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International audience; Drug-resistant parasites threaten livestock production. Breeding more resistant hosts could be a sustainable control strategy. Environmental variation linked to animal management practices or to parasite species turnover across farms may however alter the expression of genetic potential. We created sheep lines with high or low resistance to Haemonchus contortus and achieved significant divergence on both phenotypic and genetic scales. We exposed both lines to chronic stress or to the infection by another parasite Trichostrongylus colubriformis, to test for genotype-by-environment and genotype-by-parasite species interactions respectively. Between-line divergence remained significant following chronic stress exposure although between-family variation was found. Significant genotype-by-parasite interaction was found although H. contortus-resistant lambs remained more resistant against T. colubriformis. Growth curves were not altered by the selection process although resistant lambs were lighter after the second round of divergence, before any infection took place. Breeding for resistance is a sustainable strategy but allowance needs to be made for environmental perturbations and worm species.

International audience; Chez les ruminants d'élevage, l'allaitement artificiel est fréquent et place l'homme en situation de substitut maternel, notamment par l'apprentissage au distributeur de lait reconstitué. La présente étude s'intéresse à la variabilité phénotypique, notamment en terme de vigueur, réactiv­ité et affinité pour l'humain et sa relation avec la croissance. 567 agneaux de race Romane ont été élevés artificiellement dans des conditions standardisées (bâtiment, animaliers, et alimenta­tion identiques) à partir de 24h d'âge jusqu'au sevrage (poids vif entre 12 et 13 kg). Les agneaux ont été précocement phénotypés par leur poids de naissance et plusieurs indicateurs mesurés à l'arrivée en nurserie; température, vigueur, acceptation du premier biberon de lait. 202 agneaux, choisis aléatoirement, ont également été caractérisés par leur réactivité à l'isolement en environ­nement nouveau et à un humain inconnu à 21 jours d'âge. La réponse à l'isolement et la réponse à l'homme ont été obtenues en agrégeant par ACP les comportements observés dans chaque situation. Aucune corrélation n'a été observée entre les deux réponses (rs=0.04). Les variations individuelles de Gain Moyen Quotidien de poids (GMQ) jusqu'au sevrage ont été analysées par régression multiple avec sélection stepwise afin d'identifler les facteurs les plus importants im­pliqués. Parmi les caractéristiques précoces des agneaux, avoir un plus faible poids de naissance (P< 0.001), être une femelle (P< 0.01), avoir un plus faible indice de vigueur (P< 0.001) et un comportement de succion du biberon peu marqué (P=0.01) étaient associés à un plus faible GMQ. Une plus forte attraction pour l'homme (P< 0.001) et une moindre réactivité en isolement (P< 0.05) sont également associées à de plus faibles GMQ. Cette étude observationnelle confirme, non seulement l'importance des caractéristiques individuelles précoces mais suggère aussi que la réactivité comportementale et le lien de dépendance à l'hornme pourraient être prédicteurs de l'adaptation (ici la croissance) des animaux en allaitement artificiel.

International audience; Recent studies highlighted that DNA or histone biochemical modifications, called epigenetic marks, influence adaptation and production traits. However, whether the epigenetic variations are under a genetic determinism or not remains unknown. Thus, we have considered DNA global methylation rate (DGMR) as a new phenotype in sheep. DGMR was obtained by LUminometric Methylation Analysis (LUMA) and its variability was explored in blood cells and other various tissues, within breed and between breeds. Thirty lambs from two sheep breeds (Romane and Martinik Black Belly; 16 males and 14 females) were bred simultaneously to share a common environment. At the age of 5 months, they were slaughtered and seventeen tissues per animal were collected. Concerning the non-reproductive tissues, the sex, breed and tissue effects and their interactions were tested. The tissue effect was highly significant (P

International audience; Recent studies highlighted that DNA or histone biochemical modifications, called epigenetic marks, influence adaptation and production traits. However, whether the epigenetic variations are under a genetic determinism or not remains unknown. To answer this question, we have considered DNA global methylation rate (DGMR) as a new phenotype in sheep. DGMR was obtained by LUminometric Methylation Analysis (LUMA) using a pyrosequencing approach and its variability was explored in blood cells and other various tissues, within breed and between breeds. Thus, 30 lambs from 2 sheep breeds (Romane and Martinik Black Belly; 16 males and 14 females) were bred simultaneously to share a common environment. At the age of 5 mo, they were slaughtered and 17 tissues per animal were collected. Concerning the non-reproductive tissues, the sex, breed and tissue effects and their interactions were tested. The tissue effect was highly significant (P < 0.0001), the sex effect was only significant for the pancreas and the kidney cortex (sex*tissue interaction P value = 0.03), whereas the breed effect was never significant. Concerning the reproductive tissues, the breed and tissue effects were significant (P = 0.02 and P < 0.0001, respectively), the DGMR in Martinik Black Belly being higher than in Romane, whatever the tissue. The correlations between the DGMR measured in blood cells and other tissues were low or not significant, indicating that blood DGMR would not be a predictor of the DGMR of tissue less accessible. The proof of concept of the existence of a genetic determinism of DGMR considered as a quantitative trait was obtained through LUMA measurement of 940 DNA blood samples from Romane lambs genotyped on the 50K SNP chip. Blood DGMR was variable between animals with an average of 70.7 ± 6.0%. Among the tested effects, the sex and the ram effects were significant. Blood DGMR was heritable (0.20 ± 0.05) and joint analyses combining linkage disequilibrium and linkage revealed 2 main genomic regions influencing this new phenotype. Such results indicate that blood DGMR could be used in genetic selection, but before, further analyses are in progress to investigate relationship between blood DGMR and productive or adaptive traits.

National audience

International audience; Milk somatic cell count (SCC) is commonly higher in goats than in cattle and sheep. Furthermore, the ability of milk SCC to predict mastitis is considered lower in goats than in cattle and sheep, and the relevance of somatic cell score (SCS)-based selection in this species has been questioned. To address this issue, we created 2 divergent lines of Alpine goats using artificially inseminated bucks with extreme estimated breeding values for SCS. A total of 287 goats, 158 in high- and 129 in low-SCS lines, were scrutinized for mastitis infections. We subjected 2,688 milk samples to conventional bacteriological analyses on agarose and bacterial counts were estimated for positive samples. The SCS, milk yield, fat content, and protein content were recorded every 3 wk. Clinical mastitis was systematically noted. A subset of 40 goats (20 from each line) was subsequently challenged with Haemonchus contortus and monitored for anemia (blood packed cell volume) and fecal egg counts to see if SCS-based selection had an indirect effect on resistance to gastrointestinal nematodes. Milk production traits, including milk quantity, fat content, and protein content, were similar in both goat lines. In contrast, the raw milk SCC almost doubled between the lines, with 1,542,000 versus 855,000 cells/mL in the high- and low-SCS lines, respectively. The difference in breeding value for SCS between lines was 1.65 genetic standard deviation equivalents. The Staphylococcus spp. most frequently isolated from milk were S. xylosus, S. caprae, S. epidermidis, and S. aureus. The frequency of positive bacteriology samples was significantly higher in the high-SCS line (49%) than in the low-SCS line (33%). The highest odds ratio was 3.49 (95% confidence interval: 11.95-6.25) for S. aureus. The distribution of bacterial species in positive samples between lines was comparable. The average quantity of bacteria in positive samples was also significantly higher in high-SCS goats (69 ± 80 growing colonies) than in low-SCS goats (38 ± 62 growing colonies). Clinical cases were rare and equally distributed between high- (n = 4; 2.5%) and low-SCS (n = 3; 2.3%) lines. Furthermore, the larger the amounts of bacteria in milk the higher the SCS level. Conversely, goats with repeatedly culture-negative udders exhibited the lowest SCC levels, with an average of below 300,000 cells/mL. We therefore confirmed that SCS is a relevant predictor of intramammary infection and hygienic quality of milk in goats and can be used for prophylactic purposes. After challenge with H. contortus, goats were anemic with high fecal egg counts but we found no difference between the genetic lines. This result provides initial evidence that resistance to mastitis or to gastrointestinal nematodes infections is under independent genetic regulation. Altogether, this monitoring of the goat lines indicated that SCS-based selection helps to improve udder health by decreasing milk cell counts and reducing the incidence of infection and related bacterial shedding in milk. Selection for low SCC should not affect a goat's ability to cope with gastrointestinal nematodes.

Milk somatic cell count (SCC) is commonly higher in goats than in cattle and sheep. Furthermore, the ability of milk SCC to predict mastitis is considered lower in goats than in cattle and sheep, and the relevance of somatic cell score (SCS)-based selection in this species has been questioned. To address this issue, we created 2 divergent lines of Alpine goats using artificially inseminated bucks with extreme estimated breeding values for SCS. A total of 287 goats, 158 in high- and 129 in low-SCS lines, were scrutinized for mastitis infections. We subjected 2,688 milk samples to conventional bacteriological analyses on agarose and bacterial counts were estimated for positive samples. The SCS, milk yield, fat content, and protein content were recorded every 3 wk. Clinical mastitis was systematically noted. A subset of 40 goats (20 from each line) was subsequently challenged with Haemonchus contortus and monitored for anemia (blood packed cell volume) and fecal egg counts to see if SCS-based selection had an indirect effect on resistance to gastrointestinal nematodes. Milk production traits, including milk quantity, fat content, and protein content, were similar in both goat lines. In contrast, the raw milk SCC almost doubled between the lines, with 1,542,000 versus 855,000 cells/mL in the high- and low-SCS lines, respectively. The difference in breeding value for SCS between lines was 1.65 genetic standard deviation equivalents. The Staphylococcus spp. most frequently isolated from milk were S. xylosus, S. caprae, S. epidermidis, and S. aureus. The frequency of positive bacteriology samples was significantly higher in the high-SCS line (49%) than in the low-SCS line (33%). The highest odds ratio was 3.49 (95% confidence interval: 11.95-6.25) for S. aureus. The distribution of bacterial species in positive samples between lines was comparable. The average quantity of bacteria in positive samples was also significantly higher in high-SCS goats (69 ± 80 growing colonies) than in low-SCS goats (38 ± 62 growing colonies). Clinical cases were rare and equally distributed between high- (n = 4; 2.5%) and low-SCS (n = 3; 2.3%) lines. Furthermore, the larger the amounts of bacteria in milk the higher the SCS level. Conversely, goats with repeatedly culture-negative udders exhibited the lowest SCC levels, with an average of below 300,000 cells/mL. We therefore confirmed that SCS is a relevant predictor of intramammary infection and hygienic quality of milk in goats and can be used for prophylactic purposes. After challenge with H. contortus, goats were anemic with high fecal egg counts but we found no difference between the genetic lines. This result provides initial evidence that resistance to mastitis or to gastrointestinal nematodes infections is under independent genetic regulation. Altogether, this monitoring of the goat lines indicated that SCS-based selection helps to improve udder health by decreasing milk cell counts and reducing the incidence of infection and related bacterial shedding in milk. Selection for low SCC should not affect a goat's ability to cope with gastrointestinal nematodes.

The growing range of drug resistant parasitic nematode populations threatens the sustainability of ruminant farming worldwide. In this context, nutraceuticals, animal feed that provides necessary dietary requirements while ensuring parasite control, could contribute to increase farming sustainability in developed and low resource settings. In this study, we evaluated the anthelmintic potential of lupin seed extracts against the major ruminant trichostrongylids, Haemonchus contortus and Teladorsagia circumcincta. In vitro observations showed that seed extracts from commercially available lupin varieties could significantly but moderately inhibit larval migration. This anthelmintic effect was mediated by the seed alkaloid content and was potent against both fully susceptible and multidrug resistant H. contortus isolates as well as a susceptible T. circumcincta isolate. Analytical chemistry revealed a set of four lupanine and sparteine-derivatives with anthelmintic activity, and electrophysiology assays on recombinant nematode acetylcholine receptors suggested an antagonistic mode of action for lupin alkaloids. An in vivo trial in H. contortus infected lupin-fed ewes and goats failed to demonstrate any direct anthelmintic effect of crude lupin seeds but infected lupin-fed goats suffered significantly less parasite-mediated blood losses. Altogether, our findings suggest that the anthelmintic potential of lupin remains limited. However, the potent alkaloids identified could lead to the development of novel drugs or may be used in combination with current anthelmintics to improve their efficacy.

In sheep production, artificial rearing used to save lambs born from large litters often results in uncertain profitability. The objective of this study was to achieve an early multiparameter characterization on a large number of lambs raised in artificial rearing, under standardized conditions to understand their future. A total of 715 Romane lambs, from 5 birth periods, were followed until weaning. Early characteristics such as birth weight, vigour, temperature, and growth were recorded on all lambs and serum IgG assays performed on only one part. Behavioural reactivity at 21 days was characterized by a test on 30% of the lambs. The main reason for artificially feeding a lamb is related to a problem of the ewe in 36% of the cases or of the lamb in 22% of the cases and related to the litter size for the remaining cases. Lambs were weaned on average at 12.5 2.4 kg and at 38 4.7 days of age. The 13% mortality rate is uniformly spread before and after 10 days. The weight at birth and the vigour are related to the survival and growth of the lamb. During the test at 21 days, the lambs who are looking for less proximity to human are the ones with the best vigour and the fastest growth. Beyond the control of the environment, our results confirm that the success of artificial rearing is conditioned by the early physical state and temperament of the young lamb., Dans les troupeaux ovins de race à viande, l’allaitement artificiel utilisé pour sauver des agneaux surnuméraires se traduit souvent par une rentabilité incertaine. L’objectif de cette étude était de réaliser une caractérisation multiparamétrique précoce sur un grand nombre d'agneaux élevés en allaitement artificiel, en conditions standardisées pour comprendre leur devenir. Un total de 715 agneaux de race Romane, issus de 5 périodes de naissance, ont été suivis jusqu’au sevrage. Des caractéristiques précoces telles que le poids à la naissance, la vigueur, la température, la croissance ont été enregistrées sur l’ensemble des agneaux et le dosage des IgG sériques effectué sur une partie seulement. La réactivité comportementale à 21 jours a été caractérisée au travers d’un test sur 30% des agneaux. La principale raison de mise en allaitement artificiel est liée à un problème détecté chez la brebis dans 36% des cas ou chez l’agneau dans 22% des cas et est liée à la portée multiple pour les cas restants. Les agneaux ont été sevrés à un poids moyen de 12,5 2,4 kg et à un âge moyen de 38 4,7 jours. Le taux de mortalité de 13% se répartit de façon équivalente avant et après 10 jours. Le poids à la naissance et la vigueur sont liés à la survie et la croissance de l’agneau. Lors du test à 21 jours, les agneaux qui recherchent moins la proximité de l’homme sont ceux qui ont la meilleure vigueur et la plus forte croissance. Au-delà de l’importance de la maitrise de l’environnement, nos résultats confirment que la réussite de l’allaitement artificiel est conditionnée par l’état physique et le tempérament du jeune agneau.

National audience

National audience

La maîtrise de la saisonnalité de la reproduction est un enjeu pour les filières ovines et caprines. De nouvelles approches pour induire et synchroniser les chaleurs et les ovulations hors saison sexuelle en alternative à l’utilisation d’hormones ou faisant appel à l’élevage de précision sont développées, tant pour l’agriculture conventionnelle (AC) que pour agriculture biologique (AB). Dans le projet REPROBIO, à partir d’enquêtes réalisées auprès d’intervenants en élevage et d’éleveurs ovins et caprins en AB et en AC, nous avons dressé un état des lieux des pratiques de gestion de la reproduction mises en œuvre dans les principaux bassins de production en France. Puis nous avons évalué l’acceptabilité par les acteurs de terrain de deux outils innovants associés à la gestion de la reproduction et développés dans le cadre des travaux de R&D du projet : i) l’utilisation de phéromones impliquées dans l’effet mâle (comme alternative aux traitements hormonaux pour l’induction et la synchronisation des ovulations et des chaleurs) et ii) la détection automatisée des chaleurs, pour optimiser la mise à la reproduction par insémination artificielle (IA) ou pour la lutte en main (détecteur électronique de chevauchements (Alpha-D®) chez la brebis et colliers-accéléromètres (Heatime®) chez la chèvre)., A major concern for small ruminant productions is to control the seasonality of the reproduction. Alternatives to hormonal treatment for the induction and the synchronization of oestrus or approaches based on precision livestock farming are developed both for conventional and organic farms. In the REPROBIO project, we established the current state of reproduction management practices implemented in the six French main production areas from surveys of farm holders and sheep and goat breeders under both conventional and organic farming. Then, we evaluated the acceptability of the actors for two innovative tools related to the reproduction management in farms, and developed in the frame of this R & D project: i) the use of pheromones involved in the male effect (an alternative to the hormonal treatment for induction and synchronization of oestrus) and ii) the automated oestrus detection, to optimize the mating time for artificial insemination (AI) or natural service (automated oestrus detector (Alpha-D®) for sheep, automated activity monitoring collars (Heatime®) for goat)

La sélection d’animaux efficaces est un enjeu majeur pour les filières animales, que ce soit pour des raisons économiques, mais aussi agro-environnementales. En effet, sélectionner des animaux efficaces permet de limiter les quantités ingérées et les émissions de polluants (gaz à effet de serre et résidus azotés). Chez les ovins allaitants, nous avons montré que la consommation résiduelle (CR) est un critère de sélection héritable (h²=0,41) corrélé génétiquement à la quantité de concentré ingérée par jour (rg=+0,73). La mise en place de lignées divergentes sur la CR (mesurée avec une alimentation concentrée) en race Romane permet 1) de mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués dans l’efficacité alimentaire et 2) d’évaluer les conséquences de la sélection génétique de ce critère d’efficacité alimentaire sur une diversité d’autres caractères (croissance, engraissement, développement musculaire, …) mais aussi lorsque les animaux ont une ration fourragère. Après deux générations de sélection, la divergence est marquée puisqu’elle s’élève à 1,9 écart-type génétique. Nous avons montré que les animaux efficaces (CR-) avec une ration concentrée mangent également moins de fourrage (103 g en moins par jour par animal) que les animaux peu efficaces (CR+) tout en ayant des niveaux de croissance équivalents. Des différences significatives entre CR- et CR+ se retrouvent au niveau du microbiote ruminal, Selecting efficient animals is a major concern for livestock production, not only for economic but also for agro-environmental purposes. The selection of efficient animals leads to a decrease of feed intakes and limits pollutant emissions (greenhouse gases and nitrogen). In meat sheep, we demonstrated that Residual Feed Intake (CR) is a heritable selection criteria (h²=0.41) which is genetically correlated to average daily feed intake (rg=+0.73) under a concentrated diet. We setup a divergent selection experiment on CR (under a concentrated diet) in the Romane breed in order to 1) have a better understanding of biological processes underlying feed efficiency and 2) to evaluate the consequences of the genetic divergence on feed efficiency over a panel of traits (growth, fattening, muscular development,…), also when animals are fed with forages. After two generations of selection, the divergence is marked since it reaches 1.9 genetic standard deviations. Efficient animals (CR-) under a concentrated diet also have a lower daily feed intake with a forage-based diet (103 g less) than less efficient animals (CR+) while displaying similar growth. Significant differences between CR- and CR+ animals were also described at the level of the rumen microbiota.

Ce numéro comprend les articles correspondant aux présentations du Colloque Casdar 2018; A major concern for small ruminant productions is to control the seasonality of the reproduction.Alternatives to hormonal treatment for the induction and the synchronization of oestrus or approachesbased on precision livestock farming are developed both for conventional and organic farms. In the REPROBIO project, we established the current state of reproduction management practicesimplemented in the six French main production areas from surveys of farm holders and sheep and goatbreeders under both conventional and organic farming. Then, we evaluated the acceptability of theactors for two innovative tools related to the reproduction management in farms, and developed in theframe of this R & D project: i) the use of pheromones involved in the male effect (an alternative to thehormonal treatment for induction and synchronization of oestrus) and ii) the automated oestrusdetection, to optimize the mating time for artificial insemination (AI) or natural service (automatedoestrus detector (Alpha-D®) for sheep, automated activity monitoring collars (Heatime®) for goat); La maîtrise de la saisonnalité de la reproduction est un enjeu pour les filières ovines et caprines. Denouvelles approches pour induire et synchroniser les chaleurs et les ovulations hors saison sexuelle enalternative à l’utilisation d’hormones ou faisant appel à l’élevage de précision sont développées, tantpour l’agriculture conventionnelle (AC) que pour agriculture biologique (AB).Dans le projet REPROBIO, à partir d’enquêtes réalisées auprès d’intervenants en élevage et d’éleveursovins et caprins en AB et en AC, nous avons dressé un état des lieux des pratiques de gestion de lareproduction mises en œuvre dans les principaux bassins de production en France. Puis nous avonsévalué l’acceptabilité par les acteurs de terrain de deux outils innovants associés à la gestion de lareproduction et développés dans le cadre des travaux de R&D du projet : i) l’utilisation de phéromonesimpliquées dans l’effet mâle (comme alternative aux traitements hormonaux pour l’induction et lasynchronisation des ovulations et des chaleurs) et ii) la détection automatisée des chaleurs, pouroptimiser la mise à la reproduction par insémination artificielle (IA) ou pour la lutte en main (détecteurélectronique de chevauchements (Alpha-D®) chez la brebis et colliers-accéléromètres (Heatime®) chezla chèvre).

International audience

International audience; The overall sustainability and innovative capacity of the sheep and goat sector in Europe have tobe improved to cope with current and future economic, environmental and societal challenges. Innovations ingenetic resource management and breeding for sheep and goat populations will be explored in the iSAGE Eu-ropean project (WP5) in order to help the industry to cope with such future challenges. In France, genetic eval-uation for small ruminants is performed in a large variability and poorly characterized environments. In this re-gard, we will consider multi-generation data from existing French breeding programs and experimental fieldstudies. Effects of herd for traits under genetic selection will be investigated in commercial farms in order tobetter characterize the production environment, particularly using meteorological data but also feeding, breed-ing system and economic criteria. Such characterization will enable to follow-up trends in animal performancesaccording to weather changes. This work could also contribute to characterize farm typologies to which a setof sustainability indicators will be tested. Then, contrasted environments will be identified and genotype by en-vironment interactions studies will be carried out aiming to improve genetic selection efficiency in a variety ofenvironments. In addition to existing data, we will explore new phenotypes considered as key functional traitsfor robustness and for which stakeholders are particularly interested. These new phenotypes will be also explored in combination with feed efficiency in experimental facilities under contrasted environments or under feedshortage challenges. Genetic and genomic studies will be performed for new phenotypes used to assess in-dividual robustness. The total merit indices will be revisited from the technical and economic point of view inorder to evaluate economic weights of each trait in the “breeding goal”, for diversified production systems.; En France, l’évaluation génétique des petits ruminants estime simultanément la valeur génétique des reproducteurs ainsi que les effets d’environnement dont le plus important est l’effet troupeau. Cette évaluation est réalisée dans des environnements variés et mal caractérisés faisant l’hypothèse d’absence d’interaction GxE. Pour tester cette hypothèse et disséquer les composantes des effets troupeaux, les environnements de production seront caractérisés à partir des données collectées en fermes (disponibles dans les systèmes nationaux d’information génétique ou collectées ponctuellement) décrivant les systèmes d’élevages et des données météorologiques. La discrimination des types d’environnements de production établis par la typologie des élevages permettra d’analyser les interactions GxE pour différentes races ovines et caprines en France. Par ailleurs, l’adaptation des petits ruminants à ces environnements variés et changeants implique entre autre leur efficacité d’utilisation des ressources et leur capacité biologique à mobiliser et reconstituer leurs réserves énergétiques sous forme de lipides. Des travaux expérimentaux seront conduits pour étudier les mécanismes biologiques et le déterminisme génétique de la dynamique des réserves corporelles en lien avec l’efficacité alimentaire. Cette approche permettra d’identifier de nouveaux phénotypes pour l’amélioration génétique de la robustesse des petits ruminants.

Farmers's practices and attitudes towards artificial fed lambs and their mortality in meat systems. 7. International conference on the assessment of animal welfare at farm and grip level. WAFL 2017

En France, l’évaluation génétique des petits ruminants estime simultanément la valeur génétique des reproducteurs ainsi que les effets d’environnement dont le plus important est l’effet troupeau. Cette évaluation est réalisée dans des environnements variés et mal caractérisés faisant l’hypothèse d’absence d’interaction GxE. Pour tester cette hypothèse et disséquer les composantes des effets troupeaux, les environnements de production seront caractérisés à partir des données collectées en fermes (disponibles dans les systèmes nationaux d’information génétique ou collectées ponctuellement) décrivant les systèmes d’élevages et des données météorologiques. La discrimination des types d’environnements de production établis par la typologie des élevages permettra d’analyser les interactions GxE pour différentes races ovines et caprines en France.Par ailleurs, l’adaptation des petits ruminants à ces environnements variés et changeants implique entre autre leur efficacité d’utilisation des ressources et leur capacité biologique à mobiliser et reconstituer leurs réserves énergétiques sous forme de lipides. Des travaux expérimentaux seront conduits pour étudier les mécanismes biologiques et le déterminisme génétique de la dynamique des réserves corporelles en lien avec l’efficacité alimentaire. Cette approche permettra d’identifier de nouveaux phénotypes pour l’amélioration génétique de la robustesse des petits ruminants., The overall sustainability and innovative capacity of the sheep and goat sector in Europe have to be improved to cope with current and future economic, environmental and societal challenges. Innovations in genetic resource management and breeding for sheep and goat populations will be explored in the iSAGE European project (WP5) in order to help the industry to cope with such future challenges. In France, genetic evaluation for small ruminants is performed in a large variability and poorly characterized environments. In this regard, we will consider multi-generation data from existing French breeding programs and experimental field studies. Effects of herd for traits under genetic selection will be investigated in commercial farms in order to better characterize the production environment, particularly using meteorological data but also feeding, breeding system and economic criteria. Such characterization will enable to follow-up trends in animal performances according to weather changes. This work could also contribute to characterize farm typologies to which a set of sustainability indicators will be tested. Then, contrasted environments will be identified and genotype by environment interactions studies will be carried out aiming to improve genetic selection efficiency in a variety of environments. In addition to existing data, we will explore new phenotypes considered as key functional traits for robustness and for which stakeholders are particularly interested. These new phenotypes will be also explored in combination with feed efficiency in experimental facilities under contrasted environments or under feed shortage challenges. Genetic and genomic studies will be performed for new phenotypes used to assess individual robustness. The total merit indices will be revisited from the technical and economic point of view in order to evaluate economic weights of each trait in the "breeding goal", for diversified production systems.

Apports de la génétique sur la santé de la mamelle et le débit de traite. 2. Journée UMT SPR – OMACAP

National audience

Creation of sheep divergent lines for gastro-intestinal parasitism resistance based on a QTL index. 67. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP)

RFI divergent lines in sheep and relationship with TMR RFI : first results. 67. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP)

Le Haut Conseil de la santé publique a été saisi conjointement par la Direction générale de la santé et la Direction générale de la prévention des risques et des territoires, en mai 2015, afin de proposer la formulation d’objectifs de résultats pour les actions du PNSE3 et énoncer les indicateurs jugés les plus appropriés pour mesurer les avancées vers ces objectifs. Par objectifs de résultats, on entend, en règle générale, dans le domaine ici considéré, une réduction du niveau d’exposition de la population à des nuisances ou contaminations de certains milieux de vie ou produits connues pour, ou suspectées pouvoir, induire des conséquences délétères ; parfois aussi une amélioration des connaissances sur des menaces possibles, cela grâce à la mise en œuvre des actions du plan. Cette saisine visait ainsi à renforcer l’évaluabilité du Plan car l’énoncé de ces résultats et la description de l’évolution des indicateurs appropriés doivent en effet permettre, en temps utile, de porter un jugement sur sa performance. Pour répondre à cette demande dans un délai compatible avec l’avancée du Plan, le HCSP a mobilisé un large groupe de travail – le Comité pour l’évaluabilité du PNSE3, ou Copev – constitué de vingt-huit experts, personnalités issues du monde académique ou d’organismes et institutions en charge de la gestion des risques liés aux milieux. Afin de veiller à porter un regard multidisciplinaire et multi-professionnel sur l’objet particulièrement complexe qu’est le PNSE3, chacune des actions a été considérée sous divers angles, lorsque cela s’y prêtait ; pour cela, six groupes thématiques ont été mis en place (air extérieur et environnement intérieur ; qualité des eaux destinées à la consommation humaine, protection des ressources en eau, sites et sols pollués ; risques émergents et ré-émergents ; agents physiques ; changement global et impact sur la santé ; qualité de l’alimentation), qui ont chacun proposé, selon une méthodologie partagée, des objectifs de résultats et des indicateurs associés pour, in fine, permettre au Copev de retenir les objectifs essentiels et communs qui se dégageaient de cette analyse croisée ; si cela s’avérait pertinent, plusieurs objectifs de résultats ont été retenus, éclairant diverses facettes des finalités poursuivies. Au préalable, un ensemble d’actions ont été mises de côté (42 parmi les 107 actions du Plan), dont l’énoncé était tellement précis qu’il annonçait son propre résultat attendu. La capacité des différentes sources d’information existantes sur chacun de domaines visés, à produire des données utilisables pour apprécier l’évolution temporelle de signaux pertinents (sur la qualité des milieux, l’exposition des populations, voire parfois des indicateurs de santé) a été analysée de manière systématique, dans le but d’identifier celles qui pouvaient servir à produire des indicateurs de résultats. Constatant souvent certaines insuffisances (dans la résolution spatiale ou temporelle de l’information, par exemple, ou dans son accessibilité), des propositions ont été faites pour que des améliorations soient portées au plus tôt sur tel ou tel système d’information, dans le but d’accroître la possibilité de les utiliser pour évaluer les impacts du Plan. L’énoncé des résultats attendus est, pour un grand nombre d’actions, décliné à un échelon territorial plus fin, dans le souci de pouvoir être repris, si cela est jugé pertinent, par les acteurs en charge de l’élaboration des PRSE. C’est en effet particulièrement à ce niveau local que peut se concrétiser l’objectif affiché de réduction des inégalités socio-territoriales d’exposition, qui pourrait constituer une ligne directrice des PRSE à venir. Une première version du rapport découlant de ce travail collégial a été soumise à une trentaine d’experts extérieurs, choisis pour leur compétence dans des domaines particuliers, à la fin du printemps 2016. C’est une version ainsi enrichie qui a été communiquée aux responsables du Groupe Santé-Environnement et de ses groupes de travail, pour commentaires, GSE dont l’avis n’avait pu être sollicité en amont, comme prévu, sur la démarche générale adoptée, pour des raisons ne tenant pas au HCSP. En élaborant ces propositions d’objectifs de résultats du PNSE3 et d’indicateurs associés, le Haut Conseil de la santé publique, soucieux de ne pas dépasser son mandat, a veillé à ne porter aucune appréciation sur le Plan lui-même, et a strictement travaillé sur l’énoncé des actions tel qu’adopté par les rédacteurs du PNSE3. De même, il ne lui revenait pas de définir les moyens à mobiliser pour mettre en œuvre ces actions. Dans certains cas, le HCSP s’est cependant autorisé à afficher un niveau d’accomplissement des actions concernées (accomplissement exprimé par exemple en termes de réduction attendue du niveau d’exposition d’une population cible, sur une certaine période). Il reviendra aux décideurs d’adopter ou non ces différents objectifs, ainsi que les degrés d’ambition proposés par le HCSP, prenant notamment en compte les moyens que la puissance publique pourra mobiliser pour la mise en œuvre du PNSE3.

Cinquante ans après l'indépendance de l'Algérie et l'abandon d'une partie de ses supplétifs “harkis”, la France sort de son mutisme et regarde enfin cette sombre période. Engagée dans une lutte contre l'oubli, elle immobilise les traces de l'époque pour mobiliser le souvenir et fait confiance aux mémoriaux ou autres monuments, marqueurs d'une reconnaissance publique avérée. Toutefois, en extériorisant un mémorable à travers une forme monumentale inerte, c'est comme si elle se délestait du travail du souvenir. La mémoire attendue s'est faite finalement devancée par le mémorial, lui-même voué à se fondre peu à peu dans le paysage et à régresser en habitude visuelle dépourvue de tout pouvoir d'interpellation. Alors, comment faire autrement? Pallier le poids écrasant de l'Histoire, du devoir de mémoire et de son institutionnalisation, en préférant une mémoire involontaire à une mémoire volontaire. S'attacher à traduire la mémoire des “harkis”, c'est répertorier dans le Sud de la France les structures d'accueil des familles qu'étaient les hameaux de forestage, se rappeler de l'importance des chantiers forestiers dans le reboisement et la lutte contre les feux de forêts. En ce sens, l'histoire des “harkis” croise celle de la forêt méditerranéenne pour répondre à un enjeu actuel: la gestion et l'entretien des pare-feux. La mémoire “harkie” est indirectement mise en espace par la construction d'un ouvrage test sur le territoire varois, sous la forme d'un jardin de cultures à vocation DFCI (Défense de la Forêt Contre l'Incendie).

Dans les troupeaux ovins allaitants, l’allaitement artificiel strict avec un lait reconstitué est fréquemment utilisé pour sauver des agneaux surnuméraires mais peut entrainer des performances décevantes. L’objectif de cette étude est d’évaluer, chez des agneaux de race Romane, l’impact de ce mode d’élevage sur leurs performances et sur leurs réponses immunitaire et comportementale à court et moyen terme. Trois traitements d’allaitement sont comparés : agneaux maternés (un agneau par mère), agneaux mis en allaitement artificiel à 3 jours d’âge et nourris soit avec du lait commercial reconstitué ou avec du lait de brebis Lacaune traites quotidiennement. Au sevrage à 45 jours, les agneaux des différents traitements ont été réallotés par sexe et alimentés avec du foin et du concentré. Les agneaux nourris avec l’aliment d’allaitement ont une croissance avant 22 jours significativement plus faible que les agneaux maternés, ceux nourris au lait de brebis étant intermédiaires. Au-delà, il n’apparait plus de différence et le poids final est équivalent. Ces agneaux allaités artificiellement, quel que soit le lait, apparaissent plus actifs en case d’élevage et moins craintifs vis-à-vis de l’homme en situation de test à J21. Lorsqu’ils sont nourris avec l’aliment d’allaitement, l’aspect de leur arrière train a tendance à être plus sale que celui des agneaux nourris au lait de brebis sans pour autant qu’ils soient plus infectés par des pathogènes intestinaux. Le stress oxydant est plus faible chez les agneaux en allaitement artificiel, malgré un statut antioxydant global moins favorable, probablement en rapport avec leur meilleure familiarisation à l’homme lors des prélèvements. Par contre le lait de brebis Lacaune prépare mieux les agneaux au stress du sevrage. De même, la réponse immunitaire à une vaccination contre la chlamydiose est plus forte pour ce traitement. Dans les conditions de cette étude avec un faible taux de mortalité et un effectif d’agneaux limité, l’allaitement artificiel strict pénalise la croissance et le statut antioxydant et favorise la relation à l’homme uniquement dans la période d’allaitement. Les différences s’estompent rapidement après le sevrage., In sheep production, artificial rearing with commercial milk is frequently used to save lambs born from large litters but is usually connected with poor animal performance. The objective of this study was to estimate the impact of this rearing method on the performance of lambs from the Romane breed, but also their short and medium-term immune and behavioual responses. Lambs were assigned to three rearing treatments: left with the mother (one lamb per dam), or separated at 3 days of age and fed either with a commercial milk substitute or with milk from Lacaune ewes milked daily. When weaned at 45 days, the lambs of the three treatments were mixed, reared in single sex groups and fed with hay and concentrate. Lambs fed commercial milk had significantly lower growth rate before 22 days than mothered lambs, those fed Lacaune milk being intermediate. No difference was detectable later on and the final weight was similar. Artificially reared lambs, regardless of the type of milk, seemed more active in their rearing pens and less afraid of humans in tests performed at 21 days. The fleece around the perianal area of lambs fed commercial milk tended to be dirtier than in lambs fed with ewe’s milk without any increase on the presence of pathogens in the faeces. Consumption of artificial milk was associated with lower antioxidant status and higher level of stress at 30 days of age compared to mothered lambs. The immune response following vaccination against chlamydiosis was not different between lambs fed artificial milk and those nursed by their mother. In this study where mortality rate was low, artificial rearing was seen to impair growth rate and antioxidant status and to promote a lamb human relationship only during the artificial rearing period.

National audience; L’âge et le poids à la puberté sont des facteurs décisifs du poids adulte et des performances de production pour les ruminants. L’espèce caprine est particulièrement sensible à ces caractéristiques de la puberté du fait du saisonnement de l’activité sexuelle et d’une conduite de reproduction en lot. Les chèvres n’atteignant pas un poids type en saison de reproduction la première année (environ 60% du poids adulte (Fiche_GRC_PHYSIOLOGIE, 2012) ont une reproduction reportée d’un an. Afin de caractériser la saisonnalité de l’activité sexuelle des chèvres, l’activité ovulatoire et le poids de femelles alpines, créoles et back-cross créole-alpines ont été mesurés de façon régulière au cours de leurs 2 premières saisons sexuelles sur l’unité expérimentale INRA de Bourges. L’objectif du présent travail est d’analyser l’impact du démarrage de l’activité sexuelle des chèvres sur leur croissance lors de la 1ère et 2ème saison sexuelle.

International audience; Gastro-intestinal nematodes are of major concern to sheep health worldwide. Identifying the causative genes responsible for resistance would augment the efficiency of selection. Previously, back-cross (BC) sheep (Black Belly * Romane breeds) were genotyped with a 50K SNP chip and were measured for faecal egg count after two successive experimental challenges by H. contortus. The most significant QTL were identified on chromosomes 5, 12, 13, 21. A customized assay including 1000 SNP was created to increase the density ofmarker coverage in these regions and others major QTL regions affecting parasitism resistance in natural infection conditions. In the present study, 277 Romane lambs were experimentally challenged with H contortusand genotyped with the dedicated 1000 SNP. Six out of the eight tested QTL regions have an effect in the Romane pure Breed population.

National audience; We aim to develop new protocols for goats that associate the male effect and photoperiodic treatments to induce ovulations during the anoestrus season, and that also synchronize ovulations allowing the use of artificial insemination. Using Alpine goats, we studied the effects of a short-term dietary energy supplementation (based on propylene-glycol) on the synchronization of ovulations induced by bucks. The results concerning both the time of the pre-ovulatory LH peak and the time when plasma progesterone began to rise after buck introduction, suggest i/ that ovulations in normal cycles occur earlier and ii/ are better synchronized in supplemented goats presenting a “short cycle – normal cycle” response after the male effect.; Nous cherchons à développer chez les caprins de nouveaux protocoles d’induction des ovulations pendant l’anoestrus saisonnier, associant effet mâle et traitements photopériodiques, et permettant une synchronisation des ovulations compatible avec l’utilisation de l’insémination artificielle. Dans ce cadre, nous avons étudié chez des chèvres de race Alpine les effets d’une supplémentation énergétique à court-terme (basée sur l’utilisation de propylène-glycol) sur le degré de synchronisation de la réponse ovulatoire après effet bouc. Les résultats observés, concernant à la fois le moment d’apparition du pic pré-ovulatoire de LH et la montée de progestéronémie après introduction des boucs, suggèrent i/ un avancement des ovulations induites par l’effet mâle au moment du cycle normal, et ii/ une plus grande synchronie de ces ovulations chez les chèvres supplémentées et présentant une réponse ovulatoire de type cycle court – cycle normal après effet mâle.

Nous cherchons à développer chez les caprins de nouveaux protocoles d’induction des ovulations pendant l’anoestrus saisonnier, associant effet mâle et traitements photopériodiques, et permettant une synchronisation des ovulations compatible avec l’utilisation de l’insémination artificielle. Dans ce cadre, nous avons étudié chez des chèvres de race Alpine les effets d’une supplémentation énergétique à court-terme (basée sur l’utilisation de propylène-glycol) sur le degré de synchronisation de la réponse ovulatoire après effet bouc. Les résultats observés, concernant à la fois le moment d’apparition du pic pré-ovulatoire de LH et la montée de progestéronémie après introduction des boucs, suggèrent i/ un avancement des ovulations induites par l’effet mâle au moment du cycle normal, et ii/ une plus grande synchronie de ces ovulations chez les chèvres supplémentées et présentant une réponse ovulatoire de type cycle court – cycle normal après effet mâle., We aim to develop new protocols for goats that associate the male effect and photoperiodic treatments to induce ovulations during the anoestrus season, and that also synchronize ovulations allowing the use of artificial insemination. Using Alpine goats, we studied the effects of a short-term dietary energy supplementation (based on propylene-glycol) on the synchronization of ovulations induced by bucks. The results concerning both the time of the pre-ovulatory LH peak and the time when plasma progesterone began to rise after buck introduction, suggest i/ that ovulations in normal cycles occur earlier and ii/ are better synchronized in supplemented goats presenting a “short cycle – normal cycle” response after the male effect.

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Gastrointestinal nematodes are one of the main health issues in sheep breeding. To identify loci affecting the resistance to Haemonchus contortus, a genome scan was carried out using 1,275 Romane × Martinik Black Belly backcross lambs. The entire population was challenged with Haemonchus contortus in 2 consecutive experimental infections, and fecal egg counts (FEC) and packed cell volumes were measured. A subgroup of 332 lambs with extreme FEC was necropsied to determine the total worm burden, length of female worms, sex ratio in the worm population, abomasal pH, and serum and mucosal G immunoglobulins (IgG) responses. Pepsinogen concentration was measured in another subset of 229 lambs. For QTL detection, 160 microsatellite markers were used as well as the Illumina OvineSNP50 BeadChip that provided 42,469 SNP markers after quality control. Linkage, association, and joint linkage and association analyses were performed with the QTLMAP software. Linkage disequilibrium (LD) was estimated within each pure breed, and association analyses were carried out either considering or not the breed origin of the haplotypes. Four QTL regions on sheep chromosomes (OAR)5, 12, 13, and 21 were identified as key players among many other QTL with small to moderate effects. A QTL on OAR21 affecting pepsinogen concentration exactly matched the pepsinogen (PGA5) locus. A 10-Mbp region affecting FEC after the 1st and 2nd infections was found on OAR12. The SNP markers outperformed microsatellites in the linkage analysis. Taking advantage of the LD helped to refine the locations of the QTL mapped on OAR5 and 13.

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National audience; The heritability of goat milk somatic cell count (SCC) trait has been estimated to be around 0.20. Accordingly, it is possible to consider improving the mastitis resistance in goats by selection on sec. The aim of our study was to evaluate the consequences of SCC-based selection on intra-mammary infections in the goat. Using 23 progeny-tested AI bucks selected for extreme breeding values for somatic cell scores (SCS, logarithmic transformation of SCC), we created two groups of 61 High SCS and 44 Low SCS goats which were raised at the IN RA experimental facility of Bourges. Milk bacteriological analyses and sec of half-udders were performed at the kidding date and up to 8 monthly time points in first lactation. The mean sec was 1 384 000 cells/mL and 546 000 cells/mL for the High and Low SCS goats, respectively, with a significant difference of 1.2 point SCS. Regarding milk bacteriology results, 38% of samples were ·positive on average. The main bacterial types found were Coagulase Negative Staphylococci (58.4%) and especially S. xylosus (19.7%). The frequency of positive samples was significantly higher in the High SCS (46%±3) than in the Low SCS line (28%±3). Generally speaking, the cell count and the bacteriological status of the half udder were very well correlated. Indeed, the mean SCS was significantly higher for the positive than negative milk samples (3. 7±0.1 vs 4.3±0.1 ). Some bacterial types had a stronger impact on the SCS than others: S.aureus (5.5±0.5) and S.caprae (5.2±0.3) versus Bacillus (4.0±0.3) and negative samples (3 .6±0.1 ). Within the High SCS line, the SCS positive samples were significantly higher than negative samples (+0.9 point of SCS) while this difference was smaller in the Low SCS line. This observation can be explained by a higher quantity of pathogens in the positive samples of the High line than when compared to the Low line. These results suggest that the SCS-based selection in goats will decrease the prevalence of intra-mammary infections and the amount of bacteria within infected milk samples.; L’héritabilité de la concentration de cellules somatiques (CCS) a été estimée aux environs de 0,20 en caprins ce qui permet d'envisager d’améliorer la résistance aux mammites par une sélection sur ce caractère dans cette espèce. Pour évaluer les effets d'une telle sélection nous avons procrée et réalisé le suivi de deux lignées divergentes. Pour cela, après élaboration d'une evaluation genetique des CCS en race Alpine, nous avons sélectionné 23 boucs du schéma de sélection extrêmes pour ce caractère. A index de production comparables, les index CCS moyens des pères utilises différaient de près de 3 écart-types génétiques. 2 groupes de chèvres fortement divergentes (61 CCS+, 44 CCS-) ont fait l'objet d'analyses bactériologiques de lait et de CCS par hémi-mamelle à la mise-bas et a 8 reprises à 1 mois d'intervalle au cours de la 1ere lactation. La concentration cellulaire était en moyenne, de 1 384 000 cellules/mL et de 546 000 cellules/mL pour les chèvres de la lignée CCS+ et CCS-, respectivement, soit une différence significative de 1,2 point de score de cellules somatiques (SCS), après transformation logarithmique. En moyenne, 38% des prélèvements de lait étaient bactériologiquement positifs. Les types bactériens les plus fréquents étaient des staphylocoques a coagulase negative (58,4%), et principalement S. xylosus (19,7%). La fréquence des échantillons positifs était significativement plus élevée dans la lignée CCS+ (46%±3), que dans la lignée CCS- (28%±3). Globalement, la concentration cellulaire était très bien corrélée au statut bactériologique de l'hémi-mamelle. En effet, le SCS moyen a été significativement plus élevé dans les échantillons positifs que dans les échantillons négatifs (3,7±0,1 vs 4,3±0,1). Certains types bactériens ont eu un impact plus fort que d'autres sur le SCS : S.aureus (5,5±0,5), et S.caprae (5,2±0,3) versus Bacillus (4,0±0,3) et prélèvements négatifs (3,6±0,1). La quantité de germes dans l’échantillon a eu également un impact significatif sur le SCS. Au sein de la lignée CCS+, les prélèvements positifs ont eu des SCS significativement supérieurs aux prélèvements négatifs (+0,9 point de SCS) alors que la différence a été moindre dans la lignée CCS-. Cette observation semble être due principalement au fait qu'il y ait en général une quantité plus importante de germes dans les échantillons positifs de la lignée CCS+ que dans ceux de la lignée CCS-. Ces résultats donnent a penser qu'une sélection basée sur le CCS chez les caprins pour diminuer la fréquence des infections intra-mammaires et la quantité de bactéries présentes dans le lait en cas d'infection serait efficace.

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International audience; To know and to control the fine milk composition is an important concern in the dairy industry. The mid-infrared (MIR) spectrometry method appears to be a good, fast and cheap method for assessing milk fatty acid profile with accuracy. Although partial least squares (PLS) regression is a very useful and powerful method to determine fine milk composition from spectra, the estimations are often less accurate on new samples coming from different spectrometers. Therefore a genetic algorithm (GA) combined with a PLS was used to produce models with a reduced number of wavelengths and a better accuracy. Number of wavelengths to consider is reduced substantially by 5 or 10 according the number of steps in the genetic algorithm. The accuracy is increased on average by 9% for fatty acids of interest.

absent

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