Jacques Bourguignon, Sarah Cianférani, Anaelle Torres, Thierry Rabilloud, Karin Pernet-Gallay, Marie Carrière, Pierre-Henri Jouneau, Stéphane Ravanel, Hélène Diemer, Bastien Dalzon, Véronique Collin-Faure, Protéomique, Métaux et Différenciation (ProMD ), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plantes, Stress & Métaux (MetalStress), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), [GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA ), Modélisation et Exploration des Matériaux (MEM), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), SYstèmes Moléculaires et nanoMatériaux pour l’Energie et la Santé (SYMMES), ANSES (Agence Nationale de Sécurité Alimentaire, Environnementale et du Travail) (PNREST 2011/25, Innimmunotox project), CEA toxicology program (Nanostress grant), ANR-11-IDEX-0001,Amidex,INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE(2011), ANR-10-EQPX-0039,NanoID,Plateforme d'identification des nanoparticules dédiée à la sécurité(2010), Rabilloud, Thierry, INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE - - Amidex2011 - ANR-11-IDEX-0001 - IDEX - VALID, Equipements d'excellence - Plateforme d'identification des nanoparticules dédiée à la sécurité - - NanoID2010 - ANR-10-EQPX-0039 - EQPX - VALID, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Protéomique, Métaux et Différenciation (ProMD), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-11-IDEX-0001-02/11-LABX-0064,SERENADE,Vers une conception de nanomatériaux innovants, durables et sûrs(2011), ANR-11-IDEX-0001-02/11-IDEX-0001,AMIDEX,AMIDEX(2011), ANR-10-EQPX-0039/10-EQPX-0039,NanoID,Plateforme d'identification des nanoparticules dédiée à la sécurité(2010), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Materials Science (miscellaneous), medicine.medical_treatment, Cellular homeostasis, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, Silver nanoparticle, Nitric oxide, chemistry.chemical_compound, Immune system, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], medicine, Macrophage, 0105 earth and related environmental sciences, General Environmental Science, Chemistry, Lipid metabolism, 021001 nanoscience & nanotechnology, Cell biology, [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Cytokine, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], 0210 nano-technology, Oxidative stress
Abstract: International audience; Silver nanoparticles are known to strongly affect biological systems, and numerous toxicological studies have investigated their effects. Most of these studies examine the effects immediately following acute exposure. In this work, we have conducted further investigation by studying not only the acute, post-exposure response, but also the cellular response after a 72 hour-recovery-phase post exposure. As a biological model we have used macrophages, which are very important cells with respect to their role in the immune response to particulate materials. To investigate the response of macrophages to nanoparticles and their recovery post exposure, we have used a combination of proteomics and targeted experiments. These experiments provided evidence that the cellular reaction to nanoparticles, including the reaction during the recovery phase, is a very active process involving massive energy consumption. Pathways such as the oxidative stress response, central and lipid metabolism, protein production and quality control are strongly modulated during the cellular response to nanoparticles, and restoration of basic cellular homeo-stasis occurs during the recovery period. However, some specialized macrophage functions, such as lipopolysaccharide-induced cytokine and nitric oxide production, did not return to their basal levels even 72 hours post exposure, showing that some effects of silver nanoparticles persist even after exposure has ceased.
Published: 2019

7. Proportion of grassland at landscape scale drives natural pest control services in agricultural landscapes

Author: Perrot, Thomas, Rusch, Adrien, Coux, Camille, Gaba, Sabrina, Bretagnolle, Vincent, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), and ANR-18-CE32-0002,IMAgHO,Augmenter la multifonctionnalité des agroécosystèmes par l'exploitation des réseaux trophiques(2018)
Subjects: agroecology, aphid, [SDE]Environmental Sciences, predation, agricultural intensification, ecosystem services, natural enemy, weed
Abstract: International audience; Managing regulating ecosystem services delivered by biodiversity in farmland is a way to maintain crop yields while reducing the use of agrochemicals. Because semi-natural habitats provide shelter and food for pest enemies, a higher proportion of semi-natural habitats in the landscape or their proximity to crops may enhance pest control in arable fields. However, the ways in which the spatial arrangement of these habitats affects the delivery of this beneficial ecosystem service to crops remains poorly known. Here, we investigated the relative effects of the amount of grassland in the landscape versus the distance to the nearest grassland on the predation rates of weed seeds and aphids into 52 cereal fields. We found that both seed and aphid predation levels increased with the proportion of grassland in a 500 m radius buffer while the distance to the nearest grassland displayed no effect. We show that increasing from 0 to 50% the proportion of grasslands in a 500 m radius, respectively, increased seed and aphid predation by 38 and 20%. In addition to the strong effect of the proportion of grassland, we found that seed predation increased with the proportion of forest fragments while aphid predation increased with the proportion of organic farming in the landscape. Overall, our results reveal that natural pest control in cereal crops is not related to the distance to the nearest grassland, suggesting that natural enemies are not limited by their dispersal ability. Our study indicates that maintaining key semi-natural habitats, such as grasslands, is needed to ensure natural pest control and support food production in agricultural landscapes.
Published: 2021

8. Le mont Ebal en Samarie, un ancien site cultuel de l'âge du fer ?

Author: Barthelemy, Wulfran, Truschel, Théo, Géochimie et Géochronologie, Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2021

9. Grassland-to-crop conversion in agricultural landscapes has lasting impact on the trait diversity of bees

Author: Marilyn Roncoroni, Nicolas Gross, Fabrice Requier, Gaëtane Le Provost, Isabelle Badenhausser, Cyrille Violle, Marie D’Ottavio, Louis Gross, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre (SBiK-F), Goethe-Universität Frankfurt am Main-Senckenberg – Leibniz Institution for Biodiversity and Earth System Research - Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung, Leibniz Association-Leibniz Association, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Evolution, génomes, comportement et écologie (EGCE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF)
Subjects: 0106 biological sciences, Land-use changes, Geography, Planning and Development, Biology, Plant–pollinator interactions, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Grassland, Pollinator, Plant-pollinator interactions, Functional trait diversity, Nature and Landscape Conservation, Trophic level, 2. Zero hunger, geography, geography.geographical_feature_category, Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, Habitat loss, 15. Life on land, Landscape history, Pollinator decline, Habitat destruction, [SDE]Environmental Sciences, Trait, Landscape ecology, Research Article
Abstract: Context Global pollinator decline has motivated much research to understand the underlying mechanisms. Among the multiple pressures threatening pollinators, habitat loss has been suggested as a key-contributing factor. While habitat destruction is often associated with immediate negative impacts, pollinators can also exhibit delayed responses over time. Objectives We used a trait-based approach to investigate how past and current land use at both local and landscape levels impact plant and wild bee communities in grasslands through a functional lens. Methods We measured flower and bee morphological traits that mediate plant–bee trophic linkage in 66 grasslands. Using an extensive database of 20 years of land-use records, we tested the legacy effects of the landscape-level conversion of grassland to crop on flower and bee trait diversity. Results Land-use history was a strong driver of flower and bee trait diversity in grasslands. Particularly, bee trait diversity was lower in landscapes where much of the land was converted from grassland to crop long ago. Bee trait diversity was also strongly driven by plant trait diversity computed with flower traits. However, this relationship was not observed in landscapes with a long history of grassland-to-crop conversion. The effects of land-use history on bee communities were as strong as those of current land use, such as grassland or mass-flowering crop cover in the landscape. Conclusions Habitat loss that occurred long ago in agricultural landscapes alters the relationship between plants and bees over time. The retention of permanent grassland sanctuaries within intensive agricultural landscapes can offset bee decline.
Published: 2021

10. Ecological Specialization and Rarity of Arable Weeds: Insights from a Comprehensible Survey in France

Author: François Munoz, Jonathan Storkey, Sabrina Gaba, Vincent Bretagnolle, Christine Plumejeaud, Laura Armengot, Guillaume Fried, Joël Chadoeuf, Cyrille Violle, Lucie Mahaut, Bérenger Bourgeois, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Research Institute of Organic Agriculture - Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Rothamsted Research, French Foundation for Research on Biodiversity (FRB, ANR-13-AGRO-0001,AGROBIOSE,Biodiversité et services écosystémiques en agro-écosystèmes céréaliers intensifs : utilisation des concepts de l'agro-écologie pour atteindre les objectifs ECOPHYTO 2018(2013), European Project: 639706,H2020,ERC-2014-STG,CONSTRAINTS(2015), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)
Subjects: 0106 biological sciences, arable fields, Arable fields, Sampling strategies, Plant Science, life form, Generalist and specialist species, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, species pool, Article, specialization, open habitats, Open habitats, Ecosystem diversity, Temporal scales, biodiversity decline, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 2. Zero hunger, Biodiversity decline, Ecology, Species pool, Botany, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, sampling strategies, Production systems, Taxon, Geography, Habitat, QK1-989, [SDE]Environmental Sciences, Biodiversity and ecosystem services, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Conservation status, Life form, Arable land, Weed, Specialization
Abstract: The definition of &ldquo, arable weeds&rdquo, remains contentious. Although much attention has been devoted to specialized, segetal weeds, many taxa found in arable fields also commonly occur in other habitats. The extent to which adjacent habitats are favorable to the weed flora and act as potential sources of colonizers in arable fields remains unclear. In addition, weeds form assemblages with large spatiotemporal variability, so that many taxa in weed flora are rarely observed in plot-based surveys. We thus addressed the following questions: How often do weeds occur in other habitats than arable fields? How does including field edges extend the taxonomic and ecological diversity of weeds? How does the weed flora vary across surveys at different spatial and temporal scales? We built a comprehensive dataset of weed taxa in France by compiling weed flora, lists of specialized segetal weeds, and plot-based surveys in agricultural fields, with different spatial and temporal coverages. We informed life forms, biogeographical origins and conservation status of these weeds. We also defined a broader dataset of plants occupying open habitats in France and assessed habitat specialization of weeds and of other plant species absent from arable fields. Our results show that many arable weeds are frequently recorded in both arable fields and non-cultivated open habitats and are, on average, more generalist than species absent from arable fields. Surveys encompassing field edges included species also occurring in mesic grasslands and nitrophilous fringes, suggesting spill-over from surrounding habitats. A total of 71.5% of the French weed flora was not captured in plot-based surveys at regional and national scales, and many rare and declining taxa were of Mediterranean origin. This result underlines the importance of implementing conservation measures for specialist plant species that are particularly reliant on arable fields as a habitat, while also pointing out biotic homogenization of agricultural landscapes as a factor in the declining plant diversity of farmed landscapes. Our dataset provides a reference species pool for France, with associated ecological and biogeographical information.
Published: 2020

11. Weeds Enhance Multifunctionality in Arable Lands in South-West of France

Author: Sabrina Gaba, Nathalie Cheviron, Thomas Perrot, Séverine Piutti, Jean-Luc Gautier, Vincent Bretagnolle, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-18-CE32-0002,IMAgHO,Augmenter la multifonctionnalité des agroécosystèmes par l'exploitation des réseaux trophiques(2018), and ANR-11-INBS-0001,ANAEE-FR,ANAEE-Services(2011)
Subjects: 0106 biological sciences, pollination, Biodiversity, lcsh:TX341-641, Horticulture, Management, Monitoring, Policy and Law, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Ecosystem services, haylands, Abundance (ecology), Ecosystem, 2. Zero hunger, Global and Planetary Change, Ecology, carabids, lcsh:TP368-456, business.industry, Agroforestry, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, yield, soil organic carbon, lcsh:Food processing and manufacture, Geography, soil enzyme activity, 13. Climate action, Agriculture, Sustainable management, [SDE]Environmental Sciences, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Species richness, business, Weed, Agronomy and Crop Science, bee richness, lcsh:Nutrition. Foods and food supply, pest control, Food Science
Abstract: International audience; The current challenge in agriculture is to move from intensively managed to multifunctional agricultural landscapes that can simultaneously provide multiple ecological functions (multifunctionality), thus ensuring the delivery of ecosystem services important for human well-being. There is evidence that biodiversity is the main driver of multiple ecosystem functions. However, how biodiversity, and which components of biodiversity are the sources of multifunctionality, remain elusive. In the present study, we explore the role of weed richness and weed abundance as possible sources of ecosystem multifunctionality of an intensive agricultural landscape. Weeds are a key component of the arable field ecosystem trophic network by supporting various ecological functions while being a possible threat for production. We combine empirical data on ten ecosystem functions related to pollination, pest control and soil fertility, and measured across 184 fields cultivated with winter cereal, oilseed rape or hays in the Long Term Socio-Ecological Research site Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre. We found that weed diversity was a strong contributor to multifunctionality in all crop types, especially when using the threshold-based approach. The effects of weed diversity were less pronounced for individual ecological functions except for weed seed predation and urease activity. As weeds may have dual effects on yields, we also explored the relationship between ecosystem multifunctionality and yield considering weed abundance. We however found a neutral relationship between yield and ecosystem multifunctionality. These results suggest that field management that maintains high levels of weed diversity can enhance multifunctionality and most ecological functions. Understanding how to maintain weed diversity in agricultural landscapes can therefore help to design sustainable management favoring the delivery of multiple services while maintaining food production. The next challenge will therefore be to assess the relative contribution of management practices, landscape features and weed diversity on ecosystem multifunctionality and yield.
Published: 2020

12. Cumulative effects of channel correction and regulation on floodplain terrestrialisation patterns and connectivity

Author: Alvaro Tena, A. Barra, Jean-François Berger, Gabrielle Seignemartin, Hervé Piégay, Thierry Winiarski, Brice Mourier, Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Études Préhistoire, Antiquité, Moyen-Age (CEPAM), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement (LSE-ENTPE), École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université de Lyon-Ministère de l'Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement, ANR-11-LABX-0010,DRIIHM / IRDHEI,Dispositif de recherche interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux(2011), Environnement Ville Société (EVS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Impacts des Polluants sur les Écosystèmes, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)
Subjects: Hydrology, Groyne, geography, River engineering, geography.geographical_feature_category, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Floodplain, Cumulative effects, Flow channel, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, 6. Clean water, Flow regulation, Overbank, Geology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, Earth-Surface Processes, Communication channel
Abstract: One of the main drivers of overbank fine deposition and floodplain formation is the hydrological connectivity between the channel and the floodplain. Channel correction (i.e., groyne field construction within the main flow channel and secondary channel disconnections) and flow regulation can typically lead to a disconnection of riverine floodplains and disturbances that directly affect terrestrialisation. Channel correction and flow regulation can sometimes occur successively, and it is challenging to distinguish the roles of each. This work attempts to assess the respective effects of two phases of channel regulation (correction versus flow regulation) on floodplain terrestrialisation by comparing three bypassed reaches of the Rhone, France (Pierre-Benite, Peage-de-Roussillon and Donzere-Mondragon). We applied a transversal methodology coupled with GIS analysis (old maps, Orthophotos, DEM's, etc.) to understand processes of channel-planform evolution, conducted a sediment survey (metal rod) to assess floodplain terrestrialisation, and performed sediment sampling (manual auger) to obtain surface sediment metal content levels (X-ray Fluorescence and Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry). We found a general trend of channel narrowing within the three reaches, among which approximately 40% was found to be associated with correction works while 20% was attributed to flow lowering caused by channel bypassing. The number of flowing channels in all sections declined significantly, and local anabranching reaches evolved into very stable single thread channels. Overbank sedimentation declined significantly over the period, with very high sedimentation levels observed immediately after correction works and with very low sedimentation levels observed after diversion. We also found overbank flooding (in the number of days per year) decreased while fine sediment thickness increased. Similarly, the highest concentrations of metals (Zc, Pb, and Cu) were found to be associated with a low connection frequency and vice versa. When similar 2-staged terrestrialisation patterns are observed in all three reaches, they differ in chronology and driving factors because of their longitudinal positioning and specific local conditions.
Published: 2020

13. Tailoring cryo-electron microscopy grids by photo-micropatterning for in-cell structural studies

Author: Laurent Blanchoin, Manuel Théry, Julia Mahamid, Fabrice Senger, Mauricio Toro-Nahuelpan, Ievgeniia Zagoriy, European Molecular Biology Laboratory, Structural and Computational Biology Unit, Heidelberg, Germany, CytoMorphoLab, Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), EMBL Interdisciplinary (EI3POD) program under Marie Skłodowska-Curie Actions COFUND (no. 664726), European Project: 760067,3DCellPhase, European Project: 771599,ICEBERG, European Project: 741773,AAA, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: Materials science, Ion beam, Cryo-electron microscopy, Green Fluorescent Proteins, Nanotechnology, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biochemistry, Focused ion beam, Article, Pattern Recognition, Automated, Specimen Handling, law.invention, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, law, Image Processing, Computer-Assisted, Humans, Cell adhesion, Molecular Biology, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Cell Membrane, Cryoelectron Microscopy, Molecular biophysics, Cell Biology, Adhesion, Molecular Imaging, Characterization (materials science), Surface micromachining, Electron microscope, 030217 neurology & neurosurgery, Intracellular, HeLa Cells, Biotechnology, Micropatterning
Abstract: Micromachining by cryo-focused ion beam (FIB) milling coupled to cryo-electron tomography (ET) enables visualization of macromolecules directly inside cells. Yet, spatial control of cell adhesion on electron microscopy (EM) grids remains a bottleneck in the specimen preparation pipeline. This protocol describes a contactless and mask-free photo-micropatterning of EM grids for site-specific deposition of extracellular matrix-related proteins. We achieved accurate and reproducible cell positioning, leading to optimized preparations for cryo-FIB milling. We tested HeLa and RPE1 cell lines on various grid types (gold or titanium mesh coated with SiO2, gold or carbon films). Briefly, grids were passivated with an anti-fouling agent, followed by controlled ablation of the passivation layer, and further functionalization with fibronectin. The micropatterning procedure takes ~3 h. Employing micropatterning to produce complex shapes generated a predictable intracellular organization, allowing direct correlation between cellular architecture and in-cell 3D-structural characterization of the underlying machinery at molecular resolution.
Published: 2020

14. Challenges and issues governing biodiversity in New Aquitaine, France

Author: CARTER, Caitriona, BERTHET, Elsa, BOSCHET, Christophe, BOULEAU, Gabrielle, BRETAGNOLLE, Vincent, CANDAU, Jacqueline, CAZALS, Clarisse, CONCHON, Paul, DACHARY-BERNARD, Jeanne, DE GODOY LESKI, Charles, DELDRÈVE, Valérie, DEUFFIC, Philippe, DOYEN, Luc, LAFON, Sophie, MACARY, Francis, RAMBONILAZA, Tina, SAHRAOUI, Yohan, SALLES, Denis, SERGENT, Arnaud, SMITH, Andy, THOMAS, Arnaud, Environnement, territoires et infrastructures (UR ETBX), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bretagnolle, V., AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Émile Durkheim (CED), Sciences Po Bordeaux - Institut d'études politiques de Bordeaux (IEP Bordeaux)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fondation Nationale des Sciences Politiques [FNSP], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), and Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sciences Po Bordeaux - Institut d'études politiques de Bordeaux (IEP Bordeaux)
Subjects: GESTION PARTICIPATIVE, governance, BIODIVERSITE, [SDE]Environmental Sciences, participative management, GOUVERNANCE, TRANSFORMATION, biodiversité, biodiversity
Abstract: International audience; This chapter presents a summary of scientific results on the governance of biodiversity in socio-ecosystems in the French region of New Aquitaine (cereal plains, forest and wood, vine and wine, fresh and marine water, urbanised territories: see Ecobiose General Report https://www.ecobiose.fr/rapport/). The central governance question turns on the reconciliation and, in some cases, the integration of the governance of the conservation of biodiversity with the governance of production (food, energy, wood...) - public policies which traditionally have been set independently of one another, supported by different groups of actors and instruments. Following a brief presentation of the international and national context for the governing of each socio-ecosystem, this scientific assessment allowed us to identify two main ways of governing the convergence of objectives and institutions: i) a 'reformist' form of goverance within which sector public policy instruments are adapted to biodiversity issues but without challenging dominant logics of action; ii) a 'transformative' form of governance supporting the implementation of 'ecosystem approaches'. This second form of holistic governance was seen to result either from 'bottom up' or 'top down' governing approaches depending on the socio-ecosytem concerned. The scientific assessment further allowed us to identify challenges implementing both governing forms, as well as institutional and legislative obstacles. It also highlighted power relationships between actors and issues of social justice and equity at stake.; Ce chapitre présente une synthèse des résultats scientifiques portant sur les enjeux de gouvernance de la biodiversité dans les socio-écosystèmes de la Région Nouvelle-Aquitaine traités dans le rapport d'Ecobiose. Ces enjeux concernent la réconciliation, voire l'intégration, de la gouvernance de la conservation de la biodiversité avec la gouvernance de la production (d'alimentation, d'énergie, de bois...) et de la fourniture d'un ensemble plus large de services écosystémiques. Après une brève présentation des contextes respectifs pour chaque socio-écosystème, cette synthèse permet d'identifier deux principaux modes de gouvernance pour réaliser une convergence d'objectifs et de moyens institutionnels : i) une forme de gouvernance « réformiste » dans le cadre de laquelle des instruments de politique publique sectoriels sont adaptés aux enjeux de la biodiversité; et ii) une forme de gouvernance « transformative » qui tend à prôner la mise en place des « approches écosystémiques ». Ce deuxième type d'approche, holistique, peut être mis en place de façon « ascendante » ou « descendante », dans des contextes divergents selon les socio-écosystèmes. Cette synthèse identifie les défis à surmonter dans le contexte de gouvernance actuel pour chacun de ces deux modes d'intervention et les blocages institutionnels et législatifs, les rapports de force en jeu et les questions d'équité et de justice sociale impliqués.
Published: 2020

15. Unveiling membrane thermoregulation strategies in marine picocyanobacteria

Author: Justine Pittera, Ulysse Guyet, Hugo Doré, Laurence Garczarek, Solène Breton, Eric Maréchal, Ngoc An Nguyen, David Demory, Valérie Gros, Christophe Six, Juliette Jouhet, Morgane Ratin, Frédéric Partensky, ECOlogy of MArine Plankton (ECOMAP), Adaptation et diversité en milieu marin (ADMM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), School of Biology-Georgia institute of technology, EC2CO-Microbien (METALIC), EMBRC France (INFRA-2010-2.2.5), ANR-17-CE02-0014,CINNAMON,Analyse multi-échelle de l'adaptation à la carence en Fer chez un organisme clé du phytoplancton marin, dans un contexte de changement global(2017), ANR-10-LABX-0004,CeMEB,Mediterranean Center for Environment and Biodiversity(2010), ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-15-IDEX-0002,UGA,IDEX UGA(2015), Partensky, Frédéric, Analyse multi-échelle de l'adaptation à la carence en Fer chez un organisme clé du phytoplancton marin, dans un contexte de changement global - - CINNAMON2017 - ANR-17-CE02-0014 - AAPG2017 - VALID, Mediterranean Center for Environment and Biodiversity - - CeMEB2010 - ANR-10-LABX-0004 - LABX - VALID, Biotech - Bioressources - Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques - - OCEANOMICS2011 - ANR-11-BTBR-0008 - BTBR - VALID, IDEX UGA - - UGA2015 - ANR-15-IDEX-0002 - IDEX - VALID, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-17-CE02-0014,CINNAMON,Analyse multi-échelle de l’adaptation à la carence en Fer chez un organisme clé du phytoplancton marin, dans un contexte de changement global(2017), ANR–10–LABEX–04 ,GRAL,Labex, ANR-11-BTBR-0008/11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-15-IDEX-02,GlycoAlps, Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Station biologique de Roscoff (SBR), and Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Cyanobacteria, Physiology, Oceans and Seas, Niche, Tara Oceans, Plant Science, Photosynthesis, Lipidome, Temperature adaptation, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Membrane fluidity, Thermophysiology, Seawater, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Phylogeny, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Lipid desaturases, Ecological niche, Synechococcus, Ecotype, biology, Ecology, fungi, Membrane, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 030104 developmental biology, 13. Climate action, Ocean ecosystems, Metagenomics, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 010606 plant biology & botany, Body Temperature Regulation
Abstract: International audience; The wide latitudinal distribution of marine Synechococcus cyanobacteria partly relies on the differentiation of lineages adapted to distinct thermal environments. Membranes are highly thermosensitive cell components, and the ability to modulate their fluidity can be critical for the fitness of an ecotype in a particular thermal niche. We compared the thermophysiology of Synechococcus strains representative of major temperature ecotypes in the field. We measured growth, photosynthetic capacities and membrane lipidome variations. We carried out a metagenomic analysis of stations of the Tara Oceans expedition to describe the latitudinal distribution of the lipid desaturase genes in the oceans. All strains maintained efficient photosynthetic capacities over their different temperature growth ranges. Subpolar and cold temperate strains showed enhanced capacities for lipid monodesaturation at low temperature thanks to an additional, poorly regiospecific Delta 9-desaturase. By contrast, tropical and warm temperate strains displayed moderate monodesaturation capacities but high proportions of double unsaturations in response to cold, thanks to regiospecific Delta 12-desaturases. The desaturase genes displayed specific distributions directly related to latitudinal variations in ocean surface temperature. This study highlights the critical importance of membrane fluidity modulation by desaturases in the adaptive strategies of Synechococcus cyanobacteria during the colonization of novel thermal niches.
Published: 2020

16. Glycosylation changes in inflammatory diseases

Author: Sumeyye Cavdarli, Philippe Delannoy, Kenji Uchimura, Sophie Groux-Degroote, Fabrice Allain, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Régulation de la glycosylation terminale, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), CNRS, UMR 8576, Université de Lille, Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Glycan, Cell signaling, Glycosylation, biology, Glycoconjugate, 030303 biophysics, Mucin, Cell, 3. Good health, Cell biology, carbohydrates (lipids), Glycosaminoglycan, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, medicine.anatomical_structure, Immune system, chemistry, medicine, biology.protein, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Glycosylation is one of the most important modifications of proteins and lipids, and cell surface glycoconjugates are thought to play important roles in a variety of biological functions including cell-cell and cell-substrate interactions, bacterial adhesion, cell immunogenicity and cell signaling. Alterations of glycosylation are observed in a number of inflammatory diseases. Pro-inflammatory cytokines have been shown to modulate cell surface glycosylation by regulating the expression of glycosyltransferases and sulfotransferases involved in the biosynthesis of glycan chains, inducing the expression of specific carbohydrate antigens at the cell surface that can be recognized by different types of lectins or by bacterial adhesins, contributing to the development of diseases. Glycosylation can also regulate biological functions of immune cells by recruiting leukocytes to inflammation sites with pro- or anti-inflammatory effects. Cell surface proteoglycans provide a large panel of binding sites for many mediators of inflammation, and regulate their bio-availability and functions. In this review, we summarize the current knowledge of the glycosylation changes occurring in mucin type O-linked glycans, glycosaminoglycans, as well as in glycosphingolipids, with a particular focus on cystic fibrosis and neurodegenerative diseases, and their consequences on cell interactions and disease progression.
Published: 2020

17. Apidima 1 and Apidima 2: Two anteneandertal skulls in the Peloponnese, Greece

Author: Theodoros Pitsios, Henry de Lumley, Natassa Protopapa, Gaspard Guipert, Marie-Antoinette de Lumley, Institut de Paléontologie Humaine (IPH), Fondation I.P.H-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Antenne de Préhistoire de l'IPH, Université Paul Cézanne - Aix-Marseille 3-Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Histoire naturelle de l'Homme préhistorique (HNHP), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 010506 paleontology, Neanderthal, [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, 01 natural sciences, History and Philosophy of Science, Cave, Peninsula, Stage (stratigraphy), biology.animal, Breccia, medicine, 0601 history and archaeology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, geography.geographical_feature_category, Crania, 060102 archaeology, biology, 06 humanities and the arts, biology.organism_classification, Archaeology, Skull, Geography, medicine.anatomical_structure, Anthropology, Homo erectus
Abstract: Work in Apidima A Cave began in 1976 after the discovery of a portion of a human skull by Andreas Andreikos in a cave breccia, identified in 1978 by Theodoros Pitsios, and named Apidima 1. The cave is located below the plateau of Aeropolis, in the Mani Peninsula (Maina or Maina), in the Peloponnese, in the south of Greece. The first work in the cave brought to light a second skull, Apidima 2. These two skulls were lying vertically against the cave wall, on the same sedimentary layer, 15 cm away from each other, side by side and facing in opposite directions. The Apidima 1 occipital seems to belong to a male individual whereas the Apidima 2 face appears to be female. They were carefully extracted from the breccia at the initiative of Theodoros Pitsios and were painstakingly disengaged in the laboratory between 1979 and 2012. The Apidima 1 skull is a portion of the back of the skull and the better preserved Apidima 2 consists of the face and the frontoparietal zones. These remains are in a similar state of fossilisation and were dated by the U/Th method between 220 and 130 ka, with an average age of about 170 ka. The anatomical study shows that they can be attributed to the same group of evolved European Homo erectus hominins, with some early Neanderthal traits, similar to the skulls of la Sima de los Huesos, Swanscombe, Biache St Vaast and Lazaret, and that they can be differentiated from classic Neanderthals. The frontoparietal curve and low biparietal breadth of the crania can be compared to early forms, such as Arago 21-47, Ceprano, Petralona, but several traits announce a Neanderthal morphology, such as, for example, a suprainiac fossa observable on Apidima 1. The deposition of these two skulls in Apidima Cave A, laid out side by side, with no other human remains, lithic artefacts or faunal remains, evokes a death-related anthropogenic ritual. Beside these skulls, three pebbles gathered on the beach below the cave can be considered as an intentional deposit related to the symbolic preoccupations of these Anteneandertals. During the major regression of isotopic stage 6, the beach was at a much lower level than the present-day beach.
Published: 2020

18. Lattice defects induce microtubule self-renewal

Author: Ariane Abrieu, Laura Schaedel, Laurent Blanchoin, Charlotte Aumeier, Manuel Théry, Denis Chrétien, Sarah Triclin, Karin John, Jérémie Gaillard, CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Laboratoire Interdisciplinaire de Physique [Saint Martin d’Hères] (LIPhy), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), French National Research Agency (ANR) ANR-16-CE11-0017-01 ANR-12-BSV5-0004-01 ANR-14-CE09-0014-02 ANR-18-CE13-0001, Human Frontier Science Program RGY0088, European Research Council (ERC) 771599 741773, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre de recherche en Biologie cellulaire de Montpellier (CRBM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-18-CE13-0001,APERTuRe,Une nouvelle perspective sur la régulation des microtubules(2018), Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), and Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Lattice dynamics, Dimer, [SDV]Life Sciences [q-bio], General Physics and Astronomy, Crystal structure, Self renewal, Instability, 01 natural sciences, Microtubules, Article, Lattice vibrations, 010305 fluids & plasmas, Quantitative Biology::Subcellular Processes, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Microtubule, Lattice (order), 0103 physical sciences, 010306 general physics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Physics, Thermal forces, 0303 health sciences, Structural defect, biology, Chemistry, 030302 biochemistry & molecular biology, Model mechanisms, Dissipative dynamics, Dynamics, Tubulin, Lattice defects, biology.protein, Biophysics, Lattice structures, Passive materials, Defects
Abstract: The dynamic instability of microtubules is powered by the addition and removal of tubulin dimers at the ends of the microtubule. Apart from the end, the microtubule shaft is not considered to be dynamic. However recent evidence suggests that free dimers can be incorporated into the shaft of a microtubule damaged by mechanical stress. Here we explored whether dimer exchange was a core property of the microtubule lattice independently of any external constraint. We found that dimers can be removed from and incorporated into the lattice at sites along the microtubule shaft. Furthermore, we showed by experiment and by modeling that rapid dimer renewal requires structural defects in the lattice, which occur in fast growing microtubules. Hence long-lived microtubules have the capacity to self-renew despite their apparent stability and thereby can potentially regulate signaling pathways and structural rearrangements associated with tubulin-dimer exchange at sites along their entire length.
Published: 2019

19. Plastoquinone homoeostasis by Arabidopsis proton gradient regulation 6 is essential for photosynthetic efficiency

Author: Pralon, Thibaut, Shanmugabalaji, Venkatasalam, Longoni, Paolo, Glauser, Gaetan, Ksas, Brigitte, Collombat, Joy, Desmeules, Saskia, Havaux, Michel, Finazzi, Giovanni, Kessler, Felix, Université de Neuchâtel (UNINE), Neuchâtel Platform of Analytical Chemistry (NPAC), Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plant Environmental Physiology and Stress Signaling (PEPSS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Light Photosynthesis & Metabolism (Photosynthesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Swiss National Science Foundation (SNSF) grants 31003A_156998 and 31003A_176191, Human Frontier Science Program award (HFSP RGP0052), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Signalisation de l'Adaptation des Végétaux à l'Environnement (SAVE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR: 10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Light, Arabidopsis thaliana, Arabidopsis Proteins, Plastoquinone, Electron flow, [SDV]Life Sciences [q-bio], Adaptation, Biological, Arabidopsis, food and beverages, Plant, Protein Serine-Threonine Kinases, Plants, Genetically Modified, Article, Plant Leaves, lcsh:Biology (General), PGR6, Seedlings, Light responses, Homeostasis, Photosynthesis, lcsh:QH301-705.5
Abstract: Photosynthesis produces organic carbon via a light-driven electron flow from H2O to CO2 that passes through a pool of plastoquinone molecules. These molecules are either present in the photosynthetic thylakoid membranes, participating in photochemistry (photoactive pool), or stored (non-photoactive pool) in thylakoid-attached lipid droplets, the plastoglobules. The photoactive pool acts also as a signal of photosynthetic activity allowing the adaptation to changes in light condition. Here we show that, in Arabidopsis thaliana, proton gradient regulation 6 (PGR6), a predicted atypical kinase located at plastoglobules, is required for plastoquinone homoeostasis, i.e. to maintain the photoactive plastoquinone pool. In a pgr6 mutant, the photoactive pool is depleted and becomes limiting under high light, affecting short-term acclimation and photosynthetic efficiency. In the long term, pgr6 seedlings fail to adapt to high light and develop a conditional variegated leaf phenotype. Therefore, PGR6 activity, by regulating plastoquinone homoeostasis, is required to cope with high light., Thibaut Pralon et al. show that a predicted atypical kinase located in plastoglobules (PGR6) is necessary for maintaining the pool of photoactive plastoquinone in the chloroplast. They find that the absence of this gene in mutant plants adversely affects photosynthetic efficiency.
Published: 2019

20. Dynamic control of enhancer activity drives stage-specific gene expression during flower morphogenesis

Author: Julia Engelhorn, Kerstin Kaufmann, Dijun Chen, Diego Durantini, Wenhao Yan, Julia Schumacher, Cristel C. Carles, Ming Chen, Institut of Biology, Department of Plant Cellular and Molecular Biology, Humboldt University of Berlin, Institute of Biochemistry and Biology University of Potsdam, Dynamiques Chromatiniennes et Transitions Développementales (ChromDev), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Department of Bioinformatics, College of Life Sciences, Zhejiang University, Alexander-von-Humboldt foundation, Federal Ministry of Education and Research, International Max Planck Research School for Primary Metabolism and Plant Growth (IMPRS-PMPG), Humboldt University Of Berlin, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-16-CE92-0023,FLOPINET,Floral Pioneer Factors(2016), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Chen, Dijun, and Kaufmann, Kerstin
Subjects: 0301 basic medicine, Chromatin Immunoprecipitation, Arabidopsis thaliana, Science, Arabidopsis, General Physics and Astronomy, Flowers, 02 engineering and technology, Computational biology, Genes, Plant, Polymorphism, Single Nucleotide, Article, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, genome-wide analysis, transcription factors, open chromatin, chip-seq, histone modifications, super-enhancers, cell identity, dna elements, identification, signatures, Histones, 03 medical and health sciences, ddc:570, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Enhancer, lcsh:Science, Gene, Transcription factor, Institut für Biochemie und Biologie, Regulation of gene expression, Multidisciplinary, biology, Sequence Analysis, RNA, fungi, food and beverages, General Chemistry, Plant, 021001 nanoscience & nanotechnology, biology.organism_classification, Chromatin, Enhancer Elements, Genetic, Phenotype, 030104 developmental biology, Flower development, lcsh:Q, Rice, Gene expression, 0210 nano-technology, Flower morphogenesis, Genome-Wide Association Study
Abstract: Enhancers are critical for developmental stage-specific gene expression, but their dynamic regulation in plants remains poorly understood. Here we compare genome-wide localization of H3K27ac, chromatin accessibility and transcriptomic changes during flower development in Arabidopsis. H3K27ac prevalently marks promoter-proximal regions, suggesting that H3K27ac is not a hallmark for enhancers in Arabidopsis. We provide computational and experimental evidence to confirm that distal DNase І hypersensitive sites are predictive of enhancers. The predicted enhancers are highly stage-specific across flower development, significantly associated with SNPs for flowering-related phenotypes, and conserved across crucifer species. Through the integration of genome-wide transcription factor (TF) binding datasets, we find that floral master regulators and stage-specific TFs are largely enriched at developmentally dynamic enhancers. Finally, we show that enhancer clusters and intronic enhancers significantly associate with stage-specific gene regulation by floral master TFs. Our study provides insights into the functional flexibility of enhancers during plant development, as well as hints to annotate plant enhancers., Enhancer elements can control spatial and temporal patterns of gene expression. Here the authors profile chromatin accessibility, histone modifications and gene expression during Arabidopsis flower development providing evidence for sets of distal enhancers acting in a highly stage-specific manner.
Published: 2019

21. Optical optimization of semi-transparent a-Si:H solar cells for photobioreactor application

Author: G. Finazzi, C. Ducros, C. Seydoux, C. Dublanche-Tixier, A. Brodu, Département des Technologies des NanoMatériaux (DTNM), Laboratoire d'Innovation pour les Technologies des Energies Nouvelles et les nanomatériaux (LITEN), Institut National de L'Energie Solaire (INES), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de L'Energie Solaire (INES), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Light Photosynthesis & Metabolism (Photosynthesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Axe 2 : procédés plasmas et lasers (SPCTS-AXE2), Science des Procédés Céramiques et de Traitements de Surface (SPCTS), Université de Limoges (UNILIM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de L'Energie Solaire (INES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Reactive ion etching, Materials science, Algae, Photobioreactor, 02 engineering and technology, Substrate (electronics), 01 natural sciences, 7. Clean energy, Phaeodactylum tricornutum, Light scattering, Microalgae culture, 0103 physical sciences, Materials Chemistry, Texture (crystalline), Antireflective texture, Reactive-ion etching, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 010302 applied physics, business.industry, Hydrogenated amorphous silicon solar cell, Photovoltaic system, Metals and Alloys, Surfaces and Interfaces, Textured substrate, 021001 nanoscience & nanotechnology, Ray, Surfaces, Coatings and Films, Electronic, Optical and Magnetic Materials, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, 13. Climate action, Light scattering texture, Optoelectronics, 0210 nano-technology, business, Short circuit
Abstract: International audience; To improve the overall photoconversion efficiency and provide energy support for microalgae culture, we propose to develop a photobioreactor (PBR) and photovoltaic technology (PV) coupled system using a-Si:H solar cells directly placed on the PBR's illuminated surface.PV cells have to absorb a part of the incident light to produce electricity while being transparent in the photosynthesis wavelength range. Growing test of Phaeodactylum tricornutum shows that PV optical filtering does not influence the growth rate. Optical modifications of thin solar cells layers thicknesses and reactive ion etching of the glass substrate allowed to maintain a high PV efficiency while maintaining the growth rate of microalgae.The antireflection texture, combined with a light scattering effect applied on the upper side of the substrate gives the best result. Short circuit current of thin solar cells goes from 7.3 to 10.2 mA/cm(2), and the efficiency increased from 3.5 to 4.7%.
Published: 2019

22. Experimental evidence for the decline of submerged vegetation in freshwater ecosystems by the invasive Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis)

Author: Jan Willem Wolters, Jonas Schoelynck, Heleen Keirsebelik, Ronny Blust, Natacha Brion, Dante M. L. Horemans, Sara Puijalon, Lieven Bervoets, Patrick Meire, Johannes Teuchies, Ecosystem management research group - ECOBE (Wilrijk, Belgium), University of Antwerp (UA), Systemic Physiological and Ecotoxicological Research (SPHERE), Université d'Anvers (Universiteit Antwerpen), Analytical, Environmental and Geo- chemistry, Vrije Universiteit Brussel (VUB), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analytical, Environmental & Geo-Chemistry, Earth System Sciences, Chemistry, Faculty of Sciences and Bioengineering Sciences, Biology, Analytical and Environmental Geochemistry, Vrije Universiteit [Brussels] (VUB), Écologie Végétale et Zones Humides, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Subjects: 0106 biological sciences, animal structures, Myriophyllum spicatum, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Freshwater ecosystem, Invasive species, invasive species, glyphosate, Aquatic plant, media_common.cataloged_instance, 14. Life underwater, European union, Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, media_common, Chinese mitten crab, Ecology, Myriophyllum, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, EDTA, food and beverages, light limitation, Vegetation, 15. Life on land, biology.organism_classification, body regions, Eriocheir, Chemistry, mesocosm experiment, plant stress, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: The Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis) is a damaging invader which is designated as a species of Union Concern within the European Union. A negative impact of the crabs on macrophyte vegetation in lowland rivers is suspected but not yet proven or quantified. We have performed a mesocosm study that combines a density gradient of Chinese mitten crabs (0, 0.3, 1.0 and 2.5 ind. m(-2)) with chemical stress (2350 mu g EDTA L-1 + 258 mu g glyphosate L-1) or light limitation stress (- 70% irradiance compared to control) on water plants (Myriophyllum spicatum). The results clearly demonstrate that the crabs are capable of removing plant shoots effectively which can lead to a complete elimination of the vegetation. Generally, the higher the crab density, the sooner the plants started to disappear and the sooner the vegetation was completely removed. Additional light and chemical stress accelerated this process: plant disappearance at a crab density of 0.3 ind. m(-2) compared to 1.0 ind. m(-2) in the control treatments. Video recording, plant strength and crab pinch strength measurements and stable isotope signatures of delta C-13 and delta N-15 in the Chinese mitten crabs and their possible food sources showed that directly eating the plants is causing only minor damage to the plants. Most damage comes from the movement of the crabs and crab-crab interactions during which they use their chelae to grasp the shoots. We conclude that a decline of vegetation as a consequence of Chinese mitten crab behaviour can be a realistic scenario in freshwater ecosystems and warrants close attention and monitoring. Being primary producers and ecological engineers, macrophytes are key species in these ecosystems, whose services are lost when they disappear and are difficult to restore.
Published: 2019

23. LEAFY activity is post-transcriptionally regulated by BLADE ON PETIOLE2 and CULLIN3 in Arabidopsis

Author: Mikael Norberg, Emmanuel Thévenon, Gilles Vachon, Bo Zhang, François Parcy, László Bakó, Hicham Chahtane, Reyes Benlloch, Marie LeMasson, Ove Nilsson, Mattias Holmlund, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Umeå Plant Science Centre, Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Swedish University for Agricultural Sciences, Umeå Plant Science Centre, Department of Plant Physiology, Umeå University, ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, ANR-16-CE92-0023,FLOPINET,Floral Pioneer Factors, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Umea Plant Science Center (UPSC), Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU)-Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-16-CE92-0023,FLOPINET,Floral Pioneer Factors(2016), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: 0301 basic medicine, Transcription, Genetic, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Arabidopsis, Regulator, Plant Science, Genes, Plant, ubiquitination, 03 medical and health sciences, Gene Expression Regulation, Plant, Plant Cells, flower development, Humans, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, inflorescence, Transcription factor, Post-transcriptional regulation, Leafy, cullin 3, reproductive and urinary physiology, biology, Arabidopsis Proteins, fungi, food and beverages, Meristem, Cullin Proteins, Plants, Genetically Modified, biology.organism_classification, LEAFY, Cell biology, Plant Leaves, Phenotype, 030104 developmental biology, Inflorescence, Mutation, BLADE-ON-PETIOLE, Protein Binding, Transcription Factors, post-transcriptional regulation
Abstract: International audience; The Arabidopsis LEAFY (LFY) transcription factor is a key regulator of floral meristem emergence and identity. LFY interacts genetically and physically with UNUSUAL FLORAL ORGANS, a substrate adaptor of CULLIN1-RING ubiquitin ligase complexes (CRL1). The functionally redundant genes BLADE ON PETIOLE1 (BOP1) and -2 (BOP2) are potential candidates to regulate LFY activity and have recently been shown to be substrate adaptors of CULLIN3 (CUL3)-RING ubiquitin ligases (CRL3). We tested the hypothesis that LFY activity is controlled by BOPs and CUL3s in plants and that LFY is a substrate for ubiquitination by BOP-containing CRL3 complexes. When constitutively expressed, LFY activity is fully dependent on BOP2 as well as on CUL3A and B to regulate target genes such as APETALA1 and to induce ectopic flower formation. We also show that LFY and BOP2 proteins interact physically and that LFY-dependent ubiquitinated species are produced in vitro in a reconstituted cell-free CRL3 system in the presence of LFY, BOP2 and CUL3. This new post-translational regulation of LFY activity by CRL3 complexes makes it a unique transcription factor subjected to a positive dual regulation by both CRL1 and CRL3 complexes and suggests a novel mechanism for promoting flower development.
Published: 2018

24. Trait‐matching and mass effect determine the functional response of herbivore communities to land‐use intensification

Author: Gaëtane Le Provost, Marilyn Roncoroni, Nicolas Gross, Hélène Deraison, Isabelle Badenhausser, Luca Börger, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INRA-CEBC, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), LTER Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre, Centre d'Études Biologiques de Chizé (CEBC), Department of Biosciences, Swansea University, Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Etudes Biologiques de Chizé [France] (USC 1339 INRA), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ERA-Net BiodivERsA, ANR-11-EBID-0004, ECODEAL, European Project: 609398,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2013-COFUND,AGREENSKILLSPLUS(2014), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)
Subjects: 0106 biological sciences, Metacommunity, metacommunity, functional trait diversity, Biodiversity, Context (language use), Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, land-use intensification, Grassland, Grasshopper, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Trophic level, 2. Zero hunger, Herbivore, geography, geography.geographical_feature_category, Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, plant–insect interactions, 15. Life on land, biology.organism_classification, incisor strength, [SDE]Environmental Sciences, Biological dispersal, grassland, body size, grasshoppers, resource-acquisition traits
Abstract: Summary 1.Trait-based approaches represent a promising way to understand how trophic interactions shape animal communities. The approach relies on the identification of the traits that mediate the linkages between adjacent trophic levels, i.e. “trait-matching”. Yet, how trait-matching explains the abundance and diversity of animal communities has been barely explored. This question may be particularly critical in the context of land use intensification, currently threatening biodiversity and associated ecosystem services. 2.We collected a large dataset on plant and grasshopper traits from communities living in 204 grasslands, in an intensively managed agricultural landscape. We used a multi-trait approach to quantify the relative contributions of trait-matching and land use intensification acting at both local and landscape scales on grasshopper functional diversity. We considered two key independent functional traits: incisor strength and body size of grasshopper species. Incisor strength, a resource-acquisition trait, strongly matches grasshopper feeding niche. Body size correlates with mobility traits, and may determine grasshopper dispersal abilities. 3.Plant functional diversity positively impacted the diversity of grasshopper resource-acquisition traits, according to the degree of trait-matching observed between plants and herbivores. However, this positive effect was significantly higher in old grasslands. In addition, the presence of specific habitats in the landscape (i.e. wood and alfalfa) strongly enhanced grasshopper resource-acquisition trait diversity in the focal grassland. Finally, grasshopper body size increased with landscape simplification, although the response was modulated by local factors such as soil depth. 4.Trait-matching between plants and herbivores was an important driver explaining the abundance and diversity of resource-acquisition traits within grasshopper communities. However, the presence of specific habitats in the surrounding landscape had also a strong influence on herbivore functional diversity in grasslands. Our study suggests that also mass effects are a central mechanism promoting higher functional diversity within animal communities in highly disturbed anthropogenic systems. This article is protected by copyright. All rights reserved.
Published: 2017

25. The effects of plate margin inhomogeneity on the deformation pattern within west-Central Zagros Fold-and-Thrust Belt

Author: Esmaiel Shabanian, Zaman Malekzade, M. R. Abbassi, Olivier Bellier, Christine Authemayou, Plateforme de géochimie isotopique ASTER-CEREGE, Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 010504 meteorology & atmospheric sciences, Orocline, [SDU.STU]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, Crust, 15. Life on land, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Tectonics, Strain partitioning, Geophysics, Shear (geology), Passive margin, Sedimentary rock, Zagros fold and thrust belt, Seismology, Geology, 0105 earth and related environmental sciences, Earth-Surface Processes
Abstract: International audience; Zagros Folded and thrust Belt (ZFTB) is a Cenozoic mountain belt in SSW of Iran and northeast of Arabia that resulted from closure of Neo-Tethys and collision between Arabia passive margin and Central Iran active margin. At this tectonic grain of Alp-Himalayan chain, change of the tectonic regime, degree of basement involvement, and character of accommodation of the deformation, in time and space, has been under debate. The results show that the deformation along the Zagros is not uniformly accommodated. Although the researchers have already paid attention to basement involvement in addition to the sedimentary cover rocks, little has been shown on the role of the basement's rigidity and lower crust's rheology on the deformation pattern along and across the belt This study tries to address these questions in terms of inversion of slip vector of basement earthquakes, measurement of fault-slip data on the cover rocks, geomorphic and field observations, and existing geodetic and gravity data, with especial focus on Dezful embayment and surrounding area. The results show the Dezful embayment plays an indenter role. It, with the other reentrants, changes the obliquity of Arabian plate convergence, facilitates the escape of the upper crust toward free mechanical boundaries in salients, controls the slip-rate of Zagros Main Recent Fault at the rear of the belt and contributes in forming Zagros Fold-and-Thrust Belt as an orocline. The viscous lower crust helps the strain partitioning by providing a ductile shear base under the rigid upper crust. (C) 2016 Elsevier B.V. All rights reserved.
Published: 2016

26. Systematics of U–Th disequilibrium in calcrete profiles: Lessons from southwest India

Author: Yanni Gunnell, Bruno Hamelin, Nicolas Durand, Pierre Deschamps, Pierre Curmi, Laboratoire des Sciences de l'Information et des Systèmes ( LSIS ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Arts et Métiers Paristech ENSAM Aix-en-Provence-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Polytech Marseille, Aix Marseille Université ( AMU ), Institut Pythéas ( OSU PYTHEAS ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Européen de Recherche et d'Enseignement des Géosciences de l'Environnement, Plateforme de géochimie isotopique ASTER-CEREGE, Centre européen de recherche et d'enseignement de géosciences de l'environnement ( CEREGE ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Collège de France ( CdF ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Collège de France ( CdF ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Ouest] ), Environnement Ville Société / Institut de Recherches Géographiques (EVS/IRG), Université de Lyon (COMUE), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Laboratoire des Sciences de l'Information et des Systèmes (LSIS), Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Arts et Métiers Paristech ENSAM Aix-en-Provence-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Ouest]), Université de Lyon, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Arts et Métiers Paristech ENSAM Aix-en-Provence-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: weathering profile, 010506 paleontology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Geochemistry, Mineralogy, Impure carbonate, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, Southwest India, impure carbonate, Geochemistry and Petrology, U-series, Parent rock, 0105 earth and related environmental sciences, Isochron, Isochron dating, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Weathering profile, Geology, Secular equilibrium, Authigenic, 15. Life on land, southwest India, Calcrete, Pedogenesis, chemistry, 13. Climate action, calcrete, isochron, Soil horizon, Carbonate
Abstract: EASPEBIOmEAGROSUP; Pedogenic carbonates (calcretes) have often been proposed as possible markers of the pedogenetic processes in soils under semi-arid climate. However, precise chronological constraints on, their formation are required in order to investigate the climatic and paleo-environmental conditions that prevailed during and after their formation, and to improve our understanding of the, physical and chemical conditions that promoted their development and preservation. Moreover, these authigenic calcium carbonate precipitates provide us with an interesting test of the U-Th radioactive disequilibrium dating method, the reliability of which has been demonstrated extensively in aragonitic corals and calcitic continental speleothems, but which remains much more questionable in highly porous, chemically and mineralogically complex media such as soil profiles. We report here U-238-U-234-Th-230 radioactive disequilibrium analyses measured by Thermo-Ionization Mass Spectrometry in calcretes from two sites in southwest India. Since calcretes are impure carbonates mixed with various amounts of parent rock and weathered minerals, all ages must be computed using the isochron technique, involving the extraction of several coeval subsamples from the same soil horizon and U-Th analyses after total dissolution (TSD) method, in order to correct for the detrital component. Th-232 is usually used as index of the detrital contamination, and the isochron age is derived from the isotopic composition (Th-230/U-238; U-234/U-238) of the pure authigenic carbonate end-member of the mixing line. Our results show that each set of samples taken from decimetric blocks is characterized by a well-defined isochron line in a 3-D Osmond diagram (Th-232/U-238; Th-230/U-238; U-234/U-238). The regression lines obtained for most of the samples show probabilities of fit satisfying the mathematical assumptions of the isochron model (in most cases 0.05), and mean square weighted deviations (MSWD) values around 1. The compositions of the end-members are highly variable between the different isochrons, both for the carbonate phase, indicating various ages of cristallisation, and for the detrital phase, indicating various origins and compositions. Notably, our data demonstrate that the detrital component is in all cases out of secular equilibrium, by contrast with the standard paradigm of "dirty carbonate" dating, which is based on the assumption of average continental crust Th/U elemental ratio, and secular equilibrium values of the ((Th-230/U-238) and (U-234/U-238) ratios. At the first site (Coimbatore), we obtain U-Th ages between 304 +/- 38 ka and 44 +/- 2.9 ka (2 sigma) from the base to the top of the profile. These suggest discontinuous precipitation of the different fades in good agreement with micro morphological observations. At the second study site (Gundlupet), the carbonate nodules sampled from two different profiles, yield consistent ages of 200 ka, which suggests that precipitation of nodular carbonate occurred across the entire pediment toposequence during a single event. Surprisingly, in mere contradiction with the standard model of impure carbonate dating, two puzzling samples display "vertical isochrons", i.e., variable Th-232/U-238 without any variation of the Th-230/U-238 and U-234/U-238 ratios. Such patterns require extremely high Th-232/U-238 ratios, in an as yet unidentified detrital phase. Taken at face value, these results suggest that no clear correlation can be inferred between the precipitation of these pedogenic carbonates and major orbitally-driven climate variations recorded in other archives during the last glacial/interglacial cycles.
Published: 2016

27. Sediment type rules the response of aquatic plant communities to dewatering in wetlands

Author: Sara Puijalon, Gudrun Bornette, Mélissa De Wilde, Écologie Végétale et Zones Humides, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés ( LEHNA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
Subjects: 0106 biological sciences, Resistance, Aquatic plant community, Dewatering, Wetland, Plant Science, Silt, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Disturbance intensity, [ SDE ] Environmental Sciences, Aquatic plant, Hydrology, geography, geography.geographical_feature_category, Resilience, Ecology, Sediment type, 010604 marine biology & hydrobiology, Helophyte, Sediment, Plant community, 15. Life on land, 6. Clean water, 13. Climate action, [SDE]Environmental Sciences, Environmental science, Species richness
Abstract: Questions The effect of dewatering on aquatic plant communities may vary with sediment properties, such as particle size and organic matter content, as both control water retention in the sediment during dewatering. No study has tested how sediment type affects the short-term response of plant communities to dewatering. We hypothesized that for the same dewatering event: (1) organic, silt and coarse sediments rank along a gradient of water deficit, with which community resistance and resilience decrease; (2) species survival during the event depend on their known ecological affinity for water; and (3) a peak in species richness associated with an intermediate water deficit occurs in silty habitats. Location Riverine wetlands in the floodplain of the Ain River, France. Methods Eighteen sampling units were defined, set over three sediment types: gravel-dominated coarse sediment, silt and organic matter-dominated sediment. For each sediment type, three sampling units were permanently aquatic, and three sampling units underwent summer dewatering. A survey of species cover was conducted in each sampling unit at four times: before summer dewatering, at the beginning of the event, at the end of the event and 2 months after rewetting. Community resistance and resilience were assessed, as were changes over time in the proportions of species according their water affinity (hydrophytes, amphiphytes and helophytes, documented from the floras), and the effect of dewatering on species renewal and richness. Results The sediment type affected aquatic plant community resistance and resilience, with increasing disturbance intensity for silty, followed by coarse compared with organic sediment. Organic sediment retained water efficiently during dewatering, supporting high community resistance, with the maintenance of amphiphytes and more tolerant hydrophytes. On silty sediment, disturbance was sufficiently high to cause the disappearance of hydrophyte vegetative parts, but propagules rapidly sprouted after rewetting, suggesting their preservation in the sediment and enabling good community resilience. On coarse sediment, a decrease in resident amphiphyte abundance, together with helophyte colonization and maintenance after rewetting were observed. Coarse sediment is not favourable to propagule survival, explaining the low community resilience. Contrary to our hypothesis, a linear positive relationship between disturbance intensity and species richness was observed after dewatering. Conclusion The present study demonstrates that a simple description of sediment type allows prediction of dewatering impact on aquatic plant communities: organic, silt and coarse sediments were ranked along a gradient of water deficit, along which resistance and resilience decreased.
Published: 2016

28. Supercritical fluid chromatography coupled to mass spectrometry for lipidomics

Author: Marie Méjean, Stéphanie Boutet-Mercey, Carlos Rincon, Juliette Jouhet, David Touboul, Laurent Laboureur, Céline Chollet, Benoit Colsch, François Fenaille, Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-16-CE29-0002,Cap-SFC-MS,Chromatographie en phase supercritique capillaire couplée à la spectrométrie de masse (cap-SFC-MS) pour l'analyse de biomolécules(2016), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: MS coupling, Biosensing Techniques, Acetates, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Limit of Detection, Tandem Mass Spectrometry, Lipidomics, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, untargeted analysis, Spectroscopy, Chromatography, Supercritical carbon dioxide, Chemistry, Elution, 010405 organic chemistry, supercritical fluid chromatography, 010401 analytical chemistry, Reproducibility of Results, Chromatography, Supercritical Fluid, Carbon Dioxide, Method development, Lipids, 0104 chemical sciences, Supercritical fluid chromatography, Solvents, lipidomics, method development
Abstract: International audience; Supercritical fluid chromatography (SFC) has experienced a particular revival in recent years thanks to the development of robust and efficient commercial systems. Because of its physico-chemical properties, supercritical carbon dioxide (CO2 ) mixed with cosolvents and additives is particularly suitable for SFC to allow the elution of compounds of different polarities and more particularly complex lipids. Hyphenation with mass spectrometry (MS) is increasingly described in the literature but still requires many further developments in order to be as user-friendly as coupling with liquid chromatography. The basic concepts of SFC and MS hyphenation will be first considered. Then a representative example of method development in lipidomics will be introduced. In conclusion, the challenges and future needs in this field of research will be discussed.
Published: 2019

29. Crystal structure of the transcriptional repressor DdrO: insight into the metalloprotease/repressor-controlled radiation response in Deinococcus

Author: Philippe Roche, Fabrice Confalonieri, Pascale Servant, Romaric Magerand, David Lemaire, David Pignol, François Parcy, Pascal Arnoux, Géraldine Brandelet, Raquel Martin-Arevalillo, Laurence Blanchard, Jade Doloy, Nicolas Eugénie, Arjan de Groot, Marina I. Siponen, Renaud Dumas, Microbiologie Environnementale et Moléculaire (MEM), Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Radiorésistance des bactéries et des archées (RBA), Département Biologie des Génomes (DBG), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Régulateurs du développement de la fleur (Flo_RE), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Interactions Protéine Métal (IPM), Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), ANR-19-CE12-0010,NOVOREP,Réparation des dommages ou mort cellulaire chez les bactéries exposées aux stress, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-19-CE12-0010,NOVOREP,Réparation des dommages ou mort cellulaire chez les bactéries exposées aux stress(2019), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Saclay, Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), MARAVAL, Alexandra, and Réparation des dommages ou mort cellulaire chez les bactéries exposées aux stress - - NOVOREP2019 - ANR-19-CE12-0010 - AAPG2019 - VALID
Subjects: Models, Molecular, DNA damage, [SDV]Life Sciences [q-bio], Repressor, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Cleavage (embryo), Crystallography, X-Ray, DNA-binding protein, Protein Structure, Secondary, 03 medical and health sciences, Protein structure, Structural Biology, Stress, Physiological, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Genetics, Deinococcus, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amino Acid Sequence, Peptide sequence, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, biology, 030306 microbiology, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, Protein Structure, Tertiary, [SDV] Life Sciences [q-bio], Repressor Proteins, Biophysics, Metalloproteases, Alpha helix, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, DNA Damage, Transcription Factors
Abstract: Exposure to harmful conditions such as radiation and desiccation induce oxidative stress and DNA damage. In radiation-resistant Deinococcus bacteria, the radiation/desiccation response is controlled by two proteins: the XRE family transcriptional repressor DdrO and the COG2856 metalloprotease IrrE. The latter cleaves and inactivates DdrO. Here, we report the biochemical characterization and crystal structure of DdrO, which is the first structure of a XRE protein targeted by a COG2856 protein. DdrO is composed of two domains that fold independently and are separated by a flexible linker. The N-terminal domain corresponds to the DNA-binding domain. The C-terminal domain, containing three alpha helices arranged in a novel fold, is required for DdrO dimerization. Cleavage by IrrE occurs in the loop between the last two helices of DdrO and abolishes dimerization and DNA binding. The cleavage site is hidden in the DdrO dimer structure, indicating that IrrE cleaves DdrO monomers or that the interaction with IrrE induces a structural change rendering accessible the cleavage site. Predicted COG2856/XRE regulatory protein pairs are found in many bacteria, and available data suggest two different molecular mechanisms for stress-induced gene expression: COG2856 protein-mediated cleavage or inhibition of oligomerization without cleavage of the XRE repressor.
Published: 2019

30. Calmodulin is involved in the dual subcellular location of two chloroplast proteins

Author: Laura Perrot, Imen Bouchnak, Stéphane Miras, Daphné Seigneurin-Berny, Daniel Salvi, Marcel Kuntz, Lucas Moyet, Norbert Rolland, Dynamique du protéome et biogenèse du chloroplaste (ChloroGenesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), French National Research Agency (ANR)ANR-10-LABX-49-01French National Research Agency (ANR)ANR-06-GPLA-0003French National Research Agency (ANR)ANR-2010-BLAN-1610-01French National Research Agency (ANR)ANR-10-LABX-49-01INRA Plant Biology and Breeding Division ANR-10-LABX-49-01French Atomic Energy Commission French National Research Agency (ANR)ANR-15-IDEX-02French National Research Agency (ANR) Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) INRA, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-06-GPLA-0003,GPLA06024G,Glyco-chloroplast : Identification of signals controlling the protein trafficking between the secretory pathway and the chloroplast(2006), ANR-10-BLAN-1610,Chloro-Pro,Régulation de la dynamique du protéome chloroplastique(2010), ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, and ANR-15-IDEX-02,DATA@UGA,Grenoble Alpes Data Institute(2016)
Subjects: 0301 basic medicine, Chloroplasts, Calmodulin, Arabidopsis, Plant Biology, Biochemistry, Chloroplast membrane, plant molecular biology, Chloroplast Proteins, 03 medical and health sciences, Bimolecular fluorescence complementation, Cytosol, chloroplast, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Calcium Signaling, Plastids, Plastid, Molecular Biology, Binding Sites, 030102 biochemistry & molecular biology, biology, Arabidopsis Proteins, Chemistry, Membrane Proteins, Cell Biology, Compartmentalization (psychology), Subcellular location, Cell Compartmentation, Cell biology, subcellular fractionation, Chloroplast, 030104 developmental biology, Chloroplast envelope, subcellular organelle, plant biochemistry, biology.protein, calmodulin (CaM), Protein Binding
Abstract: International audience; Cell compartmentalization is an essential process by which eukaryotic cells separate and control biological processes. While calmodulins are well known to regulate catalytic properties of their targets, we show here their involvement in the subcellular location of two plant proteins. Both proteins exhibit a dual location, namely in the cytosol in addition to their association to plastids (where they are known to fulfil their role). One of these proteins, ceQORH, a long-chain fatty acid reductase, was analysed in more details and its calmodulin binding site identified by specific mutations. Such a mutated form is predominantly targeted to plastids at the expense of its cytosolic location. The second protein, TIC32, was also shown to be dependent on its calmodulin binding site for retention in the cytosol. Complementary approaches (bimolecular fluorescence complementation and reverse genetics) demonstrated that the calmodulin isoform CAM5 is specifically involved in the retention of ceQORH in the cytosol. This study identifies a new role for calmodulin and sheds new light on the intriguing CaM-binding properties of hundreds of plastid proteins, despite no CaM or CaM-like proteins were identified in plastids.
Published: 2019

31. Combined spatial and retrospective analysis of fluoroalkyl chemicals in fluvial sediments reveal changes in levels and patterns over the last 40 years

Author: J. Raux, Pierre Labadie, Marc Desmet, Marc Babut, Hélène Budzinski, Cécile Grosbois, Yoann Copard, Patrick Pardon, Brice Mourier, Maxime Debret, Impacts des Polluants sur les Écosystèmes, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physico -& Toxico Chimie des systèmes naturels (LPTC), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GéoHydrosystèmes COntinentaux (GéHCO EA6293), Université de Tours, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Moléculaires (ISM), Université Montesquieu - Bordeaux 4-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-École Nationale Supérieure de Chimie et de Physique de Bordeaux (ENSCPB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence de l'Eau Rhin-Meuse, Rhone-Mediterranean and Corsica Water Agency, Region Auvergne-Rhone-Alpes, Region Nouvelle-Aquitaine, European Union (EU), French National Research Agency (ANR) ANR-10-LABX-45, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Université Montesquieu - Bordeaux 4-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-École Nationale Supérieure de Chimie et de Physique de Bordeaux (ENSCPB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Tours (UT)
Subjects: Geologic Sediments, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Health, Toxicology and Mutagenesis, Carboxylic Acids, Drainage basin, Fluvial, 010501 environmental sciences, Toxicology, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, Manufacturing and Industrial Facilities, Rivers, Dry weight, Water Pollution, Chemical, Retrospective analysis, Sediment core, Retrospective Studies, 0105 earth and related environmental sciences, Spatial trend, Fluorocarbons, geography, geography.geographical_feature_category, Rhône river, General Medicine, Contamination, Pollution, 6. Clean water, Bed sediment, Perfluorooctane, Alkanesulfonic Acids, chemistry, 13. Climate action, Environmental chemistry, [SDE]Environmental Sciences, Environmental science, Per- and polyfluoroalkyl substances, France, Temporal trend, Sulfonic Acids, Long chain, Water Pollutants, Chemical, Environmental Monitoring
Abstract: International audience; Bed sediments and a dated sediment core were collected upstream and downstream from the city of Lyon (France) to assess the spatial and temporal trends of contamination by per- and polyfluoroalkyl substances (PFASs) in this section of the Rhône River. Upstream from Lyon, concentrations of total PFASs (ΣPFASs) in sediments are low (between 0.19 and 2.6 ng g−1 dry weight - dw), being characterized by a high proportion of perfluorooctane sulfonate (PFOS). Downstream from Lyon, and also from a fluoropolymer manufacturing plant, ΣPFASs concentrations reach 48.7 ng g−1 dw. A gradual decrease of concentrations is reported at the coring site further downstream (38 km). Based on a dated sediment core, the temporal evolution of PFASs is reconstructed from 1984 to 2013. Prior to 1987, ΣPFASs concentrations were low (≤2 ng g−1 dw), increasing to a maximum of 51 ng g−1 dw in the 1990s and then decreasing from 2002 to the present day (∼10 ng g−1 dw). In terms of the PFAS pattern, the proportion of perfluoroalkyl sulfonic acids (PFSAs) has remained stable since the 1980s (∼10%), whereas large variations are reported for carboxylic acids (PFCAs). Long chain- (C > 8) PFCAs characterized by an even number of perfluorinated carbons represent about 74% of the total PFAS load until 2005. However, from 2005 to 2013, the relative contribution of long chain- (C > 8) PFCAs with an odd number of perfluorinated carbons reaches 80%. Such changes in the PFAS pattern likely highlight a major shift in the industrial production process. This spatial and retrospective study provides valuable insights into the long-term contamination patterns of PFAS chemicals in river basins impacted by both urban and industrial activities.
Published: 2019

32. Exploration of the propagation of transpovirons within Mimiviridae reveals a unique example of commensalism in the viral world

Author: Daniel J. Turner, Emanuele G. Biondi, Sandra Jeudy, Laure Beucher, Jean-Marie Alempic, Nadège Philippe, Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Chantal Abergel, Lionel Bertaux, Sissel Juul, Sébastien Santini, Lucid Belmudes, Jean-Michel Claverie, Yohann Couté, Information génomique et structurale (IGS), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de Biosciences et de Biotechnologies de Grenoble (ex-IRTSV) (BIG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire de chimie bactérienne (LCB), Duke University [Durham], Oxford Nanopore Technologies, Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), The Fondation Bettencourt Schueller (OTP51251) and the Provence-Alpes-Côte-d’Azur région (2010 12125), ANR-11-INBS-0013,IFB (ex Renabi-IFB),Institut français de bioinformatique(2011), ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes [Grenoble] (LAPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), ANR: 11-INBS-0013,ANR-11-INSB-0013,Institut français de bioinformatique (ReNaBi-IFB), ANR-10-INBS-08-01/10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), Équipe Services et Architectures pour Réseaux Avancés (LAAS-SARA), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UPS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: Virophages, viruses, Acanthamoeba, Microbiology, Virus, Article, 03 medical and health sciences, Zamilon virophage, Virology, Mimiviridae, Giant Virus, Symbiosis, Cellular microbiology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Mimivirus, biology, 030306 microbiology, Virophage, biology.organism_classification, Commensalism, Evolutionary biology, Giant Viruses, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology
Abstract: Acanthamoeba-infecting Mimiviridae are giant viruses with dsDNA genome up to 1.5 Mb. They build viral factories in the host cytoplasm in which the nuclear-like virus-encoded functions take place. They are themselves the target of infections by 20-kb-dsDNA virophages, replicating in the giant virus factories and can also be found associated with 7-kb-DNA episomes, dubbed transpovirons. Here we isolated a virophage (Zamilon vitis) and two transpovirons respectively associated to B- and C-clade mimiviruses. We found that the virophage could transfer each transpoviron provided the host viruses were devoid of a resident transpoviron (permissive effect). If not, only the resident transpoviron originally isolated from the corresponding virus was replicated and propagated within the virophage progeny (dominance effect). Although B- and C-clade viruses devoid of transpoviron could replicate each transpoviron, they did it with a lower efficiency across clades, suggesting an ongoing process of adaptive co-evolution. We analysed the proteomes of host viruses and virophage particles in search of proteins involved in this adaptation process. This study also highlights a unique example of intricate commensalism in the viral world, where the transpoviron uses the virophage to propagate and where the Zamilon virophage and the transpoviron depend on the giant virus to replicate, without affecting its infectious cycle.
Published: 2019

33. Increasing crop heterogeneity enhances multitrophic diversity across agricultural regions

Author: Teja Tscharntke, Lluís Brotons, Annika L. Hass, Laura Henckel, Carole Vuillot, Audrey Alignier, Gérard Balent, Vincent Bretagnolle, François Calatayud, Yann Clough, Aliette Bosem Baillod, David Giralt, Paul Miguet, Antonio Ricarte, Cyrille Violle, Péter Batáry, Scott Mitchell, Nicolas Gross, Romain Georges, Clélia Sirami, Gaëtan Lefebvre, Jordi Bosch, Annie Ouin, Bertrand Gauffre, Colette Bertrand, Samuel Hilaire, Jacques Baudry, Lenore Fahrig, Romain Carrié, Jude Girard, Gavin M. Siriwardena, Aude Vialatte, Jesús Miñano, Irene Robleño, Jean-Louis Martin, Assu Gil-Tena, Isabelle Badenhausser, Raphaël Mathevet, Jordi Recasens, Jose Antonio Barrientos, Kathryn Lindsay, Gerard Bota, Françoise Burel, Annick Gibon, M. A. Marcos-García, Lutz Tischendorf, Brigitte Poulin, Xavier O. Solé-Senan, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Universidad Rey Juan Carlos [Madrid] (URJC), University of Göttingen - Georg-August-Universität Göttingen, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Lund University [Lund], LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Carleton University, Centre de Ciència i Tecnologia Forestal de Catalunya (CTFC), Centre d'Etudes Biologiques de Chizé [France] (USC 1339 INRA), Institut de recherche de la Tour du Valat, Joint Research Unit CTFC – AGROTECNIO, Solsona, Spain, Universitat de Lleida, Centre for Ecological Research and Forestry Applications (CREAF), Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), Universidad de Alicante, Universidad de Murcia, British Trust for Ornithology (BTO), Centro de Investigaciones Biológicas (CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Biology, Carleton University (Carleton University), WC1034, Department for Environment, Food and Rural Affairs, ERC-StG-2014-639706-CONSTRAINTS, H2020 European Research Council, FP7-609398, Agreenskills, JCI-2012-12089, Juan de la Cierva, ANR-11-EBID-0004,FarmLand,European Network on Farmland Heterogeneity, Biodiversity and Ecosystem Services(2011), Universidad de Alicante. Departamento de Ciencias Ambientales y Recursos Naturales, Universidad de Alicante. Centro Iberoamericano de la Biodiversidad, Biodiversidad y Biotecnología aplicadas a la Biología de la Conservación, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LTSER Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etudes Biologiques de Chizé, ANR-11-EBID-0004, Agence Nationale de la Recherche, ANR: European Network on Farmland Heterogeneity, Biodiversity and Ecosystem Services,FARMLAND,ANR-11-EBID0004, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: Crops, Agricultural, 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Multitaxa, Biodiversity, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Ecosystem services, Birds, Crop, crop mosaic, Animals, Humans, Zoología, farmland landscape complementation, Agricultural productivity, Ecosystem, 0105 earth and related environmental sciences, Crop mosaic, biodiversity, 2. Zero hunger, Multidisciplinary, business.industry, Ecology, Breeding, genetics and propagation, Agriculture, Spiders, Vegetation, Biological Sciences, Bees, 15. Life on land, Landscape complementation, Europe, Farmland, Taxon, Geography, Crop diversity, 13. Climate action, North America, [SDE]Environmental Sciences, Biodiversity and ecosystem services, multitaxa, business, Butterflies
Abstract: Agricultural landscape homogenization has detrimental effects on biodiversity and key ecosystem services. Increasing agricultural landscape heterogeneity by increasing seminatural cover can help to mitigate biodiversity loss. However, the amount of seminatural cover is generally low and difficult to increase in many intensively managed agricultural landscapes. We hypothesized that increasing the heterogeneity of the crop mosaic itself (hereafter “crop heterogeneity”) can also have positive effects on biodiversity. In 8 contrasting regions of Europe and North America, we selected 435 landscapes along independent gradients of crop diversity and mean field size. Within each landscape, we selected 3 sampling sites in 1, 2, or 3 crop types. We sampled 7 taxa (plants, bees, butterflies, hoverflies, carabids, spiders, and birds) and calculated a synthetic index of multitrophic diversity at the landscape level. Increasing crop heterogeneity was more beneficial for multitrophic diversity than increasing seminatural cover. For instance, the effect of decreasing mean field size from 5 to 2.8 ha was as strong as the effect of increasing seminatural cover from 0.5 to 11%. Decreasing mean field size benefited multitrophic diversity even in the absence of seminatural vegetation between fields. Increasing the number of crop types sampled had a positive effect on landscape-level multitrophic diversity. However, the effect of increasing crop diversity in the landscape surrounding fields sampled depended on the amount of seminatural cover. Our study provides large-scale, multitrophic, cross-regional evidence that increasing crop heterogeneity can be an effective way to increase biodiversity in agricultural landscapes without taking land out of agricultural production. This research was funded by the ERA-Net BiodivERsA, with the national funders French National Research Agency (ANR-11-EBID-0004), German Ministry of Research and Education, German Research Foundation and Spanish Ministry of Economy and Competitiveness, part of the 2011 BiodivERsA call for research proposals. The UK component of this research was funded by the UK Government Department of the Environment, Food and Rural Affairs (Defra), as Project WC1034. The Canadian component of this research was funded by a Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada Strategic Project, the Canada Foundation for Innovation, Environment Canada, and Agriculture and Agri-Food Canada. N.G. was supported by the AgreenSkills+ Fellowship programme which has received funding from the EU’s Seventh Framework Programme under Grant Agreement FP7-609398 (AgreenSkills+ contract). A.G.-T. (Juan de la Cierva Fellow, JCI-2012-12089) was funded by Ministerio de Economía y Competitividad (Spain). C. Violle was supported by the European Research Council Starting Grant Project “Ecophysiological and biophysical constraints on domestication of crop plants” (Grant ERC-StG-2014-639706-CONSTRAINTS). A.R.’s position at the University of Alicante is funded by the “Vicerrectorado de Investigación y Transferencia de Conocimiento.”
Published: 2019

34. Deciphering the roles of environment and development in the evolution of a Late Triassic assemblage of conodont elements

Author: Manuel Rigo, Pauline Guenser, Michele Mazza, Sylvain Dolédec, Louise Souquet, Nicolas Goudemand, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dipartimento di Scienze Chimiche e Geologiche, CNR Istituto di Geoscienze e Georisorse [Pisa] (IGG-CNR), Consiglio Nazionale delle Ricerche [Pisa] (CNR PISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR)
Subjects: 0106 biological sciences, Morphometrics, 010506 paleontology, Ecology, Resistance (ecology), Paleontology, Biology, biology.organism_classification, Triassic, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Intraspecific competition, Taxon, Evolutionary biology, Abundance (ecology), evolution, Assemblage (archaeology), [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, General Agricultural and Biological Sciences, Conodont, conodont, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Deep time, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: To assess evolutionary processes in deep time, it is essential to understand the roles of development and environment, both recorded through the morphological variability of fossil assemblages. Thanks to their great abundance and the high temporal resolution of their fossil record, conodont elements are ideal to address this issue. In this paper, we present the first quantitative study of a Carnian–Norian (Late Triassic) assemblage of closely related P1 conodont elements. Using geometric morphometrics (landmarks, sliding landmarks, and elliptic Fourier analysis), we explore the main axes of phenotypic variation and relate them to classically used taxonomic characters. We show that some important taxonomic features follow laws of covariation, hence highlighting developmental constraints. Furthermore, the intraspecific variation within all considered species, either Carnian or Norian forms, is similarly restricted, emphasizing, for the first time in conodont P1 elements, a common line of least resistance to evolution, which means that similar intrinsic (developmental) factors were acting on these taxa and likely biased the evolutionary trajectories of all these taxa in a similar way. Because the evolution between Carnian and Norian forms is known to have followed a trajectory that is significantly different from the line of least resistance, strong extrinsic pressures, such as environmental disturbances, were probably at play around the Carnian/Norian boundary to counteract the effects of these intrinsic, developmental constraints.
Published: 2019

35. The colonization of the oceans by calcifying pelagic algae

Author: B. Suchéras-Marx, E. Mattioli, P. Allemand, F. Giraud, B. Pittet, J. Plancq, G. Escarguel, Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] (LGL-TPE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), School of Geographical and Earth Sciences, University of Glasgow, University of Glasgow, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement (LGL-TPE), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sucheras-Marx, Baptiste, Mattioli, Emanuela, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)
Subjects: 010504 meteorology & atmospheric sciences, lcsh:Life, calcareous nannoplankton evolution, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Coccolith, Algae, lcsh:QH540-549.5, Phytoplankton, phytoplankton, size changes, Colonization, Mesozoic, 14. Life underwater, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, Earth-Surface Processes, biology, Ecology, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], lcsh:QE1-996.5, Pelagic zone, biology.organism_classification, Cretaceous, lcsh:Geology, lcsh:QH501-531, [SDE]Environmental Sciences, lcsh:Ecology, [SDU.STU.PG]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Paleontology, Calcareous, Geology
Abstract: The rise of calcareous nannoplankton in Mesozoic oceans has deeply impacted ocean chemistry and contributed to shaping modern oceans. Nevertheless, the calcareous nannoplankton colonization of past marine environments remains poorly understood. Based on an extensive compilation of published and unpublished data, we show that their accumulation rates in sediments increased from the Early Jurassic (∼200 Ma) to the Early Cretaceous (∼120 Ma), although these algae diversified up to the end of the Mesozoic (66 Ma). After the middle Eocene (∼45 Ma), a decoupling occurred between accumulation rates, diversity and coccolith size. The time series analyzed points toward a three-phase evolutionary dynamic. An invasion phase of the open-ocean realms was followed by a specialization phase occurring along with taxonomic diversification, ended by an establishment phase where a few small-sized species dominated. The current hegemony of calcareous nannoplankton in the world ocean results from a long-term and complex evolutionary history shaped by ecological interactions and abiotic forcing.
Published: 2019

36. Deciphering the exceptional preservation of the Early Triassic Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA)

Author: Emmanuel Fara, Miguel Iniesto, Christophe Thomazo, Arnaud Brayard, Emmanuelle Vennin, Gilles Escarguel, Kevin G. Bylund, Daniel A. Stephen, Laurel J. Krumenacker, Mathieu Thoury, James F. Jenks, Pierre Gueriau, Nicolas Goudemand, Nicolas Olivier, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie Systématique et Evolution (ESE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Idaho Museum of Natural History, Idaho State University, Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Deptarment of Earth Sciences, Utah Valley University (UVU), Institut photonique d'analyse non-destructive européen des matériaux anciens (IPANEMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), ANR-13-JS06-0001,AFTER,Après la fin : la reconstruction des communautés marines durant la rediversification du Trias inférieur.(2013), ANR: ISITE-BFC,ANR-15-IDEX-0003, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), ANR-15-IDEX-0003,BFC,ISITE ' BFC(2015), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institute of Earth Sciences [Lausanne], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC)
Subjects: Extinction event, 010506 paleontology, Taphonomy, Ecology, Fauna, Paris Biota, Early Triassic, Paleontology, Fourier transform infrared spectroscopy, Biota, 010502 geochemistry & geophysics, Fossil characterization, 01 natural sciences, Raman microspectroscopy, Taxon, Space and Planetary Science, [SDU.STU.ST]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Stratigraphy, Marine ecosystem, Ecosystem, 14. Life underwater, [SDU.STU.PG]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Paleontology, Geology, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: 13 pages; International audience; After the end-Permian mass extinction, the Early Triassic (∼251.9 to 247 Ma) is characterized by several biotic crises that particularly affected marine faunas; accordingly, marine ecosystems from this unstable interval have been often described as heavily depauperate. This assumption, however, may relate to a biased fossil record. The discovery of taphonomic windows, like Konservat-Lagerstätten, in the Early Triassic would help to better understand the composition and diversity of ecosystems at that time. The Paris Biota (Idaho, USA) is a highly diverse fossil assemblage from the earliest Spathian (early late Olenekian, ∼250.6 Ma), indicating a rapid rediversification for many groups after the end-Permian crisis and pointing toward a remarkably complex marine ecosystem ∼1.3 m.y. after the Permian-Triassic boundary. However, its detailed taphonomy has not yet been investigated. Here we present the mineral characterization of four of its most abundant taxa: discinoid and linguloid brachiopods, leptomitid sponges, and caridean shrimps. For this purpose, we combined data from Raman microspectroscopy, Fourier Transform InfraRed spectroscopy, and SEM-EDXS. Although all taxa were preserved in calcium phosphate, the morphology, structuring and size of crystals are highly dissimilar at a nano- to micrometric scale. In brachiopods, the ultrastructure of calcium phosphate shows unorganized bacillary-like crystals, while in crustaceans their size is considerably smaller and round-shaped. Similar small crystals are observed in sponges. However, the ultrastructure of calcium phosphate in sponges exhibits a well-defined preferential orientation. In addition, sponges show some compressed but preserved three-dimensional features, with an inner surface better preserved. Such analyses are essential to understand the taphonomic pathways enabling exceptional preservation. The further comprehension of preservation features would help to understand potential bias on observed diversity signals and their interpretation.
Published: 2019

37. A new brittle star (Ophiuroidea: Ophiodermatina) from the Early Triassic Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA)

Author: Thuy, Ben, Escarguel, Gilles, Brayard, Arnaud, Bylund, Kevin G., Fara, Emmanuel, Goudemand, Nicolas, Guériau, Pierre, Jenks, James F., Krumenacker, Laurel J., Olivier, Nicolas, Stephen, Daniel A., Thomazo, Christophe, Thoury, Mathieu, Vennin, Emmanuelle, National Museum of Natural History [Luxembourg], Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Idaho Museum of Natural History, Idaho State University, Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Deptarment of Earth Sciences, Utah Valley University (UVU), Institut photonique d'analyse non-destructive européen des matériaux anciens (IPANEMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), ANR-13-JS06-0001,AFTER,Après la fin : la reconstruction des communautés marines durant la rediversification du Trias inférieur.(2013), ANR: ISITE-BFC,ANR-15-IDEX-0003, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-15-IDEX-0003,BFC,ISITE ' BFC(2015), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institute of Earth Sciences [Lausanne], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC)
Subjects: Morphology, 010506 paleontology, Spathian, Paleozoic, biology, Paris Biota, Early Triassic, Paleontology, Morphology (biology), Biota, 010502 geochemistry & geophysics, biology.organism_classification, 01 natural sciences, Ophiuroids, Evolutionary history, Taxon, Geography, Space and Planetary Science, Brittle star, Mesozoic, [SDU.STU.PG]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Paleontology, Modern clades, 0105 earth and related environmental sciences, Faunal assemblage
Abstract: 7 pages; International audience; Knowledge on the morphology of Early Triassic ophiuroids is very limited, in spite of the relatively high number of described species. This hampers attempts to use morphology-based phylogenetic analyses in order to explore the early diversification of the ophiuroid modern clades between the latest Paleozoic and the early Mesozoic. Here, a new ophiuroid from the Early Triassic of southern Idaho (USA) is described and assigned to the new taxon Shoshonura brayardi Thuy nov. gen., nov. sp. It is part of an exceptional Early Triassic faunal assemblage recently described as the Paris Biota. On account of the arm morphology and the shape of the arm spines and arm spine articulations, Shoshonura brayardi nov. gen., nov. sp. is considered a basal member of the suborder Ophiodermatina.
Published: 2019

38. Chondrichthyan teeth from the Early Triassic Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA)

Author: Romano, Carlo, Argyriou, Thodoris, Krumenacker, Laurel J., Brayard, Arnaud, Bylund, Kevin G., Escarguel, Gilles, Fara, Emmanuel, Goudemand, Nicolas, Guériau, Pierre, Jenks, James F., Olivier, Nicolas, Stephen, Daniel A., Thomazo, Christophe, Thoury, Mathieu, Vennin, Emmanuelle, Paläontologisches Institut und Museum, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Idaho Museum of Natural History, Idaho State University, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Deptarment of Earth Sciences, Utah Valley University (UVU), Institut photonique d'analyse non-destructive européen des matériaux anciens (IPANEMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), ANR-13-JS06-0001,AFTER,Après la fin : la reconstruction des communautés marines durant la rediversification du Trias inférieur.(2013), ANR-15-IDEX-0003,BFC,ISITE ' BFC(2015), Universität Zürich [Zürich] (UZH), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR: ISITE-BFC,ANR-15-IDEX-0003, Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institute of Earth Sciences [Lausanne], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 010506 paleontology, Hybodontiformes, Paris Biota, Early Triassic, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Neoselachii, biology.animal, 14. Life underwater, Chondrichthyes, 0105 earth and related environmental sciences, Extinction event, Spathian, biology, Marine, Paleontology, Vertebrate, Biota, biology.organism_classification, Archaeology, Taxon, Geography, Space and Planetary Science, [SDU.STU.ST]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Stratigraphy
Abstract: 8 pages; International audience; A new, diverse and complex Early Triassic assemblage was recently discovered west of the town of Paris, Idaho (Bear Lake County), USA. This assemblage has been coined the Paris Biota. Dated earliest Spathian (i.e., early late Olenekian), the Paris Biota provides further evidence that the biotic recovery from the end-Permian mass extinction was well underway ca. 1.3 million years after the event. This assemblage includes mainly invertebrates, but also vertebrate remains such as ichthyoliths (isolated skeletal remains of fishes). Here we describe first fossils of Chondrichthyes (cartilaginous fishes) from the Paris Biota. The material is composed of isolated teeth (mostly grinding teeth) preserved on two slabs and representing two distinct taxa. Due to incomplete preservation and morphological differences to known taxa, the chondrichthyans from the Paris Biota are provisionally kept in open nomenclature, as Hybodontiformes gen. et sp. indet. A and Hybodontiformes gen. et sp. indet. B, respectively. The present study adds a new occurrence to the chondrichthyan fossil record of the marine Early Triassic western USA Basin, from where other isolated teeth (Omanoselache, other Hybodontiformes) as well as fin spines of Nemacanthus (Neoselachii) and Pyknotylacanthus (Ctenachanthoidea) and denticles have been described previously.
Published: 2019

39. Glow in the dark: use of synchrotron μXRF trace elemental mapping and multispectral macro-imaging on fossils from the Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA)

Author: Arnaud Brayard, Emmanuelle Vennin, Kevin G. Bylund, Gilles Escarguel, Christophe Thomazo, Daniel A. Stephen, Mathieu Thoury, Laurel J. Krumenacker, Pierre Gueriau, Emmanuel Fara, Nicolas Goudemand, James F. Jenks, Nicolas Olivier, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut photonique d'analyse non-destructive européen des matériaux anciens (IPANEMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Idaho Museum of Natural History, Idaho State University, Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Deptarment of Earth Sciences, Utah Valley University (UVU), ANR-13-JS06-0001,AFTER,Après la fin : la reconstruction des communautés marines durant la rediversification du Trias inférieur.(2013), ANR: ISITE-BFC,ANR-15-IDEX-0003, Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Earth Sciences [Lausanne], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-15-IDEX-0003,BFC,ISITE ' BFC(2015), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)
Subjects: Extinction event, 010506 paleontology, Synchrotron μXRF mapping, Paris Biota, Early Triassic, Paleontology, Biota, Multispectral macro-imaging, Evolutionary fauna, Early Spathian, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Space and Planetary Science, Abundance (ecology), Marine ecosystem, Ecosystem, 14. Life underwater, Species richness, 9 pages, [SDU.STU.PG]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Paleontology, Geology, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: International audience; The end-Permian mass extinction is the largest global-scale event ever recorded; it also corresponds to the expansion of the Modern Evolutionary Fauna, which will lead to present-day ecosystems. The Early Triassic is thus a pivotal interval in the evolution of many marine groups. An exceptionally well-preserved early Spathian fossil assemblage, the Paris Biota, was recently discovered in southeastern Idaho, USA; it represents the earliest complex marine ecosystem known to date for the post-crisis aftermath. Here we use synchrotron μXRF imaging to retrieve further anatomical, paleobiological and taphonomical data on some of the most intriguing fossils from the Paris Biota, such as contours of the central disc and the full length of arms in an ophiuroid specimen. We also show that multispectral macro-imaging is powerful to reveal or enhance the visualization of some specimens, particularly shrimps, that are barely perceptible under visible and UV lights. The complementary use of both techniques suggests that the actual richness and abundance of organisms in this exceptionally well-preserved Early Triassic ecosystem is likely to remain underestimated, and this situation may be even worse in other less well-preserved spatiotemporal contexts.
Published: 2019

40. Ammonoids and nautiloids from the earliest Spathian Paris Biota and other early Spathian localities in southeastern Idaho, USA

Author: Brayard, Arnaud, Jenks, James F., Bylund, Kevin G., Escarguel, Gilles, Fara, Emmanuel, Goudemand, Nicolas, Guériau, Pierre, Krumenacker, Laurel J., Olivier, Nicolas, Stephen, Daniel A., Thomazo, Christophe, Thoury, Mathieu, Vennin, Emmanuelle, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Idaho Museum of Natural History, Idaho State University, Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Department of Earth Sciences, Utah Valley University (UVU), Institut photonique d'analyse non-destructive européen des matériaux anciens (IPANEMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), ANR-13-JS06-0001,AFTER,Après la fin : la reconstruction des communautés marines durant la rediversification du Trias inférieur.(2013), ANR-15-IDEX-0003,BFC,ISITE ' BFC(2015), Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Earth Sciences [Lausanne], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR: ISITE-BFC,ANR-15-IDEX-0003
Subjects: 010506 paleontology, biology, Fauna, Early Triassic, Nautiloidea, Paleontology, Biostratigraphy, Ammonoidea, 010502 geochemistry & geophysics, biology.organism_classification, Panthalassa, 01 natural sciences, Nautiloid, Albanites, Sonoma Foreland Basin, Space and Planetary Science, Dominance (ecology), [SDU.STU.PG]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Paleontology, Oil shale, Geology, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: 24 pages; International audience; Intensive sampling of three earliest Spathian sites represented by the Lower Shale unit and coeval bedswithin the Bear Lake vicinity and neighboring areas, southeastern Idaho, yielded several new ammonoidand nautiloid assemblages. These new occurrences overall indicate that the lower boundary of theTirolites beds, classically used as a regional marker for the base of the early Spathian, and therefore theregional Smithian/Spathian boundary, must be shifted downward into the Lower Shale unit and coevalbeds. Regarding ammonoids, one new genus (Caribouceras) and two new species (Caribouceras slugenseand Albanites americanus) are described. In addition, the regional temporal distribution of Bajarunia,Tirolites, Columbites, and Coscaites is refined, based on a fourth sampled site containing a newly reportedoccurrence of the early Spathian Columbites fauna in coeval beds of the Middle Shale unit. As acomplement to ammonoids, changes observed in nautiloid dominance are also shown to facilitatecorrelation with high-latitude basins such as Siberia during this short time interval, and they alsohighlight the major successive environmental fluctuations that took place during the late Smithian–earlySpathian transition.
Published: 2019

41. A late-surviving Triassic protomonaxonid sponge from the Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA)

Author: Botting, Joseph P., Brayard, Arnaud, Bylund, Kevin G., Escarguel, Gilles, Fara, Emmanuel, Goudemand, Nicolas, Guériau, Pierre, Jenks, James F., Krumenacker, Laurel J., Olivier, Nicolas, Stephen, Daniel A., Thomazo, Christophe, Thoury, Mathieu, Vennin, Emmanuelle, Nanjing Institute of Geology and Palaeontology (NIGPAS-CAS), Chinese Academy of Sciences [Nanjing Branch], National Museum of Wales - Cardiff, Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Earth Sciences, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Idaho Museum of Natural History, Idaho State University, Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Earth Sciences, Utah Valley University (UVU), Institut photonique d'analyse non-destructive européen des matériaux anciens (IPANEMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), ANR-13-JS06-0001,AFTER,Après la fin : la reconstruction des communautés marines durant la rediversification du Trias inférieur.(2013), ANR-15-IDEX-0003,BFC,ISITE ' BFC(2015), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lausanne (UNIL), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR: ISITE-BFC,ANR-15-IDEX-0003, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)
Subjects: 010506 paleontology, Spathian, Taphonomy, Protomonaxonida, Paleozoic, Fauna, Paris Biota, Early Triassic, Paleontology, Biota, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Porifera, Lazarus taxon, Space and Planetary Science, Ordovician, 14. Life underwater, Mesozoic, [SDU.STU.PG]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Paleontology, Geology, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: 7 pages; International audience; Protomonaxonid sponges are a major group of Cambrian and Ordovician fossils in exceptionallypreserved (especially Burgess Shale-type) faunas, but are rare thereafter. Rare examples of apparentsurviving lineages are known from the late Palaeozoic and Mesozoic, but by this time more derivedgroups of sponges have generally displaced them in at least shallow-water (shelf depth) ecosystems. Theearly Spathian (Early Triassic) Paris Biota includes abundant material of a new leptomitidprotomonaxonid, Pseudoleptomitus advenus Botting nov. gen., nov. sp., distinguished by having anunbundled longitudinal skeleton and very weak transverse component. This is the first post-Ordovicianleptomitid known, and indicates long-term survival of the group in unknown environments. Itsoccurrence near storm wave base is similar to the preferred environment of earlier examples of thefamily, suggesting either ecological rarity or taphonomic reasons for their 200-million-year absencefrom later Palaeozoic rocks.
Published: 2019

42. A new holocrinid (Articulata) from the Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA) highlights the high diversity of Early Triassic crinoids

Author: Gilles Escarguel, Nicolas Olivier, Daniel A. Stephen, Emmanuel Fara, Kevin G. Bylund, James F. Jenks, Pierre Gueriau, Emmanuelle Vennin, Thomas Saucède, Nicolas Goudemand, Arnaud Brayard, Mathieu Thoury, Laurel J. Krumenacker, Christophe Thomazo, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Idaho Museum of Natural History, Idaho State University, Deptarment of Earth Sciences, Utah Valley University (UVU), Institut photonique d'analyse non-destructive européen des matériaux anciens (IPANEMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), ANR-13-JS06-0001,AFTER,Après la fin : la reconstruction des communautés marines durant la rediversification du Trias inférieur.(2013), ANR-15-IDEX-0003,BFC,ISITE ' BFC(2015), Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Earth Sciences [Lausanne], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and ANR: ISITE-BFC,ANR-15-IDEX-0003
Subjects: 010506 paleontology, Extinction, Paleozoic, Early Triassic, Paleontology, Biota, social sciences, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, humanities, Articulata Crinoidea Holocrinus Spathian Paris Biota, boats, Geography, boats.ship_class, Space and Planetary Science, Articulata, Clade, [SDU.STU.PG]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Paleontology, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: 9 pages; International audience; After the end-Permian crisis and the extinction of their four Paleozoic subclasses, crinoids rapidly recovered. This group is classically believed to have radiated from a small surviving clade and to have diversified during the Middle and Upper Triassic from two lineages. Nevertheless, recent findings suggested that several lineages of crinoids had already diversified during the Early Triassic, and that their diversity has been overlooked. Here we describe a new form of holocrinid, Holocrinus nov. sp., from the earliest Spathian (Early Triassic) of southeastern Idaho (USA). So far, the exceptional completeness of sampled specimens, with skeletal elements of arms and stem in connection, is unique for the Early Triassic. They show that derived morphological features had already evolved ∼1.3 million years after the Permian–Triassic boundary, supporting the scenario of a rapid Early Triassic diversification of crinoids.
Published: 2019

43. Worldwide CRISPR patent landscape shows strong geographical biases

Author: Jacqueline Martin-Laffon, Agnès E. Ricroch, Marcel Kuntz, Plantes, Stress & Métaux (MetalStress), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Dynamique du protéome et biogenèse du chloroplaste (ChloroGenesis), AgroParisTech, Collège d'Etudes Interdisciplinaires (CEI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Farm animals, China, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Agricultural applications, media_common.quotation_subject, Biomedical Engineering, Technical improvement, Bioengineering, Gene editing, Geopolitics, Applied Microbiology and Biotechnology, Patents as Topic, Industrial Applications, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Bias, Humans, CRISPR, Economic geography, Health applications, 030304 developmental biology, media_common, 0303 health sciences, Geography, Plants, United States, Field (geography), Europe, Molecular Medicine, CRISPR-Cas Systems, 030217 neurology & neurosurgery, Biotechnology, Diversity (politics)
Abstract: International audience; We performed an exhaustive compilation of patents involving a CRISPR gene editing system and categorized them following a thorough analysis of their abstract, description and claims. This landscape of CRISPR patenting shows that the technology is constantly being improved and that there is a diversity of potential sectors of application (medical, industrial, 7agriculture), of actors (both public and private) and a novel geopolitical balance of forces in 8this crucial new biotechnological field. Although laboratories in the USA played a pioneer role in the original invention, and USA remains a leader in technical improvements and in the medically applied sector, China is now taking the lead in the industrial and agricultural applied sectors and in the total number of patents per year. Strikingly, in all sectors, the number of CRISPR patents originating from Europe trails far behind the USA and China. Korea and Japan are next in this ranking.
Published: 2019

44. Biosynthesis of Long Chain Alkyl Diols and Long Chain Alkenols in Nannochloropsis spp. (Eustigmatophyceae)

Author: Balzano, Sergio, Villanueva, Laura, de Bar, Marijke, Sahonero Canavesi, Diana X., Yildiz, Caglar, Engelmann, Julia C., Marechal, Eric, Lupette, Josselin, Sinninghe Damsté, Jaap S., Schouten, Stefan, Organic geochemistry & molecular biogeology, Organic geochemistry, Royal Netherlands Institute for Sea Research (NIOZ), Faculty of Geosciences, Utrecht University, Faculty of Geosciences, LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), European Project: 339206,EC:FP7:ERC,ERC-2013-ADG,DIOLS(2014), Utrecht University [Utrecht], Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), European Research Council (ERC) 339206Netherlands Earth System Science Centre (NESSC), ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), Organic geochemistry & molecular biogeology, Organic geochemistry, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: 0106 biological sciences, Lipid biosynthesis, Physiology, polyketide synthase, Plant Science, 01 natural sciences, Substrate Specificity, Hydroxylation, Fatty Acids, Monounsaturated, chemistry.chemical_compound, Diols, Microalgae, Nannochloropsis, Enoyl-CoA Hydratase, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, biology, Hydroxylated fatty acids, General Medicine, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, alkenols, Alkenols, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Enzymes, Biochemistry, hydroxylated fatty acids, Metabolic pathway, Fatty Acid Elongases, diols, Alkenes, 03 medical and health sciences, Polyketide, Biosynthesis, Acetyltransferases, Polyketide synthase, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], 030304 developmental biology, Regular Papers, Fatty acid, Cell Biology, transcriptomic, bioproduct, biology.organism_classification, chemistry, Alcohols, biology.protein, gene expression, Bioproduct, Polyketide Synthases, 010606 plant biology & botany
Abstract: We investigated potential biosynthetic pathways of long chain alkenols (LCAs), long chain alkyl diols (LCDs), and long chain hydroxy fatty acids (LCHFAs) in Nannochloropsis oceanica and Nannochloropsis gaditana, by combining culturing experiments with genomic and transcriptomic analyses. Incubation of Nannochloropsis spp. in the dark for 1 week led to significant increases in the cellular concentrations of LCAs and LCDs in both species. Consistently, 13C-labelled substrate experiments confirmed that both LCA and LCD were actively produced in the dark from C14–18 fatty acids by either condensation or elongation/hydroxylation, although no enzymatic evidence was found for the former pathway. Nannochloropsis spp. did, however, contain (i) multiple polyketide synthases (PKSs) including one type (PKS-Clade II) that might catalyze incomplete fatty acid elongations leading to the formation of 3-OH-fatty acids, (ii) 3-hydroxyacyl dehydratases (HADs), which can possibly form Δ2/Δ3 monounsaturated fatty acids, and (iii) fatty acid elongases (FAEs) that could elongate 3-OH-fatty acids and Δ2/Δ3 monounsaturated fatty acids to longer products. The enzymes responsible for reduction of the long chain fatty acids to LCDs and LCAs are, however, unclear. A putative wax ester synthase/acyl coenzyme A (acyl-CoA): diacylglycerol acyltransferase is likely to be involved in the esterification of LCAs and LCDs in the cell wall. Our data thus provide useful insights in predicting the biosynthetic pathways of LCAs and LCDs in phytoplankton suggesting a key role of FAE and PKS enzymes.
Published: 2019

45. A chemical screen identifies two novel small compounds that alter Arabidopsis thaliana pollen tube growth

Author: Denis Falconet, Patrick Dallemagne, Azeddine Driouich, Ferdousse Laggoun, Flavien Dardelle, Jean-Claude Mollet, Arnaud Lehner, Jérémy Dehors, Christophe Rochais, Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre d'Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie (CERMN), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Universite de Rouen Normandie Ministry of Research, FranceRegion Normandie, Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Arabidopsis, Molecular Conformation, Germination, Pollen Tube, Plant Science, Biology, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, [SDV.BDLR.RS]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology/Sexual reproduction, Small Molecule Libraries, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Cell wall deposition, Cell Wall, Superoxides, lcsh:Botany, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Pollen, otorhinolaryngologic diseases, medicine, Pollen tube tip, Ovule, [SDV.BDD.GAM]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, Tip-polarized growth, Callose, food and beverages, RIC4, ROS, Chemical screen, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, Sperm, Actins, lcsh:QK1-989, Cell biology, Sexual reproduction, Actin Cytoskeleton, Pollen tubes, 030104 developmental biology, chemistry, Pectins, Pollen tube, Actin dynamics, Research Article, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Background: During sexual reproduction, pollen grains land on the stigma, rehydrate and produce pollen tubes that grow through the female transmitting-tract tissue allowing the delivery of the two sperm cells to the ovule and the production of healthy seeds. Because pollen tubes are single cells that expand by tip-polarized growth, they represent a good model to study the growth dynamics, cell wall deposition and intracellular machineries. Aiming to understand this complex machinery, we used a low throughput chemical screen approach in order to isolate new tip-growth disruptors. The effect of a chemical inhibitor of monogalactosyldiacylglycerol synthases, galvestine-1, was also investigated. The present work further characterizes their effects on the tip-growth and intracellular dynamics of pollen tubes. Results: Two small compounds among 258 were isolated based on their abilities to perturb pollen tube growth. They were found to disrupt in vitro pollen tube growth of tobacco, tomato and Arabidopsis thaliana. We show that these 3 compounds induced abnormal phenotypes (bulging and/or enlarged pollen tubes) and reduced pollen tube length in a dose dependent manner. Pollen germination was significantly reduced after treatment with the two compounds isolated from the screen. They also affected cell wall material deposition in pollen tubes. The compounds decreased anion superoxide accumulation, disorganized actin filaments and RIC4 dynamics suggesting that they may affect vesicular trafficking at the pollen tube tip.Results: Two small compounds among 258 were isolated based on their abilities to perturb pollen tube growth. They were found to disrupt in vitro pollen tube growth of tobacco, tomato and Arabidopsis thaliana. We show that these 3 compounds induced abnormal phenotypes (bulging and/or enlarged pollen tubes) and reduced pollen tube length in a dose dependent manner. Pollen germination was significantly reduced after treatment with the two compounds isolated from the screen. They also affected cell wall material deposition in pollen tubes. The compounds decreased anion superoxide accumulation, disorganized actin filaments and RIC4 dynamics suggesting that they may affect vesicular trafficking at the pollen tube tip.Conclusion: These molecules may alter directly or indirectly ROP1 activity, a key regulator of pollen tube growth and vesicular trafficking and therefore represent good tools to further study cellular dynamics during polarized-cell growth.
Published: 2019

46. Changes in habitat selection patterns of the gray partridge Perdix perdix in relation to agricultural landscape dynamics over the past two decades

Author: Harmange, Clément, Bretagnolle, Vincent, Sarasa, Mathieu, Pays, Olivier, Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG-Angers), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), BEOPS, Fédération Nationale des Chasseurs (FNC), Centre d'Etudes Biologiques de Chizé, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Equipe GECCO LEESA, Université d'Angers (UA), LTSER 'Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre', and Centre d'Études Biologiques de Chizé (CEBC)
Subjects: Perdix perdix, agricultural landscapes, habitat quality, gray partridge, [SDE]Environmental Sciences, farmland birds, habitat selection, habitat suitability maps, long‐term trends
Abstract: International audience; 1. Changes in agricultural practices have reshaped agricultural landscapes and triggereda drastic decline in spatial and temporal heterogeneity leading to changes inhabitat quality and food resources for birds. However, the precise relationshipsbetween landscape changes, spatial and temporal heterogeneity, and habitat preferencesin response to those changes remain poorly known.2. We investigated patterns of habitat selection and causes for changes over theyears 1997–2017 for the gray partridge Perdix perdix, an iconic farmland specieswhich has experienced a severe decline since the 1950s. Using a long‐term (1997–2017) dataset collected over 435 km2, we modeled relationships between annualland‐cover maps and partridge sightings over 17 5‐year moving windows, assessingthe effects of landscape metrics, the strength of the relationships, and thedynamics of habitat suitability.3. We detected a shift in gray partridge habitat preferences over time, toward morerisky habitats. Avoidance of predator reservoirs (woodlands and buildings) hasweakened, and selection of human infrastructure, such as roads and tracks, hasincreased. Since 1997, the mean size of suitable patches has also decreased byabout 26%.4. We have interpreted these changes in habitat selection as being the result of decreasinghabitat quality and the increasing prevalence of captive‐reared birds, currentlyreleased in their thousands in the study site.5. Synthesis and applications. The gray partridge has not adjusted well to changes infarming practices, and the low, still decreasing, population density suggests that itis not sustainable, despite local initiatives and the investment in captive‐bird releases.We emphasize that efforts must be redirected toward habitat improvementto restore the density of refuge cover, insects, and seeds in the landscape,hunting management to ensure self‐sustainable populations and massive releasesof high‐quality birds. Only integrated local management, involving hunters, farmers,gamekeepers, and scientists can ensure the recovery of this species.
Published: 2019

47. The Myb-like transcription factor phosphorus starvation response (PtPSR) controls conditional P acquisition and remodelling in marine microalgae

Author: Eric Maréchal, Atle M. Bones, Leila Alipanah, Ralph Kissen, Alice Mühlroth, Tore Brembu, Per Winge, Juliette Jouhet, Amit Sharma, Department of Biology [Trondheim] (IBI NTNU), Norwegian University of Science and Technology [Trondheim] (NTNU), Norwegian University of Science and Technology (NTNU)-Norwegian University of Science and Technology (NTNU), LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Department of Biotechnology and Food Science [Trondheim], HAVBRUK2 program (project 267474/E40) of the Norwegian Research Council, ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-15-IDEX-0002,UGA,IDEX UGA(2015), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), Department of Biology [Trondheim], Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-11-BTBR-0008/11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-15-IDEX-02,GlycoAlps, ANR-10-LABX-0049/10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Physiology, Mutant, Plant Science, 01 natural sciences, phosphate stress response, alkaline phosphatase (AP), 03 medical and health sciences, Microalgae, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, MYB, Phaeodactylum tricornutum, Transcription factor, Gene, reshuffling of phosphate containing compounds, Diatoms, biology, Cell growth, Chemistry, Phosphorus, Myb transcription factor, biology.organism_classification, diatom, Cell biology, 030104 developmental biology, Alkaline phosphatase, lipid remodelling, Starvation response, Stramenopiles, 010606 plant biology & botany, Transcription Factors
Abstract: Phosphorus (P) is one of the limiting macronutrients for algal growth in marine environments. Microalgae have developed adaption mechanisms to P limitation that involve remodelling of internal phosphate resources and accumulation of lipids. Here, we used in silico analyses to identify the P stress regulator PtPSR (Phaeodactylum tricornutum Phosphorus Starvation Response) in the diatom Phaeodactylum tricornutum. ptpsr mutant lines were generated using gene editing and characterised by various molecular, genetics and biochemical tools. PtPSR belongs to a clade of Myb transcription factors that are conserved in stramenopiles and distantly related to plant P stress regulators. PtPSR bound specifically to a conserved cis-regulatory element found in the regulatory region of P stress-induced genes. ptpsr knock-out mutants showed reduction in cell growth under P limitation. P stress responses were impaired in ptpsr mutants compared with wild-type, including reduced induction of P stress response genes, near to complete loss of alkaline phosphatase activity and reduced phospholipid degradation. We conclude that PtPSR is a key transcription factor influencing P scavenging, phospholipid remodelling and cell growth in adaption to P stress in diatoms. © 2019 The Authors New Phytologist © 2019 New Phytologist Trust This is an open access article under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits use, distribution and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
Published: 2019

48. The consumption pattern of 28 species of carabid beetles (Carabidae) to a weed seed, Viola arvensis

Author: P Deroulers, V Bretagnolle, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LTSER Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)
Subjects: 0106 biological sciences, Agroecosystem, Viola arvensis, Plant Weeds, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Predation, Viola, Animals, Herbivory, Pest Control, Biological, Viola (butterfly), Invertebrate, 2. Zero hunger, biology, Mandible (insect mouthpart), General Medicine, 15. Life on land, biology.organism_classification, Weed control, Coleoptera, 010602 entomology, Agronomy, Insect Science, Seeds, [SDE]Environmental Sciences, Weed, Agronomy and Crop Science
Abstract: Seedbank control has been the cornerstone of agricultural management practices. Regulating weeds by using their predators, as a weed control strategy, may be a prerequisite of decreasing herbicide use, and has thus attracted much research investigating the possible contribution of both vertebrates and invertebrates as weed seed predators. Carabid beetles are considered as one of the most important invertebrate seed predators in agroecosystems. We aimed at investigating carabid beetle preferences to a single prey type, seeds ofViola arvensis. We measured the consumption of seeds in 28 species of carabid beetles, under controlled experimental conditions. Two main tribes are identified in tested species,Harpaliniwith 12 species andPterostichiniwith ten species. We found no relationships between species body mass andViola’s seed consumption, nor with the ratio between mandible length and labrum width (ML/LW). However, trends became significant with the ratio ML/LW when restricting these analyses to species that ate at least five seeds. In addition, we detected a positive and significant relationship between consumption rate and occurrence in trapping sessions over the last 3 years. These results are in favor of weed seeds control by carabids. Clear limits of this study are the use of a single seed species and under control conditions. This experimentation calls for additional studies to check for consistencies in consumption against seed species.
Published: 2019

49. Unravelling hidden components of the chloroplast envelope proteome: opportunities and limits of better MS sensitivity

Author: Daniel Salvi, Norbert Rolland, Lucas Moyet, Imen Bouchnak, Marianne Tardif, Sabine Brugière, Marcel Kuntz, Sophie Le Gall, Dynamique du protéome et biogenèse du chloroplaste (ChloroGenesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), French National Research Agency (ANR) ANR-15-IDEX-02 ANR-10-LABX-49-01 ANR-10-INBS-08, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-15-IDEX-0002,UGA,IDEX UGA(2015), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-15-IDEX-02,DATA@UGA,Grenoble Alpes Data Institute(2016), ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, ANR-10-INBS-08-01/10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: Cell Extracts, Chloroplasts, Proteome, Arabidopsis thaliana, Arabidopsis, Plant Biology, Cellular organelles, Biochemistry, Chloroplast membrane, Subcellular Separation, Chloroplast, Cell fractionation, Analytical Chemistry, 03 medical and health sciences, Chloroplast Proteins, Organelle, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Plastid, Databases, Protein, Molecular Biology, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Subcellular analysis, Mass spectrometry, Chemistry, Arabidopsis Proteins, Subcellular localization, Research, 030302 biochemistry & molecular biology, Membrane Proteins, food and beverages, Proteins, Intracellular Membranes, Chloroplast envelope, Biogenesis, Subcellular Fractions
Abstract: By quantitatively comparing the proteomes of total leaf (crude cell extract) from Arabidopsis and purified chloroplast envelope fractions, this study makes available a novel parameter (calculated Enrichment Factor) for each putative envelope protein. This parameter provides important information to enable the more confident identification of genuine envelope components, distinguishing them from contaminants from other cellular/chloroplast compartments., Graphical Abstract Highlights Identification of previously undetected chloroplast envelope proteins. Up to date manual annotation of genuine (or shared) envelope components. New hypotheses for localizations, functions, interactions among cell compartments. A new resource of significant value to the broader plant science community., The chloroplast is a major plant cell organelle that fulfills essential metabolic and biosynthetic functions. Located at the interface between the chloroplast and other cell compartments, the chloroplast envelope system is a strategic barrier controlling the exchange of ions, metabolites and proteins, thus regulating essential metabolic functions (synthesis of hormones precursors, amino acids, pigments, sugars, vitamins, lipids, nucleotides etc.) of the plant cell. However, unraveling the contents of the chloroplast envelope proteome remains a difficult challenge; many proteins constituting this functional double membrane system remain to be identified. Indeed, the envelope contains only 1% of the chloroplast proteins (i.e. 0.4% of the whole cell proteome). In other words, most envelope proteins are so rare at the cell, chloroplast, or even envelope level, that they remained undetectable using targeted MS studies. Cross-contamination of chloroplast subcompartments by each other and by other cell compartments during cell fractionation, impedes accurate localization of many envelope proteins. The aim of the present study was to take advantage of technologically improved MS sensitivity to better define the proteome of the chloroplast envelope (differentiate genuine envelope proteins from contaminants). This MS-based analysis relied on an enrichment factor that was calculated for each protein identified in purified envelope fractions as compared with the value obtained for the same protein in crude cell extracts. Using this approach, a total of 1269 proteins were detected in purified envelope fractions, of which, 462 could be assigned an envelope localization by combining MS-based spectral count analyses with manual annotation using data from the literature and prediction tools. Many of such proteins being previously unknown envelope components, these data constitute a new resource of significant value to the broader plant science community aiming to define principles and molecular mechanisms controlling fundamental aspects of plastid biogenesis and functions.
Published: 2019

50. Quantitative regulation of the dynamic steady state of actin networks

Author: Tobbias Klar, Christophe Guérin, Laurent Blanchoin, Téa Aleksandra Icheva, Manuel Théry, Angelika Manhart, Rajaa Boujemaa-Paterski, Alex Mogilner, New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU), New york University, Department of Biology, NYU System (NYU)-NYU System (NYU), CytoMorphoLab, Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Army Research Office (W911NF-17-1-0417), ANR-14-CE11-0003-01,MaxForce, European Project: 741773,AAA, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-14-CE11-0003,MaxForce,Maximiser la production de force: de la molécule au tissu(2014), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Steady state (electronics), QH301-705.5, none, Science, Motility, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, macromolecular substances, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, cell biology, Animals, Protein Interaction Maps, Biology (General), Actin, 030304 developmental biology, Physics, 0303 health sciences, General Immunology and Microbiology, General Neuroscience, actin disassembly, General Medicine, Models, Theoretical, Cofilin, Cell function, Actins, actin network length, Destrin, Treadmilling, Actin Depolymerizing Factors, Biophysics, Medicine, Rabbits, Protein Multimerization, ADF/Cofilin, actin, 030217 neurology & neurosurgery, Heterogeneous network, Research Article
Abstract: International audience; Principles of regulation of actin network dimensions are fundamentally important for cell functions, yet remain unclear. Using both in vitro and in silico approaches, we studied the effect of key parameters, such as actin density, ADF/Cofilin concentration and network width on the network length. In the presence of ADF/Cofilin, networks reached equilibrium and became treadmilling. At the trailing edge, the network disintegrated into large fragments. A mathematical model predicts the network length as a function of width, actin and ADF/Cofilin concentrations. Local depletion of ADF/Cofilin by binding to actin is significant, leading to wider networks growing longer. A single rate of breaking network nodes, proportional to ADF/Cofilin density and inversely proportional to the square of the actin density, can account for the disassembly dynamics. Selective disassembly of heterogeneous networks by ADF/Cofilin controls steering during motility. Our results establish general principles on how the dynamic steady state of actin network emerges from biochemical and structural feedbacks.
Published: 2019

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