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Bacon, Wendi, Holinski, Alexandra, Pujol, Marina, Wilmott, Meredith, Morgan, Sarah L, and on behalf of the European Molecular Biology Laboratory—European Bioinformatics Institute Training Team

Emanuel Gonçalves The European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, United Kingdom and Julio Saez-Rodriguez The European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, United Kingdom

Virginia Bioinformatics Institute

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Jasmeet Kaur Khanijou, Hanna Kulyk, Cécilia Bergès, Leng Wei Khoo, Pnelope Ng, Hock Chuan Yeo, Mohamed Helmy, Floriant Bellvert, Wee Chew, Kumar Selvarajoo, Singapore Institute of Food and Biotechnology Innovation [Singapore, Singapore] (SIFBI / A*STAR ), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bioinformatics Institute [Singapore], Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Lakehead University, National University of Singapore (NUS), Nanyang Technological University [Singapour], School of Biological Sciences, Singapore Institute of Food and Biotechnology Innovation (SIFBI), A*STAR, Bioinformatics Institute (BII), A*STAR, National University of Singapore, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and KULYK, Hanna

Leandro Lima, Giuseppe F. Italiano, Luca Pepè Sciarria, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri, Vicente Acuña, Center for Mathematical Modelling - Centro de Modelamiento Matematico [Santiago] (CMM), Universidad de Chile = University of Chile [Santiago] (UCHILE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, Libera Università Internazionale degli Studi Sociali Guido Carli [Roma] (LUISS), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Università degli Studi di Roma Tor Vergata [Roma], Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Center for Mathematical Modeling (CMM), Universidad de Chile = University of Chile [Santiago] (UCHILE), European Bioinformatics Institute [Cambridge, UK], and University of Rome TorVergata

Elmar W. Tobi, Diana L. Juvinao-Quintero, Justiina Ronkainen, Raffael Ott, Rossella Alfano, Mickaël Canouil, Madelon L. Geurtsen, Amna Khamis, Leanne K. Küpers, Ives Y. Lim, Patrice Perron, Giancarlo Pesce, Johanna Tuhkanen, Anne P. Starling, Toby Andrew, Elisabeth Binder, Robert Caiazzo, Jerry K.Y. Chan, Romy Gaillard, Peter D. Gluckman, Elina Keikkala, Neerja Karnani, Sanna Mustaniemi, Tim S. Nawrot, François Pattou, Michelle Plusquin, Violeta Raverdy, Kok Hian Tan, Evangelia Tzala, Katri Raikkonen, Christiane Winkler, Anette-G. Ziegler, Isabella Annesi-Maesano, Luigi Bouchard, Yap Seng Chong, Dana Dabelea, Janine F. Felix, Barbara Heude, Vincent W.V. Jaddoe, Jari Lahti, Brigitte Reimann, Marja Vääräsmäki, Amélie Bonnefond, Philippe Froguel, Sandra Hummel, Eero Kajantie, Marjo-Riita Jarvelin, Regine P.M. Steegers-Theunissen, Caitlin G. Howe, Marie-France Hivert, Sylvain Sebert, Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Harvard Pilgrim Health Care Institute, University of Oulu, Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health, Klinikums rechts der Isar, Hasselt University (UHasselt), Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases - UMR 8199 - UMR 1283 (EGENODIA (GI3M)), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Generation R Study Group, Imperial College London, Bioinformatics Institute (A*STAR), Singapore Institute for Clinical Sciences [Singapour] (SICS), Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Université de Sherbrooke (UdeS), Centre Hospitalier Universitaire de Sherbrooke, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Epidemiology of Allergic and Respiratory Diseases Department [iPlesp] (EPAR), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), TKK Helsinki University of Technology (TKK), Colorado School of Public Health [Aurora, CO, USA] (CSPH), University of Colorado Anschutz [Aurora], Max Planck Institute of Psychiatry, Max-Planck-Gesellschaft, Emory University School of Medicine, Emory University [Atlanta, GA], Recherche translationnelle sur le diabète - U 1190 (RTD), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), KK Women's and Children's Hospital [Singapore], Duke-NUS Medical School [Singapore], Liggins Institute, University of Auckland [Auckland], Finnish Institute for Health and Welfare [Helsinki, Finland] (FIHW), Oulu University Hospital [Oulu], Bioinformatics Institute [Singapore], Yong Loo Lin School of Medicine [Singapore], Faculty of Medecine [Helsinki], Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Institut Desbrest de santé publique (IDESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université du Québec à Chicoutimi (UQAC), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Norwegian University of Life Sciences (NMBU), Brunel University London [Uxbridge], Geisel School of Medicine at Dartmouth, Harvard Medical School [Boston] (HMS), Massachusetts General Hospital [Boston], Salvy-Córdoba, Nathalie, Obstetrics & Gynecology, Pediatrics, Binder, Elisabeth, Küpers, Leanne K., Geurtsen, Madelon L., Raikkonen, Katri, Tuhkanen, Johanna, Felix, Janine F., ALFANO, Rossella, Winkler, Christiane, Ott, Raffael, Dabelea, Dana, Khamis, Amna, Bouchard, Luigi, Bonnefond, Amélie, Canouil, Mickaël, Karnani, Neerja, Hummel, Sandra, Tobi, Elmar W, Sebert, Sylvain, Jarvelin, Marjo-Riita, Keikkala, Elina, Heude, Barbara, Pesce, Giancarlo, Steegers-Theunissen, Regine P.M., Lim, Ives Y., REIMANN, Brigitte, Caiazzo, Robert, Hian Tan, Kok, Chan, Jerry K.Y., Ronkainen, Justiina, Ziegler, Anette-G., NAWROT, Tim, Froguel, Philippe, Gluckman, Peter D., Raverdy, Violeta, Starling, Anne P., Howe, Caitlin G., Lahti, Jari, Mustaniemi, Sanna, Hivert, Marie-France, Seng Chong, Yap, Jaddoe, Vincent W.V., Perron, Patrice, Pattou, François, Annesi-Maesano, Isabella, Juvinao-Quintero, Diana L., Gaillard, Romy, Vääräsmäki, Marja, Plusquin, Michelle, Andrew, Toby, Kajantie, Eero, and Tzala, Evangelia

Xiaoqin Zou, Théo Mauri, Hang Shi, Shaowen Zhu, Justas Dapkūnas, Yuanfei Sun, Didier Barradas-Bautista, Raphael A. G. Chaleil, Ragul Gowthaman, Sohee Kwon, Xianjin Xu, Zuzana Jandova, Genki Terashi, Ryota Ashizawa, Petras J. Kundrotas, Shuang Zhang, Tunde Aderinwale, Jian Liu, Sandor Vajda, Paul A. Bates, Jianlin Cheng, Daisuke Kihara, Luis A. Rodríguez-Lumbreras, Carlos A. Del Carpio Muñoz, Liming Qiu, Guillaume Brysbaert, Jorge Roel-Touris, Česlovas Venclovas, Tereza Clarence, Rui Yin, Amar Singh, Patryk A. Wesołowski, Rafał Ślusarz, Adam Liwo, Guangbo Yang, Agnieszka S. Karczyńska, Yoshiki Harada, Sergei Kotelnikov, Yuya Hanazono, Charlotte W. van Noort, Marc F. Lensink, Jonghun Won, Adam K. Sieradzan, Israel Desta, Xufeng Lu, Charles Christoffer, Anna Antoniak, Taeyong Park, Sheng-You Huang, Tsukasa Nakamura, Brian G. Pierce, Usman Ghani, Yang Shen, Luigi Cavallo, Chaok Seok, Hao Li, Nurul Nadzirin, Ghazaleh Taherzadeh, Jacob Verburgt, Rodrigo V. Honorato, Artur Giełdoń, Jeffrey J. Gray, Dima Kozakov, Ming Liu, Shan Chang, Eiichiro Ichiishi, Manon Réau, Rui Duan, Francesco Ambrosetti, Johnathan D. Guest, Juan Fernández-Recio, Alexandre M. J. J. Bonvin, Ilya A. Vakser, Farhan Quadir, Yumeng Yan, Ren Kong, Sameer Velankar, Sergei Grudinin, Mateusz Kogut, Mikhail Ignatov, Yasuomi Kiyota, Hyeonuk Woo, Shoshana J. Wodak, Ameya Harmalkar, Shinpei Kobayashi, Panagiotis I. Koukos, Zhen Cao, Kliment Olechnovič, Cezary Czaplewski, Xiao Wang, Agnieszka G. Lipska, Kathryn A. Porter, Peicong Lin, Emilia A. Lubecka, Nasser Hashemi, Bin Liu, Mayuko Takeda-Shitaka, Karolina Zięba, Dzmitry Padhorny, Zhuyezi Sun, Daipayan Sarkar, Romina Oliva, Andrey Alekseenko, Siri Camee van Keulen, Mireia Rosell, Raj S. Roy, Brian Jiménez-García, Jinsol Yang, Martyna Maszota-Zieleniak, Cancer Research UK, Department of Energy and Climate Change (UK), European Commission, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (France), Medical Research Council (UK), Japan Society for the Promotion of Science, Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (España), Agencia Estatal de Investigación (España), National Institute of General Medical Sciences (US), National Institutes of Health (US), National Natural Science Foundation of China, National Science Foundation (US), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, Biomolecular Modelling Laboratory [London], The Francis Crick Institute [London], Jiangsu University of Technology [Changzhou], Department of Electrical Engineering and Computer Science [Columbia] (EECS), University of Missouri [Columbia] (Mizzou), University of Missouri System-University of Missouri System, Institute for Data Science and Informatics [Columbia], University of Gdańsk (UG), Faculty of Electronics, Telecommunications and Informatics [GUT Gdańsk] (ETI), Gdańsk University of Technology (GUT), Medical University of Gdańsk, Graduate School of Medical Sciences [Nagoya], Nagoya City University [Nagoya, Japan], International University of Health and Welfare Hospital (IUHW Hospital), Department of Chemical and Biomolecular Engineering [Baltimore], Johns Hopkins University (JHU), Bijvoet Center of Biomolecular Research [Utrecht], Utrecht University [Utrecht], Stony Brook University [SUNY] (SBU), State University of New York (SUNY), Innopolis University, Boston University [Boston] (BU), Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS), Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), Universidad de La Rioja (UR), Algorithms for Modeling and Simulation of Nanosystems (NANO-D), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Jean Kuntzmann (LJK), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Données, Apprentissage et Optimisation (DAO), Laboratoire Jean Kuntzmann (LJK), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Huazhong University of Science and Technology [Wuhan] (HUST), Indiana University - Purdue University Indianapolis (IUPUI), Indiana University System, Graduate School of Information Sciences [Sendaï], Tohoku University [Sendai], National Institutes for Quantum and Radiological Science and Technology (QST), University of Maryland [Baltimore], King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), University of Naples Federico II, Texas A&M University [Galveston], Seoul National University [Seoul] (SNU), Kitasato University, University of Kansas [Lawrence] (KU), Vilnius University [Vilnius], University of Missouri System, VIB-VUB Center for Structural Biology [Bruxelles], VIB [Belgium], Sub NMR Spectroscopy, Sub Overig UiLOTS, Sub Mathematics Education, NMR Spectroscopy, Université de Lille, CNRS, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF) - UMR 8576, European Bioinformatics Institute [Hinxton] [EMBL-EBI], Department of Electrical Engineering and Computer Science [Columbia] [EECS], Faculty of Chemistry [Univ Gdańsk], Faculty of Electronics, Telecommunications and Informatics [GUT Gdańsk] [ETI], International University of Health and Welfare Hospital [IUHW Hospital], Johns Hopkins University [JHU], Stony Brook University [SUNY] [SBU], Department of Biomedical Engineering [Boston], Instituto de Ciencias de la Vid y el Vino [ICVV], Huazhong University of Science and Technology [Wuhan] [HUST], Indiana University - Purdue University Indianapolis [IUPUI], National Institutes for Quantum and Radiological Science and Technology [QST], King Abdullah University of Science and Technology [KAUST], Università degli Studi di Napoli 'Parthenope' = University of Naples [PARTHENOPE], Seoul National University [Seoul] [SNU], University of Kansas [Lawrence] [KU], University of Missouri [Columbia] [Mizzou], Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Naples Federico II = Università degli studi di Napoli Federico II, European Project: 675728,H2020,H2020-EINFRA-2015-1,BioExcel(2015), European Project: 823830,H2020-EU.1.4.1.3. Development, deployment and operation of ICT-based e-infrastructures, H2020-EU.1.4. EXCELLENT SCIENCE - Research Infrastructures ,BioExcel-2(2019), European Project: 777536,H2020-EU.1.4.1.3. Development, deployment and operation of ICT-based e-infrastructures, and H2020-EU.1.4. EXCELLENT SCIENCE - Research Infrastructures,EOSC-hub(2018)

Sánchez-Valle, Jon, Tejero-Cicuéndez, Héctor, Fernández, José María, Juan, David, Urda-García, Beatriz, Capella-Gutiérrez, Salvador, Al-Shahrour, Fátima, Tabarés-Seisdedos, Rafael, Baudot, Anaïs, Pancaldi, Vera, Valencia, Alfonso, Ministerio de Economía y Competitividad (España), Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (España), Agencia Estatal de Investigación (España), Instituto de Salud Carlos III, European Commission, Aix-Marseille Université, Instituto Nacional de Bioinformática (España), Generalitat Valenciana, Barcelona Supercomputing Center, Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), Spanish National Cancer Research Center (CNIO), Spanish National Bioinformatics Institute [Madrid, Espagne], Institute of Evolutionary Biology [Barcelone, Espagne], Universitat de València (UV), Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Mathématiques de Marseille (I2M), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT), Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), This work was supported by a Ph.D. Fellowship (BES-2016-077403) and funded by the Spanish Ministry of Economics and Competitiveness (BFU2015-71241-R, RTI2018-096653-B-I00). The Coordination Node led by A.V. at the Barcelona Supercomputing Center (BSC) is a member of the Spanish National Bioinformatics Institute (INB), ISCIII-Bioinformatics platform and is supported by grant PT17/0009/0001 of the Acción Estratégica en Salud 2013-2016 of the Programa Estatal de Investigación Orientada a los Retos de la Sociedad, funded by the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) and European Regional Development Fund (ERDF). V.P. is supported by INSERM, the Fondation Toulouse Cancer Santé and Pierre Fabre Research Institute as part of the Chair of Bioinformatics in Oncology of the CRCT. A.B. has received funding from the Excellence Initiative of Aix-Marseille University—A*Midex, a French 'Investissements d’Avenir' program. D.J. was supported by Juan de la Cierva fellowship (FJCI-2016-29558) from the Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. H.T. and F.A.-S. were supported by the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), Spanish National Bioinformatics Institute (INB) Grant (PT17/0009/0011—ISCIII-SGEFI/ERDF) and Marie-Curie Career Integration Grant (CIG334361). J.M.F. and S.C.-G. were supported by the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), Spanish National Bioinformatics Institute (INB) Grant (PT17/0009/0001— ISCIII-SGEFI/ERDF). R.T.-S. was supported in part by grant number PROMETEOII/2015/021 from Generalitat Valenciana and the national grant PI17/00719 from ISCIIIFEDER., ANR-11-IDEX-0001,Amidex,INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE(2011), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Bodescot, Myriam, and INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE - - Amidex2011 - ANR-11-IDEX-0001 - IDEX - VALID

Sharon Chee, Siau Jia Wei, Jeremie Poschmann, Farid J. Ghadessy, Sarada Raghavan, Chandra S. Verma, Niranjan Nagarajan, Juntao Li, Le Bihan, Sylvie, p53 Laboratory Technology Development Group (A*STAR), Genome Institute of Singapore (GIS), Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie (U1064 Inserm - CRTI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Department of Computational and Systems Biology [Singapore], Bioinformatics Institute (A*STAR), National University of Singapore (NUS), Nanyang Technological University [Singapour], Agency for Science, Technology and Research (Singapore)., School of Biological Sciences, and Bioinformatics Institute, A*STAR

Bret A. Moore1, Brian C. Leonard2, Lionel Sebbag1, Sydney G. Edwards1, Ann Cooper1, Denise M. Imai3, 4, Luis Santos4, Christopher Reilly3, Stephen M. Griffey3, Lynette Bower5, David Clary5, 6, Michel J. Roux 7, 8, 9, Hamid Meziane7, Ewan Straiton Jeremy Mason Yann Herault Ann M. Flenniken12, Lauryl M.J. Nutter12, Zorana Berberovic12, Celeste Owen12, Susan Newbigging12, Hibret Adissu12, Mohammed Eskandarian12, Chih-Wei Hsu15, Sowmya Kalaga15, Uchechukwu Udensi15, Chinwe Asomugha15, Ritu Bohat16, Juan J. Gallegos16, John R. Seavitt16, Jason D. Heaney16, Arthur L. Beaudet16, Mary E. Dickinson15, Monica J. Justice12, Vivek Philip17, Vivek Kumar 17, Karen L. Svenson17, Robert E. Braun17, Sara Wells4, Heather Cater4, Michelle Stewart4, Sharon Clementson-Mobbs4, Russell Joynson4, Xiang Gao18, Tomohiro Suzuki19, Shigeharu Wakana 19, Damian Smedley20, J. K Seong21, Glauco Tocchini-Valentini22, Mark Moore23, Colin Fletcher24, Natasha Karp25, Ramiro Ramirez-Solis25, Jacqueline K. White17, Martin Hrabe de Angelis 26, Wolfgang Wurst26, Sara M. Thomasy2, Paul Flicek 6, Helen Parkinson6, Steve D.M. Brown4, Terrence F. Meehan6, Patsy M. Nishina17, Stephen A. Murray17, Mark P. Krebs17, Ann-Marie Mallon4, K.C.Kent Lloyd 5, Christopher J. Murphy2, Ala Moshiri27, Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine (BCM), Baylor University-Baylor University, Medical Research Council Harwell (Mammalian Genetics Unit and Mary Lyon Centre), Medical Research Counc, Department of Surgery, Second Hospital of HeBei Medical University, European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, Cell Biology and Neurobiology Institute, Consiglio Nazionale delle Ricerche [Roma] (CNR), The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], GSF research center, Institute of Experimental Genetis, Biochemistry, and European Bioinformatics Institute

Forslund, Kristoffer, Pereira, Cécile, Capella-Gutiérrez, Salvador, da Silva, Alan Sousa, Altenhoff, Adrian, Huerta-Cepas, Jaime, Muffato, Matthieu, Patricio, Mateus, Vandepoele, Klaas, Ebersberger, Ingo, Blake, Judith, Fernández Breis, Jesualdo Tomás, Boeckmann, Brigitte, Gabaldon, Toni, Sonnhammer, Erik, Dessimoz, Christophe, Lewis, Suzanna, Bello, Carla, Briois, Sébastien, Chalstrey, Edward, Chiba, Hirokazu, Conchillo-Solé, Oscar, Daubin, Vincent, DeLuca, Todd, Dufayard, Jean-François, Durand, Dannie, Fernández-Breis, Jesualdo Tomás, Glover, Natasha, Hauser, Alexander, Heller, Davide, Kaduk, Mateus, Koch, Jan, Koonin, Eugene, Kriventseva, Evgenia, Kuraku, Shigehiro, Lecompte, Odile, Lespinet, Olivier, Levy, Jeremy, Liebeskind, Benjamin, Linard, Benjamin, Marcet-Houben, Marc, Kauffmann, Martin, McWhite, Claire, Mekhedov, Sergei, Moretti, Sebastien, Müller, Steven, Nadia, El-Mabrouk, Notredame, Cedric, Penel, Simon, Pilizota, Ivana, Redestig, Henning, Robinson-Rechavi, Marc, Schreiber, Fabian, Sjölander, Kimmen, Škunca, Nives, Steinegger, Martin, Szklarczyk, Damian, Thomas, Paul, Thuer, Ernst, Train, Clément, Uchiyama, Ikuo, Wittwer, Lucas, Xenarios, Ioannis, Yates, Bethan, Zdobnov, Evgeny, Waterhouse, Robert, European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] (EMBL), University of Florida [Gainesville], Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique (LRI) (BioInfo - LRI), Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona], Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Centre for Genomic Regulation (CRG), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University [Belgium] (UGENT), Senckenberg Climate and Research, Applied Bioinformatics, University of Southern California (USC), Department of Computer Science, Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire du Contrôle de la Prolifération (LBCMCP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Harvard Medical School [Boston] (HMS), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Universidad de Murcia, National Center for Biotechnology Information (NCBI), University of Geneva Medical School, Genome Resource and Analysis Unit (GRAS), RIKEN Center for Developmental Biology, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Swiss Institute of Bioinformatics, Comparative Bioinformatics, Department of Ecology and Evolution, Université de Lausanne (UNIL), Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] (LBNL), Universität Zürich [Zürich] (UZH), Defence Science and Technology Laboratory (Dstl), Ministry of Defence (UK) (MOD), Swiss Institute of Bioinformatics [Genève] (SIB), Medical School, Université de Genève (UNIGE), University of Florida [Gainesville] (UF), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Center for Plant Systems Biology (PSB Center), Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique] (VIB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Department of Ecology and Evolution [Lausanne], Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] ( EMBL ), University of Florida [Gainesville] ( UF ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bioinformatique (LRI) ( BioInfo - LRI ), Laboratoire de Recherche en Informatique ( LRI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre for Genomic Regulation ( CRG ), European Bioinformatics Institute [Hinxton] ( EMBL-EBI ), European Molecular Biology Laboratory [Hinxton], Ghent University [Belgium] ( UGENT ), Center for Integrative Bioinformatics Vienna, Max F. Perutz Laboratories, University of Southern California ( USC ), Swiss Federal Institute of Technology in Zürich ( ETH Zürich ), LBCMCP, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Harvard Medical School [Boston] ( HMS ), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales ( UMR AGAP ), Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), National Center for Biotechnology Information ( NCBI ), Genome Resource and Analysis Unit ( GRAS ), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique ( MAB ), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier ( LIRMM ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lausanne ( UNIL ), University of California [Berkeley], Universität Zürich [Zürich] ( UZH ), Defence Science and Technology Laboratory ( Dstl ), Ministry of Defence (UK) ( MOD ), Swiss Institute of Bioinformatics [Genève] ( SIB ), Université de Genève ( UNIGE ), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Lodewyk F. A. Wessels, Jan O. Korbel, Jasmijn A. Baaijens, Francesca Chiaromonte, Gunnar W. Klau, Kai Ye, Alexander Schönhuth, Francesca D. Ciccarelli, Tobias Marschall, Robin Cijvat, Matthias Schlesner, Adam M. Novak, Eleazar Eskin, Ashley D. Sanders, Sven Rahmann, Carl Shneider, Wigard P. Kloosterman, Knut Reinert, Eric-Wubbo Lameijer, Sandra Smit, Benedict Paten, Mohammed El-Kebir, Valentina Boeva, Evan E. Eichler, Cornelia M. van Duijn, Can Alkan, Jeroen de Ridder, Benjamin Langmead, Dick de Ridder, Jiayin Wang, David Porubsky, Fabio Vandin, Erwin Datema, Ben Raphael, Paul Kersey, Nadia Pisanti, Corinna Ernst, Klaasjan G. Ouwens, Y. Zhang, Thomas Abeel, Erik Garrison, Veli Mäkinen, Paul I.W. de Bakker, Victor Guryev, Siavash Sheikhizadeh, Manja Marz, Marcel Martin, Ole Schulz-Trieglaff, Pieter B. Neerincx, Rayan Chikhi, Eric Rivals, John C. Mu, Raoul J. P. Bonnal, Bas E. Dutilh, Paul Medvedev, Louis Dijkstra, Pierre Peterlongo, Ali Ghaffaari, Daniel Valenzuela, Epidemiology, Gastroenterology & Hepatology, Erasmus MC other, Alkan, Can, Saarland University [Saarbrücken], Max Planck Institute for Informatics [Saarbrücken], Karlsruhe Institute of Technology (KIT), Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston], Delft Bioinformatics Lab [Delft], Delft University of Technology (TU Delft), Computational Science Lab [Amsterdam], University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Theoretical Biology & Bioinformatics [Utrecht], University Medical Center [Utrecht], Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, Section genetics [Utrecht], Center for Molecular medicine [Utrecht], University Medical Center [Utrecht]-University Medical Center [Utrecht], Helsinki Institute for Information Technology, Department of Computer Science [Helsinki], Falculty of Science [Helsinki], University of Helsinki-University of Helsinki, Howard Hughes Medical Institute [Santa Cruz] (HHMI), Center for Biomolecular Science & Engineering, European Research Institute for the Biology of Ageing [Groningen] (ERIBA), University Medical Center Groningen [Groningen] (UMCG), Institut de Biologie Computationnelle (IBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Computer Engineering (Bilkent-CS), Bilkent, Life Sciences [Amsterdam] (MAC4), Centrum Wiskunde & Informatica (CWI), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), PSL Research University (PSL), Centre de Bioinformatique (CBIO), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-PSL Research University (PSL), Cancer et génôme: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Integrative Biology Program [Milano], Istituto Nazionale Genetica Molecolare [Milano] (INGM), Department of Statistics [Pennsylvania], Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System-Penn State System, Bioinformatics and Sequence Analysis (BONSAI), Université de Lille, Sciences et Technologies-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189 (CRIStAL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Centrale de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Centrale de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Monet DB Solutions [Amsterdam], KeyGene [Wageningen], Department of Epidemiology [Rotterdam], Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Howard Hughes Medical Institute [Berkeley], University of California [Berkeley], University of California-University of California, Genome Informatics [Duisburg], Universität Duisburg-Essen [Essen], Departement of human genetics [Los Angeles], Computer Science Department [Los Angeles] (UCLA), University of California [Los Angeles] (UCLA), University of California-University of California-University of California [Los Angeles] (UCLA), The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Universiteit Leiden [Leiden], Department of Computer Science [Baltimore], Johns Hopkins University (JHU), Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Aix Marseille Université (AMU), University of Pennsylvania [Philadelphia], China Agricultural University (CAU), University of Groningen [Groningen], Department of Biological Psychology [Amsterdam], Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] (VU), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Dipartimento di Informatica [Pisa] (DI), University of Pisa - Università di Pisa, Faculty of Computer Science [Dortmund], Technische Universität Dortmund [Dortmund] (TU), Service de Pneumologie A [Paris], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Department of Mathematics and Computer Science (Freie Universität Berlin), Freie Universität Berlin, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Division of Theoretical Bioinformatics [Heidelberg], German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg] (DKFZ), Illumina Cambridge, Illumina, Terry Fox Laboratory, BC Cancer Agency (BCCRC)-British Columbia Cancer Agency Research Centre, Bioinformatics Group [Wageningen], Leiden Observatory [Leiden], Regeneron Pharmaceuticals [Tarrytown], Shaanxi University of Science and Technology, Netherlands Cancer Institute (NKI), Antoni van Leeuwenhoek Hospital, Universita degli Studi di Padova, The Netherlands Organization for Scientific Research (NWO) Vidi (639.072.309 to A.S., 864.14.004 to B.E.D.), CAPES/BRASIL (to B.E.D.), the Academy of Finland (284598 [CoECGR] to V.M. and D.V.), the Russian Scientific Foundation (14–11–00826 to L.D.), Institut de Biologie Computationnelle (ANR-11-BINF- 0002 to E.R.), and the French Colib’read project (ANR–12– BS02–0008 to E.R.). NSFC 31671372 (to K. Y.), the Dutch Graduate School for Experimental Plant Sciences (054EPS15 to S.S.), the EMGO Institute for Health and Care Research (EMGO+) to K.O., the National Human Genome Research Institute (1U54HG007990 [BD2K] to B.P. and A.M.N., 5U41HG007234 [GENCODE] to B.P.), the W. M. Keck Foundation (DT06172015 to B.P. and A.M.N.), the Simons Foundation (SFLIFE# 351901 to B.P. and A.M.N.), the ARCS Foundation (2014–15 ARCS fellowship to A.M.N.), Edward Schulak (Edward Schulak Fellowship in Genomics to A.M.N.), ANR-11-BINF-0002,IBC,Institut de Biologie Computationnelle de Montpellier(2011), ANR-12-BS02-0008,Colib'read,Méthodes d'extraction d'information biologique dans les données HTS non assemblées(2012), Karlsruhe Institute of Technology ( KIT ), Broad Institute of MIT and Harvard ( BROAD INSTITUTE ), Harvard Medical School [Boston] ( HMS ) -Massachusetts General Hospital [Boston] ( MGH ) -Massachusetts Institute of Technology ( MIT ), Delft University of Technology ( TU Delft ), University of Amsterdam [Amsterdam] ( UvA ), Universidade Federal do Rio de Janeiro ( UFRJ ), European Bioinformatics Institute [Hinxton] ( EMBL-EBI ), European Molecular Biology Laboratory [Hinxton], Department of Computer Science, Howard Hughes Medical Institute [Santa Cruz] ( HHMI ), European Research Institute for the Biology of Ageing [Groningen] ( ERIBA ), University Medical Center Groningen [Groningen] ( UMCG ), Institut de Biologie Computationnelle ( IBC ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique ( MAB ), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier ( LIRMM ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Department of Computer Engineering ( Bilkent-CS ), Life Sciences [Amsterdam] ( MAC4 ), Centrum Wiskunde & Informatica ( CWI ), Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), PSL Research University ( PSL ), Centre de Bioinformatique ( CBIO ), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-PSL Research University ( PSL ), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -INSTITUT CURIE, Istituto Nazionale Genetica Molecolare [Milano] ( INGM ), PennState University [Pennsylvania] ( PSU ), Bioinformatics and Sequence Analysis ( BONSAI ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189 ( CRIStAL ), Ecole Centrale de Lille-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut Mines-Télécom [Paris]-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Centrale de Lille-Institut Mines-Télécom [Paris]-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Erasmus University Medical Center [Rotterdam], Computer Science Department [Los Angeles] ( UCLA ), University of California at Los Angeles [Los Angeles] ( UCLA ) -University of California at Los Angeles [Los Angeles] ( UCLA ), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale ( ERABLE ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Johns Hopkins University ( JHU ), Centre de Physique des Particules de Marseille ( CPPM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Aix Marseille Université ( AMU ), China Agricultural University ( CAU ), Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] ( VU ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Dipartimento di Informatica [Pisa] ( DI ), University of Pisa [Pisa], Technische Universität Dortmund [Dortmund] ( TU ), Department of Mathematics and Computer Science ( Freie Universität Berlin ), Freie Universität Berlin [Berlin], Wageningen University and Research Centre [Wageningen] ( WUR ), K.U.Leuven, German Cancer Research Center [Heidelberg] ( DKFZ ), Helmholtz-Gemeinschaft-Helmholtz-Gemeinschaft, BC Cancer Agency ( BCCRC ) -British Columbia Cancer Agency Research Centre, Netherlands Cancer Institute ( NKI ), ANR-11-BINF-0002,IBC,Institut de Biologie Computationnelle de Montpellier ( 2011 ), ANR-12-BS02-0008,Colib'read,Méthodes d'extraction d'information biologique dans les données HTS non assemblées ( 2012 ), Helsinki Institute for Information Technology (HIIT), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Aalto University, Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, University of California [Santa Cruz] (UC Santa Cruz), University of California (UC), Bilkent University [Ankara], Université Paris sciences et lettres (PSL), Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Statistics [PennState], Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Washington [Seattle], Howard Hughes Medical Institute (HHMI), Universität Duisburg-Essen = University of Duisburg-Essen [Essen], University of California (UC)-University of California (UC)-University of California [Los Angeles] (UCLA), University of California (UC)-University of California (UC), Universiteit Leiden, Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Pennsylvania, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Department of Mathematics and Computer Science, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), ANR-11-BINF-0002,IBC,Institut de biologie Computationnelle(2011), Aalto University-University of Helsinki, University of California [Santa Cruz] (UCSC), University of California, Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Université de Lille-Centrale Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centrale Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Inria Lille - Nord Europe, Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), and Groningen Research Institute for Asthma and COPD (GRIAC)

Muñoz-Fuentes, Violeta, Cacheiro, Pilar, Meehan, Terrence, Aguilar-Pimentel, Juan Antonio, Brown, Steve, Flenniken, Ann, Flicek, Paul, Galli, Antonella, Mashhadi, Hamed Haseli, Hrabě De Angelis, Martin, Kim, Jong Kyoung, Lloyd, K C Kent, McKerlie, Colin, Morgan, Hugh, Murray, Stephen, Nutter, Lauryl, Reilly, Patrick, Seavitt, John, Seong, Je Kyung, Simon, Michelle, Wardle-Jones, Hannah, Mallon, Ann-Marie, Smedley, Damian, Parkinson, Helen, Queen Mary University of London (QMUL), German Research Center for Environmental Health - Helmholtz Center München (GmbH), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Institute for Experimental Genetics, GSF - National Research Center for Environment and Health, Medical Research Council Harwell (Mammalian Genetics Unit and Mary Lyon Centre), Medical Research Counc, and European Bioinformatics Institute

Eichiro Ichiishi, Dmitri Beglov, Bernard Maigret, Gyu Rie Lee, Artem B. Mamonov, Shoshana J. Wodak, Jonathan C. Fuller, Dima Kozakov, Jong Young Joung, Petr Popov, Xiaofeng Yu, Keehyoung Joo, João P. G. L. M. Rodrigues, Anna Vangone, Koen M. Visscher, Xiaoqin Zou, Paul A. Bates, Andriy Kryshtafovych, Shourya S. Roy Burman, Daisuke Kihara, Romina Oliva, Efrat Ben-Zeev, Jeffrey J. Gray, Yang Shen, Li C. Xue, Sameer Velankar, Emilie Neveu, Shruthi Viswanath, Dina Schneidman-Duhovny, Juan Esquivel-Rodríguez, Mieczyslaw Torchala, Amit Roy, Alexandre M. J. J. Bonvin, David R. Hall, Tanggis Bohnuud, Xusi Han, David W. Ritchie, Ron Elber, Daisuke Kuroda, Zhiwei Ma, Joan Segura, Carlos A. Del Carpio, Nicholas A. Marze, Jong Yun Kim, Andrej Sali, Petras J. Kundrotas, Ezgi Karaca, Neil J. Bruce, Chaok Seok, Panagiotis L. Kastritis, Shen You Huang, Ilya A. Vakser, Lim Heo, Sanbo Qin, Raphael A. G. Chaleil, Adrien S. J. Melquiond, Miguel Romero-Durana, Anisah W. Ghoorah, Surendra S. Negi, Andrey Tovchigrechko, Françoise Ochsenbein, Narcis Fernandez-Fuentes, Liming Qiu, Miriam Eisenstein, Mehdi Nellen, Marie-Dominique Devignes, Lenna X. Peterson, Jinchao Yu, Minkyung Baek, Brian G. Pierce, Hasup Lee, Toshiyuki Oda, Rebecca C. Wade, Raphael Guerois, Juan Fernández-Recio, Iain H. Moal, Edrisse Chermak, Sergei Grudinin, Sangwoo Park, Ivan Anishchenko, Chengfei Yan, Thom Vreven, Kentaro Tomii, Bing Xia, Hyung Rae Kim, Chiara Pallara, Jooyoung Lee, Kazunori D. Yamada, Xianjin Xu, Kenichiro Imai, Zhiping Weng, Luigi Cavallo, Tyler M. Borrman, Jianlin Cheng, Marc F. Lensink, Huan-Xiang Zhou, Jilong Li, Gydo C. P. van Zundert, Brian Jiménez-García, Tsukasa Nakamura, Scott E. Mottarella, Sandor Vajda, Institut de Recherche Interdisciplinaire [Villeneuve d'Ascq] ( IRI ), Université de Lille, Sciences et Technologies-Université de Lille, Droit et Santé-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Genome Center [UC Davis], University of California at Davis, Research Support Computing [Columbia], University of Missouri-Columbia, Bioinformatics Consortium and Department of Computer Science [Columbia], Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences, University of California [San Francisco] ( UCSF ), Department of Pharmaceutical Chemistry, Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences, Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California [San Francisco] ( UCSF ) -California Institute for Quantitative Biosciences, GN7 of the National Institute for Bioinformatics (INB) and Biocomputing Unit, Centro Nacional de Biotecnología (CSIC), Institute of Biological, Environmental and Rural Sciences ( IBERS ), Institute for Computational Engineering and Sciences [Austin] ( ICES ), University of Texas at Austin [Austin], Department of Computer Science, Department of Chemistry, Algorithms for Modeling and Simulation of Nanosystems ( NANO-D ), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Laboratoire Jean Kuntzmann ( LJK ), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 ( UPMF ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 ( UPMF ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Institut National Polytechnique de Grenoble ( INPG ), Moscow Institute of Physics and Technology [Moscow] ( MIPT ), Seoul National University [Seoul], Florida State University [Tallahassee] ( FSU ), Computational Algorithms for Protein Structures and Interactions ( CAPSID ), Inria Nancy - Grand Est, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Department of Complex Systems, Artificial Intelligence & Robotics ( LORIA - AIS ), Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications ( LORIA ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Université de Lorraine ( UL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Université de Lorraine ( UL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications ( LORIA ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Université de Lorraine ( UL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lorraine ( UL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), University of Mauritius, Biomolecular Modelling Laboratory, The Francis Crick Institute, Lincoln's Inn Fields Laboratory, G-INCPM, Weizmann Institute of Science, Chemical Research Support [Rehovot], Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics, The University of Texas Medical Branch ( UTMB ), Program in Bioinformatics and Integrative Biology [Worcester], University of Massachusetts Medical School [Worcester] ( UMASS ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Bijvoet Center for Biomolecular Research [Utrecht], Utrecht University [Utrecht], Dalton Cardiovascular Research Center [Columbia], Department of Computer Science [Columbia], Informatics Intitute, Department of Biochemistry, University of Missouri, UNIVERSITY OF MISSOURI, Toyota Technological Institute at Chicago [Chicago] ( TTIC ), Department of Biological Sciences, Purdue University, Purdue University [West Lafayette], Department of Computer Science [Purdue], Bioinformatics and Computational Biosciences Branch, Rocky Mountain Laboratories, Molecular and Cellular Modeling Group, Heidelberg Institute of Theoretical Studies, Center for Molecular Biology ( ZMBH ), Universität Heidelberg [Heidelberg], Interdisciplinary Center for Scientific Computing ( IWR ), Department of Molecular Biosciences [Lawrence], University of Kansas [Lawrence] ( KU ), Computational Biology Research Center ( CBRC ), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology ( AIST ), Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Joint BSC-CRG-IRB Research Program in Computational Biology, Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion ( BSC - CNS ), Center for In-Silico Protein Science, Korea Institute for Advanced Study ( KIAS ), Center for Advanced Computation, Department of Biomedical Engineering [Boston], Boston University [Boston] ( BU ), Institute of Biological Diversity, International Pacific Institute of Indiana, Drosophila Genetic Resource Center, Kyoto Institute of Technology, International University of Health and Welfare Hospital ( IUHW Hospital ), International University of Health and Welfare Hospital, Department of Chemical and Biomolecular Engineering [Baltimore], Johns Hopkins University ( JHU ), Program in Molecular Biophysics [Baltimore], King Abdullah University of Science and Technology ( KAUST ), University of Naples, J Craig Venter Institute, Structural Biology Research Center, VIB, 1050 Brussels, Belgium, Institut de Recherche Interdisciplinaire [Villeneuve d'Ascq] (IRI), Université de Lille, Sciences et Technologies-Université de Lille, Droit et Santé-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, University of California [Davis] (UC Davis), University of California (UC)-University of California (UC), University of Missouri [Columbia] (Mizzou), University of Missouri System, University of California [San Francisco] (UC San Francisco), Centro Nacional de Biotecnología [Madrid] (CNB-CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC)-Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Institute of Biological, Environmental and Rural Sciences (IBERS), Institute for Computational Engineering and Sciences [Austin] (ICES), Algorithms for Modeling and Simulation of Nanosystems (NANO-D), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Laboratoire Jean Kuntzmann (LJK ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Moscow Institute of Physics and Technology [Moscow] (MIPT), Seoul National University [Seoul] (SNU), Florida State University [Tallahassee] (FSU), Computational Algorithms for Protein Structures and Interactions (CAPSID), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Department of Complex Systems, Artificial Intelligence & Robotics (LORIA - AIS), Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biomolecular Modelling Laboratory [London], The Francis Crick Institute [London], Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël], The University of Texas Medical Branch (UTMB), University of Massachusetts Medical School [Worcester] (UMASS), University of Massachusetts System (UMASS)-University of Massachusetts System (UMASS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assemblage moléculaire et intégrité du génome (AMIG), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Missouri System-University of Missouri System, Toyota Technological Institute at Chicago [Chicago] (TTIC), Department of Biological Sciences [Lafayette IN], Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS ), Center for Molecular Biology (ZMBH), Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University, Interdisciplinary Center for Scientific Computing (IWR), University of Kansas [Lawrence] (KU), Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), The University of Tokyo (UTokyo), Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Boston University [Boston] (BU), International University of Health and Welfare Hospital (IUHW Hospital), Johns Hopkins University (JHU), King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), University of Naples Federico II = Università degli studi di Napoli Federico II, J. Craig Venter Institute, VIB-VUB Center for Structural Biology [Bruxelles], VIB [Belgium], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Droit et Santé-Université de Lille, Sciences et Technologies, University of California-University of California, University of California [San Francisco] (UCSF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL), University of Naples Federico II, Barcelona Supercomputing Center, NMR Spectroscopy, and Sub NMR Spectroscopy

Sergio Verjovski-Almeida, James E. Galagan, Ryan C. Kennedy, Zhiyong Xi, Jason R. Miller, Eric Eisenstadt, Kyanne R. Reidenbach, Robert V. Bruggner, Yu-Hui Rogers, Hadi Quesneville, Doreen Werner, Owen White, Alexander S. Raikhel, Mario Stanke, J. Spencer Johnston, Diane D. Lovin, Evgenia V. Kriventseva, Ian T. Paulsen, Kathryn S. Campbell, Norman H. Lee, Ewan Birney, Karyn Megy, Hean Koo, David Kulp, Shelby L. Bidwell, Jingsong Zhu, Philip Montgomery, Paolo Amedeo, Yongmei Zhao, Chinnappa D. Kodira, Javier Costas, Michael C. Schatz, Steven P. Sinkins, Claire M. Fraser-Liggett, Martin Shumway, Kurt LaButti, Akio Mori, Brendan J. Loftus, Manfred Grabherr, Eric O. Stinson, Frank H. Collins, Zhijian Jake Tu, Monique R. Coy, Matt Crawford, Janice P. Vanzee, William M. Gelbart, Joshua Orvis, Peter Arensburger, Chunhong Mao, Evgeny M. Zdobnov, Saul A. Kravitz, Suely Lopes Gomes, David DeCaprio, David G. Hogenkamp, Daniel Lawson, Dennis L. Knudson, David W. Severson, George Dimopoulos, Marcelo B. Soares, Sinéad B. O'Leary, Peter W. Atkinson, David M. Jaffe, Becky deBruyn, Martin Hammond, Ana L. T. O. Nascimento, Jim Biedler, Stefan Wyder, Jose M. C. Tubio, Bruce W. Birren, Catherine A. Hill, Chad Nusbaum, Eduardo Lee, Song Li, Susan E. Brown, Jennifer R. Wortman, James R. Hogan, Hamza El-Dorry, Qi Zhao, Linda Hannick, Carlos Frederico Martins Menck, Vishvanath Nene, Jonathan Crabtree, Steven L. Salzberg, Michael H. Holmes, Maria de Fatima Bonaldo, Quinghu Ren, Mihaela Pertea, Charles Roth, Evan Mauceli, Karin Eiglmeier, Horacio Naveira, Brian J. Haas, Qiandong Zeng, Neil F. Lobo, Jennifer R. Schneider, The Institute for Genomic Research, The Institute for Genomic Research, Rockville, European Bioinformatics Institute [Hinxton] ( EMBL-EBI ), European Molecular Biology Laboratory [Hinxton], Broad Institute of MIT and Harvard ( BROAD INSTITUTE ), Broad Institute of MIT and Harvard, Virginia Polytechnic Institute and State University [Blacksburg], University College Dublin [Dublin] ( UCD ), Bloomberg School of Public Health, Johns Hopkins University ( JHU ) -Bloomberg School of Public Health, University of Geneva Medical School, Swiss Institute of Bioinformatics-University of Geneva Medical School, University of Notre Dame ( UND ), Harvard University [Cambridge], College of Agricultural Sciences Colorado State University, Colorado State University [Fort Collins] ( CSU ) -College of Agricultural Sciences, Northwestern University [Evanston], University of California [Riverside] ( UCR ), Department of Atmospheric, Oceanic and Planetary Physics [Oxford] ( AOPP ), University of Oxford [Oxford], Purdue University [West Lafayette], Centro Nacional de Genotipado Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica Hospital Clínico Universitario de Santiago, Centro Nacional de Genotipado-Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica-Hospital Clínico Universitario de Santiago, Institut Pasteur [Paris], Universidade de Sao Paulo Instituto de Quimica, Universidade de São Paulo ( USP ) -Instituto de Quimica, Texas A&M University [College Station], Joint Technology Center, University of Massachusetts [Amherst] ( UMass Amherst ), Universidade de Sao Paulo, Institute of Biomedical Sciences, Universidade de São Paulo ( USP ) -Institute of Biomedical Sciences, Instituto Butantan [São Paulo], Universidade da Coruña, University of Maryland [College Park], Institut Jacques Monod ( IJM ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), University of California [Santa Cruz] ( UCSC ), Complexo Hospitalario Universitario de Santiago, Universität Göttingen, Georg-August-Universität Göttingen, George Washington University Medical Center, George Washington University ( GW ), The Institute for Genomic Research (TIGR), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston], University College Dublin [Dublin] (UCD), Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health [Baltimore], Johns Hopkins University (JHU), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne (UNIL)-University of Geneva Medical School, University of Notre Dame [Indiana] (UND), Colorado State University [Fort Collins] (CSU)-College of Agricultural Sciences, University of California [Riverside] (UCR), University of California, Department of Atmospheric, Oceanic and Planetary Physics [Oxford] (AOPP), Universidade de São Paulo (USP)-Instituto de Quimica, University of Massachusetts [Amherst] (UMass Amherst), University of Massachusetts System (UMASS), Universidade de São Paulo (USP)-Institute of Biomedical Sciences (ICB/USP), Universidade de São Paulo (USP), University of Maryland System, Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California [Santa Cruz] (UCSC), Georg-August-University [Göttingen], The George Washington University (GW), George Washington University (GW), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL)-University of Geneva Medical School, Harvard University, University of California [Riverside] (UC Riverside), University of California (UC), University of Oxford, Institut Pasteur [Paris] (IP), Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP)-Instituto de Quimica, Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP)-Institute of Biomedical Sciences (ICB/USP), Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP), University of California [Santa Cruz] (UC Santa Cruz), Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen, Zdobnov, Evgeny, and Wyder, Stefan

Tuggle, Christopher, Giuffra, Elisabetta, White, Stephen, Clarke, Laura, Zhou, Huaijun, Ross, Pablo, Finno, Carrie, Acloque, H., Reecy, James, Archibald, Alan, Bellone ¶ ¶, Rebecca, Boichard, Michèle, Chamberlain, Amanda, Cheng, Hans, Crooijmans, Richard, Delany, Mary, Finno, Carrie J., Groenen, Martien, Hayes, Ben, Lunney, Joan, Petersen, Jessica, Plastow, Graham, Schmidt, Carl, Song, Jiuzhou, Watson, Mick, Iowa State University (ISU), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, USDA-ARS : Agricultural Research Service, Center for Reproductive Biology, Washington State University (WSU), Department of Veterinary Microbiology and Pathology, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Department of Animal Science, University of California, Department of Population Health and Reproduction, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, The Roslin Institute and Royal (Dick) School of Veterinary Studies, University of Edinburgh, Department of Population Health and Reproduction, School of Veterinary Medicine, Department of Economic Development, Jobs, Transport and Resources (DEDJTR), Avian Disease and Oncology Laboratory, 4279 E Mount Hope Road, Animal Breeding and Genomics Centre, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Centre for Nutrition and Food Sciences - Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation, University of Southern Queensland (USQ), Animal Parasitic Diseases Laboratory [Beltsville, USA], United States Department of Agriculture (USDA)-USDA Agricultural Research Service [Beltsville, Maryland], USDA-ARS : Agricultural Research Service-USDA-ARS : Agricultural Research Service, Department of Agricultural, Food & Nutritional Science, University of Alberta, Department of Animal & Food Sciences, University of Delaware [Newark], Department of Animal and Avian Sciences, University of Maryland [College Park], University of Maryland System-University of Maryland System, National Science Foundation (NSF) NSF-IOS-1548275, United States Department of Agriculture (USDA) USDA-NIFA-AFRI, 2015-68004-24104, Illumina, Inc, Iowa State University, USDA-NRSP-8 Bioinformatics, United States Department of Agriculture (USDA) 2016-67015-24579, Genome Canada, Affymetrix, Inc, Geneseek, Inc, Biotechnology and Biological Sciences Research Council including Institute Strategic Programme and National Capability Grants (BBSRC) BBS/E/D/20310000 BB/J004243/1, INRA through the SelGen metaprogramme (Fr-AgENCODE project), Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) : BBS/E/D/20211551, BBS/E/D/20211550, BBS/E/D/20310000, BB/M01844X/1., United States Department of Agriculture (USDA), European Molecular Biology Laboratory European Bioinformatics Institute, University of California [Davis] (UC Davis), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Roslin Institute, Wageningen University and Research Centre (WUR), University of Queensland [Brisbane], Dept Anim & Food Sci, and University of Maryland System