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L'objectif général de ce guide est de fournir un manuel d'utilisation et d'interprétation des écailles pour l'estimation de l'âge chez les aloses de l'Atlantique-Est et de Méditerranée-Ouest (Grande Alose, Alose feinte atlantique et méditerranéenne). Après un présentation rapide des espèces, populations et fleuves analysés, les écailles d'aloses et les méthodes de récolte, de préparation et de montage les concernant sont décrites en détail. Des définitions et un système de notation de l'âge standards sont donnés. La grande majorité des difficultés rencontrées pour l'interprétation des écailles sont analysées en proposant des solutions et en donnant certaines recommandations. L'ensemble de ce guide est largement illustré à l'aide d'exemples d'écailles typiques et atypiques choisis chez tous les taxons des différentes populations étudiées. The general objective of this guide is to provide a practical manual for interpreting scales and the estimation of age of Alosa from the East Atlantic and West-Mediterranean (Allis shad, Atlantic and Mediterranean shad). Following a brief presentation of the species, populations and rivers studied, the scales, sampling methods and their preparation for reading are described in detail. Definitions and a standard system of notating age are given. The majority of the difficulties encountered in the interpretation of scales are analysed, solutions proposed and some recommendations given. The whole guide is largely illustrative using examples of typical and atypical scales from the various taxons of the different populations studied.

Le Maroc abritait dans ses plus grands fleuves les populations d’aloses (A. alosa et A. fallax) les plus méridionales de l’aire de distribution, mais diverses pollutions et les constructions de barrages ont considérablement réduit leur effectif dont la production atteignait 700 t dans les années 70. Seul l’oued Sebou et son affluent l’Ouerrha, offraient encore récemment jusqu’en 1991, des lieux de frai accessibles. Entre 1978 et 1988, 1 223 aloses ont été étudiées. Elles ont montré des caractéristiques morphologiques (biométriques et méristiques) et écobiologiques particulières, beaucoup plus nettes chez la grande alose, qui ont été comparées à celles de populations septentrionales. Il est apparu que la valeur modale du nombre de branchiospines des aloses vraies (110) est la plus faible de l’aire de distribution. Cette particularité peut résulter de plusieurs facteurs modulateurs (température, taille des proies consommées, compétition interspécifique en mer). Egalement, la plus faible valeur des moyennes de caractères méristiques (rayons de nageoires, scutelles) peut exprimer la conservation de caractères archaïques qui ont été récemment soulignés par une étude génétique des aloses feintes. Les grandes aloses femelles ont un âge moyen de 5,8 ans contre 5 ans chez les mâles ; la particularité des écailles est la présence de marques hivernales cicatricielles et d’une marque de crue, souvent plus visible chez les juvéniles. Les performances de croissance remarquable en longueur et en poids des aloses vraies sont probablement liées à la richesse trophique des eaux côtières qu’elles colonisent (présence d’un upwelling). Enfin, le flux migratoire au Maroc est beaucoup plus étalé dans le temps (6 mois contre 4) et décalé vers l’automne-hiver. La grande alose qui était un patrimoine d’intérêt également socio-culturel et scientifique a malheureusement disparu depuis 1992 des eaux marocaines.

Les deux espèces d’aloses atlantiques (Alosa alosa et A. fallax) colonisent la Charente mais leurs populations n’ont jamais été décrites à la différence de celles des grands fleuves français voisins. Les propriétés physiques du bassin sont présentées en terme de qualité de l’eau, d’habitats et d’obstacles à la migration. Les grandes aloses colonisent la Charente jusqu’en amont d’Angoulême (171 km) lorsque les conditions hydrauliques des mois d’avril et mai effacent les 21 barrages situés en aval. Des frayères actives ont été localisées sur cette portion du fleuve. Les aloses feintes sont bloquées plus en aval par le barrage de Crouin (102 km, aval de Cognac) et une seule frayère active a été repérée. L’abondance de ces deux stocks d’alose ne peut pas être estimée car les seules données disponibles, faute de dispositifs de contrôle des migrations, proviennent des captures faites par pêche professionnelle et à la ligne. La caractérisation morphologique et génétique des deux espèces a été faite à partir de comptages méristiques, de mesures morphométriques et de prélèvements (écaille, tissus et sang) réalisés en 1997 et 1998. Le nombre total moyen de branchiospines du premier arc branchial gauche chez les grandes aloses est de 125 contre 42 chez les feintes. Quelle que soit l’espèce et à âge égal, les femelles ont une taille moyenne supérieure à celle des mâles. Les femelles de grande alose sont âgées en moyenne de 5 ans et les mâles de 4 ans, aucun des poissons échantillonnés ne présentant de marques de reproduction antérieure. Les femelles et les mâles d’alose feinte sont âgés en moyenne de 3 ans, 12,5 % des femelles se sont déjà reproduites une fois et 3,5 % deux fois. Chez les mâles, 40 % se sont déjà reproduits une fois. La plage temporelle de reproduction a été déterminée par suivi de terrain et enquête. Celle des grandes aloses se situe entre la première quinzaine de mai et la première quinzaine de juin. Celle des aloses feintes au cours de la seconde quinzaine de mai et la première quinzaine de juin. La comparaison de leurs caractéristiques à celle des populations déjà étudiées montre qu’elles restent assez proches des stocks ligériens. La caractérisation génétique des deux stocks a été effectuée par électrophorèse des protéines (8 locus). Celle des grandes aloses de la Charente présente des distributions de fréquences alléliques relativement proches de celles des populations caractérisées antérieurement mais se distingue par des taux d’hétérozygotie plus faible et par un plus grand nombre de locus hétérozygotes. Globalement, les aloses feintes de la Charente apparaissent beaucoup moins polymorphes que celles de l’ensemble des populations atlantiques étudiées. La comparaison globale des populations françaises, portugaises et marocaines par l’analyse des distances génétiques confirme le caractère très peu polymorphe des populations de grande alose par rapport à celles d’alose feinte.

La truite (Salmo trutta) présente deux formes écologiques « rivière » et « mer » qui cohabitent sur de nombreux fleuves du littoral Manche-Atlantique. Ces deux formes sont considérées comme formant un seul stock en raison de la production d'une forme à partir de l'autre et de leurs possibilités de croisement lorsqu'elles sont en sympatrie sur les zones de reproduction. L'étude réalisée montre l'existence de critères morphologiques fiables permettant une identification de ces deux formes au cours de leur cycle biologique. Chez le juvénile, la distinction est impossible au stade résident, mais est possible au stade migrant à partir du taux d'argenture qui est élevé pour la forme marine (groupe des smolts). Chez l'adulte, la distinction est rendue facile par l'analyse des critères de taille et de couleur mais doit être vérifiée par une étude scalimétrique. L identification de ces deux formes permet alors de mesurer leur niveau d'abondance et d'analyser leur évolution sur le long terme sur un même bassin.

Depuis 1991, des marquages individuels ont été effectués sur des chevaines (Leuciscus cephalus) de la rivière Boutonne, affluent de la Charente, afin d'améliorer les connaissances écobiologiques de l'espèce qui restent très fragmentaires pour les populations atlantiques françaises. 718 individus, de taille supérieure à 120 mm, ont été capturés par pêche électrique sur un secteur de 2,7 km, lors de la période de reproduction (mi-juin), et marqués essentiellement par marque nouille (5 années) mais également par implant visible (une année) durant cinq ans. Au total, 162 poissons ont été recapturés et certains individus plusieurs fois au cours de la période d'étude. L'analyse des résultats fait ressortir que : - Seuls deux poissons marqués par implant visible ont été recapturés (0,9 %) ; le taux moyen de recapture des individus marqués par marque nouille a été de 22,3 % mais a varié selon l'année et l'état de maturité du poisson (de 6,6 à 37,7 %) ; il apparaît plus faible pour les immatures (6,4 %) que pour les géniteurs (25,2 %) et reste identique chez les deux sexes. - La méthode de capture-recapture a permis de valider l'estimation de l'âge et de la croissance par scalimétrie : définition de la marque hivernale ; existence d'une chronologie de l'apparition de l'anneau hivernal et donc de la reprise de croissance ; validation de la régression reliant la longueur du poisson à celle de son écaille pour la population étudiée. - Les déplacements à l'intérieur du secteur étudié sont faibles et les femelles montrent une grande fidélité à leur site de reproduction. - Le marquage par marque nouille entraîne un déficit de croissance, principalement chez les poissons de plus de cinq ans ; ce déficit semble se réduire dès la deuxième année suivant le marquage. La discussion des résultats montre qu'en dépit de certains facteurs limitants, l'utilisation de cette technique de marquage individuel apparaît contribuer d'une manière significative à la connaissance de l'écobiologie du chevaine, allant jusqu'à montrer la possible existence de deux sous-populations sur le secteur étudié.

Les caractéristiques morphologiques et biologiques de la population actuelle d'Alose feinte du Rhône (Alosa fallax rhodanensis) sont présentées. Elles sont analysées à partir d'un lot de 1479 adultes capturés (pêche au filet) lors de leur migration anadrome au cours de trois années. Les critères morphologiques utilisés (notamment le nombre de branchiospines) et leur faible variabilité individuelle ne font apparaître qu'un seul taxon, identifié comme étant celui d'Alosa fallax rhodanensis. La longueur moyenne (Lf) est de 433 mm pour un poids moyen de 1115 g; avec un spectre d'âge s'étalant de 3 à 8 ans. Le rapport des sexes est en moyenne en faveur des femelles (mâles/femelles = 0,61). Celles-ci ont un âge moyen de remontée (AMR) plus élevé (5,24 ans) que celui des mâles (4,21 ans). A âge égal, les femelles montrent une plus forte croissance linéaire et pondérale que les mâles. L'âge moyen de première reproduction (AMPR) est plus faible que l'AMR et montre un phénomène d'itéroparité important ; il est plus élevé chez les femelles (4,00 ans) que chez les mâles (3,35 ans). Le nombre de reproductions antérieures varie de 1 à 5 et le pourcentage de poissons s'étant déjà reproduits au moins une fois est en moyenne de 48,6 %, mais est plus élevé chez les femelles. Il existe des différences inter-annuelles significatives pour la plupart des paramètres biologiques. Les résultats obtenus sont discutés et comparés à ceux de DOUCHEMENT (1981) en prenant en compte la part occupée par les méthodes d'échantillonnage dans la variabilité. D'une part, ils confirment certaines caractéristiques biologiques du genre Alosa et du taxon étudié et, d'autre part, ils suggèrent un possible changement de la stratégie démographique de l'Alose du Rhône en 20 ans.

Une biopsie de fragment de tissu branchial a été effectuée, durant toute la période de smoltification, sur des juvéniles de saumons Atlantique (Salmo salar) élevés en pisciculture. Le microdosage de l'activité de la Na+/K+ ATPase branchiale, effectué sur ce fragment de tissu, a été comparé au macrodosage obtenu à partir des branchies entières. Aucune mortalité n'a été observée chez les saumons biopsies dont le taux de croissance (linéaire et pondérale) est resté identique à celui des poissons témoins. La bonne correspondance des cinétiques de l'activité enzymatique obtenues par les deux méthodes valide la technique de microdosage et confirme l'absence d'influence sur le développement physiologique ultérieur du smolt biopsie. Nos résultats montrent les modifications envisageables pour améliorer la sensibilité de la méthode. Cette technique est très prometteuse pour l'analyse des populations naturelles

La sélection de l'habitat analysée à partir d'un ensemble de données récoltées sur des cours d'eau hétérogènes du point de vue spatio-temporel doit être interprétée en fonction du site et de l'échelle d'étude. La microniche spatiale fondamentale du juvénile de saumon Atlantique et de truite commune est caractérisée en été par une forte préférence pour une faible valeur de la vitesse de courant focale en raison d'une stratégie de gain énergétique basée essentiellement sur une prise alimentaire de la faune dérivante qui permet de maximiser les comportements de prise de position et d'attente du poisson. Cette microniche est également dépendante de la taille : chez le saumon, les plus gros parrs sont tolérants ; par contre chez la truite, une préférence accrue pour les habitats profonds est observée lorsqu'elles grossissent. La niche effective de la truite est relativement plus structurée par des valeurs élevées de la profondeur d'eau et des valeurs faibles de vitesse de courant lorsqu'elle est comparée à celle du saumon caractérisée par de faibles hauteurs d'eau et par des vitesses de courant élevées. Ces différences proviennent d'une plus grande tolérance du saumon pour les fortes vitesses de courant, combinée à un déplacement de la niche de cette espèce par suite d'une compétition avec la truite qui est plus agressive. Cette compétition interactive et interspécifique aboutit à une réduction de la niche spatiale effective chez le Saumon lorsque les paramètres vitesse de courant et profondeur d'eau sont pris en compte simultanément, et pas chez la truite.

La variabilité à long terme de 18 peuplements de poissons a été étudiée dans des rivières françaises et ouest africaines. Les principaux résultats sont les suivants : (1) Le coefficient de variation (CV) de la richesse spécifique, le CV de l'abondance totale et le CV moyen des espèces constitutives du peuplement augmentent avec la durée de l'étude. (2) Selon la classification proposée par GROSSMAN et al. (1990) basée sur le CV moyen de l'abondance des espèces, tous les peuplements étudiés rentrent dans la catégorie des peuplements à fortes fluctuations interannuelles. Cependant certaines populations (les salmonidés en Bretagne par exemple) présentent une faible variabilité de leur densité. (3) Dans le Rhône, les peuplements dont les populations manifestent une grande variabilité interannuelle sont ceux présentant le plus grand taux de renouvellement en espèces. Ce résultat est en accord avec l'hypothèse de HORWITZ (1978, "extermination hypothesis").

Les critères utilisés pour déterminer la position des hivers marins sur les écailles de Saumon atlantique (Salmo salar) sont réexaminés pour les stocks français et espagnols : 658 écailles de saumon pris sur 2 4 rivières françaises (saison de pêche 1988) et six rivières espagnoles (saisons de pêche 1984 à 1989) ont été analysées. La première bande hivernale se situe bien à une longueur rétromesurée par régression linéaire simple entre 40 et 60 cm puisque seulement 2,3 % des poissons avaient une taille en dehors de ces limites. Aucune différence n'apparaît entre les stocks français et espagnols. 24,3 % des saumons français et 48 % des poissons espagnols de deux ans de mer et plus avaient une deuxième bande hivernale marine située à une longueur rétromesurée égale ou supérieure à 1,55 fois celle du premier hiver. 45,2 % des saumons français et 70,8 % des poissons espagnols de 3 ans de mer avaient leur troisième bande hivernale marine située à une longueur rétromesurée égale ou supérieure à 1,2 fois celle du second hiver. Dans les deux derniers cas, les différences entre les deux stocks sont significatives. Les résultats sont discutés et il est proposé d'adopter des valeurs de 1,4 et de 1,17 pour déterminer respectivement la position du deuxième et du troisième hiver marin car le pourcentage de poissons bien classés augmente fortement dans les stocks français et espagnols.

Une méthode de détermination externe du sexe basée sur le dimorphisme sexuel de la longueur relative de la mâchoire supérieure est appliquée chez le Saumon Atlantique (Salmo salar L.). 78 adultes capturés en juin et juillet 1990 dans trois rivières des Asturies (Nord de l'Espagne) sont étudiés. L'Analyse Linéaire Discriminante sur un échantillon de 63 poissons donne un pourcentage d'erreurs de moins de 10 %. Les résultats sont comparés à ceux obtenus sur d'autres cours d'eaux d e l'aire de répartition du Saumon atlantique et sont discutés en fonction de la composition de l'échantillon.

Les relations entre la population de truites (Salmo trutta), les peuplements macrophytiques et les caractéristiques abiotiques de l'habitat, ont été étudiées sur un ruisseau découpé en tronçons consécutifs. Les facteurs du milieu ont été analysés en été et en hiver; les phytocénoses ont été recensées en été; les populations de truites ont été échantillonnées en automne. Le traitement des données a été réalisé par une Analyse Factorielle Multiple. La densité et la taille des truites selon l'âge et le sexe sont corrélées avec des paramètres mésologiques et avec l'abondance de certaines espèces végétales. Le premier facteur, commun aux trois compartiments, correspond au gradient "amont-aval" de l'écosystème. Le second est plus nettement marqué par les variables mésologiques et végétales. Une ségrégation spatiale des classes d'âge, voire des sexes, s'effectue principalement en fonction de la granulométrie. Les individus les plus jeunes (0+) et les plus vieux (2 ans et plus) semblent avoir une plus grande stabilité spatiale contrairement aux individus 1+, ce qui s'exprime par une corrélation plus grande entre effectif et croissance. Les résultats sur l'écologie des macrophytes aquatiques et sur les relations entre l'abondance de certaines plantes ripicoles et les paramètres mésologiques permettent d'utiliser les végétaux comme des descripteurs synthétiques de l'habitat de la truite dans les conditions d'étude de ce milieu.

La croissance de la truite commune (Salmo trutta L.) a été étudiée à partir du suivi de cinq cohortes âgées de 0 - à 2 - ans dans quatre milieux différents (Scorff aval et amont, affluent, sous-affluent). D'une manière générale, la taille destruites quelque soit leur âge diminue de l'aval vers l'amont du Scorff et de la rivière à l'affluent et au sous-affluent. Le taux mensuel de croissance G = 2,85 (LnL2 — LnL1)/(T2 — T1) diminue de la première à la troisième année de vie quelque soit l'ordre de drainage. Ce taux de croissance varie suivant le milieu pour les deux premières classes d'âge (0 + et 1 +), cet effet milieu étant relié à la densité de population pour les individus 0 +. Le taux de croissance varie également suivant les années mais uniquement chez les plus jeunes truites et cet effet année est relié principalement à la température de l'eau. Un modèle de Von Bertalanffy est proposé pour décrire la relation entre la taille (Lf) et la somme des températures moyennes journalières depuis la date moyenne d'émergence (Tmj)pendant la première année : Lf = 106,7 (1 — exp [ — 0,0005 (Tmj + 468)]). Les résultats sont discutés et permettent de dégager les faits majeurs intervenant sur la croissance de la truite tout au long d'un cycle jusqu'à la maturation sexuelle. Mots-clés : Température - Croissance - Truite commune - Rivière - France.

Une frayère de grande Alose (Alosa alosa L.) a été décrite dans le cours supérieur de la Loire et le comportement de reproduction des adultes a été observé durant toute la période de frai en 1988. Le site était caractérisé par la présence d'un épi et par l'abondance de matériaux fins dans le substrat (sables et graviers). La reproduction était essentiellement nocturne avec un pic d'intensité très net au milieu de la nuit. L'activité de frai a été reliée négativement à la valeur journalière du débit d'eau et ne semble pas être influencée par la température de l'eau. Le nombre de géniteurs a été estimé à environ 34.200 individus. Les résultats montrent que : (1 ) cette frayère devait être un site de reproduction forcée et non typique de la grande Alose, et (2) apparaissait comme une des plus importantes observées sur les grands fleuves français.

La teneur en strontium des écailles de truites, d'origines anadrome et dulcicole, capturées dans des rivières de Basse-Normandie, dépend du réseau hydrographique, du temps de séjour en mer et de la date de capture. L'influence de ce dernier facteur est probablement liée à la maturation sexuelle.

La détermination de l'âge et de la croissance à partir des écailles et des otolithes (entiers et coupés) est comparée sur un échantillon détruite de mer (essentiellement 0+ de mer). Le pourcentage d'agrément entre les méthodes varie entre 93,5 % et 98,9 %, cette valeur maximale étant obtenue entre les écailles et les otolithes entiers. Les longueurs rétromesurées à partir des otolithes sont significativement supérieures (p < 0,01) à celles estimées par scalimétrie. Différents phénomènes inscrits sur les écailles n'apparaissent pas sur les otolithes. Les résultats sont discutés ; les avantages et les inconvénients des différentes méthodes sont comparés. Il en ressort qu'une utilisation de l'otolithe, aussi rentable que celle de l'écaillé chez la truite de mer, passe par une observation plus fine de la structure.

Deux méthodes d'estimation de la production en smolts de saumon atlantique (Salmo salar L.) sont comparées sur la rivière Oir, affluent de la Sélune (Basse-Normandie). La première estime le nombre de smolts par l'analyse des caractéristiques de l'habitat et du phénomène de bimodalité de taille observée dans la population 0 + en automne. La seconde méthode évalue la production en smolts à partir des captures par piégeage. L'étude montre que les estimations réalisées par les deux méthodes sont proches avec cependant des différences plus ou moins importantes selon l'année et la classe d'âge. Elle montre également que les smolts proviennent essentiellement de la population automnale de 0 + à forte croissance. Enfin, les valeurs de taux de survie hivernale utilisées dans la première méthode permettent d'obtenir des estimations du nombre de smolts 1 + proches de celles faites par piégeage, les résultats sont moins fiables pour les smolts 2+. Les résultats sont discutés et différents aspects sont analysés en vue d'améliorer la concordance entre les deux méthodes.

Ce document permet une reconnaissance de 41 espèces de poissons d'eau douce les plus communes rencontrées en France à partir des caractéristiques de leurs écailles (forme et structure). L'utilisation de ces écailles pour la détermination de l'âge est analysée.

La reproduction de la truite commune (Salmo trutta L.) a été suivie trois années consécutives du début novembre à la mi-janvier, dans un petit affluent du Lac Léman. Le suivi a été réalisé en utilisant deux techniques complémentaires : la pêche électrique et le comptage des frayères. L'activité de fraie des truites lacustres est comparée à celle des truites sédentaires. L'étude précise les caractéristiques des populations en place avant la fraie, ainsi que celles des géniteurs de truite de lac. Les mouvements des juvéniles sont sommairement étudiés.

Ce rapport confirme les critères d'interprétation scalimétrique utilisés pour âger le saumon atlantique en eau douce et en mer à l'aide d'exemples typiques. Il synthétise également les difficultés rencontrées pour la détermination d'âge des populations naturelles et d'élevage en les illustrant à l'aide d'exemples atypiques. Enfin, il propose un certain nombre de recommandations pour permettre une meilleure connaissance des populations de saumon atlantique dans son aire de répartition méridionale.

Des Saumons atlantique de la rivière North Esk (Ecosse) ont été étudiés en juillet 1984. Cet échantillon, composé en majorité de castillons, a permis de mettre en évidence 2 dimorphismes sexuels: la longueur relative de la nageoire adipeuse et celle de la mâchoire supérieure. Seul ce dernier peut être utilisable en pratique avec moins de 10 % d'erreur.